#conjoncture_covid : jeudi 13 janvier 2022
• par rapport à l’extrapolation de référence, le léger décalage des hospitalisations et des entrées en réanimation se maintient, les décès décrochent un peu
• en données cvh, les hospitalisations plafonnent, les entrées en réa aussi avec, peut-être l’amorce d’une petite baisse, les décès s’orientent à la baisse
Baisse du fait des congés. Ds 10 jours, annulation du plateau, car arrivée des contaminations de début janvier... Quel suspens haletant !
pourtant, je ne crois pas, malgré la remontée tardive du taux de vaccination, que l’on ai fini de voir les effets de Noël et du Jour de l’an sur les hospitalisations (avec entre autres facteurs, la trappe des autotests à faux négatifs nombreux)
Covid-19 : des scénarios actualisés de l’Institut Pasteur précisent l’ampleur possible du pic à l’hôpital
Jusqu’à 5 200 personnes par jour pourraient être hospitalisées si la trajectoire actuelle ne s’infléchit pas, estiment les modélisateurs. Les hôpitaux comptaient mercredi près de 24 000 patients atteints de la maladie.
« Dans tous les scénarios, le pic des admissions à l’hôpital est attendu dans la deuxième moitié de janvier, avec un impact maximal sur l’occupation des lits fin janvier-courant février. Le pic des infections est attendu mi-janvier »
(...) « Ce n’est pas le moment d’abandonner, ce n’est pas le moment de baisser la garde, ce n’est pas le moment de dire que c’est un virus qui est le bienvenu, aucun virus n’est le bienvenu », a lancé pour sa part Michael Ryan, le responsable des situations d’urgence à l’OMS
Impact du variant Omicron sur l’épidémie COVID-19 et son contrôle en France métropolitaine durant l’hiver 2021-2022
▻https://modelisation-covid19.pasteur.fr/variant/InstitutPasteur_Complement_Analyse_Impact_Omicron_20220
Dr Zoë Hyde sur Twitter : « Our calculations of expected outcomes are based on the original strain of #SARS-CoV-2, because we don’t yet know how much more severe the delta variant is. But if we use preliminary estimates of increased severity, we project many more hospitalisations and deaths than shown here. » / Twitter
▻https://twitter.com/DrZoeHyde/status/1431277347672522753
Les #modélisations prévoient des centaines de milliers de morts si les restrictions sont levées avant que la couverture vaccinale ne soit supérieure à 90%, enfants compris.
Et il ne s’agit que de l’Australie.
Sketchfab Community Blog - » Sketchfab is Joining the Epic Games Family
▻https://sketchfab.com/blogs/community/sketchfab-is-joining-the-epic-games-family
Sketchfab is Joining the Epic Games Family
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Dynamique du #variant #Delta en France métropolitaine - #Modélisation #COVID-19
►https://modelisation-covid19.pasteur.fr/realtime-analysis/delta-variant-dynamic
Nous étudions la dynamique de propagation du variant Delta en analysant les données de criblage documentant la #mutation L452R.
#Covid-19 : le Sénat commande une #étude pour « débattre de façon plus objective » de la stratégie à suivre | Public Senat
▻https://www.publicsenat.fr/article/parlementaire/covid-19-le-senat-commande-une-etude-pour-debattre-de-facon-plus-objecti
La mission d’information du Sénat sur les effets du confinement a commandé une étude de #modélisation sur l’évolution de l’épidémie. Son président, Bernard Jomier, interroge la stratégie du gouvernement de laisser circuler le virus. Il évoque deux autres pistes : « La stratégie d’élimination du virus, appelée zéro covid, ou celle de circulation minimale ».
#COVID-19 : Faut-il ouvrir la #vaccination à d’autres publics prioritaires ? | santé log
▻https://www.santelog.com/actualites/covid-19-faut-il-ouvrir-la-vaccination-dautres-publics-prioritaires
- sur la priorisation entre plus âgés et travailleurs de première ligne, les modélisateurs concluent que les travailleurs de première ligne devraient être un groupe prioritaire au même titre ou tout juste après les personnes âgées. Les stratégies qui ont ciblé simultanément l’âge et le statut de travailleur essentiel ont largement surpassé celles qui n’ont ouvert la vaccination que sur la base de critères d’âge ;
–accorder une priorité pour la vaccination aux travailleurs essentiels par rapport aux personnes âgées dépend du contexte : si l’épidémie est sous contrôle, il devient alors préférable de cibler d’abord les travailleurs essentiels pour réduire la propagation globale. Si l’approvisionnement en vaccins reste limité et que les cas et les décès continuent à augmenter, cibler directement les personnes âgées et les plus vulnérables apparaît, selon le modèle, la meilleure des stratégies.
