Covid : vivre avec, ça marche - ou pas :-)
Rétrospective 2022 avec les courbes de Lavielle.
Les graphes sont formels : les vagues sont de moins en moins hautes !
enfin, on dirait ;
enfin, surtout les 3 dernières ; et y a en gros une vague tous les 3 mois ;
et on dirait que le temps entre les vagues augmente ; un peu.
donc ça marche :-)
enfin, sans doute.
ben, on n’y est pas encore…
(même source, mais échelle log)
par ailleurs, @olaf et moi, on suit les données hospitalières, pas les contaminations
▻https://ourworldindata.org/explorers/coronavirus-data-explorer?yScale=log&facet=none&uniformYAxis=0&Metri
zoom sur la période depuis l’été
d’ailleurs pour les décès, le constat est à l’inverse…
les chiffres, c’est toujours pareil, ça dépend comment on veut voir les choses :-)
sur les données hospi dc et réa que je suis, hier, j’ai fait une découpe des régresseurs « un peu courte » et « optimiste » ; y’a que les 4-5 derniers jours de "support" pour cette segmentation pifométrique, mais si on veut y voir un aplatissement ou même une légère tendance à la baisse (sur DC) :
découpe vers le 5-6 janvier, données avant-hier + hier :
https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F02TT8ECC1H/image.png?pub_secret=dd9512b447 
https://files.slack.com/files-pri/TSJDKS71D-F02TQA1BR53/image.png?pub_secret=70c21e590d et zoom :
ceci dit, le Micron est pas censé envoyer trop les gens en réa ni à la morgue ; les Belges (RTBE) indiquent que les malades en réa sont surtout des victimes du Delta ; du coup, ce qu’on voit sur les courbes hospi .fr c’est peut être un début de fin de partie pour Delta ; ou juste une partie remise, sur un plateau à 200 morts/j ; faut voir d’ici ce weekend si la tendance tient ; déjà, ce soir, on verra l’estimation de la moyenne hebdo DC :-)
au vu des cvh et sauf grosse surprise sur les chiffres d’aujourd’hui, les décès devraient confirmer un ralentissement, peut-être même un plateau, mais pas de décrue…
ce qu’en dit le modèle de Lavielle :
Santé Pudique France - 26.09.21 :
– réa : ça descend toujours
– dc : zigzag, mais en gros, plat depuis 2 semaines
le pic à 129 morts du mardi 21 sept. sur dc est du jamais vu depuis juin, fin du haut plateau de 6 mois ; peut-être un rattrapage ? Au final, moyenne hebdo dc même pas vraiment bien plus haute que celle de la semaine dernière ; donc, en gros, un plat de 2 semaines.
Le futur de Lavielle :
lui dit que les réa et les hospi vont repartir à la hausse ; pour l’instant, ses fonctions de taux sont encore sous le zéro, donc ça baisse toujours, mais...
@olaf : pour le coup, j’ai jamais trop suivi ce que c’était que ces prédictions de Lavielle. Où est-ce que je trouve des infos là-dessus ? Est-ce que c’est fiable habituellement ? Est-ce qu’il est aussi fiable que Paul le Poulpe ? :-)
yopla @arno , Lavielle c’est ici : ►http://shiny.webpopix.org/covidix/app3
▻https://seenthis.net/recherche?recherche=lavielle
▻https://seenthis.net/messages/916739#message916760
c’est que des MM7, pour lisser ; et son modèle c’est des exponentielles « par morceaux », avec un peu de fonction logistique aussi dedans.
pour la fiabilité, si on regarde ses courbes, a posteriori ça colle à donf ; et en même temps comme ils corrigent le tir à chaque fois avec les « changing points » [modèle par morceaux], ça peut :-)
sur la qualité de prévision, p.ex. à une semaine [valeur d’affichage par default], j’ai jamais bien vérifié de près ; des fois, ça dépend du sens du vent, i.e. selon stabilité des chiffres de SpF et caprices viraux.
je sais pas si c’est plus ou moins fiable que Paul Le Poulpe, j’ai pas regardé les tentacules ; les jets d’arrosoir bleus de Lavielle sont censés donner l’intervalle de confiance.
