• China blocks WHO while Covid conspiracy theories fly - Asia Times

    China has yet to explain why it delayed approval for a World Health Organization (WHO) team of experts to visit the country, significantly at a time when state media publish claims that the coronavirus pandemic started elsewhere.The WHO team’s members were supposed to arrive in Beijing this week and possibly make a field visit to Wuhan, where Covid-19 cases apparently first emerged a little more than a year ago and before the disease began its lethal global spread. The unexpected delays triggered today rare criticism from WHO Director-General Tedros Adhanom Ghebreyesus, who said he was “deeply disappointed” by the delay in issuing visas for the team.Ghebreyesus said that the 10-member group could not enter China for an epidemiological survey of the novel coronavirus, a key part of the WHO’s endeavor to ascertain the likely origins of the respiratory disease.
    He said the infectious disease experts, led by food safety and zoonotic diseases scientist Peter Ben Embarek, were still waiting for their visas to travel to China.
    Reports indicate Embarek made a sortie to the country in July and convinced Beijing to open its doors to WHO personnel to conduct a prognosis probe.
    At the beginning of last year Chinese authorities closed Wuhan after a ‘viral pneumonia of unknown origin’ was reported. This year, the city has recovered and people crowded together for a New Year’s countdown. Chinese Foreign Ministry spokeswoman Hua Chunying said on Tuesday in response to a media question that she had “no new information” on the WHO team’s trip and itinerary. Instead, Hua reiterated Beijing’s latest line, first purveyed by Foreign Minister Wang Yi, that “more signs and studies worldwide” had suggested Covid-19 could have “multiple sources” and that the pandemic had erupted globally across “multiple locations” since the second half of 2019.Hua said related surveys have indicated a much earlier emergence of the pathogen in many more places than previously thought. She also hoped other countries could make “joint efforts” with the WHO to trace Covid-19 to its source. “We hope scientists can uphold professionalism and truth to find [Covid-19] origins worldwide, and that other countries can cooperate with and assist [the WHO] like what we have been doing since day one,” claimed Hua.
    While several WHO officials and experts like Embarek were indeed allowed into China in 2020, Wuhan was glaringly and constantly missing on their Beijing-approved itineraries.It’s not clear yet that the delay in the WHO expert team’s arrival reflects a change in policy by Beijing. In December, the state-run nationalistic Global Times revealed a WHO “advance team” could go to Wuhan in January to inspect a wet market trading in exotic wildlife in the city that is believed to be a possible origin of the virus.
    The paper also cited WHO officials as saying that all team members from Japan, Qatar, Denmark, Russia and others would first be put in quarantine in Beijing for 14 days. It added that an “open, fair” WHO investigation would help debunk the “mudslinging, fake news and conspiracy theories about the ‘China virus’” being spread by some American politicians, not least outgoing US President Donald Trump.


  • How modelling Covid has changed the way we think about epidemics | Coronavirus | The Guardian

    Outbreak research should ideally be fast, reliable and publicly available. But the pressures of real-time Covid-19 analysis – which many academics have done in their spare time without dedicated funding – can force difficult choices. Should researchers prioritise updating scenarios for governments and health agencies, writing detailed papers describing their methods, or helping others adapt the models to answer different questions? These are not new problems, but the pandemic gave them new urgency. In the US, for example, the most comprehensive Covid-19 databases have been run by volunteers. The pandemic has flagged inefficient and unsustainable features of modelling and outbreak analysis, and illustrated that there is a clear need for change.
    Alongside coverage of specific modelling studies, mathematical concepts have also become part of everyday discussions. Whether talking about reproduction numbers, lags in data, or how vaccines might protect the non-vaccinated through “herd immunity”, journalists have started to think more deeply about epidemic dynamics. Prior to the outbreak, I never thought I’d end up fielding media requests to discuss a statistical parameter such as “K”, which quantifies the potential for super-spreading.Unfortunately, there have been challenges with coverage too. Some modelling results – particularly in the early stages of the pandemic – were widely misinterpreted, like the headlines in March suggesting half of the UK might have already been infected. Throughout summer and autumn, research groups also had to contend with media critics who misled the public with claims that the pandemic was over, dismissing warnings about the potential for a large second wave. Given the European epidemic waves to date, there can be little doubt that in the absence of control measures, Covid-19 would have been catastrophic for our health systems. Across the world, populations altered their behaviour in response to growing epidemics, but the extent of this unprecedented shift – and its effect on spread – was extremely hard to predict at the start of last year. Although infections such as Ebola and Sars have previously spurred behaviour change, Covid-19 triggered shutdowns of society on a scale unseen since the 1918 influenza pandemic.
    As well as modelling the spread of disease, researchers have had to track the dynamics of social behaviour. Because of modern digital footprints, they have been able to do this in more detail than ever, providing unique insights into how individuals and communities respond to outbreaks. These behavioural changes, whether driven by explicit government policies or local awareness of infection risk, have in turn had complex social, economic and health impacts. Untangling such effects will no doubt be the subject of research far into the future.Covid-19 has cemented a growing trend for research teams that work across multiple aspects of disease dynamics, from modelling and epidemiology to immunology and human behaviour. In the UK, researchers involved in modelling the disease have set up studies of social interactions and infection levels within communities, with these datasets then feeding back into new models.
    As well as interdisciplinary links, there have also been new international connections. Political responses to the pandemic have been country-specific, but throughout 2020, scientific insights – including datasets, modelling results and code – have been shared and built upon by teams across multiple continents. Past epidemics have brought mathematical tools to new audiences, but the scale of Covid-19 has resulted in epidemiological ideas being exchanged across disciplines and borders as never before. If sustained, such collaborations and networks could be hugely valuable in tackling other global epidemic challenges in future.The events of last year have altered the dynamics of many diseases, beyond Covid-19, as seen in the disappearance of certain seasonal infections or the disruption of vaccination programmes. Had the pandemic not happened, I would have spent much of 2020 abroad, setting up studies of influenza, Zika and dengue. When these projects eventually resume, will we see smaller outbreaks than before, or belated large epidemics? The pandemic has created a tragic “natural experiment”, a once-in-a-century jolt to disease ecosystems that could produce unexpected insights into immunity, social behaviour, seasonal effects and evolution. We’ve learned a lot about Covid-19 in the past 12 months, but there’s much more that modelling will help us discover in the coming years.


  • Les dernières nouvelles du #SARS-COV-2 par le professeur Épaulard

    Trois questions au professeur Épaulard, spécialiste des maladies infectieuses au CHU Grenoble Alpes. Quelles sont les dernières avancées sur la connaissance du virus ? Où en est-on du développement des vaccins ? Quelles sont les perspectives de sortie de cette crise sanitaire ?


    #covid-19 #coronavirus #mutation #épidémiologie #vaccins #vaccination #protection #innocuité #efficacité #incertitude #vidéo #interview

  • Covid-19 : « De ma vie d’épidémiologiste, je n’avais jamais vu un tel engouement » - Libération

    Dans les enquêtes statistiques, il est rare que l’on demande aux participants de se piquer le bout du doigt pour en faire sortir une grosse goutte de sang. Mais pour l’étude Sapris-Sero, 88 232 personnes ont accepté de le faire. Elles ont déposé cinq taches sur les réactifs d’un buvard et renvoyé le tout par la poste.Accompli en mai et juin à l’issue du premier confinement, ce geste venait en accompagnement d’un questionnaire fouillé, établi en urgence par les chercheurs dès le 17 mars. Samedi, dans un donnant-donnant équitable, les résultats de Sapris-Sero ont été présentés en avant-première aux participants de l’enquête lors d’une conférence en ligne. EpiCov, la seconde grande étude épidémiologique sur le Covid, publiera ses résultats prochainement.Dans les deux enquêtes, le questionnaire est à peu près similaire, les tests sérologiques sont traités par la même équipe de l’Unité des virus émergents de Marseille, dirigée par Xavier de Lamballerie. Ce qui diffère, ce sont les participants. Pour EpiCov, un panel représentatif de la population a été réuni, dont les travailleurs de première ligne qui ont été lourdement atteints par le virus. Pour Sapris-Sero, ce sont les participants habituels de cinq grandes études de santé publique (E3N-E4N, Epipage, Elfe, NutriNet-Santé, Constances) menées sur des temps longs qui ont été sollicités


  • Covid-19 : comment une traque méthodique et intrusive a permis à la Corée du Sud de maîtriser le virus

    Le 12 janvier 2020, la Chine partage avec l’OMS le séquençage génétique du nouveau coronavirus (le SARS-CoV-2) qui fait rage à Wuhan. Deux semaines auparavant, un laboratoire de Canton avait établi sa proximité avec le SRAS. Le 19, une Chinoise de 35 ans atterrit à l’aéroport international d’Incheon, près de Séoul. Elle a une forte fièvre. Interrogée, elle dit avoir reçu une ordonnance pour un coup de froid dans un hôpital de Wuhan, où elle réside, avant de s’envoler. Elle est placée en quarantaine. Le 20 janvier, les autorités établissent qu’il s’agit du nouveau coronavirus, tout comme, quatre jours plus tard, pour un Sud-Coréen de 55 ans travaillant dans la capitale du Hubei, rentré pour un check-up.
    Séoul, le 20 novembre 2020. Le personnel médical mesure la température des habitants qi se présentetn au centre de santé communautaire du quartier de Seocho.Cette fois, pas de temps à perdre, malgré les célébrations du Nouvel An lunaire. Le 27 janvier au matin, les officiels du ministère de la santé convoquent les patrons des groupes sud-coréens commercialisant des tests biologiques à une réunion d’urgence dans une salle de conférence directement rattachée à la gare de Séoul, pour l’accès pratique. Ils ont identifié cinq entreprises ayant l’expérience pour développer au plus vite des produits fiables. (...) Mais le pays n’identifie plus aucun cas durant six jours consécutifs. Au point que le président, le progressiste Moon Jae-in, qui, en campagne, avait répété que le chef de l’Etat devait être une « tour de contrôle » en cas de catastrophe majeure, apparaît à une réunion le 13 février pour dire que le retour à la normale est la priorité. Il assure que le virus aura « disparu d’ici peu » et refuse de suspendre les connexions avec la Chine pour protéger les échanges commerciaux.Or, les contaminations reprennent aussitôt, menaçant au passage la crédibilité du président Moon, ex-avocat des droits humains, qui a porté à bout de bras le rapprochement avec la Corée du Nord et son dialogue avec le président américain Donald Trump. Le nombre de cas quotidien double pour atteindre 104 le 20 février, jour où est enregistré le premier mort après la découverte d’un foyer de contamination dans le sud du pays, à Daegu, autour d’une secte, l’Eglise du Nouveau monde de Jésus, dont des membres tentent de fonder une congrégation à Wuhan.
    L’heure de la mise à l’épreuve est venue, le pays passe en alerte rouge. Pour tester massivement tout en limitant les contacts, le médecin qui, en janvier, a traité le premier cas, Kim Jin-yong, suggère de réaliser les prélèvements sur les patients qui resteraient dans leurs voitures. Aussitôt sont déployées aux quatre coins du pays les premières stations de tests en « drive-in ». Le gouvernement ferme temporairement les écoles. Il impose le port du masque dans la rue et les transports publics, un attribut auquel la société coréenne s’est déjà habituée, tant avec les épidémies précédentes que du fait des épisodes de « poussière jaune », les vents de sable des étendues désertiques mongoles.
    Début mars, lorsque la demande de masques se tend, l’Etat organise la distribution, afin d’éviter les pénuries : un jour par semaine défini selon son année de naissance, le citoyen peut acheter deux masques à la pharmacie, au bureau de poste ou dans une supérette de quartier. Le gouvernement maintient un discours constant et des campagnes d’information sur la nécessité absolue du port du masque. « Ils ont porté ce message sur le masque très tôt, c’est une aide considérable. D’autres pays ne l’ont fait que plus tardivement, certains deux mois plus tard, constate Chun Jong-yoon, le fondateur de Seegene. Maintenant ils ont compris, mais c’est bien tard. »
    Comme ses voisins, la Corée du Sud met en place un isolement strict des malades. Dans les hôpitaux si leur situation est grave ou qu’ils sont âgés, et dans des centres spécialisés lorsque les symptômes sont faibles. Pas question de prendre le risque qu’ils contaminent leur voisinage. S
    Les cas contacts rapprochés doivent quant à eux respecter un rigoureux isolement à domicile, suivi sur une application et par des appels téléphoniques. Afin de bloquer les cas « importés », les personnes entrant sur le territoire se voient imposer une quatorzaine stricte, à leur domicile ou dans une chambre d’un des hôtels transformés en centres sanitaires, et doivent présenter chaque jour leur bulletin de santé, notamment leur température.Dans un de ces hôtels, dans le quartier commerçant de Myeong-dong à Séoul, les voyageurs conduits depuis l’aéroport sont accueillis par un personnel en combinaisons bactériologiques intégrales blanches. Un prélèvement PCR est réalisé, puis ils sont envoyés dans leur chambre, où un plateau-repas est déposé trois fois par jour devant leur porte. Ils doivent jeter leurs détritus, pulvérisés de désinfectant, dans un sac conçu pour les déchets médicaux.Dans les couloirs menant aux chambres, sont collés des avis : « Ne quittez jamais votre chambre. Veuillez retourner immédiatement dans votre chambre. » Les étrangers se dérobant à ce contrôle sont expulsés et risquent cinq ans d’interdiction de territoire, les Coréens risquent jusqu’à un an de prison. Davantage que la peur de la sanction policière toutefois, c’est la crainte d’être celui ou celle qui, par son relâchement, aura amené la contamination de sa communauté, qui semble être le moteur principal.


