• New Evidence Suggests #COVID-19 Vaccines Remain Effective Against #Variants
    https://www.npr.org/sections/health-shots/2021/06/09/1004738276/new-evidence-suggests-covid-19-vaccines-remain-effective-against-variants

    “What we showed is that the neutralizing antibodies are reduced about fivefold to the B.1.351 variant,” says Dan Barouch, director of the Center for Virology and Vaccine Research at Beth Israel Deaconess Medical Center in Boston. Under the new nomenclature proposed by the World Health Organization, B.1.351 is now called Beta. It first appeared in South Africa.

    “That’s very similar to what other investigators have shown with other vaccines,” he says. “But what we also showed is that there’s many other types of immune responses other than neutralizing antibodies, including binding antibodies, FC functional antibodies and T-cell responses.”

    And it’s that last immune response, the T-cell response, that Barouch says is critically important. Because T cells, particularly CD8 T cells, play a crucial role in preventing illness.

    […]

    “Those are the killer T cells,” Barouch says. “Those are the types of T cells that can basically seek out and destroy cells that are infected and help clear infection directly.”

    They don’t prevent infection; they help keep an infection from spreading.

    “The T-cell responses actually are not reduced — at all — to the variants,” Barouch says. It’s not just the Beta variant, but also the Alpha and Gamma variants.

    That may help explain why the Johnson & Johnson vaccine prevented serious disease when tested in volunteers South Africa, where worrisome variants are circulating.

    “The data is very solid,” says Alessandro Sette, an immunologist at the La Jolla Institute for Immunology. “Dan Barouch’s data really show very nicely that there is no appreciable decrease in [CD8 T-cell] reactivity.”

    Sette’s lab has had similar results with the Pfizer-BioNTech and Moderna COVID-19 vaccines. So has Marcela Maus at Massachusetts General Hospital. Although it will take studies in people to be certain the vaccines will work against variants, “Anything that generates a T-cell immune response to the #SARS-CoV-2, I would say has promise as being potentially protective,” Maus says.

    What’s not clear yet is how long the T-cell response will last, but several labs are working to answer that question.

    #immunité_cellulaire #vaccins

  • We Need To Get Real About How the Pandemic Will End - Insight
    https://www.theinsight.org/p/we-need-to-get-real-about-how-the

    If you look at a chart of deaths from AIDS, one of the greatest moral stains from our history jumps out. More people died of AIDS after we got the triple combination drug in 1995 that turned #HIV into a chronic condition for those who had access to it—but almost all the deaths happened outside the few wealthy countries that could afford it. Not until the mid-2000s, following much loss and activism, campaigns and pressure, did things finally change and drug access expand.

    The latest news from the United Kingdom, which has better genomic surveillance than almost any other country and thus can allow us to disentangle causes of outbreaks better, is not good. The B.1.617.2 variant, first identified in India, looks to be substantially more transmissible compared with even B.1.1.7, which was bad enough. The data is preliminary, and I really hope that the final estimate ends up as low as possible. But coupled with what we are observing in India and in Nepal, where it is rampant, I fear that the #variant is a genuine threat.

    In practical terms, to put it bluntly, it means that the odds that the pandemic will end because enough people have immunity via getting infected rather than being vaccinated just went way up. 

    We seem to be holding onto the comforting fiction that we will eventually get around to vaccinating people in countries that have so far either had success keeping out the pandemic completely, or have had small outbreaks before, while they just keep up mitigating a little longer. I do not believe that the story we tell ourselves is realistic.

    First, these countries can only hold the virus at bay for so long. Even quarantining all people arriving, and greatly limiting who comes in can only work for so long. See what’s happening in Taiwan: it takes only one slip-up plus a few amplifying events for a country to see its case load quickly rise. 

    Second, if a variant is more transmissible, all our “non-pharmaceutical” interventions will be much less able to hold them at the same level. Something even more transmissible than B.1.1.7 may be very, very hard to stop outside of vaccination (or, yes, immunity through mass infection).

    Three, some places have already been keeping out the virus for more than a year—that success can’t last forever.

    Four, those countries which lack both widespread prior immunity from previous outbreaks (like us!) and widespread vaccination (also like us!) are sitting ducks. Something like this variant can burn through such populations like a firestorm.

    #covid-19 #immunité #immunité_de_groupe #variants #transmission #vaccination #mortalité

  • Un ancien conseiller révèle que le plan d’immunité collective du gouvernement Johnson prévoyait 800.000 décès au Royaume-Uni - World Socialist Web Site
    https://www.wsws.org/fr/articles/2021/05/26/rucv-m26.html

    Des décès à plus grande échelle encore étaient activement envisagés à Downing Street. Dans le tweet 31, Cummings révèle : « Il y a eu un exercice PHE appelé Exercice NIMBUS dans un futur hypothétique le 14/4/20 avec des diapositives COBR simulées ».

