• Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • Kinetics of antibody responses dictate #COVID-19 outcome | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.18.20248331v1

    While high anti-S IgG levels correlated with worse disease severity, such correlation was time-dependent. Deceased patients did not have higher overall humoral response than live discharged patients. However, they mounted a robust, yet delayed response, measured by anti-S, anti-RBD IgG, and neutralizing antibody (NAb) levels, compared to survivors. Delayed #seroconversion kinetics correlated with impaired viral control in deceased patients. Finally, while sera from 89% of patients displayed some neutralization capacity during their disease course, NAb generation prior to 14 days of disease onset emerged as a key factor for recovery. These data indicate that COVID-19 mortality does not correlate with the cross-sectional antiviral antibody levels per se, but rather with the delayed kinetics of NAb production.

    #immunité #anticorps

  • #Covid-19 : pourquoi une infection par le SARS-CoV-2 n’est pas toujours synonyme d’un test sérologique positif
    https://theconversation.com/covid-19-pourquoi-une-infection-par-le-sars-cov-2-nest-pas-toujours

    TC : La charge virale déterminerait donc la sévérité de l’infection ?

    SF-K : Elle y contribue, mais on ne peut pas dire qu’à elle seule elle détermine la gravité de la maladie. Ce n’est probablement pas l’unique paramètre. On découvre par exemple que certaines personnes ne produisent pas beaucoup d’interféron, ou ont des auto-anticorps anti-interférons (qui s’attaquent donc à leurs propres interférons et affaiblissent leurs défenses…). La réponse est probablement multifactorielle, dépendant du bagage immunitaire, de la génétique…

    • ... théoriquement on peut imaginer que l’organisme parvienne à se débarrasser du coronavirus sans recourir aux anticorps ?

      SF-K : Oui, effectivement. Lorsque nous avons vérifié la réponse des lymphocytes T des partenaires qui avaient eu des symptômes mais étaient séronégatifs, on a constaté que chez plusieurs d’entre eux, elle était du même type que celle de leur partenaire « cas index ». Cela signifie qu’ils ont probablement été exposé au virus. Leur réponse T a peut-être été tellement efficace qu’elle a éliminé le virus, ou qu’ils n’ont eu besoin que de peu d’anticorps pour y parvenir, lesquels sont en quantité si faibles qu’ils n’ont pas pu être détectés ou ont disparu rapidement ensuite.

      Reste le cas des patients symptomatiques qui n’ont ni anticorps, ni réponse cellulaire T significative. Chez eux, on peut imaginer que la réponse immunitaire innée, immédiate, a suffi à éliminer le virus. Ils n’auraient donc pas eu besoin de déclencher le reste du processus.

      #immunité

  • Immunological memory to SARS-CoV-2 assessed for up to 8 months after infection | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2021/01/06/science.abf4063.full

    #COVID-19 : De bonnes nouvelles sur le front de l’immunité | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-de-bonnes-nouvelles-sur-le-front-de-limmunite

    L’équipe de Jennifer M Dan du Center for Infectious Disease and Vaccine Research du La Jolla Institute for Immunology (Californie) a donc recruté plus de 180 hommes et femmes rétablis du COVID-19. 7% de ces participants avaient été hospitalisés mais la majorité avait développé une forme légère de la maladie. La plupart des participants ont fourni un échantillon de sang dès le 6è à 8è jour après l’apparition des symptômes. Les chercheurs ont pu suivre ainsi dans 254 échantillons au total, provenant de 188 cas de COVID-19, les anticorps, les cellules B (qui produisent les anticorps) et deux types de cellules T (qui tuent les cellules infectées). Ce suivi montre que :
    les anticorps, dont les anticorps dirigés contre les composants de la protéine de pointe, ne présentent que des baisses modestes 6 à 8 mois après l’apparition des symptômes ; les cellules T, ne montrent qu’une légère « décomposition » au fil du temps, les cellules B ont augmenté en nombre dans certains cas.

    Protective immunity against #SARS-CoV-2 could last eight months or more | EurekAlert! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2021-01/ljif-pia010621.php

    The team cautions that protective immunity does vary dramatically from person to person. In fact, the researchers saw a 100-fold range in the magnitude of immune memory. People with a weak immune memory may be vulnerable to a case of recurrent COVID-19 in the future, or they may be more likely to infect others.

    “There are some people that are way down at the bottom of how much immune memory they have, and maybe those people are a lot more susceptible to reinfection,” says Crotty.

