• Chloroquine : qui a tort, qui a raison ?
    https://blogs.lexpress.fr/le-boulot-recto-verso/2020/03/23/chloroquine-qui-a-tort-qui-a-raison

    Bref, cette « étude » ne présente aucun élément suffisant, en soi, pour affirmer avec certitude que la chloroquine permet de guérir du Covid 19. Il est donc impératif de mener des recherches supplémentaires, ne serait-ce que pour s’assurer de la bonne posologie, la bonne indication, le bon moment de l’administrer.

    Au-delà de la polémique sur ces expérimentations, je voudrais ici m’intéresser à la personnalité du Dr Raoult. Premier constat : ce médecin qui se présente comme « une star mondiale » (sic) peut se tromper. En 2013, il affirmait que le réchauffement climatique n’existait pas. Le 17 février 2020, que le Covid 19 provoquait moins de morts que les accidents de trottinette. Plus récemment encore, samedi dernier, que « là, on en est à 500 morts. On va voir si on arrive à en tuer 10 000 (re sic), mais ça m’étonnerait. »

    Deuxième constat : bien que chercheur, le Dr Raoult s’affranchit parfois de toute rigueur scientifique. Le gouvernement annonce que la chloroquine va être incluse dans un essai européen de grande ampleur ? Il répond à la télévision en mêlant le vrai (il faut aller le plus vite possible), le vraisemblable (cette molécule est potentiellement intéressante) et le faux (il n’existe aucune alternative à la chloroquine, c’est ça ou rien).

    Le Dr Raoult va plus loin, jusqu’à tordre la réalité quand ça l’arrange. Ainsi, il prétend qu’il faudra attendre deux mois pour avoir les résultats de l’essai européen et quatre mois de plus pour que la molécule soit autorisée. C’est ignorer volontairement que cet essai sera « adaptatif ». En clair, d’ici 15 jours, si les premiers résultats préliminaires montrent une efficacité supérieure et incontestable de la chloroquine sur les autres traitements observés, celle-ci sera immédiatement proposée à tous les patients qui en auront besoin.

    […]

    Troisième constat : le Dr Raoult se pose en sachant – ce qu’il est – mais surtout comme celui qui sait quand les autres ne savent pas. Tous les autres, y compris les autres médecins, y compris les autres chercheurs (« Ce n’est pas moi qui suis bizarre, ce sont les gens qui sont ignorants »). C’est David contre Goliath, Raoult contre Lévy (ancien directeur de l’Inserm), Marseille contre Paris, le « petit » virologue de province contre les pontes nationaux. C’est moi contre le reste du monde.

    […]

    Résultat : de nombreux Français se sont fait faire dès aujourd’hui des ordonnances de chloroquine. Les pharmacies sont dévalisées, les patients qui en ont besoin au long cours (lupus ou autres) n’en trouvent plus. Nul doute que certains se lanceront dans une automédication inutile, voire dangereuse. D’autres iront sur Internet acheter de la vraie/fausse chloroquine. Le Dr Raoult pourra toujours affirmer qu’il ne l’a pas encouragé, il sera objectivement responsable pour partie de ces effets délétères.

    • Le Pr. Raoult et la Chloroquine : les failles
      https://blogs.mediapart.fr/olivierbelli/blog/220320/le-pr-raoult-et-la-chloroquine-les-failles

      On remarque d’abord que la charge virale de tous les patients du groupe Chloroquine est mesurée au jour 0 contre seulement 6 du groupe contrôle, les autres sont justes marqués comme « positifs » et deux ne sont même pas testés. On remarque également que quatre patients du groupe Chloroquine ont des tests négatifs au jour un (pas de virus détecté), parmi ceux-ci deux resterons négatifs tout au long de l’étude et les deux autres présenterons brièvement des charges virales positives mais extrêmement faibles (une valeur supérieure à 35 étant considérée comme négative) avant de redevenir négatifs les jours suivants. À ce stade il est raisonnable de se demander si ces patients étaient réellement infectés au cours de l’étude.

      Au cours des jours suivants, la grande majorités des patients du groupe contrôle sont simplement marqués comme « positifs » ou « non-testés » et leur charge virale n’est plus mesurée. Pourquoi cela est-il important ? Parce que les patients ne sont pas au même stade de l’infection au début de l’étude, certains sont en train de guérir naturellement et d’autre attendent encore le pic infectieux. Sans ces mesures de charge virale, il est impossible de savoir si la « guérison » est due au traitement ou simplement au système immunitaire des patients.

      Dernier élément et pas des moindres, six patients du groupe Chloroquine ont dû être exclus de l’étude avant la fin et ne sont donc pas pris en compte dans les résultats malgré que leur cas suggère clairement un échec du traitement : trois ont été transférés en soin intensif, un a quitté l’hôpital car il était testé négatif, un a arrêté le traitement à cause de nausée et le dernier est décédé.

      On a donc une étude qui tire des conclusions sur un nombre très faible de patients, la plupart n’étant même pas testés correctement, et un professeur qui propage ensuite des graphiques sensationnalistes sur sa « découverte » ne prenant en fait en compte que 4 patients du groupe contrôle et laissant arbitrairement les autres de côté...

      D’autres problèmes peuvent être relevés comme l’absence de randomisation et le fait qu’aucune information n’est disponible sur l’état de santé des patients à la fin de l’étude mais à ce stade cela ne change pas grand chose.

      Pourquoi c’est grave ?

      Outre les théories du complot nourries par les déclarations du Pr. Raoult, sa campagne de communication creuse encore le gouffre qui sépare la communauté scientifique des citoyens. Comment expliquer qu’il faut écouter les experts en période de crise pour ensuite constater qu’un professeur de renom propage des informations mensongères ?

      […]

      En conclusion, il est possible que l’hydroxychloroquine soit une piste thérapeutique viable pour le traitement du Covid19, celles-ci ayant par ailleurs montré un effet in vitro. Les preuves dont nous disposons actuellement sont cependant trop faibles pour rediriger nos ressources dans cette direction. Dans ce contexte, les propos du Pr. Raoult sont au mieux malhonnêtes et au pire totalement irresponsables. Il en est de même pour son rejet des mesures de confinement sous prétexte que celles-ci n’auraient pas fait leurs preuves en Italie et en Espagne, tout en ignorant sciemment que ces mêmes mesures ont permis à la Chine, premier pays touché, de contrôler la propagation du virus.

    • Gaetan Burgio (Group leader, Australian National University ANU, Australia. Geneticist working on infections & #CRISPR. Opinions and views...)
      https://twitter.com/GaetanBurgio/status/1241214816062078977

      From the last couple of days the hype over the Chloroquine (CQ) and Hydroxychloroquine (HCQ) treatment for #COVID19 has bothered me a lot. So I have decided to dig into the available & published data. What is the evidence right now for treating #COVID19 patients with CQ or HCQ?

      Let’s start with the in-vitro evidence. 2 papers (link below). In short CQ and HCQ reduces #SARSCoV2 viral load in Vero2 cells. Results shows a EC50 around 1 to 100 µM depending on the regimen and initial viral load

      https://nature.com/articles/s41421-020-0156-0 and https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa237/5801998

      I short it shows that CQ and HCQ works against #SARSCoV2 in-vitro & seems to be working better in curative. Toxicity results are OK. Not surprising as CQ was previously showed as potent inhibitor of SARS-CoV & affect terminal glycosylation of ACE2

      In fact CQ was demonstrated in inhibiting the viral load of a lot of viruses, flaviviruses or retroviruses as it modulates the Ph of the cells (endosomes). for example a old review on it here https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14592603

      So now let’s go into the human clinical trial data for #COVID19 as those were recently a lot publicized. Are these results promising enough to counsel everyone to take CQ or HCQ as prophylactic or curative against #COVID19 ?

