• La vérité est dans les égouts !


    « On ouvre les bouches d’égout, on prend l’eau et ensuite, on la teste ! » Le procédé décrit par Alexandre Lacoste est d’une simplicité presque enfantine. Ingénieur, il dirige le Comete (Covid Marseille environnemental testing expertise) du bataillon des marins-pompiers (BMP). Depuis plus de six mois, ces militaires récupèrent, via les services d’assainissement de la ville, des échantillons d’eaux usées pour y déceler la présence du coronavirus. Ainsi, grâce à une technique PCR, ils peuvent, en fonction de l’évolution du taux de concentration, anticiper une recrudescence de l’épidémie sur Marseille. Ou encore définir des points chauds dans certains quartiers.

    La semaine dernière, le bataillon présentait au grand public une carte illustrant ses résultats et prévenait les autorités d’une reprise de l’épidémie sur la ville. Des alertes prises très au sérieux. Mais qu’en est-il de l’utilisation concrète de ces données hyper-localisées par les autorités ? Elle serait limitée, concèdent, à regret, ses initiateurs.

    https://twitter.com/MarinsPompiers/status/1347146449511993344

    https://www.mediapart.fr/journal/france/160121/covid-19-les-donnees-des-marins-pompiers-marseillais-restent-bloquees-dans

    • Le ministère de la santé prépare pour sa part un dispositif similaire sur le plan national. Le projet Obépine (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) vise à constituer un réseau de laboratoires sur le territoire afin de « promouvoir l’analyse des eaux usées pour y détecter d’éventuelles traces de virus SARS-CoV-2 dans le cadre d’un plan de lutte intégrée contre l’épidémie de Covid-19 ». Obépine vient d’obtenir la possibilité de publier en open data ses premiers résultats, et doit bénéficier d’un budget de 3 millions d’euros.

      « Bref, ils essayent de mettre en place un truc que nous faisons déjà », s’agace Alexandre Lacoste. Et cela alors que les données marseillaises ne sont « pas encore intégrées à proprement parler dans les indicateurs nationaux, ni dans nos indicateurs régionaux de suivi de l’épidémie à l’ARS (comme le sont les taux d’incidence et de positivité) », précise l’ARS à Marsactu.

      « L’État veut quelque chose d’unifié, avec le même process dans chaque labo, sinon il ne fait pas, mais il vaudrait mieux stimuler chaque initiative », regrette Alexandre Lacoste. Pour lui, il serait plus logique de demander des efforts en priorité aux populations des zones les plus touchées plutôt que d’imposer les mêmes règles sur tout le territoire. « Il faut une dynamique, nous ne sommes pas des robots à qui l’on peut demander des efforts à longueur de temps. Il faut cibler les gens, adapter des modules par zone. » Bref, partir du terrain pour agir. Une philosophie qui jusqu’à présent peine à être appliquée.

      comme d’hab, bloquage au niveau ARS

      Du côté de l’AP-HM, le sentiment d’urgence est le même. Et le dispositif des marins-pompiers est scruté de près. « C’est l’un des paramètres extrêmement importants, il donne presque une photographie à un instant T. Comme avec les passages aux urgences, on sait que ça monte quand il y a beaucoup de variations », considère le professeur Laurent Papazian, chargé de la coordination des services de réanimation dans la région. Mais ce dernier n’a pas directement accès aux informations des marins-pompiers, qui transitent d’abord par l’ARS.

  • #Covid-19 : « Il est à craindre que l’aggravation de l’actuelle vague impose mi-janvier un nouveau confinement »
    https://www.lemonde.fr/idees/article/2021/01/11/covid-19-il-est-a-craindre-que-l-aggravation-de-l-actuelle-vague-impose-mi-j

    Même s’il est de plus en plus mal vécu par la population, le confinement strict et précoce est la meilleure arme contre la propagation virale, défendent, dans une tribune au « Monde », les médecins et autres membres de l’association PandémIA .

    Nous alertions en novembre sur les risques de « stop and go », alternance de confinements et déconfinements contemporains de multiples vagues, comme celle s’amorçant sous nos yeux. Avons-nous encore échoué ? La pandémie a-t-elle toujours une vague d’avance ? L’ampleur de la deuxième vague nous a surpris, à cause de plusieurs facteurs : un relâchement, flagrant cet été, des mesures barrières, puis le refroidissement saisonnier propice à la propagation du virus, plus résistant au froid et à l’humidité, avec une probabilité plus grande de le trouver en milieu confiné.

    La pandémie a changé de nature également. Les 25 000 mutants du Covid décrits jusqu’ici étaient sans conséquence évidente sur l’histoire de la maladie. Cependant, deux nouveaux mutants sont apparus (Royaume-Uni et Afrique du Sud), beaucoup plus contagieux, apparemment sans conséquences sur la virulence. Ces mutations facilitent l’entrée du virus dans les cellules et en augmentent les quantités produites dans la salive, principal vecteur de transmission. Modifient-elles également la résistance du virus dans l’environnement ? Sa capacité à échapper au système immunitaire ? L’émergence de ces variants pose aussi le problème de la sensibilité des tests PCR, de l’efficacité de nos stratégies pour les identifier et limiter leur diffusion, et surtout des potentielles conséquences sur l’efficacité des vaccins.

    Surveillance des eaux usées

    Alors que l’amélioration des techniques de réanimation (oxygénation moins invasive) et des traitements spécifiques (corticoïdes, anticoagulants) permettait de baisser la mortalité de 40 % à moins de 25 % chez les patients sévères, une surmortalité a été observée pendant la deuxième vague, soulevant de nombreuses questions. Serait-ce un effet « comptable », de nombreux décès de la première vague n’ayant pas été reconnus Covid, car non diagnostiqués, ou une conséquence de sa durée, plus longue ?

    Notre incapacité à mieux gérer les déconfinements, en anticipant la recirculation du virus, est aussi en question. Notre groupe avait montré que la surveillance de la présence du virus en quantité croissante dans les eaux usées permettait d’annoncer la remontée de l’incidence de la maladie, et ses conséquences sur l’afflux hospitalier et les décès. Les travaux conduits dans le cadre du réseau Obépine avaient notamment alerté sur le retour du virus, dès le 20 juin, les indicateurs « individus-centrés » n’ayant perçu cette recirculation qu’un mois plus tard.

    Ces constatations auraient pu conduire à un reconfinement plus strict et plus précoce, et pas à des stratégies faites de demi-mesures, non retenues par nos voisins. Ainsi, la deuxième vague est arrivée en France en novembre, avec la surmortalité décrite plus haut. Pour l’instant, les restrictions sont limitées à un couvre-feu à 18 heures dans certains départements, avec un effet probablement réduit. Il est à craindre que l’aggravation de l’actuelle vague impose mi-janvier un nouveau confinement, du fait, de nouveau, des graves pressions sur le système de santé. Le confinement strict et précoce est la meilleure arme contre la propagation virale, même s’il est de plus en plus mal vécu par la population.

    Vacciner, une urgence et une nécessité

    Reste enfin la vaccination, qui doit passer du stade de l’espoir à celui de la réalité ! Nous ne pouvons gâcher la chance et la prouesse scientifique de pouvoir en disposer aussi rapidement. Ne revenons pas sur la non-préparation d’un processus qui aurait dû être anticipé depuis au moins trois mois, ni sur le scepticisme généralisé des Français, très lié à la cacophonie, alimentée dans certains médias et par des réseaux sociaux incontrôlables !

    L’instauration d’une politique de vaccination lisible en France est enfin en cours. C’est une urgence et une nécessité sanitaire, sociale et politique, sans méconnaître les difficultés de l’organisation et de la logistique. Pour commencer, la quantité de doses disponibles, qui justifie qu’on privilégie encore les sujets les plus à risque de décès [sauf, et c’est dégueulasse, les porteurs de comorbidité non vieux...] , et les soignants dont on a grandement besoin. L’incertitude que cette vaccination puisse réellement réduire la circulation virale reste un problème. Si on est sûr qu’elle réduit l’incidence des formes graves, sa capacité à limiter la contagiosité reste débattue, bien que la baisse d’incidence des patients symptomatiques aura des conséquences épidémiologiques indubitables [?] .

    La constitution d’une immunité collective arrêtant la circulation du virus prendra de nombreux mois pendant lesquels les mesures barrières devront être respectées ! Restent enfin les interrogations sur l’efficacité in fine de ces vaccins sur les mutants, ce qui amènerait à fabriquer en urgence de nouveaux vaccins, à attendre leur mise à disposition et, paradoxalement, à justifier a posteriori la lenteur choisie ou subie par la France !

    On n’en a pas fini de ce Covid-19. D’autres pandémies suivront, notamment à la suite d’une pression sur les écosystèmes liée à la mondialisation. Il sera indispensable de tirer les leçons de cet épisode unique depuis la grippe espagnole. En attendant, tentons de juguler cette troisième vague. Les travaux doivent être poursuivis pour optimiser les tests, comme des autotests salivaires, mesurer mieux la reprise de la circulation virale en fin de confinement (surveillance des eaux usées au niveau national), et surveiller les mutations par séquençage. Il faudra aussi poursuivre les recherches thérapeutiques auprès des nouveaux malades (leurres pour le virus, molécules antivirales, substances anti-inflammatoires) et identifier mieux les zones de contamination pour pouvoir limiter le nombre d’activités non essentielles fermées (en rouvrant les stations de ski, les cinémas, ou les théâtres par exemple), et surtout restaurer la confiance du plus grand nombre. Le Covid nous a révélé combien nous étions, chacun, vulnérables. A nous de comprendre, et surtout de mettre en pratique, que seules la solidarité et l’intelligence collective pourront vaincre définitivement ce virus microscopique.

    Par l’association Fondation PandemIA : Sadek Beloucif, anesthésiste réanimateur ; Patrick Berche, microbiologiste ; Yvon Maday, mathématicien ; Vincent Maréchal, virologue ; Alexandre Mignon, anesthésiste-réanimateur ; Didier Payen, anesthésiste-réanimateur ; Gilles Pialoux, infectiologue.

    Tout le monde ici (ou presque...) avait bien compris qu’un reconfinement devait venir, voilà que c’est officiel, si Le Monde a encore cette fonction.

