• Covid-19 : nouvelles données sur le variant Delta, dit « indien », en progression dans de nombreux pays – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/06/22/covid-19-nouvelles-donnees-sur-le-variant-delta-dit-indien-en-progression-da

    Identifié initialement en Inde, le variant Delta est désormais majoritaire au Royaume-Uni, où il représente environ 90 % des cas d’infection par le virus SARS-CoV-2. En date du 14 juin 2021, selon la base de données génomiques Gisaid, 61 autres pays étaient touchés par ce variant, anciennement dénommé variant indien (ou encore B.1.617.2, mais aussi VOC-21APR-02 ou G/478K.V1).

    Sur les 9810 séquences génomiques de variant Delta répertoriées dans la base Gisaid, 3813 ont été communiquées par l’Inde, 2278 par les États-Unis, 692 par l’Allemagne, 354 par le Canada, 242 par Singapour, 217 par la Belgique, 166 par la Russie.

    Selon les informations de cette base de données, de nombreux pays sont touchés par le variant Delta, notamment : Australie (164), Danemark (94), France (117), Indonésie (40), Irlande (141), Israël (37), Italie (143), Japon (178), Pays-Bas (88), Norvège (68), Pologne (63), Portugal (91), Espagne (183), Suède (36), Suisse (86), Thaïlande (88), Vietnam (68).

    La propagation du variant Delta est problématique au Portugal. D’après les données disponibles sur Gisaid, sur les quatre dernières semaines, 77 % des contaminations seraient liées au variant Delta dans ce pays.

    En Russie, près de 84 % des séquences déposées ces quatre dernières semaines correspondent au variant Delta. Ce chiffre est de 10,17 % pour les États-Unis, de 10,1 % pour l’Espagne, de 7,75 % pour l’Italie.

    En France, l’ « enquête flash » de séquençage réalisée le 25 mai indique que le variant Delta a été retrouvé dans 1 % des prélèvements, contre 0,2 % lors de la précédente enquête du 11 mai.

    Alors que le Royaume-Uni a séquencé plus de 49 000 génomes de variant Delta SARS-CoV-2, la France n’a déposé que 176 séquences de ce variant, dont 30 au cours des quatre dernières semaines, ce qui correspond à un taux de 1,3 % variants Delta.

    (...) en supposant que 75 % de la population serait complètement vaccinée à la mi-août. Au final, ils estiment que « le variant Delta a le potentiel d’initier [en Ile-de-France] un rebond épidémique d’ici la fin de l’été ».

  • Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/06/02/covid-19-comment-le-variant-indien-a-debarque-au-bresil

    Publié le 02 juin 2021 par Marc Gozlan
    Covid-19 : comment le variant indien a débarqué au Brésil. L’histoire commence le 27 mars 2021. Le navire « MV Shanddong SA Zhi » quitte la Malaisie pour un long voyage qui doit l’amener à São Luís (État du Maranhão) au Brésil. Signalons au passage que São Luis est la seule capitale d’État du Brésil qui n’ait pas été fondée par les Portugais et dont le nom est d’origine française.Durant son périple, le navire accoste le 21 avril à Le Cap en Afrique du Sud. Les 24 membres d’équipage arrivent au Brésil le 14 mai. Parmi eux, un Indien âgé de 54 ans présente depuis dix jours des symptômes respiratoires évocateurs de Covid-19. Le diagnostic d’infection par le SARS-CoV-2 est rapidement confirmé. Le patient est hospitalisé en réanimation dans un hôpital privé de São Luís. Les prélèvements respiratoires du cas index sont envoyés à l’Institut Evandro Chagas (IEC) à Belém dans l’État du Pará.
    Sur les 24 membres d’équipage, 15 se révèlent positifs pour le SARS-CoV-2, dont trois sont symptomatiques. Tous sont placés en isolement et font l’objet d’une surveillance médicale. Six échantillons biologiques, positifs au test RT-PCR pour le SARS-CoV-2, sont envoyés pour séquençage génomique. Celui-ci permet d’identifier le virus comme appartenant au lignage B.1.617, dit « indien ».Ce virus appartient plus précisément au lignage B.1.617.2, lié à la reprise de l’épidémie en Inde où il a été repéré pour la première fois en octobre 2020. Ce variant a nouvellement été dénommé « Delta » par l’Organisation mondiale de la santé. L’OMS vient en effet de renommer les variants du SARS-CoV-2 avec des lettres grecques. L’idée est d’avoir des noms « faciles à prononcer et à retenir », tout en évitant les appellations « stigmatisantes et discriminatoires ».
    On regroupe en fait trois lignages différents (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) sous le nom générique de variants dits « indiens ». B.1.617.2 est devenu Delta et B.1.617.1 Kappa. Le variant B.1.617.3 n’a pas été renommé. Seul le variant Delta (B.1.617.2) est aujourd’hui considéré comme préoccupant, les deux autres ayant été rétrogradés au rang de variants d’intérêt, a annoncé mardi l’OMS.Le variant Delta (B.1.617.2) présente de façon significative une moindre sensibilité aux anticorps neutralisants, développés par des patients Covid-19 convalescents ou produits après vaccination. Il échappe également partiellement à certains anticorps monoclonaux à visée thérapeutique. À ce jour, ce variant « indien » a été rapporté dans au moins 51 pays.(...)
    Comme le soulignent Mirleide Cordeiro dos Santos et ses collègues virologistes de l’Institut Evandro Chagas, il s’agit de la première détection au Brésil du variant B.1.617.2, autrement dit du lignage « Delta ». Selon eux, leur rapport est une « alerte à la diffusion de ce variant en Amérique du Sud ».Selon ces scientifiques brésiliens, qui ont rapporté le 27 mai 2021 leurs résultats sur le site virological.com, la découverte de ces cas d’importation montre « la nécessité d’une surveillance continue des voyageurs afin d’être en mesure de pouvoir détecter la propagation en temps réel des nouveaux variants du SARS-CoV-2 », porteurs de mutations pouvant les rendre plus transmissibles ou pathogènes, ou encore susceptibles d’échapper au système immunitaire.

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