• Persistence of somatic symptoms after COVID-19 in the Netherlands: an observational cohort study - The Lancet

    Patients often report various symptoms after recovery from acute #COVID-19. Previous studies on post-COVID-19 condition have not corrected for the prevalence and severity of these common symptoms before COVID-19 and in populations without #SARS-CoV-2 infection. We aimed to analyse the nature, prevalence, and severity of long-term symptoms related to COVID-19, while correcting for symptoms present before SARS-CoV-2 infection and controlling for the symptom dynamics in the population without infection.


    This study is based on data collected within #Lifelines, a multidisciplinary, prospective, population-based, observational cohort study examining the health and health-related behaviours of people living in the north of the Netherlands. All Lifelines participants aged 18 years or older received invitations to digital COVID-19 questionnaires. Longitudinal dynamics of 23 somatic symptoms surrounding COVID-19 diagnoses (due to SARS-CoV-2 alpha [B.1.1.7] variant or previous variants) were assessed using 24 repeated measurements between March 31, 2020, and Aug 2, 2021. Participants with COVID-19 (a positive SARS-CoV-2 test or a physician’s diagnosis of COVID-19) were matched by age, sex, and time to COVID-19-negative controls. We recorded symptom severity before and after COVID-19 in participants with COVID-19 and compared that with matched controls.


    76 422 participants (mean age 53·7 years [SD 12·9], 46 329 [60·8%] were female) completed a total of 883 973 questionnaires. Of these, 4231 (5·5%) participants had COVID-19 and were matched to 8462 controls. Persistent symptoms in COVID-19-positive participants at 90–150 days after COVID-19 compared with before COVID-19 and compared with matched controls included chest pain, difficulties with breathing, pain when breathing, painful muscles, ageusia or anosmia, tingling extremities, lump in throat, feeling hot and cold alternately, heavy arms or legs, and general tiredness. In 12·7% of patients, these symptoms could be attributed to COVID-19, as 381 (21·4%) of 1782 COVID-19-positive participants versus 361 (8·7%) of 4130 COVID-19-negative controls had at least one of these core symptoms substantially increased to at least moderate severity at 90–150 days after COVID-19 diagnosis or matched timepoint.


    To our knowledge, this is the first study to report the nature and prevalence of #post-COVID-19 condition, while correcting for individual symptoms present before COVID-19 and the symptom dynamics in the population without SARS-CoV-2 infection during the pandemic. Further research that distinguishes potential mechanisms driving post-COVID-19-related symptomatology is required.

    #covid_long #long_covid

  • Hydroxychloroquine for COVID19: The curtains close on a comedy of errors - The Lancet Regional Health – Americas

    With dozens of trials now published, we can finally close the curtains on hydroxychloroquine for COVID-19.

    Ultimately, hydroxychloroquine did not have clinical benefit for COVID-19. The efforts of the trialists and the goodwill of patients who volunteered for the studies should not be diminished, but lessons extricated from this fiasco must galvanize us to do better in the next pandemic.

  • Hydroxychloroquine for COVID19 : The curtains close on a comedy of errors - The Lancet Regional Health – Americas
    (bref) article, entièrement accessible

    Early in the COVID-19 pandemic, there was a desperate need for a therapy against the scourge which was decimating health care systems worldwide. As systems became overwhelmed, it was clear that effective, safe, accessible early outpatient treatments to prevent deterioration were needed. Scientists turned first to therapies that had shown anecdotal promise or in vitro activity against SARS. In many respects, hydroxychloroquine, an off-patent antimalarial used for autoimmune diseases, with decades of safety data, and with data suggesting in vitro efficacy in SARS-Cov-1, was an ideal candidate therapy.1 What happened next, however, was an unfortunate comedy of errors which squandered resources and opportunities to find effective therapies.
    With dozens of trials now published, we can finally close the curtains on hydroxychloroquine for COVID-19. However, we would be remiss if we did not draw some lessons for future pandemics and for clinical science in general.

    suivent trois leçons à tirer pour l’avenir que je vous laisse découvrir
    pas sûr que ce soit gagné…

  • Cirrhose, des microparticules de plastiques retrouvées dans le foie des malades

    Des #microparticules de #plastiques variées ont été retrouvées dans tous les foies de personnes atteintes de cirrhose. A l’inverse, elles étaient indétectables chez des personnes sans maladie hépatique. Seraient-elles la cause ou la conséquence de la pathologie ? Les auteurs de cette étude parue dans eBioMedicine y travaillent mais constatent en tout cas que ces substances peuvent s’accumuler dans les organes périphériques humains. Jusque-là elles avaient été retrouvées dans le sang, les selles et le placenta.

    Source :
    Microplastics detected in cirrhotic liver tissue - eBioMedicine


  • Un traitement efficace contre les covid sévères réservé aux Etats-Unis - Le Temps

    « Un scandale ». C’est ainsi qu’Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale de l’Université de Genève, qualifie, sur Twitter, la décision des laboratoires Lilly.

    L’entreprise pharmaceutique américaine a développé l’unique anticorps monoclonal, le #bebtelovimab, qui reste totalement efficace pour neutraliser les sous-variants BA.4 et BA.5 d’Omicron, comme l’a montré une récente étude menée par une équipe de l’Université Columbia et parue en prépublication sur le site BioRxiv. Problème : Lilly refuse de commercialiser son traitement en dehors des Etats-Unis, où 600 000 doses ont déjà été commandées.


    Dans les faits, comme le rappelle Antoine Flahault, la plupart des anticorps monoclonaux mis sur le marché sont tombés aux oubliettes les uns après les autres, victimes collatérales des différents variants du SARS-CoV-2. « Dès que des mutations sur la protéine spike du virus apparaissent, on note une diminution dans l’activité des anticorps monoclonaux

  • #OMICRON : De nouveaux #sous-variants beaucoup plus résistants | santé log

    BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 sont des variants à fort #échappement_immunitaire : une #vaccination avec les vaccins actuels ou une infection par d’anciens sous-variants d’Omicron ne confèrent qu’une protection extrêmement limitée contre l’infection par un nouveau sous-variants.

    Source :
    Augmented neutralisation resistance of emerging omicron subvariants BA.2.12.1, BA.4, and BA.5 - The Lancet Infectious Diseases

  • Long-term mortality following #SARS-CoV-2 infection: A national cohort study from Estonia - The Lancet Regional Health – Europe


    People infected with SARS-COV-2 had more than three times the risk of dying over the following year compared with those who remained uninfected (aHR 3·1, 95%CI 2·9-3·3). Short-term mortality (up to 5 weeks post-infection) was significantly higher among #COVID-19 group (1623·0/10 000) than in the reference group (118/10 000). For COVID-19 cases aged 60 years or older, increased mortality persisted until the end of the first year after infection, and was related to increased risk for cardiovascular (aHR 2·1, 95%CI 1·8-2·3), cancer (aHR 1·5, 95%CI 1·2-1·9), respiratory system diseases (aHR 1·9, 95%CI 1·2-3·0), and other causes of death (aHR 1·8, 95%CI 1·4-2·2).


  • Offline: WHO’s erasure of Palestinians must cease - The Lancet

    One choice his agency has made is to erase the existence of over 5 million people from its “comprehensive” assessment of world health—WHO’s flagship World Health Statistics 2022. Despite being a member of WHO’s Eastern Mediterranean Region (EMRO), the occupied Palestinian territory (oPt)—3·2 million people in the West Bank and East Jerusalem and 2·2 million people in the Gaza Strip—is absent from WHO’s data.

    #Palestine #complicité #ONU #OMS

  • The Lancet : Journal Homepage
    la couverture du Lancet et sa page d’accueil

    “If the US Supreme Court confirms its draft decision, women will die. The Justices who vote to strike down Roe will not succeed in ending abortion, they will only succeed in ending safe abortion. Justice Alito and his supporters will have women’s blood on their hands.”

    • et l’édito
      Why Roe v. Wade must be defended - The Lancet

      “Abortion presents a profound moral issue on which Americans hold sharply conflicting views.” So begins a draft opinion by Associate Justice Samuel Alito, leaked from the US Supreme Court on May 2, 2022. If confirmed, this judgement would overrule the Court’s past decisions to establish the right to access abortion. In Alito’s words, “the authority to regulate abortion must be returned to the people and their elected representatives”. The Court’s opinion rests on a strictly historical interpretation of the US Constitution: “The Constitution makes no reference to abortion, and no such right is implicitly protected by any constitutional provision.” His extraordinary text repeatedly equates abortion with murder.

