• Le CovidTracker du soir pour #Montpellier est juste désespérant :
    – on passe en violet, avec un taux d’incidence général à 407 pour 100 000 ;
    – la courbe des cas positifs est passée en mode délire (belle verticale) :

    – la heatmap des tranches d’âge est invraisemblable :

    Les 20-29 ans sont passés, de semaine en semaine, de 54 à 138, puis de 138 à 312, puis de 312 à 1101. On multiplie par quoi – 2,5 à 3,5 ? – toutes les semaines ?

    Et noter que ça monte très vite dans toutes les tranches d’âge. Chez les plus de 90 ans, c’est passé de 12 à 116 en une semaine.

    (Et comme je t’ai dit, pendant ce temps, la nouvelle mode vestimentaire en ville, c’est le masque sous le pif.)

  • Covidrome - Le Monolecte
    https://blog.monolecte.fr/2021/05/24/covidrome

    La porte vitrée s’ouvre sur un long couloir étroit et sombre. Un homme nous barre la route avec un énorme distributeur à pompe de GHA1. Sur le côté, à sa hauteur, il y a une femme debout devant une sorte de guéridon de bar qui parcourt une liste de nom qui s’étale sur une liasse de feuilles A4. Le couple devant nous franchit le seuil et là, la femme au guéridon retire son masque complètement en s’écriant  :

    -- « Salut [Machine], quelle bonne surprise  ! Tu as vu  ? Avec mon masque, tu ne m’as pas reconnue  ! »

    Le fait que [Machine] ne retire pas son masque pour répondre ne me console pas vraiment de l’inénarrable abattement qui vient de me tomber dessus.

    • — « Et fermez la porte ! », poursuit le type le moins informé de l’univers.

      Non, mais ... lol (jaune) ...

      Quand la déréliction des services publics obligent les bénévoles à organiser des « sévices » publics ... Mais bon, le CAC40 se porte de mieux en mieux et on nous affirme sans sourciller que, si les prix des carburants « flambent » à la pompe, c’est que l’économie redémarre (comme la chenille) ...

      https://www.youtube.com/watch?v=m8tjtjKAhXQ

    • Oui, le réseau Obépine est une source très sûre : difficile de s’arrêter de chier pour cacher le virus sous le tapis. Asymptos ou pas, tout finit dans le même pot et donne un très bon aperçu de la situation.

      Clairement, dans les métropoles, ce n’est pas la fête du slip qui prédomine, par contre, on retrouve les niveaux de juillet dernier dans les petites villes secondaires.

      Clairement, on repart vers une circulation en clusters, localisée dans les quartiers denses des métropoles.

      Maintenant, avec un vrai tracking et un plan pour améliorer l’aération des bâtiments publics, on pourrait y arriver. Vraiment.

      Mais ça impliquerait des investissements et surtout la prise en compte des 13 millions d’otages de l’EN…

      Je pense qu’ils vont tenter de vacciner au moins le second degré avant la rentrée. Ça pourrait marcher, mais reste le problème des mutants dont les gosses sont les probables incubateurs et la question globale de la diffusion des vaccins dans les pays pauvres (90% de l’humanité, pour la faire courte).

      Si on ne libère pas les vaccins maintenant, on est possiblement grillés pour l’automne.

      Autre variable : les comportements cet été. Avec un minimum de combo port du masque en intérieur + aération, on pourrait ne pas relancer la sulfateuse pour la rentrée… Mais on a dit trop de conneries depuis trop de temps pour obtenir une adhésion suffisante : je trouve les commentaires sous mon billet très éclairants sur la pénétration des yolos en population générale. Et du coup, je ne suis pas optimiste.

