• #Écoles et #Covid : les compromis à faire pour éviter une troisième vague | Slate.fr
    http://www.slate.fr/story/199065/limiter-presence-eleves-enfants-ecoles-classes-urgence-covid-19-variant-anglai

    Un certain nombre d’études parues à ce jour montre que le rôle des #enfants a vraisemblablement été sous-estimé, sinon négligé. Testant de manière plus systématique les enfants ou mesurant leurs #anticorps, elles tendent à mettre en évidence le fait que les enfants sont au moins aussi infectés que les adultes par le SARS-CoV-2. Les enfants présentent également une #charge_virale aussi importante que celle des adultes. Dès lors, il n’y pas de raison qu’ils soient moins contagieux et aucune donnée ne va dans ce sens.

    [...]

    La #mutation du #SARS-CoV-2 en Angleterre et la situation en Irlande ont d’abord conduit à penser que le nouveau #variant était plus transmissible par les enfants que par les adultes. Or, il est tout simplement plus contagieux. L’explication aujourd’hui envisagée est que s’il y a eu, entre septembre et aujourd’hui, une transmission accrue chez les enfants, c’est parce que les modalités de #confinement édictaient de garder les #écoles ouvertes : les plus jeunes ont été parmi les seuls #vecteurs sociaux subsistant dans une société d’adultes massivement confinés et en télétravail.

    #transmission #contagiosité

  • Suivi, cas contact, cluster : le HCSP précise comment interpréter un test faiblement positif | Le Quotidien du médecin
    https://www.lequotidiendumedecin.fr/specialites/infectiologie/suivi-cas-contact-cluster-le-hcsp-precise-comment-interpreter-u

    Faiblement positif quand ct supérieur à 33,

    Cette recommandation a pour but de s’assurer d’une mise en place correcte des mesures de contrôle de la transmission du #SARS-CoV-2 basée sur le risque de contagiosité de la personne testée. Si la valeur de Ct est inférieure ou égale à 33 (c’est-à-dire que la charge virale est élevée), un isolement de 7 jours est à respecter à partir de la date du prélèvement. Si la valeur de Ct est supérieure à 33 (c’est-à-dire que la charge virale est faible), une seconde RT-PCR est recommandée 48 heures après pour déterminer la phase de la cinétique virale. En cas de second résultat avec un Ct supérieur à 33, l’isolement est levé.

    Le HCSP recommande aussi de prendre en compte le Ct dans le cadre de suivi d’infection à SARS-CoV-2, lors du transfert en soins de suite et de réadaptation ou en EHPAD de personnes ayant présenté une infection Covid-19. La valeur de Ct inférieure ou égale à 33 (c’est-à-dire une charge virale élevée) contre-indique un tel transfert.

    En hospitalisation classique, la prise en compte de la Ct permet « d’apprécier la part du niveau d’excrétion virale dans l’évolution de la maladie », ajoute les auteurs. En milieu professionnel, la valeur de Ct pourrait être un des indicateurs pour le retour au travail du personnel ou le maintien au travail. La décision de reprise ou de poursuite de l’activité professionnelle reste du domaine de la médecine du travail, et une excrétion virale modérée voire faible (Ct supérieure à 33) ne doit pas être un motif de non-respect des mesures barrières.

    #charge_virale #pcr #ct #transmission #contagiosité #covid-19

  • Viral kinetics of #SARS-CoV-2 over the preclinical, clinical, and postclinical period - PubMed
    https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33160066

    Results:
    #COVID-19 shows a very high viral load on the day of symptom development, which then decreases overall. Rapid viral proliferation was observed 0-5 days before symptoms developed. Cycle threshold (Ct) value was the lowest in the clinical course from 5 days before symptoms to 10 days after symptoms occurred (Ct < 30). The rRT-PCR results were negative approximately 3 weeks after the onset of symptoms. However, there was a continuous pattern that was negative and positive for up to 6 weeks and more.

    Conclusion:
    Considering the characteristic that COVID-19 has a high viral load before symptoms appear, it is necessary to consider to expand the scope of epidemiological investigations. As there is a very low possibility of #transmission after 10 days of symptom occurrence, it may be considered to release isolation after 10 days of symptom occurrence in limited resource situations. This study allows for the planning of epidemiological investigations, patient’s ward supply, and follow-up of patients through sequential changes in viral loads over the entire clinical course. In addition, it is possible to estimate the clinical time at which the patient is present.

    Changes in the SARS-CoV-2 Ct value of rRT-PCR in respiratory specimens. The calculated value as the mean of the Ct value of SARS-CoV-2 RNA(RdRP) in the nasopharyngeal specimens. The Ct value shows the lowest value on the day of symptoms and negative 3 weeks from the date of symptoms. (Negative > Ct value 35).

    #charge_virale #PCR #ct #contagiosité

  • La #charge_virale salivaire serait plus fiable que celle naso-pharyngée pour prédire la #sévérité de la #covid-19.

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :
    Saliva (top panels) but not NP (btm panels) viral load was elevated in hospitalized, severe and deceased patients." / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289323247022086

    Elle serait corrélée à une production tardive d’#anticorps.

    “Patients with high saliva viral load developed antiviral antibodies with significantly delayed kinetics than those who had low viral load.” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289340565176324

    Explication potentielle quant à cette différence

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “Why is saliva viral load a better correlate of disease than NP load? We think that NP only reflects upper respiratory tract (URT) viral replication, while saliva represents both URT and lower respiratory tract. Mucociliary clearance propels virus from LRT to oral cavity.” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289350304477187

    La charge virale naso-pharyngée serait un indicateur de #contagiosité, celle salivaire de sévérité,

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :

    "URT virus is key to transmission, but LRT is key to severe #COVID19. Saliva appears to be better at capturing the critical viral source driving severe disease.
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289351894134785

    #PCR

  • Thread by dgurdasani1 on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1346362159446577154.html

    Transmissibility studies look at how often children get infected when exposed to an ’index case’.

    Most studies looking at both of these use symptom-based testing to determine case status. This is flawed - because children are often asymptomatic & infect adults silently.

    This means contacts of children are often wrongly identified as the index case as initial testing is based on symptoms. If contacts are then tested, it’s possible the child would then be considered as a secondary infection, or not infected at all (if swab -ve by this point)

    The second issue is that many of earlier studies on infection were carried out during lockdowns & periods where schools were either closed or attendance was much lower. This will have a huge impact on inferences, as infection in children depends on susceptibiliy & exposure

    #enfants #contagiosité #transmission #covid-19

  • #COVID-19 : Le #vaccin rend asymptomatique mais rend-il moins infectieux ? | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-vaccin-rend-asymptomatique-mais-rend-il-moins-infectieux

    L’idéal serait « un vaccin qui bloque complètement l’infection plutôt que de prévenir les symptômes », explique le Dr Joshua Schiffer, chercheur expert en maladies infectieuses au Fred Hutchinson Cancer Research Center (Seattle). Cependant, les larges études qui ont confirmé l’efficacité élevée des vaccins Moderna et Pfizer ne permettent pas de répondre à la question.
     
    2 axes de recherche sont actuellement envisagés pour résoudre la question de la transmissibilité :

    les études de provocation humaine qui consistent à exposer environ 100 volontaires au coronavirus. Un article du Dr Schiffer et de ses collègues, publié sur le serveur de prépublication MedRxiv, précise la méthodologie d’une telle étude qui consisterait à mesurer les niveaux de charge virale de participants vaccinés vs non vaccinés exposés au virus. Si le groupe vacciné ne libérait pas ou très peu de virus par rapport au groupe placebo, ce serait alors une preuve solide que non seulement le vaccin évite les symptômes, mais prévient aussi la transmission. Cependant, de telles études posent des questions éthiques et nécessitent un débat préalable.

    Un deuxième axe serait une cohorte de jeunes adultes (étudiants), connus pour être à haut risque d’infection au coronavirus, mais également moins susceptibles de développer une forme sévère de la maladie. Les participants -vaccinés et non-vaccinés- suivraient une vie normale mais subiraient des tests de charge virale réguliers et fréquents. Ainsi, au fil du temps, il deviendrait possible de comparer les modèles de transmissibilité virale entre les groupes vacciné et non-vacciné. 
     
    La mobilisation sur cette question est essentielle car la réponse a des implications sur le risque de …4è vague, après le déploiement des #vaccins.