    Le tweet indique qu’il y aurait une semaine supposée de pic le 13 mai 2020 et 33 millions de cas de Covid-19 dans la population sur une « vague de 16 semaines ». Il déclare à propos de ce scénario que les hôpitaux seraient pleins dès le 14 avril 2020 et qu’il y aurait plus de « 800K morts » et « les écoles devaient rester ouvertes (!!) » L’exercice s’est déroulé en mars 2020, dit-il, c’est-à-dire avant ou autour du moment où le gouvernement a été contraint d’imposer un confinement.

    Cummings cherche sans doute à prendre ses distances avec une politique d’immunité collective meurtrière dans laquelle il est impliqué et affirme maintenant que pratiquement aucun décès n’aurait eu lieu en Grande-Bretagne avec des « personnes compétentes aux commandes ». Le Sunday Times avait rapporté en mars 2020 que quelques semaines avant, fin février, Cummings avait exposé la stratégie du gouvernement lors d’une réunion privée. Un observateur a décrit la politique comme suit : « immunité collective, protéger l’économie et si cela veut dire la mort de quelques retraités, tant pis ».

  • Reaching ‘Herd Immunity’ Is Unlikely in the U.S., Experts Now Believe - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2021/05/03/health/covid-herd-immunity-vaccine.html

    Unnerving scenarios remain on the path to this long-term vision.

    Over time, if not enough people are protected, highly contagious #variants may develop that can break through vaccine protection, land people in the hospital and put them at risk of death.

    “That’s the nightmare scenario,” said Jeffrey Shaman, an epidemiologist at Columbia University.

    How frequent and how severe those breakthrough infections are have the potential to determine whether the United States can keep hospitalizations and deaths low or if the country will find itself in a “mad scramble” every couple of years, he said.

    #immunité #sars-cov2 #covid-19 #immunité_collective

  • Time-dependent heterogeneity leads to transient suppression of the COVID-19 epidemic, not herd immunity | PNAS
    https://www.pnas.org/content/118/17/e2015972118

    #COVID-19 : Pourquoi l’#immunité naturelle collective est un #leurre | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-pourquoi-limmunite-naturelle-collective-est-un-leurre

    Alexei Tkachenko rappelle que « nous n’avons pas tous la même susceptibilité à l’infection en raison de facteurs tels que l’âge, les problèmes de santé préexistants (comorbidités) et la génétique. De la même manière, nous n’avons pas le même niveau d’activité sociale. Nous différons dans notre nombre de contacts et dans la fréquence de nos interactions, y compris au cours des différentes saisons. Cette hétérogénéité biologique et sociale de la population affaiblit le seuil d’immunité collective ».

    – Ainsi, si les modèles épidémiologiques basés sur des populations homogènes (ou peu de variation biologique et sociale entre les individus), prédisent une valeur élevée pour le seuil d’immunité collective -soit par ex. si le nombre de reproduction R0=3, 67% de la population doivent être infectés ou vaccinés pour atteindre l’immunité collective ;

    – chez une population hétérogène et à hétérogénéité notamment sociale constante dans le temps le seuil d’immunité collective tombe à environ 42% ;

    – chez une population hétérogène et à hétérogénéité notamment sociale variable dans le temps, la prise en compte des variations de l’activité sociale au fil du temps aboutit à un seuil d’immunité collective encore plus faible soit ~ 22%- ce qui apporte une fausse impression que l’épidémie est terminée alors qu’en réalité seule une immunité collective transitoire a été trouvée.

    [...]

    De profondes implications pour les #politiques_publiques : ainsi, les mesures de distanciation, de confinement ou d’isolement, dont notamment le port du masque et l’interdiction des grands rassemblements, devraient être maintenues jusqu’à atteindre un véritable seuil d’#immunité_collective grâce à la #vaccination.

    #immunité_de_groupe

  • Les vaccins protègent aussi ceux qui ne les reçoivent pas Nathan Jeffay - 5 avril 2021 - Time of israel
    https://fr.timesofisrael.com/les-vaccins-protegent-aussi-ceux-qui-ne-les-recoivent-pas-etude-en

    Comme les médecins l’espéraient, les injections aident non seulement les personnes vaccinées, mais fournissent aussi une "protection croisée" au reste de la population.

    Les espoirs d’obtenir une immunité collective contre la COVID-19 ont reçu un coup de pouce majeur lundi, après qu’une nouvelle étude israélienne a montré que les personnes vaccinées protégeaient aussi ceux qui ne peuvent pas ou ne veulent pas se faire vacciner.

    L’étude, qui n’a pas encore été examinée par des pairs, a révélé que l’effet est si frappant, qu’avec chaque augmentation de 20 points des taux de vaccination des adultes dans une population donnée, le risque que les enfants y reçoivent un résultat de test positif est diminué de moitié.


    Des personnels médicaux et des malades, portant des masques, brandissent des drapeaux israéliens alors que les forces aériennes font une démonstration de vol acrobatique au dessus de l’hôpital Hillel Yaffe à Hadera, dans le nord d’Israël, le 29 avril 2020. (Crédit ;Ariel Schalit/AP)

    Les taux d’infection en Israël ont considérablement baissé ces dernières semaines. Cela n’est pas surprenant, car il a été abondamment démontré qu’une personne qui prend le vaccin Pfizer-BioNTech, administré à ce jour à plus de la moitié de la population israélienne, est très peu susceptible de tomber malade de la COVID-19.

