The engines of SARS-CoV-2 spread

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  • The engines of SARS-CoV-2 spread | Science
    https://science.sciencemag.org/content/370/6515/406.full

    Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has spread rapidly across the globe, causing epidemics that range from quickly controlled local outbreaks (such as New Zealand) to large ongoing epidemics infecting millions (such as the United States). A tremendous volume of scientific literature has followed, as has vigorous debate about poorly understood facets of the disease, including the relative importance of various routes of transmission, the roles of asymptomatic and presymptomatic infections, and the susceptibility and transmissibility of specific age groups. This discussion may create the impression that our understanding of transmission is frequently overturned. Although our knowledge of SARS-CoV-2 transmission is constantly deepening in important ways, the fundamental engines that drive the pandemic are well established and provide a framework for interpreting this new information.

    The majority of SARS-CoV-2 infections likely occur within households and other residential settings (such as nursing homes). This is because most individuals live with other people, and household contacts include many forms of close, high-intensity, and long-duration interaction. Both early contact tracing studies and a large study of more than 59,000 case contacts in South Korea found household contacts to be greater than six times more likely to be infected with SARS-CoV-2 than other close contacts (1, 2). Household contacts accounted for 57% of identified secondary infections in the South Korean study, despite exhaustive tracking of community contacts. Globally, the proportion of cases attributable to household transmission will vary because of multiple factors, including household size. Contact studies suggest that 17 to 38% of contacts occur in households, implying that 46 to 66% of transmission is household-based (using the standard formula for attributable fraction) (3). This is consistent with household contact being a key driver of transmission for other respiratory viruses.

    Even among close contacts within households, there are considerable heterogeneities in transmission risk. Spouses of index cases are more than twice as likely to be infected as other adult household members, and symptomatic index cases may be more likely to transmit the virus (4). Moreover, older age is associated with increased susceptibility to infection, increased transmissibility, and severe disease (4). Older members may face extra risk in multigenerational households if younger members have unavoidable work or school obligations, although young children may be less susceptible to infection and transmit the virus less readily (4).

    #covid-19 #transmission #contamination #famille #travail #école

    • Sur le phénomène de surdispersion : « une minorité d’individus infectés serait responsable d’un pourcentage de transmission (étonnamment) élevé », Thibault Fiolet, épidémiologiste
      https://threadreaderapp.com/thread/1319536501923917824.html

      En Nouvelle Zélande, la plupart des cas ne se sont transmises qu’à une personne ou personne. De cette manière, la surdispersion peut ralentir la propagation du virus vers de nouveaux endroits, car la plupart des introductions ne parviennent pas à déclencher une épidémie

      Lorsque la transmission décolle, elle peut le faire de manière explosive comme en Corée. La réponse du Japon à la pandémie a été une technique basé sur les enquêtes par clusters : une personne infectés d’un cluster est + facilement détectable que lors d’une transmission 1 par 1
      [..]
      Les lieu où l’éloignement physique n’est pas possible sont des endroits potentiels de super-contamination (rare) : espaces fermés mal ventilés, camps de réfugiés, zones urbaines densément peuplées, milieux fermés - établissements de soins de longue durée, prisons, gymnases

      La plupart du temps, ce sont plutôt de petits clusters de 10-15 cas provoqués par transmission domestique ou petits rassemblements qui surviennent. Ces petits clusters sont moins bien détectés et ciblables pour des interventions

      La difficulté avec le SRAS-CoV-2 est qu’on suspecte que l’infectiosité soit surtout élevée lors de l’apparition des symptômes et un peu avant. Ces graphiques représentent la distribution du nombre de jours entre l’infection et survenue des symptômes ➡️ rôle des pré-symptômatiques
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      Le SRAS-CoV-2 est probablement principalement transmis au sein des ménages et dans des environnements de type familial. La proportion des événements de transmission décroît quand les échelles spatiales augmentent

      #superdispersion #SuperSpreader #covid-19 #enquêtes_par_clusters