#obepine

Il semble que si un confinement avait été décrété début septembre et la rentrée des classes reportée, on aurait cassé la courbe épidémique. Mais ça, on ne peut le dire que maintenant.

Patrick Monfort, directeur de recherches au CNRS

Ben non, c’était prévisible.
La preuve  : le Minilecte n’a jamais fait sa rentrée.
À aucun moment son internat et le contexte pandémique n’ont assez safe pour ça.

Pire que ça. Ce n’était pas prévisible. C’était prévu. Ça arrivait gros comme une maison. L’exponentielle était déjà là début septembre. Alors la multiplication des contacts ne pouvait que multiplier les cas.

J’ai entamé la lecture de la BD sur les algues vertes en Bretagne, et cette façon dont les services de l’état ont systématiquement miné les efforts pour que les responsabilités soient clairement établies, et que des mesures soient prises. Ça fait penser aux combats contre l’amiante, à une autre époque.

Quand tu as un tout petit peu de mémoire, comment veux-tu ne pas y voir des complots, dans ces gens qui 6 mois après les faits te disent doctement « nous ne pouvions pas le prévoir », alors même qu’à l’époque, tout était sous nos yeux, publiquement annoncé, analysé, démontré ?

la photo, j’ai vu la même ailleurs, et y avait marqué « marins pompiers » ; c’est pas des gars d’Obepine, ils sont dans la rue, alors que Obepine mesure les stations d’épuration...

►https://www.20minutes.fr/sante/2969683-20210204-coronavirus-marseille-marins-pompiers-observent-explosion

cité y-a 3 jours ici : ▻https://seenthis.net/messages/900262

#eaux_usées #obepine

@monolecte un peu hors sujet, mais si un jour tu te sens de détailler comment tu arrive à faire en gardant minilecte à la maison, moi ça me paraît ouf.

Elle a 18 ans et est autonome depuis des années.
On a de la place aussi.

ah ouais ok.

la fin de l’article est vraiment à mourir de rire :

le point de vue du gars de terrain , chiffres localisés, nets et précis :

Cette hausse exponentielle se fait de manière concentrée, sur les arrondissements les plus défavorisés de Marseille. « Le phénomène se produit sur une sorte de frange littorale du Nord de Marseille, qui va en gros du quartier de la Belle-de-Mai aux quartiers Nord », note le contre-amiral.

le point de vue du savant de l’aphm, chiffres officiels d’abord :

« Les chiffres des marins-pompiers sont un indicateur à prendre en compte, note l’épidémiologiste Pascal Auquier, professeur de santé publique à l’Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Il faut surveiller cela. Pour autant, il faut le prendre avec pondération, puisqu’on note que le taux d’incidence se stabilise ces cinq derniers jours dans le département. »

Le point de vue de l’ARS :

Une inquiétude d’autant plus vive que, pour l’heure, cette explosion reste inexpliquée. Plusieurs sources évoquent une présence accrue du variant du Covid-19 dans la deuxième ville de France, sans certitude. Interrogée sur ce sujet, l’Agence régionale de santé, habilitée à communiquer sur ces questions, n’a pas donné suite à nos sollicitations à l’heure où ces lignes sont écrites.

#eaux_usées pas #obepine

obepine est coincé au 15 janvier :

▻https://www.reseau-obepine.fr/marseille

https://www.reseau-obepine.fr/wp-content/uploads/2021/01/marseille-historique-1512021-1024x721.png

▻https://seenthis.net/messages/900372#message900459

La seule variable explicative qui tienne un peu la route, c’est qu’on est en train de gravement sous-détecter le virus. En témoigne les chiffres stables alors que dès qu’on teste un bahut ou un hosto, c’est l’horreur, alors que les gus qui mesurent le virus dans les égouts paniquent (alors même qu’il a beaucoup plu ces derniers temps, ce qui dilue un peu).

