• Parfois les réponses arrivent d’où on ne les attend pas !
    On va parler de « dette immunitaire », et d’une interview mémorable parue hier dans « Pourquoi Docteur »...
    Qu’on pourra rebaptiser pour l’occasion : « Docteur, raconte nous une histoire »... 😅/1704988742841188598 ?refresh=1695366322


    https://threadreaderapp.com/thread/1704988742841188598.html

    Parfois les réponses arrivent d’où on ne les attend pas !
    On va parler de #dette_immunitaire", et d’une interview mémorable parue hier dans « Pourquoi Docteur »...
    Qu’on pourra rebaptiser pour l’occasion : « Docteur, raconte nous une histoire »... 😅

  • #pandémie #covid : il semblerait que l’#OMS #WHO ait l’intention de nous faire accepter le caractère « endémique » de #SARS-CoV2. Que ce soit en terme d’incidence ou de surmortalité, tous les outils qui permettaient d’avoir une visibilité sur l’évolution de la maladie sont désormais désactivés. Quant au #covid_long, je pense sans trop me tromper que le seul recours qu’auront bientôt les personnes atteintes sera un traitement par antidépresseurs.

    https://threadreaderapp.com/thread/1636993269916631040.html

    1/22
    2023, OMS : « la CoVID est sur le point de représenter une menace comparable à la grippe SAISONNIÈRE »...
    Outre le « est sur le point de » qui ne veut rien dire, cela se base sur quelles données ?
    2/22
    Ces annonces ne signifient pas la fin de la pandémie.
    Le virus circule toujours à une prévalence supérieure aux seuils épidémiques, avec des nadirs ("creux") à peu près au niveau des pics de 2020/2021 🤷‍♂️
    (Cf. prévalence réelle selon l’ONS 🇬🇧)
    ons.gov.uk/peoplepopulati… Image
    https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/articles/coronaviruscovid19/latestinsights
    3/22
    Quels arguments sont avancés par l’OMS ?
    Tout d’abord un argument sociologique « d’absence de perturbation de nos sociétés », mais « une menace qui va continuer à tuer »... Image
    4/22
    Puis argument des décès déclarés au plus bas depuis 2020.
    Sur la base d’une définition ETIOLOGIQUE sous-estimée (patients avec test viro+ uniquement), contrairement aux viroses saisonnières recensées uniquement sur données CLINIQUES
    Unroll available on Thread Reader
    Image
    5/22
    A propos du dépistage, désormais plus restreint qu’au début de la pandémie, malgré prévalence >>.
    Cf. avis de la SFV qui recommande de ne même plus tester les patients symptomatiques = fin du recensement de la CoVID (qui nécessite un test virologique)
    6/22
    Des données épidémio désormais uniquement dépendantes de ce dépistage restreint (fin des enquêtes de l’ONS 🇬🇧, pas de suivi des eaux usées) ; guidé par des praticiens qui prétendent depuis 2 ans que SARS-CoV-2 = « virus de l’hiver », au mépris des données épidémio...
    7/22
    En 2022, dans un pays tempéré comme le UK 🇬🇧 (idem France 🇫🇷), 5 vagues de CoVID dont 1 massive durant l’été.
    Cf. données de prévalence réelle mesurée par l’ONS (ne dépend pas du recours au dépistage restreint)
    Où est la saisonnalité ?
    8/22
    Des signes de saisonnalité en 2023 ?
    Très tôt pour le dire, mais durant l’été austral, et malgré une vague massive l’hiver dernier, l’Australie a observé 2 vagues, dont 1 si massive qu’elle a désorganisé les écoles au point d’imposer leur fermeture
    9/22
    Il sera difficile de documenter la circulation virale réelle à partir de 2023.
    Le dépistage effondré était déjà loin de l’exhaustivité auparavant puisque fin 2022, l’incidence réelle pouvait être 35x supérieure à l’incidence officielle
    10/22
    C’est non seulement constaté à partir des enquêtes de l’ONS 🇬🇧 en population générale ; mais aussi documenté à partir des données américaines où la sous-estimation de l’incidence des infections atteint un facteur x40
    11/22
    La CoVID est-elle comparable à la grippe SAISONNIÈRE en termes de mortalité ?
    Bilan de 2022 = +44655 à +52526 décès en EXCÈS par rapport à la mortalité attendue en l’absence de pandémie de CoVID
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1619429679173353472?s=20

    12/22
    Réf. pour le thread utilisant la méthode de référence avec normalisation de la mortalité par âge...
    13/22
    Autre élément à garder à l’esprit, cette surmortalité++ est répartie en 5 vagues sur 2022, exactement superposables aux vagues de CoVID, qui joue donc un rôle indéniable dans cet excès de mortalité (sans oublier le maintien de cet excès depuis 2020)
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1619421558543646721?s=20

    14/22
    Vous pouvez chercher une saison de grippe SAISONNIÈRE qui a provoqué une telle surmortalité malgré >90% de pop vaccinée et/ou multi-réinfectée...
    Bon courage pour trouver 🤷‍♂️
    15/22
    Idem pour les syndromes post-infectieux chroniques, courant avec les virus à ARN.
    SARS-CoV-2 n’y fait pas exception.
    Considérons uniquement les estimations de fréquence les plus basses...
    16/22
    En raison de sa prévalence+++ et réinfections fréquentes, le nombre de patients concernés par ces syndromes post-infectieux sera bien plus conséquent que pour d’autres virus à ARN.
    medrxiv.org/content/10.110… Image
    Systematic review of the prevalence of Long Covid
    Background Long Covid occurs in those infected with SARSCoV2 whose symptoms persist or develop beyond the acute phase. We conducted a systematic review to determine the prevalence of persistent sympto…
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.11.06.22281979v2
    17/22
    Il va falloir suivre désormais les indicateurs syndromiques généralistes (IRA = infections respi aiguës ; pneumonies ; syndromes grippaux...), l’excès de mortalité...
    La CoVID étant la seule NON-saisonnière, par déduction il sera plus aisé de la repérer 🤷‍♂️
    18/22
    Au printemps/été/automne, ce sera le seul moyen de repérer les vagues de CoVID via les données syndromiques en période d’absence des viroses saisonnières.
    Les cas de CoVID ne seront « recensés » qu’en hiver, via les tests antigéniques triplex « VRS + Influenza + SARS-CoV-2 »
    19/22
    Vigilance aussi sur les données de mortalité, puisque la mortalité massive de 2020, 2021 et 2022 est désormais considérée comme le niveau « normal » de mortalité attendue auquel on va désormais comparer la mortalité observée.
    Cf. Suisse 🇨🇭 (zone grise = « mortalité attendue ») Image
    20/22
    Idem au UK 🇬🇧 où l’ONS a désormais inclus la surmortalité++ de 2020 à 2022 dans le niveau de mortalité de référence.
    Ceci conduit à sous-estimer la surmortalité puisque l’impact de la pandémie entre dans la « norme ».
    ons.gov.uk/peoplepopulati… Image
    https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/birthsdeathsandmarriages/deaths/articles/excessdeathsinenglandandwalesmarch2020todecember2022/2023-03-09
    21/22
    Bref, rien ne s’opposera au narratif de « virus de l’hiver », mais cela ne repose sur AUCUNE DONNÉE OBJECTIVE ni en termes de prévalence des infections, ni de mortalité, ni de syndromes post-infectieux chroniques.
    Ce n’est donc encore bel et bien qu’un simple « narratif ».
    22/22
    Les déclarations de l’OMS ne visent qu’à préparer l’opinion à la fin du statut de PHEIC (urgence de santé publique de portée mondiale), puisque :
    A) les États ne font plus rien
    B) la population se satisfait de la surmortalité++ et réinfections fréquentes.
    FIN DE L’HISTOIRE.

    • • •

  • Thread by C_A_Gustave on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1619421520631300096.html