      The Due Process clause of the 14th Amendment to the Constitution has been the main foundation underpinning the right of American women to an abortion. That 1868 Amendment was passed during the period of American Reconstruction, when states’ powers were being subjected to certain limitations. The goal of the Amendment was to prevent states from unduly restricting the freedoms of their citizens. That guarantee of personal liberty, so the Supreme Court had previously held, extended to pregnant women, with qualifications, who decided to seek an abortion. Alito rejected that reasoning. He argued that for any right not mentioned in the Constitution to be protected, it must be shown to have had deep roots in the nation’s history and tradition. Abortion does not fulfil that test. Worse, Roe was an exercise in “raw judicial power”, it “short-circuited the democratic process”, and it was “egregiously wrong” from the very beginning. It was now time, according to Alito, “to set the record straight”.

      What is so shocking, inhuman, and irrational about this draft opinion is that the Court is basing its decision on an 18th century document ignorant of 21st century realities for women. History and tradition can be respected, but they must only be partial guides. The law should be able to adapt to new and previously unanticipated challenges and predicaments. Although Alito gives an exhaustive legal history of abortion, he utterly fails to consider the health of women today who seek abortion. Unintended pregnancy and abortion are universal phenomena. Worldwide, around 120 million unintended pregnancies occur annually. Of these, three-fifths end in abortion. And of these, some 55% are estimated to be safe—that is, completed using a medically recommended method and performed by a trained provider. This leaves 33 million women undergoing unsafe abortions, their lives put at risk because laws restrict access to safe abortion services.

      In the USA, Black women have an unintended pregnancy rate double that of non-Hispanic White women. And the maternal mortality rate for Black women, to which unsafe abortion is an important contributor, is almost three times higher than for white women. These sharp racial and class disparities need urgent solutions, not more legal barriers. The fact is that if the US Supreme Court confirms its draft decision, women will die. The Justices who vote to strike down Roe will not succeed in ending abortion, they will only succeed in ending safe abortion. Alito and his supporters will have women’s blood on their hands.

      The 2018 Guttmacher–Lancet Commission on Sexual and Reproductive Health and Rights For All concluded that these rights, which included the right to safe abortion services and the treatment of complications from unsafe abortion, were central to any conception of a woman’s wellbeing and gender equality. The availability of an essential package of sexual and reproductive health interventions should be a fundamental right for all women—including, comprehensive sexuality education; access to modern contraceptives; safe abortion services; prevention and treatment of HIV and other sexually transmissible diseases; prevention and treatment for gender-based violence; counselling for sexual health; and services for infertility. What kind of society has the USA become when a small group of Justices is allowed to harm women, their families, and their communities that they have been appointed to protect?

      The route forward is unclear and perilous. This Court’s argument suggests possible future attacks on a raft of other civil rights, from marriage equality to contraception. Despite urgent pleas from some members of Congress, the long-overdue encoding of Roe into law by the Biden administration is highly unlikely. That a Court is about to force through a health policy supported by only 39% of Americans is dysfunctional. Indeed, if the Court denies women the right to safe abortion, it will be a judicial endorsement of state control over women—a breathtaking setback for the health and rights of women, one that will have global reverberations.

  • Covid-19 : les formes sévères provoqueraient une baisse du QI

    D’après les scientifiques de l’Université de Cambridge et de l’Imperial College de Londres, dont les travaux ont été publiés dans la revue eClinicalMedicine de The Lancet, les formes graves du Covid-19 entraîneraient des troubles cognitifs similaires à 20 ans de vieillissement, entre 50 et 70 ans. Soit l’équivalent, selon l’Imperial College, d’une perte de dix points de quotient intellectuel (QI).

    Multivariate profile and acute-phase correlates of cognitive deficits in a COVID-19 hospitalised cohort

    On average, the scale of deficits was most similar to that observed in normal cognitive decline between the ages of 50–70; however, when examined in more detail the pattern of cognitive deficits was most pronounced for different tasks than either age-related decline or the dementia group. These more detailed results highlight the potential value of cross comparing multivariate profile of COVID-19 cognitive deficits to a wider variety of populations in order to identify potential similarities to other neurological conditions. Future work should also expand the repertoire of disorders, especially populations who have recovered from other critical illnesses, and cross relate these detailed cognitive profiles to imaging and blood biomarker measures of neuropathology and tracking recovery and decline trajectories over a longer temporal scale.

    In summary, severe COVID-19 illness is associated with significant objectively measurable cognitive deficits that persist into the chronic phase. The scale of the deficits correlates with clinical severity during the acute phase as opposed to mental health status at the time of assessment, shows at best a slow recovery trajectory and the multivariate profile of deficits is consistent with higher cognitive dysfunction as opposed to accelerated ageing or dementia.

    Ça donne vraiment envie de l’attraper comme tout le monde.

  • Maître Pandaï : l’augmentation du risque de diabète après une infection Covid

    Étude aux États-Unis sur 181 280 patients Covid+ avec deux groupes contrôle de plus de 4 millions de personnes. Un an après l’infection, le risque de diabète (à >99% de type 2) dans la cohorte Covid+ est augmenté de 40%.


  • Pourquoi vous devriez conserver le masque en intérieur - JustPaste.it

    Sous prétexte que la majorité des adultes ont reçu 2 ou 3 doses de vaccin, les gouvernements ont décrété un peu partout la fin de la pandémie et referment la parenthèse interventionniste qui allait avec.
    3. Du fait de cette capitulation totale des pouvoirs publics face à la circulation de SARS-CoV-2, vous allez être beaucoup plus exposé à l’infection que lors de la phase pré-vaccinale de la pandémie, avec une menace croissante pour votre santé.
    4. Or, quel que soit le baratin « rassuriste » en vogue, SARS-CoV-2 reste un pathogène dangereux. Dans une simple optique de préservation de votre santé, vous devriez essayer d’éviter l’infection autant que possible.

    • Et donc merci à « Maître Pandaï » qui, soit dit en passant, est un twittos remarquablement organisé qui réussit le tour de force de se référer à des tweets d’il y a plusieurs mois (dont les siens). Sans parler des nombreuses sources citées en exemple. Ce thread de 108 posts témoigne d’un argumentaire sans faille. Je suis toujours admiratif de ces personnes qui ont une telle puissance de travail et d’organisation.

      Ceci dit, il y a sûrement des outils sur la plateforme qui permettent une telle organisation des infos mais j’ai jamais vraiment pris le temps de creuser.

      Source : https://twitter.com/Panda31808732/status/1502747054979923970

    • Tentons un condensé des affirmations importantes, sans les preuves et détails :
      – Il faut garder un masque FFP2 partout en intérieur et aérer fortement.
      – Le virus continue de circuler fortement, partout.
      – C’est un virus AÉROSOL, en intérieur vous le chopez même loin des gens, et même si les gens qui l’ont expiré dans la pièce sont déjà partis ! Il ne faut donc pas DU TOUT respirer l’air intérieur sans masque filtrant fort (FFP2).
      – Les vaccins actuels sont moins efficaces et moins longtemps contre les variants du moment donc il FAUT se protéger de manière non pharmaceutique : masques + aération.
      – Le vaccin est un airbag ou ceinture : ça amortit le choc mais ça ne rend PAS les accidents (l’infection) désirables.
      – Tout le monde s’est focalisé sur les cas graves (hopital) et les décès, alors qu’on peut TOUS finir avec un covid long = des maladies chroniques handicapantes. Même celleux qui sur le moment ont juste eu le nez bouché. Même chez les jeunes, même celleux en bonne santé.
      – Le covid long, les maladies chroniques handicapantes, c’est le PRINCIPAL RISQUE quand on attrape le covid !
      – Le covid est une maladie SANGUINE (vasculaire, des vaisseaux sanguins) : elle peut toucher le corps entier, poumon, cerveau, cœur, reins, articulations, TOUT.
      – Une fois infecté, risque augmenté pour : insuffisance respiratoire, hypertension, démence, diabète, insuffisance rénale, maladies cardiovasculaires, AVC, embolie pulmonaire… Et ce risque augmente à CHAQUE infection.
      – Quand on est vacciné : minimum 10% de risque de finir avec des maladies chroniques, 1 fois sur 10, c’est beaucoup. Et c’est plus quand on n’est pas vacciné.
      – Or on peut être infecté des DIZAINES de fois dans notre vie : en moyenne 1 à 2 fois par an chacun, et à CHAQUE infection on aura un risque élevé de finir avec des maladies chroniques.
      – Le covid, ce n’est pas « ce qui ne me tue pas me rend plus fort » mais « ce qui ne me tue pas peut quand même bousiller ma santé, puis mute et réessaye quelques mois plus tard ».
      – Si on échappe aux handicaps la 1ère infection, la 2ème… c’est peu probable d’y échapper à chaque fois sur les dizaines de fois où on peut être infecté le reste de notre vie. Et une fois qu’on est en mode maladies chroniques, c’est handicap à vie.
      – Les plus pauvres attrapent plus le covid => le covid augmente énormément les maladies chroniques handicapantes => qui empêchent de travailler correctement ensuite => le covid rend plus pauvre => cercle vicieux.
      – Il FAUT donc se protéger au max, pour ne jamais le choper.
      – Faire chacun des gestes ne suffit pas : il faut militer pour une politique publique gouvernementale : FFP2 gratuits, travaux d’aération des lieux publics (à commencer par l’école, nid du virus depuis le début), etc.