    • Ah, je n’ai lu que le premier commentaire sous ton billet hier soir. J’aurais été en situation pour, j’aurais répondu d’un simple « Crétin ». Le niveau atteint par la crise continue que l’on endure depuis quelques dizaines d’années est épouvantable en ce qu’elle fait sortir du bois un nombre impressionnant de crétins dont on n’avait pas idée jusqu’alors. Vraiment. Je savais qu’ils existaient. Mais je ne les savais pas aussi nombreux, et ne pensais pas que la rationalité pouvait à ce point être multiple et donner lieu à de telles leçons de rationalité crétine, comme on peut le lire sous ton billet. On cause de post-vérité, mais on peut aussi parler de post-rationalité. Quoi qu’on devrait sans doute, pour gagner du temps, se contenter d’utiliser le mot « crétinerie ».

  • Montpellier. Déconfinement : coup de gueule du préfet et colère des livreurs
    https://actu.fr/occitanie/montpellier_34172/montpellier-deconfinement-coup-de-gueule-du-prefet-et-colere-des-livreurs_42018

    Pour éviter des contrôles et des verbalisations à outrance, le préfet de l’Hérault veut convaincre les professionnels de la restauration de respecter les règles de réouverture, s’alarmant de la situation actuelle dans le département : “La Covid-19 est toujours là. Mercredi, nous avons ainsi enregistré quatre décès dans l’Hérault, où 269 malades étaient hospitalisés. Personne n’a envie de tout refermer à la mi-juin, parce que l’épidémie se serait remise à circuler. Il faut être raisonnable et bien continuer à marquer les gestes barrières”. Selon des informations parvenues à Métropolitain, aucun établissement recevant du public sur le site commercial d’Odysseum, à Montpellier n’a respecté la jauge de 50% obligatoire sur les terrasses, ce jeudi à l’heure du déjeuner.

    « parce que l’épidémie se serait remise à circuler » (des fois que…)

    Alors après avoir confiné trop tard à cause du pari du Prépotent, et rouvert très très vite sur décision d’Épidémiologiste 1er en snobant ostensiblement le conseil scientifique, les écoles en mode Portnawark depuis plus d’un an, l’absence totale de communication sur les aérosols, on en est déjà à nous préparer sur le thème « Cé la faute aux ceusses qui ne jouent pas le jeu ».

    Mais quelle interminable bouffonnerie.

  • Santé Publique France, 03/03/2021 :
    • décès covid à l’hôpital : 322 (cvh : 304)
    • hospitalisations covid : 25 111 (-152)

    décès à l’hôpital, gros chiffre, nettement au dessus de la tendance récente…
    admissions en réanimation, plutôt en ligne avec les valeurs récentes, donc toujours à peu près stable ou en légère hausse

    incidence en métropoles : la plupart des villes ne varient qu’assez pue par rapport à la veille ce qui fait qu’un peu partout, les croissances (hebdomadaires) se tassent, c’est assez flagrant sur la carte à bulles, deux nouvelles villes passent en légère décroissance Orléans et Nantes, portant à 6 le nombre de métropoles où le chiffre de l’incidence est inférieur à celui 7 jours plus tôt

  • Coronavirus à Marseille : Les marins-pompiers observent une explosion de la présence du virus
    https://www.20minutes.fr/sante/2969683-20210204-coronavirus-marseille-marins-pompiers-observent-explosion

    Les chiffres ont de quoi donner des sueurs froides. La semaine dernière, les marins-pompiers, qui procèdent chaque semaine à des relevés dans les eaux usées de Marseille, avaient décelé 695 copies du Covid-19 par millilitre, soit une légère hausse par rapport à la semaine précédente. Cette semaine, selon les dernières données publiées par le bataillon ce mercredi, ce chiffre s’élève à… 2.271. Soit un taux multiplié par trois en quelques jours seulement.