    Mais la recherche est limitée lorsqu’il s’agit de savoir si les vaccins réduisent le risque de transmission du virus.

    Les scientifiques ont remarqué le fait que les personnes qui ont attrapé la COVID-19 après une seule injection ont une charge virale plus faible et semblent donc moins susceptibles de transmettre le virus. Mais il n’est pas encore tout à fait clair comment ce fait se traduit dans la vie réelle : les personnes non vaccinées sont-elles réellement plus à l’abri du virus lorsque leur entourage est vacciné ?

    Il s’agit d’une question importante étant donné le fait que si des vaccins sont en passe d’être approuvés prochainement pour les enfants âgés de 12 ans et plus, les moins de 12 ans ne seront pas vaccinés dans un futur proche, et environ un million d’Israéliens adultes n’ont pas été vaccinés. Le personnel des organisations médicales ne pense convaincre qu’environ la moitié d’entre eux.

    La nouvelle recherche répond par un « oui » retentissant à la question de savoir si les personnes vaccinées protègent leur entourage. Elle a examiné les données médicales provenant d’enfants – qui ne peuvent pas encore recevoir de vaccins – dans quelque 223 communautés israéliennes et a constaté que, plus la vaccination est répandue parmi les adultes de l’entourage, moins les enfants sont susceptibles d’être testés positifs.

    « Ces résultats fournissent des preuves fondées sur l’observation que la vaccination protège non seulement les vaccinés individuels, mais fournit également une protection croisée aux personnes non vaccinées de la communauté », ont écrit les chercheurs de l’Institut technologique Technion-Israel et des services de santé Maccabi.

    Les enfants ont fourni l’échantillon d’étude idéal, car ils ne sont pas vaccinés – à de très rares exceptions. Mais la question clé à laquelle ils permettent de répondre concerne les adultes. Ceux qui ne sont pas vaccinés parce qu’ils refusent ou ne peuvent pas se faire vacciner pour des raisons médicales sont-ils protégés par la vaccination d’autrui ?

    Si la réponse est oui, comme le suggère la recherche, cela indique qu’en dépit de toute l’incertitude quant au pourcentage de vaccination dont une société a besoin pour obtenir l’immunité collective, Israël va fermement dans cette direction. Et d’autres populations qui vaccinent largement le seront aussi.

    La recherche, qui a été publiée en ligne, a comparé le taux de vaccination chez les adultes sur des intervalles de trois semaines, par rapport aux données de test COVID d’enfants de l’entourage 35 jours plus tard. Ils ont trouvé une corrélation claire entre l’ampleur de la vaccination des adultes et l’ampleur de la baisse de résultats positifs chez les tests des enfants.

    « Nous constatons que des taux de vaccination plus élevés sont associés à un taux d’infection plus faible plus tard chez le groupe non vacciné », ont déclaré les chercheurs, dirigés par Tal Patalon de Maccabi et le professeur Roy Kishony du Technion.

    Pendant plusieurs semaines, les médecins se sont montrés prudents lorsqu’il s’agissait de discuter d’immunité collective, en raison du peu de données soutenant l’idée que les vaccins empêchent la transmission, et du sentiment qu’Israël s’approche d’un maximum en termes de taux de vaccination, car la plupart des adultes ont reçu des vaccins mais les enfants ne le peuvent pas.

    A présent, avec la publication de cette étude et le début des préparatifs pour vacciner les enfants de 12 à 15 ans – après que Pfizer a trouvé ses vaccins très efficaces concernant ce groupe d’âge – l’immunité collective est une fois de plus fermement à l’ordre du jour.

    #covid-19 #immunité #coronavirus #sars-cov-2 #immunité_collective #vaccin #vaccination #confinement #vaccins #immunité_de_groupe #santé #pandémie #sars-cov2

  • Dans un contexte de nouvelle vague de #covid-19 aux #Etats-Unis

    Dr. Tom Frieden sur Twitter : “If we just chase the number vaccinated, we miss the point. We want maximum impact from vaccine—for fairness, to reduce deaths, to reduce cases, and to reduce risk of emergence of even more dangerous variants. 14/” /

    “100 million people in US have received 1 dose of vaccine. But about 50 million people over 50 (~37M age 50-64 and ~13M 60+) haven’t been vaccinated. Vaccinating these folks, who are disproportionately Black & Latinx, will prevent many more deaths than vaccinating young folks. 15/“

    https://twitter.com/DrTomFrieden/status/1378110381483294723

    Dr. Tom Frieden sur Twitter :
    “[...] a single well-targeted #vaccination could save 10x more lives and prevent 100x more cases than vaccinating a low-risk person in a low-risk community. This is the essential fact we must act on. Equity isn’t only good ethics. It’s essential for epidemic control. 21/” / Twitter
    https://twitter.com/DrTomFrieden/status/1378110395462860803

    #ciblage

  • Five reasons why COVID herd immunity is probably impossible
    https://www.nature.com/articles/d41586-021-00728-2

    De la difficulté à établir des modèles de prévision du fait de la variabilité des comportements humains

    The most challenging aspects of modeling #COVID-19 are the sociological components, Meyers says. “What we know about human behaviour up until now is really thrown out of the window because we are living in unprecedented times and behaving in unprecedented ways.” Meyers and others are trying to adjust their models on the fly to account for shifts in behaviours such as mask wearing and social distancing.