Pourquoi serions-nous en sous-détection  ?
→ Sous-test chez les gens qui en ont marre de perdre des jours de boulot (peut-être voir s’il y a des secteurs mal indemnisés en cas de quarantaine)
→ Sous-test institutionnalisé dans toute l’EN et chez les mineurs
→ Sous-test parce que les parents ne veulent plus perdre de journées de travail  : beaucoup de témoignages rapportent des enfants scolarisés alors que toute la famille se sait touchée
→ incapacité de voir les variants
→ fiabilité en baisse des tests à cause des variants
→ protocole non respecté sur des tests AG  : un négatif doit être suivi d’un PCR de confirmation
→ sous-suivi des cas contact
→ refus des tester les asymptomatiques (pas mal de cas rapportés)
→ Non reconnaissance de suspicion de covid à cause de la méconnaissance profonde de la diversité des symptômes  : toute la com’ tourne autour de 3 symptômes (fièvre, grosse fatigue, anosmie) + une complication (détresse respiratoire), alors qu’il y a au moins une bonne vingtaine de symptômes connus.
→ la sous-détection entraine logiquement des flambée nosocomiales  : on met en chambre double et en service ordinaire des gens covidés
→ maintien délibéré des malades au travail (personnel de santé 👍)
→ quarantaine délibérément trop courte pour les infectés… et même pas respectée. Le lycée de ma fille (où elle refuse de remettre les pieds malgré les menaces) a fermé mercredi l’internat et la cantine  : tout le personnel était contaminé. Ils rouvrent lundi. 🤦‍♀️

Pourquoi faire de la rétention d’information ?

ils l’expliquent clairement dans la vidéo : ils y sont contraints par les accords avec certaines des collectivités territoriales qui, seules, peuvent accorder l’accès aux prélèvements dans les stations d’épuration.

Le (les !) traitement(s) à partir des données brutes et leur nécessité absolue sont clairement détaillés, ainsi que la très grosse difficulté - qu’ils ont apparemment résolue – d’assurer une comparabilité entre sites en tenant compte de la très grande hétérogénéité et dispersion des mesures des laboratoires.

Et (bis) le suivi d’une quarantaine de site en tendance devrait dorénavant être disponible avec un différé à partir du début de la semaine prochaine.

Mais que tout cela ne te dispense pas d’écouter la vidéo quand tu auras le temps.

Intéressant effectivement.

On l’a échappé belle. Un peu plus, plus de moules-frites ni d’huître pour noël ! La question s’est posée !

Sur la rétention d’information de certaines communes sur ces données dans l’été, ils expliquent quand même que c’est pour pas faire peur aux touristes / commerce...

Donc planquer un peu l’info sous le tapis du public, même si ça permet aussi au modèle d’être affiné / confirmé... Il me semble que dire "c’est un travail de recherche en cours, voilà où on en est, ce qu’on analyse, sous réserve de ..." aurait pu être plus transparent et utile à cette époque. (peut être que ça avait été fait, mais il ne semble pas, ou discrètement ?)

Également je note que le mathématicien indique "on ne peut donner les données brutes" (qui ne veulent rien dire), en préférant fournir un indicateur spécifique (de 0 à 150) sans expliquer vraiment de détail sur comment est calculé cet indicateur / échelle au final (« un peu comme Ritchter », donc on suppose quelque chose de logarithmique ?).

[Thread #live] Au programme ce soir : présentation du réseau #Obépine, suivi du virus dans les eaux usées, accès aux données, ...
▻https://unrollthread.com/t/1351969235409506308

Pour commencer, petite présentation du réseau #Obépine (Observatoire Épidémiologique des Eaux Usées) et de la genèse du projet.

💻 Le projet #Obépine a été lancé en mars avec les premiers prélèvements et analyses. Depuis le mois de juillet il y a un suivi dans 400 stations d’épurations.

💻 9 laboratoires participent aux analyses des échantillons (parmi 22 identifiés). Le principal étant celui des @eaudeparis.

https://pbs.twimg.com/media/EsMrWzLXUAEnwmo?format=png#.png

💻 Les données brutes nécessitent un important travail de traitement par #Obépine (correction des biais, contrôle des analyses, facteurs de variabilité, ...) afin d’être exploitées.

