#COVID-19 : Le #variant brésilien capable d’échappement immunitaire | santé log
▻https://www.santelog.com/actualites/covid-19-le-variant-bresilien-capable-dechappement-immunitaire
Sur la base d’un modèle épidémiologique pour estimer son degré de transmissibilité, les chercheurs estiment que P.1 est susceptible d’être entre 1,7 et 2,4 fois plus transmissible que les lignées non-P1 du coronavirus.
Enfin, ils concluent également que P.1 est susceptible de pouvoir échapper à entre 10 et 46% de l’#immunité acquise par une infection par un coronavirus non-P.1.
Des résultats qui appellent à une surveillance accrue des infections et des différentes souches du virus absolument indispensable pour parvenir à maîtriser la pandémie.
Source :
Genomics and epidemiology of the P.1 #SARS-CoV-2 lineage in #Manaus, Brazil | Science
▻https://science.sciencemag.org/content/early/2021/04/13/science.abh2644.full
#COVID19 : le point sur la question des #réinfections
▻https://www.vidal.fr/actualites/26810-covid-19-le-point-sur-la-question-des-reinfections.html
Les données obtenues dans le groupe placebo de l’étude sud-africaine du vaccin NOVAVAX ont montré qu’une immunité contre un variant « historique » (Wuhan ou D614G) ne protège pas contre les formes légères à modérées d’une infection par le variant « sud-africain » B.1.351 : 5 % des personnes ayant un antécédent de COVID-19 se sont réinfectés, le même pourcentage que chez celles n’ayant jamais été infectées auparavant. Néanmoins, aucune forme sévère n’a été signalée chez les sujets réinfectés
Ces nouvelles données indiquent clairement que le risque de réinfection est davantage lié à la dérive antigénique de #SARS-CoV-2 vers un profil immunorésistant, plutôt qu’à une immunité acquise déclinante (une diminution des anticorps obtenus après le premier épisode). Elles renforcent l’idée qu’il est indispensable, pour prévenir ces réinfections, d’actualiser la réponse immunitaire (par des #rappels de #vaccin, adaptés aux nouveaux #variants), dans une optique de protection individuelle et aussi de protection collective, en diminuant le risque d’apparition de nouveaux variants immunorésistants (favorisée par une immunité insuffisamment neutralisante).
[...]
Réinfections par SARS-CoV-2, de quoi parle-t-on exactement ?
La définition d’une réinfection par SARS-CoV-2 varie selon les études, ce qui a fortement brouillé les tentatives d’y voir plus clair. Aujourd’hui, aucun consensus formel n’existe, mais les experts ont identifié une série de critères :
[...]
L’écueil de l’évolution naturelle de SARS-CoV-2 : réinfection versus #réactivation
Lorsqu’une possible réinfection est suspectée et que des #séquençages ont montré des différences génétiques entre les virus isolés au cours de chacun des épisodes, il est essentiel de distinguer une réinfection par un nouveau SARS-CoV-2 d’une réactivation du virus initial entretemps transformé par son évolution naturelle.
[...]
[...] en termes de réinfection, il est possible de distinguer deux périodes :
– avant l’apparition des variants portant la mutation E484K, les réinfections étaient exceptionnelles, portant probablement sur moins d’un patient sur 3000, voire beaucoup moins ;
– depuis l’apparition des variants portant la mutation #E484K, le risque de réinfection a considérablement augmenté, atteignant environ 5 % pour le variant « sud-africain » B.1.351. Il est probable que ce risque soit également augmenté pour les variants P.1 et P.2.
Plus haut, concernant #Manaus il est écrit :
Concernant P.1, la réinfection par ce variant a souvent été évoquée pour expliquer la 2e flambée de COVID-19 observée à Manaus en janvier et février 2021, dans une ville où l’immunité collective avait été estimée à 78 % de la population dans une étude très médiatisée ( mais remise en cause depuis par les auteurs). [...] à ce jour, il n’existe aucune preuve convaincante que la 2e flambée à Manaus soit due à des réinfections massives par P.1. D’autres hypothèses (dont l’abandon des mesures barrières à la suite de la médiatisation d’une forte immunité collective largement surestimée) sont possibles.
]]>Negligible impact of #SARS-CoV-2 variants on CD4+ and CD8+ T cell reactivity in COVID-19 exposed donors and vaccinees | bioRxiv
▻https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.27.433180v1
Le Doc sur Twitter : « Il n’y a pas que des mauvaise nouvelles ! #COVID19 L’’#immunité liée aux lymphocytes T (CD4/CD8) est peu affectée par les mutations du SARS-CoV-2 #B117 🇬🇧 #B1351🇿🇦 #P1🇧🇷 et #Cal20C🇺🇸 L’immunité ne se réduit pas aux anticorps, et c’est en l’occurence une chance et un espoir » / Twitter
▻https://twitter.com/Le___Doc/status/1371232273845125127
Le covid à Manaus
▻https://threadreaderapp.com/thread/1355812836946173953.html
J’ai décidé de faire un long thread sur Manaus. Pourquoi ? Parce que Manaus a suivi exactement les préconisations des anti-tout. Alors on va voir ce que ça donne.
