Les eaux usées pour traquer le coronavirus, mais jusqu’à quand ? - France - Le Télégramme
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Voilà plus d’un an que les eaux usées des stations d’épuration sont analysées pour traquer le coronavirus. Mais les scientifiques sont inquiets car, faute d’argent, ils ne savent pas s’ils pourront poursuivre leurs missions.
1 « Quantifier le virus dans les eaux usées »
Comme le Sars-Cov-2 peut s’infiltrer dans les parties hautes du corps humain, dont le tube digestif, on peut en retrouver dans les selles. Celles-ci s’écoulent ensuite dans les WC et se retrouvent dans les eaux usées d’une station d’épuration. « D’où l’intérêt de déceler et de quantifier la présence du virus dans les eaux usées », expliquent le mathématicien Yvon Maday et le virologue Vincent Maréchal.
Yvon Maday, professeur de mathématiques, et Vincent Maréchal, virologue, impliqués dans le réseau Obépine.
Photo Jacques Chanteau2 Une première
Avec d’autres scientifiques, Yvon Maday et Vincent Maréchal ont lancé, en mars 2020, le réseau #Obépine destiné à établir un indicateur de présence du coronavirus dans les eaux usées. Les données du réseau permettent d’observer la progression de l’épidémie avec quelques jours d’avance sur le taux d’incidence, calculé, lui, sur la base des tests effectués par les laboratoires.
Issus des stations d’épuration, les résultats peuvent notamment assurer une surveillance du virus et contrôler son évolution. « Nous avons été les premiers à créer cet observatoire épidémiologique des eaux usées », assurent les deux spécialistes, réunis, du 13 au 15 septembre, à la station biologique de Roscoff (29), au sein du consortium de recherche Obépine.
3 180 stations dont huit bretonnes
Deux prélèvements hebdomadaires sont effectués dans 180 stations de l’Hexagone, dont huit en Bretagne : Rennes, Saint-Malo, Quimper, Brest, Vannes, Lorient, Auray et Saint-Brieuc. Les 180 stations reçoivent les eaux usées de 33 % de la population française.
4 « La Bretagne exemplaire » mais « il faut rester vigilant »
« La Bretagne est exemplaire et championne en matière de vaccination, laquelle demeure la première barrière contre le virus, avance Vincent Maréchal. Ce que l’on voit en Bretagne, comme dans d’autres territoires, c’est une réduction de circulation du virus. Il faut cependant rester vigilant, notamment en cette future période automnale-hivernale qui favorise la circulation du coronavirus ».
5 « Plus d’argent, fin octobre »
« Fin octobre, nous n’aurons plus d’argent », préviennent les deux scientifiques. Depuis le mois de mars 2020, une enveloppe de 3,5 millions d’euros du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche puis une autre, d’un million, de celui de la Santé ont été débloquées pour cet observatoire épidémiologique. « Il nous faudrait deux autres millions d’euros pour être opérationnels au cours des six prochains mois, insistent Yvon Maday et Vincent Maréchal. C’est une décision importante de savoir si la France se prive ou pas de l’indicateur, mais pour l’instant, nous n’avons aucune information sur le sujet. Aujourd’hui, le risque est réel de voir casser cette dynamique et ce serait dommage de ne pas anticiper l’arrivée d’une nouvelle vague. Le virus a suffisamment de cibles pour recirculer. Il n’y a d’ailleurs pas que le Sars-Cov-2. D’autres virus peuvent en effet être recherchés ».
]]>Covid-19 : le réseau #Obépine veut traquer le variant breton dans les eaux usées - Covid-19 : ce variant breton plus difficile à détecter - Le Télégramme
▻https://www.letelegramme.fr/france/covid-19-le-reseau-obepine-veut-traquer-le-variant-breton-dans-les-eaux
INFORMATION LE TÉLÉGRAMME. Depuis plus d’un an, le réseau Obépine trace le Sars-Cov-2 dans les eaux usées et collabore avec sept stations de traitement en Bretagne. Il souhaite désormais débusquer les nouvelles souches, dont le variant breton.