    […]

    Pour autant, l’épidémiologiste ne cache pas son inquiétude. « Si la flambée observée par les marins-pompiers se confirme dans quinze jours dans les hôpitaux, on va se prendre un coup de boost copieux ». Les services de réanimation à l’AP-HM se remplissent en effet à vue d’œil. « Ces chiffres ne m’étonnent pas, s’alarme Audrey Jolibois, secrétaire générale FO à l’AP-HM. On voit du monde arriver tout le temps. Et le souci, c’est qu’on n’est pas capable de faire face à une vague fulgurante. On manque de personnel ! Et les équipes sont fatiguées. Le physique n’est plus là depuis longtemps. Le moral non plus. »

    • la fin de l’article est vraiment à mourir de rire :

      le point de vue du gars de terrain , chiffres localisés, nets et précis :

      Cette hausse exponentielle se fait de manière concentrée, sur les arrondissements les plus défavorisés de Marseille. « Le phénomène se produit sur une sorte de frange littorale du Nord de Marseille, qui va en gros du quartier de la Belle-de-Mai aux quartiers Nord », note le contre-amiral.

      le point de vue du savant de l’aphm, chiffres officiels d’abord :

      « Les chiffres des marins-pompiers sont un indicateur à prendre en compte, note l’épidémiologiste Pascal Auquier, professeur de santé publique à l’Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Il faut surveiller cela. Pour autant, il faut le prendre avec pondération, puisqu’on note que le taux d’incidence se stabilise ces cinq derniers jours dans le département. »

      Le point de vue de l’ARS :

      Une inquiétude d’autant plus vive que, pour l’heure, cette explosion reste inexpliquée. Plusieurs sources évoquent une présence accrue du variant du Covid-19 dans la deuxième ville de France, sans certitude. Interrogée sur ce sujet, l’Agence régionale de santé, habilitée à communiquer sur ces questions, n’a pas donné suite à nos sollicitations à l’heure où ces lignes sont écrites.

      #eaux_usées pas #obepine

    • https://seenthis.net/messages/900372#message900459

      La seule variable explicative qui tienne un peu la route, c’est qu’on est en train de gravement sous-détecter le virus. En témoigne les chiffres stables alors que dès qu’on teste un bahut ou un hosto, c’est l’horreur, alors que les gus qui mesurent le virus dans les égouts paniquent (alors même qu’il a beaucoup plu ces derniers temps, ce qui dilue un peu).

      Pourquoi serions-nous en sous-détection  ?
      → Sous-test chez les gens qui en ont marre de perdre des jours de boulot (peut-être voir s’il y a des secteurs mal indemnisés en cas de quarantaine)
      → Sous-test institutionnalisé dans toute l’EN et chez les mineurs
      → Sous-test parce que les parents ne veulent plus perdre de journées de travail  : beaucoup de témoignages rapportent des enfants scolarisés alors que toute la famille se sait touchée
      → incapacité de voir les variants
      → fiabilité en baisse des tests à cause des variants
      → protocole non respecté sur des tests AG  : un négatif doit être suivi d’un PCR de confirmation
      → sous-suivi des cas contact
      → refus des tester les asymptomatiques (pas mal de cas rapportés)
      → Non reconnaissance de suspicion de covid à cause de la méconnaissance profonde de la diversité des symptômes  : toute la com’ tourne autour de 3 symptômes (fièvre, grosse fatigue, anosmie) + une complication (détresse respiratoire), alors qu’il y a au moins une bonne vingtaine de symptômes connus.
      → la sous-détection entraine logiquement des flambée nosocomiales  : on met en chambre double et en service ordinaire des gens covidés
      → maintien délibéré des malades au travail (personnel de santé 👍)
      → quarantaine délibérément trop courte pour les infectés… et même pas respectée. Le lycée de ma fille (où elle refuse de remettre les pieds malgré les menaces) a fermé mercredi l’internat et la cantine  : tout le personnel était contaminé. Ils rouvrent lundi. 🤦‍♀️

  • Sars-CoV2 dans les eaux usées, remarquable présentation du projet #Obepine

    https://www.youtube.com/watch?v=SytzIqgZMd4


    visioconférence de Vincent Maréchal et Yvon Maday, du projet obepine, organisée par Guillaume Rozier (CovidTracker)
    https://twitter.com/GuillaumeRozier/status/1351994502861479947

    les résultats déjà obtenus par Obepine étaient sous embargo à la demande des collectivités territoriales - qui sont responsables du traitement des eaux usées - cet embargo vient d’être levé et sera remplacé par un différé de 72 heures entre la transmission des résultats au collectivités et leur diffusion publique.