    #immunité #anticorps

  • How modelling Covid has changed the way we think about epidemics | Coronavirus | The Guardian
    http://www.theguardian.com/commentisfree/2021/jan/04/covid-model-epidemic-collaboration-experiment
    https://i.guim.co.uk/img/media/00c5902c5c83fcee36c7e405c0e81c7810b62697/0_448_6720_4032/master/6720.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali

    Outbreak research should ideally be fast, reliable and publicly available. But the pressures of real-time Covid-19 analysis – which many academics have done in their spare time without dedicated funding – can force difficult choices. Should researchers prioritise updating scenarios for governments and health agencies, writing detailed papers describing their methods, or helping others adapt the models to answer different questions? These are not new problems, but the pandemic gave them new urgency. In the US, for example, the most comprehensive Covid-19 databases have been run by volunteers. The pandemic has flagged inefficient and unsustainable features of modelling and outbreak analysis, and illustrated that there is a clear need for change.
    Alongside coverage of specific modelling studies, mathematical concepts have also become part of everyday discussions. Whether talking about reproduction numbers, lags in data, or how vaccines might protect the non-vaccinated through “herd immunity”, journalists have started to think more deeply about epidemic dynamics. Prior to the outbreak, I never thought I’d end up fielding media requests to discuss a statistical parameter such as “K”, which quantifies the potential for super-spreading.Unfortunately, there have been challenges with coverage too. Some modelling results – particularly in the early stages of the pandemic – were widely misinterpreted, like the headlines in March suggesting half of the UK might have already been infected. Throughout summer and autumn, research groups also had to contend with media critics who misled the public with claims that the pandemic was over, dismissing warnings about the potential for a large second wave. Given the European epidemic waves to date, there can be little doubt that in the absence of control measures, Covid-19 would have been catastrophic for our health systems. Across the world, populations altered their behaviour in response to growing epidemics, but the extent of this unprecedented shift – and its effect on spread – was extremely hard to predict at the start of last year. Although infections such as Ebola and Sars have previously spurred behaviour change, Covid-19 triggered shutdowns of society on a scale unseen since the 1918 influenza pandemic.
    As well as modelling the spread of disease, researchers have had to track the dynamics of social behaviour. Because of modern digital footprints, they have been able to do this in more detail than ever, providing unique insights into how individuals and communities respond to outbreaks. These behavioural changes, whether driven by explicit government policies or local awareness of infection risk, have in turn had complex social, economic and health impacts. Untangling such effects will no doubt be the subject of research far into the future.Covid-19 has cemented a growing trend for research teams that work across multiple aspects of disease dynamics, from modelling and epidemiology to immunology and human behaviour. In the UK, researchers involved in modelling the disease have set up studies of social interactions and infection levels within communities, with these datasets then feeding back into new models.
    As well as interdisciplinary links, there have also been new international connections. Political responses to the pandemic have been country-specific, but throughout 2020, scientific insights – including datasets, modelling results and code – have been shared and built upon by teams across multiple continents. Past epidemics have brought mathematical tools to new audiences, but the scale of Covid-19 has resulted in epidemiological ideas being exchanged across disciplines and borders as never before. If sustained, such collaborations and networks could be hugely valuable in tackling other global epidemic challenges in future.The events of last year have altered the dynamics of many diseases, beyond Covid-19, as seen in the disappearance of certain seasonal infections or the disruption of vaccination programmes. Had the pandemic not happened, I would have spent much of 2020 abroad, setting up studies of influenza, Zika and dengue. When these projects eventually resume, will we see smaller outbreaks than before, or belated large epidemics? The pandemic has created a tragic “natural experiment”, a once-in-a-century jolt to disease ecosystems that could produce unexpected insights into immunity, social behaviour, seasonal effects and evolution. We’ve learned a lot about Covid-19 in the past 12 months, but there’s much more that modelling will help us discover in the coming years.

    #Covid-19#migrant#migration#sante#epidemiologie#modelisation#interactionsociales#reseau#immunité#pandemie

  • A Q&A about the new #coronavirus variant with the Fred Hutch scientist who’s been tracking its spread | The Seattle Times
    https://www.seattletimes.com/seattle-news/health/a-qa-about-the-new-coronavirus-variant-with-the-fred-hutch-scientist-w

    Q: You’ve said the new variant might be slightly less susceptible to vaccine-induced immunity, but that it isn’t different enough to completely foil existing vaccines. Why?

    A: The main reason I think that is because there’s a particular mutation in the U.K. variant that removes two different (portions) of the spike protein, and that tucks in a bit of protein that was sticking out and was an antibody target. So it removes that target for antibodies.

    And there was a study from a lab in Cambridge where they took serum from people who had recovered from #COVID and measured it against wild type virus and against viruses that have this deletion. And they saw that the antibodies of the recovered individuals neutralize the mutated virus significantly less than the wild type virus.

