A Founder Effect Led Early SARS-CoV-2 Transmission in Spain

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  • D614G - courtesy of Dowser

    Dès le début du mois de mois de juillet 2020 un pre-print d’étude virologique à grande échelle permettait de visualiser le remplacement de l’épidémie originellement sortie de Wuhan par une variante plus contagieuse apparue (ou qui avait trouvé son tremplin) très probablement en Europe.

    À l’époque tout ça n’était que du bon gros SARS COV2, c’est à dire comme on l’avait vu une gigantesque cousinade avec très peu de mutations réellement notables. Mais maintenant que des IA font le tri des génomes prélevés sur toute la planète, on peut voir qu’une nouvelle mutation de la protéine spike a changé les règles du jeu en cours de route.
    Et pour certains dès le départ.

    Comme on le voit ci dessous cette première version du virus n’a pratiquement pas été retrouvée dans les analyses faites en Italie après la mi février. En France, s’il avait été détecté début Février pour quasi disparaître des radars aussitôt, il est resté présent à très faible proportions au début de la 1ère vague, et disparu bien avant le 1er confinement.

    Partout ailleurs, même s’il était au départ plus présent (sauf en Islande), il s’était fait supplanter avant la fin de la 1e vague.

    On comprend mieux pourquoi quand nos dirigeants occidentaux ont pris cette vague “bleue” dans la tronche, ils ont pointés du doigt les Chinois et l’OMS qui étaient en train de réussir à circonscrire la v1.0., et au passage, avaient peut-être bien maintenu cette mutation au ras des pâquerettes.

    Finalement elle a refait son entrée en Asie et ils ont eu un peu plus de mal que prévu à s’en débarrasser.

    Mais ils avaient probablement bien moins menti qu’on a pu le croire. 

    Cette étude du 2 juillet a été revue et officiellement publiée le 20 août :
    https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30820-5

    Une étude plus récente (30/10), en attente de publication [en novembre], montre en détail comment ce “grand remplacement” s’est déroulé en Espagne - pour les curieux, c’est là : https://jvi.asm.org/content/early/2020/10/29/JVI.01583-20

    Voila les graphiques parus dès juillet :

    Le remplacement mondial en 21 semaines :

    L’ampleur de l’infection causée par la G614 est environ x5 celle de D614 cf les virions sur la graphique « Magnitude of infection ».

    Voilà ce que ça a donné en Europe et en Asie, d’autres relevés sont visibles dans l’article. Chaque graphique représente la proportion mutée parmi les échantillons testés dans chaque pays (et quelques villes)

    Europe :

    Asie :