2022 – Réalités Biomédicales

#Covid-19 : comment Omicron a-t-il évolué depuis son émergence il y a un an ? – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/11/28/covid-19-comment-omicron-a-t-il-evolue-depuis-son-emergence-il-y-a-un-an

Il y a un an, le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé désignait le variant B.1.1.529 comme variant préoccupant, sous l’appellation Omicron. Par quels mécanismes moléculaires ce lignage du SARS-CoV-2 a-t-il depuis évolué ? Quelles trajectoires évolutives a-t-il suivies pour générer de nombreux #sous-lignages, eux-mêmes à l’origine de multiples #sous-variants ? Et quelle sera l’évolution future du SARS-CoV-2 ? Des virologistes moléculaires et spécialistes en bioinformatique suisse, américain, japonais, italien et britannique, ont tenté de faire le point sur ces questions dans un article diffusé le 25 novembre 2022 sur le site virological.org.

Depuis son émergence à la fin 2021, le variant Omicron n’a cessé de se diversifier pour donner naissance à de nombreux sous-lignages, parmi lesquels BA.1, BA.2 et BA.5. Suite à l’apparition et la diffusion mondiale du sous-variant BA.5 d’Omicron, le nombre de sous-variants a littéralement explosé, à tel point que certains parlent de « soupe » de variants. (...)

D’où l’hypothèse que ces variants aient pu émerger dans un organisme humain qui aurait hébergé le SARS-CoV-2 pendant une très longue durée. Au sein d’un individu immunodéprimé, une infection persistante par le SARS-CoV-2 a pu favoriser l’émergence d’un virus génétiquement distinct du virus qui l’avait infecté au départ et qui aurait acquis au fil du temps une multitude de mutations. L’évolution des variants reposerait donc sur la ré-émergence de virus qui auraient eu le temps d’évoluer dans un hôte porteur pendant plusieurs mois d’une infection chronique.

Une étude sud-africaine, communiquée le 24 novembre 2022 sur le site de prépublication medRxiv, a évalué certaines propriétés biologiques du virus corrélées avec la pathogénicité après plus de six mois d’une infection chronique chez un individu immunodéprimé (infection VIH à un stade avancé). Ces résultats montrent que l’évolution du SARS-CoV-2 lors d’une infection à long terme n’entraîne pas nécessairement une atténuation. Au contraire, le virus isolé au bout du 190e jour s’est avéré plus pathogène que les souches Omicron circulantes. Dans ce cas, le virus était doté d’une plus grande capacité de provoquer la fusion entre cellules infectées et cellules saines (augmentation de la fusogénicité) et d’entraîner la mort des cellules infectées.

Un tel profil évolutif a continué jusqu’en 2022. Mais contrairement aux premiers variants, dits de « première génération », qui n’avaient pas entre eux un même ancêtre en commun, les variants suivants, dits de « seconde génération », semblent tous avoir émergé à partir de sous-variants déjà connus. C’est ainsi que BA.2.75, BJ.1, BS.1, BA.2.3.20, BA.2.83 et DD.1 dérivent tous du sous-lignage BA.2 d’Omicron, mais sans qu’il soit possible de remonter à des virus intermédiaires entre eux et BA.2. D’où, l’hypothèse, là encore, que ces variants aient émergé à la faveur d’infections chroniques chez des individus infectés par le variant BA.2 à la fin 2021 ou au début 2022. Aujourd’hui, le sous-variant BA.2 d’Omicron, BA.2.75, est celui qui a le plus diffusé. Un autre variant de seconde génération de BA.2, BA.2.3.20, a connu également une croissance notable au cours de ces derniers mois.

Covid-19 : le sous-variant BQ.1.1 d’Omicron progresse en France – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/10/24/covid-19-le-sous-variant-bq-1-1-domicron-progresse-en-france

https://asset.lemde.fr/prd-blogs/2022/10/663e92ac-sous-lignages-sous-variants-omicron-bq.1.1-bf.7-france-.jpg

Les résultats des modélisations indiquent que les cas attendus de Covid-19 imputables à BQ.1/BQ.1.1 devraient représenter, entre mi-novembre et début décembre 2022, plus de la moitié des infections par le SARS-CoV-2. Début 2023, on s’attend à ce que la vaste majorité (plus de 80 %) des cas soient dus à BQ.1/BQ.1.1.