    Sur l’importance des mesures barrières même après #vaccination :

    To understand the additive effects of behaviour and immunity, consider that this flu season has been unusually mild. “Influenza is probably not less transmissible than COVID-19,” Scarpino says. “Almost certainly, the reason why flu did not show up this year is because we typically have about 30% of the population immune because they’ve been infected in previous years, and you get vaccination covering maybe another 30%. So you’re probably sitting at 60% or so immune.” Add mask wearing and social distancing, and “the flu just can’t make it”, Scarpino says. This back-of-the-envelope calculation shows how behaviour can change the equation, and why more people would need to be immunized to attain herd immunity as people stop practising behaviours such as social distancing.

    Changer d’espérance :

    Ending transmission of the virus is one way to return to normal. But another could be preventing severe disease and death, says Stefan Flasche, a vaccine epidemiologist at the London School of Hygiene & Tropical Medicine. Given what is known about COVID-19 so far, “reaching herd immunity through vaccines alone is going to be rather unlikely”, he says. It’s time for more realistic expectations. The vaccine is “an absolutely astonishing development”, but it’s unlikely to completely halt the spread, so we need to think of how we can live with the virus, Flasche says. This isn’t as grim as it might sound. Even without herd immunity, the ability to vaccinate vulnerable people seems to be reducing hospitalizations and deaths from COVID-19. The disease might not disappear any time soon, but its prominence is likely to wane.

    #immunité_de_groupe

    • Vaccinating quickly and thoroughly can prevent a new variant from gaining a foothold. But again, the unevenness of vaccine roll-outs creates a challenge, Ferrari says. “You’ve got a fair bit of immunity, but you still have a fair bit of disease, and you’re stuck in the middle.” Vaccines will almost inevitably create new evolutionary pressures that produce #variants, which is a good reason to build infrastructure and processes to monitor for them, he adds.

  • A City in Brazil’s Amazon Rain Forest Is a Stark Warning about COVID to the Rest of the World - Scientific American
    https://www.scientificamerican.com/article/a-city-in-brazils-amazon-rain-forest-is-a-stark-warning-about-co

    the dire scenes in the Amazon—hospital systems collapsing, grave diggers carving out trenches for mass graves shared by multiple bodies, and families desperately queuing for oxygen supplies—will send a clear message: “Herd immunity through infection, instead of a vaccine, only comes with an enormous amount of illness and death,” Hanage says.

  • Negligible impact of #SARS-CoV-2 variants on CD4+ and CD8+ T cell reactivity in COVID-19 exposed donors and vaccinees | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.27.433180v1

    Le Doc sur Twitter : « Il n’y a pas que des mauvaise nouvelles ! #COVID19 L’’#immunité liée aux lymphocytes T (CD4/CD8) est peu affectée par les mutations du SARS-CoV-2 #B117 🇬🇧 #B1351🇿🇦 #P1🇧🇷 et #Cal20C🇺🇸 L’immunité ne se réduit pas aux anticorps, et c’est en l’occurence une chance et un espoir » / Twitter
    https://twitter.com/Le___Doc/status/1371232273845125127

    #immunité_cellulaire

  • #Covid-19, le scénario noir : et si c’était parti pour durer... des années (avec des milliers de morts chaque année) ?
    https://atlantico.fr/article/decryptage/covid-19-le-scenario-noir---et-si-c-etait-parti-pour-durer----des-annees--

    [Claude-Alexandre Gustave ] Beaucoup on traduit cela en « il faut vivre avec le virus ». C’est pourtant une grave erreur car en l’état actuel, cela se traduirait par un pays durablement handicapé, avec de multiples pans économiques et activités à l’arrêt sans perspective d’ouverture, et de multiples restrictions durables, pour simplement espérer éviter l’effondrement du système de soins submergé par l’afflux de patient en état grave (sans même parler de la mortalité, et des COVID longues et autres séquelles de la COVID au long cours). A cela s’ajoute la nécessité de déprogrammer toujours plus de soins pour ouvrir de nouvelles capacités d’accueil pour les COVID sévères. Avec une telle approche, on dépend alors totalement de la vaccination et de ses aléas de production, d’approvisionnement… On se rassure alors en évoquant l’adaptation rapide des vaccins à ARNm face aux nouveaux variants. Cela se heurte tout d’abord à une incertitude quant à l’efficacité de ces mises à jour ; puis aux capacités de production qui seraient durablement sous tension maximale et probablement dépassées. Enfin, pour mettre à jour les vaccins, il faut d’abord assurer une surveillance virologique intense pour repérer précocement les nouveaux variants susceptibles d’échapper à l’immunité vaccinale. Et là, l’Occident, à l’exception du Danemark ou du Royaume-Uni, est clairement en grande difficulté puisque les capacités de séquençage virologique sont notoirement insuffisantes. De plus, contrairement à la grippe, nous ne bénéficieront pas d’un décalage saisonnier entre les hémisphères pour anticiper la composition vaccinale. Nous engageons donc une course sans fin, entre les variants d’une part, et l’adaptation vaccinale d’autre part. Comme le rappelait l’OMS via son conseiller scientifique (Dr. Aylward) : « les pays qui misent tout sur la vaccination vont perdre », ou via son directeur du programme d’urgence sanitaire (Dr. Ryan) : « les vaccins seuls ne peuvent pas faire tout le job » .

