• How ‘killer’ T cells could boost COVID immunity in face of new variants
    https://www.nature.com/articles/d41586-021-00367-7

    T cells could also be more resistant than antibodies to threats posed by emerging #variants. Studies by Sette and his colleagues have shown that people who have been infected with #SARS-CoV-2 typically generate T cells that target at least 15–20 different fragments of coronavirus proteins1. But which protein snippets are used as targets can vary widely from person to person, meaning that a population will generate a large variety of T cells that could snare a virus. “That makes it very hard for the virus to mutate to escape cell recognition,” says Sette, “unlike the situation for antibodies.”

    So when laboratory tests showed that the 501Y.V2 variant identified in South Africa (also called B.1.351) is partially resistant to antibodies raised against previous coronavirus variants, researchers wondered whether T cells could be less vulnerable to its mutations.

    Early results suggest that this might be the case. In a preprint published on 9 February, researchers found that most T-cell responses to coronavirus vaccination or previous infection do not target regions that were mutated in two recently discovered variants, including 501Y.V22. Sette says that his group also has preliminary evidence that the vast majority of T-cell responses are unlikely to be affected by the mutations.

    [...]

    Some coronavirus vaccine developers are already looking at ways to develop next-generation vaccines that stimulate T cells more effectively. Antibodies detect only proteins outside cells, and many coronavirus vaccines target a protein called spike that decorates the surface of the virus. But the spike protein is “quite variable”, suggesting that it might be prone to mutating, says Karlsson, and raising the risk that emerging variants will be able to evade antibody detection.

    T cells, by contrast, can target viral proteins expressed inside infected cells, and some of those proteins are very stable, she says. This raises the possibility of designing vaccines against proteins that mutate less frequently than spike, and incorporating targets from multiple proteins into one vaccine.

    #covid-19 #immunité_cellulaire #vaccins

  • Le « British Medical Journal » appelle la réponse à la #pandémie un « #meurtre social » - World Socialist Web Site
    https://www.wsws.org/fr/articles/2021/02/09/pers-f09.html
    https://www.wsws.org/asset/61dc417e-4ae9-4f12-9675-bd131ec4fd44?rendition=image1280

    Lorsque des politiciens et des experts disent qu’ils sont prêts à permettre des dizaines de milliers de décès prématurés au nom de l’#immunité de la population ou dans l’espoir de soutenir l’économie, n’est-ce pas là une indifférence préméditée et irresponsable à l’égard de la vie humaine ? Si l’ échec de la politique conduit à des confinements récurrents et mal-à-propos, qui est responsable des surmortalités non-covid qui en résultent ? Lorsque les responsables politiques négligent délibérément les avis scientifiques, l’expérience internationale et historique, ainsi que leurs propres statistiques et modèles alarmants parce qu’agir va à l’encontre de leur stratégie politique, est-ce légal ? L’inaction est-elle une action ?

  • Trois mois après une infection #Covid-19 : une étude montre une baisse des anticorps chez les soignants
    https://theconversation.com/trois-mois-apres-une-infection-covid-19-une-etude-montre-une-baisse

    Les professionnels de santé sont une population particulièrement exposée au risque d’infection SARS-CoV-2 (et potentiellement de réinfection) du fait de la prise en charge de patients Covid-19. Au moment de la première vague, très peu de données étaient connues sur la réponse immunitaire suite à l’infection et nous nous posions notamment la question de l’#immunité protectrice chez des professionnels de santé après une forme modérée de Covid-19.

    L’objectif de notre étude auprès de soignants, publiée aujourd’hui 8 février dans la revue Nature Communications, était donc de déterminer si dans ces formes modérées il y avait bien apparition de différents types d’#anticorps (ou immunoglobulines) : IgM, IgA et IgG, s’ils pouvaient avoir un caractère protecteur et surtout combien de temps ils pouvaient persister après l’infection.

  • Seasonal human #coronavirus antibodies are boosted upon #SARS-CoV-2 infection but not associated with protection - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421001604

    Does Prior Exposure to Coronaviruses Protect You? | In the Pipeline
    https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2021/02/10/does-prior-exposure-to-coronaviruses-protect-you

    ... 20% of the[...] patients [previously infected with one or more of the “garden-variety” coronaviruses] raised antibodies that do cross-reaction with the Spike or nucleocapsid proteins of the current pandemic coronavirus. And what’s more, levels of such antibodies are elevated when a person in this group gets infected with SARS-Cov2: the immune system memory (as present in these patients’ B cells) responds by increasing production of the antibodies to the previous coronaviruses.

    But here’s the key part: “cross-react” does not mean “neutralize” and it does not mean “provide protection from”. These antibodies may or may not have been neutralizing against the other coronaviruses, but they don’t seem to have any such effect on the current one. And in keeping with that, having such cross-reactive antibodies seems to provide no protection against catching SARS-Cov2 or against being hospitalized with it if you do. There’s no difference in the infection/hospitalization rates of the people who had cross-reactive coronavirus serum antibodies ready to go versus those who didn’t. They’re basically useless.

    Now, you can still make an argument that the T cell component of immunity might provide some protection after a previous coronavirus infection. The current study didn’t address this directly, but after these results, it’s at least less likely that that’s happening.

