Tracking cryptic SARS-CoV-2 lineages detected in NYC wastewater
▻https://www.nature.com/articles/s41467-022-28246-3
Tracking SARS-CoV-2 genetic diversity is strongly indicated because diversifying selection may lead to the emergence of novel variants resistant to naturally acquired or vaccine-induced immunity. To monitor New York City (NYC) for the presence of novel variants, we deep sequence most of the receptor binding domain coding sequence of the S protein of SARS-CoV-2 isolated from the New York City wastewater. Here we report detecting increasing frequencies of novel cryptic SARS-CoV-2 lineages not recognized in GISAID’s EpiCoV database. These lineages contain mutations that had been rarely observed in clinical samples, including Q493K, Q498Y, E484A, and T572N and share many mutations with the Omicron variant of concern. Some of these mutations expand the tropism of SARS-CoV-2 pseudoviruses by allowing infection of cells expressing the human, mouse, or rat ACE2 receptor. Finally, pseudoviruses containing the spike amino acid sequence of these lineages were resistant to different classes of receptor binding domain neutralizing monoclonal antibodies. We offer several hypotheses for the anomalous presence of these lineages, including the possibility that these lineages are derived from unsampled human COVID-19 infections or that they indicate the presence of a non-human animal reservoir.
Une curieuse histoire de #licence_logicielle : un chercheur en #bioinformatique avait écrit un logiciel, il était sous une licence assez libérale, pas mal de gens l’ont utilisé dans la recherche scientifique, puis le chercheur a changé la licence. Banal, vous allez me dire ? Sauf que la nouvelle licence est… assez dingue. Je vous laisse la lire sur le site officiel (pas sûr que j’ai envie de la recopier ici) :
Cet article de Science résume l’affaire :
▻http://www.sciencemag.org/news/2015/09/scientist-says-researchers-immigrant-friendly-nations-cant-use-his-softw
Ça me dit quelque chose, ça fait déjà un bout de temps, il me semble qu’on en a déjà parlé sur seenthis.
#treefinder C’est intéressant de voir cette vieille histoire remonter. #old
@supergeante Deux ans, ce n’est pas si vieux. Et j’avais cherché avant d’écrire, mais sans rien trouver sur SeenThis (c’est désormais fait).
@stephane Évidemment un tag ça ne résume pas bien mon intention. J’aurais du mettre quelque chose comme #cycle. Comme je le disais je sais pas où sur seenthis, ce que j’aime ici c’est la capacité collective de revenir sur les choses. Du coup, là je pointais surtout la durée de vie de cette information...