• A City in Brazil’s Amazon Rain Forest Is a Stark Warning about COVID to the Rest of the World - Scientific American
    https://www.scientificamerican.com/article/a-city-in-brazils-amazon-rain-forest-is-a-stark-warning-about-co

    the dire scenes in the Amazon—hospital systems collapsing, grave diggers carving out trenches for mass graves shared by multiple bodies, and families desperately queuing for oxygen supplies—will send a clear message: “Herd immunity through infection, instead of a vaccine, only comes with an enormous amount of illness and death,” Hanage says.

  • Negligible impact of #SARS-CoV-2 variants on CD4+ and CD8+ T cell reactivity in COVID-19 exposed donors and vaccinees | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.27.433180v1

    Le Doc sur Twitter : « Il n’y a pas que des mauvaise nouvelles ! #COVID19 L’’#immunité liée aux lymphocytes T (CD4/CD8) est peu affectée par les mutations du SARS-CoV-2 #B117 🇬🇧 #B1351🇿🇦 #P1🇧🇷 et #Cal20C🇺🇸 L’immunité ne se réduit pas aux anticorps, et c’est en l’occurence une chance et un espoir » / Twitter
    https://twitter.com/Le___Doc/status/1371232273845125127

    #immunité_cellulaire

  • #Covid-19, le scénario noir : et si c’était parti pour durer... des années (avec des milliers de morts chaque année) ?
    https://atlantico.fr/article/decryptage/covid-19-le-scenario-noir---et-si-c-etait-parti-pour-durer----des-annees--
    https://atlantico.imgix.net/image001_1_af8dc9c2e5.png?auto=compress=large

    [Claude-Alexandre Gustave ] Beaucoup on traduit cela en « il faut vivre avec le virus ». C’est pourtant une grave erreur car en l’état actuel, cela se traduirait par un pays durablement handicapé, avec de multiples pans économiques et activités à l’arrêt sans perspective d’ouverture, et de multiples restrictions durables, pour simplement espérer éviter l’effondrement du système de soins submergé par l’afflux de patient en état grave (sans même parler de la mortalité, et des COVID longues et autres séquelles de la COVID au long cours). A cela s’ajoute la nécessité de déprogrammer toujours plus de soins pour ouvrir de nouvelles capacités d’accueil pour les COVID sévères. Avec une telle approche, on dépend alors totalement de la vaccination et de ses aléas de production, d’approvisionnement… On se rassure alors en évoquant l’adaptation rapide des vaccins à ARNm face aux nouveaux variants. Cela se heurte tout d’abord à une incertitude quant à l’efficacité de ces mises à jour ; puis aux capacités de production qui seraient durablement sous tension maximale et probablement dépassées. Enfin, pour mettre à jour les vaccins, il faut d’abord assurer une surveillance virologique intense pour repérer précocement les nouveaux variants susceptibles d’échapper à l’immunité vaccinale. Et là, l’Occident, à l’exception du Danemark ou du Royaume-Uni, est clairement en grande difficulté puisque les capacités de séquençage virologique sont notoirement insuffisantes. De plus, contrairement à la grippe, nous ne bénéficieront pas d’un décalage saisonnier entre les hémisphères pour anticiper la composition vaccinale. Nous engageons donc une course sans fin, entre les variants d’une part, et l’adaptation vaccinale d’autre part. Comme le rappelait l’OMS via son conseiller scientifique (Dr. Aylward) : « les pays qui misent tout sur la vaccination vont perdre », ou via son directeur du programme d’urgence sanitaire (Dr. Ryan) : « les vaccins seuls ne peuvent pas faire tout le job » .

    • On entend souvent que « les virus évoluent pour devenir plus contagieux et moins virulents » ! C’est un lieu commun qui n’a que peu ou pas de support scientifique. Un virus n’a pas de stratégie, il n’est même pas vivant. C’est simplement une information génétique (un génome) empaqueté dans des protéines (nucléocapside), parfois enrobé dans une membrane lipidique (enveloppe). Tant que cette entité peut accéder à un hôte (en l’occurrence nos cellules), elle peut se répliquer. Chez un seul infecté, des trillions de particules virales sont produites. Ce sont autant de réplications et donc autant d’occasion d’acquérir des mutations. Le génome de SARS-CoV-2 ne contient que 30000 nucléotides (cibles de ces mutations). On comprend donc aisément qu’à l’échelle d’une population d’individus infectés, chaque mutant possible existe à chaque instant en au moins 1 exemplaire, chez au moins 1 infecté. Parmi tous ces mutants, certains ne sont pas fonctionnels ni même stables, ils sont spontanément éliminés et indétectables à notre échelle. D’autres mutants s’associent à des changements dits « phénotypiques », c’est-à-dire qu’ils modifient la structure et/ou le comportement du virus. Selon les conditions, ces mutants peuvent acquérir un avantage sélectif capable de promouvoir leur diffusion préférentiellement aux autres lignées virales. Croire que cette sélection se fait toujours dans le sens d’un virus plus contagieux et moins virulent est une erreur. L’exemple du variant britannique B.1.1.7 l’illustre bien : il est 50% plus transmissible et 64% plus létal.

      #immunité_collective #Claude-Alexandre_Gustave

  • #COVID-19 : Israël pourrait ralentir le déconfinement malgré l’avancée de la #vaccination
    https://francais.medscape.com/voirarticle/3606939

    [...] alors que la moitié de la population a reçu au moins une dose du vaccin à ARN de Pfizer/BioNTec [...] l’Etat hébreu est confronté à une nouvelle hausse des infections, qui compromet un retour rapide à la « vie normale ».

    [...]