    #immunité #immunité_croisée

  • #Covid-19 : quand le SARS-CoV-2 se déleste de petits fragments de son matériel génétique pour échapper aux anticorps – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/02/08/covid-19-quand-le-sars-cov-2-se-deleste-de-petits-fragments-de-son-materiel-

    Avec l’apparition de nouveaux #variants SARS-CoV-2, on sait désormais que ce coronavirus, dont le génome était considéré jusqu’à présent relativement stable, peut muter. Cette variabilité génétique repose sur l’apparition de mutations consistant en la substitution d’un nucléotide par un autre, autrement dit d’une « lettre » par une autre dans l’ARN viral.

    Comme pour tout virus à ARN, des erreurs surviennent de façon aléatoire lors de la réplication du génome du SARS-CoV-2. Celles-ci ont d’autant plus de chance de se produire que le génome des coronavirus est extrêmement long. Celui du SARS-CoV-2 comporte environ 30 000 bases, ce qui en fait le plus long des génomes des virus à ARN connus.

    Les coronavirus possèdent néanmoins un système de relecture et de correction qui procède au retrait des nucléotides erronés, autrement dit à l’excision des « lettres » introduites par erreur dans le génome viral. Sauf que toutes les mutations ne sont pas corrigées. Au total, le SARS-CoV-2 mute moins que d’autres virus à ARN. Le taux de substitution par nucléotide au sein du génome du SARS-CoV-2 est ainsi inférieur à celui observé pour le virus du sida (VIH) ou celui de la grippe (virus influenza), probablement du fait de cette activité enzymatique correctrice.

    [...]

    Il s’avère que l’étude des chercheurs américains mettant en évidence la capacité du SARS-CoV-2 à subir rapidement des délétions lui permettant d’échapper à la réponse immunitaire a précédé la découverte de l’émergence de variants plus transmissibles.

    Ces nouveaux variants sont porteurs de délétions RDR. C’est notamment le cas du variant isolé dans des fermes d’élevage de visons au Danemark (mink cluster 5, porteur de la délétion Δ69-70), ainsi que du variant identifié au Royaume-Uni (lignage B.1.1.7) qui renferme les délétions Δ69-70 et Δ144/145, ou encore du variant B.1.351 identifié en Afrique du Sud porteur de la délétion Δ242-244.

    Des délétions identifiées avant la description des nouveaux variants

    Avant même la description des nouveaux variants, l’étude des chercheurs de l’université de Pittsburgh a donc permis de montrer que des délétions récurrentes dans le domaine NTD de la protéine S désorganisent des motifs (épitopes) sur lesquels se fixent habituellement des anticorps neutralisants.

    #protéine_S #délétions #immunité

  • Le covid à Manaus
    https://threadreaderapp.com/thread/1355812836946173953.html

    J’ai décidé de faire un long thread sur Manaus. Pourquoi ? Parce que Manaus a suivi exactement les préconisations des anti-tout. Alors on va voir ce que ça donne.

    Petite présentation démographique : Manaus est une ville brésilienne, avé une population très jeune.

    https://www.citypopulation.de/en/brazil/amazonas/manaus/130260305__manaus

    3/ L’année dernière, Manaus a laissé filer l’épidémie. Il y a eu deux résultats :
    –Des cimetières trop petits.

    http://www.theguardian.com/world/2020/apr/30/brazil-manaus-coronavirus-mass-graves

    4/ Et l’atteinte, semble-t-il, de l’immunité collective (avec entre 60 et 75% des habitants contaminés). Manaus s avait souffert, mais été censée être tranquille.

    https://www.nature.com/articles/d41586-020-02948-4

    5/ Sauf que, stupeur, en fin d’année, les cas remontent à Manaus. Sauf qu’ils sont censés avoir l’immunité collective !

    https://www.economist.com/the-americas/2021/01/23/a-brazilian-city-thought-it-had-herd-immunity-it-was-wrong

    6/ Et en plus, ils ont les fameux kits covid traitements précoces!

    https://www.correiobraziliense.com.br/brasil/2021/01/4898757-kit-precoce-ou-fechamento-como-as-capitais-enfrentam-

    7/ petite parenthèse : au Brésil, là où ces kits sont utilisés, la mortalité est supérieure (9 municipalités sur 10).

    https://br.noticias.yahoo.com/de-10-municipios-que-adotam-kit-covid-9-tiveram-taxa-de-mortalida

    8/ Autre petite parenthèse : le créateur du kit covid est mort du covid.

    https://saude.ig.com.br/2020-09-04/criador-do-kit-covid-medico-morre-da-doenca-apos-45-na-uti.html

    9/ Bref tout devrait bien aller avec le « petit covid ». Et pourtant : hôpitaux saturés, même plus d’oxygène.

    https://www.bbc.com/news/world-latin-america-55670318

    10/ Le système hospitalier s’effondre.

    https://www.msf.org/coronavirus-covid-19-collapses-health-system-manaus-brazil

    11/ Pourtant ils avaient le kit covid, et l’immunité de groupe !

    https://twitter.com/Ba_Serrano/status/1354363631723573256

    12/ Rebelotte pour les cimetières.

