• Pfizer-BioNTech and Moderna COVID-19 vaccines establish recall responses to reinfection
    https://www.news-medical.net/news/20210718/Pfizer-BioNTech-and-Moderna-COVID-19-vaccines-establish-recall-respons

    En faveur d’une mémoire de l’immunité anti sars-cov2

    Également retrouvé partiellement après une infection, avec même une « supériorité » de cette dernière concernant les CD8,

    While neutralizing antibody titers following the first vaccine dose were comparable to those among convalescent individuals, significantly higher levels were observed in the vaccinees following the booster dose.

    However, several important B cell adaptations were shared between vaccinees and convalescent individuals .

    Analysis by flow cytometry revealed a reduction in the level of naïve B cells, but an expansion of memory B cells in both groups.

    [...]

    Importantly, the team observed a modest expansion of plasmablasts and a significant increase in spike-specific B cells just two weeks following a second vaccine dose, indicating the establishment of durable memory and potential recall responses to infection.

    Single-cell analyses also revealed an expansion of activated CD4+ T cells and robust spike-specific polyfunctional CD4 T cell responses following vaccination.

    Frequencies of activated CD8 T cells were comparable between the vaccinated and convalescent groups. However, natural infection induced the expansion of larger CD8 T cell clones, including distinct clusters.

    This is likely due to the recognition of a broader set of epitopes presented by the virus that is not found in the mRNA vaccines, say the researchers.

    source : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.14.452381v1

  • Covid-19 : moindre sensibilité du variant indien B.1.167.2 aux vaccins et aux anticorps monoclonaux

    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/05/30/covid-19-moindre-sensibilite-du-variant-indien-b-1-167-2-aux-vaccins-et-aux-

    Une étude française montre que le variant indien B.1.167.2 présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. L’originalité de cette étude, parue le 27 mai 2021 sur le site de prépublication bioRxiv, tient notamment au fait que les chercheurs n’ont pas utilisé de pseudovirions (virus artificiels mimant le variant indien car porteurs de mutations identiques) mais un isolat clinique authentique, autrement dit une souche de SARS-CoV-2 provenant d’un patient.
    [...]
    échantillons sanguins provenaient de 56 individus appartenant à une cohorte de patients diagnostiqués au CHU d’Orléans.
    [...]
    Il ressort que, six mois après la Covid-19, les quantités (titres) en anticorps neutralisants capables de reconnaître B.1.617.2 étaient de quatre à six fois inférieurs à ceux dirigés contre B.1.1.7.
    [...]
    28 membres du personnel soignant d’une cohorte suivie au CHU d’Orléans a été analysé dix semaines après leur vaccination.
    [...]
    Chez les sujets ayant reçu le vaccin Pfizer [n=16], le titre des anticorps capables de neutraliser le variant indien B.1.617.2 était 3 fois inférieur à celui des anticorps neutralisants le variant britannique B.1.1.7. Par ailleurs, le titre des anticorps neutralisants le variant sud-africain B.1.351 était 16 fois inférieur à celui des anticorps neutralisants le variant britannique.

  • Immunity to the Coronavirus May Persist for Years, Scientists Find - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2021/05/26/health/coronavirus-immunity-vaccines.html

    [...] memory B cells produced in response to infection with #SARS-CoV-2 and enhanced with #vaccination are so potent that they thwart even variants of the virus, negating the need for boosters, according to Michel Nussenzweig, an immunologist at Rockefeller University in New York who led the study on memory maturation.

    Après avoir contracté le #coronavirus, l’#immunité pourrait durer bien plus d’un an - Edition du soir Ouest-France - 27/05/2021
    https://www.ouest-france.fr/leditiondusoir/2021-05-27/apres-avoir-contracte-le-coronavirus-limmunite-pourrait-durer-bien-plus

    Les chercheurs ont analysé le sang de 63 patients guéris du #Covid-19 un an plus tôt, dont 26 ont aujourd’hui reçu au moins une dose des vaccins Pfizer/BioNTech ou Moderna. [Chez les personnes qui ont été vaccinées] [n]on seulement, le taux d’anticorps empêchant la réinfection est resté stable entre six et douze mois, mais les lymphocytes B à mémoire se sont aussi renforcés au fil du temps. Un an après l’infection, les anticorps qu’ils produisent ont acquis la capacité de neutraliser un large groupe de #variants

    [...]

    « Les personnes qui ont été infectées [puis] ont été vaccinées ont vraiment une réponse formidable, un ensemble formidable d’anticorps, qu’elles continuent à faire évoluer, explique le Dr Nussenzweig. Je m’attends à ce qu’ils durent longtemps. » [...]

    Afin de bénéficier d’une meilleure protection, les personnes qui n’ont jamais été infectées par le coronavirus pourraient, elles, avoir besoin d’une troisième dose, afin de voir leur réponse immunitaire améliorée. Pour l’heure, les scientifiques pointent un manque de données, qui devrait être comblé dans les prochains mois. Aujourd’hui, en Europe, seules les personnes immunodéprimées se sont vues recommander l’injection d’une troisième dose.

    SARS-CoV-2 infection induces long-lived bone marrow plasma cells in humans | Nature
    https://www.nature.com/articles/s41586-021-03647-4

    Vaccination boosts naturally enhanced neutralizing breadth to SARS-CoV-2 one year after infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.07.443175v1

    #vaccins

  • Des chercheurs montrent comment le #LSD libère et étend notre perception
    https://trustmyscience.com/chercheurs-montrent-comment-lsd-etend-perception

    « Tout le processus de développement et d’éducation de l’enfant consiste à prendre votre cerveau, qui est extrêmement malléable, et à le forcer à ressembler à celui de tout le monde. Sous les #psychédéliques, vous revenez à un état où des zones du cerveau qui n’ont pas communiqué depuis que vous êtes bébé peuvent le faire à nouveau. Et c’est cette connectivité accrue qui permet aux gens d’obtenir de nouvelles informations sur d’anciens problèmes ».

    La capacité du LSD à libérer l’activité cérébrale peut expliquer pourquoi les psychédéliques peuvent aider les personnes souffrant de dépression, d’anxiété et d’autres troubles de santé mentale tels que le trouble de stress post-traumatique. « Dans la #dépression, les gens sont enfermés dans une façon de penser qui est répétitive et ruminative. C’est comme la pensée jalonnée. Les psychédéliques perturbent ce genre de processus afin qu’ils puissent y échapper », conclut Nutt.

    Source : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.14.444193v2

  • Negligible impact of #SARS-CoV-2 variants on CD4+ and CD8+ T cell reactivity in COVID-19 exposed donors and vaccinees | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.27.433180v1

    Le Doc sur Twitter : « Il n’y a pas que des mauvaise nouvelles ! #COVID19 L’’#immunité liée aux lymphocytes T (CD4/CD8) est peu affectée par les mutations du SARS-CoV-2 #B117 🇬🇧 #B1351🇿🇦 #P1🇧🇷 et #Cal20C🇺🇸 L’immunité ne se réduit pas aux anticorps, et c’est en l’occurence une chance et un espoir » / Twitter
    https://twitter.com/Le___Doc/status/1371232273845125127

    #immunité_cellulaire

  • #Covid-19 et perte d’odorat : du nouveau sur la persistance du #SARS-CoV-2 et son potentiel neuroinvasif – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/11/30/covid-19-et-perte-dodorat-du-nouveau-sur-la-persistance-du-sars-cov-2-et-son

    Les chercheurs rapportent un résultat surprenant : ils ont détecté la présence, dès le surlendemain de l’inoculation intranasale du SARS-CoV-2, de l’ARN du SARS-CoV-2 dans plusieurs régions du #cerveau des hamsters, en l’occurrence dans le bulbe olfactif (structure ovoïde, située à la base du cerveau), mais également dans des régions du cerveau éloignées des cavités nasales, en l’occurrence dans le cortex cérébral, le tronc cérébral (diencéphale, mésencéphale, pont, moelle allongée) et le cervelet, mais sans clairement visualiser d’antigènes viraux. En d’autres termes, les chercheurs ont quantifié par PCR le matériel génétique du virus (ARN) dans le cerveau des hamsters mais pour autant détecter de protéines virales par immunofluorescence.

    [...]

    La nucléoprotéine du SARS-CoV-2 (protéine de la nucléocapside) a été détectée à la jonction entre bulbe olfactif et nerf olfactif, ce qui tend à montrer que le virus chemine de façon rétrograde, autrement dit qu’il peut « remonter » le long des axones. Cette protéine interne du coronavirus a également été détectée dans des cellules immunitaires infiltrant le bulbe olfactif.

    Selon les auteurs, « l’observation de la présence d’antigènes viraux tout le long de la route qui mène de l’organe olfactif sensoriel [le neuroépithélium olfactif des cornets de la cavité nasale] au bulbe olfactif, montre que le SARS-CoV-2 entre dans le système nerveux central à travers le système olfactif » chez le hamster infecté.

    [...]

    [...] qu’en est-il d’une possible persistance du SARS-CoV-2 chez des patients Covid-19 se plaignant de symptômes neurologiques persistants et/ou de troubles sensoriels, même trois mois après le début des symptômes ? C’est à cette importante question que se sont ensuite intéressés des cliniciens parisiens.

    [...]

    [Parmi] quatre patients se plaignant d’une anosmie prolongée ou récidivante [aucun] n’a [...] été trouvé positif à la PCR sur prélèvement nasopharyngé. Pourtant, chez chacun d’entre eux, l’examen des cellules de la muqueuse olfactive recueillies après brossage nasal a permis de mettre en évidence la présence d’ARN du SARS-CoV-2. [...]

