Science

https://science.sciencemag.org

  • Unreliable social science research gets more attention than solid studies

    In 2011, a striking psychology paper made a splash across social media, news, and academia: People used the internet as a form of “external” memory (https://science.sciencemag.org/content/333/6040/277), the study said, relying on it for information rather than recalling facts themselves. In 2018, a key finding from that paper failed to replicate when a team of psychologists put it and 20 other high-profile social science studies (https://www.sciencemag.org/news/2018/08/generous-approach-replication-confirms-many-high-profile-social-science-) to the test.

    But the original paper has been cited 1417 times—with more than 400 of those citations coming after the 2018 replication project. That’s far more, on average, than the papers from the project that did replicate. Now, a new study shores up the popularity of unreliable studies: Social science papers that failed to replicate racked up 153 more citations, on average, than papers that replicated successfully.

    This latest result is “pretty damning,” says University of Maryland, College Park, cognitive scientist Michael Dougherty, who was not involved with the research. “Citation counts have long been treated as a proxy for research quality,” he says, so the finding that less reliable research is cited more points to a “fundamental problem” with how such work is evaluated.

    University of California, San Diego, economists Marta Serra-Garcia and Uri Gneezy were interested in whether catchy research ideas would get more attention than mundane ones, even if they were less likely to be true. So they gathered data on 80 papers from three different projects that had tried to replicate important social science findings, with varying levels of success.

    Citation counts on Google Scholar were significantly higher for the papers that failed to replicate, they report today in Science Advances, with an average boost of 16 extra citations per year. That’s a big number, Serra-Garcia and Gneezy say—papers in high-impact journals in the same time period amassed a total of about 40 citations per year on average.

    And when the researchers examined citations in papers published after the landmark replication projects, they found that the papers rarely acknowledged the failure to replicate, mentioning it only 12% of the time.

    A failed replication doesn’t necessarily mean the original finding was false, Serra-Garcia points out. Changes in methods and evolving habits among participants—like changing patterns of internet use—may explain why an old result might not hold up. But she adds that her findings point to a fundamental tension in research: Scientists want their work to be accurate, but they also want to publish results that are attention grabbing. It might be that peer reviewers lower their bar for evidence when the results are particularly surprising or exciting, she says, which could mean striking results and weaker evidence often go hand in hand.

    The guideline that “extraordinary claims require extraordinary evidence” seems to soften when it comes to publication decisions, agrees Massey University computational biologist Thomas Pfeiffer, who studies replication issues, but was not involved with this work. That points to the need for extra safeguards to bolster the credibility of published work, he says—like a higher threshold for what counts as good evidence, and more effort to focus on strong research questions and methods, rather than flashy findings.

    “The finding is catnip for [research] culture change advocates like me,” says Brian Nosek, a psychologist at the University of Virginia who has spearheaded a number of replication efforts and was a co-author on two of the three replication projects that Serra-Garcia and Gneezy drew from. But before taking it too seriously, it’s worth seeing whether this finding itself can be replicated using different samples of papers, he says.

    The result falls in line with previous studies that suggest popular research is less reliable. A 2011 study in Infection and Immunity, for example, found that high-impact journals have higher retraction rates than lower impact ones (https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.05661-11). And Dougherty’s research—currently an unreviewed preprint—has found that more highly cited papers were based on weaker data, he says. But a 2020 paper in the Proceedings of the National Academy of Sciences that looked at a different sample of papers found no relationship between citation and replication. That suggests the sample of papers could really matter, Pfeiffer says—for instance, the effect could be particularly strong in high-impact journals.

    Nosek adds that stronger but less sensational papers may still accrue more citations over the long haul, if the popularity contest of striking results burns out: “We’ve all seen enough teen movies to know that the popular kid loses in the end to the brainy geek. Maybe scientific findings operate in the same way: Credible ones don’t get noticed as much, but they do persist and win in the end.”

    https://www.sciencemag.org/news/2021/05/unreliable-social-science-research-gets-more-attention-solid-studies
    #recherche #sciences_sociales #citations #qualité #impact #science #popularité #rétraction

  • A New #Coronavirus May Be Making People Sick. And It’s Coming From Dogs : Goats and Soda : NPR
    https://www.npr.org/sections/goatsandsoda/2021/05/20/996515792/a-newly-identified-coronavirus-is-making-people-sick-and-it-s-coming-from-dogs

    Zhang has studied coronaviruses for more than 30 years. He thinks it’s too early to call this new virus a human pathogen. “As the authors are careful to say in their paper, they have not proven what’s called Koch’s postulates,” he says. That is, Vlasova, Gray and colleagues haven’t shown that the new coronavirus causes pneumonia; so far, it has only been associated with the disease.

    “To do that, strictly, they need to inject the virus into humans and see if it reproduces the disease,” he says. “Of course [for ethical reasons], we cannot do that.”

    Instead, Zhang says, they can look to see how common the virus is in pneumonia patients around the world — and they can test to see whether it makes mice or another animal sick.

    #zoonose

  • Our immune systems blanket the #SARS-CoV-2 spike protein with antibodies | EurekAlert! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-05/uota-ois050321.php

    Previous research focused on one group of antibodies that target the most obvious part of the coronavirus’s spike protein, called the receptor-binding domain (RBD). Because the RBD is the part of the spike that attaches directly to human cells and enables the virus to infect them, it was rightly assumed to be a primary target of the immune system. But, testing blood plasma samples from four people who recovered from SARS-CoV-2 infections, the researchers found that most of the antibodies circulating in the blood — on average, about 84% — target areas of the viral spike protein outside the RBD — and, apparently, for good reason.

    “We found these antibodies are painting the entire spike, both the arc and the stalk of the spike protein, which looks a bit like an umbrella,” [...] “The immune system sees the entire spike and tries to neutralize it.”