    Le scoop : d’ici le début de la semaine prochaine (dimanche ou lundi) les résultats d’une quarantaine de stations d’épuration seront publiés.

    • ils l’expliquent clairement dans la vidéo : ils y sont contraints par les accords avec certaines des collectivités territoriales qui, seules, peuvent accorder l’accès aux prélèvements dans les stations d’épuration.

      Le (les !) traitement(s) à partir des données brutes et leur nécessité absolue sont clairement détaillés, ainsi que la très grosse difficulté - qu’ils ont apparemment résolue – d’assurer une comparabilité entre sites en tenant compte de la très grande hétérogénéité et dispersion des mesures des laboratoires.

      Et (bis) le suivi d’une quarantaine de site en tendance devrait dorénavant être disponible avec un différé à partir du début de la semaine prochaine.

      Mais que tout cela ne te dispense pas d’écouter la vidéo quand tu auras le temps.

    • Sur la rétention d’information de certaines communes sur ces données dans l’été, ils expliquent quand même que c’est pour pas faire peur aux touristes / commerce...

      Donc planquer un peu l’info sous le tapis du public, même si ça permet aussi au modèle d’être affiné / confirmé... Il me semble que dire "c’est un travail de recherche en cours, voilà où on en est, ce qu’on analyse, sous réserve de ..." aurait pu être plus transparent et utile à cette époque. (peut être que ça avait été fait, mais il ne semble pas, ou discrètement ?)

      Également je note que le mathématicien indique "on ne peut donner les données brutes" (qui ne veulent rien dire), en préférant fournir un indicateur spécifique (de 0 à 150) sans expliquer vraiment de détail sur comment est calculé cet indicateur / échelle au final (« un peu comme Ritchter », donc on suppose quelque chose de logarithmique ?).

    • [Thread #live] Au programme ce soir : présentation du réseau #Obépine, suivi du virus dans les eaux usées, accès aux données, ...
      https://unrollthread.com/t/1351969235409506308

      Pour commencer, petite présentation du réseau #Obépine (Observatoire Épidémiologique des Eaux Usées) et de la genèse du projet.

      💻 Le projet #Obépine a été lancé en mars avec les premiers prélèvements et analyses. Depuis le mois de juillet il y a un suivi dans 400 stations d’épurations.

      💻 9 laboratoires participent aux analyses des échantillons (parmi 22 identifiés). Le principal étant celui des @eaudeparis.


      💻 Les données brutes nécessitent un important travail de traitement par #Obépine (correction des biais, contrôle des analyses, facteurs de variabilité, ...) afin d’être exploitées.

      💻 Il faut obtenir l’accord des collectivités pour effectuer les prélèvements. Dans de nombreux cas le réseau #Obépine a du signer une charte de confidentialité afin de ne pas divulguer les données.

      💻 Ce sont les données critiqués qui peuvent être publiées par le réseau #Obépine.

      💻 Voici les chiffres pour le bassin d’Ile de France publiés grâce au travail du réseau #Obépine et des @eaudeparis. La ville de @Paris est un grand partenaire du projet.


      💻 Comment peut-on prédire l’impact de la maladie ? Yvon Maday apporte quelques réponses sur la création des modèles de prédiction.

      💻 Les données de la station de Paris Seine-Morée montrent que le virus circule toujours à un niveau haut.


      💻 Le lieu de positivité d’une personne est son lieu de résidence. Par conséquent il peut y avoir un décalage entre les analyses des eaux et les tests PCR dans le cas de vacanciers par exemples.

      💻 Des capteurs passifs sont à l’étude afin de pouvoir récupérer des informations en continu.

