the preprint server for Health Sciences

https://www.medrxiv.org

  • No Significant Difference in Viral Load Between Vaccinated and Unvaccinated, Asymptomatic and Symptomatic Groups When Infected with SARS-CoV-2 Delta Variant [preprint d’octobre 2021]
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.28.21264262v2

    While #vaccination remains the best protection against becoming infected and severe disease, the data gathered in this study during the surge of the Delta variant strongly support the notion that neither vaccine status nor the presence or absence of symptoms should influence the recommendation and implementation of good public health practices, including mask wearing, testing, social distancing, and other measures, designed to mitigate the spread of SARS-CoV-2.

    #covid-19

  • SARS-CoV-2 infects, replicates, elevates angiotensin II and activates immune cells in human testes | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.05.22270327v1

    Although much has been published since the first cases of COVID-19, there remain unanswered questions regarding SARS-CoV-2 impact on testes and the potential consequences for reproductive health. We investigated testicular alterations in deceased COVID-19-patients, the precise location of the virus, its replicative activity, and the molecules involved in the pathogenesis. We found that SARS-CoV-2 testicular tropism is higher than previously thought and that reliable viral detection in the testis requires sensitive nanosensoring or RT-qPCR using a specific methodology. Macrophages and spermatogonial cells are the main SARS-CoV-2 lodging sites and where new virions form inside the Endoplasmic Reticulum Golgi Intermediate Complex. Moreover, we showed infiltrative infected monocytes migrating into the testicular parenchyma. SARS-CoV-2 maintains its replicative and infective abilities long after the patient’s infection, suggesting that the testes may serve as a viral sanctuary. Further, infected testes show thickening of the tunica propria, germ cell apoptosis, Sertoli cell barrier loss, evident hemorrhage, angiogenesis, Leydig cell inhibition, inflammation, and fibrosis. Finally, our findings indicate that high angiotensin II levels and activation of mast cells and macrophages may be critical for testicular pathogenesis. Importantly, our data suggest that patients who become critically ill exhibit severe damages and may harbor the active virus in testes.

  • Le cul. Les ronces. La jungle… #covid #coronavirus #pandémie
    https://threadreaderapp.com/thread/1492128255230586884.html

    La situation épidémique danoise 🇩🇰 montre peut-être ce que sera la suite des évènements en France 🇫🇷, après le 28 février et l’abandon du masque en lieux clos (soumis au pass vaccinal 🤷‍♂️ !?).

    • 2/28
      Mais on n’interprète JAMAIS un nombre de cas recensés sans avoir en parallèle le nombre de TESTS effectués (taux de dépistage) et le TAUX DE POSITIVITÉ de ces tests !
      Et là on voit que c’est la demande de tests qui ↘️, tandis que le taux de positivité continue sa ↗️ Image
      3/28
      L’envolée des contaminations est clairement associée à l’arrivée du lignage Omicron.
      A partir des données de OWD (ourworldindata.org/coronavirus), le lien est flagrant. Image
      Coronavirus Pandemic (COVID-19)
      Country-by-country data and research on the pandemic. Updated daily.
      https://ourworldindata.org/coronavirus
      4/28
      MAIS, tandis que c’est le variant Omicron (BA.1) qui a amorcé cette nouvelle vague, il est en cours de remplacement rapide par le variant BA.2
      Il s’agit toujours du lignage Omicron, mais aussi distant de BA.1 que BA.1 l’était de Delta !
      covid19genomics.dk/statistics Image
      https://www.covid19genomics.dk/statistics
      5/28
      BA.2 est 1,5x plus transmissible que le variant Omicron (soit par ↗️ d’affinité pour nos cellules, ou par ↗️ d’échappement immunitaire, ou les 2).
      Mais on sait déjà qu’il évolue rapidement aussi par acquisition de nouvelles mutations :

      https://twitter.com/Gab_H_R/status/1492078029002219524?s=20&t=tAMZ1S_tLKlj2qfWbDRRBg

      6/28
      On vous a dit « ce n’est pas grave... Omicron est bénin ».
      Et pour vous en convaincre, on a focalisé votre attention sur le RATIO entre cas détectés et hospitalisations/décès.
      En vous disant « le ratio a ↘️↘️↘️ ».
      Mais on oublie au passage 2 paramètres déterminants...
      7/28
      Tout d’abord la transmissibilité !
      Si un ratio d’hospit/décès ↘️, le nombre total d’hospit/décès peut cependant fortement ↗️ si les contaminations ↗️↗️.
      Et c’est précisément le cas avec Omicron !
      Si on regarde les hospitalisations (admission et « stock »), c’est flagrant : ImageImage
      8/28
      Et si on regarde les décès, on voit un taux de mortalité qui ne cesse de ↗️ sous la vague Omicron, et au 10/02/2022, il atteint 67% du pire niveau atteint depuis le début de l’épidémie danoise 🇩🇰 Image
      9/28
      Il faut bien comprendre que le pire taux de mortalité avait été atteint le 21/01/2021, donc AVANT le déploiement des 💉.
      Désormais, ils s’en rapprochent MALGRÉ un taux de 💉 parmi les plus élevés du monde !
      Pourquoi ?
      Parce qu’ils laissent les contaminations exploser🤷‍♂️ Image
      10/28
      On l’a dit/redit, Omicron n’est pas moins virulent que les variants précédents.
      Une revue de littérature l’a confirmé.
      Son apparente ↘️ de sévérité (seulement -25% par rapport à Delta) n’est due qu’à sa capacité d’échappement immunitaire :
      Unroll available on Thread Reader

      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1489266853641863172?s=20&t=Nv5_19dxMsgCwEQ5VfEPzw

