• Age-Related Differences in Nasopharyngeal Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Levels in Patients With Mild to Moderate Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) | Infectious Diseases | JAMA Pediatrics | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2768952

    #Covid-19 : non, les #enfants de moins de 5 ans ne sont pas extrêmement contagieux
    https://www.franceinter.fr/societe/covid-19-non-les-enfants-de-moins-de-5-ans-ne-sont-pas-extremement-conta

    Dans cette étude, publiée ce jeudi 31 juillet dans la revue JAMA Pediatrics, les chercheurs de Chicago ont réalisé des tests de dépistage avec prélèvement nasal sur 145 patients dont 46 enfants de moins de cinq ans. Ils ont ainsi relevé que la #charge_virale du coronavirus chez ces derniers était 10 à 100 fois plus élevée que celle trouvée chez des enfants plus âgés et des adultes. Les auteurs précisent qu’une étude en laboratoire a prouvé que plus il y avait de matériel génétique du virus, également appelé la charge virale, plus ce dernier pouvait devenir contagieux. « Par conséquent, les jeunes enfants peuvent potentiellement être d’importants facteurs de contagion du #SARS-CoV-2 dans la population » ont ainsi conclu les chercheurs.

    Des conclusions exagérées estime le professeur Robert Cohen.

    Le pédiatre Robert Cohen, vice président de la Société Française de Pédiatrie, a justement mené au printemps une étude sur 600 enfants franciliens qui montraient que les moins de 15 ans étaient entre 2 à 7 fois moins souvent infectés. Pour lui, ce n’est pas parce que les très jeunes enfants portent une charge virale importante qu’ils sont plus contagieux : « Il y a de très nombreuses études qui ont montré que quand un enfant était contaminé, il arrivait moins facilement à transmettre le virus que des adultes. Probablement parce qu’ils sont plus petits, qu’ils émettent moins de particules et qu’ils les émettent moins haut. »

    Même constat pour l’épidémiologiste Arnaud Fontanet lui aussi auteur pour l’Institut Pasteur d’une étude dans les écoles primaires de Crépy-en-Valois, un des premiers foyers épidémiques du #coronavirus en France. « Même avec des charges virales identiques ou supérieures, les enfants sont beaucoup plus asymptomatiques. Et donc on se demande s’ils ne sont pas moins contagieux parce que c’est lorsque vous toussez que vous allez expulser des gouttelettes qui elles peuvent évidemment transmettre le virus. »

    #transmission #PCR

  • #COVID-19 : Une #charge_virale plus élevée en cas de symptômes plus légers ! | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-une-charge-virale-plus-elevee-en-cas-de-symptomes-plus-legers

    Étude rétrospective,

    L’étude montre [...] que le coronavirus #SRAS-CoV-2 atteint son pic de charge virale aux premiers stades de la maladie et avant l’apparition des symptômes chez les patients qui en développeront. Quant aux patients moins symptomatiques, ils présentent une charge virale plus élevée lorsqu’ils sont diagnostiqués et représentent, selon ces chercheurs, une source virale et un risque de #transmission plus élevés. Selon ces scientifiques de la New York University Langone Health, ces personnes, infectées mais pré ou asymptomatiques constituent bien « une cible de population négligée importante pour la maîtrise de l’infection ».

    Source :

    Association of Initial Viral Load in Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Patients with Outcome and Symptoms - The American Journal of Pathology
    https://ajp.amjpathol.org/article/S0002-9440(20)30328-X/abstract

    #PCR

    • Unexpected: Higher Viral Loads Seen in Less Severe COVID-19
      https://www.medscape.com/viewarticle/934147

      Interestingly, they linked higher viral loads with significantly shorter symptom duration in all patients, regardless of hospitalization, and with shorter length of stay for hospitalized patients. No significant association, however, emerged regarding intensive care unit (ICU) admission, length of oxygen support, or overall survival.

      [...]

      International studies appear to lack consensus regarding viral loads and clinical severity. For example, a study in Lombardy, Italy revealed no difference in viral loads between asymptomatic carriers and symptomatic patients with COVID-19. In contrast, previous findings from Asian cohorts revealed similar trends to the current study, where patients with mild disease had the highest copy numbers during the first and second week after symptom onset.

  • Detection of #SARS-CoV-2 by bronchoscopy after negative nasopharyngeal testing: Stay vigilant for #COVID-19 - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213007120303154

    Highlights

    • Negative nasopharyngeal testing may underestimate the true prevalence of COVID-19.

    • COVID-19 lower respiratory tract infection occurs despite negative NP testing.

    • False negative nasopharyngeal testing has implications for the spread of COVID-19.

    #PCR #faux_négatifs

  • Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples | Clinical Infectious Diseases | Oxford Academic
    https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa638/5842165

    #SARS-CoV-2 Vero cell infectivity was only observed for RT-#PCR #Ct < 24 and STT [symptom onset to test] < 8 days. Infectivity of patients with Ct >24 and duration of symptoms >8 days may be low. This information can inform public health policy and guide clinical, infection control and occupational health decisions. Further studies of larger size are needed.

    #contagiosité

  • Valeur prédictive des résultats des #tests diagnostiques : l’exemple des tests #covid-19
    https://www.prescrire.org/Fr/203/1845/58650/0/PositionDetails.aspx

    Les performances des tests sont variables, que ce soit les tests diagnostiques de l’infection par #PCR ou les tests sérologiques recherchant une immunité liée à une infection passée. Parfois leur sensibilité est médiocre, conduisant à beaucoup de faux négatifs.

    En prenant l’hypothèse de deux tests sérologiques pour le virus #Sars-CoV-2, l’un de performance moyenne avec une sensibilité de 85 % et une spécificité de 98 %, et l’autre de performance médiocre dont la sensibilité serait de 65 % et la spécificité de 90 %, on peut calculer la probabilité que le contact avec le virus soit diagnostiqué à bon escient si on connait la fréquence de la maladie.

    Un exemple (parmi d’autres) peut être celui d’une personne sans symptôme notable d’une région où 2 % des habitants ont été infectés par le virus Sars-CoV-2 qui se fait tester. Si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 45 % (valeur prédictive positive, VPP). Si le test de moindre performance est utilisé et que le résultat est positif, cette probabilité n’est que de 12 %. Autrement dit, le test est faussement positif dans 83 % des cas.

