Alors que la France va à nouveau rater en 2027 l’objectif européen de bon état de ses cours d’eau, une enquête de Mediacités et Reporterre permet de visualiser pour la première fois l’ampleur de la pression exercée par les #micropolluants sur le territoire.
Elles courent tantôt à travers champs, tantôt à travers bois. Sur 16 kilomètres, les eaux tranquilles de la Launette longent un château du XVIIIe siècle, une abbaye royale et même le tombeau de Jean‐Jacques Rousseau. Mais la carte postale ne montre pas tout. Elle masque les nombreuses substances invisibles que charrie la petite rivière de l’Oise. #PFOS, #diflufénicanil et autres #pesticides, et même un médicament : entre 2022 et 2024, la station de surveillance installée sur ce cours d’eau a relevé 16 molécules au‐dessus des seuils de risque européens et français en vigueur. La Launette est un cas d’école, elle arrive en tête de notre classement des rivières subissant la plus forte pression des micropolluants.
Ce triste palmarès est le fruit de plusieurs mois d’enquête et d’une plongée dans les millions de données des agences de l’eau. Mediacités et le média de l’écologie Reporterre se sont associés aux collectifs We Report et Mémoire Vive pour produire une carte inédite de la pollution chimique des cours d’eau en France. Établie à partir des données publiques des stations de surveillance [consulter notre méthodologie], notre carte montre les dépassements annuels des seuils de risque par famille de substance et par micropolluant entre 2022 et 2024.
Le constat est inquiétant. Pesticides, métaux et autres #produits_chimiques toxiques voyagent allègrement dans nos rivières : 1 691 cours d’eau en France ont enregistré au moins un dépassement pour un polluant sur la période étudiée. Soit les trois quarts des rivières pour lesquelles une mesure est disponible.
Cette pollution est nationale : près de huit stations sur dix mesurant ces substances sur les cours d’eau en France présentent au moins un dépassement. Elle est aussi multiple : sur les 189 substances retenues dans notre enquête, 79 dépassent la valeur seuil au moins une fois. Notre analyse, qui porte sur les moyennes annuelles, permet de mettre en évidences les pollutions chroniques et le cumul des pressions toxiques exercés sur les cours d’eau. Avec le risque d’un« effet cocktail » [lire plus bas], qui pèse de plus en plus sur l’avenir de nos rivières.
Rendez‐vous manqué
Un bilan « très mauvais », lâche la députée écologiste Julie Ozenne, co‐rapporteure d’une mission d’information de l’Assemblée nationale sur l’état des cours d’eau en France. « On n’atteindra jamais les objectifs qu’on s’était fixés avec l’Europe », constate‐t‐elle. Depuis la mise en place de la #directive_cadre_sur_l’eau (#DCE) en 2000, le cadre de référence pour tous les pays de l’Union européenne, Bruxelles a fixé un calendrier à ses États membres pour restaurer le « bon état » de leurs cours d’eau. L’objectif, ambitieux, était initialement fixé pour 2015 avant d’être maintes fois repoussé. En 2027, date de la prochaine échéance, le rendez‐vous sera encore raté pour la plupart des pays européens. Contacté, le ministère de la Transition écologique n’a pas répondu à nos questions.
En France, l’état des cours d’eau a même régressé dans plusieurs bassins depuis 2019. Pour le seul bassin Loire‐Bretagne, 21 % des cours d’eau présentent un bon état écologique, trois fois moins que l’objectif initialement fixé pour 2027. Un tiers de ses rivières ne sont pas en bon état chimique. Certes, l’urbanisation, qui altère fortement la morphologie des cours d’eau, est l’une des principales causes du mauvais état écologique des cours d’eau. Les nitrates, issus principalement des engrais agricoles, contribuent aussi fortement à cette dégradation.
Mais l’impact de la #pollution_chimique reste très important sur l’état de nos rivières. Surtout pour les petits cours d’eau, dont le faible débit ne permet pas de diluer les polluants. À l’image de la Launette. « Le problème, c’est que dès sa source, là où ce n’est encore qu’un tout petit petit cours d’eau, il y a déjà le gros de la pollution qui arrive », explique Clara Morvan, directrice technique du syndicat de rivières local. « Tout le pluvial va dans la rivière », et avec ce ruissellement, « beaucoup de choses arrivent, comme les #hydrocarbures_aromatiques_polycycliques (#HAP) ou les pesticides ».