    1/41
    L’INSEE a actualisé les données de mortalité, avec l’année 2022 complète.
    Cela me permet de mettre à jour un précédent thread et de revoir les estimations faites...
    https://www.insee.fr/fr/statistiques/6206305
    2/41
    Les données de mortalité (et excès de mortalité) sont précieuses en cette période de pandémie car :
    A) Aucun pays ne peut documenter la totalité de ses cas de CoVID, et donc des décès qui en découlent
    B) Les définitions des décès CoVID varient+++ dans le temps et entre pays
    3/41
    Il en résulte une SOUS-estimation importante de la mortalité réellement induite par la pandémie.
    Le décompte officiel est à ~6,8 millions de décès depuis 2020, alors que l’excès de mortalité constaté sur la même période varie de 16,6 à 29,9 millions
    economist.com/graphic-detail… Image
    The pandemic’s true death toll
    Our daily estimate of excess deaths around the world
    https://www.economist.com/graphic-detail/coronavirus-excess-deaths-estimates
    4/41
    Encore récemment, avec l’exemple de la Chine, l’OMS rappelait le handicap de définitions trop restrictives des décès CoVID, et l’importance de suivre l’excès de mortalité pour évaluer l’impact réel de cet aspect le plus sévère de la pandémie
    bbc.com/news/world-asi… ImageImage
    China Covid : WHO warns about under-representing Covid deaths
    The health body says it is worried about the risk to life and again urges Beijing for better data.
    https://www.bbc.com/news/world-asia-china-64167052
    5/41
    Ou encore plus récemment quand le directeur de l’OMS rappelait le bilan des 8 dernières semaines (>170000 décès recensés), en précisant que la réalité était très supérieure
    who.int/publications/m… Image
    Virtual Press conference on global health issues transcript - 24 January 2023
    CL Christian Lindmeier TAG Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus HB Dr Hanan Balkhy JH Dr Joachim Hombach MK Dr Maria Van Kerkhove MR Dr Mike Ryan TA Dr Tim Armstrong BG Belisa Godinho HE Helen Bransw…
    https://www.who.int/publications/m/item/virtual-press-conference-on-global-health-issues-transcript---24-january-2023
    6/41
    A cela s’ajoute le débat sans fin sur « mort DU ou mort AVEC le CoVID ».
    Exemple d’un patient diabétique (maladie chronique), qui contracte la CoVID, décompense son diabète (acidose sévère, coma hyperosmolaire, défaillance multiviscérale...), et décède...
    7/41
    Est-il mort « du CoVID » ou bien « avec le CoVID » ?
    Il vivait avec son diabète depuis plusieurs années. Sa route n’a pris fin qu’au moment où il a rencontré SARS-CoV-2.
    Certains diront « mais s’il n’était pas diabétique, il ne serait pas mort à ce moment »...
    8/41
    Mais s’il n’avait pas rencontré SARS-CoV-2, il ne serait pas mort non plus à ce moment, et aurait continué à vivre avec son diabète, comme il le faisait depuis de nombreuses années...
    9/41
    Il y a donc un choix à faire pour la cause du décès, et ce choix varie+++ d’un pays à l’autre, d’une période à l’autre, mais aussi d’un praticien à l’autre...
    L’excès de mortalité est beaucoup moins subjectif et moins sujet aux biais de ce genre...
    10/41
    Cependant, d’autres problèmes se posent avec la méthode de l’excès de mortalité.
    Tout d’abord, cet excès ne représente que ce qui dépasse d’un niveau de référence.
    On peut donc sous-estimer la mortalité spécifique totale d’une cause de mortalité donnée
    11/41
    Ensuite, le niveau de référence peut varier++ selon les sources.
    Parfois, mortalité observée durant l’année qui a précédé le début de la pandémie.
    Parfois une moyenne sur plusieurs années précédentes +/- associée à une projection si les conditions restaient inchangées...
    12/41
    Parfois il inclut les années pandémiques.
    Cas du UK 🇬🇧 qui inclut 2021 dans le niveau de référence de mortalité.
    Ceci conduit à inclure une partie de la surmortalité++ de la pandémie, et donc à SOUS-estimer la surmortalité des années suivantes
    ons.gov.uk/peoplepopulati… Image
    https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/birthsdeathsandmarriages/deaths/bulletins/monthlymortalityanalysisenglandandwales/november2022#excess-mortality-in-england-and-wales
    13/41
    En France, on a tout d’abord les données INSEE comparées à l’année 2019.
    La comparaison « brute » ne tient pas compte de l’évolution démographique, et donc de l’évolution « attendue » des décès.
    https://www.insee.fr/fr/statistiques/6206305#graphique-figure2
    14/41
    Sur les données consignées par l’INSEE, on remarque que 2020 🔴 a été associée à une surmortalité massive par rapport à 2019 🔵.
    Mais on note que 2021 🟡 et 2022 🟣 suivent une tendance similaire et sont même > à 2020... ImageImage
    15/41
    La répartition de cette surmortalité sur l’année 2022 est assez évocatrice, puisqu’elle est divisée en 5 vagues, qu’on peut superposer aux 5 vagues de CoVID de l’année 2022.
    La concordance est indiscutable 🤷‍♂️ ImageImage
    16/41
    Comme en 2021, on observe à nouveau une importante SURmortalité en 2022, avec des vagues d’excès parfaitement superposables aux vagues de CoVID.
    Mais quelle est l’ampleur de cet excès ?
    Il faut se pencher sur l’évolution ATTENDUE en l’absence de pandémie...
    17/41
    3 facteurs entrent notamment en jeu :
    A) La démographie.
    L’évolution de la répartition des âges (vieillissement de la population), ainsi que du nombre d’habitants, tend à faire ↗️ lentement la mortalité année après année, indépendamment de tout autre facteur...
    18/41
    B) Les quotients de mortalité.
    Ils tendent au contraire à ↘️ d’année en année, sous l’impulsion des progrès de la médecine, de l’hygiène, de niveau socio-économique...
    Cela tend à faire ↘️ la mortalité attendue...
    19/41
    C) « L’effet moisson ».
    La pandémie induit des décès précoces. Or on ne meurt qu’une seule fois. Ces décès qui surviennent plus précocement en raison de la pandémie, son autant de décès qui ne surviendront pas au moment où ils étaient « attendus »...
    20/41
    Il en résulte donc une évolution de mortalité « attendue » (hors pandémie), qu’on peut alors retrancher à la mortalité « observée », et en déduire l’excès de mortalité induit par la pandémie
    insee.fr/fr/statistique… Image
    https://www.insee.fr/fr/statistiques/6445335
    21/41
    En l’occurrence pour 2020, l’INSEE avait calculé une ↗️ de mortalité ATTENDUE (hors pandémie) de +9000 décès :
    +14000 par vieillissement de la population
    +1600 pour le jour supplémentaire en février
    –6900 par évolution des quotients de mortalité Image
    22/41
    Au lieu des +9000 décès attendus, nous avons observé, malgré la lutte contre la transmission de SARS-CoV-2, un excès de +46700 décès !
    Ceci est < au total des décès CoVID car c’est uniquement ce qui « dépasse » du niveau habituel de mortalité... Image
    23/41
    En 2021, avec la même méthode, l’INSEE attendait un excès de +9300 décès par rapport à 2019 :
    +23100 par vieillissement de la population
    – 13800 par évolution des quotients de mortalité.
    En réalité, on a observé un excès +39100 décès ! ImageImage
    24/41
    Pour l’anecdote, dans un précédent thread j’avais été un peu plus « optimiste » que l’INSEE, car avec la tendance des années AVANT pandémie, j’arrivais à un nombre de décès attendus en 2021 > à celui de l’INSEE, et donc un excès de mortalité < à celui de l’INSEE 🔽 ImageImage
    25/41
    Qu’en est-il pour 2022 ?
    Les données 2022 ne sont pas encore consolidées.
    De plus, l’analyse par l’INSEE ne sera pas publiée avant le printemps 2023 car elle nécessite une analyse démographique étendue pour calculer les décès attendus...
    https://www.insee.fr/fr/statistiques/6445335
    26/41
    Ce que je vais faire ci-après, est donc uniquement une estimation/approximation.
    Comme évoqué précédemment, pour l’année 2021, mon estimation était un peu trop « optimiste » avec un excès de mortalité à ~+25000, quand le vrai excès INSEE était finalement à +39100 😅
    27/41
    Comment faire l’estimation pour 2022 ?
    Tout d’abord, reprendre les données de mortalité cumulée pour 2022.
    L’INSEE recense 673637 décès en 2022.
    Il s’agit là des décès OBSERVÉS ; ceci inclut donc l’excès de mortalité 2022 dû à la pandémie (qu’on cherche à calculer)... Image
    28/41
    On peut alors reporter ce cumul des décès observés en 2022 🔴, sur le graphe INSEE qui compare les décès observés 🔵, avec les décès attendus (hors pandémie) 🟢...
    insee.fr/fr/statistique… Image
    https://www.insee.fr/fr/statistiques/6445335
    29/41
    Ensuite, il nous faut estimer les décès attendus pour 2022 (hors impact de la pandémie).
    L’extrapolation linéaire à partir des données INSEE de 2010 à 2021 donne la tendance usuelle (hors pandémie), et aboutit à 628982 décès attendus en 2022.
    Cf. point 🟢 foncé Image
    30/41
    On peut donc estimer la surmortalité 2022 à :
    673637 - 628982 = +44655 décès en excès !
    C’est quasiment la même surmortalité qu’en 2020 !
    Toujours nettement ↗️ par rapport à ce qu’on observerait sans la CoVID.
    Cet écart est de plus apparu/persistant avec la pandémie 🤷‍♂️ Image
    31/41
    Pourquoi ?
    Certains évoquent la canicule de l’été 2022.
    Plusieurs problèmes avec cette hypothèse.
    Tout d’abord, les autorités ne lui attribuent que 2800 décès en excès (2000 à 3500), ce qui
    n’explique pas le gap majeur à +44655.
    H/T @Panda31808732
    Bulletin de santé publique canicule. Bilan été 2022.
    Bulletin de santé publique canicule. Bilan été 2022.
    https://www.santepubliquefrance.fr/determinants-de-sante/climat/fortes-chaleurs-canicule/documents/bulletin-national/bulletin-de-sante-publique-canicule.-bilan-ete-2022
    32/41
    De plus, comment peut-on penser que la canicule de 2003, plus intense et plus durable, sans
    « plan canicule », ait fait 19000 morts ; et que la canicule 2022, moins intense et moins
    durable, avec un « plan canicule », puisse en faire >2x plus ? 🤷‍♂️
    meteofrance.com/actualites-et-… Image
    https://meteofrance.com/actualites-et-dossiers/actualites/canicule-intense-et-durable-de-juillet-2022-que-faut-il-retenir
    33/41
    On ne peut pas négliger l’impact de la CoVID durant l’été 2022, puisque la vague estivale
    2022 (BA.5) est :
    A) Synchrone avec la vague de surmortalité
    B) Nettement plus massive que les vagues de 2020/2021 en termes de contaminations 🤷‍♂️
    ImageImage
    34/41
    Ne pas oublier que si Delta pouvait avoir un « excès » de virulence par rapport au variant
    originel, Omicron n’est pas devenu « non-virulent ».
    Il a la même virulence que le SARS-CoV-2 qui a conduit le monde au confinement en 2020
    Cf. tweets 20 à 23 🔽
    Unroll available on Thread Reader
    35/41
    Or contrairement à 2020 ou 2021, l’année 2022 a été caractérisée par la diffusion du lignage
    Omicron, doté d’un échappement immunitaire ↗, et associé à une transmissibilité ↗↗↗.
    2022 a donc connu une prévalence d’infections 🟡 beaucoup plus élevée que 2020 ou 2021 Image
    36/41
    Ainsi, la ↘↘ de létalité obtenue via la vaccination, a été +/- « rongée » par la ↗↗ des
    contaminations.
    Au bilan, il en résulte une mortalité qui ne change pas beaucoup. 🤷‍♂️
    Sans compter que l’adhésion aux rappels vaccinaux a ↘↘ malgré leur nécessité.
    37/41
    En clair, il faut bien plus d’infections pour atteindre le même nombre de morts. Cela permet
    de rouvrir pleinement l’activité économique (fin des restrictions).
    Par contre, comme on laisse les infections ↗↗↗, toujours autant de vies sont perdues
    chaque année.
    38/41
    Le dépistage des infections par SARS-CoV-2 a ↘↘↘ en 2022, rendant le recensement des
    décès induits par la CoVID beaucoup moins exhaustif.
    Or sans test, il est impossible de classer un décès dans la catégorie CoVID (définition étiologique) 🤷‍♂️
    39/41
    C’est le « nouveau normal », qui va mécaniquement impacter l’espérance et qualité de vie dans
    les pays similaires à la France.
    Je rappelle que le titre du rapport 2022 de la DREES ne portait que sur les données allant
    jusqu’à 2019 🤡
    40/41
    Il faut également bien comprendre que nous sommes actuellement dans une période
    « favorable » ou « protégée » car :
    A) Les primo-vaccinations sont encore +/- récentes
    B) Pas encore de variant totalement résistant à l’immunité acquise
    C) Pas de variant à virulence ↗↗
    41/41
    Le bilan de nette surmortalité qu’on observe toujours en 2022 est donc un résultat en
    conditions « favorables » !
    La pandémie est peut-être finie dans votre esprit car vous l’associez aux « restrictions », mais
    son impact sur nos vies ne fait que commencer.

    • • •

    https://threadreaderapp.com/thread/1619421520631300096.html
    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1619421520631300096

  • (à lire à propos de la dette immunitaire qui manque d’étayage scientifique)
    Thread by C_A_Gustave on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1590817761697333248.html

    On se dit alors : "c’est quand même étrange ce concept de dette immunitaire qui ne s’épure jamais, malgré déjà 2 vagues d’infections à VRS depuis 2021, dont 1 intense fin 2021, et le retour de tous les virus « saisonniers » depuis près de 2 ans"...

  • Santé Pudique France - 28.10.22

    – réa : /2 en 4 semaines environ depuis le 17.10
    – dc : /2 en 3 semaines environ depuis le 22.10

    La moyenne hebdo dc de cette semaine est [sur]estimée à 68 morts/j - vs 72 semaine dernière ; c’est le justant, pour faire maritime.

    Avec un régresseur dc redécoupé au 22.10, les projections à début novembre donnent environ 50 morts/j pour défunts et 65 admins/j en réa ; et on repasse sous le niveau de bruit dc, après 3 semaines au dessus ; on devrait voir une surmortalité assez nette à l’insee sur presque tout le mois d’octobre.

    Y’a certes que 4 jours de support pour le régresseur dc et on peut toujours avoir une surprise ce week-end, mais disons que c’est [très] probablement plié pour celle là, bon débarras.

    Au final pour cette [petite] vague automnale :
    – pic réa le lundi 17 - 98 admis/j et descente à /2 en 4 semaines environ depuis
    – pic dc le samedi 22 - 78 morts/j et descente à /2 en 3 semaines environ depuis

    Sauf si ce qu’on constate là n’est qu’un effet des vacances de la Toussaint et que rebond à la rentrée :-)

    • La moyenne glissante 7 jours sur dc a bien identifié les décalages de déclarations des hostos le week-end : le pic dc était samedi dernier (en moyenne) et pas lundi-mardi comme pourrait le laisser penser les données brutes :-)

    • Oh ça monte. Oh ça descend. Oh ça remonte. Oh ça redescend.
      La vague ba5 a commencé en juin et s’est terminée en octobre. Les congés d’été ont permis de « flattened the curve » en cours de route. Mais on peut faire comme s’il s’agissait de deux vagues et que les vagues sont de moins en moins hautes.

    • @biggrizzly, ouais, ça montre, et après ça descend ; et c’est jamais pareil d’un coup sur l’autre ; moi ça m’intrigue, mais je suis p’tet un peu trop bon public ; en tout cas, j’ai pas vu de « pattern », ni d’explications de cette variété.

      Tu connaîtrais pas des épidémiologistes qui partageraient leurs vues pour métropole, avec une explication, même juste une interprétation à prendre avec des pincettes, de la dynamique et de ses causes probables, à chaque fois ?

      Pour cet été, peut-être les vacances ont aidé à flatten la courbe, p’tet pas ; l’été dernier ça a pas marché pareil, avec pourtant des grandes vacances et une vague estivale aussi ; le calendrier était décalé de un mois environ.

      Ceci dit, t’as p’tet une piste ; autant, depuis le début et quoi qu’on fasse ou pas, c’est les vacances de éducation nationale qui rythment les vagues.