      11/28
      Cet échappement immunitaire lui permet de provoquer des infections symptomatiques chez des patients déjà immunisés, et donc dotés d’encore assez d’anticorps neutralisants pour ↘️ leur risque de formes graves/décès...
      12/28
      Mais cela ne fonctionne que si l’immunité est complète et récente.
      C’est malheureusement ce qui vaut à Israël 🇮🇱 une vague Omicron sévère.
      Les 3èmes doses 💉 ont 4/5 mois d’ancienneté en plus par rapport à celles du 🇩🇰, donc une immunité qui a ↘️ pendant 4/5 mois de plus ! ImageImage
      13/28
      Or on sait désormais que la protection immunitaire contre Omicron ↘️ à même vitesse après 3ème et 2ème doses.
      Le PHE 🇬🇧 l’a encore confirmé dans son « vaccine surveillance report », avec une protection qui ↘️ bcp plus vite que contre Delta
      assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… ImageImage
      14/28
      Notez qu’il s’agit de l’efficacité contre les hospitalisations (formes sévères).
      On note que 10 à 14 semaines (70 à 98 jours, ou ~3 mois) après la 3ème dose, la protection à l’échelle populationnelle n’est plus que de ~75% au lieu de ~90% à 1 mois post 3ème dose...
      15/28
      Contrairement à ce que bcp ont prétendu, cette protection ne dépend pas des Ly T ou des cellules mémoires, mais bien des ANTICORPS NEUTRALISANTS ; à tel point que les données de vie réelle concordent+++ avec les modélisations faites à partir des taux d’anticorps !
      16/28
      Le 16/12/2021, l’Imperial Collège de Londres avait déjà établi un modèle anticipant cette ↘️ d’efficacité contre Omicron après 3ème dose.
      Et à 3 mois post-3ème dose, ils obtenaient une efficacité de... ~73% ! 🤷‍♂️
      imperial.ac.uk/media/imperial… Image
      17/28
      Cette ↘️ de protection va se poursuivre, or la circulation virale va également continuer !
      Si on relâche la vigilance et qu’on refuse les futurs rappels vaccinaux... Nous savons vers quelle nouvelle crise sanitaire/hospitalière nous allons 🤷‍♂️ Image
      18/28
      Si on revient aux données épidémio danoises 🇩🇰, on voit aussi un autre élément d’interrogation concernant les données de réanimation.
      Durant les premières semaines de vague Omicron, les indicateurs de réa ont ↘️ malgré une forte ↗️ des hospitalisations... ImageImage
      19/28
      Le Danemark 🇩🇰 ne fournit pas de taux d’admission en réa à OWD (uniquement le « stock » de patients).
      On note une nouvelle ↗️ récente du « stock », ce qui traduit une ↗️ rapide des nouvelles admissions en réa.
      Il faudra voir si c’est lié à BA.2 ou non...
      20/28
      Mais l’interrogation vient de la comparaison entre indicateurs de réanimation et taux de mortalité !
      Alors que le « stock » en réa a ↘️, la mortalité ne fait que ↗️ et semble plutôt corrélée à l’évolution des indicateurs d’hospitalisation ! ImageImageImage
      21/28
      Je ne sais pas interpréter cette discordance réa/décès.
      Est-ce un triage des patients ?
      Si les contaminations Omicron avec forme grave de COVID concerne des patients >75/80 ans, et/ou très fragiles, ils ne sont de toute façon pas admissibles en réa...
      22/28
      Est-ce une politique de soins visant à préserver les capacités de réa pour les autres activités de soins ?
      Dans ce cas, les COVID graves sont soit maintenus en hospitalisation conventionnelle, soit mis en palliatif à domicile ?...
      23/28
      Est-ce lié à des ressources limitées en réanimation ?
      Il faut savoir que le Danemark 🇩🇰 est nettement moins doté que la France 🇫🇷 par exemple.
      Les données de OWD montrent que l’indicateur « hospital beds per thousand » est à 5,98 pour 🇫🇷, mais seulement 2,5 pour 🇩🇰...
      24/28
      Le 🇩🇰 a donc des capacités hospitalières 2,4x fois plus restreintes qu’en 🇫🇷, et cela a forcément un impact sur sa politique sanitaire et les choix de Santé Publique.
      Cela peut potentiellement conduire à désormais limiter les admissions en réa pour COVID...
      25/28
      Surtout si on se place dans le récit de « l’endémisation » qui impliquera donc une tension hospitalière très élevée et pérenne.
      Le 🇩🇰 fait donc peut-être des choix dans la prise en charge des malades ; comme il fait le choix de laisser les contaminations exploser...
      26/28
      Bref, tout ça pour dire que sur le plan sanitaire, on est très loin d’être sortis des ronces.
      Sur le plan sociologique, c’est très différent.
      Entre le contexte électoral, et les notes d’alerte sur les mouvements protestataires radicalisés, l’urgence est au déni sanitaire...
      27/28
      Tant pour satisfaire les futurs électeurs, que pour tenter de calmer les agités du bocal qui commence à organiser des actions qui semblent alerter les services de renseignements.
      Il faut donc prétendre que « tout va bien » et lever toutes les mesures...
      28/28
      Mais pour éviter les futures mauvaises surprises, n’oubliez pas que c’est uniquement par choix politique, à des fins sociologiques et pas sanitaires, et en réponse à la contestation populaire.
      La pandémie poursuit sa route, et le virus son évolution 😉

    • https://theconversation.com/variant-omicron-ba-2-quavons-nous-appris-de-lui-jusqua-present-1765

      En quoi BA.2 est-il différent ?

      Bien que les premières séquences de BA.2 aient été soumises par les Philippines – et que des milliers de cas d’infection par ce variant aient été observés, y compris aux États-Unis, au Royaume-Uni ou en Australie – son origine précise demeure inconnue.

      Ses propriétés font également l’objet de recherches. Bien qu’il n’existe pour l’instant aucune preuve qu’il provoque des formes plus graves de la maladie, plusieurs choses préoccupent les scientifiques.

      1. BA.2 est plus difficile à différencier

      L’un des marqueurs qui permettait de différencier Omicron version BA.1 des autres variants du SARS-CoV-2 lors des tests PCR était l’absence, dans les résultats desdits tests, du signal correspondant au gène S (on désigne cette absence de détection par l’acronyme SGTF, pour « S gene target failure »). Mais ce n’est plus le cas pour BA.2.

      L’incapacité de détecter ce sous-lignage de cette façon a mené certaines personnes à le qualifier de « sous-variant furtif ».

      Cependant, cela ne signifie pas que nous ne pouvons plus utiliser les tests PCR pour détecter BA.2. Cela signifie simplement que les échantillons testés positifs doivent désormais être séquencés pour déterminer à quel variant nous avons affaire. Cela prend davantage de temps, mais c’était déjà le cas avec les variants précédents.

      2. BA.2 pourrait être plus infectieux

      Ce point est peut-être plus préoccupant : des preuves indiquant que BA.2 pourrait être plus infectieux que l’Omicron originel (BA.1) s’accumulent.

      Une étude préliminaire réalisée au Danemark, où BA.2 a largement remplacé BA.1, suggère que la susceptibilité à l’infection des personnes non vaccinés a augmenté (elle est un peu plus de deux fois supérieure à ce qu’elle était avec BA.1).

      En outre, selon ces travaux, les personnes entièrement vaccinées (deux doses) sont 2,5 fois plus susceptibles de contracter BA.2 que BA.1. Cette susceptibilité à BA.2 est presque trois fois plus importante pour les individus qui ont reçu une troisième dose (les auteurs précisent que chez les personnes qui ont reçu cette troisième dose, la susceptibilité et la transmissibilité est réduite par rapport aux personnes qui n’ont reçu que deux doses, ndlr) .

      J’ai l’impression que la ndlr contredit les propositions énoncées juste avant, mais je me trompe sûrement.

    • @sombre en effet la ndlr porte à confusion...

      Pour ce que j’en comprends, ce dernier paragraphe évoque le facteur de risque « relatif » : dans le cadre de cette étude les personnes vaccinées à deux doses ont été 2,45 fois plus susceptibles de contracter BA.2 que BA.1 ; les vaccinées à trois doses 2,99 fois plus susceptibles.
      Cependant le risque « absolu » de contracter l’un ou l’autre des variants est toujours réduit pour les personnes vaccinées, et d’autant plus pour celles qui ont reçu une troisième dose.

      Pour illustration voir page 31 de l’étude : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1.full.pdf#page=31
      Dans la première rangée, on voit clairement le bénéfice de la vaccination à deux ou trois doses, sur le risque de l’attraper (qui est accru avec BA.2) ainsi que de le transmettre (qui est réduit avec BA.2).

      Et une lecture plus claire et détaillée de cette même étude : https://www.medpagetoday.com/infectiousdisease/covid19/96973

  • The French domestic “sanitary pass” did not solve Covid-19 vaccination inequities in France | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.03.22268676v1

    The French sanitary pass led to an increase in vaccination rates in France, but local heterogeneities in vaccination rates remain. To identify potential determinants of these heterogeneities and how the French sanitary pass influenced them, we used a data-driven approach on exhaustive nationwide data, gathering 181 socio-economic and geographic factors. Our analysis reveals that, both before and after the introduction of the French sanitary pass, factors with the largest impact are related to poverty, with the most deprived areas having greater than 10 times the odds of being among the districts with lower vaccination rates.

  • Yaneer Bar-Yam (30 janvier 2022) :
    https://twitter.com/yaneerbaryam/status/1487814184104517632

    Merchants of herd death oversold immunity. People are being reinfected immediately again after Omicron infection.

    We have the data: Both laboratory experiments and actual cases.

    Evidence from a study showing immunity based upon “mild" Omicron infection is weak for Omicron reinfection, and limited for cross immunity to Delta infection.

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.25.22269794v1.full.pdf

    Overall, immunity from Omicron infection is much lower than the immunity from Delta infection, correlated with the severity of infection. So unless you get a severe infection with all of its consequences you also don’t get immunity from having another infection.

    And recall even immunity from severe infection wanes rapidly in a few months.

    Summary: “Neutralizing immunity...from Omicron and Delta”

    "We found a significantly smaller rise of neutralization titers associated with milder Omicron breakthrough infection in vaccinated individuals, to only approximately one-third of the rise associated with boosting.