      💻 Aujourd’hui le projet #Obépine évolue d’une démarche scientifique nationale à un plan d’action local. L’objectif étant de croiser de nombreux indicateurs pour mieux prévoir.

      💻 Depuis le 15 décembre, le réseau #Obépine travaille sur les variants du virus de la #COVID19 en partenariat avec @Sorbonne_Univ_ et @eaudeparis.

      🎙 On passe aux questions/réponses

      💻 Les données devraient être mises à dispositions en #OpenData dès dimanche 24 janvier !

      💻 Ce sera sous la forme d’un indicateur moyenné permettant d’avoir une tendance. Les données brutes sont mises sous embargo afin d’éviter les erreurs d’interprétation.

      🎙 Est-ce que ce type d’analyses est envisagé (ou déjà réalisé) pour d’autres virus ? Cela a déjà a été fait pour d’autres virus. Par exemple pour la polio ou la gastro-entérite.

      🎙 Avez-vous la possibilité d’identifier les différents variants ? Pour certains comme celui anglais oui c’est possible grâce à une astuce de laboratoire. Pour les autres comme le sud-africain, le brésilien ou l’allemand c’est beaucoup plus compliqué.

      🎙 Travaillez-vous avec les @MarinsPompiers ? Il y a des échanges, mais la méthodologie n’est pas totalement identique.

      🎙 Le prélèvement au pied des bâtiments est utile mais cela nécessite un important travail de correction des données.

      🎙Quel est le décalage en temps typique entre la remontée de la courbe des eaux usées et celle du taux de positivité ? Il n’y pas de délai fixe en raison de nombreux facteurs. Cela peut aller d’une à trois semaines.

      🎙 Les nouveaux variants peuvent-ils affecter les modèles mathématiques ? Oui il peut y avoir un impact. Il est important de continuer les recherches.

      🎙 Quel est le délai chez un individu malade entre sa contaminations et le rejet dans les eaux usées ? En moyenne c’est 5 jours, mais ce n’est qu’une moyenne. Certains sécrètent le virus jusqu’à 6 semaines après la contamination.

      🎙 Selon vous quand aura lieu le prochain confinement ? Au niveau scientifique on préconise toujours d’avancer le plus taux possible. Cependant c’est au Politique de prendre la décision en fonction de nombreux indicateurs.

      🎙 Yvon Maday : « Le confinement est un échec des autres mesures. Il faut donc maintenir au maximum les gestes barrières ».

      🎙 Vincent Maréchal : « Les variants ne résistent pas au gel hydroalcoolique ».

      🎙 Vincent Maréchal :"Il aurait fallu essayer de bloquer les variants avant les vacances de décembre en imposant par exemple une septaine".

      via
      https://twitter.com/CovidTracker_/status/1352018515566358531

      #eaux_usées

    • Eaux usées : la carte qui permet de prédire l’évolution de l’épidémie de Covid-19 en France
      Accélération attendue à Toulouse, ralentissement à Lille... En exclusivité pour L’Express, les scientifiques qui traquent le virus dans les égouts révèlent des données nationales sur la dynamique de l’épidémie.
      https://www.lexpress.fr/actualite/sciences/eaux-usees-la-carte-qui-permet-de-predire-l-evolution-de-l-epidemie-de-covi

      Par Stéphanie Benz, avec Dario Inguisto pour les infographies
      publié le 24/01/2021 à 16:30 , mis à jour à 17:40

      Une poursuite prévisible de l’augmentation du nombre de cas à Toulouse ou Marseille, mais un ralentissement à attendre à Strasbourg ou Lille... C’est un outil précieux pour la gestion de l’épidémie que les scientifiques du réseau Obépine (observatoire épidémiologique dans les eaux usées) (1) [ https://www.reseau-obepine.fr ] s’apprêtent à mettre à disposition des autorités sanitaires et du grand public : des données permettant d’établir une « carte météo » nationale de la circulation du virus, dont L’Express a eu la primeur. Elles sont tirées de l’analyse de prélèvements dans les égouts dans différentes localités en France.

