https://www.sciencemag.org

  • Soil without life discovered for the first time on Earth | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/06/soil-without-life-discovered-first-time-earth

    A pair of mountains in Antarctica might literally be the loneliest place in the world. Not even bacteria or fungi live at the top of these freezing peaks, National Geographic reports. Researchers found no signs of life in soil from the mountains, which they analyzed by testing for the presence of DNA in the samples they collected. The sites are the first places on Earth’s surface that host no microbial life, the team reported last month in the Journal of Geophysical Research: Biogeosciences. What’s more, experts say the conditions resemble the surface of Mars, and so could help future explorers learn more about conducting missions on the Red Planet.

  • Unreliable social science research gets more attention than solid studies

    In 2011, a striking psychology paper made a splash across social media, news, and academia: People used the internet as a form of “external” memory (https://science.sciencemag.org/content/333/6040/277), the study said, relying on it for information rather than recalling facts themselves. In 2018, a key finding from that paper failed to replicate when a team of psychologists put it and 20 other high-profile social science studies (https://www.sciencemag.org/news/2018/08/generous-approach-replication-confirms-many-high-profile-social-science-) to the test.

    But the original paper has been cited 1417 times—with more than 400 of those citations coming after the 2018 replication project. That’s far more, on average, than the papers from the project that did replicate. Now, a new study shores up the popularity of unreliable studies: Social science papers that failed to replicate racked up 153 more citations, on average, than papers that replicated successfully.

    This latest result is “pretty damning,” says University of Maryland, College Park, cognitive scientist Michael Dougherty, who was not involved with the research. “Citation counts have long been treated as a proxy for research quality,” he says, so the finding that less reliable research is cited more points to a “fundamental problem” with how such work is evaluated.

    University of California, San Diego, economists Marta Serra-Garcia and Uri Gneezy were interested in whether catchy research ideas would get more attention than mundane ones, even if they were less likely to be true. So they gathered data on 80 papers from three different projects that had tried to replicate important social science findings, with varying levels of success.

    Citation counts on Google Scholar were significantly higher for the papers that failed to replicate, they report today in Science Advances, with an average boost of 16 extra citations per year. That’s a big number, Serra-Garcia and Gneezy say—papers in high-impact journals in the same time period amassed a total of about 40 citations per year on average.

    And when the researchers examined citations in papers published after the landmark replication projects, they found that the papers rarely acknowledged the failure to replicate, mentioning it only 12% of the time.

    A failed replication doesn’t necessarily mean the original finding was false, Serra-Garcia points out. Changes in methods and evolving habits among participants—like changing patterns of internet use—may explain why an old result might not hold up. But she adds that her findings point to a fundamental tension in research: Scientists want their work to be accurate, but they also want to publish results that are attention grabbing. It might be that peer reviewers lower their bar for evidence when the results are particularly surprising or exciting, she says, which could mean striking results and weaker evidence often go hand in hand.

    The guideline that “extraordinary claims require extraordinary evidence” seems to soften when it comes to publication decisions, agrees Massey University computational biologist Thomas Pfeiffer, who studies replication issues, but was not involved with this work. That points to the need for extra safeguards to bolster the credibility of published work, he says—like a higher threshold for what counts as good evidence, and more effort to focus on strong research questions and methods, rather than flashy findings.

    “The finding is catnip for [research] culture change advocates like me,” says Brian Nosek, a psychologist at the University of Virginia who has spearheaded a number of replication efforts and was a co-author on two of the three replication projects that Serra-Garcia and Gneezy drew from. But before taking it too seriously, it’s worth seeing whether this finding itself can be replicated using different samples of papers, he says.

    The result falls in line with previous studies that suggest popular research is less reliable. A 2011 study in Infection and Immunity, for example, found that high-impact journals have higher retraction rates than lower impact ones (https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/IAI.05661-11). And Dougherty’s research—currently an unreviewed preprint—has found that more highly cited papers were based on weaker data, he says. But a 2020 paper in the Proceedings of the National Academy of Sciences that looked at a different sample of papers found no relationship between citation and replication. That suggests the sample of papers could really matter, Pfeiffer says—for instance, the effect could be particularly strong in high-impact journals.

    Nosek adds that stronger but less sensational papers may still accrue more citations over the long haul, if the popularity contest of striking results burns out: “We’ve all seen enough teen movies to know that the popular kid loses in the end to the brainy geek. Maybe scientific findings operate in the same way: Credible ones don’t get noticed as much, but they do persist and win in the end.”

    https://www.sciencemag.org/news/2021/05/unreliable-social-science-research-gets-more-attention-solid-studies
    #recherche #sciences_sociales #citations #qualité #impact #science #popularité #rétraction

  • Israel reports link between rare cases of heart inflammation and #COVID-19 #vaccination in young men | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/06/israel-reports-link-between-rare-cases-heart-inflammation-and-covid-19-v

    #Vaccin Pfizer

    .... between one in 3000 and one in 6000 men ages 16 to 24 who received the vaccine developed the rare condition. But most cases were mild and resolved within a few weeks, which is typical for myocarditis.

    Reste à connaître les effets à long terme.

    #vaccins #myocardite

  • Piles of ancient poop reveal ‘extinction event’ in human gut bacteria | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/05/piles-ancient-poop-reveal-extinction-event-human-gut-bacteria

    The new data from old poop show no one on the planet today has been spared changes to their microbiome. “Nonindustrial populations, including their microbiomes, shouldn’t be considered proxies for our ancestors,” says Massachusetts Institute of Technology geneticist Mathieu Groussin.

    The findings also suggest we’ve lost a lot of microbial helpers in the recent past, and our bodies may not have had time to adapt. “This study gives us a gold standard to check on what species we’ve lost,” Sonnenburg says.

    Because feces aren’t considered human remains under U.S. law, Warinner says, there was little discussion early on about the ethics of the research. But when the group reached out to several dozen tribes in the Southwest, some said the samples were a link to their ancestors and were upset they hadn’t been consulted earlier. The study now includes an ethics statement, a first for a paleofeces paper.

    University of California, San Diego, geneticist Keolu Fox says the team didn’t go far enough. Insights into the ancient gut could someday inform commercial efforts to reshape modern microbiomes, he says. That raises complex questions of who owns such data. “It’s supposedly waste, but it contains DNA and profiles of microbial diversity. Maybe that poop is literally gold,” Fox says. “We’re getting into a whole new gray area.”

  • « Comme les braises d’un barbecue » : à Tchernobyl, l’accident couve | korii.
    https://korii.slate.fr/tech/nucleaire-tchernobyl-inquiete-scientifiques-fission-neutrons-corium-beto

    Trente-cinq ans après la pire catastrophe atomique de l’histoire, le réacteur n°4 de la centrale nucléaire V.I. Lénine continue de tarauder les scientifiques chargés de sa surveillance, comme le relate la revue Science.

    L’inquiétude concerne une pièce inaccessible, nommée 305/2, dans laquelle une augmentation lente mais ininterrompue de l’émission de neutrons est constatée.

    Celle-ci pourrait indiquer une nouvelle réaction de fission, dont les chercheurs et chercheuses tentent de savoir si elle s’arrêtera d’elle-même, ou si une intervention humaine est nécessaire pour écarter le risque d’une nouvelle catastrophe.

    L’article de Science :
    https://www.sciencemag.org/news/2021/05/nuclear-reactions-reawaken-chernobyl-reactor


    #nucléaire #Tchernobyl

    • L’analyse de la Criirad :

      Tchernobyl : est-on en train d’assister au réveil du monstre ?

      Un article anglophone du 5 mai (Science Mag) repris le 10 mai par le site en ligne Korii (https://korii.slate.fr/tech/nucleaire-tchernobyl-inquiete-scientifiques-fission-neutrons-corium-beto) a mis les média et les associations en effervescence. Le « monstre endormi » serait-il en train de se réveiller ?