    “We also identified limited cross-variant immunity to Delta.”

    "Thus, breakthrough infection from Omicron may enhance cross-protection against Delta, and vice-versa, [only] inasmuch as there is a sufficiently large increase in baseline neutralizing immunity, which appears to be related to the clinical severity of the infection.

    "Our findings parallel those from another study from our group that demonstrated limited cross-variant immunity after milder Omicron variant infection in unvaccinated individuals in a mouse model and in human patients.

    "Taken together, our results suggest that Omicron-induced immunity may not be sufficient to prevent infection from another, more pathogenic variant, should it emerge in the future.

    Actual cases of reinfection by Omicron are so widespread they are manifest to anyone who is not closing their eyes:

    @DrSalandyinGA: “My latest news is that kids are now getting reinfected within 30 days of their COVID infection...and yes they tested negative in between.”
    https://twitter.com/DrSalandyinGA/status/1486126028200333319
    (See comments in that thread)

    Important addition:
    Anthony Leonardi @fitterhappierAJ has shown that the immune system T-cells are damaged by covid (shades of HIV), potentially undermining not just Covid immunity but immunity to other diseases, and part of Autoimmune dysfunction after covid.
    https://twitter.com/fitterhappierAJ/status/1485965771981430792

    • Le Covid endommagerait les cellules T, celles qui mémorisent le type de défense à mettre en œuvre en cas de réinfection et déclenchent la fabrication des anticorps correspondants si je ne me trompe. J’ai compris ’Shades of HIV’ comme un lien avec le mécanisme du VIH qui s’attaque lui directement aux lymphocytes T. Mais bon dans le cas du HIV les lymphocytes T sont carrément détruits, d’où la nuance.
      Quand on met ça en parallèle avec les Covids longs et le fait que dans certains cas le sars-cov-2 survit dans l’organisme plusieurs mois après l’infection, c’est crédible, et pas très réjouissant.

    • Une mort cellulaire similaire au sida
      https://www.tvanouvelles.ca/2022/02/01/une-mort-cellulaire-similaire-au-sida-1

      (en complément de l’article précité et des explications de @emanuel)

      Une équipe internationale codirigée par un professeur de l’Université Laval a découvert que le virus de la COVID-19 entraîne l’autodestruction de cellules du système immunitaire dont le rôle est justement de lutter contre cette infection.

      Le chercheur Jérôme Estaquier, qui étudie le VIH depuis près de 30 ans, parle même d’un processus de mort cellulaire similaire à ce qui se produit lorsqu’une personne est atteinte du sida.

      Selon lui, la sévérité de la maladie augmente en fonction du taux de mortalité des cellules appelées lymphocytes T.

      « Le résultat est que, dans les deux maladies, les personnes infectées parviennent difficilement à monter une réponse immunitaire adéquate contre le virus. Lorsque la mortalité des lymphocytes devient trop élevée, les défenses immunitaires s’écroulent et tous les organes du malade peuvent être infectés », précise le chercheur.

      Il y aurait un moyen, par contre, de ralentir ce processus. Dans des expériences, l’équipe a réussi à réduire de 60 % cette mort cellulaire en ajoutant une molécule. « Nous espérons maintenant démarrer une étude clinique pour tester l’innocuité et l’efficacité de cet inhibiteur chez des personnes atteintes de COVID-19. »

      Les détails de cette découverte surprenante viennent d’être publiés dans la revue scientifique Cell Death & Differentiation.

      #lymphocytes_T #mort_cellulaire #apoptose

  • Screening and vaccination against #COVID-19 to minimize school closure [11 décembre 2021, preprint sur Delta]
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.15.21261243v2.full-text
    #Tests_itératifs

    We found that with 50% adherence, i.e. approximately the value recorded in the French primary schools, weekly screening would reduce the number of cases by 21% (95%CI 19-23%) in the primary and by 26% (25-28%) in the secondary school compared to symptom-based testing [ST] alone. Case reduction would rise to 34% (32-36%) and 36% (35-39%) in the two schools, respectively, with 75% adherence.

    Alternatively, similar reductions would be achieved with 50% adherence and twice-weekly testing. This shows how infection prevention improves with both adherence and frequency of tests, and higher frequency is needed to compensate for lower adherence.

    #Vaccination

    Increasing vaccination coverage in students, both in primary and secondary schools, is a strong protective factor against school outbreaks (Figure 5b,c,d), expected to reduce the epidemic size by 38% with 20% coverage in children and by 75% with 50% coverage, without intervention (i.e. with ST) and with respect to non-vaccination [...].

  • Le « passe » viole les principes fondamentaux de notre République

    Depuis quinze ans, j’enseigne l’éthique et la santé publique à des soignants qui viennent se former à l’université. Ensemble, nous essayons de comprendre pourquoi le « #consentement libre et éclairé » s’est imposé comme la clé de voûte de l’éthique biomédicale.

    Pourquoi il permet de compenser l’asymétrie, potentiellement dangereuse, entre les patients (ou les sujets sains d’une expérimentation) et le pouvoir médical. Pourquoi il ne peut être libre que s’il est recueilli sans chantage, ni menace, ni pression psychologique d’aucune sorte – condition indispensable pour qu’il ne soit pas « extorqué ». Pourquoi on ne peut dès lors jamais conditionner l’accès aux soins à l’acceptation du traitement proposé et pourquoi un patient qui refuserait de donner son consentement ne peut être, sous ce prétexte, exclu du système de soin. Pourquoi plus généralement, et contrairement aux dernières allégations d’Emmanuel Macron qui violent tous les principes de notre contrat social, les droits du citoyen ne peuvent, à aucun titre, être conditionnés par l’invocation de devoirs antécédents. Pourquoi enfin le recueil du consentement interdit tout recours à l’argument d’autorité du type : « Obéissez, car c’est moi, ou plutôt les autorités sanitaires, qui savons ce qui est bon pour vous ! »

    La liberté au sens où l’entendent les Lumières, mais aussi la loi dite « Kouchner » du 4 mars 2002 relative aux droits des patients et à la démocratie sanitaire (elle-même héritée d’une autre épidémie, celle du virus du sida), est fondée sur la capacité de raisonner par soi-même que l’on doit prêter à tous les citoyens majeurs (ou en voie de l’être), quelle que soit leur croyance ou leur niveau d’éducation. Tous les sujets appelés à consentir doivent être considérés par principe, et que cela nous plaise ou non, comme des sujets rationnels, aptes à délibérer ensemble et de manière contradictoire de la vérité et de la chose commune (respublica), sans qu’aucun tuteur de l’humanité ne puisse édicter à leur place le bien commun (1).

    Défense d’un système de soin collectif

    C’est très précisément cette liberté-là qui, dans les cortèges contre le #passe_sanitaire, a été invoquée par des milliers de soignants, vaccinés ou non, qui disaient leur refus de violer ces principes fondamentaux. Et c’est cet héritage de la pensée des Lumières que j’ai moi-même défendu en défilant à leurs côtés dans la rue. Contrairement à ce qu’ont insinué certains propos diffamants, cette liberté est l’exact opposé de celle des libertariens et des soutiens de Donald Trump, pour qui toute considération de la chose commune menace l’individu souverain dans l’illimitation de ses désirs. Réduire les immenses cortèges de cet été à des foules haineuses, irrationnelles et indifférentes au bien commun aura été l’une des opérations médiatico-politiques les plus malhonnêtes de cette crise sanitaire.

    Mais c’est aussi une certaine idée de la santé publique qui m’a déterminée à me mobiliser avec des parlementaires et des acteurs et chercheurs du domaine (2). Attachés à défense d’un système de soin collectif, nous savons que les autorités sanitaires doivent parfois imposer des mesures de prévention en les rendant obligatoires. Toutefois, dans le cas d’un produit de santé, cela n’est acceptable que si le bénéfice-risque est indiscutable et que s’il n’existe aucun autre moyen de protection.