    • On entend souvent que « les virus évoluent pour devenir plus contagieux et moins virulents » ! C’est un lieu commun qui n’a que peu ou pas de support scientifique. Un virus n’a pas de stratégie, il n’est même pas vivant. C’est simplement une information génétique (un génome) empaqueté dans des protéines (nucléocapside), parfois enrobé dans une membrane lipidique (enveloppe). Tant que cette entité peut accéder à un hôte (en l’occurrence nos cellules), elle peut se répliquer. Chez un seul infecté, des trillions de particules virales sont produites. Ce sont autant de réplications et donc autant d’occasion d’acquérir des mutations. Le génome de SARS-CoV-2 ne contient que 30000 nucléotides (cibles de ces mutations). On comprend donc aisément qu’à l’échelle d’une population d’individus infectés, chaque mutant possible existe à chaque instant en au moins 1 exemplaire, chez au moins 1 infecté. Parmi tous ces mutants, certains ne sont pas fonctionnels ni même stables, ils sont spontanément éliminés et indétectables à notre échelle. D’autres mutants s’associent à des changements dits « phénotypiques », c’est-à-dire qu’ils modifient la structure et/ou le comportement du virus. Selon les conditions, ces mutants peuvent acquérir un avantage sélectif capable de promouvoir leur diffusion préférentiellement aux autres lignées virales. Croire que cette sélection se fait toujours dans le sens d’un virus plus contagieux et moins virulent est une erreur. L’exemple du variant britannique B.1.1.7 l’illustre bien : il est 50% plus transmissible et 64% plus létal.

      #immunité_collective #Claude-Alexandre_Gustave

  • #COVID-19 : Israël pourrait ralentir le déconfinement malgré l’avancée de la #vaccination
    https://francais.medscape.com/voirarticle/3606939

    [...] alors que la moitié de la population a reçu au moins une dose du vaccin à ARN de Pfizer/BioNTec [...] l’Etat hébreu est confronté à une nouvelle hausse des infections, qui compromet un retour rapide à la « vie normale ».

    [...]

    Plusieurs causes peuvent expliquer ce regain de l’épidémie, qui reflète l’absence d’#immunité_collective. Tout d’abord, la hausse des transmissions coïncide avec la deuxième phase de déconfinement, qui s’est accompagnée de la réouverture des centres commerciaux et des lieux publics. Elle devrait aussi s’accentuer après les célébrations, le week-end dernier, de la fête religieuse du Pourim, qui a conduit à de nombreux rassemblements, malgré la mise en place d’un couvre-feu.

    A la suite de cet événement, « on va avoir d’ici quelques jours une hausse assez importante des cas d’infection », a précisé le Pr Cohen. Le déroulement de la troisième phase du déconfinement, prévue à partir du week-end prochain (1er week-end de mars), va dépendre de l’évolution de la situation. Mais, si la reprise de l’#école devrait être effective pour les adolescents de moins de 16 ans, la réouverture des bars et des restaurants apparait d’ores et déjà compromise, estime l’immunologue.

    Le #variant britannique, qui se retrouve désormais dans 90% des infections par le #SARS-CoV2 en Israël, favoriserait également la circulation du virus, notamment chez les plus jeunes. S’il est démontré que le #vaccin est efficace contre ce variant, des préoccupations persistent avec les #variants sud-africains, brésiliens ou encore new-yorkais.

    « On craint l’impact des variants du virus. Actuellement, 259 cas d’infection par le virus sud-africain sont recensés en Israël. Les personnes infectées sont suivies de très près » pour limiter la diffusion du virus, conclut le Pr Cohen.

    #enfants #vaccins

  • #COVID19 : mutations, #variants, lignées, N501Y, E484K… de quoi parle-t-on ?
    https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html

    Il semble évident que l’émergence de B.1.351 et P.1 (mais pas celle de B.1.1.7, du moins quand elle ne porte pas la mutation E484K) fait peser une menace sur les campagnes de #vaccination actuellement en cours. Les données sur les #vaccins Johnson & Johnson et Novavax, et surtout celles relatives au vaccin AstraZeneca, ne semblent pas rassurantes. Néanmoins, d’autres facteurs sont à considérer pour relativiser cette menace : en particulier, il n’existe aucune évidence à ce jour indiquant une perte d’efficacité de ces vaccins en termes de protection contre les formes sévères (et les hospitalisations). Les anticorps contre la protéine S ne sont pas l’unique forme d’#immunité engendrée par la vaccination : l’#immunité_cellulaire pourrait continuer à être active contre B.1.351 et P.1 (et protéger des hospitalisations).