    #stop_and_go #pandémie #confinement #reconfinement #eaux_usées (un mois d’avance sur les lectures fondées sur les test individuels !?) #vaccination

  • Coronavirus : la menace d’un couvre-feu avancé en région parisienne | RN-NEWS
    https://www.cnews.fr/france/2021-01-06/coronavirus-la-menace-dun-couvre-feu-avance-en-region-parisienne-1033383

    [...] Selon les dernières données (datant du 2 janvier), le taux d’incidence dans l’ensemble de la population francilienne se situe entre 130 et 140, suivant les départements. Après une nette augmentation juste avant Noël (possiblement liée à la forte hausse du nombre de tests), une baisse statistique a été enregistrée au moment des fêtes. Depuis, les niveaux remontent petit à petit.

    Concernant les personnes âgées, le taux d’incidence en région parisienne est d’environ 158, d’après les chiffres disponibles, qui datent de la dernière semaine de 2020. Les 80-89 ans (150) et les plus de 90 ans (268) sont le plus gravement touchés.

    DÉJÀ UNE REPRISE OBSERVÉE DANS LES EAUX USÉES

    L’évolution de ces données est donc scrutée comme le lait sur le feu ces jours-ci. Le brassage de population pendant les vacances, ainsi que la réouverture des établissements scolaires depuis lundi 4 janvier, risquent logiquement d’accroître de nouveau la pression épidémique.

    Cette tendance à la hausse semble d’ailleurs déjà être détectable par l’un des indicateurs les plus avancés : la concentration de coronavirus dans les #eaux_usées franciliennes. « Nous étions sur un plateau avant les fêtes, ce qui n’était déjà pas très bon. Mais depuis, les nouveaux prélèvements indiquent une remontée des niveaux » , indique à CNews ce mercredi 6 janvier Vincent Maréchal, professeur de virologie à la Sorbonne et co-fondateur du projet #Obépine, les scientifiques du laboratoire d’Eau de Paris chargés du sujet.

    Coronavirus : la région parisienne devrait atteindre « 5.000 vaccinations par jour d’ici à la fin de la semaine »

    Si les données doivent encore être consolidées, une confirmation de cette tendance négative « ne surprendrait pas » le virologue. « Il y a eu beaucoup d’imprudences à Noël et surtout lors du réveillon du 31 décembre. Nous allons le payer, il ne faut pas se faire d’illusion », avertit le scientifique. Vincent Maréchal prévoit ainsi d’ores et déjà « d’envoyer une alerte au ministère de la Santé » vendredi 8 janvier, à l’issue d’une nouvelle réunion de son équipe.

    [...]

    L’INQUIÉTANT VARIANT ANGLAIS

    Signe possible de cette crainte grandissante, « le conseil scientifique a passé un coup de téléphone ce matin [mercredi 6 janvier] pour nous dire d’en faire notre priorité absolue », révèle Vincent Maréchal. Les membres du projet Obépine travaillent en effet à l’identification de ce variant britannique dans les eaux usées parisiennes. Une nouvelle technique devrait pouvoir être testée « d’ici à une semaine », selon le co-fondateur de cette cellule scientifique.

    En parallèle, la mairie de Paris continue de mettre la pression sur le gouvernement pour accélérer la campagne de vaccination. Anne Souyris, l’adjointe à la santé d’Anne Hidalgo, a dit ce mercredi 6 janvier espérer obtenir un « go » d’ici à la fin de la semaine sur la mise en place de « vaccinodromes » dans la capitale. En revanche, l’ouverture de centres de vaccinations dans les mairies d’arrondissement a été écartée « à ce stade », à l’issue d’une réunion la veille avec l’Agence régionale de santé et les préfets de Paris.

    #Paris #covid-19 #région-parisienne #taux_de_prévalance

    • Rebond de l’épidémie de Covid-19 : des relevés inquiétants dans les eaux usées d’Ile-de-France
      https://www.leparisien.fr/societe/coronavirus-dans-les-eaux-usees-d-ile-de-france-pourquoi-les-derniers-rel

      Les scientifiques du réseau Obépine ont constaté une augmentation de la concentration en virus dans les stations franciliennes. De quoi faire craindre une hausse plus importante du nombre de personnes positives ces prochains jours.

      Cet indicateur trop peu exploité et trop discret est un point d’appui bien utile lorsqu’on ne veut pas entrer dans le détail des balivernes innombrables qui circulent partout afin de dénier les évaluations des taux de prévalence au nom de (fausses) critiques des tests sur lesquels il reste compliqué de fournir une explication d’ensemble et de détail, des biais, des corrections à apporter aux chiffrages [ qui comportent des erreurs et ruptures de série, etc.]. Pour ma part j’ai renoncé, je sais pas faire, sauf à pointer 3 ou 4 contre-vérités répandues et aux airs convaincants.

      #loi_de_Brandolini

    • Je n’ai sûrement pas assez et pas assez bien cherché mais pour trouver des données, il me semble que c’est au petit bonheur la chance. Je n’ai vu que Marseille et la région parisienne citées, très occasionnellement, comme endroits où de telles analyses étaient conduites, et les données, je ne sais pas où elles sont. C’est pourtant un très bel indicateur qui permet à pas cher (les prélèvements sont au-to-ma-ti-ques et fiables, ah ah ah) de disposer d’une capacité d’anticipation plutôt que de courir après l’épidémie avec retard, ce qui semble être le pli structurel de tout ce qui est fait ici, y compris pour ce qui parfaitement programmé et connue comme la stratégie vaccinale (les 2/3 des congelos basse température gardés en réserves au lieu d’être déployés, par exemple).
      Dernier cas rageant en date, on peut faire 6 doses de vaccin Pfizer au lieu de 5 avec un flacon si c’est organisé afin d’optimiser (eh oui) les stocks, ce qui permet d’ouvrir la vaccination à des demandeurs disponibles au jour le jour (des soignants de moins de 50 ans, par exemple) pour éponger les reliquats tout à fait valables ainsi dégagés (contrairement à la connerie de retarder la deuxième injection). Ben non. On sait pas faire, alors que cela se fait ailleurs, que de telles procédures « vertueuses » ne demandent rien d’autre que d’être copiées.

      #absurdistan

    • Covid 19 - MesVaccins.net
      http://www.mesvaccins.net/web/covid-19

      Le projet #Obépine pour « Observatoire épidémiologique dans les eaux usées » est mené depuis deux mois par les chercheurs d’Eau de Paris en collaboration avec Sorbonne Université, le Syndicat interdépartemental pour l’assainissement de l’agglomération parisienne (Siaap) et l’Institut de recherche biomédicale des armées (Irba). Obépine vise à surveiller les eaux usées pour suivre l’épidémie de coronavirus. Le SARS-CoV-2 excrété dans les selles des malades se retrouve en effet dans les égouts, entre quelques heures et 3 jours après. L’Ifremer détecte de possibles traces de SARS-CoV-2 dans l’environnement marin dans les eaux usées du Grand Ouest, mais cela n’a pas affecté les coquillages.

      Depuis plus de deux mois, les eaux d’une trentaine de sites de traitement, dont plus d’une dizaine sont situés en Ile-de-France Nancy et Clermont… sont sous surveillance ; Paris regarde dans quelle mesure ce dispositif peut être applicable à l’échelle de l’agglomération et sur la question des micro-clusters des quartiers, voire des établissements. La mise en place d’un suivi quantitatif de la charge virale de SARS-CoV-2 dans les eaux usées permettrait améliorer la surveillance de la circulation du coronavirus y compris des asymptomatiques.

      je ne crois pas que les données soient publiées.

  • Covid-19 et eaux usées : le réseau Obépine s’étend et peaufine ses modèles prédictifs
    https://www.industrie-techno.com/article/covid-19-et-eaux-usees-le-reseau-obepine-s-etend-et-peaufine-ses-m

    À l’occasion d’une conférence de presse organisée le 16 novembre, le réseau Obépine (pour OBservatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées), créé à l’initiative du laboratoire Eau de Paris, des chercheurs de Sorbonne Université et de l’institut de Recherche Biomédicales des Armées pour détecter la charge virale du SARS-CoV-2 dans les eaux des stations d’épuration, a présenté un point d’étape sur son déploiement.

    Lancé dès le 5 mars en région parisienne, le réseau a bénéficié des soutiens du Comité Analyse Recherche et Expertise (CARE), qui lui a octroyé une dotation de 500 000 euros à ses débuts, et du ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), qui lui a débloqué un fonds d’urgence de 3,5 millions d’euros. Objectif : la mise en place d’un réseau national de surveillance regroupant 158 stations d’épuration et 7 laboratoires de référence pour l’analyse des eaux usées. A l’heure actuelle, le réseau compte 82 stations. Les dernières stations pourraient se greffer au dispositif d’ici la fin décembre et Obépine réalisera à ce stade entre 300 et 600 analyses hebdomadaires. [..]

    L’analyse de ces traces du virus dans les systèmes de traitement des eaux est particulièrement intéressante, car elle pourrait permettre de prédire presque une semaine à l’avance la dynamique de l’épidémie. « Certaines données nous donnent une prédiction assez fidèle de la hausse du nombre de cas 5 à 6 jours avant de les dépister », explique Laurent Moulin, microbiologiste au laboratoire Eau de Paris.

    Les chiffres sont éloquents : sur la courbe ci-dessous les effets du 1er et 2ème confinements sont nettement visibles sur la courbe de concentration du virus dans les eaux usées (courbe rouge), en Ile-de-France, ainsi que la reprise de l’épidémie qui a eu lieu à partir de la mi-juin. La dynamique était légèrement en avance sur le nombre de personnes testées positives au covid-19 dans la région (courbe bleue).

    La dynamique de concentration du virus dans les eaux usées (en rouge). L’effet du premier et du deuxième confinement sont visibles (dans les zones grisées). A la reprise de l’épidémie, en juin, cet indicateur était en avance sur la dynamique du nombre de personnes testées positives au covid-19

     

    Un modèle difficile à établir

    Si la corrélation semble évidente, il est cependant difficile d’établir un véritable modèle prédictif. Il s’agit pourtant de l’une des finalités d’Obépine : tirer du terrain des informations qui permettront de calibrer l’action publique en fonction de l’évolution de la maladie.