    Or, dans la circonstance, on s’est mis à imposer la vaccination à tous sur la base d’un quadruple pari, celui d’une vaccination de masse censée :

    1) créer l’immunité collective et éradiquer les variants ;
    2) protéger la vie d’autrui en empêchant les contaminations ;
    3) ainsi que celle de tous individus vaccinés, comme s’ils étaient également vulnérables face au virus et identiquement protégés par le vaccin ;
    4) tout en n’ayant aucun effet indésirable grave pour leur santé.
    Nous pouvons comprendre qu’une communauté de citoyens épuisés et gouvernés par la peur du reconfinement aient eu envie de croire à cette rhétorique de la promesse, même si nous-mêmes étions dès le départ très sceptiques.

    Faire confiance au sens clinique des professionnels de santé

    Mais à l’heure où la communauté scientifique croit elle-même de moins en moins :

    1) à la possibilité d’éradiquer le virus et à la conquête d’une immunité collective par ces vaccins ;
    2) à l’argument « civique » de la protection de la vie d’autrui ;
    3) au fantasme de la toute-puissance des doses dites « de rappel » censées « booster » des jeunes en pleine santé (tandis que les publics à risque sont abandonnés à eux-mêmes face à Doctolib, avec une vaccination des plus de 60 ans parmi les plus faibles d’Europe de l’Ouest) (3), et alors même que les soignants sont bien obligés de constater la réalité de certains incidents post-vaccinaux (4), l’information censée éclairer le consentement n’a plus rien de « loyale » (comme le précise l’article 35 du code de déontologie médicale). L’imposition universelle d’un passe sanitaire puis vaccinal viole les principes fondamentaux de notre éthique, de notre santé publique et de notre droit tout en entravant la vie de communautés entières de patients, sommés de choisir entre la crainte d’effets secondaires graves et leur propre #liberté.

    Une gestion sanitaire de cette crise est pourtant possible. Elle implique de redonner le pouvoir de prescription aux professionnels de santé eux-mêmes et de faire confiance à leur sens clinique, qui passe par la relation directe entre soignants et patients, dans le respect de l’éthique et de la santé publique. Puisque le vaccin n’est pas la panacée, cette gestion sanitaire suppose aussi de déployer un arsenal de mesures complémentaires et variées : une vaccination orientée vers les publics à risque de forme grave combinée avec les traitements, la prise en charge précoce des symptômes, la distribution massive de masques FFP2 pour les personnes ou les événements à risque et l’équipement de tous les bâtiments publics en systèmes d’aération efficace. Pourquoi les nouveaux libéraux qui ont pris le pouvoir dans notre pays s’obstinent-ils alors dans cette gestion inefficace et autoritaire ? Parce que le nouveau libéralisme qu’ils défendent est au pied du mur. En apportant un démenti cinglant aux promesses du néolibéralisme d’une « mondialisation heureuse », la crise écologique et sanitaire l’oblige à se réinventer dans l’urgence.

    Mise au ban de la société

    Le passe sanitaire et désormais vaccinal permet à cette idéologie, jusque-là hégémonique et qui commence tout juste à entrer en crise, de retomber discrètement sur ses pieds, en conjuguant :

    1) la poursuite de la destruction des services publics de santé, d’éducation et de recherche par l’austérité et la gestion managériale de ses personnels ;
    2) le « solutionnisme technologique » avec son mantra de l’innovation, qui sert à la fois le capitalisme financiarisé du Big Pharma et celui du virage numérique universel, en créant les marchés faramineux de la e-santé, du e-learning et du e-commerce ;
    3) la remise en cause de notre contrat social, avec la mise au ban de la société de millions d’individus déchus de leur citoyenneté (aujourd’hui les #non-vacciné s, et bientôt tous les autres citoyens non observants ou jugés non méritants).

    En déclarant fièrement « avoir très envie d’emmerder » jusqu’à les faire plier tous ceux qu’il ne peut pas « [lui-même] mettre en prison », Emmanuel Macron défend une conception de la politique telle qu’on peut la trouver chez le juriste allemand Carl Schmitt : celle fondée sur la partition amis-ennemis, avec d’un côté le chef de guerre et sa meute (« nous ») et de l’autre les ennemis de l’intérieur (« eux ») qu’il s’agit de « réduire », c’est-à-dire de soumettre ou d’annihiler. Invoquer la santé et la protection de l’hôpital public pour imposer cette vision effarante de la politique aura été l’une des opérations les plus perverses de ce quinquennat.

    Espérons que cela aura la vertu de réveiller tous les citoyens de ce pays, qu’ils soient vaccinés ou non, inquiets ou confiants devant cette innovation, mais qui restent attachés à une conception républicaine et démocratique de notre communauté politique.

    #Barbara_Stiegler, professeure de philosophie politique à l’université Bordeaux Montaigne, vice-présidente du comité d’éthique du CHU de Bordeaux, membre du Parlement de l’Union populaire.

    Libération , le 8 janvier 2022

    Notes :
    (1) Voir Kant, Réponse à la question : qu’est-ce que les Lumières ? (1784)
    (2) Voir la tribune « Extension du pass sanitaire aux enfants et aux adolescents : des chercheurs et des professionnels de santé sonnent l’alerte », sur Mediapart, et la pétition « Sortons du pass et de l’impasse sanitaire », Libération, 6 août 2021, en ligne sur change.org.
    (3) Voir les dernières données de l’European Center for Disease Prevention and Control (https://qap.ecdc.europa.eu/public/extensions/COVID-19/vaccine-tracker....). Sur le retard français de la vaccination chez les personnes à risque, voir Florence Débarre et al. « The French domestic « sanitary pass » did not solve Covid-19 vaccination inequities in France ». https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.03.22268676v1.full.pdf
    (4) Sur les risques de contentieux liés à ces incidents, voir « Covid : les effets secondaires du vaccin vont coûter cher à l’Australie », dans les Echos.

  • COVID-19 isn’t just a cold

    This thread is long, and hard to read - not just because of the technical language, but because “it’s just a cold,” “the vaccine protects me,” and “at least our children are safe” are comforting fairy tales.

    I wish they were true.

    This virus is like measles and polio: a virus with long-term impact.

    Even a “mild” case in a vaccinated individual can lead to long-term issues which cause a measurable uptick in all-cause mortality in the first 6 months, and get progressively worse with time.

    SARS-CoV-2 is a systemic disease which has multiple avenues to induce long-term impairment, attacking the brain, heart, lungs, blood, testes, colon, liver, and lymph nodes, causing persistent symptoms in more than half of patients by six months out.

    The CoVHORT study, limited to non-hospitalized patients in Arizona - “mild” cases - found a 68% prevalence of 1 or more Covid symptom after 30 days, rising to 77% after 60 days. (We will explore an explanation later).

    https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0254347

    To prevent panic, @CDCgov has been using the term “mild” to describe any case of COVID-19 which does not require hospitalization.

    #LongCOVID, however, is anything but “mild”, as the replies to @ahandvanish’s thread make heartbreakingly clear.

    https://twitter.com/ahandvanish/status/1423017721822949376

    A University of Washington study found that 30% of Covid patients had reduced Health Related Quality of Life, with 8% of the patients limited in routine daily activities.

    https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2776560

    These patients are struggling with real physical issues.

    This Yale study demonstrated reduced aerobic capacity, oxygen extraction. and ventilatory efficiency in “mild” COVID patients even after recovery from their acute infection.

    https://journal.chestnet.org/article/S0012-3692(21)03635-7/abstract

    It’s also a vascular disease. A Columbia study found “significantly altered lipid metabolism” during acute disease, which “suggests a significant impact of SARS-CoV-2 infection on red blood cell structural membrane homeostasis.”

    https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jproteome.0c00606

    Oregon Health & Science University found that “symptomatic or asymptomatic SARS-CoV-2 infection is associated with increased risk of [fatal] cardiovascular outcomes and has causal effect on all-cause mortality.”

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.27.21268448v1

    Let’s review: SARS-CoV-2 causes an increase in mortality and reduced aerobic capacity even after asymptomatic cases, and remains in the body months after the initial infection.