      Les deux schémas les plus importants :

    • Autres arguments qui confortent la thèse que le Covid n’est pas une « grippette » mais que le virus #SARS-CoV2 attaque le système vasculaire, ce qui pourra générer des symptômes diversifiés ainsi que des séquelles durables et dévastatrices.

      31. Ce papier sur le Covid long décrit plus de 200 symptômes différents à travers tout le corps. Les plus courants dans l’étude étaient : fatigue, malaise post-effort, dysfonctionnements cognitifs.

      32. Le Covid est une maladie vasculaire : « on observe une atteinte des cellules qui tapissent l’intérieur de la paroi des vaisseaux sanguins. Cette fine couche de cellules qui forme le revêtement interne des vaisseaux porte le nom d’endothélium. »
      https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/04/29/covid-19-est-aussi-une-maladie-inflammatoire-vasculaire (article du 22/04/2020 ... Ah oui, déjà ?)

      32b. « Envisager la Covid-19 comme une maladie endothéliale permet en outre de rendre compte de la variété des symptômes observés dans cette pathologie multi-cibles, qui n’atteint pas seulement les poumons, mais également le cœur, les vaisseaux, les reins, le cerveau. »

      S’ensuit alors une recension de publications d’études statistiques (Royaume Uni et États-Unis) sur des cohortes de personnes Covid+, qui présentent toute une « palette » de symptômes qui ne disparaissent pas au bout de quelques semaines mais qui se prolongent durant des mois, voire bientôt deux ans. Ce qui, au final, ne paraît pas si incohérent puisque le système vasculaire irrigue le corps entier.

      Et on avait mis le doigt là-dessus depuis le début de la pandémie. Peut-on, sans trop passer pour de mauvais esprits, prétendre que les experts infectiologues et épidémiologistes autoproclamés ainsi que leur ministre Véran ont largement pédalé dans la semoule ? Voire nous ont pris carrément pour des buses ?
      je vous parle même pas de ceux qui ont prétendu que pour guérir du #Covid_long, il faut aller voir un psy.

  • Estimating excess mortality due to the COVID-19 pandemic: a systematic analysis of COVID-19-related mortality, 2020–21 - The Lancet

    Although reported COVID-19 deaths between Jan 1, 2020, and Dec 31, 2021, totalled 5·94 million worldwide, we estimate that 18·2 million (95% uncertainty interval 17·1–19·6) people died worldwide because of the COVID-19 pandemic (as measured by excess mortality) over that period.

    On serait donc à 18 millions de morts du Covid dans le monde.

    • Ça explique aussi que la surmortalité a été systématiquement sous-estimée en Afrique et dans les pays moins développés en général, et qu’il y a une sous-mortalité dans les pays à stratégie zéro-covid.

      En fait, cette étude confirme que tous les rassurismes qui sont systématiquement allés à l’encontre de tous les raisonnements rationnels ont eu torts.

    • Ça parait toujours évident (ça dépend pour qui) mais il faut rappeler que tout ça, c’est avec des mesures quand même fortes un peu partout pendant 2 ans. Donc ça laisse songeur d’imaginer ce que ça aurait été en suivant totalement le rassurisme de pas du tout de masques, pas de vaccin, pas de confinement, pas de fermeture d’école, etc. Je me demande si des modèles statistiques peuvent quand même projeter une fourchette de ce que ça aurait pu être…

    • Pour pinailler un peu, il s’agit des morts en excès dus à l’épidémie de covid. Ça comprend donc les morts du covid, mais aussi les gens qui sont morts d’autre chose (mais bien à cause de l’épidémie), par exemple faute d’accès aux soins à cause d’un hôpital saturé, ou qui se sont foutu en l’air après avoir perdu leur emploi à cause du covid ; et en sens inverse ça inclut aussi ceux qui ne sont pas morts et l’auraient été (statistiquement parlant) s’il n’y avait pas eu d’épidémie (ex typique les accidentés de la route en baisse durant le confinement).

  • La #vaccination contre le #Covid-19 réduit le risque de syndrome inflammatoire multi systémique chez les personnes âgées entre 12-20 ans

    Reported cases of multisystem inflammatory syndrome in children aged 12–20 years in the USA who received a COVID-19 vaccine, December, 2020, through August, 2021 : a surveillance investigation - The Lancet Child & Adolescent Health


  • Aujourd’hui, on va s’épancher sur les limites du R0 : qu’est-ce qu’il ne nous dit pas sur la propagation d’un virus ?

    Ce sera l’occasion pour vous de faire connaissance avec le kappa (SPOILER : il ne s’agit pas de l’équipementier sportif).

    En guise de préambule, souffrez que j’énonce deux ou trois rappels.

    Le R0, ou nombre de reproduction, c’est le nombre de personnes qu’un cas positif va infecter au tout début d’une épidémie, c’est-à-dire dans une population susceptible
    (susceptible = sans immunité préalable contre l’agent infectieux), et qui n’applique pas les mesures barrières ni ne procède à l’isolement des cas positifs.
    Si ce R0 < 1, cela veut dire qu’une personne va en contaminer moins d’une autre.

    Résultat : chaque nouvelle génération va produire de moins en moins de cas, et l’épidémie s’éteindra d’elle-même, progressivement.
    Un virus au R0 < 1 ne peut donc produire de graves épidémies sur le long terme.

    Le MERS-CoV actuel, avec son R0 estimé à 0.9, l’a appris à ses dépens.
    Si R0 = 1, cela implique un nombre constant de nouveau cas.

    La progression de l’épidémie est alors linéaire (une personne en contaminera une autre à chaque fois), ce qui la rend encore maîtrisable.
    Mais si le R0 excède la valeur seuil de 1, ça se complique : le porteur du virus va alors infecter plus d’une personne, ce qui fait que la nouvelle génération produira toujours plus de cas que la génération précédente.

    Si on n’intervient pas, l’épidémie va s’étendre.
    Naturellement, plus le R0 est élevé, plus grande devient la menace épidémique.

    bbc.com/news/health-52… Image
    Coronavirus : What is the R number and how is it calculated ?
    The R number is a simple but crucial figure at the heart of lockdown decisions across the UK.
    Le R0 de SARS-CoV-2 en janvier 2020 (je veux bien sûr parler de la souche ancestrale de Wuhan) a fait l’objet de nombreuses estimations donnant parfois des valeurs très différentes (de 2 à 8), mais à l’arrivée, il s’est établi un certain consensus autour de 3. Plus ou moins.
    Ainsi, à Wuhan, au début de l’épidémie, sans mesures barrières et dans une population naïve (non-immunisée), un cas positif contaminait trois personnes.

    C’était bien plus que nécessaire pour provoquer une flambée massive.
    S’agissant du variant Delta, son R0 serait compris entre 6 et 8 !

    Heureusement qu’il a débarqué dans une population rompue aux gestes barrières (laissez-moi y croire, merci) et qui commençait à se faire vacciner.