💻 Il faut obtenir l’accord des collectivités pour effectuer les prélèvements. Dans de nombreux cas le réseau #Obépine a du signer une charte de confidentialité afin de ne pas divulguer les données.

💻 Ce sont les données critiqués qui peuvent être publiées par le réseau #Obépine.

💻 Voici les chiffres pour le bassin d’Ile de France publiés grâce au travail du réseau #Obépine et des @eaudeparis. La ville de @Paris est un grand partenaire du projet.

https://pbs.twimg.com/media/EsMu-AmXYAQc6Qu?format=png#.png https://pbs.twimg.com/media/EsMvFpPW8AMwqsG?format=png#.png

💻 Comment peut-on prédire l’impact de la maladie ? Yvon Maday apporte quelques réponses sur la création des modèles de prédiction.

💻 Les données de la station de Paris Seine-Morée montrent que le virus circule toujours à un niveau haut.

https://pbs.twimg.com/media/EsMzRnPXUAM8dDD?format=jpg#.jpg

💻 Le lieu de positivité d’une personne est son lieu de résidence. Par conséquent il peut y avoir un décalage entre les analyses des eaux et les tests PCR dans le cas de vacanciers par exemples.

💻 Des capteurs passifs sont à l’étude afin de pouvoir récupérer des informations en continu.

https://pbs.twimg.com/media/EsM1C2sXAAAAO2f?format=jpg#.jpg

💻 Aujourd’hui le projet #Obépine évolue d’une démarche scientifique nationale à un plan d’action local. L’objectif étant de croiser de nombreux indicateurs pour mieux prévoir.

💻 Depuis le 15 décembre, le réseau #Obépine travaille sur les variants du virus de la #COVID19 en partenariat avec @Sorbonne_Univ_ et @eaudeparis.

🎙 On passe aux questions/réponses

💻 Les données devraient être mises à dispositions en #OpenData dès dimanche 24 janvier !

💻 Ce sera sous la forme d’un indicateur moyenné permettant d’avoir une tendance. Les données brutes sont mises sous embargo afin d’éviter les erreurs d’interprétation.

🎙 Est-ce que ce type d’analyses est envisagé (ou déjà réalisé) pour d’autres virus ? Cela a déjà a été fait pour d’autres virus. Par exemple pour la polio ou la gastro-entérite.

🎙 Avez-vous la possibilité d’identifier les différents variants ? Pour certains comme celui anglais oui c’est possible grâce à une astuce de laboratoire. Pour les autres comme le sud-africain, le brésilien ou l’allemand c’est beaucoup plus compliqué.

🎙 Travaillez-vous avec les @MarinsPompiers ? Il y a des échanges, mais la méthodologie n’est pas totalement identique.

🎙 Le prélèvement au pied des bâtiments est utile mais cela nécessite un important travail de correction des données.

🎙Quel est le décalage en temps typique entre la remontée de la courbe des eaux usées et celle du taux de positivité ? Il n’y pas de délai fixe en raison de nombreux facteurs. Cela peut aller d’une à trois semaines.

🎙 Les nouveaux variants peuvent-ils affecter les modèles mathématiques ? Oui il peut y avoir un impact. Il est important de continuer les recherches.

🎙 Quel est le délai chez un individu malade entre sa contaminations et le rejet dans les eaux usées ? En moyenne c’est 5 jours, mais ce n’est qu’une moyenne. Certains sécrètent le virus jusqu’à 6 semaines après la contamination.

🎙 Selon vous quand aura lieu le prochain confinement ? Au niveau scientifique on préconise toujours d’avancer le plus taux possible. Cependant c’est au Politique de prendre la décision en fonction de nombreux indicateurs.

🎙 Yvon Maday : « Le confinement est un échec des autres mesures. Il faut donc maintenir au maximum les gestes barrières ».

🎙 Vincent Maréchal : « Les variants ne résistent pas au gel hydroalcoolique ».