    Many of these non-RBD-directed antibodies the team identified act as a potent weapon against the virus by targeting a region in a part of the spike protein located in what would be the umbrella’s canopy called the N-terminal domain (NTD). These antibodies neutralize the virus in cell cultures and were shown to prevent a lethal mouse-adapted version of the virus from infecting mice.

    The NTD is also a part of the viral spike protein that mutates frequently, especially in several variants of concern. This suggests that one reason these #variants are so effective at evading our immune systems is that they can mutate around one of the most common and potent types of antibody in our arsenals.

    [...]

    Despite these maneuvers by SARS-CoV-2, the researchers said about 40% of the circulating antibodies target the stalk of the spike protein, called the S2 subunit, which is also a part that the virus does not seem able to change easily.

    “That’s reassuring,” Ippolito said. “That’s an advantage our immune system has. It also means our current vaccines are eliciting antibodies targeting that S2 subunit, which are likely providing another layer of protection against the virus.”

    #anticorps

    Source: Prevalent, protective, and convergent IgG recognition of SARS-CoV-2 non-RBD spike epitopes | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/05/03/science.abg5268.full

  • #COVID-19 : Le #variant brésilien capable d’échappement immunitaire | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-variant-bresilien-capable-dechappement-immunitaire

    Sur la base d’un modèle épidémiologique pour estimer son degré de transmissibilité, les chercheurs estiment que P.1 est susceptible d’être entre 1,7 et 2,4 fois plus transmissible que les lignées non-P1 du coronavirus.

    Enfin, ils concluent également que P.1 est susceptible de pouvoir échapper à entre 10 et 46% de l’#immunité acquise par une infection par un coronavirus non-P.1.
     
    Des résultats qui appellent à une surveillance accrue des infections et des différentes souches du virus absolument indispensable pour parvenir à maîtriser la pandémie.

    Source :
    Genomics and epidemiology of the P.1 #SARS-CoV-2 lineage in #Manaus, Brazil | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644.full

  • #SARS-CoV-2 #transmission without symptoms | Science
    https://science.sciencemag.org/content/371/6535/1206.full

    Viral replication and symptom onset
    The titer of infectious severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the amount of viral RNA are generally lower in asymptomatic (A) than presymptomatic (Pre) #COVID-19. There is likely to be a threshold at which a person becomes contagious, but this is not known. In presymptomatic patients, symptoms usually begin when viral load peaks, so there is a period of infectiousness when a person has no symptoms.

    #asymptomatiques #pré-symptomatiques #contagiosité

  • Immunity to #SARS-CoV-2 #variants of concern | Science
    https://science.sciencemag.org/content/371/6534/1103.full

    Vaccine-induced protection
    Loss of neutralizing epitopes in the spike protein in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants could reduce protection induced by vaccination based on wild-type spike. Most vaccinated people develop neutralizing antibody (Ab) with an IC50 (half maximal inhibitory concentration) within the protective margin, although precise correlates of protection (CoP) are unknown. Variants with E484K mutations and future escape mutants may bring protection below this margin, prompting the need for new vaccines.

    #vaccination #vaccins #vaccin

    • Référence 4 de la bibliographie de l’article :

      Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (B.1.1.7)
      https://www.aekstmk.or.at/images/content/pdfs/covid19/Impf/Lancet%202021%20AZD1222%20efficacy%20against%20B1_1_7_%20variant.pdf

      Malgré une activité neutralisante divisée par 9 vis-à-vis du variant « britannique », le vaccin Oxford/AstraZeneca est aussi efficace contre ce dernier qu’il l’est vis-à-vis du virus « chinois ».

      Virus neutralisation activity by vaccine- induced antibodies was 9-fold lower against the B.1.1.7 variant than against a canonical non- B.1.1.7 lineage.

      Vaccine efficacy against symptomatic NAAT positive infection was similar for B.1.1.7 and non-B1.1.7 lineages (74.6% [95%CI 41.6-88.9] and 84% [95% CI 70.7-91.4] respectively). [...]

      Interpretation
      Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 against the B.1.1.7 variant of SARS-CoV-2 is similar to the efficacy of the vaccine against other lineages. Furthermore, vaccination with ChAdOx1 nCoV-19 results in a reduction in the duration of shedding and viral load, which may translate into a material impact on transmission of disease.

    • De l’article de Science :

      It has been posited that SARS-CoV-2 may continue to accumulate mutations that evade immune responses (10). But as previously explored for other viruses, such as HIV, immune evasion often comes at a biological fitness cost to the virus , tending to impose an upper limit to the number of mutations that can be afforded when faced with a broad, neutralizing antibody repertoire (11).

  • Prospective mapping of viral mutations that escape antibodies used to treat COVID-19 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/22/science.abf9302.full

    Of course, our maps still do not answer the most pressing question: will SARS-CoV-2 evolve widespread resistance to these antibodies? But certainly, it is concerning that so many escape mutations impose little cost on RBD folding or receptor affinity, and that some are already present at low levels among circulating viruses. Ultimately, it will be necessary to wait and see what mutations spread as #SARS-CoV-2 circulates in the human population. Our work will help with the “seeing,” by enabling immediate interpretation of the effects of the mutations cataloged by viral genomic surveillance.

    #variants #vaccins

  • Est-ce que, vu que ça fait un an que ça dure, on a une théorie un peu sérieuse sur l’effet de l’arrivée de l’été sur le virus ?

    Parce que de ce que je vois, la situation est mauvaise en ce moment au Brésil, où c’est l’été.

    Je vous dis ce que je crains ? Si on continue avec ces pseudo-confinements qui se contentent de bloquer la progression, sans réellement d’effet à la baisse, on va se maintenir à des niveaux très élevés de circulation du virus, et je ne vois pas dans ce cas comment on pourrait rouvrir quoi que ce soit de restauration, de bistrots et de culturel pour l’été.