    No, it’s not “just a cold.”

    But we’re just getting started. It gets worse. Way worse.

    The virus appears to be able to cross the blood-brain barrier and cause significant neurological damage.

    The ability of the spike protein to cross the blood-brain barrier was demonstrated in mice at the University of Washington.

    https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33328624

    A joint study by Stanford and Germany’s Saarland University found inflammation in the brain, and “show[ed] that peripheral T cells infiltrate the parenchyma.”

    https://www.nature.com/articles/s41586-021-03710-0

    For context, the parenchyma is the functional tissue of the brain - your neurons and glial cells. It isn’t normally where T cells are:

    “In the brain of healthy individuals, T cells are only present sporadically in the parenchyma.”

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6751344

    The Stanford study also discovered microglia and astrocytes which displayed “features .. that have previously been reported in human neurodegenerative disease.”

    Post-mortem neuropathology in Hamburg, Germany found “Infiltration by cytotoxic T lymphocytes .. in the brainstem and cerebellum, [with] meningeal cytotoxic T lymphocyte infiltration seen in 79% [of] patients.”

    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1474442220303082#

    An autopsy of a 14-month-old at Brazil’s Federal University of Rio de Janeiro found that “The brain exhibited severe atrophy and neuronal loss.”

    https://www.thelancet.com/journals/lanam/article/PIIS2667-193X(21)00038-7/abstract

    The UK Biobank COVID-19 re-imaging study compared before and after images of “mild” cases, and found “pronounced reduction in grey matter” and an “increase of diffusion indices, a marker of tissue damage” in specific regions of the brain.

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.11.21258690v3

    That seems to explain why there is evidence of persistent cognitive deficits in people who have recovered from SARS-CoV2 infection in Great Britain.

    https://www.thelancet.com/journals/eclinm/article/PIIS2589-5370(21)00324-2/fulltext

    Also worrisome are syncytia, where an infected cell extrudes its own spike protein and takes over its neighbors, fusing together to create a large multi-nucleus cell.

    Delta’s particular aptitude for this may partly explain its severity.

    https://www.news-medical.net/news/20211006/SARS-CoV-2-emerging-variants-display-enhanced-syncytia-formation.aspx

    And, yes, syncytia formation can happen in neurons. For our visual learners, here is video of syncytia and apoptosis (cell death) in a (bat) brain:

    https://twitter.com/nytimes/status/1429604323047133185

    Luckily, the University of Glasgow found that “Whilst Delta is optimised for fusion at the cell surface, Omicron .. achieves entry through endosomal fusion. This switch .. offers [an] explanation for [its] reduced syncytia formation.”

    https://www.gla.ac.uk/media/Media_829360_smxx.pdf

    If you’re interested in further understanding the host of neurological symptoms and the mechanisms underlying them, this Nature article is an excellent primer:

    https://www.nature.com/articles/d41586-021-01693-6

    Let’s review: SARS-CoV-2 can cross the blood-brain barrier, and even “mild” or asymptomatic cases can cause loss of neurons and persistent cognitive defects?

    That doesn’t sound “mild” to me; I like my brain.

    But it keeps getting worse.

    The brain isn’t the only organ affected: Testicular pathology has found evidence of “SARS-Cov-2 antigen in Leydig cells, Sertoli cells, spermatogonia, and fibroblasts” in post-morten examination.

    https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/andr.13073

    A Duke pathology study in Singapore “detected SARS-CoV-2 .. in the colon, appendix, ileum, haemorrhoid, liver, gallbladder and lymph nodes .. suggesting widespread multiorgan involvement of the viral infection.”

    https://gut.bmj.com/content/gutjnl/early/2021/06/13/gutjnl-2021-324280.full.pdf#page1

    The same study found “evidence of residual virus in .. tissues during the convalescent phase, up to 6 months after recovery, in a non-postmortem setting,” suggesting that “a negative swab result might not necessarily indicate complete viral clearance from the body.”

    It also causes microclots: “Fibrin(ogen) amyloid microclots and platelet hyperactivation [were] observed in [Long COVID] patients,” in this work by Stellenbosch University of South Africa, which also explored potential treatments.

    https://www.researchsquare.com/article/rs-1205453/v1

    Let’s review - SARS-CoV2 attacks our veins, blood, heart, brain, testes, colon, appendix, liver, gallbladder and lymph nodes?

    No, it’s not “just a respiratory virus”.

    Not even close.

    There are also immunology implications:

    Johns Hopkins’ @fitterhappierAJ found that “CD95-mediated [T cell] differentiation and death may be advancing T cells to greater effector acquisition, fewer numbers, and immune dysregulation.”

    https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.600405/full

    This Chinese military study of the initial Wuhan outbreak concluded that “T cell counts are reduced significantly in COVID-19 patients, and the surviving T cells appear functionally exhausted.”

    https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.00827/full

    The study authors went on to warn, “Non-ICU patients with total T cells counts lower than 800/μL may still require urgent intervention, even in the immediate absence of more severe symptoms due to a high risk for further deterioration in condition.”

    Those warnings have since been proven by discovery of autoimmune features.

    This study of 177 Los Angeles healthcare workers found that all had persistent self-attacking antibodies at least 6 months after infection, regardless of illness severity.

    https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-021-03184-8

    In the words of T-cell immunologist Dr. Leonardi (@fitterhappierAJ)

    https://twitter.com/fitterhappierAJ/status/1475227891034210314

    This Kaiser Permanente S.California study found that, although natural immunity provided substantial protection against reinfection, “Hospitalization was more common at suspected reinfection (11.4%) than initial infection (5.4%).”

    https://www.clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S1198-743X(21)00422-5/abstract

    In fact, remember those cytokine storms? It turns out that even that even severe COVID-19 may not be a viral pneumonia, but an autoimmune attack of the lung.

    https://twitter.com/DaveLeeERMD/status/1413816137570205697

    Let’s review - it’s autoimmune: SARS-CoV2 convinces our body to attack itself.

    That might explain why the Arizona study saw more symptoms after 60 days than at 30 days.

    It also means “natural immunity” isn’t something to count on.

    But if you’re counting on vaccination to feel safe, there’s even more bad news.

    A study of Israel healthcare workers found that “Most breakthrough cases were mild or asymptomatic, although 19% had persistent symptoms (>6 weeks).”

    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2109072

    Perhaps the most terrifying study is from Oxford University, which examined the effects of vaccination on long COVID symptoms, because not only did it find that vaccination does not protect against Long Covid, but that Long Covid symptoms become more likely over time:

    In the words of the study authors, “vaccination does not appear to be protective against .. long-COVID features, arrhythmia, joint pain, type 2 diabetes, liver disease, sleep disorders, and mood and anxiety disorders."

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.10.26.21265508v3

    “The narrow confidence intervals rule out the possibility that these negative findings are merely a result of lack of statistical power. The inclusion of death in a composite endpoint with these outcomes rules out survivorship bias as an explanation.”

    That finding contradicts the findings from the UK Zoe app study, which found that “the odds of having symptoms for 28 days or more after post-vaccination infection were approximately halved by having two vaccine doses.”

    https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00460-6/fulltext

    However, the structural limitations of the Zoe study - discussed in detail by @dgurdasani1 in the linked thread - may explain why it is particularly susceptible to bias against detecting a progressive degenerative condition.

    https://twitter.com/dgurdasani1/status/1422802883632893952

    Let’s review: we’ve now shown that vaccination appears to offer no protection against the long-term autoimmune effects of COVID - which we know causes T-cells to attack the lungs, and can cause T-cells to enter the brain.

    Why are we letting this run wild?!

    You may think, at least our children are safe.

    They are not.

    The CDC is tracking incidence of a life-threatening multisystem inflammatory syndrome in children following an acute COVID-19 infection, with 5,973 cases as of November 30, 2021.

    https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#mis-national-surveillance

    Children also suffer from Long Covid.

    “More than half [of pediatric patients] reported at least one persisting symptom even 120 days [after] COVID-19, with 42.6% impaired by these symptoms during daily activities.”