  • Contrôle de l’épidémie de Covid-19 : les leçons de la Nouvelle-Zélande – Réalités Biomédicales

    Les chercheurs ont comptabilisé le nombre de cas de Covid-19 confirmés et probables dans chacune de ces cinq phases sur la base de la date estimée de contamination, autrement dit en fonction de la période d’exposition au coronavirus, définie comme la période d’incubation avant l’apparition des symptômes (ou de la date de notification du cas lorsque les données concernant le début des symptômes n’était pas disponible).
    Les épidémiologistes ont classé le type de transmission du virus selon que celle-ci était intervenue en dehors de la famille, dans un contexte familial, que la source de l’infection était un cas importé (en rapport avec un voyageur international dans les 14 jours avant le début des symptômes) ou associé à un cas d’importation (lien épidémiologique avec un cas importé), ou encore un cas d’infection acquise localement (sans notion de voyage international dans les 14 jours et sans aucun lien avec un cas importé). Enfin, les cas ont été évalués selon la sévérité de la maladie (hospitalisation ou décès) et comparés à ceux des patients présentant une forme clinique peu sévère.Enfin, dans leur analyse concernant la performance des mesures prises, les épidémiologistes ont évalué le temps moyen qui s’était écoulé entre d’une part le début de la maladie et la notification du cas, et d’autre part l’isolement du patient et son éventuelle hospitalisation.
    L’ensemble des mesures rapidement entreprises et mises en place par les autorités néo-zélandaises a porté ses fruits. Fin avril, le temps écoulé entre le début des symptômes et la notification du cas correspondant a été raccourci, passant de 9,7 jours à 1,7 jours. De même, le délai de la mise en place de l’isolement est passé de 7,2 jours à -2,7 jours, ce qui signifie que ces personnes se sont isolées plus de deux jours avant de présenter des symptômes. La mise à l’écart très rapide de ces patients a réduit d’autant le risque de transmettre le virus.
    Au total, 1 503 cas de Covid-19 ont été détectés en Nouvelle-Zélande entre le 12 février et le 10 mai 2020. Parmi eux, on dénombre 1 153 cas confirmés en laboratoire (77 %) et 350 cas probables (23 %). Rapporté à la population du pays, cela représente une incidence cumulée d’environ 30 cas pour 100 000 habitants. Ces cas ont été détectés, en grande majorité, par le traçage. Seulement 95 personnes (6,3 %) ont été hospitalisées et 10 patients (0,7 %) ont été admis en réanimation. Au total, en Nouvelle-Zélande, 22 individus sont décédés, soit 1,5 % des malades.
    Au cours de la phase 2, les chercheurs estiment que le taux d’infection par million d’habitants et par jour a été de 8,5. Il a été réduit de 65 % lors de la phase 3 (correspondant à la première moitié du confinement), atteignant alors 3,2.Il ressort que la majorité des sources d’infection dans ce pays insulaire correspond à des cas d’importation, la proportion des cas importés ayant décliné au fur et à mesure de la phase 3. Au total, 1034 cas importés ou liés à un cas d’importation ont été comptabilisés, soit 69 % du total des cas.L’incidence de la Covid-19 a été la plus faible parmi les enfants. Parmi les 782 cas pédiatriques liés à 316 clusters familiaux, seuls 9 cas sont survenus chez des enfants de moins de 15 ans, qui étaient par ailleurs les premiers cas survenus au sein de la famille.
    Par ailleurs, globalement, on a dénombré un plus grand nombre de cas parmi les femmes (56 %), parmi les patients âgés de 20 à 34 ans (34 %), d’origine européenne (73 %), avec un statut socio-économique élevé.
    Parmi les cas associés à un cas d’importation, on a dénombré un grand nombre de patients d’origine européenne et Maori. Ces derniers ont notamment été largement touchés lors d’un grand foyer épidémique (cluster) survenu lors d’un mariage. Celui-ci a constitué l’événement de super-contamination le plus important du pays. Les cas de Covid-19 ont été détectés dans toutes les régions, notamment dans des zones touristiques et dans les points de départ des trois plus grands foyers épidémiques. La majorité des infections localement acquises (424, soit 67 % de cas) est survenue avant le confinement. Les dix flambées épidémiques les plus importantes ont touché toutes les générations.


  • Covid-19 : les circonstances de #contamination chez les Français restent mystérieuses, voici pourquoi | Le HuffPost, 16/10/2020

    (...) les lieux des #clusters identifiés suite à ce #traçage “ne peuvent en aucun cas être considérés comme représentatifs des lieux de contamination en général” , alerte Daniel Lévy-Bruhl, épidémiologiste à Santé Publique France. SPF le rappelle, les clusters ne servent qu’à analyser le niveau de “criticité des différents secteurs ”. En clair, de voir que dans un Ehpad, le risque de transmission et le risque de forme grave de Covid-19 sont plus élevés que dans les crèches. 

    “Il n’est pas surprenant de retrouver un nombre brut de clusters plus élevé dans les entreprises ou milieux scolaires, mais si vous le rapportez au nombre d’entreprises et d’établissements scolaires, la proportion par milieu sera beaucoup plus faible” , estime Patrick Rolland, coordonnateur interrégional chez Santé publique France, à l’origine du système de traçage des clusters développé par SPF.

    Enquête sur les contaminations

    De plus, le traçage de contact en général est à bout de souffle et débordé face à l’explosion des contaminations. Surtout, il n’est lui non plus pas très représentatif. On voit par exemple que seules 2,8 personnes-contacts sont identifiées par cas confirmé de Covid-19. En parallèle, 73% des personnes diagnostiquées positives par PCR n’étaient pas référencées comme cas contact. En clair, le traçage de contact passe à côté de 7 personnes sur 10.

    Pourquoi ? Les cas confirmés cachent-ils les personnes qu’elles ont pu voir dans le cadre privé ? Les contaminations sont elles majoritairement intraçables, car elles proviennent d’inconnus (transports en commun, lieux publics, bars et restaurants, etc.) ? Le système est-il simplement débordé ? Ici, impossible de le savoir, parce qu’encore une fois, nous ne savons pas comment les Français se contaminent. 

    “Les plateformes de traçage de contact ont pour vocation de contacter les personnes identifiées et ne peuvent pas enquêter sur les circonstances fines de contamination” , explique Daniel Lévy-Bruhl. Mais justement, SPF s’est associé à l’Institut Pasteur pour essayer d’en savoir plus.

    Une étude épidémiologique va bientôt démarrer sur un échantillon important de cas où on va investiguer les circonstances de contaminations ”, précise l’épidémiologiste. Si tout se passe bien, les résultats devraient être connus “dans les mois qui viennent”. À défaut de permettre de mieux gérer la deuxième vague, cela permettra peut-être de prévenir la troisième.

    #épidémiologie #enquête_épidémiologique #covid-19 #criminels #sansvergogne #terrifiant

    • Clusters et chaînes de contamination, extrait de Corona virus update - Une traduction du podcast de Christian Drosten (NDR Info)
      Allemagne, Barrington, cluster-source, immunité, étude indienne, mutation D614G. Podcast #60 du 13 octobre 2020
      L’Allemagne va connaître la même évolution que le reste de l’Europe

      La chose décisive est, et il faudrait vraiment le répéter encore et encore, car tout le monde ne l’a pas encore intégré, nous avons besoin de deux mesures combinées. Donc les règles AHA, c’est bien, mais je trouve cette formule presque un peu trop simple. Donc les règles AHA - distanciation, hygiène, masques grand public - c’est certainement une mesure généralement efficace et dont tout le monde se souvient. Et c’est bien. Mais nous avons besoin de quelque chose de plus, à savoir une mesure contre les clusters. C’est la règle de base pour ces maladies qui se propagent avec une sur-dispersion. Nous avons besoin de deux mesures à l’échelle de la société. La première est une mesure que tout le monde suit et qui n’a pas besoin d’être très intrusive, ni à être très efficace pour la propagation du virus. Elle doit être efficace à 20%. C’est certainement la combinaison de la distance, de l’hygiène et des masques. Quelque chose qui s’applique à tout le monde, qui s’applique dans toute la société, qui n’est pas drastique. Et puis, nous avons également besoin d’une mesure spécifique, qui prenne effet partout où des clusters apparaissent.

      Et c’est encore une faiblesse en Allemagne pour le moment, et aussi dans le système de reporting, et pas seulement en Allemagne. L’orientation spécifique de l’enregistrement des cas, l’enregistrement de l’activité infectieuse sur le cluster source, c’est-à-dire la question : Où avez-vous été infecté ? Nous sommes toujours très axés sur la poursuite des cas. En d’autres termes, nous demandons : ce patient qui a été infecté ici, qui aurait-il pu infecter, à la fois ces derniers jours, avec qui il était en contact, et aussi à l’avenir, il doit rester chez lui pour qu’il n’infecte plus personne.