    If I had to hazard a guess, I believe we could see a modest reduction, like from 95% vaccine effectiveness to 85% or so, but I don’t think it would really severely inhibit the vaccine.

    [...]

    Q: What does the rapid emergence of this new variant suggest about the future? Are we going to eventually see strains that are resistant to all of vaccines?

    A: It was surprising to me, and I think, to most evolutionary virologists. The evolutionary mechanism definitely appears to be selection for more transmissibility. The virus evolves to more transmissible because that’s what evolution is selecting for.

    Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity.

    However, my main expectation here comes from what we know about seasonal coronavirus, which account for 30% of common colds. We can look at their evolution and they seem to infect people every three years or so and evolve at a slightly slower rate than influenza. That suggests to me a kind of flu-like pattern where you might need to update the vaccine every two or three years, and where evolving strains might be able to reinfect people on that sort of time scale as well.

    #mutation #variante #vaccin #immunité #vaccination

    • Tu lis le texte, et en particulier :

      Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity .

      ...et tu te demandes comment qualifier les cerveaux qui ont pu décider qu’une immunité collective pouvait être souhaitable ou envisageable...

      A quand un mouvement de la société civile pour réclamer une politique d’éradication du virus dès maintenant, et sans attendre une campagne improbable de vaccination ?

  • #COVID-19 neutralizing antibodies predict disease severity and survival : Cell
    https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(20)31685-8

    Les taux d’#anticorps, y compris neutralisant, sont d’autant plus élevés que la maladie est sévère et les décès sont nombreux ;

    Le taux de survie dépend de la puissance des anticorps neutralisant

    Pas d’#immunité croisée avec des coronavirus qui n’ont pas (encore) franchi la barrière d’espèce.

    We examined antibody responses in 113 COVID-19 patients and found that severe cases resulting in intubation or death exhibited increased inflammatory markers, lymphopenia, pro-inflammatory cytokines, and high anti-RBD antibody levels.

    While anti-RBD IgG levels generally correlated with neutralization titer, quantitation of neutralization potency revealed that high potency was a predictor of survival. In addition to neutralization of wild-type SARS-CoV-2, patient sera were also able to neutralize the recently emerged SARS-CoV-2 mutant D614G, suggesting cross-protection from reinfection by either strain. However, SARS-CoV-2 sera generally lacked cross-neutralization to a highly-homologous pre-emergent bat coronavirus, WIV1-CoV, that has not yet crossed the species barrier. These results highlight the importance of neutralizing humoral immunity on disease progression and the need to develop broadly protective interventions to prevent future coronavirus pandemics.

  • Discordant neutralizing antibody and T cell responses in asymptomatic and mild #SARS-CoV-2 infection | Science Immunology
    https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabf3698.full

    ... the majority of individuals with mild or asymptomatic SARS-CoV-2 infection carry nAb complemented by multispecific T cell responses at 16-18 weeks after mild or asymptomatic SARS-CoV-2 infection.

    #immunité #anticorps

  • Defining the features and duration of antibody responses to #SARS-CoV-2 infection associated with disease severity and outcome | Science Immunology
    https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabe0240.full

    COVID-19 severity affected by proportion of antibodies targeting crucial viral protein, study finds | News Center | Stanford Medicine
    http://med.stanford.edu/news/all-news/2020/12/study-identifies-difference-between-severe-and-mild-covid-19.html

    “Although previous studies have assessed the overall antibody response to infection, we compared the viral proteins targeted by these antibodies,” Boyd said. “We found that the severity of the illness correlates with the ratio of antibodies recognizing domains of the spike protein compared with other nonprotective viral targets. Those people with mild illness tended to have a higher proportion of anti-spike antibodies, and those who died from their disease had more antibodies that recognized other parts of the virus.”

    The researchers caution, however, that although the study identified trends among a group of patients, there is still substantial variability in the immune response mounted by individual patients, particularly those with severe disease. 

    “Antibody responses are not likely to be the sole determinant of someone’s outcome,” Boyd said. “Among people with severe disease, some die and some recover. Some of these patients mount a vigorous immune response, and others have a more moderate response. So, there are a lot of other things going on. There are also other branches of the immune system involved. It’s important to note that our results identify correlations but don’t prove causation.”