Les pays qui connaissent actuellement la proportion la plus élevée de cas liés à BQ.1/BQ.1.1 devraient observer une dominance plus précoce de ces variants. Selon l’ECDC, cette augmentation prévisible des cas pourrait être associée à une transmission plus élevée (du fait du manque de respect des mesures barrières, d’une augmentation des contacts en milieux clos durant les saisons automnale et hivernale, du déclin des anticorps générés par la vaccination et/ou des infections antérieures), et pourrait donc constituer un sérieux problème de santé publique. Reste une inconnue : on ne peut formellement exclure d’ici-là l’émergence et la propagation d’un nouveau sous-lignage possédant un avantage de croissance substantiel par rapport à BQ.1/BQ.1.1.

Les données de la base GISAID montrent la progression constante en France du sous-lignage BQ.1 et du nouveau sous-variant BQ.1.1 parmi l’ensemble des séquences virales déposées dans cette base de données génomiques.

Suisse, États-Unis, France : le retour du scorbut – Réalités Biomédicales
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Stéphanie Thiemann, Valeria Cimorelli, Nadia Bajwa qui rapportent ce cas clinique de scorbut infantile survenu en Suisse, pays riche, rappellent que les premiers symptômes du scorbut sont principalement des signes généraux qui peuvent passer inaperçus. Des douleurs osseuses et musculaires sont présentes dans plus de 80 % des cas et s’expliquent par la fragilité des ligaments, des os et des fibres musculaires, la carence vitaminique entraînant une anomalie de formation du collagène. Les douleurs osseuses sont également directement provoquées par des saignements de la membrane synoviale qui tapisse l’intérieur des articulations, la présence d’hématomes sous le périoste et des micro-fractures. Les saignements sont dus à une fragilité capillaire. Il est à noter que la perte des dents et les saignements des gencives (gingivorragies), qui figurent parmi les signes historiquement associés au scorbut, sont des symptômes tardifs.

Le traitement du scorbut infantile consiste généralement en une prise quotidienne de vitamine C par voie orale ou intraveineuse pendant une semaine. Les jeunes enfants sont ensuite supplémentés par voie orale pendant un à trois mois. Les symptômes généraux disparaissent en 24 heures alors que les signes cutanés et musculaires mettent plusieurs semaines pour s’améliorer.

Selon les pédiatres suisses, ce cas clinique est « un exemple de l’importance de disposer de l’histoire détaillée du patient, y compris sur le plan nutritionnel », et d’ajouter : « Si nous avions inclus les carences nutritionnelles dans notre diagnostic différentiel initial, nous aurions été en mesure d’éviter des examens de laboratoire inutiles, d’imagerie, des procédures invasives, et nous aurions pu traiter le patient plus rapidement ». Il importe en effet de traiter les patients sans délai car cette carence vitaminique peut être mortelle.

#Covid-19 : l’ombre des variants BA.4 et BA.5 plane sur l’été – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/06/14/covid-19-lombre-des-variants-ba-4-et-ba-5-plane-sur-lete

Omicron : ce que l’on sait des sous-variants BA.4 et BA.5 – Marc Gozlan
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/04/30/omicron-ce-que-lon-sait-des-sous-variants-ba-4-et-ba-5

Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, Omicron, nouveau variant préoccupant du SARS-CoV-2, est représenté par trois sous-lignages : BA.1, BA.2 et BA.3. Deux nouveaux sous-lignages d’Omicron, BA.4 et BA.5, classés variants d’intérêt par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), ont depuis été détectés en Afrique du Sud.

Après infection par #Omicron, quelle réponse immunitaire contre d’autres #variants chez les vaccinés et non-vaccinés ? – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/03/28/infection-par-omicron-quelle-reponse-contre-dautres-variants-chez-les-vaccin

« Par conséquent, les personnes non vaccinées qui sont infectées par le variant BA.1 Omicron, sans avoir été antérieurement infectées par le #SARS-CoV-2, pourraient ne pas être suffisamment protégées contre une infection par un variant SARS-CoV-2 autre qu’Omicron. Pour une protection complète, la vaccination est requise ».