      Currently according to http://ClinicalTrial.gov, 6 trials using CQ or HCQ are underway for the treatment of prophylaxis of #COVID19 https://clinicaltrials.gov/ct2/results?cond=covid19&term=chloroquine&cntry=&state=&city=&dist=&Sear

      But the one that interests me is the French open-labeled non randomized clinical trial on HCQ + Azithromycin against #COVID19 infection, largely publicized. Details are here https://mediterranee-infection.com/wp-content/uploads/2020/03/Hydroxychloroquine_final_DOI_IJAA.pdf

      This is a small clinical trial (n=42 in total). Inclusion criteria in short moderate #COVID19 infection (positive viral load). Exclusion criteria, allergy, long QT syndrome.... In total 42 enrolled, 6 drop out including 3 in ICU. Total 20 HCQ vs 16 controls.

      Clinical presentation seemed similar between HCQ & control but sample size is so low, difficult to conclude really. Seriously underpowered. Outcome from the study is based on viral load only and not on clinical outcome and I can see a major flaw here as clinical outcome critical.

      So 16 patient received no treatment, 14 patients received HCQ only (200 mg/ day) and 6 patients received HCQ (200 mg/day) + Azithromycin to prevent surinfection (on clinical judgement). The treatment was for 10 days and outcome on viral load (nasopharyngeal swabs)

      The results showed a reduction of the viral load from HCQ and HCQ + Azithromycin treated patients compared to controls. Looks spectacular but wait .... No error base on these graphs. So I looked at the suppl data

      Looking at supplementary Table 1, most of the controls had viral load qualitatively detected or the PCR was not done !!!! . Only 4 out of 16 controls had a proper measure of the viral load !!!! This is insane !

      In short, all this hype on the clinical trial is based on a open label, non randomized and underpowered clinical trial on HCQ treatment against #COVID19 with viral load as an outcome that was not properly measured in 2/3 of the control cohort !!!

      So to answer the question: What is the evidence of justifying using HCQ or CQ as a prophylactic or curative treatment against #COVID19. The simple or short answer is NONE. To ascertain it, we need a proper and powered randomized clinical trial

      While I understand we are in a #COVID19 pandemic, there is no reason or whatsoever to throw away all the evidence based medicine and not doing rigorous science or a randomized clinical trial !

    • #10 Elisabeth M Bik commented 2 days ago (Science consultant, PhD. Blunt and snarky. Microbiome, research integrity & misconduct. Ex-Stanford. MicrobiomeDigest/Bik’s Picks. Dutch/USA. She/her. )
      https://twitter.com/MicrobiomDigest/status/1241429544847863808

      Elle poste des commentaires sur pubpeer :
      https://pubpeer.com/publications/3B1F9EAD4982C64445A60F5E83CCFE

      The paper was submitted on March 16, and accepted on March 17. This creates some new concerns.

      – With an ethical approval on March 6, a 14-day patient follow up as stated in the paper, and a submission date of March 16, the timeline becomes seemingly impossible. Could the authors please clarify?
      – Was the paper indeed peer reviewed within 24h? That seems incredibly fast.
      One of the authors on this paper is also the Editor in Chief of the journal in which the paper was accepted, i.e. the International Journal of Antimicrobial Agents. This might be perceived as a huge conflict of interest, in particular in combination with the peer review process of less than 24h.

      I do understand that in the case of a viral pandemic, there is a great need for new results, and that the peer review process might be a bit less polished than in “normal” science papers. However, the preprint was already publicly available for all, so it does not appear to make sense that this peer review was done in such a rushed manner.

    • Coronavirus : l’OMS réitère son appel au dépistage massif et met en garde sur les traitements - Le Parisien
      http://www.leparisien.fr/societe/coronavirus-la-pandemie-s-accelere-alerte-l-oms-23-03-2020-8286246.php

      Le numéro 1 de l’organisation a néanmoins condamné l’administration de médicaments aux patients infectés par le nouveau coronavirus avant que la communauté scientifique se soit accordée sur leur efficacité, mettant en garde contre les « faux espoirs » qu’ils pourraient susciter. Une référence indirecte à la Chloroquine, un traitement testé en France par le docteur Raoult. « Des études réduites et non randomisées, réalisées à partir d’observations, ne nous apporteront pas les réponses dont nous avons besoin », a-t-il averti.

    • Covid19 & chloroquine : à propos d’une étude très fragile, et d’un dangereux emballement médiatique et politique – curiologie
      http://curiologie.fr/2020/03/chloroquine

      Nous arrivons au cœur du problème. Le 18 mars, le Pr Raoult présente en avant-première les résultats d’un essai clinique, résultats qu’il présente comme la preuve qu’une combinaison d’azithromycine et d’hydroxychloroquine permet de faire disparaître le virus du corps de 75% de patients en six jours. Ces résultats sont accueillis avec un enthousiasme déroutant par de nombreux titres de presse.

      Pourquoi déroutants ? Parce qu’au vu des quelques données présentées, l’annonce semble extrêmement spéculative. Menée sur très peu de patients (entraînant une variabilité statistique énorme [10]), avec apparemment peu de précautions méthodologiques, cette étude semblait très fragile. Raison pour laquelle, avec de nombreux confrères, nous avons enjoint à beaucoup de prudence (sinon de méfiance) face à l’emballement.

      Las : une fois le détail de l’étude publiée, nos craintes s’avèrent totalement fondées. Sur la plateforme collaborative de PubPeer, sur laquelle les chercheurs du monde entier peuvent commenter les études scientifiques, l’effarement est général face à des travaux d’une hallucinante faiblesse (« un design expérimental exceptionnellement pauvre »…). Notez que la démarche est constructive, les auteurs de l’étude étant presque toujours invités à préciser leur méthode a posteriori [11].

      Avant d’aller plus loin, balayons l’argument de « l’urgence » : il faudrait excuser à l’équipe de Raoult d’avoir bâclé les choses parce que le temps n’est pas aux précautions méthodologiques. Pourtant, dans le même temps, de nombreuses équipes de recherches en quête d’un traitement efficace contre ce coronavirus parviennent à réaliser des travaux rigoureux (par exemple sur le Lopinavir-Ritonavir). Respecter les précautions minimales permettant d’éviter d’être le jouet d’artefacts grossiers n’est pas un luxe : c’est un peu la base du job… Les règles du jeu scientifique ne sont pas là pour enquiquiner les chercheurs, mais pour les aider à ne pas se leurrer (et à leurrer les autres).

      Revenons à l’étude et aux nombreuses critiques qu’elle soulève. Citons-en cinq, particulièrement marquantes :

      – Dans tous les groupes (ceux non-traités, ceux traités par chloroquine seule et ceux traités par chloroquine+azythromicine), on trouve des patients testés positif au virus un jour, puis négatif un autre jour, puis de nouveau positif le jour suivant. Autrement dit : les tests employés pour évaluer l’efficacité du traitement (mesure de la charge virale [11b]) ne sont pas fiables d’un jour à l’autre.