Une stratégie de priorisation donnée ne doit pas rester figée au fil du temps. C’est probablement le message principal de cette #modélisation qui jette les bases de l’évolution des priorités au fur et à mesure que les conditions changent, par exemple lorsque certains groupes sont majoritairement vaccinés : « Une fois qu’une grande proportion des personnes les plus vulnérables ou les plus susceptibles d’être exposées ont été vaccinées, la politique de vaccination peut être élargie".
Source :
Dynamic prioritization of COVID-19 vaccines when social distancing is limited for essential workers | PNAS
▻https://www.pnas.org/content/118/16/e2025786118
#Covid-19 : « Il n’est pas possible d’attendre 2022 pour qu’Emmanuel Macron et le gouvernement rendent des comptes », Barbara Serrano
▻https://www.lemonde.fr/idees/article/2021/03/29/covid-19-il-n-est-pas-possible-d-attendre-2022-pour-qu-emmanuel-macron-et-le
Jugeant que leurs décisions ont permis à l’épidémie de s’intensifier, la sociologue Barbara Serrano appelle, dans une tribune au « Monde », les responsables politiques à justifier publiquement leurs choix par des données objectivables.
Tribune. Il y a un an, le 17 mars 2020, la France était confinée pour faire face à la pandémie de Covid-19 devenue hors de contrôle. Fin janvier, le mot d’ordre du président de la République est désormais « Tout sauf le confinement ». Il rejette alors la proposition d’un confinement strict d’un mois défendue par le conseil scientifique.
Seule cette mesure aurait permis de ramener la circulation du virus SARS-CoV-2 autour de 5 000 contaminations par jour – seuil fixé par Emmanuel Macron lui-même pour contrôler l’épidémie et déconfiner –, contre plus de 30 000 par jour actuellement. Elle nous aurait fait gagner du temps en reprenant la main sur le traçage des contaminations et en avançant la campagne de vaccination.
Du fait du « pari politique » d’Emmanuel Macron, l’épidémie s’est intensifiée et, comme avaient mis en garde les modélisateurs, plusieurs régions à forte densité, telles que l’Ile-de-France et les Hauts-de-France, puis aujourd’hui le Rhône, l’Aube et la Nièvre, ont largement dépassé les seuils d’alerte de 250 cas hebdomadaires pour 100 000 habitants, seuils déjà moins stricts que ceux fixés dans les pays voisins (par exemple, 100 pour 100 000 en Allemagne).
Dispositions aberrantes
Dès lors, plus d’autre choix pour l’exécutif que de se diriger à reculons vers un durcissement des mesures en vigueur. Jean Castex, le premier ministre, a présenté chaque jour passé sans avoir pris des mesures contraignantes comme une victoire, le gouvernement aurait ainsi préservé la population de mesures d’exception. Mais à quel prix, humain et matériel ? Avec quels résultats sur la dynamique de l’épidémie ? Surtout lorsque les nouvelles dispositions sont soit cosmétiques (fermeture des magasins non essentiels, par exemple), soit aberrantes (reprise des activités sportives en salle pour les établissements scolaires).
Au rythme actuel, sans mesures fortes de distanciation sociale, la vaccination ne suffira pas à faire reculer l’épidémie assez vite. Tout cela entraîne d’ores et déjà le sacrifice de milliers de vies supplémentaires, alors que la France déplore déjà plus de 90 000 morts.
En s’émancipant du conseil scientifique et en refusant de tenir compte des alertes lancées par les épidémiologistes, le président a fait un choix qui n’a été ni justifié par des données sérieuses, ni fondé sur la comparaison éclairée des différentes options posées sur la table. Et, bien sûr, sans débat sur la place publique. Sa décision a été prise et maintenue, y compris, semble-t-il, contre l’avis de certains ministres, sans être expliquée aux Français. Cette situation ne peut plus durer. Il n’est pas possible d’attendre 2022 pour que le président de la République comme le gouvernement rendent des comptes sur leur gestion de cette crise majeure.
Ne nous méprenons pas, cet appel n’est en rien un désir de vengeance, ni une invocation de la « carence fautive » et, plus généralement, de la responsabilité pénale des gouvernants. Alors que nous entrons dans la deuxième année de cette pandémie, il s’agit simplement de rappeler un principe fondamental de l’exercice du pouvoir dans les démocraties évoluées : les gouvernants doivent rendre compte de leurs décisions devant la représentation nationale et les citoyens. Des citoyens à qui ils sont « redevables ».
