• Omicron et charge virale : est-ce qu’on se teste vraiment au bon moment ? - L’Express
    https://www.lexpress.fr/actualite/sciences/omicron-et-charge-virale-est-ce-qu-on-se-teste-vraiment-au-bon-moment_21658

    Afin d’affiner leurs résultats, les chercheurs ont également cultivé les différents échantillons en laboratoire. En effet, des tests PCR peuvent se révéler positifs alors que les prélèvements ne contiennent que des fragments morts du virus. Leurs résultats ont confirmé les valeurs des tests PCR : le virus était non seulement présent, mais également vivant jusqu’à neuf jours après l’apparition des symptômes. En d’autres termes, certains patients étaient toujours contagieux neuf jours après l’apparition des symptômes.

    Ces résultats confirment notamment les analyses de l’épidémiologiste et professeur à l’université de Harvard Michael Mina, qui estime que les personnes infectées par Omicron ont des symptômes plus rapidement qu’avant, mais aussi que le pic de contagiosité d’Omicron survient après les symptômes, contrairement à ce qui était observé avec Delta, Alpha et la souche historique. Les travaux japonais confirment également une étude taïwanaise menée par le Central Epidemic Command Center, l’équivalent taïwanais du CDC américain. Dans ces travaux, les chercheurs ont suivi 23 personnes infectées par Omicron. Ils ont évalué la charge virale des patients à partir du jour où ils ont développé des symptômes ou à partir du jour où ils ont été testés positifs pour la première fois, ce qui peut expliquer certaines différences avec les résultats de l’étude japonaise. Quoi qu’il en soit, les auteurs indiquent que tous les patients avaient encore une charge virale élevée - et étaient donc probablement toujours contagieux - huit jours après leur infection ou l’apparition de leurs symptômes. 26 % d’entre eux avaient toujours une haute charge virale entre à J+9 et J+12.

    • Il y a encore cet angle mort : le présentateur explique qu’on a ce taux chez les enfants parce qu’ils sont la seule classe d’âge qui n’est pas du tout vaccinée, mais ensuite la question de vacciner les enfants n’est pas du tout abordée.

      (Au passage : donc à nouveau on comprend que la vaccination contribue de manière importante à réduire la transmission, mais comme à chaque fois, ce n’est pas verbalisé, c’est uniquement implicite. Et grosso modo, ça n’est ensuite explicité - en négatif - que par les covido-sceptiques.)

  • #COVID-19 : Le cas le plus long était #asymptomatique | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-cas-le-plus-long-etait-asymptomatique

    Et, qui plus est, immuno-déprimé !

    Source : Case Study : Prolonged Infectious #SARS-CoV-2 Shedding from an Asymptomatic Immunocompromised Individual with Cancer : Cell
    https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(20)31456-2

    À aucun moment n’est discuté le fait qu’une personne immuno-déprimée peut rester #asymptomatique.

    #contagiosité

  • Association of Age and Pediatric Household Transmission of #SARS-CoV-2 Infection | Infectious Diseases | JAMA Pediatrics | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2783022

    Parmi les enfants (moins de 18 ans), les plus jeunes seraient les plus contagieux

    Results 
    A total of 6280 households had pediatric index cases, and 1717 households (27.3%) experienced secondary transmission. The mean (SD) age of pediatric index case individuals was 10.7 (5.1) years and 2863 (45.6%) were female individuals. Children aged 0 to 3 years had the highest odds of transmitting SARS-CoV-2 to household contacts compared with children aged 14 to 17 years (odds ratio, 1.43; 95% CI, 1.17-1.75). This association was similarly observed in sensitivity analyses defining secondary cases as 2 to 14 days or 4 to 14 days after the index case and stratified analyses by presence of symptoms, association with a school/childcare outbreak, or school/childcare reopening. Children aged 4 to 8 years and 9 to 13 years also had increased odds of transmission (aged 4-8 years: odds ratio, 1.40; 95% CI, 1.18-1.67; aged 9-13 years: odds ratio, 1.13; 95% CI, 0.97-1.32).

    Conclusions and Relevance
    This study suggests that younger children may be more likely to transmit SARS-CoV-2 infection compared with older children, and the highest odds of transmission was observed for children aged 0 to 3 years. Differential infectivity of pediatric age groups has implications for infection prevention within households, as well as schools/childcare, to minimize risk of household secondary transmission. Additional population-based studies are required to establish the risk of transmission by younger pediatric index cases.

    #enfants #contagiosité

  • Spiral : #REACT-1 round 13 final report : exponential growth, high prevalence of #SARS-CoV-2 and vaccine effectiveness associated with #Delta variant in England during May to July 2021
    https://spiral.imperial.ac.uk/handle/10044/1/90800

    Seulement 50% d’efficacité contre le #Covid-19 ? Ce que dit précisément la nouvelle étude britannique sur la #vaccination - Le Parisien
    https://www.leparisien.fr/societe/seulement-50-defficacite-contre-le-covid-19-ce-que-dit-precisement-la-nou

    D’après des travaux de l’Imperial College de Londres, le risque d’être infecté chez les personnes ayant reçu deux doses de #vaccin serait réduit d’environ 50%, et celui d’avoir des formes symptomatiques de près de 60%. Cette étude, menée sur près de 100 000 habitants, n’a pas distingué AstraZeneca et Pfizer.

    […]

    L’efficacité de 59 % contre les formes symptomatiques est inférieure à celle obtenue par la majorité des études déjà connues. Toujours en Angleterre, deux doses de vaccin seraient efficaces contre le #variant Delta à hauteur de 79 %, d’après des données des Public Health England. La différence s’explique par la méthode utilisée. Comme les travaux de l’Imperial College portent sur « un échantillon aléatoire de la population générale, [celui-ci] comprend les individus asymptomatiques », a indiqué le professeur Paul Elliott, directeur du programme React-1 et professeur d’épidémiologie et de médecine de santé publique à l’Imperial College de Londres. Or, ceux-ci peuvent assez nombreux chez les vaccinés. Et les études en population réelle comme celle de Public Health England se concentrent en grande majorité sur les cas symptomatiques.