      Pour les interprétations, j’ai l’impression que ça court pas les rues ; c’est peut être difficile à produire ; et puis j’ai l’impression aussi que c’est un non-sujet, paske « les français » en ont « marre du virus » ; c’est tellement has been, maintenant, ce covid :-)

    • @monolecte les chiffres que je trace sont les morts et les admissions réa, pas les incidences vaguement tirées des tests ; ni les hospi covid ; je peux pas croire que les hostos remontent des chiffres objectivement faux, ou à la louche, pour les morts et les réas, sous-test ou pas ; ça serait vraiment énorme , limite un truc à virer conspi ;

      à l’époque, C. Hill considérait que ces chiffres, réa et dc, étaient les seuls chiffres fiables pour se faire une idée de la dynamique de l’épidémie ; j’ai pas suivi ce qu’elle en dit depuis qu’on a gagné la guerre ; j’imagine qu’elle continue à suivre les mêmes, avec la même confiance, non ?

    • Je vais faire simple  : si on ne teste pas les gens, forcément, ils crèvent d’autre chose, ils vont à l’hosto pour autre chose. Genre, dans les hostos, la consigne est de ne pas tester les moins de 6 ans.

      Donc, on a explosion de bronchiolites.
      Sauf que la bronchiolite, c’est une étiologie (un tas de symptômes) et non une maladie.
      Et que quand on teste les bébés, ceux qui sont porteurs du virus habituel lié à la bronchiolite, ben, ça fait dans les 5 % du total.

      L’étiologie du covid, ça bouge à chaque variant, ça bouge même d’un patient à l’autre. En ne testant pas, on a des gens malades de plein de choses, comme des pneumonies aigües… mais ça peut être aussi des cardiopathies, des chiasses du turfu, des anomalies fonctionnelles sans cause déterminée, des problèmes cognitifs.

      Et je ne parle même pas des covid longs, qui sont traités en France comme le monstre du Lock Ness.

      La politique actuelle consiste à ne pas détecter le virus. À partir de ce WE, les labos ne transmettront plus les chiffres covid.

      Les travaux UK nous montrent à quel point le covid est sous-détecté en Europe. Nous avions le réseau Obépine qui montrait que le virus était en hausse constante depuis début 2022 dans les chiottes en France  : leur budget a été coupé.

      Nous sommes actuellement complètement aveugles et les chiffres actuels, hospi et décès compris ne veulent rigoureusement plus rien dire.

      https://twitter.com/C_A_Gustave est une bonne ressource, tout ce qu’il transmet est clairement sourcé.
      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1586029012345815041
      Le thread hebdo qui explique le décalage des données  : l’ONS 🇬🇧 croise les données des tests volontaires (comme nous) et celles de son enquête en population générale (on ne l’a jamais fait  : prendre un échantillon représentatif, tout tester et avoir donc l’incidence réelle dans la population).
      C’est édifiant.

    • sinon, un article pipole de Mircea qui se plaint de la situation en France

      Le problème est que, cette fois-ci, la France se retrouve la première à connaître la prédominance du nouveau (sous-)variant (BQ.1.1). On ne pourra donc plus compter sur les tendances observées Outre-Manche !

      et plus loin :

      TC : Qu’est-ce que cela peut avoir comme conséquences éventuelles pour cet hiver ? Des prévisions sont-elles encore possibles ?

      SA : C’est très difficile, car au-delà de la difficulté scientifique, les équipes de recherche en France n’ont quasiment plus de financements annuels de base (appelés « récurrents »), et de nombreux projets ont été refusés cette année. Bref, nous ne sommes plus en mesure d’explorer des scénarios prospectifs.

      https://seenthis.net/messages/977734

    • update : avec les chiffres [frelatés donc :-)] du jour de SPF, la descente est confirmée, avec un support de 10 jours pour dc ; et malgré le mini-bordel induit par la Toussaint sur les moyennes mobile ; on devrait repasser sous le niveau de bruit dc en novembre - surtout grâce à la hausse dudit niveau.

      l’insee a publié vendredi dernier ses chiffres provisoire jusqu’au 17 octobre ; septembre est quasi définitif ; octobre moins, mais on voit déjà une surmortalité assez nette se dessiner à partir de la dernière semaine de septembre et jusqu’a mi-octobre - même avec les chiffres provisoires, donc largement sous-estimée ; pour moi, c’est cohérent avec les chiffres SPF, qui sont globalement au dessus du niveau de bruit sur oct. et raduc début oct.

  • Santé Pudique France - 26.09.22

    – réa : x2 en un mois - depuis 15 jours
    – dc : toujours /2 en un mois - ou plat ?

    sur dc, la moyenne hebdo finit à 29 morts/j, soit +1 vs semaine dernière ; si la tendance à /2 en 33-34 jours est conservée, on sera vers 24 morts/j mercredi ; si c’est un début de plat, ben on restera à plat vers 30 morts/j

    • Ce seront des fragiles, qu’on ne croise que rarement. J’ai envie, ce matin, de désespérer de l’humanité. L’agence immobilière qui s’est installée à côté de mes locaux referme systématiquement les fenêtres du hall que nous partageons. Parce que, j’imagine, il fait froid, et que l’écologie, c’est de garder la chaleur en hiver. Hier, j’étais le seul masqué ou presque dans ma réunion de copro. Quelques voisins que j’avais prévenu que j’étais cas contact ont mis leur chirurgical. On s’est collectivement fait traiter de réactionnaires parce qu’on a voté contre la demande rétroactive d’un proprio de percer la façade de l’immeuble, et qu’on a voté simultanément le fait de l’assigner pour qu’il répare la façade. Mon nouvel alternant se mouche, éternue et tousse. Il met son masque. C’est déjà ça. Et il ouvre enfin la fenêtre de son bureau. Jusqu’à hier, il refermait systématiquement en arrivant. L’humanité apprend, visiblement, mais elle désapprend aussi vite. Tous mes échanges ces jours pour dire que oui, le covid est dans les collèges et lycées me donnent droit à cet air ahuri « oh c’est vrai ? mais... ».

    • pour les covid-longs, je pense qu’y a peu de chances que SPF publie ça un jour, c’est Santé PUDIQUE France, faut pas pousser ; le secret médical, touça touça :-)

      ceci-dit, on peut essayer de considérer que le nombre quotidien de cas officiel covid hospi total c’est la somme des dc+réa, et prendre 10% ? @monolecte @simplicissimus zen dites quoi ?

    • Son point 12/19

      Idem pour la surmortalité !
      On ne pourra pas l’attribuer à la COVID même quand elle en est la conséquence, puisque la documentation réelle des infections est défaillante...

      Je vois pas bien pourquoi ; les morts covid à l’hosto (probablement la majorité) sont bien comptabilisés de manière fiable (en théorie) ; ça devrait permettre d’attribuer la surmortalité au virus.

    • ça meurt sans être testé PCR, y a pas de lits, on ne savait déjà pas bien ce qu’il en était des morts covid à domicile en 2020, je vois pas pourquoi ça s’arrangerait. C-A.G. laisse entendre il me semble que les décès pourront être attribué au pif (grippe, cardio, mailaise respiratoire), puisqu’on doit essayer de remplir des cases mais pas de savoir. l’ambiance reality show, QCM et reporting détrempe sur tout le tableau social et existentiel.

      Vivre avec : l’ignorance est la première des libertés ; casser le thermomètre fait baisser la fièvre ; le covid long, c’est le monde d’hier.

      Allo docteur, l’information santé en vidéo
      https://www.allodocteurs.fr/covid-un-nouveau-vaccin-contre-les-sous-variants-ba4-et-ba5-33325.html

      Le vaccin, une version adaptée du vaccin originel à ARN messager, devrait être « plus efficace pour déclencher une réponse immunitaire contre les sous-variants BA.4 et BA.5 ». Ces sous-variants, certes plus bénins , sont bien plus transmissibles. Actuellement, ils représentent l’immense majorité des tests positifs.

      la dernière joke ? (en attendant un vaccin universel annoncé pour décembre ?), le gvt autorise des vaccins bivariants (diffusé à compter du 18/10) mais seul l’un d’entre eux cible le BA.5...

      nos rois marchent sur la tête et, sauf circonstances spéciales (40 ans de dictature en Iran, par exemple) shakespeare est pas reviendu

      #covid-19 #dépistage #covid-long

    • Plusieurs contacts m’ont confirmé que même si tu rentres à l’hosto avec des symptomes évocateurs, on ne teste plus… et on balance quand même en chambre double (pour les + chanceux), les autres pouvant spreader pépouses dans les couloirs.

      Pas de test, pas de virus, pas de pandémie, pas de décès pandémiques… Circulez, y a rien à voir.

      Et ça n’a l’air de déranger personne qu’on passe de «  les gosses sont covid-proof  » à «  ces petites saletés qui filent le covid à tout le monde  ».

    • ah ben si vraiment ils ne testent plus à l’hosto, ils ont dû changer leur manière de déterminer si c’est un covid ; genre, avec d’autres analyses qu’un pcr, p.ex. radio ou séro ; sinon, comment ils font pour compter les morts covid ?

      ça semble très improbable qu’ils publient des chiffres dc hospi au hasard, non ? (et ça ferait un belle perche aux conspis)

    • Ça ne veut pas dire qu’on ne teste plus du tout à l’hosto, ça veut dire qu’on sous-teste gravement. D’après les dernières études UK, c’est d’un facteur 25.

      En gros, en l’absence de protocoles, de normes, de procédures et surtout de volonté de tracer l’évolution réelle du covid, tous les chiffres de la chaine sont à prendre avec des pincettes.

      Si on sous-teste, même d’un facteur 10, à la fin, ça nous fait quand même beaucoup d’hospis ou de décès qui ne seront pas dans la bonne case.

      Un peu comme on va bien voir à quelle gymnastique nous allons assister d’ici un mois ou deux pour expliquer la forte surmortalité de cet été…

      On ne navigue même plus à vue.

  • Chez Mediapart, ils continuent à s’enfoncer dans la fange Stiegler-Damasio.

    Faut-il apprendre à vivre avec les microbes ? | Mediapart
    https://www.mediapart.fr/journal/france/090822/faut-il-apprendre-vivre-avec-les-microbes

    Face aux microbes, nous avons tendance à adopter des postures radicales à visée éradicatrice. Un réflexe ancré dans notre histoire et dans le langage utilisé pour parler des virus et des épidémies, soulignent des chercheurs, qui appellent à penser une autre approche des virus.

    • D’emblée, le discours dominant fut un discours guerrier. Lequel bientôt engendra une solution tout aussi martiale : celle du « zéro Covid », de l’élimination, voire de l’éradication.

      De fait, les microbes étaient là bien avant nous et sont aujourd’hui bien plus nombreux que toutes nos cellules réunies sur terre. Ils font même partie de nous : on abrite des centaines de milliards de microbes. Ils nous aident à digérer, à convertir nos aliments en nutriments et en énergie, à nous débarrasser des bactéries dangereuses. Ils sont également essentiels aux écosystèmes naturels, ils produisent la moitié de l’oxygène que nous respirons chaque jour, captent le CO2 que nous larguons dans l’atmosphère, enrichissent les sols, décomposent les polluants. « Et ils font le fromage et le saké ! », souligne Victoria Lee, qui a vécu en France et au Japon.

      (...) François Alla, professeur de #santé_publique à l’université de Bordeaux. Beaucoup ont eu du mal à faire leur deuil de cette idée que les vaccins puissent mettre fin à la pandémie. »

      #François_Alla

    • cette politique rédactionnelle conspi-compatible est également macrono-compatible.

      @C_A_Gustave
      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1556660646921601024

      Chaque ↘️↘️↘️ du risque d’hospitalisation est corrélée au déploiement de la primo-vaccination en 2021, ou des 3èmes doses fin 2021, et des D4 au printemps 2022.
      Mais les « rassuristes » et antivax préfèrent vous dire que c’est le virus qui est magiquement devenu un rhume

      #macronner

    • Cinq leçons à tirer de la pandémie (5/5) Analyse
      Faut-il apprendre à vivre avec les microbes ?

      Face aux microbes, nous avons tendance à adopter des postures radicales à visée éradicatrice. Un réflexe ancré dans notre histoire et dans le langage utilisé pour parler des virus et des épidémies, soulignent des chercheurs, qui appellent à penser une autre approche des virus.

      Lise Barnéoud

      9 août 2022 à 12h14

      « Nous sommes en guerre », avait martelé le président Emmanuel Macron dans son allocution du 16 mars 2020, à la veille du premier confinement. « Nous ne luttons ni contre une armée ni contre une autre nation, mais l’ennemi est là, invisible, insaisissable, et qui progresse. » D’emblée, le discours dominant fut un discours guerrier. Lequel bientôt engendra une solution tout aussi martiale : celle du « zéro Covid », de l’élimination, voire de l’éradication.