      Mais le moment où nous remarquons cette infection est en fait un moment où la contagiosité est pratiquement terminée. Et les quelques personnes qu’il aurait pu infecter au cours des derniers jours ne sont pas à l’origine du processus d’infection, mais ce qui est vraiment à l’origine du processus d’infection, c’est le cluster source où il a contracté son infection. Car cette infection se propage par grappes. Même si les autorités sanitaires disent qu’il y a un processus d’infection de plus en plus diffus, on ne peut plus reconstituer les chaînes de contamination, alors ce n’est pas une description de la réalité de la propagation du virus, mais une description de l’impression qu’on a dans les services de santé car les gens ne peuvent pas dire où ils ont probablement été infectés il y a sept à dix jours.

      Nous avons cela avec d’autres rhumes également. Nous n’avons tout simplement pas cette mémoire. Nous ne pouvons pas nous souvenir dans quelles situations particulières, dangereuses, nous étions il y a sept à dix jours. Le problème, cependant, est que cette situation dangereuse dans laquelle nous avons été infectés il y a sept à dix jours est toujours là. Ce cluster couve toujours. Et sans que personne ne le sache, sans que les cas aient été signalés jusqu’à présent, nous avons ici un cluster source qui frémit. Nous sommes maintenant à ce moment où les remontées de chaînes deviennent de plus en plus difficiles, où les autorités sanitaires disent les unes après les autres : "Nous n’y arrivons plus, Bundeswehr, venez nous aider !" Nous voyons cela dans les médias maintenant. C’est maintenant le moment où cette méthode de travail sur les clusters source doit être mise en œuvre. Parce qu’en ce moment, d’après les statistiques, nous avons l’impression que cela vient des fêtes de famille, des ménages. Cela ne vient pas des situations de travail, des transports en commun, etc.

      Martini : D’aller au restaurant.

      Drosten : Exactement. Tous ces éléments ne figurent pas dans les statistiques des rapports pour le moment. Les autorités sanitaires disent que ce sont avant tout les situations privées, les fêtes de famille, la maison. Mais regardons maintenant de près ces statistiques de reporting. Et ce que nous constatons, c’est que plus de la moitié de toutes les nouvelles infection ne peuvent pas être résolues. [...] les chaînes de contamination reconstructibles sont minoritaires. [...] Les gens ne peuvent pas dire où ils se sont infectés. D’où cette proposition, que je fais depuis des semaines, que chaque citoyen tienne un journal des situations de cluster. Chaque soir, par exemple, vous pouvez écrire sur votre smartphone, dans votre bloc-notes ou sur n’importe quel morceau de papier, là où vous ne vous êtes pas sentis très à l’aise. Alors aujourd’hui, j’étais dans une situation où j’avais le sentiment qu’il y avait trop de monde, dans une pièce fermée, trop près les uns des autres, même si la plupart portaient des masques. En faisant cela, deux choses se produisent. Premièrement, [...] les gens pourraient se souvenir davantage et dire où ils ont été infectés. Les autorités sanitaires pourraient alors être en mesure d’identifier encore mieux les clusters source. Le suivi des cas serait amélioré. Le deuxième effet est que [chacun] réaliserait plus clairement qu’il se trouve régulièrement dans de telles situations et [qu’en y étant plus sensibilisé, il les évite à l’avenir].
      [Si je vais au restaurant] Est-ce que je m’en souviendrai dans dix jours ?

      Martini : Probablement pas.

      Drosten : Sérieusement. Donc si j’ai soudainement de la fièvre, [...] je dirais : « Je ne peux pas dire. » Ou je dirais aussi : « Eh bien, probablement à la maison, parce que mon conjoint a aussi de la fièvre. Donc, je me suis contaminé à la maison. » Mais je suis aussi allé manger avec mon conjoint, mais comme je ne l’ai pas noté, je ne m’en souviens pas. Je ne veux pas seulement me concentrer sur les restaurants. Il s’agit aussi d’autres situations, de situations quotidiennes, nombreuses dans le secteur du sport, dans le secteur des loisirs, mais aussi la vie professionnelle. Ces lacunes dans les listes seraient ainsi comblées. Par exemple dans la vie professionnelle, il y avait telle réunion [exceptionnelle], et il y avait 30 personnes dans la salle. Tous étaient assis à distance et portaient des masques. […] C’est quelque chose que nous pouvons tous faire. On ne peut pas simplement rester passifs et se dire que le département de la santé clarifiera tout ça si je tombe malade à un moment donné. [...]

      Martini : Cela voudrait dire que si nous notions ces contacts, nous serions un peu plus loin.

      Drosten : Alors nous serions certainement tous un peu plus impliqués. [...] Nous serions alors plus loin dans le processus de connaissance et d’évitement. Je pense que l’accent est mis ici sur l’évitement. Parce que les politiciens ne peuvent pas régler chaque petite situation de la vie quotidienne - de préférence séparément pour chaque Land- mais à un moment donné, la société doit passer à un mode de participation active.

      Etude indienne sur les chaînes de contamination

      Martini : Si nous regardons de plus près une autre histoire qui nous intéresse encore et encore. En ce moment, il y a les vacances d’automne dans certains Länder, mais ensuite l’école reprend. Les chaînes de contamination. Nous en avons beaucoup parlé : les enfants sont-ils dangereux pour les générations plus âgées ? Oui ou non ? [...] Il y a maintenant des études qui examinent de plus près les modes de transmission. Une étude qui a évalué très précisément un ensemble de données en Inde. Qu’est-ce qui en est ressorti exactement ?

      Drosten : Oui, c’est aussi une étude [publiée] dans « Science ». C’est une étude intéressante car elle a été réalisée en Inde. Dans un pays où il n’est pas si facile de parvenir à un lockdown. [...] Il est donc probable que durant la période d’évaluation, qui était la première vague là-bas, nous aurons un aperçu de la propagation naturelle de ce virus […] L’étude a été menée dans l’Andhra Pradesh et le Tamil Nadu, deux États de l’Inde qui ont des systèmes de santé relativement bons, où la recherche des contacts a été effectuée avec beaucoup de personnel. Ici, bien sûr, à nouveau en fonction des symptômes. Autrement dit, si un cas survient dans un ménage, il s’agit du premier cas symptomatique. Ce qui s’est passé auparavant ne peut être dit. Mais lorsqu’un cas symptomatique survient, on a généralement tenté de tester tous les membres du ménage en laboratoire dans les 5 à 14 jours suivant le contact avec le cas index. De nombreux cas ont été examinés, du moins dans les statistiques. Il y a eu 263.000 cas index au Tamil Nadu et 172.000 dans l’Andhra Pradesh avec des infections principalement identifiées au Sras-2. Et ils avaient un total de plus de trois millions de contacts, dont chacun était inscrit sur des listes. Vous devez imaginer cela. Il s’agit d’un système de notification massif dans ces pays avec un grand nombre d’employés.

      L’étude s’est maintenant concentrée sur 575.000 contacts sur un total de près de 85.000 cas index, avec une documentation épidémiologique complète et des résultats de laboratoire. Un véritable chef-d’œuvre de l’épidémiologie de terrain [...] C’est juste intéressant ce qui en ressort. Par exemple, on peut souligner que le nombre de contacts par cas index (la première personne infectée) est de 7,3 en moyenne. C’est vraiment beaucoup, vous pouvez voir comment la société et les ménages y sont structurés différemment. Il s’agit d’une taille de ménage complètement différente de la nôtre. 0,2 % de tous les cas index avaient plus de 80 contacts. Ce sont de très grands cercles de contact qui ont été suivis ici. Il est également intéressant de souligner que dans le même temps, un peu plus de 70% de tous les cas index n’avaient aucun cas de contact positif dans la région. En d’autres termes, avec ces grands réseaux de contacts, chez 70% d’entre eux on n’a trouvé aucune infection dans les contacts. Cela souligne encore plus à quel point nous avons un effet de sur-dispersion avec cette maladie. À quel point, en Inde, cette maladie se propage en clusters, dans des événements de grande diffusion. Cela continuera d’être le cas en Allemagne. Cette maladie se propage par grappes, ce qui peut également être vu en Inde.

      Martini : Cela signifie que ce que nous pouvons apprendre ou voir pour nous de cette étude indienne est l’histoire du cluster. Faut-il vraiment accorder plus d’attention aux clusters ?

      Drosten : C’est certainement un message très important. Avec cette observation d’un processus d’infection peut-être plus naturel, incontrôlé, nous obtenons cette impression écrasante de la propagation par grappes. Et il y a aussi un contrôle interne intéressant dans les données. Dans cette situation, nous voyons un taux d’attaque secondaire de 11 %, c’est-à-dire combien sont infectés à partir d’un cas index confirmé. C’est la valeur que nous observons également dans nos contacts à haut risque, 15 minutes de contact en face à face. Et nous voyons 5 % pour des contacts à faible risque. Tout cela est très similaire aux nôtres. C’est pourquoi nous devons continuer à espérer que nous verrons également un comportement de propagation par clusters. C’est certainement l’un des messages les plus importants de cette étude. Et l’autre message très important est, tout simplement, que nous pouvons dire que la prévalence de cette maladie se situe principalement dans la même tranche d’âge. Donc, si vous regardez qui a infecté qui ici, [...] les groupes d’âge s’infectent les uns avec les autres parce qu’ils ont beaucoup de contacts sociaux les uns avec les autres.


  • Covid-19 : « Cette enquête déconstruit certains discours sur la surexposition des immigrés »

    Josiane Warszawski, coresponsable de l’enquête, a eu l’idée de lancer cette enquête en population générale.
    Ce croisement des approches, qu’a-t-il apporté ?
    F.H. : Il a permis de mettre en perspective les différents indicateurs, en sortant qui plus est des catégories habituelles. Savoir par exemple que 21 % des agents de nettoyage vivent en logement surpeuplé, on n’en avait aucune idée précise. On comprend alors tout de suite que ces personnes cumulent deux risques de contamination.
    N.B. : C’est aussi grâce à ce croisement que l’on a pu mettre en évidence le caractère cumulatif des facteurs de vulnérabilité. On comprend alors la place de la question des origines dans ce paysage. Les données épidémiologiques constatent un gradient spectaculaire entre les immigrés de première génération non européenne, leurs enfants, puis les immigrés européens et leurs enfants. C’est très frappant. Le risque, c’est d’essentialiser ces résultats. Mais, si l’on tient compte de la structure professionnelle, des revenus, des conditions de logement, qui sont ici documentés, il n’y a plus d’effet immigré. D’autant que l’enquête a montré qu’ils respectent autant que les autres les gestes barrières (masque, gel, distanciation physique), comme globalement les catégories populaires, d’ailleurs…
    F.H. : On sait depuis longtemps que les immigrés qui arrivent en France ont en réalité été sélectionnés : ce sont ceux qui sont en meilleure santé. Mais, au cours de leurs premières années ici, leur situation se dégrade et leur état de santé devient nettement inférieur à celui de la population d’accueil. Dans cette enquête aussi, ce sont ces conditions de vie qui expliquent les écarts, pas l’Homo arabicus, l’Homo ottomanius, ou que sais-je… Toute chose égale par ailleurs, le Covid ne fait pas la différence. Mais pour démontrer que l’origine ne joue pas, encore faut-il disposer de la variable de l’origine.
    La statistique publique le permet-elle ?
    F.H. : Oui, sous le régime de la dérogation. Normalement, on ne peut traiter aucune donnée personnelle qui permette d’identifier toute sorte d’appartenance : les origines, l’apparence ethno-raciale mais aussi l’orientation sexuelle, l’état de santé, les positions politiques. Mais nous travaillons tous sous le régime de la dérogation, et la CNIL les accorde en fonction de la finalité de l’enquête, de l’anonymat, de la taille de l’échantillon, des conditions de protection des données, du consentement des personnes


  • Rio postpones world-famous carnival over Covid-19 - Asia Times

    “We just can’t do it in February. The samba schools won’t have the time or financial and organizational resources to be ready,” he told journalists after a plenary meeting by the group’s directors. Rio’s carnival is an epidemiologist’s nightmare in a pandemic: an extended festival of tightly packed crowds dancing through the streets and flocking to the city’s iconic “Sambadrome” for massive parades featuring scantily clad dancers, small armies of drummers and all-night partying at close quarters. The event draws millions of tourists from around Brazil and the world to the beachside city each year.