    Plusieurs causes peuvent expliquer ce regain de l’épidémie, qui reflète l’absence d’#immunité_collective. Tout d’abord, la hausse des transmissions coïncide avec la deuxième phase de déconfinement, qui s’est accompagnée de la réouverture des centres commerciaux et des lieux publics. Elle devrait aussi s’accentuer après les célébrations, le week-end dernier, de la fête religieuse du Pourim, qui a conduit à de nombreux rassemblements, malgré la mise en place d’un couvre-feu.

    A la suite de cet événement, « on va avoir d’ici quelques jours une hausse assez importante des cas d’infection », a précisé le Pr Cohen. Le déroulement de la troisième phase du déconfinement, prévue à partir du week-end prochain (1er week-end de mars), va dépendre de l’évolution de la situation. Mais, si la reprise de l’#école devrait être effective pour les adolescents de moins de 16 ans, la réouverture des bars et des restaurants apparait d’ores et déjà compromise, estime l’immunologue.

    Le #variant britannique, qui se retrouve désormais dans 90% des infections par le #SARS-CoV2 en Israël, favoriserait également la circulation du virus, notamment chez les plus jeunes. S’il est démontré que le #vaccin est efficace contre ce variant, des préoccupations persistent avec les #variants sud-africains, brésiliens ou encore new-yorkais.

    « On craint l’impact des variants du virus. Actuellement, 259 cas d’infection par le virus sud-africain sont recensés en Israël. Les personnes infectées sont suivies de très près » pour limiter la diffusion du virus, conclut le Pr Cohen.

    #enfants #vaccins

  • #COVID19 : mutations, #variants, lignées, N501Y, E484K… de quoi parle-t-on ?
    https://www.vidal.fr/actualites/26672-covid-19-mutations-variants-lignees-n501y-e484k-de-quoi-parle-t-on.html

    Il semble évident que l’émergence de B.1.351 et P.1 (mais pas celle de B.1.1.7, du moins quand elle ne porte pas la mutation E484K) fait peser une menace sur les campagnes de #vaccination actuellement en cours. Les données sur les #vaccins Johnson & Johnson et Novavax, et surtout celles relatives au vaccin AstraZeneca, ne semblent pas rassurantes. Néanmoins, d’autres facteurs sont à considérer pour relativiser cette menace : en particulier, il n’existe aucune évidence à ce jour indiquant une perte d’efficacité de ces vaccins en termes de protection contre les formes sévères (et les hospitalisations). Les anticorps contre la protéine S ne sont pas l’unique forme d’#immunité engendrée par la vaccination : l’#immunité_cellulaire pourrait continuer à être active contre B.1.351 et P.1 (et protéger des hospitalisations).

    Les laboratoires producteurs de vaccins (par exemple Novavax, Pfizer ou Moderna) ont annoncé être déjà en cours de production de vaccins modifiés à partir de protéines S des lignées B.1.351 et P.1. Le scénario de rappels périodiques avec des vaccins adaptés aux lignées prédominantes du moment semble prendre corps.

  • How ‘killer’ T cells could boost COVID immunity in face of new variants
    https://www.nature.com/articles/d41586-021-00367-7

    T cells could also be more resistant than antibodies to threats posed by emerging #variants. Studies by Sette and his colleagues have shown that people who have been infected with #SARS-CoV-2 typically generate T cells that target at least 15–20 different fragments of coronavirus proteins1. But which protein snippets are used as targets can vary widely from person to person, meaning that a population will generate a large variety of T cells that could snare a virus. “That makes it very hard for the virus to mutate to escape cell recognition,” says Sette, “unlike the situation for antibodies.”

    So when laboratory tests showed that the 501Y.V2 variant identified in South Africa (also called B.1.351) is partially resistant to antibodies raised against previous coronavirus variants, researchers wondered whether T cells could be less vulnerable to its mutations.

    Early results suggest that this might be the case. In a preprint published on 9 February, researchers found that most T-cell responses to coronavirus vaccination or previous infection do not target regions that were mutated in two recently discovered variants, including 501Y.V22. Sette says that his group also has preliminary evidence that the vast majority of T-cell responses are unlikely to be affected by the mutations.

    [...]

    Some coronavirus vaccine developers are already looking at ways to develop next-generation vaccines that stimulate T cells more effectively. Antibodies detect only proteins outside cells, and many coronavirus vaccines target a protein called spike that decorates the surface of the virus. But the spike protein is “quite variable”, suggesting that it might be prone to mutating, says Karlsson, and raising the risk that emerging variants will be able to evade antibody detection.

    T cells, by contrast, can target viral proteins expressed inside infected cells, and some of those proteins are very stable, she says. This raises the possibility of designing vaccines against proteins that mutate less frequently than spike, and incorporating targets from multiple proteins into one vaccine.

    #covid-19 #immunité_cellulaire #vaccins

  • Seasonal human #coronavirus antibodies are boosted upon #SARS-CoV-2 infection but not associated with protection - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421001604

    Does Prior Exposure to Coronaviruses Protect You? | In the Pipeline
    https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2021/02/10/does-prior-exposure-to-coronaviruses-protect-you

    ... 20% of the[...] patients [previously infected with one or more of the “garden-variety” coronaviruses] raised antibodies that do cross-reaction with the Spike or nucleocapsid proteins of the current pandemic coronavirus. And what’s more, levels of such antibodies are elevated when a person in this group gets infected with SARS-Cov2: the immune system memory (as present in these patients’ B cells) responds by increasing production of the antibodies to the previous coronaviruses.

    But here’s the key part: “cross-react” does not mean “neutralize” and it does not mean “provide protection from”. These antibodies may or may not have been neutralizing against the other coronaviruses, but they don’t seem to have any such effect on the current one. And in keeping with that, having such cross-reactive antibodies seems to provide no protection against catching SARS-Cov2 or against being hospitalized with it if you do. There’s no difference in the infection/hospitalization rates of the people who had cross-reactive coronavirus serum antibodies ready to go versus those who didn’t. They’re basically useless.

