• Recherche sur les #coronavirus : Une équipe de la C.-B. découvre 9 nouvelles espèces - canada
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    Les échantillons collectés dans le monde entier sur une période de 13 ans comprenaient des excréments de plusieurs animaux, ainsi que d’autres sources, selon un résumé de l’école de la recherche publié dans la revue scientifique. Nature cette semaine.

    L’équipe de recherche a présenté la collection comme provenant de “tous les continents et océans, et de tous les règnes de la vie”.

    Avec l’aide d’un #superordinateur “ridiculement puissant” construit par l’UBC et Amazon Web Services, l’équipe a déclaré avoir trouvé près de 10 fois plus de #virus à ARN que ce qui était connu auparavant.

    Au total, le projet a permis de découvrir 132 000 virus à ARN. Seuls 15 000 étaient connus avant le projet Serratus.

    L’équipe a également découvert neuf nouvelles espèces de coronavirus au cours de l’étude, qui a duré 11 jours et coûté environ 24 000 dollars.

    Quant à ce qui a été appris, il y a eu quelques défis, écrit l’équipe dans l’article publié dans le journal.

    “Une limitation importante pour ces analyses est que les lectures d’acide nucléique ne prouvent pas que l’infection virale a eu lieu dans l’espèce hôte nominale. Par exemple, nous avons identifié cinq bibliothèques dans lesquelles un coronavirus porcin, aviaire ou de chauve-souris a été trouvé dans des échantillons de plantes”, a déclaré l’équipe.

    L’espoir est que cette recherche, et la base de données créée par le projet Serratus, aidera à “ouvrir la voie à l’identification rapide de la propagation du virus chez l’homme”, a déclaré l’UBC. La base de données peut également être utilisée pour identifier les virus ayant un impact sur le bétail, les cultures et les espèces menacées, selon l’école.

    Le jeune homme de 32 ans a donné l’exemple d’un patient souffrant d’une fièvre inexpliquée. Il a déclaré que le sang du patient pourrait être séquencé et que le virus à l’origine de la fièvre pourrait être comparé à la base de données des virus existants du projet Serratus.

    “Vous pouvez effectuer une recherche dans la base de données en deux minutes environ et relier ce virus à, par exemple, un chameau d’Afrique subsaharienne échantillonné en 2012”, a déclaré Babaian.

    Source : Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery | Nature
    https://www.nature.com/articles/s41586-021-04332-2

    #données #data