Au fond du nez, dans les poumons, et même dans le tube digestif. Le Sars-Cov-2 a le chic pour se fourrer un peu partout et y proliférer. Des WC des particuliers infectés, il migre jusque dans les stations d’épuration. C’est là qu’intervient le réseau de scientifiques Obépine, qui travaille depuis plus d’un an à bâtir un indicateur de détection et de quantification fiable du coronavirus dans les eaux usées. Après de long mois d’atermoiements, il est intégré depuis peu dans les tablettes du ministère de la Santé et devrait bientôt être publié dans le bulletin hebdomadaire de Santé publique France.
L’une de ses utilités ? Dans les phases de faible circulation du Sars-CoV-2, il peut fournir des indications très précoces d’une accélération, jusqu’à trois semaines en avance, comme l’été dernier, assure Yvon Maday, professeur en mathématiques appliquées à Sorbonne Université et impliqué dans le réseau.
L’indicateur en hausse en Bretagne
Comptant sur un ensemble de 150 stations en France (avec un objectif de 400), Obépine collabore, en Bretagne administrative, avec sept collectivités : Saint-Malo, Rennes, Vannes, Lorient, Saint-Brieuc, Quimper. Et Brest, qui vient de s’y ajouter. Les deux prélèvements hebdomadaires sont transmis à un laboratoire basé à Nantes. Ces dernières semaines, la présence du virus a été considérée comme « assez élevée » à Rennes et Vannes, « moyenne » à Lorient et « basse » à Quimper, des résultats en cohérence avec le taux d’incidence constaté dans ces villes. Au cours de la semaine du 23 au 29 mars, « c’est monté un petit peu. Dans certaines stations qui étaient en baisse, la tendance a l’air d’avoir changé », indique Yvon Maday. Pas une surprise, compte tenu de la situation épidémique de la covid-19 qui se dégrade dans le pays.
Obépine a aussi commencé à regarder du côté de Lannion. « Cette semaine, on a deux résultats qui montrent un niveau de circulation un peu haut, même si on n’a pas encore de quoi dessiner une tendance. Ils ont été transmis à l’hôpital », indique le mathématicien. « Mais surtout, on est en train de s’attaquer à la recherche et la caractérisation du variant de clade 20C (surnommé le variant breton, NDLR) », poursuit-il.
« Mille puzzles » à reconstituer
Un travail qui s’intègre dans un nouveau projet de recherche auquel participe désormais une trentaine de scientifiques afin d’être en mesure de traquer les souches connues et d’en détecter de nouvelles. « C’est très compliqué car, pour identifier un variant, il nous faut l’intégralité du génome. Or, dans les eaux usées, il nous arrive explosé. Ce sont mille puzzles qu’il faut reconstituer. Pour l’heure, on est capable de repérer la présence et l’évolution de mutations caractéristiques de certains variants. Ce qui est déjà très bien ». Identifier ces mutants avec certitude, c’est l’objectif de ce projet basé sur la métagénomique qui devrait être présenté au ministère de la Recherche, possiblement dès la fin de semaine prochaine, afin d’obtenir des fonds.
Néanmoins, tout ce travail de détection précoce ne pourrait être utile que si la France mise sur une politique de gestion préventive. Est-ce le cas ? Yvon Maday botte en touche : « C’est une décision politique, je ne suis « que » scientifique. J’essaye de bien faire mon boulot pour que notre indicateur soit utile, fiable, robuste et reconnu ».
]]>Covid-19 : À Montpellier, l’analyse des eaux usées révèle une présence du variant anglais de plus en plus importante
▻https://france3-regions.francetvinfo.fr/occitanie/herault/covid-19-a-montpellier-l-analyse-des-eaux-usees-revele-
Pourquoi effectuer des prélèvements dans ces villes côtières ? En raison de la fréquentation touristique des plages lors de l’été 2020, où le virus a beaucoup plus circulé qu’à Montpellier. "Cet été, on a très rapidement remarqué que la concentration de virus de la Covid-19 augmentait dans nos prélèvements d’eau. Pourtant, on n’observait pas d’augmentation des hospitalisations à ce moment-là," raconte Patrick Monfort. Et ce n’est à la fin de l’été, lorsque les personnes de moins de 40 ans contaminés - ou « pas à risques »- sont rentrées chez elles, que le virus s’est propagé à leur entourage.