    Now, you can still make an argument that the T cell component of immunity might provide some protection after a previous coronavirus infection. The current study didn’t address this directly, but after these results, it’s at least less likely that that’s happening.

    #immunité #immunité_croisée

  • SARS-CoV-2 induces human plasmacytoid predendritic cell diversification via UNC93B and IRAK4 | Journal of Experimental Medicine | Rockefeller University Press
    https://rupress.org/jem/article/218/4/e20201387/211734/SARS-CoV-2-induces-human-plasmacytoid-predendritic

    Covid-19 : ce que l’on sait de la réponse immunitaire à un stade précoce
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-ce-on-sait-reponse-immunitaire-stade-precoce-8

    Grâce à une collaboration étroite entre les équipes Inserm d’Ali Amara, virologue, et Vassili Soumelis, immunologiste à l’Institut de Recherche Saint-Louis (Université de Paris/Inserm/AP-HP), l’étude a pu caractériser la réponse immunitaire innée dans les 24 à 48 h suivant un contact avec le virus #SARS-CoV-2.

    [...]

    Les chercheurs ont utilisé des cellules immunitaires appelées « #plasmocytoïdes_pré-dendritiques » comme modèle de cellules immunitaires innées jouant un rôle essentiel dans l’#immunité antivirale en produisant de grandes quantités d’interféron-alpha — les #interférons sont des #cytokines (protéines) dont la production est induite suite à une infection virale, une infection bactérienne, une infection parasitaire ou à la présence de cellule tumorales. Leur fonction principale est d’interférer avec la réplication virale, mais ils ont également une action antibactérienne, antiproliférative et d’activation d’autres cellules immunitaires.

    Ils ont reconstitué la réponse immunitaire précoce au virus en mettant en contact ces cellules modèles avec des souches primaires de SARS-CoV-2 isolées à partir de patients atteints de #Covid-19.

    L’analyse de cette réponse reconstituée in vitro a permis de montrer que le SARS-CoV-2 induisait une activation efficace et complète des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques. Celles-ci produisaient alors des quantités importantes d’interféron-alpha (première ligne de défense contre les virus) et se différenciaient en cellules dendritiques capables d’activer les lymphocytes T (qui correspondent aux cellules de l’immunité spécifique). Les chercheurs ont par ailleurs pu montrer que cette activation des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques était partiellement inhibée par l’hydroxychloroquine, ce qui inciterait à la prudence dans l’utilisation de cette molécule.

    Dans une deuxième partie du travail, les équipes ont collaboré avec l’équipe de Jean-Laurent Casanova de l’Institut Imagine (Inserm/université de Paris/AP-HP) et de la Rockefeller University à New-York, afin d’étudier la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques issus de patients présentant des déficits génétiques pour certains gènes importants de l’#immunité_innée. L’objectif était de préciser les mécanismes moléculaires intervenant dans la réponse de ces cellules immunitaires au SARS-CoV-2.

    Ces expériences effectuées à partir de prélèvements directement obtenus des patients ont montré que la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques est dépendante des molécules UNC93B et IRAK-4, deux molécules importantes de l’immunité innée antivirale. L’ensemble de ce travail permet de préciser la réponse immunitaire précoce au virus SARS-CoV-2 ainsi que certains de ses déterminants moléculaires.

    L’étude suggère que le système immunitaire est naturellement armé pour répondre au SARS-CoV-2 et que des défauts dans la réponse des cellules plasmocytoïdes pré-dendritiques, notamment dans la production précoce d’interféron-alpha, pourraient contribuer à l’évolution de l’infection vers une forme grave.

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • Fauci Predicts U.S. Could See Signs Of Herd Immunity By Late March Or Early April : Coronavirus Updates : NPR
    https://www.npr.org/sections/coronavirus-live-updates/2020/12/15/946714505/fauci-predicts-u-s-could-see-signs-of-herd-immunity-by-late-march-or-early-apri

    Grâce aux vaccins; avec un grand « si » cependant,

    Marc Lipsitch sur Twitter : “There is a big if to this. Works if the vaccines strongly block infection/infectiousness/transmission like measles and mumps vaccines. Won’t work if vax effects mainly on illness, with more modest effects on transmission, like pneumococcal and acellular pertussis vaccines.” / Twitter
    https://twitter.com/mlipsitch/status/1338921331564351489

    #sars-cov2 #covid-19 #vaccins #immunité_de_groupe

  • Early Release - Cellular Immunity in #COVID-19 Convalescents with PCR-Confirmed Infection but with Undetectable SARS-CoV-2–Specific IgG - Volume 27, Number 1—January 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/1/20-3772_article

    La plupart des sujets PCR #SARS-CoV-2 positifs qui ne développent pas d’anticorps (60 jours après l’installation des symptômes), développent une #immunité_cellulaire (tout comme les sujets qui fabriquent des #anticorps)

    We investigated immune responses against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) among a group of convalescent, potential blood donors in Germany who had PCR-confirmed SARS-CoV-2 infection. Sixty days after onset of symptoms, 13/78 (17%) study participants had borderline or negative results to an ELISA detecting IgG against the S1 protein of SARS-CoV-2. We analyzed participants with PCR-confirmed infection who had strong antibody responses (ratio >3) as positive controls and participants without symptoms of SARS-CoV-2 infection and without household contact with infected patients as negative controls. Using interferon-γ ELISpot, we observed that 78% of PCR-positive volunteers with undetectable antibodies showed T cell immunity against SARS-CoV-2. We observed a similar frequency (80%) of T-cell immunity in convalescent donors with strong antibody responses but did not detect immunity in negative controls. We concluded that, in convalescent patients with undetectable SARS-CoV-2 IgG, immunity may be mediated through T cells.