    Par ailleurs, toujours selon les résultats de l’Imperial College, les personnes positives vaccinées avaient une #charge_virale bien inférieure à celles des cas positifs non-vaccinés. Ce qui est contradictoire avec les données des Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) américains communiquées vendredi, suggérant à l’inverse que la charge virale serait équivalente que l’on soit vacciné ou non (sans que l’on puisse dire si cela implique une même #contagiosité).

    #react

  • Household Transmission of #SARS-CoV-2 from Children and Adolescents | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2031915

    (Étude prolongeant la suivante :
    Coronavirus : des centaines d’enfants américains infectés en colonie de vacances
    https://seenthis.net/messages/870068)

    Les #enfants sont bien contagieux

    This retrospective study showed that the efficient transmission of SARS-CoV-2 from school-age children and adolescents to household members led to the hospitalization of adults with secondary cases of Covid-19. In households in which transmission occurred, half the household contacts were infected. The secondary attack rates in this study were probably underestimates because test results were reported by the patients themselves and testing was voluntary. In addition, a third of the index patients returned home from camp after the onset of symptoms, when they were presumably not as infectious as they were before and during the onset of symptoms,5 and two thirds adopted physical distancing because of a known exposure at camp; both of these factors probably reduced the transmission of SARS-CoV-2 in the household. When feasible, children and adolescents with a known exposure to SARS-CoV-2 or a diagnosis of #Covid-19 should remain at home and maintain physical distance from household members.

    #contagiosité

  • Covid-19 : une étude chinoise souligne l’ampleur de la charge virale à la phase précoce de l’infection par le variant Delta – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/07/17/covid-19-une-etude-chinoise-souligne-lampleur-de-la-charge-virale-a-la-phase

    Une vaste étude décrit la première chaîne de transmission du variant Delta du SARS-CoV-2 en Chine. Celle-ci date du 21 mai 2021. Au total, 167 infections ont été détectées à Guangzhou (province de Guangdong) puis rattachées au cas index à partir de données épidémiologiques ou génétiques. Les chercheurs chinois révèlent que les charges virales associées aux infections par le variant Delta étaient environ mille fois supérieures à celles observées avec les souches virales (19A, 19B) qui circulaient lors de l’épidémie initiale de 2020.

    À la suite de la découverte du cas index, la population de Guangzhou a été testée. Environ trente millions de tests PCR ont été réalisés entre le 26 mai et le 8 juin 2021. Un contact tracing a été réalisé avec mise en quarantaine/isolement des cas positifs.

    Les chercheurs du Centre de contrôle et prévention des maladies de Guangzhou ont analysé les données des personnes placées en quarantaine et les ont comparées à celles observées lors de l’épidémie de 2020 causées par les souches historiques 19A et 19B.

    Sur le plan épidémiologique, les chercheurs ont observé une différence notable avec les infections dues à la souche historique de Wuhan et d’autres variants préoccupants. Ils ont en effet observé un raccourcissement du temps moyen entre deux contaminations dans une chaîne de transmission, c’est-à-dire le temps qu’il faut pour qu’une personne nouvellement infectée en infecte une autre. Plus cet intervalle (appelé intervalle sériel) est court, plus la dynamique de l’épidémie est rapide.

    Dès la confirmation d’un cas, une enquête épidémiologique a été menée. Les sujets contacts ont été identifiés par interrogatoire, images de caméra de surveillance ou traçage via des applications mobiles. Ces cas contacts ont ainsi été immédiatement tracés et isolés. Un test PCR a ensuite été réalisé quotidiennement chez ces personnes placées en quarantaine, ce qui a permis aux chercheurs de déterminer l’intervalle entre l’exposition du virus et la première détection d’une charge virale au test PCR. Un séquençage génomique a enfin été réalisé à partir de l’ARN extrait des prélèvements oropharyngés.

    Publiés le 7 juillet sur le site virological.org, puis sous forme de preprint le 12 juillet sur le site medRxiv, les résultats montrent que cet intervalle, qui était de six jours (pic à 5,6 jours) lors de l’épidémie de 2020, est de seulement quatre jours (pic à 3,7 jours) en 2021. Ce paramètre est déterminant dans la mesure il indique un risque très précoce de transmission du virus. Au vu de ces éléments, les autorités sanitaires locales ont alors imposé aux personnes désireuses de quitter la ville de Guangzhou, par avion, train ou bus, de présenter un test PCR négatif non plus de 72 heures mais de moins de 48 heures.

    Charges virales 1260 fois plus élevées qu’avec les souches historiques

    Yan Li, Jun Yuan, Jianfeng He, Jing Lu et leurs collègues ont ensuite évalué le niveau des charges virales lors du premier test PCR positif. Ils révèlent que les charges virales ont été 1 260 fois plus élevées que celles enregistrées lors des infections par les souches historiques 19A et 19B le jour où le SARS-CoV-2 a été pour la première fois détecté*.

    Ces résultats se sont traduits par le fait que plus de 80 % des prélèvements oropharyngés réalisés chez des patients présentant une infection par le variant Delta renfermaient plus de 6 x 105 copies d’ARN viral/mL. Seulement 19 % des prélèvements provenant de personnes infectées par les souches historiques 19A ou 19B contenaient une charge virale aussi élevée. Ces résultats indiquent donc que le variant Delta semble plus infectieux au cours de la phase précoce de l’infection virale.

    #variant_Delta_du_SARS-CoV-2 #covid-19 #charge_virale #effet_dose #contagiosité

  • Viral infection and #transmission in a large well-traced outbreak caused by the #Delta SARS-CoV-2 variant - #SARS-CoV-2 coronavirus / nCoV-2019 Genomic Epidemiology - Virological
    https://virological.org/t/viral-infection-and-transmission-in-a-large-well-traced-outbreak-caused-by-the-delta-sars-cov-2-variant/724

    The viral loads in the Delta infections were ~1000 times higher than those in the earlier 19A/19B strain infections on the day when viruses were firstly detected

    #contagiosité #charge_virale #covid-19

  • #SARS-CoV-2 #transmission without symptoms | Science
    https://science.sciencemag.org/content/371/6535/1206.full

    Viral replication and symptom onset
    The titer of infectious severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the amount of viral RNA are generally lower in asymptomatic (A) than presymptomatic (Pre) #COVID-19. There is likely to be a threshold at which a person becomes contagious, but this is not known. In presymptomatic patients, symptoms usually begin when viral load peaks, so there is a period of infectiousness when a person has no symptoms.