    Les laboratoires producteurs de vaccins (par exemple Novavax, Pfizer ou Moderna) ont annoncé être déjà en cours de production de vaccins modifiés à partir de protéines S des lignées B.1.351 et P.1. Le scénario de rappels périodiques avec des vaccins adaptés aux lignées prédominantes du moment semble prendre corps.

  • How ‘killer’ T cells could boost COVID immunity in face of new variants
    https://www.nature.com/articles/d41586-021-00367-7

    T cells could also be more resistant than antibodies to threats posed by emerging #variants. Studies by Sette and his colleagues have shown that people who have been infected with #SARS-CoV-2 typically generate T cells that target at least 15–20 different fragments of coronavirus proteins1. But which protein snippets are used as targets can vary widely from person to person, meaning that a population will generate a large variety of T cells that could snare a virus. “That makes it very hard for the virus to mutate to escape cell recognition,” says Sette, “unlike the situation for antibodies.”

    So when laboratory tests showed that the 501Y.V2 variant identified in South Africa (also called B.1.351) is partially resistant to antibodies raised against previous coronavirus variants, researchers wondered whether T cells could be less vulnerable to its mutations.

    Early results suggest that this might be the case. In a preprint published on 9 February, researchers found that most T-cell responses to coronavirus vaccination or previous infection do not target regions that were mutated in two recently discovered variants, including 501Y.V22. Sette says that his group also has preliminary evidence that the vast majority of T-cell responses are unlikely to be affected by the mutations.

    [...]

    Some coronavirus vaccine developers are already looking at ways to develop next-generation vaccines that stimulate T cells more effectively. Antibodies detect only proteins outside cells, and many coronavirus vaccines target a protein called spike that decorates the surface of the virus. But the spike protein is “quite variable”, suggesting that it might be prone to mutating, says Karlsson, and raising the risk that emerging variants will be able to evade antibody detection.

    T cells, by contrast, can target viral proteins expressed inside infected cells, and some of those proteins are very stable, she says. This raises the possibility of designing vaccines against proteins that mutate less frequently than spike, and incorporating targets from multiple proteins into one vaccine.

    #covid-19 #immunité_cellulaire #vaccins

  • Seasonal human #coronavirus antibodies are boosted upon #SARS-CoV-2 infection but not associated with protection - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421001604

    Does Prior Exposure to Coronaviruses Protect You? | In the Pipeline
    https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2021/02/10/does-prior-exposure-to-coronaviruses-protect-you

    ... 20% of the[...] patients [previously infected with one or more of the “garden-variety” coronaviruses] raised antibodies that do cross-reaction with the Spike or nucleocapsid proteins of the current pandemic coronavirus. And what’s more, levels of such antibodies are elevated when a person in this group gets infected with SARS-Cov2: the immune system memory (as present in these patients’ B cells) responds by increasing production of the antibodies to the previous coronaviruses.

    But here’s the key part: “cross-react” does not mean “neutralize” and it does not mean “provide protection from”. These antibodies may or may not have been neutralizing against the other coronaviruses, but they don’t seem to have any such effect on the current one. And in keeping with that, having such cross-reactive antibodies seems to provide no protection against catching SARS-Cov2 or against being hospitalized with it if you do. There’s no difference in the infection/hospitalization rates of the people who had cross-reactive coronavirus serum antibodies ready to go versus those who didn’t. They’re basically useless.

    Now, you can still make an argument that the T cell component of immunity might provide some protection after a previous coronavirus infection. The current study didn’t address this directly, but after these results, it’s at least less likely that that’s happening.

    #immunité #immunité_croisée

  • SARS-CoV-2 induces human plasmacytoid predendritic cell diversification via UNC93B and IRAK4 | Journal of Experimental Medicine | Rockefeller University Press
    https://rupress.org/jem/article/218/4/e20201387/211734/SARS-CoV-2-induces-human-plasmacytoid-predendritic

    Covid-19 : ce que l’on sait de la réponse immunitaire à un stade précoce
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-ce-on-sait-reponse-immunitaire-stade-precoce-8

    Grâce à une collaboration étroite entre les équipes Inserm d’Ali Amara, virologue, et Vassili Soumelis, immunologiste à l’Institut de Recherche Saint-Louis (Université de Paris/Inserm/AP-HP), l’étude a pu caractériser la réponse immunitaire innée dans les 24 à 48 h suivant un contact avec le virus #SARS-CoV-2.

    [...]

    Les chercheurs ont utilisé des cellules immunitaires appelées « #plasmocytoïdes_pré-dendritiques » comme modèle de cellules immunitaires innées jouant un rôle essentiel dans l’#immunité antivirale en produisant de grandes quantités d’interféron-alpha — les #interférons sont des #cytokines (protéines) dont la production est induite suite à une infection virale, une infection bactérienne, une infection parasitaire ou à la présence de cellule tumorales. Leur fonction principale est d’interférer avec la réplication virale, mais ils ont également une action antibactérienne, antiproliférative et d’activation d’autres cellules immunitaires.