    Dans les mêmes conditions de tests mais dans une région où 12 % des habitants ont été infectés, si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 85 %. Si le test de moindre performance est positif, cette probabilité n’est que de 47 %.

    Parmi les personnes qui ont eu des symptômes évocateurs de covid-19, des études ont montré qu’en pleine circulation virale, environ 25 % des cas vus par des généralistes étaient réellement liés à l’infection par le Sars-CoV-2. Dans ces conditions, chez une personne qui a eu des symptômes évocateurs de covid-19, si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 93 %. Si le test de moindre performance est utilisé et positif, cette probabilité n’est que de 68 %.

    #statistiques #sérologie

  • Retour sur la consultation avec un infectiologue à la Salpétrière. #apresJ20, @lapsyrevoltee
    https://twitter.com/lapsyrevoltee/status/1266061619660050433

    J’ai été très bien accueillie. Le Dr m’a gardée 1h15, il ne m’a pas coupé la parole, il m’a écoutée, a posé des questions, m’a laissé le temps de poser toutes mes questions, etc.
    Nous sommes BEAUCOUP

    Le service est submergé. Ils sont en train de réaliser l’ampleur du problème. L’Hôtel Dieu et Bichat ouvrent aussi un #suivi_post-covid. Ils voient beaucoup de gens avec des examens normaux ou quasi normaux et des symptômes très variés même s’il y a a souvent la tachycardie au premier plan.

    Voilà les hypothèses avec lesquelles ils travaillent (le Dr m’a bien précisé qu’il restait humble, que peut-être les études sur la maladie lui donneraient tort mais qu’il devait partir de quelque part et que donc, il partait de ce qu’il connaissait comme réactions similaires) :

    – Le virus n’est plus dans notre corps. Certaines familles de virus sont connues pour rester actives dans le corps (la mononucléose, la famille des herpès ou des zona par exemple) mais ce n’est pour le moment le cas d’aucun coronavirus connu. Donc quand on est aussi avancé dans la maladie, pour eux ce n’est pas une réactivation du virus (même s’il peut se détecter sur des cellules dites mortes).

    – Une partie des symptômes sont des micro-lésions dues à la #réaction_immunitaire forte qui a crée des dégâts en sécrétant des anticorps auto-immuns qui se sont attaqués à notre organisme. Ces micro-lésions peuvent ne pas se voir aux examens alors qu’elles se voient aux autopsies où on peut directement observer le tissus au microscope. Ces lésions sont réversibles. Ils sont plus inquiets des gens qui ont des choses visibles aux examens. La réaction auto-immune peut toucher tous les endroits où le corps a constaté la présence de virus et comme le virus a des affinités avec les récepteurs ACE qui se trouvent quasi dans tous les organes, ça explique la multiplicité des atteintes possibles

    – Après la réaction immunitaire, il y a un #état_inflammatoire qui peut durer très longtemps. D’après mes prises de sang, j’en sors à peine alors que je suis à J77. Cet état inflammatoire se voit sur divers paramètres à la prise de sang (pour moi c’était une forte élévation de la ferritine, de la vitesse de sédimentation et de certains globules blancs) et cet état inflammatoire peut toucher quasiment tous les endroits du corps. Cet état inflammatoire donne des douleurs, un épaississement du sang, etc. et il vient se surajouter aux lésions laissées par l’orage immunitaire

    – Une fois que tout cela est passé, il y a ce qu’on appelle le #syndrome_post-viral. Apparemment, cela existe dans beaucoup de virus à des pourcentages très faibles. Il semblerait que pour le covid, le syndrome post-viral touche beaucoup plus de personnes
    Ce syndrome est dû au fait que la lutte contre le virus a épuisé l’organisme de toutes ses forces. Il peut se manifester par de la fatigue au sens commun mais pas forcément. Pour eux, une partie de nos essoufflements seraient dus à ça, sans atteinte pulmonaire. On demande à notre corps un effort qu’il ne peut pas fournir et donc il montre des signes de lutte (essoufflement, tachycardie, douleur). Comme quand vous alliez bien et que vous essayiez de soulever un meuble hyper lourd vous aviez ces symptômes et bien là le seuil est fortement abaissé
    Ce syndrome peut durer quelques mois mais la plupart du temps il se résorbe. J’ai posé la question du syndrome de fatigue chronique qui a été évoqué ici, lui pense que ce sera un pourcentage minime de gens qui vont être confrontés à ça, que dans la plupart des cas cela va rentrer dans l’ordre (là il se base sur des comparaisons avec la dengue, la mononucléose, etc.).

    – Le corps étant très affaibli, il peut être en proie à d’autres problèmes connexes qu’il faut explorer : les maladies inflammatoires qui étaient en germe mais non déclarées peuvent survenir après un tel épisode et il faut faire une exploration pour vérifier que ce n’est pas le cas par exemple. De même, si on a été infecté dans notre vie par des virus qui restent dormants dans l’organisme comme ceux dont on parlait au début de ce thread (zona, herpes, varicelle, cytomegalovirus, mononucléose), ces virus habituellement tenus en respect par les défenses immunitaires du corps peuvent refaire des symptômes à la faveur de notre épuisement et cela peut se voir à la prise de sang. C’est pour ça que certain.e.s d’entre vous ont eu des zonas par exemple.

    – Son conseil c’est d’aller à notre rythme. Rester actif, marche, vélo d’appartement sans résistance, gym douce et s’arrêter dès qu’on se sent fatigué.e ou essoufflé.e. Bien écouter son corps, ne pas aller au-delà des limites. Essayer de se reposer, de ne pas s’exposer au stress, d’avoir une bonne alimentation pour recharger les réserves. Bref s’armer de patience et prendre soin de soi. Quand je lui ai rapporté les propos de ma généraliste il était outré, il m’a dit que vu mon état il ne fallait pas que je reprenne en présentiel que ça serait vraiment néfaste, que j’avais besoin de temps

    – Sur la question des sérologies, au-delà du seuil de détection qui devra être amélioré pour détecter des anticorps en petite quantité, il m’a expliqué que les sérologies sont actuellement fiables à 90% mais que c’est une histoire de protéines ciblées. On ne se bat pas tou.te.s contre le virus avec les mêmes protéines (qui s’associent à des types de globules blancs) et si une #sérologie cible un type de protéines qui n’est pas celui que vous avez utilisé pour combattre le virus alors forcément elle reviendra négative. Pour info, ma sérologie en laboratoire bien qu’elle fasse partie de la liste homologuée est revenue négative. J’attends de voir celle de l’hôpital...