HAP, métaux, #métalloïdes et #minéraux, pesticides, substances industrielles et #médicaments : notre carte de France offre un aperçu des molécules dépassant le plus souvent les seuils applicables, que nous avons classées par grandes familles.
#Métaux_lourds : des #mines aux #engrais
#Arsenic, #cuivre, #zinc… Les métaux et métalloïdes arrivent largement en tête de notre classement par substance. Tout sauf une surprise : en 2021, une vaste étude menée par Santé publique France montrait que la quasi‐totalité de la population française est exposée à ces métaux, essentiellement via l’#alimentation. Naturellement présentes dans la nature – on parle alors de fond géochimique – ces substances proviennent aussi largement des activités humaines : activité minière [lire par ailleurs notre enquête sur le retour des mines de cuivre dans le Beaujolais] ou encore utilisation agricole. Elles peuvent avoir des effets néfastes sur la #santé, notamment sur les reins, les os, le système cardiovasculaire ou favoriser certains types de cancer. A l’image de l’arsenic, de loin celle qui affiche le plus de dépassements dans notre jeu de données (3082 dépassements, plus de 60 % des mesures pour ce polluant).
Très médiatisé ces derniers mois, après la parution en mars 2026 d’une étude de l’Anses mettant en évidence une « imprégnation forte et croissante » de la population française, le #cadmium apparaît également dans nos données, avec un taux de dépassement proche de 1 %. Ce métal lourd est cancérogène et augmente les risques d’#ostéoporose. Il est notamment présent dans les #engrais_phosphatés utilisés par les agriculteurs. Début juin, l’Assemblée nationale a voté une proposition de loi abaissant les teneurs en cadmium dans ces engrais.
#Hydrocarbures : des cheminées aux rivières
Notre carte met aussi en évidence l’omniprésence des substances de la famille des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP). Ces composés organiques sont des polluants persistants, toxiques pour les humains et s’accumulant dans les tissus vivants. Ils sont issus principalement des opérations de combustion, d’usines ou de particuliers, comme le chauffage au bois.
Selon Marina Coquery, directrice de recherche en chimie environnementale à l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Inrae), les HAP ont comme particularité d’être émis parfois à une grande distance des cours d’eau. « Ce sont des apports atmosphériques diffus, souvent urbains, qui vont être redéposés par temps de pluie sur des surfaces imperméabilisées et ruisseler jusqu’aux cours d’eau », explique la scientifique.
Parmi la centaine de molécules de cette famille, le benzo(a)pyrène apparaît le plus fréquemment sur notre carte, avec 1181 dépassements (30 % des mesures pour ce polluant). Le #benzo(a)pyrène a été classé comme cancérogène certain pour l’homme par le Centre international de recherche sur le #cancer.
Pesticides : champ libre pour le #diflufénicanil
Avec son « sentier ludique » parcourant la forêt dans le site naturel sensible des Deux Vallons, à quelques kilomètres au nord de Lyon, le ruisseau des Échets a de quoi séduire les familles en quête de fraîcheur. Ce petit cours d’eau, qui se jette dans la Saône, est pourtant l’un des plus pollués de la région. Métazachlore, nicosulfuron, cyprodinil… Son contenu offre un petit catalogue des #fongicides et #herbicides utilisés par les agriculteurs locaux. Au total, neuf substances ont dépassé les seuils sur au moins une année dans la station de Fleurieu‐sur‐Saône.
Ces dépassements ne sont que la face visible d’une pollution plus large : entre 2022 et 2024, l’agence de l’eau Rhône Méditerranée a identifié plus d’une centaine de pesticides dans le ruisseau. « C’est un petit cours d’eau situé dans une zone agricole où les cultures dominantes sont les céréales et le maraîchage. Pour le #maraîchage en particulier, de nombreux traitements phytosanitaires sont appliqués », explique Cécile Dubois‐Coli, cheffe du service données techniques de l’agence. Sollicitée, la métropole de Lyon précise que ce ruisseau peut être asséché les deux tiers du temps certaines années, entraînant une faible dilution et une concentration des polluants.