    [...]

    According to our data in volunteers with confirmed SARS-CoV-2 infection, it could be speculated that the majority of persons with undetectable systemic IgG may presumably be protected by specific T-cell immunity, which would be good news for the control of the pandemic.

    #immunité

  • Immunity to the #Coronavirus May Last Years, New Data Hint - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/11/17/health/coronavirus-immunity.html

    The research, published online, has not been peer-reviewed nor published in a scientific journal. But it is the most comprehensive and long-ranging study of immune memory to the coronavirus to date.

    “That amount of memory would likely prevent the vast majority of people from getting hospitalized disease, severe disease, for many years,” said Shane Crotty, a virologist at the La Jolla Institute of Immunology who co-led the new study.

    The findings are likely to come as a relief to experts worried that immunity to the virus might be short-lived, and that vaccines might have to be administered repeatedly to keep the pandemic under control.

    [..,]

    A study published last week also found that people who have recovered from #Covid-19 have powerful and protective killer immune cells even when antibodies are not detectable .

    These studies “are all by and large painting the same picture, which is that once you get past those first few critical weeks, the rest of the response looks pretty conventional,” said Deepta Bhattacharya, an immunologist at the University of Arizona.

    Akiko Iwasaki, an immunologist at Yale University, said she was not surprised that the body mounts a long-lasting response because “that’s what is supposed to happen.” Still, she was heartened by the research: “This is exciting news.”

    Sources :

    Immunological memory to #SARS-CoV-2 assessed for greater than six months after infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.15.383323v1

    Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8 + T cells | Nature Medicine
    https://www.nature.com/articles/s41591-020-01143-2

    #immunité_cellulaire #immunité

  • Antibody evolution may predict #COVID-19 outcomes | EurekAlert ! Science News
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-11/mgh-aem111320.php

    For COVID-19, the difference between surviving and not surviving severe disease may be due to the quality, not the quantity, of the patients’ antibody development and response, suggests a new Cell paper published by Galit Alter, PhD, a member of the Ragon Institute of MGH, MIT and Harvard.

    [...]

    Compared to survivors, patients who passed from COVID-19 had antibodies that never fully developed the ability to strongly bind to Fc-receptors and therefore may not have been able to fully trigger immune killing activity.

    Alter’s group, led by Tomer Zohar, Carolin Loos, Stephanie Fischinger, and Caroline Atyeo, PhD, also found that survivors’ immune systems could recognize and target an area of the SARS-CoV-2 spike protein known as the S2-domain. The S2 domain is found in other coronaviruses that infect humans, so patients whose antibodies can target it may have pre-existing immunity to the S2 domain because of exposure to other, common coronaviruses.

    Patients with antibodies that can recognize S2 domains on different coronaviruses may be able to use this pre-existing immunity to generate killer antibodies faster and sooner following SARS-CoV-2 infection.

    “If we can further understand the importance of cross-coronavirus immunity,” says Zohar, “researchers may be able to design vaccines able to counteract a much broader range of coronaviruses.”

    #immunité #immunité_croisée

  • Assessment of #SARS-CoV-2 RNA Test Results Among Patients Who Recovered From COVID-19 With Prior Negative Results | Infectious Diseases | JAMA Internal Medicine | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2773053

    Parmi 176 personnes guéries du #COVID-19, le PCR est redevenu positif après un délai moyen de 48.6 jours chez 32 (18%), alors qu’ils étaient tous sauf 1 restés asymptomatiques.

    Une activité de réplication a été recherchée chez ces « re-positifs » et n’a été mise en évidence que chez la personne symptomatique (16 jours après la guérison, 39 jours après le diagnostic initial).

    Discussion

    Similar to that reported elsewhere,2 18% of patients with COVID-19 in our institution became RT-PCR positive for SARS-CoV-2 RNA after clinical recovery and previous negative results.5 As positivity in the patients was suggestive, but not necessarily a reflection, of viral carriage, we used replicative SARS-CoV-2 RNA detection as a proxy for virus replication in culture.4

    Only 1 of 32 patients retesting positive had replicating virus in the NOS sample, suggesting either recurrent infection or reinfection, which is impossible to separate because no whole-genome sequencing and phylogenetic analyses were performed.3 The patient retested positive 16 days after COVID-19 recovery (ie, 39 days from COVID-19 diagnosis) and was symptomatic. The patient was an older adult with hypertension, diabetes, and cardiovascular disease but no evidence of close contacts with people with SARS-CoV-2 infection or persons who became RT-PCR positive. In the 31 remaining patients (who were asymptomatic), their positive result likely represented either recurrent or resolving infection, but in either case, they were unlikely to be infectious. The limitations of our study are the lack of data from viral cultures or whole-genome sequencing analysis and the small sample size.

    Conclusions

    This study highlights that many patients who recovered from COVID-19 may be still positive (albeit at lower levels) for SARS-CoV-2 RNA, but only a minority of the patients may carry a replicating SARS-CoV-2 in the respiratory tract. Further studies are needed to verify whether such patients can transmit the virus.

  • Herd immunity policy in German schools leads to explosion of coronavirus infections - World Socialist Web Site
    https://www.wsws.org/en/articles/2020/11/14/coro-n14.html
    https://www.wsws.org/asset/a40fb223-abf1-42be-9461-b83776dba716?rendition=image1280

    The number of people infected with coronavirus in Germany continues to rise steadily, with more people being taken into hospital, intensive care units and needing ventilators every day. On Friday, the Robert Koch Institute (RKI) registered 23,542 COVID-19 infections in 24 hours, an all-time high. Over 600 new patients were admitted to intensive care units and another 218 patients died from the virus.