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.23.21250375v1

    Focusing exclusively on pediatric deaths is vastly underselling the danger to children.

    Anybody telling you that SARS-CoV-2 is “just a cold” or “safe for children” is lying to you. They are ignoring the massive body of research that indicates that it is anything but.

    Since our vaccines don’t stop transmission, and don’t appear to stop long-term illness, a “vaccination only” strategy is not going to be sufficient to prevent mass disability.

    This isn’t something we want to expose our kids to.

    Let’s review: even for children and vaccinated people, a “mild” case of COVID causes symptoms that point to long-term autoimmune issues, potentially causing our own body to attack our brains, hearts, and lungs.

    Scared? Good.

    Now we’re ready to get to work.

    “This is the virus most Americans don’t know. We were born into a world where a virus was a thing you got over in a few weeks.” — @sgeekfemale, to whom I owe a “thank you” for her editing assistance on this thread.

    The viruses they know in Kolkota, Kinshasa, and Wuhan are different: dangerous, lethal beasts.

    Since 2020, the field has been leveled. Willing or no, we’ve rejoined the rest of the world. We are, all of us, vulnerable in the face of an unfamiliar threat.

    The first step is acknowledging the threat.

    That means acknowledging that our response has been woefully inadequate, and that is going to be uncomfortable.

    The thought that we could have prevented this, but didn’t, will feel unconscionable to some.

    The knowledge that we could start preventing this today, but haven’t, is unconscionable to me.

    https://twitter.com/IanRicksecker/status/1426584062827712512

    It’s time to quit pretending “it’s just a cold,” or that there is some magical law of viruses that will make it evolve to an acceptable level.

    There’s no such law of evolution, just wishful thinking, easily disproven by:

    Ebola. Smallpox. Marburg. Polio. Malaria.

    There are things we can do to reduce our individual risk, immediately.

    That starts with wearing a good mask - an N95 or better - and choosing to avoid things like indoor dining and capacity-crowd stadiums.

    https://twitter.com/LazarusLong13/status/1440398111445188618

    This isn’t a choice of “individual freedom” vs “public health”. It isn’t “authoritarian” to ask people to change their behavior in order to save lives.

    https://www.thehastingscenter.org/individual-freedom-or-public-health-a-false-choice-in-the-covid-e

    As Arnold @Schwarzenegger argued so convincingly in @TheAtlantic, it is our patriotic duty:

    “Generations of Americans made incredible sacrifices, and we’re going to throw fits about putting a mask over our mouth and nose?”

    https://www.theatlantic.com/ideas/archive/2021/08/schwarzenegger-schmuck-mask-vaccines/619746

    “Those who would sacrifice essential liberty for a little bit of temporary security deserve neither!”

    What is the essential liberty here?

    It is the liberty to be able to breathe clean air, to live our lives without infecting our families and risking disability.

    To get there, we need to listen to our epidemiologists and public health experts - the ones who have been trying to tell us this since the beginning:

    https://twitter.com/EpiEllie/status/1444088804961304581

    It is time — long past time — to give up on the lazy fantasy that we can let it become “endemic” and “uncontrolled” because it inconveniences us, because it is killing our political opponents, or because the virus will magically evolve to some “mild” state.

    It is time — long past time — to begin controlling this virus.

    It’s possible: Japan, New Zealand, and South Korea have done it.

    It saves lives:

    It’s even good for the economy:

    “Globally, economic contraction and growth closely mirror increases and decreases in COVID-19 cases... Public health strategies that reduce SARS-CoV-2 transmission also safeguard the economy.”

    https://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12879-021-06357-4

    It’s time.

    https://threadreaderapp.com/thread/1478611650760437765.html

    sur twitter :
    https://twitter.com/IanRicksecker/status/1478611650760437765

    #long-covid #covid-19 #coronavirus #covid_long #long_covid #séquelles #post-covid

  • Discordant #SARS-CoV-2 PCR and Rapid Antigen Test Results When Infectious : A December 2021 Occupational Case Series https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.04.22268770v1

    30 cas de #COVID-19 en rapport avec le variant #omicron diagnostiqués par PCR : les deux premiers jours la plupart des cas n’ont pas été décelés par les 2 auto-tests antigéniques utilisés, alors même que la charge virale était élevée dans 28 cas (avec 4 cas de contagion prouvée alors que les tests antigéniques étaient négatifs).

  • Yes il est de Marseille !

    Emergence in Southern France of a new SARS-CoV-2 variant of probably Cameroonian origin harbouring both substitutions N501Y and E484K in the spike protein | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.24.21268174v1

    SARS-CoV-2 variants have become a major virological, epidemiological and clinical concern, particularly with regard to the risk of escape from vaccine-induced immunity. Here we describe the emergence of a new variant. For twelve SARS-CoV-positive patients living in the same geographical area of southeastern France, qPCR testing that screen for variant-associated mutations showed an atypical combination. The index case returned from a travel in Cameroon. The genomes were obtained by next-generation sequencing with Oxford Nanopore Technologies on GridION instruments within ≈8 h. Their analysis revealed 46 mutations and 37 deletions resulting in 30 amino acid substitutions and 12 deletions. Fourteen amino acid substitutions, including N501Y and E484K, and 9 deletions are located in the spike protein. This genotype pattern led to create a new Pangolin lineage named B.1.640.2, which is a phylogenetic sister group to the old B.1.640 lineage renamed B.1.640.1. Both lineages differ by 25 nucleotide substitutions and 33 deletions. The mutation set and phylogenetic position of the genomes obtained here indicate based on our previous definition a new variant we named “IHU”. These data are another example of the unpredictability of the emergence of SARS-CoV-2 variants, and of their introduction in a given geographical area from abroad.

  • Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in South Africa | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.21.21268116v1

    Étude à partir de milliers de patients: sévérité moindre avec omicron;

    We aimed to assess clinical severity of individuals infected with Omicron, using S Gene Target Failure (SGTF) on the Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 PCR test as a proxy.

    Methods
    […] infections were designated as SGTF or non-SGTF. Disease severity was assessed using multivariable logistic regression models comparing SGTF-infected individuals diagnosed between 1 October to 30 November to (i) non-SGTF in the same period, and (ii) Delta infections diagnosed between April and November 2021. Results From 1 October through 6 December 2021, 161,328 COVID-19 cases were reported nationally; 38,282 were tested using TaqPath PCR and 29,721 SGTF infections were identified. […]

    On multivariable analysis, after controlling for factors associated with hospitalisation, individuals with SGTF infection had lower odds of being admitted to hospital compared to non-SGTF infections (adjusted odds ratio (aOR) 0.2, 95% confidence interval (CI) 0.1-0.3). Among hospitalised individuals, after controlling for factors associated with severe disease, the odds of severe disease did not differ between SGTF-infected individuals compared to non-SGTF individuals diagnosed during the same time period (aOR 0.7, 95% CI 0.3-1.4). Compared to earlier Delta infections, after controlling for factors associated with severe disease, SGTF-infected individuals had a lower odds of severe disease (aOR 0.3, 95% CI 0.2-0.6).

    Conclusion
    Early analyses suggest a reduced risk of hospitalisation among SGTF-infected individuals when compared to non-SGTF infected individuals in the same time period, and a reduced risk of severe disease when compared to earlier Delta-infected individuals. Some of this reducton is likely a result of high population immunity.

  • Reduced Incidence of #Long_COVID Symptoms Related to Administration of COVID-19 Vaccines Both Before COVID-19 Diagnosis and Up to 12 Weeks After | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.17.21263608v1

    In this study, patients who had been vaccinated prior to COVID-19 infection were significantly less likely to have long-COVID symptoms. This result applies even if only a single dose of the vaccine is documented, regardless of the manufacturer of the vaccine. Although these results show that other factors, such as demographic factors and chronic conditions, also influence the likelihood that an individual will exhibit long-COVID symptoms, vaccination status had a consistently and substantially larger effect on this outcome than any other factor measured.

