/covid-19-derived-chart

    • Oui c’est normal, c’est un outil cumulatif ; pour faire les nombres absolus quotidiens il faudrait un autre concept visuel—des barres ou autre, mais surtout pas des lignes. Je n’ai pas encore trouvé le temps de faire ça, mais les données sont bien là.

    • Je sais que ce serait beaucoup plus compliqué, mais est-ce qu’on aurait aussi accès aux malades graves (placés en #réanimation) ?

      Parce que le taux de mortalité est tellement faible qu’il est possible qu’il y ait un biais, et que le nombre de malades graves reflète plus la progression de la maladie...

  • Je rappelle l’outil de @fil pour visualiser les dernières données dans chaque pays :
    https://observablehq.com/@fil/covid-19-derived-chart

    Si on regarde la tendance sur les 7 derniers jours,
    – la France double le nombre de morts tous les 2,6 jours
    – l’Italie double le nombre de morts tous les 4,2 jours.
    – l’Allemange, malgré les articles enthousiastes qui circulent, est sur un rythme d’un doublement des décès tous les 2,1 jours.

    Si on superpose les courbes des 3 pays à partir du jour où elles ont franchi les 7 morts, on obtient une superposition très nette des courbes. Dans cette logique, l’Allemagne ne semble pas présenter de différence dans le progression des morts par rapport à la France et l’Italie.

    En revanche, on aurait tout de même un infléchissement des courbes au fur et à mesure du temps (qu’il ne me semble pas évident d’expliquer tout de suite : début d’efficacité des mesures de confinement ? amélioration des prises en charge hospitalières ?).

    • C’est très compliqué car il y a beaucoup de facteurs à prendre en compte : par exemple
      – temporels : dans l’hypothèse où la population la plus à risque (les vieux) aurait été rapidement infectée, on voit ses morts apparaître progressivement après 5 à 15 jours, et ce même si l’épidémie arrête de se propager
      – les exponentielles (cf note) peuvent décrire le début d’une courbe épidémique, mais pas la suite — car la population n’est pas infinie. Les courbes à modéliser sont donc plutôt des courbes logistiques (courbes en S avec un début de type exponentiel, puis un plateau).
      – le ralentissement lié au confinement devrait inch’allah commencer à se faire sentir
      – l’hôpital sait sans doute un peu mieux prendre les gens en charge qu’au début (meilleure connaissance de la maladie) mais a moins de ressources (lits, personnels) par patient.

      [note] loin de moi l’idée de dénigrer les épidémiologistes amateurs que nous sommes tous ici, mais il semble bien (merci Prof. @simplicissimus) que la première mise en garde des modélisateurs est que il faut éviter d’employer des données agrégées et cumulées :

      Avoidable errors in the modelling of outbreaks of emerging pathogens, with special reference to Ebola | Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences
      https://royalsocietypublishing.org/doi/abs/10.1098/rspb.2015.0347

      (1) models should be fit to raw, disaggregated data whenever possible and never to temporally accumulated data;

      Par conséquent il faut rester très modeste sur ce que racontent ces courbes.

    • Question que vous avez peut-être déjà abordé ici : est-ce que ce ne serait pas intéressant de présenter ces courbes sous forme de pourcentage de hausse (ou simplement la dérivée) histoire de voir quand la courbe commence à s’infléchir ?

    • Je ne pense pas que les pourcentages eux-mêmes t’indiquent grand chose directement. En fait, la copie d’écran que tu as ci-dessus te donne un peu l’indication que tu suggères, parce que les 3 pays, avec leur décalage dans le temps, ont jusque là suivi la même évolution. Si ça n’a pas forcément valeur prédictive, ça te montre en gros l’évolution de la courbe italienne sur 3 périodes successives d’une semaine :
      – première semaine, l’Italie était presque identique de la pente allemande de cette semaine, avec un doublement en 2,1 jours ;
      – deuxième semaine, l’Italie était presque identique à la pente française de cette semaine (plutôt : avec un décalage d’une dizaine de jours), avec un doublement à peine ralentit ;
      – dernière semaine, l’Italie a désormais un doublement tous les 4,2 jours, ce qui suggère un net infléchissement de la courbe.