    Selon les chercheurs, la présence de l’ARN et de protéines du SARS-CoV-2 dans le neuroépithélium olfactif des fosses nasales (même si l’infectiosité du virus n’a pas pu être évaluée par culture cellulaire en laboratoire) pourrait signifier que certains patients, en particulier chez ceux présentant de légers symptômes ou n’en présentant pas, pourraient participer à la transmission du virus alors que considérés comme indemnes de virus au vu d’un résultat négatif au test PCR par écouvillonnage nasal.

    Étude analysée (preprint) : COVID-19-associated olfactory dysfunction reveals SARS-CoV-2 neuroinvasion and persistence in the olfactory system | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.18.388819v1

    #anosmie

    • Finalement publiée

      #Covid-19 : découverte des mécanismes de l’#anosmie à court et à long terme
      https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/covid-19-decouverte-mecanismes-anosmie-court-long-terme

      L’étude a été conduite auprès de patients ayant la #Covid-19 et complétée grâce à des analyses sur un modèle animal.

      Cette étude montre de façon inattendue que les tests classiques RT-qPCR pratiqués sur les écouvillonnages nasopharyngés peuvent se révéler négatifs alors même que le virus persiste au fond des cavités nasales, dans l’épithélium olfactif. Cette découverte montre qu’un diagnostic du SARS-CoV-2 par brossage nasal peut être envisagé pour compléter l’écouvillonnage nasopharyngé du test #PCR chez les patients présentant une perte d’odorat.

      Ce travail élucide également le mécanisme de la perte de l’odorat liée à la Covid-19 en révélant, de manière chronologique, différentes étapes :

      1) la disparition des cils portés par les neurones sensoriels, après l’infection virale. Or, ces mêmes cils permettent la réception des molécules odorantes par les neurones sensoriels ;
      2) la présence de virus dans les neurones sensoriels ;
      3) la désorganisation de l’épithélium olfactif (organe sensoriel) liée à l’apoptose (phénomène de mort cellulaire). L’épithélium est organisé en lamelles régulières qui se trouvent être déstructurées par l’infection au coronavirus ;
      4) l’invasion du virus dans le premier relai cérébral du système olfactif, le bulbe olfactif ;
      5) la présence d’une neuroinflammation et d’ARN viral dans plusieurs régions du cerveau.

      Source:
      COVID-19-related anosmia is associated with viral persistence and inflammation in human olfactory epithelium and brain infection in hamsters | Science Translational Medicine
      https://stm.sciencemag.org/content/early/2021/04/30/scitranslmed.abf8396.full

  • Immunity to the #Coronavirus May Last Years, New Data Hint - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/11/17/health/coronavirus-immunity.html

    The research, published online, has not been peer-reviewed nor published in a scientific journal. But it is the most comprehensive and long-ranging study of immune memory to the coronavirus to date.

    “That amount of memory would likely prevent the vast majority of people from getting hospitalized disease, severe disease, for many years,” said Shane Crotty, a virologist at the La Jolla Institute of Immunology who co-led the new study.

    The findings are likely to come as a relief to experts worried that immunity to the virus might be short-lived, and that vaccines might have to be administered repeatedly to keep the pandemic under control.

    [..,]

    A study published last week also found that people who have recovered from #Covid-19 have powerful and protective killer immune cells even when antibodies are not detectable .

    These studies “are all by and large painting the same picture, which is that once you get past those first few critical weeks, the rest of the response looks pretty conventional,” said Deepta Bhattacharya, an immunologist at the University of Arizona.

    Akiko Iwasaki, an immunologist at Yale University, said she was not surprised that the body mounts a long-lasting response because “that’s what is supposed to happen.” Still, she was heartened by the research: “This is exciting news.”

    Sources :

    Immunological memory to #SARS-CoV-2 assessed for greater than six months after infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.15.383323v1

    Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8 + T cells | Nature Medicine
    https://www.nature.com/articles/s41591-020-01143-2

    #immunité_cellulaire #immunité

  • Robust SARS-CoV-2-specific T-cell immunity is maintained at 6 months following primary infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.01.362319v1

    Les moyens pour mettre en évidence l’#immunité_cellulaire étant beaucoup plus complexes que ceux utilisés pour l’immunité humorale, les études qui lui sont dévolues sont beaucoup plus rares.

    Comme pour les anticorps, les taux sont plus élevés dans les formes sévères,

    In conclusion, our data are reassuring that functional #SARS-CoV-2 specific T-cell responses are retained at six months following infection although the magnitude of this response is related to the clinical features of primary infection.

    #preprint #immunité

  • Covid et immunité : des pistes négligées ? - Page 1 | Mediapart
    https://www.mediapart.fr/journal/france/150920/covid-et-immunite-des-pistes-negligees?onglet=full

    Des études signalent une diminution rapide des anticorps après une infection, et plusieurs cas de réinfection ont été rapportés cet été. Que sait-on aujourd’hui de notre immunité ? Dans la recherche de vaccins, une vision tronquée ne risque-t-elle pas de nous fourvoyer ?

    Commençons d’abord par les bonnes nouvelles : les études montrent que plus de 90 % des personnes contaminées par le virus produisent des anticorps dirigés spécifiquement contre le virus, qu’elles aient développé ou non des symptômes. Et ce, même chez les octogénaires https://doi.org/d7p2. En outre, lorsqu’ils sont étudiés en laboratoire, ces anticorps possèdent un fort pouvoir neutralisant : même à faible dose, ils parviennent à éviter que les cellules en culture soient infectées.

    Passons maintenant aux mauvaises nouvelles : ces anticorps ont tendance à disparaître rapidement. Et leur diminution est d’autant plus forte et rapide que les symptômes ont été légers ou inaperçus. Une étude https://www.nature.com/articles/s41591-020-0965-6 publiée dans Nature Medicine portant sur plus de 200 personnes contaminées en Chine révèle qu’au bout de huit semaines, ils sont à des niveaux indétectables pour 40 % des sujets asymptomatiques et 18 % des sujets symptomatiques.

    Autre mauvaise nouvelle estivale : plusieurs cas de réinfection commencent à être rapportés, comme cet homme de Hong Kong https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32840608 dont l’analyse génétique du virus a permis d’affirmer qu’il s’agissait bien d’une réinfection et non d’une infection persistante. Notre immunité pourrait-elle disparaître en quelques mois ? Peut-on – oui ou non – compter sur notre système immunitaire pour nous protéger d’une deuxième vague ?

    En réalité, au fur et à mesure des publications, un constat s’impose : les tests immunitaires classiques ne nous offrent qu’une fenêtre très limitée sur la réalité de notre réponse au virus. Un peu comme si l’on regardait par le trou de la serrure une pièce de théâtre : il y a des dizaines d’acteurs répartis sur la scène, mais nous n’en voyons que quelques-uns interagir. Ce sont les fameux anticorps dits IgM et IgG mesurés lors des tests sanguins. Or, non seulement tout ne se passe pas dans le sang, mais ces acteurs ne sont pas, tant s’en faut, les seuls héros de cette lutte intérieure.

    Et si l’on abandonnait le trou de serrure pour une place en tribune ? Prêts ? Ouverture des rideaux.

    Premier décor : le nez. Cette péninsule chère à Cyrano de Bergerac semble en effet être l’endroit du corps qui compte le plus de récepteurs ACE2 (pour Angiotensin Converting Enzyme 2), la fameuse porte d’entrée du virus, celle qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules pour s’y multiplier (voir notre article sur ce point). C’est donc ici que commence notre bataille contre le SARS-CoV-2.

    À peine engluées dans notre mucus nasal, les minuscules particules virales couronnées de pics (d’où le nom de coronavirus) sont repérées par nos cellules phagocytaires – littéralement « mangeuses de cellules » – qui se trouvent sur place. Celles-ci se mettent à boulotter un à un ces éléments étrangers, tout en déclenchant la production de molécules chimiques, dont les fameuses cytokines, également capables d’attaquer ces indésirables. C’est ce qu’on appelle l’immunité innée. Avec un peu de chance, l’infection peut tourner court dès cette étape et ne jamais sortir du mucus nasal ou respiratoire. C’est probablement ce qui se passe chez la plupart des enfants, fréquemment exposés aux infections respiratoires, estiment certains chercheurs https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7221011. Mais à mesure que l’on vieillit, cette première ligne de défense se laisse vite déborder.

    D’autant plus que ce virus semble avoir acquis une astuce pour mieux survivre dans notre nez : lorsqu’il s’y trouve en grande quantité, il parvient à inhiber cette réponse immédiate pendant un jour ou deux. D’après Akiko Iwasaki https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7255347, immunologiste à l’université de Yale, cette capacité d’inhiber nos défenses innées serait l’un des déterminants du succès du SARS-CoV-2. Elle offre une petite fenêtre de temps supplémentaire durant laquelle le virus en profite pour se répliquer silencieusement. Avant qu’une autre ligne de défense ne se mette en place, l’acte II de notre pièce de théâtre : l’immunité dite adaptative.

    Généralement, on mesure cette immunité à la quantité d’anticorps capables de neutraliser le virus dans le sang. Dans la plupart des analyses sérologiques, deux types d’anticorps sont quantifiés : les IgM, qui apparaissent dès le 3e jour suivant l’infection, et les IgG, détectés généralement à partir du 14e jour. Sauf que dans la vraie vie, bien d’autres acteurs entrent en jeu dans cette seconde étape de la bataille.

