• Does infection with or #vaccination against SARS-CoV-2 lead to lasting immunity ? - The Lancet Respiratory Medicine

    Présentation des données sur l’#immunité post-vaccinale ou post infection #SARS-CoV-2 et sur la #réinfection ou infection post vaccinale jusqu’au 26 juillet 2021.

    Conclusions and future outlook

    In this Personal View, we have evaluated evidence on the adaptive immune response to SARS-CoV-2 infection and vaccination, and discussed the relative contributions of humoral and cell-mediated immunity in providing protection against reinfection. Although the immune correlates of protection are ill-defined, neutralising antibodies and functional T-cell responses are often used to infer the robustness of the immune response to SARS-CoV-2 challenge.

    Upon natural infection, the T-cell-mediated response appears to be targeted across a larger variety of epitopes than the humoral response, and hence might be more durable to genetic changes in key immunogenic viral epitopes. Nonetheless, the neutralising antibody response also comprises a key aspect of protection against reinfection. Coordination between the two types of adaptive immune response is likely to be important to mitigate the most severe consequences of infection. Populations of specific memory B cells and T cells remain stable or even increase in size many months after SARS-CoV-2 exposure, which might reduce the likelihood of severe disease upon reinfection. The available evidence suggests that reinfection could occur within 5–12 months of a primary infection and is more likely in individuals who are seronegative for IgG antibodies. Interventions to inhibit transmission of SARS-CoV-2 might be required even in places where the herd immunity threshold has been reached naturally or artificially, and observed increases in severity and transmissibility will further drive the imperative for localised or national non-pharmaceutical interventions.

    Compared with the immune response to natural infection, vaccination elicits a response of greater magnitude and higher specificity, largely focused on the RBD. Increasing evidence of reduced neutralisation and vaccine effectiveness against emerging variants, alongside emerging data on breakthrough infections, suggests that vaccines will need to be updated in the short-to-medium term. Such updates will be greatly aided by further investigation of vaccine immune correlates of protection. Since completing our literature search on July 26, 2021, several key reports have been published that encourage cautious optimism. For instance, a prospective cohort study of the Scottish population (2·57 million people) showed that during the winter of 2020–21 (the peak of the pandemic), among individuals who had received one dose of either BNT162b2 or ChAdOx1 nCoV-19 vaccine, only 1196 were admitted to hospital or died due to SARS-CoV-2 infection (<0·1% of the cohort). These findings agree with those from a large study of US health records, which showed that two-dose vaccine (BNT162b2) effectiveness against hospital admission following infection with the delta variant remains at 93% up to 6 months after second-dose vaccination, despite waning effectiveness against infection (from 88% in the first month after the second dose to 47% after 5 months). New data also show that the odds of having long-lasting symptoms (≥28 days post-infection) is halved among those who received their second dose of either BNT162b2, ChAdOx1 nCoV-19, or mRNA-1273 at least 28 days previously, compared with unvaccinated individuals (odds ratio 0·51).

    Ultimately, the duration of protective immunity from natural infection and from vaccination will determine the frequency of outbreaks (eg, annual, biennial, or more sporadic) and the burden on health-care systems of symptomatic disease, and in turn shape the public health policies of nations around the world in the years to come.

  • #Covid-19 : étude sur l’efficacité de la mémoire immunitaire après #vaccination ARNm pour reconnaître les variants du #SARS-CoV2 – Salle de presse | Inserm

    Cette étude démontre que les patients infectés lors de la première vague maintiennent une réponse mémoire stable jusqu’à 12 mois, et développent, après une dose de vaccin, une excellente mémoire sérologique et cellulaire capable de reconnaitre et de neutraliser les #variants Beta et Delta du SARS-Cov-2.

    Chez les patients « naïfs » de toute infection, c’est à dire n’ayant jamais été infectés par le virus, la qualité de la réponse sérologique est initialement moins efficace vis-à-vis de ces variants. Néanmoins le pool de cellules à mémoire généré après la vaccination s’améliore au cours du temps et surtout contient des cellules capables de reconnaître et de neutraliser les variants actuels du SARS-CoV-2.

    Source : mRNA vaccination of naive and COVID-19-recovered individuals elicits potent memory B cells that recognize SARS-CoV-2 variants : Immunity


    Le problème est qu’il n’y a pas eu une étude de corrélation entre le taux d’infections/#réinfections ( et leur sévérité ) et ces données biologiques.

