• Le boom de la biologie synthétique

    http://www.lemonde.fr/biologie/article/2015/10/26/le-boom-de-la-biologie-synthetique_4796896_1650740.html

    Un soir de septembre, dans les locaux de la société d’édition de logiciels Autodesk, sur le Pier 9, à San Francisco. Les bureaux sont fermés, mais un petit groupe s’attarde dans la salle de réunion donnant sur la baie de San Francisco. Ingénieurs, financiers, étudiants, ils sont venus assister à un cours d’initiation à la biologie de synthèse, la création de matière vivante par les techniques de l’ingénierie. Organisé par SynBioBeta, un réseau d’entreprises et d’investisseurs, ce cours est destiné aux programmeurs et scientifiques d’autres disciplines qui pourraient apporter leur expertise à ce domaine en expansion.

    Le maître de cérémonie, John Cumbers, spécialiste de microbiologie cellulaire, a quitté la NASA pour s’investir dans la biologie synthétique. L’autre enseignant, le biochimiste Josiah Zayner, vient lui aussi de la NASA  : il développe des microbes destructeurs de plastique en vue d’une expédition spatiale vers Mars.
    Au programme  : le mécanisme de base de la cellule, les promesses de la biologie (création de matériaux super-résistants, comme la soie d’araignée synthétique, de virus permettant aux antibiotiques de pénétrer les défenses bactériennes, etc.). Et le fonctionnement de Crispr-Cas9, l’outil révolutionnaire qui, depuis 2012, offre la possibilité de modifier facilement le génome. A la fin de la séance, les élèves participent à une expérience de modification d’ADN. Ils repartent avec une boîte de Petri contenant une bactérie de synthèse censée devenir rouge sous l’effet de la lumière…

    Cours de vulgarisation

    Ce cours de vulgarisation n’est pas une exception. Dans la baie de San Francisco, trois laboratoires communautaires proposent enseignement et travaux de groupe à des « citoyens scientifiques » qui s’amusent à extraire l’ADN d’une fraise, produire des plantes luminescentes, voire imprimer des cellules vivantes en 3D. « Ce genre d’initiatives était accueilli avec scepticisme par l’industrie », dit John Cumbers. Maintenant, les sociétés de biotechnologie voient la participation des « citoyens » d’un autre œil. Aucune ne veut s’aliéner le public et devenir le Monsanto de la biologie synthétique.

    L’ingénierie de la biologie suscite un engouement croissant dans le secteur privé américain. En 2005, 45 compagnies étaient recensées dans le secteur. Elles étaient 103 en 2010 ; 200 en 2014. Les investissements privés se sont élevés à 560 millions de dollars (493 millions d’euros) pour les neuf premiers mois de 2015, indique John Cumbers, soit plus que les investissements combinés pour 2013 et 2014. Et depuis deux ans, note-t-il, les milliardaires du high- tech « se tournent vers les biotechnologies », de Peter Thiel, cofondateur de PayPal, à Eric Schmidt, de Google, qui a investi à titre privé dans Zymergen, une start-up qui a robotisé la fabrication de l’ADN. Le secteur public n’est pas absent. Selon un rapport publié en septembre par le projet sur la biologie synthétique du Woodrow Wilson Center, un institut de politiques publiques de Washington, le gouvernement américain a financé pour 820 millions de dollars de recherches dans le domaine de la biologie de synthèse entre 2008 et 2014. Fait nouveau : la défense a pris le pas dans les investissements sur l’agronomie ou la santé.

    L’agence du Pentagone pour la recherche, la Defense Advanced Research Projects Agency (http://www.darpa.mil) (Darpa), se taille la part du lion. Avec 100 millions de dollars de financements pour 2014 (contre pratiquement zéro en 2010), elle éclipse les autres organismes publics tels que la National Science Foundation (NSF), les National Institutes of Health (NIH) ou encore le ministère de l’agriculture. La Darpa représente maintenant près de 60 % de l’ensemble du financement public dans la biologie de synthèse. En ajoutant l’investissement des autres branches du département de la défense, la proportion passe à deux tiers.

    32 millions de dollars au laboratoire du MIT

    Ce déséquilibre inquiète les chercheurs. Les domaines dans lesquels la Darpa travaille restent volontairement imprécis ou sont étiquetés secret-défense sur les demandes de subventions épluchées par le Wilson Center. En 2012, la Darpa a lancé le projet « Living Foundries », destiné à faciliter la construction et la production de « briques » d’ADN. Fin septembre, elle a octroyé 32 millions de dollars au laboratoire de biologie synthétique du Massachusetts Institute of Technology. Objectif : développer « des nouveaux produits déterminants dans le secteur de la santé humaine, de l’agriculture et de la chimie » et « servir de mécanisme pour s’attaquer à certains des grands problèmes du monde »...