    This week, pharmaceutical companies Pfizer and BioNTech announced news of a possible breakthrough in the search for a COVID-19 vaccine. Other clinical studies also confirm that it may soon be technically possible to provide the world’s population with a vaccine against Sars-CoV-2. A possible end to the pandemic is thus within reach. And yet capitalist politicians refuse to do everything possible to protect the population.

    #allemagne #imunité_collective

  • #Covid-19 : de nouvelles données sur l´#immunité
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-covid-19-nouvelles-donnees-immunite-83472

    La question de l’immunité engendrée par le coronavirus #SARS-CoV-2 défie encore les scientifiques. Deux médecins, l’un de l’université Emory d’Atlanta, l’autre du Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, se sont plongés dans la littérature scientifique récente pour essayer de faire émerger un schéma général de l’immunité adaptative déclenchée par le SARS-CoV-2 et son évolution au cours des semaines. Leur point de vue a été partagé par Jama.

    Le schéma général de la réponse immunitaire adaptative anti-SARS-CoV-2. La courbe du haut concerne les lymphocytes T et celle du bas les lymphocytes B et les anticorps. © David S. Stephen et Juliana Mc Elrath, Jama

    Source : COVID-19 and the Path to Immunity | Allergy and Clinical Immunology | JAMA | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2770758

    #immunité_cellulaire #immunité_humorale
    #immunité_adaptative

  • #SARS-CoV-2 responsive T cell numbers are associated with protection from COVID-19: A prospective cohort study in keyworkers | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.02.20222778v1

    Results T cells responsive to the spike (S), nuclear (N) and membrane proteins (M) dominated the responses measured. Using the sum of the spots (responsive cells within each well of 250,000 peripheral blood mononuclear cells) for S, N and M antigens minus the control, the 2,672 unselected participants were divided into those with higher responses (n=669, 25.4%; median 30 spots (IQR 18,54)) and those with low responses (n=2016, 76.7%, median 3 (IQR 1,6)), the cutoff we derived being 12 spots. Of the participants with higher T cell responses, 367 (53%) had detectable antibodies against the N or S proteins. During a median of 118 days follow-up, 20 participants with lower T cell responses developed COVID-19, compared with none in the population with high T cell responses (log-rank test, p=6×10−3).

    #immunité_cellulaire

  • Robust SARS-CoV-2-specific T-cell immunity is maintained at 6 months following primary infection | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.11.01.362319v1

    Les moyens pour mettre en évidence l’#immunité_cellulaire étant beaucoup plus complexes que ceux utilisés pour l’immunité humorale, les études qui lui sont dévolues sont beaucoup plus rares.

    Comme pour les anticorps, les taux sont plus élevés dans les formes sévères,

    In conclusion, our data are reassuring that functional #SARS-CoV-2 specific T-cell responses are retained at six months following infection although the magnitude of this response is related to the clinical features of primary infection.

    #preprint #immunité

  • La #pandémie européenne de #COVID-19 échappe à tout contrôle - World Socialist Web Site
    https://www.wsws.org/fr/articles/2020/11/04/pers-n04.html
    https://www.wsws.org/asset/23d961da-97e4-4f25-9616-13d9ac67a946?rendition=image1280

    Les gouvernements européens prétendaient avoir géré la pandémie de manière plus intelligente que le gouvernement Trump : cette #fraude cynique et mortelle a été démasquée. Les chefs d’État européens n’ont peut-être pas agi avec la même arrogance grossière que le président américain, milliardaire et spéculateur immobilier. Ils n’ont pas refusé de porter des masques, comparé le COVID-19 à la grippe, pas plus qu’ils ne se sont vantés, après avoir attrapé le virus, de la qualité exceptionnelle des soins médicaux qu’ils ont reçus par rapport à ceux dont bénéficie l’écrasante majorité des travailleurs de leur pays.

    Mais derrière l’apparence de compétence, un mensonge à grande échelle se cachait. La politique d’« immunité collective » de la Suède, qui a laissé le virus se propager dans tout le pays, en espérant que la population finisse par être immunisée, avait un taux de mortalité neuf fois supérieur à celui de la Finlande voisine. Pourtant, tous les gouvernements européens ont adopté cette politique.

    Comme les fonctionnaires de toute l’Europe, l’épidémiologiste en chef de la Suède, Anders Tegnell, a nié qu’il menait une politique d’immunité collective. Pourtant, dans un courriel déclassifié le 14 mars qu’il a envoyé aux responsables finlandais, Tegnell a plaidé pour « garder les écoles ouvertes afin d’atteindre l’immunité collective plus rapidement ». C’est-à-dire, Tegnell préconisait de garder les écoles ouvertes – comme le gouvernement Macron aujourd’hui – dans le but que le virus se répande parmi les enseignants, les étudiants, puis la population active en général.

    Alors que le conseiller scientifique en chef de la Grande-Bretagne, Sir Patrick Vallance, a déclaré : « Ce n’est pas possible d’empêcher tout le monde de contracter le virus, et ce n’est pas non plus souhaitable », le ministère de l’Intérieur de la chancelière allemande Angela Merkel a secrètement déclaré que la propagation incontrôlée du virus pourrait coûter un million de vies allemandes en 2020. Pourtant, « Maman Merkel », comme la presse la présente au peuple allemand, s’est présentée devant le public et a prédit de façon plate que 70 pour cent de la population allemande serait infectée.