Cette conclusion est similaire à celle à laquelle parviennent les scientifiques sud-africains dont les résultats, publiés Cell Host and Microbe, montrent qu’une infection par le variant Omicron après #vaccination (breakthrough infection) s’accompagne d’une augmentation de l’immunité neutralisante croisée vis-à-vis d’autres variants préoccupants. Selon les chercheurs de Johannesburg, leurs résultats suggèrent qu’il existe dans le groupe non vacciné un risque de réinfection par d’autres variants qui continuent de circuler et d’évoluer en Afrique du Sud. Cette conclusion est également celle à laquelle sont parvenus des chercheurs américains au terme d’une étude publiée le 17 mars 2002 dans Cell et que je relatais dans mon précédent billet de blog.

Implications vaccinales

Les résultats par les chercheurs sud-africains ont des implications concernant le développement de #vaccins anti-#Covid-19 de seconde génération qui seraient adaptés au variant Omicron. En effet, il semble qu’il y ait peu de bénéfices sur le plan immunitaire à en attendre sur d’autres variants du fait de la faible #immunité croisée mise en évidence chez des individus n’ayant jamais été infectés.

Si des vaccins basés sur la séquence d’Omicron peuvent représenter des rappels adéquats, il est donc en revanche peu probable qu’ils soient supérieurs aux vaccins actuels pour la primo-vaccination d’individus immunologiquement naïfs, autrement dit n’ayant jamais été auparavant infectés par le SARS-CoV-2, estiment les chercheurs sud-africains.

Il a en effet été montré que des souris immunisées par Omicron ne développent pas une réponse immunitaire dirigée contre d’autres variants préoccupants. De plus, l’immunisation de souris avec un vaccin à ARN messager basé sur Omicron (séquence RBD, domaine de liaison au récepteur) n’entraîne qu’une réaction immunitaire ciblée sur ce variant. Enfin, une étude conduite sur des macaques rhésus a montré qu’un rappel avec un vaccin à ARN messager basé sur la séquence Omicron s’est montré moins efficace que le vaccin mRNA-1273 (celui de Moderna). Les titres en anticorps étaient moins élevés après administration d’un rappel avec un vaccin adapté à Omicron que lorsque celui-ci reposait à nouveau sur le vaccin mRNA-1273 (rappel homologue).

« Globalement, ces données suggèrent qu’un rappel avec un vaccin spécifique d’Omicron chez des individus, ayant ou non une immunité préexistante [du fait d’une infection antérieure] n’est sans doute pas supérieur aux vaccins actuellement existants », concluent les chercheurs sud-africains.

#Omicron : une biologie et une dynamique virale différentes de celles observées chez les précédents variants – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/02/09/omicron-une-biologie-et-une-dynamique-virale-differentes-de-celles-observees

Dans ce billet de blog, je vous invite, à travers les données issues d’articles publiés ces dernières semaines, à comprendre les moyens utilisés par la recherche pour explorer les propriétés biologiques et virologiques d’Omicron. Celles-ci révèlent en quoi ce nouveau variant du #SARS-CoV-2 est atypique.

L’objectif des chercheurs est de comprendre comment les multiples mutations présentes dans sa protéine spike altèrent la structure de cet élément clé de la particule virale et modifient la biologie de ce variant en comparaison avec les autres. La connaissance de ces mécanismes moléculaires – qui sous-tendent à la fois sa transmissibilité, son attachement au récepteur cellulaire, sa capacité d’échappement immunitaire – est d’une importance capitale pour concevoir et développer des stratégies thérapeutiques et vaccinales contre ce variant et ceux qui continueront à émerger.

Une origine hypothétique

Depuis le début de la pandémie Covid-19, aucun variant préoccupant du SARS-CoV-2 n’avait accumulé autant de mutations et entraîné un tel échappement immunitaire qu’Omicron. Ce nouveau variant renferme 37 mutations sur sa protéine spike, en comparaison avec le variant Gamma qui en comporte 12 et qui représentait jusqu’à présent le variant le plus muté.

