• Communiqué de presse du 23 mars 2021 – Violences sexistes et sexuelles à l’#UPEC : un enseignant-chercheur sanctionné… et aussitôt détaché

    Fin janvier dernier, la #section_disciplinaire de l’#Université_Paris-Est_Créteil (#UPEC) sanctionnait un enseignant-chercheur à trois ans d’interdiction d’enseigner avec privation de la moitié de son salaire pour des « #comportements_inappropriés ». Depuis le 1er mars il occupe un poste prestigieux dans une autre institution, dans le cadre d’un #détachement de trois ans.

    Cette #sanction_disciplinaire est le résultat d’une longue affaire. Après des premiers signalements en début d’année 2020, pour des faits datant de fin 2019, l’UPEC annonce s’occuper du problème mais c’est seulement fin juillet que la section disciplinaire est finalement saisie par le président de l’université. Dans le cadre de l’enquête qui suit, plusieurs dizaines de personnes (étudiant-es, ancien-nes étudiant-es, doctorant-es) témoignent de #violences_sexistes et sexuelles qu’elles ont subies ou auxquelles elles ont assisté. Les faits relatés s’étalent sur de nombreuses années, montrant que plusieurs promotions d’étudiant-es sont concernées.

    Si la #sanction peut sembler lourde, relativement à d’autres affaires similaires, elle n’apparaît pas à la mesure de l’ampleur et de la gravité des faits reprochés :

    – la section disciplinaire rejette la qualification de #harcèlement moral et sexuel, sans apporter de justification à cette décision, contrairement à ce qui est pratiqué dans d’autres universités ;
    - elle n’évoque pas, et donc ne traite pas, des faits présentés comme une #agression_sexuelle qui ont été portés à sa connaissance ;
    – elle ne traite que d’un cas particulier, celui concerné par le signalement initial, sans prendre en compte l’ensemble des témoignages (seules deux étudiantes ont été convoquées et entendues) ;
    - la sanction ne concerne que l’enseignement alors qu’une partie des faits reprochés se sont produits dans le cadre de l’activité de chercheur de la personne mise en cause ;
    – la décision ne dit rien du caractère potentiellement sexiste des violences perpétrées : la quasi totalité des personnes ayant subi les « comportements inappropriés » sont des #femmes, étudiantes ou doctorantes, sur lesquelles le mis en cause exerçait, par sa fonction d’enseignant ou son statut de maître de conférences, une autorité ou un pouvoir.

    Après avoir strictement interdit aux équipes de la composante et du laboratoire concernés toute diffusion de la sanction en dehors de l’affichage dans les locaux – alors même que d’autres universités publient les décisions disciplinaires en ligne –, l’UPEC ne s’est pas opposée au détachement de trois ans demandé par l’enseignant-chercheur sanctionné. En plus de lui assurer une #porte_de_sortie prestigieuse, ce nouveau poste lui permet de ne pas subir les effets de la sanction.

    Cette affaire apporte une nouvelle illustration non seulement de l’incapacité du milieu de l’enseignement supérieur et de la recherche à prévenir et à sanctionner comme il se doit les violences sexistes et sexuelles, mais aussi des #inerties et des résistances néfastes de ses institutions. Dans encore trop d’affaires, les établissements se contentent de ne pas renouveler les contrats d’enseignants vacataires, sans ouvrir de #procédure_disciplinaire, et des titulaires obtiennent des détachements ou des #mutations juste après une sanction. C’est inacceptable : en plus de protéger injustement les carrières d’auteurs de violences, ces pratiques perpétuent la vieille technique de la #mobilité, qui dissimule les violences et permet à certains de faire de nouvelles victimes. Nous appelons à une révision du Code de l’éducation pour que de tels contournements des sanctions soient rendus impossibles.

    http://clasches.fr/communique-de-presse-du-23-mars-2021-violences-sexistes-et-sexuelles-a-lupe

    #violences_sexuelles #France #université #sexisme #impunité

  • Resistance of #SARS-CoV-2 variants to neutralization by monoclonal and serum-derived polyclonal antibodies | Nature Medicine
    https://www.nature.com/articles/s41591-021-01294-w

    #COVID-19 : Efficacité des #vaccins contre les #variants, la question subsiste | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-efficacite-des-vaccins-contre-les-variants-la-question-subsiste

    Alors quelles seront les conséquences pour la stratégie vaccinale ? « Les anticorps ne sont pas la seule mesure de protection ; d’autres éléments du système immunitaire peuvent être en mesure de compenser une résistance accrue aux anticorps. Nous verrons ce qui se passe au fur et à mesure que ces variantes se propagent ».
     
    Sans pouvoir répondre précisément à la question, les chercheurs insistent sur l’importance de ce type d’analyse, en continu, afin de surveiller l’efficacité des vaccins et traitements face à des variants en perpétuelle #mutation ».

    #immunité #anticorps

  • Le coronavirus ne sera pas vaincu d’ici la fin de l’année, selon l’OMS
    https://www.bfmtv.com/sante/le-coronavirus-ne-sera-pas-vaincu-d-ici-la-fin-de-l-annee-selon-l-oms_AD-2021

    L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a jugé lundi irréaliste de penser que l’humanité sera débarrassée du Covid-19 d’ici la fin de l’année.

    Sauf en France, où tout sera terminé au mois de mai, avec les beaux jours et la vaccination des vieux.

    • Dans une publication de France TV Info du 18/02, Un certain Didier Pittet, président de la mission indépendante nationale sur l’évaluation de la gestion de la crise Covid-19 en France prétendait qu’on devrait « vivre avec le virus » jusqu’à l’été 2022 et qu’à partir de là, « tout serait plus facile » ...

      https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/vaccin/video-covid-19-probablement-qu-a-l-ete-2022-tout-sera-beaucoup-plus-fac

      Mais aussi la transcription par Le Temps d’un « clavardage » entre l’infectiologue et le public.

      https://www.letemps.ch/evenements/didier-pittet-revenir-une-vie-normale-ne-sera-probablement-cas-lete-2022

      Dans une réponse donnée, on peut lire que :

      Une fois que les personnes vulnérables seront vaccinées, il est certain que le risque que ces personnes décèdent sera nettement diminué, voire supprimé. On pourra alors se permettre d’alléger considérablement les mesures, tout en laissant circuler le virus (car il ne disparaîtra de toute façon jamais). Certaines personnes vulnérables le resteront. Ceci dit, progressivement, avec l’immunité de population qui augmentera, la circulation deviendra faible, et donc avec un risque minimal pour la population.

      Problèmes soulevés par ce propos :
      - Si on vaccine prioritairement les personnes « vulnérables », càd âge élevé et/ou avec comorbidités aggravantes en cas d’infection au SARS CoV-2, on fera certes baisser les décès dans cette catégorie de population. Par contre en laissant tous les autres sans vaccin, on les laisse exposé·es à une probable contamination surtout dans leurs lieux de travail, dans les transports en commun, ou dans les établissements scolaires. En fait dans des lieux fermés où l’air est confiné et qui accueillent un grand nombre de personnes. Donc, le virus pourra continuer à se propager, entraînant son lot de nuisance chez les non-vacciné·es.