    #asymptomatiques #pré-symptomatiques #contagiosité

  • Covid-19 : une étude allemande montre que le musée est moins dangereux qu’un supermarché

    D’après les conclusions du professeur Martin Kriegler, de l’Université technique de Berlin, et de l’ingénieur Anne Hartmann, le taux de #contagiosité au #virus dans les lieux de #culture est très faible, comparé à celui dans les #écoles ou les #commerces.

    https://www.lefigaro.fr/culture/covid-19-une-etude-allemande-montre-que-le-musee-est-moins-dangereux-qu-un-

    #musées #supermarchés #supermarché #musée #covid-19 #coronavirus #contagion #lieux_de_culture

  • The Spike D614G mutation increases #SARS-CoV-2 infection of multiple human cell types | eLife
    https://elifesciences.org/articles/65365

    #COVID-19 : La mutation de la protéine de pointe rend le virus jusqu’à 8 fois plus infectieux | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-la-mutation-de-la-proteine-de-pointe-rend-le-virus-jusqua-8-fois-

    Dans cette étude, les chercheurs ont introduit un virus porteur de la mutation D614G dans les cellules du poumon, du foie et du côlon humains. Ils ont également introduit la version « de type sauvage » du coronavirus - la version du virus du début de la pandémie, exempte de cette mutation - dans ces mêmes types de cellules à des fins de comparaison. L’équipe constate que

    – le #variant D614G augmente la transmissibilité du virus jusqu’à 8 fois par rapport au virus d’origine ;
    – le virus devient plus résistant au clivage ou à la division par d’autres protéines : ce mécanisme peut contribuer à expliquer la capacité accrue du variant à infecter les cellules, car la résistance du variant permet de conserver intacte une plus grande proportion de protéine de pointe par virus ;
    – en synthèse, la variante D614G infecte les cellules humaines beaucoup plus efficacement que la souche « sauvage ».

    #contagiosité

  • Dr Zoë Hyde sur Twitter : “Pre-print study (interpret carefully) of an outbreak in a childcare centre in Québec (17 cases in children and 4 in adults at the centre, plus 8 adult family members and 1 child sibling), showing asymptomatic children can readily transmit #SARS-CoV-2, proven by genome sequencing.” / Twitter
    https://twitter.com/DrZoeHyde/status/1360246799324225544

    #asymptomatiques #transmission #contagiosité #enfants

  • #Transmission of #COVID-19 in 282 #clusters in Catalonia, Spain: a cohort study - The Lancet Infectious Diseases
    https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30985-3/abstract

    In our study, the viral load of index cases was a leading driver of SARS-CoV-2 transmission. The risk of symptomatic COVID-19 was strongly associated with the viral load of contacts at baseline and shortened the incubation time of COVID-19 in a dose-dependent manner.

    #contagiosité #charge_virale

  • #Écoles et #Covid : les compromis à faire pour éviter une troisième vague | Slate.fr
    http://www.slate.fr/story/199065/limiter-presence-eleves-enfants-ecoles-classes-urgence-covid-19-variant-anglai

    Un certain nombre d’études parues à ce jour montre que le rôle des #enfants a vraisemblablement été sous-estimé, sinon négligé. Testant de manière plus systématique les enfants ou mesurant leurs #anticorps, elles tendent à mettre en évidence le fait que les enfants sont au moins aussi infectés que les adultes par le SARS-CoV-2. Les enfants présentent également une #charge_virale aussi importante que celle des adultes. Dès lors, il n’y pas de raison qu’ils soient moins contagieux et aucune donnée ne va dans ce sens.

    [...]

    La #mutation du #SARS-CoV-2 en Angleterre et la situation en Irlande ont d’abord conduit à penser que le nouveau #variant était plus transmissible par les enfants que par les adultes. Or, il est tout simplement plus contagieux. L’explication aujourd’hui envisagée est que s’il y a eu, entre septembre et aujourd’hui, une transmission accrue chez les enfants, c’est parce que les modalités de #confinement édictaient de garder les #écoles ouvertes : les plus jeunes ont été parmi les seuls #vecteurs sociaux subsistant dans une société d’adultes massivement confinés et en télétravail.

    #transmission #contagiosité

  • Suivi, cas contact, cluster : le HCSP précise comment interpréter un test faiblement positif | Le Quotidien du médecin
    https://www.lequotidiendumedecin.fr/specialites/infectiologie/suivi-cas-contact-cluster-le-hcsp-precise-comment-interpreter-u

    Faiblement positif quand ct supérieur à 33,

    Cette recommandation a pour but de s’assurer d’une mise en place correcte des mesures de contrôle de la transmission du #SARS-CoV-2 basée sur le risque de contagiosité de la personne testée. Si la valeur de Ct est inférieure ou égale à 33 (c’est-à-dire que la charge virale est élevée), un isolement de 7 jours est à respecter à partir de la date du prélèvement. Si la valeur de Ct est supérieure à 33 (c’est-à-dire que la charge virale est faible), une seconde RT-PCR est recommandée 48 heures après pour déterminer la phase de la cinétique virale. En cas de second résultat avec un Ct supérieur à 33, l’isolement est levé.

    Le HCSP recommande aussi de prendre en compte le Ct dans le cadre de suivi d’infection à SARS-CoV-2, lors du transfert en soins de suite et de réadaptation ou en EHPAD de personnes ayant présenté une infection Covid-19. La valeur de Ct inférieure ou égale à 33 (c’est-à-dire une charge virale élevée) contre-indique un tel transfert.

    En hospitalisation classique, la prise en compte de la Ct permet « d’apprécier la part du niveau d’excrétion virale dans l’évolution de la maladie », ajoute les auteurs. En milieu professionnel, la valeur de Ct pourrait être un des indicateurs pour le retour au travail du personnel ou le maintien au travail. La décision de reprise ou de poursuite de l’activité professionnelle reste du domaine de la médecine du travail, et une excrétion virale modérée voire faible (Ct supérieure à 33) ne doit pas être un motif de non-respect des mesures barrières.