    #immunité #anticorps #covid-19

  • Rapid generation of durable B cell memory to #SARS-CoV-2 spike and nucleocapsid proteins in COVID-19 and convalescence | Science Immunology
    https://immunology.sciencemag.org/content/5/54/eabf8891.full

    [...] antibodies are detectable from approximately 6 days after PCR confirmation of infection, and those directed against spike receptor binding domain (RBD) show neutralizing capacity and hence, can prevent infection. However, the rapid decline of anti-SARS-CoV-2 serum IgG levels beyond 20 days post-diagnosis and the transient presence of circulating plasmablasts have led to questions about the longevity of immunity. In contrast, antigen-specific memory T cells and memory B (#Bmem) cells can be detected in convalescence. As these memory cells are programmed to respond rapidly upon subsequent antigen encounter, it is reasonable to hypothesize that these long-lived memory cells provide durable long-term immunity (4, 25). However, detailed insight into the nature and longevity of the Bmem cell compartment specific to SARS-CoV-2 is currently still unresolved.

    We extensively characterized the SARS-CoV-2-specific Bmem cell compartment using unique sets of fluorescently-labeled recombinant tetramers of the SARS-CoV-2 RBD and NCP antigens in combination with an extensive flow cytometry panel. The SARS-CoV-2-specific Bmem cells were quantified and characterized in 36 samples from 25 patients with COVID-19 or in convalescence. Circulating RBD- and NCP-specific Bmem cell subsets were detected early after infection and persisted over 242 days post-symptom onset. Early after infection, antigen-specific Bmem cells predominantly expressed IgM, followed over time by a predominance of IgG1. RBD-specific Bmem cell numbers were found to positively correlate with circulating TFH cell numbers suggesting prolonged germinal center (GC) activity. These analyses highlight that a decline in serum antibodies in convalescence may not reflect waning of immunity, but rather a contraction of the immune response with the development and persistence of B cell memory.

    #Covid-19 : une réponse immunitaire qui persiste au moins huit mois après les premiers symptômes
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/12/24/covid-19-une-reponse-immunitaire-qui-persiste-au-moins-huit-mois-apres-les-p

    Une étude australienne, publiée mardi 22 décembre dans la revue Science Immunology, offre un nouvel éclairage. Elle montre, chez 25 patients atteints du Covid-19 à des degrés variables puis convalescents, la présence d’une #immunité durable – au moins huit mois – qui mobilise des cellules B « mémoires », c’est-à-dire spécialisées contre ce virus.

    Ce résultat s’ajoute à ceux de quatre autres publications, qui toutes parviennent à une conclusion analogue. « Après une infection naturelle, ce virus peut déclencher la production de #cellules_mémoires spécifiques qui persistent un certain temps dans l’organisme. Cela laisse espérer que la #vaccination saura mobiliser ces mêmes cellules d’une manière au moins aussi efficace », estime Simon Fillatreau, professeur d’immunologie à l’Institut Necker - Enfants malades (AP-HP, Inserm, CNRS, Université de Paris).

  • Early Release - Antibody Responses 8 Months after Asymptomatic or Mild #SARS-CoV-2 Infection - Volume 27, Number 3—March 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/3/20-4543_article

    Waning humoral immunity in coronavirus disease patients has raised concern over usefulness of serologic testing. We investigated antibody responses of 58 persons 8 months after asymptomatic or mildly symptomatic infection with severe acute respiratory syndrome #coronavirus 2. For 3 of 4 immunoassays used, seropositivity rates were high (69.0%–91.4%).

    #anticorps #immunité

  • Antibody Status and Incidence of SARS-CoV-2 Infection in Health Care Workers | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2034545

    Les anticorps développés après une infection par le #sars-cov2 sont protecteurs.

    BACKGROUND
    The relationship between the presence of antibodies to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the risk of subsequent reinfection remains unclear.

    METHODS
    We investigated the incidence of SARS-CoV-2 infection confirmed by polymerase chain reaction (PCR) in seropositive and seronegative health care workers attending testing of asymptomatic and symptomatic staff at Oxford University Hospitals in the United Kingdom. Baseline antibody status was determined by anti-spike (primary analysis) and anti-nucleocapsid IgG assays, and staff members were followed for up to 31 weeks. We estimated the relative incidence of PCR-positive test results and new symptomatic infection according to antibody status, adjusting for age, participant-reported gender, and changes in incidence over time.

    RESULTS
    A total of 12,541 health care workers participated and had anti-spike IgG measured; 11,364 were followed up after negative antibody results and 1265 after positive results, including 88 in whom seroconversion occurred during follow-up. A total of 223 anti-spike–seronegative health care workers had a positive PCR test (1.09 per 10,000 days at risk), 100 during screening while they were asymptomatic and 123 while symptomatic, whereas 2 anti-spike–seropositive health care workers had a positive PCR test (0.13 per 10,000 days at risk), and both workers were asymptomatic when tested (adjusted incidence rate ratio, 0.11; 95% confidence interval, 0.03 to 0.44; P=0.002). There were no symptomatic infections in workers with anti-spike antibodies. Rate ratios were similar when the anti-nucleocapsid IgG assay was used alone or in combination with the anti-spike IgG assay to determine baseline status.