      - Croire en une immunité de groupe ? Il est fort probable que cette dernière soit sera de courte durée, soit ne concernera qu’un nombre limité de personnes immunisées dans un instant T puisque l’infection par ce virus (comme celui de la grippe d’ailleurs) ne confère pas une immunité durable.

      - Croire que la vaccination renforcerait l’immunité de groupe ? Comme tous les virus, il a une fâcheuse tendance compulsive à muter (comme les virus de la grippe). Donc nécessité de prévoir une production de vaccins adaptés au fil des saisons. Et quand on voit les difficultés qu’ont certains pays à se fournir en doses vaccinales, ça ne va aller tout seul.

      – Apparemment, on fait l’hypothèse que la réactivation de l’épidémie pourrait prendre un caractère saisonnier (comme pour la grippe). Bien que la vaccination antigrippale se soit développée, cela n’a pas empêché certain·es de tomber gravement malade. Sauf que l’infection par SARS CoV 2 a des effets potentiellement plus destructeurs qu’un banale grippette.

      Conclusion (en ce qui me concerne) : je ne suis pas prêt à me laisser démasquer principalement dans des lieux où il y a foule.
      Après, dans mes relations avec ma famille ou mes amis, ben... j’avoue que je me conforme aux exigences de chacun·e et que, lorsqu’on m’envoie un signal de tolérance, j’ai tendance, malgré le risque, à tomber le masque. Pas simple, non ?

      Et ces questions concernent surtout celles et ceux qui comme moi ne sont pas encore concerné·es par la vaccination.

    • Il a surtout mis sous le boisseau les #covid_longs et les #séquelles. Une part conséquente (et encore à quantifier) des personnes qui ont été contaminées (indépendamment de l’âge, des facteurs de risque, de la condition physique et même de l’expression de symptômes) se retrouvent avec des liaisons pulmonaires et/ou cardiaques et/ou cérébrales qui les handicapent à long terme (sans que l’on puisse savoir s’il y a possibilité de récupération).

      Cette question des séquelles est centrale et à elle seule nécessite une politique de #suppression du virus   : aucun système de santé, aucune organisation sociale ne va pouvoir encaisser des centaines de milliers de personnes rendues invalides par la maladie.

      Et effectivement, il y a toujours le problème des #mutations.

      #covidiots

  • Could too much time between doses drive the coronavirus to outwit vaccines? | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2021/01/could-too-much-time-between-doses-drive-coronavirus-outwit-vaccines

    “Twice as many people with partial immunity has got to be better than full immunity in half of them.” (...) Yet the record case counts also create an exceptional milieu—with untold billions of viral replications occurring every second—for mutations to arise as the virus makes errors in copying its genetic alphabet.

    dilemme scientifique

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale
    https://fr.news.yahoo.com/coronavirus-manaus-lexemple-de-lechec-de-limmunite-collective-non-vac

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.

    [...]

    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.

    [...]

    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.

    #réinfection

    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay
      https://va.news-republic.com/a/6917227605888336390?app_id=1239&gid=6917227605888336390&impr_id=69

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS
      https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-v

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale
      https://www.lemonde.fr/international/article/2021/01/16/au-bresil-manaus-affronte-sans-moyens-une-seconde-vague-brutale-si-vous-avez

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/23/bresil-a-manaus-le-mirage-de-l-immunite-collective_6064323_3244.html

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)
      https://seenthis.net/messages/890563

  • #Écoles et #Covid : les compromis à faire pour éviter une troisième vague | Slate.fr
    http://www.slate.fr/story/199065/limiter-presence-eleves-enfants-ecoles-classes-urgence-covid-19-variant-anglai

    Un certain nombre d’études parues à ce jour montre que le rôle des #enfants a vraisemblablement été sous-estimé, sinon négligé. Testant de manière plus systématique les enfants ou mesurant leurs #anticorps, elles tendent à mettre en évidence le fait que les enfants sont au moins aussi infectés que les adultes par le SARS-CoV-2. Les enfants présentent également une #charge_virale aussi importante que celle des adultes. Dès lors, il n’y pas de raison qu’ils soient moins contagieux et aucune donnée ne va dans ce sens.

    [...]

    La #mutation du #SARS-CoV-2 en Angleterre et la situation en Irlande ont d’abord conduit à penser que le nouveau #variant était plus transmissible par les enfants que par les adultes. Or, il est tout simplement plus contagieux. L’explication aujourd’hui envisagée est que s’il y a eu, entre septembre et aujourd’hui, une transmission accrue chez les enfants, c’est parce que les modalités de #confinement édictaient de garder les #écoles ouvertes : les plus jeunes ont été parmi les seuls #vecteurs sociaux subsistant dans une société d’adultes massivement confinés et en télétravail.

    #transmission #contagiosité

  • Covid-19 en France : plusieurs cas du variant britannique détectés dans le Maine-et-Loire
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/01/12/covid-19-en-france-plusieurs-cas-du-variant-britannique-detectes-dans-la-reg

    Des cas du variant britannique dans le Maine-et-Loire. Plusieurs cas du variant britannique ont été repérés dans la région de Cholet (Maine-et-Loire), a annoncé lundi soir l’agence régionale de santé (ARS) des Pays de la Loire.« Une famille résidant en Angleterre est venue passer des vacances en famille pour les fêtes de Noël dans la région de Cholet. Plusieurs membres de la famille ont été testés positifs au Covid-19 », a précisé l’ARS dans un communiqué de presse. Des analyses complémentaires ont été envoyées au Centre national de référence, dont les résultats confirment, « pour trois membres de la famille, la présence du nouveau variant anglais », selon la même source.« La famille, compte tenu des symptômes précoces, s’est isolée à domicile et n’a participé à aucun rassemblement », mais, malgré ces précautions, « les grands-parents, chez qui la famille a été hébergée, ont été contaminés », explique l’ARS. L’un des grands-parents a même « dû être hospitalisé au centre hospitalier de Cholet, dans une chambre seule au sein d’une unité spécialement dédiée à l’accueil des patients atteints ou suspects du Covid-19 », ajoute l’Agence

    #Covid-19#migrant#migration#sante#france#grandebretagne#mutationvirus#test#frontiere#contamination

  • Japan trying to isolate, analyze new virus variant - Asia Times
    https://asiatimes.com/2021/01/japan-trying-to-isolate-analyze-new-virus-variant

    Japan is working to isolate and analyze a new variant of the coronavirus detected in four people who arrived from Brazil, a health ministry official said Tuesday.Japan announced the detection of the new variant on Sunday, but officials have been at pains to emphasize there is no evidence yet that it is any more transmissible or dangerous than others.“In order to further analyze the variant, we need to isolate it first,” a health ministry official said.
    “It’s hard to say right now when we can release the details,” he said, adding the process could take weeks or months.The variant was found in two adults and two children who arrived in Japan on January 2 from Brazil.
    The health ministry said one of the four, a man in his forties, has been hospitalized with breathing difficulties, while a woman and male child developed mild symptoms and a female child was asymptomatic.
    The World Health Organisation said Monday it has been notified by Japan about the new variant, warning “the more the virus spreads, the higher the chance of new changes to the virus.”Experts note that viruses mutate regularly, and not all mutations make the disease easier to catch or more serious.But the discovery of a variant in the UK that is significantly more transmissible, and a second strain in South Africa, has raised concerns about whether a vaccine-resistant version could eventually develop.
    Japan’s National Institute of Infectious Diseases has said there are some similarities between the newly detected strain and the ones found in the UK and South Africa.

