Données de laboratoires pour le dépistage : Indicateurs sur les variants (SI-DEP)

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  • Covid-19. La France cernée par le variant delta (et loin d’être épargnée) (article du 22/06/2021)
    https://www.republicain-lorrain.fr/sante/2021/06/22/la-france-cernee-par-le-variant-delta-(et-loin-d-etre-epargnee)

    Selon les données officielles, le variant delta ne représente « que » 6,9% des contaminations en France. Un chiffre très en dessous de ceux de la plupart de nos voisins, ce qui laisse planer la menace d’une résurgence épidémique forte, comme au Royaume-Uni.

    Le variant delta (ex-"indien") du virus responsable du Covid-19 poursuit sa propagation à travers le monde. Et à vitesse grand V : au Royaume-Uni, il est devenu dominant en seulement quelques semaines. Plus contagieux, il remplace peu à peu les souches précédentes. A savoir, en Europe, le variant alpha (ex-"britannique").

    La France peut, pour l’instant, sembler moins touchée que d’autres pays, les excellents indicateurs actuels faisant oublier que le virus circule encore.

    Présent presque partout
    Des foyers sont confirmés sur tous les continents, comme le montre la base de données mondiale des variants du virus Gisaid. A l’exception notable de l’Amérique du Sud, elle sous pression du variant gamma ("brésilien").


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    Ce variant est désormais responsable d’une flambée épidémique en Indonésie, ou encore d’une résurgence au Vietnam, pays jusqu’ici plutôt épargné.

    Actuellement aux États-Unis, (le variant) représente près de 10 % des infections. Et elles doublent toutes les deux semaines. Je pense que le risque sera vraiment que cela puisse provoquer une nouvelle épidémie à l’automne
    Dr Scott Gottlieb dans « Face The Nation »

    En France également, les foyers se multiplient.

    Jusqu’à 99% chez nos voisins
    Combien de foyers de contaminations au variant delta chez nous, chez nos voisins ? Première difficulté, au niveau français : les autorités sanitaires ont décidé de ne plus détecter les variants en tant que tels, mais « seulement » les mutations qu’ils arborent, comme nous vous l’expliquions dans cet article. 

    Un criblage ciblé sur les mutations
    En raison de la détection des mutations d’intérêt et non plus des variants, Santé publique France a prévenu : les pourcentages de répartition des différents variants préoccupants étaient « à interpréter avec précaution ».

    La dernière enquête « flash » réalisée en France date... du 25 mai. Autant dire une éternité : elle ne révélait que 1% de variant delta, contre 0,2% le 11 mai. Soit, tout de même, une multiplication par cinq en deux semaines.

    Depuis, Olivier Véran avait estimé début juin que le variant delta représentait 2 à 4% des tests positifs en France. Un nombre amené à augmenter, à la faveur des migrations estivales...

    D’ici peu, les statistiques ne feront plus figurer « variant delta » ou « variant alpha », mais mutation « L452R » - assez typique du delta - ou « E484K » par exemple.

    En attendant, le variant delta atteint parfois des niveaux affolants. Le graphique ci-dessous indique son pourcentage de détection sur les quatre dernières semaines (en jaune), mais aussi sur les dernières 24 heures (en bleu) :

    Ainsi, en Italie, le taux de variant delta n’est « que » de 7,4 sur les quatre dernières semaines, mais monte à un quart sur les derniers tests criblés. Au Royaume-Uni, il représente 84% des cas des quatre dernières semaines, et 98% des derniers tests analysés, à peu près comme en Russie.

    A noter que le « criblage » des tests varie de moins de 2% en France ou en Italie, à 5% au Portugal ou aux Etats-Unis, et monte à 30% des tests positifs analysés au Royaume-Uni.

    Ces données permettent de constater l’envolée rapide du variant delta dès lors qu’il est présent. Au Royaume-Uni, il est devenu majoritaire en moins de quatre semaines, avant de remplacer presque totalement le variant alpha en six semaines.