      Mais en même temps, comme le rappelle @fil : c’est pas évident d’en tirer des conclusions pratiques.

      Note : je suis fainéant alors j’utilise le rendu que j’ai déjà posté ci-dessus en prétendant que les 3 pays sont suffisamment proches de la courbe italienne. Mais pour être plus précis, l’outil de Fil permet d’afficher cette droite d’approximation en choisissant le nombre de jours (ici : 7), mais aussi un décalage par rapport à aujourd’hui. Tu peux donc directement faire « glisser » cette courbe d’approximation en direct, sur le pays de ton choix, en faisant bouger le curseur, et tu vois ainsi « visuellement » la courbe qui s’infléchit.

  • Petit message qui va paraître évident aux statisticiens, mais qui permet quand même de répondre à la question que j’entends souvent :

    Comment se fait-il qu’on dise que le virus touche moins d’1% des moins de 60 ans et que la moitié des hospitalisés graves ont moins de 60 ans...

    Alors voilà pourquoi ces chiffres ne sont pas contradictoires, qu’ils ne veulent pas dire « qu’on nous ment », mais que le choix de donner l’un ou l’autre de ces chiffres sans explication est un choix politique ou médiatique :

    Alors prenons les cas recensés en France : comme on le répète partout, si vous avez 65 ans ou plus, le virus est dangereux pour vous, et au 15 mars, il y avait 2086 cas confirmés, dont 181 cas en réanimation et 147 morts. Ce qui veut dire que vous avez 9% de chances d’être placés en réanimation si vous attrapez le virus, et 7% de malchance d’en mourir. En tout 16% de malades graves. C’est beaucoup et c’est pour ça que vous devez faire attention.

    En revanche, si vous avez 64 ans ou moins, au 15 mars, il y a eu 4001 cas confirmés (c’est beaucoup, mais il y a beaucoup plus de monde en France qui a moins de 64 ans que le contraire !), dont 174 cas en réanimation et 13 morts. Il y a donc bien 4% de chance d’être placé en réanimation, mais seulement 0.3% de malchance d’en mourir. Ces chiffres sont plutôt rassurant si vous avez moins de 64 ans.

    Il y a une autre façon de présenter ces chiffres, qui est très inquiétante mais qui ne présente pas beaucoup d’intérêt sauf de faire peur et de faire vendre des journaux : En réanimation, on a donc 181 personnes qui ont plus de 64 ans et 174 qui ont moins. Donc il y a bien presque la moitié des patients en réanimation qui ont moins de 64 ans. Et alors ? C’est juste qu’ils sont beaucoup plus nombreux au départ, mais il y a quand même très peu de chance de finir en réanimation (4%) si on a moins de 64 ans, et c’est ça qui compte, OK ?

    #coronavirus #paranovirus #statistiques #âge #manipulations #debunking

    NB : ça me fait chier, mais ma source pour les chiffres est BFM :
    https://www.bfmtv.com/sante/infographie-coronavirus-en-france-les-seniors-durement-touches-les-jeunes-pas

    • Bonjour, merci pour cette analyse. Néanmoins, je pense aussi que les statistiques doivent être discutés et ne peuvent être pris pour argent comptant. D’une part, les personnes mortes du coronavirus et ayant moins de 65 ans avaient déjà de graves problèmes. Ca permet peut-être de diminuer la panique, et empêche la mécanique « et si ce 4% c’était moi ? ». D’autre part, je pense qu’il faut le dire et le redire, nous n’avons AUCUN moyen de déterminer ce chiffre. C’est une notion statistique de base : plus il y a de cas déclaré, plus ce pourcentage tendra à baisser. En l’occurence, sans test systématique, nous ne pouvons que dire que le nombre de personne contaminée par le virus est beaucoup plus grand. Mais je ne suis pas devin, c’est une intuition scientifique de base. Si nous ne cherchons pas à évaluer et à observer, alors nous ne pouvons pas nous fier aux œillère que nous avons sur les yeux.

    • Après vérification sur le site de l’Insee, à peu près 80% des français ont moins de 65 ans, et 20%, soit 4 fois moins, ont plus de 65 ans.

