• Spiral : #REACT-1 round 13 final report : exponential growth, high prevalence of #SARS-CoV-2 and vaccine effectiveness associated with #Delta variant in England during May to July 2021
    https://spiral.imperial.ac.uk/handle/10044/1/90800

    Seulement 50% d’efficacité contre le #Covid-19 ? Ce que dit précisément la nouvelle étude britannique sur la #vaccination - Le Parisien
    https://www.leparisien.fr/societe/seulement-50-defficacite-contre-le-covid-19-ce-que-dit-precisement-la-nou

    D’après des travaux de l’Imperial College de Londres, le risque d’être infecté chez les personnes ayant reçu deux doses de #vaccin serait réduit d’environ 50%, et celui d’avoir des formes symptomatiques de près de 60%. Cette étude, menée sur près de 100 000 habitants, n’a pas distingué AstraZeneca et Pfizer.

    […]

    L’efficacité de 59 % contre les formes symptomatiques est inférieure à celle obtenue par la majorité des études déjà connues. Toujours en Angleterre, deux doses de vaccin seraient efficaces contre le #variant Delta à hauteur de 79 %, d’après des données des Public Health England. La différence s’explique par la méthode utilisée. Comme les travaux de l’Imperial College portent sur « un échantillon aléatoire de la population générale, [celui-ci] comprend les individus asymptomatiques », a indiqué le professeur Paul Elliott, directeur du programme React-1 et professeur d’épidémiologie et de médecine de santé publique à l’Imperial College de Londres. Or, ceux-ci peuvent assez nombreux chez les vaccinés. Et les études en population réelle comme celle de Public Health England se concentrent en grande majorité sur les cas symptomatiques.

    Par ailleurs, toujours selon les résultats de l’Imperial College, les personnes positives vaccinées avaient une #charge_virale bien inférieure à celles des cas positifs non-vaccinés. Ce qui est contradictoire avec les données des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) américains communiquées vendredi, suggérant à l’inverse que la charge virale serait équivalente que l’on soit vacciné ou non (sans que l’on puisse dire si cela implique une même #contagiosité).

    #react

  • Viral Load of #SARS-CoV-2 in Respiratory #Aerosols Emitted by #COVID-19 Patients while Breathing, Talking, and Singing | Clinical Infectious Diseases | Oxford Academic
    https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab691/6343417

    Abstract

    Background

    Multiple SARS-CoV-2 superspreading events suggest that aerosols play an important role in driving the COVID-19 pandemic. To better understand how airborne SARS-CoV-2 transmission occurs, we sought to determine viral loads within coarse (>5μm) and fine (≤5μm) respiratory aerosols produced when breathing, talking, and singing.

    Methods

    Using a G-II exhaled breath collector, we measured viral RNA in coarse and fine respiratory aerosols emitted by COVID-19 patients during 30 minutes of breathing, 15 minutes of talking, and 15 minutes of singing.

    Results

    Thirteen participants (59%) emitted detectable levels of SARS-CoV-2 RNA in respiratory aerosols, including 3 asymptomatic and 1 presymptomatic patient. Viral loads ranged from 63–5,821 N gene copies per expiratory activity per participant, with high person-to-person variation. Patients earlier in illness were more likely to emit detectable RNA. Two participants, sampled on day 3 of illness, accounted for 52% of the total viral load. Overall, 94% of SARS-CoV-2 RNA copies were emitted by talking and singing. Interestingly, 7 participants emitted more virus from talking than singing. Overall, fine aerosols constituted 85% of the viral load detected in our study. Virus cultures were negative .

    Conclusions

    Fine aerosols produced by talking and singing contain more SARS-CoV-2 copies than coarse aerosols and may play a significant role in SARS-CoV-2 transmission. Exposure to fine aerosols, especially indoors, should be mitigated. Isolating viable SARS-CoV-2 from respiratory aerosol samples remains challenging, and whether this can be more easily accomplished for emerging SARS-CoV-2 variants is an urgent enquiry necessitating larger-scale studies.

    Although SARS-CoV-2 from saliva and respiratory swabs can be isolated using classical Vero E6 cells, a more sensitive culture assay using Vero E6 TMPRSS2 cells may be superior for culturing virus from patient aerosol samples. Human bronchial epithelial cells may also be more susceptible to infection with wildtype viruses than Vero cells [24]. Further efforts to identify optimal culture methods for exhaled breath and environmental samples are warranted.

    #charge_virale

  • Une synthèse d’une étude chinoise sur le potentiel de transmission du variant delta et sur sur sa capacité à engendrer des mutations.

    Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/07/17/covid-19-une-etude-chinoise-souligne-lampleur-de-la-charge-virale-a-la-phase

    Sur le plan épidémiologique, les chercheurs ont observé une différence notable avec les infections dues à la souche historique de Wuhan et d’autres variants préoccupants. Ils ont en effet observé un raccourcissement du temps moyen entre deux contaminations dans une chaîne de transmission, c’est-à-dire le temps qu’il faut pour qu’une personne nouvellement infectée en infecte une autre. Plus cet intervalle (appelé intervalle sériel) est court, plus la dynamique de l’épidémie est rapide. L’intervalle sériel n’était que de 2,3 jours en moyenne alors qu’il était, selon les études, compris entre 5,5 et 7,5 jours à Wuhan en 2020.

    Yan Li, Jun Yuan, Jianfeng He, Jing Lu et leurs collègues ont ensuite évalué le niveau des charges virales lors du premier test PCR positif. Ils révèlent que les charges virales ont été 1 260 fois plus élevées que celles enregistrées lors des infections par les souches historiques 19A et 19B le jour où le SARS-CoV-2 a été pour la première fois détecté*

    .../...