    Ils ont reconstitué la réponse immunitaire précoce au virus en mettant en contact ces cellules modèles avec des souches primaires de SARS-CoV-2 isolées à partir de patients atteints de #Covid-19.

    L’analyse de cette réponse reconstituée in vitro a permis de montrer que le SARS-CoV-2 induisait une activation efficace et complète des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques. Celles-ci produisaient alors des quantités importantes d’interféron-alpha (première ligne de défense contre les virus) et se différenciaient en cellules dendritiques capables d’activer les lymphocytes T (qui correspondent aux cellules de l’immunité spécifique). Les chercheurs ont par ailleurs pu montrer que cette activation des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques était partiellement inhibée par l’hydroxychloroquine, ce qui inciterait à la prudence dans l’utilisation de cette molécule.

    Dans une deuxième partie du travail, les équipes ont collaboré avec l’équipe de Jean-Laurent Casanova de l’Institut Imagine (Inserm/université de Paris/AP-HP) et de la Rockefeller University à New-York, afin d’étudier la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques issus de patients présentant des déficits génétiques pour certains gènes importants de l’#immunité_innée. L’objectif était de préciser les mécanismes moléculaires intervenant dans la réponse de ces cellules immunitaires au SARS-CoV-2.

    Ces expériences effectuées à partir de prélèvements directement obtenus des patients ont montré que la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques est dépendante des molécules UNC93B et IRAK-4, deux molécules importantes de l’immunité innée antivirale. L’ensemble de ce travail permet de préciser la réponse immunitaire précoce au virus SARS-CoV-2 ainsi que certains de ses déterminants moléculaires.

    L’étude suggère que le système immunitaire est naturellement armé pour répondre au SARS-CoV-2 et que des défauts dans la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques, notamment dans la production précoce d’interféron-alpha, pourraient contribuer à l’évolution de l’infection vers une forme grave.

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • Fauci Predicts U.S. Could See Signs Of Herd Immunity By Late March Or Early April : Coronavirus Updates : NPR
    https://www.npr.org/sections/coronavirus-live-updates/2020/12/15/946714505/fauci-predicts-u-s-could-see-signs-of-herd-immunity-by-late-march-or-early-apri

    Grâce aux vaccins; avec un grand « si » cependant,

    Marc Lipsitch sur Twitter : “There is a big if to this. Works if the vaccines strongly block infection/infectiousness/transmission like measles and mumps vaccines. Won’t work if vax effects mainly on illness, with more modest effects on transmission, like pneumococcal and acellular pertussis vaccines.” / Twitter
    https://twitter.com/mlipsitch/status/1338921331564351489

    #sars-cov2 #covid-19 #vaccins #immunité_de_groupe

  • Early Release - Cellular Immunity in #COVID-19 Convalescents with PCR-Confirmed Infection but with Undetectable SARS-CoV-2–Specific IgG - Volume 27, Number 1—January 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/1/20-3772_article

    La plupart des sujets PCR #SARS-CoV-2 positifs qui ne développent pas d’anticorps (60 jours après l’installation des symptômes), développent une #immunité_cellulaire (tout comme les sujets qui fabriquent des #anticorps)

    We investigated immune responses against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) among a group of convalescent, potential blood donors in Germany who had PCR-confirmed SARS-CoV-2 infection. Sixty days after onset of symptoms, 13/78 (17%) study participants had borderline or negative results to an ELISA detecting IgG against the S1 protein of SARS-CoV-2. We analyzed participants with PCR-confirmed infection who had strong antibody responses (ratio >3) as positive controls and participants without symptoms of SARS-CoV-2 infection and without household contact with infected patients as negative controls. Using interferon-γ ELISpot, we observed that 78% of PCR-positive volunteers with undetectable antibodies showed T cell immunity against SARS-CoV-2. We observed a similar frequency (80%) of T-cell immunity in convalescent donors with strong antibody responses but did not detect immunity in negative controls. We concluded that, in convalescent patients with undetectable SARS-CoV-2 IgG, immunity may be mediated through T cells.

    [...]

    According to our data in volunteers with confirmed SARS-CoV-2 infection, it could be speculated that the majority of persons with undetectable systemic IgG may presumably be protected by specific T-cell immunity, which would be good news for the control of the pandemic.

    #immunité

  • Immunity to the #Coronavirus May Last Years, New Data Hint - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/11/17/health/coronavirus-immunity.html

    The research, published online, has not been peer-reviewed nor published in a scientific journal. But it is the most comprehensive and long-ranging study of immune memory to the coronavirus to date.

    “That amount of memory would likely prevent the vast majority of people from getting hospitalized disease, severe disease, for many years,” said Shane Crotty, a virologist at the La Jolla Institute of Immunology who co-led the new study.

    The findings are likely to come as a relief to experts worried that immunity to the virus might be short-lived, and that vaccines might have to be administered repeatedly to keep the pandemic under control.