    À moins que le pari est que d’ici là, on aura vacciné au moins la population la plus fragile, et que donc on pourra laisser s’ébattre le virus dans la population, avec un taux de mortalité bien plus faible et donc sans saturer les réas. Ce qui me semble un choix excessivement risqué.

    • L’immunité de troupeau naturelle à partir d’une vague initiale n’existe pas (#Manaus). Les seuls « vaccins » (in)disponibles ont des effets dont on ne sait pas à quel point ils sont limités. Le pari : compter sur des mutations nombreuses pour obtenir une immunité de troupeau naturelle, à moyen terme....

      Immunological characteristics govern the transition of COVID-19 to endemicity - View ORCID ProfileJennie S. Lavine1,*, View ORCID ProfileOttar N. Bjornstad2, View ORCID ProfileRustom Antia1
      https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/11/science.abe6522

      We are currently faced with the question of how the CoV-2 severity may change in the years ahead. Our analysis of immunological and epidemiological data on endemic human coronaviruses (HCoVs) shows that infection-blocking immunity wanes rapidly, but disease-reducing immunity is long-lived. Our model, incorporating these components of immunity, recapitulates both the current severity of CoV-2 and the benign nature of HCoVs, suggesting that once the endemic phase is reached and primary exposure is in childhood, CoV-2 may be no more virulent than the common cold. We predict a different outcome for an emergent coronavirus that causes severe disease in children. These results reinforce the importance of behavioral containment during pandemic vaccine rollout, while prompting us to evaluate scenarios for continuing vaccination in the endemic phase.

      #gouvernerlapandémie

    • Ah, Christian Drosten aborde très exactement ces deux points (effet de l’été, laisser filer l’épidémie une fois les personnes fragiles vaccinées) dans son interview de la semaine :
      https://www.spiegel.de/international/germany/interview-with-virologist-christian-drosten-i-am-quite-apprehensive-about-wh

      Drosten: Once the elderly and maybe part of the risk groups have been vaccinated, there will be immense economic, social, political and perhaps also legal pressure to end the corona measures. And then, huge numbers of people will become infected within just a short amount of time, more than we can even imagine at the moment. We won’t have 20,000 or 30,000 new cases a day, but up to 100,000 in a worst-case scenario. It will, of course, be primarily younger people who are less likely than older people to have severe symptoms, but when a huge number of younger people get infected, then the intensive care units will fill up anyway and a lot of people will die. Just that it will be younger people. We can cushion this terrible scenario somewhat by pushing the numbers way down now.

      DER SPIEGEL: Can we be confident that case numbers will begin to drop in spring as temperatures rise?

      Drosten: I don’t think so. The fact that we had such a relaxed summer in 2020 likely had to do with the fact that our case numbers remained below a critical threshold in the spring. But that’s not the case any longer. I am afraid that it will be more like in Spain, where case numbers climbed rapidly again after the lockdown was lifted, even though it was quite hot. In South Africa, too, where it is currently summer, case numbers are at a high level.

  • Fallen giant | Science
    https://science.sciencemag.org/content/371/6526/225

    The story of the collapse of the #Arecibo telescope is now well known. On 10 August 2020, a steel cable supporting a 900-ton instrument platform high above the dish broke at one end and fell, slicing into the dish. A second support cable snapped on 6 November and the National Science Foundation said attempting repairs was too dangerous: Arecibo would be dismantled. On 1 December, fate took control as more cables snapped and the platform came crashing down into the dish. The loss dismayed scientists worldwide. Although 57 years old, Arecibo was still a scientific trailblazer. The public, familiar with the majestic dish from films such as Contact and GoldenEye, also felt the loss. And it was a bitter blow to the people of Puerto Rico, who embraced hosting the technological marvel. Some experts think manufacturing flaws or poor maintenance doomed the suspension cables. Others blame dwindling funding levels. But astronomers are looking to the future. Last month, researchers announced plans for a new $400 million telescope on the same site.

  • Immunological memory to SARS-CoV-2 assessed for up to 8 months after infection | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/06/science.abf4063.full

    #COVID-19 : De bonnes nouvelles sur le front de l’immunité | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-de-bonnes-nouvelles-sur-le-front-de-limmunite

    L’équipe de Jennifer M Dan du Center for Infectious Disease and Vaccine Research du La Jolla Institute for Immunology (Californie) a donc recruté plus de 180 hommes et femmes rétablis du COVID-19. 7% de ces participants avaient été hospitalisés mais la majorité avait développé une forme légère de la maladie. La plupart des participants ont fourni un échantillon de sang dès le 6è à 8è jour après l’apparition des symptômes. Les chercheurs ont pu suivre ainsi dans 254 échantillons au total, provenant de 188 cas de COVID-19, les anticorps, les cellules B (qui produisent les anticorps) et deux types de cellules T (qui tuent les cellules infectées). Ce suivi montre que :
    les anticorps, dont les anticorps dirigés contre les composants de la protéine de pointe, ne présentent que des baisses modestes 6 à 8 mois après l’apparition des symptômes ; les cellules T, ne montrent qu’une légère « décomposition » au fil du temps, les cellules B ont augmenté en nombre dans certains cas.

    Protective immunity against #SARS-CoV-2 could last eight months or more | EurekAlert! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-01/ljif-pia010621.php

    The team cautions that protective immunity does vary dramatically from person to person. In fact, the researchers saw a 100-fold range in the magnitude of immune memory. People with a weak immune memory may be vulnerable to a case of recurrent COVID-19 in the future, or they may be more likely to infect others.

    “There are some people that are way down at the bottom of how much immune memory they have, and maybe those people are a lot more susceptible to reinfection,” says Crotty.