      Donc déjà c’est impressionnant qu’il n’y ait que deux fois moins de malades de la tranche d’âge plus élevée alors qu’il devrait y en avoir 4 fois moins.

      Et, en plus, si on les retrouve moitié/moitié en réanimation, c’est bien que les moins de 65 ans ont encore deux fois plus de chance d’y échapper (et 20 fois moins de chances d’en mourir) !

    • Du coup je recommence la rédaction de ce petit texte :

      Petit message pour répondre à la question que j’entends souvent :

      Comment se fait-il qu’on dise que le virus tue moins d’1% des moins de 60 ans, alors que j’ai lu que la moitié des hospitalisés graves ont moins de 60 ans...?

      Ces chiffres ne sont pas contradictoires, ils ne veulent pas dire « qu’on nous ment », mais juste que le choix de donner l’un ou l’autre de ces chiffres, sans explication, est un choix politique ou médiatique :

      Prenons les cas officiellement recensés en France : comme on le répète partout, si vous avez 65 ans ou plus, le virus est dangereux pour vous : au 15 mars, il y avait 2086 cas confirmés, dont 181 cas en réanimation et 147 morts. Ce qui veut dire que si vous tombez malade, vous avez 9% de chances d’être placés en réanimation, et 7% de malchance d’en mourir. En tout 16% de complications. C’est beaucoup, et c’est pour ça que si vous avez 65 ans ou plus, vous devriez faire attention.

      En revanche, pour les 64 ans ou moins, au 15 mars, il y a eu 4001 cas confirmés (c’est beaucoup, mais 80% des Français ont moins de 64 ans, si la répartition ne dépendait pas de l’âge, on en attendrait 8300), dont 174 cas en réanimation et 13 morts. Il y a donc 4% de chance d’être placé en réanimation, mais seulement 0.3% de malchance de mourir du virus. Ces chiffres sont plutôt rassurant si vous avez moins de 64 ans : déjà vous avez deux fois moins de chances de tomber malade, et une fois malade, encore deux fois moins de chances de complications, surtout si vous êtes en bonne santé car ces 4% sont en général des personnes qui avaient déjà d’autres maladies, et 20 fois moins de chance d’en mourir.

      Il y a une autre façon de présenter ces chiffres, qui ne présente pas beaucoup d’intérêt sauf de faire peur et de faire vendre des journaux : en réanimation, on vient de voir qu’on a donc 181 personnes qui ont plus de 64 ans et 174 qui ont moins de 64 ans. Donc il y a bien presque la moitié des patients en réanimation qui ont moins de 64 ans. Et alors ? C’est juste parce qu’ils sont beaucoup plus nombreux au départ, mais il y a quand même deux fois moins de chances de tomber malade, et très peu de chances de mourir ou même de finir en réanimation (4%) si on a moins de 64 ans, et c’est ça qui compte, non ?

      NB : en plus, ces chiffres (officiels) sont incomplets puisqu’il y a de nombreux cas non détectés (des malades pas trop graves qui restent chez eux, ou qui vont à l’hôpital mais on croit que c’est une simple grippe saisonnière)... Donc les nouvelles sont encore meilleures puisque, s’il y a deux fois plus malades du coronavirus (mais la moitié qu’on n’a pas détectée), le nombre de patients en réanimation est le même, alors il n’y a que 2% de "chances" de se retrouver en réanimation si on a moins de 64 ans, et 5% si on a plus de 64 ans... Excellentes nouvelles, mais comme le nombre de personnes en réanimation n’a pas changé, on a toujours à peu près autant de patients en réanimation qui ont moins de 64 ans, que de patients qui ont plus de 64 ans, ce qui montre bien, même si c’est vrai, que ce n’est pas une façon pertinente de présenter les résultats, sauf si le but est de paniquer les gens...!

    • Je vois qu’on a tous la même manière de gérer l’angoisse.

      Sur https://observablehq.com/@fil/covid-19-derived-chart j’ai un graphe qui se met à jour tout seul dès que les données du Johns Hopkins sont mises à jour sur github (et ne fait pas de faute de frappe).

      Tu peux faire ta sélection de pays, de dimensions, d’échelle log ou linéaire, et il y a une petite étiquette qui indique « doublement tous les x jours ».