    Restons dans nos muqueuses respiratoires. Après tout, c’est là que le virus commence son invasion. Durant le festin initial de nos cellules phagocytaires, des morceaux de virus (en particulier les protéines situées sur l’enveloppe du virus, appelées antigènes) sont récupérés et présentés à nos « agents spéciaux » : les lymphocytes. Parmi eux, les lymphocytes B se mettent alors à se multiplier à toute allure, faisant d’ailleurs grossir nos ganglions lymphatiques. Par une succession de hasards, de mutations génétiques et de cassures, certains de ces lymphocytes finissent par obtenir un récepteur capable de reconnaître et de se fixer parfaitement sur l’antigène présenté. Un peu comme un serrurier qui copierait des centaines de clés les unes à la suite des autres, jusqu’à ce que l’une d’entre elles, légèrement différente, entre enfin dans la serrure. Ces clés, ce sont les anticorps. Certains filent dans le sang : les IgG ou les IgM. Mais d’autres vont préférentiellement dans les muqueuses : les IgA.

    Ces IgA apparaissent de plus en plus comme les héros de l’ombre de cette histoire. De fait, on les trouve peu, ou de manière très transitoire, dans le sang. Depuis notre trou de serrure, ils sont donc quasi invisibles. « L’industrie fabrique toute la logistique en masse pour le sang (tubes, aiguilles, etc.) », explique Guy Gorochov, responsable du Centre d’immunologie et des maladies infectieuses de l’université Pierre-et-Marie-Curie. « La salive, qui est un bon reflet des sécrétions mucosales, n’est pas encore un liquide biologique de grande routine. C’est culturel, mais cela devrait rapidement évoluer, étant donné la situation actuelle », indique ce chercheur parisien. En outre, la salive est un milieu plein de germes en tous genres, donc plus délicat à évaluer d’un point de vue immunologique.

    Pourtant, pour peu que l’on accepte d’aller fouiner dans les sécrétions buccales, nasales, bronchiques ou même lacrymales, on découvre d’importantes quantités d’IgA chez les personnes infectées. Guy Gorochov et son équipe mènent actuellement une étude sur 145 patients Covid (prépublication en cours de relecture https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.10.20126532v1 ). « Dans les premières semaines suivant l’apparition des symptômes, la neutralisation du SRAS-CoV-2 repose vraisemblablement davantage sur les IgA que sur les IgM ou les IgG, résume l’immunologiste. Les IgA apparaissent en effet en premier et s’avèrent beaucoup plus puissants que les IgG et les IgM pour neutraliser le virus in vitro. Par ailleurs, on en détecte encore trois mois après les premiers symptômes dans la salive… »

    Une autre étude menée en Suisse https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.108308v1 révèle que plus les patients sont jeunes, plus ils sont susceptibles d’avoir des taux d’IgA importants dans leurs sécrétions nasales. Mais plus étonnant encore : certains patients possèdent des taux élevés d’IgA dans leur nez, alors même qu’aucun autre anticorps (ni IgG ni IgM) ne circule dans leur sang.

    Ces découvertes interrogent : cette réaction immunitaire locale pourrait-elle être suffisante pour faire obstacle à la maladie et mettre en échec les infections ultérieures ? « C’est bien joli de neutraliser le virus in vitro, mais est-ce que ces IgA nous protègent dans la vraie vie ? Seules des études à plus grande échelle permettraient de le savoir », tempère Guy Gorochov. Si tel était le cas, nous serions alors plus nombreux à être immunisés que ce que les mesures sanguines veulent bien refléter. Ce qui serait une excellente nouvelle…

    Et les IgA ne sont pas les seuls héros invisibles depuis notre trou de serrure. Les mesures classiques de notre immunité passent également à côté d’un autre acteur, qui apparaît de plus en plus majeur dans notre réponse au SARS-CoV-2 : le lymphocyte T, également appelé cellule T.

    Contrairement à leurs cousins les lymphocytes B, les lymphocytes T ne fabriquent pas d’anticorps en série. Pour reprendre l’analogie du serrurier, eux conservent leur clé magique autour du cou et se baladent ensuite dans la lymphe et le sang. Par ailleurs, cette clé ne leur permet pas de repérer un pathogène qui circule librement dans notre corps, comme le font les anticorps. Elle leur permet en revanche de détecter les cellules en train d’être infectées par un virus. Dans ce cas, les lymphocytes T sortent l’artillerie lourde : ils détruisent les virus mais aussi les cellules infectées. On appelle cela l’immunité cellulaire.

    Et ce n’est pas tout : ces cellules T peuvent également stimuler les lymphocytes B à déverser leurs anticorps et aussi activer directement les cellules phagocytaires, pour relancer la première étape de défense au niveau du ou des sites d’infection. Pour les scientifiques, les lymphocytes T sont les véritables chefs d’orchestre de notre système immunitaire.

    Les études qui se sont penchées sur ces cellules en trouvent quasi systématiquement dans le sang des personnes qui ont été contaminées par le SARS-CoV-2 (voir notamment les travaux menés à Strasbourg https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.21.20132449v1.full.pdf , en Suède https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.29.174888v1.full.pdf , à Berlin https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.17.20061440v1.full.pdf ou en Californie https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32473127 ). Tout comme les IgA, on en détecte également chez des personnes exposées au virus mais n’ayant jamais développé de symptômes et dont la sérologie classique ne révèle aucun anticorps circulant. Dans l’étude suédoise, parmi 30 personnes proches de cas diagnostiqués et 55 donneurs de sang, les deux tiers présentaient des lymphocytes T dans leur sang mais pas d’anticorps IgG anti SARS-CoV-2.

    Plus frappant encore : on retrouve des lymphocytes T qui réagissent au SARS-CoV-2 dans des échantillons de sang prélevés… avant 2019, donc avant la pandémie ! Dans l’étude menée en Californie, de tels lymphocytes étaient ainsi détectés dans la moitié des 20 échantillons de sang prélevés entre 2015 et 2018. « Cela pourrait refléter l’existence, chez certains individus, d’une immunité croisée préexistante », concluent les auteurs. Autrement dit, des personnes ayant été en contact avec d’autres coronavirus dans le passé auraient pu fabriquer des lymphocytes T capables de reconnaître non seulement l’espèce précise de coronavirus à laquelle ils avaient été confrontés, mais aussi d’autres espèces voisines, dont le SARS-CoV-2. Un peu comme s’ils étaient dotés d’une clé passe-partout capable d’ouvrir différentes serrures relativement proches.

    D’ailleurs, en analysant de plus près ces lymphocytes, les chercheurs se rendent compte qu’ils réagissent avec la protéine Spike, ancrée dans l’enveloppe du virus et qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules (la protéine cible des vaccins en développement). Mais pas seulement. Une étude, publiée dans Nature https://www.nature.com/articles/s41586-020-2550-z , s’est penchée sur le cas de 23 survivants au SARS-CoV-1, le coronavirus qui avait sévi en 2003 (plus souvent appelé SRAS en français). Tous possèdent des lymphocytes T qui réagissent à une autre protéine appelée N, associée à l’ARN du virus et contenue à l’intérieur de l’enveloppe.

    Problème : mesurer et analyser ces lymphocytes T nécessite des techniques d’analyse beaucoup plus lourdes et coûteuses que pour les anticorps. Impossible pour l’heure de les tester en routine. « En se basant sur les tests sérologiques, on sous-estime ainsi clairement la proportion de la population exposée, en contact avec ce virus, affirme Fafi-Kremer, responsable du laboratoire de virologie du CHU de Strasbourg qui étudie la réponse lymphocytaire au virus. On sous-estime probablement aussi la part de la population immunisée contre ce virus. »

    « Probablement », car en réalité, « personne n’a pu démontrer la pertinence clinique de ces résultats », prévient Jean-Daniel Lelièvre, directeur du service d’immunologie clinique et maladies infectieuses de l’hôpital Henri-Mondor. « Il est possible, comme dans le cas du sida, que ces lymphocytes T ne nous protègent pas d’une infection ultérieure. En revanche, ils pourraient nous éviter de faire une maladie grave. C’est ce que les études sont en train de rechercher », annonce ce spécialiste, qui analyse actuellement toutes les publications d’immunologie sur le Covid pour le compte de la Haute Autorité de santé.

    « Intuitivement, on peut penser que [les lymphocytes T] nous protègent mais l’immunologie est l’endroit où l’intuition se meurt », dit Donna Farber https://www.theatlantic.com/health/archive/2020/08/covid-19-immunity-is-the-pandemics-central-mystery/614956 , microbiologiste à l’université Columbia (New York). Là est sans doute la grande leçon de toutes ces publications qui s’amoncellent sur notre réponse immunitaire : nous en savons si peu qu’il est bien difficile d’en tirer de quelconques enseignements pratiques.

    « On ne dispose pas du périscope pour suivre les agissements du système immunitaire », rappelle Anne-Marie Moulin, médecin et historienne des sciences. Nos tests sérologiques nous donnent une vision tronquée de la réalité. Voilà qui pourrait expliquer les faibles taux de séropositivité dans des régions pourtant fortement touchées par la pandémie. Et pourquoi, malgré ce faible taux de séropositivité, on n’observe (encore) que très peu de cas de réinfection.