    https://www.france24.com/en/live-news/20210127-as-covid-death-rate-soars-race-to-dig-graves-in-brazil-s-manaus

    13/ Il s’est passé quoi ? Le virus a muté, selon toute vraisemblance les gens sont re infectés, et les « traitements précoces » ne servent à rien ou pas grand chose .

    https://www.npr.org/sections/goatsandsoda/2021/01/21/958953434/reinfections-more-likely-with-new-coronavirus-variants-evidence-suggests

    L’émergence de variants est fréquente dans les endroits où les virus circulent beaucoup : beaucoup plus de possibilités de muter, pression de sélection. Ils semblerait que certains de ces variants, dont le brésilien, soient plus contagieux voir plus dangereux. Ils échappent

    15/ Aux anticorps produits par une infection précédente, et certains peuvent poser problème avec le vaccin.

    16/ Voici la triste histoire de Manaus. Qui a pourtant appliqué tout ce qui est préconisé par les anti-tout : laisser circuler le virus dans une population jeune pour construire l’immunité de groupe et « soigner » avec les « traitements précoces ».

    18/ Au Brésil la colère monte. Ils paient cher le choix de cette stratégie.

    https://www.rtbf.be/info/monde/detail_coronavirus-au-bresil-des-milliers-de-manifestants-contre-bolsonaro?id=1

  • SARS-CoV-2 induces human plasmacytoid predendritic cell diversification via UNC93B and IRAK4 | Journal of Experimental Medicine | Rockefeller University Press
    https://rupress.org/jem/article/218/4/e20201387/211734/SARS-CoV-2-induces-human-plasmacytoid-predendritic

    Covid-19 : ce que l’on sait de la réponse immunitaire à un stade précoce
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-ce-on-sait-reponse-immunitaire-stade-precoce-8

    Grâce à une collaboration étroite entre les équipes Inserm d’Ali Amara, virologue, et Vassili Soumelis, immunologiste à l’Institut de Recherche Saint-Louis (Université de Paris/Inserm/AP-HP), l’étude a pu caractériser la réponse immunitaire innée dans les 24 à 48 h suivant un contact avec le virus #SARS-CoV-2.

    [...]

    Les chercheurs ont utilisé des cellules immunitaires appelées « #plasmocytoïdes_pré-dendritiques » comme modèle de cellules immunitaires innées jouant un rôle essentiel dans l’#immunité antivirale en produisant de grandes quantités d’interféron-alpha — les #interférons sont des #cytokines (protéines) dont la production est induite suite à une infection virale, une infection bactérienne, une infection parasitaire ou à la présence de cellule tumorales. Leur fonction principale est d’interférer avec la réplication virale, mais ils ont également une action antibactérienne, antiproliférative et d’activation d’autres cellules immunitaires.

    Ils ont reconstitué la réponse immunitaire précoce au virus en mettant en contact ces cellules modèles avec des souches primaires de SARS-CoV-2 isolées à partir de patients atteints de #Covid-19.

    L’analyse de cette réponse reconstituée in vitro a permis de montrer que le SARS-CoV-2 induisait une activation efficace et complète des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques. Celles-ci produisaient alors des quantités importantes d’interféron-alpha (première ligne de défense contre les virus) et se différenciaient en cellules dendritiques capables d’activer les lymphocytes T (qui correspondent aux cellules de l’immunité spécifique). Les chercheurs ont par ailleurs pu montrer que cette activation des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques était partiellement inhibée par l’hydroxychloroquine, ce qui inciterait à la prudence dans l’utilisation de cette molécule.

    Dans une deuxième partie du travail, les équipes ont collaboré avec l’équipe de Jean-Laurent Casanova de l’Institut Imagine (Inserm/université de Paris/AP-HP) et de la Rockefeller University à New-York, afin d’étudier la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques issus de patients présentant des déficits génétiques pour certains gènes importants de l’#immunité_innée. L’objectif était de préciser les mécanismes moléculaires intervenant dans la réponse de ces cellules immunitaires au SARS-CoV-2.

    Ces expériences effectuées à partir de prélèvements directement obtenus des patients ont montré que la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques est dépendante des molécules UNC93B et IRAK-4, deux molécules importantes de l’immunité innée antivirale. L’ensemble de ce travail permet de préciser la réponse immunitaire précoce au virus SARS-CoV-2 ainsi que certains de ses déterminants moléculaires.

    L’étude suggère que le système immunitaire est naturellement armé pour répondre au SARS-CoV-2 et que des défauts dans la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques, notamment dans la production précoce d’interféron-alpha, pourraient contribuer à l’évolution de l’infection vers une forme grave.

  • via https://www.nachdenkseiten.de/?p=69245#h06 Talk im Hangar-7 – M...
    https://diasp.eu/p/12370002

    via https://www.nachdenkseiten.de/?p=69245#h06

    Talk im Hangar-7 – Merkel, Kurz und Mutationen: Politik am Volk vorbei? | Kurzfassung - 20 Min.