    #Covid-19#migrant#migration#japon#bresil#sante#mutationvirus##transmission#frontiere#circulation

  • Coronavirus : à Marseille, les autorités sanitaires font la traque au variant anglais
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/01/12/coronavirus-a-marseille-les-autorites-sanitaires-font-la-traque-au-variant-a

    Polémique sur l’efficacité des contrôles sanitaires à l’arrivée de l’aéroport de Marseille, questions sur le délai pris pour donner l’alerte, divergence publique de vues entre le maire Benoît Payan et sa première adjointe Michèle Rubirola sur l’intérêt d’un confinement général de la ville… La découverte d’un « cluster familial élargi » provoqué par le variant anglais du coronavirus a déclenché, depuis vendredi 8 janvier, une montée de tension et un tourbillon médiatique dans la deuxième ville de France. Lundi 11 janvier, trois jours après sa découverte, le bilan officiel de ce foyer infectieux n’a pourtant pas augmenté. Selon les autorités sanitaires, six personnes, dont le patient zéro qui a ramené le virus du Royaume-Uni, sont reconnues, pour l’instant, comme ayant été contaminées par la souche britannique, jusqu’alors inédite à Marseille.Deux autres cas devraient rejoindre ce total. Identifiés la veille comme positifs au variant anglais, ils nécessitent, selon l’IHU Méditerranée-Infection chargé du séquençage des prélèvements, des analyses supplémentaires. Mais pour l’Agence régionale de santé (ARS) Provence-Alpes-Côte d’Azur, « il ne fait pas de doute » que l’origine du virus sera confirmée.Toutes ces personnes contaminées font partie de la même famille, dont certains membres, résidant en Angleterre, sont venus passer les fêtes de fin d’année dans leur ville. Sept autres personnes, issues de ce même cercle familial, ont été testées positives, mais, selon l’IHU, leur charge virale n’était pas suffisante pour permettre de les rattacher avec certitude à la souche britannique. Si l’ARS a inclus quarante-cinq personnes dans ses investigations sur la base des déclarations des personnes contaminées, seules vingt-trois, sans compter le patient zéro, se sont révélées jusqu’alors positives. Des cas qui n’ont, pour l’instant, entraîné aucune hospitalisation.
    Le processus d’importation à Marseille de la souche britannique du Covid-19, donnée pour être plus contagieuse, est désormais clairement connu. « Une famille de cinq personnes, deux parents et trois enfants, résidant à Londres, arrivée le 19 décembre 2020. Des gens très sérieux, qui avaient été testés avant leur départ et se sont autoconfinés à leur arrivée », détaille Sébastien Debeaumont, directeur adjoint de l’ARS. Un premier test PCR effectué le 21 décembre s’étant révélé négatif, la famille a passé les fêtes de Noël sans craindre de contaminer ses proches. Et ce n’est que le 28 décembre qu’un des parents a ressenti les premiers symptômes, avant d’être testé positif le 31, à l’IHU.
    Huit jours se sont alors écoulés entre le test positif et l’alerte lancée aux autorités sanitaires sur la présence à Marseille du variant anglais. A l’IHU, on explique ce délai par le ralentissement d’activité dû au Nouvel An et par le fait que le laboratoire, n’ayant pas encore eu affaire à ce variant, ne possédait pas « d’amorce ARN » permettant de le séquencer.Si la famille à l’origine de la contamination est repartie au Royaume-Uni et que l’ARS estime avoir « sérié le foyer au plus près », Marseille reste à l’affût de tout signe d’expansion de son « cluster anglais ». Le couvre-feu a été ramené depuis dimanche à 18 heures et la préfecture des Bouches-du-Rhône justifie cette mesure décriée par une partie des élus locaux par la présence du virus britannique sur le territoire.

    #Covid-19#migrant#migration#france#marseille#sante#cluster#mutationvirus#casimporte#test#circulation#frontiere

    • En effet, hier soir, au journal, les gros titres, « course contre la montre ». On se demande qui court après qui, et pour quoi ? Ils font des tests. Il semble que la lutte contre le nouveau variant, c’est de faire des tests. Mais concrètement, comment on lutte ensuite ? Pas vraiment de détails sur la mise à l’isolement... et sur la vérification de son respect. Lutter contre le virus, à la télé, c’est de manipuler des éprouvettes. Enfin... C’est de montrer des laborantins manipulant des éprouvettes, sans possibilité de savoir s’il s’agit d’images d’archives ou de vrais laborantins marseillais traquant le variant dans la journée d’hier.

    • Quand on t’annonce triomphalement qu’on met en place un outil pour se mettre en arrêt maladie sans journée de carence, au bout d’un an de pandémie, tu te demandes comment on ose encore parler de « course contre la montre ».

  • Covid-19 : à Bagneux, vaste opération de dépistage en milieu scolaire après une contamination au variant anglais
    https://www.lemonde.fr/societe/article/2021/01/09/a-bagneux-vaste-operation-de-depistage-en-milieu-scolaire-apres-une-contamin

    Une personne travaillant comme animateur d’école maternelle a contracté le variant anglais, sans que l’on puisse établir de lien avec un voyage outre-Manche. Un dépistage est organisé jusqu’à mardi pour tenter de comprendre d’où vient ce premier cas « autochtone ».Que se passe-t-il à Bagneux (Hauts-de-Seine), où deux écoles et un collège sont invités à participer à un testing massif depuis le vendredi 8 janvier ? Une personne travaillant comme animateur d’école maternelle « exerçant dans deux établissements de la ville », selon le rectorat de Versailles, a été testé positif au Covid-19 avant les vacances de Noël – et s’est ensuite révélé porteur du variant anglais du virus. Les enseignants et agents territoriaux des écoles Henri-Barbusse et Maurice-Thorez, ainsi que ceux du collège Henri-Barbusse, étaient invités à réaliser un test PCR, vendredi. La communauté scolaire a « joué le jeu », puisque « 200 personnes se sont présentées », selon l’entourage de la maire de la commune, Marie-Hélène Amiable (PC). A partir de samedi et jusqu’au mardi 12 janvier, tous les habitants de Bagneux qui le souhaitent – dont les élèves des établissements concernés et leurs parents – sont invités à venir se faire tester dans une salle polyvalente du quartier. Samedi à midi, au moins 236 personnes avaient été testées.
    A première vue, la méthode a de quoi interroger : pourquoi tester massivement adultes et écoliers si le malade a contracté le Covid avant les congés et a respecté les règles de quarantaine ? « La chaîne de contamination a été cassée, puisque cette personne s’est confinée et que le traçage des cas contacts a été réalisé », précise au Monde l’agence régionale de santé (ARS) d’Ile-de-France. Mais la détection du variant anglais a ensuite décidé cette dernière à organiser ce dépistage. Tous les tests réalisés dans ce cadre seront analysés pour tenter d’y retrouver le variant. « Nous avons également demandé à tous les laboratoires de la commune de retester les PCR positives », ajoute l’ARS. Jusqu’ici, les cas du variant anglais repérés en France étaient tous liés à des voyages outre-Manche. La personne employée par la ville de Bagneux représente le premier cas « autochtone ». « Elle ne s’est pas rendue au Royaume-Uni, insiste-t-on à l’ARS. Ce qui signifie que le virus circule à Bagneux. Pour la première fois, on cherche donc à comprendre qui a contaminé la personne malade, et non pas qui elle a contaminé. » Une « photographie » de la présence du virus dans la ville pourra ainsi être dressée, espèrent les autorités de santé. Dans les rangs des enseignants, la situation interroge pourtant : dans ce cas précis, un nombre important de tests PCR ont pu être déployés pour mener une opération massive de dépistage. Mais ailleurs, la politique de test promise par l’éducation nationale peine à se mettre en place. 10 000 tests antigéniques avaient été réalisés avant les congés de Noël, en particulier au lycée, et l’institution affirme qu’un million d’entre eux sont « prêts » à être déployés dans les établissements sur le mois de janvier. L’affaire devient d’autant plus pressante que les variants anglais et sud-africain, tous deux présents sur le territoire hexagonal, circuleraient plus parmi les jeunes.