    #covid-19 #eaux_usées #Obépine

    • [Demande d’accès aux] Données relatives à la concentration de SARS-CoV-2 dans les eaux usées
      https://madada.fr/demande/donnees_relatives_a_la_concentra

      Actuellement en attente de réponse de la part de l’autorité Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, ils devraient répondre rapidement et normalement au plus tard le 21 décembre 2020.

      En application de la loi n° 78-575 du 17 juillet 1978 relative aux documents administratifs, je souhaite obtenir communication des données de concentration en SARS-CoV2 dans les eaux usées collectées par le réseau Obepine.

      Le projet d’Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (OBEPINE), lancé en juillet, vise à réaliser un suivi en temps réel des traces de Covid-19 dans les eaux usées sur tout le territoire national afin d’anticiper les évolutions de la pandémie et de caractériser les populations sources de virus pour orienter les politiques publiques. Le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation y consacrera jusqu’à 3 millions d’euros afin de lui permettre de réaliser ses missions. Le Plan national pour la science ouverte annoncé par Frédérique Vidal, le 4 juillet 2018, rend obligatoire l’accès ouvert pour les données issues de recherches financées sur projets.

      Conformément aux dispositions de la loi du 7 octobre 2016 pour une République numérique, ces données devront être publiées dans un format numérique, ouvert et réutilisable. En application de l’article L311-9 du Code des relations entre le public et l’administration (CRPA), je souhaite obtenir la publication des informations en ligne. L’article L312-1-1 du CRPA prévoit la mise à jour régulière des données communiquées.

      Comme le livre III du CRPA le prévoit si le demandeur a mal identifié celui qui est susceptible de répondre à son souhait, je vous prie de bien vouloir transmettre ma demande au service qui détient les documents demandés.

  • Covid-19 : « Des biais amplifient artificiellement le nombre de cas positifs et faussent la perception de la gravité de l’épidémie »
    TRIBUNE, Didier Sicard, Médecin, Patrick Guérin, Vétérinaire
    https://www.lemonde.fr/idees/article/2020/11/07/covid-19-des-biais-amplifient-artificiellement-le-nombre-de-cas-positifs-et-

    Le dépistage des cas de Covid-19 sans évaluation de la charge infectieuse est un non-sens épidémiologique.

    Tribune. Les meilleures décisions lors d’une crise sanitaire sont fondées sur des données scientifiques solides pour être ensuite arbitrées politiquement. Or, si les décisions concernant la gestion de la crise du Covid-19 depuis mi-mars reposaient sur le nombre de personnes admises en réanimation et le nombre de décès liés à ce virus, les autorités sanitaires ont changé d’indicateur pour s’appuyer essentiellement sur le taux d’incidence.

    Cet indicateur, diffusé et commenté chaque soir par les médias, recense le nombre de personnes testées « positives » au Covid-19 rapporté à une population donnée (100 000 personnes testées).

    Simplisme excessif

    Pour déterminer ce taux, les autorités sanitaires s’appuient sur le test dit RT-PCR. https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/09/22/fonctionnement-fiabilite-alternatives-30-questions-sur-les-tests-pcr_6053146 De nombreux scientifiques, dont l’Ecole de santé publique de l’université Harvard, repris dans un article du New York Times du 29 août 2020 https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html, ont mis en évidence ses limites, en raison du simplisme excessif de sa réponse – la personne est dite « positive » indépendamment de la charge virale (quantité de virus présent) et, par conséquent, de sa contagiosité.

    Or le coefficient d’amplification dit « CT », c’est-à-dire le chiffre à partir duquel apparaît la fluorescence, est essentiel. Plus le chiffre est bas, plus la charge virale est élevée, donc la contagiosité, et inversement.
    En effet, si la zoonose Covid-19 est due au virus SARS-CoV-2, l’inverse n’est pas vrai : la présence de fragments de SARS-CoV-2 dans les fosses nasales n’entraîne pas automatiquement la maladie, ni la contamination. Or, ce CT n’est pas harmonisé, variant de 20 à plus de 40, selon les laboratoires de biologie médicale et selon les pays, alors qu’il s’agit d’une politique de santé publique.

    Comme l’a signalé la Société française de microbiologie (SFM) le 25 septembre [à télécharger ici https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/10/Avis-SFM-valeur-Ct-excrétion-virale-_-Version-Finale-07102020-V3., saisie pour avis par la direction générale de la santé et qui n’en a pas tenu compte ni ne l’a diffusé, cette hétérogénéité comporte un certain nombre de biais importants : elle identifie un fragment d’ARN et non un virus, a fortiori encore moins un « cas de Covid-19 » ; elle ne tient pas compte de la charge virale de la personne, donc de sa contagiosité ; la rémanence des fragments d’ARN, donc la positivité, peut être longue ; au-delà d’un nombre de cycles d’amplification supérieur à 33, il s’agit d’un « cas positif faible » ; l’interprétation du résultat doit prendre en compte les signes cliniques par un médecin, ce qui n’est quasiment jamais le cas.

    Communication anxiogène

    Ces biais ont conduit la SFM à indiquer dans son avis rendu à la direction générale de la santé qu’un « portage prolongé de l’ARN viral est possible après la phase de guérison et a été rapporté jusqu’à plus de soixante jours après le début des signes cliniques. La détection d’ARN viral par RT-PCR ne signifie pas forcément qu’il y a des particules virales infectieuses dans les échantillons biologiques » . Dit autrement, des personnes ont été confinées par milliers inutilement, alors qu’elles n’étaient plus contagieuses, et ce pour un coût exorbitant pour les finances publiques et l’activité économique.
    Dès le 25 septembre, une analyse menée sur les résultats positifs d’un laboratoire du Morbihan avait confirmé ces biais en montrant que, sur 786 échantillons de « cas testés positifs », un sur trois était « positif faible ». L’estimation de la réussite de la mise en culture des prélèvements, c’est-à-dire du risque infectieux de la personne testée « positive », était en outre inférieure à 45 %.

    Ces biais, connus depuis le mois d’août, ne sont pas pris en compte par les autorités sanitaires pour pouvoir interpréter tous les indicateurs dérivés du test RT-PCR, tels que le taux d’incidence communiqué chaque jour, ou le « R zéro » (nombre moyen de personnes qu’une personne contagieuse peut infecter) pourtant crucial afin de mesurer l’intensité d’une épidémie, ou encore le « contact tracing » [ processus d’identification des personnes ] et son efficacité pour lequel sont mobilisées plus de 4 000 personnes.

    Ces biais amplifient artificiellement le nombre de cas « étiquetés positifs Covid-19 », et faussent la perception de la gravité de l’épidémie et sa persistance, à travers une communication anxiogène. L’Espagne n’a d’ailleurs pas hésité à sauter le pas en réduisant le nombre de cycles d’amplification (CT) des tests RT-PCR, conduisant à une division des « cas positifs » de 50 % en une journée. L’Allemagne s’interroge aussi, en multipliant de nouveaux moyens de prélèvement pour standardiser en aval les mesures de charge virale.

    4 milliards d’euros

    La connaissance et la correction de ces biais sont essentielles si l’on veut piloter et décider de mesures de restrictions des libertés publiques proportionnées à l’ampleur de la crise et les faire accepter par la population. Les personnes testées « positives » doivent en outre être informées du « vrai » risque qu’elles encourent. C’est une exigence législative (loi du 4 mars 2002).

    De nombreux scientifiques avaient appelé le gouvernement à revoir la politique de tests pour la rendre plus efficace – la Sécurité sociale y consacre plus de 4 milliards d’euros en année pleine – en ciblant les personnes prioritaires, et accélérer l’obtention des résultats.

    Cette efficacité ne sera pas au rendez-vous tant que les tests RT-PCR ne seront pas standardisés au niveau national. Il est impératif que l’avis de la SFM soit appliqué dès à présent par les laboratoires de biologie médicale afin que la politique de santé publique de tests RT-PCR soit harmonisée. Il en va des intérêts sanitaires, économiques et financiers de la France

    Cette standardisation, le partage des résultats, la quantification virale des eaux usées permettraient l’analyse commune et les comparaisons entre territoires, puis éventuellement entre pays, tout comme une appréciation des risques réels de l’épidémie par les pouvoirs publics et la population.

    Patrick Guérin est le président d’OpenHealth Company ; Didier Sicard est l’ancien président du Comité consultatif national d’éthique (CCNE) pour les sciences de la vie et de la santé.

    #covid-19 #tests_RT-PCR #charge_infectieuse #eaux_usées

    • Oui, bien sûr.


      Et il faudrait y ajouter, les décès, les covid longs et les effets indirects invalidants ou mortels de la saturation du sytème de santé ("pertes de chance").
      Mais quand même, la batterie de moyens utilisables oblige à prendre en compte les difficultés posées par chacun d’entre-eux, tests PCR inclus. Ce qui est gênant dans l’article c’est le plaidoyer pour une vérification de la positivité au covid par examen clinique. On sait que ça suffit pas dans tous les cas. Mais chercher à comprendre ce qu’il en est de la charge infectieuse (ou de l’effet dose, par exemple), ou rappeler que le suivi des eaux usées (dont je ne vois d’écho qu’à propos de Marseille, ce qui parait incroyable) permettrait une autre approche du #taux_de_prévalence du virus

    • À lire en triant quelques commentaires sur la page d’origine, il était sans doute pas nécessaire de relayer cette tribune. Le journal offre un lot de consolation au réseau Mucchielli dont il n’avait pas publié la tribune avec un papier qui se pare de scientificité. Décidément, je ne suis pas vétérinaire. @kassem @vazi @die_brucke

      • Je suis franchement étonné du manque de connaissances scientifiques affiché par ces 2 auteurs, qui auraient du prendre la peine de faire relire leur texte par quelqu’un d’éduqué. 1/ le Ct n’est pas le coefficient d’amplification mais le nombre de cycles à partir duquel le signal devient supérieur au bruit de fond ("threshold cycle" = cycle seuil) ; 2/ Personne ne connait la relation exacte entre valeur du Ct et charge virale négligeable (ce que les auteurs disent eux mêmes), donc ou plasser le curseur pour les autorités de santé publique ? 3/ La solution proposée par les auteurs conduit à ce que des personnes venant juste d’être infectées et ayant donc encore une charge virale faible soient déclarées négatives alors qu’elles seront positives quelques jours plus tard, d’ou retard à la détection. Je n’ose même pas imaginer que ces auteurs ont ou aient eu des responsabilites décisionnelles touchant à la politique de santé publique en France.