    (Sans oublier l’immunité acquise par infection mais c’est caca.)
    En effet, et comme je l’ai dit, le R0 vous donne simplement une idée du pouvoir de propagation d’un virus au début d’une épidémie.
    Une fois que l’épidémie s’installe, qu’on applique des mesures barrières et que la population s’immunise petit à petit (ou meurt), le R0 tel quel ne vous sert plus à grand-chose : il ne rend pas compte de la progression du virus en temps réel.
    On va donc le remplacer par un autre indicateur : le R-eff(ectif), qui est le nombre de reproduction de notre virus à un moment donné (pas exactement en temps réel : en effet, il y a toujours un certain décalage)
    Contrairement au R0, ce R-eff subit l’influence, notamment des mesures barrières, de l’isolement des cas positifs ou des cas contacts, de la densité de population mais aussi bien sûr de l’immunité acquise au fil du temps, qu’elle soit vaccinale ou malheureusement infectieuse.
    Néanmoins, c’est bien le R-eff qui rend compte de la situation épidémique à un moment donné, et qui, selon sa position par rapport à la valeur seuil de 1, nous annonce (avec un temps de décalage parce qu’il faut bien le calculer !) si l’épidémie stagne, régresse ou s’étend.
    Oui, la valeur du R-eff détermine la dynamique de l’épidémie.

    Alors je sais qu’on se demande parfois si les variations, et plus précisément les augmentations du taux d’incidence ont pour effet d’impacter (euh, je veux dire influencer, pardon @cialdella01) le R-eff.
    Par exemple : une augmentation du taux d’incidence peut-elle entraîner celle du R-eff ?

    Eh bien non !
    Des taux d’incidence effroyables ne provoquent pas la croissance du R-eff.

    On le voit bien en ce moment grâce à (ou plutôt, à cause de) la vague Omicron en France : avec un taux d’incidence supérieur à 3 000, le R-eff devrait s’envoler, pourtant il est resté fort loin de 2,5.
    Pourquoi ? Tout simplement car le R-eff ne correspond qu’à la probabilité pour un infecteur (enfin, un mec ou une femme qui a le virus, quoi) de trouver des personnes susceptibles.

    Et non au risque pour une personne susceptible de se faire contaminer !
    En fait, si un taux d’incidence astronomique doit exercer un effet sur le R-eff, ce sera plutôt dans le sens inverse.
    Supposons un taux d’incidence si élevé (j’espère qu’on n’en arrivera pas là IRL) qu’il devienne de plus en plus difficile, presque impossible pour des infecteurs de trouver des personnes à contaminer.

    Dans ce cas-là, forcément, ils vont transmettre le virus à moins de personnes
    et le R-eff va alors baisser, permettant peu à peu le reflux épidémique.

    Néanmoins, le R-eff reste aux commandes.
    Alors, que nous reste-t-il à comprendre de la propagation d’un virus si le R0 tout d’abord, et le R-eff peu après, nous disent avec justesse s’il faut s’inquiéter ou pas ?

    C’est ce que nous allons voir dans la seconde partie de ce thread.
    Mais avant, laissez-nous déguster un petit en-cas. Image
    Nous revoilà !
    Désolée pour l’attente.

    Comme promis, voici quatre paramètres qui vous permettront d’affiner votre compréhension du mode de propagation d’un virus !
    1⃣ La période contagieuse.

    D’après les estimations, le virus SARS-CoV-1 (responsable du SRAS) présentait un R0 de 3 environ. C’est-à-dire à peu près le même que celui de SARS-CoV-2 sauce Wuhan.
    Pourtant, SARS-CoV-1 a fait pschitt, là où SARS-CoV-2 a créé une pandémie centennale.
    Pour quelle raison des fortunes si diverses ?

    Tout simplement car ces deux virus ne se transmettent pas au même stade de l’infection.
    C’est tout le malheur de SARS-CoV-1 : comme il ne se transmettait qu’après l’apparition des symptômes, ça nous laissait tout le temps d’isoler les cas positifs avant qu’ils ne contaminent. Image
    Au contraire, ce diable de SARS-CoV-2 se transmet, lui, avant même l’apparition des symptômes : c’est d’ailleurs à ce stade de l’infection que débute le pic de contagiosité !

    Dans ces conditions, on ne peut plus repérer tous les cas positifs avant qu’ils ne contaminent.
    Conclusion : si le R0 d’un virus détermine son pouvoir de propagation, notre marge de manoeuvre face à lui dépend également de la période contagieuse.
    2⃣ La sévérité de la maladie

    Pour illustrer ce paramètre, je vais encore m’appuyer sur la comparaison SARS-CoV-1 / SARS-CoV-2.
    SARS-CoV-1 descendait vite dans les poumons pour se répliquer.

    Il avait donc une forte propension à causer des formes très symptomatiques (voire sévères avec hospitalisation à la clé) qui ne passaient pas inaperçues, facilitant ainsi le travail des autorités sanitaires.
    SARS-CoV-2, lui, est friand des voies respiratoires supérieures, et génère volontiers des formes asymptomatiques ou paucisymptomatiques qui ne poussent pas les gens à se (faire) tester.

    D’où le maintenant célèbre : « Oui, j’ai un rhume, et non, ce n’est pas le COVID tkt. »
    Le constat est donc sans appel : exception faite du R0, tout sépare les deux SARS-CoV. L’un est clairement (et définitivement) plus insaisissable que l’autre.
    3⃣ Le temps de génération

    Oublions provisoirement SARS-CoV-1, et passons à la rougeole.
    Il est arrivé que les réfractaires aux mesures de santé publique se servent de son R0 pour démontrer (dans leurs rêves) qu’il n’y avait pas besoin de confiner à cause du COVID.
    « Nous étions obligés de confiner.
    – Mensonge ! Faux d’État ! Perroquet ! La rougeole est bien plus transmissible et pourtant on n’a pas confiné à cause d’elle ! »

    Si l’on s’en tient aux chiffres du R0, oui, il y a une part de vrai : la rougeole est bien plus contagieuse.
    R0 de la rougeole : bien supérieur à 10 (pour donner une fourchette très large, les estimations oscillent entre 12 et 20).

    R0 de SARS-CoV-2 : inférieur à 10 quel que soit le variant (au 23/01/2022).
    Pourtant, si on veut comparer la vitesse de propagation de ces deux virus, et donc la violence des épidémies induites, il faut tenir compte d’un autre paramètre : le temps de génération.
    Le temps de génération correspond au nombre de jours (en moyenne) entre le moment où une personne est infectée et le moment où elle infecte à son tour.

    Pour le variant Delta, ce temps de génération est de 5 jours.
    Pour la rougeole, on est plutôt, environ, sur 15 jours.
    Pour illustrer l’effet du temps de génération sur la violence d’une épidémie, je vais donc calculer le nombre d’infections causées en un mois par l’un et l’autre virus à partir d’un seul cas index.
    J’ai dit que pour Delta, le temps de génération était de 5 jours.

    Son R0, lui, se situe entre 6 et 8, mais je vais prendre la plus basse valeur : 6.
    Une personne vient d’attraper le variant Delta.
    Cinq jours plus tard, elle a transmis le virus à 6 personnes.
    Ces 6 personnes vont en contaminer à leur tour 6 autres au terme d’un nouveau délai de cinq jours.
    Et ainsi de suite.
    Au bout de 30 jours, cela fait donc 46 656 contaminations (6 x 6 x 6 x 6 x 6 x 6) à partir du seul cas index (ou patient zéro).
    Reproduisons ce calcul avec la rougeole, en choisissant arbitrairement un R0 de 20 (la plus haute valeur estimée).

    Son temps de génération est de... 15 jours.
    Quinze jours plus tard, le cas index aura transmis le virus à 20 personnes, lesquelles en auront infecté 20 autres au terme d’un nouveau délai de 15 jours.

    Au bout de 30 jours, on obtient donc... 400 cas (20 x 20) à partir du patient zéro.
    Comme on peut le voir, et nonobstant son R0 (très) inférieur, c’est bien le COVID-19 qui pulvérise la rougeole sur la vitesse de propagation.

    D’où ce besoin de freiner la circulation du virus pour ne pas saturer les hôpitaux.
    Celui ou celle qui vous dit : « Oui mais la rougeole est plus contagieuse et on n’a pas confiné à cause d’elle, même sans vaccin », soit ignore ce qu’est un temps de génération et devrait donc s’abstenir de pérorer, soit cherche à vous manipuler en toute connaissance de cause.
    4⃣ Le kappa

    Le R0 (tout comme le R-eff) n’est qu’une moyenne !
    Et comme toute moyenne, il ne rend pas compte des disparités qui existent (ou pas) d’une personne à l’autre.
    Pour se faire une idée plus exacte du mode de propagation d’un virus, il faut vérifier si la plupart des gens sont resserrées autour de la moyenne ou pas.