Sur les dix molécules les plus souvent au‐dessus des seuils sur notre carte, 4 sont des pesticides. Parmi les produits phytosanitaires à surnager, le #diflufénicanil, aussi connu sous le nom de #Diflufenican, se démarque avec plus de 765 dépassements, soit 16 % des mesures au‐dessus des seuils. Cet herbicide, considéré comme « très toxique pour les organismes aquatiques », est utilisé pour le désherbage dans les grandes cultures céréalières, notamment de #colza.
Le diflufénicanil a la particularité de faire partie également de la famille des #PFAS [lire plus bas], comme une trentaine d’autres produits autorisés en France. Déjà interdit depuis 2018 en République tchèque, le diflufénicanil a été intégré à une liste de substances actives présentes dans 23 pesticides interdits en juillet 2025 par l’Agence de protection de l’environnement du Danemark. La même année, lors de l’examen de la loi Duplomb, des députés écologistes avaient défendu un amendement pour interdire le diflufénicanil à la vente. Sans succès.
« Dans notre bassin, le diflufénicanil est la principale cause de déclassement de masses d’eau par des pesticides », indique Luc Pereira‐Ramos, à l’agence de l’eau Seine‐Normandie. « On observe une hausse des ventes de diflufénicanil à partir de 2022. Au fur et à mesure des interdictions ou limitations de certains pesticides, les agriculteurs se reportent sur des molécules encore autorisées », analyse‐t‐il.
Même en cas de durcissement de la réglementation, l’herbicide se maintiendrait dans les cours d’eau pendant de nombreuses années, rappelle le scientifique. « Ce n’est pas parce qu’on interdit une molécule qu’elle disparaît rapidement des milieux. L’#atrazine est interdit depuis près de vingt‐cinq ans et on commence seulement à observer une décrue », souligne‐t‐il.
Et d’autres molécules prennent la place des anciennes. Après l’interdiction de l’atrazine, les agriculteurs se sont notamment tournés vers le #S‑Métolachlore. Utilisé pour le #désherbage du #maïs, il est devenu en quinze ans l’un des plus prisés en France. Cette substance figure également en bonne place dans notre classement, avec 115 dépassements des seuils (6 % des mesures). Cet herbicide est interdit à la vente depuis 2023, mais son utilisation a été autorisée jusqu’en 2024, le temps d’écouler les stocks.
Un autre pesticide tient une place importante dans nos données : le #chlordécone. Nous comptons 36 dépassements de cet #insecticide particulièrement utilisé dans les bananeraies jusqu’au début des années 1990, tous situés dans le département de La Martinique. Face à une absence de mesures exploitables, nous n’avons pas pu visualiser les données de la Guadeloupe, de la Guyane et de Mayotte.
Substances chimiques industrielles : l’invasion du #PFOS
C’est tout le paradoxe des PFAS : alors que cette famille de milliers de polluants dits « éternels » est devenue l’un des sujets d’inquiétude majeur de ces dernières années, seulement 6 de ces composés font l’objet d’une surveillance dans les eaux de surfaces. Un chiffre qui passera à 25 à partir de fin 2027, en application de la révision de la directive cadre sur l’eau décidée par l’Union européenne.
Parmi les substances chimiques industrielles suivies sur le terrain, le PFOS arrive largement en tête. Dans notre base de données, il dépasse le plafond retenu presque une fois toutes les trois mesures (1 128 dépassements de seuil sur 3 580 mesures, soit 31,5 %). Pour le seul bassin Rhône‐Méditerranée‐Corse, le PFOS est responsable du déclassement de 143 stations, soit 62 % des stations en mauvais état chimique.
« Cela ne m’étonne vraiment pas. Le PFOS est un composé emblématique de la famille des PFAS, parce qu’il a été très largement utilisé, plus que d’autres et pendant longtemps. C’est aussi le produit de transformation de plein d’autres PFAS », détaille Pierre Labadie, chercheur en chimie de l’environnement au CNRS.
Selon le spécialiste, la présence de cette molécule, « l’un des PFAS avec le potentiel de bioaccumulation le plus élevé », est plus marqué à proximité de sources de pollutions industrielles, mais aussi domestiques, par exemple des stations d’assainissement. « Cela veut dire que dans les produits du quotidien qu’on a utilisés pendant des décennies, il y avait du PFOS », explique‐t‐il. Depuis 2023, le PFOS est classé comme cancérogène probable pour l’humain.