      – Alors que l’essai impliquait le traitement effectif de 26 patients (chloroquine seule ou en combinaison avec l’azithromycine). Pourtant, le suivi n’a été mené que sur 20 d’entre eux. En effet, 3 ont été transférés vers une unité de soins intensifs, 2 ont arrêté le traitement ou ont quitté l’hôpital avant la fin du suivi, et 1 (dans le groupe chloroquine+azithromycine)… est décédé au troisième jour de l’essai. Les auteurs notent qu’il était sans charge virale détectable « au jour 2 » (ce qui n’est très probablement pas imputable au traitement…). Les résultats sur les groupes traités sont particulièrement positifs car six résultats très décevants (euphémisme) sont exclus des analyses.

      – Les groupes traités par chloroquine sont comparés à un groupe suivi dans un autre établissement, sans aucune garantie que les protocoles permettant d’évaluer la charge virale soient les mêmes, ou menés avec la même rigueur.

      – Alors que l’essai avait pour objectif secondaire de renseigner sur l’efficacité du traitement en termes de fièvre, de normalisation du rythme respiratoire, sur la durée moyenne d’hospitalisation et sur la mortalité… l’étude publiée n’en fait pas cas.

      – Une partie des patients non traités n’ont pas bénéficié d’une mesure de charge virale de façon quotidienne, les données publiées étant « extrapolées » sur la base de données des jours suivants. Dès lors que les calculs sont réalisés à partir de données réellement effectuées, on ne retrouve plus les effets décrits par l’équipe marseillaise, pour la plupart des jours.

      À cela s’ajoute de lourdes critiques qui renvoient à la notion d’inconduite scientifique. Autrement dit, des « aménagements » avec les règles du jeu scientifique supposées assurer un minimum la fiabilité et l’exploitabilité des travaux publiés [12]… aménagements qui, là encore, ne sauraient être justifiés par l’urgence. Le fait qu’aucune de ces anomalies n’ait apparemment ému les journalistes qui ont donné de l’écho à cet essai clinique est inquiétant.

      […]

      « Et si ça marche ? »

      Plusieurs personnes ont opposé un argument pragmatique à l’analyse résumée dans le présent billet : certes, l’essai clinique de Raoult est bâclé, et a été outrageusement médiatisé, MAIS c’est précisément cette médiatisation qui a incité les autorités à prendre en compte l’hypothèse hydroxychloroquine, et à l’inclure dans le grand essai clinique annoncé le 22 mars 2020 (où la molécule sera testée aux côtés d’autres, jugées jusqu’à présent plus prometteuses). ET SI cette molécule se révélait efficace, la stratégie de casino du Pr Raoult et de ses confrères aura été payante !

      De notre point de vue, cette façon de penser justifie tous les abus et légitime toutes les manipulations médiatiques. Elle renvoie à une vision fantasmée de la recherche scientifique, dans laquelle les intuitions individuelles sont toujours plus fortes que l’intelligence collective… alors que les exemples en ce sens relèvent de l’exception, et non de la règle.

    • Drosten kritisiert Chloroquin-Studie | APOTHEKE ADHOC
      https://m.apotheke-adhoc.de/nc/nachrichten/detail/coronavirus/drosten-kritisiert-chloroquin-studie-aepfel-mit-birnen-vergleichen

      Drosten zweifelt jedoch an der angeblich nachgewiesenen Wirksamkeit von Chloroquin, wie er im Podcast mit dem Norddeutschen Rundfunk (NDR) erklärt: Es sei schon länger bekannt, dass das Malariamittel auch gegen das 2003 kursierende Coronavirus in der Zellkultur wirksam ist. Man wisse jedoch nicht, ob es am Menschen genauso wirke, da alles „viel viel komplizierter“ sei. „So ein Medikament muss ja da hinkommen, wo das Virus ist – in die Lunge", erklärt er. Mit dem Schlucken einer Tablette sei es daher nicht getan: „Die infizierte Zelle im Körper des Menschen hat einen anderen Stoffwechsel als eine Zelle in einer Zellkulturschale – das ist gar nicht miteinander zu vergleichen."

      Studie wirft Zweifel auf

      Die Studie wird ebenfalls von ihm kritisiert: Grundsätzlich sei es schwierig, eine Studie durchzuführen, da die Mehrheit der Patienten auch ohne medikamentöse Behandlung wieder gesund werde. Außerdem seien einige Parameter der Studie fragwürdig. Für eine aussagekräftige Studie seien zwei möglichst homogene Gruppen notwendig, die miteinander verglichen werden – eine, die behandelt wird, und eine, die nicht behandelt wird. In der Studie sei dies jedoch nicht der Fall gewesen: Während die behandelten Patienten ein Durchschnittsalter von 51 Jahren hatten, waren die Patienten der unbehandelten Kontrollgruppe nur 37 Jahre im Schnitt.

      Äpfel werden mit Birnen verglichen

      Zudem seien in der behandelten Gruppe zwei Personen mit asymptomatischen Krankheitsbildern gewesen, in der unbehandelten aber vier. „Das führt dazu, dass wir in dieser Studie Äpfel mit Birnen vergleichen", findet der Virologe. Wesentlicher Störfaktor sei zudem die Zeitskala, da ein gemeinsamer Startpunkt fehle: Der Beginn der Studie bei den Patienten entspricht dem Tag des Einschlusses in die Studie, nicht aber dem Tag der Infizierung oder des Ausbruchs der Krankheit. Die Konzentration der Viren wurde bei den Teilnehmern im Hals gemessen, nicht aber am Ort des Geschehens – der Lunge. „Das ist die größte Fehlannahme der gesamten Studie." Die Besserung der Erkrankung unter der Einnahme von Chloroquin sei also nicht nachvollziehbar und belegbar. Drosten vermutet, dass es zu ähnlichen Ergebnissen gekommen wäre, wenn statt Chloroquin eine Kopfschmerztablette verabreicht worden wäre. „Ich möchte nicht sagen, Chloroquin wirkt nicht. Aber so, wie diese Studie gemacht wurde, sind wir kein Stück schlauer.“

    • Et un assez bon résumé par quelqu’un qui se décrit comme un « influenceur important sur internet » (70 followers) : Ernest
      https://twitter.com/Louis_Ernes/status/1242032586244972544

      Les vaccins : testés pendant de décennies. Des maladies éradiquées.

      Les français : c’est dangereux il y a de l’amiante dedans selon mon cousin.

      La chloroquine pour le covid : pas sûr que ça fonctionne. En attente d’autres essais.

      Les français : se l’injectent par voie rectale

    • « Crier victoire trop vite, face au coronavirus, est irresponsable » - Propos recueillis par Caroline HAYEK - L’Orient-Le Jour
      https://www.lorientlejour.com/article/1211746/-crier-victoire-trop-vite-est-irresponsable-.html

      William Dab, professeur émérite d’épidémiologie au Conservatoire national des arts et métiers (CNAM) et ancien directeur général de la Santé en France entre 2003 et 2005, répond aux questions de « L’OLJ ».

      […]

      La chloroquine est une bonne idée. Je pense qu’il faut respecter la démarche habituelle de tests de médicaments, qui est de faire un essai thérapeutique dans lequel il y a un tirage au sort de gens qui reçoivent le médicament et d’autres qui reçoivent soit un traitement de référence, soit un placebo. C’est d’autant plus important dans le cas de la chloroquine parce que, entre la dose habituellement utilisée et la dose mortelle, l’écart n’est pas très grand. Si la dose habituelle est multipliée par trois, elle est mortelle dans 100 % des cas. On a déjà vécu ça en France ; à l’époque du chikungunya lorsqu’on faisait des tests in vitro, la chloroquine était très efficace. Ensuite, on a fait un essai thérapeutique et cela a montré qu’in vivo, chez l’homme, il n’y avait pas cette efficacité, donc la chloroquine a été abandonnée comme traitement de cette maladie. Et tous ceux qui disaient qu’il fallait mettre tout le monde sous chloroquine pour soigner le chikungunya étaient dans l’erreur.