    Jeden Donnerstag ab 22:10 Uhr bei ServusTV Österreich und Donnerstagnacht bei ServusTV in Deutschland.

    https://www.youtube.com/watch?v=LuSk4PnemGg

    Seit Monaten beherrschen #Lockdowns unseren Alltag, doch noch immer sind keine Lockerungen in Sicht. Aus Angst vor neuen Virus-Mutationen und weiterhin hohen Infektionszahlen werden die Maßnahmen verschärft und verlängert: Geschäfte, Schulen und das gesamte öffentliche Leben bleiben eingefroren. Verfechter der #ZeroCovid-Initiative fordern jetzt sogar eine europaweit umfassende Arbeitspause. Dies lehnen die meisten Regierungschefs zwar ab, doch der Tenor ist klar: Lockerungen kommen erst ab einer (...)

  • Virologist Christian Drosten: “I Am Quite Apprehensive about What Might Otherwise Happen in Spring and Summer” - DER SPIEGEL
    https://www.spiegel.de/international/germany/interview-with-virologist-christian-drosten-i-am-quite-apprehensive-about-wh

    Drosten : Antibodies are just one component of immune protection, another is T-cell immunity. That protects much more strongly against a serious progression of the illness. If the virus mutates, it doesn’t have an effect on T-cell immunity. As such, I don’t think that we have to fear that our vaccines will be ineffective.

    #immunité #vaccin #sars-cov2 #anticorps

    • DER SPIEGEL: When you formulate such assessments, people across Germany are listening, and it often determines public opinion. How well are you able to live with that responsibility?

      Drosten: It doesn’t rob me of sleep. From the very beginning, I hoped that this public role would be shared among several people. And luckily, that is happening.

      Donc à peu près l’inverse de ce qui se passe ici, où la parole est confisquée (et distillée de façon perverse) par un gouvernement qui prend la population pour une bande demeurés, et donc suscite la défiance.

  • #COVID-19 : un candidat #vaccin lentiviral administrable par #voie_nasale assure une protection stérilisante dans des modèles animaux | Institut Pasteur
    https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/covid-19-candidat-vaccin-lentiviral-administrable-voie-nasale-assure-protect

    [...] Malgré une activité neutralisante intense mesurée dans le sang [aprés une vaccination par voie intramusculaire], seule une légère protection, c’est à dire une réduction d’un facteur 10 de la charge virale pulmonaire, a été observée suite à un challenge par le virus #SARS-CoV-2.

    Dans une étude parallèle2, il a été montré que les anticorps présents dans les muqueuses pulmonaires, du type #IgA étaient beaucoup plus utiles pour la neutralisation du virus que les anticorps IgG présents dans le sang.

    Il a donc été appliqué un schéma de vaccination « #prime_and_target » (pour « amorcer et cibler ») dans lequel la réponse immunitaire a été initiée par une injection classique intra-musculaire, puis la réponse a été ciblée dans les voies respiratoires, par instillation du vaccin par la voie nasale.

    En utilisant cette stratégie de #vaccination « prime and target », l’activité neutralisante mesurée dans le sang n’a pas augmenté de manière substantielle. Cependant, un effet majeur sur la protection contre une épreuve virale a été obtenu avec une diminution d’un facteur >1000 de la charge virale pulmonaire, certains animaux étant sous les limites de détection du test RT-PCR. La forte protection conférée a également complètement inhibé l’inflammation pulmonaire et la tempête de cytokines, et a par conséquent empêché les lésions histopathologiques pulmonaires.

    « Ces travaux introduisent la notion importante que l’activité neutralisante des anticorps mesurée dans le sérum sanguin n’est probablement pas corrélée au niveau de protection mais plutôt que la protection vaccinale contre le SARS-CoV-2 nécessite une immunité mucosale, et notamment des anticorps IgA, au niveau de la porte d’entrée du virus, à savoir les voies respiratoires supérieures », explique Laleh Majlessi, co-auteure de l’étude et directrice de recherche au sein du Laboratoire Commun Pasteur-TheraVectys.

    #immunité

  • Can I be re-infected with the new #variant if I’ve had #COVID-19? | NICD
    https://www.nicd.ac.za/can-i-be-re-infected-with-the-new-variant-if-ive-had-covid-19

    The blood samples from half the people we tested showed that all neutralizing activity was lost. This suggests that they may no longer be protected from re-infection. In the other half, the levels of antibodies were reduced and so the risk of re-infection is not known.

    #afrique_du_sud #réinfection #anticorps #immunité

  • Covid-19 : l’Afrique du Sud confrontée à une deuxième vague brutale
    https://www.lemonde.fr/afrique/article/2021/01/18/l-afrique-du-sud-confrontee-a-une-deuxieme-vague-brutale_6066660_3212.html


    Dans une unité Covid de l’hôpital Steve Biko, à Pretoria (Afrique du Sud), le 11 janvier 2021.
    PHILL MAGAKOE / AFP

    De plus en plus d’hôpitaux atteignent leur capacité maximale d’accueil alors que le variant sud-africain serait 50 % plus contagieux que les lignées connues jusque-là.