Long déni de Jean-Michel Blanquer
Rendre des comptes signifie justifier ses choix et ses changements de cap par des données objectivables. Le gouvernement doit expliciter ce que furent et ce que sont désormais les objectifs à atteindre (empêcher la saturation des services de réanimation ? Préserver l’économie du pays et maintenir les écoles à tout prix ? Sauver un maximum de vies ?), énoncer les moyens mis en œuvre pour atteindre ces objectifs, donner au public les éléments d’information pour comprendre les choix opérés, comme les options qui ont été écartées…
La place de l’expertise, de la science, la question de la transparence des données sont ici fondamentales. Comment justifier que le ministère de la santé garde sous le boisseau, parfois jusqu’à un mois après les avoir reçus, les avis du conseil scientifique censés être rendus publics « sans délai » ? Comment légitimer l’absence de transparence sur l’état sanitaire des écoles et des classes (nombre de tests antigéniques pratiqués, nombre d’enfants positifs) ?
Comment expliquer ce long déni du ministre de l’éducation nationale, Jean-Michel Blanquer, concernant les contaminations dans ses établissements, à rebours de toutes les études épidémiologiques internationales, faisant de la France le seul pays où les enfants n’étaient pas contaminants ?
Rendre des comptes est aux fondements de la responsabilité des gouvernants. Et c’est peut-être Olivier Beaud et un certain Jean-Michel Blanquer, à l’époque professeur de droit public à Lille, qui en parlent le mieux dans leur introduction au livre collectif La Responsabilité des gouvernants (Descartes et Cie, 1999) : « La responsabilité est le passif qui vient équilibrer l’actif de tout pouvoir. Le terme même de “responsabilité”, dans sa polysémie, indique que le phénomène du pouvoir a toujours une double dimension, proportionnelle l’une à l’autre : le droit d’agir, le devoir de rendre compte. »
Barbara Serrano est sociologue et conseil en stratégie de concertation, maîtresse de conférences associée à Paris-Saclay, cofondatrice du collectif #Du_côté_de_la_science, ex-commissaire de la Commission nationale du débat public.
#Modélisations de l’épidémie de #SARS-CoV-2 / #Covid-19 : l’Institut #Pasteur met en ligne un nouvel espace dédié sur pasteur.fr
▻https://www.pasteur.fr/fr/espace-presse/documents-presse/modelisations-epidemie-sars-cov-2-covid-19-institut-pasteur-met-ligne-nouvel
Mort de Gaye Camara : la légitime défense remise en cause
▻https://disclose.ngo/fr/article/mort-de-gaye-camara-la-legitime-defense-remise-en-cause
Disclose et Index ont reconstitué les événements ayant entraîné la mort de Gaye Camara, 26 ans, lors d’une intervention de la police en janvier 2018. Modélisation 3D à l’appui, notre enquête remet en cause la thèse officielle : la légitime défense du policier à l’origine du tir.
Disclose sur touiteur
▻https://twitter.com/Disclose_ngo/status/1352537572149440518
La cour d’appel de Paris a confirmé le non-lieu pour cause de légitime défense du policier accusé dans la mort de #GayeCamara. Concernant les nouveaux éléments révélés par @Disclose_ngo, les juges sont restés muets. Silence radio.
Aucune reconstitution n’a été acceptée, les vidéos demandées par la partie civile n’ont pas été exploitées.
Affaire Gaye Camara : le non-lieu pour un policier confirmé en appel
▻https://www.lemonde.fr/societe/article/2021/01/21/affaire-gaye-camara-le-non-lieu-pour-un-policier-confirme-en-appel_6067108_3
En 2018, Gaye Camara, 26 ans, avait été tué d’une balle dans la tête au cours d’une opération de police alors qu’il se trouvait au volant de sa voiture, à Epinay-sur-Seine. La justice considère que le policier auteur du tir a agi en état de légitime défense.
How 100% Clean Energy Could Power Our Cities and Towns
▻https://www.filmsforaction.org/watch/how-100-clean-energy-could-power-our-cities-and-towns
Grist built this tiny model town to show what it would look like if we tried to transition to 100% clean energy. In the real world, it’s even more difficult. Staff reporter Shannon Osaka wrote...
#urbanisme #villes #urban_matters #énergies_renouvelables #modélisation #vidéo #simulation #fiction #électricité #hydrogène
Et le #nucléaire... reste dans le modèle
▻https://www.youtube.com/watch?v=i_xwYTKX8pY&feature=emb_logo
How modelling Covid has changed the way we think about epidemics | Coronavirus | The Guardian
▻http://www.theguardian.com/commentisfree/2021/jan/04/covid-model-epidemic-collaboration-experiment
▻https://i.guim.co.uk/img/media/00c5902c5c83fcee36c7e405c0e81c7810b62697/0_448_6720_4032/master/6720.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali
Outbreak research should ideally be fast, reliable and publicly available. But the pressures of real-time Covid-19 analysis – which many academics have done in their spare time without dedicated funding – can force difficult choices. Should researchers prioritise updating scenarios for governments and health agencies, writing detailed papers describing their methods, or helping others adapt the models to answer different questions? These are not new problems, but the pandemic gave them new urgency. In the US, for example, the most comprehensive Covid-19 databases have been run by volunteers. The pandemic has flagged inefficient and unsustainable features of modelling and outbreak analysis, and illustrated that there is a clear need for change.
