Covid-19 : le réseau #Obépine veut traquer le variant breton dans les eaux usées - Covid-19 : ce variant breton plus difficile à détecter - Le Télégramme
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La station d’épuration de Quimper fait partie des sept sites suivis en Bretagne.
Photo Le Télégramme/Christian Rose
INFORMATION LE TÉLÉGRAMME. Depuis plus d’un an, le réseau Obépine trace le Sars-Cov-2 dans les eaux usées et collabore avec sept stations de traitement en Bretagne. Il souhaite désormais débusquer les nouvelles souches, dont le variant breton.
Au fond du nez, dans les poumons, et même dans le tube digestif. Le Sars-Cov-2 a le chic pour se fourrer un peu partout et y proliférer. Des WC des particuliers infectés, il migre jusque dans les stations d’épuration. C’est là qu’intervient le réseau de scientifiques Obépine, qui travaille depuis plus d’un an à bâtir un indicateur de détection et de quantification fiable du coronavirus dans les eaux usées. Après de long mois d’atermoiements, il est intégré depuis peu dans les tablettes du ministère de la Santé et devrait bientôt être publié dans le bulletin hebdomadaire de Santé publique France.
L’une de ses utilités ? Dans les phases de faible circulation du Sars-CoV-2, il peut fournir des indications très précoces d’une accélération, jusqu’à trois semaines en avance, comme l’été dernier, assure Yvon Maday, professeur en mathématiques appliquées à Sorbonne Université et impliqué dans le réseau.
L’indicateur en hausse en Bretagne
Comptant sur un ensemble de 150 stations en France (avec un objectif de 400), Obépine collabore, en Bretagne administrative, avec sept collectivités : Saint-Malo, Rennes, Vannes, Lorient, Saint-Brieuc, Quimper. Et Brest, qui vient de s’y ajouter. Les deux prélèvements hebdomadaires sont transmis à un laboratoire basé à Nantes. Ces dernières semaines, la présence du virus a été considérée comme « assez élevée » à Rennes et Vannes, « moyenne » à Lorient et « basse » à Quimper, des résultats en cohérence avec le taux d’incidence constaté dans ces villes. Au cours de la semaine du 23 au 29 mars, « c’est monté un petit peu. Dans certaines stations qui étaient en baisse, la tendance a l’air d’avoir changé », indique Yvon Maday. Pas une surprise, compte tenu de la situation épidémique de la covid-19 qui se dégrade dans le pays.
Obépine a aussi commencé à regarder du côté de Lannion. « Cette semaine, on a deux résultats qui montrent un niveau de circulation un peu haut, même si on n’a pas encore de quoi dessiner une tendance. Ils ont été transmis à l’hôpital », indique le mathématicien. « Mais surtout, on est en train de s’attaquer à la recherche et la caractérisation du variant de clade 20C (surnommé le variant breton, NDLR) », poursuit-il.
« Mille puzzles » à reconstituer
Un travail qui s’intègre dans un nouveau projet de recherche auquel participe désormais une trentaine de scientifiques afin d’être en mesure de traquer les souches connues et d’en détecter de nouvelles. « C’est très compliqué car, pour identifier un variant, il nous faut l’intégralité du génome. Or, dans les eaux usées, il nous arrive explosé. Ce sont mille puzzles qu’il faut reconstituer. Pour l’heure, on est capable de repérer la présence et l’évolution de mutations caractéristiques de certains variants. Ce qui est déjà très bien ». Identifier ces mutants avec certitude, c’est l’objectif de ce projet basé sur la métagénomique qui devrait être présenté au ministère de la Recherche, possiblement dès la fin de semaine prochaine, afin d’obtenir des fonds.
Néanmoins, tout ce travail de détection précoce ne pourrait être utile que si la France mise sur une politique de gestion préventive. Est-ce le cas ? Yvon Maday botte en touche : « C’est une décision politique, je ne suis « que » scientifique. J’essaye de bien faire mon boulot pour que notre indicateur soit utile, fiable, robuste et reconnu ».