Médicaments : une épidémie encore mal mesurée
Dernière famille de polluants recensée sur notre carte, les résidus de médicaments proviennent très majoritairement des rejets des stations de traitement des eaux usées urbaines qui ne sont pas conçues pour les traiter. Antidiabétiques, anti‐inflammatoires, analgésiques, anxiolytiques… les médicaments consommés par les Français font partie des substances « d’intérêt émergent » mesurés depuis quelques années seulement par les organismes de surveillance.
Mais bon nombre de ces molécules ne disposent pas de seuil de quantification exploitables. Parmi celles qui en possède un, le Diclofénac, un anti‐inflammatoire, affiche un taux de dépassement de 2,7 % sur notre carte. La toxicité du Diclofénac a été démontrée, notamment sur les reins des truites, mais les effets des résidus médicamenteux sur l’environnement restent mal mesurés.
« Les médicaments, on arrive tout doucement dessus, explique Luc Pereira‐Ramos, pour l’agence Seine‐Normandie. On en cherche depuis une dizaine d’années seulement. Il est clair que nous allons augmenter le nombre de substances recherchées au fur et à mesure. »
Effet cocktail
D’autant que les seuils de risque ne concernent aujourd’hui que quelques centaines de molécules, alors que plus de 110 000 substances sont enregistrées au titre de la réglementation chimique européenne. « C’est la face immergée de l’iceberg », explique Pierre‐François Staub, chargé de mission Pollution des écosystèmes et métrologie à l’Office français de la biodiversité (OFB).
L’autre écueil du cadre de surveillance actuel, c’est de ne pas considérer l’impact toxique du cumul de molécules. « On minimise l’évaluation du risque à travers l’approche substance par substance », précise Pierre‐François Staub. On parle d’effet de mélange lorsque l’effet de deux molécules s’additionne, et « d’#effet_cocktail » lorsqu’elles interagissent entre elles et que leur #toxicité est amplifiée. « Il y a de gros débats actuellement pour faire entrer cette notion dans la définition des #seuils, explique Arnaud Chaumot, directeur de recherche au laboratoire d’écotoxicologie de l’Inrae. Mais c’est très difficile à modéliser. On a parfois des mélanges très diversifiés et on ne peut pas regarder toutes les interactions entre toutes les molécules, la possibilité de combinaison est folle. »
Cette pression toxique cumulée pèse sur tous les écosystèmes, mais aussi sur l’#eau_potable. En France, environ un tiers des volumes d’eau prélevée pour la potabilisation vient des eaux de surface. Et même lorsque le captage se trouve en nappe souterraine, la qualité de l’eau peut être impactée par la pollution des rivières. « Cela implique des traitements de plus en plus coûteux pour l’eau potable, pointe Marina Coquery. Et cela crée des inégalités, car les grandes villes ont la chance de pouvoir se les payer, mais pour les petites agglomérations, c’est plus difficile. » En France, des captages d’eau potable ferment chaque année à cause d’une pollution diffuse. « L’#eau est un bien commun, il faut la gérer comme tel », estime la chercheuse.
Sur la Launette, c’est bien la philosophie qui motive tous les travaux lancés par le syndicat mixte qui gère la rivière. « Il y a encore une trentaine d’années, elle était dans un état encore pire qu’aujourd’hui parce que toutes les stations d’épuration des eaux usées n’étaient pas aux normes et rejetaient directement dans la rivière, mais de gros efforts ont été faits », positive Clara Morvan.
Pourtant, une autre épée de Damoclès menace tous les efforts pour la protection des rivières : le réchauffement climatique. La succession des années sèches affaiblit les débits des cours d’eau, et donc leur capacité de dilution, comme l’explique Marina Coquery. « A l’autre extrême, on va avoir des crues beaucoup plus intenses, irrégulières et fréquentes » et donc une hausse des polluants amenés par la pluie.
« Chaque progrès obtenu sert d’abord à compenser les effets climatiques, démographiques et économiques à l’œuvre », analyse Cécile Dubois‐Coli, cheffe du service des données techniques pour l’agence de l’eau Rhône‐Méditerranée‐Corse : « Nous avançons sur un tapis roulant qui recule ».