    [..,]

    A study published last week also found that people who have recovered from #Covid-19 have powerful and protective killer immune cells even when antibodies are not detectable .

    These studies “are all by and large painting the same picture, which is that once you get past those first few critical weeks, the rest of the response looks pretty conventional,” said Deepta Bhattacharya, an immunologist at the University of Arizona.

    Akiko Iwasaki, an immunologist at Yale University, said she was not surprised that the body mounts a long-lasting response because “that’s what is supposed to happen.” Still, she was heartened by the research: “This is exciting news.”

    Sources :

    Immunological memory to #SARS-CoV-2 assessed for greater than six months after infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.15.383323v1

    Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8 + T cells | Nature Medicine
    https://www.nature.com/articles/s41591-020-01143-2

    #immunité_cellulaire #immunité

  • Antibody evolution may predict #COVID-19 outcomes | EurekAlert ! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-11/mgh-aem111320.php

    For COVID-19, the difference between surviving and not surviving severe disease may be due to the quality, not the quantity, of the patients’ antibody development and response, suggests a new Cell paper published by Galit Alter, PhD, a member of the Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard.

    [...]

    Compared to survivors, patients who passed from COVID-19 had antibodies that never fully developed the ability to strongly bind to Fc-receptors and therefore may not have been able to fully trigger immune killing activity.

    Alter’s group, led by Tomer Zohar, Carolin Loos, Stephanie Fischinger, and Caroline Atyeo, PhD, also found that survivors’ immune systems could recognize and target an area of the SARS-CoV-2 spike protein known as the S2-domain. The S2 domain is found in other coronaviruses that infect humans, so patients whose antibodies can target it may have pre-existing immunity to the S2 domain because of exposure to other, common coronaviruses.

    Patients with antibodies that can recognize S2 domains on different coronaviruses may be able to use this pre-existing immunity to generate killer antibodies faster and sooner following SARS-CoV-2 infection.

    “If we can further understand the importance of cross-coronavirus immunity,” says Zohar, “researchers may be able to design vaccines able to counteract a much broader range of coronaviruses.”

    #immunité #immunité_croisée

  • Assessment of #SARS-CoV-2 RNA Test Results Among Patients Who Recovered From COVID-19 With Prior Negative Results | Infectious Diseases | JAMA Internal Medicine | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2773053

    Parmi 176 personnes guéries du #COVID-19, le PCR est redevenu positif après un délai moyen de 48.6 jours chez 32 (18%), alors qu’ils étaient tous sauf 1 restés asymptomatiques.

    Une activité de réplication a été recherchée chez ces « re-positifs » et n’a été mise en évidence que chez la personne symptomatique (16 jours après la guérison, 39 jours après le diagnostic initial).

    Discussion

    Similar to that reported elsewhere,2 18% of patients with COVID-19 in our institution became RT-PCR positive for SARS-CoV-2 RNA after clinical recovery and previous negative results.5 As positivity in the patients was suggestive, but not necessarily a reflection, of viral carriage, we used replicative SARS-CoV-2 RNA detection as a proxy for virus replication in culture.4

    Only 1 of 32 patients retesting positive had replicating virus in the NOS sample, suggesting either recurrent infection or reinfection, which is impossible to separate because no whole-genome sequencing and phylogenetic analyses were performed.3 The patient retested positive 16 days after COVID-19 recovery (ie, 39 days from COVID-19 diagnosis) and was symptomatic. The patient was an older adult with hypertension, diabetes, and cardiovascular disease but no evidence of close contacts with people with SARS-CoV-2 infection or persons who became RT-PCR positive. In the 31 remaining patients (who were asymptomatic), their positive result likely represented either recurrent or resolving infection, but in either case, they were unlikely to be infectious. The limitations of our study are the lack of data from viral cultures or whole-genome sequencing analysis and the small sample size.

    Conclusions

    This study highlights that many patients who recovered from COVID-19 may be still positive (albeit at lower levels) for SARS-CoV-2 RNA, but only a minority of the patients may carry a replicating SARS-CoV-2 in the respiratory tract. Further studies are needed to verify whether such patients can transmit the virus.

  • Herd immunity policy in German schools leads to explosion of coronavirus infections - World Socialist Web Site
    https://www.wsws.org/en/articles/2020/11/14/coro-n14.html
    https://www.wsws.org/asset/a40fb223-abf1-42be-9461-b83776dba716?rendition=image1280

    The number of people infected with coronavirus in Germany continues to rise steadily, with more people being taken into hospital, intensive care units and needing ventilators every day. On Friday, the Robert Koch Institute (RKI) registered 23,542 COVID-19 infections in 24 hours, an all-time high. Over 600 new patients were admitted to intensive care units and another 218 patients died from the virus.

    This week, pharmaceutical companies Pfizer and BioNTech announced news of a possible breakthrough in the search for a COVID-19 vaccine. Other clinical studies also confirm that it may soon be technically possible to provide the world’s population with a vaccine against Sars-CoV-2. A possible end to the pandemic is thus within reach. And yet capitalist politicians refuse to do everything possible to protect the population.

    #allemagne #imunité_collective