Santé Pudique France - 17.05.21
– réa : baisse à /2 en 12 jours
– dc : baisse à /2 en 14 jours
régresseurs découpés vers le 4 mai.
pic dc du lundi <200 morts, idem moyenne hebdo dc ; une première depuis fin octobre...
►http://coviiid.free.fr
– 13 : passe sous son niveau de bruit
– 59 : presque...
– 75 : pas encore sous les 25% habituels
– 76 : réa x2 en 16 jours depuis 10 j.
https://raw.githubusercontent.com/coviiid/coviiid.github.io/c3f38ff54d76c3711b3a1c0336dac7547395e8a7/s02/13.png 
https://raw.githubusercontent.com/coviiid/coviiid.github.io/c3f38ff54d76c3711b3a1c0336dac7547395e8a7/s02/59.png 
https://raw.githubusercontent.com/coviiid/coviiid.github.io/c3f38ff54d76c3711b3a1c0336dac7547395e8a7/s02/75.png 
https://raw.githubusercontent.com/coviiid/coviiid.github.io/c3f38ff54d76c3711b3a1c0336dac7547395e8a7/s02/idf.png
Santé Pudique France - 01.05.21
– réa : baisse depuis 1 semaine, /2 en 20 jours
– dc : faux plat descendant
►http://coviiid.free.fr
– 33 : réa remonte un peu, cf taux d’occupation en hausse chez S. :-)
– 75 : 20+ morts ce samedi férié ; mais moyenne hebdo (mauve) en baisse
Santé Pudique France - 27.04.21
– réa : ça descend - nettement plus, depuis 3 jours
– dc : ça descendrait - au bout du plat, petite pointe vers le bas
►http://coviiid.free.fr
bon après, ça c’est métropole, un agrégat... dans le détail :
– 59 : dc remonte sur une semaine, touche 25% de la mortalité habituelle
– 76 : dc remonte un peu on dirait
– 35 : dc remonte peut-être un peu, et plus de 10 morts aujourd’hui
Lavielle du jour : les réa devraient baisser fortement sur avril
►http://shiny.webpopix.org/covidix/app3
– les réa sont déjà en train de redescendre et devraient partir en chute libre selon lui ;
– hospi plat, mais cone bien large pour l’intervalle de confiance ;
– dc encore un peu à monter, au top début mai
l’inflexion sur dc et réa serait vers le 30 mars, cf les graphiques « rate » k_ICU et mortality rate
Santé Pudique France - 06.04.21 :
– réa : ça continue à monter
– dc : ça se re-applatit (malgré le pic post week-end)
Lavielle prévoyait une forte baisse des hospi et une future baisse des morts, après une fin de bosse locale ; l’inflexion sur les hospi aurait eu lieu début de 4eme semaine de mars, et fin de la 2eme semaine de mars pour les dc.