    Dans ce but, on fait intervenir un nouveau paramètre : le Kappa (ou paramètre k) du virus.
    Le paramètre k, c’est le facteur de dispersion. Il vous informe si la transmission d’un virus est homogène d’un infecteur à l’autre (dans ce cas, tout le monde infecte à peu près le nombre de personnes indiqué par le R0), ou, au contraire, hétérogène (on trouvera alors un certain
    nombre de personnes qui contaminent beaucoup plus que la moyenne, alors que d’autres seront beaucoup moins contaminatrices).

    Estimer le k d’un virus n’est pas aisé, mais il faut savoir que plus on obtient un résultat proche de 0, plus la transmission d’un virus est hétérogène.
    A l’inverse, plus on approche de 1, plus la diffusion du virus est homogène.
    Voyez ce tableau.

    Si k = 0.1, alors 10% des cas actuels seront à l’origine de 80% des nouvelles infections.

    Corollaire : les 90% qui restent ne seront responsables que de 20% des nouvelles infections ! Image
    Tout ça n’est pas sans rappeler la loi de Pareto : 20% des causes à l’origine de 80% des conséquences. ^^
    Mais prenons un exemple concret : la grippe espagnole de 1918.
    Son k est estimé à 0.94, soit très proche de 1.
    La progression du virus est donc relativement homogène. La plupart des cas ne vont infecter ni beaucoup plus, ni beaucoup moins que la moyenne.

    SARS-CoV-1, lui, affichait un k de 0.16.

    Là, ça signifie qu’un petit nombre de cas infecte beaucoup plus que la moyenne, et sera responsable de la plupart des contaminations.

    Superspreading and the effect of individual variation on disease emergence - Nature
    From Typhoid Mary to SARS, it has long been known that some people spread disease more than others. But for diseases transmitted via casual contact, contagiousness arises from a plethora of social and…
    Pendant ce temps, les autres - qui constituent l’écrasante majorité des cas - vont beaucoup moins transmettre ce virus que la moyenne, voire pas du tout.

    Il y a un réel déséquilibre. Une dispersion.
    Les personnes qui transmettent beaucoup plus que la moyenne sont appelées « superspreaders », ou, en français, super-contaminateurs (super-propagateurs).

    Ce qualificatif a été propulsé sur le devant de la scène par l’épidémie de SRAS en 2002-2003. Image
    Néanmoins, les superspreaders ne sont pas la chasse gardée du SRAS.

    Le virus Ebola, pour ne citer que lui, en produit également des redoutables : au cours de l’épidémie de 2014-2015 en Afrique de l’Ouest, 3% des cas ont généré 61% des contaminations !

    Spatial and temporal dynamics of superspreading events in the 2014–2015 West Africa Ebola epidemic
    For many infections, some infected individuals transmit to disproportionately more susceptibles than others, a phenomenon referred to as “superspreading.” Understanding superspreading can facilitate d…
    Quid de SARS-CoV-2 ?

    Au début, on pouvait tabler sur une diffusion homogène de ce virus étant donné qu’il se réplique largement dans les voies respiratoires supérieures et se transmet abondamment en phase pré-symptomatique
    (NDLB : j’ai dit que le pic de contagiosité commençait avec SARS-CoV-2 avant le début des symptômes, mais ça ne semble plus vrai avec Omicron).
    Pourtant, les premières estimations du k de SARS-CoV-2 ont fait état de valeurs oscillant souvent entre 0.1 et 0.5, suggérant, là aussi, plutôt une diffusion hétérogène.
    Et désormais, on affirme que 10 à 20% des cas seraient responsables de 80% des nouvelles infections (ce qui situerait le k entre 0.1 et 0.3), tandis que 60 à 75% des cas n’infecteraient personne !

    Understanding why superspreading drives the COVID-19 pandemic but not the H1N1 pandemic
    Two epidemiological parameters often characterise the transmissibility of infectious diseases : the basic reproductive number (R0) and the dispersion parameter (k). R0 describes, on average, how many i…
    Nantis de ces résultats, on comprend mieux pourquoi ce virus a tardé à produire une flambée épidémique (fin février - début mars 2020) alors même qu’il était déjà sur notre territoire en novembre 2020.

    Evidence of early circulation of SARS-CoV-2 in France : findings from the population-based “CONSTANCES” cohort - European Journal of Epidemiology
    Using serum samples routinely collected in 9144 adults from a French general population-based cohort, we identified 353 participants with a positive anti-SARS-CoV-2 IgG test, among whom 13 were sample…
    En effet, si, au lieu de tomber très vite sur un superspreader (denrée rare), ce virus ne trouve que des personnes (majoritaires) qui vont peu le transmettre, voire pas du tout, sa progression sera laborieuse ou même empêchée.
    Dans ce dernier cas, on parle d’auto-extinction.
    Cela nous explique aussi pourquoi la progression du virus n’a pas été la même d’une région à l’autre (alors qu’un virus comme celui de la grippe, pourtant moins contagieux, envahit rapidement tout le territoire français chaque année). Tout ça est une affaire de hasard.
    Sur 10 cas positifs, il n’y a qu’un ou deux superspreaders. Quand ce virus a l’heur de tomber très vite sur l’un d’entre eux, l’épidémie prospère, flambe.

    Dans le cas inverse, elle peut très bien s’éteindre. Jusqu’à la prochaine introduction du virus sur le territoire.
    Ainsi, il faut généralement plusieurs introductions à ce virus pour vraiment s’implanter sur un territoire, au moins quatre.
    Les superspreaders nourrissent pratiquement à eux seuls cette épidémie.

    Si on pouvait mettre la main sur eux avant qu’ils ne contaminent, on résoudrait la plus grande partie du problème, en tout cas à l’échelle de la société. De la santé publique.
    Les superspreaders. Qui sont-ils ? Quels sont leurs réseaux ? Comment les repérer ? Ma classe doit en abriter un ou deux si je m’en tiens aux statistiques. Mais alors, de qui s’agit-il ? Image
    Mon Adrien ? Impossible, il est tellement parfait ! 😍 ImageImageImageImage
    Quant à cette peste de Chloé, je suis sûre qu’elle contaminerait la moitié de la ville. ImageImageImageImage
    Tikki : « Il ne faut pas raisonner comme ça, Marinette ! Ce n’est pas du fond de l’âme que dépend la contagiosité intrinsèque ! » Image
    – Tu as raison Tikki, je vais trop vite en besogne quand il s’agit de Chloé.
    – Et si le superspreader c’était toi, Marinette ?
    – Je m’enfermerais à triple tour, hahaha.
    Blague à part, il n’existe pas, à ce jour, de solution miracle pour identifier les superspreaders à l’avance : ce n’est pas écrit sur leur front !

    Nous savons juste que pour infecter un grand nombre de personnes, au moins deux facteurs entrent en ligne de compte.
    1⃣ La composante biologique

    On me reprochera d’enfoncer une porte ouverte, mais la condition sine qua non pour être un super-infecteur, c’est un haut niveau d’excrétion virale.
    Comment repérer ces forts excréteurs ?
    La tentation est grande d’utiliser le test PCR comme un test de contagiosité... Alors, voyons un peu comment marche un test PCR.

    Ce test, comme chacun sait, ne permet pas la détection du virus lui-même, mais celle de son matériel génétique. L’ARN.
    Or, si on dispose de méthodes sensibles pour détecter l’ADN à haut débit chez de nombreux patients, cela n’existe pas pour l’ARN.
    Une première étape sera donc de rétrotranscrire l’ARN en ADN à l’aide d’une enzyme appelée transcriptase inverse (c’est-à-dire une ADN polymérase ARN dépendante qui va donc synthétiser un brin d’ADN complémentaire à partir d’un ARN matrice, ou si vous préférez, modèle)
    de sorte qu’au final, on ne recherchera pas vraiment l’ARN du virus, mais l’ADN issu de sa copie.

    microbiologie-clinique.com/RT-PCR-SARS-Co… Image
    À ce stade, nous n’avons qu’un seul brin d’ADN.
    On va donc synthétiser, à partir de ce brin, le brin complémentaire en s’appuyant cette fois-ci sur le travail d’une ADN polymérase ADN dépendante.
    Ensuite, on va faire en sorte de multiplier (amplifier) cet ADN recherché jusqu’à ce qu’il se trouve en quantité détectable (encore une fois, s’il était bien présent dans l’échantillon).
    Pour amplifier l’ADN recherché, on introduit, dans le tube de la PCR, une très grande quantité de petits ADN de synthèse qui sont des copies d’une région de l’ADN (issu de la copie de l’ARN) viral : on les appelle les amorces (j’aurais dû en parler plus tôt !)
    Se trouvera aussi dans le tube de la PCR une enzyme, la Taq polymérase.