      La cœur fondu du réacteur N° 4 est recouvert d’un sarcophage de béton et renforcé d’une dalle en dessous. Seule certitude, il y reste de la matière fissile. Mais beaucoup d’interrogations sont encore sans réponse 35 ans après. Certaines estimations indiquent que 95% du « combustible irradié », serait encore présent dans les décombres sous forme de corium, une matière hautement radioactive (et pour très longtemps). Comme il est très dangereux de s’en approcher, seuls quelques fragments ont pu être récoltés pour analyse. Les experts sont en désaccord sur beaucoup de points. Ces questions se sont posées il y a 15 ans lorsqu’il a été décidé de construire le deuxième sarcophage (la grande arche) qui recouvre l’ancien en béton qui présente des fissures.

      La question posée était : quels sont les risques liés à ce cœur ? Les experts n’ont pas tranché. Mais les instances internationales ont décidé de construire cette arche à 1,5 Md d’€.

      Le paramètre mesurable à distance des corium le plus intéressant est le flux de neutrons. S’il y a production de neutrons, c’est qu’il y a des réactions de fission et donc un risque de reprise de réactions en chaîne pouvant conduire, sous certaines conditions, à des réactions explosives (risque de criticité). La présence d’eau est un paramètre important pour le contrôle des réactions nucléaires. En ralentissant les neutrons elle les rend plus efficaces pour la création de nouvelles fissions (modération), d’un autre côté elle les absorbe. Le risque de redémarrage de réactions nucléaires incontrôlables dépend en réalité de très nombreux paramètres. Depuis 2016 et la mise en place de l’arche, le taux d’humidité baisse dans l’enceinte ce qui modifie les paramètres neutroniques.

      Sur l’ensemble du réacteur, on observe une stagnation, voire une légère diminution du flux de neutrons selon Neil Hyatt de l’université de Sheffield.

      Par contre, dans la salle 305/2 - qui n’est pas accessible - est observée une lente augmentation du flux de neutrons (doublement en 4 ans). En l’absence de données détaillées (comme par exemple le spectre en énergie des neutrons détectés), il est difficile de poser un diagnostic précis et d’apprécier le niveau de risque, c’est pourquoi la situation doit être suivie avec la plus grande attention. Cette actualité nous rappelle en tout cas les défis que pose la « gestion » des corium résultants des catastrophes nucléaires.

  • ‘It’s like the embers in a barbecue pit.’ Nuclear reactions are smoldering again at Chernobyl | Science | AAAS

    https://www.sciencemag.org/news/2021/05/nuclear-reactions-reawaken-chernobyl-reactor

    By Richard StoneMay. 5, 2021 , 11:20 AM

    Thirty-five years after the Chernobyl Nuclear Power Plant in Ukraine exploded in the world’s worst nuclear accident, fission reactions are smoldering again in uranium fuel masses buried deep inside a mangled reactor hall. “It’s like the embers in a barbecue pit,” says Neil Hyatt, a nuclear materials chemist at the University of Sheffield. Now, Ukrainian scientists are scrambling to determine whether the reactions will wink out on their own—or require extraordinary interventions to avert another accident.

    Sensors are tracking a rising number of neutrons, a signal of fission, streaming from one inaccessible room, Anatolii Doroshenko of the Institute for Safety Problems of Nuclear Power Plants (ISPNPP) in Kyiv, Ukraine, reported last week during discussions about dismantling the reactor. “There are many uncertainties,” says ISPNPP’s Maxim Saveliev. “But we can’t rule out the possibility of [an] accident.” The neutron counts are rising slowly, Saveliev says, suggesting managers still have a few years to figure out how to stifle the threat. Any remedy he and his colleagues come up with will be of keen interest to Japan, which is coping with the aftermath of its own nuclear disaster 10 years ago at Fukushima, Hyatt notes. “It’s a similar magnitude of hazard.”

    https://www.nrk.no/urix/okt-straling-fra-atomreaktoren-i-tsjernobyl-1.15490586?index=30#album-1-12846490

    #nucléaire #tchernobyl #bombe_à_retardement

  • Clear link emerges between #COVID-19 and pregnancy complications | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/04/clear-link-emerges-between-covid-19-and-pregnancy-complications

    The study of more than 2100 pregnant women enrolled at hospitals in 18 countries found that, compared with uninfected pregnant women, those with COVID-19 are at higher risk for severe illness, death, pregnancy complications, and preterm birth. Those results underscore the importance of including pregnant women in priority groups for COVID-19 vaccines and limiting their exposure to ill people, says corresponding author Aris Papageorghiou, a fetal medicine specialist at the University of Oxford.

    #grossesse

  • ‘I’m empty.’ Pandemic scientists are burning out—and don’t see an end in sight | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/careers/2021/03/i-m-empty-pandemic-scientists-are-burning-out-and-don-t-see-end-sight

    From academic research centers to intensive care units (ICUs) to scientific journals to government agencies, scientists fighting the pandemic say they are hitting a wall, 15 months after the first report of a cluster of cases of pneumonia in Wuhan, China, introduced the virus that would upend their lives. “The pace that led to the incredible generation of knowledge on #SARS-CoV-2 and #COVID-19 has put enormous demands on the people who are expected to generate that knowledge,” says David O’Connor, a viral sequencing expert at the University of Wisconsin, Madison, who has been tracking the spread of the virus, doing Zoom Q&A sessions with the vaccine hesitant, and helping neighborhood schools set up diagnostic testing. “This is a terrible time and we should all do what we can to help. But is it going to be sustainable?”

    #épuisement

  • Ancient Native Americans were among the world’s first coppersmiths | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/03/ancient-native-americans-were-among-world-s-first-coppersmiths

    About 8500 years ago, hunter-gatherers living beside Eagle Lake in Wisconsin hammered out a conical, 10-centimeter-long projectile point made of pure copper. The finely crafted point, used to hunt big game, highlights a New World technological triumph—and a puzzle. A new study of that artifact and other traces of prehistoric mining concludes that what is known as the Old Copper Culture emerged, then mysteriously faded, far earlier than once thought.

    The dates show that early Native Americans were among the first people in the world to mine metal and fashion it into tools. They also suggest a regional climate shift might help explain why, after thousands of years, the pioneering metallurgists abruptly stopped making most copper tools and largely returned to stone and bone implements.

  • Who is #Camille_Noûs, the fictitious French researcher with nearly 200 papers?

    Camille Noûs first appeared on the research scene 1 year ago, as a signatory to an open letter protesting French science policy. Since then, Noûs has been an author on 180 journal papers, in fields as disparate as astrophysics, molecular biology, and ecology, and is racking up citations.

    But Noûs is not a real person. The name—intentionally added to papers, sometimes without the knowledge of journal editors—is meant to personify collective efforts in science and to protest individualism, according to RogueESR, a French research advocacy group that dreamed up the character. But the campaign is naïve and ethically questionable, says Lisa Rasmussen, a bioethicist at the University of North Carolina, Charlotte. It flouts the basic principle of taking responsibility alongside the credit of authorship, she says. And some journal editors are balking at going along with the protest.

    RogueESR has spent the past year protesting a French research reform law that introduced new types of temporary research jobs. The group, which has no formal leader, says the changes threaten academic freedom and job security, and that the law’s focus on metric-based research evaluation—such as numbers of publications or citations—emphasizes individual accomplishment too much and is damaging to the research culture.

    Amid the protests, members of RogueESR had a subversive idea: What if they slipped a fictitious researcher in their author lists? “Hundreds of articles will make this name the top author on the planet,” they wrote in a newsletter, “with the consequence of distorting certain bibliometric statistics and demonstrating the absurdity of individual quantitative assessment.” The group christened the allegorical author Camille—a gender-neutral name associated with political protest in France—and chose the surname Noûs, a play on the French nous, meaning “we,” and the ancient Greek νοῦς, meaning reason. Invoking the name is meant to be a public statement of a researcher’s values, says a spokesperson for RogueESR, who asked to remain anonymous because she’s concerned about the possible consequences of her activism.

    But the idea runs into dangerous ethical territory, Rasmussen says: Responsibility and accountability must accompany the credit that comes with authorship, she says, and in the case of Noûs, no one can take on those burdens. RogueESR says Noûs would withdraw from any paper with a breach of integrity (via the secretaries managing the email account). But as Noûs grows, RogueESR might lose control of the brand, Rasmussen says. “At a certain point, if it does grow beyond them, who’s yanking Camille Noûs’s name?”