    #charge_virale #pcr #ct #transmission #contagiosité #covid-19

  • Viral kinetics of #SARS-CoV-2 over the preclinical, clinical, and postclinical period - PubMed
    https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33160066

    Results:
    #COVID-19 shows a very high viral load on the day of symptom development, which then decreases overall. Rapid viral proliferation was observed 0-5 days before symptoms developed. Cycle threshold (Ct) value was the lowest in the clinical course from 5 days before symptoms to 10 days after symptoms occurred (Ct < 30). The rRT-PCR results were negative approximately 3 weeks after the onset of symptoms. However, there was a continuous pattern that was negative and positive for up to 6 weeks and more.

    Conclusion:
    Considering the characteristic that COVID-19 has a high viral load before symptoms appear, it is necessary to consider to expand the scope of epidemiological investigations. As there is a very low possibility of #transmission after 10 days of symptom occurrence, it may be considered to release isolation after 10 days of symptom occurrence in limited resource situations. This study allows for the planning of epidemiological investigations, patient’s ward supply, and follow-up of patients through sequential changes in viral loads over the entire clinical course. In addition, it is possible to estimate the clinical time at which the patient is present.

    Changes in the SARS-CoV-2 Ct value of rRT-PCR in respiratory specimens. The calculated value as the mean of the Ct value of SARS-CoV-2 RNA(RdRP) in the nasopharyngeal specimens. The Ct value shows the lowest value on the day of symptoms and negative 3 weeks from the date of symptoms. (Negative > Ct value 35).

    #charge_virale #PCR #ct #contagiosité

  • La #charge_virale salivaire serait plus fiable que celle naso-pharyngée pour prédire la #sévérité de la #covid-19.

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :
    Saliva (top panels) but not NP (btm panels) viral load was elevated in hospitalized, severe and deceased patients." / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289323247022086

    Elle serait corrélée à une production tardive d’#anticorps.

    “Patients with high saliva viral load developed antiviral antibodies with significantly delayed kinetics than those who had low viral load.” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289340565176324

    Explication potentielle quant à cette différence

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “Why is saliva viral load a better correlate of disease than NP load? We think that NP only reflects upper respiratory tract (URT) viral replication, while saliva represents both URT and lower respiratory tract. Mucociliary clearance propels virus from LRT to oral cavity.” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289350304477187

    La charge virale naso-pharyngée serait un indicateur de #contagiosité, celle salivaire de sévérité,

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :

    "URT virus is key to transmission, but LRT is key to severe #COVID19. Saliva appears to be better at capturing the critical viral source driving severe disease.
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1348289351894134785

    #PCR

  • Thread by dgurdasani1 on Thread Reader App – Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1346362159446577154.html

    Transmissibility studies look at how often children get infected when exposed to an ’index case’.

    Most studies looking at both of these use symptom-based testing to determine case status. This is flawed - because children are often asymptomatic & infect adults silently.

    This means contacts of children are often wrongly identified as the index case as initial testing is based on symptoms. If contacts are then tested, it’s possible the child would then be considered as a secondary infection, or not infected at all (if swab -ve by this point)

    The second issue is that many of earlier studies on infection were carried out during lockdowns & periods where schools were either closed or attendance was much lower. This will have a huge impact on inferences, as infection in children depends on susceptibiliy & exposure

    #enfants #contagiosité #transmission #covid-19

  • #COVID-19 : Le #vaccin rend asymptomatique mais rend-il moins infectieux ? | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-vaccin-rend-asymptomatique-mais-rend-il-moins-infectieux

    L’idéal serait « un vaccin qui bloque complètement l’infection plutôt que de prévenir les symptômes », explique le Dr Joshua Schiffer, chercheur expert en maladies infectieuses au Fred Hutchinson Cancer Research Center (Seattle). Cependant, les larges études qui ont confirmé l’efficacité élevée des vaccins Moderna et Pfizer ne permettent pas de répondre à la question.
     
    2 axes de recherche sont actuellement envisagés pour résoudre la question de la transmissibilité :

    les études de provocation humaine qui consistent à exposer environ 100 volontaires au coronavirus. Un article du Dr Schiffer et de ses collègues, publié sur le serveur de prépublication MedRxiv, précise la méthodologie d’une telle étude qui consisterait à mesurer les niveaux de charge virale de participants vaccinés vs non vaccinés exposés au virus. Si le groupe vacciné ne libérait pas ou très peu de virus par rapport au groupe placebo, ce serait alors une preuve solide que non seulement le vaccin évite les symptômes, mais prévient aussi la transmission. Cependant, de telles études posent des questions éthiques et nécessitent un débat préalable.

    Un deuxième axe serait une cohorte de jeunes adultes (étudiants), connus pour être à haut risque d’infection au coronavirus, mais également moins susceptibles de développer une forme sévère de la maladie. Les participants -vaccinés et non-vaccinés- suivraient une vie normale mais subiraient des tests de charge virale réguliers et fréquents. Ainsi, au fil du temps, il deviendrait possible de comparer les modèles de transmissibilité virale entre les groupes vacciné et non-vacciné. 
     
    La mobilisation sur cette question est essentielle car la réponse a des implications sur le risque de …4è vague, après le déploiement des #vaccins.

    #transmission #contagiosité

    • ceci-dit, à terme, vu le principe de fonctionnement d’un vaccin en général, le système immunitaire des vaccinés est entraîné à flinguer le virus, donc s’il fait bien son boulot, il nettoie le terrain et y’a plus de virus à propager, non ?

    • De ce que j’en sais ce n’est pas le cas si le vaccin se contente d’empêcher le développement de la maladie sans réduire l’infectiosité du virus (sa contagiosité) ; cela pourrait même aider à une plus grande propagation (dans la mesure où le sujet ne ressentant rien il ne s’isole pas) avec des mutations plus fréquentes.

  • #Covid-19 : ce que l’on sait de la nouvelle souche plus contagieuse du coronavirus - AFP
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/20/covid-19-ce-que-l-on-sait-de-la-nouvelle-souche-plus-contagieuse-du-coronavi

    Le Royaume-Uni a informé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de la propagation « jusqu’à 70 % » plus rapide de la nouvelle souche, selon le premier ministre, Boris Johnson.