      • Raisonnement pas faux sur le plan technique, mais totalement inadapté à la situation actuelle de gestion de l’épidémie. C’est la problématique bien classique en médecine du seuil diagnostique : plus on baisse le curseur moins on a de #faux_positifs, mais plus on a de #faux_négatifs. Débat classique en médecine depuis de nombreuses années par exemple dans la gestion de l’HTA, du diabète ou de l’hypercholestérolémie.
      A l’échelon individuel, un faux positif est ennuyeux pour le patient car on va isoler pour 7 à 10 j quelqu’un qui probablement pas contagieux. Par contre au niveau collectivité, un faux négatif est nettement dangereux car on va rassurer faussement et laisser se balader dans la nature quelqu’un qui est contagieux.

      • ...peu importe la méthode de détection tant qu’elle est constante : l’Espagne a vu ses cas divisés par deux dans les chiffres, mais l’épidémie n’a pas régressé pour autant, donnant à tort le sentiment d’une amélioration. Enfin, les auteurs recommandent de se baser sur le nombre de personnes hospitalisées ou admises en réanimation, sans préciser que ces indicateurs ont tout simplement 3 semaines de retard sur le taux de contamination. On ne peut pas se permettre 3 semaines de latence pour réagir. Bref, c’est un peu d’eau au moulin des complotistes et autres réfractaires, sans intérêt pratique pour les autres.

      • Un vétérinaire qui via sa socéité Open Health collecte analyse et vend des données de santé associé à un médecin de 82 ans qui a l’air à peu près dans le même état de clairvoyance scientifique que Luc Montanier (voir l’entrevue de #Didier_Sicart du 20 Juin sur public-sénat, bcp de délire !) tout ça pour nous raconter des choses évidentes que n’importe quel étudiant en thèse faisant de la PCR en routine peut expliquer à tout le monde. Tout ceci a déja été exposé sur un post précédent. La #charge_virale c’est le dénombrement des virus vivants ; détermination longue, très coûteuse car nécessitant du personnel et des locaux appropriés pour la culture cellulaire. Dans tous les cas cela dépendra toujours de la qualité du prélèvement et du moment où il est fait.

      #Patrick_Guérin est un des signataires de la tribune initiée en septembre par le sociologue #Laurent_Mucchielli, publiée par le Parisien, et qui prétendait qu’il n’y avait pas de deuxième vague.

      • Si on s’était retrouvé avec une augmentation exponentielle des cas sans saturation des hôpitaux, cette tribune aurait pu être une contribution utile. Hélas l’explosion des cas que l’on a mesurée (exacte ou pas) a bel et bien conduit à la saturation des hôpitaux au moment qu’avait indiqué l’institut Pasteur dès la fin Août. Le thermomètre est donc suffisamment précis. Mais nos gouvernements n’ont pas voulu le voir.

  • Tiens donc : Où on reparle des #eaux_usées, des #encéphalites et des conséquences #neurologiques de la bestiole...

    Covid-19 : et si la cible du virus n’était pas les poumons ? - Page 1 | Mediapart
    https://www.mediapart.fr/journal/france/080620/covid-19-et-si-la-cible-du-virus-n-etait-pas-les-poumons

    Alors que les équipes médicales s’attendaient à soigner des pneumonies sévères et que les pays se ruaient sur les respirateurs, le mode opératoire du virus a rapidement dérouté les réanimateurs. Certes, le Sars-CoV-2 étouffe certaines de ses victimes. Mais les poumons seraient une victime collatérale, non sa cible.

    Au début, il s’agissait d’une « mystérieuse épidémie de pneumonie virale », rapidement baptisée « pneumonie de Wuhan » par certains. Après le séquençage du virus en cause, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1 le baptise « Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère », ou Sars-CoV-2. Dans tous les cas, le poumon apparaît d’emblée comme la cible centrale de ce nouveau virus. Toutefois, au fur et à mesure que l’Europe voit affluer ses premiers cas, surprise : il ne s’agit pas d’une pneumonie classique, loin de là. Plus étonnant encore : les poumons pourraient ne pas être la cible principale. Mais alors, comment ce microbe tue-t-il exactement ? Les détails de son mode opératoire commencent tout juste à s’esquisser.

    Tout commence par le nez. L’une des grandes surprises d’une étude parue dans Nature Medecine https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6 fut en effet de découvrir que le nez semble être l’endroit du corps qui compte le plus de récepteurs ACE2 (pour Angiotensin Converting Enzyme 2), la fameuse porte d’entrée du virus, celle qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules et ainsi se multiplier. Pratique : dès que des particules virales y sont aspirées, elles trouvent ainsi de nombreuses portes qui s’ouvrent au fur et à mesure qu’elles s’y attachent. Doublement pratique : dès qu’une personne infectée éternue, ses virus sont expulsés à hauteur de visage et avec un peu de chance, un autre nez les attend. C’est donc ici que se jouerait la première phase cruciale de l’histoire : soit le système immunitaire parvient rapidement à se débarrasser de ces importuns résidents du nez, soit il n’y parvient pas. Dans le premier cas, on est quitte pour une bonne fatigue. Dans le second, les virus se mettent à se multiplier et c’est là que les problèmes commencent. C’est aussi là que le mode opératoire devient plus flou.

    Pour poursuivre leur route dans notre organisme, les virus auraient finalement trois options. Ils pourraient s’attaquer directement au nerf olfactif, d’où la perte d’odorat vécue par 25 à 30 % des patients. Et de là, migrer éventuellement jusqu’au cerveau, où des récepteurs ACE2 sont également présents. Voilà qui pourrait expliquer les signes d’agitation et de confusion observés chez plus de la moitié https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2008597 des patients gravement atteints dans un hôpital de Strasbourg et les cas d’encéphalites https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220301958 également rapportés. En France, plusieurs études sont en cours pour tenter de mieux comprendre les conséquences neurologiques de l’infection au Covid-19, notamment le projet Cohorte Covid – Neurosciences https://icm-institute.org/fr/actualite/projet-neuro-covid-19 .

    Seconde voie de dissémination possible, via le mucus nasal, véritable tapis roulant pour les nombreux microbes prisonniers de ce liquide gluant. De fait, on n’avale pas moins d’un litre de morve chaque jour ! Les nombreux symptômes digestifs (notamment une diarrhée pour plus de 20 % des patients français https://link.springer.com/article/10.1007/s11739-020-02379-z ) qui accompagnent la maladie laissent effectivement penser que le virus emprunte la même route que nos aliments et perturbe nos intestins. Et pour cause : les cellules de la paroi interne de l’intestin grêle sont particulièrement dotées en récepteurs ACE2. D’ailleurs, une étude https://science.sciencemag.org/content/early/2020/04/30/science.abc1669 menée sur des organoïdes intestinaux, sortes de mini-intestins en culture, montre que le Sars-CoV-2 infecte bel et bien ces cellules intestinales. Autre preuve : on retrouve des traces de virus dans les selles d’une majorité de patients (chez la moitié des patients, estime par exemple cette étude https://www.gastrojournal.org/article/S0016-5085(20)30282-1/pdf ). On en retrouve même dans les eaux usées https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.12.20062679v2 , sans que l’on sache encore si ces traces sont celles de virus entiers encore vivants, ou de bouts de virus morts.

    Enfin, troisième voie de diffusion, qui semble être l’autoroute privilégiée des particules virales : depuis le nez, elles peuvent être charriées via l’air, durant une inspiration, et emprunter non pas l’œsophage mais la trachée. C’est ainsi qu’elles atterrissent dans les poumons. Mais curieusement, « nous retrouvons très peu de récepteurs ACE2 dans les poumons, affirme Christophe Bécavin, de l’Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire de Sophia Antipolis, qui faisait partie de l’équipe en charge de l’étude des poumons dans la publication de Nature Medecine https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6 . On voit uniquement réapparaître ce récepteur au niveau des pneumocytes de type 2, les alvéoles tout au fond des poumons où ont lieu les échanges gazeux ». En fait, il y a beaucoup plus de cellules dotées du récepteur ACE2 dans les intestins, le cœur, la vessie, les reins ou encore les yeux que dans les poumons. « Les taux de virus dans les poumons, mesurés à partir d’un échantillon de lavage broncho-alvéolaire, diminuent rapidement sans traitement antiviral alors même que la situation clinique est critique », témoigne de son côté Hadrien Roze, du service anesthésie-réanimation du CHU de Bordeaux.

    Ce n’est pas tout. Normalement, dans une pneumonie classique, c’est le côté air des poumons qui est atteint : le pathogène entraîne une réaction inflammatoire à l’intérieur des alvéoles, il se crée ensuite un œdème dans les poumons qui, en se gorgeant d’eau, deviennent de plus en plus rigides. Pour permettre le passage de l’oxygène dans le sang et éviter que les alvéoles ne se referment trop et trop souvent, il devient alors nécessaire d’insuffler de l’air avec une forte pression. Mais avec le Sars-CoV-2, les choses semblent être différentes, particulièrement durant la phase initiale. « On s’est vite aperçu qu’il y avait des points qui ne collaient pas », retrace Alexandre Demoule, chef de service réanimation à la Pitié-Salpêtrière. Comme ces patients dont le taux d’oxygène est particulièrement bas, mais qui semblent bizarrement le tolérer, continuant de s’exprimer et de raisonner normalement.

    Autre particularité étonnante : leurs poumons restent relativement élastiques, preuve qu’ils sont encore pleins d’air, estime Hadrien Roze. Ces étranges observations sont rapidement partagées par des centaines de réanimateurs français, mais aussi italiens, allemands et bientôt américains, et posent de nombreuses questions. Car autant il est nécessaire d’insuffler de l’air enrichi en oxygène à forte pression lorsque les poumons se sont rigidifiés, autant cette même pression peut devenir délétère si ceux-ci sont encore souples. D’où l’alerte de certains pneumologues et réanimateurs pour qui, contrairement aux recommandations internationales https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2763879 , la ventilation classique ne représenterait pas la solution optimale pour ces patients.