  • Cancers : l’incroyable aveuglement sur une hausse vertigineuse
    14 septembre 2020 / Celia Izoard (Revue Z)


    De nombreux types de cancers se multiplient très rapidement depuis deux décennies. Pourtant, l’information sur leur chiffre est lacunaire. Mais l’État ferme les yeux, et rejette la responsabilité sur les comportements individuels, plutôt que sur les polluants. (...)

  • How Zeynep Tufekci Keeps Getting the Big Things Right - The New York Times

    Ms. Tufekci, a computer programmer who became a sociologist, sounded an early alarm on the need for protective masks. It wasn’t the first time she was right about something big.

    In recent years, many public voices have gotten the big things wrong — election forecasts, the effects of digital media on American politics, the risk of a pandemic. Ms. Tufekci, a 40-something who speaks a mile a minute with a light Turkish accent, has none of the trappings of the celebrity academic or the professional pundit. But long before she became perhaps the only good amateur epidemiologist, she had quietly made a habit of being right on the big things.

    In 2011, she went against the current to say the case for Twitter as a driver of broad social movements had been oversimplified. In 2012, she warned news media outlets that their coverage of school shootings could inspire more. In 2013, she argued that Facebook could fuel ethnic cleansing. In 2017, she warned that YouTube’s recommendation algorithm could be used as a tool of radicalization.

    And when it came to the pandemic, she sounded the alarm early while also fighting to keep parks and beaches open.

    “I’ve just been struck by how right she has been,” said Julia Marcus, an infectious disease epidemiologist at Harvard Medical School.

    I was curious to know how Ms. Tufekci had gotten so many things right in a confusing time, so we spoke last week over FaceTime. She told me she chalks up her habits of mind in part to a childhood she wouldn’t wish on anyone.

    Add those things to a skill at moving journalism and policy through a kind of inside game, and Ms. Tufekci has had a remarkable impact. But it began, she says, with growing up in an unhappy home in Istanbul. She said her alcoholic mother was liable to toss her into the street in the early hours of the morning. She found some solace in science fiction — Ursula K. Le Guin was a favorite — and in the optimistic, early internet.

    In the mid-1990s, still a teenager, she moved out. Soon she found a job nearby as a programmer for IBM. She was an office misfit, a casually dressed young woman among the suits, but she fell in love with the company’s internal bulletin board. She liked it that a colleague in Japan wouldn’t know her age or gender when she asked a technical question.

    She stumbled onto the wellspring of her career when she discovered an email list, the Zapatista Solidarity Network, centered on Indigenous activists in southern Mexico who had taken up arms against neoliberalism in general and land privatization imposed by the North American Free Trade Agreement in particular. For Ms. Tufekci, the network provided a community of digital friends and intellectual sparring partners.

    Je suis pleinement d’accord avec cette analyse. Le 1 janvier 1994, à San Cristobal de Las casas, un nouveau monde militant naissait. Nous en mangeons encore les fruits.

    Ms. Tufekci is the only person I’ve ever spoken with who believes that the modern age began with Zapatista Solidarity. For her, it was a first flicker of the “bottom-up globalization” that she sees as the shadow of capitalism’s glossy spread. She claims that her theory has nothing to do with how the movement affected her personally.

    While many American thinkers were wide-eyed about the revolutionary potential of social media, she developed a more complex view, one she expressed when she found herself sitting to the left of Teddy Goff, the digital director for President Obama’s re-election campaign, at a South by Southwest panel in Austin in 2012.

    Mr. Goff was enthusing about the campaign’s ability to send different messages to individual voters based on the digital data it had gathered about them. Ms. Tufekci quickly objected to the practice, saying that microtargeting would more likely be used to sow division.

    More than four years later, after Donald J. Trump won the 2016 election, Mr. Goff sent Ms. Tufekci a note saying she had been right.

    “At a time when everybody was being stupidly optimistic about the potential of the internet, she didn’t buy the hype,” he told me. “She was very prescient in seeing that there would be a deeper rot to the role of data-driven politics in our world.”

    That optimism is part of what got her into the literature of pandemics. Ms. Tufekci has taught epidemiology as a way to introduce her students to globalization and to make a point about human nature: Politicians and the news media often expect looting and crime when disaster strikes, as they did when Hurricane Katrina hit New Orleans in 2005. But the reality on the ground has more to do with communal acts of generosity and kindness, she believes.

    Public health officials seem to have had an ulterior motive when they told citizens that masks were useless: They were trying to stave off a run on protective gear that could have made it unavailable for the health care workers who needed it. Ms. Tufekci’s faith in human nature has led her to believe that the government should have trusted citizens enough to level with them, rather than jeopardize its credibility with recommendations it would later overturn.

    “They didn’t trust us to tell the truth on masks,” she said. “We think of society as this Hobbesian thing, as opposed to the reality where most people are very friendly, most people are prone to solidarity.”

    Now I find myself wondering: What is she right about now? And what are the rest of us wrong about?

    An area where she might be ahead of the pack is the effects of social media on society. It’s a debate she views as worryingly binary, detached from plausible solutions, with journalists homing in on the personal morality of tech heads like Mark Zuckerberg as they assume the role of mall cops for the platforms they cover.

    “The real question is not whether Zuck is doing what I like or not,” she said. “The real question is why he’s getting to decide what hate speech is.”

    She also suggested that we may get it wrong when we focus on individuals — on chief executives, on social media activists like her. The probable answer to a media environment that amplifies false reports and hate speech, she believes, is the return of functional governments, along with the birth of a new framework, however imperfect, that will hold the digital platforms responsible for what they host.

    #Zeynep_Tufekci #Portrait #Epidémiologie #Sociologie

  • Nouveau pathogène, vieille politique – CONTRETEMPS

    Les citoyens de Hambourg croyaient en un gouvernement réduit, à la discipline budgétaire, et à la responsabilité individuelle pour la santé et le bien-être. Investir l’argent des contribuables dans un site de filtration semblait être une extravagance propre à menacer tant la santé fiscale de la ville que l’éthique qui en avait assuré la prospérité. Ces doctrines du laissez-faire ressemblaient à celles qui avaient amené la Grande-Bretagne à pratiquement ne pas intervenir lors des famines en Irlande et en Inde : les administrateurs coloniaux s’accrochaient à l’idée que la dette publique constituait un péché plus insigne que la famine à échelle de masse, et que les crève-la-faim ne pouvaient améliorer leur sort qu’à force d’autodiscipline dans le du labeur et de saine gestion de ressources limitées.

    Le second manquement des disciples de von Pettenkofer à Hambourg, surtout de l’officier médical en chef, le docteur Johann Kraus, fut le refus d’accepter les diagnostics de choléra et de faire une déclaration publique pendant ces journées critiques du mois d’août durant lesquelles le taux d’infection doublait chaque jour. Comme on le sait maintenant, les bacilles et les virus peuvent se multiplier exponentiellement. Le délai d’un seul jour peut faire la différence entre le contrôle ou non d’une épidémie.

    Pourquoi ne firent-ils pas cette déclaration ? On peut l’expliquer en partie par la rigidité intellectuelle de ces hommes de bonne réputation. L’autre partie de l’explication vient de l’intérêt matériel. L’économie de Hambourg et la prospérité de ses ploutocrates dépendaient du maintien de l’ouverture du port et de la circulation des bateaux. Des marchandises provenaient de l’Angleterre et des États-Unis. La plupart des exportations allemandes arrivaient par péniche ou par train pour être expédiées par bateau vers tous les continents ; la compagnie Hambourg-Amérique organisait régulièrement des départs pour New York, les ponts des bateaux chargés de migrants recherchant une vie meilleure sur les lointaines cotes de l’Atlantique.

    #santé #épidémiologie #histoire #sociologie

    • Moi j’ai écouté la RNE sur la « peste antonina » et la chute de l’empire romain. Quinze ans de pandémie !

      Documentos RNE - La peste antonina. Primera pandemia global - 19/06/20 - RTVE.es

      Al hilo de la epidemia del Covid-19, Documentos RNE recuerda la primera pandemia registrada en el mundo; fue en el año 165 de nuestra era, durante el Imperio Romano.

      El programa reconstruye el contexto histórico del llamado siglo Áureo de Roma, en el que se expandió aquella extraña enfermedad, identificada contemporáneamente como viruela. Se aborda, igualmente, los modos en que la sociedad romana la afrontó.

      Los testimonios de los especialistas y los testigos de la época, como Galeno, el médico que trató la peste antonina, dibujan el origen de una enfermedad que vino de la parte oriental del Imperio y sus devastadores efectos sobre una población inerme ante una dolencia de la que no sabían nada.

      El número de muertos pudo alcanzar los 10 millones, con movimientos de población que dejaron deshabitadas algunas zonas del Imperio. Las consecuencias alcanzaron a las cosechas, al comercio y a los fundamentos de la actividad económica. En los confines del Imperio, Roma se vio obligada a enrolar para sus legiones tropas mercenarias por las bajas causadas por la pandemia.

      La peste antonina, que toma el apellido de los dos emperadores romanos de la época, Lucio Vero y Marco Aurelio, pertenecientes a la dinastía homónima, fue combatida infructuosamente con sacrificios rituales a los dioses y remedios tradicionales, como la ingesta de vinagre, mostaza, tierra de Armenia, leche de la ciudad de Estabia o la orina de niño.

      La historiografía ha señalado las periódicas epidemias del Imperio Romano como uno de los factores de su dilatada decadencia, como hizo el historiador inglés Edward Gibbon, quien añadió, además, el desarrollo del cristianismo y la presión militar de los bárbaros del norte.

      En los últimos tiempos se han incorporado otros condicionantes, que aportan enfoques complementarios a las explicaciones sobre la desaparición del más imponente imperio de la Antigüedad, como la influencia del cambio climático, que aborda recientemente Kyle Harper en El fatal destino de Roma.

    • combattue sans succès par des sacrifices rituels aux dieux et des remèdes traditionnels, tels que la consommation de vinaigre, de moutarde, Terre arménienne, lait de la ville d’Estabia ou urine d’enfant.

      Je ne dois pas être le seul à avoir immédiatement repéré qu’il y a un traitement en particulier qu’ils n’ont pas essayé, hein, et ça n’étonnera personne… (le mépris de #bigus_pharmacus pour Massilia, déjà).