]]>Coronavirus à Marseille : Les marins-pompiers observent une explosion de la présence du virus
►https://www.20minutes.fr/sante/2969683-20210204-coronavirus-marseille-marins-pompiers-observent-explosion
Les chiffres ont de quoi donner des sueurs froides. La semaine dernière, les marins-pompiers, qui procèdent chaque semaine à des relevés dans les eaux usées de Marseille, avaient décelé 695 copies du Covid-19 par millilitre, soit une légère hausse par rapport à la semaine précédente. Cette semaine, selon les dernières données publiées par le bataillon ce mercredi, ce chiffre s’élève à… 2.271. Soit un taux multiplié par trois en quelques jours seulement.
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Pour autant, l’épidémiologiste ne cache pas son inquiétude. « Si la flambée observée par les marins-pompiers se confirme dans quinze jours dans les hôpitaux, on va se prendre un coup de boost copieux ». Les services de réanimation à l’AP-HM se remplissent en effet à vue d’œil. « Ces chiffres ne m’étonnent pas, s’alarme Audrey Jolibois, secrétaire générale FO à l’AP-HM. On voit du monde arriver tout le temps. Et le souci, c’est qu’on n’est pas capable de faire face à une vague fulgurante. On manque de personnel ! Et les équipes sont fatiguées. Le physique n’est plus là depuis longtemps. Le moral non plus. »
]]>Sars-CoV2 dans les eaux usées, remarquable présentation du projet #Obepine
▻https://www.youtube.com/watch?v=SytzIqgZMd4
visioconférence de Vincent Maréchal et Yvon Maday, du projet obepine, organisée par Guillaume Rozier (CovidTracker)
▻https://twitter.com/GuillaumeRozier/status/1351994502861479947
les résultats déjà obtenus par Obepine étaient sous embargo à la demande des collectivités territoriales - qui sont responsables du traitement des eaux usées - cet embargo vient d’être levé et sera remplacé par un différé de 72 heures entre la transmission des résultats au collectivités et leur diffusion publique.
Le scoop : d’ici le début de la semaine prochaine (dimanche ou lundi) les résultats d’une quarantaine de stations d’épuration seront publiés.
]]>Coronavirus : la menace d’un couvre-feu avancé en région parisienne | RN-NEWS
▻https://www.cnews.fr/france/2021-01-06/coronavirus-la-menace-dun-couvre-feu-avance-en-region-parisienne-1033383
[...] Selon les dernières données (datant du 2 janvier), le taux d’incidence dans l’ensemble de la population francilienne se situe entre 130 et 140, suivant les départements. Après une nette augmentation juste avant Noël (possiblement liée à la forte hausse du nombre de tests), une baisse statistique a été enregistrée au moment des fêtes. Depuis, les niveaux remontent petit à petit.
Concernant les personnes âgées, le taux d’incidence en région parisienne est d’environ 158, d’après les chiffres disponibles, qui datent de la dernière semaine de 2020. Les 80-89 ans (150) et les plus de 90 ans (268) sont le plus gravement touchés.
DÉJÀ UNE REPRISE OBSERVÉE DANS LES EAUX USÉES
L’évolution de ces données est donc scrutée comme le lait sur le feu ces jours-ci. Le brassage de population pendant les vacances, ainsi que la réouverture des établissements scolaires depuis lundi 4 janvier, risquent logiquement d’accroître de nouveau la pression épidémique.
Cette tendance à la hausse semble d’ailleurs déjà être détectable par l’un des indicateurs les plus avancés : la concentration de coronavirus dans les #eaux_usées franciliennes. « Nous étions sur un plateau avant les fêtes, ce qui n’était déjà pas très bon. Mais depuis, les nouveaux prélèvements indiquent une remontée des niveaux » , indique à CNews ce mercredi 6 janvier Vincent Maréchal, professeur de virologie à la Sorbonne et co-fondateur du projet #Obépine, les scientifiques du laboratoire d’Eau de Paris chargés du sujet.