    Cependant, cette vision tronquée pourrait nous fourvoyer dans le développement des vaccins. Bon nombre de projets se concentrent uniquement sur les anticorps circulants capables de neutraliser une seule protéine du virus : la fameuse Spike. « Il est important de ne pas se concentrer sur une seule protéine », préviennent certains spécialistes https://www.sciencemag.org/news/2020/05/t-cells-found-covid-19-patients-bode-well-long-term-immunity . « Il faudrait aussi songer à déclencher une réponse IgA au niveau des muqueuses », suggère Guy Gorochov. Pour cela, l’une des solutions serait de tester des vaccins par voie nasale. Mais pour l’heure, tous les vaccins en phase 3 passent par des injections intramusculaires, peu susceptibles de réveiller nos IgA…

    Accordons à ce virus au moins un mérite : celui de nous forcer à prendre place sur les gradins de notre théâtre immunitaire. Vu d’ici, le spectacle met à l’honneur des zones de notre corps trop souvent négligées, comme notre muqueuse nasale, ainsi que d’autres acteurs de notre système immunitaire au-delà des habituels anticorps circulants. La pandémie a révélé l’importance d’une réponse localisée et différenciée en fonction des caractéristiques des zones touchées. De même, il semble désormais nécessaire d’adopter un regard beaucoup plus territorialisé et diversifié de notre corps pour appréhender son immunité.

    #covid19 #SARS-CoV-2 #immunologie #immunité

  • Découverte d’un peptide bloquant l’infection des cellules pulmonaires par le SARS-CoV-2 | CNRS
    http://www.cnrs.fr/fr/decouverte-dun-peptide-bloquant-linfection-des-cellules-pulmonaires-par-le-sars

    Une équipe de recherche dirigée par Philippe Karoyan, Professeur Sorbonne Université au Laboratoire des Biomolécules (LBM, Sorbonne Université / Ecole normale supérieure - PSL / CNRS) a développé un leurre capable de bloquer, de façon irréversible, le virus SARS-CoV-2 en l’empêchant d’infecter les cellules pulmonaires. Cette découverte innovante pourrait constituer une solution thérapeutique alternative à la vaccination. Les travaux soumis pour publication sont accessibles en preprint. Le projet, soutenu par la direction de la recherche de la faculté des Sciences et Ingénierie de Sorbonne Université et la SATT-Lutech a fait l’objet d’une demande de brevet, licencié à la Start-up χ-Pharma.

    • An hACE2 peptide mimic blocks SARS-CoV-2 Pulmonary Cell Infection | bioRxiv
      https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.08.24.264077v1

      Abstract
      In the light of the recent accumulated knowledge on SARS-CoV-2 and its mode of human cells invasion, the binding of viral spike glycoprotein to human Angiotensin Converting Enzyme 2 (hACE2) receptor plays a central role in cell entry. We designed a series of peptides mimicking the N-terminal helix of hACE2 protein which contains most of the contacting residues at the binding site and have a high helical folding propensity in aqueous solution. Our best peptide mimics bind to the virus spike protein with high affinity and are able to block SARS-CoV-2 human pulmonary cell infection with an inhibitory concentration (IC50) in the nanomolar range. These first in class blocking peptide mimics represent powerful tools that might be used in prophylactic and therapeutic approaches to fight the coronavirus disease 2019 (COVID-19).

    • Un brevet déposé en 1978 par le fils des époux Martin, chercheurs au CNRS sur un procédé d’analyse (soit un investissement public de 400 000 francs de l’époque) a donné naissance à la multinationale Eurofins, (1 Milliard d’euros de CA, présente dans 80 pays),dont M. et Mme Martin, et surtout le fils ont installé le siège dans un paradis fiscal européen... Eurofins détient aujourd’hui plus de 40% des analyses de l’eau en France, sous-traitées par les ARS, en dépit de manquements innombrables à la rigueur scientifique...

  • Le Flohic à propos du « nouveau » virus :
    https://twitter.com/drgomi/status/1296721269933703168

    À tous les médias qui reprennent en boucle « le virus a muté il est gentil » : au-delà du fait que ce n’est pas ce que disent Korbet & al dans Cell, le mutant G614 dont il est question est celui qui a provoqué l’épidémie en France.
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.29.069054v1

    • Longue explication de Eric Billy :
      https://twitter.com/ericbillyfr/status/1296800358778449920

      Mode vénère et éclairage scientifique :
      En pleine recrudescence des cas COVID,les media (TV et écrits) nous abreuvent ces 2 derniers jours d’histoire autour du SARS-CoV2 D614G qui pourraient être moins dangereux et expliquer la situation actuelle. Faux⬇️

      Et si pour toi c’est TLDR :

      En résumé et CONTRAIREMENT a ce que bien des média disent :
      – Le mutant G614 est le variant prédominant en France depuis le début
      – ce variant est responsable de la quasi totalité des décès en France
      – ce variant est en aucun cas moins dangereux que la forme D614, plutôt l’inverse

      […]

      Et concernant la remontée actuelle des cas avec absence d’augmentation simultanée des entrées a l’hôpital c’est simplement lié à la classe d’âge de ceux touchés actuellement, au taux de positivité et à la dynamique entre l’infection et l’apparition des symptômes.

    • J’ai aussi largement l’impression que si les médias se passionnent pour cette histoire de mutation depuis 2 jours, c’est parce que le Savant de Marseille est passé à la télé pour annoncer que « ce n’est pas le même virus ». Et donc on va encore perdre un temps monstrueux parce que le Pignouf du Vieux port ne veut pas fermer son claque-merde.

      D’ailleurs l’extrême-droite pro-Raoult n’avait pas manqué de relayer ces articles exactement sur ce thème (vive Didier !). Ici G-W Goldnadel :
      https://twitter.com/gwgoldnadel/status/1296512076567977985?s=21

      Je ne voudrais surtout pas fâcher le parti conformiste avec lequel je cherche désespérément à me réconcilier, mais ça ressemble très exactement à ce que déclarait hier un certain professeur Didier R.

    • Véran à la TV hier, en substance : "Les deux populations particulièrement contaminées sont les 20-45 ans et les plus de 75 ans, et c’est pourquoi il y a moins de malades en réanimation...)

      J’ai du rater un épisode :-)

      Sauf qu’on commence aussi à entendre une autre petite musique, genre de mars à mai on a été dépassés, entendre on a mis tout le monde en réa car on ne savait pas quoi faire, d’où des morts en cascade, sans parler des complications.

      Alors qu’aujourd’hui on aurait appris à consolider des patients sans forcément les mettre en réa, à l’aide de traitements divers et variés...

      Ce qui expliquerait le gap entre contaminations en flèche et très peu de placements en réa ?

    • Autre possibilité : on ne peut pas comparer les nombres de contaminations d’aujourd’hui au nombre de mars-mai. Parce qu’à l’époque on n’avait pas les moyens de tester et, dans mon souvenir, on trouvait relativement inutile de tester une fois que le système était submergé, et il n’y a avait pas de campagnes massives de dépistage et de contact-tracing.

      Ce qui fait que 4000 cas aujourd’hui n’ont rigoureusement rien à voir avec 4000 cas à l’époque : 4000 cas à l’époque cachaient beaucoup plus de monde contaminé, et grosso modo on ne détectait proportionnellement que des gens qui avaient des symptômes (donc plus graves).

      Ce qui amène à une apparente contradiction (pas du tout insurmontable) :
      – oui on a plus de cas parce qu’on teste plus ;
      – mais ça c’est pour (ne pas) comparer aujourd’hui et la période mars-mai. Parce que sinon, sur la courte période récente, on a bien une augmentation spectaculaire du nombre de cas détectés, mais pas à cause d’une augmentation des tests sur la même période courte.

      C’est cette évolution rapide qui provoque l’alarme et suggère une reprise de l’épidémie, pas le chiffre en valeur absolue. Et avec une progression exponentielle, le chiffre en valeur absolue ne représente qu’un décalage dans le temps de quelques jours, pas forcément en résultat final de nombre de cas.

      Voir le thread d’Emma Hodcroft sur l’évolution en Floride :
      https://seenthis.net/messages/872362

      Sur la différence entre le nombre de cas « officiels » et les estimations… À la mi-mai, on avait 140 000 cas recensés en France :
      https://www.deplacementspros.com/covid-19/covid-19-lessentiel-du-15-mai
      mais Pasteur estimait qu’environ 3,5 millions de français·es avaient été touché·es :
      https://science.sciencemag.org/content/369/6500/208
      mis à jour ici à 5,3% de la population ici :
      https://science.sciencemag.org/content/368/6498/eabd4246

    • pour aller dans ton sens, @arno, sur la dizaine de cas que je connais autour de moi de cette première vague – nous étions cluster dès le 5 mars - un seul a été testé, celui qui est décédé ; sa femme, qui très probablement lui avait transmis, ne l’a pas été, pas plus que le reste du groupe, y compris l’un d’entre eux qui a été hospitalisé 15 jours.

      Une bonne partie d’entre eux - sans doute tous, je n’ai pas suivi le décompte - sont porteurs d’anticorps. Ils n’ont jamais été comptabilisés. Plusieurs ont toujours des séquelles neurologiques lourdes (perte complète de sensibilité sur les deux bras pour l’un, asthénies brutales pour d’autres)

    • Je me souviens qu’on avait tous ces témoignages de gens qui étaient allés voir leur généraliste pour les symptômes du Covid, parfois renvoyés vers l’hôpital pour être testés, finalement jamais testés, et renvoyés chez eux avec du Paracétamol, sur le thème « de toute façon qu’est-ce que ça change ? ».