      Si cette ambition est aujourd’hui largement abandonnée (à part en Chine), elle aura marqué la première année de la pandémie. Or, pour certains chercheurs, il est grand temps de repenser notre rapport aux microbes.

      « Notre passion éradicatrice est une passion relativement moderne », commente Guillaume Lachenal, historien de la médecine. À l’époque de Pasteur, on s’appuie au contraire sur les microbes pour la fermentation ou pour contrôler les infections. C’est d’ailleurs le principe même du vaccin : on introduit volontairement dans l’organisme des pathogènes microbiens, en contrepartie de quoi on espère obtenir une sorte de trêve, un armistice.

      « Plutôt que de recourir à une stratégie de blocus (hygiénisme, désinfection, quarantaine, surveillance), les humains choisirent, de manière révolutionnaire, de passer un contrat avec leur Némésis. […] Une sorte de diplomatie élargie, déjà formulée en termes “d’immunité” : en échange de celle-ci, les humains accordaient un droit d’asile à quelques virus ayant l’obligeance de ne pas trop abîmer leurs hôtes », écrit l’historien des sciences Jean-Baptiste Fressoz dans sa publication « Comment sommes-nous devenus modernes ? ».
      © Photo illustration Mediapart

      Le grand tournant éradicateur vient plus tard, avec le développement des premiers insecticides, poursuit Guillaume Lachenal. « Notamment du DDT, au moment de la Seconde Guerre mondiale. C’est à partir de là que le mot éradication s’installe pour de bon dans la santé publique. » Le DDT, c’est ce pesticide chimique organochloré dont on a cru qu’il pourrait nous débarrasser des moustiques, et donc des maladies qu’ils transmettent, comme la fièvre jaune ou le paludisme.

      Le demi-siècle qui suit est celui des grands programmes d’éradication : fièvre jaune, paludisme, pian. Puis dans les années 60, le programme contre la variole. Et quelques années plus tard, ceux contre la poliomyélite, la dracunculose, la rougeole (évoqué puis abandonné) ou encore la stratégie « zéro sida », pour ne citer que les programmes contre les maladies humaines.

      Résultat ? Un seul est parvenu à son terme : celui contre la variole, officiellement éradiquée de la surface de la terre en 1980. « Et encore, fait remarquer Guillaume Lachenal, avec l’épidémie de Monkeypox, cousin du virus de la variole, on se rend compte que l’idée de vivre dans un monde protégé de cette famille de virus n’était qu’un rêve… »
      Sans microbes, pas de vie

      Autrement dit, l’histoire de la santé publique nous montre que se débarrasser d’un microbe n’est pas une mince affaire. En outre, ces programmes dits verticaux (qui ne visent qu’une seule maladie) coûtent extrêmement cher et mobilisent beaucoup de monde. Au point de porter préjudice à d’autres enjeux de santé mondiale, estiment certain·es expert·es. « Le programme de lutte contre la polio a permis une chute spectaculaire de l’incidence de cette maladie. Pour autant, l’objectif d’éradication de la polio à tout prix nous semble vain (la variole était un scénario assez idéal pour plein de raisons qui ne sont pas réunies pour la polio). Sa mise en œuvre draine énormément de ressources financières et humaines et cela déséquilibre un peu les programmes et les pays pour une maladie dont l’incidence est très faible », estime Emmanuel Baron, directeur général d’Epicentre (Médecins sans Frontières).

      « On devrait utiliser l’histoire pour penser une autre approche des microbes. Malgré toutes nos technologies, nous n’avons jamais réussi à gagner contre eux, analyse Victoria Lee, historienne des sciences à l’université de l’Ohio (États-Unis). L’éradication n’est pas durable, en partie parce que nous sommes constamment en relation avec le monde non humain. Dans l’idée traditionnelle et genrée de la nature comme passive et l’homme comme dominant, nous n’avons pas conscience de cette interrelation, et je pense que c’est l’une des raisons pour lesquelles l’éradication reste, erronément à mon avis, un premier réflexe et un idéal. »

      Cette spécialiste des relations entre les humains et les microbes a organisé un forum « contre l’éradication » en mai 2021 dans le cadre de son année de recherche à l’Institut d’études avancées de Paris. « L’objectif était d’explorer les autres façons de penser les microbes et de montrer qu’il est temps de passer à une autre approche que celle de la guerre systématique », explique la jeune chercheuse, qui met en avant les nouvelles recherches sur le monde microbien depuis les années 2000, « une véritable révolution » démontrant notre interdépendance avec le monde microbien. « Sans microbes, il n’y a tout simplement pas de vie ! »
      Les vaccins, une prouesse scientifique

      De fait, les microbes étaient là bien avant nous et sont aujourd’hui bien plus nombreux que toutes nos cellules réunies sur terre. Ils font même partie de nous : on abrite des centaines de milliards de microbes. Ils nous aident à digérer, à convertir nos aliments en nutriments et en énergie, à nous débarrasser des bactéries dangereuses. Ils sont également essentiels aux écosystèmes naturels, ils produisent la moitié de l’oxygène que nous respirons chaque jour, captent le CO2 que nous larguons dans l’atmosphère, enrichissent les sols, décomposent les polluants. « Et ils font le fromage et le saké ! », souligne Victoria Lee, qui a vécu en France et au Japon.

      Ainsi, une approche globale et sur le temps long de l’évolution ne peut souffrir une vision simpliste de l’ennemi microbien à abattre. D’une part, c’est extrêmement difficile voire impossible de les « vaincre ». D’autre part, toutes les espèces, qu’elles soient animales ou végétales, sont en constante relation avec le monde microbien, sans lequel nous ne pourrions survivre. « Le rôle de l’infiniment petit dans la nature est infiniment grand », disait Pasteur lui-même qui, au-delà des microbes pathogènes, travaillait également sur les microbes impliqués dans les processus de fermentation.

      La plupart des chercheurs qui ont pris part aux travaux sur le Covid n’ont pas cette approche « productive » des microbes. « Ils sont essentiellement centrés sur l’approche médicale, sur les microbes pathogènes, expose Victoria Lee. Il règne également dans ce milieu une confiance très forte dans la technologie et la science, avec cette idée qu’on peut de plus en plus contrôler et maîtriser la nature, et donc les microbes. »

      De fait, la mise au point, en un temps éclair, de vaccins efficaces représente une véritable prouesse scientifique et technologique. « Nous avons tous voulu croire qu’ils seraient notre ticket de sortie, retrace François Alla, professeur de santé publique à l’université de Bordeaux. Beaucoup ont eu du mal à faire leur deuil de cette idée que les vaccins puissent mettre fin à la pandémie. »
      La fin du zéro Covid

      Antoine Flahault, épidémiologiste et directeur de l’Institut de santé globale à la faculté de médecine de l’université de Genève, a fait partie des défenseurs de la stratégie zéro Covid jusqu’à l’automne 2021. « Je suis admiratif de l’éradication de la variole et un tenant de celle qui vise aujourd’hui la polio, d’où peut-être ma posture initiale sur le Covid, reconnaît aujourd’hui le médecin en santé publique. Dans ce genre de choix, c’est difficile de savoir ce qui revient aux racines profondes de notre culture scientifique et ce qui relève des observations factuelles… Je continue de penser qu’avant l’avènement des vaccins, le meilleur choix était de viser le zéro Covid. Mais aujourd’hui, avec les vaccins dont nous disposons et l’émergence de nouveaux variants très transmissibles, cette posture n’est plus tenable. Pire, elle est une forme de maltraitance vis-à-vis de la population qui dispose d’alternatives lui permettant d’éviter les confinements et les couvre-feux. »

      À côté des scientifiques, les politiques aussi ont eu, pour la plupart, ce réflexe guerrier et éradicateur. « L’avantage de ce genre de discours, c’est qu’il produit une mobilisation et permet d’obtenir un consentement de la population, analyse Guillaume Lachenal. Son côté spectaculaire met aussi en scène le maintien de l’ordre, c’est une sorte de ressourcement du pouvoir. » En 2020, en France, on se souvient des drones utilisés par la police pour surveiller le respect des mesures de confinement, des hélicoptères qui survolaient les espaces naturels pour y repérer les tricheurs, des plages désinfectées au Kärcher…

      Une autre explication à ce réflexe résiderait dans le langage utilisé pour parler des virus et des épidémies, estiment plusieurs chercheurs. Ces récits sont empreints d’une tonalité militaire : la « guerre », les « chasseurs » du virus, la « traque » du patient zéro... Même notre manière de parler des infections est particulièrement genrée : on parle des virus qui « pénètrent » nos cellules pour y « injecter » leur ADN et les « exploiter ».

      Or, « si la pensée corrompt le langage, le langage peut aussi corrompre la pensée », disait déjà George Orwell dans son roman 1984. « Ces récits ont des effets importants sur notre manière de voir les choses et influencent aussi les solutions apportées, en mettant l’accent sur les frontières, le contrôle, l’éradication, analysait Charlotte Brives, anthropologue des sciences et de la santé, chargée de recherche au Centre Émile Durkheim de Bordeaux (CNRS), lors d’une rencontre intitulée « Cohabiter avec les virus », organisée par La Manufacture d’idées en août 2020. Mais ce que ces récits laissent de côté, c’est comment prévenir et prendre en charge, c’est-à-dire toute la question de la santé publique. »
      Dégenrer et décoloniser

      Pour cette chercheuse spécialiste des relations hommes/microbes, il est pourtant possible de penser autrement le problème : « Un parasite strict ne peut être pensé sans son hôte, dans la mesure où son existence est rendue possible par les relations qu’il instaure avec lui. Ce que les virus nous obligent donc à penser, c’est moins la frontière entre le vivant et l’inerte que la nature fondamentalement relationnelle des entités biologiques », écrivait-elle dans un article publié en juin 2020 dans la revue Terrestre.

      Mais comment s’y prendre pour abandonner nos prétentions au contrôle, dégenrer nos récits sur les microbes et apprendre à vivre avec, ou plutôt à survivre aux microbes ? Au XIXe siècle, nous avons appris à vivre avec le virus du choléra en lançant d’immenses chantiers de gestion de l’eau : en évacuant puis en traitant (par des bactéries !) les eaux usées, ou encore en construisant des réseaux d’alimentation en eau potable. Petit à petit, les épidémies de choléra disparaissent grâce à cette hygiène de l’eau.

      Pour vivre avec un virus tel que le Sars-CoV-2, le chantier est ailleurs : puisqu’il s’agit d’un virus à transmission aérienne, il faut s’occuper de la qualité de l’air intérieur. Nous passons plus de 80 % de notre temps dans des lieux clos. Pourtant, rares sont ceux où la qualité de l’air est surveillée. Rares sont les lieux, même publics, où le renouvellement de l’air est suffisant. Le Code de l’environnement reconnaît le droit à chacun de respirer un air qui ne nuise pas à sa santé. Il est temps de passer des grands principes au concret.

      Lise Barnéoud

    • Les passages sur la posture « genrée » (viriliste, guerrière) de l’« éradication » des « microbes », c’est vraiment le pompon de l’inversion dégueulasse.

      Je suppose que Jacinda Ardern était dans l’imposition des stéréotypes masculinistes dans sa gestion de la pandémie, alors que Trump-Bolsonaro-Johnson étaient dans une posture d’inclusivité quasiment queer…

  • Mystérieuses hépatites chez des enfants. Deux nouvelles études avancent une explication
    https://www.ouest-france.fr/sante/mysterieuses-hepatites-chez-des-enfants-deux-nouvelles-etudes-avancent-

    Les deux études, qui n’ont pas encore été vérifiées par des pairs, ont conclu qu’une infection au Covid-19 n’était pas responsable. Le coronavirus n’a pas été détecté dans le foie des enfants malades étudiés, et la proportion d’entre eux présentant des anticorps contre le Covid-19 était similaire à celle des enfants non touchés par ces hépatites.

    Hourra ! Le covid est innocenté !!! Voilà qui va tous nous rassurer (non).