    – Enfin concernant le suivi, comme j’avais déjà fait une écho du coeur et un scanner thoracique. Il m’a dit qu’il n’aurait peut être pas de réponse pour moi et qu’il en était désolé. Il m’a ensuite confiée à une infirmière adorable ! Elle m’a pris 12 tubes de sang pour vérifier que je n’ai pas déclaré une autre maladie inflammatoire, étudier en profondeur mon système immunitaire et voir s’il y a une #immunodépression à cause de l’épuisement, faire une autre sérologie et d’autres paramètres que j’ai oubliés. Ils m’ont fait sur place un électrocardiogramme qui a été revu avec le médecin et un test PCR. J’y retourne la semaine prochaine pour avoir un rendu des résultats sanguins, voir si j’ai d’autres questions qui sont venues et discuter de la possibilité de faire un électromyogramme. L’important étant d’éliminer ce qui pourrait être grave et de me soulager des symptômes mais tout ne me prévenant que pour l’instant ils n’ont pas les réponses.

    Même si j’ai payé l’effort de la route et la grosse prise de sang par une incapacité à faire quoi que ce soit aujourd’hui, j’ai trouvé que ça valait vraiment le coup de faire un point global avec un Dr à l’écoute. Ca rend plus facile de supporter le fait qu’il n’y ait pas de réponse. Je rappelle que je ne suis pas médecin et que je vous retranscris donc avec mes mots ce que j’ai compris de l’entretien, il peut y avoir des approximations.

    #post-covid #soin

    • « On commence à douter de soi-même » : après plusieurs semaines de Covid-19, des malades épuisés par des symptômes qui durent, Pascale Santi et Elisabeth Pineau
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/30/on-commence-a-douter-de-soi-meme-apres-plusieurs-semaines-de-covid-19-des-ma

      Fatigue extrême, douleurs articulaires, gêne respiratoire… Des dizaines de jours après l’apparition de la maladie, de nombreux convalescents continuent d’en ressentir les effets. Et se sentent parfois délaissés par le corps médical.

      « Un jour, j’ai mon âge, et le lendemain, j’ai la sensation d’avoir 90 ans. » Stéphane Gilles résume ainsi son quotidien depuis qu’il a ressenti les premiers symptômes du Covid-19, aux alentours du 18 mars. Plus de soixante-dix jours au cours desquels ce chef d’entreprise lyonnais de 57 ans, sportif et sans antécédents médicaux, a appris à vivre avec des hauts et des bas. Le test sérologique – destiné à repérer la présence d’anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 – effectué il y a trois semaines lui est revenu positif. « Je suis toujours fatigué, j’ai encore du mal à respirer. Hier, j’ai monté deux escaliers, j’ai cru que j’allais tomber dans les pommes , explique-t-il d’une voix posée. Un sac de courses que je dépose sur une table, il me faut une heure pour m’en remettre. »

      Au bout de cinq semaines, il se croyait pourtant guéri de la maladie, qui s’est déclarée comme « une sorte de petite pharyngite ». Comme lui, combien sont-ils à ressentir des symptômes plusieurs semaines, voire plusieurs mois après avoir été contaminés ? Difficile à évaluer car il n’existe pas encore à ce jour de statistiques. Gêne respiratoire persistante, oppression thoracique, tachycardie, vertiges, névralgies de type sciatique, douleurs articulaires, crampes, fourmillements dans les jambes et les mains, migraines, pertes de mémoire, éruptions cutanées… le spectre des manifestations décrites est très large.

      Patricia (certains malades préfèrent témoigner sous le couvert de l’anonymat), elle, a eu les premiers symptômes du Covid-19 le 16 mars : fortes courbatures, maux de tête, grande fatigue, un peu plus de 38 °C de température, une pesanteur sur la poitrine et une toux plutôt faible. Près de onze semaines plus tard, cette femme de 55 ans, habituée des sports d’endurance, souffre toujours de cette inflammation thoracique, des sensations de brûlure comme de l’air glacé à l’intérieur des poumons, et une toux sèche que la chaleur aggrave, ce qui gêne sa respiration, notamment la nuit. Un suivi effectué en milieu hospitalier a montré des examens médicaux (scanner, bilan sanguin, exploration fonctionnelle respiratoire) normaux. Elle doit prendre un traitement utilisé habituellement contre l’asthme pour apaiser la gêne respiratoire. « J’ai repris le travail le 4 mai à plein temps, malgré la réticence du médecin du travail, en pensant qu’avec le télétravail ça passerait, mais il a fallu se rendre à l’évidence au bout de deux semaines et demie, et passer à mi-temps en raison d’un épuisement dès la mi-journée et de problèmes de concentration. »

      L’impression de ne pas être pris en compte

      Nombreux sont ces patients présentant une forme longue de la maladie – malgré l’absence supposée de facteurs de risque – à n’avoir pu se faire prescrire de test virologique (dit « PCR ») au début de l’épidémie, tests réservés alors aux cas graves et au personnel soignant. Quand elle s’est rendue aux urgences le 25 avril en raison d’un seuil de D-dimères (marqueurs biologiques d’une activation de la coagulation) trop élevé, Virginie, 42 ans, s’est vue répondre qu’elle n’avait peut-être jamais contracté le virus dans la mesure où elle n’avait pas été testée : « On m’a dit : “Ne vous inquiétez pas, le scanner thoracique et l’angioscanner sont bons” », raconte, entre deux toussotements, cette mère de famille de Seine-et-Marne, dont les premiers symptômes remontent au 18 mars. « Notre corps nous dit quelque chose et les résultats sanguins autre chose, c’est très perturbant, on commence à douter de soi-même. J’ai même pensé à aller voir un psy en me disant : c’est dans ma tête. »

      Pour ces malades dont l’état n’a pas nécessité une hospitalisation d’office, la médecine a encore trop peu de réponses à fournir. A l’épuisement de la maladie s’ajoutent un sentiment de désarroi et parfois l’impression de ne pas être pris en compte par le corps médical. Quand on n’invoque pas ouvertement devant eux le syndrome du malade imaginaire… « Le réflexe est de tout mettre sur l’anxiété. La dernière fois que j’ai appelé le SAMU, début mai, à cause de grosses céphalées et vertiges, on m’a envoyé balader » , témoigne Nicolas, 42 ans, éducateur sportif à Yerres (Essonne), symptomatique depuis le 12 mars.