    #transmission #contagiosité

    • ceci-dit, à terme, vu le principe de fonctionnement d’un vaccin en général, le système immunitaire des vaccinés est entraîné à flinguer le virus, donc s’il fait bien son boulot, il nettoie le terrain et y’a plus de virus à propager, non ?

    • De ce que j’en sais ce n’est pas le cas si le vaccin se contente d’empêcher le développement de la maladie sans réduire l’infectiosité du virus (sa contagiosité) ; cela pourrait même aider à une plus grande propagation (dans la mesure où le sujet ne ressentant rien il ne s’isole pas) avec des mutations plus fréquentes.

  • #Covid-19 : ce que l’on sait de la nouvelle souche plus contagieuse du coronavirus - AFP
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/20/covid-19-ce-que-l-on-sait-de-la-nouvelle-souche-plus-contagieuse-du-coronavi

    Le Royaume-Uni a informé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de la propagation « jusqu’à 70 % » plus rapide de la nouvelle souche, selon le premier ministre, Boris Johnson.

    (...) Le ministre de la santé britannique, Matt Hancock, a estimé dimanche 20 décembre que cette variante était « hors de contrôle » , justifiant ainsi le #reconfinement de Londres et d’une partie de l’Angleterre, reconfinement qui pourrait selon lui durer jusqu’à la mise en place généralisée de la campagne de vaccination.

    « Nous devions reprendre le contrôle, et la seule manière de le faire est de restreindre les contacts sociaux », a déclaré Matt Hancock sur Sky News. « Ce sera très difficile de garder [cette souche] sous contrôle jusqu’à ce qu’un vaccin soit déployé », a-t-il ajouté. La nouvelle #souche du virus serait apparue mi-septembre, soit à Londres soit dans le Kent (sud-est), selon lui.

    Un virus plus contagieux, mais pas plus de mortalité constatée

    [...]

    L’information « concernant cette nouvelle souche est très préoccupante », renchérit le Pr Peter Openshaw, immunologiste à l’Imperial College de Londres et cité sur le site du Science Media Centre, notamment parce qu’ « elle semble de 40% à 70% plus [fortement] transmissible ». « C’est une très mauvaise nouvelle », ajoute le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, (...). Pour autant, « rien n’indique pour le moment que cette nouvelle souche cause un taux de mortalité plus élevé ni qu’elle affecte les vaccins et les traitements. Toutefois, des travaux urgents sont en cours pour confirmer cela », ajoute Chris Whitty.

    Une souche qui gagne du terrain

    Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, avait estimé samedi 19 décembre que cette nouvelle variante du Sars-CoV-2, en plus de se propager rapidement, devenait aussi la forme « dominante » dans les régions concernées, ayant entraîné « une très forte hausse » des hospitalisations en décembre.
    Cet avis s’appuie sur le constat d’une « augmentation– laquelle semble être causée par la nouvelle souche – très forte des cas de contamination et des hospitalisations à Londres et dans le Sud-Est, par rapport au reste de l’Angleterre ces derniers jours », indique Paul Hunter, professeur de médecine à l’université d’East Anglia, lui aussi cité par le Science Media Centre.

    « Les coronavirus mutent tout le temps »

    Sur sa page Facebook, le généticien français Axel Kahn a rappelé que, à ce jour, « trois cent mille mutants de CoV-2 ont été séquencés dans le monde ». [d’autres, épidémiologistes, disent 4 000 variants séquencés, n’ai pas vérifié, ndc] La nouvelle souche porte notamment une mutation, nommée N501Y, dans la protéine du spicule du coronavirus, (la pointe qui se trouve à sa surface et lui permet de s’attacher aux cellules humaines pour les pénétrer). Selon le Dr Julian Tang, de l’université de Leicester, « cette mutation N501Y circulait déjà sporadiquement bien plus tôt cette année et en dehors du Royaume-Uni : en Australie en juin-juillet, aux Etats-Unis en juillet et au Brésil en avril ».

    (...) « Le plus important est de chercher à savoir si ce variant a des propriétés qui ont un impact sur la santé des humains, les diagnostics et les vaccins » . Comme le relève le Pr Axel Kahn :
    « Plus il y a de virus produits – et donc de personnes infectées –, plus il y a de mutations aléatoires, et plus grande est la fréquence de mutations avantageuses pour le virus. »

    L’association entre un nombre si élevé de mutations fait également dire à certains spécialistes que le virus aurait pu évoluer non seulement en sautant d’un hôte à l’autre, mais aussi au sein des cellules d’un même patient, qui aurait hébergé longtemps le SARS-CoV-2. Quoi qu’il en soit, comme un génome viral ne cesse de se transformer et d’évoluer, vivre avec le virus suppose qu’il faille vivre aussi avec les annonces relatives à ses inquiétantes mutations.

    Bon, beaucoup de « semble-t-il »... Mais si l’AFP publie une info qui met en cause la politique sanitaire française, ce n’est peut-être pas pour rien.

    De ce que j’avais vu, les mutations du virus étaient jusqu’ici infinitésimales, n’invalidaient ni les tests ni les vaccins, n’étaient pas non plus davantage contagieuses ou mortelles. Sauf que même à taux de mortalité constant, sans politique de suppression du virus, une contagiosité fortement accrue c’est davantage de risques de saturation/débordement des systèmes de santé, donc de mortalité (prises en charge au rabais, déprogrammations).

    Pendant ce temps, scènes d’exode à Londres avant le reconfinement, Eurostar et avions partent de GB vers le reste du monde.

    Cet excellent entretien (de juin dernier mais passé inaperçu ici) avec Isabelle Stengers aborde les mutations de virus, la crise des systèmes de santé et bien d’autres questions de façon très éclairante https://seenthis.net/messages/892363

    Edit

    L’Allemagne rejoint la liste des pays - Autriche, Pays-Bas, Belgique, Italie - qui interrompent les voyages depuis le Royaume-Uni. En France, un conseil de défense a lieu en ce moment sur la variante du Covid19
    https://www.lefigaro.fr/societes/inquiets-de-la-nouvelle-variante-du-covid-19-des-pays-coupent-leurs-liaison

    L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a de son côté appelé ses membres en Europe à « renforcer leurs contrôles ». Selon l’OMS, outre « des signes préliminaires que la variante pourrait être plus contagieuse », la variante « pourrait aussi affecter l’efficacité de certaines méthodes de diagnostic », là aussi selon « des informations préliminaires ». Il n’y a en revanche « aucune preuve d’un changement de la gravité de la maladie », même si ce point fait aussi l’objet de recherches.

    Pour autant, les scientifiques n’ont pas encore réussi à prouver en laboratoire que ce dernier est effectivement plus contagieux.
    https://www.lesechos.fr/monde/europe/coronavirus-ce-quon-sait-de-la-nouvelle-souche-apparue-au-royaume-uni-12756

    « Tout peut être expliqué par une expansion spontanée du virus, similaire à celle observée en France, en Allemagne ou en Suède, observe Patrick Berche, membre de l’Académie de médecine et ancien directeur général de l’Institut Pasteur à Lille.

    #mutation #contagiosité #protéine_Spike #spicule

    • Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear
      https://www.sciencemag.org/news/2020/12/mutant-coronavirus-united-kingdom-sets-alarms-its-importance-remains-unc

      #Christian_Drosten, a virologist at Charité University Hospital in Berlin, says that was premature. “There are too many unknowns to say something like that,” he says. For one thing, the rapid spread of B.1.1.7 might be down to chance. Scientists previously worried that a variant that spread rapidly from Spain to the rest of Europe—confusingly called B.1.177—might be more transmissible, but today they think it is not; it just happened to be carried all over Europe by travelers who spent their holidays in Spain. Something similar might be happening with B.1.1.7, says Angela Rasmussen, a virologist at Georgetown University. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’s ability to spread.

      Une incertitude de plus. Bien que l’hypothèse de variants plus dangereux demeure (oui, ça nous pend... au nez), pas de vérification pour l’heure, y compris dans ce cas, comme le disait il y a peu @arno https://seenthis.net/messages/891532

      Par ailleurs, il semble qu’en France on séquence si peu le virus qu’il faille attendre des recherches faites ailleurs toute avancée de la connaissance sur ses mutations (avec dans la presse nawak, entre 4 000 et 300 000 variants identifiés, par les spécialistes les plus éminents). Au pays des Lumières éteintes, ca doit être comme les masques en mars dernier, sans intérêt.

    • Neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni
      https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/21/neuf-questions-sur-le-nouveau-variant-du-sars-cov-2-observe-au-royaume-uni_6

      Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

      Huit de ces 17 mutations impliquent la protéine de spicule présente sur la surface du virus, celle-là même qui donne au virus sa forme de couronne et qui lui permet d’infecter certaines cellules humaines (porteuses du récepteur ACE2).

      Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

      A cela s’ajoutent six mutations supplémentaires qui n’engendrent pas un changement de composition des protéines correspondantes, ce qui aboutit à 23 changements génétiques au total. Ce nombre est inédit par rapport à ce qui avait été observé auparavant : selon une étude publiée dans Annals of Surgery début novembre, le génome du SARS-CoV-2 accumule une à deux mutations par mois, un rythme deux fois moins élevé que celui de la grippe et quatre fois moins élevé que pour le VIH.

      On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche [à l’inverse de l’article du même journal cité plus haut, ndc], car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « #variant ».

      Quand et où est apparue cette mutation ?

      Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre. Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres.

      Un nombre important de mutations ont été observées chez des patients #immunodéprimés, chez qui l’ARN du coronavirus reste détectable environ deux à quatre mois. Cette durée est suffisante pour que la population virale présente une plus grande diversité génétique. Il est donc possible, selon le rapport des chercheurs du COG-UK publié le 19 décembre, que ce lignage soit apparu chez un patient immunodéprimé atteint chroniquement du Covid-19.

      [...]

      « Les modélisations préliminaires montrent une forte association entre la présence de ce nouveau variant dans le Kent, les régions du sud-est de l’Angleterre et l’incidence en hausse de Covid-19 », écrivent les épidémiologistes du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) le 20 décembre. Elle n’est encore qu’une corrélation, non une cause, de l’accélération de l’épidémie dans ces régions.

      Ce qui est notable, en revanche, c’est que ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre.

      De plus amples observations, in vitro et in vivo, sont nécessaires pour déterminer si ce nouveau variant a acquis des propriétés qui le rendent plus transmissible. Une des mutations connues, N501Y, est suspectée d’améliorer nettement la stabilité de la liaison chimique entre le virus (précisément le domaine de liaison de sa protéine de spicule) et le récepteur ACE2, la porte d’entrée du virus dans les cellules humaines, selon des travaux publiés dans la revue Cell en août 2020 et confirmés chez la souris un mois plus tard.

      « Les données dont on dispose aujourd’hui sont épidémiologiques, mais des données virologiques sont indispensables pour mieux caractériser ce variant et ses éventuelles conséquences sur les infections et la #vaccination, souligne Vincent Enouf, directeur adjoint du centre de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur. Nos collègues anglais sont en train d’isoler ces nouveaux virus [sur des malades]. Ensuite, ils les mettront au contact d’une collection de sérums provenant de patients infectés à différents moments de l’épidémie, voire de personnes vaccinées. Grâce à une technique dite de microneutralisation, on pourra vérifier pour chacun des types de sérum si les anticorps neutralisent ou pas ce variant anglais. Les résultats devraient être connus d’ici environ une semaine. »

      (...)« Il n’existe aucune preuve que le nouveau virus est plus ou moins dangereux. Malheureusement, nous allons devoir attendre et voir si les hospitalisations et les décès évoluent dans un sens ou un autre pour le savoir », a expliqué Simon Clarke, professeur de microbiologie à l’université de Reading, au Science Media Center britannique.

      (...) « Pour le moment, il n’existe aucune preuve suggérant que ce vaccin ne soit pas efficace contre la nouvelle variante », a déclaré lundi Emer Cooke, la directrice générale de l’Agence européenne des médicaments, en donnant le feu vert au produit développé par Pfizer-BioNTech. Sur Europe 1, le ministre de la santé, Olivier Véran, a expliqué que « les anticorps développés par les deux principaux vaccins qui arrivent, Pfizer-BioNTech et Moderna, ne ciblent pas cette zone mutée du virus ».

      C’est aussi la conclusion de travaux publiés dans la revue Cell en septembre par une équipe chinoise, qui ont montré que cette mutation N501Y n’avait pas eu, chez les souris, d’effet sur la capacité neutralisante ou la quantité des anticorps fabriqués contre le virus.

      Les mutations du gène codant la protéine de spicule concernent 9 nucléotides sur les 3 821 que contient le gène au total. Les vaccins produisent des anticorps dont l’action neutralisante est dirigée contre de nombreuses régions de la protéine de spicule. Même si on ne peut l’exclure, ce risque est jugé très limité.
      « L’idée du vaccin est que la protéine Spike dans son ensemble est montrée à votre système immunitaire et vous apprenez donc à en reconnaître de nombreuses parties différentes », explique Emma Hodcroft, épidémiologiste à l’université de Berne interrogée par l’AFP. Du coup, « même si quelques parties changent, vous avez toujours toutes les autres parties pour reconnaître » le virus, selon elle.

      Ce variant circule-t-il déjà en France ?

      Lundi 21 décembre, aucun cas positif avec ce nouveau variant n’avait été détecté en France et les cas repérés ailleurs en Europe sont limités : selon le rapport de l’ECDC du 20 décembre, 20 cas avaient été identifiés au Pays de Galles au 14 décembre, 9 au Danemark, 3 aux Pays-Bas et un en Australie. Les médias belges ont rapporté quatre cas.

      Il n’est pas étonnant que le variant ait été observé au Royaume-Uni et au Danemark, deux pays où les efforts de #séquençage à partir des prélèvements de tests positifs sont importants et continus.
      « On ne sait pas si on va tenir très longtemps sans identifier ce nouveau variant en France. Il serait utile que les personnes rentrées d’Angleterre récemment se fassent tester et que ce nouveau variant soit recherché », relève le virologue Vincent Enouf, en précisant que les laboratoires qui séquencent les virus du Covid (dont le laboratoire de référence de Pasteur) partagent leurs données sur la base internationale Gisaid, ce qui permet de repérer rapidement l’apparition de nouvelles mutations.

      D’autres chercheurs estiment cependant que le travail de séquençage est relativement dispersé entre plusieurs acteurs (IHU de Marseille, CNR Pasteur, services de virologie des CHU, etc.), qui ne se partagent pas les séquences obtenues et ne mettent pas en commun leurs efforts pour identifier les lieux et moments où apparaissent les variants en circulation. Une désorganisation qui « conduit à diminuer très fortement l’impact de ce travail », selon une note rédigée par plusieurs chercheurs du collectif FranceTest à l’intention du ministre de la santé, Olivier Véran, à sa demande et transmise lundi 21 décembre à Emmanuel Macron. Ces chercheurs appellent à la création d’un consortium national appelé Senticov, « qui aurait la tâche de mettre en place le séquençage permanent des génomes viraux ».

      Les tests PCR peuvent-ils le détecter ?

      Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Dans leur rapport, les experts de l’ECDC recommandent de ne plus se fier uniquement aux RT-PCR ciblant le gène de la protéine S « pour la détection primaire de l’infection au SARS-CoV-2 », car « les mutations sont plus susceptibles de se produire dans ce gène ». Mais d’autres tests PCR peuvent détecter le virus en ciblant d’autres régions dans le génome, qui sont insensibles au variant. Le gouvernement britannique a indiqué que les « tests pouvaient être adaptés rapidement pour répondre à ce nouveau variant ».

      Edit Après les avertissements d’arno, un rappel par @kassem, citant Antoine FLAHAULT
      https://seenthis.net/messages/892557

      Durant les épidémies de virus émergents un peu longues, les mutations du virus sont souvent sur-interprétées pour expliquer l’évolution de la situation épidémiologique.

    • Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Plusieurs connaissances ont eu depuis octobre des symptômes correspondants aux nombreux symptômes potentiels du virus, mais avec des retours de tests négatifs.

    • Le Doc, @Le___Doc
      https://twitter.com/Le___Doc/status/1344422158844497922

      50% d’augmentation des cas en une semaine en Angleterre , +15% d’hospitalisations. 1000 décès en 24h.
      Ce que l’on sait, c’est que le variant B117 prédomine désormais, à 80%. Pour le reste...

      une #variante + contagieuse de 50%, c’est une bien plus mauvaise nouvelle qu’une variante 50% + mortelle
      https://seenthis.net/messages/893449

  • Post-lockdown #SARS-CoV-2 nucleic acid screening in nearly ten million residents of Wuhan, China
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7679396

    No new symptomatic cases and 300 asymptomatic cases (detection rate 0.303/10,000, 95% CI 0.270–0.339/10,000) were identified. There were no positive tests amongst 1,174 close contacts of asymptomatic cases.

