#échelle_logarithmique

  • Arthur sur Twitter : « [CORONAVIRUS] J’ai passé quelques heures à compiler les chiffres du coronavirus hier soir. J’étais surpris notamment par le décalage entre la situation française, où les mesures prises sont minimales, et la situation italienne. Ce que j’ai découvert n’est pas jojo. THREAD » / Twitter
    https://twitter.com/aktiur/status/1237693562994778112
    https://pbs.twimg.com/media/ES0r6QSXQAAOaca?format=png&name=small

    [CORONAVIRUS] J’ai passé quelques heures à compiler les chiffres du coronavirus hier soir. J’étais surpris notamment par le décalage entre la situation française, où les mesures prises sont minimales, et la situation italienne. Ce que j’ai découvert n’est pas jojo. THREAD

  • John Burn-Murdoch sur Twitter : “NEW chart on #coronavirus: we’re now tracking death toll trajectories as well as cases • Deaths in Italy & Spain now growing much faster than they did in China at same stage • More deaths in Italy in last 24h than on any day in Wuhan Live version here: https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441” / Twitter
    https://twitter.com/jburnmurdoch/status/1239276487062233089

    • si je comprends bien (il n’y a pas beaucoup d’explications), SWP ne fait pas d’estimation de taux de croissance tant que (et uniquement parce que ?) il n’a pas résolu les problèmes de censure.

      • censure à gauche : il y a des décès dont on ne connait pas la date de manière précise
      • censure à droite : il y a encore des cas dont on ne connait pas l’issue, c’est je crois le but du 3ème graphique qui montre qu’une partie des cas ont été réhospitalisés, donc peut-être des décès à venir
      pour calculer le taux de mortalité (CFR case fatalité rate), il connait le dénominateur (nb de cas) mais au numérateur, certains cas sont encore en suspens
      (pour la censure à gauche, je ne vois pas trop comment il peut faire, j’imagine attendre des infos plus précises)

    • Je pensais bêtement que les stats, c’était essayer de faire parler les enregistrements (ou « obtenues ») dont on dispose, pas attendre que les données se conforment à nos conditions de validité.

      Mais surtout ce qui me chagrine c’est de comprendre pourquoi on poserait comme interdit un modèle log pour des valeurs cumulatives. (A priori et naïvement, vu que l’intégrale de l’exponentielle est une exponentielle, ce n’est pas le fait d’additionner avant de passer à la moulinette log qui pose en soi problème.)

    • Oui, c’est bizarre, il utilise un graphique qui te dit : c’est exponentiel accompagné de l’injonction de ne pas ajuster d’exponentielle. Sans autre commentaire.

      Ah, Sang Woo Park vient de donner des explications :
      • sur la censure
      https://twitter.com/sang_woo_park/status/1234123118932889600

      Left-censoring: we don’t know when most cases were infected or symptomatic (not reported).
      Right-censoring: we don’t know the outcomes of most cases yet.
      For example, here’s a list of cases whose onset dates or outcomes are known (and have been transcribed)

      • sur l’injonction de ne pas ajuster une exponentielle
      https://twitter.com/sang_woo_park/status/1239720261387194368

      Unrelated to CFR. I used the log scale for visualization purposes. Naively fitting exponential growth curves to cumulative cases (without accounting for autocorrelated residual structures) leads to biased estimates with narrow confidence intervals. See https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rspb.2015.0347

      On peut ajouter que dans tous les cas, les exponentielles, comme les arbres, ne montent pas jusqu’au ciel. Ce dont on s’aperçoit d’ailleurs empiriquement sur le graphique du FT pour la Chine et la Corée du Sud. Et n’aident pas à prédire le moment où on atteint la saturation (immunité de troupeau…)

    • Le noyau dur de la référence :

      Avoidable errors in the modelling of outbreaks of emerging pathogens, with special reference to Ebola | Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences
      https://royalsocietypublishing.org/doi/abs/10.1098/rspb.2015.0347

      2. Deterministic models fit to cumulative incidence curves: a recipe for error and overconfidence
      […]
      Although in general one expects that violation of model assumptions will introduce some degree of bias, in this case since both the raw and cumulative incidence curves generically grow exponentially at a rate determined by R0, estimates of this parameter are fairly accurate, on average, when data are drawn, as here, from the early phase of an outbreak. Figure 1b is the corresponding plot of estimated overdispersion of measurement noise. Using the raw incidence data, one recovers the true observation variability. When fitted to cumulative data, however, the estimates display extreme bias: far less measurement noise is needed to explain the relatively smooth cumulative incidence. The data superficially appear to be in very good agreement with the model.