  • A guide to R — the pandemic’s misunderstood metric

    An important aspect of Rt is that it represents only an average across a region. This average can miss regional clusters of infection. Conversely, high incidences of infection among a spatially distinct smaller subsection of a population can sway a larger region’s Rt value. For instance, Germany’s national Rt value jumped from just over 1 to 2.88 in late June (later revised down to 2.17) largely because of an outbreak in a meat-processing plant at Gütersloh in North Rhine-Westphalia (see ’Germany’s Regional Outbreaks’). The Robert Koch Institute noted that national infections overall were still low, which is why the local outbreak had such an effect on the country’s Rt, which had dropped below 1 again by the end of June. This makes it unlikely that Rt would be used to steer local lockdown policy in Germany, Schaade says. “If the rolling mean of R was at 1.2 for a few weeks, then that would show there was a problem that needed attention, even if case numbers were low.” But in practice, researchers find out about local outbreaks before that because of a reported spike in cases, not because of changes to Rt. Germany has ongoing surveillance and public reporting of transmission levels in 400 counties.


  • Cancer : L’art de ne pas regarder une épidémie

    Comment se fait-il que, dans une société fondée sur le traitement de l’information et la collecte de données, il soit si difficile d’expliquer la multiplication effrénée de certains cancers ? Célia Izoard en appelle à une refonte des méthodes épidémiologiques pour enfin reconnaitre l’impact de la pollution sur la santé. Source : Terrestres et Revue Z

  • Practical considerations for measuring the effective reproductive number, #Rt

    The effective reproduction number, denoted Re or Rt, is the expected number of new infections caused by an infectious individual in a population where some individuals may no longer be susceptible . Estimates of Rt are used to assess how changes in policy, population immunity, and other factors have affected transmission.

    #épidémiologie #statistiques #infection #contagion #coronavirus

  • Coronavirus en Allemange, situation au 21/06/2020 : R effectif moyenné sur 4 jours à 2.88, et R moyenné sur 7 jours supérieur à 2https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Situationsberichte/2020-06-21-en.pdf

    Estimation of the reproduction number (R)

    The presented case numbers do not fully reflect the temporal progression of incident COVID-19-cases, since the time intervals between actual onset of illness and diagnosis, reporting, as well as data transmission to the RKI vary greatly. Therefore, a nowcasting approach is applied to model the true temporal progression of COVID-19 cases according to illness onset. Figure 2 shows the result of this analysis.

    The reproduction number, R, is defined as the mean number of people infected by one infected person. R can only be estimated based on statistical analyses such as nowcasting and not directly extracted from the notification system.

    The sensitive R-value reported can be estimated by using a 4-day moving average of the number of new cases estimated by nowcasting. This 4-day value reflects the infection situation about one to two weeks ago. This value reacts sensitively to short-term changes in case numbers, such as those caused by individual outbreaks. This can lead to relatively large fluctuations, especially if the total number of new cases is small. The current estimate of the 4-day R-value is 2.88 (95%-prediction interval: 2.16 – 3.73) and is based on electronically notified cases as of 21/06/2020, 12:00 AM.

    Similarly, the 7-day R-value is estimated by using a moving 7-day average of the nowcasting curve. This compensates for fluctuations more effectively, as this value represents a slightly later course of infection of about one to a little over two weeks ago. The 7-day R-value is estimated at 2.03 (95% predictation interval: 1.60 – 2.49) and is based on electronically notified cases as of 21/06/2020, 12:00 AM. In light of the still low daily case numbers, both R-values should be interpreted with caution and in their course over several days.

    Estimates of the reproduction numbers (R-value and 7-day R-value) were between 2 and 3 during the last few days. This is mainly related to local outbreaks which are described above, the outbreak in North Rhine-Westphalia playing a particularly important role in this context . Since case numbers in Germany are generally low, these local outbreaks have a relatively strong influence on the value of the reproduction number. Further developments need to be monitored closely during the upcoming days, especially in regard to whether case numbers are increasing outside of outbreak contexts.

    Ce qui est intéressant, c’est qu’en Allemagne, ils n’utilisent pas l’alibi « R effectif augmente simplement parce qu’on fait plus de tests », mais en revanche ils insistent sur le fait qu’il y a de gros clusters en ce moment.

    Pour le coup, on pourrait s’étonner de dédramatiser l’évolution de l’épidémie au motif que ce qui fausserait le chiffre, c’est qu’il y a soudainement énormément plus de contaminations… (c’est l’autre explication en France, moins mise en avant : « les chiffres sont faussés parce qu’il y a des clusters… »). Alors qu’on pense désormais que les « clusters » sont le principal facteur initial qui détermine l’extension de l’épidémie (par exemple : grosse célébration religieuse qui va pourrir la situation d’un pays ou d’une région entières pendant plusieurs semaines après).

  • Tiens donc : Où on reparle des #eaux_usées, des #encéphalites et des conséquences #neurologiques de la bestiole...

    Covid-19 : et si la cible du virus n’était pas les poumons ? - Page 1 | Mediapart

    Alors que les équipes médicales s’attendaient à soigner des pneumonies sévères et que les pays se ruaient sur les respirateurs, le mode opératoire du virus a rapidement dérouté les réanimateurs. Certes, le Sars-CoV-2 étouffe certaines de ses victimes. Mais les poumons seraient une victime collatérale, non sa cible.

    Au début, il s’agissait d’une « mystérieuse épidémie de pneumonie virale », rapidement baptisée « pneumonie de Wuhan » par certains. Après le séquençage du virus en cause, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.07.937862v1 le baptise « Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère », ou Sars-CoV-2. Dans tous les cas, le poumon apparaît d’emblée comme la cible centrale de ce nouveau virus. Toutefois, au fur et à mesure que l’Europe voit affluer ses premiers cas, surprise : il ne s’agit pas d’une pneumonie classique, loin de là. Plus étonnant encore : les poumons pourraient ne pas être la cible principale. Mais alors, comment ce microbe tue-t-il exactement ? Les détails de son mode opératoire commencent tout juste à s’esquisser.

    Tout commence par le nez. L’une des grandes surprises d’une étude parue dans Nature Medecine https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6 fut en effet de découvrir que le nez semble être l’endroit du corps qui compte le plus de récepteurs ACE2 (pour Angiotensin Converting Enzyme 2), la fameuse porte d’entrée du virus, celle qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules et ainsi se multiplier. Pratique : dès que des particules virales y sont aspirées, elles trouvent ainsi de nombreuses portes qui s’ouvrent au fur et à mesure qu’elles s’y attachent. Doublement pratique : dès qu’une personne infectée éternue, ses virus sont expulsés à hauteur de visage et avec un peu de chance, un autre nez les attend. C’est donc ici que se jouerait la première phase cruciale de l’histoire : soit le système immunitaire parvient rapidement à se débarrasser de ces importuns résidents du nez, soit il n’y parvient pas. Dans le premier cas, on est quitte pour une bonne fatigue. Dans le second, les virus se mettent à se multiplier et c’est là que les problèmes commencent. C’est aussi là que le mode opératoire devient plus flou.

    Pour poursuivre leur route dans notre organisme, les virus auraient finalement trois options. Ils pourraient s’attaquer directement au nerf olfactif, d’où la perte d’odorat vécue par 25 à 30 % des patients. Et de là, migrer éventuellement jusqu’au cerveau, où des récepteurs ACE2 sont également présents. Voilà qui pourrait expliquer les signes d’agitation et de confusion observés chez plus de la moitié https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2008597 des patients gravement atteints dans un hôpital de Strasbourg et les cas d’encéphalites https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220301958 également rapportés. En France, plusieurs études sont en cours pour tenter de mieux comprendre les conséquences neurologiques de l’infection au Covid-19, notamment le projet Cohorte Covid – Neurosciences https://icm-institute.org/fr/actualite/projet-neuro-covid-19 .

    Seconde voie de dissémination possible, via le mucus nasal, véritable tapis roulant pour les nombreux microbes prisonniers de ce liquide gluant. De fait, on n’avale pas moins d’un litre de morve chaque jour ! Les nombreux symptômes digestifs (notamment une diarrhée pour plus de 20 % des patients français https://link.springer.com/article/10.1007/s11739-020-02379-z ) qui accompagnent la maladie laissent effectivement penser que le virus emprunte la même route que nos aliments et perturbe nos intestins. Et pour cause : les cellules de la paroi interne de l’intestin grêle sont particulièrement dotées en récepteurs ACE2. D’ailleurs, une étude https://science.sciencemag.org/content/early/2020/04/30/science.abc1669 menée sur des organoïdes intestinaux, sortes de mini-intestins en culture, montre que le Sars-CoV-2 infecte bel et bien ces cellules intestinales. Autre preuve : on retrouve des traces de virus dans les selles d’une majorité de patients (chez la moitié des patients, estime par exemple cette étude https://www.gastrojournal.org/article/S0016-5085(20)30282-1/pdf ). On en retrouve même dans les eaux usées https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.12.20062679v2 , sans que l’on sache encore si ces traces sont celles de virus entiers encore vivants, ou de bouts de virus morts.

    Enfin, troisième voie de diffusion, qui semble être l’autoroute privilégiée des particules virales : depuis le nez, elles peuvent être charriées via l’air, durant une inspiration, et emprunter non pas l’œsophage mais la trachée. C’est ainsi qu’elles atterrissent dans les poumons. Mais curieusement, « nous retrouvons très peu de récepteurs ACE2 dans les poumons, affirme Christophe Bécavin, de l’Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire de Sophia Antipolis, qui faisait partie de l’équipe en charge de l’étude des poumons dans la publication de Nature Medecine https://www.nature.com/articles/s41591-020-0868-6 . On voit uniquement réapparaître ce récepteur au niveau des pneumocytes de type 2, les alvéoles tout au fond des poumons où ont lieu les échanges gazeux ». En fait, il y a beaucoup plus de cellules dotées du récepteur ACE2 dans les intestins, le cœur, la vessie, les reins ou encore les yeux que dans les poumons. « Les taux de virus dans les poumons, mesurés à partir d’un échantillon de lavage broncho-alvéolaire, diminuent rapidement sans traitement antiviral alors même que la situation clinique est critique », témoigne de son côté Hadrien Roze, du service anesthésie-réanimation du CHU de Bordeaux.

    Ce n’est pas tout. Normalement, dans une pneumonie classique, c’est le côté air des poumons qui est atteint : le pathogène entraîne une réaction inflammatoire à l’intérieur des alvéoles, il se crée ensuite un œdème dans les poumons qui, en se gorgeant d’eau, deviennent de plus en plus rigides. Pour permettre le passage de l’oxygène dans le sang et éviter que les alvéoles ne se referment trop et trop souvent, il devient alors nécessaire d’insuffler de l’air avec une forte pression. Mais avec le Sars-CoV-2, les choses semblent être différentes, particulièrement durant la phase initiale. « On s’est vite aperçu qu’il y avait des points qui ne collaient pas », retrace Alexandre Demoule, chef de service réanimation à la Pitié-Salpêtrière. Comme ces patients dont le taux d’oxygène est particulièrement bas, mais qui semblent bizarrement le tolérer, continuant de s’exprimer et de raisonner normalement.