    Une étude chinoise permet-elle de conclure que les asymptomatiques « ne contaminent personne » ? | LCI
    https://www.lci.fr/sante/covid-19-une-etude-chinoise-permet-elle-de-conclure-que-les-asymptomatiques-ne-c

    En conclusion, rien ne permet donc aujourd’hui de conclure que les patients asymptomatiques « ne contaminent personne ». L’étude chinoise citée par des internautes est intéressante aux yeux des spécialistes, mais ne peut être avancé comme une preuve viable. Divers travaux publiés lors des derniers jours ont par ailleurs mis en évidence des cas de transmission du #Covid-19 par des personnes #asymptomatiques, laissant clairement entendre que l’épidémie se propageait de manière régulière sans aucune manifestation visible.

    #contagiosité

  • What the data say about asymptomatic #COVID infections
    https://www.nature.com/articles/d41586-020-03141-3

    Définition : Au moins 7 jours de suivi sans symptômes
    20% des sujets infectés sont asymptomatiques ;
    contagieux mais moindre que les symptomatiques ;
    leur rôle dans la propagation n’est pas capital
    Leur charge virale est initialement aussi importante que les symptomatiques (d’où la nécessité des mesures barrière malgré tout) mais diminue plus rapidement.

    Research early in the pandemic suggested that the rate of asymptomatic infections could be as high as 81%. But a meta-analysis published last month1, which included 13 studies involving 21,708 people, calculated the rate of asymptomatic presentation to be 17%. The analysis defined asymptomatic people as those who showed none of the key COVID-19 symptoms during the entire follow-up period, and the authors included only studies that followed participants for at least seven days. Evidence suggests that most people develop symptoms in 7–13 days, says lead author Oyungerel Byambasuren, a biomedical researcher at the Institute for Evidence-Based Healthcare at Bond University in Gold Coast, Australia.

    Byambasuren’s review also found that asymptomatic individuals were 42% less likely to transmit the virus than symptomatic people.

    One reason that scientists want to know how frequently people without symptoms transmit the virus is because these infections largely go undetected. Testing in most countries is targeted at those with symptoms.

    As part of a large population study in Geneva, Switzerland, researchers modelled viral spread among people living together. In a manuscript posted on medRxiv this month2, they report that the risk of an asymptomatic person passing the virus to others in their home is about one-quarter of the risk of transmission from a symptomatic person.

    Although there is a lower risk of transmission from asymptomatic people, they might still present a significant public-health risk because they are more likely to be out in the community than isolated at home, says Andrew Azman, an infectious-disease epidemiologist at the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health in Baltimore, Maryland, who is based in Switzerland and was a co-author on the study. “The actual public-health burden of this massive pool of interacting ‘asymptomatics’ in the community probably suggests that a sizeable portion of transmission events are from asymptomatic transmissions,” he says.

    But other researchers disagree about the extent to which asymptomatic infections are contributing to community transmission. If the studies are correct in finding that asymptomatic people are a low transmission risk, “these people are not the secret drivers of this pandemic”, says Byambasuren. They “are not coughing or sneezing as much, they’re probably not contaminating as much surfaces as other people”.

    Muge Cevik, an infectious-disease researcher at the University of St Andrews, UK, points out that because most people are symptomatic, concentrating on identifying them will probably eliminate most transmission events.

    Viral dynamics

    To understand what is happening in people with no symptoms, Cevik and colleagues conducted a systematic review and meta-analysis3 of 79 studies on the viral dynamics and transmissibility of SARS-CoV-2, which is posted on social-sciences preprint server SSRN. Some studies showed that those without symptoms had similar initial viral loads — the number of viral particles present in a throat swab — when compared with people with symptoms. But asymptomatic people seem to clear the virus faster and are infectious for a shorter period.

    The immune systems of asymptomatic individuals might be able to neutralize the virus more rapidly, says Cevik. But that doesn’t mean these people have a stronger or more durable immune response — and there is evidence that people with severe COVID-19 have a more substantial and long-lasting neutralizing antibody response, she says.

    Although there is a now a better understanding of asymptomatic infections and transmission of COVID-19, Cevik says that asymptomatic people should continue to use measures that reduce viral spread, such as social distancing, hand hygiene and wearing a mask.

    References

    1. Byambasuren, O. et al. J. Assoc. Med. Microbiol. Infect. Dis. Can. https://doi.org/10.3138/jammi-2020-0030 (2020).

    #asymptomatique #contagiosité

  • On Covid-19, two vaccines offer more answers about the road ahead
    https://www.statnews.com/2020/11/16/with-strong-data-on-two-covid-19-vaccines-we-have-more-answers-about-the-r

    Les inconnues des #vaccins anti #sars-cov2/#Covid-19 Pfizer/BioNTech, Sputnik V et Moderna

    Durée d’efficacité ?

    Degré de protection ? Empêchent-ils toute infection ? Sinon empêchent-ils le développement de tout symptôme ou seulement des symptômes les plus graves ?

    S’ils n’empêchent pas les formes légères et/ou asymptomatiques, quel sera le degré de #contagiosité chez les positifs vaccinés ?

    Sont-ils efficaces chez les plus âgés ? Les personnes avec des facteurs de risque ? (populations les plus vulnérables) ?

    Effets secondaires à moyen et long terme ?

    • Pfizer annonce maintenant que l’efficacité de son vaccin est de 95%...

      Dr. Angela Rasmussen sur Twitter :

      “Well, we still don’t know how this vaccine will perform in a very large population of people. Basing efficacy on 170 cases out of 44,000 participants means that we can’t say with certainty if efficacy will remain at 95% in the larger population .” / Twitter
      https://twitter.com/angie_rasmussen/status/1329070736481259521

      That doesn’t mean the trial is flawed or the data is unreliable. There are limitations to extrapolating data from 170 people to the larger, more diverse population of millions of people. I don’t expect efficacy to be substantially reduced at population scale, but it may change.

      Also, it is still unclear what, if anything, has been done to look at viral loads in the vaccinated cases. This has important implications for transmission. If vaccinated people can get infected and are shedding lots of virus, they could potentially transmit to others.

  • #Transmission of #SARS-COV-2 Infections in Households — Tennessee and Wisconsin, April–September 2020 | MMWR
    https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6944e1.htm

    Étude prospective (et en cours) sur la transmission du virus dans les foyers familiaux,

    – proportion de contacts contaminés : étonnamment élevée

    Among these 191 contacts, 102 had SARS-CoV-2 detected in either nasal or saliva specimens during follow-up, for a secondary infection rate of 53% (95% confidence interval [CI] = 46%–60%).

    #contagiosité en fonction de l’âge : les #enfants ne sont pas en reste et pas seulement les adolescents,

    Among fourteen households in which the index patient was aged <18 years, the secondary infection rate from index patients aged <12 years was 53% (95% CI = 31%–74%) and from index patients aged 12–17 years was 38% (95% CI = 23%–56%).

    – délai de positivité du PCR chez les personnes contaminées : court

    Approximately 75% of secondary infections were identified within 5 days of the index patient’s illness onset, and substantial transmission occurred whether the index patient was an adult or a child.

    – proportion de personnes #asymptomatiques au moment de la positivité du PCR (60%) et combien le restent (33%- sur un suivi de 7 jours) :

    Forty percent (41 of 102) of infected household members reported symptoms at the time SARS-CoV-2 was first detected by RT-PCR. During 7 days of follow-up, 67% (68 of 102) of infected household members reported symptoms, which began a median of 4 days (IQR = 3–5) after the index patient’s illness onset.

    Proportion de personnes PCR positifs asymptomatiques pour l’ensemble des contacts : 18%

    The rates of symptomatic and asymptomatic laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection among household members was 36% (95% CI = 29%–43%) and 18% (95% CI = 13%–24%), respectively.

    Enseignements :

    These findings suggest that transmission of SARS-CoV-2 within households is high, occurs quickly, and can originate from both children and adults.