    #immunité_collective

  • Social Media Conversations in Support of Herd Immunity are Driven by Bots – Federation Of American Scientists
    https://fas.org/blogs/fas/2020/10/social-media-conversations-in-support-of-herd-immunity-are-driven-by-bots

    Approximately half of the profiles pushing the case for herd immunity are artificial accounts. These bot or bot-like accounts are generally characterized as engaging in abnormally high levels of retweets and low content diversity.
    The high level of bot-like behavior attributed to support for the Great Barrington Declaration on social media indicates the conversation is manipulated

  • Serrer la vis ou laisser faire, le dilemme de l’immunité collective - Le Temps
    https://www.letemps.ch/sciences/serrer-vis-laisser-faire-dilemme-limmunite-collective

    Un groupe de scientifiques a récemment publié un texte mettant en garde contre les mesures contraignantes déployées pour faire face à une potentielle deuxième vague de Covid-19.

    Le document, paru sous le nom de Déclaration de Great Barrington, du nom de la ville américaine où il a été signé, a été rédigé par trois épidémiologistes : Jay Bhattacharya de l’Université Stanford, Martin Kulldorff de l’Université Harvard et Sunetra Gupta de l’Université d’Oxford.

    Ils affirment que « les politiques actuelles de confinement produisent des effets désastreux sur la santé publique », parmi lesquels « une baisse des taux de vaccination chez les enfants, une aggravation des cas de maladies cardio-vasculaires, une baisse des examens pour de possibles cancers ou encore une détérioration de la santé mentale en général ».

    Par conséquent, réclament-ils, il faut retourner au plus vite à la vie d’avant et laisser les restaurants, les commerces, les lieux culturels ou sportifs et les écoles ouvrir selon leurs habitudes. Sauf pour une partie de la population : les plus vulnérables au virus, principalement les plus âgés, doivent complètement s’isoler.

    Cette stratégie, qu’ils appellent la « protection focalisée » (focused protection) permettrait d’après eux au coronavirus de se propager rapidement dans la population jeune sans faire de dégâts majeurs tout en préservant les activités socio-économiques. Après quoi la majorité de la population guérie serait naturellement immunisée contre la maladie.

    Seuil d’immunité

    Ce concept n’est pas vraiment neuf : il est même régulièrement évoqué depuis le début de l’épidémie sous le nom d’« immunité collective » – en fait un abus de langage, ce terme ne désignant pas une stratégie ou un mécanisme, mais le statut immunitaire d’une population vis-à-vis d’une maladie infectieuse.

    [...]


    Ce graphe montre que plus le virus est contagieux (R zéro élevé, axe horizontal), plus le seuil d’immunité collective est important (en % de la population, axe vertical). « Measles » : rougeole. « Influenza » : grippe. « Smallpox » : variole.
    JAMA

    [...]

    D’autres scientifiques ont épinglé la Déclaration dans la revue The Lancet, vue comme « une dangereuse illusion non étayée par des preuves scientifiques ».

    Propos confirmés par Olivia Keiser, cheffe de la division des maladies infectieuses à l’Institut de santé globale de l’Université de Genève et membre de la task force scientifique suisse : « Ce que la Déclaration suggère n’est pas scientifique car on ne connaît pas encore les mécanismes liés à l’immunité au coronavirus, si celle-ci est efficace ou combien de temps elle dure. »

    « Le texte n’est du reste pas basé sur des critères éthiques », ajoute-t-elle. Atteindre le seuil fatidique sera un long processus durant lequel mourront de nombreuses personnes – plusieurs centaines de milliers pour un pays comme les Etats-Unis. Les mesures seraient en outre discriminantes envers les personnes à faible revenu, plus vulnérables.

    Enfin, l’épidémiologiste rappelle que garder les personnes les plus fragiles dans une bulle coupée du reste de la société est une gageure. D’autant que les aînés ne sont pas les seuls à être sensibles au Covid-19 – la population générale, même jeune, peut développer de terribles complications dont le « long covid », une forme chronique.

    https://seenthis.net/messages/881524
    https://seenthis.net/messages/881371
    #Great_Barrington_Declaration #immunité_collective

    • En même temps... les enfants et les jeunes restent scolarisés, les adultes peuvent étudier, travailler et les personnes âgées ne peuvent sortir qu’une heure par jour. Une manière de contourner l’impossibilité constitutionnelle d’un confinement sélectif des vieux. Agilitay qu’ils disaient.

      Eux-aussi ont noté que les « seniors » avaient été trois fois moins contaminés que la population générale lors de la première vague (#Épicov), ce qui a limité la surmortalité. Le game ce serait d’arriver à des contaminations sélectives, ce qui a pas bien marché cet été (tout n’est pas perdu, on peut faire la morale ensuite), et moins encore avec la rentrée solaire. Il faut rater encore ?

      Un jour (...) on pourra annoncer que le nombre d’entrée en réa et de décès baisse. On dira qu’on commence à voir la fin du tunnel des horreurs. Et ce sera une affaire de responsabilité individuelle et familiale de ne pas contaminer ses vieux. Dans le meilleur des cas, cet apprentissage sanitaire par les cercueils va laisser du temps à l’invention de pratiques sociales (comme ce fut le cas à l’hôpital en mars avril dernier).

      L’objectif fixé à 5000 covid + jour, ils nous le rappelleront jusqu’à la date butoir, le vaccin de l’été prochain.

      #protection_focalisée #contamination_sélective

    • bah alors @zeka ? pourquoi avoir recopié le texte de la « mise au point » de regards par rapport à cette tribune de merde publiée « par amitié » ? Sans nous préciser que Regards avait fait une « mise au point » ? Tout ça est très très flou…

      http://www.regards.fr/idees-culture/article/mise-au-point

      Cette publication ne signifie pas un soutien de la rédaction de Regards au contenu du texte. Depuis le début de cette pandémie, nous ne cherchons pas à nier sa gravité et son étendue. Au contraire, nous déplorons le manque de réactivité, de moyens et de cohérence de l’État pour faire face à ce péril. Nous affirmons que cette situation est profondément liée à des politiques délétères pour l’hôpital et pour l’environnement.