    #Covid-19#migrant#migration#france#bagneux#sante#depistage#casautochtone#mutationvirus#grandebretagne

  • Variante du coronavirus en Afrique du Sud : quels sont les risques ? - BBC News Afrique
    https://www.bbc.com/afrique/region-55544553

    Il s’agit déjà de la variante dominante du virus dans les provinces du Cap-Oriental et du Cap-Occidental en Afrique du Sud. D’autres pays, dont l’Autriche, la Norvège et le Japon, ont également trouvé des cas. Le Royaume-Uni a détecté deux personnes présentant la variante sud-africaine, l’une à Londres et l’autre dans le nord-ouest de l’Angleterre. Toutes deux étaient des contacts de personnes ayant voyagé en Afrique du Sud. Le Royaume-Uni a imposé une interdiction des vols directs en provenance d’Afrique du Sud et des restrictions sur les vols vers ce pays. Toute personne qui s’y est rendue récemment, et toute personne avec laquelle elle a été en contact, est immédiatement mise en quarantaine.
    Les autorités de santé publique et les scientifiques étudient la variante et feront bientôt part de leurs conclusions. Le Dr Susan Hopkins, conseiller médical en chef sur le Covid-19 auprès de la santé publique anglaise, déclare : « nous sommes très heureux de pouvoir vous aider. Nous menons en priorité des travaux pour comprendre le risque potentiel que cette variante peut entraîner ». « Il est important de dire qu’il n’y a actuellement aucune preuve que cette variante provoque une maladie plus grave, ou que le vaccin réglementé ne protégerait pas contre elle, » précise-t-elle.

    #Covid-19#migrant#migration#afriquedusud#grandebretagne#sante#mutationvirus#restrictionsanitaire#santepublique#quarantaine

  • A Q&A about the new #coronavirus variant with the Fred Hutch scientist who’s been tracking its spread | The Seattle Times
    https://www.seattletimes.com/seattle-news/health/a-qa-about-the-new-coronavirus-variant-with-the-fred-hutch-scientist-w

    Q: You’ve said the new variant might be slightly less susceptible to vaccine-induced immunity, but that it isn’t different enough to completely foil existing vaccines. Why?

    A: The main reason I think that is because there’s a particular mutation in the U.K. variant that removes two different (portions) of the spike protein, and that tucks in a bit of protein that was sticking out and was an antibody target. So it removes that target for antibodies.

    And there was a study from a lab in Cambridge where they took serum from people who had recovered from #COVID and measured it against wild type virus and against viruses that have this deletion. And they saw that the antibodies of the recovered individuals neutralize the mutated virus significantly less than the wild type virus.

    If I had to hazard a guess, I believe we could see a modest reduction, like from 95% vaccine effectiveness to 85% or so, but I don’t think it would really severely inhibit the vaccine.

    [...]

    Q: What does the rapid emergence of this new variant suggest about the future? Are we going to eventually see strains that are resistant to all of vaccines?

    A: It was surprising to me, and I think, to most evolutionary virologists. The evolutionary mechanism definitely appears to be selection for more transmissibility. The virus evolves to more transmissible because that’s what evolution is selecting for.

    Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity.

    However, my main expectation here comes from what we know about seasonal coronavirus, which account for 30% of common colds. We can look at their evolution and they seem to infect people every three years or so and evolve at a slightly slower rate than influenza. That suggests to me a kind of flu-like pattern where you might need to update the vaccine every two or three years, and where evolving strains might be able to reinfect people on that sort of time scale as well.

    #mutation #variante #vaccin #immunité #vaccination

    • Tu lis le texte, et en particulier :

      Most people haven’t yet been infected and don’t have immunity, but as we have more and more individuals with immunity from natural infection or vaccination, you do have more evolutionary pressure on the virus to evolve in ways that escape from that immunity .

      ...et tu te demandes comment qualifier les cerveaux qui ont pu décider qu’une immunité collective pouvait être souhaitable ou envisageable...

      A quand un mouvement de la société civile pour réclamer une politique d’éradication du virus dès maintenant, et sans attendre une campagne improbable de vaccination ?

  • US to require negative Covid test from UK travellers | World news | The Guardian
    https://www.theguardian.com/world/2020/dec/25/us-to-require-negative-covid-test-from-uk-travellers-amid-new-variant-f
    https://i.guim.co.uk/img/media/ef054a2f57f91289a806e8b305afb7725840496c/0_53_3500_2100/master/3500.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali

    The US government will require all airline passengers arriving from the United Kingdom to test negative for Covid-19 72 hours or less before their departure from Monday, amid concerns about a new coronavirus variant that may be more transmissible. The Centers for Disease Control and Prevention (CDC) said in a statement that all airline passengers arriving from the UK must test negative in order to fly to the US. The decision was a U-turn after the Trump administration told US airlines on Tuesday it was not planning to require any testing for arriving UK passengers.