    Jean-Philippe Lansberg, a physicist at CNRS, the French national research agency, says the name is “an elegant and harmless way of protesting.” Lansberg, who included Noûs on a paper in Physics Letters B—the most highly cited of Noûs’s work to date—thinks Noûs serves as a kind of sting operation to expose the weaknesses in authorship conventions. In high-energy physics, long author lists make it impossible for everyone to meaningfully take responsibility for the research. Noûs shows these authorship standards, and the metrics that draw on them, are impoverished and absurd, he says.

    Some authors, like Lansberg, did not inform editors that Noûs is not a real person. A spokesperson for Scientific Reports told Science that “concerns have been raised” about authorship on a paper in the journal that lists Noûs, and the journal is investigating. And a paper in Physical Review B has published a correction stating that the inclusion of Noûs’s name was contrary to journal policy, and that it had been removed.

    This potential for corrections raises another problem, Rasmussen says: Students or early-career researchers who go along with senior authors’ enthusiasm for Noûs might face a correction or even retraction. “That’s going to be with them for the rest of their career,” she says.

    RogueESR did not initially offer guidance on transparency with editors, but now explicitly encourages authors to tell editors what Noûs stands for. Many editors of French journals are OK with the idea, says RogueESR’s spokesperson, but international journals have been a harder sell.

    In one case, a group of mathematicians committed to the idea of Noûs chose to withdraw a paper from consideration at the Proceedings of the Royal Society of Edinburgh Section A after the editorial board decided Noûs could not be included. In another case, an editor at Solar Physics declined to allow the submission of Noûs papers, citing the authorship standards recommended by the Committee on Publication Ethics, which require every author to make substantial contributions to the work and to take responsibility for its contents.

    The collective goals of open and collaborative science are admirable, Rasmussen says, and there are good reasons to challenge authorship standards. But, she says, “It’s not clear to me that you need this author to achieve any of those things.”

    https://www.sciencemag.org/news/2021/03/who-camille-no-s-fictitious-french-researcher-nearly-200-papers

    #ESR #recherche #ESR #université #publications_scientifiques #science
    #Cogitamus #signature_collective #Laboratoire_Cogitamus
    –—

    voir aussi:
    https://seenthis.net/messages/881727

  • La France 🇫🇷, la COVID et les écoles... Une triade que le monde regarde quelque peu interloqué !

    Long thread un peu beaucoup agacé ! 😤
    https://threadreaderapp.com/thread/1369386629392175113.html

    2/n
    Depuis 1 an, le discours officiel = "la pandémie de COVID ne concerne pas les enfants, peu contaminés et peu contaminants".
    Le binôme JMB et la Société Française de Pédiatrie étant restés solidaires et inébranlables dans ce déni que seul un autre pays maintient, la Suède 🇸🇪.
    3/n
    Pourtant, les données internationales montrent depuis le début de la pandémie que :
    1) l’infection est possible, et avec la même fréquence, à tous les âges (voire désormais plus fréquente chez les enfants avec le variant B.1.1.7 🇬🇧)...
    4/n
    2) charge virale similaire à tout âge ;
    3) enfants contaminés et au moins aussi contaminants que les adultes.
    Comme disait François BOURDILLON (ancien directeur de Santé Publique France), "il existe en France un déni du risque de l’épidémie à l’école"
    Covid-19 : « Il existe en France un déni du risque de l’épidémie à l’école »
    TRIBUNE. Malgré les données scientifiques démontrant le rôle des écoles dans la diffusion du virus, le gouvernement a choisi de les maintenir ouvertes. Or cette décision ne s’accompagne pas d’une stra…
    https://www.lemonde.fr/idees/article/2021/02/24/en-france-il-existe-un-deni-du-risque-de-l-epidemie-a-l-ecole_6070995_3232.h
    5/n
    On sait également que les enfants ne sont pas à l’abri de COVID sévères et/ou de séquelles :
    – Syndromes inflammatoires multisystémiques pédiatriques (MIS-C ou PIMS) :

    https://twitter.com/itosettiMD_MBA/status/1357770377049604099?s=20

    – Séquelles cardiovasculaires au long cours : news.uthscsa.edu/post-covid-syn… ...
    Post-COVID syndrome severely damages children’s hearts ; ’immense inflammation’ causing cardiac blood vessel dilation - UT Health San Antonio
    Multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C), believed to be linked to COVID-19, damages the heart to such an extent that some children will need lifelong monitoring and interventions, said t…
    https://news.uthscsa.edu/post-covid-syndrome-severely-damages-childrens-hearts-immense-inflamma
    6/n
    – COVID longues pédiatriques :
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/chrischirp/status/1363473889951637504?s=20

    – Diabète auto-immun induit par la COVID :

    https://twitter.com/yoncabulutmd/status/1359364725549785089?s=20

    7/n
    En limitant le recours aux tests de dépistage et en modifiant les définitions des cas contacts dans le cadre scolaire par rapport à la population générale, la France a ainsi pu masquer la circulation virale dans les établissements scolaires et chez les plus jeunes
    8/n
    Pourtant, à chaque vague, on a clairement pu noter l’impact épidémique favorable de la fermeture des établissements scolaires ; ce que les autorités mettent d’ailleurs à profit pour leur stratégie de Slow Burn avec un cycle de 6 à 8 semaines imposé par les vacances scolaires
    9/n
    Les données de l’ONS (institut national de statistiques 🇬🇧) rappellent encore l’ampleur de la diffusion virale dans les écoles à partir des taux de séroprévalence :
    – 15% des enseignants
    – 8% des enfants du primaire
    – 11% des enfants du secondaire
    ons.gov.uk/peoplepopulati…
    10/n
    Les enseignants sont également au 4ème rang des professions les plus exposées à un surrisque d’infection par SARS-CoV-2 ons.gov.uk/peoplepopulati…
    11/n
    La semaine dernière, le Pr. FONTANET a publié un éditorial dans le BMJ offrant une porte de sortie au gouvernement pour opérer un revirement sémantique digne du plus beau salto arrière de la patineuse Surya Bonaly !!!
    bmj.com/content/bmj/37…
    12/n
    Dans cet éditorial, on peut apprendre, sources à l’appui, que le virus circule dans les écoles exactement comme dans le reste de la population !!!
    Ainsi, le Pr. FONTANET réduit à néant le discours de la Société Française de Pédiatrie et de Jean-Michel BLANQUER...
    13/n
    Cependant, il offre un "sauf-conduit" de communication largement repris dans les médias : "les écoles ne jouent pas le rôle d’amplificateur de l’épidémie" 🤡😉
    Les écoles "ne jouent pas le rôle d’amplificateur" de l’épidémie, selon une étude française
    Si l’on ne peut nier la présence du virus dans les écoles, est-ce pour autant un lieu de super contamination ? Pas plus que dans le reste de la société, nous dit une étude française, qui se veut égale…
    https://www.franceinter.fr/les-ecoles-ne-jouent-pas-le-role-d-amplificateur-de-l-epidemie-selon-une
    14/n
    On passe donc d’un déni délirant ("la COVID ne concerne pas les écoles") à une rhétorique bien plus sibylline ("les écoles n’amplifient pas l’épidémie") 😅
    15/n
    Le Pr. FONTANET représente une ligne désormais décriée au sein du conseil scientifique, puisqu’il est partisan d’une stratégie de suppression virale et d’un contrôle strict des écoles à défaut de pouvoir les fermer...
    16/n
    La stratégie de suppression virale était clairement recommandée dans les avis du conseil scientifique (même si elle n’a jamais été instaurée par le gouvernement)...
    17/n
    Du moins, jusqu’à ce que l’équipe DELFRAISSY/LINA ne bascule du côté de la déclaration de Great Barrington et ne recommande l’isolement ciblé des plus âgés pour laisser le virus circuler dans le reste de la population.
    18/n
    Comme le disait le Pr. FONTANET lors d’une conférence internationale d’épidémiologistes, il faudrait fermer les écoles mais "notre Ministre de l’éducation a dit qu’il faudrait d’abord lui passer sur le corps".