    • C’est assez évident, il me semble que des urgentistes comme @fluidloading disent cela régulièrement sur Touiteur (meilleure connaissance de la maladie, amélioration des protocoles). Mais c’est relativement difficile à ébruiter (ne serait-ce que parce que c’est assez évident :-)), alors qu’on en est encore avec un gros bataillon d’abrutis (tels Perronne) qui beuglent que si on donne pas d’HCQ, ça revient à « laisser crever comme un chien »…

      Ce qui d’ailleurs renforce (par les mêmes) l’argument des gestes barrière, des tests massifs, etc., sans paniquer pour autant : parce qu’il faut, à nouveau, éviter à tout prix de saturer le système de santé. Ils disent qu’on a une meilleure prise en charge, grâce à une meilleure connaissance de la maladie, mais si on laisse exploser le truc et que le système de santé est débordé, les gens mourront faute d’accès à des soins adaptés.

      –—

      Et par ailleurs, les décès ne sont qu’une partie du problème. Les séquelles longue durée (évoquées par @simplicissimus dans son message ci-dessus), très handicapantes, commencent à être plus documentées. Et ça, apparemment, on semble encore largement dans l’inconnu question traitements.

  • Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2 | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.29.069054v1

    Summary

    We have developed an analysis pipeline to facilitate real-time mutation tracking in SARS-CoV-2, focusing initially on the Spike (S) protein because it mediates infection of human cells and is the target of most vaccine strategies and antibody-based therapeutics. To date we have identified fourteen mutations in Spike that are accumulating. Mutations are considered in a broader phylogenetic context, geographically, and over time, to provide an early warning system to reveal mutations that may confer selective advantages in transmission or resistance to interventions. Each one is evaluated for evidence of positive selection, and the implications of the mutation are explored through structural modeling. The mutation Spike D614G is of urgent concern; it began spreading in Europe in early February, and when introduced to new regions it rapidly becomes the dominant form. Also, we present evidence of recombination between locally circulating strains, indicative of multiple strain infections. These finding have important implications for SARS-CoV-2 transmission, pathogenesis and immune interventions.
    Competing Interest Statement

  • Robust T cell immunity in convalescent individuals with asymptomatic or mild #COVID-19 | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.29.174888v1

    SARS-CoV-2-specific memory T cells will likely prove critical for long-term immune protection against COVID-19. We systematically mapped the functional and phenotypic landscape of SARS-CoV-2-specific T cell responses in a large cohort of unexposed individuals as well as exposed family members and individuals with acute or convalescent COVID-19. Acute phase SARS-CoV-2-specific T cells displayed a highly activated cytotoxic phenotype that correlated with various clinical markers of disease severity, whereas convalescent phase SARS-CoV-2-specific T cells were polyfunctional and displayed a stem-like memory phenotype. Importantly, SARS-CoV-2-specific T cells were detectable in antibody-seronegative family members and individuals with a history of asymptomatic or mild COVID-19 . Our collective dataset shows that #SARS-CoV-2 elicits robust memory T cell responses akin to those observed in the context of successful vaccines, suggesting that natural exposure or infection may prevent recurrent episodes of severe COVID-19 also in seronegative individuals.

    Immunity to COVID-19 is probably higher than tests have shown
    https://medicalxpress.com/news/2020-06-immunity-covid-higher-shown.html

    “T cells are a type of white blood cells that are specialized in recognizing virus-infected cells, and are an essential part of the immune system,” says Marcus Buggert, assistant professor at the Center for Infectious Medicine, Karolinska Institutet, and one of the paper’s main authors. “Advanced analyses have now enabled us to map in detail the T-cell response during and after a COVID-19 infection. Our results indicate that roughly twice as many people have developed T-cell immunity compared with those who we can detect antibodies in .”

    Coronavirus: Immunity may be more widespread than tests suggest - BBC News
    https://www.bbc.com/news/health-53248660

    T-cells are very complex and much harder to identify than antibodies, requiring specialist labs and small batches of samples being tested by hand over the course of days.

    This means mass testing for T-cells is not a very likely prospect at the moment.

    #immunité #séronégatifs #asymptomatiques

  • Tiens donc : Où on reparle des #eaux_usées, des #encéphalites et des conséquences #neurologiques de la bestiole...

    Covid-19 : et si la cible du virus n’était pas les poumons ? - Page 1 | Mediapart
    https://www.mediapart.fr/journal/france/080620/covid-19-et-si-la-cible-du-virus-n-etait-pas-les-poumons

    Alors que les équipes médicales s’attendaient à soigner des pneumonies sévères et que les pays se ruaient sur les respirateurs, le mode opératoire du virus a rapidement dérouté les réanimateurs. Certes, le Sars-CoV-2 étouffe certaines de ses victimes. Mais les poumons seraient une victime collatérale, non sa cible.

    Au début, il s’agissait d’une « mystérieuse épidémie de pneumonie virale », rapidement baptisée « pneumonie de Wuhan » par certains. Après le séquençage du virus en cause, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1 le baptise « Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère », ou Sars-CoV-2. Dans tous les cas, le poumon apparaît d’emblée comme la cible centrale de ce nouveau virus. Toutefois, au fur et à mesure que l’Europe voit affluer ses premiers cas, surprise : il ne s’agit pas d’une pneumonie classique, loin de là. Plus étonnant encore : les poumons pourraient ne pas être la cible principale. Mais alors, comment ce microbe tue-t-il exactement ? Les détails de son mode opératoire commencent tout juste à s’esquisser.

    Tout commence par le nez. L’une des grandes surprises d’une étude parue dans Nature Medecine https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6 fut en effet de découvrir que le nez semble être l’endroit du corps qui compte le plus de récepteurs ACE2 (pour Angiotensin Converting Enzyme 2), la fameuse porte d’entrée du virus, celle qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules et ainsi se multiplier. Pratique : dès que des particules virales y sont aspirées, elles trouvent ainsi de nombreuses portes qui s’ouvrent au fur et à mesure qu’elles s’y attachent. Doublement pratique : dès qu’une personne infectée éternue, ses virus sont expulsés à hauteur de visage et avec un peu de chance, un autre nez les attend. C’est donc ici que se jouerait la première phase cruciale de l’histoire : soit le système immunitaire parvient rapidement à se débarrasser de ces importuns résidents du nez, soit il n’y parvient pas. Dans le premier cas, on est quitte pour une bonne fatigue. Dans le second, les virus se mettent à se multiplier et c’est là que les problèmes commencent. C’est aussi là que le mode opératoire devient plus flou.

    Pour poursuivre leur route dans notre organisme, les virus auraient finalement trois options. Ils pourraient s’attaquer directement au nerf olfactif, d’où la perte d’odorat vécue par 25 à 30 % des patients. Et de là, migrer éventuellement jusqu’au cerveau, où des récepteurs ACE2 sont également présents. Voilà qui pourrait expliquer les signes d’agitation et de confusion observés chez plus de la moitié https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2008597 des patients gravement atteints dans un hôpital de Strasbourg et les cas d’encéphalites https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220301958 également rapportés. En France, plusieurs études sont en cours pour tenter de mieux comprendre les conséquences neurologiques de l’infection au Covid-19, notamment le projet Cohorte Covid – Neurosciences https://icm-institute.org/fr/actualite/projet-neuro-covid-19 .

    Seconde voie de dissémination possible, via le mucus nasal, véritable tapis roulant pour les nombreux microbes prisonniers de ce liquide gluant. De fait, on n’avale pas moins d’un litre de morve chaque jour ! Les nombreux symptômes digestifs (notamment une diarrhée pour plus de 20 % des patients français https://link.springer.com/article/10.1007/s11739-020-02379-z ) qui accompagnent la maladie laissent effectivement penser que le virus emprunte la même route que nos aliments et perturbe nos intestins. Et pour cause : les cellules de la paroi interne de l’intestin grêle sont particulièrement dotées en récepteurs ACE2. D’ailleurs, une étude https://science.sciencemag.org/content/early/2020/04/30/science.abc1669 menée sur des organoïdes intestinaux, sortes de mini-intestins en culture, montre que le Sars-CoV-2 infecte bel et bien ces cellules intestinales. Autre preuve : on retrouve des traces de virus dans les selles d’une majorité de patients (chez la moitié des patients, estime par exemple cette étude https://www.gastrojournal.org/article/S0016-5085(20)30282-1/pdf ). On en retrouve même dans les eaux usées https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.12.20062679v2 , sans que l’on sache encore si ces traces sont celles de virus entiers encore vivants, ou de bouts de virus morts.

    Enfin, troisième voie de diffusion, qui semble être l’autoroute privilégiée des particules virales : depuis le nez, elles peuvent être charriées via l’air, durant une inspiration, et emprunter non pas l’œsophage mais la trachée. C’est ainsi qu’elles atterrissent dans les poumons. Mais curieusement, « nous retrouvons très peu de récepteurs ACE2 dans les poumons, affirme Christophe Bécavin, de l’Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire de Sophia Antipolis, qui faisait partie de l’équipe en charge de l’étude des poumons dans la publication de Nature Medecine https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6 . On voit uniquement réapparaître ce récepteur au niveau des pneumocytes de type 2, les alvéoles tout au fond des poumons où ont lieu les échanges gazeux ». En fait, il y a beaucoup plus de cellules dotées du récepteur ACE2 dans les intestins, le cœur, la vessie, les reins ou encore les yeux que dans les poumons. « Les taux de virus dans les poumons, mesurés à partir d’un échantillon de lavage broncho-alvéolaire, diminuent rapidement sans traitement antiviral alors même que la situation clinique est critique », témoigne de son côté Hadrien Roze, du service anesthésie-réanimation du CHU de Bordeaux.