    CONCLUSIONS
    The presence of anti-spike or anti-nucleocapsid IgG antibodies was associated with a substantially reduced risk of SARS-CoV-2 reinfection in the ensuing 6 months. (Funded by the U.K. Government Department of Health and Social Care and others.)

    #anticorps #immunité

  • #COVID-19 : premiers résultats d’une étude d’envergure menée grâce aux collaborateurs de l’Institut Curie sur la réponse immunitaire contre le SARS-CoV-2
    https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/covid-19-premiers-resultats-etude-envergure-menee-grace-aux-collaborateurs-i

    Près de 1 850 collaborateurs volontaires de l’Institut Curie, représentatifs d’une population active francilienne, ont participé à Curie-O-SA, une étude sérologique lancée en mai dernier en collaboration avec l’Institut Pasteur. Avec un taux d’infection au virus SRAS-CoV-2 compris entre 11 et 16,6% (dont 21% de personnes asymptomatiques), ces résultats révèlent donc une forte prévalence de l’immunisation et des réponses immunitaires plutôt brèves. Dans 5% des cas, l’infection est prouvée par un test RT-PCR mais ne conduit pas à la production d’anticorps. A la Une du numéro de janvier 2021 de l’European Journal of Immunology, cette étude est prolongée pendant un an.

    [...]

    Par ailleurs, dans les sérums obtenus 4 à 8 semaines après le premier prélèvement, les analyses ont mis en évidence que la durée de demi-vie (c’est-à-dire le temps pour que la concentration d’anticorps diminue de 50%) des anticorps neutralisants n’était que de 4 semaines. Au cours d’études rétrospectives, ceci pourrait entraîner une sous-estimation de la prévalence réelle de l’infection. Néanmoins, la perte des anticorps spécifiques circulants ne signifie pas nécessairement la perte de protection. En effet la séroconversion s’accompagne d’une persistance des cellules T et B « mémoires » spécifiques prolongeant l’immunité des individus.

    #asymptomatiques #immunité

  • Fauci Predicts U.S. Could See Signs Of Herd Immunity By Late March Or Early April : Coronavirus Updates : NPR
    https://www.npr.org/sections/coronavirus-live-updates/2020/12/15/946714505/fauci-predicts-u-s-could-see-signs-of-herd-immunity-by-late-march-or-early-apri

    Grâce aux vaccins; avec un grand « si » cependant,

    Marc Lipsitch sur Twitter : “There is a big if to this. Works if the vaccines strongly block infection/infectiousness/transmission like measles and mumps vaccines. Won’t work if vax effects mainly on illness, with more modest effects on transmission, like pneumococcal and acellular pertussis vaccines.” / Twitter
    https://twitter.com/mlipsitch/status/1338921331564351489

    #sars-cov2 #covid-19 #vaccins #immunité_de_groupe

  • Encore rares, les #réinfections nous donnent des indices sur le fonctionnement de l’#immunité
    https://www.courrierinternational.com/article/covid-19-encore-rares-les-reinfections-nous-donnent-des-indic

    Pour qu’une réinfection soit avérée, le patient doit avoir effectué deux tests PCR (réaction en chaîne par polymérase) positifs, sans avoir présenté de symptôme pendant au moins un mois entre les deux. Chantal Reusken, virologue à l’Institut néerlandais de la santé publique et de l’environnement (RIVM), précise toutefois qu’un deuxième test peut également être positif soit parce que le patient a gardé dans les voies respiratoires des résidus d’ARN viral non réplicatif issus de la primo-infection, soit parce qu’il avait jugulé le virus sans jamais véritablement l’éliminer.

    C’est pourquoi, explique Paul Moss, hématologue à l’université de Birmingham, la plupart des revues médicales veulent voir entre la première et la deuxième infection deux séquences virales à part entière, très différentes l’une de l’autre. “La barre est très haute, dit-il. Dans bien des cas, il n’y a même pas la moindre trace de matériel génétique [du virus].”

    Et même si cet ARN est présent, de nombreux laboratoires n’ont ni assez de temps ni assez d’argent pour le détecter. De ce fait, le nombre de réinfections attestées par des séquences génétiques reste très inférieur au nombre de suspicions de réinfection.

    #paywall

    Reinfections, still rare, provide clues on immunity | Science
    https://science.sciencemag.org/content/370/6519/895.full

    #covid-19

  • Decline in #SARS-CoV-2 Antibodies After Mild Infection Among Frontline Health Care Personnel in a Multistate Hospital Network — 12 States, April–August 2020 | MMWR
    https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6947a2.htm

    Deuxième dosage des anticorps 60 jours après la mise en evidence d’une séropositivité (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7470460) chez des sujets qui avaient développé une forme légère de la maladie.