    Mon passage préféré, c’est la conclusion. Après t’avoir expliqué que la présence du covid dans le foie, c’était pas significatif, et t’avoir construit une théorie de concomitance de virus inconnus, ils t’expliquent que si ça a lieu maintenant, c’est à cause d’interactions complexes entre les confinements et la circulation habituelle des virus. Alors que les enfants concernés aujourd’hui sont des enfants qui ont moins de 5 ans, dont, par force, un certain nombre qui n’ont pas été particulièrement concernés par les confinements.

    Les scientifiques ne comprennent pas non plus clairement pourquoi ces cas apparaissent précisément maintenant. Une hypothèse est que les confinements liés au coronavirus aient eu une influence, par exemple en modifiant la circulation habituelle des autres virus, ou en empêchant les enfants de créer certaines défenses face à des virus auxquels ils ont été moins confrontés.

    A partir de quand on décide que ce genre d’articles et de recherches sont des « en service commandé » ?

  • #Covid-19 : ce que l’on sait des #réinfections
    https://www.lemonde.fr/sante/article/2022/07/13/covid-19-ce-que-l-on-sait-des-reinfections-en-5-questions_6134644_1651302.ht

    1 - A quoi ces #données correspondent-elles ?

    Les autorités françaises considèrent comme une « réinfection possible » les personnes déclarées positives au moins deux fois à au moins deux mois d’intervalle [bien que des cas à trois semaines existent]. Il faut garder en tête que les données concernant les réinfections demeurent des estimations partielles, avec plusieurs limites :

    ces estimations supposent que les personnes concernées aient effectué un dépistage à l’occasion de chacun des épisodes d’infection, ce qui est de moins en moins le cas ; [patiemment abrutis par le bruit, les approximations et les intox et poussés à se démerder comme ils peuvent] les Français lassés, se testent moins et usent plus d’autotests, dont les résultats de sont pas reportés dans SI-Dep ;

    les données étudiées par SPF s’arrêtent à la mi-juin 2022 ;
    elles n’incluent pas les réinfections de personnes contaminées aux premiers jours de l’épidémie, en raison de l’absence de système d’information spécifique avant mai 2020, mais surtout d’une évolution, au début de 2021, de l’étape de pseudonymisation appliquée aux données des patients testés avant leur transmission aux agences de surveillance comme SPF.

    [...]

    Notons enfin que la probabilité d’une réinfection est d’autant plus importante que la majorité des Français ont été contaminés au moins une fois. Quelque 32 millions de cas ont été recensés dans SI-Dep [si on ne compte pas les enfants et les autotests ]. La moitié d’entre eux concernent des épisodes d’infection survenus pendant les trois premiers mois de 2022, en lien avec l’arrivée et la diffusion d’Omicron.

    #test

    • Claude-Alexandre GUSTAVE, @C_A_Gustave
      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1547687861352165379

      1/41
      Petit thread pour illustrer à nouveau un point important sur la perception de la « virulence » de SARS-CoV-2, et pourquoi l’#échappement_immunitaire crée un biais+++ qui conduit à la mauvaise stratégie pour la suite...

      (...) En effet, la virulence intrinsèque peut être approchée, en évaluant la sévérité des infections chez les non-vaccinés... à condition qu’ils n’aient pas été immunisés par infection... Qu’on n’a pas documenté dans ~2/3 des cas !

      Avec la sous-estimation de 2/3, la virulence intrinsèque d’Omicron a été en réalité évaluée sur des cohortes considérées comme « immunologiquement naïves » car non-vaccinés, alors qu’une part significative d’entre eux avaient été immunisés par une infection non-documentée...

      L’Imperial College de Londres avait tenté de corriger ce biais dans sa 1ère évaluation de la virulence intrinsèque d’Omicron, sur des cohortes non-vaccinées, en tenant compte de la détection de seulement 1/3 des infections antérieures...

      L’ICL concluait que, comparé à Delta, BA.1 avait une virulence intrinsèque ↘️ de seulement 0 à -30% !
      C’est-à-dire, que sa virulence intrinsèque était soit identique, soit proche de celle de Delta 🤷‍♂️
      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1474214235311853585?s=20&t=jSbjvNYudvnb948k74OJKw

      Avec cette correction (1/3 des infections réellement détectées), ils estiment que l’immunité acquise via une infection antérieure ↘️ le risque d’hospitalisation de 55 à 70% ; mais que la variation de virulence intrinsèque d’Omicron ne ↘️ ce risque que de 0 à 30% 🤷‍♂️

      Ils expliquaient déjà que la ↘️↘️ observée sur le risque clinique liée à BA.1, était très majoritairement INDÉPENDANTE de sa virulence intrinsèque, mais principalement déterminée par le statut de « réinfection », c’est-à-dire par L’IMMUNITÉ ACQUISE PRÉCÉDEMMENT !

      Ceci a même été expliqué par les épidémiologistes de l’UKHSA 🇬🇧 !!!
      Mais apparemment ça n’est pas parvenu jusqu’aux oreilles des médecins « rassuristes » qui pensent toujours que le virus est devenu intrinsèquement bénin ! 🤦‍♂️

      Vous pouvez le voir dans le thread ci-dessous, en provenance directe des équipes de l’UKHSA 🇬🇧 :
      l’écart entre les points 🟢 clair et 🟢 foncé traduit la ↘️ de virulence intrinsèque estimée = mineur par rapport à la ↘️↘️↘️ du risque clinique ! 🤷‍♂️

      #immunité_acquise

  • Thread by C_A_Gustave on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1538263503487787008.html

    1/81
    Aujourd’hui, un thread enjoué pour parler de… mortalité COVID !
    Avec un indicateur dont on parle peu depuis le début de la pandémie = l’excès de mortalité.
    Indicateur très différent de la mortalité par COVID.

    .../...

    8/81
    Avant d’aller plus loin dans le thread, je rappelle que je ne suis pas épidémiologiste, que ce thread n’a pas vocation à modéliser quoi que ce soit, ou interpréter de façon formelle les données de mortalité (elles ne le sont que bien plus tard après consolidation)...
    9/81
    Le but du thread est plutôt d’amener le lecteur à réfléchir sur les indicateurs à notre disposition, présenter des points de prudence à garder à l’esprit quand on lit ces indicateurs, et inciter le lecteur à aller rechercher par lui-même toujours plus de données.
    10/81
    En reprenant les données de OWD (ourworldindata.org/coronavirus), j’ai essayé de vérifier si certaines affirmations en lien avec la mortalité COVID étaient fondées ou pas.
    Notamment, est-il vrai que les morts de la COVID allaient de toute façon mourir dans les mois suivants ???
    11/81
    En épidémiologie, la question que je viens d’évoquer peut être résolue par l’observation d’un « effet moisson ». Pour comprendre comment ça marche, il faut revenir à la définition de l’excès de mortalité...
    12/81
    Il s’agit de l’écart entre la mortalité « toutes causes » observée à une période donnée, et la mortalité « toutes causes » attendue d’après ce qui était observé avant la pandémie (dépend de la composition démographique, niveau sanitaire local…)
    13/81
    Quand une vague COVID provoque une vague de mortalité, l’excès de mortalité ↗️↗️ aussi.
    Ceci indique qu’il s’agit de véritables décès inhabituellement fréquents, et non pas des découvertes fortuites d’infection par SARS-CoV-2 lors de décès habituels induits par autre chose
    14/81
    « L’effet moisson », ce serait l’observation d’une SOUS-mortalité juste après la vague de SUR-mortalité. Autrement dit, un « effet moisson » se manifeste par un excès de mortalité qui devient négatif juste après la vague où il est devenu fortement positif...
    15/81
    La traduction en vie-réelle, c’est notamment que les décès survenus durant la vague de SUR-mortalité (ou une part d’entre eux), concerneraient des personnes qui seraient de toute façon décédées peu de temps après = durant la période où on observe un creux de SOUS-mortalité.
    16/81
    Dit autrement = on ne peut pas mourir 2x 😅
    Une 1ère fois prématurément durant la vague, puis à nouveau au moment où nous serions censés mourir selon paramètres démo/sanitaires usuels.
    D’où un « creux » de mortalité par absence de « morts » déjà décédés un peu plus tôt.
    17/81
    ATTENTION : ça c’est la théorie en version très simplifiée.
    Ci-dessous, un schéma pour illustrer "l’effet moisson", suivi de questionnements à garder à l’esprit quand on lit des courbes d’excès de mortalité...

    #pandémie #covid-19 #surmortalité #effet_moisson

    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1538263503487787008

  • En juillet 2021, le NERVTAG 🇬🇧 avait publié les scenarii possibles quant à l’évolution virale sur le long terme. #covid

    https://threadreaderapp.com/thread/1500148815722078213.html
    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1500148815722078213

    1/64
    En juillet 2021, le NERVTAG 🇬🇧 avait publié les scenarii possibles quant à l’évolution virale sur le long terme.
    Pour rappel, le NERVTAG est le conseil scientifique britannique spécialisé dans les infections respiratoires émergentes : gov.uk/government/gro…
    2/64
    Le 10 février 2022, ils ont publié une mise à jour de ces scenarii, enrichie des connaissances acquises avec les précédents variants :
    gov.uk/government/pub…
    3/64
    Tout d’abord, ils rappellent que l’apparente ↘️ de virulence d’Omicron BA.1 est « un coup de chance ». Cette caractéristique étant probablement absente des prochains variants... Image

    4/64
    Plusieurs raisons à cela :
    A) les virus n’évoluent pas nécessairement pour devenir moins virulents.
    Pour SARS-CoV-2 c’est encore plus faux car sa transmission survient avant les symptômes, et même si symptômes, l’infecté contagieux survit de nombreux jours...

    5/64
    Ainsi il n’y a aucune pression de sélection sur le paramètre « virulence » car la transmission se fait bien avant que la virulence ait « trié » les infectés et donc les variants (= l’hôte ne meurt pas avant de pouvoir transmettre son variant)...
    6/64
    O. VERAN devrait d’ailleurs lire ce rapport !
    Le Ministre de la santé use souvent de l’argument d’autorité pour dire « les pontes de la virologie nous disent que les virus évoluent pour devenir plus transmissibles mais nous faire moins mal »...
    Rien n’est plus faux ! Image
    7/64
    D’ailleurs, on voit déjà que BA.2 présente des caractères de virulence ↗️ par rapport à Omicron BA.1, puisqu’il infecte à nouveau fortement les alvéoles pulmonaires, induit de grands syncytia comme Delta :

    https://twitter.com/MarcGozlan/status/1494707181060599812?s=20&t=9OuZcZViBGb3PTUWc0HfMQ

    8/64
    De plus, chez l’Homme, la ↘️↘️ apparente de virulence d’Omicron BA.1 était essentiellement une illusion due à son échappement immunitaire lui permettant de circuler majoritairement chez des immunisés (donc à moindre risque de forme sévère) :

    https://twitter.com/yaneerbaryam/status/1489251231474147331?s=20&t=3hbPv0IiSbFxixxMq8Asvw

    9/64
    B) Autre raison évoquée par le NERVTAG : les variants successifs ne descendent pas les uns des autres mais sont des lignages indépendants !
    Ainsi, à tout moment nous pouvons être confrontés à un nouveau variant indépendant d’Omicron…
    10/64
    Ceci pourrait survenir par voie zoonotique = réservoir animal contaminé par l’Homme.
    Puis évolution virale non-documentée chez l’animal.
    Puis retour chez l’Homme par transmission animal -> Homme.
    Cette option est déjà suspectée pour Omicron :
    keaipublishing.com/en/journals/jo… Image
    https://www.keaipublishing.com/en/journals/journal-of-biosafety-and-biosecurity/news/researchers-discover-that-the-omicron-variant-may-have-originated-in
    12/64
    Il est important de garder à l’esprit que plus la pandémie progresse (le NERVTAG estime que 175 millions d’humains ont été infectés depuis l’émergence du virus), plus le virus a d’hôtes où se répliquer = ↗️ de diversité virale et ↗️ de + en + rapide... Image
    13/64
    Dans la section « supporting informations » (points 17 et suivants), le NERVTAG fournit un résumé très didactique des modes d’évolution virale sur le plan moléculaire (comment) et sur le plan épidémiologique (facteurs déterminant le remplacement d’un variant par un autre)... ImageImage