      Quant aux entourages personnel et professionnel, eux non plus ne se montrent pas toujours empathiques : « Certains nous disent : est-ce que tu n’en fais pas un peu trop ? , raconte Arnaud Fillion, commercial de 57 ans résidant à Vaucresson (Hauts-de-Seine), qui vient de franchir le seuil des quatre-vingts jours de maladie. Dans l’esprit collectif, le Covid, soit c’est une grosse grippe, soit on est gravement malade et hospitalisé, mais si votre état est entre les deux, ça déstabilise les gens. »

      Une « courbe parfaite »
      Estimant que ces patients représentent en quelque sorte l’ « angle mort » de l’épidémie, une psychologue de la région parisienne, connue sur Twitter sous le pseudonyme @lapsyrévoltée, a décidé le 12 avril de lancer le mot-dièse #apresJ20. Depuis, sous ce mot-clé – et désormais #apresJ60 –, ils sont des centaines d’internautes à partager leurs expériences et décrire, jour après jour, l’évolution de leur propre tableau clinique.

      En compilant depuis deux mois et demi leurs témoignages, la psychologue observe une « courbe parfaite » : après une première phase virale entre dix et quinze jours souvent peu intense, parfois sans fièvre, puis une accalmie entre cinq et dix jours, survient une rechute brutale entre J20 et J30. « La tachycardie et l’essoufflement sont alors systématiques, puis des symptômes périphériques s’installent comme des problèmes rénaux ou neurologiques. Plus on avance dans le temps, plus ce sont des symptômes d’allure inflammatoire » , résume-t-elle. Sur Facebook, des groupes ont également vu le jour, comme « Soutien Covid19 de J1 à #apresJ60 », dont le millier de membres sont invités chaque jour à faire part de leur « météo intérieure » . Les médecins font, eux aussi, état de patients ayant du mal à remonter la pente.

      Prises de sang, électrocardiogramme, scanner thoracique, tests PCR et sérologique négatifs… malgré la batterie de tests effectués, les maux de Nicolas restent à ce jour inexpliqués. Certains malades ont pu voir poser un diagnostic sur une partie de leurs symptômes. C’est le cas d’Anaïs Enet-Andrade, malade depuis près de quatre-vingts jours, dont le cardiologue a décelé une péricardite (inflammation de la membrane autour du cœur) à J35. Depuis, cette Parisienne sportive de 35 ans suit un traitement et observe que la tachycardie qui s’était déclarée « s’est arrêtée depuis quelques semaines » . Son compagnon, en revanche, dont la maladie s’est manifestée vingt-cinq jours après elle, « n’a rien cliniquement donc il n’a pas de traitement, pourtant il a parfois les poumons en feu. C’est déroutant et désespérant » .

      La jeune femme, chargée de projet dans une association, déplore aussi le manque d’accompagnement de ces personnes qui font le « yo-yo » par #Covidom, la plate-forme permettant un suivi à distance quotidien et automatisé des malades ne nécessitant pas d’hospitalisation. Elle-même a été accompagnée jusqu’au 30e jour « et du jour au lendemain, plus rien. Quand j’ai eu une rechute à J35, j’ai essayé plusieurs fois de les recontacter, en vain » . Pour ces patients, des consultations post-Covid commencent à être mises en place, comme à la Pitié-Salpétrière, à Paris, ou à l’hôpital Nord de Marseille

      Une forme d’impuissance

      Le 24 mai, Virginie a dû être hospitalisée pour de très fortes douleurs aux jambes. Le verdict est tombé deux jours plus tard : « syndrome de type fibromyalgie associé à un syndrome antiphospholipidique post-Covid-19 sans thrombose ». Elle n’a pas de traitement spécifique car la fibromyalgie reste mal connue, mais s’est vue prescrire un antalgique pour atténuer la douleur. « Je suis soulagée de savoir pourquoi j’avais ces coups de poignard dans les jambes » , murmure la jeune quadragénaire, dont la sérologie s’est révélée positive.

      Face à des symptômes si polymorphes, les médecins avouent une forme d’impuissance, tâtonnant avec les traitements. Certains patients ont accès à des corticoïdes ou à des antihistaminiques, d’autres ressortent de la consultation uniquement avec du paracétamol et des vitamines. « Certains médecins ont la main leste sur les psychotropes : ils prescrivent des anxiolytiques avec un fort pouvoir addictif ou des somnifères, y compris à des personnes dans des états de fragilité terrible » , s’alarme @lapsyrévoltée.

      L’incertitude génère, sinon du stress post-traumatique, au minimum des épisodes de déprime et de la souffrance personnelle. Quand il aura retrouvé un peu d’énergie, Arnaud Fillion a prévu de se faire accompagner : « Aujourd’hui, on est un peu en mode survie, on priorise » , dit ce cycliste accompli. Surtout, devant une maladie dont ils peinent à voir la fin, beaucoup s’inquiètent des éventuelles séquelles à terme. « Est-ce que ça attaque le système immunitaire ? Est-ce que c’est lui qui se retourne contre-moi ? , s’interroge Nicolas. Mon inquiétude porte surtout sur les symptômes neurologiques. Mais j’ai conscience qu’à l’heure actuelle, je n’aurai pas de réponse. » C’est, pour tous, la seule certitude du moment.

    • Covid-19 : la médecine déroutée par les symptômes des convalescents de longue durée
      https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/30/covid-19-la-medecine-deroutee-par-les-symptomes-des-convalescents-de-longue-

      Après une infection sévère ou non par le nouveau coronavirus, certains patients restent très fatigués et essoufflés. Des troubles persistants encore mal connus, que les médecins sont en train d’explorer.