    Summary

    What is already known about this topic?

    Most persons develop virus-specific antibodies to SARS-CoV-2 after infection; however, the timeline of antibody decline over time is uncertain.

    What is added by this report?

    Among 156 frontline health care personnel who had positive SARS-CoV-2 antibody test results in spring 2020, 94% experienced a decline at repeat testing approximately 60 days later, and 28% seroreverted to below the threshold of positivity. Participants with higher initial antibody responses were more likely to have antibodies detected at the follow-up test than were those who had a lower initial antibody response.

    What are the implications for public health practice?

    SARS-CoV-2 antibodies decline over weeks following acute infection. Negative SARS-CoV-2 serologic results do not exclude previous infection , which has significant impacts on how serologic studies are interpreted.

    [...]

    ... misclassification of antibody status was possible; however, this was considered to be unlikely because of the high sensitivity and specificity of the ELISA.

    These antibody declines might not equate to loss of protective immunity or increased risk for #reinfection; this was not assessed in this study.

    [...]

    Whether decay in these antibodies increases risk for reinfection and disease remains unanswered.

    #anticorps #immunité

  • #SARS-CoV-2 seroprevalence and antibody kinetics among health care workers in a Spanish hospital after three months of follow-up | The Journal of Infectious Diseases | Oxford Academic
    https://academic.oup.com/jid/advance-article/doi/10.1093/infdis/jiaa696/5974123

    #COVID-19 : L’infection reste détectable [au moins] 3 mois | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-linfection-reste-detectable-3-mois

    à 3 mois,

    [...]

    ... 97% maintiennent des taux détectables d’IgG. En fait, les niveaux d’IgG chez certains des participants ont même augmenté par rapport à la première analyse. Ce n’est pas la première étude à montrer que les niveaux d’#anticorps immunoglobuline G restent élevés chez les patients au moins 2 mois après l’infection.

    [...]

    Les personnes infectées sont-elles protégées contre la réinfection et un nouveau développement de la maladie ? La question se pose toujours.
    L’étude de cohorte se poursuit afin d’évaluer l’évolution de la #séroprévalence dans ce groupe à haut risque, la durée des anticorps détectables, y compris plusieurs isotypes et sous-classes de plusieurs antigènes, et leur rôle dans la protection contre la maladie et la réinfection.

    #immunité

  • Early Release - Cellular Immunity in #COVID-19 Convalescents with PCR-Confirmed Infection but with Undetectable SARS-CoV-2–Specific IgG - Volume 27, Number 1—January 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/1/20-3772_article

    La plupart des sujets PCR #SARS-CoV-2 positifs qui ne développent pas d’anticorps (60 jours après l’installation des symptômes), développent une #immunité_cellulaire (tout comme les sujets qui fabriquent des #anticorps)

    We investigated immune responses against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) among a group of convalescent, potential blood donors in Germany who had PCR-confirmed SARS-CoV-2 infection. Sixty days after onset of symptoms, 13/78 (17%) study participants had borderline or negative results to an ELISA detecting IgG against the S1 protein of SARS-CoV-2. We analyzed participants with PCR-confirmed infection who had strong antibody responses (ratio >3) as positive controls and participants without symptoms of SARS-CoV-2 infection and without household contact with infected patients as negative controls. Using interferon-γ ELISpot, we observed that 78% of PCR-positive volunteers with undetectable antibodies showed T cell immunity against SARS-CoV-2. We observed a similar frequency (80%) of T-cell immunity in convalescent donors with strong antibody responses but did not detect immunity in negative controls. We concluded that, in convalescent patients with undetectable SARS-CoV-2 IgG, immunity may be mediated through T cells.

    [...]

    According to our data in volunteers with confirmed SARS-CoV-2 infection, it could be speculated that the majority of persons with undetectable systemic IgG may presumably be protected by specific T-cell immunity, which would be good news for the control of the pandemic.

    #immunité

  • (Les enseignements de l’article sont plus larges que ne le laisse supposer le titre)

    #Covid-19 : la durée de la réponse immunitaire neutralisante plus longue chez les femmes que chez les hommes | Institut Pasteur
    https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/covid-19-duree-reponse-immunitaire-neutralisante-plus-longue-femmes-que-homm

    L’évolution de la réponse #anticorps contre le #SARS-CoV-2 chez les individus infectés reste mal caractérisée. Pour tenter d’élucider ces questions sur l’évolution de la réponse immunitaire, des équipes du CHU de Strasbourg et de l’Institut Pasteur ont suivi 308 membres du personnel hospitalier qui ont développé des formes légères de la COVID-19 ne nécessitant pas de prise en charge hospitalière.