    An important finding of this study is that fewer than one half of household members with confirmed SARS-CoV-2 infections reported symptoms at the time infection was first detected, and many reported no symptoms throughout 7 days of follow-up, underscoring the potential for transmission from asymptomatic secondary contacts and the importance of quarantine. Persons aware of recent close contact with an infected person, such as a household member, should quarantine in their homes and get tested for SARS-CoV-2

  • Contagiosité des enfants : un dossier explosif pour le gouvernement
    https://blogs.mediapart.fr/marc-durin-valois/blog/171020/contagiosite-des-enfants-un-dossier-explosif-pour-le-gouvernement

    [ Dans un premier temps] en n’ayant pas imposé le masque pour 4,5 millions d’écoliers de 6 -11 ans, les pouvoirs publics ont acté des études partielles affirmant que les enfants n’étaient quasiment pas contagieux. L’explosion des contaminations familiales et le risque de double pandémie Covid 19 et grippe les amènent à un début de rétropédalage. Avec le souci d’éviter une crise majeure de confiance.

    Il faut porter au crédit de la Société Française de Pédiatrie d’avoir provoqué sur ces sujets un retournement spectaculaire de l’opinion française qui, à l’issue du confinement, était tétanisée par la crainte de voir les enfants se contaminer. Face aux parents en état d’anxiété généralisée, refusant de renvoyer leur progéniture à l’école malgré les désastres psychosociaux et sanitaires provoqués par la fermeture des établissements, le professeur Robert Cohen, vice-président de cette Société savante, a scandé, à travers des formules-choc : un, que les enfants étaient exposés mais peu touchés par la maladie en raison de leurs bonnes défenses naturelles ; deux, qu’ils n’étaient presque jamais gravement malades ; trois qu’ils étaient très peu propagateurs du virus entre eux et envers les adultes (« Lorsqu’un enfant est PCR positif, le risque de contamination entre enfants ou d’enfants à adulte reste extrêmement limité » explique-t-il sur Europe 1). Profitant d’une couverture médiatique hors du commun, ce triple message a provoqué le retour salutaire des gamins à l’école, celui des parents au travail et instillé une nouvelle doxa dans la population selon laquelle les enfants n’étaient quasiment pas contagieux.

    #contagiosité_des_enfants

  • Sur la #contagiosité de la nouvelle variante de #sars-cov2
    Thread by angie_rasmussen on Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1320861345051365376.html

    My take home: while the jury’s still out on whether this variant is more transmissible in the real world, it still can be neutralized by antibodies against all the vaccine candidates. It’s not mutating into something more dangerous or pathogenic. It’s behaving like a normal virus

    #mutation #vaccin #vaccins

  • Pour le #in_retrospect : le 11 septembre dernier, on est encore dans des chiffres « maîtrisables », bien qu’inquiétants, et le conseil scientifique fait le buzz en annonçant que « le gouvernement va devoir prendre des décisions difficiles ».

    Après un recadrage par Macron (pas de dictature médicale en France, c’est moi-je qui décide !), la seule « décision difficile » annoncée par Castex, c’est la réduction de la durée d’isolement de 14 jours à 7 jours. (Cris d’horreur de l’OMS.)
    https://seenthis.net/messages/875638

    • 14 octobre (il y a moins de deux semaines) : Macron explique que le télétravail n’est pas la panacée, que les entreprises ont besoin « d’avoir de la présence au travail »…
      https://www.bfmtv.com/economie/emmanuel-macron-preconise-deux-a-trois-jours-de-teletravail-par-semaine-quand

      Emmanuel Macron a préconisé ce mercredi soir « deux à trois jours de télétravail par semaine » dans les entreprises où cela est possible, pour « réduire un peu la pression collective ».

      « Il faut que ce soit aussi négocié dans les branches et au plus près dans l’entreprise », a souligné le chef de l’Etat lors d’une interview télévisée, tout en relevant qu’on « a besoin d’échanger avec les collègues de travail ».

      « On a besoin que les entreprises fonctionnent »

      Emmanuel Macron a par ailleurs affirmé que le travail en présentiel restait indispensable pour certaines entreprises. « On a besoin que les entreprises fonctionnent, elles ont besoin d’avoir de la présence au travail, on a besoin d’avoir des services publics ouverts et des professeurs dans les classes », a-t-il souligné. 

      Il a ainsi assuré que le télétravail n’était pas « la panacée » et qu’il pouvait aussi avoir des effets pervers en favorisant l’isolement des salariés.

    • 21 septembre : Covid-19 : le protocole sanitaire allégé à l’école à partir de mardi - Le Parisien
      https://www.leparisien.fr/societe/covid-19-le-protocole-sanitaire-allege-a-l-ecole-a-partir-de-mardi-21-09-

      Les règles concernant les cas contacts à un élève porteur du Covid-19 vont être assouplies dans les écoles maternelles et élémentaires à partir de mardi, a confirmé dimanche soir le ministère de l’Education.

      Lorsqu’un enfant sera testé positif, sa classe pourra « continuer de se tenir normalement pour les autres élèves, qui ne sont plus considérés comme cas contacts », a indiqué le ministère dans un communiqué.

      Jusqu’à présent, si un élève était considéré comme « cas contact », il ne pouvait revenir à l’école que si un test, réalisé sept jours après le dernier contact avec le cas confirmé, était négatif.

      « Autour de 2000 classes sont fermées actuellement. Le nouveau protocole va permettre d’avoir moins » de fermeture[s], a expliqué Jean-Michel Blanquer ce lundi sur RTL. « On voit maintenant d’après de nombreuses études que les enfants se contaminent très peu entre eux et qu’il y a peu de contaminations d’enfant à adulte », a-t-il ajouté pour justifier ce nouveau protocole.

    • Un fil #in_retrospect sur les enfants...
      https://twitter.com/MmeDejantee/status/1321002277440729088

      En tant que journaliste, certes pigiste, mais journaliste non moins, je partage entièrement cet étonnement et plus généralement une incompréhension totale du traitement médiatique de la question du rôle des écoles dans la pandémie.

      Thread by MmeDejantee on Thread Reader App – Thread Reader App
      https://threadreaderapp.com/thread/1321002277440729088.html

      Dès le mois de mai, je me suis étonnée que les médias se fassent l’écho de l’étude de l’Institut Pasteur sur la contagiosité des enfants sans en relever (ou si peu) les biais.
      ... que les médias acceptent de donner voix à la Société française de pédiatrie sans leur demander d’argumenter leurs affirmations catégoriques sur la non contagiosité des enfants, qui relevaient pourtant du pur argument d’autorité
      ... qu’alors même que des voix discordantes commençaient à se faire entendre sur la scène internationale, notamment avec l’étude de Christian Drosten en Allemagne. Le traitement médiatique n’ait consisté qu’à tempérer ses conclusions pour mieux réasséner la doxa des pédiatres
      Certes, une étude scientifique isolée ne constitue jamais une preuve scientifique suffisante pour remettre en question un consensus mais pourquoi alors ne jamais souligner que ledit consensus n’était lui-même fondé en France que sur une unique étude isolée...
      ...menée majoritairement durant le confinement, et incluant un nombre très faible d’enfant covid+ ayant été scolarisés durant leur période de contagion, et qui plus est n’a jamais passé le stade de la pré-publication
      Au mois de juillet, avec l’étude coréenne montrant le rôle très important des ados, je pensais que le vent tournerait mais là encore, on a minimisé, insisté sur les biais (comme quoi, on est capable de le faire) sans se demander s’il fallait réévaluer notre vision globale
      S’en est suivie l’expérience douloureuse d’Israël dont on sait maintenant que la seconde vague a été largement initiée par les réouvertures des établissements scolaires, mais là encore le monde médiatique n’a rien changé à son traitement.
      A l’approche de la rentrée, on a commencé à parler de masques pour les enfants. L’OMS n’a JAMAIS déconseillé les masques pour les enfants de 6 à 11 ans. Pourtant, les médias français ont choisi la formulation très douteuse selon laquelle le masque « n’était pas recommandé »
      J’ai du expliquer à un nombre incalculable de gens que « n’était pas recommandé » devait se comprendre au sens littéral de « n’avait pas émis de recommandations à ce sujet » et non pas « estimé que ce n’était pas recommandé »
      A ce moment là, j’ai contacté plusieurs rédactions pour proposer des papiers visant à donner la parole à des épidémiologistes pour faire le point sur les données disponibles tandis que continuaient à se multiplier des articles minimisant l’ampleur des alertes internationales..
      ... sur la contagiosité des enfants, et concluant systématiquement sur la sacro-sainte étude (toujours non publiée donc) de l’Institut pasteur. Pourtant, les voix discordantes devenaient de moins en moins discrètes. J’ai cité à l’époque les appels aux USA d’Anthony Fauci,
      ... les nombreux threads d’ @FLAHAULT , l’importante veille bibliographique réalisée par @itosettiMD_MBA ou encore @DrZoeHyde
      @mentions
      Je n’ai jamais eu le feu vert pour écrire ce fameux papier. Face aux refus ou absence de réponse, j’ai même alerté plusieurs collègues pour leur demander leur avis sur ce traitement médiatique. Je commençais à douter : mes inquiétudes obscurcissaient-elles mon jugement ?
      @mentions
      Sans cesse, on m’opposait que l’école était trop importante, que le confinement avait créé trop d’inégalité. Avais-je prétendu le contraire ? Mais a-t-on le droit de désinformer au prétexte que la fin justifie les moyens ?
      A chaque interview radio ou télévisée d’experts plus ou moins qualifiés, je me suis demandée hébétée pourquoi on ne leur posait jamais les bonnes questions, pourquoi on leur laissait dérouler leur discours fallacieux,pourquoi on n’interrogeait jamais l’abandon coupable du traçage
      des covid+ chez les moins de 11 ans, pourquoi on ne parlait pas d’aération des classes (pas 10 min à chaque récré, mais 5 min toutes les 20 min), pourquoi on n’abordait pas la question de l’aérosolisation pourtant bien établie. Pourquoi, pourquoi, pourquoi.
      Je pense que je n’aurais jamais les réponses. Je constate juste qu’à l’heure où l’information internationale n’a jamais été aussi accessible, on n’a pas été capable de proposer une information de qualité, conforme à l’état de la recherche, permettant de faire des choix éclairés
      Là je ne peux que constater le carnage, sanitaire, mais aussi l’ampleur du déni de science que les politiques ont instauré et que de fait, les médias on contribué à propager. Dire que je suis dégoûtée est un euphémisme.