    Des soignants, les pieds dans l’eau après des pluies intenses, s’occupant de malades du Covid-19 abrités par une simple structure métallique sur un parking. Publiées sur un compte Instagram supprimé depuis, les images sont devenues le symbole de la nouvelle crise sanitaire qui frappe l’Afrique du Sud. Submergé par un nombre record de patients gravement atteints, l’hôpital Steve-Biko, à Pretoria, n’a d’autre choix que de prendre en charge les nouveaux cas dans des tentes initialement destinées au triage des arrivées.

    « L’augmentation du nombre de patients sérieusement malades, qui ont besoin de soins intensifs et arrivent parfois en groupe, met une sérieuse pression sur l’établissement », a reconnu le département de la santé de la province du Gauteng dans un communiqué annonçant l’installation de deux tentes supplémentaires. Comme (lui) l’hôpital Steve-Biko, de plus en plus d’établissements atteignent leur capacité maximale dans les provinces les plus touchées par la deuxième vague de Covid-19 qui frappe l’Afrique du Sud, ravivant la crainte d’un manque de lits, d’oxygène et d’équipements de protection.

    L’ampleur de la nouvelle déferlante a déjà largement dépassé celle de la première vague. Alors que le pic des nouvelles contaminations quotidiennes s’établissait à 13 900 en juillet 2020, l’Afrique du Sud, pays le plus touché par la pandémie sur le continent, a régulièrement dépassé le seuil des 20 000 nouvelles infections par jour depuis le début de l’année.

    • Le 13 janvier, les autorités ont annoncé la mort de 800 malades, un autre triste record. Officiellement, 36 000 personnes sont décédées du Covid-19 en Afrique du Sud depuis le début de la pandémie, mais la courbe de l’évolution du nombre de morts naturelles montre, elle, un excédent de 80 000 décès en comparaison des années précédentes. Fin décembre, elle indiquait que le nombre de morts naturelles a pratiquement doublé. [...]

      Une étude préliminaire de la London School of Hygiene and Tropical Medecine, en cours de validation par le comité scientifique, suggère que le variant sud-africain serait 50 % plus contagieux que les lignées connues jusque-là. Sa structure réduirait également de 20 % l’immunité offerte par les anticorps développés à la suite d’une infection par les autres formes du virus. L’étude relève, enfin, des indices suggérant que ce variant pourrait entraîner une maladie plus sévère tout en notant une « incertitude substantielle » sur ce point.

      (...) Plus complexe que son cousin britannique, le variant sud-africain présente trois mutations majeures. L’une d’entre elles, appelée « E484K », inquiète particulièrement les scientifiques qui scrutent l’efficacité des vaccins.

      #covid-19 #vaccin #immunité

  • Past SARS-CoV-2 Infection Mostly Protects Survivors | The Scientist Magazine®
    https://www.the-scientist.com/news-opinion/past-sars-cov-2-infection-mostly-protects-survivors-68358

    A large study of UK healthcare workers finds that immunity after coronavirus infection lasts for months, but those with antibodies may still be able to carry and spread the virus upon reexposure.

    Immune responses from a previous SARS-CoV-2 infection reduce survivors’ risk of reinfection by more than 83 percent for at least five months, according to preliminary data from a study of more than 20,000 UK healthcare workers published by Public Health England. The researchers caution that people previously infected may still be able to transmit the virus.

    “Overall I think this is good news,” Imperial College London epidemiologist Susan Hopkins, a senior medical adviser to Public Health England (PHE), tells The Guardian. “It allows people to feel that prior infection will protect them from future infections, but at the same time it is not complete protection, and therefore they still need to be careful when they are out and about.”

    Between June and November last year, the researchers monitored, through monthly serological tests and PCR tests twice a month, the infection rates in those who had been infected with the virus before June and those who had not. They found 44 potential reinfections, including 13 symptomatic cases, among the 6,614 who’d had the virus before, and 318 cases among the 14,173 who had no evidence of past infection. The authors concluded from these results that prior exposure to SARS-CoV-2 provides 94 percent protection against symptomatic reinfection, and 75 percent protection against asymptomatic reinfection.

    See “More SARS-CoV-2 Reinfections Reported, But Still a Rare Event”

    The researchers also found that people who become reinfected can carry a high viral load in their noses and throats, even in asymptomatic cases, which correlates with a higher risk of spreading the virus to others, says Hopkins.

    #porteurs_sains #covid-19 #réinfection

  • HCR - Inclure les réfugiés dans les programmes de vaccination : la clé pour mettre fin à la pandémie
    https://www.unhcr.org/fr/news/stories/2021/1/600012dca/inclure-refugies-programmes-vaccination-cle-mettre-fin-pandemie.html

    Le HCR, l’Agence des Nations Unies pour les réfugiés, fait son possible afin que quelque 80 millions de personnes déracinées dans plus de 100 pays, dont 29,6 millions de réfugiés, soient prises en compte dans les stratégies de vaccination et de traitement contre la Covid-19. Mike Woodman, responsable au HCR pour la santé publique, a évoqué les défis à relever avec Tim Gaynor, rédacteur en chef du site web.
    A qui incombe la responsabilité de vacciner les réfugiés, les déplacés internes et les apatrides ?
    Les autorités nationales sont responsables des programmes de santé publique et des campagnes de vaccination contre la Covid-19. La distribution et l’administration des vaccins aux réfugiés et à d’autres personnes relevant de la compétence du HCR seront coordonnées par les autorités sanitaires nationales. Des organisations nationales, internationales et des partenaires de la société civile peuvent être sollicités pour soutenir ces efforts.
    Tous les gouvernements se sont-ils engagés à inclure les réfugiés dans leurs stratégies de vaccination ?