    https://twitter.com/vincentglad/status/1355657246915616772?s=20

    19/n
    Dignes de la Pravda, les médias français reprennent donc uniquement 1 phrase de l’éditorial pour servir le discours politique : "les écoles ne jouent pas le rôle d’amplificateur de l’épidémie"...
    20/n
    Un peu comme la HAS qui recommande tjs à point ce dont le gouvernement a besoin pour mener sa politique ! 😉 :
    – décalage de la 2ème dose, au mépris des données immuno et recos internationales,
    – extension du vaccin AZ aux >65 ans pour combler l’angle-mort des 65-74 ans...
    21/n
    Pourtant, cet éditorial paru dans le BMJ insiste sur un point crucial : à défaut de fermer les écoles, il faut impérativement y implémenter des mesures sanitaires renforcées.
    Pourquoi ? L’éditorial répond :...
    22/n
    A) les écoles contribuent à la transmission communautaire du virus ;
    B) les enfants constituent une voie majeure d’importation du virus dans le foyer familial.
    23/n
    Pour rappel, les autorités sanitaires britanniques ont identifié depuis des mois les enfants comme étant la principale source d’importation du virus dans les foyers familiaux
    TFC : Children and transmission - update paper, 17 December 2020
    Update paper prepared by the Children’s Task and Finish Group (TFC) on children, schools and transmission.
    https://www.gov.uk/government/publications/tfc-children-and-transmission-update-paper-17-december-2020
    24/n
    Ces données montrent que la probabilité d’être le cas index du foyer (« relative external exposure ») est :
    – 7x plus élevée pour la tranche 12 – 16 ans
    – 3x plus élevée pour la tranche <12 ans
    (la comparaison est faite avec les adultes : >17 ans)... Image
    25/n
    ... La suite du thread arrive...
    26/n
    La capacité à transmettre le virus aux autres (« relative transmissability ») est aussi ↗️ chez les enfants (3x plus que chez l’adulte).
    Mais les enfants restent plus souvent asympto, ce qui complique la surveillance épidémio en l’absence de dépistage systématique à l’école
    27/n
    Une étude danoise montre le même surrisque d’infection par SARS-CoV-2 chez les adultes d’un foyer familial s’ils ont des enfants scolarisés
    Le surrisque varie de +13% à +54% selon le nombre et l’âge des enfants.
    SARS-CoV-2 infection in households with and without young children : Nationwide cohort study
    Background Infections with seasonally spreading human coronaviruses (HCoVs) are common among young children during winter months in the northern hemisphere, with immunological response lasting around …
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.28.21250921v1
    28/n
    Ce surrisque d’importation virale depuis les écoles pourrait pourtant être maîtrisé à condition d’appliquer des mesures sanitaires strictes dans les écoles...
    29/n
    Une étude épidémio 🇺🇸 montre que le surrisque d’importation virale dans le foyer familial, via les enfants scolarisés, peut-être ↘️ au niveau de la pop générale à partir de 7 à 9 mesures appliquées dans les écoles (incluant dépistage régulier, enseignement en extérieur...).
    30/n
    Les propositions de la communauté scientifique ne manquent pas, exemples :
    A)

    https://twitter.com/dgurdasani1/status/1368137796058284032?s=20

    B) ducotedelascience.org/ressources-pou…
    C)
    Covid data show sewage monitoring could be vital in infection control
    A pilot study’s analysis of schools’ wastewater shows it could be an early warning system for public health teams
    https://www.theguardian.com/world/2021/mar/07/covid-data-show-sewage-monitoring-could-be-vital-in-infection-control
    Ressources pour écoles, collèges, lycées - Du Côté de la Science
    Voici des propositions élaborées par le collectif Du Côté de la Science, pour aider les établissements scolaires à faire face aux défis posés par la pandémie de COVID-19. Cette page propose aussi des …
    https://ducotedelascience.org/ressources-pour-les-etablissements-scolaires
    31/n
    Le Pr. FONTANET fait preuve de bcp de finesse dans son édito, car tout en offrant une porte de sortie aux autorités ("pas de rôle amplificateur"), il réaffirme sa position et le consensus international sur le lien écoles/COVID = voie MAJEURE de propagation du virus
    32/n
    En effet, il rappelle clairement, sources à l’appui, que le virus circule activement dans les établissements scolaires, aussi bien entre enfants, qu’entre personnels éducatifs, ou qu’entre enfants et personnels...
    33/n
    Or, comme il le rappelle aussi, les mesures actuelles sont insuffisantes et nécessitent d’être largement renforcées (c’est d’ailleurs l’objet de cet éditorial co-signé par le Pr. Devi Sridhar qui milite activement depuis des mois pour une sécurisation des écoles 🇬🇧)...
    34/n
    Les mesures barrières ne sont pour l’instant pas assurées dans les écoles, tjs pas d’effectifs réduits en classe, tjs pas de contrôle de transmission par aérosols via gestion de l’aération des lieux clos, tjs pas de port du masque strict pour tous à tout âge...
    35/n
    JMB promettait le déploiement de tests salivaires dans les écoles. Outre une sous-dotation massive par rapport au nombre d’élèves en France, ne permettant pas un dépistage répété de tous les élèves, les 1ers objectifs sont déjà revus à la baisse ! 😅
    Tests salivaires : comment Jean-Michel Blanquer est passé de 50 000 à 3 000 tests en 24 heures
    Les tests salivaires dans les écoles, présentés comme l’ultime recours pour ne pas fermer les établissements scolaires, peinent à démarrer. Mardi, sur France Inter, le ministre de l’Education national…
    https://www.franceinter.fr/tests-salivaires-comment-jean-michel-blanquer-est-passe-de-50-000-a-3-00
    36/n
    Pour comparaison, l’Autriche a rouvert ses écoles malgré une épidémie très active, mais avec des tests salivaires obligatoires pour tous les élèves chaque lundi thelocal.at/20210112/coron…
    37/n
    Idem au Royaume-Uni, qui annonce la réouverture de ses écoles le 8 mars, mais là encore avec un dépistage obligatoire 2 fois par semaine dès le secondaire
    All households with children of school age to get 2 rapid COVID-19 tests per person per week
    Whole families and households with primary school, secondary school and college age children, including childcare and support bubbles, will be able to test themselves twice every week from home as sch…
    https://www.gov.uk/government/news/all-households-with-children-of-school-aged-to-get-rapid-covid-19-tests-per-pers
    38/n
    En France, on ne vise que quelques milliers de tests chaque semaine, en gros pour évaluer très partiellement la circulation virale dans des écoles sélectionnées dans un panel, sans aucun objectif de contrôle épidémique... Bref, encore un énième affichage sans intérêt.
    39/n
    Ainsi, on comprend comment l’épidémie se propage principalement via les écoles :
    chez les adultes, les mesures barrières sont imposées au quotidien, via les fermetures d’activités/commerces non-essentiels, télétravail, protocoles sanitaires dans les commerces avec jauges...
    40/n
    couvre-feux... Tout ceci est présenté comme efficace (au moins partiellement) pour freiner la propagation virale.
    Chez les enfants, ces mesures ne sont pas appliquées, l’enseignement reste présentiel sans mesures sanitaires renforcées ni surveillance virologique stricte...
    41/n
    Ainsi le virus diffuse facilement parmi les enfants et VIA les enfants vers les foyers familiaux.
    On comprend alors que les écoles constituent la voie MAJEURE de propagation du virus ENTRE foyers familiaux.
    42/n
    L’éditorial évoque l’argument de la souffrance psychologique, hausse des suicides. Ceci est présenté comme étant associé aux effets des confinements et des la fermeture des écoles...
    43/n
    Pourtant l’introduction du même éditorial rappelle que la France ou la Norvège comptent parmi les pays qui ont le moins recouru à la fermeture des écoles ; et la France a recouru moins fréquemment et moins strictement aux confinements que ses voisins européens !...
    44/n
    Les écoles sont restées fermées depuis des moins dans la très grande majorité des pays (cf. carte synthétique UNESCO), et dans les pays qui ont connu les confinements les plus stricts et les plus longs (Australie et Nouvelle-Zélande), les taux de suicide ont chuté !
    45/n
    On découvre donc une victime inattendue de cette pandémie : la crédibilité de la communauté médico-scientifique sortie du discours logique et scientifique, mais dans un discours auto-censuré, politique, incompatible avec l’objectivité nécessaire à l’exercice de la science...
    46/n
    Ce n’est pas au conseil scientifique de dire si les écoles doivent ouvrir/fermer. Il doit simplement présenter les données épidémio objectives afin que les autorités politiques fassent le choix de les ouvrir/fermer selon des considérations sanitaires, éco, sociologiques...
    47/n
    J’évoquais plus tôt un autre pays noyé dans le déni sur le rôle des écoles dans la propagation de l’épidémie = la Suède 🇸🇪.
    Récemment, le Pr. CASALINO (directeur médical à l’AP-HP) évoquait une étude épidémio 🇸🇪 à paraître début mars...
    48/n
    Cette étude était censée être une nouvelle preuve que les écoles n’interviennent pas dans l’épidémie de COVID !
    Outre la proximité idéologique toujours aussi forte entre modèle français et modèle suédois, il est important de souligner ce que cette étude a provoqué !!!...
    49/n
    Tout simplement un scandale international !!!
    Oscillant entre falsification de données, idéologie nauséabonde, interférence politique dans les travaux scientifiques...
    50/n
    La suite du thread arrive...
    51/n
    L’auteur principal, le Dr. Jonas Ludvigsson (pédiatre et épidémio), semble avoir caché des données liées aux COVID sévères et décès chez les enfants et enseignants, afin de construire cette étude visant à soutenir la politique d’immunité collective suivie par la 🇸🇪 :...
    52/n
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/DrEricDing/status/1366879139341492226?s=20