Coronavirus : la région parisienne devrait atteindre « 5.000 vaccinations par jour d’ici à la fin de la semaine »
Si les données doivent encore être consolidées, une confirmation de cette tendance négative « ne surprendrait pas » le virologue. « Il y a eu beaucoup d’imprudences à Noël et surtout lors du réveillon du 31 décembre. Nous allons le payer, il ne faut pas se faire d’illusion », avertit le scientifique. Vincent Maréchal prévoit ainsi d’ores et déjà « d’envoyer une alerte au ministère de la Santé » vendredi 8 janvier, à l’issue d’une nouvelle réunion de son équipe.
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L’INQUIÉTANT VARIANT ANGLAIS
Signe possible de cette crainte grandissante, « le conseil scientifique a passé un coup de téléphone ce matin [mercredi 6 janvier] pour nous dire d’en faire notre priorité absolue », révèle Vincent Maréchal. Les membres du projet Obépine travaillent en effet à l’identification de ce variant britannique dans les eaux usées parisiennes. Une nouvelle technique devrait pouvoir être testée « d’ici à une semaine », selon le co-fondateur de cette cellule scientifique.
En parallèle, la mairie de Paris continue de mettre la pression sur le gouvernement pour accélérer la campagne de vaccination. Anne Souyris, l’adjointe à la santé d’Anne Hidalgo, a dit ce mercredi 6 janvier espérer obtenir un « go » d’ici à la fin de la semaine sur la mise en place de « vaccinodromes » dans la capitale. En revanche, l’ouverture de centres de vaccinations dans les mairies d’arrondissement a été écartée « à ce stade », à l’issue d’une réunion la veille avec l’Agence régionale de santé et les préfets de Paris.
]]>Covid-19 et eaux usées : le réseau Obépine s’étend et peaufine ses modèles prédictifs
▻https://www.industrie-techno.com/article/covid-19-et-eaux-usees-le-reseau-obepine-s-etend-et-peaufine-ses-m
À l’occasion d’une conférence de presse organisée le 16 novembre, le réseau Obépine (pour OBservatoire EPIdémiologique daNs les Eaux usées), créé à l’initiative du laboratoire Eau de Paris, des chercheurs de Sorbonne Université et de l’institut de Recherche Biomédicales des Armées pour détecter la charge virale du SARS-CoV-2 dans les eaux des stations d’épuration, a présenté un point d’étape sur son déploiement.
Lancé dès le 5 mars en région parisienne, le réseau a bénéficié des soutiens du Comité Analyse Recherche et Expertise (CARE), qui lui a octroyé une dotation de 500 000 euros à ses débuts, et du ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation (MESRI), qui lui a débloqué un fonds d’urgence de 3,5 millions d’euros. Objectif : la mise en place d’un réseau national de surveillance regroupant 158 stations d’épuration et 7 laboratoires de référence pour l’analyse des eaux usées. A l’heure actuelle, le réseau compte 82 stations. Les dernières stations pourraient se greffer au dispositif d’ici la fin décembre et Obépine réalisera à ce stade entre 300 et 600 analyses hebdomadaires. [..]
L’analyse de ces traces du virus dans les systèmes de traitement des eaux est particulièrement intéressante, car elle pourrait permettre de prédire presque une semaine à l’avance la dynamique de l’épidémie. « Certaines données nous donnent une prédiction assez fidèle de la hausse du nombre de cas 5 à 6 jours avant de les dépister », explique Laurent Moulin, microbiologiste au laboratoire Eau de Paris.
Les chiffres sont éloquents : sur la courbe ci-dessous les effets du 1er et 2ème confinements sont nettement visibles sur la courbe de concentration du virus dans les eaux usées (courbe rouge), en Ile-de-France, ainsi que la reprise de l’épidémie qui a eu lieu à partir de la mi-juin. La dynamique était légèrement en avance sur le nombre de personnes testées positives au covid-19 dans la région (courbe bleue).
La dynamique de concentration du virus dans les eaux usées (en rouge). L’effet du premier et du deuxième confinement sont visibles (dans les zones grisées). A la reprise de l’épidémie, en juin, cet indicateur était en avance sur la dynamique du nombre de personnes testées positives au covid-19
Un modèle difficile à établir
Si la corrélation semble évidente, il est cependant difficile d’établir un véritable modèle prédictif. Il s’agit pourtant de l’une des finalités d’Obépine : tirer du terrain des informations qui permettront de calibrer l’action publique en fonction de l’évolution de la maladie.