🎙 Vincent Maréchal :"Il aurait fallu essayer de bloquer les variants avant les vacances de décembre en imposant par exemple une septaine".

via
▻https://twitter.com/CovidTracker_/status/1352018515566358531

#eaux_usées

Eaux usées : la carte qui permet de prédire l’évolution de l’épidémie de Covid-19 en France
Accélération attendue à Toulouse, ralentissement à Lille... En exclusivité pour L’Express, les scientifiques qui traquent le virus dans les égouts révèlent des données nationales sur la dynamique de l’épidémie.
▻https://www.lexpress.fr/actualite/sciences/eaux-usees-la-carte-qui-permet-de-predire-l-evolution-de-l-epidemie-de-covi

Par Stéphanie Benz, avec Dario Inguisto pour les infographies
publié le 24/01/2021 à 16:30 , mis à jour à 17:40

Une poursuite prévisible de l’augmentation du nombre de cas à Toulouse ou Marseille, mais un ralentissement à attendre à Strasbourg ou Lille... C’est un outil précieux pour la gestion de l’épidémie que les scientifiques du réseau Obépine (observatoire épidémiologique dans les eaux usées) (1) [ ▻https://www.reseau-obepine.fr ] s’apprêtent à mettre à disposition des autorités sanitaires et du grand public : des données permettant d’établir une « carte météo » nationale de la circulation du virus, dont L’Express a eu la primeur. Elles sont tirées de l’analyse de prélèvements dans les égouts dans différentes localités en France.

A l’origine de ces travaux, un constat simple, fait très tôt après le début de la pandémie : à chacun de ses passages aux toilettes, une personne infectée par le Sars-cov-2 fait passer par ses selles des traces de virus, qui vont se retrouver dans les eaux usées. D’où l’idée de mesurer les concentrations de génome viral dans les stations d’épuration pour mieux cerner la dynamique de l’épidémie. Les chercheurs d’Obépine ont pu montrer que ces données représentaient un indicateur avancé, qui permet de saisir l’évolution prévisible du nombre de malades plusieurs jours, et dans certains cas plusieurs semaines, avant que les appels aux 15 ou le nombre de tests positifs n’augmentent.

Dans l’Hexagone, une situation disparate et inquiétante

« A la fin du mois de juin, la surveillance des eaux usées en Ile-de-France a fourni le premier signal de ce qui allait devenir la deuxième vague », rappelle le Pr Vincent Maréchal, virologue à Sorbonne-Université et cofondateur du programme. Et en novembre, c’est encore une fois des égouts d’Ile-de-France que le premier signal encourageant est venu, après la mise en place du couvre-feu.

« Nous avons donc bâti un réseau de stations d’épuration partenaires, réparties sur tout le territoire, qui commencent à présent à nous remonter les résultats de leurs prélèvements », indique le Pr Yvon Maday, mathématicien et professeur à Sorbonne-Université, à l’origine des modèles qui permettent d’analyser ces données, également co-fondateur d’Obépine. Un projet dans lequel le ministère de la Recherche a engagé 3,5 millions d’euros (auxquels se sont ajoutés des financements de Sorbonne-Université, CNRS, Eau de Paris...) : « Cela nous a paru d’autant plus intéressant que ce type de dispositif pourrait être utilisable plus largement pour la gestion de la santé publique en s’étendant à d’autres maladies infectieuses, comme les gastro-entérites, ou au suivi des bactéries résistantes et de la consommation de drogues », expliquait récemment à L’Express la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, Frédérique Vidal. Et peut-être même, estiment à présent les chercheurs, les pollutions chimiques, les micro-plastiques, etc...

Pour chaque station, les informations seront présentées sous la forme d’un indicateur synthétique, offrant ainsi la possibilité de comparer les tendances entre les différentes localités. Ces chiffres seront mis en ligne, en open-data (données ouvertes) sur le site du réseau Obépine, à partir du lundi 25 janvier. Les données d’une quarantaine de stations seront communiquées dans un premier temps, avant que l’ensemble des 150 stations du réseau ne devienne peu à peu disponible.