    Furthermore, patients whose first vaccination occurred within 12 weeks after COVID-19 diagnosis were significantly less likely to have long-COVID symptoms than if they had remained unvaccinated. This finding is consistent with the hypothesis that a vaccine may accelerate clearance of the remaining SARS-CoV-2 virus from specific body compartments or reduce part of the body’s immune response related to development of long-COVID (3).

    #covid_long #post_covid

  • The removal of airborne #SARS-CoV-2 and other microbial bio#aerosols by air filtration on COVID-19 surge units | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.16.21263684v1

    #filtrage

    This study examined the effect of air filtration and ultra-violet (UV) light sterilisation on detectable airborne SARS-CoV-2 and other microbial bioaerosols.

    Methods
    We conducted a crossover study of portable air filtration and sterilisation devices in a repurposed surge COVID ward and surge ICU. National Institute for Occupational Safety and Health (NIOSH) cyclonic aerosol samplers and PCR assays were used to detect the presence of airborne SARS-CoV-2 and other microbial bioaerosol with and without air/UV filtration.

    Results
    Airborne SARS-CoV-2 was detected in the ward on all five days before activation of air/UV filtration, but on none of the five days when the air/UV filter was operational; SARS-CoV-2 was again detected on four out of five days when the filter was off. Airborne SARS-CoV-2 was infrequently detected in the ICU. Filtration significantly reduced the burden of other microbial bioaerosols in both the ward (48 pathogens detected before filtration, two after, p=0.05) and the ICU (45 pathogens detected before filtration, five after p=0.05).

    Conclusions
    These data demonstrate the feasibility of removing SARS-CoV-2 from the air of repurposed surge wards and suggest that #air filtration devices may help reduce the risk of hospital-acquired SARS-CoV-2.

  • #COVID-19 Projections for K12 Schools in Fall 2021: Significant Transmission without Interventions
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.10.21261726v2.full.pdf

    Methods:

    An extended Susceptible-Infected-Recovered model was developed using R programming language to project infections over one semester (107 days) within a well-mixed student population (n=500) in which 0.5% of incoming students are infected and one case enters the school per week (e.g., infected outside school)…. Levels of protection were based on CDC reports that 30% of students in the middle school age-range are vaccinated, 40% of students in the high-school age-range are vaccinated, and prior infection among all primary-school children is approximately 10%. A baseline effective reproductive rate (R0) of 4.0 represented the context of increased infectivity from the Delta variant. We assume universal mask usage decreases infectivity by 50%.”

    Conclusion:

    “Without interventions in place, the vast majority of susceptible students will become infected through the semester. Universal masking can reduce student infections by 26-78%, and biweekly testing along with masking reduces infections by another 50%. To prevent new infections in the community, limit school absences, and maintain in-person learning, interventions such as masking and testing must be implemented widely, especially among elementary school settings in which children are not yet eligible for the vaccine.”

    #écoles #enfants

  • The emergence of SARS-CoV-2 variants of concern is driven by acceleration of the evolutionary rate | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.29.21262799v1

    The ongoing SARS-CoV-2 pandemic has seen an unprecedented amount of rapidly generated genome data. These data have revealed the emergence of lineages with mutations associated to transmissibility and antigenicity, known as variants of concern (VOCs). A striking aspect of VOCs is that many of them involve an unusually large number of defining mutations. Current phylogenetic estimates of the evolutionary rate of SARS-CoV-2 suggest that its genome accrues around 2 mutations per month. However, VOCs can have around 15 defining mutations and it is hypothesised that they emerged over the course of a few months, implying that they must have evolved faster for a period of time. We analysed genome sequence data from the GISAID database to assess whether the emergence of VOCs can be attributed to changes in the evolutionary rate of the virus and whether this pattern can be detected at a phylogenetic level using genome data. We fit a range of molecular clock models and assessed their statistical fit. Our analyses indicate that the emergence of VOCs is driven by an episodic increase in the evolutionary rate of around 4-fold the background phylogenetic rate estimate that may have lasted several weeks or months. These results underscore the importance of monitoring the molecular evolution of the virus as a means of understanding the circumstances under which VOCs may emerge.

  • Alasdair Munro sur Twitter

    “Did you hear vaccinated people with Delta “have just as much virus in their nose so are just as infectious as unvaccinated”?

    Turns out vaccinated people have significantly less culturable virus present at the same Ct count

    They are LESS INFECTIOUS 💥” / Twitter
    https://twitter.com/apsmunro/status/1429449468261322759

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.20.21262158v1

  • Coronavirus : l’efficacité du vaccin Pfizer diminuerait de 6% tous les deux mois
    https://www.rtl.fr/actu/bien-etre/coronavirus-l-efficacite-du-vaccin-pfizer-diminuerait-de-6-tous-les-deux-mois-79

    Selon une une étude (encore non relue) parue sur la plateforme medRxiv, le pic d’efficacité du vaccin Pfizer/BioNTech tomberait de 96% à 84% en quatre mois. Menée chez 45.000 patients vaccinés avec deux doses dans six pays, cette étude montre une baisse graduelle de l’efficacité de 6 % environ tous les deux mois, indiquent les auteurs. Même s’ils se gardent bien d’extrapoler sur une prolongation de cette courbe, cela signifie que le seuil des 50 % serait franchi au bout de 18 mois, comme le révèle le site Futura Science.

    « Les données en provenance d’Israël indiquent une diminution de l’efficacité, qui est au départ à quasiment 100 % contre le risque d’hospitalisation. Après une période de six mois, l’efficacité devient faible chez les personnes âgées de plus de 90 ans et moyenne chez les plus de 80 ans, confirme Albert Bourla, le PDG de Pfizer. La bonne nouvelle, c’est que nous pensons qu’une troisième dose pourra faire revenir le niveau d’immunité à un niveau suffisant pour protéger contre le variant Delta. » Un résultat qui arrange donc bien les affaires du laboratoire.

    En juin, une étude sur le vaccin Moderna indiquait que la demi-vie des anticorps neutralisants est de 109 jours (ce qui signifie qu’il ne reste plus que la moitié des anticorps après ce délai), le niveau global restant toutefois largement satisfaisant même après 209 jours. De plus, le déclin semble ralentir au fil du temps, ce qui suggère qu’on atteint un plafond au bout d’un moment. Plusieurs autres études suggèrent que l’immunité pourrait même durer plusieurs années, voire plusieurs dizaines d’années. Bref, il est bien trop tôt pour tirer des conclusions hâtives sur la nécessité d’une troisième dose.

    • Six Month Safety and Efficacy of the BNT162b2 mRNA COVID-19 Vaccine | medRxiv
      https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261159v1

      Constatations intéressantes :

      In South Africa, where the SARS-CoV-2 variant of concern, B.1.351 (beta), was predominant, 100% (95% CI 53.5, 100.0) VE [vaccine efficacy] was observed.

      […]

      The benefit of BNT162b2 immunization started ∼11 days post-dose 1, with 91.7% VE from 11 days post-dose 1 until dose 2. The study cannot provide information on persistence of protection after a single dose, as 98.5% of participants received dose 2 as scheduled during the blinded study period. As recently reported, although non-neutralizing viral antigen-binding antibody levels rise between the first and second BNT162b2 dose, serum neutralizing titers are low or undetectable during this interval.

      Early protection against COVID-19 without robust serum neutralization indicates that neutralizing titers alone do not appear to explain early BNT162b2-mediated protection from COVID-19. Other immune mechanisms (e.g., innate immune responses, CD4+ or CD8+ T-cell responses, B- cell memory responses, antibody-dependent cytotoxicity) may contribute to protection.20-25Efficacy peaked at 96.2% during the interval from 7 days to <2 months post-dose 2, and declined gradually to 83.7% from 4 months post-dose 2 to the data cut-off, an average decline of ~6% every 2 months.

  • Covid-19 : face à la quatrième vague, les effets trop tardifs de l’accélération de la vaccination, selon l’Institut Pasteur

    L’immunisation d’une partie plus importante de la population sous la pression du passe sanitaire réduira le pic d’hospitalisations mais ne devrait pas suffire à éviter « un encombrement important à l’hôpital », d’après les dernières modélisations de l’équipe de Simon Cauchemez.