    #Covid-19#migrant#migration#etatsunis#angleterre#sante#test#contamination#voyageur#mutation

  • Spain and Sweden report cases of UK Covid variant | Coronavirus | The Guardian
    http://www.theguardian.com/world/2020/dec/26/spain-and-sweden-report-cases-of-uk-covid-variant
    https://i.guim.co.uk/img/media/ec9b0145414e72def9ca1687e789cc5dc9b5c8c8/0_346_5184_3110/master/5184.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali

    Spain and Sweden have joined the growing list of countries to have reported cases of the more contagious coronavirus variant first identified in Britain.Four cases of the variant have been confirmed in Madrid. All involve people who recently arrived from the UK, the Madrid regional government’s deputy health chief, Antonio Zapatero, told a news conference on Saturday.
    “The patients are not seriously ill, we know that this strain is more transmissible but it does not cause more serious illness,” he said. “There is no need for alarm.”A further three suspected cases of the new variant have been tested, but the results will only be available on Tuesday or Wednesday, Zapatero said.Madrid has banned all entries from the UK since Tuesday except for Spanish nationals and residents.Swedish authorities detected the new strain after a traveller from Britain fell ill on arrival and tested positive, Sweden’s health agency said on Saturday.Sara Byfors, a health agency official, told a news conference that the traveller, who was not identified, had kept isolated after arrival in Sweden and that no further positive cases had yet been detected.Sweden imposed travel restrictions earlier this month on passengers from Britain amid concerns over the variant.Similar measures have been taken by several other countries in the EU and around the world. On Saturday the Philippines extended a ban on flights from the UK by two weeks until mid-January in an effort to prevent the spread of the new variant.The Philippine president, Rodrigo Duterte, also ordered a 14-day quarantine for passengers who come from or travel through the UK or from countries where the more infectious Covid-19 variant has been detected, including Hong Kong, Singapore, Australia and Japan.On Friday, authorities in France and Lebanon also confirmed cases of the new variant.

    #Covid-19#migrant#migration#angleterre#france#suede#espagne#sante#mutation#test#contamination

  • Travel bans aren’t an effective response to the new Covid variant | Coronavirus | The Guardian
    http://www.theguardian.com/commentisfree/2020/dec/23/travel-bans-effective-new-covid-variant
    https://i.guim.co.uk/img/media/3fc38dc8a262b29c7508fb76bf884972d269e455/0_199_3500_2102/master/3500.jpg?width=1200&height=630&quality=85&auto=format&fit=crop&overlay-ali

    Chris Whitty, the chief medical officer for England, announced that the variant, called B.1.1.7, is up to 70% more transmissible based on modelling studies. B.1.1.7 caused many infections in south-east England in a short period of time, rapidly displacing other circulating variants. Patients infected with B.1.1.7 also had higher viral loads. While this is certainly concerning, and warrants urgent scientific investigation, data supporting that this variant alone is driving the associated increase in cases is preliminary and inconclusive. Nonetheless, politicians began implementing sweeping policies right away.
    Multiple countries have imposed travel bans, greatly reducing travel from the UK or blocking it entirely. France closed its borders to most freight transport. New York’s governor, Andrew Cuomo, called on the US government to impose numerous restrictions, including banning travel from Europe. He later settled for mandatory rapid testing for all travellers on US-bound flights from the UK.
    Given the high prevalence of all variants of Sars-CoV-2, including in the UK and many countries abroad, imposing onerous travel restrictions alone is unlikely to make a significant impact in the overall pandemic. Furthermore, they may be too late. The B.1.1.7 variant has been reported in other European countries, as well as in Australia. These policies appear to be based more on the fear of variants with unknown properties rather than the actual data, and are due to a persistent and fundamental misunderstanding of viruses and how they evolve and change when spreading through a population.
    Genetic mutation, the process that drives all evolutionary adaptation, is normal and expected, particularly for viruses. Every time the virus copies its genetic material – called its genome – it can make a mistake. If that mistake isn’t corrected, it will be copied the next time the virus replicates its genome. Mutations occur by chance, but if they happen to occur in a critical place and give the virus an advantage that allows it to outcompete other viral variants, they are said to be under positive evolutionary selection. For example, mutations in the spike protein of Sars-CoV-2, which allows the virus to enter and infect cells, can be selected for if they make the virus more efficient at establishing an infection.
    We can probably expect to see other variants that may be more effective at spreading, causing disease or circumventing our immune responses. We must be prepared to respond in an informed and thoughtful way, rather than reactively. Unfortunately, because Sars-CoV-2 is spreading so widely, the virus has many opportunities to develop mutations that give it a competitive advantage. The only way to stop the virus from mutating is to take away its ability to replicate, which means drastically reducing community transmission.
    Mutations do not automatically make a virus a more exceptional pathogen. The advantages conferred by positively selected viral mutations are good for the virus, but aren’t necessarily always bad for the human host. Many mutations can make the virus better at infecting cells, replicating, or transmitting to new hosts, but will have no effect on the severity or type of disease that they cause. In the case of B.1.1.7, there is fortunately no indication that the 23 mutations distinguishing the variant result in more severe Covid-19.
    The claim that B.1.1.7 is more transmissible is based on primarily epidemiological evidence and data on increased viral loads, and is compelling but far from decisive. To demonstrate conclusively that B.1.1.7 is more transmissible, that needs to be quantified experimentally in animal models of Sars-CoV-2 transmission. Even if B.1.1.7 does prove to be more transmissible, it is not likely to be transmitted in a different way from all the other circulating Sars-CoV-2 variants. It has not acquired viral superpowers that render existing precautions irrelevant, and it is still transmitted primarily through inhaling or having direct contact with infectious respiratory aerosols and droplets.

    #Covid-19#migrant#migration#angleterre#frontiere#sante#test#mutation##transmission#circulation

  • E.U. Urges Member Countries to Lift U.K. Travel Bans - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/12/22/world/eu-urges-member-countries-to-lift-blanket-travel-bans-for-britain.html

    As Britain found itself even more isolated on Tuesday because of a newly discovered variant of the coronavirus spreading there, the executive arm of the European Union called for member states to lift blanket air- and train-travel bans and ensure essential travel, recommending testing or quarantines instead.The upheaval over the virus variant grew after Prime Minister Boris Johnson of Britain said over the weekend that it had been shown to be more contagious than other variants. British officials said there was no reason to believe that the new variant caused more serious illness, and most experts doubt it will render the current vaccines ineffective.
    But governments around the world were not waiting for a more complete picture of the new variant, instead racing to seal their borders to travelers from Britain. More than 50 governments put in place some sort of regulation, and officials in London warned that the lockdown measures in effect in the capital and southern England might need to be expanded. The United States has not put in place a travel ban on Britain. There are no confirmed cases of the variant circulating in the United States, but that does not mean it hasn’t already reached American shores.The European Commission, the bloc’s executive arm, said on Tuesday that it was important to maintain movement for essential travel and transport between Britain and the European Union, and also suggested that to allow the transport of goods to flow freely, countries should use rapid tests for truckers and haulers rather than time-consuming P.C.R. tests. The recommendations are nonbinding.“Flight and train bans should be discontinued given the need to ensure essential travel and avoid supply chain disruptions,” the commission said in a statement.