    • éventuellement retitrer « la déclaration de merde de Great Barrington », pour clarifier :)
      (je vois que @zeka a disparu)

  • Siberian Virologist Reinfects Himself With Coronavirus in Experiment to Test Immunity
    https://www.newsweek.com/siberia-virologist-reinfection-covid-antibodies-1543144

    L’infection initiale n’a été diagnostiquée que rétrospectivement, via la présence d’anticorps, après un tableau compatible avec 1 #COVID-19,

    He and his research team at the Institute of Clinical and Experimental Medicine, which is part of the Russian Academy of Sciences, then started recording the way his antibodies “behaved,” recording how levels in his body changed over time.

    “The observation [showed] a fairly rapid decrease,” he told the newspaper referring to his antibody levels. “By the end of the third month from the onset of the disease, they ceased to be determined.”

    He then decided to get reinfected to see how his body responded. He did this by spending time with patients with coronavirus, without wearing a mask. Every two weeks he was tested to see if he had been reinfected.

    Six months after his initial illness, “protection fell,” he said. He became ill for a second time, testing positive for the disease. Over the course of the second infection, he was hospitalized. He suffered from a high temperature, lost his sense of smell and X-rays showed pneumonia. “The pain was more severe than the first time,” he told Komsomolskaya Pravda.

    There are a number of problems with Chepurnov’s experiment. Because his first case of COVID-19 was only found via antibodies, it is difficult to determine whether he suffered from two different strains of the virus. This is required to confirm a person has been reinfected with #SARS-CoV-2, rather than the original virus reemerging in the body. He also points out, his reaction may not be the same as other people. Far more cases of reinfection will need to be studied before any conclusions are drawn about immunity.

    However, Chepurnov’s case largely falls in line with reports of other reinfection cases reported in the scientific literature.

    [...]

    Chepurnov said his own experiment is a warning against a herd immunity approach.

    #immunité #immunité_de_groupe

  • Covid-19 : une étude suggère que l’immunité « diminue assez rapidement » - Coronavirus - Le Télégramme
    https://www.letelegramme.fr/coronavirus/covid-19-une-etude-suggere-que-l-immunite-diminue-assez-rapidement-27-1

    Selon une étude britannique, l’immunité acquise par les personnes qui ont guéri de la covid-19 « diminue assez rapidement ».

    Une étude britannique publiée ce mardi montre que l’immunité acquise par les personnes guéries du nouveau coronavirus « diminue assez rapidement », en particulier chez les malades asymptomatiques, et ne pourrait durer que quelques mois.

    Du 20 juin au 28 septembre, l’Imperial College de Londres et l’institut Ipsos Mori ont suivi 350 000 personnes choisies au hasard en Angleterre, qui se sont testées régulièrement chez elles pour voir si elles disposaient d’anticorps au coronavirus SARS-CoV-2.

    « Au cours de cette période, la proportion de personnes testées positives pour les anticorps de la covid-19 a diminué de 26,5 % », passant de 6 % à 4,4 % de la population testée, explique un communiqué, « ce qui suggère une réduction des anticorps dans les semaines ou les mois suivant l’infection ».

    « L’immunité diminue assez rapidement », a souligné Helen Ward, professeure en santé publique à l’Imperial College London.

    Quel niveau d’immunité ?
    L’étude montre aussi que « les personnes qui n’ont pas présenté de symptômes liés à la covid-19 sont susceptibles de perdre plus rapidement leurs anticorps détectables que celles qui ont présenté des symptômes ».

    La proportion d’anticorps chez les personnes testées positives au virus a diminué de 22,3 % au cours des trois mois, quand cette diminution a atteint 64 % chez celles qui n’avaient pas déclaré avoir été atteintes par la covid-19.

    Si toutes les classes d’âge sont concernées par cette baisse d’immunité, les personnes âgées sont plus touchées : entre juin et septembre, la proportion de personnes de plus de 75 ans disposant d’anticorps a diminué de 39 %, quand elle n’a diminué que de 14,9 % pour les 18-24 ans.

    « Cette étude constitue un élément crucial de la recherche, en nous aidant à comprendre comment évoluent les anticorps de la covid-19 à travers le temps », s’est félicité le secrétaire d’État à la Santé James Bethell.

    Cependant, « on ne sait pas encore si les anticorps confèrent un niveau d’immunité efficace ou, si une telle immunité existe, combien de temps elle dure », ont précisé les chercheurs, soulignant l’importance de continuer à respecter les consignes sanitaires.

    L’espoir du vaccin
    La virologue Wendy Barclay de l’Imperial College de Londres a expliqué que « ce nouveau coronavirus semble se comporter de manière assez similaire aux coronavirus saisonniers qui existent chez l’homme depuis des décennies, voire des centaines de milliers d’années ».

    On peut être « réinfecté tous les ans, ou tous les deux ans » par ces coronavirus saisonniers en raison d’une baisse d’immunité, a-t-elle détaillé à Times radio.

    Face à un éventuel risque de réinfection au nouveau coronavirus, la professeure n’est pas favorable au concept des « passeports d’immunités », destinés à permettre aux personnes guéries du nouveau coronavirus de mener une vie normale, et à assurer un déconfinement en toute sécurité.

    « Pour le moment, ce n’est pas une bonne idée car la qualité de la réponse anticorps peut varier selon les individus », a dit la professeure Barclay.

    La virologue a appelé à « rester optimistes quant aux vaccins parce que les vaccins fonctionneront différemment » et pourraient conférer une immunité plus longue.