    Ce n’est pas tout. Normalement, dans une pneumonie classique, c’est le côté air des poumons qui est atteint : le pathogène entraîne une réaction inflammatoire à l’intérieur des alvéoles, il se crée ensuite un œdème dans les poumons qui, en se gorgeant d’eau, deviennent de plus en plus rigides. Pour permettre le passage de l’oxygène dans le sang et éviter que les alvéoles ne se referment trop et trop souvent, il devient alors nécessaire d’insuffler de l’air avec une forte pression. Mais avec le Sars-CoV-2, les choses semblent être différentes, particulièrement durant la phase initiale. « On s’est vite aperçu qu’il y avait des points qui ne collaient pas », retrace Alexandre Demoule, chef de service réanimation à la Pitié-Salpêtrière. Comme ces patients dont le taux d’oxygène est particulièrement bas, mais qui semblent bizarrement le tolérer, continuant de s’exprimer et de raisonner normalement.

    Autre particularité étonnante : leurs poumons restent relativement élastiques, preuve qu’ils sont encore pleins d’air, estime Hadrien Roze. Ces étranges observations sont rapidement partagées par des centaines de réanimateurs français, mais aussi italiens, allemands et bientôt américains, et posent de nombreuses questions. Car autant il est nécessaire d’insuffler de l’air enrichi en oxygène à forte pression lorsque les poumons se sont rigidifiés, autant cette même pression peut devenir délétère si ceux-ci sont encore souples. D’où l’alerte de certains pneumologues et réanimateurs pour qui, contrairement aux recommandations internationales https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2763879 , la ventilation classique ne représenterait pas la solution optimale pour ces patients.

    C’est le cas du Dr Luciano Gattinoni qui publie avec des collègues italiens et allemands une lettre le 30 mars https://www.atsjournals.org/doi/10.1164/rccm.202003-0817LE dans l’American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine appelant à passer à une ventilation la plus douce et la moins en pression possible. Dans un centre qui a procédé ainsi dès le début, le taux de mortalité des patients intubés est de 14 %, contre 60 % en moyenne dans les autres hôpitaux, affirme Luciano Gattinoni, qui ne souhaite pas nommer cet hôpital. Au même moment, aux États-Unis, un réanimateur du centre médical Maimonide à Brooklyn, Cameron Kyle-Sidell, publie un témoignage vidéo similaire https://www.youtube.com/watch?v=k9GYTc53r2o&feature=youtu.be

     : « Nous nous attendions à traiter des patients en situation de syndrome de détresse respiratoire aiguë, mais ce n’est pas ce que je vois depuis neuf jours.[…] Nous traitons la mauvaise maladie. »

    En France aussi, les réanimateurs modifient rapidement leurs protocoles. « Au bout de dix jours, nous avons diminué la pression de l’air que les respirateurs insufflent dans les poumons », retrace Alexandre Demoule. « Les réanimateurs se sont rapidement rendu compte que les ventilations avec de fortes pressions empiraient l’état des patients, donc nous avons diminué la pression de l’air insufflé dans les poumons et nous avons placé les patients sur le ventre, ce qui permet de mieux ouvrir leurs poumons », détaille de son côté Stéphane Zuily, du service de médecine vasculaire du CHU de Nancy. Le 10 avril, soit dix jours après la commande de 10 000 respirateurs par l’État pour un coût total de 56,7 millions d’euros, le site d’information pour les médecins et les professionnels de santé Medscape finit même par poser cette provocante question : et si l’intubation n’était pas la solution ? https://francais.medscape.com/voirarticle/3605845

    « Les caillots sanguins jouent un rôle essentiel dans la mortalité »

    Dans cet article, la médecin urgentiste et journaliste santé Isabelle Catala suggère que les techniques non invasives d’oxygénation pourraient, dans certains cas, remplacer l’intubation. Dans les pneumonies classiques graves, la ventilation non invasive, via un masque, n’est pas recommandée car le patient qui se sent étouffer aura tendance à trop forcer sur ses poumons et finit par les abîmer. En revanche, les nouvelles techniques d’oxygénation nasale à haut débit peuvent être utilisées.

    Néanmoins, au début de l’épidémie, beaucoup d’équipes étaient réticentes à utiliser ces techniques en raison du risque d’aérosolisation de particules virales. « Si pour sauver un patient je perds cinq soignants à cause d’une contamination, on ne va pas aller loin », dit Alexandre Demoule qui, après avoir épluché la littérature scientifique à ce sujet, finit par se rassurer : « Ce risque n’apparaît finalement pas si important que ça. Rapidement, nous avons placé certains patients sous oxygénothérapie nasale à haut débit en leur ajoutant un masque pour limiter le risque de diffusion et nous avons tenté de pousser un peu plus loin, d’attendre un peu plus que d’habitude avant l’intubation. » Dans son équipe de la Pitié-Salpêtrière, une dizaine de personnels soignants ont été malades, dont lui-même, sur 140. Une étude est en cours pour évaluer l’impact des différentes prises en charge.

    Mais alors, si ce n’est pas un syndrome de détresse respiratoire classique, à quoi avons-nous affaire ? « Les réanimateurs nous ont fait remonter un nombre anormalement élevé d’embolies pulmonaires », poursuit Stéphane Zuily, soulignant au passage que les Chinois n’avaient jamais communiqué sur cet aspect particulier de la maladie. L’embolie pulmonaire survient lorsque des caillots de sang viennent perturber la circulation sanguine des poumons. Autrement dit, le problème ne viendrait peut-être pas du côté air des poumons, mais du côté sang.

    La formation de caillots sanguins est un risque bien connu des séjours hospitaliers, à cause de l’alitement, de certains traitements, des suites d’interventions chirurgicales. D’où l’usage quasi systématique des traitements anticoagulants préventifs pour éviter ces complications. Mais chez les patients Covid hospitalisés, ces complications sont significativement plus fréquentes : entre 20 et 50 % des patients en souffrent, selon les études. Au CHU de Lille, un suivi https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCULATIONAHA.120.047430 sur 107 cas de Covid admis en soins intensifs montre que 20 % d’entre eux souffraient d’embolie pulmonaire, soit deux fois plus que les autres patients non-Covid dans la même unité de réanimation et deux fois plus également que les quarante cas graves de grippe admis en 2019. « Dans notre unité bordelaise, l’embolie pulmonaire était présente chez environ 30 % de nos patients », estime de son côté Hadrien Roze, et ce malgré les traitements anticoagulants préventifs.

    « C’est comme si le virus ne ravageait pas les cellules pulmonaires, comme dans une grippe grave, mais empêchait l’oxygène des poumons de pénétrer dans les vaisseaux en perturbant la circulation sanguine », commente Alexandre Demoule, qui souligne qu’il ne s’agit encore que d’une hypothèse. « Plus on regarde, plus il devient évident que les caillots sanguins jouent un rôle essentiel dans la sévérité du Covid-19 et sa mortalité », affirme https://www.sciencemag.org/news/2020/04/how-does-coronavirus-kill-clinicians-trace-ferocious-rampage-through-bod Behnood Bikdeli, de l’école de médecine de Yale. Cela expliquerait par ailleurs d’autres problèmes cardiovasculaires, comme les infarctus qui semblaient avoir disparu https://www.liberation.fr/france/2020/04/05/deux-fois-moins-d-infarctus-ce-n-est-pas-normal_1784267 pendant l’épidémie, mais qui auraient en réalité été deux fois plus nombreux pendant la période du confinement en région parisienne, d’après une récente étude https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lanpub/PIIS2468-2667(20)30117-1.pdf qui s’appuie sur les données issues du registre francilien du Centre d’expertise mort subite. La même observation https://www.mediapart.fr/journal/france/Library/Containers/com.apple.mail/Data/Library/Mail%20Downloads/812CF693-D005-4217-B724-CC40C575CE1F/Out-of-Hospital%20Cardiac%20Arrest a été faite en Lombardie. Plusieurs hypothèses sont avancées : la saturation du système de soins, la crainte de se rendre à l’hôpital, un moindre suivi médical, mais également un effet direct du Sars-CoV-2 (un tiers des décès parisiens en surplus concernait des patients positifs au Sars-CoV-2 ou suspects).

    « La stabilisation endothéliale va devenir la clé de cette maladie en lieu et place de la ventilation protectrice des poumons, estime https://twitter.com/cameronks/status/1259470636986044423 Cameron Kyle-Sidell qui juge cette méthode comme « une intervention nécessaire mais indésirable ». L’endothélium, ce tissu qui recouvre l’intérieur des vaisseaux sanguins, est le plus grand organe de notre organisme. Sa surface est équivalente à six courts de tennis et l’une de ses fonctions est de réguler la fluidité du sang, écrit le professeur Alain Baumelou dans un article intitulé « L’endothélite : clé de l’atteinte multiviscérale du Sars-CoV-2 ? » https://www.vidal.fr/actualites/25040/l_endothelite_cle_de_l_atteinte_multiviscerale_du_sars_cov_2 , publié sur le site du Vidal. L’endothélium est doté de récepteurs ACE2. Et une étude https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420303998 démontre que le virus peut bel et bien infecter et se répliquer à l’intérieur d’un « organoïde vasculaire », un vaisseau sanguin reconstruit in vitro. En outre, plusieurs études post-mortem https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/04/29/covid-19-est-aussi-une-maladie-inflammatoire-vasculaire révèlent des traces du virus à l’intérieur des cellules endothéliales de plusieurs organes (intestins, reins, cœur…)

    Dès lors, se pourrait-il que l’endothélium soit la véritable cible du virus ? Pas si simple. D’abord, les études qui ont recherché le virus dans le sang donnent des résultats très hétérogènes : certaines https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x ] n’en trouvent aucune trace, une autre [ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7118636 le détecte chez 87 % des patients en soins intensifs. En agrégeant les données issues de vingt-huit études, une revue de littérature https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.20105486v1 en prépublication estime à seulement 10 % en moyenne la proportion de malades chez qui on retrouve des traces de virus dans le sang. En outre, les quantités sont relativement faibles, bien plus faibles que celles retrouvées dans le nez par exemple. Ce qui signifie que le virus circule peu dans le sang.