    Le HCR plaide en permanence aux niveaux national, régional et mondial pour que les réfugiés et les autres personnes relevant de sa compétence soient inclus dans les stratégies nationales.
    A ce jour, sur les 90 pays qui élaborent actuellement des stratégies nationales de vaccination contre la Covid-19, 51 d’entre eux - soit 57% - ont inclus les réfugiés dans leurs programmes de vaccination.Nous sommes engagés dans des discussions et des processus décisionnels au sein de COVAX, l’initiative mondiale visant à garantir un accès rapide et équitable aux vaccins contre la Covid-19 pour tous les pays.Nous travaillons avec des partenaires internationaux pour faire en sorte que les affirmations « aucun laissé pour compte » et « accès équitable aux vaccins » ne restent pas de belles phrases, mais qu’il s’agisse bien de pratiques concrètes.
    Quels sont les risques et les conséquences si les réfugiés ne sont pas inclus dans les plans de vaccination nationaux ?
    Selon le raisonnement des experts de santé publique, il est impossible de briser ou de ralentir durablement la transmission du virus à moins que 70% de la population au minimum n’ait acquis une immunité.
    Pour mettre fin à la pandémie, il est essentiel de veiller à ce que les réfugiés soient inclus dans les programmes de vaccination. Exclure les réfugiés, les déplacés ou les non-nationaux des plans de vaccination fait risquer une transmission continue dans ces populations, avec des retombées sur la population nationale.L’exclusion des réfugiés comporte des risques tangibles en matière de protection, allant des conséquences sur leur santé, l’accès aux services, au travail, à l’éducation et aux moyens de subsistance, à la liberté de mouvement et à l’absence de discrimination.

    #Covid-19#migrant#migration#sante#refugie#demandeurdasile#vaccination#inclusion#populationnationale#immunite#santepublique#covax

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • Kinetics of antibody responses dictate #COVID-19 outcome | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.18.20248331v1

    While high anti-S IgG levels correlated with worse disease severity, such correlation was time-dependent. Deceased patients did not have higher overall humoral response than live discharged patients. However, they mounted a robust, yet delayed response, measured by anti-S, anti-RBD IgG, and neutralizing antibody (NAb) levels, compared to survivors. Delayed #seroconversion kinetics correlated with impaired viral control in deceased patients. Finally, while sera from 89% of patients displayed some neutralization capacity during their disease course, NAb generation prior to 14 days of disease onset emerged as a key factor for recovery. These data indicate that COVID-19 mortality does not correlate with the cross-sectional antiviral antibody levels per se, but rather with the delayed kinetics of NAb production.

    #immunité #anticorps

  • Immunological memory to SARS-CoV-2 assessed for up to 8 months after infection | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/06/science.abf4063.full

    #COVID-19 : De bonnes nouvelles sur le front de l’immunité | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-de-bonnes-nouvelles-sur-le-front-de-limmunite

    L’équipe de Jennifer M Dan du Center for Infectious Disease and Vaccine Research du La Jolla Institute for Immunology (Californie) a donc recruté plus de 180 hommes et femmes rétablis du COVID-19. 7% de ces participants avaient été hospitalisés mais la majorité avait développé une forme légère de la maladie. La plupart des participants ont fourni un échantillon de sang dès le 6è à 8è jour après l’apparition des symptômes. Les chercheurs ont pu suivre ainsi dans 254 échantillons au total, provenant de 188 cas de COVID-19, les anticorps, les cellules B (qui produisent les anticorps) et deux types de cellules T (qui tuent les cellules infectées). Ce suivi montre que :
    les anticorps, dont les anticorps dirigés contre les composants de la protéine de pointe, ne présentent que des baisses modestes 6 à 8 mois après l’apparition des symptômes ; les cellules T, ne montrent qu’une légère « décomposition » au fil du temps, les cellules B ont augmenté en nombre dans certains cas.

    Protective immunity against #SARS-CoV-2 could last eight months or more | EurekAlert! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-01/ljif-pia010621.php

    The team cautions that protective immunity does vary dramatically from person to person. In fact, the researchers saw a 100-fold range in the magnitude of immune memory. People with a weak immune memory may be vulnerable to a case of recurrent COVID-19 in the future, or they may be more likely to infect others.

    “There are some people that are way down at the bottom of how much immune memory they have, and maybe those people are a lot more susceptible to reinfection,” says Crotty.