    Extraite de Thermus aquaticus, une bactérie découverte dans des sources chaudes, cette Taq polymérase peut tolérer de très hautes températures
    et va assurer la fonction d’ADN polymérase dépendante de l’ADN (c’est-à-dire qu’elle va utiliser un ADN simple brin déjà existant comme matrice pour synthétiser le brin d’ADN complémentaire).
    Si ce n’est pas encore très clair, ne vous inquiétez pas, vous allez finir par comprendre.
    Une fois qu’on a réuni tous les "ingrédients", on chauffe l’échantillon à 95-100 °C.

    Cette chaleur va provoquer la séparation des deux brins de l’ADN viral recherché (dit l’ADN d’intérêt).

    Crédit : Université de Strasbourg. Image
    Peu après, on fait redescendre la température jusqu’à retrouver des conditions qui permettent aux brins d’ADN de se réapparier.

    Mais cette fois, les amorces vont intervenir...
    J’ai dit que les amorces étaient des copies d’une région de l’ADN (issu de la copie de l’ARN, mais je ne vais pas l’écrire à chaque fois) viral.

    Elles sont donc complémentaires de l’un ou l’autre brin du grand ADN viral qu’on recherche.
    Du coup, au lieu de laisser les deux brins du grand ADN se réapparier entre eux, les amorces vont se jumeler avec le brin qui leur correspond, en respectant les complémentarités entre bases azotées. Image
    Comment font les amorces pour se fixer à un brin A avant qu’il ne se réassocie au brin B ?

    Comme souligné plus haut, c’est la force du nombre. Les amorces se trouvent en excès dans le tube de la PCR, ce qui leur permet de gagner la compétition face aux brins d’ADN concurrents.
    Une fois les amorces appariées aux longs brins d’ADN, la Taq polymérase entre en jeu pour allonger nos amorces en prenant comme modèle la séquence du long ADN complémentaire.

    A-T, G-C. Image
    Voilà, on vient de doubler le nombre de copies de l’ADN d’intérêt.
    C’est la fin du premier cycle.
    Il ne nous reste plus qu’à recommencer.

    On chauffe à nouveau, les brins d’ADN se séparent, et, comme les amorces sont toujours majoritaires dans le tube, elle vont encore gagner la compétition, se fixer au longs brins d’ADN, et la Taq polymérase va allonger tout ça.
    Et ainsi de suite.

    Théoriquement, à chaque cycle, la quantité d’ADN bicaténaire (double brin) va doubler.

    Je dis théoriquement, parce que dans les faits, la quantité d’ADN n’est pas doublée de cycle en cycle.
    D’abord, parce que la Taq polymérase est moins fonctionnelle à force de se faire chauffer et refroidir, ensuite parce que le stock d’amorces n’est pas inépuisable : au fil des cycles, elles vont se raréfier tandis que la quantité d’ADN bicaténaires ne fera qu’augmenter.
    Résultat : nos amorces vont de moins en moins devancer les ADN bicaténaires, et l’amplification va donc ralentir, puis cesser.

    Cependant, au bout d’un certain nombre de cycles, si l’échantillon était positif, l’ADN viral finira par se trouver en quantité détectable.
    On appelle ce nombre de cycles la valeur Ct.

    Plus la quantité d’ADN dans l’échantillon est grande, moins il faut effectuer de cycles pour que le signal soit détectable. À l’inverse, plus grand est le nombre de cycles nécessaires, moins il y avait d’ADN viral dans l’échantillon.
    Peut-on alors déduire de la valeur Ct la présence ou l’absence d’un superspreader selon qu’elle soit petite ou élevée ?

    Eh bien, pas exactement.
    Déjà, les valeurs Ct dépendent du stade de l’infection.

    Si on ne se fait pas tester au moment du pic de contagiosité, mais, par exemple, plus tard, il se peut qu’on obtienne une valeur Ct (élevée) faussement rassurante.
    Parfois, le test PCR va détecter des personnes qui ont été massivement contagieuses, et qui ne le sont plus beaucoup au moment du test !
    Ensuite, il faut bien se rappeler qu’on ne contrôle pas, hélas, la quantité de l’échantillon recueilli d’une personne à l’autre.

    Si on prélève plus ou moins de matériel biologique, ça va fausser la valeur Ct.
    Insaisissables superspreaders ! Image
    2⃣ La composante sociale

    Le fort excréteur qui reste à la maison devant l’ancêtre d’internet, il va contaminer dégun, comme on dit à Marseille.
    La deuxième condition pour infecter beaucoup de gens, c’est donc d’en rencontrer un maximum.

    Ou, plutôt, qu’un maximum de personnes se trouvent à portée de vos aérosols.
    Cela est possible dans des lieux clos (qui permettent la rétention des aérosols), mal aérés et très fréquentés.

    Cependant, un certain nombre de ces lieux sont encore plus à risque que d’autres. Voyons lesquels.
    On va définir trois types de contacts entre individus.

    1) Proches (entre personnes d’un même foyer)
    2) Réguliers (qui ont lieu dans une entreprise ou à l’école)
    3) Aléatoires (ex : deux inconnus qui passent une soirée au même endroit puis retournent à leurs vies respectives)
    Eh bien ! D’après cette étude de modélisation, les rencontres aléatoires sont les plus dangereuses, les plus promptes à faire décoller l’épidémie.

    (Ce n’est pas le rassemblement religieux de Mulhouse en février 2020 qui va contredire cette estimation.)

    Overdispersion in COVID-19 increases the effectiveness of limiting nonrepetitive contacts for transmission control
    Evidence indicates that superspreading plays a dominant role in COVID-19 transmission, so that a small fraction of infected people causes a large proportion of new COVID-19 cases. We developed an agen…

    Le lieu idéal pour un évènement de superspreading remplit les critères suivants :

    1) Il est mal ou pas aéré.
    2) Les gens s’y entassent.
    3) Y demeurent un certain temps.
    4) Y font des rencontres aléatoires.
    Vous pensez au métro ? Moi aussi.

    Mais l’on peut gravir encore des degrés sur l’échelle du risque, en songeant à des lieux qui répondent non seulement aux critères suscités, mais où, en plus de ça, on retire son masque.

    Oui, je parle des restaurants et des bars.
    D’autant mieux que les bars diffusent des rencontres sportives allant de pair avec les cris et les chants.

    Or, nous savons bien que crier ou chanter multiplie l’éxcrétion de micro-gouttelettes aérosolisées qui peuvent contenir du virus.

    Mais j’y pense, Tikki : si un jour l’irascible Chloé venait à s’infecter, elle exploiterait le maximum de sa contagiosité intrinsèque : elle parle fort, s’agite en permanence, et lorsqu’elle se met à crier, on l’entend jusque sur la planète Namek !
    C’est une plaie ambulante... Image
    – ... Ce n’est pas faux, je te l’accorde.
    – Un point pour moi ! ImageImage
    Mais crier ou chanter ne sont pas les seules actions qui produisent beaucoup d’aérosols.

    Le simple fait de se dépenser physiquement nous amène à respirer plus vite, et du coup, à émettre une plus grande quantité d’aérosols.
    Quels sont les lieux fermés où on crie, chante et danse avec des contacts aléatoires ? Les discothèques.

    Vous comprenez bien que si on y tombe le masque, les conséquences peuvent être catastrophiques.
    Enfin, je voudrais citer les salles de sport, où les gens n’ont pas l’habitude de se ménager, et cela, sans masque.

    On me rétorquera que les salles de sports sont un peu une zone grise entre un lieu de rencontres aléatoires et un lieu de rencontres régulières. En effet,
    on s’abonne à une salle de sport, et quand on est motivé, on y va plusieurs fois par semaine, et plutôt à heure fixe pour les personnes actives.

    Néanmoins, on y produit des efforts sans masque...
    Bref ! Voilà en gros les lieux susceptibles de faire exploser cette épidémie.

    D’ailleurs, il serait finalement plus juste de parler de clusterémie.

    Et point de salut contre une clusterémie en utilisant les mêmes armes que contre une épidémie de grippe !
    Si la plus grande partie du problème vient des 10 ou 20% de superspreaders, et notamment des lieux clos où ils sévissent, il est impératif - comme je l’ai suggéré plus haut - de concentrer nos efforts de surveillance sur eux.
    Arrêtons de voir ce virus comme s’il se propageait de façon homogène quels que soient les personnes et les lieux impliqués.