    • Le discours sur le télétravail... L’imposer serait une mesure qui ne coûterait rien politiquement (voire serait plutôt bien vue) et quasiment rien économiquement mais même là il arrive à se faire le ventriloque du Medef et des petits chefs. C’est vraiment de la pure idéologie, crasse et stupide.
      Et donc là, dernièrement, ça gesticule pour dire qu’il faut faire « au maximum » du télétravail. Toujours pas de décret, pas de loi. L’impuissance et la connerie en action, sous nos yeux.

    • Contagiosité des enfants : un dossier explosif pour le gouvernement
      https://blogs.mediapart.fr/marc-durin-valois/blog/171020/contagiosite-des-enfants-un-dossier-explosif-pour-le-gouvernement

      En n’ayant pas imposé le masque pour 4,5 millions d’écoliers de 6 -11 ans, les pouvoirs publics ont acté des études partielles affirmant que les enfants n’étaient quasiment pas contagieux. L’explosion des contaminations familiales et le risque de double pandémie Covid 19 et grippe les amènent à un début de rétropédalage. Avec le souci d’éviter une crise majeure de confiance.

      #contagiosité_des_enfants

    • Il faut porter au crédit de la Société Française de Pédiatrie d’avoir provoqué sur ces sujets un retournement spectaculaire de l’opinion française qui, à l’issue du confinement, était tétanisée par la crainte de voir les enfants se contaminer. Face aux parents en état d’anxiété généralisée, refusant de renvoyer leur progéniture à l’école malgré les désastres psychosociaux et sanitaires provoqués par la fermeture des établissements, le professeur Robert Cohen, vice-président de cette Société savante, a scandé, à travers des formules-choc : un, que les enfants étaient exposés mais peu touchés par la maladie en raison de leurs bonnes défenses naturelles ; deux, qu’ils n’étaient presque jamais gravement malades ; trois qu’ils étaient très peu propagateurs du virus entre eux et envers les adultes (« Lorsqu’un enfant est PCR positif, le risque de contamination entre enfants ou d’enfants à adulte reste extrêmement limité » explique-t-il sur Europe 1). Profitant d’une couverture médiatique hors du commun, ce triple message a provoqué le retour salutaire des gamins à l’école, celui des parents au travail et instillé une nouvelle doxa dans la population selon laquelle les enfants n’étaient quasiment pas contagieux.

      Doxa qui, au demeurant, continue à être instillée dans l’esprit des concitoyen·es de ce pays par le biais notamment de certains pédiatres autoproclamés experts.

      Experts en outre confortés dans leur #déni grâce à l’#omerta régnant sans partage au sein de l’#éducation_nationale

      @marielle : cet article contient tellement de raisons d’être porté à la connaissance du plus grand nombre qu’il mériterait d’initier son propre fil de discussion.

  • Transmission Dynamics of COVID-19 Outbreaks Associated with Child Care Facilities — Salt Lake City, Utah, April–July 2020 | MMWR
    https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6937e3.htm

    What is already known about this topic?

    Children aged ≥10 years have been shown to transmit SARS-CoV-2 in school settings.

    What is added by this report?

    Twelve children acquired COVID-19 in child care facilities. Transmission was documented from these children to at least 12 (26%) of 46 nonfacility contacts (confirmed or probable cases). One parent was hospitalized. Transmission was observed from two of three children with confirmed, asymptomatic COVID-19.

    What are the implications for public health practice?

    SARS-CoV-2 Infections among young children acquired in child care settings were transmitted to their household members. Testing of contacts of laboratory-confirmed COVID-19 cases in child care settings, including children who might not have symptoms, could improve control of transmission from child care attendees to family members.

  • #Covid-19 : pourquoi les autorités misent sur les #tests_antigéniques - Le Parisien
    https://www.leparisien.fr/societe/covid-19-pourquoi-le-gouvernement-mise-sur-les-tests-antigeniques-08-09-2

    « À quoi pourront servir [ces tests antigéniques] ? À repérer plus rapidement les personnes porteuses d’une charge virale élevée et donc, probablement, plus contagieuses ».

    #contagiosité

  • #Coronavirus. Le Conseil scientifique favorable à une réduction de la période d’#isolement à 7 jours
    https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/coronavirus-le-conseil-scientifique-favorable-a-une-reduction-de-la-per

    Dangereux ? Le ministre de la Santé estime que non : “Au-delà de cinq jours, les experts estiment qu’on est à moins de 5 % de personnes contagieuses. D’autres experts estiment que même au bout de quatorze jours, il y a encore 2 à 4 % de gens encore contagieux. Il n’y a pratiquement pas de différence. ”

    #contagiosité

  • Your #Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be. - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

    Au lieu d’éliminer les #asymptomatiques de la sélection des sujets testés, les experts interrogés sont en faveur de l’utilisation de tests de détection d’#antigènes viraux, qui sont moins sensibles que les tests PCR (mais pouvant être très spécifiques https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/resources/antigen-tests-guidelines.html), en partant du principe qu’en-dessous d’une certaine #charge_virale on aurait peu de chances d’être contagieux.

    Some of the nation’s leading public health experts are raising a new concern in the endless debate over coronavirus testing in the United States: The standard tests are diagnosing huge numbers of people who may be carrying relatively insignificant amounts of the virus.

    Most of these people are not likely to be contagious, and identifying them may contribute to bottlenecks that prevent those who are contagious from being found in time. But researchers say the solution is not to test less, or to skip testing people without symptoms, as recently suggested by the Centers for Disease Control and Prevention.

    Instead, new data underscore the need for more widespread use of rapid tests, even if they are less sensitive.

    “The decision not to test asymptomatic people is just really backward,” said Dr. Michael Mina, an epidemiologist at the Harvard T.H. Chan School of Public Health, referring to the C.D.C. recommendation.

    “In fact, we should be ramping up testing of all different people,” he said, “but we have to do it through whole different mechanisms.”

    #covid-19 #contagiosité #sars-cov2 #transmission

  • #Covid-19 : « Le cas australien montre qu’une deuxième vague peut survenir à la faveur de l’hiver »
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/08/22/covid-19-le-cas-australien-montre-qu-une-deuxieme-vague-peut-survenir-a-la-f

    Professeur de santé publique et ancien directeur de l’Ecole des hautes études en santé publique (EHESP), Antoine Flahault est aujourd’hui directeur de l’Institute of Global Health (Institut de santé globale) à l’université de Genève (Suisse), qu’il a fondé. Huit mois après l’apparition du foyer épidémique de Wuhan, il analyse l’évolution de la pandémie de Covid-19, qui a fait au moins 794 000 morts dans le monde, plus de 22 millions de cas d’infection ayant été officiellement diagnostiqués.