    (...) Le ministre de la santé britannique, Matt Hancock, a estimé dimanche 20 décembre que cette variante était « hors de contrôle » , justifiant ainsi le #reconfinement de Londres et d’une partie de l’Angleterre, reconfinement qui pourrait selon lui durer jusqu’à la mise en place généralisée de la campagne de vaccination.

    « Nous devions reprendre le contrôle, et la seule manière de le faire est de restreindre les contacts sociaux », a déclaré Matt Hancock sur Sky News. « Ce sera très difficile de garder [cette souche] sous contrôle jusqu’à ce qu’un vaccin soit déployé », a-t-il ajouté. La nouvelle #souche du virus serait apparue mi-septembre, soit à Londres soit dans le Kent (sud-est), selon lui.

    Un virus plus contagieux, mais pas plus de mortalité constatée

    [...]

    L’information « concernant cette nouvelle souche est très préoccupante », renchérit le Pr Peter Openshaw, immunologiste à l’Imperial College de Londres et cité sur le site du Science Media Centre, notamment parce qu’ « elle semble de 40% à 70% plus [fortement] transmissible ». « C’est une très mauvaise nouvelle », ajoute le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, (...). Pour autant, « rien n’indique pour le moment que cette nouvelle souche cause un taux de mortalité plus élevé ni qu’elle affecte les vaccins et les traitements. Toutefois, des travaux urgents sont en cours pour confirmer cela », ajoute Chris Whitty.

    Une souche qui gagne du terrain

    Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, avait estimé samedi 19 décembre que cette nouvelle variante du Sars-CoV-2, en plus de se propager rapidement, devenait aussi la forme « dominante » dans les régions concernées, ayant entraîné « une très forte hausse » des hospitalisations en décembre.
    Cet avis s’appuie sur le constat d’une « augmentation– laquelle semble être causée par la nouvelle souche – très forte des cas de contamination et des hospitalisations à Londres et dans le Sud-Est, par rapport au reste de l’Angleterre ces derniers jours », indique Paul Hunter, professeur de médecine à l’université d’East Anglia, lui aussi cité par le Science Media Centre.

    « Les coronavirus mutent tout le temps »

    Sur sa page Facebook, le généticien français Axel Kahn a rappelé que, à ce jour, « trois cent mille mutants de CoV-2 ont été séquencés dans le monde ». [d’autres, épidémiologistes, disent 4 000 variants séquencés, n’ai pas vérifié, ndc] La nouvelle souche porte notamment une mutation, nommée N501Y, dans la protéine du spicule du coronavirus, (la pointe qui se trouve à sa surface et lui permet de s’attacher aux cellules humaines pour les pénétrer). Selon le Dr Julian Tang, de l’université de Leicester, « cette mutation N501Y circulait déjà sporadiquement bien plus tôt cette année et en dehors du Royaume-Uni : en Australie en juin-juillet, aux Etats-Unis en juillet et au Brésil en avril ».

    (...) « Le plus important est de chercher à savoir si ce variant a des propriétés qui ont un impact sur la santé des humains, les diagnostics et les vaccins » . Comme le relève le Pr Axel Kahn :
    « Plus il y a de virus produits – et donc de personnes infectées –, plus il y a de mutations aléatoires, et plus grande est la fréquence de mutations avantageuses pour le virus. »

    L’association entre un nombre si élevé de mutations fait également dire à certains spécialistes que le virus aurait pu évoluer non seulement en sautant d’un hôte à l’autre, mais aussi au sein des cellules d’un même patient, qui aurait hébergé longtemps le SARS-CoV-2. Quoi qu’il en soit, comme un génome viral ne cesse de se transformer et d’évoluer, vivre avec le virus suppose qu’il faille vivre aussi avec les annonces relatives à ses inquiétantes mutations.

    Bon, beaucoup de « semble-t-il »... Mais si l’AFP publie une info qui met en cause la politique sanitaire française, ce n’est peut-être pas pour rien.

    De ce que j’avais vu, les mutations du virus étaient jusqu’ici infinitésimales, n’invalidaient ni les tests ni les vaccins, n’étaient pas non plus davantage contagieuses ou mortelles. Sauf que même à taux de mortalité constant, sans politique de suppression du virus, une contagiosité fortement accrue c’est davantage de risques de saturation/débordement des systèmes de santé, donc de mortalité (prises en charge au rabais, déprogrammations).

    Pendant ce temps, scènes d’exode à Londres avant le reconfinement, Eurostar et avions partent de GB vers le reste du monde.

    Cet excellent entretien (de juin dernier mais passé inaperçu ici) avec Isabelle Stengers aborde les mutations de virus, la crise des systèmes de santé et bien d’autres questions de façon très éclairante https://seenthis.net/messages/892363

    Edit

    L’Allemagne rejoint la liste des pays - Autriche, Pays-Bas, Belgique, Italie - qui interrompent les voyages depuis le Royaume-Uni. En France, un conseil de défense a lieu en ce moment sur la variante du Covid19
    https://www.lefigaro.fr/societes/inquiets-de-la-nouvelle-variante-du-covid-19-des-pays-coupent-leurs-liaison

    L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a de son côté appelé ses membres en Europe à « renforcer leurs contrôles ». Selon l’OMS, outre « des signes préliminaires que la variante pourrait être plus contagieuse », la variante « pourrait aussi affecter l’efficacité de certaines méthodes de diagnostic », là aussi selon « des informations préliminaires ». Il n’y a en revanche « aucune preuve d’un changement de la gravité de la maladie », même si ce point fait aussi l’objet de recherches.

    Pour autant, les scientifiques n’ont pas encore réussi à prouver en laboratoire que ce dernier est effectivement plus contagieux.
    https://www.lesechos.fr/monde/europe/coronavirus-ce-quon-sait-de-la-nouvelle-souche-apparue-au-royaume-uni-12756

    « Tout peut être expliqué par une expansion spontanée du virus, similaire à celle observée en France, en Allemagne ou en Suède, observe Patrick Berche, membre de l’Académie de médecine et ancien directeur général de l’Institut Pasteur à Lille.