    Il est grand temps que nos décideurs changent de logiciel ! Image
    Mettre fin aux évènements de superspreading, c’est couper les jambes de cette clusterémie.

    Comment s’y prendre ?
    On sait que dans la plupart de ces endroits clos, l’aération est au mieux insuffisante, au pire, impossible.
    Il faudrait donc s’attacher au traitement de l’air dans tous les lieux à risque, en installant des purificateurs (NDLB : le collège Françoise Dupont, toujours à l’avant-garde, en est déjà équipé).

    Cela nous profiterait bien au-delà de cette pandémie, du reste.
    Malheureusement, comme ce n’est pas pour demain, il se produira toujours des contaminations.
    Il faut donc s’y prendre autrement.

    C’est là qu’intervient la méthode japonaise, fondée sur ce que l’on appelle le traçage rétrospectif.
    Traçage rétrospectif ? Kézako ?
    On va reprendre depuis le début.
    Il existe deux manières de tracer des contacts.

    La première, c’est le traçage dit prospectif. Il consiste à rechercher les cas contacts d’un patient positif pour les tester et, si besoin, les isoler.
    Ici, pas de distinction : tous les cas positifs sont présumés contaminants.
    Or, on a vu que 70% des cas n’infectaient personne, et que le plus gros de la clusterémie était drivée par 10 à 20% des cas.
    Riche de cette information, le Japon a privilégié le traçage dit rétrospectif, qui vise non pas à chercher les contacts d’un nouveau cas positif, mais à identifier la personne qui l’a contaminé.
    Autrement dit, au lieu de se concentrer sur ce nouveau cas, qui a peu de chances d’être un superspreader, on focalise ses efforts sur le contaminateur avéré (en effet, le risque d’avoir affaire à un superspreader est bien plus élevé le concernant).
    Une fois qu’on a réussi à mettre la main sur un suspect, si ce dernier est bel et bien positif, on cherche alors à identifier ses contacts afin de les convoquer, les tester puis les isoler si positifs.
    En agissant très vite (c’est d’autant plus nécessaire si nous sommes confrontés à des variants au temps de génération très court), en agissant très vite, disais-je, on peut alors éteindre un cluster avant qu’il n’essaime.

    Alors oui, il faut se montrer réactifs...
    Attention : rien n’empêche d’appliquer les traçages prospectifs et rétrospectives ensemble.

    Dans l’idéal, il faudrait pouvoir combiner les deux, car le traçage prospectif permet d’éviter un certain nombre de transmissions malgré tout (d’autant mieux que je pars du principe
    qu’aucune infection n’est anodine jusqu’à preuve du contraire, n’en déplaise au covidiot Pujadas).

    Mais quand ça n’est pas possible, la priorité revient (en tout cas, ça le devrait) au traçage rétrospectif.
    Problème : plus l’incidence est élevée, plus le traçage devient difficile.

    Et au-delà de... 50, c’est Mission impossible.

    En effet, comment retrouver qui vous a infecté si vous avez rencontré 120 cas positifs en trois jours dans plein de lieux différents ? Bon courage !
    Au point où nous en sommes actuellement, il n’y a donc pas 36 solutions :

    1⃣ Soit on regarde la maison brûler sans rien faire en attendant que ça passe
    2⃣ Soit on rétablit de lourdes restrictions qui peuvent aller de la fermeture des lieux de superspreading jusqu’au confinement
    Nous avons opté pour le premier choix et ce n’est donc pas demain qu’on reprendra le contrôle de la clusterémie, sous réserve que la volonté soit toujours bien présente.

    Attendons que ça baisse tout seul...
    Mais d’ici là, je conseillerais bien à tous ceux qui veulent encore faire preuve de civisime à leur petite échelle d’utiliser les tests rapides avant de rejoindre un lieu potentiel de superspreading.
    Malgré leur défaut de sensibilité (comparés à la PCR), ils pourront débusquer une partie des plus contagieux et donc motiver l’auto-isolement (avant confirmation ultérieure de la positivité par PCR).
    Malheureusement, les faux négatifs n’étant pas rares, ils peuvent aussi entraîner des comportements bien plus à risque que si vous n’aviez pas fait de test du tout...
    Encore une fois, aucune mesure n’est parfaite, il n’y a que des solutions imparfaites dont seule la combinaison peut dresser une barrière solide devant ce virus.

    Pensez Emmental.

  • COVID-19 isn’t just a cold

    This thread is long, and hard to read - not just because of the technical language, but because “it’s just a cold,” “the vaccine protects me,” and “at least our children are safe” are comforting fairy tales.

    I wish they were true.

    This virus is like measles and polio: a virus with long-term impact.

    Even a “mild” case in a vaccinated individual can lead to long-term issues which cause a measurable uptick in all-cause mortality in the first 6 months, and get progressively worse with time.

    SARS-CoV-2 is a systemic disease which has multiple avenues to induce long-term impairment, attacking the brain, heart, lungs, blood, testes, colon, liver, and lymph nodes, causing persistent symptoms in more than half of patients by six months out.

    The CoVHORT study, limited to non-hospitalized patients in Arizona - “mild” cases - found a 68% prevalence of 1 or more Covid symptom after 30 days, rising to 77% after 60 days. (We will explore an explanation later).


    To prevent panic, @CDCgov has been using the term “mild” to describe any case of COVID-19 which does not require hospitalization.

    #LongCOVID, however, is anything but “mild”, as the replies to @ahandvanish’s thread make heartbreakingly clear.


    A University of Washington study found that 30% of Covid patients had reduced Health Related Quality of Life, with 8% of the patients limited in routine daily activities.


    These patients are struggling with real physical issues.

    This Yale study demonstrated reduced aerobic capacity, oxygen extraction. and ventilatory efficiency in “mild” COVID patients even after recovery from their acute infection.


    It’s also a vascular disease. A Columbia study found “significantly altered lipid metabolism” during acute disease, which “suggests a significant impact of SARS-CoV-2 infection on red blood cell structural membrane homeostasis.”


    Oregon Health & Science University found that “symptomatic or asymptomatic SARS-CoV-2 infection is associated with increased risk of [fatal] cardiovascular outcomes and has causal effect on all-cause mortality.”


    Let’s review: SARS-CoV-2 causes an increase in mortality and reduced aerobic capacity even after asymptomatic cases, and remains in the body months after the initial infection.

    No, it’s not “just a cold.”

    But we’re just getting started. It gets worse. Way worse.

    The virus appears to be able to cross the blood-brain barrier and cause significant neurological damage.

    The ability of the spike protein to cross the blood-brain barrier was demonstrated in mice at the University of Washington.


    A joint study by Stanford and Germany’s Saarland University found inflammation in the brain, and “show[ed] that peripheral T cells infiltrate the parenchyma.”


    For context, the parenchyma is the functional tissue of the brain - your neurons and glial cells. It isn’t normally where T cells are:

    “In the brain of healthy individuals, T cells are only present sporadically in the parenchyma.”


    The Stanford study also discovered microglia and astrocytes which displayed “features .. that have previously been reported in human neurodegenerative disease.”

    Post-mortem neuropathology in Hamburg, Germany found “Infiltration by cytotoxic T lymphocytes .. in the brainstem and cerebellum, [with] meningeal cytotoxic T lymphocyte infiltration seen in 79% [of] patients.”


    An autopsy of a 14-month-old at Brazil’s Federal University of Rio de Janeiro found that “The brain exhibited severe atrophy and neuronal loss.”


    The UK Biobank COVID-19 re-imaging study compared before and after images of “mild” cases, and found “pronounced reduction in grey matter” and an “increase of diffusion indices, a marker of tissue damage” in specific regions of the brain.


    That seems to explain why there is evidence of persistent cognitive deficits in people who have recovered from SARS-CoV2 infection in Great Britain.


    Also worrisome are syncytia, where an infected cell extrudes its own spike protein and takes over its neighbors, fusing together to create a large multi-nucleus cell.

    Delta’s particular aptitude for this may partly explain its severity.


    And, yes, syncytia formation can happen in neurons. For our visual learners, here is video of syncytia and apoptosis (cell death) in a (bat) brain:


    Luckily, the University of Glasgow found that “Whilst Delta is optimised for fusion at the cell surface, Omicron .. achieves entry through endosomal fusion. This switch .. offers [an] explanation for [its] reduced syncytia formation.”


    If you’re interested in further understanding the host of neurological symptoms and the mechanisms underlying them, this Nature article is an excellent primer:


    Let’s review: SARS-CoV-2 can cross the blood-brain barrier, and even “mild” or asymptomatic cases can cause loss of neurons and persistent cognitive defects?