    Critics slam letter in prestigious journal that downplayed COVID-19 risks to Swedish schoolchildren
    Researchers omitted data suggesting child mortality went up in the spring of 2020
    https://www.sciencemag.org/news/2021/03/critics-slam-letter-prestigious-journal-downplayed-covid-19-risks-swedis
    53/n
    Pourtant, en juillet 2020, des emails échangés entre ce même Dr. Ludvigsson et le Pr. Tegnell (épidémiologiste en chef suédois), soulignaient la surmortalité des enfants âgés de 7 à 16 ans et scolarisés
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/DGBassani/status/1366918905411874817?s=20

    54/n
    On se rappelle également des emails impliquant le Pr. Tegnell et évoquant ouvertement la nécessité de maintenir à tout prix les écoles ouvertes afin d’entretenir la circulation active du virus dans la population pour favoriser l’immunité collective !
    thelocal.se/20200813/revea…
    55/n
    La falsification n’est pas inédite ! Exemple récent et marquant ave l’analyste américaine Rebekah Jones, licenciée après avoir alerté et refusé de falsifier les données de mortalité par COVID en la Floride. Elle est désormais emprisonnée.

    https://twitter.com/afao94/status/1368477950459383809?s=20

    56/n
    Pour mieux comprendre le scandale suédois, il faut souligner que le Dr. Ludvigsson est un des signataires de la déclaration de Great Barrington, tribune polémique soutenue par l’extrême-droite américaine, les milieux climatoseptiques...
    57/n
    Elle vise à inciter à l’isolement ciblé des plus vulnérables pour permettre une circulation active du virus dans le reste de la population, en s’appuyant sur la chimère de l’immunité collective...
    58/n
    Outre la polémique française autour des avis de la Société Française de Pédiatrie, on note les mêmes prises de positions proches de la déclaration de Great Barrington chez les pédiatres québécois !
    Des pédiatres mènent un combat d’arrière-garde contre les mesures de prévention sanitaire | Ricochet
    Depuis le début de la pandémie, des pédiatres québécois mènent une lutte d’arrière-garde contre les mesures sanitaires visant à endiguer le coronavirus. Certains d’entre eux flirtent avec la stratégie…
    https://ricochet.media/fr/3338/des-pediatres-menent-un-combat-darriere-garde-contre-les-mesures-de-prev
    59/n
    Que de telles idéologies s’observent en Suède, ce n’est pas surprenant. L’Histoire nous rappelle que ce pays déclaré "neutre" durant la seconde guerre mondiale, aurait vendu de l’acier au régime nazi...
    60/60
    La 🇸🇪 aurait aussi pratiqué des stérilisations forcées jusqu’en 1996 au nom d’un eugénisme inscrit dans sa constitution (fr.wikipedia.org/wiki/St%C3%A9r…).
    Par contre, voire un rapprochement avec le modèle suédois dans la francophonie est bien attristant !
    Stérilisation contrainte
    https://fr.wikipedia.org/wiki/St%C3%A9rilisation_contrainte

    • • •

    • Covid à l’école : « Il n’y a plus de protocole, il est à la fois insuffisant et inapplicable »

      Mara-Lisa a 35 ans. Elle est professeure de français depuis une dizaine d’années, tutrice pour les « apprentis » profs. A tort ou à raison, elle a longtemps considéré son métier comme un engagement, et a agi en petit soldat, tant qu’elle a eu l’impression que sa mission était noble.

      « Je suis une enseignante passionnée, j’adore mes élèves, j’aime enseigner, j’aime travailler en équipe avec mes collègues, me lever sans savoir exactement ce qu’il va se passer dans ma journée. Mais voilà, lundi, je crois que je n’irai pas. Nous sommes en guerre, disait Macron.

      « Résultats catastrophiques »

      « En septembre, j’ai bataillé pour le masque, expliqué sa nécessité auprès des élèves. Quand j’ai parlé à ma cheffe de la contamination par aérosol, elle m’a répondu qu’il fallait arrêter de regarder BFM, et ne pas rentrer dans des débats scientifiques.

      « En octobre, j’ai testé le taux de CO2 de beaucoup de salles de cours, la salle des profs, la cantine. Les résultats sont pour la plupart catastrophiques. Un collègue m’a demandé si mon appareil mesurait aussi le méthane émis par les pets des élèves.

      « En novembre, la moitié de mes collègues et moi-même nous sommes mobilisés : nous avons fait grève pour alerter la presse de la situation sanitaire de l’établissement, pour demander en vain des capteurs, des agents d’entretien et des surveillants supplémentaires, le changement des fenêtres.

      « En décembre, nos cours et nos évaluations ont été bousillés à la dernière minute : nous avons appris quatre jours avant les vacances que les deux dernières journées étaient facultatives pour les élèves afin de permettre aux familles un Noël plus en sécurité.

      « Conflit ouvert avec les élèves »

      « En janvier, je rentre pour la première fois de ma carrière en conflit ouvert avec une classe dont six ou sept élèves refusent sciemment de porter correctement le masque. Ils répètent que ce que je fais ne sert à rien, puisqu’ils se contamineront dans les autres cours. Ils font un scandale dès que j’ouvre une fenêtre. Ils s’insurgent car je suis « la seule à les chercher ». Ils murmurent que je serais complètement « flippée ».

      « Les surveillants sont à bout de souffle, et une AESH [Accompagnant des élèves en situation de handicap, ndlr] qui s’inquiétait de contaminer son mari à risque a disparu des radars. Mes collègues m’avouent qu’ils ont rendu les armes avec le masque : ils veulent pouvoir enseigner. Les uns avalent rapidement leur ration, seuls dans leur bagnole. D’autres mangent ensemble à la cantine ou en salle des profs. Fracture. On se déchire pour savoir si on revient à une salle par prof.

      « En ce début mars, dans ce banal collège de banlieue, avec un taux d’incidence local supérieur à 250 pour 100 000, 600 élèves se croiseront dans des tranchées couvertes de moins de deux mètres de large, à chaque heure de cours. La désinfection des tables est prévue à chaque cours, mais je ne sais pas si c’est à moi de la faire. Je suppose que oui. J’espère qu’on aura assez de lingettes désinfectantes car on nous a retiré le spray : après deux mois d’utilisation, la fiche technique nous a appris qu’il fallait pour le manipuler des gants et des lunettes de protection.