    Début juillet, l’OMS se disait inquiète que la pandémie « s’accélère ». Quelle est aujourd’hui sa dynamique ?

    Quand on regarde la courbe épidémique mondiale, on voit que le nombre de nouveaux cas, qui était reparti à la hausse en juin, observe un plateau élevé mais constant depuis la fin juillet, autour de 300 000 par jour. La courbe des décès, elle, a suivi une progression très rapide entre mars et avril, puis un léger tassement à partir de début mai. Il y a eu une reprise presque plus modérée, le nombre total de décès rapportés dans le monde n’a pas été aussi haut en juillet et août qu’il ne l’avait été en mars-avril, on n’est pas très loin des 7 000 décès par jour.

    Où se situe actuellement l’épicentre de la pandémie ?

    Aujourd’hui, les centres de foyers actifs sont l’Inde, l’Amérique latine, le Mexique et, de façon plus décroissante, les Etats-Unis. La situation est alarmante au Pérou par exemple, qui n’a pas encore atteint son pic épidémique. Pour ce qui est du Brésil, nous ne sommes pas totalement confiants sur leurs données rapportées, les niveaux sont encore très élevés. Il est difficile de dire si l’Argentine a atteint son pic, la courbe est en train de « casser » un peu, mais on a eu plusieurs fois cette impression avant de la voir remonter. En revanche, le Chili, où le niveau reste élevé, voit ses courbes baisser depuis début juillet.

    • Dans quels pays a-t-on observé une deuxième vague, selon votre définition, à savoir une augmentation concomitante de la morbidité et de la mortalité ?

      En Iran, à Djibouti, en Israël et en Australie notamment. Israël a connu une première vague très faible et très bien contrôlée entre mars et mai, ils étaient tombés pratiquement à zéro cas. Le pays est remonté cet été à pratiquement 2 500 cas par jour, aujourd’hui ils connaissent un plateau à 1 700 cas, soit 20 cas pour 100 000 habitants. La limite que nous fixons pour qu’un pays soit en « zone verte », c’est 2,5 cas pour 100 000 habitants.

      L’Australie, elle, est en plein hiver. Elle a connu une première vague estivale dès janvier, avec une faible mortalité – une centaine de décès pour 7 000 cas. Le pays s’est déconfiné à peu près au même moment que la France, ils sont presque parvenus à éliminer la circulation du virus, mais la situation a dérapé fin mai à Melbourne. Il a suffi de défaillances dans la mise en quarantaine dans un hôtel dédié d’une famille de quatre voyageurs tous contaminés à l’étranger pour que le virus se propage. A tel point qu’aujourd’hui on a pu calculer par des techniques d’épidémiologie moléculaire que 90 % des cas enregistrés dans la seconde vague de l’Etat de Victoria ont été contaminés par un virus provenant de cette famille.

      Cette deuxième vague a provoqué 17 000 cas et 350 décès, et a donc été trois fois plus forte que la première en termes de mortalité. Grâce à un confinement strict, la situation aujourd’hui évolue favorablement.

      Au vu de l’exemple australien, a-t-on des raisons d’être inquiet en Europe sur ce qui peut se passer durant notre propre hiver ?

      Le cas australien montre qu’une deuxième vague peut survenir à la faveur de l’hiver, lorsque les gens sont plus confinés dans des endroits moins ventilés. Il semble alors que la contamination soit facilitée et qu’une flambée épidémique soit plus facilement déclenchée. Cela laisse aussi penser que des clusters comme celui de cette famille australienne de retour de vacances peuvent être à l’origine d’une épidémie difficile à contrôler. La prévention de la mortalité chez les personnes âgées doit être une priorité. L’épidémie a échappé début août aux autorités australiennes, qui ont été obligées de procéder à un reconfinement très strict et ciblé de la ville de Melbourne.

      Comment analysez-vous la situation épidémiologique actuelle en Europe ?

      A l’image du Canada, l’Europe connaît une situation paradoxale, inédite : on y dépiste massivement et on y détecte une circulation du virus déconnectée d’une augmentation du nombre de décès. Parmi les gens testés positifs aujourd’hui, très peu présentent des symptômes sévères, moins de 1 % des cas rapportés décèdent, ce taux était de 20 % en avril. C’est donc assez difficile à interpréter. Est-ce le reflet d’une fondation habituellement immergée d’une future seconde vague ? Ou bien est-ce que les tests, pratiqués massivement, permettent aux porteurs de virus de moins de 40 ans de le savoir et de protéger mieux ceux à plus fort risque (entre 40 et 80 ans), voire à très haut risque (plus de 80 ans) ?

      Certains virologues évoquent une moindre virulence du virus par mutations, d’autres une immunité acquise plus substantielle que mesurée chez les personnes de plus de 40 ans : quelles hypothèses sont plausibles à ce stade ?

      Je ne pense malheureusement pas que l’impact de sa moindre virulence soit substantiel, la mutation rapportée est présente sur le virus qui circule aussi dans des zones comme la Floride ou l’Amérique latine, où la mortalité est extrêmement élevée. Quant à une immunité qui serait supérieure chez les personnes de plus de 40 ans parce qu’acquise pendant la première vague, toutes les enquêtes de séroprévalence montrent que ce ne semble pas être le cas. Je pense davantage à des facteurs sociologiques, peut-être saisonniers, à savoir que les gens adoptent des comportements différents pendant l’été, les écoles sont fermées, de nombreux commerces aussi, etc. Il est possible, aussi, que les populations plus à risque fassent plus attention.

      Certaines voix sceptiques jugent la communication des gouvernements et de l’OMS alarmante…

      Si l’Europe connaît une deuxième vague comme l’Australie, elle n’aura pas beaucoup d’autres choix que de reprendre des mesures très fortes, donc de reconfinement. Personne ne veut revoir les hôpitaux saturés. Le but, ce n’est pas le risque zéro, mais de laisser notre système de santé respirer. Quand on voit comment la situation a disjoncté rapidement en Australie et en Israël, on ne voit pas très bien pourquoi on n’aurait pas nous aussi une deuxième vague, et peut-être aussi plus grave que la première. Le fait de ralentir le plus possible la circulation du virus peut nous aider à ne pas avoir à affronter une vague trop importante à la rentrée.

      L’OMS appelle la population à se faire vacciner tôt contre la grippe cette année, dont certains symptômes peuvent être proches du Covid-19 : faut-il craindre deux vagues concomitantes ?

      Toujours pour reprendre l’expérience australienne, il n’y a pas eu de vague hivernale de grippe pour la première fois dans leurs annales. Les mesures anti-Covid ont été d’une efficacité encore plus grande contre le virus de la grippe, donc je ne redoute pas trop deux vagues simultanées l’hiver prochain.

      Depuis janvier, qu’a-t-on appris sur le virus et quelles sont les principales interrogations qui subsistent ? En sait-on plus notamment sur les potentiels cas de recontamination ?

      La transmission semble essentiellement se faire par les postillons, un peu par les #aérosols – les plus fines de ces gouttelettes de postillons peuvent flotter dans l’air, en particulier en milieux clos – et très peu par des surfaces planes. Cet été, on a appris aussi que les #enfants sont moins épargnés qu’on ne le pensait, non pas en termes de gravité mais de #contagiosité.

      L’#immunité est l’une des zones d’ombre très théoriques. Si l’immunité conférée par l’infection n’était pas forte et suffisamment pérenne, je pense qu’on aurait une part substantielle de gens présentant des réinfections parmi les cas positifs actuels.

      Une autre zone d’ombre, c’est la sensibilité de la PCR – estimée entre 70 % et 80 % – qui entraîne des faux négatifs, mais y a-t-il aussi des faux positifs ? C’est très difficile à documenter. Une apparente « réinfection » pourrait n’être que l’expression d’un faux positif.

    • L’amoureux de ma voisine a été testé positif (grosse fièvre la semaine dernière) mais elle a été testé négatif. Elle a pourtant été très malade en mars ou avril je ne sais plus (fièvre, toux et grosse fatigue pendant trois semaines) et qu’elle ressentait ces mêmes symptômes en moins fort la semaine dernière.