      Des symptômes légers voire inexistants, mais aussi des formes graves entraînant le décès ou un long séjour en réanimation… En quelques mois, les (multiples) signes cliniques de l’infection au SARS-CoV-2 ont été identifiés. Mais, au-delà des symptômes aigus, médecins et patients découvrent toute une palette de troubles survenant plus à distance, chez des patients hospitalisés ou non. A quoi correspondent-ils, combien de malades touchent-ils et quelle prise en charge proposer ?

      « On est encore dans l’inconnu. Les syndromes post-infectieux, c’est classique. Mais, avec ce nouveau virus, la littérature scientifique est quasi inexistante. Il faut structurer des recherches pour mieux comprendre », estime Yazdan Yazdanpanah, chef de service des maladies infectieuses à l’hôpital Bichat (AP-HP) et coordinateur de REACTing, un consortium de l’Inserm qui coordonne la recherche française pendant les épidémies.

      Pour l’heure, les initiatives se multiplient. « Toutes les sociétés savantes mettent sur pied des études Covid dans leur discipline. On va aussi développer des études d’observation en population générale », prévoit le Pr Yazdanpanah. Lancée dès fin janvier pour mieux cerner les formes nécessitant une hospitalisation, la cohorte French Covid-19 recense désormais 3 500 patients. Le suivi, prévu pour six mois, sera sans doute allongé. REACTing réfléchit aussi à créer une cohorte de patients non hospitalisés.

      Parallèlement, de nombreux hôpitaux organisent un suivi systématique de leurs patients Covid, et des consultations post-Covid se créent, qui croulent déjà sous les demandes.

      Dormir plus de quinze heures par jour

      Dans les formes traînantes ou à rechute, les patients se plaignent surtout de fatigue, de difficultés respiratoires, de tachycardie (augmentation du rythme cardiaque). « Attention au terme “rechute”, il s’agit d’une rechute des symptômes, mais très peu de ces patients ont encore une #PCR positive » , c’est-à-dire une charge virale, souligne d’emblée Pierre Tattevin, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Rennes.

      Quoique non exceptionnels après une infection virale, comme la grippe ou la mononucléose infectieuse, ces tableaux déroutent toutefois médecins et malades. « La fatigue peut être extrême au point de dormir plus de quinze heures par jour. Il y a aussi la sensation de membres “lourds à porter”, des difficultés de concentration qui contraignent parfois à arrêter un travail qui venait d’être repris, des fourmillements de tout le corps, des céphalées… , énumère la professeure Dominique Salmon, infectiologue à l’Hôtel-Dieu (AP-HP), à Paris. Certains sont pris pour des hypocondriaques par leurs médecins ou les services d’urgence contactés tant leurs symptômes sont variés ! » , insiste-t-elle.

      « Même dans les formes peu graves, la dyspnée [gêne respiratoire] persiste très longtemps. Nos soignants malades ont aussi été surpris par l’intensité des symptômes et leur durée » , renchérit Lucile Sesé, pneumologue à l’hôpital Avicenne, à Bobigny (Seine-Saint-Denis).

      La persistance d’une anosmie (perte de l’odorat) est également fréquente : 10 % à 20 % des patients concernés ne récupèrent que partiellement ou pas du tout après un mois, fait savoir le docteur Alain Corré, médecin ORL à l’Hôpital Fondation Rothschild (Paris). Une agueusie (perte du goût) est souvent associée. Avec la professeure Salmon et l’hôpital Lariboisière, il vient de lancer un essai clinique, CovidORL, auprès de 120 volontaires. Objectif : étudier l’évolution de leur anosmie avec ou sans corticoïde inhalé.

      Des troubles gênants six semaines après

      Si leur fréquence reste à évaluer, fatigue et autres symptômes persistants seraient loin d’être rares, comme le montrent les estimations de l’équipe de Rennes, qui a eu l’idée de suivre les malades de Covid non gardés à l’hôpital avec une application destinée habituellement à la surveillance de la chirurgie ambulatoire. Interrogés six semaines après l’infection, 10 % à 15 % des 400 patients de cette base ont toujours des troubles gênants. « C’est une proportion très inattendue après une infection virale respiratoire. Mais, après bilan clinique et, pour certains, avec des examens complémentaires, nous n’avons pas trouvé de cause évidente à ces symptômes, ni de profil particulier chez ces malades », mentionne Pierre Tattevin. Les signes respiratoires sont améliorés dans beaucoup de cas par des bronchodilatateurs (traitement de l’asthme), et semblent s’amender avec le temps, poursuit-il.

      A l’hôpital Saint-Joseph, à Paris, le constat est proche : « Certains patients ont une toux persistante avec une sensation de brûlure, mais un examen, une fonction respiratoire, une imagerie et un bilan sanguin normaux, explique le docteur Sergio Salmeron, chef du service de pneumologie. Cela évoque une inflammation des bronches dont on ne sait si elle est due au virus ou à une hyperactivité bronchique » , appelant à la prudence : « 25 % à 30 % de la population française ont des allergies respiratoires, et c’est la période pollinique. »

      Une anxiété amplificatrice

      La pneumologue Lucile Sesé et ses collègues se disent également vigilants à d’autres causes d’essoufflement : embolie pulmonaire, problème cardiaque ou encore syndrome d’hyperventilation (une respiration inadaptée engendrée par l’anxiété), qu’ils ont commencé à observer chez des patients sans formes très graves. De fait, chez ces derniers, comme ceux passés en réanimation, il peut y avoir une intrication avec des troubles psychologiques allant jusqu’à un état de stress post-traumatique. « Des malades se sont vus mourir, seuls, loin de leurs proches » , nuance Charles-Hugo Marquette, pneumologue au CHU de Nice. « L’anxiété peut aussi être amplifiée par les nombreux témoignages sur les réseaux sociaux, à l’instar de la maladie de Lyme », ajoute l’infectiologue Eric Caumes (Pitié-Salpêtrière). Tous les cliniciens insistent sur la prise en charge de ce volet.