    #mutation #contagiosité #protéine_Spike #spicule

    • Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear
      https://www.sciencemag.org/news/2020/12/mutant-coronavirus-united-kingdom-sets-alarms-its-importance-remains-unc

      #Christian_Drosten, a virologist at Charité University Hospital in Berlin, says that was premature. “There are too many unknowns to say something like that,” he says. For one thing, the rapid spread of B.1.1.7 might be down to chance. Scientists previously worried that a variant that spread rapidly from Spain to the rest of Europe—confusingly called B.1.177—might be more transmissible, but today they think it is not; it just happened to be carried all over Europe by travelers who spent their holidays in Spain. Something similar might be happening with B.1.1.7, says Angela Rasmussen, a virologist at Georgetown University. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’s ability to spread.

      Une incertitude de plus. Bien que l’hypothèse de variants plus dangereux demeure (oui, ça nous pend... au nez), pas de vérification pour l’heure, y compris dans ce cas, comme le disait il y a peu @arno https://seenthis.net/messages/891532

      Par ailleurs, il semble qu’en France on séquence si peu le virus qu’il faille attendre des recherches faites ailleurs toute avancée de la connaissance sur ses mutations (avec dans la presse nawak, entre 4 000 et 300 000 variants identifiés, par les spécialistes les plus éminents). Au pays des Lumières éteintes, ca doit être comme les masques en mars dernier, sans intérêt.

    • Neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni
      https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/21/neuf-questions-sur-le-nouveau-variant-du-sars-cov-2-observe-au-royaume-uni_6

      Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

      Huit de ces 17 mutations impliquent la protéine de spicule présente sur la surface du virus, celle-là même qui donne au virus sa forme de couronne et qui lui permet d’infecter certaines cellules humaines (porteuses du récepteur ACE2).

      Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

      A cela s’ajoutent six mutations supplémentaires qui n’engendrent pas un changement de composition des protéines correspondantes, ce qui aboutit à 23 changements génétiques au total. Ce nombre est inédit par rapport à ce qui avait été observé auparavant : selon une étude publiée dans Annals of Surgery début novembre, le génome du SARS-CoV-2 accumule une à deux mutations par mois, un rythme deux fois moins élevé que celui de la grippe et quatre fois moins élevé que pour le VIH.

      On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche [à l’inverse de l’article du même journal cité plus haut, ndc], car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « #variant ».

      Quand et où est apparue cette mutation ?

      Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre. Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres.

      Un nombre important de mutations ont été observées chez des patients #immunodéprimés, chez qui l’ARN du coronavirus reste détectable environ deux à quatre mois. Cette durée est suffisante pour que la population virale présente une plus grande diversité génétique. Il est donc possible, selon le rapport des chercheurs du COG-UK publié le 19 décembre, que ce lignage soit apparu chez un patient immunodéprimé atteint chroniquement du Covid-19.

      [...]

      « Les modélisations préliminaires montrent une forte association entre la présence de ce nouveau variant dans le Kent, les régions du sud-est de l’Angleterre et l’incidence en hausse de Covid-19 », écrivent les épidémiologistes du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) le 20 décembre. Elle n’est encore qu’une corrélation, non une cause, de l’accélération de l’épidémie dans ces régions.

      Ce qui est notable, en revanche, c’est que ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre.

      De plus amples observations, in vitro et in vivo, sont nécessaires pour déterminer si ce nouveau variant a acquis des propriétés qui le rendent plus transmissible. Une des mutations connues, N501Y, est suspectée d’améliorer nettement la stabilité de la liaison chimique entre le virus (précisément le domaine de liaison de sa protéine de spicule) et le récepteur ACE2, la porte d’entrée du virus dans les cellules humaines, selon des travaux publiés dans la revue Cell en août 2020 et confirmés chez la souris un mois plus tard.

      « Les données dont on dispose aujourd’hui sont épidémiologiques, mais des données virologiques sont indispensables pour mieux caractériser ce variant et ses éventuelles conséquences sur les infections et la #vaccination, souligne Vincent Enouf, directeur adjoint du centre de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur. Nos collègues anglais sont en train d’isoler ces nouveaux virus [sur des malades]. Ensuite, ils les mettront au contact d’une collection de sérums provenant de patients infectés à différents moments de l’épidémie, voire de personnes vaccinées. Grâce à une technique dite de microneutralisation, on pourra vérifier pour chacun des types de sérum si les anticorps neutralisent ou pas ce variant anglais. Les résultats devraient être connus d’ici environ une semaine. »

      (...)« Il n’existe aucune preuve que le nouveau virus est plus ou moins dangereux. Malheureusement, nous allons devoir attendre et voir si les hospitalisations et les décès évoluent dans un sens ou un autre pour le savoir », a expliqué Simon Clarke, professeur de microbiologie à l’université de Reading, au Science Media Center britannique.

      (...) « Pour le moment, il n’existe aucune preuve suggérant que ce vaccin ne soit pas efficace contre la nouvelle variante », a déclaré lundi Emer Cooke, la directrice générale de l’Agence européenne des médicaments, en donnant le feu vert au produit développé par Pfizer-BioNTech. Sur Europe 1, le ministre de la santé, Olivier Véran, a expliqué que « les anticorps développés par les deux principaux vaccins qui arrivent, Pfizer-BioNTech et Moderna, ne ciblent pas cette zone mutée du virus ».

      C’est aussi la conclusion de travaux publiés dans la revue Cell en septembre par une équipe chinoise, qui ont montré que cette mutation N501Y n’avait pas eu, chez les souris, d’effet sur la capacité neutralisante ou la quantité des anticorps fabriqués contre le virus.

      Les mutations du gène codant la protéine de spicule concernent 9 nucléotides sur les 3 821 que contient le gène au total. Les vaccins produisent des anticorps dont l’action neutralisante est dirigée contre de nombreuses régions de la protéine de spicule. Même si on ne peut l’exclure, ce risque est jugé très limité.
      « L’idée du vaccin est que la protéine Spike dans son ensemble est montrée à votre système immunitaire et vous apprenez donc à en reconnaître de nombreuses parties différentes », explique Emma Hodcroft, épidémiologiste à l’université de Berne interrogée par l’AFP. Du coup, « même si quelques parties changent, vous avez toujours toutes les autres parties pour reconnaître » le virus, selon elle.

