#Covid-19 : quand le SARS-CoV-2 se déleste de petits fragments de son matériel génétique pour échapper aux anticorps – Réalités Biomédicales
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Avec l’apparition de nouveaux #variants SARS-CoV-2, on sait désormais que ce coronavirus, dont le génome était considéré jusqu’à présent relativement stable, peut muter. Cette variabilité génétique repose sur l’apparition de mutations consistant en la substitution d’un nucléotide par un autre, autrement dit d’une « lettre » par une autre dans l’ARN viral.
Comme pour tout virus à ARN, des erreurs surviennent de façon aléatoire lors de la réplication du génome du SARS-CoV-2. Celles-ci ont d’autant plus de chance de se produire que le génome des coronavirus est extrêmement long. Celui du SARS-CoV-2 comporte environ 30 000 bases, ce qui en fait le plus long des génomes des virus à ARN connus.
Les coronavirus possèdent néanmoins un système de relecture et de correction qui procède au retrait des nucléotides erronés, autrement dit à l’excision des « lettres » introduites par erreur dans le génome viral. Sauf que toutes les mutations ne sont pas corrigées. Au total, le SARS-CoV-2 mute moins que d’autres virus à ARN. Le taux de substitution par nucléotide au sein du génome du SARS-CoV-2 est ainsi inférieur à celui observé pour le virus du sida (VIH) ou celui de la grippe (virus influenza), probablement du fait de cette activité enzymatique correctrice.
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Il s’avère que l’étude des chercheurs américains mettant en évidence la capacité du SARS-CoV-2 à subir rapidement des délétions lui permettant d’échapper à la réponse immunitaire a précédé la découverte de l’émergence de variants plus transmissibles.
Ces nouveaux variants sont porteurs de délétions RDR. C’est notamment le cas du variant isolé dans des fermes d’élevage de visons au Danemark (mink cluster 5, porteur de la délétion Δ69-70), ainsi que du variant identifié au Royaume-Uni (lignage B.1.1.7) qui renferme les délétions Δ69-70 et Δ144/145, ou encore du variant B.1.351 identifié en Afrique du Sud porteur de la délétion Δ242-244.
Des délétions identifiées avant la description des nouveaux variants
Avant même la description des nouveaux variants, l’étude des chercheurs de l’université de Pittsburgh a donc permis de montrer que des délétions récurrentes dans le domaine NTD de la protéine S désorganisent des motifs (épitopes) sur lesquels se fixent habituellement des anticorps neutralisants.