Après avoir été identifié en novembre 2021 en Afrique australe, Omicron a rapidement diffusé à travers le monde, allant souvent jusqu’à prendre le pas sur Delta et infecter des personnes doublement vaccinées.

À ce jour, on ignore comment le variant Omicron a pu émerger. Plusieurs hypothèses ont été proposées. Selon la première, ce variant est apparu chez une personne atteinte d’une infection chronique par le SARS-CoV-2. Cette situation s’observe chez des individus immunodéprimés, notamment ceux infectés par le virus du sida (VIH) ou ayant reçu une greffe nécessitant la prise d’un traitement immunosuppresseur. Deux équipes sud-africaines indépendantes ont notamment décrit le cas de deux femmes atteintes de sida, âgées d’une trentaine d’années et de 22 ans et dont la maladie à VIH n’était pas contrôlée par les antirétroviraux. Chez ces patientes immunodéprimées, l’infection prolongée par le SARS-CoV-2 a conduit à l’accumulation dans le génome du coronavirus d’une vingtaine et d’une trentaine de mutations.

Autre hypothèse : Omicron serait la conséquence du passage du virus de l’homme à l’animal puis de l’animal à l’homme. (...)

#covid-19 #variants

Hong Kong : transmission du SARS-CoV-2 de hamsters de compagnie à l’homme, suivie d’une diffusion interhumaine – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/01/30/hong-kong-transmission-du-sars-cov-2-de-hamsters-de-compagnie-a-lhomme-suivi

Tout commence, à Hong Kong, le 11 janvier 2022. Une employée de 23 ans travaillant dans l’animalerie Little Boss, qui vend des hamsters, des lapins et des chinchillas, présente un mal de gorge et de la toux. Elle est doublement vaccinée contre la #Covid-19, la deuxième dose lui ayant été administrée le 16 septembre 2021. Elle est dépistée positive pour le SARS-CoV-2 le 15 janvier 2022. Un second test PCR, réalisé le lendemain, confirme le diagnostic. Le séquençage génomique révèle qu’il s’agit du variant Delta (lignage AY127).

Le 8 janvier, soit trois jours avant que l’employée ne présente les premiers symptômes de la Covid-19, une mère et sa fille s’étaient rendues dans cette animalerie. Les deux femmes avaient alors parlé avec l’employée au sujet d’hamsters que la fille avait achetés quatre jours plus tôt.

Et voilà que la mère développe des symptômes respiratoires quatre jours plus tard, le 12 janvier. Un test PCR est déclaré positif le 17 janvier, confirmé par un second test réalisé le lendemain. Puis c’est au tour du mari, de la fille et du fils, d’être dépistés positifs pour le SARS-CoV-2. Chacun des membres de la famille était vacciné. La mère avait reçu la deuxième dose en septembre 2021, le père en août 2021, le fils en juin 2021 et la fille en juillet 2021.

Vaste enquête épidémiologique

Les autorités sanitaires décident de mener une enquête épidémiologique. Le 17 janvier, on procède à 125 prélèvements nasopharyngés chez 69 hamsters, 42 lapins et 14 cobayes. Seuls sept écouvillonnages réalisés sur des hamsters sont positifs pour le SARS-CoV-2. L’entrepôt ayant fourni l’animalerie en animaux de compagnie est inspecté le lendemain, 18 janvier. Les techniciens réalisent 511 écouvillonnages chez 137 hamsters, 204 lapins, 116 chinchillas et 2 souris. Seul un écouvillonnage provenant d’un hamster syrien (plus communément appelé hamster doré) est trouvé positif pour le SARS-CoV-2 au test PCR.

[...]
Des animaux de compagnie importés des Pays-Bas

[...]

On rappelle que Hong Kong a adopté une stratégie « zéro Covid ». Dans ce territoire, aucun cas de Covid-19 acquis localement n’avait été recensé entre le 9 octobre 2021 et le 8 janvier 2022. Par ailleurs, le dernier cas d’infection au variant Delta (AY217) avait été détecté chez un passager placé en quarantaine le 13 décembre 2021.