Alongside coverage of specific modelling studies, mathematical concepts have also become part of everyday discussions. Whether talking about reproduction numbers, lags in data, or how vaccines might protect the non-vaccinated through “herd immunity”, journalists have started to think more deeply about epidemic dynamics. Prior to the outbreak, I never thought I’d end up fielding media requests to discuss a statistical parameter such as “K”, which quantifies the potential for super-spreading.Unfortunately, there have been challenges with coverage too. Some modelling results – particularly in the early stages of the pandemic – were widely misinterpreted, like the headlines in March suggesting half of the UK might have already been infected. Throughout summer and autumn, research groups also had to contend with media critics who misled the public with claims that the pandemic was over, dismissing warnings about the potential for a large second wave. Given the European epidemic waves to date, there can be little doubt that in the absence of control measures, Covid-19 would have been catastrophic for our health systems. Across the world, populations altered their behaviour in response to growing epidemics, but the extent of this unprecedented shift – and its effect on spread – was extremely hard to predict at the start of last year. Although infections such as Ebola and Sars have previously spurred behaviour change, Covid-19 triggered shutdowns of society on a scale unseen since the 1918 influenza pandemic.
As well as modelling the spread of disease, researchers have had to track the dynamics of social behaviour. Because of modern digital footprints, they have been able to do this in more detail than ever, providing unique insights into how individuals and communities respond to outbreaks. These behavioural changes, whether driven by explicit government policies or local awareness of infection risk, have in turn had complex social, economic and health impacts. Untangling such effects will no doubt be the subject of research far into the future.Covid-19 has cemented a growing trend for research teams that work across multiple aspects of disease dynamics, from modelling and epidemiology to immunology and human behaviour. In the UK, researchers involved in modelling the disease have set up studies of social interactions and infection levels within communities, with these datasets then feeding back into new models.
As well as interdisciplinary links, there have also been new international connections. Political responses to the pandemic have been country-specific, but throughout 2020, scientific insights – including datasets, modelling results and code – have been shared and built upon by teams across multiple continents. Past epidemics have brought mathematical tools to new audiences, but the scale of Covid-19 has resulted in epidemiological ideas being exchanged across disciplines and borders as never before. If sustained, such collaborations and networks could be hugely valuable in tackling other global epidemic challenges in future.The events of last year have altered the dynamics of many diseases, beyond Covid-19, as seen in the disappearance of certain seasonal infections or the disruption of vaccination programmes. Had the pandemic not happened, I would have spent much of 2020 abroad, setting up studies of influenza, Zika and dengue. When these projects eventually resume, will we see smaller outbreaks than before, or belated large epidemics? The pandemic has created a tragic “natural experiment”, a once-in-a-century jolt to disease ecosystems that could produce unexpected insights into immunity, social behaviour, seasonal effects and evolution. We’ve learned a lot about Covid-19 in the past 12 months, but there’s much more that modelling will help us discover in the coming years.
#Covid-19#migrant#migration#sante#epidemiologie#modelisation#interactionsociales#reseau#immunité#pandemie
Why Is the Risk of Coronavirus Transmission so High Indoors ?
Whenever people gather in closed spaces, the infection risk climbs. Our interactive tool shows how the coronavirus spreads. Find out how safe your environment is.
▻https://www.zeit.de/wissen/gesundheit/2020-11/coronavirus-aerosols-infection-risk-hotspot-interiors
#aérosols #modélisation #covid-19 #espaces_fermés #coronavirus #propagation #espace_clos #classe #restaurant
Comment sécuriser les #universités vis-à-vis de l’épidémie ?
Comment éviter de nouvelles vagues épidémiques sans restreindre ni les libertés publiques ni l’activité sociale ? Comment faire en sorte que les universités, ainsi que les autres lieux publics, ne participent pas à la circulation du virus ? Nous examinons ici l’état des connaissances sur les voies de contamination pour formuler des préconisations à mettre en œuvre de toute urgence .