      A l’origine de ces travaux, un constat simple, fait très tôt après le début de la pandémie : à chacun de ses passages aux toilettes, une personne infectée par le Sars-cov-2 fait passer par ses selles des traces de virus, qui vont se retrouver dans les eaux usées. D’où l’idée de mesurer les concentrations de génome viral dans les stations d’épuration pour mieux cerner la dynamique de l’épidémie. Les chercheurs d’Obépine ont pu montrer que ces données représentaient un indicateur avancé, qui permet de saisir l’évolution prévisible du nombre de malades plusieurs jours, et dans certains cas plusieurs semaines, avant que les appels aux 15 ou le nombre de tests positifs n’augmentent.

      Dans l’Hexagone, une situation disparate et inquiétante

      « A la fin du mois de juin, la surveillance des eaux usées en Ile-de-France a fourni le premier signal de ce qui allait devenir la deuxième vague », rappelle le Pr Vincent Maréchal, virologue à Sorbonne-Université et cofondateur du programme. Et en novembre, c’est encore une fois des égouts d’Ile-de-France que le premier signal encourageant est venu, après la mise en place du couvre-feu.

      « Nous avons donc bâti un réseau de stations d’épuration partenaires, réparties sur tout le territoire, qui commencent à présent à nous remonter les résultats de leurs prélèvements », indique le Pr Yvon Maday, mathématicien et professeur à Sorbonne-Université, à l’origine des modèles qui permettent d’analyser ces données, également co-fondateur d’Obépine. Un projet dans lequel le ministère de la Recherche a engagé 3,5 millions d’euros (auxquels se sont ajoutés des financements de Sorbonne-Université, CNRS, Eau de Paris...) : « Cela nous a paru d’autant plus intéressant que ce type de dispositif pourrait être utilisable plus largement pour la gestion de la santé publique en s’étendant à d’autres maladies infectieuses, comme les gastro-entérites, ou au suivi des bactéries résistantes et de la consommation de drogues », expliquait récemment à L’Express la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, Frédérique Vidal. Et peut-être même, estiment à présent les chercheurs, les pollutions chimiques, les micro-plastiques, etc...

      Pour chaque station, les informations seront présentées sous la forme d’un indicateur synthétique, offrant ainsi la possibilité de comparer les tendances entre les différentes localités. Ces chiffres seront mis en ligne, en open-data (données ouvertes) sur le site du réseau Obépine, à partir du lundi 25 janvier. Les données d’une quarantaine de stations seront communiquées dans un premier temps, avant que l’ensemble des 150 stations du réseau ne devienne peu à peu disponible.

      Nous en présentons une sélection, qui dessine une photo très disparate de la situation dans l’Hexagone. Avec les mesures de contrôle déjà mises en oeuvre, l’augmentation de la concentration virale dans les eaux usées semble stoppée dans plusieurs agglomérations. Mais les quantités de génomes viraux retrouvées se maintiennent à un niveau élevé : « C’est inquiétant, car cela signifie que les hôpitaux vont continuer à se remplir », analyse le Pr Maréchal, une tension qui pourrait encore s’accroître avec l’émergence de nouveaux variants. Par ailleurs, plusieurs points de vigilance existent là où les concentrations en virus ont recommencé à s’inscrire à la hausse dans les derniers prélèvements, depuis les fêtes de fin d’année, comme à Marseille, Toulouse ou Dijon. Dans quelques zones en revanche, comme à Lille ou Strasbourg, la situation semble s’améliorer.