      « Et un bruit de fond qui s’installe, pourquoi s’embêter avec le masque puisque à la cantine il n’y en a pas ? Et pourquoi s’embêter avec la distanciation puisque dans la cour il n’y en a pas ? Et pourquoi pas de brassage, puisque tout le monde se croise dans les couloirs ? Il n’y a plus de protocole : sa seule performance est d’être à la fois insuffisant et inapplicable. Je ne sais pas qui il protège. Ma seule armure, c’est le masque FFP2 que mon employeur ne me fournit pas.

      « Leur mépris pour nous me déchire »

      « Mes collègues pour certains font les autruches. La tête dans le sable, ils s’adressent parfois de manière condescendante à ceux qui s’insurgent ou qui ont peur. D’autres courbent juste l’échine. D’autres encore pleurent, parfois à 8 h 24 en salle des profs. On essuie les larmes et on y va.

      « Moi, je sais que le virus est aéroporté, je sais que les Covid longs, y compris pédiatriques, existent. Je dois regarder mes élèves dans les yeux, et je pense à cette mère d’élève décédée au printemps dernier. Parce que ce sont les ordres, je participe à ce qui est au mieux une mascarade, au pire un crime. Et à chaque seconde où se déploie devant moi ce terrible spectacle de résignation collective ou de simple désinvolture, je pense à mes propres enfants que je ne protège pas non plus, eux aussi dans leur classe, eux aussi avec des enseignants broyés.

      « Alors, si je n’y vais pas lundi, n’y voyez pas un acte de résistance politique ; n’y voyez même pas l’envie de me dorer la pilule. Ce n’est qu’un effondrement personnel. J’aime mes élèves, j’aime mes enfants, je crois en mon métier, leur mépris pour nous me déchire chaque jour. Ce qu’on me demande d’accepter, c’est que ma santé, celle de mes élèves, celle de leur famille, celle de mes enfants, ne compte pas. Ce qu’on me demande, c’est de participer à un #mensonge_d’Etat.

      « Aujourd’hui, je suis le soldat sans arme qui pleure, prostré, quand sonne l’heure de l’assaut, car je ne peux plus. Je déserte, vous n’aurez qu’à me fusiller. Courage à ceux qui restent. »

      Journal d’épidémie, par Christian Lehmann

      Christian Lehmann est écrivain et médecin dans les Yvelines. Pour « Libération », il tient la chronique d’une société suspendue à l’évolution du coronavirus. Aujourd’hui, le témoignage d’une enseignante désespérée au point de déserter.

    • sur les enseignants à risques, l’étude mentionnée semble en fait être https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/causesofdeath/bulletins/coronaviruscovid19relateddeathsbyoccupationenglandandwales/deathsregisteredbetween9marchand28december2020#deaths-involving-covid-19-in- mais ce qu’on y lit est assez différent This analysis did not find statistical evidence of a difference in the positivity rate between primary and secondary school teachers, other key workers and other professions.

  • Traces of psychedelics make you feel good, but so does placebo, finds unusual ‘self-blinding’ study | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/03/traces-psychedelics-make-you-feel-good-so-does-placebo-finds-unusual-sel

    People who take tiny amounts of LSD, “magic mushrooms,” and related drugs report a range of benefits, from more creativity to improved psychological well-being. But do these microdoses—typically less than 10% of the amount that causes a true psychedelic experience—actually benefit the mind?

    That’s been a hard question to answer. Placebo-controlled trials are tricky to pull off, because psychedelics are so tightly regulated. Now, researchers have come up with a creative workaround: They’ve enlisted microdosing enthusiasts to hide their drugs in gel capsules and mix them up with empty capsules.

    The upshot of this “self-blinding” study: Microdosing did lead to improvements in psychological well-being—but so did the placebo capsules. “The benefits are real,” says lead author Balázs Szigeti, a neuroscientist at Imperial College London. “But they are not caused by the pharmacological effects of microdosing.”

  • Leprosy, ancient scourge of humans, found to assail wild chimpanzees | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2020/11/leprosy-ancient-scourge-humans-found-assail-wild-chimpanzees

    John Spencer, an immunologist who studies leprosy at CSU, says there is more and more evidence “that Mycobacterium leprae is not limited solely to existence in humans, but has other niches that it has adapted to.”

    Past work has hinted at that idea, says Anne Stone, an evolutionary geneticist at Arizona State University, Tempe, who was not part of the study. She has long suspected the leprosy bacterium may thrive in another reservoir, in part because of the leprosy genome’s small size and other quirks. “That’s really a signature of something that needs to live on another organism,” she says. That signature appears to date back millions of years, to a time before humans, suggesting the bacterium had another host before we evolved.

    “The data increasingly points to the possibility that something else than humans is actually the main host,” Stone says. That could be an animal the chimpanzees hunt, for instance, or the leprosy bacterium might even live in the environment.

    #Lèpre #chimpanzés

  • On sait enfin pourquoi les #cacas des #wombats sont cubiques | Slate.fr
    http://www.slate.fr/story/199806/caca-wombat-cubique


    J’ai déjà dit que je voulais me réincarner en wombat, l’animal le + cool de la planète… même s’il chie littéralement des briques  ?
    Sinon, de rien pour l’info.

    La clé des cacas cubiques du wombat réside en fait dans le stupéfiant changement d’épaisseur des muscles de son intestin, qui possède deux régions flexibles et deux zones bien plus rigides. Parce qu’il contracte ses organes avec régularité, le wombat finit par fabriquer des crottes en forme de cube, avec des faces régulières et des sommets presque pointus. Selon Scott Carver, cette nouvelle façon de fabriquer des cubes à l’aide d’un simple tuyau amélioré pourrait bien inspirer le monde de l’industrie ou de la santé.

  • Could too much time between doses drive the coronavirus to outwit vaccines? | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/01/could-too-much-time-between-doses-drive-coronavirus-outwit-vaccines

    “Twice as many people with partial immunity has got to be better than full immunity in half of them.” (...) Yet the record case counts also create an exceptional milieu—with untold billions of viral replications occurring every second—for mutations to arise as the virus makes errors in copying its genetic alphabet.

    dilemme scientifique

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • U.K. variant puts spotlight on immunocompromised patients’ role in the #COVID-19 pandemic | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2020/12/uk-variant-puts-spotlight-immunocompromised-patients-role-covid-19-pande

    In June, Ravindra Gupta, a virologist at the University of Cambridge, heard about a cancer patient who had come into a local hospital the month before with COVID-19 and was still shedding virus. The patient was being treated for a lymphoma that had relapsed and had been given rituximab, a drug that depletes antibody-producing B cells. That made it hard for him to shake the infection with SARS-CoV-2.

    Gupta, who studies how resistance to HIV drugs arises, became interested in the case and helped treat the patient, who died in August, 101 days after his COVID-19 diagnosis, despite being given the antiviral drug remdesivir and two rounds of plasma from recovered patients, which contained antibodies against the virus. When Gupta studied genome sequences from the coronavirus that infected the patient, he discovered that SARS-CoV-2 had acquired several mutations that might have allowed it to elude the antibodies.

  • #Covid-19 : ce que l’on sait de la nouvelle souche plus contagieuse du coronavirus - AFP
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/20/covid-19-ce-que-l-on-sait-de-la-nouvelle-souche-plus-contagieuse-du-coronavi

    Le Royaume-Uni a informé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de la propagation « jusqu’à 70 % » plus rapide de la nouvelle souche, selon le premier ministre, Boris Johnson.

    (...) Le ministre de la santé britannique, Matt Hancock, a estimé dimanche 20 décembre que cette variante était « hors de contrôle » , justifiant ainsi le #reconfinement de Londres et d’une partie de l’Angleterre, reconfinement qui pourrait selon lui durer jusqu’à la mise en place généralisée de la campagne de vaccination.