Le coronavirus se transmet principalement par voie respiratoire. Une personne atteinte du Covid et symptomatique, émet en toussant des gouttelettes de salives entre 50 microns et 1 mm, chargées en virus . Les porteurs symptomatiques ou asymptomatiques, en parlant ou simplement en respirant, émettent de plus petites gouttes porteuse de particules virales, entre la centaine de nanomètre, ce qui correspond à la taille du virus, et 5 microns. Ces deux types de gouttelettes ont des comportements hydrodynamiques différents . Les grosses gouttelettes produites par la toux retombent sur le sol après un vol de l’ordre du mètre. Lorsqu’on les respire, elles se déposent, du fait de leur inertie, sur les parois des voies respiratoires. Les petites gouttelettes produites par la toux, par la parole, par le chant ou par la respiration ont une faible inertie et suivent l’écoulement de l’air. En conséquence, elles peuvent rester suspendues en aérosol dans l’air, entraînées par ses mouvements turbulents. Lorsqu’on les respire, elles pénètrent profondément dans les voies respiratoires. Seules des gouttelettes de petites tailles peuvent ainsi aller jusqu’aux alvéoles pulmonaires . Une dizaine d’études de cas ont montré des contaminations par voies aérosol. Cela a été confirmé par des études sur des modèles animaux. On estime maintenant que 50% au moins des contaminations sont dues aux porteurs asymptomatiques, ce qui implique des gouttes transportées en aérosol. Du reste, 4 personnes sur 5 se montrent incapables de savoir précisément dans quelles circonstances elles ont été contaminées.
#ESR #université #sécurisation #contamination #facs #vidéo #voie_aérosol #modélisation #goutelettes #épidémie #repas #coronavirus #covid-19 #toilettes #aérosolisation_fécale #masques #salles_de_cours #chaînes_épidémiques #tests #transmission #lieux_collectifs #ventilation #niveau_de_ventilation #respiration #tutoriel #CO2 #VMC #fenêtres #transmission_aéroportée #purificateurs_d'air #filtres_HEPA
ping @simplicissimus
AlphaFold : a solution to a 50-year-old grand challenge in biology | DeepMind
▻https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology
Cette année #deepmind vient d’exploser le concours #CASP, en portant son score à près de 90/100 ; ce qui était une sorte de graal de la biologie (la prédiction de structures 3D des protéines) est un problème quasiment résolu.
In the results from the 14th CASP assessment, released today, our latest AlphaFold system achieves a median score of 92.4 GDT overall across all targets. This means that our predictions have an average error (RMSD) of approximately 1.6 Angstroms, which is comparable to the width of an atom (or 0.1 of a nanometer). Even for the very hardest protein targets, those in the most challenging free-modelling category, AlphaFold achieves a median score of 87.0 GDT (data available here).
En fait, AlphaFold avait déjà plié le jeu en 2018 : ►http://www.internetactu.net/a-lire-ailleurs/les-couts-caches-de-la-pensee-automatisee
Le repliement des protéines : Résolu par l’intelligence artificielle AlphaFold ? [ScienceEtonnante]
▻https://www.youtube.com/watch?v=OGewxRMME8o
L’algorithme AlphaFold de DeepMind aurait résolu un des problèmes les plus important de la biologie. De quoi s’agit-il, et est-ce vraiment si révolutionnaire ?
Détails et compléments dans le billet de blog qui accompagne la vidéo : ▻https://scienceetonnante.com/2020/12/09/le-repliement-des-proteines
Et oui, c’est impressionnant.
AlphaFold2 CASP14 : “It feels like one’s child has left home.” « Some Thoughts on a Mysterious Universe
▻https://moalquraishi.wordpress.com/2020/12/08/alphafold2-casp14-it-feels-like-ones-child-has-left-home
dans cette longue analyse du résultat (repérée par @0gust1) je note ce passage en particulier :
the cytoplasm is not a crystal! Most crystallized protein structures are probably not particularly good representatives of physiologic state! We’ve all been engaged in a sort of make-belief exercise that crystal structures give us the “truth”, and they do in a sense, about proteins coerced into forming crystalline material. But insofar as we’re interested in biological function, if predicted structures are well within the lowest energy basin of a protein’s energy landscape, I would argue it’s unclear whether crystal structures or predicted ones will be more informative.
traduction : le "graal" de la détermination du repliement des protéines devrait être de savoir à quoi elles ressemblent dans la cellule, et non pas quand on les cristallise. Le score de "100" serait une parfaite adéquation avec un modèle déformé.
#Mort de , les #preuves qui accusent la #police
Disclose et Forensic Architecture ont réalisé une contre-enquête des évènements qui ont coûté la vie à Zineb Redouane, le 2 décembre 2018, à #Marseille. A l’aide de documents inédits et d’une #modélisation 3D des événements, elle démontre que la responsabilité de la police est plus que jamais engagée dans cette affaire.