      L’autre élément qui doit être évalué, c’est dans quelle mesure ce médicament sera capable de sélectionner des souches résistantes. On sait que les traitements antiviraux peuvent rapidement sélectionner des souches résistantes, auquel cas le médicament fonctionnerait quelques semaines, mais pas plus.

      Il est tout à fait possible qu’on ait une véritable piste thérapeutique et il faut la tester, notamment parce que dans la situation dans laquelle nous sommes, il ne faut rien négliger. Mais crier victoire trop vite est pour moi irresponsable. Surtout qu’il ne faut pas donner de faux espoirs aux gens parce que cela va relâcher les mesures de confinement et le respect des distances physiques. Les gens vont se dire que le médicament est trouvé et que ce n’est pas la peine de s’en faire. C’est d’ailleurs le discours du président américain. C’est possible que nous l’ayons, et nous aurons la réponse très rapidement puisque les essais en bonne et due forme sont en cours au niveau français comme au niveau européen. En attendant, il faut être très prudent.

    • Je pense qu’il faut respecter la démarche habituelle de tests de médicaments, qui est de faire un essai thérapeutique dans lequel il y a un tirage au sort de gens qui reçoivent le médicament et d’autres qui reçoivent soit un traitement de référence, soit un placebo.

      Je comprends bien mais donner un placebo dans cette situation, c’est pas très éthique vu le besoin de soin des personnes infectées.

      #épidémiologie_de_comptoir et #complotisme

    • Attention, l’éthique des tests cliniques commande que le bras test soit « le meilleur traitement disponible ». Ici, on n’a aucun traitement chimique, donc c’est le meilleur standard de soins non-chimiques + placebo. Mais comme le dit la cousine de mon voisin qui travaille dans le médical, on va avoir 5 bras dans ces études (puisqu’on teste 4 traitements), donc sur le plan biostatistique ça va être le bordel.

    • Celui-là est énorme : des images de résultats scientifiques falsifiées avec Photoshop…

      Chloroquine genius Didier Raoult to save the world from COVID-19 – For Better Science
      https://forbetterscience.com/2020/03/26/chloroquine-genius-didier-raoult-to-save-the-world-from-covid-19

      Well, Elisabeth Bik found some very bad data fakery in a 15 year old Raoult-co-authored paper:

      Florence Fenollar , Stéphane Sire , Nathalie Wilhelm , Didier Raoult Bartonella vinsonii subsp. arupensis as an agent of blood culture-negative endocarditis in a human Journal of Clinical Microbiology (2005)
      doi: 10.1128/jcm.43.2.945-947.2005

      The gels are most obviously fake, falsified in Photoshop. In at least one instance, a gel band was erased digitally. Here a younger Raoult-coauthored paper from URMITE Marseille, and it is not much better:

      Miguel A. De La Cruz , Weidong Zhao , Carine Farenc , Grégory Gimenez , Didier Raoult , Christian Cambillau , Jean-Pierre Gorvel , Stéphane Méress A toxin-antitoxin module of Salmonella promotes virulence in mice PLoS Pathogens (2013) doi: 10.1371/journal.ppat.1003827

      A gel lane was copied three times, while arrows indicate additional image manipulations in that gel figure. The last author Stéphane Méresse seems not to deny that the image was fabricated:

      “This image should never have been published and we apologize for this mistake. Below two similar experiences leading to the same conclusion.”
      Caught on fake data? Replace it with something else, conclusions not affected. As easy as removing patients from analysis or guessing PCR results. The research culture at URMITE produced also this beauty, again with Raoult as coauthor:

      Aurélien Fotso Fotso , Oleg Mediannikov , Didier Raoult , Claude Nappez , Michel Drancourt , Michel Azza Monoclonal Antibodies for the Diagnosis of Borrelia crocidurae American Journal of Tropical Medicine and Hygiene (2016) doi: 10.4269/ajtmh.15-0436
      That is truly a beautiful fake. Fractal bacteria, as someone commented on Twitter. Bik found also this, a 19 year old microscopy collage co-authored by Raoult:

      S Meconi , C Capo , M Remacle-Bonnet , G Pommier , D Raoult , J L Meg Activation of protein tyrosine kinases by Coxiella burnetii: role in actin cytoskeleton reorganization and bacterial phagocytosis Infection and Immunity (2001) doi: 10.1128/iai.69.4.2520-2526.2001

      The arrows indicate that the cells were digitally pasted in. To catch Raoult on having published fabricated data is not really a surprise, as it turned out.

      Au point que Raoult et des co-auteurs ont été bannis en 2006 du journal de l’American Society for Microbiologie (ASM) :

      Indeed, problems in a paper about a mouse model for typhus got his lab in hot water in 2006. A reviewer for Infection and Immunity, a journal published by the American Society for Microbiology (ASM), discovered that four figures in a revised manuscript were identical to figures in the original manuscript, even though they were supposed to describe a different experiment.

      In letters to ASM, made available by Raoult, second author Christian Capo and last author Jean-Louis Mège, a group leader, accepted “full responsibility” for the problem, which they said involved only two figures. Capo, in his letter, wrote that he had made an innocent mistake; Mège wrote that Capo had subsequently failed to show the revised manuscript to other authors, who were on vacation, before resubmitting it. But after consulting its ethics panel, ASM banned all five authors, including Raoult, from publishing in its journals for a year. “We are not entirely comfortable with the explanation provided,” ASM officials wrote to Mège. “Misrepresentation of data … is an affront to the ethical conduct of scientific inquiry.”

      Capo and Mège accepted the decision, but Raoult wrote ASM that he wasn’t at fault and that the “collective punishment” was “very unfair.” He appealed the ban, also on behalf of two other co-authors, but lost. Furious, he resigned from the editorial board of two other ASM journals, canceled his membership in the American Academy of Microbiology, ASM’s honorific leadership group, and banned his lab from submitting to ASM journals, in which he had published more than 230 studies. His name has been on only two ASM journal papers since, both published in 2010. To clear his name, Raoult sent his ASM correspondence to French colleagues in 2007, along with a letter defending himself. “If I had been in the United States, I would have sued,” he wrote.”

    • Didier Raoult : «charlatan», «qu’il ferme sa gueule»... Le ton monte
      https://www.linternaute.com/actualite/societe/2490141-didier-raoult-charlatan-qu-il-ferme-sa-gueule-le-ton-monte

      https://www.youtube.com/watch?v=Bm-GJ4PF9ts

      Dans le même temps, Hervé Seitz, Biologiste moléculaire du CNRS à l’institut de génétique humaine de Montpellier, a qualifié de « charlatanisme » les travaux de l’infectiologue au style déroutant. Le spécialiste des ARN s’est insurgé, dans une vidéo, contre le manque de rigueur de Didier Raoult. Hervé Seitz a assuré que les études réalisées à l’IHU de Marseille relevaient de la "fraude scientifique". Malgré ces attaques, le biologiste n’a pas exclu un intérêt de l’hydroxychloroquine, mais a souligné le manque de preuves.

    • Signalé par @fil: More on Chloroquine/Azithromycin. And On Dr. Raoult. | In the Pipeline
      https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2020/03/29/more-on-cloroquine-azithromycin-and-on-dr-raoult

      Dr. Didier Raoult of Marseilles and his co-workers have published another preprint on clinical results with the chloroquine/azithromycin combination that their earlier work has made famous. And I still don’t know what to think of it.

