Il y a tout un monde dans nos boyaux. Le chiffre est souvent donné tellement il est éloquent : on estime que les cellules composant notre corps sont dix fois moins nombreuses que les cellules des #micro-organismes (bactéries, champignons, protistes, virus) qui peuplent notre système digestif. L’étude du #microbiote intestinal est en plein boom – on envisage par exemple des greffes de flore pour le traitement de l’obésité ou de maladies inflammatoires de l’intestin – mais, pour faire les choses dans l’ordre, cette exploration passe d’abord par l’identification des espèces qui nous colonisent le colon.
Il faut bien l’admettre, c’est rempli d’inconnus là-dedans ! Au point que les chercheurs les considèrent comme la « matière noire » de la biologie, à l’instar de la matière noire de la cosmologie, cette importante composante de l’Univers dont on déduit la présence mais dont on ignore la nature. Le moyen le plus simple dont disposent les biologistes pour approcher les peuplades intestinales s’appelle la #métagénomique. Cela consiste à prendre un bout de milieu naturel (ici des matières fécales...) et à en cataloguer le contenu à partir des génomes qu’on y trouve. Plusieurs travaux de métagénomique ont déjà été consacrés au contenu des intestins et c’est sur ces précédents que s’est appuyée une équipe internationale qui s’est intéressée en particulier au virome intestinal, c’est-à-dire aux séquences génétiques appartenant aux virus, essentiellement des bactériophages (ou phages).
Ses résultats viennent d’être publiés dans Nature Communications et le moins que l’on puisse dire, c’est qu’ils sont surprenants. Ces chercheurs sont partis d’un tout petit échantillon de douze femmes. Ils ont scruté le matériel génétique présent dans leurs excréments et se sont aperçus que, chez toutes les personnes en question, on retrouvait le génome d’un virus, 97 000 paires de bases ne correspondant à aucune entité connue. Un panel de douze individus n’étant pas vraiment représentatif de la population humaine, l’équipe a ensuite passé au crible d’autres articles de métagénomique ayant œuvré sur des centaines d’Homo sapiens provenant de divers continents et elle a notamment fouillé dans ces résultats de travaux dont on ne sait trop que faire et que l’on range dans le fourre-tout baptisé « Inconnus ». Comme le souligne, non sans une certaine ironie, l’étude de Nature Communications, « tout le monde est d’accord pour dire que les inconnus sont importants, cependant ceux-ci sont en général ignorés »...
La surprise vient du fait que ce génome de virus était systématiquement présent chez toutes les populations humaines testées. D’après les extrapolations effectuées par les chercheurs, un humain sur deux abriterait ce phage. « Cette observation, dit l’étude, s’élève contre l’opinion communément admise que le virome intestinal est unique à chaque individu et elle suggère que quelques phages pourraient être fréquents chez les humains de par le monde. » Etant donné qu’on ne le trouve pas chez les très jeunes bébés, on suppose que ce virus s’invite dans l’appareil digestif au cours de l’enfance. « Pour autant qu’on puisse en juger, explique l’un des auteurs de l’étude, Robert Edwards, chercheur à la San Diego State University, il est aussi vieux que le sont les humains. » Ainsi que l’explique un autre co-auteur, John Mokili, lui aussi de la San Diego State University, « il n’est pas inhabituel de partir en quête d’un nouveau virus et d’en trouver un. Mais c’est très inhabituel d’en trouver un qui soit commun à tant de gens. Il est étrange qu’il ait échappé si longtemps au radar. »
Pour le moment, baptisé crAssphage (en référence au programme dit de « cross-assembly » qui a permis de déterminer sa présence), ce virus reste en quelque sorte virtuel. On sait qu’il est là, quelque part dans les intestins de milliards d’humains, mais on n’a pas encore vraiment mis la main dessus. Une fois qu’il sera isolé, les chercheurs espèrent déterminer à quelle bactérie de la flore intestinale il s’en prend et si cette attaque est bénéfique ou pas pour les hôtes.