    • Il y a la limite à l’extrapolation, mais ce qu’il dit est autre chose.

      Cumuler lisse… C’est une remarque empirique assez classique mais c’est la première fois que je vois traiter ça aussi officiellement. Il suffit d’avoir essayé avec des séries chronologiques mensuelles saisonnières assez bruitées : quand tu compares la courbe de la série avec les cumuls annuels, le deuxième graphique est beaucoup plus « joli » (ben oui, en moyenne les bruits successifs se compensent…)

      Au passage, si on fait un peu de théorie à pas cher quand tu ajustes en vue de la prévision, tu fais toujours (au moins implicitement…) l’hypothèse d’un bruit blanc (ou du moins pas trop structuré - indépendance, hétéroscédasticité, toussa, toussa (dans le coude of course). Quand tu cumules ta série, tu introduit un processus MA (moyennes mobiles) sur le bruit (puisque ton nouveau bruit est une somme de bruits). Or ce sont les résultats en prévision qui sont de loin les moins robustes au non respect des hypothèses.

      Bon, on va dire que c’est la faute à Twitter et son nombre de signes limités ;-)

    • je ne suis pas en mesure d’entrer dans ces considérations statistiques mais pour comparer ces courbes de mortalité liées au COVID 19, il faudrait intégrer l’age médian des populations concernées, non ? Car l’age moyen est assez élevé en Italie.

  • Does the news reflect what we die from?

    The major standout here – I had to break the scale on the y-axis since it’s several orders of magnitude higher than everything else – is terrorism: it is overrepresented in the news by almost a factor of 4000.

    Homicides are also very overrepresented in the news, by a factor of 31. The most underrepresented in the media are kidney disease (11-fold), heart disease (10-fold), and, perhaps surprisingly, drug overdoses (7-fold). Stroke and diabetes are the two causes most accurately represented.

    https://ourworldindata.org/does-the-news-reflect-what-we-die-from
    #data #visualization #media

    • Comment ça se traduit « Perennial Staple Crops » ?

      J’ai fait une recherche sur « Eric Toensmeier » :

      https://www.kickstarter.com/profiles/1115575313/bio

      Biography

      I’ve studied and practiced permaculture since 1990. I’ve written two award-winning books: Perennial Vegetables (2007) and Edible Forest Gardens (2005, with Dave Jacke). I’ve also written lots of articles and created some permaculture videos. My latest book is Paradise Lot: Two Plant Geeks, One Tenth of an Acre, and the Making of an Edible Garden Oasis in the City (2013, with Jonathan Bates).

      I’m something of a world expert on useful perennial crops, from the tropics to the tundra. My library is full of titles like Food Plants of the World, Edible Native Plants of the Rocky Mountains, Fodder Trees of India, and People’s Plants: A Guide to Useful Plants of Southern Africa. I’ve been fortunate to be able to teach in many climates and in both English and Spanish, in the US, Mexico, Guatemala, and the Caribbean.

      I left my job an an urban farm manager in 2009 to dedicate myself to stabilizing the climate with perennial crops. Since then I’ve been actively researching, presenting and writing on the topic. I’m finally ready to write full stem ahead, thus my Kickstarter campaign.

      Websites
      perennialsolutions.org

      https://www.kickstarter.com/projects/1115575313/writing-toolkit-for-climate-stabilization-with-tre

      http://www.perennialsolutions.org/perennial-farming-systems-organic-agriculture-edible-permacultur

    • C’est la plaie car « staple » et « crops » ne se traduisent pas bien.
      « Crops » c’est culture au sens espèce cultivée et/où récoltes
      « Staple » c’est un aliment de base (céréales, patates, châtaignes), genre qui apporte une grosse partie des calories.

      Donc en gros les espèces/cultures vivaces qui peuvent composer la base de notre alimentation

      Je trouve son travail très chouette, j’ai déjà posté d’autres vidéos de ses conférences/interventions

    • Merci pour tes précisions.