    Autre particularité étonnante : leurs poumons restent relativement élastiques, preuve qu’ils sont encore pleins d’air, estime Hadrien Roze. Ces étranges observations sont rapidement partagées par des centaines de réanimateurs français, mais aussi italiens, allemands et bientôt américains, et posent de nombreuses questions. Car autant il est nécessaire d’insuffler de l’air enrichi en oxygène à forte pression lorsque les poumons se sont rigidifiés, autant cette même pression peut devenir délétère si ceux-ci sont encore souples. D’où l’alerte de certains pneumologues et réanimateurs pour qui, contrairement aux recommandations internationales https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2763879 , la ventilation classique ne représenterait pas la solution optimale pour ces patients.

    C’est le cas du Dr Luciano Gattinoni qui publie avec des collègues italiens et allemands une lettre le 30 mars https://www.atsjournals.org/doi/10.1164/rccm.202003-0817LE dans l’American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine appelant à passer à une ventilation la plus douce et la moins en pression possible. Dans un centre qui a procédé ainsi dès le début, le taux de mortalité des patients intubés est de 14 %, contre 60 % en moyenne dans les autres hôpitaux, affirme Luciano Gattinoni, qui ne souhaite pas nommer cet hôpital. Au même moment, aux États-Unis, un réanimateur du centre médical Maimonide à Brooklyn, Cameron Kyle-Sidell, publie un témoignage vidéo similaire https://www.youtube.com/watch?v=k9GYTc53r2o&feature=youtu.be

     : « Nous nous attendions à traiter des patients en situation de syndrome de détresse respiratoire aiguë, mais ce n’est pas ce que je vois depuis neuf jours.[…] Nous traitons la mauvaise maladie. »

    En France aussi, les réanimateurs modifient rapidement leurs protocoles. « Au bout de dix jours, nous avons diminué la pression de l’air que les respirateurs insufflent dans les poumons », retrace Alexandre Demoule. « Les réanimateurs se sont rapidement rendu compte que les ventilations avec de fortes pressions empiraient l’état des patients, donc nous avons diminué la pression de l’air insufflé dans les poumons et nous avons placé les patients sur le ventre, ce qui permet de mieux ouvrir leurs poumons », détaille de son côté Stéphane Zuily, du service de médecine vasculaire du CHU de Nancy. Le 10 avril, soit dix jours après la commande de 10 000 respirateurs par l’État pour un coût total de 56,7 millions d’euros, le site d’information pour les médecins et les professionnels de santé Medscape finit même par poser cette provocante question : et si l’intubation n’était pas la solution ? https://francais.medscape.com/voirarticle/3605845

    « Les caillots sanguins jouent un rôle essentiel dans la mortalité »

    Dans cet article, la médecin urgentiste et journaliste santé Isabelle Catala suggère que les techniques non invasives d’oxygénation pourraient, dans certains cas, remplacer l’intubation. Dans les pneumonies classiques graves, la ventilation non invasive, via un masque, n’est pas recommandée car le patient qui se sent étouffer aura tendance à trop forcer sur ses poumons et finit par les abîmer. En revanche, les nouvelles techniques d’oxygénation nasale à haut débit peuvent être utilisées.

    Néanmoins, au début de l’épidémie, beaucoup d’équipes étaient réticentes à utiliser ces techniques en raison du risque d’aérosolisation de particules virales. « Si pour sauver un patient je perds cinq soignants à cause d’une contamination, on ne va pas aller loin », dit Alexandre Demoule qui, après avoir épluché la littérature scientifique à ce sujet, finit par se rassurer : « Ce risque n’apparaît finalement pas si important que ça. Rapidement, nous avons placé certains patients sous oxygénothérapie nasale à haut débit en leur ajoutant un masque pour limiter le risque de diffusion et nous avons tenté de pousser un peu plus loin, d’attendre un peu plus que d’habitude avant l’intubation. » Dans son équipe de la Pitié-Salpêtrière, une dizaine de personnels soignants ont été malades, dont lui-même, sur 140. Une étude est en cours pour évaluer l’impact des différentes prises en charge.

    Mais alors, si ce n’est pas un syndrome de détresse respiratoire classique, à quoi avons-nous affaire ? « Les réanimateurs nous ont fait remonter un nombre anormalement élevé d’embolies pulmonaires », poursuit Stéphane Zuily, soulignant au passage que les Chinois n’avaient jamais communiqué sur cet aspect particulier de la maladie. L’embolie pulmonaire survient lorsque des caillots de sang viennent perturber la circulation sanguine des poumons. Autrement dit, le problème ne viendrait peut-être pas du côté air des poumons, mais du côté sang.

    La formation de caillots sanguins est un risque bien connu des séjours hospitaliers, à cause de l’alitement, de certains traitements, des suites d’interventions chirurgicales. D’où l’usage quasi systématique des traitements anticoagulants préventifs pour éviter ces complications. Mais chez les patients Covid hospitalisés, ces complications sont significativement plus fréquentes : entre 20 et 50 % des patients en souffrent, selon les études. Au CHU de Lille, un suivi https://www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCULATIONAHA.120.047430 sur 107 cas de Covid admis en soins intensifs montre que 20 % d’entre eux souffraient d’embolie pulmonaire, soit deux fois plus que les autres patients non-Covid dans la même unité de réanimation et deux fois plus également que les quarante cas graves de grippe admis en 2019. « Dans notre unité bordelaise, l’embolie pulmonaire était présente chez environ 30 % de nos patients », estime de son côté Hadrien Roze, et ce malgré les traitements anticoagulants préventifs.

    « C’est comme si le virus ne ravageait pas les cellules pulmonaires, comme dans une grippe grave, mais empêchait l’oxygène des poumons de pénétrer dans les vaisseaux en perturbant la circulation sanguine », commente Alexandre Demoule, qui souligne qu’il ne s’agit encore que d’une hypothèse. « Plus on regarde, plus il devient évident que les caillots sanguins jouent un rôle essentiel dans la sévérité du Covid-19 et sa mortalité », affirme https://www.sciencemag.org/news/2020/04/how-does-coronavirus-kill-clinicians-trace-ferocious-rampage-through-bod Behnood Bikdeli, de l’école de médecine de Yale. Cela expliquerait par ailleurs d’autres problèmes cardiovasculaires, comme les infarctus qui semblaient avoir disparu https://www.liberation.fr/france/2020/04/05/deux-fois-moins-d-infarctus-ce-n-est-pas-normal_1784267 pendant l’épidémie, mais qui auraient en réalité été deux fois plus nombreux pendant la période du confinement en région parisienne, d’après une récente étude https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lanpub/PIIS2468-2667(20)30117-1.pdf qui s’appuie sur les données issues du registre francilien du Centre d’expertise mort subite. La même observation https://www.mediapart.fr/journal/france/Library/Containers/com.apple.mail/Data/Library/Mail%20Downloads/812CF693-D005-4217-B724-CC40C575CE1F/Out-of-Hospital%20Cardiac%20Arrest a été faite en Lombardie. Plusieurs hypothèses sont avancées : la saturation du système de soins, la crainte de se rendre à l’hôpital, un moindre suivi médical, mais également un effet direct du Sars-CoV-2 (un tiers des décès parisiens en surplus concernait des patients positifs au Sars-CoV-2 ou suspects).

    « La stabilisation endothéliale va devenir la clé de cette maladie en lieu et place de la ventilation protectrice des poumons, estime https://twitter.com/cameronks/status/1259470636986044423 Cameron Kyle-Sidell qui juge cette méthode comme « une intervention nécessaire mais indésirable ». L’endothélium, ce tissu qui recouvre l’intérieur des vaisseaux sanguins, est le plus grand organe de notre organisme. Sa surface est équivalente à six courts de tennis et l’une de ses fonctions est de réguler la fluidité du sang, écrit le professeur Alain Baumelou dans un article intitulé « L’endothélite : clé de l’atteinte multiviscérale du Sars-CoV-2 ? » https://www.vidal.fr/actualites/25040/l_endothelite_cle_de_l_atteinte_multiviscerale_du_sars_cov_2 , publié sur le site du Vidal. L’endothélium est doté de récepteurs ACE2. Et une étude https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420303998 démontre que le virus peut bel et bien infecter et se répliquer à l’intérieur d’un « organoïde vasculaire », un vaisseau sanguin reconstruit in vitro. En outre, plusieurs études post-mortem https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/04/29/covid-19-est-aussi-une-maladie-inflammatoire-vasculaire révèlent des traces du virus à l’intérieur des cellules endothéliales de plusieurs organes (intestins, reins, cœur…)

    Dès lors, se pourrait-il que l’endothélium soit la véritable cible du virus ? Pas si simple. D’abord, les études qui ont recherché le virus dans le sang donnent des résultats très hétérogènes : certaines https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x ] n’en trouvent aucune trace, une autre [ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7118636 le détecte chez 87 % des patients en soins intensifs. En agrégeant les données issues de vingt-huit études, une revue de littérature https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.20105486v1 en prépublication estime à seulement 10 % en moyenne la proportion de malades chez qui on retrouve des traces de virus dans le sang. En outre, les quantités sont relativement faibles, bien plus faibles que celles retrouvées dans le nez par exemple. Ce qui signifie que le virus circule peu dans le sang.

    Mais surtout, « au-delà d’un éventuel effet direct du virus sur l’endothélium, il y a bien d’autres raisons pour que ce tissu soit lésé durant cette maladie », explique Sophie Susen, coauteure de l’étude sur les embolies pulmonaires au CHU de Lille. Lors d’une infection, l’organisme produit en effet plusieurs signaux de danger, dont les fameuses cytokines. C’est cette réaction inflammatoire qui s’emballe fortement dans certains cas graves de Covid. Or ces molécules sont elles aussi capables d’activer le même récepteur ACE2 que le virus et peuvent à elles seules entraîner des problèmes de coagulation. « Les problèmes vasculaires sont sans doute le prix à payer pour lutter contre ce virus », souligne Hadrien Roze.

    Mais tout le monde n’est pas du même avis. « C’est vrai que les patients Covid ont des marqueurs inflammatoires élevés dans le sang, mais leur taux est en réalité inférieur à ce que l’on peut voir dans d’autres syndromes de détresse respiratoire aiguë, fait remarquer de son côté Joseph Levitt, de l’Université de Stanford, aux États-Unis. Pour ce pneumologue spécialisé dans ces infections graves, non seulement « l’orage cytokinique » serait accusé à tort d’être responsable des cas graves, mais en outre, en cherchant à éteindre ce feu grâce aux traitements immunosuppresseurs (comme les corticoïdes), on pourrait empirer le cours de la maladie. « Vous risquez d’éteindre le système immunitaire au moment même où il combat une infection », https://www.nature.com/articles/d41586-020-01056-7 illustre l’immunologiste Daniel Chen, de l’IGM Biosciences, à Mountain View, en Californie.

    Fallait-il donner moins de corticoïdes ? Plus d’anticoagulants ? Fallait-il moins se précipiter sur les respirateurs artificiels ? Quatre mois après le début de cette pandémie, les questions restent nombreuses. « Pour le sida, il a fallu dix ans pour comprendre un peu mieux comment ce virus agissait… », note Hadrien Roze. Une seule chose est sûre : alors que l’attention était principalement tournée vers les poumons, ce virus a en réalité plus d’un tour dans son sac. Et les données qui s’accumulent aujourd’hui lui donnent un tout autre visage.