Nous en présentons une sélection, qui dessine une photo très disparate de la situation dans l’Hexagone. Avec les mesures de contrôle déjà mises en oeuvre, l’augmentation de la concentration virale dans les eaux usées semble stoppée dans plusieurs agglomérations. Mais les quantités de génomes viraux retrouvées se maintiennent à un niveau élevé : « C’est inquiétant, car cela signifie que les hôpitaux vont continuer à se remplir », analyse le Pr Maréchal, une tension qui pourrait encore s’accroître avec l’émergence de nouveaux variants. Par ailleurs, plusieurs points de vigilance existent là où les concentrations en virus ont recommencé à s’inscrire à la hausse dans les derniers prélèvements, depuis les fêtes de fin d’année, comme à Marseille, Toulouse ou Dijon. Dans quelques zones en revanche, comme à Lille ou Strasbourg, la situation semble s’améliorer.

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-carte-france-eaux-usees_6291176.jpg

A l’heure où les variants menacent de faire augmenter fortement le nombre de malades et de décès, ces données intéressent au plus haut point les autorités, et les membres du réseau Obépine multiplient les réunions avec les Agences régionales de santé, les ministères de la santé et de la Recherche, ainsi que les élus locaux. « Avec nos informations, c’est un peu comme si nous avions des jumelles au bord de la mer : nous voyons que la marée commence à monter, et qu’elle sera là dans trois heures. Comprendre la dynamique nous permet d’agir avant d’être noyés », décrypte Yvon Maday. Le degré d’anticipation de l’indicateur varie toutefois selon la situation épidémique, nuance le chercheur : « Quand nous partons d’un niveau très bas, nous voyons la vague arriver de loin. Quand nous sommes à des niveaux très hauts, l’avance en temps par rapport à d’autres indicateurs existe, mais elle est moins importante ».

La capacité à anticiper les changements de tendance ou l’accélération de l’épidémie paraît essentielle dans le contexte actuel. Quand les hôpitaux ne sont pas débordés, les pouvoirs publics éprouvent en effet les plus grandes difficultés à justifier la mise en oeuvre de mesures restrictives supplémentaires pour prévenir l’aggravation de la situation. Trouver comment objectiver la menace, au-delà des seules courbes des modélisateurs, pourrait donc leur faciliter la tâche.

Une nouvelle urgence : la recherche des variants

Un important travail méthodologique a dû être effectué avant d’en arriver à ce résultat. Pour être comparables d’une station à l’autre, les données doivent en effet tenir compte de la pluviométrie, de la population se trouvant la zone (estimée à partir des quantités d’azote trouvées dans les eaux), des rejets industriels et des modes de traitement des eaux. A terme, les chercheurs affichent une ambition plus grande encore : être capables de mesurer en temps réel à la fois la dynamique de l’épidémie, mais aussi son ampleur, c’est-à-dire le nombre de personnes symptomatiques et asymptomatiques infectées à un instant donné. Mais de nombreuses questions scientifiques doivent encore être résolues, à commencer par l’évaluation des quantités de virus excrétées par les asymptomatiques.

En attendant, les autorités ont demandé aux scientifiques d’Obépine une tâche plus urgente encore : trouver le moyen d’évaluer la diffusion des variants dans la population. Un véritable challenge technologique : « Chez les patients, il n’y a qu’une seule souche virale majoritaire. Dans l’environnement, il existe des centaines de milliers de virus qui se mélangent, cela rend l’analyse encore plus complexe », souligne Laurent Moulin, microbiologiste, cofondateur d’Obépine, et responsable R&D du laboratoire d’Eau de Paris. Les scientifiques d’Obépine travaillent aujourd’hui à mettre au point deux méthodologies différentes : des PCR ciblées sur la détection de tel ou tel variant, et la métagénomique. Mais en parallèle, les scientifiques doivent aussi à s’assurer que les variants passent bien dans les selles de la même façon que la souche principale : « C’est probable, mais cela fait partie des questions auxquelles nous allons devoir répondre », avertit Sébastien Wurtzer, virologue à Eau de Paris et cofondateur d’Obépine. La réponse est désormais attendue assez rapidement.