      A l’heure où les variants menacent de faire augmenter fortement le nombre de malades et de décès, ces données intéressent au plus haut point les autorités, et les membres du réseau Obépine multiplient les réunions avec les Agences régionales de santé, les ministères de la santé et de la Recherche, ainsi que les élus locaux. « Avec nos informations, c’est un peu comme si nous avions des jumelles au bord de la mer : nous voyons que la marée commence à monter, et qu’elle sera là dans trois heures. Comprendre la dynamique nous permet d’agir avant d’être noyés », décrypte Yvon Maday. Le degré d’anticipation de l’indicateur varie toutefois selon la situation épidémique, nuance le chercheur : « Quand nous partons d’un niveau très bas, nous voyons la vague arriver de loin. Quand nous sommes à des niveaux très hauts, l’avance en temps par rapport à d’autres indicateurs existe, mais elle est moins importante ».

      La capacité à anticiper les changements de tendance ou l’accélération de l’épidémie paraît essentielle dans le contexte actuel. Quand les hôpitaux ne sont pas débordés, les pouvoirs publics éprouvent en effet les plus grandes difficultés à justifier la mise en oeuvre de mesures restrictives supplémentaires pour prévenir l’aggravation de la situation. Trouver comment objectiver la menace, au-delà des seules courbes des modélisateurs, pourrait donc leur faciliter la tâche.

      Une nouvelle urgence : la recherche des variants

      Un important travail méthodologique a dû être effectué avant d’en arriver à ce résultat. Pour être comparables d’une station à l’autre, les données doivent en effet tenir compte de la pluviométrie, de la population se trouvant la zone (estimée à partir des quantités d’azote trouvées dans les eaux), des rejets industriels et des modes de traitement des eaux. A terme, les chercheurs affichent une ambition plus grande encore : être capables de mesurer en temps réel à la fois la dynamique de l’épidémie, mais aussi son ampleur, c’est-à-dire le nombre de personnes symptomatiques et asymptomatiques infectées à un instant donné. Mais de nombreuses questions scientifiques doivent encore être résolues, à commencer par l’évaluation des quantités de virus excrétées par les asymptomatiques.

      En attendant, les autorités ont demandé aux scientifiques d’Obépine une tâche plus urgente encore : trouver le moyen d’évaluer la diffusion des variants dans la population. Un véritable challenge technologique : « Chez les patients, il n’y a qu’une seule souche virale majoritaire. Dans l’environnement, il existe des centaines de milliers de virus qui se mélangent, cela rend l’analyse encore plus complexe », souligne Laurent Moulin, microbiologiste, cofondateur d’Obépine, et responsable R&D du laboratoire d’Eau de Paris. Les scientifiques d’Obépine travaillent aujourd’hui à mettre au point deux méthodologies différentes : des PCR ciblées sur la détection de tel ou tel variant, et la métagénomique. Mais en parallèle, les scientifiques doivent aussi à s’assurer que les variants passent bien dans les selles de la même façon que la souche principale : « C’est probable, mais cela fait partie des questions auxquelles nous allons devoir répondre », avertit Sébastien Wurtzer, virologue à Eau de Paris et cofondateur d’Obépine. La réponse est désormais attendue assez rapidement.

      FOCUS : TOULOUSE, LILLE, MARSEILLE... DES DYNAMIQUES EPIDEMIQUES TRES DIFFERENTES

      Nice : stabilisation à un niveau très élevé


      Les quantité de virus dans les eaux usées se maintiennent à un niveau élevé, mais la remontée amorcée début janvier paraît interrompue. Des signes de ralentissement apparaissent, qui demandent à être confirmés par de prochains prélèvements.

      Marseille : accélération de la circulation virale


      Le niveau de circulation du virus est très élevé depuis l’automne. On note après une décroissance relative jusqu’à mi-décembre, mais une accélération depuis.

      Toulouse : Un point de préoccupation


      Le niveau de circulation du virus est important depuis le début de l’automne. Le confinement avait permis d’obtenir une baisse sensible, mais les charges virales détectées dans les eaux usées sont très nettement reparties à la hausse depuis la fin du mois de décembre.

      Nantes : stabilisation à un niveau moyen


      Après une décroissance liée au confinement, les charges virales se stabilisent autour d’un niveau moyen. La décroissance amorcée à partir de la mi-novembre s’est interrompue.