Selon les auteurs, il est probable que l’absence antérieure de circulation du variant Delta, associé à une approche One Health (qui considère que les santés humaine, animale et environnementale font partie d’un tout), ait facilité la détection de cette flambée épidémique et ait incité à mener une enquête épidémiologique. En revanche, il n’est pas impossible que des évènements similaires puissent survenir ailleurs dans le monde et passer totalement inaperçus.

#transmission_animal_humain

Comment le #SARS-CoV-2 peut évoluer en #variant préoccupant chez un individu #immunodéprimé – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/01/19/comment-le-sars-cov-2-peut-evoluer-en-variant-preoccupant-chez-un-individu-i

Sandile Cele et ses collègues sont parvenus à isoler le virus vivant dans plusieurs prélèvements successifs, notamment 190 jours après le diagnostic de Covid-19, montrant par la même que la patiente excrétait alors du virus infectieux.

[…]

Les chercheurs ont testé la capacité d’anticorps de sujets convalescents infectés par la souche ancestrale à neutraliser les isolats viraux collectés à J6, J20 et J190. Il ressort qu’à J190 le pouvoir neutralisant des anticorps était considérablement réduit par rapport à J6, ce qui indique donc un accroissement progressif de l’échappement immunitaire.

Covid-19 : la vaccination a-t-elle un impact sur la durée du cycle menstruel ainsi que sur la durée et l’intensité des saignements ? – Réalités Biomédicales
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/01/10/covid-19-la-vaccination-a-t-elle-un-impact-sur-la-duree-du-cycle-menstruel-a

En résumé, bien que la durée du cycle menstruel soit légèrement augmentée après vaccination anti-Covid-19, celle-ci n’a cependant pas été associée à des modifications de la durée des règles, font remarquer les auteurs de l’étude publiée dans Obstetrics & Gynecology.

On peut s’étonner d’un tel constat alors même que, selon une correspondance publiée le 15 septembre dans le British Medical Journal (BMJ), plus de 30 000 notifications de pharmacovigilance relatifs aux changements en matière de règles et de saignements survenant entre deux cycles ont été rapportées après vaccination anti-Covid-19 (par ARN messager ou vecteur adénoviral) au Royaume-Uni à la Medicines and Healthcare Products Regulatory Agency.

En France, l’Agence nationale de sécurité du médicament (ANSM) signalait fin décembre 2021 l’existence de troubles du cycle menstruel pouvant affecter à la fois la fréquence et l’intensité des saignements. « Les règles peuvent être irrégulières, douloureuses (dysménorrhée), trop abondantes ou trop prolongées (ménorragie) ou absentes (aménorrhée). Il est également possible que des saignements surviennent entre deux cycles (métrorragie »), pouvait-on lire dans un point de situation sur la surveillance des vaccins contre la Covid-19.

J’ai le mauvais esprit de penser que si on avait suspecté que la vaccination pourrait provoquer une douleur d’environ cinq minutes à un testicule, on n’aurait pas attendu six mois après le début de la vaccination pour avoir déjà toutes les études qui vont bien sur le sujet.

#Covid-19 : ce que l’on sait de la sévérité de l’infection à #Omicron – Marc Gozlan
▻https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2022/01/03/covid-19-ce-que-lon-sait-de-la-severite-de-linfection-a-omicron

Quel impact le variant Omicron a-t-il sur le taux des admissions et des hospitalisations ? Ce nouveau variant, initialement identifié au Botswana et en Afrique du Sud en novembre 2021, est-il aussi dangereux que le précédent variant Delta ? Plusieurs études, en provenance d’Afrique du Sud et du Royaume-Uni, ont été publiées. L’occasion de faire un point épidémiologique sur ce que l’on sait et sur ce qui reste à déterminer.

en prenant pour indicateurs les hospitalisations, la réanimation, les décès plusieurs études donnent à penser qu’omicron pourrait être bien moins pathogène que les précédents, sous réserve des difficultés à évaluer cela en fonction du nombre de réinfection, des disparités de la couverture vaccinale, de pyramide des âges fort distinctes.

#hospitalisations #réinfections #vaccins