    Les investissements augmentent, mais à sens unique. Corollaire de la militarisation de la recherche, la part de financements publics consacrée à l’étude des risques posés par la biologie de synthèse est de plus en plus faible : moins de 1 % du total. L’éventuel impact des manipulations de l’ADN sur l’environnement ou la santé publique est laissé de côté. De même que les questions éthiques ou juridiques (moins de 1 % des financements publics également). David Rejeski, directeur du programme sur la science et l’innovation technologique au Wilson Center, s’inquiète de ce que les Etats-Unis soient « mal préparés » aux conséquences de l’afflux de plus de 1 milliard de dollars (privé et public confondus) dans un secteur aussi jeune.

    Un système juridique trop complexe

    En juillet, l’administration Obama a lancé une mise à jour du cadre juridique réglementant les biotechnologies depuis 1992. Le système actuel est trop complexe, a admis John Holdren, le conseiller scientifique de Barack Obama. Le public « ne comprend pas comment la sécurité des produits biotechnologiques est évaluée ». Et les start-up ont du mal à interpréter la réglementation pour déterminer si elles dépendent du département de l’agriculture, de l’agence pour l’environnement (EPA) ou de l’agence pour le médicament (FDA). En Europe aussi, la Commission se demande si elle doit réviser les procédures d’évaluation des plantes « bioaméliorées ».

    Le congrès américain a tenu quelques auditions. Un projet de loi est à l’étude. Un sommet des principales sociétés savantes américaines, chinoises et britanniques, portant sur l’édition des gènes humains, est prévu en décembre à Washington. Etant donné la sensibilité du sujet (les OGM) et la résistance de la droite chrétienne aux manipulations de tout ce qui touche à la « vie », les experts ne s’attendent pas à des avancées avant l’élection présidentielle de 2016. « Nous sommes dans cette situation étrange où il y a davantage d’argent et une réglementation inadaptée », note David Rejeski.

    A ce jour, on dénombre 115 différents produits et applications issus de la biologie de synthèse, dont environ 50 sont sur le marché ou prêts à un usage commercial, comme les algues génétiquement modifiées, à l’étude à l’EPA, ou le saumon à croissance rapide, qui attend depuis plus de quinze ans les autorisations fédérales. Algues et poissons vont probablement devoir continuer à patienter, alors que les chercheurs du secteur privé et les « bricoleurs » des labos citoyens pourront continuer à profiter de la confusion qui entoure leur activité.

  • DARPA publishes all its open source code in one place | The Verge
    http://www.theverge.com/2014/2/4/5377492/darpa-publishes-all-its-open-source-code-in-one-place-open-catalog

    #DARPA has responded to requests from the research and development community by publishing the DARPA Open Catalog, a website that aggregates source code and other data for all public DARPA-funded projects.
    http://www.darpa.mil/OpenCatalog/index.html

    “Making our #open_source catalog available increases the number of experts who can help quickly develop relevant software for the government,” Chris White, the DARPA program manager behind the effort, said in a statement. “Our hope is that the computer science community will test and evaluate elements of our software and afterward adopt them as either standalone offerings or as components of their products.”

    #silicon_army

    • Plutôt sympa d’intégrer dans la visée tout ce qu’il faut habituellement se trimballer séparément et connecter - sauf l’anémomètre que je n’y vois pas : il faut probablement saisir manuellement la vitesse et le cap du vent à différentes distances.

      L’article ridiculise la fonctionnalité de transmission d’image en parlant de publication sur Facetweet, mais pouvoir transmettre au commandement ce qu’on a en visée est un bénéfice majeur.

      C’est moins efficace que les balles guidées par laser (http://www.thefirearmblog.com/blog/2012/01/31/the-first-self-guided-bullet) mais on conserve les munitions habituelles et on peut utiliser des calibres en dessous du 12.7 mm qui reste actuellement le plancher pour la miniaturisation du guidage laser.

    • La DARPA bosse (ou fait bosser) dessus depuis 2007 et le projet avance régulièrement.

      Et tout est intégré (on va quand même pas s’amuser à rentrer le vent… la première phase du projet portait justement là dessus).

      Darpa’s Self-Aiming « One Shot » Sniper Rifle Scheduled for Next Year | Popular Science (article de 2010)
      http://www.popsci.com/technology/article/2010-10/aiming-help-snipers-lockheed-develops-one-shot-solution

      During the project’s first phase, which started in 2007, Lockheed developed a down-range system that measured average crosswind; range to target; spotter scope position; air temperature, pressure, and humidity; and more, according to Military Aerospace. Using all those variables, it calculated the ballistics for a .308 bullet at ranges as far as 3,600 feet.
      While that’s impressive, the system was too heavy and unwieldy, and it couldn’t be used with standard rifle scopes.
      The phase two design will be more compact and able to operate in real time and over longer distances.