    À partir des données du séquençage génomique, les chercheurs chinois ont évalué la diversité intra-hôte qui traduit la coexistence chez un même individu, à côté du virus dominant, de virus génétiquement distincts, appelés variants minoritaires. Ceci a été recherché chez 126 patients infectés lors de cette flambée épidémique d’une durée de vingt-six jours.

    .../...

    Les résultats obtenus montrent que des variants minoritaires (iSNV, pour intrahost single nucleotide variants) ont rapidement émergé, à bas niveau, lors de cette flambée épidémique. Quatre mutations (sur les 31 identifiées) ont été fixées dans la population des virus circulant lors de cette flambée épidémique. La transmission de ces variants minoritaires a été observée d’un sujet infecté à un autre. Elle a également été observée plusieurs fois entre un donneur et plusieurs receveurs. Dans un tel cas, la possibilité existe d’une transmission d’un virus doté d’une très forte transmissibilité ou capable d’échappement immunitaire, avec le risque que ces variants se pérennisent lorsque le virus est capable de diffuser rapidement et que l’épidémie n’est pas contrôlée.

    #SARS-Cov2 #variants #charge_virale #intervalle_sériel

  • Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/07/17/covid-19-une-etude-chinoise-souligne-lampleur-de-la-charge-virale-a-la-phase

    Une vaste étude décrit la première chaîne de transmission du variant Delta du SARS-CoV-2 en Chine. Celle-ci date du 21 mai 2021. Au total, 167 infections ont été détectées à Guangzhou (province de Guangdong) puis rattachées au cas index à partir de données épidémiologiques ou génétiques. Les chercheurs chinois révèlent que les charges virales associées aux infections par le variant Delta étaient environ mille fois supérieures à celles observées avec les souches virales (19A, 19B) qui circulaient lors de l’épidémie initiale de 2020.

    À la suite de la découverte du cas index, la population de Guangzhou a été testée. Environ trente millions de tests PCR ont été réalisés entre le 26 mai et le 8 juin 2021. Un contact tracing a été réalisé avec mise en quarantaine/isolement des cas positifs.

    Les chercheurs du Centre de contrôle et prévention des maladies de Guangzhou ont analysé les données des personnes placées en quarantaine et les ont comparées à celles observées lors de l’épidémie de 2020 causées par les souches historiques 19A et 19B.

    Sur le plan épidémiologique, les chercheurs ont observé une différence notable avec les infections dues à la souche historique de Wuhan et d’autres variants préoccupants. Ils ont en effet observé un raccourcissement du temps moyen entre deux contaminations dans une chaîne de transmission, c’est-à-dire le temps qu’il faut pour qu’une personne nouvellement infectée en infecte une autre. Plus cet intervalle (appelé intervalle sériel) est court, plus la dynamique de l’épidémie est rapide.

    Dès la confirmation d’un cas, une enquête épidémiologique a été menée. Les sujets contacts ont été identifiés par interrogatoire, images de caméra de surveillance ou traçage via des applications mobiles. Ces cas contacts ont ainsi été immédiatement tracés et isolés. Un test PCR a ensuite été réalisé quotidiennement chez ces personnes placées en quarantaine, ce qui a permis aux chercheurs de déterminer l’intervalle entre l’exposition du virus et la première détection d’une charge virale au test PCR. Un séquençage génomique a enfin été réalisé à partir de l’ARN extrait des prélèvements oropharyngés.

    Publiés le 7 juillet sur le site virological.org, puis sous forme de preprint le 12 juillet sur le site medRxiv, les résultats montrent que cet intervalle, qui était de six jours (pic à 5,6 jours) lors de l’épidémie de 2020, est de seulement quatre jours (pic à 3,7 jours) en 2021. Ce paramètre est déterminant dans la mesure il indique un risque très précoce de transmission du virus. Au vu de ces éléments, les autorités sanitaires locales ont alors imposé aux personnes désireuses de quitter la ville de Guangzhou, par avion, train ou bus, de présenter un test PCR négatif non plus de 72 heures mais de moins de 48 heures.

    Charges virales 1260 fois plus élevées qu’avec les souches historiques

    Yan Li, Jun Yuan, Jianfeng He, Jing Lu et leurs collègues ont ensuite évalué le niveau des charges virales lors du premier test PCR positif. Ils révèlent que les charges virales ont été 1 260 fois plus élevées que celles enregistrées lors des infections par les souches historiques 19A et 19B le jour où le SARS-CoV-2 a été pour la première fois détecté*.

    Ces résultats se sont traduits par le fait que plus de 80 % des prélèvements oropharyngés réalisés chez des patients présentant une infection par le variant Delta renfermaient plus de 6 x 105 copies d’ARN viral/mL. Seulement 19 % des prélèvements provenant de personnes infectées par les souches historiques 19A ou 19B contenaient une charge virale aussi élevée. Ces résultats indiquent donc que le variant Delta semble plus infectieux au cours de la phase précoce de l’infection virale.

    #variant_Delta_du_SARS-CoV-2 #covid-19 #charge_virale #effet_dose #contagiosité

  • Viral infection and #transmission in a large well-traced outbreak caused by the #Delta SARS-CoV-2 variant - #SARS-CoV-2 coronavirus / nCoV-2019 Genomic Epidemiology - Virological
    https://virological.org/t/viral-infection-and-transmission-in-a-large-well-traced-outbreak-caused-by-the-delta-sars-cov-2-variant/724

    The viral loads in the Delta infections were ~1000 times higher than those in the earlier 19A/19B strain infections on the day when viruses were firstly detected

    #contagiosité #charge_virale #covid-19

  • Vaccine Breakthrough Infections with #SARS-CoV-2 Variants | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2105000

    In accordance with New York State regulations regarding eligibility, 417 employees who had received a second dose of either the BNT162b2 (Pfizer–BioNTech) or mRNA-1273 (Moderna) vaccine at least 2 weeks previously were tested between January 21 and March 17, 2021, and weekly testing continued thereafter.