    #immunité #anticorps

  • How modelling Covid has changed the way we think about epidemics | Coronavirus | The Guardian
    http://www.theguardian.com/commentisfree/2021/jan/04/covid-model-epidemic-collaboration-experiment
    https://i.guim.co.uk/img/media/00c5902c5c83fcee36c7e405c0e81c7810b62697/0_448_6720_4032/master/6720.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali

    Outbreak research should ideally be fast, reliable and publicly available. But the pressures of real-time Covid-19 analysis – which many academics have done in their spare time without dedicated funding – can force difficult choices. Should researchers prioritise updating scenarios for governments and health agencies, writing detailed papers describing their methods, or helping others adapt the models to answer different questions? These are not new problems, but the pandemic gave them new urgency. In the US, for example, the most comprehensive Covid-19 databases have been run by volunteers. The pandemic has flagged inefficient and unsustainable features of modelling and outbreak analysis, and illustrated that there is a clear need for change.
    Alongside coverage of specific modelling studies, mathematical concepts have also become part of everyday discussions. Whether talking about reproduction numbers, lags in data, or how vaccines might protect the non-vaccinated through “herd immunity”, journalists have started to think more deeply about epidemic dynamics. Prior to the outbreak, I never thought I’d end up fielding media requests to discuss a statistical parameter such as “K”, which quantifies the potential for super-spreading.Unfortunately, there have been challenges with coverage too. Some modelling results – particularly in the early stages of the pandemic – were widely misinterpreted, like the headlines in March suggesting half of the UK might have already been infected. Throughout summer and autumn, research groups also had to contend with media critics who misled the public with claims that the pandemic was over, dismissing warnings about the potential for a large second wave. Given the European epidemic waves to date, there can be little doubt that in the absence of control measures, Covid-19 would have been catastrophic for our health systems. Across the world, populations altered their behaviour in response to growing epidemics, but the extent of this unprecedented shift – and its effect on spread – was extremely hard to predict at the start of last year. Although infections such as Ebola and Sars have previously spurred behaviour change, Covid-19 triggered shutdowns of society on a scale unseen since the 1918 influenza pandemic.
    As well as modelling the spread of disease, researchers have had to track the dynamics of social behaviour. Because of modern digital footprints, they have been able to do this in more detail than ever, providing unique insights into how individuals and communities respond to outbreaks. These behavioural changes, whether driven by explicit government policies or local awareness of infection risk, have in turn had complex social, economic and health impacts. Untangling such effects will no doubt be the subject of research far into the future.Covid-19 has cemented a growing trend for research teams that work across multiple aspects of disease dynamics, from modelling and epidemiology to immunology and human behaviour. In the UK, researchers involved in modelling the disease have set up studies of social interactions and infection levels within communities, with these datasets then feeding back into new models.
    As well as interdisciplinary links, there have also been new international connections. Political responses to the pandemic have been country-specific, but throughout 2020, scientific insights – including datasets, modelling results and code – have been shared and built upon by teams across multiple continents. Past epidemics have brought mathematical tools to new audiences, but the scale of Covid-19 has resulted in epidemiological ideas being exchanged across disciplines and borders as never before. If sustained, such collaborations and networks could be hugely valuable in tackling other global epidemic challenges in future.The events of last year have altered the dynamics of many diseases, beyond Covid-19, as seen in the disappearance of certain seasonal infections or the disruption of vaccination programmes. Had the pandemic not happened, I would have spent much of 2020 abroad, setting up studies of influenza, Zika and dengue. When these projects eventually resume, will we see smaller outbreaks than before, or belated large epidemics? The pandemic has created a tragic “natural experiment”, a once-in-a-century jolt to disease ecosystems that could produce unexpected insights into immunity, social behaviour, seasonal effects and evolution. We’ve learned a lot about Covid-19 in the past 12 months, but there’s much more that modelling will help us discover in the coming years.

    #Covid-19#migrant#migration#sante#epidemiologie#modelisation#interactionsociales#reseau#immunité#pandemie

  • A Q&A about the new #coronavirus variant with the Fred Hutch scientist who’s been tracking its spread | The Seattle Times
    https://www.seattletimes.com/seattle-news/health/a-qa-about-the-new-coronavirus-variant-with-the-fred-hutch-scientist-w

    Q: You’ve said the new variant might be slightly less susceptible to vaccine-induced immunity, but that it isn’t different enough to completely foil existing vaccines. Why?

    A: The main reason I think that is because there’s a particular mutation in the U.K. variant that removes two different (portions) of the spike protein, and that tucks in a bit of protein that was sticking out and was an antibody target. So it removes that target for antibodies.

    And there was a study from a lab in Cambridge where they took serum from people who had recovered from #COVID and measured it against wild type virus and against viruses that have this deletion. And they saw that the antibodies of the recovered individuals neutralize the mutated virus significantly less than the wild type virus.

    If I had to hazard a guess, I believe we could see a modest reduction, like from 95% vaccine effectiveness to 85% or so, but I don’t think it would really severely inhibit the vaccine.

    [...]

    Q: What does the rapid emergence of this new variant suggest about the future? Are we going to eventually see strains that are resistant to all of vaccines?

    A: It was surprising to me, and I think, to most evolutionary virologists. The evolutionary mechanism definitely appears to be selection for more transmissibility. The virus evolves to more transmissible because that’s what evolution is selecting for.

    Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity.

    However, my main expectation here comes from what we know about seasonal coronavirus, which account for 30% of common colds. We can look at their evolution and they seem to infect people every three years or so and evolve at a slightly slower rate than influenza. That suggests to me a kind of flu-like pattern where you might need to update the vaccine every two or three years, and where evolving strains might be able to reinfect people on that sort of time scale as well.