      Strasbourg : net ralentissement, mais qui doit être confirmé


      Dans la capitale alsacienne, la tendance est à un ralentissement marqué de la circulation virale depuis début décembre. Un point très bas a été observé lors du dernier prélèvement, mais celui-ci demande encore à être confirmé par de prochains prélèvements.

      Nancy : stabilisation à un niveau élevé


      La circulation du virus décroit très lentement depuis début décembre, mais les quantités détectées restent encore à un niveau élevé.

      Lille : Reflux marqué de la circulation virale


      Dans la capitale des Hauts-de-France, les concentrations en virus dans les eaux usées avaient atteints des sommets début novembre. Mais depuis le confinement, la baisse est continue, et la circulation virale atteint à présent des niveaux très bas par rapport aux autres agglomérations pour lesquelles des informations sont disponibles.

      Ile de France : un plateau élevé

      Les quantités de virus dans les eaux usées en Ile-de-France paraissent pour l’instant stabilisées à un niveau élevé. Les scientifiques du réseau Obépine disent toutefois observer localement des divergences au sein de la région, avec notamment une augmentation de la charge virale dans la moitié est de l’agglomération parisienne.

      (1) Laboratoires associés au projet : Sorbonne Université /CNRS/Inserm (virologie médicale, mathématiques-modélisation, hydrologie) ; Eau de Paris (virologie environnementale) ; Université de Lorraine / CNRS (virologie environnementale) ; Université de Clermont-Auvergne (virologie environnementale) ; Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA) (Virologie) ; Service de Santé des Armées (maladies infectieuses, recherche clinique) ; IFREMER Nantes (virologie, milieux côtiers, mollusques).

    • dont :

      « Cela nous a paru d’autant plus intéressant que ce type de dispositif pourrait être utilisable plus largement pour la gestion de la santé publique en s’étendant à d’autres maladies infectieuses, comme les gastro-entérites, ou au suivi des bactéries résistantes et de la consommation de drogues », expliquait récemment à L’Express la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, Frédérique Vidal.

      =>

      et de la consommation de drogues

    • l’autre raison pour laquelle ils ne publient pas les données brutes est à 1:10:25 dans la vidéo :

      il est hors de question de publier les données brutes, comme ça, sans embargo, paske sinon les gens font n’importe quoi

      (et analyser les données c’est trop compliqué pour vous pauvres mortels, vu comme on en à bavé pour produire notre indicateur de Richter du caca-virus)

    • Données ouvertes - Réseau OBEPINE
      https://www.reseau-obepine.fr/newsletter

      Données ouvertes

      Rapport d’analyses :
      présentation des résultats

      Ces premiers rapports d’analyses sont basés sur des valeurs contextualisées à partir des résultats des laboratoires d’analyses d’Obépine.

      Les courbes sont présentées sous la forme d’un indicateur de tendance pour le suivi de l’épidémie … voir plus

      L’indicateur de tendance est établie à partir de plusieurs données historiques. Dès que nous aurons assez de données sur les autres stations suivies nous les publierons. [...]

    • données ouvertes, si l’on veut ; c’est quand même l’ouverture minimum : sous forme de courbes, isolées les unes des autres, sans accès aux valeurs et sans possibilité de se concocter un petit portefeuille personnel de sites à suivre.

      J’imagine qu’ils ont le nez dans le guidon et que développer une interface interactive demande un peu de compétence et du temps (cf. l’interface Shiny de Marc Lavielle déjà pointé ici) mais, clairement, ça ne figure pas dans leurs priorités.

      - données ouvertes ?
      – c’est fait !

    • Ielles indiquent « Les données épidémiologiques du document sont disponibles en accès libre sur la base SI-DEP de Santé Publique France ». Mais je sais pas s’ielles parlent des données annexes qu’ielles ont utilisées ou de leurs données validées... (et je vois rien là-bas, mais bon je connais pas non plus...)