    #immunité #anticorps

  • Autour du vin -Vins et Santé- : Des composés du raisin bloquent une enzyme clé du virus de la covid-19
    https://www.vitisphere.com/breve-93118-Des-composes-du-raisin-bloquent-une-enzyme-cle-du-virus-de-l

    D’après des chercheurs américains, les flavanols et proanthocyanidines du raisin et du vin empêchent le virus du SRAS-CoV-2 de se fixer sur les cellules humaines. Ces polyphénols également présents dans le thé vert et le cacao pourraient ainsi aider à lutter contre la pandémie.
    On connaissait les propriétés antivirales de certains fruits comme le kaki. Des chercheurs de l’Université de Caroline du Nord viennent de constater que des extraits bruts de thé vert, de cacao, et deux variétés de la famille des muscadines (Vitis rotundifolia) récoltées aux Etats-Unis comme raisin de table ou de cuve sont également capables de freiner l’activité du SRAS-Cov-2 à l’origine de la Covid-19.

    « Ces aliments abondants en flavan-3-ols et en proanthocyanidines perturbent la manière dont le virus se réplique et se fixe aux cellules humaines » indique De-Yu Xie, l’auteur principal de l’étude. 

    "Expériences in vitro "
    Les chercheurs ont réalisé des expériences in vitro en laboratoire pour découvrir que ces polyphénols compliquaient la vie du virus en se liant à sa protéase Mpro et assurent qu’ils auraient toute leur place dans une thérapie contre la pandémie.
    En avril, une équipe chinoise avait synthétisé deux composés inhibiteurs de l’enzyme Mpro, avec de bons résultats in vivo sur le chien et la souris. Ils avaient publié leurs travaux dans la revue Science. https://science.sciencemag.org/content/368/6497/1331.full

  • Afucosylated IgG characterizes enveloped viral responses and correlates with COVID-19 severity | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/12/22/science.abc8378.full

    IgG antibodies are crucial for protection against invading pathogens. A highly conserved N-linked glycan within the IgG-Fc tail, essential for IgG function, shows variable composition in humans. Afucosylated IgG variants are already used in anti-cancer therapeutic antibodies for their elevated activity through Fc receptors (FcγRIIIa). Here, we report that afucosylated IgG (~6% of total IgG in humans) are specifically formed against enveloped viruses but generally not against other antigens. This mediates stronger FcγRIIIa responses, but also amplifies brewing cytokine storms and immune-mediated pathologies. Critically ill COVID-19 patients, but not those with mild symptoms, had high levels of afucosylated IgG antibodies against SARS-CoV-2, amplifying pro-inflammatory cytokine release and acute phase responses. Thus, antibody glycosylation plays a critical role in immune responses to enveloped viruses, including COVID-19.

  • Eurosurveillance | Secondary transmission of COVID-19 in preschool and school settings in northern Italy after their reopening in September 2020: a population-based study
    https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.49.2001911

    Schools in Reggio Emilia province, northern Italy, reopened on 1 September 2020 after a long period of closure due to lockdown and summer holidays. We conducted epidemiological investigations after reopening in 41 classes in 36 different educational settings in this province after the notification of an infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).

     
    The first wave of the coronavirus disease (COVID-19) pandemic hit the Reggio Emilia province (northern Italy, 530,000 inhabitants) in March and April 2020, reaching ca 0.9% cumulative incidence (0.4% for age < 50 years and 3.2% for age > 80 years) with a more than 15% fatality rate (0.2% for age < 50 years and 33.4% for age > 80 years) [1,2]. After 5 months of low incidence, the province began the second wave in October (Figure).

    Figure. Daily number of notified COVID-19 cases and deaths since the start of the epidemic in Italy, Reggio Emilia province, 27 February–10 November 2020 (n = 11,878 cases, n = 658 deaths)

    Graphique parlant que l’ajout du suffixe #.jpeg (qui fonctionne fort bien pour toutes sortes d’image non reconnues par seenthis) ne permet pas de faire apparaître ici :

    https://www.eurosurveillance.org/content/figure/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.49.2001911.f1

    [...]
     
    Transmission within the schools of Reggio Emilia province, northern Italy, occurred in a non-negligible number of cases, particularly in the age group 10–18 years, i.e. in middle and high schools, while no secondary cases were detected in pre-school children, only one case in primary school and no secondary cases among teachers and staff. At least in the largest cluster that we reported, more prompt isolation and testing of classmates could have reduced virus transmission, suggesting the importance of timeliness in this setting.

    #covid-19 #école #enfants

    • Lockdown light, écoles, demi-classes, réduction des contacts, #vaccin et fin de pandémie. Podcast #68 du 8 décembre 2020 [partie 1], une traduction du podcast de Christian Drosten
      https://inf-covid.blogspot.com/2020/12/lockdown-light-ecoles-demi-classes.html

      (...) l’impression domine que la situation scolaire est sérieuse. Vous pouvez voir qu’il y a une incidence considérable dans les écoles. On doit simplement le reconnaître. [...] Nous avons de bonnes données d’Angleterre qui donnent un aperçu et qui disent que ce sont surtout dans les années après l’école primaire qu’il y a plus d’infections que dans la population normale. L’étude REACT-1 https://www.gov.uk/government/publications/react-1-study-of-coronavirus-transmission-october-2020-interim-results/react-1-real-time-assessment-of-community-transmission-of-coronavirus-covid-19-i, par exemple, le montre très clairement. Nous n’avons pas d’étude comparable en Allemagne. Mais il n’y a aucune raison de penser que ce serait différent ici qu’en Angleterre.
      [...]

      Il existe une étude intéressante menée par deux institutions de sciences sociales, l’Université Columbia et l’Université de Mannheim. [Social network-based strategies for classroom size reduction can help limit outbreaks of SARS-CoV-2 in high schools. A simulation study in classrooms of four European countries https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.30.20241166v1] (...) Les écoles sont des nœuds importants. Un cas à l’école est plus important pour la transmission dans la population qu’un cas dans d’autres groupes d’âge.

