COVID-19 : Séquencer les eaux usées pour suivre le virus et ses variantes à la trace

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  • La vérité est dans les égouts !


    « On ouvre les bouches d’égout, on prend l’eau et ensuite, on la teste ! » Le procédé décrit par Alexandre Lacoste est d’une simplicité presque enfantine. Ingénieur, il dirige le Comete (Covid Marseille environnemental testing expertise) du bataillon des marins-pompiers (BMP). Depuis plus de six mois, ces militaires récupèrent, via les services d’assainissement de la ville, des échantillons d’eaux usées pour y déceler la présence du coronavirus. Ainsi, grâce à une technique PCR, ils peuvent, en fonction de l’évolution du taux de concentration, anticiper une recrudescence de l’épidémie sur Marseille. Ou encore définir des points chauds dans certains quartiers.

    La semaine dernière, le bataillon présentait au grand public une carte illustrant ses résultats et prévenait les autorités d’une reprise de l’épidémie sur la ville. Des alertes prises très au sérieux. Mais qu’en est-il de l’utilisation concrète de ces données hyper-localisées par les autorités ? Elle serait limitée, concèdent, à regret, ses initiateurs.

    https://twitter.com/MarinsPompiers/status/1347146449511993344

    https://www.mediapart.fr/journal/france/160121/covid-19-les-donnees-des-marins-pompiers-marseillais-restent-bloquees-dans

    • Le ministère de la santé prépare pour sa part un dispositif similaire sur le plan national. Le projet Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) vise à constituer un réseau de laboratoires sur le territoire afin de « promouvoir l’analyse des eaux usées pour y détecter d’éventuelles traces de virus SARS-CoV-2 dans le cadre d’un plan de lutte intégrée contre l’épidémie de Covid-19 ». Obépine vient d’obtenir la possibilité de publier en open data ses premiers résultats, et doit bénéficier d’un budget de 3 millions d’euros.

      « Bref, ils essayent de mettre en place un truc que nous faisons déjà », s’agace Alexandre Lacoste. Et cela alors que les données marseillaises ne sont « pas encore intégrées à proprement parler dans les indicateurs nationaux, ni dans nos indicateurs régionaux de suivi de l’épidémie à l’ARS (comme le sont les taux d’incidence et de positivité) », précise l’ARS à Marsactu.

      « L’État veut quelque chose d’unifié, avec le même process dans chaque labo, sinon il ne fait pas, mais il vaudrait mieux stimuler chaque initiative », regrette Alexandre Lacoste. Pour lui, il serait plus logique de demander des efforts en priorité aux populations des zones les plus touchées plutôt que d’imposer les mêmes règles sur tout le territoire. « Il faut une dynamique, nous ne sommes pas des robots à qui l’on peut demander des efforts à longueur de temps. Il faut cibler les gens, adapter des modules par zone. » Bref, partir du terrain pour agir. Une philosophie qui jusqu’à présent peine à être appliquée.

      comme d’hab, bloquage au niveau ARS

      Du côté de l’AP-HM, le sentiment d’urgence est le même. Et le dispositif des marins-pompiers est scruté de près. « C’est l’un des paramètres extrêmement importants, il donne presque une photographie à un instant T. Comme avec les passages aux urgences, on sait que ça monte quand il y a beaucoup de variations », considère le professeur Laurent Papazian, chargé de la coordination des services de réanimation dans la région. Mais ce dernier n’a pas directement accès aux informations des marins-pompiers, qui transitent d’abord par l’ARS.

    • Genome Sequencing of Sewage Detects Regionally Prevalent SARS-CoV-2 Variants | mBio
      https://mbio.asm.org/content/12/1/e02703-20

      COVID-19 : Séquencer les eaux usées pour suivre le virus et ses variantes à la trace | santé log
      https://www.santelog.com/actualites/covid-19-sequencer-les-eaux-usees-pour-suivre-le-virus-et-ses-variantes-la

      Si la technique est éprouvée, il reste néanmoins difficile de distinguer le signal génétique du SRAS-CoV-2 des milliards de bactéries et de virus que les humains excrètent chaque jour. Les chercheurs doivent pouvoir identifier le SRAS CoV-2 au milieu d’un mélange complexe d’autres matériels génomiques. Les chercheurs proposent donc tout un protocole permettant de préparer les échantillons pour le séquençage : au lieu de séquencer directement l’échantillon, ils commencent par amplifier l’ARN du coronavirus qui les intéresse. Ils combinent à cette amplication, une nouvelle approche d’analyse bioinformatique suffisamment sensible pour détecter une seule différence nucléotidique.

      #variant