Criblage, pas séquençage (27.02.21)
▻https://www.lesechos.fr/idees-debats/sciences-prospective/pourquoi-le-sequencage-du-virus-est-primordial-dans-la-lutte-contre-lepidem
4) Quelles différences entre criblage et séquençage ?
Le criblage n’est pas le séquençage. C’est une opération bien plus partielle, qui ne permet que d’identifier des variants déjà connus. Le criblage n’est pas pour autant sans intérêt. [...]
et question volume :
3) Où en est la France ?
[...] Sur l’ensemble des personnes testées positives au coronavirus en France, environ 0,15 % ont fait à ce jour l’objet d’un séquençage.
Même si de nombreux autres pays sont à la traîne, comme l’Allemagne et l’Italie, cette proportion contraste avec des pays pratiquant un séquençage plus intensif comme le Danemark - 20 % - et le Royaume-Uni - 5 %.
Les tests de criblage sont des tests RT-PCR « en deuxième intention » - donc 2eme prélèvement, si 1er test positif - réalisés avec des kit spécifiques sensibles aux variants suivis. Les résultats du criblage sont dûment enregistrés dans SIDEP dans le champ Joker 2 (sic).
▻https://www.iledefrance.ars.sante.fr/system/files/2021-03/098_ARSIdF-CRAPS_2021-02-26_%20Doctrine_Variants_CAT-diag-bio-
les kits spécifiques de criblage ne sont actuellement autorisés qu’en seconde intention. Le résultat de la RT-PCR de criblage après test antigénique positif sera inscrit dans le champ Joker 2 dans un nouveau dossier SI-DEP.
Ça empêche pas de faire aussi du séquençage - et là, c’est le champ Joker 3 dans SIDEP - mais pour l’instant, on fait plutôt PCR x2.