FOCUS : TOULOUSE, LILLE, MARSEILLE... DES DYNAMIQUES EPIDEMIQUES TRES DIFFERENTES

Nice : stabilisation à un niveau très élevé

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-nice_6290978.jpg

Marseille : accélération de la circulation virale

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-marseille_6290984.jpg

Toulouse : Un point de préoccupation

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-toulouse_6290974.jpg

Nantes : stabilisation à un niveau moyen

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-nantes_6290980.jpg

Strasbourg : net ralentissement, mais qui doit être confirmé

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-strasbourg_6290976.jpg

Nancy : stabilisation à un niveau élevé

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-nancy_6290982.jpg

Lille : Reflux marqué de la circulation virale

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-lille_6290986.jpg

Ile de France : un plateau élevé

https://static.lexpress.fr/medias_12287/w_640,c_fill,g_north/infographie-niveau-contamination-eaux-ile-de-france_6290988.jpg

Les quantités de virus dans les eaux usées en Ile-de-France paraissent pour l’instant stabilisées à un niveau élevé. Les scientifiques du réseau Obépine disent toutefois observer localement des divergences au sein de la région, avec notamment une augmentation de la charge virale dans la moitié est de l’agglomération parisienne.

(1) Laboratoires associés au projet : Sorbonne Université /CNRS/Inserm (virologie médicale, mathématiques-modélisation, hydrologie) ; Eau de Paris (virologie environnementale) ; Université de Lorraine / CNRS (virologie environnementale) ; Université de Clermont-Auvergne (virologie environnementale) ; Institut de recherche biomédicale des armées (IRBA) (Virologie) ; Service de Santé des Armées (maladies infectieuses, recherche clinique) ; IFREMER Nantes (virologie, milieux côtiers, mollusques).

apparemment, L’Express a les infos en avant-première (et c’est à péage), les autres se contentent d’annoncer la sortie pour demain…

sinon, gros travail de transcription (brève mais correcte) de la vidéo dans la pelote de tweets…

dont :

« Cela nous a paru d’autant plus intéressant que ce type de dispositif pourrait être utilisable plus largement pour la gestion de la santé publique en s’étendant à d’autres maladies infectieuses, comme les gastro-entérites, ou au suivi des bactéries résistantes et de la consommation de drogues », expliquait récemment à L’Express la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, Frédérique Vidal.

=>

et de la consommation de drogues

#eaux_usées #santé_publique

l’autre raison pour laquelle ils ne publient pas les données brutes est à 1:10:25 dans la vidéo :

il est hors de question de publier les données brutes, comme ça, sans embargo, paske sinon les gens font n’importe quoi

(et analyser les données c’est trop compliqué pour vous pauvres mortels, vu comme on en à bavé pour produire notre indicateur de Richter du caca-virus)

Données ouvertes - Réseau OBEPINE
▻https://www.reseau-obepine.fr/newsletter

Données ouvertes

Rapport d’analyses :
présentation des résultats

Ces premiers rapports d’analyses sont basés sur des valeurs contextualisées à partir des résultats des laboratoires d’analyses d’Obépine.

Les courbes sont présentées sous la forme d’un indicateur de tendance pour le suivi de l’épidémie … voir plus

L’indicateur de tendance est établie à partir de plusieurs données historiques. Dès que nous aurons assez de données sur les autres stations suivies nous les publierons. [...]

données ouvertes, si l’on veut ; c’est quand même l’ouverture minimum : sous forme de courbes, isolées les unes des autres, sans accès aux valeurs et sans possibilité de se concocter un petit portefeuille personnel de sites à suivre.

J’imagine qu’ils ont le nez dans le guidon et que développer une interface interactive demande un peu de compétence et du temps (cf. l’interface Shiny de Marc Lavielle déjà pointé ici) mais, clairement, ça ne figure pas dans leurs priorités.

- données ouvertes ?
– c’est fait !

Ielles indiquent « Les données épidémiologiques du document sont disponibles en accès libre sur la base SI-DEP de Santé Publique France ». Mais je sais pas s’ielles parlent des données annexes qu’ielles ont utilisées ou de leurs données validées... (et je vois rien là-bas, mais bon je connais pas non plus...)