    #covid-19 #pandémie #épidémiologie

  • Les modèles déboussolés pour prédire l’évolution de l’épidémie due au coronavirus, Nathaniel Herzberg, Chloé Hecketsweiler

    Les indicateurs ne montrent pas pour l’heure de deuxième vague épidémique, mais leur interprétation est complexe pour les spécialistes, qui doivent analyser une situation « dynamique ».
    Jour après jour, l’épidémie de Covid-19 perd du terrain mais est-elle pour autant derrière nous ? Voilà toute la question, alors que le gouvernement s’apprête à annoncer, dans les prochains jours, de nouveaux arbitrages pour le « chapitre II » du déconfinement, qui doit commencer le 2 juin. Pour y répondre, les épidémiologistes disposent de différents indicateurs mais, deux semaines seulement après la levée du confinement, leur interprétation est encore incertaine.


    Premier baromètre, le nombre quotidien d’admissions en réanimation. Il s’élevait à plus de 700 au pic de l’épidémie début avril ; il n’était plus que de 45 le 25 mai. Ce point bas était anticipé par les modèles, compte tenu du délai entre les nouvelles infections et l’arrivée en réanimation des cas les plus graves. « C’est le reflet des contaminations qui ont eu lieu à la toute fin du confinement ou au début du déconfinement. On ne voit pas de rebond mais cela ne signifie pas qu’il ne va rien se passer » , souligne Daniel Lévy-Bruhl, épidémiologiste à l’organisme de sécurité sanitaire Santé publique France (SPF). « Il faut faire comme si le risque était devant nous » , prévient-il.

    La moindre inflexion serait vite problématique là où l’épidémie a été la plus forte. En Ile-de-France, plus de 600 personnes sont toujours hospitalisées en réanimation, pour une capacité en routine de 1 200 lits. La marge de manœuvre est limitée alors que les hôpitaux ont commencé à réaffecter une partie des lits de réanimation aux services de chirurgie, dont l’activité avait été déprogrammée en urgence au mois de mars. « Les indicateurs sont au vert, mais les hôpitaux sont toujours sous tension , insiste Aurélien Rousseau, directeur de l’agence régionale (ARS) d’Ile-de-France. Nous sommes loin d’un retour à la normale. »

    Mise en place d’un second baromètre

    Pour être au plus près de la réalité, un second baromètre est en train d’être mis en place à partir des données de tests afin de comptabiliser tous les nouveaux cas. Depuis le 13 mai, toutes les personnes présentant des symptômes « évocateurs » de Covid-19 sont invitées à réaliser un test de dépistage RT-PCR, alors que ce test était jusque-là réservé aux patients graves. Les résultats sont enregistrés dans un fichier baptisé « SI-DEP » (système d’information de dépistage).

    L’analyse d’un second fichier, Contact Covid, doit permettre d’identifier et de suivre des chaînes de transmission jusqu’à ce qu’elles soient sous contrôle. Renseigné par les médecins et les enquêteurs de l’Assurance-maladie, il comprend l’identité des « patients zéro » − toutes les personnes dont le diagnostic a été confirmé par un test − ainsi que celle de leurs contacts familiaux, amicaux et professionnels.

    Ce traçage des contacts a pour objectif de repérer au plus vite les personnes contagieuses et de les isoler afin de ralentir la circulation du virus. « Si cette stratégie fonctionne, les nouveaux cas doivent faire parti des contacts connus » , souligne Daniel Lévy-Bruhl.

    Seule inconnue : la part des asymptomatiques, qui brouille le baromètre. « Jusqu’à ce qu’une personne dans la chaîne de transmission soit symptomatique, cette chaîne ne peut pas être identifiée, indique l’épidémiologiste. Même si seulement un cas sur trois est asymptomatique, cela complique le tracing. » Des foyers épidémiques, composés en majorité de personnes peu ou pas symptomatiques, pourraient ainsi passer sous le radar.

    Dispositif de dépistage renforcé

    Pour y remédier, dans plusieurs communes d’Ile-de-France, là où l’épidémie a frappé le plus durement − Clichy-sous-Bois, Saint-Denis, Gennevilliers, Sarcelles, Villiers-le-Bel et dans les 18e et 19e arrondissements de Paris −, un dispositif de dépistage renforcé a été mis en place.

    Toutes les personnes ayant des symptômes, même vagues, se voient proposer une consultation et un test. « Il y avait la crainte que cette approche soit stigmatisante, mais si on ne fait rien de différencié, on accepte les inégalités » , souligne Aurélien Rousseau, rappelant que la surmortalité liée au Covid-19 est très étroitement liée à des indicateurs socio-économiques défavorables.

    Les premiers résultats de ces campagnes ne seront publiés qu’en milieu de semaine, « mais la part des résultats positifs est au-dessus des 2 % à 3 % observés dans SI-DEP, indique Aurélien Rousseau. Même si la situation s’améliore, nous devons rester vigilants et nous assurer que nous ne ratons rien. »

    Dernier baromètre de l’épidémie, les modèles mathématiques utilisés pour évaluer la dynamique épidémique et l’efficacité des mesures de contrôle sont aussi dans un entre-deux. « Nous ne repartons pas de zéro mais les questions, comme les données dont nous disposons, changent » , estime Simon Cauchemez, modélisateur à l’Institut Pasteur et membre du conseil scientifique qui délivre ses expertises au gouvernement.

    Pour établir leur prévision, les épidémiologistes ont d’abord travaillé sur les données du Diamond Princess , ce navire de croisière immobilisé au large du Japon dont tous les passagers avaient été testés. Ils vont progressivement intégrer à leurs modèles d’autres jeux de données comme les résultats d’enquêtes de séroprévalence ou d’investigations épidémiologiques comme celle faite sur le Charles-de-Gaulle , où plus de 1 000 militaires sur les 1 700 que compte l’équipage ont été testés et étaient positifs. L’accès aux données de SI-DEP changera encore la donne, « en permettant d’obtenir un signal plus précoce s’il y a une reprise épidémique » , estime l’épidémiologiste, coauteur d’un article publié dans la revue Science, qui estime à 4,4 % la part de la population française déjà infectée.


    Changement de périmètre de la population testée

    L’une des difficultés réside dans le changement de périmètre de la population testée. « Ces données ne sont pas exhaustives car la population testée n’a cessé et ne cesse de changer à mesure que le dispositif monte en puissance. Impossible dans ces conditions de construire un modèle réactif » , souligne Samuel Alizon, modélisateur au CNRS.

    Passer d’un modèle s’appuyant sur des données « historiques » à un modèle « dynamique » est « une première » pour les épidémiologistes. « Habituellement, nos modèles servent à analyser la dynamique d’épidémies terminées. Là, c’est l’inverse, nous devons suivre une pandémie en cours. En sommes-nous capables et à quel horizon ? C’est une vraie question. Avec des enjeux sanitaires, bien sûr, mais aussi pour nous, chercheurs, des questions méthodologiques importantes » , explique l’épidémiologiste Pierre-Yves Boëlle, dont l’équipe collabore depuis le début de la pandémie avec l’Institut Pasteur pour offrir à Santé publique France un modèle optimal.

    Comment, par exemple, discerner un signal significatif d’un bruit (terme scientifique qui désigne une perturbation de l’information) ? « Il ne faut pas surréagir à un écart soudain, qui peut n’être que du bruit. Mais, à l’inverse, il faut détecter le plus vite possible un changement du signal qui marquerait l’inflexion de la courbe épidémique. »

    Avec toujours le même problème : la fiabilité des données. « En épidémiologie, les signaux ne sont pas toujours très bons. Tous les médecins ne fournissent pas les données demandées et elles ne sont pas toujours justes, mais au bout d’un certain temps, on sait les interpréter. Là, ce temps, nous ne l’avons pas, on doit construire les signaux tout en les interprétant. Et sans antériorité. »

    Autre question : saura t-on remonter les chaînes de contamination et tester les bonnes personnes ? « Nous poussions pour l’application StopCovid car elle offrait une information à la fois plus rapide et plus stable sur les contacts. Là, je ne sais pas ce que la solution retenue va donner , s’interroge Pierre-Yves Boëlle. Cela implique des moyens humains vraiment conséquents et des personnes formées. Mais on n’a pas beaucoup de temps pour tester cette organisation, voir si elle sait retrouver les cas, notamment asymptomatiques, être suffisamment réactive, et suffisamment fiable. Ce n’est plus du laboratoire, c’est de la vie réelle. »

    #épidémiologie #modèles_épidémiologiques #prévision

  • Les égouts, des sentinelles sanitaires contre le coronavirus

    L’analyse des eaux usées des villes permettrait, selon des chercheurs, de détecter de façon précoce la présence d’une contamination de la population, avant même sa manifestation clinique.

    Crise sanitaire oblige, de nombreux chercheurs se sont lancés sur les traces du SARS-CoV-2 tous azimuts : dans l’air, sur le verre ou le plastique, dans les coquillages et jusque dans les eaux usées des villes. Or, cette dernière piste s’avère un bon révélateur de la contamination. Comme l’actuel coronavirus est excrété dans les selles, les échantillons prélevés dans des stations d’épuration rendent possible d’y détecter son génome, même si on ne connaît pas sa charge virale à ce stade. Ces analyses peuvent permettre de suivre la dynamique de l’épidémie de près dans les villes, où cette recherche est menée, et alerter les autorités sanitaires de façon précoce.

    En effet, la concentration de l’ARN (acide ribonucléique) du virus se détecte alors qu’il circule encore silencieusement parmi les humains. Cet indicateur devance des signes, comme l’augmentation du nombre d’admissions à l’hôpital, et les bilans des tests menés sur des malades présentant des symptômes. D’autant que ces derniers peuvent prendre plusieurs jours pour se manifester, alors que l’individu peut excréter le virus plus tôt.

    Résultat : l’évolution de la contamination de la population puis la décrue de l’épidémie repérées dans les eaux usées correspondent précisément, avec un décalage, à la courbe épidémiologique que produisent les réseaux de santé.

    Des résultats rapides et convaincants

    Une équipe de chercheurs de l’université et de l’école de médecine de Yale (Connecticut), a ainsi établi que la détection de traces de SARS-CoV-2 peut devancer de trois jours la vague montante des entrées dans les hôpitaux locaux. Sa concentration maximale est même apparue sept jours plus tôt que le pic du nombre de malades, selon les résultats compilés des tests de Covid-19.

    Pour cette publication mise en ligne en preprint le 22 mai sur la plate-forme de recherche médicale MedRxiv, l’équipe a travaillé à partir de boues d’épuration prélevées quotidiennement du 19 mars au 1er mai dans quatre villes de l’agglomération de New Haven, une ère d’environ 200 000 habitants. Les auteurs précisent que, au cours de l’épidémie, leurs échantillons étaient tous positifs.

    « Surveiller une centaine de stations d’épuration bien choisies sur le territoire deux fois par semaine reviendrait bien moins cher que de tester 40 % de la population ! », Laurent Moulin, du laboratoire Eau de Paris
    Avec la pandémie, ils ne sont pas les seuls chercheurs à s’intéresser aux stations d’épuration. En fait, c’est un véritable engouement qui s’est emparé des virologues. A la suite d’une équipe néerlandaise, Laurent Moulin, du laboratoire Eau de Paris, a été l’un des pionniers sur ce créneau. Son étude, postée le 6 mai sur MedRxiv, a elle aussi été réalisée avec des scientifiques de Sorbonne université, du CNRS, de l’Inserm et de l’Institut de recherche biomédicale des Armées. Elle observe la contamination dans l’agglomération parisienne du 5 mars au 23 avril et les effets du confinement.