    • What is the role of T cells in COVID-19 infection? Why immunity is about more than antibodies
      https://www.cebm.net/covid-19/what-is-the-role-of-t-cells-in-covid-19-infection-why-immunity-is-about-more-t

      October 19, 2020

      Annette Plüddemann, Jeffrey K. Aronson

      On behalf of the Oxford COVID-19 Evidence Service Team
      Centre for Evidence-Based Medicine, Nuffield Department of Primary Care Health Sciences
      University of Oxford

      Summary

      CD4+ T cells help B cells to produce antibodies and help CD8+ T cells to kill virus-infected cells
      One of the dominant cytokines produced by T cells is interferon gamma, a key player in controlling viral infection – see also [41]
      Lymphopenia is a main feature of COVID-19 infection, affecting CD4+ T cells, CD8+ T cells, and B cells, and is more pronounced in severely ill patients
      T cell responses in severely ill patients may be impaired, over-activated, or inappropriate, and further research is required to elucidate this and inform treatment strategies
      There is some evidence of cross-reactivity with seasonal/endemic coronaviruses
      Emerging studies suggest that all or a majority of people with COVID-19 develop a strong and broad T cell response, both CD4 and CD8, and some have a memory phenotype, which bodes well for potential longer-term immunity
      Understanding the roles of different subsets of T cells in protection or pathogenesis is crucial for preventing and treating COVID-19

  • Corona virus update : Faux positifs, écoles, mortalité, cellules T naïves , vaccins. Podcast #58 du 29 septembre 2020
    https://inf-covid.blogspot.com/2020/10/faux-positifs-ecoles-mortalite-cellules.html

    il est hautement improbable qu’il existe une véritable protection croisée.

    Hennig : Cette #immunité que beaucoup espéraient.

    #Drosten : Exactement. Nous pouvons probablement dire que ce que vous voyez dans ces études n’est pas une #immunité_croisée, mais juste une activation croisée, une réactivité croisée. Les cellules émettent un signal, mais ce n’est certainement pas assez puissant et actif pour vraiment empêcher une infection de pénétrer dans le corps. On ne peut donc probablement pas vraiment parler d’immunité. Et bien sûr, c’est maintenant une constatation individuelle. D’autres études doivent être faites. Et les auteurs s’expriment ici prudemment. Soit dit en passant, cela ne signifie pas du tout qu’aucune immunité cellulaire ne découle d’une infection par le SRAS-2. Nous n’avons pas du tout vérifié cela ici, il s’agit simplement d’activation croisée.

    Hennig : [Donc] l’espoir qu’en ayant eu beaucoup de rhumes dus à des coronavirus communs, je suis relativement protégé n’est plus sur la table.

    Drosten : Eh bien, « plus sur la table » n’est pas formulé assez prudemment, de mon point de vue. Je serai encore plus prudent, comme les auteurs. Malheureusement, il est vrai que l’espoir s’est un peu affaibli qu’il y ait un effet à l’échelle de la population.

    Hennig : […] Y a-t-il un inconvénient possible à cette réaction non spécifique des cellules mémoire T ?

    Drosten : Oui, ce qui a été fait dans l’étude après avoir constaté cette façon incomplète et impropre de réagir des cellules T […] c’est qu’on a aussi examiné la situation des patients qui ont cette maladie derrière eux, l’infection SRAS-2, selon que le cours ait été bénin ou grave. [...] Et là, on a une autre découverte intéressante. Je ne vais citer que brièvement quelques résultats. Par exemple, les patients qui ont eu un cours sévère ont en fait cette manière impropre de réagir ;

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.09.15.20188896v1.full.pdf

    • [a contrario] What is the role of T cells in COVID-19 infection? Why immunity is about more than antibodies - Annette Plüddemann, Jeffrey K. Aronson, 20 october 2020
      https://www.cebm.net/covid-19/what-is-the-role-of-t-cells-in-covid-19-infection-why-immunity-is-about-more-t

      CD4+ T cells help B cells to produce antibodies and help CD8+ T cells to kill virus-infected cells
      One of the dominant cytokines produced by T cells is interferon gamma, a key player in controlling viral infection – see also [41]
      Lymphopenia is a main feature of COVID-19 infection, affecting CD4+ T cells, CD8+ T cells, and B cells, and is more pronounced in severely ill patients
      T cell responses in severely ill patients may be impaired, over-activated, or inappropriate, and further research is required to elucidate this and inform treatment strategies
      There is some evidence of cross-reactivity with seasonal/endemic coronaviruses
      Emerging studies suggest that all or a majority of people with COVID-19 develop a strong and broad T cell response, both CD4 and CD8, and some have a memory phenotype, which bodes well for potential longer-term immunity
      Understanding the roles of different subsets of T cells in protection or pathogenesis is crucial for preventing and treating COVID-19

      #anticorps #cellulles_T #immunité_cellulaire

    • @colporteur les 2 cas sont différents ; dans le premier il s’agit des cellules T développées après une infection à un autre coronavirus que le sars-cov2 (et qui donc pourraient ne pas être protectrices et même être dangereuses lors d’une infection ultérieure au sars-cov2), dans le second celles qui se développent après une infection au sars-cov2 (et pourraient donc conférer une immunité lors d’une infection ultérieure au même virus)

    • Oui, ce n’est pas a contrario . Merci de me le signaler. J’avais cherché un endroit avec « cellule T » pour recenser cet article et suis allé trop vite. Immunité cellulaire (qui n’a pas de #) serait plus approprié. D’autant quil faut bien partir là dessus, au vu des résultats peu encourageants concernant l’efficacité et la durabilité des anticorps.. Du coup, je ne sais où ça serait judicieux, peut-être là, ce article étant il me semble le plus détaillé à ce sujet ici
      https://seenthis.net/messages/876148