  • #SARS-CoV-2 #Reinfection: A Case Series from a 12-Month Longitudinal Occupational Cohort

    Out of 7,980 individuals monitored during the six-month study period, 768 team staff, arena staff, third-party vendors, players, or household members of any of these groups reported or were found to have recovered from a prior infection defined as a confirmed positive RT-PCR test result plus symptoms, sequential positive RT-PCR, and/or presence of antibodies (in unvaccinated individuals) at any point since the emergence of the COVID-19 pandemic; seven of these experienced reinfections after a documented first infection. The reliable documentation of first infection coupled with serial testing, during, and after reinfection, maximized the likelihood of detecting reinfections.


    The average time between primary infection and reinfection was 152 days (median=182; range: 25 to 204 including the immunocompromised case) which is consistent with a previous study on reinfection [2].


    The presence of antibodies at time of reinfection in these cases highlights the question: to what degree do certain quantitative results from commercially available antibody tests indicate protection from SARS-CoV-2 infection? Spike protein-directed antibody levels correlate well with virus-neutralizing titers [5], but the precise level of neutralizing antibodies necessary for protection from reinfection, and the translation of such levels to commercially available antibody tests remains unclear.

  • David Benkeser sur Twitter [fil] :

    Excited to finally share our results of the immune correlates of protection of the Moderna vaccine.


    Here we see that neutralizing antibody activity was lower in vaccinated individuals who had a breakthrough infection (green/orange) vs. those who did not (purple). This was true for both post dose 1 (left) and post dose 2 (right) responses." / Twitter


    Here we show the incidence of COVID-19 breakthroughs among vaccinated (green) individuals. Risk is MUCH lower than placebo (gray), but decreases further the higher the antibody response (solid green = lowest response; dotted green = highest response).

    #vaccination #immunité #anticorps #réinfection

  • Reduced Risk of #Reinfection with #SARS-CoV-2 After #COVID-19 #Vaccination — Kentucky, May–June 2021 | MMWR


    What is already known about this topic?

    Reinfection with human coronaviruses, including SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19, has been documented. Currently, limited evidence concerning the protection afforded by vaccination against reinfection with SARS-CoV-2 is available.

    What is added by this report?

    Among Kentucky residents infected with SARS-CoV-2 in 2020, vaccination status of those reinfected during May–June 2021 was compared with that of residents who were not reinfected. In this case-control study, being unvaccinated was associated with 2.34 times the odds of reinfection compared with being fully vaccinated.

    What are the implications for public health practice?

    To reduce their likelihood for future infection, all eligible persons should be offered COVID-19 vaccine, even those with previous SARS-CoV-2 infection.

  • Re-infection with #SARS-CoV-2 in Patients Undergoing Serial Laboratory Testing

    #COVID-19 : Un taux de #réinfection inférieur à 1% après une forme sévère

    Et chez les 0,7% de personnes réinfectées…

    … [l’]#immunité naturelle est suffisamment forte […] pour réduire considérablement le risque de complications et de décès.

    Pas de différences entre femmes et hommes et pas d’influence de l’âge.

  • Incidence of #SARS-CoV-2 infection according to baseline antibody status in staff and residents of 100 long-term care facilities (#VIVALDI): a prospective cohort study - The Lancet Healthy Longevity

    In summary, the risk of a SARS-CoV-2 #reinfection was substantially reduced in staff and residents of LTCFs who were SARS-CoV-2 antibody-positive and the observed reinfections were not clinically severe. Understanding the correlates of immunity that protect against future infection will be fundamental to policy decisions regarding LTCFs, including re-vaccination schedules and the ongoing need for non-pharmaceutical interventions to prevent SARS-CoV-2 transmission.

  • #Covid-19, un an après : persistance des #anticorps protecteurs et réduction significative du risque de #réinfection

    [...] l’équipe du CHU de Strasbourg a suivi [1309 personnels hospitaliers] dont 393 [...] ayant eu une forme légère du Covid-19 jusqu’à 422 jours après le début des symptômes. [...] -

    [70] nouvelles infections [sont apparues] dont [une seule], asymptomatique, [parmi] le groupe anciennement infecté par le SARS-CoV-2. Cela indique que le risque de réinfection a été réduit de 96,7% chez les personnes anciennement infectées.


    [...] les résultats ont révélé une correspondance entre les taux d’anticorps anti-S (mesurés par un test quantitatif commercial) et celui des anticorps neutralisants (mesurés par neutralisation de virus vivants) qui serait d’une grande aide pour l’interprétation des résultats sérologiques et pour la détermination future d’un taux protecteur.