  • COVID-19 : #Asymptomatique, une personne en contamine 71 autres en prenant un ascenseur - Marie Claire
    https://www.marieclaire.fr/covid-19-asymptomatique-elle-contamine-71-personnes-en-prenant-un-ascens

    C’est après avoir séjourné aux États-Unis qu’une habitante de la province de Heilongjiang en Chine, qui avait pourtant respecté les mesures de quatorzaine imposées et avait été testée négative au COVID-19, a contaminé 71 personnes.

    Asymptomatique, elle aurait transmis le virus en empruntant l’ascenseur de sa résidence, donc sans avoir de contact direct avec quiconque. Les chercheurs chinois alertent de la situation dans une publication de la revue américaine Emerging Infectious Diseases.

    #coronavirus

    • Early Release - Large #SARS-CoV-2 Outbreak Caused by Asymptomatic Traveler, China - Volume 26, Number 9—September 2020 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
      https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/9/20-1798_article

      On March 19, 2020, case-patient A0 returned to Heilongjiang Province from the United States; she was asked to quarantine at home. She lived alone during her stay in Heilongjiang Province. She had negative SARS-CoV-2 nucleic acid and serum antibody tests on March 31 and April 3.

      [...]

      On April 9, investigators also learned that A0, B1.1’s neighbor, had returned on March 19 from the United States, where COVID-19 cases had been detected. Investigators performed SARS-CoV-2 serum antibody tests on A0 on April 10 and 11. SARS-CoV-2 serum IgM was negative but IgG was positive, indicating that A0 was previously infected with SARS-CoV-2 (5,6). Therefore, we believe A0 was an asymptomatic carrier (7,8) and that B1.1 was infected by contact with surfaces in the elevator in the building where they both lived (9). Other residents in A0’s building tested negative for SARS-CoV-2 nucleic acids and serum antibodies.

      [...]

      [...] As of April 22, 2020, A0 remained asymptomatic [...]

      #asymptomatiques #contagiosité #transmission

  • Early Release - Culture-Competent #SARS-CoV-2 in Nasopharynx of Symptomatic Neonates, Children, and Adolescents - Volume 26, Number 10—October 2020 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/10/20-2403_article?deliveryName=USCDC_333-DM32083

    Étude suisse PCR/culture chez des #enfants symptomatiques.

    [Children] should be considered as transmitters unless proven otherwise. To address this point, the laboratory of the Geneva University Hospitals and Faculty of Medicine, University of Geneva (Geneva, Switzerland), used cell culture to systematically assess cultivable SARS-CoV-2 in the upper respiratory tract (URT) of 23 children with #COVID-19.

    [...]

    Of 638 patients <16 years of age, 23 (3.6%) tested positive for SARS-CoV-2. Median age was 12.0 years (interquartile range [IQR] 3.8–14.5 years, range 7 days–15.9 years).

    [...]

    We isolated SARS-CoV-2 from 12 (52%) children.

    [....]

    Our data show that viral load at diagnosis is comparable to that of adults (6,7) and that symptomatic children of all ages shed infectious virus in early acute illness, a prerequisite for further #transmission. Isolation of infectious virus was largely comparable with that of adults , [...]

    [...]

    A limitation of our study was the small number of children assessed. However, although the Canton of Geneva was a region severely affected by SARS-CoV-2 (8), only 23 cases were diagnosed in children at our hospital during the study period. These findings confirm that children are not a major risk group for COVID-19. Another limitation is our reliance solely on leftover material initially received for routine diagnostic purposes that we retrospectively analyzed.

    [...]

    Therefore, our findings probably underestimate the true rate of infectious virus presence in symptomatic children, and we cannot comment whether our data reflect the rates of infectious virus shedding in the community.

    [...]

    SARS-CoV-2 viral load and shedding patterns of culture-competent virus in 12 symptomatic children resemble those in adults. Therefore, transmission of SARS-CoV-2 from children is plausible . Considering the relatively low frequency of infected children, even in severely affected areas, biological or other unknown factors could lead to the lower transmission in this population. Large serologic investigations and systematic surveillance for acute respiratory diseases and asymptomatic presentations are needed to assess the role of children in this pandemic.

    #contagiosité

  • Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples | Clinical Infectious Diseases | Oxford Academic
    https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa638/5842165

    #SARS-CoV-2 Vero cell infectivity was only observed for RT-#PCR #Ct < 24 and STT [symptom onset to test] < 8 days. Infectivity of patients with Ct >24 and duration of symptoms >8 days may be low. This information can inform public health policy and guide clinical, infection control and occupational health decisions. Further studies of larger size are needed.

    #contagiosité

  • Position Statement from the National Centre for Infectious Diseases and the Chapter of Infectious Disease Physicians, Academy of Medicine, Singapore –
    23 May 2020
    https://www.ams.edu.sg/view-pdf.aspx?file=media%5c5556_fi_331.pdf&ofile=Period+of+Infectivity+Posit

    Compte-rendu de l’expérience singapourienne sur la période de #contagiosité du #sars_cov2

    – Les cultures de sars-cov2 n’ont jamais été positives après le 11ieme jour ou lorsque le cycle de seuil (#Ct ; d’autant plus élevé que la charge virale au #PCR est faible) est supérieur ou égal à 30 : les patients pourraient donc être autorisés à sortir de l’hôpital avant la négativité du PCR qui peut prendre plus d’un mois,
    – il n’a pas été retrouvé de transmission par des sujets asymptomatiques (à la différence des pré-symptomatiques)

    In a study of 77 well characterised infector-infectee pairs in Hong Kong, it was estimated that the serial interval (duration between symptom onset of a primary case to symptom onset of its secondary case) of COVID-19 was 5.8 days (mean), with 7.6% of serial intervals distributed negatively (i.e. the infectee developed symptoms prior to infector), strongly implying pre-symptomatic transmission [He X, Lau EH, Wu P, et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nature Med 2020; 26:672-675]. Assuming a median incubation period of 5.2 days (based on other studies), the study estimated that the infectious period of SARS-CoV-2 started 2.3 days before onset of symptoms, peaking at 0.7 days, and declining within 7 days.

    [...]

    Local data, based on an analysis of 766 patients, indicate that by day 15 from onset of illness, 30% of all #COVID-19 patients are PCR-negative by nasopharyngeal swab, this rises to 68% by day 21 and 88% by day 28 and by day 33, 95% of all patients are negative by PCR (NCID data). While the duration of viral shedding1 by PCR may extend to a month and sometimes longer for a small group of patients, and several jurisdictions including Singapore have been using it to guide de-isolation and discharge policies, it is important to note that viral RNA detection by PCR does not equate to infectiousness or viable virus.

    A surrogate marker of ‘viral load’ with PCR is the cycle threshold value (Ct). A low Ct value indicates a high viral RNA amount, and vice versa. As noted above, detection of viral RNA does not necessarily mean the presence of infectious or viable virus. In a local study from a multicenter cohort of 73 COVID-19 patients, when the Ct value was 30 or higher (i.e. when viral load is low), no viable virus (based on being able to culture the virus) has been found . In addition, virus could not be isolated or cultured after day 11 of illness . These data corroborate the epidemiologic data and indicate that while viral RNA detection may persist in some patients, such persistent RNA detection represent non-viable virus and such patients are non-infectious.

    [...]

    Robust data are lacking regarding infectiousness of asymptomatic and pre- symptomatic individuals and how much asymptomatic infection drives transmission. However, asymptomatic persons may have similar viral shedding patterns[13]. A Singapore study found pre-symptomatic transmission of SARS-CoV-2 in ~6.4% of 157 locally acquired cases, but no asymptomatic transmission [Wei WE, Li Z, Chiew CJ, et al. Pre-symptomatic transmission of SARS-CoV-2 - Singapore, January 23 - March 16, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020; 69: 411- 415].

    Summary and Conclusion
    Based on the accumulated data since the start of the COVID-19 pandemic, the infectious period of SARS-CoV-2 in symptomatic individuals may begin around 2 days before the onset of symptoms, and persists for about 7 - 10 days after the onset of symptoms. Active viral replication drops quickly after the first week, and viable virus was not found after the second week of illness despite the persistence of PCR detection of RNA. These findings are supported by epidemiologic, microbiologic and clinical data. These new findings allow for revised discharge criteria based on the data on the time course of infectiousness rather than the absence of RNA detection by PCR testing, taking into consideration both the clinical and public health perspectives, including the individual patient’s physical and mental well-being. In addition, given these findings, resources can focus on testing persons with acute respiratory symptoms and suspected COVID-19 in early presentation, allowing timelier public health intervention and containment.