      It will measure atmospheric conditions, account for the weapon’s maximum effective range and include GPS coordinates. It’s also supposed to communicate with the rifle scope, informing the gun itself of the aim point offset and expected crosswind.

      Sur le site de la DARPA
      One Shot XG
      http://www.darpa.mil/Our_Work/AEO/Programs/One_Shot_XG.aspx

      This next-generation One Shot envisions a compact observation, measurement, and ballistic calculation system mountable on either the weapon or spotting scope. The system developed will measure all relevant physical phenomena that influence the ballistic trajectory and rapidly calculate and display the offset aim point and confidence metric in the shooter’s riflescope. The system will provide the ability to see the aim point on the target in either day or night to enable rapid target identification, weapon alignment, measurement of range to target and the crosswind profile. The XG system seeks to exploit new technologies to operate over a range of visibilities, atmospheric turbulence, scintillation and environmental conditions.

      One Shot XG Phase 2 began in March 2013 and is expected to be complete in Spring 2014. If successful, One Shot XG would lead to limited rate production with the military services taking on the requirement and acquisition role for future procurement.

    • Que le calculateur intègre le vent dans son calcul, certes. Mais comment le mesure-t-il ? Aujourd’hui le tireur se trimballe un anémomètre de poche, estime pifométriquement les variations du vent le long de la trajectoire du tir et entre tout ça dans son calculateur (connecté ou non à sa visée) s’il en a un - sinon il se contente d’ajuster sa visée. Pour remplacer ça, il faudrait un LIDAR Doppler embarqué pour obtenir une mesure instantanée de la direction et de la vitesse du vent sur tous les points le long de la visée... Or les modèles que j’ai pu trouver sont bien loin d’être suffisamment miniaturisés - le modèle de 45 kg est dit ’ultra portable’ :
      http://www.lidarwindtechnologies.com/index.php?page=product-services
      http://www.campbellsci.com/zephir-lidar-specifications
      http://www.sgurrenergy.com/wp-content/uploads/2013/01/Galion-Brochure-B2.pdf
      Je continue donc à fortement soupçonner la saisie manuelle.

    • Bon... Alors mon estimation de la miniaturisation d’un LIDAR Doppler est fausse d’au moins un ordre de grandeur. Pour un usage pacifique, je suis sûr qu’un paquet d’activités de loisir bénéficieraient d’un bidule de la taille d’un anémomètre de poche qui affiche le profil des vitesses du vent sur quelques centaines de mètres.

  • 2013/07/11 DARPA’s #ATLAS #Robot Unveiled
    http://www.darpa.mil/NewsEvents/Releases/2013/07/11.aspx

    L’armée états-unienne développe des robots ou, plus exactement, organise un concours de robot. Mais c’est pour la bonne cause : c’est pour intervenir dans des situations de désastre humanitaire…

    http://www.youtube.com/watch?v=zkBnFPBV3f0

    On Monday, July 8, 2013, the seven teams that progressed from DARPA’s Virtual Robotics Challenge (VRC) arrived at the headquarters of Boston Dynamics in Waltham, Mass. to meet and learn about their new teammate, the ATLAS robot. Like coaches starting with a novice player, the teams now have until late December 2013 to teach ATLAS the moves it will need to succeed in the DARPA Robotics Challenge (DRC) Trials where each robot will have to perform a series of tasks similar to what might be required in a disaster response scenario.

    Sur le même sujet, un petit best of de vidéos sélectionnées par le Huff à la fin de l’article sur Atlas
    http://www.huffingtonpost.co.uk/2013/07/12/atlas-robots-pictures_n_3585934.html

    • Une dynamique de développement de machines de guerre grâce au #logiciel_libre : cf. http://www.theroboticschallenge.org/aboutsimulator.aspx

      The Darpa Robotics Challenge Simulator is being developed by the Open Source Robotics Foundation (OSRF). Built on the powerful Gazebo software package, the DRC Simulator will function as both a means of controlling the simulated robot and as a pass-through for controlling the physical robot during the DRC Trials and the DRC Finals. The DRC Simulator supplier will manage an open-source effort where the simulator, robot models, and environment models are developed and improved by the supplier as well as by contributors throughout the world.

      Je découvre donc à cette occasion l’Open Source Robotics Foundation
      http://osrfoundation.org qui participe à ce programme militaire et s’en félicite :
      http://osrfoundation.org/blog/and-the-winner-is.html

      Notez que d’habitude l’OSRF ne sait pas qui utilise ses développements (ce qui n’a pas l’air d’empêcher de dormir ses développeurs-euses) :

      Inspired by The Mozilla Foundation, The Apache Software Foundation, and The GNOME Foundation, our three-year anniversary blog post discussed the possibility of a ROS Foundation. In May of this year, Willow Garage announced the debut of the Open Source Robotics Foundation, Inc. OSRF is an independent non-profit organization founded by members of the global robotics community whose mission is to support the development, distribution, and adoption of open source software for use in robotics research, education, and product development.