    C’est le cas du Dr Luciano Gattinoni qui publie avec des collègues italiens et allemands une lettre le 30 mars https://www.atsjournals.org/doi/10.1164/rccm.202003-0817LE dans l’American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine appelant à passer à une ventilation la plus douce et la moins en pression possible. Dans un centre qui a procédé ainsi dès le début, le taux de mortalité des patients intubés est de 14 %, contre 60 % en moyenne dans les autres hôpitaux, affirme Luciano Gattinoni, qui ne souhaite pas nommer cet hôpital. Au même moment, aux États-Unis, un réanimateur du centre médical Maimonide à Brooklyn, Cameron Kyle-Sidell, publie un témoignage vidéo similaire https://www.youtube.com/watch?v=k9GYTc53r2o&feature=youtu.be

     : « Nous nous attendions à traiter des patients en situation de syndrome de détresse respiratoire aiguë, mais ce n’est pas ce que je vois depuis neuf jours.[…] Nous traitons la mauvaise maladie. »

    En France aussi, les réanimateurs modifient rapidement leurs protocoles. « Au bout de dix jours, nous avons diminué la pression de l’air que les respirateurs insufflent dans les poumons », retrace Alexandre Demoule. « Les réanimateurs se sont rapidement rendu compte que les ventilations avec de fortes pressions empiraient l’état des patients, donc nous avons diminué la pression de l’air insufflé dans les poumons et nous avons placé les patients sur le ventre, ce qui permet de mieux ouvrir leurs poumons », détaille de son côté Stéphane Zuily, du service de médecine vasculaire du CHU de Nancy. Le 10 avril, soit dix jours après la commande de 10 000 respirateurs par l’État pour un coût total de 56,7 millions d’euros, le site d’information pour les médecins et les professionnels de santé Medscape finit même par poser cette provocante question : et si l’intubation n’était pas la solution ? https://francais.medscape.com/voirarticle/3605845

    « Les caillots sanguins jouent un rôle essentiel dans la mortalité »

    Dans cet article, la médecin urgentiste et journaliste santé Isabelle Catala suggère que les techniques non invasives d’oxygénation pourraient, dans certains cas, remplacer l’intubation. Dans les pneumonies classiques graves, la ventilation non invasive, via un masque, n’est pas recommandée car le patient qui se sent étouffer aura tendance à trop forcer sur ses poumons et finit par les abîmer. En revanche, les nouvelles techniques d’oxygénation nasale à haut débit peuvent être utilisées.

    Néanmoins, au début de l’épidémie, beaucoup d’équipes étaient réticentes à utiliser ces techniques en raison du risque d’aérosolisation de particules virales. « Si pour sauver un patient je perds cinq soignants à cause d’une contamination, on ne va pas aller loin », dit Alexandre Demoule qui, après avoir épluché la littérature scientifique à ce sujet, finit par se rassurer : « Ce risque n’apparaît finalement pas si important que ça. Rapidement, nous avons placé certains patients sous oxygénothérapie nasale à haut débit en leur ajoutant un masque pour limiter le risque de diffusion et nous avons tenté de pousser un peu plus loin, d’attendre un peu plus que d’habitude avant l’intubation. » Dans son équipe de la Pitié-Salpêtrière, une dizaine de personnels soignants ont été malades, dont lui-même, sur 140. Une étude est en cours pour évaluer l’impact des différentes prises en charge.

    Mais alors, si ce n’est pas un syndrome de détresse respiratoire classique, à quoi avons-nous affaire ? « Les réanimateurs nous ont fait remonter un nombre anormalement élevé d’embolies pulmonaires », poursuit Stéphane Zuily, soulignant au passage que les Chinois n’avaient jamais communiqué sur cet aspect particulier de la maladie. L’embolie pulmonaire survient lorsque des caillots de sang viennent perturber la circulation sanguine des poumons. Autrement dit, le problème ne viendrait peut-être pas du côté air des poumons, mais du côté sang.

    La formation de caillots sanguins est un risque bien connu des séjours hospitaliers, à cause de l’alitement, de certains traitements, des suites d’interventions chirurgicales. D’où l’usage quasi systématique des traitements anticoagulants préventifs pour éviter ces complications. Mais chez les patients Covid hospitalisés, ces complications sont significativement plus fréquentes : entre 20 et 50 % des patients en souffrent, selon les études. Au CHU de Lille, un suivi https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCULATIONAHA.120.047430 sur 107 cas de Covid admis en soins intensifs montre que 20 % d’entre eux souffraient d’embolie pulmonaire, soit deux fois plus que les autres patients non-Covid dans la même unité de réanimation et deux fois plus également que les quarante cas graves de grippe admis en 2019. « Dans notre unité bordelaise, l’embolie pulmonaire était présente chez environ 30 % de nos patients », estime de son côté Hadrien Roze, et ce malgré les traitements anticoagulants préventifs.

    « C’est comme si le virus ne ravageait pas les cellules pulmonaires, comme dans une grippe grave, mais empêchait l’oxygène des poumons de pénétrer dans les vaisseaux en perturbant la circulation sanguine », commente Alexandre Demoule, qui souligne qu’il ne s’agit encore que d’une hypothèse. « Plus on regarde, plus il devient évident que les caillots sanguins jouent un rôle essentiel dans la sévérité du Covid-19 et sa mortalité », affirme https://www.sciencemag.org/news/2020/04/how-does-coronavirus-kill-clinicians-trace-ferocious-rampage-through-bod Behnood Bikdeli, de l’école de médecine de Yale. Cela expliquerait par ailleurs d’autres problèmes cardiovasculaires, comme les infarctus qui semblaient avoir disparu https://www.liberation.fr/france/2020/04/05/deux-fois-moins-d-infarctus-ce-n-est-pas-normal_1784267 pendant l’épidémie, mais qui auraient en réalité été deux fois plus nombreux pendant la période du confinement en région parisienne, d’après une récente étude https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lanpub/PIIS2468-2667(20)30117-1.pdf qui s’appuie sur les données issues du registre francilien du Centre d’expertise mort subite. La même observation https://www.mediapart.fr/journal/france/Library/Containers/com.apple.mail/Data/Library/Mail%20Downloads/812CF693-D005-4217-B724-CC40C575CE1F/Out-of-Hospital%20Cardiac%20Arrest a été faite en Lombardie. Plusieurs hypothèses sont avancées : la saturation du système de soins, la crainte de se rendre à l’hôpital, un moindre suivi médical, mais également un effet direct du Sars-CoV-2 (un tiers des décès parisiens en surplus concernait des patients positifs au Sars-CoV-2 ou suspects).

    « La stabilisation endothéliale va devenir la clé de cette maladie en lieu et place de la ventilation protectrice des poumons, estime https://twitter.com/cameronks/status/1259470636986044423 Cameron Kyle-Sidell qui juge cette méthode comme « une intervention nécessaire mais indésirable ». L’endothélium, ce tissu qui recouvre l’intérieur des vaisseaux sanguins, est le plus grand organe de notre organisme. Sa surface est équivalente à six courts de tennis et l’une de ses fonctions est de réguler la fluidité du sang, écrit le professeur Alain Baumelou dans un article intitulé « L’endothélite : clé de l’atteinte multiviscérale du Sars-CoV-2 ? » https://www.vidal.fr/actualites/25040/l_endothelite_cle_de_l_atteinte_multiviscerale_du_sars_cov_2 , publié sur le site du Vidal. L’endothélium est doté de récepteurs ACE2. Et une étude https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420303998 démontre que le virus peut bel et bien infecter et se répliquer à l’intérieur d’un « organoïde vasculaire », un vaisseau sanguin reconstruit in vitro. En outre, plusieurs études post-mortem https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/04/29/covid-19-est-aussi-une-maladie-inflammatoire-vasculaire révèlent des traces du virus à l’intérieur des cellules endothéliales de plusieurs organes (intestins, reins, cœur…)

    Dès lors, se pourrait-il que l’endothélium soit la véritable cible du virus ? Pas si simple. D’abord, les études qui ont recherché le virus dans le sang donnent des résultats très hétérogènes : certaines https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x ] n’en trouvent aucune trace, une autre [ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7118636 le détecte chez 87 % des patients en soins intensifs. En agrégeant les données issues de vingt-huit études, une revue de littérature https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.20105486v1 en prépublication estime à seulement 10 % en moyenne la proportion de malades chez qui on retrouve des traces de virus dans le sang. En outre, les quantités sont relativement faibles, bien plus faibles que celles retrouvées dans le nez par exemple. Ce qui signifie que le virus circule peu dans le sang.

    Mais surtout, « au-delà d’un éventuel effet direct du virus sur l’endothélium, il y a bien d’autres raisons pour que ce tissu soit lésé durant cette maladie », explique Sophie Susen, coauteure de l’étude sur les embolies pulmonaires au CHU de Lille. Lors d’une infection, l’organisme produit en effet plusieurs signaux de danger, dont les fameuses cytokines. C’est cette réaction inflammatoire qui s’emballe fortement dans certains cas graves de Covid. Or ces molécules sont elles aussi capables d’activer le même récepteur ACE2 que le virus et peuvent à elles seules entraîner des problèmes de coagulation. « Les problèmes vasculaires sont sans doute le prix à payer pour lutter contre ce virus », souligne Hadrien Roze.

    Mais tout le monde n’est pas du même avis. « C’est vrai que les patients Covid ont des marqueurs inflammatoires élevés dans le sang, mais leur taux est en réalité inférieur à ce que l’on peut voir dans d’autres syndromes de détresse respiratoire aiguë, fait remarquer de son côté Joseph Levitt, de l’Université de Stanford, aux États-Unis. Pour ce pneumologue spécialisé dans ces infections graves, non seulement « l’orage cytokinique » serait accusé à tort d’être responsable des cas graves, mais en outre, en cherchant à éteindre ce feu grâce aux traitements immunosuppresseurs (comme les corticoïdes), on pourrait empirer le cours de la maladie. « Vous risquez d’éteindre le système immunitaire au moment même où il combat une infection », https://www.nature.com/articles/d41586-020-01056-7 illustre l’immunologiste Daniel Chen, de l’IGM Biosciences, à Mountain View, en Californie.