      Quant aux tachycardies, elles s’expliquent, selon Claire Mounier-Vehier (cardiologue à l’Institut Cœur-Poumon au CHU de Lille), par la persistance d’un état inflammatoire qui induit une hyperactivité du système nerveux sympathique. « On observe aussi des tableaux de tachycardie avec fatigabilité et chutes de tension artérielle chez des personnes habituellement en surpoids et hypertendues, et qui ont perdu beaucoup de kilos en réanimation lors de la phase aiguë de Covid, poursuit la cardiologue. Pour ces patients, dont la morphologie s’est modifiée, il est important de revoir l’ordonnance, d’adapter la dose d’antihypertenseurs. »

      Ces symptômes pourraient-ils s’installer dans la durée ? « On va probablement voir arriver des syndromes de fatigue chronique ou de douleurs chroniques post-Covid, comme c’est le cas après d’autres infections virales, notamment à EBV [virus d’Epstein-Barr], qui est un modèle de fatigue persistante post-virale , prédit l’interniste Jean-Benoît Arlet, de l’Hôpital européen Georges-Pompidou (AP-HP). Reste à savoir dans quelle proportion, et si ces syndromes surviendront sur des terrains particuliers. »

      La crainte de séquelles sur les poumons

      « Il n’y a rien d’étonnant pour l’instant. On est très près de la pathologie aiguë, estime, de son côté, le professeur émérite d’infectiologie au CHU de Grenoble, Jean-Paul Stahl. Rappelons-le, on ne court pas le marathon après une pathologie respiratoire sévère, et même dans la majorité des cas, y compris sans gravité, des symptômes, notamment la fatigue, persistent après une infection virale, c’est connu. »

      Se pose également la question de la longue récupération des patients en sortie de réanimation. « Certains ont perdu beaucoup de poids, de musculature, notamment au niveau thoracique, sont épuisés et ont du mal à reprendre le dessus » , décrit la professeure Salmon, en soulignant le besoin d’une réhabilitation progressive.

      Il y a aussi les lésions pulmonaires et la crainte de séquelles sous forme de fibrose. « Nous avons, à ce jour, revu une trentaine de patients après un séjour en réanimation avec des scanners très anormaux. La très grande majorité va beaucoup mieux un mois après, avec des améliorations spectaculaires, un seul présente des images de fibrose étendue » , rassure Jean-Marc Naccache, spécialiste de la fibrose pulmonaire à l’Hôpital Saint-Joseph. Dans la région rennaise, moins touchée que d’autres en France par l’épidémie, une cinquantaine de patients (dont 25 transférés d’Ile-de-France) ont été pris en charge en réadaptation après un séjour en réanimation pour Covid. « Nos médecins réadaptateurs sont agréablement surpris par la récupération assez rapide au niveau moteur et respiratoire, mais on ne sait pas encore si elle sera complète » , indique Pierre Tattevin.
      Les médecins vont aussi rechercher des séquelles sur d’autres organes : cerveau, cœur, reins…

      Effets à retardement sur les enfants

      Reste aussi la question de savoir si des désordres immunitaires post-Covid (bien identifiés en phase aiguë sous forme d’ « orage cytokinique » ) pourraient se manifester plus tard. Depuis le 1er mars, 176 cas de formes atypiques de syndrome de Kawasaki (maladie inflammatoire de type vascularite) ont été recensés en France chez les enfants et adolescents. « Plus qu’un symptôme persistant, il s’agit d’une manifestation aiguë hyperinflammatoire survenant en décalage de quatre à cinq semaines de l’infection, et transitoire » , précise Alexandre Belot, rhumato-pédiatre à l’hôpital Femme-Mère-Enfant de Lyon, qui anime le comité de pilotage du registre national. La plupart de ces jeunes patients répondent bien au traitement et ne devraient pas garder de séquelles.

      Dans les mois et années à venir, verra-t-on apparaître d’autres maladies inflammatoires ou auto-immunes déclenchées par le SARS-CoV-2 ? Face à un virus totalement inconnu il y a encore six mois et qui ne cesse de créer la surprise, les médecins restent modestes et prudents dans leurs prévisions. L’intérêt mondial pour cette maladie et le regroupement des cas sur quelques semaines créent cependant un effet loupe, qui laisse espérer que ces malades ne tomberont pas dans l’oubli.

  • Position Statement from the National Centre for Infectious Diseases and the Chapter of Infectious Disease Physicians, Academy of Medicine, Singapore –
    23 May 2020
    https://www.ams.edu.sg/view-pdf.aspx?file=media%5c5556_fi_331.pdf&ofile=Period+of+Infectivity+Posit

    Compte-rendu de l’expérience singapourienne sur la période de #contagiosité du #sars_cov2

    – Les cultures de sars-cov2 n’ont jamais été positives après le 11ieme jour ou lorsque le cycle de seuil (#Ct ; d’autant plus élevé que la charge virale au #PCR est faible) est supérieur ou égal à 30 : les patients pourraient donc être autorisés à sortir de l’hôpital avant la négativité du PCR qui peut prendre plus d’un mois,
    – il n’a pas été retrouvé de transmission par des sujets asymptomatiques (à la différence des pré-symptomatiques)

    In a study of 77 well characterised infector-infectee pairs in Hong Kong, it was estimated that the serial interval (duration between symptom onset of a primary case to symptom onset of its secondary case) of COVID-19 was 5.8 days (mean), with 7.6% of serial intervals distributed negatively (i.e. the infectee developed symptoms prior to infector), strongly implying pre-symptomatic transmission [He X, Lau EH, Wu P, et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nature Med 2020; 26:672-675]. Assuming a median incubation period of 5.2 days (based on other studies), the study estimated that the infectious period of SARS-CoV-2 started 2.3 days before onset of symptoms, peaking at 0.7 days, and declining within 7 days.

    [...]

    Local data, based on an analysis of 766 patients, indicate that by day 15 from onset of illness, 30% of all #COVID-19 patients are PCR-negative by nasopharyngeal swab, this rises to 68% by day 21 and 88% by day 28 and by day 33, 95% of all patients are negative by PCR (NCID data). While the duration of viral shedding1 by PCR may extend to a month and sometimes longer for a small group of patients, and several jurisdictions including Singapore have been using it to guide de-isolation and discharge policies, it is important to note that viral RNA detection by PCR does not equate to infectiousness or viable virus.