Rebond de l’épidémie de Covid-19 : des relevés inquiétants dans les eaux usées d’Ile-de-France
▻https://www.leparisien.fr/societe/coronavirus-dans-les-eaux-usees-d-ile-de-france-pourquoi-les-derniers-rel

Les scientifiques du réseau Obépine ont constaté une augmentation de la concentration en virus dans les stations franciliennes. De quoi faire craindre une hausse plus importante du nombre de personnes positives ces prochains jours.

Cet indicateur trop peu exploité et trop discret est un point d’appui bien utile lorsqu’on ne veut pas entrer dans le détail des balivernes innombrables qui circulent partout afin de dénier les évaluations des taux de prévalence au nom de (fausses) critiques des tests sur lesquels il reste compliqué de fournir une explication d’ensemble et de détail, des biais, des corrections à apporter aux chiffrages [ qui comportent des erreurs et ruptures de série, etc.]. Pour ma part j’ai renoncé, je sais pas faire, sauf à pointer 3 ou 4 contre-vérités répandues et aux airs convaincants.

#loi_de_Brandolini

Je me demandais si ces mesures, enfin surtout leurs résultats étaient publics et s’il y en avait des graphiques ?

Je n’ai sûrement pas assez et pas assez bien cherché mais pour trouver des données, il me semble que c’est au petit bonheur la chance. Je n’ai vu que Marseille et la région parisienne citées, très occasionnellement, comme endroits où de telles analyses étaient conduites, et les données, je ne sais pas où elles sont. C’est pourtant un très bel indicateur qui permet à pas cher (les prélèvements sont au-to-ma-ti-ques et fiables, ah ah ah) de disposer d’une capacité d’anticipation plutôt que de courir après l’épidémie avec retard, ce qui semble être le pli structurel de tout ce qui est fait ici, y compris pour ce qui parfaitement programmé et connue comme la stratégie vaccinale (les 2/3 des congelos basse température gardés en réserves au lieu d’être déployés, par exemple).
Dernier cas rageant en date, on peut faire 6 doses de vaccin Pfizer au lieu de 5 avec un flacon si c’est organisé afin d’optimiser (eh oui) les stocks, ce qui permet d’ouvrir la vaccination à des demandeurs disponibles au jour le jour (des soignants de moins de 50 ans, par exemple) pour éponger les reliquats tout à fait valables ainsi dégagés (contrairement à la connerie de retarder la deuxième injection). Ben non. On sait pas faire, alors que cela se fait ailleurs, que de telles procédures « vertueuses » ne demandent rien d’autre que d’être copiées.

#absurdistan

Covid 19 - MesVaccins.net
▻http://www.mesvaccins.net/web/covid-19

Le projet #Obépine pour « Observatoire épidémiologique dans les eaux usées » est mené depuis deux mois par les chercheurs d’Eau de Paris en collaboration avec Sorbonne Université, le Syndicat interdépartemental pour l’assainissement de l’agglomération parisienne (Siaap) et l’Institut de recherche biomédicale des armées (Irba). Obépine vise à surveiller les eaux usées pour suivre l’épidémie de coronavirus. Le SARS-CoV-2 excrété dans les selles des malades se retrouve en effet dans les égouts, entre quelques heures et 3 jours après. L’Ifremer détecte de possibles traces de SARS-CoV-2 dans l’environnement marin dans les eaux usées du Grand Ouest, mais cela n’a pas affecté les coquillages.

Depuis plus de deux mois, les eaux d’une trentaine de sites de traitement, dont plus d’une dizaine sont situés en Ile-de-France Nancy et Clermont… sont sous surveillance ; Paris regarde dans quelle mesure ce dispositif peut être applicable à l’échelle de l’agglomération et sur la question des micro-clusters des quartiers, voire des établissements. La mise en place d’un suivi quantitatif de la charge virale de SARS-CoV-2 dans les eaux usées permettrait améliorer la surveillance de la circulation du coronavirus y compris des asymptomatiques.

je ne crois pas que les données soient publiées.

sinon, pour l’incidence dans les métropoles, il y a Si-DEP de Santé Publique France :
►https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/indicateurs-de-lactivite-epidemique-taux-dincidence-de-lepidemie-de-covid-

résultats au 5/01/21

https://dl.dropbox.com/s/xw95nz1y9v6mcep/20210108_SPF_incidence.png

Cf. « Sars-CoV2 dans les eaux usées, remarquable présentation du projet #Obepine »
▻https://seenthis.net/messages/897435

Résultats publiés, peut-être grâce à la demande de Elias Orphelin, qui participe au projet #Covidtracker.