    Fallait-il donner moins de corticoïdes ? Plus d’anticoagulants ? Fallait-il moins se précipiter sur les respirateurs artificiels ? Quatre mois après le début de cette pandémie, les questions restent nombreuses. « Pour le sida, il a fallu dix ans pour comprendre un peu mieux comment ce virus agissait… », note Hadrien Roze. Une seule chose est sûre : alors que l’attention était principalement tournée vers les poumons, ce virus a en réalité plus d’un tour dans son sac. Et les données qui s’accumulent aujourd’hui lui donnent un tout autre visage.

    #covid-19 #pandémie #épidémiologie

  • Lesbos en quarantaine, la situation des réfugiés

    Dans le camp de Mória sur l’île de Lesbos, des travailleurs humanitaires apportent leur soutien à des dizaines de milliers de migrants malgré le confinement et les conditions sanitaires catastrophiques. « ARTE Regards » lève le voile sur la situation désespérée dans ce site surpeuplé, considéré comme l’un des plus dangereux d’Europe.

    Leurs histoires ne font pas la une mais elles émeuvent, surprennent et donnent à réfléchir. En prise avec un thème d’actualité, les reportages choisis par ARTE Regards vont à la rencontre de citoyens européens et proposent une plongée inédite dans leurs réalités quotidiennes.

    https://www.arte.tv/fr/videos/090637-059-A/arte-regards-lesbos-en-quarantaine-la-situation-des-refugies
    #Moria #Lesbos #asile #migrations #réfugiés #distanciation_sociale #camps_de_réfugiés #coronavirus #covid-19 #Team_Humanity #humanitaire #solidarité #Grèce #délit_de_solidarité #dissuasion
    #film #vidéo #documentaire #campement #bagarres #agressions #queue #déchets #liberté_de_mouvement #hygiène #eau #accès_à_l'eau #eaux_usées #sécurité #insécurité #toilettes #résistance #relocalisation #
    ping @luciebacon

  • Des #pêcheurs pris dans un étau

    « La mer c’est la liberté. Aujourd’hui nous sommes emprisonnés à même l’eau » déplore Slah Eddine Mcharek, président de l’Association Le Pêcheur pour le développement et l’environnement[1] à #Zarzis. Leurs projets sont ambitieux : protection des ressources aquatiques, développement d’une pêche durable et responsable et défense de la pêche artisanale. Mais les obstacles sont de taille : pris entre la raréfaction des ressources halieutiques, les menaces à leur sécurité, la réduction de leur zone de pêche et la criminalisation du sauvetage des migrants en mer, les pêcheurs se retrouvent enserrés dans un véritable étau.

    Au-delà de la petite ville de Zarzis et de ses plages où se côtoient hôtels de luxe, corps de naufragés et pêcheurs en lutte, le récit de Slah Eddine rappelle l’importance de la justice migratoire et environnementale.

    La mer, déchetterie nationale

    Depuis quelques années, un phénomène prend de l’ampleur : les rejets de déchets plastiques envahissent les rives et encombrent les zones où travaillent les pêcheurs. Faute d’un système opérationnel de collecte des ordures ménagères et de sensibilisation aux risques liés à la pollution des eaux par le plastique, ces déchets s’entassent dans les canaux de la ville avant de se disperser dans la mer, au point que les pêcheurs réclament l’interdiction des sacs plastiques.

    Aux déchets ménagers s’ajoute le problème des rejets industriels. Slah Eddine déploie une carte du bassin méditerranéen et pointe du doigt le sebkhet el melah (marais salant) des côtes de Zarzis. Le salin appartient à Cotusal, vestige colonial d’une filiale française qui a exploité pendant longtemps les ressources salines de la Tunisie, dans le cadre de concessions avantageuses qui n’ont pas été renégociées depuis l’indépendance[2]. L’exploitation du sel dans cette région, en plus de saliniser les terres agricoles, rejette des produits de traitement du sel dans la mer. Surtout, les eaux zarzisiennes sont polluées par les rejets du Groupe Chimique Tunisien, notamment le phosphogypse, et par les eaux usées non traitées par l’ONAS (Office National de l’Assainissement). Cette dernière ne remplit pas sa mission de traitement des eaux industrielles et ménagères, notamment sur l’île de Djerba. Une partie des eaux est traitée de manière inefficace et insuffisante, l’autre non traitée du tout.

    Un équilibre écologique rompu

    Pour les êtres vivants qui habitent ces eaux, les rejets industriels mêlés aux déchets et eaux usées ne peuvent faire que mauvais mélange. « La mer est devenue des toilettes à ciel ouvert » s’indigne Slah Eddine, pointant cette fois du doigt deux poissons dessinés sur une affiche. L’un est le loup de mer et l’autre la dorade. « Là où les usines rejettent leurs eaux, ces poissons n’y vivent plus » explique-t-il. La contamination de ces eaux rompt un équilibre essentiel à la survie de la faune et la flore maritimes.

    Dans ces eaux, la reproduction marine est difficile sinon impossible, entraînant la disparition de plusieurs espèces de poissons et notamment les espèces cartilagineuses. Les éponges souffrent quant à elles du réchauffement climatique et présentent depuis quelques années des signes de maladies, au désespoir des familles qui vivent de leur commerce. Ainsi, en 2017, suite à la montée des températures (24°C à 67m de profondeur !), de nombreuses éponges sont mortes, par leur fragilité aux changements du milieu ou par une épidémie favorisée par cette augmentation de température[3].

    L’accumulation des pollutions a fini par asphyxier toute forme de vie dans les eaux proches de Djerba et Zarzis et notamment dans le golfe quasi fermé de Boughrara. Les pêcheurs estiment que 90 % des poissons et mollusques auraient disparu en dix ou vingt ans, privant beaucoup de personnes, notamment des jeunes et des femmes, d’un revenu stable. Mais alors que les pêcheurs de Gabès reçoivent des compensations à cause de la pollution et viennent pêcher sur les côtes de Zarzis, les pêcheurs zarzisiens ne reçoivent rien alors qu’ils sont aussi affectés.

    Plus au nord, sur les côtes sfaxiennes, c’est un autre phénomène qui s’est produit deux fois cette année, en juin puis en novembre, notamment à Jbeniana : la mer est devenue rouge, entrainant une forte mortalité de poissons. Le phénomène a été expliqué par la présence de microalgues eutrophisant la mer, c’est-à-dire la privant de son oxygène. Mais la version officielle s’arrête là[4], la prolifération de ces microalgues n’a pas été expliquée. Or, des phénomènes similaires sont connus à d’autres endroits de la planète, notamment dans le golfe du Mexique où la prolifération des algues est due à l’excès d’engrais phosphaté et azoté qui se retrouve dans la mer, ou du rejet d’eaux usées, qui produisent des concentrations trop importantes de matières organiques[5]. Il est donc fort probable que les rejets concentrés en phosphate du Groupe Chimique Tunisien à Gabès et Sfax, d’autres rejets industriels et ménagers et/ou des rejets d’engrais agricoles par les oueds soient à l’origine du phénomène.

    Le coût de Daesh

    Alors que certaines espèces disparaissent, d’autres se multiplient en trop grand nombre. Le crabe bleu, surnommé « Daesh » par les pêcheurs de la région du fait de son potentiel invasif et destructeur, en est le meilleur exemple. Cette espèce, apparue fin 2014 dans le golfe de Gabès[6], a rapidement proliféré au large des côtes, se nourrissant des poissons qui jusque-là constituaient le gagne-pain des pêcheurs du coin. « Daesh détruit tout : les dorades, les crevettes, les seiches …. Tous les bons poissons ! » s’exclame-t-il. La voracité du crabe bleu a aggravé les problèmes économiques de bien des pêcheurs. Si la chair de cette espèce invasive fait le bonheur de certains palais et qu’un marché à l’export est en plein développement en direction de l’Asie et du Golfe, les habitants de Zarzis qui vivent de la pêche artisanale, eux, ne s’y retrouvent pas. « Un kilo de loup ou de dorade se vend 40 dinars. Un kilo de crabe bleu, c’est seulement 2 dinars ! » affirme un pêcheur de l’association.

    Le calcul est vite fait, d’autant plus que les crabes bleus font assumer aux pêcheurs un coût du renouvellement du matériel beaucoup plus important, leurs pinces ayant tendance à cisailler les filets. « Avant l’arrivée de Daesh, nous changions les filets environ deux fois par an, maintenant c’est quatre à cinq fois par ans ! » se désole l’un d’entre eux.

    Bloqués dans un Sahara marin

    Comme le martèlent les pêcheurs, « la zone de pêche de Zarzis est devenue un Sahara, un véritable désert ». Suite au partage international de la Méditerranée, les pêcheurs zarzisiens sont cantonnés dans des eaux côtières, qui se vident de poisson suite aux désastres écologiques et à la surpêche.

    « Avant 2005 et le dialogue 5+5[7] on pouvait accéder à des zones de pêche intéressantes, mais depuis les autres pays ont agrandi leur territoire marin ». En effet, c’est en 2005 que la Libye met en place sa zone de pêche exclusive, interdisant ainsi l’accès aux pêcheurs tunisiens. La Tunisie met elle aussi en place sa zone économique exclusive[8], mais, à la différence de la zone libyenne[9], elle autorise des navires étrangers à y pêcher. Les chalutiers égyptiens sont particulièrement présents, et s’ajoutent aux chalutiers tunisiens (de Sfax notamment) qui ne peuvent plus pêcher dans les eaux poissonneuses libyennes. Il arrive même que ces chalutiers pénètrent dans les eaux territoriales, en toute impunité. En plus des désastres écologiques, les eaux du sud tunisien se vident ainsi de leurs poissons à cause de la surpêche.