      Dans ce cas dans « staple » je crois qu’il faudrait aussi rajouter les légumineuses pour leur qualité nutritives (leur apport en protéines), et parce que traditionnellement nos ancêtres ont toujours équilibré leur alimentation avec les légumineuses.

      Je vais voir si je peux facilement trouver les vidéos d’Eric Toensmeier que tu as partagées sur seenthis.

    • Excellent, justement j’avais opté pour une recherche tous azimuts sur le tag permaculture, sans vraiment profiter du moteur de recherche.

      C’est génial de voir passer tous ces noms de plantes vivaces (staple crops) locales des régions tropicales, et aussi de lire comment elles sont traduites en anglais. Ca me permet de savoir lesquelles sont importantes pour l’alimentation. J’entends souvent parler de la banane plantin , probablement ça doit etre dû à ses qualités (nutritives peut-être).

    • Imagines que je vis sous une lattitude tropicale humide (île de la Réunion), et que sur les marchés tu n’as toujours que les mêmes plantes vivaces (la plupart du temps une seule variété d’une même plante vivace), et bourrés de pesticides (j’exagère un peu parce que beaucoup sont passés à l’agriculture raisonnée, qui reste critiquable). Jusqu’à peu, tu trouvais une seule variété de tomates, des laitues (mais pas de roquette par exemple), des variétés de brèdes (mais pas d’épinards ou de blettes), des racines mais pas de radis (noirs, rouges) ; de l’oignon mais pas d’échalottes, des rares citrons « péi » mais le plus souvent des citrons d’israel, des fruits tropicaux toujours les mêmes et souvent arrosés de pesticides ou de lisiers (les ananas par exemple, recoivent comme engrais du lisier de porc industriel, car il faut bien s’en débarraser, beaucoup d’engrais pour raccourcir/accélérer leur cycle de maturité).

      Mais depuis peu, de nouveaux agriculteurs venus de métropole sont venus s’installer, et apportent sur le marché de nouvelles variétés et produits : du fromage de chèvre par exemple (produits à l’intérieur des plaines), radis noirs, choux rave, feuilles et tiges de blettes, feuilles d’épinards, branches de céleri, fenouille (tubercule), roquette, etc ; le tout dans une autre façon de faire de l’agriculture.

      Quand on prend conscience de tout ça, on trouve un nouveau plaisir, celui de la cuisine, et ensuite de produire soi-même certains ingrédients de la cuisine (par exemple des citrons et des piments), me semble une suite logique.

    • Par exemple en 4 ans que je fais le marché, ce n’est que très récemment que j’ai aperçu du poivre frais vendu sur un étalage du marché (on trouve du piment frais, c’est normal - deux ou trois variétés de piments - mais personne du poivre frais ?).

      J’habite la ville, et les gens ont complètement perdu le lien à la terre et pratiquement personne n’a de petits potagers chez soi, mais généralement des pelouses bien vertes et rituellement taillées, un jardin bien propre débarrassé de toutes feuilles (les feuilles des arbres ça se jete dans des sac plastiques de 100L et on balance le tout sur les trottoirs une fois par mois pour les déchets verts). Dans les jardins on retrouve le plus souvent, papayers, manguiers ou jacquiers, qui souvent finissent par terre et pourrissent. Parfois des pamplemousses qui donnent des fruits que les gens ne cueillent pas. Et en ville, probablement que les gens ont oublié l’échange de fruits du jardin entre voisins.

      Dans les espaces publics, ce qu’on aime ce sont les plantes ornementales (arbres ou arbustes), mais assez peu d’arbres qui font vraiment de l’ombre.

    • Ah un climat tropical humide ! Sans rien n’y connaître des contraintes, ça me parait le paradis des plantes comestibles vivaces et des pratiques d’horticultures (petites surfaces en polycultures de légumes vivaces ou annuels, d’arbustes et d’arbres). Mais évidemment la modernité a du faire pas mal de dégâts. Dommage que tu sois en ville (privé(e) de jardin du coup j’imagine).