►https://www.youtube.com/watch?v=bhsbnmci04U
Dossier complet de Disclose : ►https://seenthis.net/messages/888993
#COVID-19 : au #Royaume-Uni, l’Imperial College tente de se préserver de la politisation du débat scientifique
▻https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/27/covid-19-au-royaume-uni-l-imperial-college-tente-de-se-preserver-de-la-polit
Ce scoop du Financial Times, samedi 23 mai, est resté presque confidentiel au Royaume-Uni, secoué par le scandale « Cummings », du nom du proche conseiller de Boris Johnson ayant enfreint les règles du confinement. Mais il en dit long sur les rapports, de plus en plus compliqués entre les scientifiques et les politiques dans le pays. Les équipes de modélisateurs de l’Imperial College, à en croire le quotidien des affaires, ont préféré retarder la publication d’une étude portant sur les conséquences épidémiologiques du #déconfinement.
A la fin avril, raconte le Financial Times, le MRC Center for Global Infectious Disease Analysis avait fait savoir qu’un rapport très attendu, simulant les décès à craindre en fonction des différentes mesures de levée du #confinement, devait paraître la semaine suivante. Fin mai, il n’avait toujours pas été rendu public.
La décision a été prise de privilégier la parution de l’enquête dans une revue scientifique, après une revue par les pairs, suite à des critiques répétées contre la pertinence des modèles mathématiques de l’Imperial College. « Les résultats [de la recherche] ont été partagés avec le gouvernement [britannique], et nous préparons désormais sa soumission à une revue scientifique » a confirmé au Monde une porte-parole du MRC Center for Global Infectious Disease Analysis, mardi 26 mai.
Une « erreur de jugement »
Au moins huit chercheurs de l’Imperial College sont membres du SAGE (Scientific Advisory Group for Emergencies), le comité scientifique conseillant le gouvernement Johnson, ou de sous-comités officiels. Leurs modélisations ont servi de support au gouvernement pour décider l’entrée en confinement – tardive au Royaume-Uni, le 23 mars. Notamment celle du 16 mars 2020 conduite par Neil Ferguson, vice-doyen de la faculté de médecine de l’Imperial College, qui prédisait, en l’absence de confinement de la population, « environ 510 000 morts au Royaume-Uni [du Covid-19] et 2,2 millions de morts aux Etats-Unis » .
Le confinement a été très peu contesté en avril, au plus fort de l’épidémie – ni les travaux des scientifiques. Mais il y a eu la démission de Neil Ferguson, le 5 mai. L’épidémiologiste de 51 ans, très présent dans les médias depuis mi-mars, a dû quitter précipitamment le SAGE à la suite de révélations du Daily Telegraph. Le quotidien conservateur a raconté qu’il avait rencontré chez lui, à « au moins deux reprises » en avril, une femme de 38 ans, qui avait traversé Londres pour « passer du temps » avec lui, en dehors des règles du confinement. « Je reconnais avoir commis une erreur de jugement » , a déclaré M. Ferguson au Telegraph.
Ces excuses n’ont pas suffi : les médias conservateurs ont multiplié les articles négatifs contre « M. Confinement ». Quelques députés à la droite du parti conservateur, tels Steve Baker ou David Davis, ont aussi commencé à s’impatienter, réclamant une levée rapide du confinement, s’en prenant directement aux modèles de l’Imperial College. Dans un article cosigné avec le journaliste Matt Ridley, paru le 10 mai dans le Daily Telegraph, M. Davis regrette ainsi que « le modèle [sur lequel s’est basé M. Ferguson et son équipe pour produire l’étude du 16 mars] n’ait pas été rendu public dans la communauté scientifique » .
L’ex-ministre du Brexit de Theresa May enchaîne, faisant allusion à l’épidémie de fièvre aphteuse de 2001 : « Ce n’est pas comme si les performances antérieures de M. Ferguson étaient bonnes. En 2001, les modélisations de l’équipe de l’Imperial College ont conduit à l’abattage de 6 millions de têtes de bétail et ont été critiquées par les experts en épidémiologie comme défectueuses. »
Protéger sa réputation
Le fait que le SAGE ait attendu le 7 mai pour mettre en ligne la liste de ses membres, et ne publie qu’au compte-gouttes ses synthèses de recherche n’a pas aidé. Début mai, un « SAGE bis » a même été constitué, sous l’autorité de Sir David King, ex-conseiller scientifique des gouvernements Blair et Brown, qui a tenu des réunions en ligne ouvertes au public.