      This is going to be a long post on the whole issue, so if you don’t feel like reading the whole thing, here’s the summary: these new results are still not from randomized patients and still do not have any sort of control group for comparison. The sample is larger, but it’s still not possible to judge what’s going on. And on further reading, I have doubts about Dr. Raoult’s general approach to science and doubts about Dr. Raoult himself. Despite this second publication, I am actually less hopeful than I was before. Now the details.

    • Hydroxychloroquine and azithromycin versus COVID-19: Grift, conspiracy theories, and another bad study by Didier Raoult – Science-Based Medicine
      https://sciencebasedmedicine.org/hydroxychloroquine-and-azithromycin-versus-covid-19

      Basically, this is a nothingburger of a paper. It studied patients with low severity or even asymptomatic COVID-19 disease, the vast majority of whom would likely have cleared the virus just as fast without the medications. Again, this is such a useless paper, even as an observational paper, that it tells us, in essence, nothing new.

      […]

      I fear that, when all is said and done, the COVID-19 pandemic will be the single greatest opportunity for grifters and snake oil salesmen I’ve seen in my lifetime. Until a vaccine and/or effective treatment is developed, the grift will continue.

      In the meantime, we wait the results of clinical trials and for science to do what it always does, as I find myself living in one of the hottest COVID-19 hotspots in the US.

  • Les très graves ratés de l’expérience chinoise des « bébés CRISPR »
    http://theconversation.com/les-tres-graves-rates-de-lexperience-chinoise-des-bebes-crispr-1287

    L’annonce de la naissance en Chine de Lulu et Nana, des jumelles dont le génome a été modifié en utilisant la technologie de l’édition du génome CRISPR/Cas9, a choqué le monde entier l’année dernière. Une année après cette annonce, Jiankui He, le scientifique chinois a l’origine de la naissance de ces bébés génétiquement modifies, a été condamné à trois ans de prison ferme et 380 000 euros d’amendes pour la pratique illégale de la médecine.

    https://seenthis.net/messages/814993

    #CRISPR #Hubris_scientifique #Génomique #Modification_génétique

  • Des mutations inquiétantes sur les bébés chinois génétiquement modifiés par CRISPR - UP’ Magazine
    https://up-magazine.info/index.php/le-vivant/innovations-vertes/28764-des-mutations-inquietantes-sur-les-bebes-chinois-genetiquement-m

    Les jumelles chinoises nées l’an dernier d’embryons génétiquement modifiés par les ciseaux moléculaires « CRISPR » ont probablement des mutations imprévues dans leur génome à la suite de cette manipulation. C’est un journaliste américain qui révèle cette information ce 3 décembre après avoir obtenu une version non publiée de l’étude détaillant l’expérience.

    L’annonce avait choqué le monde en novembre 2018 : le scientifique He Jiankui avait révélé à Hong Kong qu’il avait modifié des embryons, dans le cadre d’une fécondation in vitro pour un couple, afin de tenter de créer une mutation de leurs génomes qui leur conférerait une immunité naturelle contre le virus du sida au cours de leur vie. Cette nouvelle avait provoqué un tollé car la procédure employée n’avait aucune justification médicale, présentait de graves dangers pour la santé et contrevenait aux règles éthiques les plus élémentaires.

    LIRE DANS UP : Les Chinois auraient mis au monde deux bébés génétiquement modifiés par CRISPR

    Des jumelles étaient nées, nommées Lulu et Nana, mais elles et leurs parents sont restés anonymes, et on ignore totalement ce qu’elles sont devenues.

    L’expérience d’He Jiankui avait vivement été condamnée par la communauté scientifique internationale et les autorités de son pays, et l’affaire avait relancé les appels à une interdiction des « bébés Crispr ».
    Le manuscrit de l’étude révélé

    Un journaliste de la MIT Technology Review a reçu le manuscrit de l’étude que He Jiankui a tenté de faire publier par des revues scientifiques prestigieuses, et qui détaille sa méthode et ses résultats. Mais le texte de l’étude confirme ce que beaucoup d’experts suspectaient : selon des généticiens interrogés, il ne montre en réalité pas que la mutation tentée, sur une partie du gène CCR5, a effectivement réussi. L’étude affirme que la mutation accomplie est « similaire » à celle qui confère l’immunité, et non identique.
    Des conséquences imprévisibles

    En outre, des données incluses en annexe montrent que les jumelles ont subi des mutations ailleurs dans leur génome, et probablement différentes d’une cellule à l’autre, ce qui rend les conséquences imprévisibles.

    « CRISPR » est une technique révolutionnaire de modification du génome inventée en 2012, bien plus simple et facile d’utilisation que les technologies existantes. Mais les ciseaux coupent souvent à côté de l’endroit ciblé, et les généticiens répètent que la technologie est encore loin d’être parfaite pour être utilisée à des fins thérapeutiques.

    « Il y a énormément de problèmes dans l’affaire des jumelles CRISPR. Tous les principes éthiques établis ont été violés, mais il y a aussi un grand problème scientifique : il n’a pas contrôlé ce que CRISPR faisait, et cela a créé plein de conséquences imprévues », a dit le professeur de génétique Kiran Musunuru, de l’université de Pennsylvanie, dans un entretien récent à l’AFP.

    Dans la MIT Technology Review, le généticien Fyodor Urnov déclare : « La recherche était toutefois incomplète et le manuscrit passe sous silence un point clé : les cellules prélevées sur les embryons au stade précoce pour les tester n’ont pas réellement contribué aux corps des jumeaux. Les cellules restantes, celles qui se multiplieraient et se développeraient pour devenir les jumeaux, auraient pu aussi avoir des effets hors cible, mais il n’y aurait eu aucun moyen de le savoir avant le début de la grossesse. » Il ajoute : « Une déformation flagrante des données réelles qui ne peut, encore une fois, être décrite que comme un mensonge flagrant. Il est techniquement impossible de déterminer si un embryon modifié « n’a présenté aucune mutation hors cible » sans détruire cet embryon en inspectant chacune de ses cellules. Il s’agit d’un problème clé pour l’ensemble du domaine de l’édition d’embryons, un problème que les auteurs balaient sous le tapis ici. »

    #CRISPR #Hubris_scientifique #Génomique #Modification_génétique

  • CRISPR’s unwanted anniversary | Science
    https://science.sciencemag.org/content/366/6467/777.full

    Jennifer Doudna*
    Science 15 Nov 2019:
    Vol. 366, Issue 6467, pp. 777
    DOI: 10.1126/science.aba1751

    There are key moments in the history of every disruptive technology that can make or break its public perception and acceptance. For CRISPR-based genome editing, such a moment occurred 1 year ago—an unsettling push into an era that will test how society decides to use this revolutionary technology.

    In November 2018, at the Second International Summit on Human Genome Editing in Hong Kong, scientist He Jiankui announced that he had broken the basic medical mantra of “do no harm” by using CRISPR-Cas9 to edit the genomes of two human embryos in the hope of protecting the twin girls from HIV. His risky and medically unnecessary work stunned the world and defied prior calls by my colleagues and me, and by the U.S. National Academies of Sciences and of Medicine, for an effective moratorium on human germline editing. It was a shocking reminder of the scientific and ethical challenges raised by this powerful technology. Once the details of He’s work were revealed, it became clear that although human embryo editing is relatively easy to achieve, it is difficult to do well and with responsibility for lifelong health outcomes.