    #mutation #variante #vaccin #immunité #vaccination

    • Tu lis le texte, et en particulier :

      Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity .

      ...et tu te demandes comment qualifier les cerveaux qui ont pu décider qu’une immunité collective pouvait être souhaitable ou envisageable...

      A quand un mouvement de la société civile pour réclamer une politique d’éradication du virus dès maintenant, et sans attendre une campagne improbable de vaccination ?

  • Discordant neutralizing antibody and T cell responses in asymptomatic and mild #SARS-CoV-2 infection | Science Immunology
    https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabf3698.full

    ... the majority of individuals with mild or asymptomatic SARS-CoV-2 infection carry nAb complemented by multispecific T cell responses at 16-18 weeks after mild or asymptomatic SARS-CoV-2 infection.

    #immunité #anticorps

  • Defining the features and duration of antibody responses to #SARS-CoV-2 infection associated with disease severity and outcome | Science Immunology
    https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabe0240.full

    COVID-19 severity affected by proportion of antibodies targeting crucial viral protein, study finds | News Center | Stanford Medicine
    http://med.stanford.edu/news/all-news/2020/12/study-identifies-difference-between-severe-and-mild-covid-19.html

    “Although previous studies have assessed the overall antibody response to infection, we compared the viral proteins targeted by these antibodies,” Boyd said. “We found that the severity of the illness correlates with the ratio of antibodies recognizing domains of the spike protein compared with other nonprotective viral targets. Those people with mild illness tended to have a higher proportion of anti-spike antibodies, and those who died from their disease had more antibodies that recognized other parts of the virus.”

    The researchers caution, however, that although the study identified trends among a group of patients, there is still substantial variability in the immune response mounted by individual patients, particularly those with severe disease. 

    “Antibody responses are not likely to be the sole determinant of someone’s outcome,” Boyd said. “Among people with severe disease, some die and some recover. Some of these patients mount a vigorous immune response, and others have a more moderate response. So, there are a lot of other things going on. There are also other branches of the immune system involved. It’s important to note that our results identify correlations but don’t prove causation.”

    #immunité #anticorps #covid-19

  • Rapid generation of durable B cell memory to #SARS-CoV-2 spike and nucleocapsid proteins in COVID-19 and convalescence | Science Immunology
    https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabf8891.full

    [...] antibodies are detectable from approximately 6 days after PCR confirmation of infection, and those directed against spike receptor binding domain (RBD) show neutralizing capacity and hence, can prevent infection. However, the rapid decline of anti-SARS-CoV-2 serum IgG levels beyond 20 days post-diagnosis and the transient presence of circulating plasmablasts have led to questions about the longevity of immunity. In contrast, antigen-specific memory T cells and memory B (#Bmem) cells can be detected in convalescence. As these memory cells are programmed to respond rapidly upon subsequent antigen encounter, it is reasonable to hypothesize that these long-lived memory cells provide durable long-term immunity (4, 25). However, detailed insight into the nature and longevity of the Bmem cell compartment specific to SARS-CoV-2 is currently still unresolved.

    We extensively characterized the SARS-CoV-2-specific Bmem cell compartment using unique sets of fluorescently-labeled recombinant tetramers of the SARS-CoV-2 RBD and NCP antigens in combination with an extensive flow cytometry panel. The SARS-CoV-2-specific Bmem cells were quantified and characterized in 36 samples from 25 patients with COVID-19 or in convalescence. Circulating RBD- and NCP-specific Bmem cell subsets were detected early after infection and persisted over 242 days post-symptom onset. Early after infection, antigen-specific Bmem cells predominantly expressed IgM, followed over time by a predominance of IgG1. RBD-specific Bmem cell numbers were found to positively correlate with circulating TFH cell numbers suggesting prolonged germinal center (GC) activity. These analyses highlight that a decline in serum antibodies in convalescence may not reflect waning of immunity, but rather a contraction of the immune response with the development and persistence of B cell memory.

    #Covid-19 : une réponse immunitaire qui persiste au moins huit mois après les premiers symptômes
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/12/24/covid-19-une-reponse-immunitaire-qui-persiste-au-moins-huit-mois-apres-les-p

    Une étude australienne, publiée mardi 22 décembre dans la revue Science Immunology, offre un nouvel éclairage. Elle montre, chez 25 patients atteints du Covid-19 à des degrés variables puis convalescents, la présence d’une #immunité durable – au moins huit mois – qui mobilise des cellules B « mémoires », c’est-à-dire spécialisées contre ce virus.

    Ce résultat s’ajoute à ceux de quatre autres publications, qui toutes parviennent à une conclusion analogue. « Après une infection naturelle, ce virus peut déclencher la production de #cellules_mémoires spécifiques qui persistent un certain temps dans l’organisme. Cela laisse espérer que la #vaccination saura mobiliser ces mêmes cellules d’une manière au moins aussi efficace », estime Simon Fillatreau, professeur d’immunologie à l’Institut Necker - Enfants malades (AP-HP, Inserm, CNRS, Université de Paris).