Données hospitalières relatives à l’épidémie de COVID-19

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  • Santé Publique France, 04/04/2021 :
    • décès covid à l’hôpital : 185 (cvh : 322)
    • hospitalisations covid : 29 356 (+470)

    décès, exactement le même nombre qu’hier, ce qui en fait une valeur exceptionnellement élevée pour un dimanche, mais les coefficients journaliers risquent d’être un peu perturbés par la présence d’un lundi férié, difficile de se prononcer, donc
    les hospitalisations ont repris leur hausse régulière (depuis le 20 mars, il n’y a eu qu’une seule journée où le nombre de patients hospitalisés a baissé (faiblement))
    admissions en réanimation, après la pointe d’hier, la valeur d’aujourd’hui replace dans la ligne de la tendance croissante de la moyenne mobile

    incidence dans les métropoles, Nice est toujours la seule ville en baisse sur la semaine, sur le court terme également, Paris, toujours en tête, reste stable, comme Rouen et Lille ; Marseille continue à avoir la progression la plus forte, avec Saint-Étienne qui se rapproche du groupe la précédant

    on notera que les indicateurs de suivi de l’épidémie (TO, TI, etc.) n’ont pas été publiés hier, il y a donc ce soir deux nouvelles observations pour chacune de ses séries)
    les taux d’occupation progressent toujours à l’exception de l’île-de-France où il marque le pas depuis 2 jours
    en Île-de-France, il n’y a plus de département en croissance, ils sont soit en plateau (94 et 75, avec, peut-être pour Paris un petit redémarrage) soit en légère diminution

  • Données Santé Publique France sur data.gouv : méfiez vous de la description fournie...

    Le jeu de données hospitalières quotidiennes dispo ici :
    https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19

    indiquait « par département du patient » :

    Les données hospitalières quotidiennes relatives à l’épidémie du
    COVID-19 par département du patient : [...]

    ce qui pouvait se lire comme : les nombres de décès et d’admissions en réa sont comptés par département [de résidence, d’origine] du patient. Sauf que, non.

    Après vérification auprès de l’ARS Rhône Alpes, les comptes sont par département de l’hôpital (qui se fout de la charité) et non pas « du patient ».

    là réponse de l’ARS :

    Bonjour

    Les productions réalisées à partir des données Sivic sont par département et région de l’établissement de santé. Toutefois certains travaux peuvent être réalisés sur l’origine géographique du patient (carte par code postal du patient par exemple).

    Cordialement

    J’ai suggéré une mise à jour de la description, afin d’indiquer explicitement « par département de l’établissement de santé » et ainsi éviter au suivant de « se tromper ». Le texte a du coup subtilement et sans prévenir perdu son « du patient » pour devenir :

    Les données hospitalières quotidiennes relatives à l’épidémie du COVID-19 par département : nombre quotidien de personnes nouvellement hospitalisées, nombre quotidien de nouvelles admissions en réanimation, nombre quotidien de personnes nouvellement décédées, nombre quotidien de nouveaux retours à domicile.

    Autant pas se fouler, au prix du bit, le moins on en dit le mieux on se porte ; les autres descriptions conservent leur « du patient », ce qui tient [environ] la route grâce l’ambiguïté du "parenthésage" des tournures « par département et sexe du patient » et « par région, et classe d’âge du patient ».

    ping @simplicissimus

    • après, j’imagine que les gens admis en réa ou morts dans un hosto donné proviennent certainement plutôt du département où est situé l’hosto ; sauf déserts hospitaliers ; sauf transferts ou routage des patients pour éviter de saturer les réa ; sauf ...

    • merci de la précision.
      en effet, on en fait jamais trop dans le détail de la description de la collecte, même si, ici, SPF (via data.gouv.fr) en fait plutôt le minimum.

      ceci dit, vu la nature des données, l’interprétation allait pratiquement de soi, le rattachement à un lieu pertinent pour le patient étant une opération «  compliquée  », ne serait-ce que parce qu’elle met en œuvre deux concepts au lieu d’un seul : lieu de l’événement, lieu de résidence habituelle de l’individu. Voir p. ex. pour l’Insee ; les naissances (comptées au lieu de la naissance, donc l’immense majorité des cas dans le pôle urbain qui abrite la maternité ou l’hôpital et les naissances localisées comptées au lieu de résidence de la maire

    • oui, je suis un peu mal comprenant quand je lis des choses dans l’internet ; j’ai tendance à comprendre ce qui m’arrange :-p

      Du coup, quand je vois écrit « du patient » je crois « du patient » et non « de l’hôpital ».

      C’était pourtant "bien évident", il suffit de savoir que les données proviennent des hôpitaux ; et que DONC département du patient = département de l’hôpital ; le SI des hosto connaît parfaitement le numéro de sécu, adresse, etc. de ses invités, l’extraction de données s’en cogne. Quand on rentre à l’hôpital, on cesse d’être un citoyen et on devient un patient ; de même on cesse d’appartenir à son département de résidence et on appartient à l’hôpital.

      Pour les décès, le csv de l’insee donne 4 colonnes pour l’infos de lieux, dont une pour le domicile. Eux sont clairs dans leurs descriptions.

  • Ça va plaire à @simplicissimus : Pierre Beyssac aussi savoure les joies de l’Open Data gouvernementale…

    https://twitter.com/pbeyssac/status/1328401445557821447

    Pas de statistiques #covid19fr du jour, pour l’instant... et le recalcul sur les données en retard d’hier de http://data.gouv.fr donne des chiffres de décès sensiblement plus élevés que ce que j’avais initialement publié (plus du double).

    En fait, 2 colonnes ont été subrepticement inversées depuis quelques jours dans les csv publiés... parce que pourquoi pas (du coup j’avais mis les fichiers de côté cause résultats bizarres). Bref, j’ai encore du code à patcher, ce nouveau mode d’échec n’était pas encore prévu.