      [...] les écoles sont impliquées dans la grippe, mais c’est aussi un événement endémique. Et avec une infection pandémique, on s’attend à ce que si les écoles sont touchées, elles seront probablement plus importantes en proportion pour propager la maladie à la population. Je pense que c’est encore important dans la deuxième vague. Il faut clarifier cela à nouveau.

      Il existe une étude de simulation intéressante de ce groupe de travail qui traite précisément de cela. Que peut-on convenablement évaluer et recommander [pour] les écoles. Ils ont utilisé un ensemble de données empiriques très intéressant. À savoir les données des années précédentes, bien avant la pandémie. Des enquêtes sur les comportements de contact ont été réalisées dans les écoles d’Europe, notamment en Angleterre, en Allemagne, aux Pays-Bas et en Suède. Le tout était centré sur la neuvième année, les 14 à 15 ans.

      [...] À un moment donné, il faudra ouvrir complètement. [...] La population se compose non seulement de patients à haut risque, mais aussi de l’économie et chacun doit faire valoir ses droits. Les événements ne seront plus empêchés ou le nombre de participants réduit. Bien entendu, les prochaines élections générales joueront également un rôle dans toutes ces tensions. Nous arriverons à un moment où les infections dans la population seront généralisées. Nous n’aurons jamais vu cela auparavant. En été, nous aurons alors un effet température qui nous profitera tout comme il l’a fait l’été dernier avec, remarquez, des mesures existantes. Nous sortirons alors de l’été et verrons également un grand nombre d’infections dans une population que nous n’avions pas encore. Dans la population en bonne santé, normale et plus jeune où il n’y a pas de facteurs de risque. Les enfants, par exemple, seront alors fortement infectés, tout comme leurs parents. Même les jeunes adultes qui ne présentent aucun facteur de risque. Nous verrons ensuite un autre type de patient dans les unités de soins intensifs en Allemagne. À savoir ceux qui, en pleine santé, ont développé de manière inattendue une forme sévère. Nous les voyons déjà maintenant, ils sont parfois déjà là. Ils seront alors en grand nombre. Et d’ici là, nous devrons certainement avoir quelque chose de prêt pour ces patients. À savoir de meilleures approches pharmaceutiques pour le traitement de la maladie grave chez ces patients sans risque.

      Bien entendu, la vaccination active se poursuivra alors et le processus de contaminations s’arrêtera de plus en plus, par une combinaison entre ceux qui ont été infectés et ceux qui ont été vaccinés. Mais pour ceux qui seront bêtement frappés, les préparations d’anticorps devront être mises à disposition, c’est-à-dire des mélanges d’anticorps monoclonaux, qui auront très certainement été approuvés. [...] On peut espérer que les prix seront complètement différents lorsque des quantités plus importantes seront demandées. Il faudra également progresser avec l’immunothérapie. Donc avec les substances. Ce ne sont parfois pas des anticorps bon marché qui peuvent influencer l’évolution inflammatoire sévère de la maladie dans la phase de traitement intensif. Ce qui, tout simplement, sauve les poumons. La recherche doit à nouveau s’intensifier. Ensuite, toute la chaîne de rapports politiques jusqu’au ministère de la Santé doit à nouveau s’en occuper. Les prochains problèmes sont déjà préprogrammés. On n’en parle pas encore en public, mais c’est clair pour moi. Je vais le dire ici maintenant, nous ne débarrasserons pas rapidement la population du risque au printemps en vaccinant les groupes à risque, puis en déclarant la pandémie terminée.

    • Fêtes de fin d’année : rater l’école pour mieux lutter contre le Covid
      https://www.liberation.fr/france/2020/12/14/rater-l-ecole-pour-mieux-lutter-contre-le-covid_1808679

      Dans une note publiée lundi soir, le #Conseil_scientifique recommande de ne pas pénaliser les absences scolaires des 17 et 18 décembre pour permettre aux enfants de se confiner avant Noël

      ... que faire des enfants scolarisés, eux, jusqu’au 18 décembre ? Pour le Conseil scientifique, la seule solution, c’est que l’Education nationale fasse preuve d’un peu de souplesse. Il faudrait « laisser une tolérance aux familles qui le peuvent et qui le souhaitent d’élargir de deux jours la période des vacances scolaires afin que l’autoconfinement d’une semaine soit également possible pour les enfants »

      Au Pays des Lumières éteintes, l’article ne relève aucun autre problème que celui que cela va poser aux parents....

      #yaourtpartoutcalciumnullepart

    • En début de semaine, le Groupe JP Vernant avait retouité un message avec la recommandation d’au minimum fermer les cantines cette semaine.

      Quand j’ai lu ça, la première chose que j’ai pensé, c’est : « Ah ben évidemment que non ils vont pas le faire : ce serait admettre qu’on se contamine dans les cantines… ».

      Sinon, puisqu’on en est désormais à admettre que les gamins se contaminent à l’école puis contaminent leurs familles, ça pose un nouveau souci pour Blanquer : s’il y a (comme assez largement prévu) un redémarrage de l’épidémie dans les prochaines semaines, qu’est-ce qu’on fait pour la rentrée scolaire ? On refait mine que les enfants ne contaminent personne et on reconfine tout le monde sauf les écoles ? On prétend qu’on a installé des purificateurs d’air invisibles dans toutes les classes pendant les vacances ?

    • Inferring the effectiveness of government interventions against COVID-19
      https://science.sciencemag.org/content/early/2020/12/15/science.abd9338

      Governments are attempting to control the COVID-19 pandemic with nonpharmaceutical interventions (NPIs). However, the effectiveness of different NPIs at reducing transmission is poorly understood. We gathered chronological data on the implementation of NPIs for several European, and other, countries between January and the end of May 2020. We estimate the effectiveness of NPIs, ranging from limiting gathering sizes, business closures, and closure of educational institutions to stay-at-home orders . To do so, we used a Bayesian hierarchical model that links NPI implementation dates to national case and death counts and supported the results with extensive empirical validation. Closing all educational institutions, limiting gatherings to 10 people or less, and closing face-to-face businesses each reduced transmission considerably. The additional effect of stay-at-home orders was comparatively small.