    14/64
    A partir du point 29, le rapport du NERVTAG détaille certains aspects moléculaires de l’évolution de SARS-CoV-2.
    Par exemple, avec son taux de mutation.
    Il est estimé à 1 mutation tous les 1 à 10 millions de nucléotides répliqués...
    15/64
    Sachant que le génome de SARS-CoV-2 contient ~30000 nucléotides, et que 1 infecté produit bien plus de 100 millions de copies virales au cours de son infection, la production de variants chez CHAQUE infecté est une certitude et une constante 🤷‍♂️ Image
    16/64
    Cette notion est connue de toujours sous le terme « quasi-espèces ».
    Elle traduit la diversité+++ du virus qui apparaît à l’échelle individuelle lors de l’infection, avec des conséquences cliniques via l’échappement à notre immunité par exemple :
    oatext.com/impact-of-sars… Image
    18/64
    Le NERVTAG évoque aussi l’évolution par recombinaison (spécialité des Coronavirus).
    Ses conséquences ne sont pas différentes de celles des mutations ponctuelles, mais la recombinaison provoque des changements de plus grande envergure dans le génome et donc plus « brutaux » Image
    19/64
    Le NERVTAG poursuit avec une mini-revue des évolutions déjà observées, en rappelant qu’elles ne sont pas sélectionnées pour aller vers moins de virulence (puisque la transmission est indépendante de la sévérité), voire au contraire conduire à un virus encore plus dangereux Image
    20/64
    L’émergence de nouveaux variants pouvant aussi modifier l’épidémiologie de la COVID en faisant évoluer ses modes de transmission.
    La transmission féco-orale évoquée par le NERVTAG a déjà été documentée pour SARS-CoV-2 depuis 2020 :
    sciencedirect.com/science/articl… Image

    21/64
    Le NERVTAG souligne la convergence évolutive des variants, avec une 1ère phase pandémique marquée par une ↗️ de fitness viral via une transmission de +en+ efficace :
    D614G, N501Y... et affinité ↗️ pour ACE2
    P681H... et fusion accélérée

    22/64
    Ce phénomène était annoncé depuis longtemps, notamment via un article évoquant la capacité de Spike à muter pour ↗️ son affinité pour ACE2 d’un facteur X600 !
    Ce qui indique que même aujourd’hui, le virus est encore loin de son optimum de transmission...

    23/64
    Le preprint datait de janvier 2021 :
    biorxiv.org/content/10.110…
    L’article a finalement été publié dans Nature en août 2021 :
    nature.com/articles/s4156…
    24/64
    Également une ↗️ du fitness intra-hôte via des mutations hors Spike, et associées à une accélération des rendements de réplication virale, ou encore à un échappement à l’immunité innée (notamment réponse interféron) ImageImage

    25/64
    La 2ème phase évolutive (actuelle) est marquée par l’échappement immunitaire du virus.
    Elle fait suite à la ↗️ d’immunité dans la population, ce qui ↗️ la pression de sélection en faveur des mutations qui ↘️ l’entrave immunitaire à la réplication/transmission...
    26/64
    Ce phénomène n’a pas de fin et se poursuit tant que le virus circule chez ses hôtes (et qu’il trouve donc un hôte où se répliquer/muter).
    Ceci est décrit pour les Coronavirus endémiques, comme par exemple 229E :
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/jbloom_lab/status/1339939720558563328?s=20&t=5Os0M3kWjJgwTze5u8Xhvw

    27/64
    Quand je dis « sans fin », c’est au sens littéral, puisque l’échappement immunitaire de 229E se poursuit de nos jours, alors que ce virus est apparu au 11ème siècle (lorsqu’il a divergé d’un autre Coronavirus endémique NL63) :
    ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…
    28/64
    Comme le NERVTAG le rappelle, la vaccination joue un rôle dans cette évolution car elle participe à l’immunisation de la population à grande échelle.
    MAIS, son implication est faible à nulle dans les variants actuels pour plusieurs raisons :... Image
    29/64
    Tout d’abord, tous les variants actuels (hors Omicron) ont émergé bien avant le déploiement de la vaccination 🤷‍♂️
    Pour Omicron, ses origines sont potentiellement chez l’animal, et avec une émergence humaine remontant à l’été 2021 en Europe ! Image
    30/64
    De plus, contrairement à l’immunité par infection, la vaccination n’induit que peu ou pas d’immunité au niveau des muqueuses (= portes d’entrée/sortie du virus).
    Que cette immunité soit cellulaire :
    Unroll available on Thread Reader

    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1433570077933199365?s=20&t=Iv54-4PQVPsEw7JpolMQYg

    Ou humorale : medrxiv.org/content/10.110… Image

    31/64
    Ainsi, 💉 présente 3 intérêts par rapport à l’immunité par infection :
    A) Peu/pas d’immunité des muqueuses via 💉 = peu/pas de pression sur transmission.
    Ainsi, 💉 n’↗️ pas la pression de sélection de variants à échappement immunitaire (↘️ transmission des autres variants)
    32/64
    B) La vaccination permet l’immunisation sans passer par l’infection.
    Ainsi, 💉 éviter une phase de réplication virale, ce qui ↘️ l’émergence de nouveaux variants (pas d’infection = pas de réplication = pas de mutation) 🤷‍♂️

    https://twitter.com/EricTopol/status/1425201397448941568?s=20&t=QWls9tdthj0EvjTQtYbuig

    33/64
    C) La vaccination permet d’éviter le risque individuel de COVID grave (contrairement à l’immunité par infection qui peut se solder par une COVID grave au cours de la phase d’immunisation), et surtout, aucun risque de transmission virale lors de la vaccination

    34/64
    Il faut bien comprendre que de toute façon, la quasi-totalité de la population sera immunisée (sauf nouveau-nés, immunodéprimés, et personnes isolées+++), même sans vaccination (par la simple progression du virus sur la planète)...

    35/64
    Une pression de sélection immunitaire sera donc INÉVITABLE à l’échelle planétaire, qu’on vaccine ou pas.
    Elle sera bien plus néfaste si elle est induite par une immunité via infection car :
    A) Ces infections induisent un impact sanitaire lourd...

    36/64
    B) L’immunité via infection induit une immunité des muqueuses, ce qui exerce une pression de sélection+++ sur la transmission virale (en ↘️ la transmission des variants couverts par cette immunité = avantage de transmission pour les autres variants capables d’y échapper)

    37/64
    C) L’immunité par infection implique une infection 😅.
    Ceci permet alors au virus de se répliquer et donc de générer de nouveaux variants, ce qui alimente l’évolution virale ! 🤷‍♂️ (cercle vicieux)
    38/64
    Le NERVTAG évoque aussi la pression de sélection via les mesures barrières.
    C’est le même « faux dilemme ». Si on les applique, on favorise mécaniquement les variants les plus transmissibles... Image
    39/64
    Mais si on ne les applique pas, alors on décuple la circulation virale avec :
    A) ↗️ de l’impact sanitaire
    B) ↗️ des infections = ↗️ des réplications = ↗️ des mutations
    C) Sélection naturelle des mutations les plus performantes pour la transmission/fitness Image

    40/64
    Le NERVTAG évoque aussi la pression de sélection via les lymphocytes T.
    Tout d’abord il convient de rappeler que les lymphocytes T ne sont pas le support de la protection contre la COVID...

    41/64
    C’est notamment suggéré par le bénéfice observé avec les 4èmes doses vaccinales VERSUS 3ème doses datant depuis >4 mois.
    Les « supporters » des lymphocytes T vantaient l’immunité pérenne après D3 via les lymphocytes T...
    42/64
    Ils peuvent aller se rhabiller puisque le risque de COVID grave/décès est ↘️ x3 à x4 après D4 versus D3 > 4 mois... Malgré la persistance des lymphocytes T spécifiques de SARS-CoV-2 (qui je le rappelle sont des cellules à très longue durée de vie)

    https://twitter.com/EricTopol/status/1487844688052711424?s=20&t=duJS2QPNY0NMibZbbcSstw

    43/64
    Cette méprise vient du même raisonnement erroné que pour les « cellules mémoires » censées nous protéger indéfiniment.
    C’est absurde puisqu’elles nécessitent plusieurs jours pour s’activer en cas de réinfection ; ce qui laisse trop de temps au virus pour se répliquer...

    44/64
    La protection immunitaire contre la COVID repose sur les anticorps neutralisants, les seuls à pouvoir empêcher d’emblée la propagation de l’infection et la réplication du virus, en l’empêchant d’entrer dans ses cellules-cibles 🤷‍♂️...

    45/64
    Ces anticorps neutralisants sont alors une source importante de pression de sélection... Ce qui est très différent pour les lymphocytes T !
    Ils ne peuvent pas agir directement sur le virus.
    Ils ne peuvent que tuer nos cellules infectées...

    46/64
    Ce faisant, ils ne détruisent/entravent pas seulement le variant qu’ils sont capables de reconnaître, mais TOUS les variants contenus dans la cellule tuée !
    Ainsi, les lymphocytes T n’exercent que peu ou pas de pression de sélection (pas d’entrave sélective d’un variant) 🤷‍♂️
    47/64
    Le NERVTAG pose également quelques perspectives à propos des thérapies préventives ou curatives.
    Notamment pour les futurs vaccins qui devront viser à bloquer la transmission virale (ce qui n’est pas le cas actuellement)... Image
    48/64
    Quant à l’anticipation de l’échappement immunitaire et mise à jour vaccinales, cela restera le point faible car :
    A) l’anticipation des mutations est impossible, de même que l’anticipation de leurs conséquences sur le virus et son hôte... ImageImageImage
    49/64
    B) En raison aussi des ressources très insuffisantes pour le testing et le séquençage à grande échelle (indispensable pour une surveillance et une anticipation suffisante de l’émergence/diffusion de nouveaux variants) Image
    50/64
    Le NERVTAG recommande donc d’œuvrer au renforcement des capacités de production vaccinale (la demande ne va faire que ↗️ au cours du temps et de l’évolution virale) ;
    ainsi qu’au recours PRUDENT et LIMITÉ aux antiviraux... Image
    51/64
    A propos des antiviraux, j’ai déjà exprimé mes réticences face au Molnupiravir en raison de son mode d’action (mutagène) :

    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1465071635111849992?s=20&t=zWaNFTerwwfJbzTHXcKoHw

    52/64
    Cet antiviral a d’ailleurs été rejeté par les autorités sanitaires françaises, au profit du Paxlovid...

    https://twitter.com/nicolasberrod/status/1469710951951781890?s=20&t=ujvjhoHvCa1n6RETox-UGg

    53/64
    A propos du Paxlovid, voici à nouveau mon thread.
    J’y évoquais la nécessité de limiter son déploiement aux seules populations ne pouvant être vaccinées, ou immunodéprimées, afin de limiter sa pression de sélection et ainsi préserver son efficacité

    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1491470648853544969?s=20&t=2JH-bRCuW9Ft7OsIV1KN2w

    54/64
    Le NERVTAG insiste également sur le risque+++ de sélection de variants résistants à ces antiviraux suite à leur déploiement. ImageImage
    55/64
    Le NERVTAG évoque enfin des tendances évolutives déduites des observations chez l’animal (où bcp plus de Coronavirus sont documentés) :
    A) échappement immunitaire et mise en péril de vaccinale (= ↘️ de la durée de protection ; voire inefficacité si échappement total) Image
    56/64
    B) Possibilité d’émergence de mutations capables d’↗️ la virulence et/ou changer les organes cibles de l’infection : Image

    57/64
    C) Le danger des vaccins atténués/inactivés.
    Contrairement à ce que bcp de réfractaires à la vaccination ARNm ont pu demander, les vaccins dits « classiques » (inactivés/atténués) sont certes plus simples et anciens, mais potentiellement plus dangereux...
    58/64
    D’une part parce que l’ADE ("maladie renforcée par les anticorps") a été décrite avec ces vaccins inactivés/atténués (exemple du VRS dans les années 60) ;
    d’autre part parce qu’ils fournissent une source de recombinaison virale à l’origine de nouveaux variants Image

    59/64
    Sur la base de toutes ces données, le NERVTAG propose 4 scenarii pour l’évolution de la pandémie sur le moyen/long terme...
    60/64
    Scénario 1 = évolution vers un profil similaire au SRAS-CoV (2003) ou au MERS-CoV ImageImage
    61/64
    Scénario 2 = évolution vers un échappement immunitaire complet.
    Quid du délai ? (plus la circulation virale est tolérée à haut niveau, plus ce délai ↘️).
    Rejoint la situation où on refuserait les rappels vaccinaux réguliers (= ↘️↘️ de l’immunité acquise) ImageImageImageImage
    62/64
    Scénario 3 = émergence de variants résistants aux thérapies antivirales.
    Déjà le cas pour les anticorps monoclonaux (mAbs).
    Peut se superposer aux autres scenarii. ImageImage
    63/64
    Scénario 4 = évolution vers virulence ↘️
    Improbable car :
    A) transmission de SARS-CoV-2 avant apparition des symptômes (donc indépendante de la virulence)
    B) nécessite adaptation virus/hôte (absence de lésions/réponse immunitaire) = LONG+++ (seulement si possible 😅) Image

    64/64
    Contrairement aux médias qui vous parlent « d’apocalypse nucléaire » tous les jours, ce n’est pas du « fear mongering » !
    C’est simplement un document qui offre un peu de visibilité sur la suite de la pandémie.
    Savoir où l’on va est toujours préférable.