      Il y a énormément de ressources sur les tropiques en permaculture, mis je ne m’y suis pas plus intéressé que ça (je ne projette pas d’aller dans les tropiques, et c’est trop frustrant de voir toutes les belles plantes que vous avez !). Mais si y a moyen de dégoter un bout de terrain, tu pourrais faire pousser plein de trucs vivaces, comme des haricots, des concombres, des types de courges, plein de verdure, etc... Le livre Perennial Vegetables de Toensmeier pourrait t’intéresser, je l’ai dispo en version électronique (tu peux mettre ton mail et effacer le message quand je l’ai). Ça peut peut être t’intéresser : https://www.youtube.com/watch?v=2cr10nOm0xU

      Ah tiens d’ailleurs je me permets, si jamais tu tombes sur des ignames bulbifères (ou hoffe ou pomme-en-l’air ou air potato) sur un marché ou magasin, tu pourrais me faire signe si tu veux bien pour qu’on voit comment je pourrais en récupérer ? J’en cherche désespérément depuis pas mal de temps pour essayer de l’hybrider à une version qui pousse en milieu tempéré mais à tubercules aériens minuscules pour essayer de créer quelque chose qui ressemble à la pomme en l’air et qui résisterait à nos froids. Merci d’avance :)


      http://www.kalou-and-cook.com/pomme-hoffe-pomme-en-lair

      (d’ailleurs Toensmeier en parle souvent, il considère que c’est une des meilleures plantes car un bon « staple » qui ne nécessite pas de creuser et donc de bousiller le sol, comme la banane plantain d’ailleurs mais la pomme en l’air peut pousser sous des latitudes moins clémentes)

    • Chouette pour les produits qui sont redevenus accessibles, je ne sais pas si ce sont des légumes difficiles à faire pousser chez vous, car certaines espèces tempérées ne poussent pas bien dans les tropiques (besoins d’une période de froid par exemple). En tout cas vous avez déjà tellement d’espèces vivaces disponibles que ça fait rêver, dont plein d’arbres à feuille comestibles, pour des salades en toute tranquilité :)

    • Ah tiens d’ailleurs je me permets, si jamais tu tombes sur des ignames bulbifères (ou hoffe ou pomme-en-l’air ou air potato) sur un marché ou magasin, tu pourrais me faire signe si tu veux bien pour qu’on voit comment je pourrais en récupérer ? J’en cherche désespérément depuis pas mal de temps pour essayer de l’hybrider à une version qui pousse en milieu tempéré mais à tubercules aériens minuscules pour essayer de créer quelque chose qui ressemble à la pomme en l’air et qui résisterait à nos froids. Merci d’avance :)

      C’est dans la même idée que l’échange de semences « en ligne », mais ça me semble moins évident à réaliser : comment envoyer une patate (la racine) par courrier postal ? Et même par personne interposée, il me semble que c’est interdit de faire voyager des plants pour éviter de propager les maladies potentielles (à confirmer quand même). Ca doit être faisable, ça me semble moins immédiat qu’avec les graines. Si quelqu’un à des conseils à donner pour faire parvenir un tubercule, ça m’intéresse.

      (d’ailleurs Toensmeier en parle souvent, il considère que c’est une des meilleures plantes car un bon « staple » qui ne nécessite pas de creuser et donc de bousiller le sol, comme la banane plantain d’ailleurs mais la pomme en l’air peut pousser sous des latitudes moins clémentes)

      Il y a énormément de ressources sur les tropiques en permaculture, mis je ne m’y suis pas plus intéressé que ça (je ne projette pas d’aller dans les tropiques, et c’est trop frustrant de voir toutes les belles plantes que vous avez !). Mais si y a moyen de dégoter un bout de terrain, tu pourrais faire pousser plein de trucs vivaces, comme des haricots, des concombres, des types de courges, plein de verdure, etc... Le livre Perennial Vegetables de Toensmeier pourrait t’intéresser, je l’ai dispo en version électronique (tu peux mettre ton mail et effacer le message quand je l’ai).