      #confinement #mesures_sanitaires

    • Nouvelle méthode de détermination de la prévalence en Angleterre : de l’école au lycée, contamination massive : REACT-1 round 7 updated report : regional heterogeneity in changes in prevalence of SARS-CoV-2 infection during the second national COVID-19 lockdown in England

      https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/84879/2/REACT1_r7_FINAL_14.12.20.pdf

      #REACT

  • Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/12/07/science.abe9728.full

    our data show that >70% of the population has been infected in Manaus approximately seven months after the virus first arrived in the city. This is above the theoretical herd immunity threshold. However, prior infection may not confer long-lasting immunity (…). Manaus represents a “sentinel” population, giving us a data-based indication of what may happen if SARS-CoV-2 is allowed to spread largely unmitigated.

  • Encore rares, les #réinfections nous donnent des indices sur le fonctionnement de l’#immunité
    https://www.courrierinternational.com/article/covid-19-encore-rares-les-reinfections-nous-donnent-des-indic

    Pour qu’une réinfection soit avérée, le patient doit avoir effectué deux tests PCR (réaction en chaîne par polymérase) positifs, sans avoir présenté de symptôme pendant au moins un mois entre les deux. Chantal Reusken, virologue à l’Institut néerlandais de la santé publique et de l’environnement (RIVM), précise toutefois qu’un deuxième test peut également être positif soit parce que le patient a gardé dans les voies respiratoires des résidus d’ARN viral non réplicatif issus de la primo-infection, soit parce qu’il avait jugulé le virus sans jamais véritablement l’éliminer.

    C’est pourquoi, explique Paul Moss, hématologue à l’université de Birmingham, la plupart des revues médicales veulent voir entre la première et la deuxième infection deux séquences virales à part entière, très différentes l’une de l’autre. “La barre est très haute, dit-il. Dans bien des cas, il n’y a même pas la moindre trace de matériel génétique [du virus].”

    Et même si cet ARN est présent, de nombreux laboratoires n’ont ni assez de temps ni assez d’argent pour le détecter. De ce fait, le nombre de réinfections attestées par des séquences génétiques reste très inférieur au nombre de suspicions de réinfection.

    #paywall

    Reinfections, still rare, provide clues on immunity | Science
    https://science.sciencemag.org/content/370/6519/895.full

    #covid-19

  • The engines of SARS-CoV-2 spread | Science
    https://science.sciencemag.org/content/370/6515/406.full

    Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has spread rapidly across the globe, causing epidemics that range from quickly controlled local outbreaks (such as New Zealand) to large ongoing epidemics infecting millions (such as the United States). A tremendous volume of scientific literature has followed, as has vigorous debate about poorly understood facets of the disease, including the relative importance of various routes of transmission, the roles of asymptomatic and presymptomatic infections, and the susceptibility and transmissibility of specific age groups. This discussion may create the impression that our understanding of transmission is frequently overturned. Although our knowledge of SARS-CoV-2 transmission is constantly deepening in important ways, the fundamental engines that drive the pandemic are well established and provide a framework for interpreting this new information.

    The majority of SARS-CoV-2 infections likely occur within households and other residential settings (such as nursing homes). This is because most individuals live with other people, and household contacts include many forms of close, high-intensity, and long-duration interaction. Both early contact tracing studies and a large study of more than 59,000 case contacts in South Korea found household contacts to be greater than six times more likely to be infected with SARS-CoV-2 than other close contacts (1, 2). Household contacts accounted for 57% of identified secondary infections in the South Korean study, despite exhaustive tracking of community contacts. Globally, the proportion of cases attributable to household transmission will vary because of multiple factors, including household size. Contact studies suggest that 17 to 38% of contacts occur in households, implying that 46 to 66% of transmission is household-based (using the standard formula for attributable fraction) (3). This is consistent with household contact being a key driver of transmission for other respiratory viruses.

    Even among close contacts within households, there are considerable heterogeneities in transmission risk. Spouses of index cases are more than twice as likely to be infected as other adult household members, and symptomatic index cases may be more likely to transmit the virus (4). Moreover, older age is associated with increased susceptibility to infection, increased transmissibility, and severe disease (4). Older members may face extra risk in multigenerational households if younger members have unavoidable work or school obligations, although young children may be less susceptible to infection and transmit the virus less readily (4).

    #covid-19 #transmission #contamination #famille #travail #école

    • Sur le phénomène de surdispersion : « une minorité d’individus infectés serait responsable d’un pourcentage de transmission (étonnamment) élevé », Thibault Fiolet, épidémiologiste
      https://threadreaderapp.com/thread/1319536501923917824.html

      En Nouvelle Zélande, la plupart des cas ne se sont transmises qu’à une personne ou personne. De cette manière, la surdispersion peut ralentir la propagation du virus vers de nouveaux endroits, car la plupart des introductions ne parviennent pas à déclencher une épidémie

      Lorsque la transmission décolle, elle peut le faire de manière explosive comme en Corée. La réponse du Japon à la pandémie a été une technique basé sur les enquêtes par clusters : une personne infectés d’un cluster est + facilement détectable que lors d’une transmission 1 par 1
      [..]
      Les lieu où l’éloignement physique n’est pas possible sont des endroits potentiels de super-contamination (rare) : espaces fermés mal ventilés, camps de réfugiés, zones urbaines densément peuplées, milieux fermés - établissements de soins de longue durée, prisons, gymnases

      La plupart du temps, ce sont plutôt de petits clusters de 10-15 cas provoqués par transmission domestique ou petits rassemblements qui surviennent. Ces petits clusters sont moins bien détectés et ciblables pour des interventions