    Deux patientes ont développé une forme légère de la maladie après la deuxième dose de #vaccin, 19 jours pour la première et 36 pour la seconde, le séquençage objectivant des #variants dans les deux cas.

    Par ailleurs la #charge_virale de la première patiente était particulièrement élevée.

    [...] our observations underscore the importance of the ongoing race between immunization and the natural selection of potential viral escape #mutants.

    #covid-19

  • #Transmission of #COVID-19 in 282 #clusters in Catalonia, Spain: a cohort study - The Lancet Infectious Diseases
    https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30985-3/abstract

    In our study, the viral load of index cases was a leading driver of SARS-CoV-2 transmission. The risk of symptomatic COVID-19 was strongly associated with the viral load of contacts at baseline and shortened the incubation time of COVID-19 in a dose-dependent manner.

    #contagiosité #charge_virale

  • #Écoles et #Covid : les compromis à faire pour éviter une troisième vague | Slate.fr
    http://www.slate.fr/story/199065/limiter-presence-eleves-enfants-ecoles-classes-urgence-covid-19-variant-anglai

    Un certain nombre d’études parues à ce jour montre que le rôle des #enfants a vraisemblablement été sous-estimé, sinon négligé. Testant de manière plus systématique les enfants ou mesurant leurs #anticorps, elles tendent à mettre en évidence le fait que les enfants sont au moins aussi infectés que les adultes par le SARS-CoV-2. Les enfants présentent également une #charge_virale aussi importante que celle des adultes. Dès lors, il n’y pas de raison qu’ils soient moins contagieux et aucune donnée ne va dans ce sens.

    [...]

    La #mutation du #SARS-CoV-2 en Angleterre et la situation en Irlande ont d’abord conduit à penser que le nouveau #variant était plus transmissible par les enfants que par les adultes. Or, il est tout simplement plus contagieux. L’explication aujourd’hui envisagée est que s’il y a eu, entre septembre et aujourd’hui, une transmission accrue chez les enfants, c’est parce que les modalités de #confinement édictaient de garder les #écoles ouvertes : les plus jeunes ont été parmi les seuls #vecteurs sociaux subsistant dans une société d’adultes massivement confinés et en télétravail.

    #transmission #contagiosité

  • Suivi, cas contact, cluster : le HCSP précise comment interpréter un test faiblement positif | Le Quotidien du médecin
    https://www.lequotidiendumedecin.fr/specialites/infectiologie/suivi-cas-contact-cluster-le-hcsp-precise-comment-interpreter-u

    Faiblement positif quand ct supérieur à 33,

    Cette recommandation a pour but de s’assurer d’une mise en place correcte des mesures de contrôle de la transmission du #SARS-CoV-2 basée sur le risque de contagiosité de la personne testée. Si la valeur de Ct est inférieure ou égale à 33 (c’est-à-dire que la charge virale est élevée), un isolement de 7 jours est à respecter à partir de la date du prélèvement. Si la valeur de Ct est supérieure à 33 (c’est-à-dire que la charge virale est faible), une seconde RT-PCR est recommandée 48 heures après pour déterminer la phase de la cinétique virale. En cas de second résultat avec un Ct supérieur à 33, l’isolement est levé.

    Le HCSP recommande aussi de prendre en compte le Ct dans le cadre de suivi d’infection à SARS-CoV-2, lors du transfert en soins de suite et de réadaptation ou en EHPAD de personnes ayant présenté une infection Covid-19. La valeur de Ct inférieure ou égale à 33 (c’est-à-dire une charge virale élevée) contre-indique un tel transfert.

    En hospitalisation classique, la prise en compte de la Ct permet « d’apprécier la part du niveau d’excrétion virale dans l’évolution de la maladie », ajoute les auteurs. En milieu professionnel, la valeur de Ct pourrait être un des indicateurs pour le retour au travail du personnel ou le maintien au travail. La décision de reprise ou de poursuite de l’activité professionnelle reste du domaine de la médecine du travail, et une excrétion virale modérée voire faible (Ct supérieure à 33) ne doit pas être un motif de non-respect des mesures barrières.

    #charge_virale #pcr #ct #transmission #contagiosité #covid-19

  • Viral kinetics of #SARS-CoV-2 over the preclinical, clinical, and postclinical period - PubMed
    https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33160066

    Results:
    #COVID-19 shows a very high viral load on the day of symptom development, which then decreases overall. Rapid viral proliferation was observed 0-5 days before symptoms developed. Cycle threshold (Ct) value was the lowest in the clinical course from 5 days before symptoms to 10 days after symptoms occurred (Ct < 30). The rRT-PCR results were negative approximately 3 weeks after the onset of symptoms. However, there was a continuous pattern that was negative and positive for up to 6 weeks and more.

    Conclusion:
    Considering the characteristic that COVID-19 has a high viral load before symptoms appear, it is necessary to consider to expand the scope of epidemiological investigations. As there is a very low possibility of #transmission after 10 days of symptom occurrence, it may be considered to release isolation after 10 days of symptom occurrence in limited resource situations. This study allows for the planning of epidemiological investigations, patient’s ward supply, and follow-up of patients through sequential changes in viral loads over the entire clinical course. In addition, it is possible to estimate the clinical time at which the patient is present.