]]>Des traces de Covid-19 dans les eaux usées à Paris interrogent sur un possible retour de l’épidémie
▻https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/07/08/des-traces-de-covid-19-dans-les-eaux-usees-a-paris-interrogent-sur-un-possib
Les résultats des derniers prélèvements montrent une résurgence du virus, à des niveaux minimes. L’incidence de l’infection remonte également dans certains départements, mais il est trop tôt pour parler d’un rebond épidémique.
Faut-il s’alarmer ? Près de deux mois après la levée des principales mesures de confinement, la quantité de virus détectée dans les eaux usées parisiennes semble indiquer une légère reprise de l’épidémie due au coronavirus depuis une quinzaine de jours, indiquent des sources concordantes.
Depuis le début de la pandémie, les eaux usées puis retraitées dans les usines d’Eau de Paris font l’objet d’un suivi, avec l’objectif d’évaluer la circulation du SARS-CoV-2 au sein de la population. A partir d’échantillons prélevés entre le 5 mars et le 23 avril, dans le cadre d’un projet baptisé « _Obépine- », des chercheurs ont en effet montré une corrélation entre le niveau de virus dans les eaux usées et le nombre de cas.
Un indicateur épidémique « avancé »
L’explication ? Quand un malade du Covid-19 va aux toilettes, le virus présent dans ses selles contamine les eaux qui les évacuent. Il est présent quelques jours après l’infection, avant l’apparition des premiers symptômes de la maladie. Les eaux usées « reflètent en partie l’état de santé de la population », souligne-t-on chez Eau de Paris, et représentent un indicateur épidémique « avancé » par rapport aux indicateurs « tardifs » comme les hospitalisations.
]]>Les égouts, des sentinelles sanitaires contre le coronavirus
▻https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/26/les-egouts-des-sentinelles-sanitaires-contre-le-coronavirus_6040725_3244.htm
L’analyse des eaux usées des villes permettrait, selon des chercheurs, de détecter de façon précoce la présence d’une contamination de la population, avant même sa manifestation clinique.
Crise sanitaire oblige, de nombreux chercheurs se sont lancés sur les traces du SARS-CoV-2 tous azimuts : dans l’air, sur le verre ou le plastique, dans les coquillages et jusque dans les eaux usées des villes. Or, cette dernière piste s’avère un bon révélateur de la contamination. Comme l’actuel coronavirus est excrété dans les selles, les échantillons prélevés dans des stations d’épuration rendent possible d’y détecter son génome, même si on ne connaît pas sa charge virale à ce stade. Ces analyses peuvent permettre de suivre la dynamique de l’épidémie de près dans les villes, où cette recherche est menée, et alerter les autorités sanitaires de façon précoce.
En effet, la concentration de l’ARN (acide ribonucléique) du virus se détecte alors qu’il circule encore silencieusement parmi les humains. Cet indicateur devance des signes, comme l’augmentation du nombre d’admissions à l’hôpital, et les bilans des tests menés sur des malades présentant des symptômes. D’autant que ces derniers peuvent prendre plusieurs jours pour se manifester, alors que l’individu peut excréter le virus plus tôt.
Résultat : l’évolution de la contamination de la population puis la décrue de l’épidémie repérées dans les eaux usées correspondent précisément, avec un décalage, à la courbe épidémiologique que produisent les réseaux de santé.
Des résultats rapides et convaincants
Une équipe de chercheurs de l’université et de l’école de médecine de Yale (Connecticut), a ainsi établi que la détection de traces de SARS-CoV-2 peut devancer de trois jours la vague montante des entrées dans les hôpitaux locaux. Sa concentration maximale est même apparue sept jours plus tôt que le pic du nombre de malades, selon les résultats compilés des tests de Covid-19.
Pour cette publication mise en ligne en preprint le 22 mai sur la plate-forme de recherche médicale MedRxiv, l’équipe a travaillé à partir de boues d’épuration prélevées quotidiennement du 19 mars au 1er mai dans quatre villes de l’agglomération de New Haven, une ère d’environ 200 000 habitants. Les auteurs précisent que, au cours de l’épidémie, leurs échantillons étaient tous positifs.