    La présence d’anticorps anti SARS-CoV-2 a été mesurée par trois techniques différentes : deux ciblant la protéine Spike (S) du virus, et un test ciblant sa nucléocapside (N). L’activité neutralisante de ces différents anticorps a aussi été mesurée avec un test mesurant la capacité à bloquer le virus.

    Ces mesures ont révélé que les hommes de plus de 50 ans, ou ceux ayant un indice de masse corporelle (IMC) supérieure à 25, présentent des niveaux d’anticorps plus élevés à un mois après le début des symptômes, par rapport au reste des individus testés.

    Entre 3 et 6 mois, les anticorps anti-S et les anticorps neutralisants persistent respectivement chez 99% et 84% des individus. En revanche, les anticorps anti-N ne sont trouvés que chez 59% des individus. Ceci montre que selon le test utilisé, la #séroprévalence SARS-CoV-2 peut être sous-estimée .

    De plus, les chercheurs ont montré que le taux des anticorps anti-S et celui des anticorps neutralisants, entre 3 à 6 mois, baissent plus rapidement chez les hommes que chez les femmes, indépendamment de l’âge et de l’IMC. Ce résultat suggère que la durée d’immunité contre le SARS-CoV-2 serait plus longue chez les femmes que chez les hommes.

    [...]

    La prochaine étape sera d’étudier chez cette même cohorte l’autre aspect de la réponse immunitaire, la réponse cellulaire T, pour obtenir une vision globale sur la réponse immunitaire anti-SARS-CoV-2 et son évolution dans les formes légères de la COVID-19 », Pr. Samira Fafi-Kremer, directrice de l’Institut de Virologie de Strasbourg.

    #immunité #sérologie

  • Immunity to the #Coronavirus May Last Years, New Data Hint - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/11/17/health/coronavirus-immunity.html

    The research, published online, has not been peer-reviewed nor published in a scientific journal. But it is the most comprehensive and long-ranging study of immune memory to the coronavirus to date.

    “That amount of memory would likely prevent the vast majority of people from getting hospitalized disease, severe disease, for many years,” said Shane Crotty, a virologist at the La Jolla Institute of Immunology who co-led the new study.

    The findings are likely to come as a relief to experts worried that immunity to the virus might be short-lived, and that vaccines might have to be administered repeatedly to keep the pandemic under control.

    [..,]

    A study published last week also found that people who have recovered from #Covid-19 have powerful and protective killer immune cells even when antibodies are not detectable .

    These studies “are all by and large painting the same picture, which is that once you get past those first few critical weeks, the rest of the response looks pretty conventional,” said Deepta Bhattacharya, an immunologist at the University of Arizona.

    Akiko Iwasaki, an immunologist at Yale University, said she was not surprised that the body mounts a long-lasting response because “that’s what is supposed to happen.” Still, she was heartened by the research: “This is exciting news.”

    Sources :

    Immunological memory to #SARS-CoV-2 assessed for greater than six months after infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.15.383323v1

    Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8 + T cells | Nature Medicine
    https://www.nature.com/articles/s41591-020-01143-2

    #immunité_cellulaire #immunité

  • Antibody evolution may predict #COVID-19 outcomes | EurekAlert ! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-11/mgh-aem111320.php

    For COVID-19, the difference between surviving and not surviving severe disease may be due to the quality, not the quantity, of the patients’ antibody development and response, suggests a new Cell paper published by Galit Alter, PhD, a member of the Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard.

    [...]

    Compared to survivors, patients who passed from COVID-19 had antibodies that never fully developed the ability to strongly bind to Fc-receptors and therefore may not have been able to fully trigger immune killing activity.

    Alter’s group, led by Tomer Zohar, Carolin Loos, Stephanie Fischinger, and Caroline Atyeo, PhD, also found that survivors’ immune systems could recognize and target an area of the SARS-CoV-2 spike protein known as the S2-domain. The S2 domain is found in other coronaviruses that infect humans, so patients whose antibodies can target it may have pre-existing immunity to the S2 domain because of exposure to other, common coronaviruses.

    Patients with antibodies that can recognize S2 domains on different coronaviruses may be able to use this pre-existing immunity to generate killer antibodies faster and sooner following SARS-CoV-2 infection.

    “If we can further understand the importance of cross-coronavirus immunity,” says Zohar, “researchers may be able to design vaccines able to counteract a much broader range of coronaviruses.”

    #immunité #immunité_croisée

  • Assessment of #SARS-CoV-2 RNA Test Results Among Patients Who Recovered From COVID-19 With Prior Negative Results | Infectious Diseases | JAMA Internal Medicine | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2773053

    Parmi 176 personnes guéries du #COVID-19, le PCR est redevenu positif après un délai moyen de 48.6 jours chez 32 (18%), alors qu’ils étaient tous sauf 1 restés asymptomatiques.

