Covid-19 : Un hiver imprévisible sous le sceau de la diversification massive et inédite d’Omicron
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Oui, quand un pays développé et riche comme la France décide de sacrifier son université, sa recherche, de transformer celle-ci en une collection « d’appels d’offre » et les chercheurs et chercheuses en administrateurs de dossiers... les conséquences finissent par se faire sentir. Cela prend du temps, mais on est maintenant au bord de la falaise. Bon, on le dit depuis des années que la méthode par appel d’offre et comptage des publications n’est pas la bonne méthode pour avoir une recherche pérenne et à la hauteur des enjeux.
Ca n’empêche pas de continuer à foncer dans le mur, ce qui dans tous les domaines est la politique de référence en France.
TC : Comment surveille-t-on ces sous-variants préoccupants ? D’où proviennent les données épidémiologiques ?
SA : Au niveau épidémiologique, la qualité du système de surveillance britannique est toujours remarquable. Leur dernier rapport du 7 octobre 2022, qui combine données de dépistage et de séquençage, offre une vision particulièrement claire de leur situation épidémique.
Phylogénie du SARS-CoV-2
Phylogénie radiale de Nextstrain.org à partir des données GISAID qui montre que la diversification des lignées Omicron est bien supérieure à celle du variant Delta (en bleu) ou Alpha (en violet). nextstrain.org/ncov
Pour les autres pays, dont la France, on s’en remet aux données de séquençage partagées sur la plate-forme GISAID. Plusieurs sites Internet, dont Nextstrain.org mais aussi l’excellent covSPECTRUM de l’équipe du Pr Tanja Stadler, en Suisse, permettent de visualiser la dynamique des variants en temps réel (dans la limite des données fournies par chaque pays).
Mircea Sofonea : Notons que contrairement aux précédentes vagues causées par l’arrivée d’un nouveau variant, les données de criblage issues des dépistages RT-qPCR (qui repèrent des mutations définies au préalable, et servent donc à traquer des variants déjà connus) ne permettent plus de distinguer ces nouvelles lignées.
Cela nous prive d’un signal précoce et donc précieux pour informer en temps réel les modèles de la dynamique courante de remplacement. Celle-ci ne peut alors être connue qu’au moyen du séquençage, avec un retard d’au moins une semaine après le prélèvement (lui-même arrivant plusieurs jours après le début de l’infection) et sur un échantillon qui, pour des raisons matérielles, est réduit – les enquêtes Flash réalisées par le consortium EMERGEN portant sur 1000 à 2000 séquences interprétables.
Le problème est que, cette fois-ci, la France se retrouve la première à connaître la prédominance du nouveau (sous-)variant (BQ.1.1). On ne pourra donc plus compter sur les tendances observées Outre-Manche !
Alors que la diversité génétique du SARS-CoV-2 met une nouvelle fois à l’épreuve notre système de surveillance et de soins, la chaîne technico-scientifique, du prélèvement individuelle à l’analyse populationnelle, sur laquelle repose notre anticipation collective, a besoin d’un investissement immédiat à la hauteur de l’enjeu de santé publique.
TC : Qu’est-ce que cela peut avoir comme conséquences éventuelles pour cet hiver ? Des prévisions sont-elles encore possibles ?
SA : C’est très difficile, car au-delà de la difficulté scientifique, les équipes de recherche en France n’ont quasiment plus de financements annuels de base (appelés « récurrents »), et de nombreux projets ont été refusés cette année. Bref, nous ne sommes plus en mesure d’explorer des scénarios prospectifs. Et contrairement à 2020 et 2021, il n’y a plus de conseil scientifique pour solliciter de telles analyses. Les inconnues sur le déroulement de l’hiver sont donc énormes.
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