    L’accélération de la vaccination suffira-t-elle à contrer la quatrième vague ? Sans doute pas, selon les dernières modélisations de l’Institut Pasteur, mises en lignes mardi 27 juillet https://modelisation-covid19.pasteur.fr/realtime-analysis/delta-variant-dynamic. Selon ces calculs, l’immunisation d’une partie plus importante de la population sous la pression du passe sanitaire réduira la taille du pic d’hospitalisations, mais sans autres mesures, il pourrait bien être aussi haut que celui de la deuxième, voire de la première vague. « Si on reste sur une dynamique avec un taux de transmission égal à 2 [ce qui signifie que chaque individu infecté contamine en moyenne deux personnes], cela pourrait conduire à un encombrement important à l’hôpital », souligne le chercheur Simon Cauchemez, par ailleurs membre du #conseil_scientifique.

    Si, fin mai, lorsque le variant Delta n’était encore qu’une menace incertaine, le modélisateur espérait un « été tranquille », ses scénarios sont désormais bien plus pessimistes. Dans l’hypothèse où la vaccination atteindrait, en rythme de croisière, 700 000 injections par jour, et où la part des Français souhaitant se faire vacciner serait de 70 % chez les 12-17 ans, 90 % parmi les 18-59 ans et 95 % chez les plus de 60 ans, jusqu’à 2 500 hospitalisations quotidiennes sont attendues au pic, soit un niveau proche de celui de la deuxième vague, en novembre 2020. C’est moins que ce qui était anticipé le 9 juillet, avant l’annonce de la mise en place du passe sanitaire – jusqu’à 4 800 hospitalisations par jour, soit bien au-delà des 3 600 hospitalisations observées au pic de la première vague, en avril 2020 –, mais bien trop pour éviter que les hôpitaux ne débordent de nouveau.

    INFOGRAPHIE LE MONDE

    Le nombre de lits de soins critiques occupés au pic pourrait atteindre 5 400, voire 7 200, si les durées moyennes de séjour sont plus longues (quinze jours contre dix), c’est-à-dire les niveaux atteints lors des deux premières vagues épidémiques. « Une réduction du taux de transmission grâce à des mesures non pharmaceutiques reste donc importante pour limiter l’impact de la vague sur le système hospitalier », insistent les auteurs de ces projections, en précisant que « même de petites réductions peuvent avoir un impact important ». En abaissant le taux de transmission de 10 %, le nombre d’hospitalisations au pic ne serait plus « que » de 1 800, et de 1 200 avec une réduction de 25 %.

    INFOGRAPHIE LE MONDE

    « A la croisée des chemins »

    Le passe sanitaire y parviendra-t-il ? « Son effet est difficile à anticiper. Tout dépend de sa mise en œuvre », indique Simon Cauchemez, en rappelant que du point de vue du contrôle de l’épidémie, des mesures appliquées à l’ensemble de la population n’ont pas davantage d’intérêt que des mesures ciblant seulement les personnes non vaccinées. « Auparavant, on n’avait pas d’autre choix que de fermer un lieu où le risque de contamination est élevé. Maintenant, on peut le laisser ouvert pour les personnes qui contribuent peu à la transmission », précise le modélisateur, citant une étude sur l’épidémiologie du SARS-CoV-2 dans une population partiellement vaccinée.

    « On est à la croisée des chemins. Le fait qu’on soit passé de 2 000 à 20 000 [cas positifs par jour] en très peu de temps est un signal très inquiétant. Il va falloir suivre la situation de très près dans les jours et les semaines qui viennent pour voir si on réussit à casser cette dynamique », explique le modélisateur. A différentes reprises déjà, l’épidémie a pu suivre une trajectoire imprévue – du fait de la météo ou encore des vacances. « Dans le passé, on a vu des ralentissements ou des accélérations de l’épidémie sans pouvoir les expliquer. Il y a le virus, mais aussi l’ajustement du comportement des gens, indépendamment des mesures prises par les autorités », souligne-t-il. Depuis quelques jours, la courbe s’est ainsi infléchie dans plusieurs pays, comme au Royaume-Uni, sans explication claire – mais les Anglais totalement vaccinés étant bien plus nombreux que les Français, toute comparaison est hasardeuse. [ainsi 100 % des personnes de plus de 80 ans y sont vaccinées, un facteur décisif pour la part des décès, ndc]

    Alors que des départements envisagent de réinstaurer un couvre-feu et que le port du masque est redevenu obligatoire en extérieur dans 22 d’entre eux, une étude mise en ligne mi-juillet par une équipe de modélisateurs de l’université de Bordeaux https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.09.21260259v3 précise l’impact qu’on peut en attendre. Grâce à différentes méthodes statistiques, les scientifiques sont parvenus à démêler les effets des différentes interventions. Selon leurs calculs, le premier confinement a réduit le taux de transmission de près de 80 %, le deuxième confinement, avec les écoles ouvertes et un assouplissement du télétravail, autour de 50 %, et les différents couvre-feux, autour de 30 %, sans grande différence suivant qu’il démarre à 18 heures ou à 20 heures. La fermeture des écoles n’aurait, en revanche, contribué qu’à une diminution de 7 %.

    « Un phénomène d’usure des mesures »

    Ces calculs ne permettent cependant pas de comprendre la « mécanique » à l’œuvre derrière chacune des interventions. « Quelles que soient les raisons pour lesquelles ça marche, mettre en place un couvre-feu, ça marche ! », résume Rodolphe Thiébaut, coauteur de l’étude, en admettant avoir été surpris par ce résultat, qui contredit d’autres estimations basées, par exemple, sur le niveau de mobilité des Français pendant cette période. « Les mesures ont aussi un effet de signal pour la population », souligne le modélisateur, selon qui ces résultats ne sont pas transposables au contexte actuel.

    « Il y a un phénomène d’usure des mesures, donc l’efficacité qui a pu être constatée n’est plus la même au bout d’un certain temps », explique Pascal Crépey, épidémiologiste à l’Ecole des hautes études en santé publique (EHESP), citant les travaux de la modélisatrice Vittoria Colizza sur la « fatigue pandémique ». « Il peut être trompeur de lier une réduction du taux de transmission à une mesure, car ce pourcentage est malheureusement amené à baisser. Plus une mesure s’applique longtemps, moins elle est efficace », précise-t-il.

    L’effet du climat serait par contre très significatif puisque, selon les calculs de l’équipe de Bordeaux, il serait à l’origine d’une baisse de plus de 20 % de la circulation du virus en été et d’une augmentation de 10 % l’hiver. S’il se confirme, cela pourrait contribuer à décaler l’épidémie dans le temps, mais dans ce cas, « il faut s’attendre à une augmentation de la transmission du variant Delta de 30 % à l’arrivée de l’hiver », souligne Pascal Crépey, en rappelant que d’autres facteurs « non identifiés par le passé » peuvent aussi avoir un impact sur la dynamique à venir du variant. « Pour l’instant, ça va, mais on n’est pas sortis d’affaire », résume-t-il, en rappelant que les vaccinations qui ont lieu aujourd’hui n’auront pas d’effet avant le mois de septembre. « Les gens qui seront hospitalisés au 15 août ont été infectés aujourd’hui. Le tracé des courbes est déjà écrit et va se dévoiler dans les jours à venir. »

    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/07/28/covid-19-face-a-la-quatrieme-vague-les-effets-trop-tardifs-de-l-acceleration

    #covid-19 #hospitalisations

  • Digital contact tracing contributes little to COVID-19 outbreak containment | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.21.21259258v1

    Digital contact tracing applications have been introduced in many countries to aid in the containment of COVID-19 outbreaks. I(...) Our results suggest that policy makers cannot rely on digital contact tracing to contain outbreaks of COVID-19 or similar diseases.

    ce n’est qu’un preprint, mais c’est une équipe de recherche plutôt fiable