L’Imperial College cherche maintenant à protéger sa réputation – enviable –, face à une politisation accélérée du débat dans un pays où beaucoup cherchent désormais des boucs émissaires, alors que le bilan des morts du Covid-19 est le plus élevé d’Europe (plus de 37 000 décès). « Il y a une perception erronée selon laquelle l’Imperial dirige le pays, ce n’est pas le cas » , insiste John Edmunds, modélisateur à la London School of Hygiene and Tropical Medicine, dans le Financial Times.
Les modèles déboussolés pour prédire l’évolution de l’épidémie due au coronavirus
▻https://seenthis.net/messages/856477
Merci @colporteur
Les « politiques » n’ont certainement aucun problème avec les prédictions erronées quand elles favorisent les décisions de déconfinemement.
Un second pic en France serait plus ou moins étalé (selon les scénarios indiqués en fin de fichier) entre cet été et cet automne :
Lockdown exit strategies and risk of a second epidemic peak : a stochastic agent-based model of SARS-CoV-2 epidemic in France
Nicolas Hoertel, Martin Blachier, Carlos Blanco, Mark Olfson, Marc Massetti, Marina Sanchez Rico, Frederic Limosin, Henri Leleu
▻https://doi.org/10.1101/2020.04.30.20086264
#coronavirus #deuxième_vague #statistiques #modélisation #mathématiques
Hidden Outbreaks Spread Through U.S. Cities Far Earlier Than Americans Knew, Estimates Say - The New York Times
▻https://www.nytimes.com/2020/04/23/us/coronavirus-early-outbreaks-cities.html
Dr. Vespignani said he and his research team warned officials of the silent spread, posting some of their early projections in mid-February. “We were talking to officials here, and it was the same reaction we got in Italy, in the U.K., in Spain,” Dr. Vespignani said. “They told me, ‘OK, that’s happening on your #computer, not in reality.’ Look,” he added, “No one’s going to shut down a country based on a model.”
I personnally come to wonder whether this phenomenon of “viral” propagation is not linked to the much-vaunted mobility and hyperconnection in our societies...
XKCD : ▻https://seenthis.net/messages/829703
Please let me know if that happens
Est-ce qu’on a parlé de cette étude ici, pour celles et ceux qui aiment les chiffres...
Modéliser l’épidémie de COVID-19
Groupe de modélisation de l’équipe ETE (Laboratoire MIVEGEC, CNRS, IRD, Université de Montpellier), le 23 avril 2020
▻http://covid-ete.ouvaton.org/Rapport7_resume.html
Et je vous met juste un extrait de la conclusion :
Endiguement ou atténuation ?
Il existe deux grandes options pour sortir de l’épidémie de COVID-19 :
1) endiguement/suppression : qui vise à contrôler le plus possible l’épidémie en attendant d’avoir un traitement (prophylactique ou curatif) ou un vaccin.
2) atténuation : qui vise à construire une immunité de groupe en laissant de propager l’épidémie sous contrôle.
#coronavirus #confinement #statistiques #flatten_the_curve #modélisation #mathématiques
Covprehension
Un site web interactif a été créé par une équipe de chercheurs de différentes disciplines, tous spécialistes de la #modélisation des #systèmes_complexes et désireux de mobiliser leurs compétences pour répondre aux nombreuses interrogations que soulève l’#épidémie de COVID-19. L’idée est de permettre à chacun de poser la/les questions qui le travaillent et d’y répondre, aussi rapidement que possible, en mobilisant les connaissances scientifiques sur le sujet mais aussi des outils de #visualisation_scientifique, de modélisation et de #simulation.
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#covid-19 #ressources_pédagogiques #coronavirus #modèle #questions_réponses
ping @simplicissimus @reka
“Adaptive cyclic exit strategies from lockdown to suppress COVID-19 and allow economic activity” ▻https://medium.com/@urialonw/adaptive-cyclic-exit-strategies-from-lockdown-to-suppress-covid-19-and-allow (and ▻https://medium.com/@urialonw/containing-sars-cov-2-with-a-two-day-workweek-fbdea4030d30) on a weekly cycle of 2 work days and 5 lockdown days
Projecting the transmission dynamics of SARS-CoV-2 through the postpandemic period | Science
▻https://science.sciencemag.org/content/early/2020/04/14/science.abb5793.full
#COVID-19 : Tout dépendra de la durée de l’#immunité | santé log
▻https://www.santelog.com/actualites/covid-19-tout-dependra-de-la-duree-de-limmunite
De ces #modélisations, on retient les conclusions suivantes :
– Les mesures de distanciation sociale dont le confinement peuvent contribuer à éviter les dépassements critiques de capacité hospitalière et de réanimation ;
– l’épidémie réapparaîtra une fois ces mesures levées, de sorte que ces mesures devront peut-être être à nouveau mises en œuvre par intermittence jusqu’en 2022 ;
– il est peu probable que le #SARS-CoV-2 suive la même évolution que le SARS-CoV-1 (SRAS), et soit totalement éradiqué par des mesures intensives de santé publique après cette première #pandémie. Au contraire, sa transmission pourrait ressembler à celle de la grippe, avec une circulation saisonnière ;
– dans tous les scénarii modélisés dont en cas de mise en œuvre intermittente des mesures de distanciation, les infections réapparaissent lorsque ces mesures sont levées. Une #épidémie hivernale intense de COVID-19 pourrait ainsi se produire, s’ajoutant à la grippe et entraînant un dépassement de la capacité des hôpitaux ;
– un des scénarii suggère qu’une résurgence de SRAS-CoV-2 serait possible jusqu’en 2025 ;
de nouvelles thérapies pourraient atténuer le besoin de mesures de distanciation sociale mais en l’absence de celles-ci, la surveillance et la mise en œuvre intermittente de ces mesures devrait être maintenues jusqu’en 2022 ;
Le facteur clé, l’évolution de notre immunité : sur la base de ces simulations, les chercheurs concluent que le facteur clé modulant l’incidence du virus dans les années à venir est le taux de diminution de l’immunité virale.