    #Covid-19#migrant#migration#angleterre#UE#santecontamination#mutation#frontiere#restrictionsanitaire

  • Covid-19 dans le monde : la France suspend jusqu’à mardi les vols avec la Grande-Bretagne
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/21/covid-19-dans-le-monde-de-nombreux-pays-ferment-leurs-frontieres-aux-voyageu

    Le Royaume-Uni fait face ces derniers jours à une nouvelle flambée de l’épidémie de Covid-19. « Il semble que cette propagation soit désormais alimentée par une nouvelle variante du [corona]virus » SARS-CoV-2, laquelle se transmet « bien plus facilement », avec une probabilité « jusqu’à 70 % plus » élevée, a expliqué le premier ministre britannique Boris Johnson. Samedi, le chef de l’exécutif britannique a annoncé le reconfinement en urgence de 16 millions d’habitants de Londres et du sud-est de l’Angleterre. La nouvelle variante du coronavirus « n’est pas hors de contrôle » pour autant, a déclaré l’Organisation mondiale de la santé (OMS) lundi. « Nous avons eu un R0 [taux de reproduction du virus] beaucoup plus élevé que 1,5 à différents moments de cette pandémie et nous l’avons maîtrisé », a précisé le responsable des situations d’urgence sanitaire à l’OMS, Michael Ryan, en conférence de presse, appelant à appliquer les mesures sanitaires ayant fait leurs preuves. L’annonce de Boris Johnson a suscité la panique dans le monde, entraînant des fermetures de frontières pour les habitants du Royaume-Uni qui souhaiteraient voyager. Lundi, la liste des pays décidant de suspendre leur arrivée a continué de s’allonger avec la Russie et l’Inde, rejoignant le Canada, l’Argentine, la Colombie, le Chili, le Koweït, l’Iran, la Suisse, le Salvador et Israël – ces trois derniers pays ayant également suspendu leurs liaisons avec l’Afrique du Sud, où une nouvelle variante du coronavirus a aussi été détectée.
    En Europe, la France, l’Allemagne, les Pays-Bas, la Belgique, l’Italie et la Bulgarie ont ainsi fait le choix de suspendre, pour quarante-huit heures – jusqu’au mardi 22 décembre à minuit –, les vols avec le pays, à partir de dimanche 20 décembre à minuit. Lundi matin, une réunion d’urgence du Mécanisme européen de réponse aux crises convoquée lundi matin à Bruxelles a permis d’« identifier les différentes options pour une réouverture des frontières de manière coordonnée et avec des mesures identiques », a fait savoir une source diplomatique européenne.

    #Covid-19#migrant#migration#france#ue#angleterre#coronavirus#frontiere#test#sante#mutation#mesuresanitaire

  • HK urged to retest travelers for mutant virus - Asia Times
    https://asiatimes.com/2020/12/hk-urged-to-retest-travelers-for-mutant-virus

    Hong Kong has been urged to retest previously arrived British travelers and analyze the genome sequences of any coronavirus infection to see whether the UK mutation has entered the territory. Of 45 imported cases from the UK since early November, 85% showed no symptoms. This was a higher percentage than usual, said Ho Pak-leung, a microbiologist of the University of Hong Kong.The government should do the gene sequencing and find out if any carried the mutated coronavirus from the UK, Ho said.
    The UK mutation has 10 amino acids different from the original virus in Wuhan. Some of these new amino acids increase the infectivity of the mutated virus. The mutated virus contained new spike proteins that could have lowered the accuracy of the current mRNA tests and resulted in some false negative results, he said. Several thousand students who had returned to Hong Kong from the UK could have carried the mutated virus to the territory, said Leung Chi-chiu, chairman of the Medical Association’s advisory committee on communicable diseases. The government should consider testing these people again to stop possible transmission.
    The mutated virus was being spread rapidly not only in Britain but also in many other countries, he said. As it had a higher infectivity, it would probably replace the original one to become dominant variant in most places, he said.Leung said it was not safe enough to require the previously arrived UK travelers to stay at home for seven more days. He said these travelers should be sent to a designated hotel for quarantine.
    Infectious disease specialist Joseph Tsang said the government should consider banning more flights from Europe as infection numbers there spike. The strain that emerged in the UK in September could have spread to other European countries before they suspended air travel with the UK, Tsang said.

    #Covid-19#migrant#migration#hongkong#grandebretagne#sante#mutation#coronavirus#voyageur#etudiant#quarantaine

  • Antoine FLAHAULT sur Twitter :

    « 1/3- Si dans 15 jours les cas retombent ou restent en plateau, si les R retombent sous la valeur 1, malgré Noël, alors il faudra se poser la question du rôle des #écoles plutôt que l’hypothétique rôle de #mutations du virus sur l’origine du rebond de la deuxième vague en Europe. » / Twitter
    https://twitter.com/FLAHAULT/status/1341136327576838144

    2/3 - Si après les vacances de Noël, les R continuent de grimper en Europe, avec les cas et les hospitalisations, alors les hypothèses privilégieront le rôle de l’hiver, celui des réunions familiales et amicales des fêtes de fin d’année, et peut-être celui des récentes mutations

    3/3 - Durant les épidémies de virus émergents un peu longues, les mutations du virus sont souvent sur-interprétées pour expliquer l’évolution de la situation épidémiologique.❞

    #covid-19

  • #Covid-19 : ce que l’on sait de la nouvelle souche plus contagieuse du coronavirus - AFP
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/12/20/covid-19-ce-que-l-on-sait-de-la-nouvelle-souche-plus-contagieuse-du-coronavi

    Le Royaume-Uni a informé l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de la propagation « jusqu’à 70 % » plus rapide de la nouvelle souche, selon le premier ministre, Boris Johnson.

    (...) Le ministre de la santé britannique, Matt Hancock, a estimé dimanche 20 décembre que cette variante était « hors de contrôle » , justifiant ainsi le #reconfinement de Londres et d’une partie de l’Angleterre, reconfinement qui pourrait selon lui durer jusqu’à la mise en place généralisée de la campagne de vaccination.

    « Nous devions reprendre le contrôle, et la seule manière de le faire est de restreindre les contacts sociaux », a déclaré Matt Hancock sur Sky News. « Ce sera très difficile de garder [cette souche] sous contrôle jusqu’à ce qu’un vaccin soit déployé », a-t-il ajouté. La nouvelle #souche du virus serait apparue mi-septembre, soit à Londres soit dans le Kent (sud-est), selon lui.

    Un virus plus contagieux, mais pas plus de mortalité constatée

    [...]

    L’information « concernant cette nouvelle souche est très préoccupante », renchérit le Pr Peter Openshaw, immunologiste à l’Imperial College de Londres et cité sur le site du Science Media Centre, notamment parce qu’ « elle semble de 40% à 70% plus [fortement] transmissible ». « C’est une très mauvaise nouvelle », ajoute le Pr John Edmunds, de la London School of Hygiene & Tropical Medicine, (...). Pour autant, « rien n’indique pour le moment que cette nouvelle souche cause un taux de mortalité plus élevé ni qu’elle affecte les vaccins et les traitements. Toutefois, des travaux urgents sont en cours pour confirmer cela », ajoute Chris Whitty.

    Une souche qui gagne du terrain

    Le conseiller scientifique du gouvernement britannique, Patrick Vallance, avait estimé samedi 19 décembre que cette nouvelle variante du Sars-CoV-2, en plus de se propager rapidement, devenait aussi la forme « dominante » dans les régions concernées, ayant entraîné « une très forte hausse » des hospitalisations en décembre.
    Cet avis s’appuie sur le constat d’une « augmentation– laquelle semble être causée par la nouvelle souche – très forte des cas de contamination et des hospitalisations à Londres et dans le Sud-Est, par rapport au reste de l’Angleterre ces derniers jours », indique Paul Hunter, professeur de médecine à l’université d’East Anglia, lui aussi cité par le Science Media Centre.