    Limites des différentes zones maritimes tunisiennes[10] :

    Or, les frontières officielles ne semblent pas délimiter la zone où les pêcheurs tunisiens peuvent réellement travailler, cette dernière étant manifestement beaucoup plus restreinte et empiétée par la zone libyenne. Sur la carte maritime qu’il a déployée devant lui, Slah Eddine matérialise la zone où les pêcheurs de Zarzis peuvent pêcher de manière effective et montre en resserrant ses doigts l’évolution de la zone de pêche libyenne au détriment de la zone tunisienne. Mais alors, pourquoi ce déplacement de frontière maritime n’apparaît dans aucun texte ou accord international[11] ? Y a-t-il des accords cachés ? Les garde-côtes libyens s’arrogent-ils le droit de pénétrer les eaux tunisiennes ? Ou les pêcheurs tunisiens auraient-ils intégré l’obligation de ne pas pénétrer une zone tampon pour ne pas craindre pour leur sécurité ?

    Les pêcheurs sous les feux des groupes armés libyens

    Au-delà des problèmes économiques auxquels ils doivent faire face, les pêcheurs de Zarzis sont confrontés à de graves problèmes de sécurité dans les eaux où ils naviguent. Alors que les bateaux de pêche libyens ne se gênent pas, selon Slah Eddine, pour venir exploiter les eaux tunisiennes, il n’existe aucune tolérance pour les pêcheurs tunisiens qui s’aventurent en dehors de leur zone. Ces dernières années, le pêcheur ne compte plus les cas d’agressions, de saisies de bateaux, de menaces et prises d’otages, par les groupes armés, et parmi eux les gardes côtes officiels libyens, équipés par les programmes européens de lutte contre la migration non réglementaire.

    En 2012, un pêcheur tunisien mourrait ainsi sous les balles tirées d’une vedette côtière libyenne tandis que les 18 autres membres de l’équipage étaient faits prisonniers à Tripoli[12]. En 2015, quatre bateaux de pêche tunisiens qui avaient pénétré les eaux libyennes étaient également pris en otage par des groupes armés libyens et acheminés au port d’El Zaouira[13]. Les attaques ont eu lieu jusque dans les eaux tunisiennes, comme en février 2016 lorsque treize chalutiers tunisiens avec soixante-dix marins à bord ont été arraisonnés et emmenés dans le même port, la partie libyenne exigeant alors une rançon contre leur libération[14]. L’année suivante, en 2017, des pêcheurs libyens de Zaouira menaçaient de kidnapper tous les marins tunisiens qu’ils rencontreraient en mer en représailles au contrôle d’un chalutier libyen dans le port de Sfax par la garde maritime tunisienne. Depuis, les prises d’otage se multiplient. Enième épisode d’une saga sans fin, la dernière attaque libyenne date de septembre dernier.

    L’insécurité ne touche pas que les pêcheurs de Zarzis, mais tous les pêcheurs tunisiens qui naviguent à proximité des zones frontalières : au Sud-Est, ce sont les feux des groupes libyens qui les menacent ; au Nord-Ouest, ceux de la garde côtière algérienne. Le 31 janvier de cette année, un pêcheur originaire de Tabarka et âgé de 33 ans a été tué par les autorités algériennes alors que son bateau avait pénétré les eaux territoriales de l’Algérie[15]. « Le danger est partout ! », « on se fait tirer dessus ! », s’exclament les pêcheurs de l’Association. Entre deuil et colère, ils dénoncent l’absence de réponse ferme des autorités tunisiennes contre ces agressions et se font difficilement à l’idée qu’à chaque départ en mer leur vie puisse être menacée.

    Les autres damnés de la mer

    Comme tout marin, les pêcheurs de Zarzis doivent porter assistance aux bateaux en détresse qu’ils croisent sur leur chemin. Et des bateaux en détresse, ce n’est pas ce qui manque au large de Zarzis. Le hasard a fait que leur zone de pêche se trouve sur la route des migrants qui fuient la Libye sur des embarcations de fortune et les accidents sont fréquents dans ces eaux dangereuses. Porter secours aux survivants, prendre contact avec le Centre de Coordination des Sauvetages en Mer, ramener les corps de ceux pour lesquels ils arrivent trop tard afin de leur offrir une sépulture digne, c’est aussi cela, le quotidien des pêcheurs de Zarzis. L’effroi et la colère de l’impuissance lorsque des cadavres se prennent dans les filets pêche, l’inquiétude et le soulagement lorsque le pire est évité et que tout le monde arrive à bon port.

    Sauver des vies lorsqu’il est encore temps, c’est avant tout un devoir d’humanité pour ces hommes et ces femmes de la mer. La question ne se pose même pas, malgré les heures de travail et l’argent perdus. Pour être plus efficaces dans leurs gestes et secourir le plus grand nombre, plus d’une centaine de pêcheurs de Zarzis ont suivi en 2015 une formation de 6 jours sur le secours en mer organisée par Médecins sans frontières[16]. Alors que les politiques européennes de criminalisation des ONG menant des opérations de recherche et de secours en mer ont laissé un grand vide en Méditerranée, les pêcheurs tunisiens se retrouvent en première ligne pour les opérations de sauvetage. Aussi, quand ils partent en mer, prévoient-ils toujours de l’eau et de la nourriture en plus, des fois qu’un bateau à la dérive croise leur chemin.

    Des sauveurs que l’Europe veut faire passer pour des criminels

    Au-delà d’un devoir d’humanité, porter secours aux embarcations en détresse est une obligation inscrite dans le droit international maritime et en particulier dans la Convention internationale sur la Sauvegarde de la vie humaine en mer (SOLAS), qui s’applique à tous les navires. Le texte prévoit l’obligation pour tous les Etats de coordonner leurs secours et de coopérer pour acheminer les personnes dans un lieu sûr[17], où la vie des survivants n’est plus menacée et où l’on peut subvenir à leurs besoins fondamentaux.

    Aussi, lorsque l’équipage de Chameseddine Bourrasine croise lors l’été 2018 une embarcation avec 14 migrants à la dérive, c’est sans hésitation qu’il décide de leur porter secours. Mais alors que les rescapés menacent de se suicider s’ils sont ramenés en Tunisie et qu’il ne saurait être question de les livrer aux garde-côtes de Libye où c’est l’enfer des geôles qui les attend, le capitaine décide d’appeler la garde côtière du pays sûr le plus proche, à savoir l’Italie. Après plusieurs tentatives de contact restées sans réponse, il décide alors de remorquer le bateau vers l’Italie pour débarquer les migrants dans un lieu où ils seront en sécurité[18]. Accusé avec son équipage de s’être rendu coupable d’aide à l’immigration dite « clandestine », ce sauvetage coûtera aux 7 marins-pêcheurs 22 jours d’incarcération en Sicile.

    Si le procès s’est résolu par un non-lieu, les pêcheurs de Zarzis restent dans le collimateur des autorités italiennes. « Nous les pêcheurs tunisiens, l’Italie voudrait nous contrôler et encore limiter la zone dans laquelle nous pouvons pêcher » se désole Slah Eddine, « les Italiens nous surveillent ! ». Il évoque aussi la surveillance d’EUNAVFOR Med, également appelée Sophia, opération militaire lancée par l’Union européenne en 2015 en Méditerranée pour, selon les mots de la Commission « démanteler le modèle économique des passeurs et des trafiquants d’êtres humains »[19]. Si l’opération militaire les surveille de près lorsqu’il s’agit du secours en mer, lorsqu’il est question d’attaques par des milices libyennes, Sophia détourne le regard et abandonne les pêcheurs tunisiens à leur sort.

    Les harraga de demain ? [20]

    « On ne peut plus, ce n’est plus possible, il n’y a plus rien », répètent les pêcheurs, acquiesçant les paroles par lesquelles Slah Eddine vient de présenter leur situation. Entre les eaux polluées, les problèmes économiques, le fléau de Daesh, les poissons qui ne se reproduisent plus, les éponges malades, les attaques libyennes, les pressions italiennes et européennes, être un pêcheur en Tunisie, « ce n’est plus une vie ». Leurs fils à eux sont partis pour la plupart, en Europe, après avoir « brûlé » la mer. Ils savent que dans cette région qui vit surtout de la pêche, il n’y a pas d’avenir pour eux.

    Et puis il y a ceux qui, privés de toute autre source de revenus, sont contraints à se reconvertir dans des activités de passeurs. Nés dans des familles où la pêche se transmet de père en fils, ils connaissent la mer, ses vents, tempêtes, marées et courants. Ils savent où se procurer des bateaux. Lorsque ces loups de mer sont à la barre, le voyage est plus sûr pour celles et ceux risquent la traversée vers l’Europe à bord d’un rafiot. Alors que les harragas tunisiens sont de plus en plus systématiquement déportés lorsqu’ils sont arrêtés par les autorités italiennes[21], certains passeurs ont troqué leur clientèle tunisienne pour une clientèle subsaharienne, de plus en plus nombreuse à mesure que leur situation en Libye se dégrade. Faute de voies régulières pour les migrants, la demande de passage vers l’Europe augmente. Et faute de ressources alternatives pour les pêcheurs, l’offre se développe.

    Or ce n’est ni la « main invisible » ni une quelconque fatalité qui poussent ces pêcheurs au départ ou à la diversification de leurs activités, mais le mélange entre le modèle de développement polluant et incontrôlé, l’inaction des autorités tunisiennes en matière de protection de l’environnement, et le cynisme des politiques migratoires sécuritaires et meurtrières de l’Union européenne.

    https://ftdes.net/des-pecheurs-pris-dans-un-etau
    #environnement #sauvetage #Méditerranée #pêche #développement #émigration #Cotusal #pollution #plastique #colonialisme #sel #salines #phosphogypse #Groupe_Chimique_Tunisien #eaux_usées #reproduction_marine #poissons #éponges #Djerba #mollusques #Gabès #Jbeniana #microalgues #phosphate #crabe_bleu #Libye #différend_territorial #zone_économique_exclusive #surpêche #asile #migrations #réfugiés #criminalisation #Chameseddine_Bourrasine #EUNAVFOR_Med #Operation_Sophia #harraga

    #ressources_pédagogiques #dynamiques_des_suds

  • The future of water infrastructure goes beyond dams and reservoirs — Quartz
    https://qz.com/1353828/dams-and-reservoirs-cant-save-us-this-is-the-new-future-of-water-infrastructure

    #eau #eau_potable #épuration #eaux_usées #désalinisation #eau_saumâtre

    Treating brackish water is expensive, but it’s getting cheaper as the technology matures. In his work at the University of New Mexico, Hightower, the civil engineering professor, has been collecting data on desalination costs for decades. His research shows that in the US, starting in 2005, treating brackish groundwater from nearby sources has been less expensive on average than piping in fresh water from a remote source—especially if that source is 75 miles or more away, a common solution for arid places as their local supply of freshwater dwindles.