Petite présentation démographique : Manaus est une ville brésilienne, avé une population très jeune.
▻https://www.citypopulation.de/en/brazil/amazonas/manaus/130260305__manaus
3/ L’année dernière, Manaus a laissé filer l’épidémie. Il y a eu deux résultats :
–Des cimetières trop petits.
▻http://www.theguardian.com/world/2020/apr/30/brazil-manaus-coronavirus-mass-graves
4/ Et l’atteinte, semble-t-il, de l’immunité collective (avec entre 60 et 75% des habitants contaminés). Manaus s avait souffert, mais été censée être tranquille.
►https://www.nature.com/articles/d41586-020-02948-4
5/ Sauf que, stupeur, en fin d’année, les cas remontent à Manaus. Sauf qu’ils sont censés avoir l’immunité collective !
▻https://www.economist.com/the-americas/2021/01/23/a-brazilian-city-thought-it-had-herd-immunity-it-was-wrong
6/ Et en plus, ils ont les fameux kits covid traitements précoces!
▻https://www.correiobraziliense.com.br/brasil/2021/01/4898757-kit-precoce-ou-fechamento-como-as-capitais-enfrentam-
7/ petite parenthèse : au Brésil, là où ces kits sont utilisés, la mortalité est supérieure (9 municipalités sur 10).
▻https://br.noticias.yahoo.com/de-10-municipios-que-adotam-kit-covid-9-tiveram-taxa-de-mortalida
8/ Autre petite parenthèse : le créateur du kit covid est mort du covid.
▻https://saude.ig.com.br/2020-09-04/criador-do-kit-covid-medico-morre-da-doenca-apos-45-na-uti.html
9/ Bref tout devrait bien aller avec le « petit covid ». Et pourtant : hôpitaux saturés, même plus d’oxygène.
▻https://www.bbc.com/news/world-latin-america-55670318
10/ Le système hospitalier s’effondre.
▻https://www.msf.org/coronavirus-covid-19-collapses-health-system-manaus-brazil
11/ Pourtant ils avaient le kit covid, et l’immunité de groupe !
▻https://twitter.com/Ba_Serrano/status/1354363631723573256
12/ Rebelotte pour les cimetières.
▻https://www.france24.com/en/live-news/20210127-as-covid-death-rate-soars-race-to-dig-graves-in-brazil-s-manaus
13/ Il s’est passé quoi ? Le virus a muté, selon toute vraisemblance les gens sont re infectés, et les « traitements précoces » ne servent à rien ou pas grand chose .
▻https://www.npr.org/sections/goatsandsoda/2021/01/21/958953434/reinfections-more-likely-with-new-coronavirus-variants-evidence-suggests
L’émergence de variants est fréquente dans les endroits où les virus circulent beaucoup : beaucoup plus de possibilités de muter, pression de sélection. Ils semblerait que certains de ces variants, dont le brésilien, soient plus contagieux voir plus dangereux. Ils échappent
15/ Aux anticorps produits par une infection précédente, et certains peuvent poser problème avec le vaccin.
16/ Voici la triste histoire de Manaus. Qui a pourtant appliqué tout ce qui est préconisé par les anti-tout : laisser circuler le virus dans une population jeune pour construire l’immunité de groupe et « soigner » avec les « traitements précoces ».
18/ Au Brésil la colère monte. Ils paient cher le choix de cette stratégie.
▻https://www.rtbf.be/info/monde/detail_coronavirus-au-bresil-des-milliers-de-manifestants-contre-bolsonaro?id=1
]]>Resurgence of #COVID-19 in #Manaus, Brazil, despite high seroprevalence - The Lancet
▻https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00183-5/abstract
There are at least four non-mutually exclusive possible explanations for the resurgence of COVID-19 in Manaus.
]]>Le variant amazonien - 1
▻https://www.youtube.com/watch?v=EPW0AzztumA
Témoignage du chef de service de soins intensifs de l’hôpital Getúlio Vargas de Manaus sur le variant amazonien. Première partie.
]]>Est-ce que, vu que ça fait un an que ça dure, on a une théorie un peu sérieuse sur l’effet de l’arrivée de l’été sur le virus ?
Parce que de ce que je vois, la situation est mauvaise en ce moment au Brésil, où c’est l’été.
Je vous dis ce que je crains ? Si on continue avec ces pseudo-confinements qui se contentent de bloquer la progression, sans réellement d’effet à la baisse, on va se maintenir à des niveaux très élevés de circulation du virus, et je ne vois pas dans ce cas comment on pourrait rouvrir quoi que ce soit de restauration, de bistrots et de culturel pour l’été.
À moins que le pari est que d’ici là, on aura vacciné au moins la population la plus fragile, et que donc on pourra laisser s’ébattre le virus dans la population, avec un taux de mortalité bien plus faible et donc sans saturer les réas. Ce qui me semble un choix excessivement risqué.