les pics du retour de Pâques :
le 38, a pris 22 morts
le 06, ont ramassé un peu dimanche et lundi genre 8+13 morts
le 13, c’était plutôt 8+15
le 69, seulement 16
le Norch et Paris on pris un peu aussi, mais pas plus que ces derniers temps
petite couronne en revanche a pris quasi 50 morts
au total, IDF prend un poil plus de 100 morts, pour 19% de la pop
ça fait 100 / 13 millions
mais quand même environ 50% de la mortalité quotidienne habituelle
Santé Publique France, 10/03/2021 :
• décès covid à l’hôpital : 264 (cvh : 249)
• hospitalisations covid : 24 969 (-232)
décès, stable (depuis le 5/03)
admissions en réanimation, en baisse (-23 en cvh), entrainées par la baisse en Île-de-France (-33 en cvh) ça se tend ailleurs…
https://dl.dropbox.com/s/a6p9zmzw1ea1kuy/20210310_spf_deces.png 
https://dl.dropbox.com/s/hguwaghpe6t3jhz/20210310_spf_rea_adm.png 
https://dl.dropbox.com/s/ant5gp9s9algi78/20210310_spf_rea_idf.png dans les métropoles, toujours 12 pour lesquelles l’incidence décroît sur une semaine (Nice est décroissante sur les 7 jours mais est reparti à la hausse depuis 2 jours) ; Rennes, assez loin de la tête poursuit sa croissance marquée, Lille toujours en croissance alors que Paris commence à plafonner
voir les hypothèses émises ici : ▻https://seenthis.net/messages/905590
• impact de la vaccination des plus âgés
(que confirmerait la baisse des décès en EHPAD)
• augmentation des cas graves dans les tranches moins âgées (40-60 ans)
les courbes de Lavielle, par région, pour réa (screenshot hier) :
Le joli modèle simple et de bon goût de Le Breton — ping @simplicissimus
Hypothèse de vagues successives
Voici le résultat d’une simulation par un jeu de courbes de Gauss des cas répertoriés en partant de l’été dernier. On simule donc avec les mêmes données le cumul des cas, la variation journalière des cas, et la dérivée dans le temps de cette dernière. Les courbes dérivées sont lissées pour gommer les effets dus à la collection des données qui sont très fluctuantes, elles sont traitées indépendamment.
On a commencé par se caler sur l’historique la vague de la fin de l’été dernier (marron), puis on a ajouté les courbes correspondant à l’épisode d’octobre/novembre (rouge) et enfin la vague actuelle (vert). La courbe pointillée noire représente la superposition des gaussiennes et les données de SPF forment la courbe bleue. Ci-dessous la représentation des mêmes courbes pour les variations journalières :
Daniel Le Breton
▻https://covidtracker.fr/cest-mal-mais-cest-bien-regle/#comment-813
▻https://covidtracker.fr/cest-mal-mais-cest-bien-regle/#comment-818
ça me rappelle un truc que j’avais vaguement fait y’a 20 ans pour de l’estimation de densité de proba avec des « radial basis functions » (RBF) ou estimateur à noyaux (gaussiens) ; j’avais appelé ça « les bosses » :-)
je ne vois pas trop pourquoi les bosses seraient gaussiennes ; d’ailleurs, ça ne marche pas trop pour la première vague du printemps
Moi je vois un intérêt : ça permet de justifier que ça va baisser à nouveau et qu’on peut déconfiner ! :-)) En fait, j’imagine que la nouvelle courbe de gauss suivante va arriver bientôt, mais elle n’est juste pas encore représentée. Mais ça devrait s’interpoler sans difficultés. En fait, toutes les montées suivies d’une descente s’interpolent plus ou moins sur une courbe de gauss non ? :-)))
je pense que les bosses (qu’il choisit gaussiennes) sont gaussiennes paske « pourquoi pas » ; sans doute aussi « faute de mieux » ; et aussi paske « gaussien c’est simple et ça marche pas si mal avec les épidémies » ; il explique un peu les motivations, très pragmatiques, dans les liens que j’ai donnés. Il y parle justement de la prochaine, et dit attendre de la voir arriver « dans les données ».
Je pense pas qu’ils soit question de justifier un déconfinement ou un reconfinement ; d’ailleurs, on est pas confinés, on est juste gardés à vue couvre feutés :-p
Pour moi, il fait un modèle simple et « suffisamment explicatif » pour l’instant ; le fond correspond j’imagine à la description intuitive qu’il y a en pratique plusieurs épidémies en même temps, en gros une par variant sélectionné naturellement dans la population-société, que chacune suit une loi globalement assez simple, et vit sa vie d’épidémie somme toute normale (ah ah).