    Changes in the SARS-CoV-2 Ct value of rRT-PCR in respiratory specimens. The calculated value as the mean of the Ct value of SARS-CoV-2 RNA(RdRP) in the nasopharyngeal specimens. The Ct value shows the lowest value on the day of symptoms and negative 3 weeks from the date of symptoms. (Negative > Ct value 35).

    #charge_virale #PCR #ct #contagiosité

  • La #charge_virale salivaire serait plus fiable que celle naso-pharyngée pour prédire la #sévérité de la #covid-19.

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :
    Saliva (top panels) but not NP (btm panels) viral load was elevated in hospitalized, severe and deceased patients." / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289323247022086

    Elle serait corrélée à une production tardive d’#anticorps.

    “Patients with high saliva viral load developed antiviral antibodies with significantly delayed kinetics than those who had low viral load.” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289340565176324

    Explication potentielle quant à cette différence

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “Why is saliva viral load a better correlate of disease than NP load? We think that NP only reflects upper respiratory tract (URT) viral replication, while saliva represents both URT and lower respiratory tract. Mucociliary clearance propels virus from LRT to oral cavity.” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289350304477187

    La charge virale naso-pharyngée serait un indicateur de #contagiosité, celle salivaire de sévérité,

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :

    "URT virus is key to transmission, but LRT is key to severe #COVID19. Saliva appears to be better at capturing the critical viral source driving severe disease.
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289351894134785

    #PCR

  • #Covid-19 : pourquoi une infection par le SARS-CoV-2 n’est pas toujours synonyme d’un test sérologique positif
    https://theconversation.com/covid-19-pourquoi-une-infection-par-le-sars-cov-2-nest-pas-toujours

    TC : La charge virale déterminerait donc la sévérité de l’infection ?

    SF-K : Elle y contribue, mais on ne peut pas dire qu’à elle seule elle détermine la gravité de la maladie. Ce n’est probablement pas l’unique paramètre. On découvre par exemple que certaines personnes ne produisent pas beaucoup d’interféron, ou ont des auto-anticorps anti-interférons (qui s’attaquent donc à leurs propres interférons et affaiblissent leurs défenses…). La réponse est probablement multifactorielle, dépendant du bagage immunitaire, de la génétique…

    • ... théoriquement on peut imaginer que l’organisme parvienne à se débarrasser du coronavirus sans recourir aux anticorps ?

      SF-K : Oui, effectivement. Lorsque nous avons vérifié la réponse des lymphocytes T des partenaires qui avaient eu des symptômes mais étaient séronégatifs, on a constaté que chez plusieurs d’entre eux, elle était du même type que celle de leur partenaire « cas index ». Cela signifie qu’ils ont probablement été exposé au virus. Leur réponse T a peut-être été tellement efficace qu’elle a éliminé le virus, ou qu’ils n’ont eu besoin que de peu d’anticorps pour y parvenir, lesquels sont en quantité si faibles qu’ils n’ont pas pu être détectés ou ont disparu rapidement ensuite.

      Reste le cas des patients symptomatiques qui n’ont ni anticorps, ni réponse cellulaire T significative. Chez eux, on peut imaginer que la réponse immunitaire innée, immédiate, a suffi à éliminer le virus. Ils n’auraient donc pas eu besoin de déclencher le reste du processus.

      #immunité

  • Covid-19 : « Des biais amplifient artificiellement le nombre de cas positifs et faussent la perception de la gravité de l’épidémie »
    TRIBUNE, Didier Sicard, Médecin, Patrick Guérin, Vétérinaire
    https://www.lemonde.fr/idees/article/2020/11/07/covid-19-des-biais-amplifient-artificiellement-le-nombre-de-cas-positifs-et-

    Le dépistage des cas de Covid-19 sans évaluation de la charge infectieuse est un non-sens épidémiologique.

    Tribune. Les meilleures décisions lors d’une crise sanitaire sont fondées sur des données scientifiques solides pour être ensuite arbitrées politiquement. Or, si les décisions concernant la gestion de la crise du Covid-19 depuis mi-mars reposaient sur le nombre de personnes admises en réanimation et le nombre de décès liés à ce virus, les autorités sanitaires ont changé d’indicateur pour s’appuyer essentiellement sur le taux d’incidence.

    Cet indicateur, diffusé et commenté chaque soir par les médias, recense le nombre de personnes testées « positives » au Covid-19 rapporté à une population donnée (100 000 personnes testées).

    Simplisme excessif

    Pour déterminer ce taux, les autorités sanitaires s’appuient sur le test dit RT-PCR. https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/22/fonctionnement-fiabilite-alternatives-30-questions-sur-les-tests-pcr_6053146 De nombreux scientifiques, dont l’Ecole de santé publique de l’université Harvard, repris dans un article du New York Times du 29 août 2020 https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html, ont mis en évidence ses limites, en raison du simplisme excessif de sa réponse – la personne est dite « positive » indépendamment de la charge virale (quantité de virus présent) et, par conséquent, de sa contagiosité.

    Or le coefficient d’amplification dit « CT », c’est-à-dire le chiffre à partir duquel apparaît la fluorescence, est essentiel. Plus le chiffre est bas, plus la charge virale est élevée, donc la contagiosité, et inversement.
    En effet, si la zoonose Covid-19 est due au virus SARS-CoV-2, l’inverse n’est pas vrai : la présence de fragments de SARS-CoV-2 dans les fosses nasales n’entraîne pas automatiquement la maladie, ni la contamination. Or, ce CT n’est pas harmonisé, variant de 20 à plus de 40, selon les laboratoires de biologie médicale et selon les pays, alors qu’il s’agit d’une politique de santé publique.