      Avec plaisir, je mettrais sur ma table de chevet. :)

      J’ai créé une « boite mail jetable » ( paramétré pour expirer dans 24h, exactement le 2014-11-21 10:26:53 +0100 CET ). Ce que fait cette adresse mail (cet alias mail , car c’est pas une vraie « boite mail »), c’est qu’elle retransmet (forward) tout ce qu’elle recoit vers ton adresse mail perso, avec la particularité que l’adresse est détruite au bout d’un temps X que tu paramètres. Très pratique. Voilà l’adresse mail jetable à utiliser :

      vekhctrw9g7pt62@jetable.org

      Ça peut peut être t’intéresser :
      https://www.youtube.com/watch?v=2cr10nOm0xU

      Merci.
      Je me prépare une journée lecture et film sur la permaculture. :)

      A propos de jetable.org :

      http://jetable.org/fr/index
      http://jetable.org/fr/about
      http://jetable.org/fr/faq

      Le mail jetable est adapté à cette protection contre les spams justement. Et je pourrais te répondre sans problème, étant donné que ton courrier dans son intégralité me sera retransmis.

    • Donc la pomme en l’air est un produit qu’on trouve assez facilement sur le marché, un peu plus cher que la pomme de terre classique. Je crois que son prix avoisine les 4euros/kg (je vais vérifier ça). Donc on en mange carrément peu.

      Au marché où j’ai l’habitude de me rendre, ce sont les producteurs qui le vendent de temps en temps sur l’étalage, et donc pas les intermédiaires qui se fournissent auprès de grossistes (qui ne vendent pas de pommes en l’air, évidemment).

      Très intéressante cette expérience d’hybridation, j’espère que ça pourra se faire. Il fautdraitse renseigner un minimum sur l’expédition d’une patate , si c’est bien de ça qu’il s’agit. :)

    • J’aime beaucoup sa façon d’analyser les différentes vivaces. C’est pas la première fois que je me dis que des fois il faut beaucoup de réflexions juste pour pouvoir formuler les choses de telle manière que l’info soit plus compréhensible, qu’elle permette aux gens plus d’action (l’empowerment quoi) ou plus de reflexions.

      Je remarque aussi qu’il n’y a pas de « basic starchs » pour les milieux tempérés. Ça ne rend le projet d’amélioration de la rusticité de la pomme en l’air que plus important et excitant :)

    • merci ton enthousiasme est très stimulante ; pour le moment j’ai l’impression de lire du chinois, et je vais devoir me programmer une mise à niveau sur les notions de bases pour comprendre cette illustration, avec pas mal de lectures à faire.

      Ca doit être du bonheur d’arriver au stade de la mise en pratique et de la réalisation d’un projet. :)

    • Pour ton cas faut regarder la case en bas à droite qui dit que t’as gagné le pactole :)

      A ta place je regarderai les espèces vivaces qui m’intéressent et qui poussent chez moi (y a des listes par climat ici d’ailleurs : http://www.perennialsolutions.org/a-global-inventory-of-perennial-vegetables ) et éventuellement chercher su le net/youtube des exemples de mélanges d’espèces qui marchent bien et des exemples de centres permaculture en région tropicale, ou en Floride et Californie.

    • Pour la mise en pratique, oui c’est très stimulant mais c’est aussi se confronter à la dure réalité quand on n’a rien fait pousser avant. J’apprends doucement mais sûrement. On peut être très calé en théorie et avoir aucune base pratique et ça peut donner des trucs marrants (et moins)

    • J’ai fait une recherche rapide sur le net concernant le transport des végétaux (expédition postale, transit douanier, etc) et les contrôles sanitaires, voilà ce que j’ai trouvé :

      Arrêté du 3 septembre 1990 relatif au contrôle sanitaire des végétaux et produits végétaux - Version consolidée au 01 mai 2010

      http://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=LEGITEXT000006076933

      Article 14

      Dans la mesure où l’introduction ou la propagation d’organismes nuisibles ne sont pas à craindre et que, à ce titre, les produits importés :

      – ne figurent pas en annexe V du présent arrêté ;
      – ne sont pas soumis à une autorisation préalable ;
      – ne sont pas du matériel génétique,

      ceux-ci sont dispensés, à titre général, du contrôle, de la présentation des documents et des restrictions d’entrée prévus aux articles 6, 7, 8 et 12 ci-dessus :

      – à l’occasion d’un déménagement ;
      par la voie postale ou sous le régime des colis postaux lorsque lesdits produits sont importés en petite quantité à des fins non industrielles et commerciales ;
      – par les frontaliers selon les règles particulières admises pour les opérations de cette espèce, pour les végétaux provenant de terrains situés en zone frontalière et exploités à partir d’exploitations agricoles voisines situées en zone frontalière ou pour les végétaux destinés à la plantation ou à la multiplication dans des terrains situés en zones frontalières ;
      à titre de consommation personnelle, et en petites quantités pour les voyageurs ;
      à l’occasion de trafic direct entre deux localités françaises et passant par le territoire d’un autre pays.