      La difficulté avec le SRAS-CoV-2 est qu’on suspecte que l’infectiosité soit surtout élevée lors de l’apparition des symptômes et un peu avant. Ces graphiques représentent la distribution du nombre de jours entre l’infection et survenue des symptômes ➡️ rôle des pré-symptômatiques
      [...]
      Le SRAS-CoV-2 est probablement principalement transmis au sein des ménages et dans des environnements de type familial. La proportion des événements de transmission décroît quand les échelles spatiales augmentent

      #superdispersion #SuperSpreader #covid-19 #enquêtes_par_clusters

  • Airborne transmission of SARS-CoV-2 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/10/02/science.abf0521.full

    There is overwhelming evidence that inhalation of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) represents a major transmission route for coronavirus disease 2019 (COVID-19). There is an urgent need to harmonize discussions about modes of virus transmission across disciplines to ensure the most effective control strategies and provide clear and consistent guidance to the public. To do so, we must clarify the terminology to distinguish between aerosols and droplets using a size threshold of 100 μm, not the historical 5 μm (1). This size more effectively separates their aerodynamic behavior, ability to be inhaled, and efficacy of interventions.

    Viruses in droplets (larger than 100 μm) typically fall to the ground in seconds within 2 m of the source and can be sprayed like tiny cannonballs onto nearby individuals. Because of their limited travel range, physical distancing reduces exposure to these droplets. Viruses in aerosols (smaller than 100 μm) can remain suspended in air for many seconds to hours, like smoke, and be inhaled. They are highly concentrated near an infected person, so they can infect people most easily in close proximity. But aerosols containing infectious virus (2) can also travel more than 2 m and accumulate in poorly ventilated indoor air, leading to superspreading events (3).

    Individuals with COVID-19, many of whom have no symptoms, release thousands of virus-laden aerosols and far fewer droplets when breathing and talking (4–6). Thus, one is far more likely to inhale aerosols than be sprayed by a droplet (7), and so the balance of attention must be shifted to protecting against airborne transmission. In addition to existing mandates of mask-wearing, social distancing, and hygiene efforts, we urge public health officials to add clear guidance about the importance of moving activities outdoors, improving indoor air using ventilation and filtration, and improving protection for high-risk workers (8).

    #covid19 #aérosol

  • Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :

    “Are you confused about the role of type I #interferons (IFN) in #SARS_CoV_2 infection? Here is my speculation on what makes IFN-I helpful vs. harmful in #COVID19 patients - it comes down to timing and dose. A short thread. All figures made by BioRender & @annsea_park (1/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414807581487104

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “In the best case scenario, a rapid and robust induction of IFN-I should result in viral control and mild disease. This may happen in young people, or with low viral exposure settings. For a discussion we wrote, please read this. (2/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414813914886145

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “In older adults or after high dose viral exposure, impaired IFN response early during infection results in enhanced viral replication, and prolonged levels of IFN-I and IFN-III responses that could result in pathological consequences and severe disease. (3/n) https://t.co/wRCSgRluyp” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414821330452481

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :
    “Not all studies show this pattern. Here is a study that showed lower IFN-I levels in more severe COVID patients. It would be interesting to understand this difference. (5/n) https://t.co/0pFi0VebYd” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414825348595712

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “In the setting of host genetic mutations in viral sensors, signaling molecules, adaptors, transcription factors; or in older people with neutralizing antibodies to IFN-I, little to no IFN-I is available. Uncontrolled virus replication can lead to very severe COVID-19. (6/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414830348165120

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : "Papers supporting this scenario can be found here. (7/n)

    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/23/science.abd4585

    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/29/science.abd4570

    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2768926

    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414833414168576

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “Finally, recombinant IFN therapy, especially given early during infection, can shut down viral replication and promote recovery. Further, prophylactic treatment with rIFN might be useful in high risk groups. (8/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414838426439682

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : "A number of clinical trials are under way to test whether IFN therapy can help #COVID-19 patients recover quickly from infection and disease https://www.clinicaltrials.gov/ct2/results?cond=COVID-19&term=interferon&cntry=&state=&city=&dist=&Sear. Thank you for reading! (End) / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414841144270848

  • Epidemiology and transmission dynamics of COVID-19 in two Indian states | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/29/science.abd7672.full

    #Inde : des « #super-contaminateurs » ont répandu le #coronavirus, selon une étude - Le Soir
    https://www.lesoir.be/328872/article/2020-10-01/inde-des-super-contaminateurs-ont-repandu-le-coronavirus-selon-une-etude

    Huit pour cent des personnes touchées par le coronavirus en Inde ont été responsables de près des deux tiers des contaminations dans le pays, ce qui illustre la menace que représentent les « super-contaminateurs », estiment jeudi des chercheurs dans une étude.

    L’étude, publiée dans le journal scientifique américain Science, montre également que les #enfants âgés de moins de 14 ans semblent être les propagateurs les plus efficaces pour le virus.

    L’Inde, avec 1,3 milliard d’habitants, a comptabilisé jusqu’à présent 6,3 millions de cas – juste derrière les Etats-Unis qui sont en tête dans le monde pour les contaminations – et plus de 98.000 décès de la maladie Covid-19.

    Selon Ramanan Laxminarayan, principal chercheur responsable de l’étude, l’équipe a découvert que 70 % des personnes contaminées n’avaient transmis la maladie à aucun contact. Un petit groupe de 8 % des personnes contaminées a provoqué 60 % des nouveaux cas.

    Les chercheurs ont étudié en août les modes de transmission parmi plus d’un demi-million de personnes-contacts exposées à près de 85.000 cas confirmés dans l’Andhra Pradesh et le Tamil Nadu, Etats du Sud de l’Inde dont la population totalise 118 millions de personnes.

    Covid-19 : les enfants peuvent-ils être aussi des « super-propagateurs » ?
    https://www.numerama.com/sciences/652343-covid-19-les-enfants-peuvent-ils-etre-aussi-des-super-propagateurs.