]]>What we know about #covid-19 reinfection so far | The BMJ
▻https://www.bmj.com/content/372/bmj.n99
#Reinfection or #reactivation?
[...]
Research conducted at the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford purports that many of the cases of reinfection may actually be reactivation.5 Mossong points out that coronaviruses give long infections and their large genomic structures could cause them to remain in the body at low enough levels to remain undetected but ready to strike once more. “They could last longer in different parts of the body than respiratory areas,” Mossong told The BMJ, pointing to persistent loss of smell and taste as possible evidence that the virus remains within the body, replicating at a low level, for a long time.
What do the new #variants mean for reinfection?
SARS-CoV-2 variant B.117, first identified in the UK, has been shown to be more transmissible than previous variants, sparking a fresh wave of restrictions in the UK. But whether those who have already recovered from the virus are at risk is another unknown.
“I don’t know how likely that is to increase the chance of reinfections,” Hunter told The BMJ. He assumes that reinfections will be more likely with the new strain because of an absolute increase in the number of infections in general but hopes they will be less likely and less virulent than first infections.
Yet the emergence of a new SARS-CoV-2 variant, P.1, may throw that into question. A pre-print paper tracking the likelihood of being infected with the new variant, which emerged in #Manaus, Brazil, in late 2020, indicates that it “eludes the human immune response” triggered by previous variants. Reinfection is therefore likely.
“The question is how much genetic drift or change can happen in the virus, such that your immune system doesn’t recognise it anymore and doesn’t mount a protective immune response,” says Tuite, who spoke before the P.1 variant surfaced. Vaccine manufacturers have made assurances that their vaccines will stand up to the new B.117 variant, which according to Tuite suggests it hasn’t changed enough to make people more prone to reinfection because of the virus itself. (Vaccine reactions can be different to natural immune responses, although it’s too early to say what the differences are in the case of covid-19. Vaccine triggered immune responses are more consistent and could even be more powerful than those triggered naturally according to some studies.6)
]]>Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
▻https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac
L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.
Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.
Les hôpitaux de Manaus débordés
Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.
Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.
Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus
“Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.
L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.
“Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”
“Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.
Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.
Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines
L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.
“À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.
C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.
Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.
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"Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.
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“Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.
“Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.
Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.
]]>Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science
▻https://science.sciencemag.org/content/early/2020/12/07/science.abe9728.full
our data show that >70% of the population has been infected in Manaus approximately seven months after the virus first arrived in the city. This is above the theoretical herd immunity threshold. However, prior infection may not confer long-lasting immunity (…). Manaus represents a “sentinel” population, giving us a data-based indication of what may happen if SARS-CoV-2 is allowed to spread largely unmitigated.
]]>#Covid-19 : la terrible leçon de #Manaus – {Sciences²}
▻https://www.lemonde.fr/blog/huet/2020/09/24/covid-19-la-terrible-lecon-de-manaus
Une grande ville d’Amazonie, Manaus, répond à la question : combien de morts si on laisse le Sars-Cov-2 se propager ?
[...]
La réponse de Manaus est-elle extrapolable à d’autres pays ? Oui, à condition de ne pas oublier son côté « optimiste », au regard d’une population similaire à celle de notre pays, où les plus de 60 ans représentent un pourcentage beaucoup plus élevé. Ainsi, un article du Massachussets Institute of Technology ▻https://www.technologyreview.com/2020/09/22/1008709/brazil-manaus-covid-coronavirus-herd-immunity-pandemic relatant l’étude sur Manaus estime que la stratégie dite d’#immunité_collective provoquerait au moins 500 000 morts aux Etats-Unis. Un chiffre minimum de chez minimum, puisque ce pays compte déjà 200 000 décès (officiels) attribués à la Covid-19 alors que le taux d’infection de la population est très loin de celui observé à Manaus. Et qu’une étude « worst case » aboutit plutôt à 1,7 million de morts aux Etats-Unis. Ce chiffre est donc similaire aux calculs de l’article de Arnaud Fontanet et Simon Cauchemez (de l’Institut Pasteur à Paris) paru dans Nature review immunology qui conclut, pour la France, à une estimation entre 100 000 et 450 000 morts dans le cas d’une stratégie d’immunité collective.
L’étude sur les donneurs de sang de Manaus apporte également une information peu encourageante : il semblerait que la réponse sérologique (donc la présence d’anticorps) diminue avec le temps passé depuis l’infection. L’#immunité serait donc assez rapidement déclinante avec le temps.
]]>Un chef indigène a été assassiné au #Brésil
Un chef de l’ethnie #Tukano, #Francisco_de_Souza_Pereira, âgé de 53 ans, a été abattu mercredi 27 février chez lui, dans la communauté d’#Urukia, dans le nord de #Manaus, au Brésil. Il dirigeait 42 communautés de la région de Manaus.
Trois hommes cagoulés sont entrés dans la maison pendant la nuit et ont tiré sur le cacique. La femme et la fille de la victime ont été témoins du crime. Selon le Bureau de l’homicide et des homicides (DEHS), qui enquête sur l’affaire, les motifs du crime sont encore inconnus.