      Appel à la vigilance des jardiniers

      http://www.jardinsdefrance.org/la-collection/621-jardinage-alliance-de-la-passion-et-de-l-engagement/bioagresseurs-emergents-et-preoccupants-aspects-reglementaires?show

      Appel à la vigilance des jardiniers amateurs pour la maîtrise des risques phytosanitaires

      Les jardiniers constituent une catégorie d’acteurs très importante non seulement en leur qualité « d’ange gardien » responsable de l’entretien et de l’état sanitaire des végétaux de plus de 15 millions de jardins répartis dans toutes les régions de France, mais aussi en leur qualité de citoyens voyageurs. Selon l’éloignement (pays voisins ou destinations lointaines) et le mode de déplacement utilisé (voiture, train, avion, bateau…), les introductions concernent des plantes ou parties de plantes destinées à être cultivés (végétaux ou boutures racinés avec ou sans substrat, greffons d’arbres fruitiers, semences potagères, bulbes et tubercules d’ornement) ou encore des fruits et légumes pour la consommation ainsi que des fleurs et feuillages coupés ornant temporairement la maison. Tout cela peut être fait sans risque à condition de se faire délivrer un certificat phytosanitaire par les services officiels de l’organisation nationale de protection des végétaux du pays d’importation. Ces documents officiels constituent une garantie car ils attestent que les végétaux ont été inspectés en production ou sur le lieu d’exportation et que leur état sanitaire est conforme aux réglementations en vigueur. Par méconnaissance des risques qu’une simple introduction peut faire courir à l’état sanitaire des jardins eux-mêmes, mais plus largement à la production agricole et horticole dans leur ensemble, par difficultés de se procurer les documents officiels auprès du bon service situé au bon endroit, ou encore par croyance que de faibles quantités introduites apparemment sans indices visuels d’attaque ne peuvent introduire de parasites, les particuliers ramènent souvent des végétaux sans prendre conscience des risques phytosanitaires d’introduction d’organismes nuisibles. Ceux ci sont renforcés par une pression de contrôle relativement faible des services officiels de contrôle, en raison de l’impossibilité matérielle d’examiner la multitude de bagages. Nous ne pouvons que conseiller, tout simplement, aux particuliers qui reviennent de pays tiers de ne pas ramener de végétaux ou produits végétaux. En cas de très forte motivation, il leur est alors nécessaire d’anticiper pour faire les démarches réglementaires à l’obtention du certificat phytosanitaire. Compte tenu des cultures et productions de jardins, les risques d’introduction d’organismes nuisible, par les jardiniers amateurs est très importants.

      Pour les pommes en l’air ça devrait être bon je pense...

    • Quoique, venant de la Réunion, il me semble avoir vu à la télé, un appel à vigilance, dû aux vers blancs dont la presse parlait comme une vraie peste (prolifération très rapide). Ca remonte à quelques années maintenant, mais je vais me renseigner là-dessus.

      En faite les médias nous avaient bassinés et bourrés le crânes avec cette histoire de prolifération de vers blanc ; je comprends maintenant pourquoi j’ai eu ce réflexe (parano/conditionné) de faire des recherches sur les risques phytosanitaires.

  • Visualised: how #Ebola compares to other infectious diseases | News | theguardian.com
    http://www.theguardian.com/news/datablog/ng-interactive/2014/oct/15/visualised-how-ebola-compares-to-other-infectious-diseases

    With Ebola panic spreading, we thought it might be timely to visualise the data on the infectiousness of various pathogens.

    To give a universal metric for infectiousness, we’ve used the average ‘basic reproduction number’ (also ratio or rate). It’s a statistical measure of how likely and widespread an infectious disease outbreak might be - if nothing is done to control the situation.