      Ce variant circule-t-il déjà en France ?

      Lundi 21 décembre, aucun cas positif avec ce nouveau variant n’avait été détecté en France et les cas repérés ailleurs en Europe sont limités : selon le rapport de l’ECDC du 20 décembre, 20 cas avaient été identifiés au Pays de Galles au 14 décembre, 9 au Danemark, 3 aux Pays-Bas et un en Australie. Les médias belges ont rapporté quatre cas.

      Il n’est pas étonnant que le variant ait été observé au Royaume-Uni et au Danemark, deux pays où les efforts de #séquençage à partir des prélèvements de tests positifs sont importants et continus.
      « On ne sait pas si on va tenir très longtemps sans identifier ce nouveau variant en France. Il serait utile que les personnes rentrées d’Angleterre récemment se fassent tester et que ce nouveau variant soit recherché », relève le virologue Vincent Enouf, en précisant que les laboratoires qui séquencent les virus du Covid (dont le laboratoire de référence de Pasteur) partagent leurs données sur la base internationale Gisaid, ce qui permet de repérer rapidement l’apparition de nouvelles mutations.

      D’autres chercheurs estiment cependant que le travail de séquençage est relativement dispersé entre plusieurs acteurs (IHU de Marseille, CNR Pasteur, services de virologie des CHU, etc.), qui ne se partagent pas les séquences obtenues et ne mettent pas en commun leurs efforts pour identifier les lieux et moments où apparaissent les variants en circulation. Une désorganisation qui « conduit à diminuer très fortement l’impact de ce travail », selon une note rédigée par plusieurs chercheurs du collectif FranceTest à l’intention du ministre de la santé, Olivier Véran, à sa demande et transmise lundi 21 décembre à Emmanuel Macron. Ces chercheurs appellent à la création d’un consortium national appelé Senticov, « qui aurait la tâche de mettre en place le séquençage permanent des génomes viraux ».

      Les tests PCR peuvent-ils le détecter ?

      Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Dans leur rapport, les experts de l’ECDC recommandent de ne plus se fier uniquement aux RT-PCR ciblant le gène de la protéine S « pour la détection primaire de l’infection au SARS-CoV-2 », car « les mutations sont plus susceptibles de se produire dans ce gène ». Mais d’autres tests PCR peuvent détecter le virus en ciblant d’autres régions dans le génome, qui sont insensibles au variant. Le gouvernement britannique a indiqué que les « tests pouvaient être adaptés rapidement pour répondre à ce nouveau variant ».

      Edit Après les avertissements d’arno, un rappel par @kassem, citant Antoine FLAHAULT
      https://seenthis.net/messages/892557

      Durant les épidémies de virus émergents un peu longues, les mutations du virus sont souvent sur-interprétées pour expliquer l’évolution de la situation épidémiologique.

    • Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Plusieurs connaissances ont eu depuis octobre des symptômes correspondants aux nombreux symptômes potentiels du virus, mais avec des retours de tests négatifs.

    • Le Doc, @Le___Doc
      https://twitter.com/Le___Doc/status/1344422158844497922

      50% d’augmentation des cas en une semaine en Angleterre , +15% d’hospitalisations. 1000 décès en 24h.
      Ce que l’on sait, c’est que le variant B117 prédomine désormais, à 80%. Pour le reste...

      une #variante + contagieuse de 50%, c’est une bien plus mauvaise nouvelle qu’une variante 50% + mortelle
      https://seenthis.net/messages/893449

  • Post-lockdown #SARS-CoV-2 nucleic acid screening in nearly ten million residents of Wuhan, China
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7679396

    No new symptomatic cases and 300 asymptomatic cases (detection rate 0.303/10,000, 95% CI 0.270–0.339/10,000) were identified. There were no positive tests amongst 1,174 close contacts of asymptomatic cases.

    Une étude chinoise permet-elle de conclure que les asymptomatiques « ne contaminent personne » ? | LCI
    https://www.lci.fr/sante/covid-19-une-etude-chinoise-permet-elle-de-conclure-que-les-asymptomatiques-ne-c

    En conclusion, rien ne permet donc aujourd’hui de conclure que les patients asymptomatiques « ne contaminent personne ». L’étude chinoise citée par des internautes est intéressante aux yeux des spécialistes, mais ne peut être avancé comme une preuve viable. Divers travaux publiés lors des derniers jours ont par ailleurs mis en évidence des cas de transmission du #Covid-19 par des personnes #asymptomatiques, laissant clairement entendre que l’épidémie se propageait de manière régulière sans aucune manifestation visible.

    #contagiosité

  • What the data say about asymptomatic #COVID infections
    https://www.nature.com/articles/d41586-020-03141-3

    Définition : Au moins 7 jours de suivi sans symptômes
    20% des sujets infectés sont asymptomatiques ;
    contagieux mais moindre que les symptomatiques ;
    leur rôle dans la propagation n’est pas capital
    Leur charge virale est initialement aussi importante que les symptomatiques (d’où la nécessité des mesures barrière malgré tout) mais diminue plus rapidement.

    Research early in the pandemic suggested that the rate of asymptomatic infections could be as high as 81%. But a meta-analysis published last month1, which included 13 studies involving 21,708 people, calculated the rate of asymptomatic presentation to be 17%. The analysis defined asymptomatic people as those who showed none of the key COVID-19 symptoms during the entire follow-up period, and the authors included only studies that followed participants for at least seven days. Evidence suggests that most people develop symptoms in 7–13 days, says lead author Oyungerel Byambasuren, a biomedical researcher at the Institute for Evidence-Based Healthcare at Bond University in Gold Coast, Australia.

    Byambasuren’s review also found that asymptomatic individuals were 42% less likely to transmit the virus than symptomatic people.

    One reason that scientists want to know how frequently people without symptoms transmit the virus is because these infections largely go undetected. Testing in most countries is targeted at those with symptoms.