    Que ce soit sur la place des enfants ou encore le rôle des super-spreaders, cette étude ne permet donc pas de tirer une conclusion ferme. Elle reste cependant tout à fait intéressante scientifiquement, puisqu’elle montre à quel point la façon dont se propage le coronavirus #SARS-CoV-2 est complexe, potentiellement variable selon le contexte, et encore difficile à déterminer pleinement. De longues recherches, sous de multiples aspects, dans de multiples localités, vont encore être nécessaires avoir d’avoir les réponses attendues.

    #transmission

  • Découverte d’anomalies immunologiques et génétiques associées à des formes sévères de #Covid-19 – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/09/27/decouverte-danomalies-immunologiques-et-genetiques-associees-a-des-formes-se

    La présence d’#auto-anticorps (IgG) dirigés contre au moins un #interféron de type I a été détectée chez 13,7 % des patients (135 sur 987) présentant une forme #critique de Covid-19. [...] Des auto-anticorps dirigés contre les interférons de type I ont également été détectés dans des échantillons de plasma sanguin prélevés chez des patients avant qu’ils aient développé la Covid-19, ce qui montre que la production des auto-anticorps n’a pas été déclenchée par l’infection par le #SARS-CoV-2.

    Les chercheurs [...] rapportent que 101 des 987 patients présentant une forme #sévère de Covid-19, soit chez 10,2 % d’entre eux, possèdent des auto-anticorps (IgG) capables de neutraliser au moins un interféron de type I.

    [...] En revanche, ces auto-anticorps n’ont été trouvés que chez 4 des 1227 sujets sains (0,3 %) et chez aucun des 663 patients présentant une infection asymptomatique ou modérée par le SARS-CoV-2.

    [...]

    Implications cliniques

    Tout d’abord, estiment les chercheurs, la détection des auto-anticorps dirigés contre les interférons de type I pourrait permettre d’identifier les patients infectés par le SARS-CoV-2 présentant un risque de développer une forme critique de la maladie Covid-19.

    Ensuite, en cas de guérison, le plasma de ces patients (pouvant contenir des auto-anticorps) ne devrait pas être utilisé dans le cadre des essais cliniques en cours visant à administrer le plasma de patients convalescents pour traiter des personnes atteintes de Covid-19 .

    Par ailleurs, ajoutent les auteurs, on peut imaginer d’utiliser des techniques permettant d’éliminer sélectivement les auto-anticorps ou les cellules qui les produisent***.

    Enfin, un traitement par interféron-bêta, par voie injectable ou inhalée, pourrait être bénéfique dans la mesure où il est rare que des patients porteurs d’auto-anticorps contre les IFN-I développent des auto-anticorps vis-à-vis de cette autre catégorie d’interférons, concluent-ils.

    [...]

    Défauts génétiques

    L’équipe franco-américaine, qui appartient au consortium international du COVID Human Genetic Effort, a publié dans Science un second article. Cette fois, les chercheurs ont recherché la présence d’anomalies sur des gènes responsables de la synthèse des interférons de type I chez des patients présentant une forme critique de Covid-19, faisant l’hypothèse [ en fait déjà vérifiée par d’autres auteurs ] que la sévérité de la maladie pouvait, chez certains patients, être imputable à ces variants génétiques. [...]

    Les chercheurs rapportent que 3,5 % des patients qui présentaient une forme critique de Covid-19 étaient porteurs d’une anomalie génétique affectant la réponse immunitaire dépendante des interférons de type I. De façon surprenante, ces défauts génétiques (dont certains peuvent être délétères en cas d’infection grippale) sont restés silencieux et n’ont pas eu d’impact clinique jusqu’au moment de l’infection par le SARS-CoV-2 [...]

    #immunité

    Auto-antibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/23/science.abd4585.full

    Inborn errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/25/science.abd4570.full

    • One in Seven Dire COVID Cases May Result from a Faulty Immune Response - Scientific American
      https://www.scientificamerican.com/article/one-in-seven-dire-covid-cases-may-result-from-a-faulty-immune-re

      Perhaps the most immediate implication of the new studies concerns the use of convalescent plasma, an experimental treatment made from the blood of people who have recovered from COVID-19. In August the U.S. Food and Drug Administration issued a controversial “emergency use authorization” for the blood product. Zúñiga points out that it would be important to screen plasma donors for auto-antibodies. “If you have severe COVID-19, would you like to receive antibodies that neutralize an antiviral response?” she asks. “No thank you.”

      Given the growing evidence that interferon plays a crucial role in arresting severe infection, Fish believes that treating COVID-19 patients with interferon, regardless of their antibody or genetic status, could be a winning tactic, particularly early in the infection. She points to exploratory studies on interferon in Cuba and Wuhan, China, that showed promising effects on mortality rates and earlier clearance of the virus.

      But determining the #timing and other details of such treatment will be vital. “Interferon can be a double-edged sword in many infections,” Zúñiga says. “It activates many immune cells, but it can enhance inflammation as well. And it can have a negative immunoregulatory role, activating factors that suppress the immune response.”

      Experts seem to agree that interferons would have to be given early to help shut down the infection. Once a patient develops an extreme immune reaction sometimes called a “cytokine storm,” interferons are unlikely to be of use, Fish says.

      Dozens of COVID-19 clinical trials are already underway to test the efficacy of various types of interferon therapies, which can be given as a nasal spray or injection. One large study, conducted by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, is comparing the antiviral remdesivir alone with a combined therapy of the drug and interferon-beta. And Fish is involved in a study in Santiago, Chile, that will investigate whether giving interferons to members of a household where someone has been infected with the coronavirus could prevent them from falling ill. It remains to be seen whether any of these therapies pan out, but the new findings at least unlock one more piece of the COVID-19 puzzle.