    Un variant plus contagieux
    Le variant est environ 60 % plus transmissible que son « prédécesseur » alpha, qui était déjà 40 à 70% plus contagieux que la souche dominante précédente. Avec ces données, il ne devrait pas mettre plus longtemps à remplacer la souche alpha, partout où le virus circule activement et où ce variant est déjà présent.

    Cela a des conséquences concrètes : en France, le « R effectif » (taux de reproduction du virus) est actuellement autour de 0,7, ce qui indique que l’épidémie régresse. Avec un variant plus contagieux, ce taux passe à 1,03, et l’épidémie progresse à nouveau. En revanche, grâce à la vaccination des plus fragiles, cela ne devrait pas affecter le système hospitalier.

    La vaccination toujours efficace
    Car face à ce nouvel avatar du virus, les vaccins sont un peu moins efficaces, même avec deux doses. Avec une dose en revanche, ce n’est plus le cas. Ce qui a poussé les gouvernements, notamment français et britanniques, à raccourcir le délai entre les deux doses.

    L’avancement de la vaccination dans de nombreux pays a en revanche permis d’éviter une hécatombe : l’envolée du nombre de cas ne se traduit plus par une explosion des décès. Mais la couverture vaccinale reste insuffisante pour freiner la diffusion du virus.

    Il semble aussi que ce variant soit moins facilement détectable : il a ainsi « échappé » aux contrôles aux frontières parfois stricts, comme en Australie : malgré des mesures drastiques en vigueur sur cette île-pays, des cas ont été détectés - tardivement - à Melbourne.

    L’assouplissement des mesures sanitaires peut entraîner, aussi, un certain relâchement chez des populations lassées de la persistance de la pandémie.

    Des symptômes plus « banals »
    Le variant delta, enfin, entraîne parfois des symptômes différents, facilement assimilables à ceux... d’un rhume. Mais avec les mêmes risques de formes graves chez les personnes les plus fragiles.

    Les gens peuvent penser qu’ils viennent d’avoir une sorte de rhume saisonnier et continuer à aller à des fêtes, et contaminer d’autres personnes. Nous pensons que cela alimente une grande partie du problème

    Tim Spector, épidémiologiste au King’s College de Londres

    Quels symptômes ?
    Les symptômes les plus fréquemment associés au variant delta sont des maux de tête, maux de gorge et un écoulement nasal.

    Selon l’épidémiologiste Tim Spector, professeur au King’s College de Londres, les jeunes qui contractent le variant delta peuvent avoir « l’impression d’avoir un mauvais rhume ».

    Les symptômes habituels de la maladie (toux, fièvre, perte éventuelle d’odorat et/ou de goût) sont moins fréquents.

  • Covid-19 : un variant mutant « préoccupant » détecté chez 22 malades à Brest et ses alentours - Bretagne - Le Télégramme
    https://www.letelegramme.fr/bretagne/covid-19-un-variant-mutant-preoccupant-detecte-chez-22-malades-a-brest-

    INFO LE TÉLÉGRAMME. Un variant anglais, qui a acquis des mutations présentes chez les variants sud-africain et brésilien, a contaminé 22 malades dans Brest Métropole. Des actions de dépistage sont mises en place pour éviter sa propagation.

    La prolifération de variants du coronavirus se poursuit en Bretagne. 22 malades atteints d’un variant anglais particulier ont été découverts récemment dans Brest Métropole, a appris Le Télégramme. Quatre se situent au sein d’un même cluster, né dans une « structure d’hébergement collectif » spécialisée dans la gestion de salariés et de sans-emploi ; les 18 autres sont des cas isolés. « Tous résidant ou ayant séjourné dans une zone géographique limitée autour de Brest », précise Santé publique France.

    « Une première alerte a été transmise le 12 avril suite à sa détection par séquençage chez deux patients domiciliés dans le Finistère. Les autres cas ont été découverts ensuite, huit par séquençage et douze par criblage », explique l’ARS Bretagne au Télégramme. Il n’y aurait pas de lien, « à ce stade », entre le cluster et les cas isolés détectés.

    L’état de santé des 22 malades n’est, pour l’heure, « pas préoccupant ». « Ils sont isolés. Aucune hospitalisation et décès ne sont à déplorer », poursuit l’agence.

