Articles repérés par Hervé Le Crosnier

Je prend ici des notes sur mes lectures. Les citations proviennent des articles cités.

  • Variole, une résurrection inquiétante
    http://www.lemonde.fr/sciences/article/2017/10/30/variole-une-resurrection-inquietante_5207923_1650684.html

    Un excellent papier par Yves Sciama

    C’est un important tournant pour la biologie synthétique et la sûreté biologique. » Pour le professeur Gregory Koblentz, spécialiste de biosécurité à l’université George-Mason, en Virginie, il n’y a aucun doute : la synthèse du virus éteint de la variole équine, à partir de segments d’ADN issus du commerce sur Internet et livrés par voie postale, doit valoir signal d’alarme. Quand bien même cette synthèse avait seulement pour objectif « d’améliorer l’actuel vaccin contre la variole humaine », selon le professeur David Evans, de l’université canadienne d’Edmonton, qui l’a coordonnée.
    La « recette » de la variole humaine

    Si cette expérience, révélée durant l’été et financée par le laboratoire Tonix Pharmaceuticals, a franchi une ligne jaune, selon de nombreux spécialistes, c’est qu’elle fournit, clés en main, rien moins que la « recette » de la synthèse de la variole humaine.

    Pourtant, la synthèse de la variole ressuscite brusquement un scénario de cauchemar : celui de son retour, par un accident de laboratoire ou l’acte malveillant d’un déséquilibré, de terroristes ou d’un Etat voyou.
    Contagieuse par voie respiratoire, la maladie fit au XXe siècle 300 millions de morts.

    Une épidémie de variole sèmerait un chaos et une panique inimaginables : contagieuse par voie respiratoire, la maladie (qui tue un malade sur trois) fit au XXe siècle 300 millions de morts – plus que toutes les guerres cumulées. Ses survivants sont de plus généralement défigurés par les centaines de vésicules dont la maladie recouvre le corps et les muqueuses.

    L’atmosphère de panique qui avait entouré la poignée de cas d’Ebola sortis d’Afrique – maladie a priori moins contagieuse que la variole – laisse imaginer le chaos que causerait une flambée de variole : les replis, les perturbations du système de transport, notamment aérien, les chocs économiques qui s’ensuivraient, etc. Des dizaines de rapports d’analystes documentent combien l’extrême interconnexion de notre monde fait d’une épidémie l’un des principaux risques globaux.

    J’avais défendu un moratoire sur la biologie de synthèse en 2009, dans le silence le plus assourdissant

    Mais la question de la variole n’est que la partie émergée du gigantesque iceberg qu’est devenue la biologie de synthèse, dont les fulgurants progrès commencent à révéler l’énorme potentiel d’usages malveillants. David Evans a indiqué qu’il n’avait fallu que six mois et 100 000 dollars à son thésard et à lui-même pour ressusciter la variole équine. Il n’en faudrait donc sans doute pas plus pour son homologue humaine. Or la ­variole appartient à la partie complexe du spectre des virus dangereux – la plupart sont bien plus simples à fabriquer (celui de la poliomyélite, par exemple, a été synthétisé dans les années 2000). Même la construction de génomes bactériens, porteurs de centaines de gènes, est maîtrisée depuis une décennie.

    Bien évidemment le marché de l’ADN est forcément éthique... selon la logique des Conférences d’Azilomar : ce sont ceux qui font qui décident des limites (on voit par exemple l’effet dans la crise actuelle des opiodes de cette « auto-régulation » des industries...)

    Cette industrie de la synthèse d’ADN se trouve être l’un des importants leviers d’action disponibles pour réguler, et reprendre un tant soit peu le contrôle des risques engendrés par les sciences du vivant. En particulier parce que c’est une industrie qui s’est dès ses débuts, spontanément, posé la question de la sûreté biologique. Et qui a mis en place des mesures de sécurité dès 2009.

    Des mesures, baptisées « Protocole Standard », dont il faut souligner qu’elles sont entièrement volontaires. Elles ne sont appliquées que par les entreprises du secteur adhérentes au Consortium international de synthèse génétique (IGSC), une association dont la fonction est « d’élever le ­niveau de sûreté biologique, pour garder cette ­industrie propre », résume Marcus Graf, res­pon­sable de l’activité biologie synthétique au sein de la société allemande Thermo Fisher Scientific. L’IGSC compte aujourd’hui onze membres, ­contre cinq en 2009, et représente environ 80 % du marché mondial de la synthèse d’ADN.

    Mais rien n’est simple : on peut être partisan de l’auto-régulaiton, mais vouloir que les règles sur les choses dangereuses soient fixées par d’autres (sans qu’on se demande comment seront financés les experts « indépendants », si ce n’est pas des contrats recherche/entreprise...).