    « Les coronavirus mutent tout le temps »

    Sur sa page Facebook, le généticien français Axel Kahn a rappelé que, à ce jour, « trois cent mille mutants de CoV-2 ont été séquencés dans le monde ». [d’autres, épidémiologistes, disent 4 000 variants séquencés, n’ai pas vérifié, ndc] La nouvelle souche porte notamment une mutation, nommée N501Y, dans la protéine du spicule du coronavirus, (la pointe qui se trouve à sa surface et lui permet de s’attacher aux cellules humaines pour les pénétrer). Selon le Dr Julian Tang, de l’université de Leicester, « cette mutation N501Y circulait déjà sporadiquement bien plus tôt cette année et en dehors du Royaume-Uni : en Australie en juin-juillet, aux Etats-Unis en juillet et au Brésil en avril ».

    (...) « Le plus important est de chercher à savoir si ce variant a des propriétés qui ont un impact sur la santé des humains, les diagnostics et les vaccins » . Comme le relève le Pr Axel Kahn :
    « Plus il y a de virus produits – et donc de personnes infectées –, plus il y a de mutations aléatoires, et plus grande est la fréquence de mutations avantageuses pour le virus. »

    L’association entre un nombre si élevé de mutations fait également dire à certains spécialistes que le virus aurait pu évoluer non seulement en sautant d’un hôte à l’autre, mais aussi au sein des cellules d’un même patient, qui aurait hébergé longtemps le SARS-CoV-2. Quoi qu’il en soit, comme un génome viral ne cesse de se transformer et d’évoluer, vivre avec le virus suppose qu’il faille vivre aussi avec les annonces relatives à ses inquiétantes mutations.

    Bon, beaucoup de « semble-t-il »... Mais si l’AFP publie une info qui met en cause la politique sanitaire française, ce n’est peut-être pas pour rien.

    De ce que j’avais vu, les mutations du virus étaient jusqu’ici infinitésimales, n’invalidaient ni les tests ni les vaccins, n’étaient pas non plus davantage contagieuses ou mortelles. Sauf que même à taux de mortalité constant, sans politique de suppression du virus, une contagiosité fortement accrue c’est davantage de risques de saturation/débordement des systèmes de santé, donc de mortalité (prises en charge au rabais, déprogrammations).

    Pendant ce temps, scènes d’exode à Londres avant le reconfinement, Eurostar et avions partent de GB vers le reste du monde.

    Cet excellent entretien (de juin dernier mais passé inaperçu ici) avec Isabelle Stengers aborde les mutations de virus, la crise des systèmes de santé et bien d’autres questions de façon très éclairante https://seenthis.net/messages/892363

    Edit

    L’Allemagne rejoint la liste des pays - Autriche, Pays-Bas, Belgique, Italie - qui interrompent les voyages depuis le Royaume-Uni. En France, un conseil de défense a lieu en ce moment sur la variante du Covid19
    https://www.lefigaro.fr/societes/inquiets-de-la-nouvelle-variante-du-covid-19-des-pays-coupent-leurs-liaison

    L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a de son côté appelé ses membres en Europe à « renforcer leurs contrôles ». Selon l’OMS, outre « des signes préliminaires que la variante pourrait être plus contagieuse », la variante « pourrait aussi affecter l’efficacité de certaines méthodes de diagnostic », là aussi selon « des informations préliminaires ». Il n’y a en revanche « aucune preuve d’un changement de la gravité de la maladie », même si ce point fait aussi l’objet de recherches.

    Pour autant, les scientifiques n’ont pas encore réussi à prouver en laboratoire que ce dernier est effectivement plus contagieux.
    https://www.lesechos.fr/monde/europe/coronavirus-ce-quon-sait-de-la-nouvelle-souche-apparue-au-royaume-uni-12756

    « Tout peut être expliqué par une expansion spontanée du virus, similaire à celle observée en France, en Allemagne ou en Suède, observe Patrick Berche, membre de l’Académie de médecine et ancien directeur général de l’Institut Pasteur à Lille.

    #mutation #contagiosité #protéine_Spike #spicule

    • Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear
      https://www.sciencemag.org/news/2020/12/mutant-coronavirus-united-kingdom-sets-alarms-its-importance-remains-unc

      #Christian_Drosten, a virologist at Charité University Hospital in Berlin, says that was premature. “There are too many unknowns to say something like that,” he says. For one thing, the rapid spread of B.1.1.7 might be down to chance. Scientists previously worried that a variant that spread rapidly from Spain to the rest of Europe—confusingly called B.1.177—might be more transmissible, but today they think it is not; it just happened to be carried all over Europe by travelers who spent their holidays in Spain. Something similar might be happening with B.1.1.7, says Angela Rasmussen, a virologist at Georgetown University. Drosten notes that the new mutant also carries a deletion in another viral gene, ORF8, that previous studies suggest might reduce the virus’s ability to spread.

      Une incertitude de plus. Bien que l’hypothèse de variants plus dangereux demeure (oui, ça nous pend... au nez), pas de vérification pour l’heure, y compris dans ce cas, comme le disait il y a peu @arno https://seenthis.net/messages/891532

      Par ailleurs, il semble qu’en France on séquence si peu le virus qu’il faille attendre des recherches faites ailleurs toute avancée de la connaissance sur ses mutations (avec dans la presse nawak, entre 4 000 et 300 000 variants identifiés, par les spécialistes les plus éminents). Au pays des Lumières éteintes, ca doit être comme les masques en mars dernier, sans intérêt.

    • Neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni
      https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/12/21/neuf-questions-sur-le-nouveau-variant-du-sars-cov-2-observe-au-royaume-uni_6

      Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

      Huit de ces 17 mutations impliquent la protéine de spicule présente sur la surface du virus, celle-là même qui donne au virus sa forme de couronne et qui lui permet d’infecter certaines cellules humaines (porteuses du récepteur ACE2).

      Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

      A cela s’ajoutent six mutations supplémentaires qui n’engendrent pas un changement de composition des protéines correspondantes, ce qui aboutit à 23 changements génétiques au total. Ce nombre est inédit par rapport à ce qui avait été observé auparavant : selon une étude publiée dans Annals of Surgery début novembre, le génome du SARS-CoV-2 accumule une à deux mutations par mois, un rythme deux fois moins élevé que celui de la grippe et quatre fois moins élevé que pour le VIH.

      On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche [à l’inverse de l’article du même journal cité plus haut, ndc], car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « #variant ».

      Quand et où est apparue cette mutation ?

      Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre. Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres.

      Un nombre important de mutations ont été observées chez des patients #immunodéprimés, chez qui l’ARN du coronavirus reste détectable environ deux à quatre mois. Cette durée est suffisante pour que la population virale présente une plus grande diversité génétique. Il est donc possible, selon le rapport des chercheurs du COG-UK publié le 19 décembre, que ce lignage soit apparu chez un patient immunodéprimé atteint chroniquement du Covid-19.

      [...]