Or ce taux de régression de l’immunité contre le virus reste à déterminer.
Il est donc urgent de mener des études sérologiques longitudinales pour déterminer l’étendue et la durée de l’immunité humaine contre le SRAS-CoV-2.
Et même en cas d’arrêt apparent de circulation du virus, une surveillance devrait être maintenue sur plusieurs années : « Une résurgence de la contagion pourrait être possible jusqu’en 2024 », concluent les auteurs.
Why It’s So Freaking Hard To Make A Good COVID-19 Model | FiveThirtyEight
▻https://fivethirtyeight.com/features/why-its-so-freaking-hard-to-make-a-good-covid-19-model
Édifiant : on en a pour 6 mois #modélisation #Covid_19 « Pour limiter les risques de résurgence du virus, il va falloir changer durablement nos habitudes » « il ne faut pas espérer un retour à la normale dans les prochains mois »
►https://www.heidi.news/articles/covid-19-a-quoi-ressemblera-le-monde-dans-les-prochains-mois
Changer nos habitudes culturelles . En attendant un vaccin à même d’immuniser les populations, le monde semble réduit à changer certaines de ses habitudes, pour longtemps.
La distanciation, impliquant de limiter les rassemblements, d’éviter de se saluer par une bise ou une poignée de main, pourrait devenir une nouvelle norme sociale. La façon dont l’on consomme la culture, au cinéma ou au musée, risque aussi d’être durablement affectée. Enfin, l’exemple chinois siffle, au moins pour quelques mois, la fin de l’insouciance et des sauts en avion d’un week-end à l’autre bout de l’Europe.
L’impact politico-économique . La pandémie a aussi provoqué un krach boursier, séisme dont les répliques n’ont pas fini de se faire sentir. Sur le plan politique, l’exemple de la Chine, avec un régime autoritaire ayant réussi à contenir l’épidémie grâce à des moyens technologiques confinant à la surveillance de masse, pourrait inspirer d’autres pays pour le contrôle des malades. Au risque que ces outils, une fois en place, soient utilisés à d’autres fins ?
L’impact environnemental . Dans l’immédiat, l’arrêt brutal d’une bonne part des activités économiques non essentielles se manifeste par des effets inédits sur les niveaux de pollution atmosphérique. Mais la question de l’effet à plus long terme de la pandémie sur le climat est délicate – et encore ouverte.
D’un côté, la chute historique du prix du baril de pétrole pourrait aussi achever de convaincre les investisseurs de décarboner leurs actifs. De l’autre, l’incertitude des marchés pourrait inciter acheteurs et investisseurs à privilégier le court terme, c’est-à-dire les énergies fossiles, dès la reprise. Ou encore détourner les pays des efforts à réaliser sur le climat. Alors ce ciel radieux, enfin gommé de particules fines et de dioxyde d’azote, risque de se recharger dès la reprise…
Resources For Novel Coronavirus COVID-19
This post is intended to be the hub for Wolfram resources related to novel coronavirus disease COVID-19 that originated in Wuhan, China. The larger aim is to provide a forum for disseminating ways in which Wolfram technologies and coding can be utilized to shed light on the virus and pandemic. Possibilities include using the Wolfram Language for data-mining, modeling, analysis, visualizations, and so forth. Among other things, we encourage comments and feedback on these resources. Please note that this is intended for technical analysis and discussion supported by computation. Aspects outside this scope and better suited for different forums should be avoided. Thank you for your contribution!