    Comme l’a signalé la Société française de microbiologie (SFM) le 25 septembre [à télécharger ici https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/10/Avis-SFM-valeur-Ct-excrétion-virale-_-Version-Finale-07102020-V3., saisie pour avis par la direction générale de la santé et qui n’en a pas tenu compte ni ne l’a diffusé, cette hétérogénéité comporte un certain nombre de biais importants : elle identifie un fragment d’ARN et non un virus, a fortiori encore moins un « cas de Covid-19 » ; elle ne tient pas compte de la charge virale de la personne, donc de sa contagiosité ; la rémanence des fragments d’ARN, donc la positivité, peut être longue ; au-delà d’un nombre de cycles d’amplification supérieur à 33, il s’agit d’un « cas positif faible » ; l’interprétation du résultat doit prendre en compte les signes cliniques par un médecin, ce qui n’est quasiment jamais le cas.

    Communication anxiogène

    Ces biais ont conduit la SFM à indiquer dans son avis rendu à la direction générale de la santé qu’un « portage prolongé de l’ARN viral est possible après la phase de guérison et a été rapporté jusqu’à plus de soixante jours après le début des signes cliniques. La détection d’ARN viral par RT-PCR ne signifie pas forcément qu’il y a des particules virales infectieuses dans les échantillons biologiques » . Dit autrement, des personnes ont été confinées par milliers inutilement, alors qu’elles n’étaient plus contagieuses, et ce pour un coût exorbitant pour les finances publiques et l’activité économique.
    Dès le 25 septembre, une analyse menée sur les résultats positifs d’un laboratoire du Morbihan avait confirmé ces biais en montrant que, sur 786 échantillons de « cas testés positifs », un sur trois était « positif faible ». L’estimation de la réussite de la mise en culture des prélèvements, c’est-à-dire du risque infectieux de la personne testée « positive », était en outre inférieure à 45 %.

    Ces biais, connus depuis le mois d’août, ne sont pas pris en compte par les autorités sanitaires pour pouvoir interpréter tous les indicateurs dérivés du test RT-PCR, tels que le taux d’incidence communiqué chaque jour, ou le « R zéro » (nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter) pourtant crucial afin de mesurer l’intensité d’une épidémie, ou encore le « contact tracing » [ processus d’identification des personnes ] et son efficacité pour lequel sont mobilisées plus de 4 000 personnes.

    Ces biais amplifient artificiellement le nombre de cas « étiquetés positifs Covid-19 », et faussent la perception de la gravité de l’épidémie et sa persistance, à travers une communication anxiogène. L’Espagne n’a d’ailleurs pas hésité à sauter le pas en réduisant le nombre de cycles d’amplification (CT) des tests RT-PCR, conduisant à une division des « cas positifs » de 50 % en une journée. L’Allemagne s’interroge aussi, en multipliant de nouveaux moyens de prélèvement pour standardiser en aval les mesures de charge virale.

    4 milliards d’euros

    La connaissance et la correction de ces biais sont essentielles si l’on veut piloter et décider de mesures de restrictions des libertés publiques proportionnées à l’ampleur de la crise et les faire accepter par la population. Les personnes testées « positives » doivent en outre être informées du « vrai » risque qu’elles encourent. C’est une exigence législative (loi du 4 mars 2002).

    De nombreux scientifiques avaient appelé le gouvernement à revoir la politique de tests pour la rendre plus efficace – la Sécurité sociale y consacre plus de 4 milliards d’euros en année pleine – en ciblant les personnes prioritaires, et accélérer l’obtention des résultats.

    Cette efficacité ne sera pas au rendez-vous tant que les tests RT-PCR ne seront pas standardisés au niveau national. Il est impératif que l’avis de la SFM soit appliqué dès à présent par les laboratoires de biologie médicale afin que la politique de santé publique de tests RT-PCR soit harmonisée. Il en va des intérêts sanitaires, économiques et financiers de la France

    Cette standardisation, le partage des résultats, la quantification virale des eaux usées permettraient l’analyse commune et les comparaisons entre territoires, puis éventuellement entre pays, tout comme une appréciation des risques réels de l’épidémie par les pouvoirs publics et la population.

    Patrick Guérin est le président d’OpenHealth Company ; Didier Sicard est l’ancien président du Comité consultatif national d’éthique (CCNE) pour les sciences de la vie et de la santé.

    #covid-19 #tests_RT-PCR #charge_infectieuse #eaux_usées

    • Oui, bien sûr.


      Et il faudrait y ajouter, les décès, les covid longs et les effets indirects invalidants ou mortels de la saturation du sytème de santé ("pertes de chance").
      Mais quand même, la batterie de moyens utilisables oblige à prendre en compte les difficultés posées par chacun d’entre-eux, tests PCR inclus. Ce qui est gênant dans l’article c’est le plaidoyer pour une vérification de la positivité au covid par examen clinique. On sait que ça suffit pas dans tous les cas. Mais chercher à comprendre ce qu’il en est de la charge infectieuse (ou de l’effet dose, par exemple), ou rappeler que le suivi des eaux usées (dont je ne vois d’écho qu’à propos de Marseille, ce qui parait incroyable) permettrait une autre approche du #taux_de_prévalence du virus

    • À lire en triant quelques commentaires sur la page d’origine, il était sans doute pas nécessaire de relayer cette tribune. Le journal offre un lot de consolation au réseau Mucchielli dont il n’avait pas publié la tribune avec un papier qui se pare de scientificité. Décidément, je ne suis pas vétérinaire. @kassem @vazi @die_brucke

      • Je suis franchement étonné du manque de connaissances scientifiques affiché par ces 2 auteurs, qui auraient du prendre la peine de faire relire leur texte par quelqu’un d’éduqué. 1/ le Ct n’est pas le coefficient d’amplification mais le nombre de cycles à partir duquel le signal devient supérieur au bruit de fond ("threshold cycle" = cycle seuil) ; 2/ Personne ne connait la relation exacte entre valeur du Ct et charge virale négligeable (ce que les auteurs disent eux mêmes), donc ou plasser le curseur pour les autorités de santé publique ? 3/ La solution proposée par les auteurs conduit à ce que des personnes venant juste d’être infectées et ayant donc encore une charge virale faible soient déclarées négatives alors qu’elles seront positives quelques jours plus tard, d’ou retard à la détection. Je n’ose même pas imaginer que ces auteurs ont ou aient eu des responsabilites décisionnelles touchant à la politique de santé publique en France.