      « Les modélisations préliminaires montrent une forte association entre la présence de ce nouveau variant dans le Kent, les régions du sud-est de l’Angleterre et l’incidence en hausse de Covid-19 », écrivent les épidémiologistes du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) le 20 décembre. Elle n’est encore qu’une corrélation, non une cause, de l’accélération de l’épidémie dans ces régions.

      Ce qui est notable, en revanche, c’est que ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre.

      De plus amples observations, in vitro et in vivo, sont nécessaires pour déterminer si ce nouveau variant a acquis des propriétés qui le rendent plus transmissible. Une des mutations connues, N501Y, est suspectée d’améliorer nettement la stabilité de la liaison chimique entre le virus (précisément le domaine de liaison de sa protéine de spicule) et le récepteur ACE2, la porte d’entrée du virus dans les cellules humaines, selon des travaux publiés dans la revue Cell en août 2020 et confirmés chez la souris un mois plus tard.

      « Les données dont on dispose aujourd’hui sont épidémiologiques, mais des données virologiques sont indispensables pour mieux caractériser ce variant et ses éventuelles conséquences sur les infections et la #vaccination, souligne Vincent Enouf, directeur adjoint du centre de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur. Nos collègues anglais sont en train d’isoler ces nouveaux virus [sur des malades]. Ensuite, ils les mettront au contact d’une collection de sérums provenant de patients infectés à différents moments de l’épidémie, voire de personnes vaccinées. Grâce à une technique dite de microneutralisation, on pourra vérifier pour chacun des types de sérum si les anticorps neutralisent ou pas ce variant anglais. Les résultats devraient être connus d’ici environ une semaine. »

      (...)« Il n’existe aucune preuve que le nouveau virus est plus ou moins dangereux. Malheureusement, nous allons devoir attendre et voir si les hospitalisations et les décès évoluent dans un sens ou un autre pour le savoir », a expliqué Simon Clarke, professeur de microbiologie à l’université de Reading, au Science Media Center britannique.

      (...) « Pour le moment, il n’existe aucune preuve suggérant que ce vaccin ne soit pas efficace contre la nouvelle variante », a déclaré lundi Emer Cooke, la directrice générale de l’Agence européenne des médicaments, en donnant le feu vert au produit développé par Pfizer-BioNTech. Sur Europe 1, le ministre de la santé, Olivier Véran, a expliqué que « les anticorps développés par les deux principaux vaccins qui arrivent, Pfizer-BioNTech et Moderna, ne ciblent pas cette zone mutée du virus ».

      C’est aussi la conclusion de travaux publiés dans la revue Cell en septembre par une équipe chinoise, qui ont montré que cette mutation N501Y n’avait pas eu, chez les souris, d’effet sur la capacité neutralisante ou la quantité des anticorps fabriqués contre le virus.

      Les mutations du gène codant la protéine de spicule concernent 9 nucléotides sur les 3 821 que contient le gène au total. Les vaccins produisent des anticorps dont l’action neutralisante est dirigée contre de nombreuses régions de la protéine de spicule. Même si on ne peut l’exclure, ce risque est jugé très limité.
      « L’idée du vaccin est que la protéine Spike dans son ensemble est montrée à votre système immunitaire et vous apprenez donc à en reconnaître de nombreuses parties différentes », explique Emma Hodcroft, épidémiologiste à l’université de Berne interrogée par l’AFP. Du coup, « même si quelques parties changent, vous avez toujours toutes les autres parties pour reconnaître » le virus, selon elle.

      Ce variant circule-t-il déjà en France ?

      Lundi 21 décembre, aucun cas positif avec ce nouveau variant n’avait été détecté en France et les cas repérés ailleurs en Europe sont limités : selon le rapport de l’ECDC du 20 décembre, 20 cas avaient été identifiés au Pays de Galles au 14 décembre, 9 au Danemark, 3 aux Pays-Bas et un en Australie. Les médias belges ont rapporté quatre cas.

      Il n’est pas étonnant que le variant ait été observé au Royaume-Uni et au Danemark, deux pays où les efforts de #séquençage à partir des prélèvements de tests positifs sont importants et continus.
      « On ne sait pas si on va tenir très longtemps sans identifier ce nouveau variant en France. Il serait utile que les personnes rentrées d’Angleterre récemment se fassent tester et que ce nouveau variant soit recherché », relève le virologue Vincent Enouf, en précisant que les laboratoires qui séquencent les virus du Covid (dont le laboratoire de référence de Pasteur) partagent leurs données sur la base internationale Gisaid, ce qui permet de repérer rapidement l’apparition de nouvelles mutations.

      D’autres chercheurs estiment cependant que le travail de séquençage est relativement dispersé entre plusieurs acteurs (IHU de Marseille, CNR Pasteur, services de virologie des CHU, etc.), qui ne se partagent pas les séquences obtenues et ne mettent pas en commun leurs efforts pour identifier les lieux et moments où apparaissent les variants en circulation. Une désorganisation qui « conduit à diminuer très fortement l’impact de ce travail », selon une note rédigée par plusieurs chercheurs du collectif FranceTest à l’intention du ministre de la santé, Olivier Véran, à sa demande et transmise lundi 21 décembre à Emmanuel Macron. Ces chercheurs appellent à la création d’un consortium national appelé Senticov, « qui aurait la tâche de mettre en place le séquençage permanent des génomes viraux ».

      Les tests PCR peuvent-ils le détecter ?

      Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Dans leur rapport, les experts de l’ECDC recommandent de ne plus se fier uniquement aux RT-PCR ciblant le gène de la protéine S « pour la détection primaire de l’infection au SARS-CoV-2 », car « les mutations sont plus susceptibles de se produire dans ce gène ». Mais d’autres tests PCR peuvent détecter le virus en ciblant d’autres régions dans le génome, qui sont insensibles au variant. Le gouvernement britannique a indiqué que les « tests pouvaient être adaptés rapidement pour répondre à ce nouveau variant ».

      Edit Après les avertissements d’arno, un rappel par @kassem, citant Antoine FLAHAULT
      https://seenthis.net/messages/892557

      Durant les épidémies de virus émergents un peu longues, les mutations du virus sont souvent sur-interprétées pour expliquer l’évolution de la situation épidémiologique.

    • Les scientifiques britanniques ont rapporté que la mutation génétique spécifique sur les 69e et 70e acides aminés de la protéine de spicule (protéine S) observée avec ce variant pouvait être « manquée » par certains #tests_RT-PCR et ainsi donner un résultat négatif lors du dépistage.

      Plusieurs connaissances ont eu depuis octobre des symptômes correspondants aux nombreux symptômes potentiels du virus, mais avec des retours de tests négatifs.

    • Le Doc, @Le___Doc
      https://twitter.com/Le___Doc/status/1344422158844497922

      50% d’augmentation des cas en une semaine en Angleterre , +15% d’hospitalisations. 1000 décès en 24h.
      Ce que l’on sait, c’est que le variant B117 prédomine désormais, à 80%. Pour le reste...

      une #variante + contagieuse de 50%, c’est une bien plus mauvaise nouvelle qu’une variante 50% + mortelle
      https://seenthis.net/messages/893449