    It is encouraging that scientists around the globe responded by opening a deeper public conversation about how to establish stronger safeguards and build a viable path toward transparency and responsible use of CRISPR technology. In the year since He’s announcement, some scientists have called for a global but temporary moratorium on heritable human genome editing. However, I believe that moratoria are no longer strong enough countermeasures and instead, stakeholders must engage in thoughtfully crafting regulations of the technology without stifling it. In this vein, the World Health Organization (WHO) is pushing government regulators to engage, lead, and act. In July, WHO issued a statement requesting that regulatory agencies in all countries disallow any human germline editing experiments in the clinic and in August, announced the first steps in establishing a registry for future such studies. These directives from a global health authority now make it difficult for anyone to claim that they did not know or were somehow operating within published guidelines. On the heels of WHO, an International Commission on the Clinical Use of Human Germline Genome Editing convened its first meeting to identify the scientific, medical, and ethical requirements to consider when assessing potential clinical applications of human germline genome editing. The U.S. National Academy of Medicine, the U.S. National Academy of Sciences, and the Royal Society of the United Kingdom lead this commission, with the participation of science and medical academies from around the world. Already this week, the commission held a follow-up meeting, reflecting the urgent nature of their mission.

    Where is CRISPR technology headed? Since 2012, it has transformed basic research, drug development, diagnostics, agriculture, and synthetic biology. Future CRISPR-based discoveries will depend on increased knowledge of genomes and safe and effective methods of CRISPR delivery into cells. There needs to be more discussion about prioritizing where the technology will have the most impact as well as equitable, affordable access to its products. As for medical breakthroughs, clinical trials using CRISPR are already underway for patients with cancer, sickle cell disease, and eye diseases. These and many other future uses of genome editing will involve somatic changes in individuals, not heritable changes that are transmissible. But the rapidly advancing genome editing toolbox will soon make it possible to introduce virtually any change to any genome with precision, and the temptation to tinker with the human germ line is not going away.

    The “CRISPR babies” saga should motivate active discussion and debate about human germline editing. With a new such study under consideration in Russia, appropriate regulation is urgently needed. Consequences for defying established restrictions should include, at a minimum, loss of funding and publication privileges. Ensuring responsible use of genome editing will enable CRISPR technology to improve the well-being of millions of people and fulfill its revolutionary potential.

    ↵* J.D. is a cofounder of Caribou Biosciences, Editas Medicine, Scribe Therapeutics, and Mammoth Biosciences; scientific advisory board member of Caribou Biosciences, Intellia Therapeutics, eFFECTOR Therapeutics, Scribe Therapeutics, Mammoth Biosciences, Synthego, and Inari; and director at Johnson & Johnson. Her lab has research projects sponsored by Biogen and Pfizer.

    #CRISPR #Ethique_médicale #Biotechnologie

  • WHO Forms Human Gene-Editing Committee To Establish Guidelines : Shots - Health News : NPR
    https://www.npr.org/sections/health-shots/2019/02/14/694710663/will+examine%20the%20scientific,%20ethical,%20social%20and%20legal%20challenges

    Voici le topo :
    – des « scientifiques » voyous manipulent génétiquement des embryons humains
    – la « communauté » scientifique crie au non respect de règles éthiques (et signale qu’il est « un peu tôt » pour se servir de la technique CRISPR qu’on maîtrise encore mal)
    – donc on crée une commission à l’OMS pour « encadrer l’usage futur »
    – donc, c’est comme si c’était déjà en cours, qu’il n’y avait ni interdiction, ni moratoire, juste le besoin de règles
    – et comme les règles vont prendre du temps, les autres « scientifiques » voyous vont « pratiquer » car il faut bien « expérimenter » pour définir l’éthique, n’est-ce pas ?

    En ne se prononçant jamais pour des interdictions ou des moratoires, les instances internationales laissent les entreprises/savants fous définir les règles. On retrouve le même processus en géoengineering, sur les manipulations génétiques des plantes alimentaires, sur les plantes phosphorescentes, sur la biologie de synthèse... Ce n’est au fond que la validation par les instances publiques multilatérales des fameuses « conférences d’Asilomar » dont le but était de laisser les entreprises d’un secteur définir les règles éthiques et environnementales qui s’appliqueront à ce secteur. C’est Facebook qui définit l’éthique des médias sociaux et les Sackler celle de la pharmacie des antidouleur.

    Bienvenue dans le monde de demain.

    The World Health Organization Thursday announced the formation of an international committee aimed at establishing uniform guidelines for editing human DNA in ways that can be passed down to future generations.

    The 18-member committee “will examine the scientific, ethical, social and legal challenges associated with human genome editing,” according to the WHO announcement.

    “The aim will be to advise and make recommendations on appropriate governance mechanisms for human genome editing,” the WHO says.

    The committee’s formation was prompted by the disclosure last year by Chinese scientist He Jiankui that he had created the world’s first gene-edited babies, twin girls.

    That sparked international outrage. Scientists, bioethicists and advocates condemned the experiment as unethical and irresponsible.

    But many scientists think it may be ethical someday to use the powerful new gene-editing technique known as CRISPR to edit the DNA in human embryos to prevent genetic disorders.

    Nevertheless, most scientists say it’s far too early to try to create babies that way since it’s unclear how well CRISPR works to edit DNA in a human embryo and whether it’s safe.

    #Designer_babies #CRISPR #Manipulation_génétique #Ethique

  • Casting the Tablets: #crispr
    https://hackernoon.com/casting-the-tablets-crispr-2bb98335c79d?source=rss----3a8144eabfe3---4

    And it came to pass, as soon as he came nigh unto the camp, that he saw the calf, and the dancing: and Moses’ anger waxed hot, and he cast the tables out of his hands, and brake them beneath the mount.Exodus 32:19Just a few months ago now, twin girls were born in Shenzhen, China. There birth is the stuff of international news, over forty eight thousand children are born in the country everyday — but something else about LuLu and Nana is. LuLu and Nana’s CCR5 gene was disabled by a technique known as CRISPR/Cas9.The girls will likely never be able contract to HIV.He Jiankui, the lead researcher, has been ‘disappeared’ into state custody for months (and now may even face the death penalty). Public reaction has been no more kind — casting him as a reckless and vain terroristic actor. However, if (...)

    #science #ccr5-gene #crispr-cas9 #casting-the-tablets

  • CRISPR might soon create spicy tomatoes by switching on their chili genes - MIT Technology Review
    https://www.technologyreview.com/the-download/612721/the-next-feat-for-crispr-might-be-spicy-tomatoes-made-with-chili-g

    Looking for perfect heat and lots of it? Gene engineers in Brazil think they might be able to create eye-watering tomatoes.

    Hot stuff: Even though chili peppers and tomato plants diverged from a common ancestor millions of years ago, tomatoes still possess the genetic pathway needed to make capsaicinoids, the molecules that make chilis hot.

    Now, Agustin Zsögön from the Federal University of Viçosa in Brazil writes in the journal Trends in Plant Science that gene-editing tools like CRISPR could turn it back on.

    Spicy biofactories: Tomatoes are much easier to grow than peppers, so making them hot could turn them into spice factories. “Capsaicinoids are very valuable compounds; they are used in [the] weapons industry for pepper spray, they are also used for anaesthetics [and] there is some research showing that they promote weight loss,” he told the Guardian.

    Strange fruit: Tomatoes are not the first food that scientists have suggested could be given an unusual new twist using CRISPR. Sweeter strawberries, non-browning mushrooms, and tastier ground-cherries have all been either attempted or mooted in the past.