      • Raisonnement pas faux sur le plan technique, mais totalement inadapté à la situation actuelle de gestion de l’épidémie. C’est la problématique bien classique en médecine du seuil diagnostique : plus on baisse le curseur moins on a de #faux_positifs, mais plus on a de #faux_négatifs. Débat classique en médecine depuis de nombreuses années par exemple dans la gestion de l’HTA, du diabète ou de l’hypercholestérolémie.
      A l’échelon individuel, un faux positif est ennuyeux pour le patient car on va isoler pour 7 à 10 j quelqu’un qui probablement pas contagieux. Par contre au niveau collectivité, un faux négatif est nettement dangereux car on va rassurer faussement et laisser se balader dans la nature quelqu’un qui est contagieux.

      • ...peu importe la méthode de détection tant qu’elle est constante : l’Espagne a vu ses cas divisés par deux dans les chiffres, mais l’épidémie n’a pas régressé pour autant, donnant à tort le sentiment d’une amélioration. Enfin, les auteurs recommandent de se baser sur le nombre de personnes hospitalisées ou admises en réanimation, sans préciser que ces indicateurs ont tout simplement 3 semaines de retard sur le taux de contamination. On ne peut pas se permettre 3 semaines de latence pour réagir. Bref, c’est un peu d’eau au moulin des complotistes et autres réfractaires, sans intérêt pratique pour les autres.

      • Un vétérinaire qui via sa socéité Open Health collecte analyse et vend des données de santé associé à un médecin de 82 ans qui a l’air à peu près dans le même état de clairvoyance scientifique que Luc Montanier (voir l’entrevue de #Didier_Sicart du 20 Juin sur public-sénat, bcp de délire !) tout ça pour nous raconter des choses évidentes que n’importe quel étudiant en thèse faisant de la PCR en routine peut expliquer à tout le monde. Tout ceci a déja été exposé sur un post précédent. La #charge_virale c’est le dénombrement des virus vivants ; détermination longue, très coûteuse car nécessitant du personnel et des locaux appropriés pour la culture cellulaire. Dans tous les cas cela dépendra toujours de la qualité du prélèvement et du moment où il est fait.

      #Patrick_Guérin est un des signataires de la tribune initiée en septembre par le sociologue #Laurent_Mucchielli, publiée par le Parisien, et qui prétendait qu’il n’y avait pas de deuxième vague.

      • Si on s’était retrouvé avec une augmentation exponentielle des cas sans saturation des hôpitaux, cette tribune aurait pu être une contribution utile. Hélas l’explosion des cas que l’on a mesurée (exacte ou pas) a bel et bien conduit à la saturation des hôpitaux au moment qu’avait indiqué l’institut Pasteur dès la fin Août. Le thermomètre est donc suffisamment précis. Mais nos gouvernements n’ont pas voulu le voir.

  • Your #Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be. - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

    Au lieu d’éliminer les #asymptomatiques de la sélection des sujets testés, les experts interrogés sont en faveur de l’utilisation de tests de détection d’#antigènes viraux, qui sont moins sensibles que les tests PCR (mais pouvant être très spécifiques https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen-tests-guidelines.html), en partant du principe qu’en-dessous d’une certaine #charge_virale on aurait peu de chances d’être contagieux.

    Some of the nation’s leading public health experts are raising a new concern in the endless debate over coronavirus testing in the United States: The standard tests are diagnosing huge numbers of people who may be carrying relatively insignificant amounts of the virus.

    Most of these people are not likely to be contagious, and identifying them may contribute to bottlenecks that prevent those who are contagious from being found in time. But researchers say the solution is not to test less, or to skip testing people without symptoms, as recently suggested by the Centers for Disease Control and Prevention.

    Instead, new data underscore the need for more widespread use of rapid tests, even if they are less sensitive.

    “The decision not to test asymptomatic people is just really backward,” said Dr. Michael Mina, an epidemiologist at the Harvard T.H. Chan School of Public Health, referring to the C.D.C. recommendation.

    “In fact, we should be ramping up testing of all different people,” he said, “but we have to do it through whole different mechanisms.”

    #covid-19 #contagiosité #sars-cov2 #transmission

  • Pediatric SARS-CoV-2: Clinical Presentation, Infectivity, and Immune Responses - The Journal of Pediatrics
    https://www.jpeds.com/article/S0022-3476(20)31023-4/abstract

    Study design:
    Children ages 0-22 years with suspected severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (#SARS-CoV-2) infection presenting to urgent care clinics or being hospitalized for confirmed/suspected SARS-CoV-2 infection or multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) at Massachusetts General Hospital (MGH) were offered enrollment in the MGH Pediatric #COVID-19 Biorepository. Enrolled children provided nasopharyngeal, oropharyngeal, and/or blood specimens. SARS-CoV-2 viral load, ACE2 RNA levels, and serology for SARS-CoV-2 were quantified.