    Texas is on it: the 2017 state water plan set a goal to turn 111,000 acre-feet of brackish groundwater a year into drinking water by 2070.

    Toilet-to-tap

    Water engineers politely call it “direct potable reuse.” Others call it “toilet-to-tap.” The United Nations calls it a massive untouched resource that could nudge society into a “circular economy,” where economic development is “balanced with the protection of natural resources…and where a cleaner and more sustainable economy has a positive effect on the water quality.”

    In Singapore, an island nation lacking any freshwater resource big enough to sate its growing population (pdf), they’re a bit more direct: “Basically, you drink the water, you go to the toilet, you pee, and we collect it back and clean it,” George Madhavan, ‪a director at Singapore’s public utility, told USA Today in 2015.

    Since 2003, Singapore has been treating sewage to drinking-water standards. For now, most of that water is used for industrial purposes, but the volumes are impressive. About 40% of the nation’s total water needs are met by toilet-to-tap, significantly reducing the pressure on the rest of its freshwater sources—rainwater, desalinated seawater, and imports. In the last few years, the country started handing out bottles of the reclaimed water at events, to get its citizens used to the idea of drinking it directly. Singapore plans to squeeze a full 55% of its water supply from sewage by 2060. By then, they hope, drinking it will be the norm.

    In Namibia, the driest country in sub-Saharan Africa, the capital city Windhoek has been doing “toilet-to-tap” for so long that several generations of residents don’t bat an eye at drinking the stuff. The city has been turning raw sewage into drinking water for 50 years. Windhoek has never had a single illness attributed to the reclaimed wastewater.

    “Public confidence is that very, very fragile link that keeps the system going,” Pierre van Rensburg, Windhoek’s strategic executive for urban and transport planning, told the American Water Works Association, an international nonprofit, in 2017. “I think if there is ever one incident that could be linked back to the [direct potable reuse] plant, the public would lose all confidence.”

    “It tastes like bottled water, as long as you can psychologically get past the point that it’s recycled urine.”

    The science behind this isn’t new. In fact, a high-tech version of direct potable reuse has been used by American astronauts since humans first left Earth. In space, humans have no choice but to drink their own distilled urine. On the US side of the International Space Station, a high-tech water system collects astronauts’ urine, sweat, shower water, and even the condensate they breathe into the air, and then distills it all to drinking-water standards.

    “It tastes like bottled water, as long as you can psychologically get past the point that it’s recycled urine and condensate,” Layne Carter, who manages the ISS’s water system out of the Marshall Flight Center in Alabama, told Bloomberg Businessweek (paywall) in 2015. The Russian astronauts, however, decline to include their urine in their water-purification system. So the US astronauts go over to the Russian side of the ISS and pick up their urine, bring it back over to the American side, and purify it. Water is precious, after all.

    Back on Earth, the technology is more rudimentary. Whereas in space, urine is spun in a centrifuge-like system until water vapor emerges, is recondensed, then heated, oxidized, and laced with iodine, the process on Earth involves a combination of extracting waste through membrane filters and exposure to UV light to kill bacteria. (And in Namibia, they use waste-eating bacteria before zapping the microorganisms with UV.) To keep up with the ever-expanding number of chemicals and pharmaceuticals that show up in water, these water-reuse will have to keep evolving. Still, it’s proven technology, and cost-effective at scale.

    Outside of a few examples, however, communities have been slow to adopt them as viable solutions to water scarcity, likely because of cultural stigma around drinking filtered sewage water. That’s slowly changing as rising temperatures, dwindling freshwater, and more frequent, more extreme droughts have cities looking around for options.

  • Duke Study: Rivers Contaminated With Radium and Lead From Thousands of Fracking Wastewater Spills
    http://ecowatch.com/2016/05/09/radium-lead-fracking

    Thousands of oil and gas industry wastewater spills in North Dakota have caused “widespread” contamination from radioactive materials, heavy metals and corrosive salts, putting the health of people and wildlife at risk, researchers from Duke University concluded in a newly released peer-reviewed study.

    #pollution #eau #eaux_usées #contamination

  • Baltic Sea first in world to ban cruise ship wastewater dumping | Yle Uutiset | yle.fi
    http://yle.fi/uutiset/baltic_sea_first_in_world_to_ban_cruise_ship_wastewater_dumping/8833384
    http://img.yle.fi/uutiset/helsinki/article6643709.ece/ALTERNATES/w940h529/risteilij%C3%A4,+Royal%20Caribbean,%20Hernesaari,%20matkailu,%20Helsinki

    On Friday the International Maritime Organization announced that ferries and ships would be banned from dumping untreated wastewater into the Baltic.

    The ban is set to come into force in 2019 for newer ships and in 2021 for older vessels. The ban is chiefly directed towards the large ships that cruise the Gulf of Finland in the summer.

    The Baltic Marine Environment Protection Commission, HELCOM, works to protect the marine environment of the Baltic Sea, and has been campaigning for the sea-dumping ban for the past decade.

    Hermanni Backer, the professional secretary of HELCOM’s maritime, response and fish departments, said that once the measure goes into effect, the Baltic will be the world’s first sea region which outright bans passenger vessels’ commonplace sewage-dumping practices.

    “This is actually very important,” Backer said. “We have gotten a concrete decision and that’s always positive. Now the most important thing is to get all countries [in the region] onboard. There is a slight risk that Russia would not participate,” he said.

    #eaux_usées #pollution #assainissement #océan #Baltique #navigation via Pierre Ageron sur l’oiseau bleu

  • The Role of the Worm in Recycling Wastewater
    http://ecowatch.com/2016/04/23/worm-recycle-wastewater-biofiltro


    Je connaissais l’utilisation des #bactéries pour l’#épuration des #eaux_usées mais pas celle des #vers_de_terre

    BioFiltro’s BIDA System is a closed-loop biological wastewater treatment system. The worm-and-bacteria powered process can remove up to 99 percent of Biological Oxygen Demand (BOD) and Total Suspended Solids (TSS) and 70-90 percent removal of nitrogen, oil and grease in four hours, according to BioFiltro’s regional manager Mai Ann Healy.

    Healy told EcoWatch that “most other treatment systems require days, if not weeks, to achieve these results.”

    BioFiltro currently has 129 facilities installed in six countries. They process the wastewater from the Chilean Air Force Base on Antarctica as well as the Atacama Desert, which is the driest desert in the world. The company is currently constructing plants in California to serve the needs of food processors, wineries, waste haulers and sanitary waste, Healy said.

  • L’#urine humaine, le prochain or vert ?
    http://www.lemonde.fr/sciences/video/2016/04/14/l-urine-humaine-le-prochain-or-vert_4902326_1650684.html

    J’ai commencé l’été dernier à faire pipi dans un seau, ajouté autant d’eau, versé dans l’arrosoir : arrose une fois le matin et une fois le soir, plantes d’agrément et potager :) Je peux difficilement en tirer des stats mais le jardin se porte très très bien.

    Par contre le caca part dans les toilettes.

    #engrais_naturels

  • En Russie, la biodiversité du #lac_Baïkal est assaillie par les algues
    http://www.novethic.fr/empreinte-terre/pollution/isr-rse/en-russie-la-biodiversite-du-lac-baikal-est-assaillie-par-les-algues-142999

    A l’origine de cette pollution : les eaux usées. Les chercheurs pointent du doigt, entre autres, une station d’épuration dans la région de Severobaïkalsk. Initialement conçue pour les déchets ménagers, elle traite les eaux usées provenant du lavage des wagons de la RZD, les Chemins de fer russes. En 2010, la compagnie a changé de fournisseur au profit de détergents plus efficaces, mais plus dangereux, « un puissant cocktail de produits chimiques synthétiques, alcalins et même désinfectants », d’après Oleg Timochkine, biologiste à l’Institut de limnologie.

    En amont, d’autres industries contribuent à ce phénomène en rejetant leurs eaux dans les affluents du lac. Sans oublier l’accroissement des flux de touristes face à des systèmes d’assainissement qui, quand ils existent, ne sont pas adaptés. Ni les eaux usées rejetées par les navires de la région… Selon Marina Rikhvanova, présidente de l’association Vague écologique du Baïkal, seules 1600 tonnes des 25000 tonnes d’eaux usées produites par les bateaux de la région d’Irkoutsk chaque année sont traitées.

    #pollution #produits_chimiques #eau_douce

  • 40 milliards de litres d’#eaux_usées ont débordé aux Etats-Unis après #Sandy
    http://www.lemonde.fr/planete/article/2013/05/02/40-milliards-de-litres-d-eaux-usees-ont-deborde-aux-etats-unis-apres-sandy_3

    Plus de 90 % de ces déversements ont eu lieu à New York et dans le New Jersey, les deux principaux Etats touchés par l’ouragan qui a fait plus de 120 morts, endommagé 650 000 maisons et privé d’électricité 8,5 millions de personnes fin octobre. Sur ce total, environ un tiers des eaux, soit 13 milliards de litres, était non traité, tandis que le reste ne l’était que partiellement, comme le montre une carte interactive développée par le centre à partir de données officielles.

    Dans East Rockaway, dans la banlieue de New York, par exemple, des maisons ont été envahies par un flot immonde de matières fécales surgi des bouches d’égout, dont les fermetures avaient pourtant été renforcées. Tout l’intérieur des logements a dû être désossé – murs, cloisons, planchers – et assaini par des équipes spéciales pour éviter que ne se propagent bactéries et maladies.

    « Ce que nous avons appris, c’est à quel point le système américain d’égouts est vulnérable aux inondations et aux tempêtes, a déclaré Alyson Kenward, l’auteure du rapport et chercheuse au Climate Central, rapporte Bloomberg. Notre système n’est pas conçu pour gérer ce genre de tempêtes, aggravées par la montée du niveau des mers liée au changement climatique. »