    « Nous devions reprendre le contrôle, et la seule manière de le faire est de restreindre les contacts sociaux », a déclaré Matt Hancock sur Sky News. « Ce sera très difficile de garder [cette souche] sous contrôle jusqu’à ce qu’un vaccin soit déployé », a-t-il ajouté. La nouvelle #souche du virus serait apparue mi-septembre, soit à Londres soit dans le Kent (sud-est), selon lui.

    Un virus plus contagieux, mais pas plus de mortalité constatée

    [...]

    L’information « concernant cette nouvelle souche est très préoccupante », renchérit le Pr Peter Openshaw, immunologiste à l’Imperial College de Londres et cité sur le site du Science Media Centre, notamment parce qu’ « elle semble de 40% à 70% plus [fortement] transmissible ». « C’est une très mauvaise nouvelle », ajoute le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, (...). Pour autant, « rien n’indique pour le moment que cette nouvelle souche cause un taux de mortalité plus élevé ni qu’elle affecte les vaccins et les traitements. Toutefois, des travaux urgents sont en cours pour confirmer cela », ajoute Chris Whitty.

    Une souche qui gagne du terrain

    Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, avait estimé samedi 19 décembre que cette nouvelle variante du Sars-CoV-2, en plus de se propager rapidement, devenait aussi la forme « dominante » dans les régions concernées, ayant entraîné « une très forte hausse » des hospitalisations en décembre.
    Cet avis s’appuie sur le constat d’une « augmentation– laquelle semble être causée par la nouvelle souche – très forte des cas de contamination et des hospitalisations à Londres et dans le Sud-Est, par rapport au reste de l’Angleterre ces derniers jours », indique Paul Hunter, professeur de médecine à l’université d’East Anglia, lui aussi cité par le Science Media Centre.

    « Les coronavirus mutent tout le temps »

    Sur sa page Facebook, le généticien français Axel Kahn a rappelé que, à ce jour, « trois cent mille mutants de CoV-2 ont été séquencés dans le monde ». [d’autres, épidémiologistes, disent 4 000 variants séquencés, n’ai pas vérifié, ndc] La nouvelle souche porte notamment une mutation, nommée N501Y, dans la protéine du spicule du coronavirus, (la pointe qui se trouve à sa surface et lui permet de s’attacher aux cellules humaines pour les pénétrer). Selon le Dr Julian Tang, de l’université de Leicester, « cette mutation N501Y circulait déjà sporadiquement bien plus tôt cette année et en dehors du Royaume-Uni : en Australie en juin-juillet, aux Etats-Unis en juillet et au Brésil en avril ».

    (...) « Le plus important est de chercher à savoir si ce variant a des propriétés qui ont un impact sur la santé des humains, les diagnostics et les vaccins » . Comme le relève le Pr Axel Kahn :
    « Plus il y a de virus produits – et donc de personnes infectées –, plus il y a de mutations aléatoires, et plus grande est la fréquence de mutations avantageuses pour le virus. »

    L’association entre un nombre si élevé de mutations fait également dire à certains spécialistes que le virus aurait pu évoluer non seulement en sautant d’un hôte à l’autre, mais aussi au sein des cellules d’un même patient, qui aurait hébergé longtemps le SARS-CoV-2. Quoi qu’il en soit, comme un génome viral ne cesse de se transformer et d’évoluer, vivre avec le virus suppose qu’il faille vivre aussi avec les annonces relatives à ses inquiétantes mutations.

    Bon, beaucoup de « semble-t-il »... Mais si l’AFP publie une info qui met en cause la politique sanitaire française, ce n’est peut-être pas pour rien.

    De ce que j’avais vu, les mutations du virus étaient jusqu’ici infinitésimales, n’invalidaient ni les tests ni les vaccins, n’étaient pas non plus davantage contagieuses ou mortelles. Sauf que même à taux de mortalité constant, sans politique de suppression du virus, une contagiosité fortement accrue c’est davantage de risques de saturation/débordement des systèmes de santé, donc de mortalité (prises en charge au rabais, déprogrammations).

    Pendant ce temps, scènes d’exode à Londres avant le reconfinement, Eurostar et avions partent de GB vers le reste du monde.

    Cet excellent entretien (de juin dernier mais passé inaperçu ici) avec Isabelle Stengers aborde les mutations de virus, la crise des systèmes de santé et bien d’autres questions de façon très éclairante https://seenthis.net/messages/892363

    Edit

    L’Allemagne rejoint la liste des pays - Autriche, Pays-Bas, Belgique, Italie - qui interrompent les voyages depuis le Royaume-Uni. En France, un conseil de défense a lieu en ce moment sur la variante du Covid19
    https://www.lefigaro.fr/societes/inquiets-de-la-nouvelle-variante-du-covid-19-des-pays-coupent-leurs-liaison

    L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a de son côté appelé ses membres en Europe à « renforcer leurs contrôles ». Selon l’OMS, outre « des signes préliminaires que la variante pourrait être plus contagieuse », la variante « pourrait aussi affecter l’efficacité de certaines méthodes de diagnostic », là aussi selon « des informations préliminaires ». Il n’y a en revanche « aucune preuve d’un changement de la gravité de la maladie », même si ce point fait aussi l’objet de recherches.

    Pour autant, les scientifiques n’ont pas encore réussi à prouver en laboratoire que ce dernier est effectivement plus contagieux.
    https://www.lesechos.fr/monde/europe/coronavirus-ce-quon-sait-de-la-nouvelle-souche-apparue-au-royaume-uni-12756

    « Tout peut être expliqué par une expansion spontanée du virus, similaire à celle observée en France, en Allemagne ou en Suède, observe Patrick Berche, membre de l’Académie de médecine et ancien directeur général de l’Institut Pasteur à Lille.

    #mutation #contagiosité #protéine_Spike #spicule

    • Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear
      https://www.sciencemag.org/news/2020/12/mutant-coronavirus-united-kingdom-sets-alarms-its-importance-remains-unc

      #Christian_Drosten, a virologist at Charité University Hospital in Berlin, says that was premature. “There are too many unknowns to say something like that,” he says. For one thing, the rapid spread of B.1.1.7 might be down to chance. Scientists previously worried that a variant that spread rapidly from Spain to the rest of Europe—confusingly called B.1.177—might be more transmissible, but today they think it is not; it just happened to be carried all over Europe by travelers who spent their holidays in Spain. Something similar might be happening with B.1.1.7, says Angela Rasmussen, a virologist at Georgetown University. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’s ability to spread.

      Une incertitude de plus. Bien que l’hypothèse de variants plus dangereux demeure (oui, ça nous pend... au nez), pas de vérification pour l’heure, y compris dans ce cas, comme le disait il y a peu @arno https://seenthis.net/messages/891532

      Par ailleurs, il semble qu’en France on séquence si peu le virus qu’il faille attendre des recherches faites ailleurs toute avancée de la connaissance sur ses mutations (avec dans la presse nawak, entre 4 000 et 300 000 variants identifiés, par les spécialistes les plus éminents). Au pays des Lumières éteintes, ca doit être comme les masques en mars dernier, sans intérêt.

    • Neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni
      https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/21/neuf-questions-sur-le-nouveau-variant-du-sars-cov-2-observe-au-royaume-uni_6

      Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

      Huit de ces 17 mutations impliquent la protéine de spicule présente sur la surface du virus, celle-là même qui donne au virus sa forme de couronne et qui lui permet d’infecter certaines cellules humaines (porteuses du récepteur ACE2).

      Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

      A cela s’ajoutent six mutations supplémentaires qui n’engendrent pas un changement de composition des protéines correspondantes, ce qui aboutit à 23 changements génétiques au total. Ce nombre est inédit par rapport à ce qui avait été observé auparavant : selon une étude publiée dans Annals of Surgery début novembre, le génome du SARS-CoV-2 accumule une à deux mutations par mois, un rythme deux fois moins élevé que celui de la grippe et quatre fois moins élevé que pour le VIH.

      On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche [à l’inverse de l’article du même journal cité plus haut, ndc], car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « #variant ».

      Quand et où est apparue cette mutation ?

      Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre. Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres.