    Mais surtout, « au-delà d’un éventuel effet direct du virus sur l’endothélium, il y a bien d’autres raisons pour que ce tissu soit lésé durant cette maladie », explique Sophie Susen, coauteure de l’étude sur les embolies pulmonaires au CHU de Lille. Lors d’une infection, l’organisme produit en effet plusieurs signaux de danger, dont les fameuses cytokines. C’est cette réaction inflammatoire qui s’emballe fortement dans certains cas graves de Covid. Or ces molécules sont elles aussi capables d’activer le même récepteur ACE2 que le virus et peuvent à elles seules entraîner des problèmes de coagulation. « Les problèmes vasculaires sont sans doute le prix à payer pour lutter contre ce virus », souligne Hadrien Roze.

    Mais tout le monde n’est pas du même avis. « C’est vrai que les patients Covid ont des marqueurs inflammatoires élevés dans le sang, mais leur taux est en réalité inférieur à ce que l’on peut voir dans d’autres syndromes de détresse respiratoire aiguë, fait remarquer de son côté Joseph Levitt, de l’Université de Stanford, aux États-Unis. Pour ce pneumologue spécialisé dans ces infections graves, non seulement « l’orage cytokinique » serait accusé à tort d’être responsable des cas graves, mais en outre, en cherchant à éteindre ce feu grâce aux traitements immunosuppresseurs (comme les corticoïdes), on pourrait empirer le cours de la maladie. « Vous risquez d’éteindre le système immunitaire au moment même où il combat une infection », https://www.nature.com/articles/d41586-020-01056-7 illustre l’immunologiste Daniel Chen, de l’IGM Biosciences, à Mountain View, en Californie.

    Fallait-il donner moins de corticoïdes ? Plus d’anticoagulants ? Fallait-il moins se précipiter sur les respirateurs artificiels ? Quatre mois après le début de cette pandémie, les questions restent nombreuses. « Pour le sida, il a fallu dix ans pour comprendre un peu mieux comment ce virus agissait… », note Hadrien Roze. Une seule chose est sûre : alors que l’attention était principalement tournée vers les poumons, ce virus a en réalité plus d’un tour dans son sac. Et les données qui s’accumulent aujourd’hui lui donnent un tout autre visage.

    #covid-19 #pandémie #épidémiologie

  • BBC - Earth - There are diseases hidden in ice, and they are waking up
    http://www.bbc.com/earth/story/20170504-there-are-diseases-hidden-in-ice-and-they-are-waking-up

    In August 2016, in a remote corner of Siberian tundra called the Yamal Peninsula in the Arctic Circle, a 12-year-old boy died and at least twenty people were hospitalised after being infected by anthrax.

    The theory is that, over 75 years ago, a reindeer infected with anthrax died and its frozen carcass became trapped under a layer of frozen soil, known as permafrost. There it stayed until a heatwave in the summer of 2016, when the permafrost thawed.

    This exposed the reindeer corpse and released infectious anthrax into nearby water and soil, and then into the food supply. More than 2,000 reindeer grazing nearby became infected, which then led to the small number of human cases.

    The fear is that this will not be an isolated case.

  • Le coronavirus se propage-t-il par voie aérienne ? Publications et désaccords
    Par Amélie Poinssot
    https://www.mediapart.fr/journal/france/290420/le-coronavirus-se-propage-t-il-par-voie-aerienne-publications-et-desaccord

    Une nouvelle étude italienne, contestée, a trouvé des traces d’ARN du Covid-19 sur des particules fines à Bergame, la ville de la péninsule la plus touchée par l’épidémie. Une étude américaine montre que le virus peut rester viable trois heures dans l’air. Tour d’horizon des dernières publications scientifiques.

    C’est l’impensé des politiques publiques actuelles, et un champ encore largement inexploré. Le Covid-19 pourrait-il se transmettre par voie aérienne ? Jusqu’à présent, seuls les contacts entre individus, gouttelettes humaines (toux, éternuement), et avec des surfaces infectées ont été reconnus par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme facteurs de transmission du coronavirus. Les mesures sanitaires ont été prises au regard de ces connaissances.

    Une étude italienne [1], publiée le 24 avril par la revue MedRχiν, ouvre de nouvelles perspectives et fait le lien avec la pollution atmosphérique. Ce travail provient de la même équipe qui avait mis en évidence, fin mars, que la plaine du Pô – région la plus industrialisée du pays et celle dont la concentration en particules fines a systématiquement dépassé la limite considérée comme acceptable de 50 mg/m³ (pendant la période examinée) – a connu, passé le délai des quatorze jours d’incubation de la maladie, la progression la plus forte du nombre de personnes infectées par le Covid. Elle avait alors émis l’hypothèse que les particules fines ont pu agir comme agent vecteur du virus et accélérer sa propagation, sans toutefois identifier une présence de Covid-19 sur ces particules.

    C’est chose faite cette fois-ci. À partir d’échantillons prélevés entre le 21 février et le 13 mars dans l’air de Bergame, la ville italienne la plus touchée par l’épidémie, ces chercheurs ont réussi, selon leurs résultats, à identifier sur certaines particules fines l’ARN du SARS-Cov-2, c’est-à-dire le matériel génétique du virus à l’origine de l’épidémie actuelle. Pour cela, ils ont fait analyser 35 échantillons de PM10 (particules fines d’un diamètre inférieur à 10 micromètres) par le laboratoire de l’université de Trieste et parallèlement par l’hôpital universitaire local : au total, sept d’entre eux ont été testés positifs à l’ARN du virus.


    Dans une rue de Paris, le 28 avril 2020. © Mehdi Taamallah / NurPhoto via AFP

    « C’est la première preuve préliminaire que l’ARN du SARS-Cov-2 peut être présent sur des particules en suspension, suggérant par conséquent que dans des conditions de stabilité atmosphérique et de fortes concentrations de particules fines, le SARS-Cov-2 pourrait créer des groupes avec des particules fines dans l’air et – en réduisant leur coefficient de diffusion – augmenter la persistance du virus dans l’atmosphère », concluent les chercheurs.

    Si cette hypothèse était avérée, cela signifierait que les zones denses en particules fines, donc les régions touchées par un fort trafic routier, la pollution industrielle ou encore l’agriculture intensive – trois facteurs réunis dans le cas de Bergame et de la plaine du Pô – favoriseraient la circulation du virus. Autrement dit, qu’il faudrait combattre la pollution tout autant qu’adopter la distanciation sociale pour freiner la propagation de la maladie.

    « Cette étude démontre que le virus peut être véhiculé par les particules fines mais on ne sait pas encore combien de temps il peut rester infectant dans l’air, ni si la charge virale est suffisante, explique le radiologue strasbourgeois Thomas Bourdrel, membre du collectif Air Santé Climat. Ce qui est sûr, c’est qu’il ne peut pas y avoir une transmission de la maladie sur plusieurs kilomètres, mais une contamination sur courte distance – quelques dizaines ou centaines de mètres par exemple – en cas de pollution aux particules peut être envisagée. On peut imaginer également que dans un espace confiné chargé en particules comme le souterrain du métro, l’effet “transporteur” des particules pourrait avoir des conséquences importantes. »

    Cette étude cependant est à prendre avec des pincettes : elle n’a pas fait l’objet d’évaluation par les pairs, comme il est de règle dans la communauté scientifique ; ce n’est qu’une pré-publication. Le consortium Actris, réseau rassemblant des infrastructures de recherche européennes travaillant sur les aérosols atmosphériques, l’a d’ailleurs pointé dans un communiqué [2].

    « Il faut vérifier les procédures et la méthode utilisée, vérifier qu’il n’y a pas eu contamination pendant la manipulation », indique ainsi Jean-François Doussin, professeur de chimie atmosphérique à l’université Paris-Est-Créteil et au CNRS.

    Ce chercheur, qui travaille depuis plus de vingt ans sur la pollution, émet par ailleurs de sérieux doutes sur la conclusion de l’étude italienne. D’une part, la détection d’ARN du SARS-Cov-2 sur les particules fines ne donne aucune indication sur la question de savoir si le virus est contaminant ou pas : « On ne sait pas à partir de quelle quantité dans l’air le virus peut être infectieux. » D’autre part, « la probabilité pour que des particules de pollution s’agrègent avec des particules contenant le virus et le fassent voyager est extrêmement faible. Celles-ci n’ont d’ailleurs pas besoin de ces supports pour être transportées. »

    Les particules issues de l’évaporation des gouttelettes humaines, poursuit le chercheur, sont en effet susceptibles de véhiculer le virus. « En ce sens, l’aérocontamination est possible, et ce serait alors davantage dans les espaces fermés qu’en extérieur qu’il faudrait être vigilant. Cela pose la question de l’aération des bâtiments. »

    Sans vouloir nier le facteur environnement dans l’évolution de la maladie, Jean-François Doussin estime que, si une corrélation entre exposition à la pollution aux particules fines et propagation du Covid-19 était confirmée, c’est aussi du côté de la sensibilisation de l’organisme humain qu’il faudrait chercher, la pollution atmosphérique étant à l’origine de détresse respiratoire chronique et de maladies. « La pollution est responsable de 40 000 à 50 000 décès prématurés en France chaque année », rappelle-t-il.