      Because of the BSD license for ROS, we often have no idea who is using ROS in their commercial deployments. We suspect there are a few we are missing, but two major new products were announced this year that are built using ROS. First is Baxter from Rethink Robotics. Baxter was announced just a few months ago and the company has set their sites on manufacturing industries. Check out IEEE Spectrum’s article on Rethink here. Also built on ROS is Toyota’s Human Support Robot (HSR), which is designed to help those with limited mobility within the home. ROS has even made inroads within the industrial robot world of late, specifically through the ROS-Industrial Consortium.

      En cherchant un peu, on trouve les termes et le montant du contrat passé par la Darpa avec l’OSRF : 7 millions de dollars pour le développement logiciel et la documentation du simulateur. Largement de quoi ne pas trop se poser de questions sur l’utilisation finale des robots.
      https://www.fbo.gov/index?s=opportunity&mode=form&id=e8592ebaee2588bfa749aa13de415a66&tab=core&_cvi

    • En français : http://pro.01net.com/editorial/599913/l-incroyable-defi-de-la-darpa-au-secteur-robotique

      C’est la suite des concours de la DARPA sur la robotique qui avait permis de mettre au point des voitures entièrement robotisées :
      http://www.futura-sciences.com/magazines/high-tech/infos/actu/d/robotique-video-darpa-urban-challenge-course-folle-voitures-robots- Mais l’opération s’inscrit aussi dans la National Robots Initiative, une campagne nationale lancée par Obama.
      http://techcrunch.com/2011/06/24/obama-announces-national-robotics-initiative

      Au passage je suis tombé sur un documentaire du National Geographic sur les dernières innovations de la DARPA, depuis de nouvelles palmes pour les Marines jusqu’à des hélicoptères drones de surveillance pouvant stationner à 6000 mètres, avec 18 heures d’autonomie.

      Rare access to a highly classified division of the Defense Department reveals the latest generation of defense technologies, including unmanned aerial vehicles and hypersonic aircraft.

      http://www.youtube.com/watch?v=N5eWUJMxX-8

  • LS3 (Legged Squad Support System) la future mule de l’armée états-unienne.
    http://www.youtube.com/watch?v=40gECrmuCaU

    110 kg à vide, charge utile 150 kg.
    Répond à une télécommande ou à la voix.
    6 km/h en tous terrains, pointe à 11 km/h sur chemin.

    Peut suivre un itinéraire de façon autonome (GPS ou satellite).
    Choisit un autre chemin si n’arrive pas à suivre celui prescrit.

    Présentation de l’engin sur le site de la #DARPA.
    http://www.darpa.mil/Our_Work/TTO/Programs/Legged_Squad_Support_System_(LS3).aspx

    #drone

  • 2012/11/09 Are You a DARPA Amateur Astronomer ?
    http://www.darpa.mil/NewsEvents/Releases/2012/11/09.aspx

    la défense américaine invite les astronomes amateurs à localiser les débris en tout genre qui se baladent dans l’#espace et perturbent le parcours des #satellites et d’en établir la #cartographie

    NASA estimates more than 500,000 pieces of hazardous space debris orbit the earth, threatening satellites that support peacekeeping and combat missions. These objects include spent rocket stages, defunct satellites and fragments from other spacecraft that are the result of erosion, explosion and collision. A collision between one of these small pieces of debris and a satellite could release more than 20,000 times the energy of a head-on automobile collision at 65 mph. To help address the threat, DARPA created SpaceView, a space debris tracking project that provides amateur astronomers with the means to make a difference. Amateur astronomers will have their first opportunity to sign up in person for the program at the Arizona Science and Astronomy Expo in Tucson, November 10-11, 2012.

    The vision behind the SpaceView program is to provide more diverse data to the Space Surveillance Network (SSN), a U.S. Air Force program charged with cataloguing and observing space objects to identify potential near-term collisions. SpaceView hopes to achieve that goal by engaging U.S. amateur astronomers by purchasing remote access to an already in-use telescope or by providing a telescope to selected astronomers. When a telescope that is provided by the program is not in use by the SpaceView program, DARPA will provide its use for astronomy and astrophotography.

    Space view
    http://www.spaceviewnetwork.com

    SpaceView seeks to provide the amateur astronomer with the opportunity to make a difference in the task of protecting our nation’s space assets. We are actively seeking information from individual astronomers about their equipment, sites, and observing habits.

    We are also exploring a mutually beneficial partnership that can last for the long term. This could potentially include time-sharing on telescopes, upgraded hardware at the astronomer’s site, or financial compensation.

    http://vimeo.com/53109313#