« Surveiller une centaine de stations d’épuration bien choisies sur le territoire deux fois par semaine reviendrait bien moins cher que de tester 40 % de la population ! », Laurent Moulin, du laboratoire Eau de Paris
Avec la pandémie, ils ne sont pas les seuls chercheurs à s’intéresser aux stations d’épuration. En fait, c’est un véritable engouement qui s’est emparé des virologues. A la suite d’une équipe néerlandaise, Laurent Moulin, du laboratoire Eau de Paris, a été l’un des pionniers sur ce créneau. Son étude, postée le 6 mai sur MedRxiv, a elle aussi été réalisée avec des scientifiques de Sorbonne université, du CNRS, de l’Inserm et de l’Institut de recherche biomédicale des Armées. Elle observe la contamination dans l’agglomération parisienne du 5 mars au 23 avril et les effets du confinement.
« Eau de Paris s’occupe de l’eau potable pas des eaux usées – précisez bien que ce ne sont pas les mêmes réseaux, qu’il n’y a pas de risque à boire l’eau du robinet. Néanmoins, nous assurons une veille des virus responsables des gastro-entérites depuis cinq ans. Nous avons donc eu l’idée de repérer les traces de SARS-CoV-2, en même temps que d’autres sûrement, mais nous avons obtenu des résultats de façon plus précoce. »
Rapides et convaincants : l’équipe de Laurent Moulin a vite obtenu le soutien de l’Académie des sciences et de celle des technologies, ainsi que 500 000 euros de la part du gouvernement pour mener ses recherches. Son enthousiasme a contribué à lancer l’observatoire épidémiologique dans les eaux usées (Obépine), que plusieurs laboratoires ont rejoint. « Surveiller une centaine de stations d’épuration bien choisies sur le territoire deux fois par semaine reviendrait bien moins cher que de tester 40 % de la population ! », affirme le chercheur.
Prélèvements maritimes négatifs
A l’approche de l’été, la question des eaux littorales se pose. L’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (Ifremer) s’en est saisi. Les analyses des prélèvements effectués sur les façades maritimes se sont avérées négatives, tout comme celles menées sur des huîtres creuses. « C’est une bonne nouvelle, car les coquillages filtrent une grande quantité d’eau et concentrent les pathogènes, explique Soizick Le Guyader, virologue à l’Ifremer. L’intérêt d’étudier les eaux usées est de plus en plus évident : la flore intestinale, c’est plus pratique à analyser que de constituer un échantillonnage représentatif de la population. »
Les égouts en guise de sentinelles : l’idée a aussi éveillé l’intérêt de collectivités locales et d’opérateurs de l’eau et de l’assainissement publics et privés en France. En Suisse, l’Institut fédéral des sciences et technologies de l’eau se penche également sur cette piste avec l’Ecole polytechnique fédérale de Lausanne.
« Des équipes s’y sont mises en Espagne, en Australie, en Angleterre… Il y a une grande émulation internationale, note Christophe Dagot, chercheur à l’Inserm et professeur à l’université de Limoges. D’ailleurs, nous aussi, nous nous sommes lancés dans l’épidémiologie sanitaire dans la cité, nous avons rejoint le réseau Obépine afin de valider les procédés de notre laboratoire. La région nous a alloué une subvention de recherche et la métropole de Limoges a décidé, à une vitesse record, de nous aider en assurant les collectes des échantillons, notamment à la sortie des hôpitaux et d’Ehpad. Nous voulons essayer de dresser une cartographie fine de l’agglomération. Dans les eaux usées, on trouve des agents blanchissants, des stupéfiants, des médicaments…, assure-t-il. On peut aisément repérer le quartier le plus dépressif de la ville. »
Christophe Dagot dirige aussi une équipe de recherche fondamentale qui travaille sur les mutations du virus. « Nous allons séquencer son génome et comparer avec celui recueilli chez des malades. Est-ce qu’il bouge ? Est-il mort ? Il a besoin de matériel organique pour survivre donc plus l’eau est sale, plus on peut en trouver. A la sortie des stations d’épuration, il y en a par conséquent très peu. » Le scientifique est rassurant : jusqu’à présent, aucune étude n’a établi de risque épidémique dans les eaux de surface.
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