    #Biotechnology #Hubris #CRISPR

  • Chinese scientists are creating #CRISPR babies - MIT Technology Review
    https://www.technologyreview.com/s/612458/exclusive-chinese-scientists-are-creating-crispr-babies

    According to Chinese medical documents posted online this month (here and here), a team at the Southern University of Science and Technology, in Shenzhen, has been recruiting couples in an effort to create the first gene-edited babies. They planned to eliminate a gene called CCR5 in hopes of rendering the offspring resistant to #HIV, smallpox, and cholera.

    #recherche #génétique #gattaca

  • With stem cells and #CRISPR, scientists breed mice with same-sex parents
    https://www.statnews.com/2018/10/11/mice-same-sex-parents-stem-cells-crispr

    Mammals still need both sets, though, to have their full suite of genetic instructions. IGF2, for example, is a gene crucial for growth and development, but only the paternal copy is normally active. If we just inherited DNA maternally then, we wouldn’t grow or develop properly; that gene would simply remain off. On the flip side, there are a number of these genes for which we rely on our mothers.

    But scientists started challenging nature’s way a decade and a half ago. The trick was to cajole certain maternal genes to act like paternal genes in terms of their activity, or vice versa.

    #manipulations_génétiques

  • Gene-edited plants and animals are GM foods, EU court rules
    https://www.theguardian.com/environment/2018/jul/25/gene-editing-is-gm-europes-highest-court-rules

    Plants and animals created by innovative gene-editing technology have been genetically modified and should be regulated as such, the EU’s top court has ruled.

    The landmark decision ends 10 years of debate in Europe about what is – and is not – a GM food, with a victory for environmentalists, and a bitter blow to Europe’s biotech industry.

    [...] The court sided with the French agricultural trades union, Confédération Paysanne, which brought the case, arguing that new and unconventional in vitro mutagenesis techniques were likely to be used to produce herbicide-resistant plants, with potential health risks.

    A study published in the journal Nature last week found that the gene-editing technology #Crispr-Cas9 can cause significantly greater genetic distortions than expected, with potential “pathogenic consequences”.

    #ogm #agriculture #union_européenne

  • Les nouvelles startups de la biotech
    http://www.internetactu.net/a-lire-ailleurs/les-nouvelles-startups-de-la-biotech

    Ça fait longtemps qu’on dit que la biotech prend le chemin de la révolution informatique et que les entreprises de biotechnologie d’aujourd’hui sont la Silicon Valley de demain. Rob Carlson le proclamait déjà en 2006. Pour Wired, c’est aujourd’hui que cette prédiction commence à se réaliser, notamment grâce à #crispr. (...)

    #A_lire_ailleurs #Services #biotechnologies

  • New Zealand’s War on Rats Could Change the World (nov. 2017)
    https://www.theatlantic.com/science/archive/2017/11/new-zealand-predator-free-2050-rats-gene-drive-ruh-roh/546011

    In recent years, many of the country’s conservationists and residents have rallied behind Predator-Free 2050, an extraordinarily ambitious plan to save the country’s birds by eradicating its invasive predators. Native birds of prey will be unharmed, but Predator-Free 2050’s research strategy, which is released today, spells doom for #rats, possums, and stoats (a large weasel). They are to die, every last one of them. No country, anywhere in the world, has managed such a task in an area that big. The largest island ever cleared of rats, Australia’s Macquarie Island, is just 50 square miles in size. New Zealand is 2,000 times bigger. But, the country has committed to fulfilling its ecological moonshot within three decades.

    [...] By coincidence, the rise of the Predator-Free 2050 conceit took place alongside the birth of a tool that could help make it a reality—#CRISPR, the revolutionary technique that allows scientists to edit genes with precision and ease. In its raw power, some conservationists see a way of achieving impossible-sounding feats like exterminating an island’s rats by spreading genes through the wild population that make it difficult for the animals to reproduce. Think Children of Men, but for rats. Other scientists, including at least one gene-editing pioneer, see the potential for ecological catastrophe, beginning in an island nation with good intentions but eventually enveloping the globe.

    #biodiversité

  • Aux origines de #crispr
    http://www.internetactu.net/2018/02/08/aux-origines-de-crispr

    Il est bien connu que les meilleurs vulgarisateurs sont souvent ceux-là mêmes qui ont fait les découvertes. Le bouquin d’Einstein et Infeld sur la relativité est par exemple l’une des meilleures expositions du sujet pour le grand public. A Crack in Creation, le premier livre sur CRISPR écrit par l’une (...)

    #Articles #Débats #Recherches #biotechnologies

  • Une limite à #crispr ?
    http://www.internetactu.net/a-lire-ailleurs/une-limite-a-crispr

    Se pourrait-il que CRISPR, la nouvelle technologie d’ingénierie génétique au potentiel révolutionnaire, soit moins efficace qu’on ne le pense ? En tout cas, chez les humains. C’est ce que suggère la Technology Review, qui a repéré un papier sur le sujet dans Biorxiv. En cause, la protéine cas9 qui sert de (...)

    #A_lire_ailleurs #Recherches #biotechnologies #Santé

  • Gene Editing for ‘Designer Babies’? Highly Unlikely, Scientists Say - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2017/08/04/science/gene-editing-embryos-designer-babies.html

    Here is what science is highly unlikely to be able to do: genetically predestine a child’s Ivy League acceptance letter, front-load a kid with Stephen Colbert’s one-liners, or bake Beyonce’s vocal range into a baby.

    That’s because none of those talents arise from a single gene mutation, or even from an easily identifiable number of genes. Most human traits are nowhere near that simple.

    “Right now, we know nothing about genetic enhancement,” said Hank Greely, director of the Center for Law and the Biosciences at Stanford. “We’re never going to be able to say, honestly, ‘This embryo looks like a 1550 on the two-part SAT.’”

    Even with an apparently straightforward physical characteristic like height, genetic manipulation would be a tall order. Some scientists estimate height is influenced by as many as 93,000 genetic variations. A recent study identified 697 of them.

    Talents and traits aren’t the only thing that are genetically complex. So are most physical diseases and psychiatric disorders. The genetic message is not carried in a 140-character tweet — it resembles a shelf full of books with chapters, subsections and footnotes.

    So embryonic editing is unlikely to prevent most medical problems.

    But about 10,000 medical conditions are linked to specific mutations, including Huntington’s disease, cancers caused by BRCA genes, Tay-Sachs disease, cystic fibrosis, sickle cell anemia, and some cases of early-onset Alzheimer’s. Repairing the responsible mutations in theory could eradicate these diseases from the so-called germline, the genetic material passed from one generation to the next. No future family members would inherit them.

    A composite image showing the development of embryos after injection of a gene-correcting enzyme and sperm from a donor with a genetic mutation known to cause hypertrophic cardiomyopathy. Credit Oregon Health & Science University

    But testing editing approaches on each mutation will require scientists to find the right genetic signpost, often an RNA molecule, to guide the gene-snipping tool.

    #génomique #designer_baby #thérapeutique_génique #CRISPR

  • The Designer Baby Era Is Not Upon Us - The Atlantic
    https://www.theatlantic.com/science/archive/2017/08/us-scientists-edit-human-embryos-with-crisprand-thats-okay/535668

    “It’s not so much about designer babies as it is about geographical location,” says Charo. “It’s happening in the United States, and everything here around embryo research has high sensitivity.” She and others worry that the early report about the study, before the actual details were available for scrutiny, could lead to unnecessary panic.

