A Lyon, la quête d’un séquençage rapide du Covid-19
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Aux Hospices civils de Lyon, l’un des centres de référence sur le Covid-19, c’est le chronomètre à la main que se peaufine la filière de lecture rapide des génomes des nouveaux variants du SARS-CoV-2.
« C’est Noël ! », s’amuse la petite troupe rassemblée autour d’un appareil dernier cri qui vient d’arriver aux Hospices civils de Lyon, ce 9 décembre vers midi. C’est un GridIon de l’entreprise anglaise Nanopore, un décodeur rapide du génome des SARS-CoV-2 que la plate-forme de séquençage de l’établissement, un des deux centres nationaux de référence sur le Covid-19, espère utiliser pour sa « filière urgence ». C’est-à-dire la voie rapide de lecture des 30 000 « lettres » des génomes suspects d’appartenir au variant Omicron, ou responsables de foyers préoccupants à l’hôpital ou ailleurs. L’ambition étant de ne pas rester aveugle face à l’évolution permanente de la pandémie.
« Actuellement, il faut deux jours pour identifier Omicron, en prenant la place d’un autre échantillon dans la longue chaîne dite de routine, qui va du prélèvement à la machine de séquençage elle-même. Tous les centres essaient de s’organiser pour diminuer ce temps », résume Laurence Josset, virologue et responsable de la plate-forme lyonnaise qui, la veille, était encore en réunion sur le sujet avec ses collègues. Deux centres, Henri-Mondor, à Créteil, et Pasteur, à Paris, attendent leur GridIon, quand l’#IHU de Marseille l’utilise depuis début 2020.
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Le séquençage au chevet des malades
Le #séquençage ne sert pas qu’à traquer les nouveaux variants [sinon, nous, Français, nous en passerions tout à fait, ndc]. Il est aussi utile à l’#hôpital pour savoir quel #anticorps_monoclonal donner, en fonction de la souche virale présente, ou bien pour suivre l’apparition d’échappement thérapeutique. Ainsi, le 28 juillet, dans The Lancet Microbe, l’équipe de séquençage des Hospices civils de Lyon a alerté en urgence la communauté de l’apparition, chez une personne immunodéprimée, d’une mutation en 484e position de la spicule du #SARS-CoV-2 en sept jours, conduisant à l’échec du traitement Bamlanivimab. « Ces évolutions au sein d’un hôte peuvent aussi nous renseigner sur les évolutions possibles du virus dans ses passages entre hôtes », estime Laurence Josset, virologue, responsable de la plate-forme de séquençage au CHU de Lyon. Son service séquence ainsi chaque semaine les virus de patients immunodéprimés, dont certains malades depuis plusieurs mois, pour adapter les traitements et saisir les évolutions du virus.