    As part of a large population study in Geneva, Switzerland, researchers modelled viral spread among people living together. In a manuscript posted on medRxiv this month2, they report that the risk of an asymptomatic person passing the virus to others in their home is about one-quarter of the risk of transmission from a symptomatic person.

    Although there is a lower risk of transmission from asymptomatic people, they might still present a significant public-health risk because they are more likely to be out in the community than isolated at home, says Andrew Azman, an infectious-disease epidemiologist at the Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health in Baltimore, Maryland, who is based in Switzerland and was a co-author on the study. “The actual public-health burden of this massive pool of interacting ‘asymptomatics’ in the community probably suggests that a sizeable portion of transmission events are from asymptomatic transmissions,” he says.

    But other researchers disagree about the extent to which asymptomatic infections are contributing to community transmission. If the studies are correct in finding that asymptomatic people are a low transmission risk, “these people are not the secret drivers of this pandemic”, says Byambasuren. They “are not coughing or sneezing as much, they’re probably not contaminating as much surfaces as other people”.

    Muge Cevik, an infectious-disease researcher at the University of St Andrews, UK, points out that because most people are symptomatic, concentrating on identifying them will probably eliminate most transmission events.

    Viral dynamics

    To understand what is happening in people with no symptoms, Cevik and colleagues conducted a systematic review and meta-analysis3 of 79 studies on the viral dynamics and transmissibility of SARS-CoV-2, which is posted on social-sciences preprint server SSRN. Some studies showed that those without symptoms had similar initial viral loads — the number of viral particles present in a throat swab — when compared with people with symptoms. But asymptomatic people seem to clear the virus faster and are infectious for a shorter period.

    The immune systems of asymptomatic individuals might be able to neutralize the virus more rapidly, says Cevik. But that doesn’t mean these people have a stronger or more durable immune response — and there is evidence that people with severe COVID-19 have a more substantial and long-lasting neutralizing antibody response, she says.

    Although there is a now a better understanding of asymptomatic infections and transmission of COVID-19, Cevik says that asymptomatic people should continue to use measures that reduce viral spread, such as social distancing, hand hygiene and wearing a mask.

    References

    1. Byambasuren, O. et al. J. Assoc. Med. Microbiol. Infect. Dis. Can. https://doi.org/10.3138/jammi-2020-0030 (2020).

    #asymptomatique #contagiosité

  • On Covid-19, two vaccines offer more answers about the road ahead
    https://www.statnews.com/2020/11/16/with-strong-data-on-two-covid-19-vaccines-we-have-more-answers-about-the-r

    Les inconnues des #vaccins anti #sars-cov2/#Covid-19 Pfizer/BioNTech, Sputnik V et Moderna

    Durée d’efficacité ?

    Degré de protection ? Empêchent-ils toute infection ? Sinon empêchent-ils le développement de tout symptôme ou seulement des symptômes les plus graves ?

    S’ils n’empêchent pas les formes légères et/ou asymptomatiques, quel sera le degré de #contagiosité chez les positifs vaccinés ?

    Sont-ils efficaces chez les plus âgés ? Les personnes avec des facteurs de risque ? (populations les plus vulnérables) ?

    Effets secondaires à moyen et long terme ?

    • Pfizer annonce maintenant que l’efficacité de son vaccin est de 95%...

      Dr. Angela Rasmussen sur Twitter :

      “Well, we still don’t know how this vaccine will perform in a very large population of people. Basing efficacy on 170 cases out of 44,000 participants means that we can’t say with certainty if efficacy will remain at 95% in the larger population .” / Twitter
      https://twitter.com/angie_rasmussen/status/1329070736481259521

      That doesn’t mean the trial is flawed or the data is unreliable. There are limitations to extrapolating data from 170 people to the larger, more diverse population of millions of people. I don’t expect efficacy to be substantially reduced at population scale, but it may change.

      Also, it is still unclear what, if anything, has been done to look at viral loads in the vaccinated cases. This has important implications for transmission. If vaccinated people can get infected and are shedding lots of virus, they could potentially transmit to others.

  • #Transmission of #SARS-COV-2 Infections in Households — Tennessee and Wisconsin, April–September 2020 | MMWR
    https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6944e1.htm

    Étude prospective (et en cours) sur la transmission du virus dans les foyers familiaux,

    – proportion de contacts contaminés : étonnamment élevée

    Among these 191 contacts, 102 had SARS-CoV-2 detected in either nasal or saliva specimens during follow-up, for a secondary infection rate of 53% (95% confidence interval [CI] = 46%–60%).

    #contagiosité en fonction de l’âge : les #enfants ne sont pas en reste et pas seulement les adolescents,

    Among fourteen households in which the index patient was aged <18 years, the secondary infection rate from index patients aged <12 years was 53% (95% CI = 31%–74%) and from index patients aged 12–17 years was 38% (95% CI = 23%–56%).

    – délai de positivité du PCR chez les personnes contaminées : court

    Approximately 75% of secondary infections were identified within 5 days of the index patient’s illness onset, and substantial transmission occurred whether the index patient was an adult or a child.

    – proportion de personnes #asymptomatiques au moment de la positivité du PCR (60%) et combien le restent (33%- sur un suivi de 7 jours) :

    Forty percent (41 of 102) of infected household members reported symptoms at the time SARS-CoV-2 was first detected by RT-PCR. During 7 days of follow-up, 67% (68 of 102) of infected household members reported symptoms, which began a median of 4 days (IQR = 3–5) after the index patient’s illness onset.

    Proportion de personnes PCR positifs asymptomatiques pour l’ensemble des contacts : 18%

    The rates of symptomatic and asymptomatic laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection among household members was 36% (95% CI = 29%–43%) and 18% (95% CI = 13%–24%), respectively.

    Enseignements :

    These findings suggest that transmission of SARS-CoV-2 within households is high, occurs quickly, and can originate from both children and adults.

    An important finding of this study is that fewer than one half of household members with confirmed SARS-CoV-2 infections reported symptoms at the time infection was first detected, and many reported no symptoms throughout 7 days of follow-up, underscoring the potential for transmission from asymptomatic secondary contacts and the importance of quarantine. Persons aware of recent close contact with an infected person, such as a household member, should quarantine in their homes and get tested for SARS-CoV-2