      Un nombre important de mutations ont été observées chez des patients #immunodéprimés, chez qui l’ARN du coronavirus reste détectable environ deux à quatre mois. Cette durée est suffisante pour que la population virale présente une plus grande diversité génétique. Il est donc possible, selon le rapport des chercheurs du COG-UK publié le 19 décembre, que ce lignage soit apparu chez un patient immunodéprimé atteint chroniquement du Covid-19.

      [...]

      « Les modélisations préliminaires montrent une forte association entre la présence de ce nouveau variant dans le Kent, les régions du sud-est de l’Angleterre et l’incidence en hausse de Covid-19 », écrivent les épidémiologistes du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) le 20 décembre. Elle n’est encore qu’une corrélation, non une cause, de l’accélération de l’épidémie dans ces régions.

      Ce qui est notable, en revanche, c’est que ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre.

      De plus amples observations, in vitro et in vivo, sont nécessaires pour déterminer si ce nouveau variant a acquis des propriétés qui le rendent plus transmissible. Une des mutations connues, N501Y, est suspectée d’améliorer nettement la stabilité de la liaison chimique entre le virus (précisément le domaine de liaison de sa protéine de spicule) et le récepteur ACE2, la porte d’entrée du virus dans les cellules humaines, selon des travaux publiés dans la revue Cell en août 2020 et confirmés chez la souris un mois plus tard.

      « Les données dont on dispose aujourd’hui sont épidémiologiques, mais des données virologiques sont indispensables pour mieux caractériser ce variant et ses éventuelles conséquences sur les infections et la #vaccination, souligne Vincent Enouf, directeur adjoint du centre de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur. Nos collègues anglais sont en train d’isoler ces nouveaux virus [sur des malades]. Ensuite, ils les mettront au contact d’une collection de sérums provenant de patients infectés à différents moments de l’épidémie, voire de personnes vaccinées. Grâce à une technique dite de microneutralisation, on pourra vérifier pour chacun des types de sérum si les anticorps neutralisent ou pas ce variant anglais. Les résultats devraient être connus d’ici environ une semaine. »

      (...)« Il n’existe aucune preuve que le nouveau virus est plus ou moins dangereux. Malheureusement, nous allons devoir attendre et voir si les hospitalisations et les décès évoluent dans un sens ou un autre pour le savoir », a expliqué Simon Clarke, professeur de microbiologie à l’université de Reading, au Science Media Center britannique.

      (...) « Pour le moment, il n’existe aucune preuve suggérant que ce vaccin ne soit pas efficace contre la nouvelle variante », a déclaré lundi Emer Cooke, la directrice générale de l’Agence européenne des médicaments, en donnant le feu vert au produit développé par Pfizer-BioNTech. Sur Europe 1, le ministre de la santé, Olivier Véran, a expliqué que « les anticorps développés par les deux principaux vaccins qui arrivent, Pfizer-BioNTech et Moderna, ne ciblent pas cette zone mutée du virus ».

      C’est aussi la conclusion de travaux publiés dans la revue Cell en septembre par une équipe chinoise, qui ont montré que cette mutation N501Y n’avait pas eu, chez les souris, d’effet sur la capacité neutralisante ou la quantité des anticorps fabriqués contre le virus.

      Les mutations du gène codant la protéine de spicule concernent 9 nucléotides sur les 3 821 que contient le gène au total. Les vaccins produisent des anticorps dont l’action neutralisante est dirigée contre de nombreuses régions de la protéine de spicule. Même si on ne peut l’exclure, ce risque est jugé très limité.
      « L’idée du vaccin est que la protéine Spike dans son ensemble est montrée à votre système immunitaire et vous apprenez donc à en reconnaître de nombreuses parties différentes », explique Emma Hodcroft, épidémiologiste à l’université de Berne interrogée par l’AFP. Du coup, « même si quelques parties changent, vous avez toujours toutes les autres parties pour reconnaître » le virus, selon elle.

      Ce variant circule-t-il déjà en France ?

      Lundi 21 décembre, aucun cas positif avec ce nouveau variant n’avait été détecté en France et les cas repérés ailleurs en Europe sont limités : selon le rapport de l’ECDC du 20 décembre, 20 cas avaient été identifiés au Pays de Galles au 14 décembre, 9 au Danemark, 3 aux Pays-Bas et un en Australie. Les médias belges ont rapporté quatre cas.

      Il n’est pas étonnant que le variant ait été observé au Royaume-Uni et au Danemark, deux pays où les efforts de #séquençage à partir des prélèvements de tests positifs sont importants et continus.
      « On ne sait pas si on va tenir très longtemps sans identifier ce nouveau variant en France. Il serait utile que les personnes rentrées d’Angleterre récemment se fassent tester et que ce nouveau variant soit recherché », relève le virologue Vincent Enouf, en précisant que les laboratoires qui séquencent les virus du Covid (dont le laboratoire de référence de Pasteur) partagent leurs données sur la base internationale Gisaid, ce qui permet de repérer rapidement l’apparition de nouvelles mutations.

      D’autres chercheurs estiment cependant que le travail de séquençage est relativement dispersé entre plusieurs acteurs (IHU de Marseille, CNR Pasteur, services de virologie des CHU, etc.), qui ne se partagent pas les séquences obtenues et ne mettent pas en commun leurs efforts pour identifier les lieux et moments où apparaissent les variants en circulation. Une désorganisation qui « conduit à diminuer très fortement l’impact de ce travail », selon une note rédigée par plusieurs chercheurs du collectif FranceTest à l’intention du ministre de la santé, Olivier Véran, à sa demande et transmise lundi 21 décembre à Emmanuel Macron. Ces chercheurs appellent à la création d’un consortium national appelé Senticov, « qui aurait la tâche de mettre en place le séquençage permanent des génomes viraux ».

      Les tests PCR peuvent-ils le détecter ?

      Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Dans leur rapport, les experts de l’ECDC recommandent de ne plus se fier uniquement aux RT-PCR ciblant le gène de la protéine S « pour la détection primaire de l’infection au SARS-CoV-2 », car « les mutations sont plus susceptibles de se produire dans ce gène ». Mais d’autres tests PCR peuvent détecter le virus en ciblant d’autres régions dans le génome, qui sont insensibles au variant. Le gouvernement britannique a indiqué que les « tests pouvaient être adaptés rapidement pour répondre à ce nouveau variant ».

      Edit Après les avertissements d’arno, un rappel par @kassem, citant Antoine FLAHAULT
      https://seenthis.net/messages/892557

      Durant les épidémies de virus émergents un peu longues, les mutations du virus sont souvent sur-interprétées pour expliquer l’évolution de la situation épidémiologique.

    • Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Plusieurs connaissances ont eu depuis octobre des symptômes correspondants aux nombreux symptômes potentiels du virus, mais avec des retours de tests négatifs.

    • Le Doc, @Le___Doc
      https://twitter.com/Le___Doc/status/1344422158844497922

      50% d’augmentation des cas en une semaine en Angleterre , +15% d’hospitalisations. 1000 décès en 24h.
      Ce que l’on sait, c’est que le variant B117 prédomine désormais, à 80%. Pour le reste...

      une #variante + contagieuse de 50%, c’est une bien plus mauvaise nouvelle qu’une variante 50% + mortelle
      https://seenthis.net/messages/893449

  • ‘It’s been so, so surreal.’ Critics of Sweden’s lax pandemic policies face fierce backlash | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2020/10/it-s-been-so-so-surreal-critics-sweden-s-lax-pandemic-policies-face-fier

    En #Suède même, le laissez-faire suédois a ses critiques parmi les scientifiques et ces derniers subissent de très grosses pressions.

    ... within Sweden’s scientific and medical community, a debate about the strategy has simmered and frequently boiled over—in the opinion pages of newspapers, within university departments, and among hospital staff. A group of scientists known as “the 22” has called for tougher measures since April, when it published a blistering critique of the country’s public health authority, the Folkhälsomyndigheten (FoHM). The group, which has grown to include 50 scientists and another 150 supporting members, now calls itself the Vetenskapsforum #COVID-19 (Science Forum COVID-19).