    À l’université Clermont-Auvergne, le physicien Laurent Deguillaume et le microbiologiste Pierre Amato expriment des réserves similaires sur la publication italienne. « C’est une première étude, qui a le mérite d’exister. Mais cela ne signifie pas qu’il y a un lien effectif et démontré entre propagation de l’épidémie et particules de pollution », expliquent ces deux chercheurs, affiliés respectivement au Laboratoire de météorologie physique pour le premier, au CNRS et à l’Institut de chimie de Clermont-Ferrand pour le second. « La survie du virus dans l’air peut dépendre des U.V., de la chaleur, des conditions météorologiques… Elle est très difficile à évaluer. Par ailleurs, détecter l’ARN comme l’a fait cette équipe italienne ne nous dit rien sur les protéines de surface du virus, qui peuvent être détériorées et donc tuer sa virulence, comme sous l’effet du savon. Il faut rester prudent, en attendant de nouvelles études plus robustes. »

    Sans que le lien soit établi avec la pollution atmosphérique, plusieurs travaux scientifiques publiés ces dernières semaines sont venus renforcer l’hypothèse d’une propagation du coronavirus par voie aérienne.

    Dans The New England Journal of Medecine, une équipe d’une quinzaine de chercheurs issus de différentes universités américaines (parmi lesquelles Princeton) et de l’Institut national américain des allergies et maladies infectieuses, a publié le 16 avril un article [3] faisant état d’une expérience comparée en laboratoire sur la stabilité et la décomposition des deux coronavirus suivant l’environnement dans lequel ils se trouvent (SARS-Cov-1, responsable de la première épidémie en 2002-2003 qui avait fait 349 morts et infecté 5 327 personnes, et SARS-Cov-2).

    Résultat, les deux virus présentent des trajectoires similaires : trois heures de viabilité dans l’air, jusqu’à 72 heures de viabilité sur du plastique et de l’acier inoxydable, jusqu’à huit heures de viabilité pour le premier SARS sur du cuivre et du carton ; le deuxième SARS pouvant être viable quant à lui jusqu’à quatre heures sur du cuivre et vingt-quatre heures sur du coton.

    « Nos résultats montrent que la transmission de SARS-Covid-2 par des vecteurs et des particules en suspension est plausible, puisque le virus peut rester viable et infectieux dans les aérosols pendant trois heures », conclut l’équipe américaine.

    Une autre étude, chinoise celle-ci, vient étayer cette thèse. Publiée le 10 mars [4] par la revue spécialisée bioRχiν puis ce lundi [5] par la célèbre revue scientifique Nature, elle se base sur des échantillons collectés dans deux hôpitaux de Wuhan entre le 17 février et le 2 mars. Au total, 35 échantillons d’aérosol prélevés dans les espaces des différents usagers (patients, équipe médicale, public) ont été analysés. Dans plusieurs d’entre eux, la présence du virus a été diagnostiquée. L’équipe de chercheurs en conclut que le SARS-CoV-2 peut avoir été transmis par voie aérienne, et qu’il convient de ventiler les pièces, de désinfecter, et de travailler en milieu ouvert le plus possible afin de limiter la propagation du virus.

    Une étude similaire a été réalisée dans l’hôpital universitaire du Nebraska, aux États-Unis. Des échantillons d’aérosol et de particules de surface ont été prélevés début mars dans les chambres de treize individus isolés, contaminés par le Covid-19. Dans une pré-publication [6] parue le 26 mars dans la revue medRχiν, les scientifiques à l’origine de ces prélèvements expliquent que 63,2 % des échantillons d’aérosol ont été testés positifs à l’ARN du SARS-CoV-2 – preuve, écrivent-ils, d’une « contamination virale dans l’air ».

    À la lecture de ces travaux, deux inconnues majeures perdurent : le nombre d’entités de SARS-Cov-2 et la durée d’exposition nécessaires pour causer une infection chez l’être humain. Mais une certitude semble communément partagée, si l’on en croit la chercheuse Lidia Morawska, de l’université de technologie de Queensland, en Australie : « Dans l’esprit des scientifiques travaillant là-dessus, il n’y a absolument aucun doute que le virus se propage dans l’air », disait-elle début avril à la revue Nature dans un article [7] posant les bases de cette question scientifique.

    [1] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.15.20065995v2
    [2] https://www.actris.fr/propagationdusars-cov-2etparticulesatmospheriques
    [3] https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2004973
    [4] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.08.982637v1
    [5] https://www.nature.com/articles/s41586-020-2271-3
    [6] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.23.20039446v2
    [7] https://www.nature.com/articles/d41586-020-00974-w

    #covid19 #propagation_covid19

  • A partir de 2020, il est temps de passer à la quatrième compilation (#recension) sur #effondrement #collapsologie #catastrophe #fin_du_monde #it_has_begun #anthropocène #capitalocène, après les trois premières de 2016 à 2019 :
    https://seenthis.net/messages/499739
    https://seenthis.net/messages/524060
    https://seenthis.net/messages/680147
    =============================
    Méga feux : « Nous ne vivons pas seulement dans l’Anthropocène mais dans le Pyrocène »
    Joëlle Zask, Reporterre, le 4 janvier 2020
    https://seenthis.net/messages/818910
    #pyrocène

    à suivre...

  • Une nouvelle étude génétique montre que la Bretagne à un héritage différent
    https://abp.bzh/une-nouvelle-etude-genetique-montre-que-la-bretagne-a-un-heritage-different-484


    The genetic map of France publié dans la revue biologique BIORXIV : Reproduction autorisée pour ABP.

    Les études génétiques permettent de mieux identifier certaines prédispositions à des maladies héréditaires. Elles aident aussi les historiens à évaluer l’importance de migrations historiques dans des zones géographiques jusqu’ alors restées dans le flou.

    La première étude globale de l’héritage génétique en France, réalisée par une équipe sous la direction du Dr. Aude Saint Pierre, a pu déterminer six groupes dans l’hexagone. Ils correspondent à la fois à des zones géographiques relativement clairement délimitées et à des régions qui ont souvent eu une histoire différente comme pour la Bretagne, ou curieusement à des zones linguistiques comme pour l’Occitanie. L’étude a porté sur 2184 individus selon des méthodes scientifiques rigoureuses. L’unité géographique de l’étude est le département, chaque département est doté d’un diagramme circulaire appelé cluster (voir la carte).

    Les clusters ont bien sûr plusieurs composantes mais souvent avec une composante dominante. Sur la carte le cluster breton, avec une composante rose unique dominante, est clairement identifié avec la zone historique du duché de Bretagne. La composante rose a une surprenante excroissance dans la Mayenne et un essaimage vers l’est jusqu’à Paris. À noter que la Loire-Atlantique est aussi rose que l’Ille-et-Vilaine. Le cluster occitan a une composante jaune dominante unique, le cluster basque-gascon a une composante brune aussi unique.
    D’autres études ont montré que le cluster breton avait des haplogroupes (voir notre article) que l’on retrouvait aussi en Grande-Bretagne. On attend une étude à l’échelon européen pour le confirmer.

    avec lien vers un pdf sur le site de l’APB…

    • … et vers l’article de Biorxiv

      The Genetic History of France | bioRxiv
      https://www.biorxiv.org/content/10.1101/712497v1


      FineSTRUCTURE clustering of the 3C Study (770 individuals) and SU.VI.MAX (1 414 individuals) pooled in 6 and 7 clusters respectively. Left side shows the tree structure and right side shows by département pie charts indicating to which of the six clusters the individuals belong to.

      ABSTRACT
      The study of the genetic structure of different countries within Europe has provided significant insights into their demographic history and their actual stratification. Although France occupies a particular location at the end of the European peninsula and at the crossroads of migration routes, few population genetic studies have been conducted so far with genome-wide data. In this study, we analyzed SNP-chip genetic data from 2184 individuals born in France who were enrolled in two independent population cohorts. Using FineStructure, six different genetic clusters of individuals were found that were very consistent between the two cohorts. These clusters match extremely well the geography and overlap with historical and linguistic divisions of France. By modeling the relationship between genetics and geography using EEMS software, we were able to detect gene flow barriers that are similar in the two cohorts and corresponds to major French rivers or mountains. Estimations of effective population sizes using IBDNe program also revealed very similar patterns in both cohorts with a rapid increase of effective population sizes over the last 150 generations similar to what was observed in other European countries. A marked bottleneck is also consistently seen in the two datasets starting in the fourteenth century when the Black Death raged in Europe. In conclusion, by performing the first exhaustive study of the genetic structure of France, we fill a gap in the genetic studies in Europe that would be useful to medical geneticists but also historians and archeologists.

      INTRODUCTION
      Gallia est omnis divisa in partes tres [Commentarii de Bello Gallico] was one of the earliest demographic description of antique France (known as Gaul). These three parts were Aquitania, in South West, with Garonne and the Pyrenees mountains as borders; Belgia in North West, following the Seine as Southern border; and finally what we know as Celtic Gaul, that spanned from the Atlantic Ocean to the Rhine River and Alps. A fourth part of the present-day French territory, already part of Romanized territories at this time, was Gallia Transalpina, a strip of lands from Italy to Iberia, with Alps and Cevennes mountains as northern border.