    • • •
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  • Le cul. Les ronces. La jungle… #covid #coronavirus #pandémie
    https://threadreaderapp.com/thread/1492128255230586884.html

    La situation épidémique danoise 🇩🇰 montre peut-être ce que sera la suite des évènements en France 🇫🇷, après le 28 février et l’abandon du masque en lieux clos (soumis au pass vaccinal 🤷‍♂️ !?).

    • 2/28
      Mais on n’interprète JAMAIS un nombre de cas recensés sans avoir en parallèle le nombre de TESTS effectués (taux de dépistage) et le TAUX DE POSITIVITÉ de ces tests !
      Et là on voit que c’est la demande de tests qui ↘️, tandis que le taux de positivité continue sa ↗️ Image
      3/28
      L’envolée des contaminations est clairement associée à l’arrivée du lignage Omicron.
      A partir des données de OWD (ourworldindata.org/coronavirus), le lien est flagrant. Image
      Coronavirus Pandemic (COVID-19)
      Country-by-country data and research on the pandemic. Updated daily.
      https://ourworldindata.org/coronavirus
      4/28
      MAIS, tandis que c’est le variant Omicron (BA.1) qui a amorcé cette nouvelle vague, il est en cours de remplacement rapide par le variant BA.2
      Il s’agit toujours du lignage Omicron, mais aussi distant de BA.1 que BA.1 l’était de Delta !
      covid19genomics.dk/statistics Image
      https://www.covid19genomics.dk/statistics
      5/28
      BA.2 est 1,5x plus transmissible que le variant Omicron (soit par ↗️ d’affinité pour nos cellules, ou par ↗️ d’échappement immunitaire, ou les 2).
      Mais on sait déjà qu’il évolue rapidement aussi par acquisition de nouvelles mutations :

      https://twitter.com/Gab_H_R/status/1492078029002219524?s=20&t=tAMZ1S_tLKlj2qfWbDRRBg

      6/28
      On vous a dit « ce n’est pas grave... Omicron est bénin ».
      Et pour vous en convaincre, on a focalisé votre attention sur le RATIO entre cas détectés et hospitalisations/décès.
      En vous disant « le ratio a ↘️↘️↘️ ».
      Mais on oublie au passage 2 paramètres déterminants...
      7/28
      Tout d’abord la transmissibilité !
      Si un ratio d’hospit/décès ↘️, le nombre total d’hospit/décès peut cependant fortement ↗️ si les contaminations ↗️↗️.
      Et c’est précisément le cas avec Omicron !
      Si on regarde les hospitalisations (admission et « stock »), c’est flagrant : ImageImage
      8/28
      Et si on regarde les décès, on voit un taux de mortalité qui ne cesse de ↗️ sous la vague Omicron, et au 10/02/2022, il atteint 67% du pire niveau atteint depuis le début de l’épidémie danoise 🇩🇰 Image
      9/28
      Il faut bien comprendre que le pire taux de mortalité avait été atteint le 21/01/2021, donc AVANT le déploiement des 💉.
      Désormais, ils s’en rapprochent MALGRÉ un taux de 💉 parmi les plus élevés du monde !
      Pourquoi ?
      Parce qu’ils laissent les contaminations exploser🤷‍♂️ Image
      10/28
      On l’a dit/redit, Omicron n’est pas moins virulent que les variants précédents.
      Une revue de littérature l’a confirmé.
      Son apparente ↘️ de sévérité (seulement -25% par rapport à Delta) n’est due qu’à sa capacité d’échappement immunitaire :
      Unroll available on Thread Reader

      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1489266853641863172?s=20&t=Nv5_19dxMsgCwEQ5VfEPzw

      11/28
      Cet échappement immunitaire lui permet de provoquer des infections symptomatiques chez des patients déjà immunisés, et donc dotés d’encore assez d’anticorps neutralisants pour ↘️ leur risque de formes graves/décès...
      12/28
      Mais cela ne fonctionne que si l’immunité est complète et récente.
      C’est malheureusement ce qui vaut à Israël 🇮🇱 une vague Omicron sévère.
      Les 3èmes doses 💉 ont 4/5 mois d’ancienneté en plus par rapport à celles du 🇩🇰, donc une immunité qui a ↘️ pendant 4/5 mois de plus ! ImageImage
      13/28
      Or on sait désormais que la protection immunitaire contre Omicron ↘️ à même vitesse après 3ème et 2ème doses.
      Le PHE 🇬🇧 l’a encore confirmé dans son « vaccine surveillance report », avec une protection qui ↘️ bcp plus vite que contre Delta
      assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… ImageImage
      14/28
      Notez qu’il s’agit de l’efficacité contre les hospitalisations (formes sévères).
      On note que 10 à 14 semaines (70 à 98 jours, ou ~3 mois) après la 3ème dose, la protection à l’échelle populationnelle n’est plus que de ~75% au lieu de ~90% à 1 mois post 3ème dose...
      15/28
      Contrairement à ce que bcp ont prétendu, cette protection ne dépend pas des Ly T ou des cellules mémoires, mais bien des ANTICORPS NEUTRALISANTS ; à tel point que les données de vie réelle concordent+++ avec les modélisations faites à partir des taux d’anticorps !
      16/28
      Le 16/12/2021, l’Imperial Collège de Londres avait déjà établi un modèle anticipant cette ↘️ d’efficacité contre Omicron après 3ème dose.
      Et à 3 mois post-3ème dose, ils obtenaient une efficacité de... ~73% ! 🤷‍♂️
      imperial.ac.uk/media/imperial… Image
      17/28
      Cette ↘️ de protection va se poursuivre, or la circulation virale va également continuer !
      Si on relâche la vigilance et qu’on refuse les futurs rappels vaccinaux... Nous savons vers quelle nouvelle crise sanitaire/hospitalière nous allons 🤷‍♂️ Image
      18/28
      Si on revient aux données épidémio danoises 🇩🇰, on voit aussi un autre élément d’interrogation concernant les données de réanimation.
      Durant les premières semaines de vague Omicron, les indicateurs de réa ont ↘️ malgré une forte ↗️ des hospitalisations... ImageImage
      19/28
      Le Danemark 🇩🇰 ne fournit pas de taux d’admission en réa à OWD (uniquement le « stock » de patients).
      On note une nouvelle ↗️ récente du « stock », ce qui traduit une ↗️ rapide des nouvelles admissions en réa.
      Il faudra voir si c’est lié à BA.2 ou non...
      20/28
      Mais l’interrogation vient de la comparaison entre indicateurs de réanimation et taux de mortalité !
      Alors que le « stock » en réa a ↘️, la mortalité ne fait que ↗️ et semble plutôt corrélée à l’évolution des indicateurs d’hospitalisation ! ImageImageImage
      21/28
      Je ne sais pas interpréter cette discordance réa/décès.
      Est-ce un triage des patients ?
      Si les contaminations Omicron avec forme grave de COVID concerne des patients >75/80 ans, et/ou très fragiles, ils ne sont de toute façon pas admissibles en réa...
      22/28
      Est-ce une politique de soins visant à préserver les capacités de réa pour les autres activités de soins ?
      Dans ce cas, les COVID graves sont soit maintenus en hospitalisation conventionnelle, soit mis en palliatif à domicile ?...
      23/28
      Est-ce lié à des ressources limitées en réanimation ?
      Il faut savoir que le Danemark 🇩🇰 est nettement moins doté que la France 🇫🇷 par exemple.
      Les données de OWD montrent que l’indicateur « hospital beds per thousand » est à 5,98 pour 🇫🇷, mais seulement 2,5 pour 🇩🇰...
      24/28
      Le 🇩🇰 a donc des capacités hospitalières 2,4x fois plus restreintes qu’en 🇫🇷, et cela a forcément un impact sur sa politique sanitaire et les choix de Santé Publique.
      Cela peut potentiellement conduire à désormais limiter les admissions en réa pour COVID...
      25/28
      Surtout si on se place dans le récit de « l’endémisation » qui impliquera donc une tension hospitalière très élevée et pérenne.
      Le 🇩🇰 fait donc peut-être des choix dans la prise en charge des malades ; comme il fait le choix de laisser les contaminations exploser...
      26/28
      Bref, tout ça pour dire que sur le plan sanitaire, on est très loin d’être sortis des ronces.
      Sur le plan sociologique, c’est très différent.
      Entre le contexte électoral, et les notes d’alerte sur les mouvements protestataires radicalisés, l’urgence est au déni sanitaire...
      27/28
      Tant pour satisfaire les futurs électeurs, que pour tenter de calmer les agités du bocal qui commence à organiser des actions qui semblent alerter les services de renseignements.
      Il faut donc prétendre que « tout va bien » et lever toutes les mesures...
      28/28
      Mais pour éviter les futures mauvaises surprises, n’oubliez pas que c’est uniquement par choix politique, à des fins sociologiques et pas sanitaires, et en réponse à la contestation populaire.
      La pandémie poursuit sa route, et le virus son évolution 😉

    • https://theconversation.com/variant-omicron-ba-2-quavons-nous-appris-de-lui-jusqua-present-1765

      En quoi BA.2 est-il différent ?

      Bien que les premières séquences de BA.2 aient été soumises par les Philippines – et que des milliers de cas d’infection par ce variant aient été observés, y compris aux États-Unis, au Royaume-Uni ou en Australie – son origine précise demeure inconnue.

      Ses propriétés font également l’objet de recherches. Bien qu’il n’existe pour l’instant aucune preuve qu’il provoque des formes plus graves de la maladie, plusieurs choses préoccupent les scientifiques.

      1. BA.2 est plus difficile à différencier

      L’un des marqueurs qui permettait de différencier Omicron version BA.1 des autres variants du SARS-CoV-2 lors des tests PCR était l’absence, dans les résultats desdits tests, du signal correspondant au gène S (on désigne cette absence de détection par l’acronyme SGTF, pour « S gene target failure »). Mais ce n’est plus le cas pour BA.2.

      L’incapacité de détecter ce sous-lignage de cette façon a mené certaines personnes à le qualifier de « sous-variant furtif ».

      Cependant, cela ne signifie pas que nous ne pouvons plus utiliser les tests PCR pour détecter BA.2. Cela signifie simplement que les échantillons testés positifs doivent désormais être séquencés pour déterminer à quel variant nous avons affaire. Cela prend davantage de temps, mais c’était déjà le cas avec les variants précédents.

      2. BA.2 pourrait être plus infectieux

      Ce point est peut-être plus préoccupant : des preuves indiquant que BA.2 pourrait être plus infectieux que l’Omicron originel (BA.1) s’accumulent.

      Une étude préliminaire réalisée au Danemark, où BA.2 a largement remplacé BA.1, suggère que la susceptibilité à l’infection des personnes non vaccinés a augmenté (elle est un peu plus de deux fois supérieure à ce qu’elle était avec BA.1).

      En outre, selon ces travaux, les personnes entièrement vaccinées (deux doses) sont 2,5 fois plus susceptibles de contracter BA.2 que BA.1. Cette susceptibilité à BA.2 est presque trois fois plus importante pour les individus qui ont reçu une troisième dose (les auteurs précisent que chez les personnes qui ont reçu cette troisième dose, la susceptibilité et la transmissibilité est réduite par rapport aux personnes qui n’ont reçu que deux doses, ndlr) .

      J’ai l’impression que la ndlr contredit les propositions énoncées juste avant, mais je me trompe sûrement.

    • @sombre en effet la ndlr porte à confusion...