    Secundo, la fameuse base de données des ­séquences suspectes, que l’industrie réactualise chaque année, devrait en fait être constamment tenue à jour, afin de suivre les progrès rapides de la biologie. Il faudrait affecter à ce travail des équipes entières de biologistes chevronnés, au fait des derniers développements de la littérature, capables d’anticiper sur les usages malveillants – et non pas laisser le soin de le faire à une industrie hyper-concurrentielle, obsédée par la nécessité de réduire ses coûts et ses délais de livraisons. « Cette base de données devrait être établie et tenue à jour par les Etats, et ce serait aussi leur rôle de consacrer une importante ­recherche publique à cette tâche », souligne ­Gregory Koblentz.

    Une intervention de l’Etat que, une fois n’est pas coutume, les industriels appellent de leurs vœux. « Nous serions très contents qu’une agence nous dise au niveau national ou au niveau international ce qui doit aller ou non dans notre base de données », confirme Todd Peterson. La chose n’a en effet rien de trivial – elle suppose d’identifier dans le génome d’un pathogène quelles sont les parties vraiment dangereuses, liées à la virulence, la contagiosité ou la résistance aux traitements, et quels sont les gènes bénins, partagés avec d’innombrables autres organismes, qui servent uniquement au fonctionnement de base de l’organisme – respirer, se diviser, percevoir, etc.

    Ce dont les industriels ne veulent pas, il est vrai, c’est d’un contrôle des commandes qui serait ­effectué directement par les agences étatiques (telles que l’ANSM en France). Ils estiment que dans ce cas, ceux d’entre eux qui auraient l’agence la moins diligente perdraient leurs marchés. « Nos clients veulent être livrés en 3 à 5 jours, deux semaines maximum – le screening ne doit pas prendre plus de quelques minutes », avertit Marcus Graf.

    Ce que cet excellent article dit un peu plus loin :

    Il n’en reste pas moins que, partout dans le monde, la plupart des obligations liées à la ­sûreté biologique reposent sur des listes d’organismes suspects… dont la variole équine ne fait nulle part partie – c’est d’ailleurs ce qui a permis à David Evans de commander sur Internet ses séquences. « Actuellement prédomine une concep­tion très étroite de la sûreté biologique, analyse Gregory Koblentz. Elle revient à dire que tout biologiste qui ne travaille pas sur la quinzaine d’organismes de la liste peut dormir tranquille et se dispenser de réfléchir à ces problèmes – la sûreté biologique est manifestement perçue avant tout comme un fardeau dont il faut affranchir le plus grand nombre. » Or, pour ce chercheur, il faut que l’ensemble de la communauté scientifique soit mobilisée par cette question, qu’elle soit supervisée par des comités de ­contrôle multiples, enseignée à l’université, etc.

    Mais l’hubris des démiurges de la biologie de synthèse est si fort. Ce sont des prédicateurs (titre d’un article sur le sujet que j’ai commis il y a quelques années... et qui ne doit pas être encore en ligne)

    En réalité, il est frappant de constater à quel point la situation préoccupe peu la majorité des biologistes, partagés entre inquiétude que des profanes se mêlent de leur imposer des règles, et fatalisme technologique. Pour David Evans, par exemple, « dire qu’il est possible de mettre arbitrairement des limites à ce que la science peut ou ne peut pas faire, c’est tout simplement naïf. Le génie est sorti de la bouteille ». Et d’ajouter, un brin provoquant : « La biologie synthétique a même dépassé de beaucoup ce dont la plupart de ses critiques ont conscience… »

    Bon, j’aurais envie de citer tout le papier... il est très bon. Voici la conclusion, que je partage totalement :

    Il serait pourtant bon de faire mentir la règle, bien connue des spécialistes du risque industriel, selon laquelle on ne régule sérieusement les activités dangereuses qu’après qu’elles aient causé un accident emblématique. Car on frémit à l’idée de ce que pourrait être un « Titanic » de la biologie synthétique.

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    Une affaire dans l’affaire : que faire des souches de variole existantes

    Doit-on détruire les échantillons de variole ? : le débat se poursuit

    Après l’éradication de la variole en 1980, il ne reste aujourd’hui que deux séries d’échantillons du virus sur la planète, l’une au Center for Disease Control (CDC) américain, à Atlanta, et l’autre au centre VECTOR russe à Novossibirsk – du moins en principe, car l’existence d’échantillons clandestins ne peut être exclue. Un débat enfiévré fait rage depuis les années 1990 entre partisans et adversaires de la destruction de ces deux échantillons, les premiers plaidant que l’éradication de la maladie justifie – et même impose – d’effacer le virus de la surface de la Terre, les seconds invoquant la nécessité de nouvelles recherches sur les vaccins et traitements. Bien qu’elle en ait beaucoup diminué l’enjeu, la possibilité d’une synthèse artificielle de la variole n’a pas éteint ce débat. Les « destructeurs » argumentent que, puisqu’il y a possibilité de reconstruire le virus en cas de besoin urgent, autant le détruire ; tandis que les « conservateurs » estiment qu’il n’y a plus de raison de se débarrasser du virus, car il peut plus que jamais se retrouver dans des mains malveillantes. Verdict à l’Assemblée mondiale de la santé, dans deux ans.