Fin de la réponse du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, 9 janvier 2021 :

J’ai le plaisir de vous informer que nous rendrons disponibles et réutilisables les données de courbe de tendance dans les meilleurs délais, après avoir informé les collectivités concernées qui ont fait l’effort d’ouvrir leurs stations à l’équipe des chercheurs d’Obépine, les données ayant vocation à être ouvertes dans le cadre du devoir d’information des citoyens.
Par ailleurs, au fur et à mesure de l’affinement de la méthodologie, le programme scientifique publiera des données plus fines au cours de l’année 2021. Trois publications scientifiques, qui seront accompagnées de données détaillées, sont déjà soumises. Un manuscrit est accepté, deux manuscrits sont en cours de correction. Six autres publications sont prévues dans les semaines qui viennent.

Données relatives à la concentration de SARS-CoV-2 dans les eaux usées
►https://madada.fr/demande/donnees_relatives_a_la_concentra

L’analyse des eaux usées pourrait permettre d’anticiper une 3e vague
▻https://www.leparisien.fr/societe/covid-19-comment-l-analyse-des-eaux-usees-pourrait-permettre-d-anticiper-

À partir du moment où l’on a apporté la preuve de l’efficacité du dispositif, il serait dommage de ne pas s’en servir.

[Demande d’accès aux] Données relatives à la concentration de SARS-CoV-2 dans les eaux usées
►https://madada.fr/demande/donnees_relatives_a_la_concentra

Actuellement en attente de réponse de la part de l’autorité Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, ils devraient répondre rapidement et normalement au plus tard le 21 décembre 2020.

En application de la loi n° 78-575 du 17 juillet 1978 relative aux documents administratifs, je souhaite obtenir communication des données de concentration en SARS-CoV2 dans les eaux usées collectées par le réseau Obepine.

Le projet d’Observatoire épidémiologique dans les eaux usées (OBEPINE), lancé en juillet, vise à réaliser un suivi en temps réel des traces de Covid-19 dans les eaux usées sur tout le territoire national afin d’anticiper les évolutions de la pandémie et de caractériser les populations sources de virus pour orienter les politiques publiques. Le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation y consacrera jusqu’à 3 millions d’euros afin de lui permettre de réaliser ses missions. Le Plan national pour la science ouverte annoncé par Frédérique Vidal, le 4 juillet 2018, rend obligatoire l’accès ouvert pour les données issues de recherches financées sur projets.

Conformément aux dispositions de la loi du 7 octobre 2016 pour une République numérique, ces données devront être publiées dans un format numérique, ouvert et réutilisable. En application de l’article L311-9 du Code des relations entre le public et l’administration (CRPA), je souhaite obtenir la publication des informations en ligne. L’article L312-1-1 du CRPA prévoit la mise à jour régulière des données communiquées.

Comme le livre III du CRPA le prévoit si le demandeur a mal identifié celui qui est susceptible de répondre à son souhait, je vous prie de bien vouloir transmettre ma demande au service qui détient les documents demandés.

Un graphique pour Paris, avec le dernier mois manquant.

En rouge la quantité de #SARSCoV2 dans les eaux usées en Ile-de-France. Notez une réapparition du virus 2-3 semaines avant la détection du virus par les tests PCR nasopharyngés (courbe bleue). @eaudeparis

▻https://twitter.com/RemiSalomon/status/1335584272615346181

https://pbs.twimg.com/media/Eojy0U0WEAA2uqW?format=jpg&name=medium#.jpeg

Suite : ▻https://seenthis.net/messages/894751#message898189

#obepine #eaux_usées

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