      Pour ce que j’en comprends, ce dernier paragraphe évoque le facteur de risque « relatif » : dans le cadre de cette étude les personnes vaccinées à deux doses ont été 2,45 fois plus susceptibles de contracter BA.2 que BA.1 ; les vaccinées à trois doses 2,99 fois plus susceptibles.
      Cependant le risque « absolu » de contracter l’un ou l’autre des variants est toujours réduit pour les personnes vaccinées, et d’autant plus pour celles qui ont reçu une troisième dose.

      Pour illustration voir page 31 de l’étude : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1.full.pdf#page=31
      Dans la première rangée, on voit clairement le bénéfice de la vaccination à deux ou trois doses, sur le risque de l’attraper (qui est accru avec BA.2) ainsi que de le transmettre (qui est réduit avec BA.2).

      Et une lecture plus claire et détaillée de cette même étude : https://www.medpagetoday.com/infectiousdisease/covid19/96973

  • Israël est en train de prouver qu’on peut faire encore pire que la France en terme de contaminations quotidiennes :

    et alors qu’ils s’étaient déjà pris une méchante vague à l’automne dernier, en quelques jours à peine la nouvelle vague envoie les gens massivement en réanimation :

    et va réussir à tuer plus de gens que les précédents épisodes :

  • Info ou intox | COVID-19, attention aux fausses informations
    https://unric.org/fr/covid-19-info-ou-intox

    Pas besoin de vaccin si j’ai déjà eu la COVID.

    INTOX. Une infection au COVID-19 développe une réponse immunitaire qui varie d’une personne à l’autre. La force et la durée de cette réponse, et la manière dont elle varie selon les personnes, sont toujours à l’étude. 

    Même si l’on a déjà eu la COVID-19, le vaccin agit comme un rappel qui renforce la réponse immunitaire. Il est également arrivé que des personnes soient infectées par le SARS-CoV-2 une seconde fois, ce qui rend la vaccination encore plus importante.

    C’est un des points aveugles des nombreux tableaux qu’on nous montre : on compare systématiquement le nombre de cas graves rapporté aux non vaccinés, aux vaccinés deux doses, et désormais aux vaccinés trois doses. Mais je ne trouve jamais l’évaluation du niveau de protection des gens qui ont fait un Covid (disons depuis moins de six mois) contre les formes graves et les décès.

    Parce que le fait qu’une précédente contamination ne protège pas efficacement contre une re-contamination, ça OK, mais le vaccin non plus, et avec Omicron c’est très clair. En revanche on insiste bien sur le fait que la vaccination protège très efficacement contre les formes graves et le décès. Par contre, quel est le niveau de protection contre ces formes graves et décès que conférerait une précédente contamination, ça je ne le vois jamais.

    • Par exemple, sur la gravité d’Omicron, il a été initialement suggéré plusieurs fois que peut-être qu’Omicron « semblait » moins virulent parce qu’il réinfectait des gens qui avaient déjà eu le virus, et donc étaient ainsi protégés contre les formes graves, dans des pays où les premières vagues avaient circulé assez librement (Afrique du Sud, Grande-Bretagne). Cette idée semble désormais invalidée, mais n’empêche : cela signifie qu’on estime qu’une précédente infection devrait protéger contre les formes graves.

      Mais je ne trouve aucune estimation de l’« efficacité » d’une telle protection, comparée à une vaccination en bonne et due forme. (Je ne parle évidemment pas des risques encourus, ni de l’aspect moral de faire contaminer massivement sa population avec un virus encore totalement inconnu il y a tout juste deux ans.)

    • @monolecte Oui, mais a priori là on parle de « simple » recontamination. Ce que j’aimerais savoir, c’est à quel point ces gens qui ont fait un Delta sont protégés contre les formes graves et le décès d’une nouvelle infection. (De la même façon qu’il est désormais acquis que des gens vaccinés trois doses sont relativement facilement contaminés par Omicron, mais sont très bien protégés contre les formes graves et le décès).

    • Apparemment, le variant B2 est proche d’être majoritaire au Danemark, et les premières publications au sujet des réinfections B2 suite à B1 commencent aussi à dire que ça existe.
      Finalement, c’est pas tous les 6 mois qu’on va se faire réinfecter. Mais peut-être bien tous les deux mois... avec de la « chance ». :-) Ca va être cool. On aura en permanence son pass vaccinal, encore mieux qu’avec la vaccination.
      Il faut vraiment qu’on envisage d’affréter un charter pour la NZ...

    • https://www.mesvaccins.net/web/news/18284-duree-de-l-immunite-anti-covid-des-donnees-de-plus-en-plus-precise

      [30 oct. 2021 donc avant omicron qui change la donne : immunité par infection semble efficace contre formes graves et plus pérenne que par vaccination [edit : évidemment à condition d’avoir échappé au covid long, à l’hosto ou au cimetière]]

      Deux récentes études se sont intéressées à l’immunité persistant chez des personnes ayant présenté une infection par le SARS-CoV-2, qu’elle ait été inapparente ou symptomatique. La première, assez complexe, a suivi des professionnels de santé du CHU de Strasbourg jusqu’à 14 mois après la date de leur infection (1). Elle met en évidence la persistance d’anticorps anti-protéine S du virus (plus précisément contre le domaine de fixation au récepteur, RBD), dont on sait qu’ils contribuent à la protection contre l’infection ou à la guérison, à des taux considérés comme efficaces, chez près de 60 % des personnes suivies un an après l’infection. La diminution du taux de ces anticorps dans le temps est par ailleurs plutôt lente, en comparaison avec celles des anticorps anti-protéine N du virus, plus rapide et importante. L’étude montre par ailleurs une protection effective des personnes immunes contre la réinfection et contre les formes graves d’infection durant l’année qui suit l’infection initiale : l’incidence des infections-réinfections n’a été que de 0,40 pour 100 personnes-années dans le groupe des convalescents, contre 12,22 pour 100 personnes-années dans le groupe des personnes n’ayant pas précédemment été infectées.

    • … d’autant plus difficile à dire sans doute qu’aujourd’hui c’est chaud de trouver des immunités non croisées infection/réinfection/1/2/3 doses et avec différents variants concernés …

      et l’inévitable et désespérant Pr Logos à propos d’omicron le 10 décembre :

      Quand aux croyants dans l’idée que l’immunité naturelle est de bien meilleure qualité que l’immunité induite, il faudrait intégrer que la province de Gauteng est autour de 70% de prévalence.
      https://www.nicd.ac.za/wp-content/uploads/2021/11/SACMC-Fourth-wave-report-17112021-final.pdf

    • Y a des gens qui racontent se faire + tabasser en janvier qu’il ne l’étaient en décembre.

      Il semble aussi que le virus ne s’attaque pas toujours aux mêmes organes selon les gens ou les versions. Où, pourquoi, comment  ? on n’en sait foutre rien. Il y a des cas où il attaque directement le système immunitaire. Je doute que pour ces gens-là, ce soit une protection pour l’avenir.

      La variabilité des configurations fait que tu ne peux juste pas généraliser. Ce qui est avantageux pour Tartampion est potentiellement mortel pour Bidule. Devant ce degré d’instabilité et d’incertitude, je maintiens le cap  : échapper à cette merde whatever the cost .
      Parce que rien ne te dit que ce qui a fait éternuer une fois ta voisine ne va pas te crever en moins d’un mois.

    • Toujours signalé par le même, à propos de l’immunité acquise contre d’autre variants après infection par omicron (BA.1) :

      We found high neutralizing antibody titers against all variants for vaccinated individuals after BA.1 breakthrough infection or for individuals after infection with a pre-omicron variant followed by BA.1 infection. In contrast, samples from naive unvaccinated individuals after BA.1 infection mainly contained neutralizing antibodies against BA.1 but only occasionally against the other variants.

      https://doi.org/10.1101/2022.02.01.22270263

    • Pourquoi la vaccination protégerait-elle mieux que l’immunité « naturelle » (par infection) contre les formes graves de covid :

      https://www.nature.com/articles/s41586-022-04702-4

      Claude-Alexandre Gustave
      https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1512192709666160647

      Le problème est que SARS-CoV-2 est un virus à ARN dont le brin d’ARN est à « polarité positive ».
      En clair, ça signifie que son brin d’ARN peut être directement utilisé par nos cellules comme un ARNm permettant la création de nouveaux virions complets et fonctionnels 😬... 7/17

      Ainsi, en présence de ces anticorps non-neutralisants (capables de se fixer sur le virus sans l’empêcher de proliférer), SARS-CoV-2 accède à tout un panel de nouvelles cellules qu’il ne pourrait pas infecter seul.
      Les macrophages sont une cible+++... 8/17

      En permettant l’infection de ces macrophages, le mécanisme dépendant des FcGammaR pourrait être une des causes menant à la survenue de covid sévère via une dérégulation de la réponse inflammatoire à partir de ces macrophages infectés... 10/17

      Petite précision : la vaccination s’oppose à ce phénomène pour une raison simple... Elle n’immunise que contre Spike, avec donc quasiment que des anticorps neutralisants qui empêchent la prolifération virale quand ils se fixent au virus... 11/17

      Au contraire, l’infection induit la production de nombreux anticorps NON-neutralisants, dirigés contre les protéines M, N... qui sont non seulement incapables de bloquer l’invasion virale, mais qui peuvent aggraver la maladie... 12/17

  • Claude-Alexandre GUSTAVE sur Twitter : https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1482036196779958284

    « Les 2 virus [ceux de la #rougeole et du #COVID-19] ont des capacités d’échappement immunitaires incomparables. #SARS-CoV-2 = virus émergent, début de son histoire évolutive, #Omicron n’est que le 1er #variant à échappement immunitaire. Le virus peut encore ↗️ sa transmission et échappement.

    Pour la rougeole, ce n’est pas le cas. Le virus a déjà atteint son optimum de "fitness" et toute mutation associée à l’échappement immunitaire fait ↘️ ses capacités de transmission chez l’Homme = pas d’échappement immunitaire pour la rougeole. »

  • (1) Claude-Alexandre GUSTAVE sur Twitter : "1/18 Juste un petit thread pour illustrer la petite musique qui monte ("il faut laisser Omicron diffuser dans la population, on aura l’immunité collective", « il faut vivre avec de toute façon »)..." / Twitter
    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1481650539309920261

    Juste un petit thread pour illustrer la petite musique qui monte ("il faut laisser Omicron diffuser dans la population, on aura l’immunité collective", « il faut vivre avec de toute façon »)...

  • Rappel bien utile sur les #tests par Claude-Alexandre Gustave, feu le compte twitter :

    https://twitter.com/C_A_Gustave/status/1470738091640082437

    Depuis les recos du Conseil scientifique hier, à propos des tests avant les fêtes de fin d’année, on constate une lourde désinformation/dérive sur l’usage des différents types de tests !

    Alors on rappelle la base :

    Les AUTOTESTS (= tests antigéniques sur auto-prélèvement NASAL) = la plus faible sensibilité et spécificité

    NE DOIVENT PAS être utilisés si :

    A) Symptomatique
    ET/OU
    B) cas-contact d’un infecté

    Si vous êtes dans un de ces 2 cas (sympto ET/OU contact), vous devez effectuer :

    A) un test RT-PCR (test de référence)
    OU
    B) un test antigénique (si pas d’accès rapide possible à une RT-PCR)

    MAIS...

    Dans le cas des tests antigéniques (sur prélèvement NASOPHARYNGÉ réalisé par un PROFESSIONNEL), vous ne devez pas être symptomatique depuis plus de 4 jours !!!

    Et dans TOUS LES CAS, tout autotest et tout test antigénique POSITIF doit conduire à la réalisation d’une RT-PCR dans les 24h pour :

    A) confirmation du résultat (RT-PCR prévaut)
    B) déclaration SI-DEP
    C) contact tracing
    D) criblage / séquençage (quel variant ?)

    Et dans TOUS LES CAS, on n’attend pas le résultat du test pour s’isoler !!!

    L’isolement c’est :

    A) DÈS l’apparition des symptômes
    OU
    B) DÈS la notion de contact à risque

    Enfin, un test négatif n’exclut pas d’être porteur du virus (prélèvement mal fait et/ou trop précoce et/ou variant mal détecté...). Donc un test nég (d’autant plus si c’est un simple autotest), ne DOIT PAS dispenser des mesures barrières :
    – masque
    – ventilation+++