Past SARS-CoV-2 Infection Mostly Protects Survivors

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  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • Antibody Status and Incidence of SARS-CoV-2 Infection in Health Care Workers | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2034545

    Les anticorps développés après une infection par le #sars-cov2 sont protecteurs.

    BACKGROUND
    The relationship between the presence of antibodies to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the risk of subsequent reinfection remains unclear.

    METHODS
    We investigated the incidence of SARS-CoV-2 infection confirmed by polymerase chain reaction (PCR) in seropositive and seronegative health care workers attending testing of asymptomatic and symptomatic staff at Oxford University Hospitals in the United Kingdom. Baseline antibody status was determined by anti-spike (primary analysis) and anti-nucleocapsid IgG assays, and staff members were followed for up to 31 weeks. We estimated the relative incidence of PCR-positive test results and new symptomatic infection according to antibody status, adjusting for age, participant-reported gender, and changes in incidence over time.

    RESULTS
    A total of 12,541 health care workers participated and had anti-spike IgG measured; 11,364 were followed up after negative antibody results and 1265 after positive results, including 88 in whom seroconversion occurred during follow-up. A total of 223 anti-spike–seronegative health care workers had a positive PCR test (1.09 per 10,000 days at risk), 100 during screening while they were asymptomatic and 123 while symptomatic, whereas 2 anti-spike–seropositive health care workers had a positive PCR test (0.13 per 10,000 days at risk), and both workers were asymptomatic when tested (adjusted incidence rate ratio, 0.11; 95% confidence interval, 0.03 to 0.44; P=0.002). There were no symptomatic infections in workers with anti-spike antibodies. Rate ratios were similar when the anti-nucleocapsid IgG assay was used alone or in combination with the anti-spike IgG assay to determine baseline status.

    CONCLUSIONS
    The presence of anti-spike or anti-nucleocapsid IgG antibodies was associated with a substantially reduced risk of SARS-CoV-2 reinfection in the ensuing 6 months. (Funded by the U.K. Government Department of Health and Social Care and others.)

    #anticorps #immunité