    Results
    A total of 192 children (mean age 10.2 +/- 7 years) were enrolled. Forty-nine children (26%) were diagnosed with acute SARS-CoV-2 infection; an additional 18 children (9%) met criteria for MIS-C. Only 25 (51%) of children with acute SARS-CoV-2 infection presented with fever ; symptoms of SARS-CoV-2 infection, if present, were non-specific. Nasopharyngeal viral load was highest in children in the first 2 days of symptoms, significantly higher than hospitalized adults with severe disease (P = .002). Age did not impact viral load, but younger children had lower ACE2 expression (P=0.004). IgM and IgG to the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein were increased in severe MIS-C (P<0.001), with dysregulated humoral responses observed.

    No SARS-CoV-2 RNA was detected in the serum of any children.

    #enfants #charge_virale #ace2

  • Age-Related Differences in Nasopharyngeal Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Levels in Patients With Mild to Moderate Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) | Infectious Diseases | JAMA Pediatrics | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2768952

    #Covid-19 : non, les #enfants de moins de 5 ans ne sont pas extrêmement contagieux
    https://www.franceinter.fr/societe/covid-19-non-les-enfants-de-moins-de-5-ans-ne-sont-pas-extremement-conta

    Dans cette étude, publiée ce jeudi 31 juillet dans la revue JAMA Pediatrics, les chercheurs de Chicago ont réalisé des tests de dépistage avec prélèvement nasal sur 145 patients dont 46 enfants de moins de cinq ans. Ils ont ainsi relevé que la #charge_virale du coronavirus chez ces derniers était 10 à 100 fois plus élevée que celle trouvée chez des enfants plus âgés et des adultes. Les auteurs précisent qu’une étude en laboratoire a prouvé que plus il y avait de matériel génétique du virus, également appelé la charge virale, plus ce dernier pouvait devenir contagieux. « Par conséquent, les jeunes enfants peuvent potentiellement être d’importants facteurs de contagion du #SARS-CoV-2 dans la population » ont ainsi conclu les chercheurs.

    Des conclusions exagérées estime le professeur Robert Cohen.

    Le pédiatre Robert Cohen, vice président de la Société Française de Pédiatrie, a justement mené au printemps une étude sur 600 enfants franciliens qui montraient que les moins de 15 ans étaient entre 2 à 7 fois moins souvent infectés. Pour lui, ce n’est pas parce que les très jeunes enfants portent une charge virale importante qu’ils sont plus contagieux : « Il y a de très nombreuses études qui ont montré que quand un enfant était contaminé, il arrivait moins facilement à transmettre le virus que des adultes. Probablement parce qu’ils sont plus petits, qu’ils émettent moins de particules et qu’ils les émettent moins haut. »

    Même constat pour l’épidémiologiste Arnaud Fontanet lui aussi auteur pour l’Institut Pasteur d’une étude dans les écoles primaires de Crépy-en-Valois, un des premiers foyers épidémiques du #coronavirus en France. « Même avec des charges virales identiques ou supérieures, les enfants sont beaucoup plus asymptomatiques. Et donc on se demande s’ils ne sont pas moins contagieux parce que c’est lorsque vous toussez que vous allez expulser des gouttelettes qui elles peuvent évidemment transmettre le virus. »

    #transmission #PCR

  • #Immunité(s) contre le #SARS-CoV-2 : votre thriller de l’été ! - EurekaSanté par VIDAL
    https://www.vidal.fr/actualites/25369/immunite-s-contre-le-sars-cov-2-votre-thriller-de-l-ete

    #Immunité_innée et sévérité de la maladie : le rôle des interférons se confirme

    Dans notre article du 23 juin 2020, nous donnions les résultats d’une étude montrant qu’une faible charge infectieuse de SARS-CoV-2 stimule fortement et rapidement la production d’i#nterférons de type 1 et 3 (IFN alpha 5, bêta 1, gamma 1, entre autres) par l’épithélium nasal, mais qu’une forte charge infectieuse déclenche une inhibition de cette production pendant 24 à 48 h, ce qui pourrait entraîner des formes plus graves de la maladie.

    Une étude Inserm/AP-HP, récemment publiée dans Science et menée sur 50 patients, apporte de l’eau au moulin de l’hypothèse d’un lien entre la réponse locale par interféron et la sévérité de la maladie. Selon elle, les patients présentant des formes sévères ou très sévères de COVID-19 partagent des caractéristiques communes de leur réponse immunitaire innée : une faible production d’#interféron bêta et une absence de production d’interféron alpha, associée à une forte #charge_virale et un état fortement inflammatoire (augmentation des taux de TNF-alpha et d’interleukine 6).

    Les auteurs proposent l’idée selon laquelle, chez un patient récemment symptomatique, une évaluation de la production des interférons de type 1 (mesurables dans le sang) pourrait permettre de prédire la gravité ultérieure de la maladie.

    En conclusion, où en sommes-nous ?
    L’immunité humorale contre le SARS-CoV-2 est proportionnelle à la gravité de la maladie et semble diminuer rapidement. Sa persistance, également proportionnelle à la sévérité des symptômes, est d’au moins 3 mois, probablement de 6 à 12 mois en moyenne.

    L’immunité cellulaire contre le SARS-CoV-2 pourrait persister plus longtemps, si l’on en croit les données disponibles sur le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV, et au vu de l’apparition de cellules souches mémoire, connues pour persister plusieurs années. Elle pourrait assurer une protection partielle contre les réinfections (diminution de la sévérité des symptômes comme observé avec 229E chez l’homme ou SARS-CoV-1 chez la souris).