    A surrogate marker of ‘viral load’ with PCR is the cycle threshold value (Ct). A low Ct value indicates a high viral RNA amount, and vice versa. As noted above, detection of viral RNA does not necessarily mean the presence of infectious or viable virus. In a local study from a multicenter cohort of 73 COVID-19 patients, when the Ct value was 30 or higher (i.e. when viral load is low), no viable virus (based on being able to culture the virus) has been found . In addition, virus could not be isolated or cultured after day 11 of illness . These data corroborate the epidemiologic data and indicate that while viral RNA detection may persist in some patients, such persistent RNA detection represent non-viable virus and such patients are non-infectious.

    [...]

    Robust data are lacking regarding infectiousness of asymptomatic and pre- symptomatic individuals and how much asymptomatic infection drives transmission. However, asymptomatic persons may have similar viral shedding patterns[13]. A Singapore study found pre-symptomatic transmission of SARS-CoV-2 in ~6.4% of 157 locally acquired cases, but no asymptomatic transmission [Wei WE, Li Z, Chiew CJ, et al. Pre-symptomatic transmission of SARS-CoV-2 - Singapore, January 23 - March 16, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020; 69: 411- 415].

    Summary and Conclusion
    Based on the accumulated data since the start of the COVID-19 pandemic, the infectious period of SARS-CoV-2 in symptomatic individuals may begin around 2 days before the onset of symptoms, and persists for about 7 - 10 days after the onset of symptoms. Active viral replication drops quickly after the first week, and viable virus was not found after the second week of illness despite the persistence of PCR detection of RNA. These findings are supported by epidemiologic, microbiologic and clinical data. These new findings allow for revised discharge criteria based on the data on the time course of infectiousness rather than the absence of RNA detection by PCR testing, taking into consideration both the clinical and public health perspectives, including the individual patient’s physical and mental well-being. In addition, given these findings, resources can focus on testing persons with acute respiratory symptoms and suspected COVID-19 in early presentation, allowing timelier public health intervention and containment.

  • Interpreting Diagnostic #Tests for #SARS-CoV-2 | Infectious Diseases | JAMA | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2765837

    Using available evidence, a clinically useful timeline of diagnostic markers for detection of #COVID-19 has been devised (Figure). Most of the available data are for adult populations who are not immunocompromised. The time course of #PCR positivity and seroconversion may vary in children and other groups, including the large population of asymptomatic individuals who go undiagnosed without active surveillance. Many questions remain, particularly how long potential immunity lasts in individuals, both asymptomatic and symptomatic, who are infected with SARS-CoV-2.

    #sérologie #immunité

    • point rapide et très complet sur les différents tests disponibles
      (il faut un petit bout de temps pour comprendre le graphique…)

      on apprend ainsi :
      qu’une des règles pour le retour au travail du personnel soignant du CDC est fondée, entre autres, sur une étude portant sur un échantillon de 9 personnes…

      In a study of 9 patients, attempts to isolate the virus in culture were not successful beyond day 8 of illness onset, which correlates with the decline of infectivity beyond the first week. That is in part why the “symptom-based strategy” of the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) indicates that health care workers can return to work, if “at least 3 days (72 hours) have passed since recovery defined as resolution of fever without the use of fever-reducing medications and improvement in respiratory symptoms (e.g., cough, shortness of breath); and, at least 10 days have passed since symptoms first appeared.

      ou encore, pour les tests d’anticorps :

      Rapid point-of-care tests for detection of antibodies have been widely developed and marketed and are of variable quality. Many manufacturers do not reveal the nature of antigens used. These tests are purely qualitative in nature and can only indicate the presence or absence of SARS-CoV-2 antibodies.

      … on coopère, mais pas trop…

    • Fast coronavirus tests : what they can and can’t do
      https://www.nature.com/articles/d41586-020-02661-2

      Tests antigéniques notamment, dont la sensibilité en fonction du temps est illustrée par la courbe rouge du graphique, tiré de l’article du JAMA ci-dessus.

      Si l’on fie au graphique, leur manque relatif de sensibilité semble surtout problématique dans les tous premiers jours de la maladie, au moment où le malade est le plus contagieux. Cependant l’article révèle une sensibilité qui peut-être très proche du PCR :

      When used on people who were positive for SARS-CoV-2 in a standard PCR test, Abbott’s antigen assay correctly spotted the virus in 95–100% of cases if the samples were collected within a week of the onset of symptoms.

      Et pour plus de précautions :

      The WHO and the US CDC have [...] advised getting a PCR test if people showing symptoms test negative with a rapid antigen test.

  • Comment la #France se prive de 150 000 à 300 000 tests par semaine
    https://www.lepoint.fr/sante/exclusif-comment-la-france-se-prive-de-150-000-a-300-000-tests-par-semaine-0

    Implantés sur tout le territoire, 75 laboratoires publics (et leurs 4 500 employés) dépendent des départements, et assument la lourde tâche d’effectuer les analyses de contrôle des eaux, d’hygiène alimentaire ou de #santé animale.

    Contrairement aux laboratoires de santé humaine, qui ne traitent ordinairement qu’un faible nombre d’analyses, ils sont dimensionnés pour travailler « par troupeaux », à la chaîne : pendant les crises de la vache folle ou de la peste aviaire, ils ont réalisé des dizaines de milliers de tests… par jour ! Et justement : c’est cette spécificité qu’ils pensaient que le gouvernement prendrait en compte.

    Les laboratoires de biologie humaine, qui réalisent les tests aujourd’hui, travaillent avec des machines très performantes, mais » fermées, « c’est-à-dire conçues pour ne travailler qu’avec un seul type de réactifs », décrypte Philippe Nicollet, directeur du laboratoire départemental de l’environnement et de l’alimentation de Vendée.