Le modèle de Lavielle est pas bien compliqué non plus, et suffisant lui aussi (selon lui) ; pour l’instant, il donne une descente quasi-certaine, cf ►http://shiny.webpopix.org/covidix/app3
Lavielle : étude du taux de positivité par tranche d’âge
▻https://www.linkedin.com/posts/activity-6757051831458914304-H2sr
le plan de sauvetage de la réforme du régime de retraite se déroule à merveille 😁
Marc Lavielle
Research Director at Inria, Part-time Professor at Ecole Polytechnique
4 j • Il y a 4 jours
Le taux de positivité des tests virologiques chez les plus de 80 ans est en augmentation régulière depuis une dizaine de jours... ce qui se traduit par une augmentation du nombre d’hospitalisations et d’admissions en réanimation, augmentation qui va très certainement se poursuivre tant que ce taux de positivité chez les personnes agées ne sera pas stabilisé.
Curieusement, alors que ce taux de positivité augmente ces derniers jours chez les plus de 80 ans, il est stable pour les 20 - 80 ans et décroît même chez les moins de 20 ans.
La « bonne nouvelle » est liée au fait que ces variations restent relativement faibles : on n’est plus dans un régime sur-exponentiel incontrolé, comme ça a pu être le cas fin mars ou fin octobre. On peut donc raisonnablement espérer que des mesures même limitées permettront de contrôler rapidement le nombre de nouvelles hospitalisations... sans parler bien sûr de l’impact du vaccin !
Les données sont toujours mises à jour quotidiennement ici :
►http://shiny.webpopix.org/covidix/app3
PS : On vous l’avait pourtant bien dit qu’il fallait envoyer papi et mamie dîner à la cuisine !
le lien d’accès aux données (qu’@olaf avait déjà pointé il y a 15 jours et il y a un mois – et que je n’avais pas repéré) est un navigateur graphique très bien fichu (R et shimmy).
ex. les données pour les EHPAD, traitées, conformément à toutes les bonnes règles, comme un (vrai) histogramme : en valeur par jour
les données hospitalières (avec extrapolation de la MM7)
(au cas où vous ne seriez pas convaincus que c’est pas bon…)
les courbes de Lavielle :
►http://shiny.webpopix.org/covidix/app3
les traits verticaux (pleins) sont des lundis - sauf le 1er janvier
les traits verticaux (tirets) sont les dates d’inflexion
(inflexions = changement de pente des variations relatives)
zoomé sur 2 mois, échelle log :
zoomé sur un mois, échelle linéaire, donnée d’origine :
ils détectent une inflexion sur dc, juste après le 28 décembre
Marc Lavielle qui s’inquiète de la dynamique des hospi :
Pour suivre la dynamique de l’épidémie, il ne faut pas se contenter de regarder si « ca monte » (on est inquiet) ou si « ça descend » (on est rassuré). Il faut surtout regarder comment évoluent ces variations dans le temps.
Paradoxalement, il est plus inquiétant de voir un nombre d’hospitalisations décroitre, mais de moins en moins vite (comme cela semble être le cas depuis quelques jours), plutôt que croître, mais de moins en moins vite (comme c’était le cas fin octobre).
En effet, si cette dynamique se poursuit, on peut s’attendre à ce que le nombre de nouvelles hospitalisations cesse de décroitre d’ici quelques jours avant de se remettre à augmenter.
Même si cette prévision est encore fragile (j’aimerais vraiment me tromper !), il faudra surveiller très attentivement les données hospitalières des prochains jours.
▻https://www.linkedin.com/posts/marc-lavielle-568a7811_pour-suivre-la-dynamique-de-lépidémie-il-activity-6
il pointe son site ou il y a un tas de courbes, plus modèle :
►http://shiny.webpopix.org/covidix/app3
y a en particulier les courbes des décès par tranche d’age (onglet /age)