    Une activité de réplication a été recherchée chez ces « re-positifs » et n’a été mise en évidence que chez la personne symptomatique (16 jours après la guérison, 39 jours après le diagnostic initial).

    Discussion

    Similar to that reported elsewhere,2 18% of patients with COVID-19 in our institution became RT-PCR positive for SARS-CoV-2 RNA after clinical recovery and previous negative results.5 As positivity in the patients was suggestive, but not necessarily a reflection, of viral carriage, we used replicative SARS-CoV-2 RNA detection as a proxy for virus replication in culture.4

    Only 1 of 32 patients retesting positive had replicating virus in the NOS sample, suggesting either recurrent infection or reinfection, which is impossible to separate because no whole-genome sequencing and phylogenetic analyses were performed.3 The patient retested positive 16 days after COVID-19 recovery (ie, 39 days from COVID-19 diagnosis) and was symptomatic. The patient was an older adult with hypertension, diabetes, and cardiovascular disease but no evidence of close contacts with people with SARS-CoV-2 infection or persons who became RT-PCR positive. In the 31 remaining patients (who were asymptomatic), their positive result likely represented either recurrent or resolving infection, but in either case, they were unlikely to be infectious. The limitations of our study are the lack of data from viral cultures or whole-genome sequencing analysis and the small sample size.

    Conclusions

    This study highlights that many patients who recovered from COVID-19 may be still positive (albeit at lower levels) for SARS-CoV-2 RNA, but only a minority of the patients may carry a replicating SARS-CoV-2 in the respiratory tract. Further studies are needed to verify whether such patients can transmit the virus.

  • Herd immunity policy in German schools leads to explosion of coronavirus infections - World Socialist Web Site
    https://www.wsws.org/en/articles/2020/11/14/coro-n14.html
    https://www.wsws.org/asset/a40fb223-abf1-42be-9461-b83776dba716?rendition=image1280

    The number of people infected with coronavirus in Germany continues to rise steadily, with more people being taken into hospital, intensive care units and needing ventilators every day. On Friday, the Robert Koch Institute (RKI) registered 23,542 COVID-19 infections in 24 hours, an all-time high. Over 600 new patients were admitted to intensive care units and another 218 patients died from the virus.

    This week, pharmaceutical companies Pfizer and BioNTech announced news of a possible breakthrough in the search for a COVID-19 vaccine. Other clinical studies also confirm that it may soon be technically possible to provide the world’s population with a vaccine against Sars-CoV-2. A possible end to the pandemic is thus within reach. And yet capitalist politicians refuse to do everything possible to protect the population.

    #allemagne #imunité_collective

  • #Covid-19 : de nouvelles données sur l´#immunité
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-nouvelles-donnees-immunite-83472

    La question de l’immunité engendrée par le coronavirus #SARS-CoV-2 défie encore les scientifiques. Deux médecins, l’un de l’université Emory d’Atlanta, l’autre du Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, se sont plongés dans la littérature scientifique récente pour essayer de faire émerger un schéma général de l’immunité adaptative déclenchée par le SARS-CoV-2 et son évolution au cours des semaines. Leur point de vue a été partagé par Jama.

    Le schéma général de la réponse immunitaire adaptative anti-SARS-CoV-2. La courbe du haut concerne les lymphocytes T et celle du bas les lymphocytes B et les anticorps. © David S. Stephen et Juliana Mc Elrath, Jama

    Source : COVID-19 and the Path to Immunity | Allergy and Clinical Immunology | JAMA | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2770758

    #immunité_cellulaire #immunité_humorale
    #immunité_adaptative

  • #SARS-CoV-2 responsive T cell numbers are associated with protection from COVID-19: A prospective cohort study in keyworkers | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.02.20222778v1

    Results T cells responsive to the spike (S), nuclear (N) and membrane proteins (M) dominated the responses measured. Using the sum of the spots (responsive cells within each well of 250,000 peripheral blood mononuclear cells) for S, N and M antigens minus the control, the 2,672 unselected participants were divided into those with higher responses (n=669, 25.4%; median 30 spots (IQR 18,54)) and those with low responses (n=2016, 76.7%, median 3 (IQR 1,6)), the cutoff we derived being 12 spots. Of the participants with higher T cell responses, 367 (53%) had detectable antibodies against the N or S proteins. During a median of 118 days follow-up, 20 participants with lower T cell responses developed COVID-19, compared with none in the population with high T cell responses (log-rank test, p=6×10−3).

    #immunité_cellulaire