En 1869, par suite des manœuvres de Marx et de ses acolytes, Bakounine est exclu de l’Internationale. Il provoque la réunion d’un congrès anti-autoritaire à Saint-Imier dans le Jura suisse et y pose les bases d’un essai pratique d’anarchie-communiste. La Fédération jurassienne en résulte ; embryon des groupements futurs. Le système qu’il y exposa est resté celui de l’Anarchie : groupements d’individualités sympathiques les unes aux autres, fédération des groupements entre eux pour la reprise du bien commun en dehors de toute politique, en laissant de côté la conquête des pouvoirs publics et autres fadaises. C’est à ce système que se rallieront tôt ou tard les syndicats ouvriers lorsqu’ils se débarrasseront de l’illusion politique et des ambitieux qui les exploitent pour s’orienter vers la Grève générale. Il y a, actuellement, d’excellents symptômes dans ce sens.
En 1871, Bakounine, fidèle à son habitude d’accourir partout où l’on attaque l’autorité, prend part à l’insurrection communiste de Lyon ; il dirige une tentative sur l’Hôtel de Ville. Le mouvement comprimé, il passe en Espagne. A Barcelone, il sème ses idées et réunit un assez grand nombre de partisans. Enfin, il revient en Suisse et tente, sans succès, de reconstituer l’Internationale dans le sens anarchiste. Enfin, épuisé par tant de fatigues, par la misère et les déceptions, il meurt à Berne d’une maladie de cœur, le 6 juillet 1876.
Lui mort, son œuvre porte ses fruits. Ses idées se répandent —l’Anarchie grandit, belle de tout l’avenir.
Bakounine, c’est : l’homme d’action. Très vite il s’aperçut du néant des revendications d’ordre politique et de la perte d’énergie qui résultait des controverses sur des nuances d’opinion. Par la parole, l’écrit et l’exemple, il ne cessa de recommander la lutte effective, la prise corps à corps constante, individuelle ou collective, avec le régime capitaliste. « Nous devons faire sans cesse des tentatives révolutionnaires, disait-il à Mokriévitch, dussions-nous être battus et mis en déroute une, deux, dix fois, vingt fois même. Mais si à la vingt-et-unième fois le peuple vient nous appuyer, en prenant part à notre révolution, nous serons payés de tous les sacrifices que nous aurons supportés. »