    That doesn’t sound “mild” to me; I like my brain.

    But it keeps getting worse.

    The brain isn’t the only organ affected: Testicular pathology has found evidence of “SARS-Cov-2 antigen in Leydig cells, Sertoli cells, spermatogonia, and fibroblasts” in post-morten examination.


    A Duke pathology study in Singapore “detected SARS-CoV-2 .. in the colon, appendix, ileum, haemorrhoid, liver, gallbladder and lymph nodes .. suggesting widespread multiorgan involvement of the viral infection.”


    The same study found “evidence of residual virus in .. tissues during the convalescent phase, up to 6 months after recovery, in a non-postmortem setting,” suggesting that “a negative swab result might not necessarily indicate complete viral clearance from the body.”

    It also causes microclots: “Fibrin(ogen) amyloid microclots and platelet hyperactivation [were] observed in [Long COVID] patients,” in this work by Stellenbosch University of South Africa, which also explored potential treatments.


    Let’s review - SARS-CoV2 attacks our veins, blood, heart, brain, testes, colon, appendix, liver, gallbladder and lymph nodes?

    No, it’s not “just a respiratory virus”.

    Not even close.

    There are also immunology implications:

    Johns Hopkins’ @fitterhappierAJ found that “CD95-mediated [T cell] differentiation and death may be advancing T cells to greater effector acquisition, fewer numbers, and immune dysregulation.”


    This Chinese military study of the initial Wuhan outbreak concluded that “T cell counts are reduced significantly in COVID-19 patients, and the surviving T cells appear functionally exhausted.”


    The study authors went on to warn, “Non-ICU patients with total T cells counts lower than 800/μL may still require urgent intervention, even in the immediate absence of more severe symptoms due to a high risk for further deterioration in condition.”

    Those warnings have since been proven by discovery of autoimmune features.

    This study of 177 Los Angeles healthcare workers found that all had persistent self-attacking antibodies at least 6 months after infection, regardless of illness severity.


    In the words of T-cell immunologist Dr. Leonardi (@fitterhappierAJ)


    This Kaiser Permanente S.California study found that, although natural immunity provided substantial protection against reinfection, “Hospitalization was more common at suspected reinfection (11.4%) than initial infection (5.4%).”


    In fact, remember those cytokine storms? It turns out that even that even severe COVID-19 may not be a viral pneumonia, but an autoimmune attack of the lung.


    Let’s review - it’s autoimmune: SARS-CoV2 convinces our body to attack itself.

    That might explain why the Arizona study saw more symptoms after 60 days than at 30 days.

    It also means “natural immunity” isn’t something to count on.

    But if you’re counting on vaccination to feel safe, there’s even more bad news.

    A study of Israel healthcare workers found that “Most breakthrough cases were mild or asymptomatic, although 19% had persistent symptoms (>6 weeks).”


    Perhaps the most terrifying study is from Oxford University, which examined the effects of vaccination on long COVID symptoms, because not only did it find that vaccination does not protect against Long Covid, but that Long Covid symptoms become more likely over time:

    In the words of the study authors, “vaccination does not appear to be protective against .. long-COVID features, arrhythmia, joint pain, type 2 diabetes, liver disease, sleep disorders, and mood and anxiety disorders."


    “The narrow confidence intervals rule out the possibility that these negative findings are merely a result of lack of statistical power. The inclusion of death in a composite endpoint with these outcomes rules out survivorship bias as an explanation.”

    That finding contradicts the findings from the UK Zoe app study, which found that “the odds of having symptoms for 28 days or more after post-vaccination infection were approximately halved by having two vaccine doses.”


    However, the structural limitations of the Zoe study - discussed in detail by @dgurdasani1 in the linked thread - may explain why it is particularly susceptible to bias against detecting a progressive degenerative condition.


    Let’s review: we’ve now shown that vaccination appears to offer no protection against the long-term autoimmune effects of COVID - which we know causes T-cells to attack the lungs, and can cause T-cells to enter the brain.

    Why are we letting this run wild?!

    You may think, at least our children are safe.

    They are not.

    The CDC is tracking incidence of a life-threatening multisystem inflammatory syndrome in children following an acute COVID-19 infection, with 5,973 cases as of November 30, 2021.


    Children also suffer from Long Covid.

    “More than half [of pediatric patients] reported at least one persisting symptom even 120 days [after] COVID-19, with 42.6% impaired by these symptoms during daily activities.”


    Focusing exclusively on pediatric deaths is vastly underselling the danger to children.

    Anybody telling you that SARS-CoV-2 is “just a cold” or “safe for children” is lying to you. They are ignoring the massive body of research that indicates that it is anything but.

    Since our vaccines don’t stop transmission, and don’t appear to stop long-term illness, a “vaccination only” strategy is not going to be sufficient to prevent mass disability.

    This isn’t something we want to expose our kids to.

    Let’s review: even for children and vaccinated people, a “mild” case of COVID causes symptoms that point to long-term autoimmune issues, potentially causing our own body to attack our brains, hearts, and lungs.

    Scared? Good.

    Now we’re ready to get to work.

    “This is the virus most Americans don’t know. We were born into a world where a virus was a thing you got over in a few weeks.” — @sgeekfemale, to whom I owe a “thank you” for her editing assistance on this thread.

    The viruses they know in Kolkota, Kinshasa, and Wuhan are different: dangerous, lethal beasts.

    Since 2020, the field has been leveled. Willing or no, we’ve rejoined the rest of the world. We are, all of us, vulnerable in the face of an unfamiliar threat.

    The first step is acknowledging the threat.

    That means acknowledging that our response has been woefully inadequate, and that is going to be uncomfortable.

    The thought that we could have prevented this, but didn’t, will feel unconscionable to some.

    The knowledge that we could start preventing this today, but haven’t, is unconscionable to me.


    It’s time to quit pretending “it’s just a cold,” or that there is some magical law of viruses that will make it evolve to an acceptable level.

    There’s no such law of evolution, just wishful thinking, easily disproven by:

    Ebola. Smallpox. Marburg. Polio. Malaria.

    There are things we can do to reduce our individual risk, immediately.

    That starts with wearing a good mask - an N95 or better - and choosing to avoid things like indoor dining and capacity-crowd stadiums.


    This isn’t a choice of “individual freedom” vs “public health”. It isn’t “authoritarian” to ask people to change their behavior in order to save lives.


    As Arnold @Schwarzenegger argued so convincingly in @TheAtlantic, it is our patriotic duty:

    “Generations of Americans made incredible sacrifices, and we’re going to throw fits about putting a mask over our mouth and nose?”


    “Those who would sacrifice essential liberty for a little bit of temporary security deserve neither!”

    What is the essential liberty here?

    It is the liberty to be able to breathe clean air, to live our lives without infecting our families and risking disability.

    To get there, we need to listen to our epidemiologists and public health experts - the ones who have been trying to tell us this since the beginning:


    It is time — long past time — to give up on the lazy fantasy that we can let it become “endemic” and “uncontrolled” because it inconveniences us, because it is killing our political opponents, or because the virus will magically evolve to some “mild” state.

    It is time — long past time — to begin controlling this virus.

    It’s possible: Japan, New Zealand, and South Korea have done it.

    It saves lives:

    It’s even good for the economy:

    “Globally, economic contraction and growth closely mirror increases and decreases in COVID-19 cases... Public health strategies that reduce SARS-CoV-2 transmission also safeguard the economy.”


    It’s time.


    sur twitter :

    #long-covid #covid-19 #coronavirus #covid_long #long_covid #séquelles #post-covid

  • COVID-19: stigmatising the unvaccinated is not justified


    In the USA and Germany, high-level officials have used the term pandemic of the unvaccinated, suggesting that people who have been vaccinated are not relevant in the epidemiology of COVID-19. Officials’ use of this phrase might have encouraged one scientist to claim that “the unvaccinated threaten the vaccinated for COVID-19”.1
    But this view is far too simple.
    People who are vaccinated have a lower risk of severe disease but are still a relevant part of the pandemic. It is therefore wrong and dangerous to speak of a pandemic of the unvaccinated. Historically, both the USA and Germany have engendered negative experiences by stigmatising parts of the population for their skin colour or religion. I call on high-level officials and scientists to stop the inappropriate stigmatisation of unvaccinated people, who include our patients, colleagues, and other fellow citizens, and to put extra effort into bringing society together.

    #covid-19 #vaccination