    « Eau de Paris s’occupe de l’eau potable pas des eaux usées – précisez bien que ce ne sont pas les mêmes réseaux, qu’il n’y a pas de risque à boire l’eau du robinet. Néanmoins, nous assurons une veille des virus responsables des gastro-entérites depuis cinq ans. Nous avons donc eu l’idée de repérer les traces de SARS-CoV-2, en même temps que d’autres sûrement, mais nous avons obtenu des résultats de façon plus précoce. »

    Rapides et convaincants : l’équipe de Laurent Moulin a vite obtenu le soutien de l’Académie des sciences et de celle des technologies, ainsi que 500 000 euros de la part du gouvernement pour mener ses recherches. Son enthousiasme a contribué à lancer l’observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine), que plusieurs laboratoires ont rejoint. « Surveiller une centaine de stations d’épuration bien choisies sur le territoire deux fois par semaine reviendrait bien moins cher que de tester 40 % de la population ! », affirme le chercheur.

    Prélèvements maritimes négatifs

    A l’approche de l’été, la question des eaux littorales se pose. L’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (Ifremer) s’en est saisi. Les analyses des prélèvements effectués sur les façades maritimes se sont avérées négatives, tout comme celles menées sur des huîtres creuses. « C’est une bonne nouvelle, car les coquillages filtrent une grande quantité d’eau et concentrent les pathogènes, explique Soizick Le Guyader, virologue à l’Ifremer. L’intérêt d’étudier les eaux usées est de plus en plus évident : la flore intestinale, c’est plus pratique à analyser que de constituer un échantillonnage représentatif de la population. »

    Les égouts en guise de sentinelles : l’idée a aussi éveillé l’intérêt de collectivités locales et d’opérateurs de l’eau et de l’assainissement publics et privés en France. En Suisse, l’Institut fédéral des sciences et technologies de l’eau se penche également sur cette piste avec l’Ecole polytechnique fédérale de Lausanne.

    « Des équipes s’y sont mises en Espagne, en Australie, en Angleterre… Il y a une grande émulation internationale, note Christophe Dagot, chercheur à l’Inserm et professeur à l’université de Limoges. D’ailleurs, nous aussi, nous nous sommes lancés dans l’épidémiologie sanitaire dans la cité, nous avons rejoint le réseau Obépine afin de valider les procédés de notre laboratoire. La région nous a alloué une subvention de recherche et la métropole de Limoges a décidé, à une vitesse record, de nous aider en assurant les collectes des échantillons, notamment à la sortie des hôpitaux et d’Ehpad. Nous voulons essayer de dresser une cartographie fine de l’agglomération. Dans les eaux usées, on trouve des agents blanchissants, des stupéfiants, des médicaments…, assure-t-il. On peut aisément repérer le quartier le plus dépressif de la ville. »

    Christophe Dagot dirige aussi une équipe de recherche fondamentale qui travaille sur les mutations du virus. « Nous allons séquencer son génome et comparer avec celui recueilli chez des malades. Est-ce qu’il bouge ? Est-il mort ? Il a besoin de matériel organique pour survivre donc plus l’eau est sale, plus on peut en trouver. A la sortie des stations d’épuration, il y en a par conséquent très peu. » Le scientifique est rassurant : jusqu’à présent, aucune étude n’a établi de risque épidémique dans les eaux de surface.


  • Le gouvernement britannique avait apparement justifié sa décision de #confinement de la population par une #simulation effectuée par des chercheurs en #épidémiologie de l’#Imperial_College de Londres. Comme la grande majorité des articles scientifiques, le code source des programmes ayant produit les résultats publiés n’était pas disponible. Cela a, à juste titre, fait râler, et le code (ou bien une version améliorée, ce n’est pas clair) a été publié :


    (peut-être aussi en https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/covid-19-scientific-resources )

    Il a fait l’objet de pas mal de critiques, tellement il est mal foutu et bogué. Attention : toutes les critiques ne sont pas justes, car il se mêle à ce débat des considérations politiques, complotistes (il y a un mouvement anti-confinement conspirationniste fort dans les pays anglophones), de la jalousie entre programmeurs (le code écrit par les autres est toujours jugé illisible), des positions idéologiques (l’université, ce sont forcément des amateurs) donc, prudence. L’intérêt que je vois à ce débat, c’est que des tas de gens se rendent soudainement compte que 1) des tas de décisions sont basées (ou en tout cas justifiées) par le résultat d’un programme informatique 2) que la majorité des programmes sont bâclés et ont des bogues.

    Un article du #Telegraph : https://www.telegraph.co.uk/technology/2020/05/16/coding-led-lockdown-totally-unreliable-buggy-mess-say-experts (c’est derrière un paywall mais en affichant le source de la page, on voit tout).

    Une critique très sévère (et souvent injuste, le type ne semble pas connaitre le monde réel, par exemple quand il exige que tout programme ait une suite de tests de non-régression complète) : https://lockdownsceptics.org/code-review-of-fergusons-model https://lockdownsceptics.org/second-analysis-of-fergusons-model

    Une réponse aux critiques : http://blog.khinsen.net/posts/2020/05/18/an-open-letter-to-software-engineers-criticizing-neil-ferguson-s-epide

    Opinion personnelle : oui, les chercheurs non-informaticiens (biologistes, physiciens, SHS…) écrivent du mauvais code car ils n’ont pas de formation, s’en foutent, et ça ne compte pas pour leur avancement de toute façon (les "reviewers" ne vérifient jamais le code). En prime, ils n’ont pas d’argent pour payer des programmeurs (cf. le recrutement des « ingénieurs de recherche » au CNRS). Mais ce n’est pas spécifique à cette étude. Si on regardait aussi soigneusement tous les programmes (même écrits dans le privé), on pousserait les mêmes cris d’horreur.

  • Good #Science Is Good Science | Boston Review

    I share Medawar’s pragmatic vision of scientific reasoning. Scientists must resist the temptation to excessive skepticism : the kind that says no evidence is ever quite good enough. Instead they should keep their eyes open for any kind of information that can help them solve problems. Deciding, on principle, to reject some kinds of information outright, or to consider only particular kinds of studies, is counterproductive. Instead of succumbing to what Medawar calls “habitual disbelief,” the scientist should pursue all possible inputs that can sharpen one’s understanding, test one’s preconceptions, suggest novel hypotheses, and identify previously unrecognized inconsistencies and limitations in one’s view of a problem.

    This conception of science leads me to disagree with some elements of the philosopher of medicine Jonathan Fuller’s recent essay about two sects within epidemiology, defined by what kinds of evidence they consider meaningful and how they think decisions should be made when evidence is uncertain. Fuller sees in the contrast two “competing philosophies” of scientific practice. One, he says, is characteristic of public health epidemiologists like me, who are “methodologically liberal and pragmatic” and use models and diverse sources of data. The other, he explains, is characteristic of clinical epidemiologists like Stanford’s John Ioannidis, who draw on a tradition of skepticism about medical interventions in the literature of what has been known since the 1980s as “evidence-based medicine,” privilege “gold standard” evidence from randomized controlled trials (as opposed to mere “data”), and counsel inaction until a certain ideal form of evidence—Evidence with a capital E—justifies intervening.

    Fuller rightly points out that this distinction is only a rough approximation; indeed, there are many clinical epidemiologists who do not share the hardline skepticism associated with the most extreme wing of the evidence-based medicine community. But the distinction is also misleading in a subtle way. If the COVID-19 crisis has revealed two “competing” ways of thinking in distinct scientific traditions, it is not between two philosophies of science or two philosophies of evidence so much as between two philosophies of action.

    In March, as health systems in Wuhan, Iran, and Northern Italy teetered under the weight of COVID-19 cases, Ioannidis cautioned that we really didn’t know enough to say whether a response was appropriate, warning of a “once-in a-century evidence fiasco” and suggesting that the epidemic might dissipate “on its own.” (I replied to that argument, explaining why we do know enough to act decisively against this pandemic.) To my knowledge, Ioannidis has never stated that early interventions should have been avoided, but by repeatedly criticizing the evidence on which they were based, he gives that impression.

    #épidémiologie #décisions #actions

  • Un mathématicien démonte une étude épidémiologique confortant le bien fondé de la politique du gouvernement

    Au terme de cette étude mathématique, il apparaît ainsi que 17 auteurs de 10 laboratoires - dont les noms comptent parmi les plus connus au monde - n’ont aucune compétence pour traiter des questions d’épidémiologie.
    En réalité, cet article n’est en aucun cas un article qui pourrait remplir un quelconque critère de qualité pour publication et encore moins pour des gouvernants.
    Totalement illisible, truffé d’erreurs grossières, d’incompréhensions notoires sur des notions mathématiques parmi les plus élémentaires, ce papier ne visait en fait qu’à servir un pouvoir avide de justifications - scientifiques - de sa politique : le confinement et la surveillance généralisée via des mesures de contrôle.
    Il n’y a aucun scientifique dans cette liste d’auteurs. Seulement de nouveaux Lyssenko en puissance, dangereusement empressés de pouvoir jouer un rôle dans la conduite d’une politique liberticide du pays.
    À vous les pseudos épidémiologistes qui vous permettez ainsi d’insulter la science tout en vous félicitant d’éclairer le monde de vos merveilleuses compétences, nous répondons ici que vous ne semez que l’ignorance barbare. Vous servez docilement, par des trucages scientifiques, les dirigeants qui prétendent museler la contestation de leur politique au nom de la science.
    À jamais honte à vous.

    #sciences #épidémiologie #mathématiques #probabilités #confinement

    • J’avoue ressentir une totale fatigue intellectuelle sur ces sujets.

      Si même Pasteur publie des papiers politiques maquillés en papiers techniques, on fait quoi pour avoir une idée un tout petit peu... sereine de ce qu’il se passe ?

      Et ceci dit, le papier technique de ce mathématicien est difficile à lire. Et ses élans trollesques ne simplifient pas le propos.

    • Je ne sais pas ce que vaut cette critique mathématique. Mais, depuis le début du Barouf Raoult beaucoup de gens crient à l’hérésie, trouvent absolument incroyable ces petits arrangements avec le protocole scientifique. Alors qu’il ne s’agit pas du tout d’une exception mais bien du déroulement normal de la production scientifique. Je n’ai pas vu de textes allant dans ce sens, si vous en avez sous le coude je suis preneur. Merci !

    • C’est à la fin de la foire qu’on compte les bouses. Il se risque lui aussi à des prédictions, peut-être que son modèle mathématique est plus sérieux mais on n’est pas à l’abri qu’il oublie certains paramètres qui sortent de son domaine de compétence. Juste un d’ailleurs : il parle de la Suède comme n’ayant pas confinée sa population. Il se trouve que j’écoutais Antoine Flahault (un médecin épidémiologiste) il y a quelques jours qui expliquait qu’en Suède il n’y avait pas eu besoin de confinement imposé par la loi parce que la population s’est auto-confinée de son propre chef (il prenait l’exemple d’un week-end prolongé où normalement les habitants vont sur la côte : cette année il n’y avait personne), les consignes sanitaires étant très bien suivies et sans doute mieux expliquées par le pouvoir qu’en France (ce n’est pas compliqué). Il n’est pas impossible que le confinement à la mode Suédoise a été à peu près équivalent au confinement français, qui était loin d’être le plus strict.