    Cela explique la pénurie actuelle de réactifs : les appareils disponibles dans les CHU ou les laboratoires privés, peu nombreux, sont souvent limités aux réactifs de leurs fabricants (une machine #bioMérieux ne peut pas traiter un réactif #Roche, par exemple.) À l’inverse, les machines utilisées dans les laboratoires départementaux sont « ouvertes » [...] Des tests #PCR, ils en réalisent des centaines par jour. [...] « Il suffirait de vérifier auprès de l’Institut Pasteur que nos kits sont fiables, de les adapter au besoin… C’est l’affaire de quelques jours », confirme Jean-Louis Hunault, président du SIMV (Syndicat de l’industrie du médicament et du diagnostic vétérinaires).

    [...]

    ... le ministère de la Santé ne nous a pas répondu. Sinon par ces mots : « Il y a un problème de norme. C’est à l’étude… »

    #pharma #coronavirus #sars-cov2 #covid-19 #public #privé

  • Virological assessment of hospitalized patients with #COVID-2019 | Nature
    https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

    COVID modéré
    PCR et culture du virus dans différents milieux à différents temps :
    – Culture crachats se négative avant négativité PCR (cependant la charge virale diminue alors en-dessous d’un certain seuil)
    – culture toujours negative dans les selles malgré des PCR fortement positifs et la preuve d’une réplication active : du fait de la forme non sévère de la maladie ou neutralisation du virus dans le tube digestif ?

    Conseil pratique pour désengorger les hôpitaux : sortie à domicile après le dixième jour avec un PCR en-dessous d’un certain seuil.

    To understand infectivity, live virus isolation was attempted on multiple occasions from clinical samples (Figure 1D). Whereas virus was readily isolatedً during the first week of symptoms from a considerable fraction of samples (16.66% in swabs, 83.33% in sputum samples), no isolates were obtained from samples taken after day 8 in spite of ongoing high viral loads . Virus isolation from stool samples was never successful, irrespective of viral RNA concentration, based on a total of 13 samples taken between days six to twelve from four patients. Virus isolation success also depended on viral load: samples containing < 10 [puissance 6] copies/mL (or copies per sample) never yielded an isolate.

    For swab and sputum, interpolation based on a probit model was done to obtain laboratory-based infectivity criteria for discharge of patients (Figures 1E, F). High viral loads and successful isolation from early throat swabs suggested potential virus replication in upper respiratory tract tissues.

    To obtain proof of active virus replication in absence of histopathology, we conducted RT-PCR tests to identify viral subgenomic messenger RNAs (sgRNA) directly in clinical samples (extended data Figure S1). Viral sgRNA is only transcribed in infected cells and is not packaged into virions, therefore indicating the presence of actively-infected cells in samples. Viral sgRNA was compared against viral genomic RNA in the same sample. In sputum samples taken on days 4/5, 6/7, and 8/9, a time in which active replication in sputum was obvious in all patients as per longitudinal viral load courses (see below), mean normalized sgRNA per genome ratios were ~0.4% (Figure 1G). A decline occurred over days 10/11. In throat swabs, samples taken up to day 5 were in the same range, while no sgRNA was detectable in swabs thereafter. Together, these data indicate active replication of SARS-CoV-2 in the throat during the first 5 days after symptoms onset. No, or only minimal, indication of replication in stool was obtained by the same method (Figure 1G).

    [...]

    The combination of very high virus RNA concentrations and occasional detection of sgRNA-containing cells in stool indicate active replication in the gastrointestinal tract. Our failure to isolate live #SARS-CoV-2 from stool may be due to the mild courses of cases, with only one case showing intermittent diarrhea. Further studies should therefore address whether SARS-CoV-2 shed in stool is rendered non-infectious though contact with the gut environment.

    Our initial results suggest that measures to contain viral spread should aim at droplet-, rather than fomite-based transmission.

    The prolonged viral shedding in sputum is relevant not only for hospital infection control, but also for discharge management. In a situation characterized by limited capacity of hospital beds in infectious diseases wards, there is pressure for early discharge following treatment. Based on the present findings, early discharge with ensuing home isolation could be chosen for patients who are beyond day 10 of symptoms with less than 100,000 viral RNA copies per ml of sputum. Both criteria predict that there is little residual risk of infectivity, based on cell culture.

    #PCR

  • Understanding #COVID-19: what does viral RNA load really mean? - The Lancet Infectious Diseases
    https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30237-1/abstract

    It is noteworthy that the presence of viral RNA in specimens does not always correlate with viral transmissibility.

    In a ferret model of H1N1 infection, the loss of viral culture positivity but not the absence of viral RNA coincided with the end of the infectious period. In fact, real-time reverse transcriptase PCR results remained positive 6–8 days after the loss of transmissibility.

    For SARS #coronavirus, viral RNA is detectable in the respiratory secretions and stools of some patients after onset of illness for more than 1 month, but live virus could not be detected by culture after week 3.11

    The inability to differentiate between infective and non-infective (dead or antibody-neutralised) viruses remains a major limitation of nucleic acid detection. Despite this limitation, given the difficulties in culturing live virus from clinical specimens during a pandemic, using viral RNA load as a surrogate remains plausible for generating clinical hypotheses.

    #virus #PCR #contagiosité

  • #Charge_virale, #viabilité et #transmission du sars-cov2
    #contagiosité des patients porteurs du #sars-cov2

    Les super-spreaders du #coronavirus : que faut-il savoir ? - BBC News Afrique
    https://www.bbc.com/afrique/monde-51452139

    Qu’est-ce qu’un super-propagateur ?

    Baptisé « super-spreader » en anglais, ce terme vague, sans réelle définition scientifique, décrit une personne porteur du virus qui en contamine accidentellement plusieurs autres.

    En moyenne, chaque personne contaminée par le coronavirus le transmet à deux ou trois autres personnes.

    Mais ce n’est qu’une moyenne ; certaines personnes ne le transmettront à personne tandis que d’autres contamineront bien plus de personnes.

  • #MySQL et les #regexp (via @denisb)

    MySQL 5.6 Reference Manual : : 12.5.2 Regular Expressions
    https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/regexp.html#operator_regexp

    Mastering Regular Expressions, 3rd Edition - pdf
    http://it-ebooks.info/book/341

    par contre pour aller plus loin (notamment pouvoir utiliser la capture dans un remplacement), il faut ajouter des fonctions au serveur, ce qui est fort dommage :
    « Use #PCRE regular expressions directly in MySQL »
    http://www.mysqludf.org/lib_mysqludf_preg