    La dynamique de disparition des anticorps contre le SARS-CoV-2 épouse celle des anticorps contre les HCoV, ce qui pourrait suggérer, une fois la phase primaire de la pandémie achevée, une cyclicité de la #COVID-19 tous les 3 ans environ, avec de possibles réinfections plus précoces (12 mois).
    Chez les patients paucisymptomatiques, on peut observer une réponse humorale moins intense et probablement moins persistante, une réponse locale (IgA), une réponse cellulaire, et aussi parfois une absence de signes de réponse humorale (séronégativité) en présence d’une immunité cellulaire.
    Chez les patients asymptomatiques, il peut y avoir une réponse humorale plutôt fugace, voire indétectable, une réponse cellulaire de durée indéterminée et/ou une réponse locale (IgA), les deux dernières pouvant être présentes en l’absence de signes d’immunité humorale.
    La présence d’une immunité cellulaire et locale robuste, en l’absence d’anticorps circulants, rend plus complexe la mesure de l’immunité de groupe. Celle-ci pourrait se situer autour de 70 % de la population générale.
    Pour l’instant, aucun signe ne suggère un rôle protecteur de l’immunité humorale croisée avec les HCoV, en tout cas chez les enfants.

  • #COVID-19 : Une #charge_virale plus élevée en cas de symptômes plus légers ! | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-une-charge-virale-plus-elevee-en-cas-de-symptomes-plus-legers

    Étude rétrospective,

    L’étude montre [...] que le coronavirus #SRAS-CoV-2 atteint son pic de charge virale aux premiers stades de la maladie et avant l’apparition des symptômes chez les patients qui en développeront. Quant aux patients moins symptomatiques, ils présentent une charge virale plus élevée lorsqu’ils sont diagnostiqués et représentent, selon ces chercheurs, une source virale et un risque de #transmission plus élevés. Selon ces scientifiques de la New York University Langone Health, ces personnes, infectées mais pré ou asymptomatiques constituent bien « une cible de population négligée importante pour la maîtrise de l’infection ».

    Source :

    Association of Initial Viral Load in Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Patients with Outcome and Symptoms - The American Journal of Pathology
    https://ajp.amjpathol.org/article/S0002-9440(20)30328-X/abstract

    #PCR

    • Unexpected: Higher Viral Loads Seen in Less Severe COVID-19
      https://www.medscape.com/viewarticle/934147

      Interestingly, they linked higher viral loads with significantly shorter symptom duration in all patients, regardless of hospitalization, and with shorter length of stay for hospitalized patients. No significant association, however, emerged regarding intensive care unit (ICU) admission, length of oxygen support, or overall survival.

      [...]

      International studies appear to lack consensus regarding viral loads and clinical severity. For example, a study in Lombardy, Italy revealed no difference in viral loads between asymptomatic carriers and symptomatic patients with COVID-19. In contrast, previous findings from Asian cohorts revealed similar trends to the current study, where patients with mild disease had the highest copy numbers during the first and second week after symptom onset.

  • #charge_virale et #sévérité de la covid-19

    MGH FLARE - April 11 - Viral Load in #COVID-19
    https://us19.campaign-archive.com/?u=ef98149bee3f299584374540a&id=b96a978727

    Most patients with SARS-CoV-2 infection experience rapid viral clearance. Viral load declines in concert with the development of an effective immune response. Some patients, however, have a more severe course, which begs an important question: is this more severe presentation due to failure to mount an effective immune response or to immune-mediated illness? As we consider immunomodulation therapy for COVID-19, the data on #SARS-CoV-2 from Liu and colleagues, and from a retrospective analysis of SARS-CoV-1, are an important caution that severe disease may, in fact, be due to failure to clear the virus. At this time, however, we truly do not know the answer to this crucial question.

    Liu, Y., Yan, L.-M., Wan, L., Xiang, T.-X., Le, A., Liu, J.-M., Peiris, M., Poon, L.L.M., and Zhang, W. (2020). Viral dynamics in mild and severe cases of COVID-19. Lancet Infect. Dis.

    Peiris, J.S.M., Chu, C.M., Cheng, V.C.C., Chan, K.S., Hung, I.F.N., Poon, L.L.M., Law, K.I., Tang, B.S.F., Hon, T.Y.W., Chan, C.S., et al. (2003). Clinical progression and viral load in a community outbreak of coronavirus-associated SARS pneumonia: a prospective study. Lancet 361, 1767–1772.

  • Thread by MartinFierro769 : 1/n Pour mieux comprendre la Covid19, deux études me paraissent particulièrement importantes. Il s’agit d’études de cas. La première est une…
    https://threadreaderapp.com/thread/1248649044202840067.html

    Pour mieux comprendre la Covid19, deux études me paraissent particulièrement importantes. Il s’agit d’études de cas. La première est une étude allemande que j’avais repérée il y a qqs semaines en preprint et qui a été publiée par la suite dans @nature nature.com/articles/s4158…

    #coronavirus #sérologie #contagion #charge_virale

  • #charge_virale et durée de viabilité du sars-cov2
    #Contagiosité des patients porteurs du sars-cov2

    Les super-spreaders du #coronavirus : que faut-il savoir ? - BBC News Afrique
    https://www.bbc.com/afrique/monde-51452139

    Qu’est-ce qu’un super-propagateur ?

    Baptisé « super-spreader » en anglais, ce terme vague, sans réelle définition scientifique, décrit une personne porteur du virus qui en contamine accidentellement plusieurs autres.

    En moyenne, chaque personne contaminée par le coronavirus le transmet à deux ou trois autres personnes.

    Mais ce n’est qu’une moyenne ; certaines personnes ne le transmettront à personne tandis que d’autres contamineront bien plus de personnes.