    Un variant anglais mutant
    La mutation détectée n’est en tout cas pas nouvelle : elle a été identifiée pour la première fois en Grande-Bretagne en décembre 2020. Il s’agit d’un variant de variant, nommé scientifiquement « 20I/484K » (B.1.1.7 + E484K/Q). En clair, un variant anglais (B.1.1.7) qui a acquis des caractéristiques communes aux variants sud-africain et brésilien (E484K/Q). Plus précisément, des changements sur le 484e acide aminé de sa protéine spike - la fameuse clé stratégique qui permet au virus de pénétrer dans les cellules.

    On sait encore peu de choses sur l’impact de cette mutation particulière. Les hypothèses jusqu’ici soulevées parlent d’une possible résistance du virus aux anticorps développés par des sujets déjà contaminés ou des personnes vaccinées, en plus de la plus grande contagiosité procurée par la souche initiale du variant anglais. Mais cela n’est pas encore formellement démontré.

    Échecs vaccinaux et cas de réinfection
    La mutation reste suffisamment inquiétante pour que les autorités sanitaires la rangent en tant que « variant préoccupant » dans la classification mondiale. Le plus haut rang, au même titre que les variants anglais, brésilien et sud-africain.

    Le Finistère n’est pas le seul territoire français concerné par la découverte. 22 autres malades au variant mutant ont été recensés en Ile-de-France, 3 dans les Hauts-de-France, 2 en Centre-Val de Loire, 1 en Provence-Alpes-Côte d’Azur et 1 dans les Pays-de-la-Loire. « Plusieurs cas sont associés à des clusters intrafamiliaux, avec des transmissions en l’absence de suivi des gestes barrières », déplore Santé publique France. « Plusieurs échecs vaccinaux (contamination après l’injection des deux doses de vaccin, NDLR) et un cas de réinfection ont également été recensés parmi les cas confirmés ». On ignore si les malades bretons en font partie.

    Dépistage renforcé à Brest
    Le 13 avril, « 20I/484K » a été retrouvé dans 3 % des tests positifs séquencés ce jour-là en Bretagne, « en augmentation ». Une présence plus forte qu’en Ile-de-France (2,7 %).

    Une nouvelle étude a été lancée mardi 27 avril, pour mesurer véritablement l’ampleur de sa diffusion dans la région. « Elle analysera l’ensemble des prélèvements positifs réalisés ce jour-là dans le Finistère et des échantillons dans les trois autres départements, afin de dresser une cartographie de l’ensemble des virus, connus ou non, qui circulent sur le territoire », annonce l’ARS au Télégramme.

    Parallèlement, des actions ciblées de dépistage sont menées dans l’agglomération brestoise. Trois points éphémères ont été ouverts fin avril. D’autres seront mis en place dans les prochains jours (dont le 30 avril au complexe sportif de Guipavas).

    De leur côté, les autorités nationales tentent de déterminer comment une telle souche est arrivée jusque sur le sol français. « Aucun voyage à l’international récent n’a été rapporté (parmi les cas confirmés). En dehors du cluster de Brest Métropole, il reste difficile à ce stade de savoir si les cas isolés détectés sont le reflet d’une diffusion communautaire à bas bruit de ce virus ou d’événements d’acquisition de la mutation indépendants les uns des autres », reconnaît Santé publique France.

    Les indicateurs se dégradent à Brest
    La situation sanitaire dans Brest Métropole se dégrade depuis plusieurs semaines. Quatre des huit communes sont au-dessus du seuil d’alerte renforcé (Brest, Guilers, Gouesnou et Guipavas), contre un seul (Le Relecq-Kerhuon) au début du mois. Le taux d’incidence a augmenté, passant de 80 cas pour 100 000 habitants au 30 mars, à 126 cas 20 jours pour tard. Le taux de positivité a bondi de 2,3 % à 5,1 %.

    Mais on ne peut, en l’état des connaissances scientifiques actuelles, imputer cette détérioration sanitaire à l’apparition du variant anglais mutant sur le territoire finistérien. L’ARS Bretagne appelle la population à continuer à respecter les gestes barrières.