    #crispr #génétique

  • First editing of human embryos carried out in United States
    http://www.reuters.com/article/us-health-gene-editing-idUSKBN1AC0CM

    Technology that allows alteration of genes in a human embryo has been used for the first time in the United States, according to Oregon Health and Science University (OHSU) in Portland, which carried out the research.

    The OHSU research is believed to have broken new ground both in the number of embryos experimented upon and by demonstrating it is possible to safely and efficiently correct defective genes that cause inherited diseases, according to Technology Review, which first reported the news.

    None of the embryos were allowed to develop for more than a few days, according to the report.

    Some countries have signed a convention prohibiting the practice on concerns it could be used to create so-called designer babies.

    #embryo_editing #édition_d'embryon #CRISPR

  • Des bémols à la thérapie génétique Le Devoir - 31 mai 2017 - Pauline Gravel
    Des modifications inattendues sont observées chez des animaux de laboratoire
    http://www.ledevoir.com/societe/science-et-technologie/500032/medecine-des-bemols-a-la-therapie-genetique

    Alors qu’on s’apprête à employer la technologie CRISPR-Cas9 dans des essais cliniques de thérapie génique chez l’humain, une étude parue dans la revue Nature Methods montre que cette technologie qui permet de corriger une mutation dans un gène précis introduit aussi des centaines de mutations inattendues dans le génome des animaux traités.

    La technologie d’édition génique CRISPR-Cas9 est devenue l’outil de prédilection des scientifiques qui cherchent à comprendre le rôle de certains gènes en raison de sa simplicité d’utilisation, de sa grande précision et de sa rapidité d’action. Elle laisse aussi entrevoir des thérapies géniques plus efficaces étant donné qu’elle permettrait de réparer les gènes défectueux qui sont responsables de maladies génétiques.

    Un premier essai clinique faisant appel à cette technologie est en cours depuis novembre dernier en Chine.

    Cet essai consiste à injecter à des patients cancéreux des cellules immunitaires dans lesquelles CRISPR-Cas9 a supprimé le gène codant pour une protéine qui réduit l’activité immunitaire contre les cellules appartenant à l’organisme, dont les cellules cancéreuses.

    Plusieurs études cliniques de thérapie génique devraient également débuter en 2018 aux États-Unis.

    Mutations imprévues

    Dans l’étude publiée cette semaine dans Nature Methods, les chercheurs ont utilisé chez des souris la technologie CRISPR-Cas9 pour corriger un gène responsable de la cécité.

    Chez deux souris dont le gène muté avait été bien réparé, ils ont découvert plus de 1500 mutations imprévues affectant des nucléotides individuels (soit une seule lettre de l’ADN) et plus d’une centaine de délétions (perte d’un fragment d’ADN) et d’insertions inattendues.

    « Aucune de ces mutations n’avait été prédite par les algorithmes qui sont couramment utilisés pour repérer les mutations affectant des régions autres que le gène ciblé », souligne le Dr Vinit Mahajan, professeur d’ophtalmologie à l’Université Stanford en Californie et coauteur de l’étude.

    . . . . . .
    #gène #génome #algorithme #mutations #ADN #CRISPR-Cas9 #thérapie génique

  • #CRISPR Eliminates #HIV in Live Animals | GEN
    http://www.genengnews.com/gen-news-highlights/crispr-eliminates-hiv-in-live-animals/81254287

    Due to their innate nature to hide away and remain latent for extended periods of time, HIV infections have proven notoriously difficult to eliminate. Yet now, new data released from a research team led by investigators at the Lewis Katz School of Medicine at Temple University (LKSOM) and the University of Pittsburgh shows that HIV DNA can be excised from the genomes of living animals to eliminate further infection. Additionally, the researchers are the first to perform this feat in three different animal models, including a “humanized” model in which mice were transplanted with human immune cells and infected with the virus. Findings from the new study were published recently in Molecular Therapy in an article entitled “In Vivo Excision of HIV-1 Provirus by saCas9 and Multiplex Single-Guide RNAs in Animal Models.”

  • Gene editing opens doors to seedless fruit with no need for bees | New Scientist
    https://www.newscientist.com/article/2127640-gene-editing-opens-doors-to-seedless-fruit-with-no-need-for-be

    Don’t like the seeds in tomatoes? You might be pleased to know that seedless ones have been created by gene editing.

    The technique will make it possible to make a much wider range of seedless fruits than is currently available – and also means farmers might not have to rely on declining bee populations. Whether we ever see such fruits on supermarket shelves, however, may depend on how regulators decide to treat gene-edited crops.

    Une belle entrée en matière... on aurait aussi pu ajouter qu’on aurait plus besoin de paysans.

    Mais tout est du même acabit... en théorie tout est devenu possible.

    “We haven’t tasted them yet, but in theory they should taste the same,” says Osakabe.

    The downside for farmers is that seedless plants have to be grown from cuttings, which may be more labour-intenstive. Tomatoes are usually grown from seed, but they can also be propagated by cuttings.

    Some people also like the flavour that tomato seeds add. Seedless versions would, however, be ideal for processing into sauces and pastes.

    On retrouve à nouveau cette logique anti-naturelle qui fait remonter du process agro-alimentaire vers la production agricole : ce sera mieux pour les plats préparés et les sauces en boîte.

    Mais le plus beau reste la conclusion :

    Whether these seedless varieties make it to shop shelves may depend on whether gene-edited plants have to meet the same criteria for approval as genetically modified plants, which would greatly increase costs. Some argue that where gene-editing is used to introduce mutations already found in some of the plant we eat, it should not require such strict regulation.

    Si c’est pareil, c’est la même chose, et donc ça reste pareil. Ne venez pas regarder de plus près, ça coûte trop cher.

    #CRISPR #alimentation #hubris_scientifique

  • The CRISPR Tomato That Has No Seeds

    Le résumé des trois articles parlant de cette tomate sans graines publié dans la lettre de la MIT Technology Review est proprement sidérant. Des fruits qui murissent avant de faire des graines et qui n’ont pas besoin de pollinisateurs... voilà ce qui va garantir la sécurité alimentaire. Hubris scientifique poussé à son maximum, et en même temps acceptation de la dystopie climatique qui nous menace. Avoir peur de l’avenir, ne pas faire confiance aux paysans (qui ne pourront pas ressemer ces tomates sans graines, bien ouej) et inventer un techno-fix qui va rapporter des millions.

    A newly engineered tomato could help increase food security. The CRISPR gene-editing tool shows great promise in helping us engineer better food. And now researchers from Tokushima University in Japan have used it to create seedless tomatoes, by introducing a genetic modification to increase production of a hormone that causes fruits to develop before seeds have formed. As New Scientist notes, the resulting plants don’t require pollination, which means that they could be grown in areas where insect life fails to help nature’s reproduction.

    #CRISPR #alimentation #OGM #hubris_scientifique

  • How to Feed 9.7 Billion People? CRISPR Gene Editing For Crops
    https://singularityhub.com/2017/03/28/how-to-feed-9-7-billion-people-crispr-gene-editing-for-crops

    Now the emergence of the gene-editing tool CRISPR/Cas9 is making it possible to precisely edit the native DNA of organisms with the potential to dramatically increase crop yields. In a recent commentary in the journal Science, Armin Scheben and David Edwards from the University of Western Australia say we should embrace the opportunity.

    Unlike previous approaches to GM crops that introduce foreign DNA into an organism, genome editing achieves much the same outcome as selective breeding—but in a much faster and more selective way and without having to rely on natural genetic variation.

    #crispr #ogm #agriculture #biotech