    [L’étude] démontre [...] une persistance à long terme des titres d’anticorps anti-S qui peuvent protéger les patients convalescents Covid-19 contre la réinfection par le virus sauvage et le variant anglais.

    En augmentant les taux d’anticorps neutralisants, le #vaccin contre le SARS-CoV-2 peut renforcer leur capacité protectrice, en particulier contre les #variants hébergeant des mutations d’échappement d’anticorps comme le variant sud-africain.

    Source : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.05.07.21256823v2.full.pdf

    #immunité #vaccination #vaccins

  • Vaccinés mais positifs au #Covid-19, ces huit cas chez les New York Yankees qui inquiètent - L’Équipe

    [L’un d’eux] avait même été testé positif au coronavirus une première fois en décembre.


    Les Yankees ont expliqué avoir été vaccinés par Janssen. Ce #vaccin ne nécessite qu’une seule dose mais a une efficacité a priori plus faible (autour de 70 % de protection) que ceux commercialisés par Pfizer ou Moderna (95 %).


    Ce foyer de cas au sein d’une équipe intervient alors que la MLB a permis aux franchises ayant plus de 85 % de membres vaccinés d’être soumis à des règles moins strictes en matière de sorties, de distanciation sociale et de port du masque.

    D’autres ligues, comme la NFL (foot US), étudiaient aussi la possibilité d’offrir des restrictions assouplies aux équipes considérées comme vaccinées (avec là encore un seuil à 85 %). Ce « cluster » remettra peut-être en cause leur réflexion.

    #vaccination #vaccins #réinfection

  • Early Release - Respiratory Viral Shedding in Healthcare Workers Reinfected with #SARS-CoV-2, Brazil, 2020 - Volume 27, Number 6—June 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC

    4 cas de #réinfection non en rapport avec des variants,

    We documented 4 cases of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reinfection by non–variant of concern strains among healthcare workers in Campinas, Brazil. We isolated infectious particles from nasopharyngeal secretions during both infection episodes. Improved and continued protection measures are necessary to mitigate the risk for reinfection among healthcare workers.


  • SARS-CoV-2 seropositivity and subsequent infection risk in healthy young adults : a prospective cohort study - The Lancet Respiratory Medicine

    (Ré)infection possible chez les jeunes adultes séropositifs mais 80% moindre par rapport aux séronégatifs. Formes asymptomatiques ou légères dans la totalité des cas. Charge virale en moyenne 10 fois moindre que celle des primo-infectés sans que l’on sache si cela est suffisant pour éviter la #transmission.

    This analysis was performed as part of the prospective #COVID-19 Health Action Response for Marines study (#CHARM). CHARM included predominantly male US Marine recruits, aged 18–20 years, following a 2-week unsupervised quarantine at home. After the home quarantine period, upon arrival at a Marine-supervised 2-week quarantine facility (college campus or hotel), participants were enrolled and were assessed for baseline SARS-CoV-2 IgG seropositivity, defined as a dilution of 1:150 or more on receptor-binding domain and full-length spike protein ELISA. Participants also completed a questionnaire consisting of demographic information, risk factors, reporting of 14 specific COVID-19-related symptoms or any other unspecified symptom, and brief medical history. SARS-CoV-2 infection was assessed by PCR at weeks 0, 1, and 2 of quarantine and participants completed a follow-up questionnaire, which included questions about the same COVID-19-related symptoms since the last study visit. Participants were excluded at this stage if they had a positive PCR test during quarantine. Participants who had three negative swab PCR results during quarantine and a baseline serum serology test at the beginning of the supervised quarantine that identified them as seronegative or seropositive for SARS-CoV-2 then went on to basic training at Marine Corps Recruit Depot—Parris Island. Three PCR tests were done at weeks 2, 4, and 6 in both seropositive and seronegative groups, along with the follow-up symptom questionnaire and baseline neutralising antibody titres on all subsequently infected seropositive and selected seropositive uninfected participants (prospective study period).


    Between May 11, 2020, and Nov 2, 2020, we enrolled 3249 participants, of whom 3168 (98%) continued into the 2-week quarantine period. 3076 (95%) participants, 2825 (92%) of whom were men, were then followed up during the prospective study period after quarantine for 6 weeks. Among 189 seropositive participants, 19 (10%) had at least one positive PCR test for SARS-CoV-2 during the 6-week follow-up (1·1 cases per person-year). In contrast, 1079 (48%) of 2247 seronegative participants tested positive (6·2 cases per person-year). The incidence rate ratio was 0·18 (95% CI 0·11–0·28; p<0·001). Among seropositive recruits, infection was more likely with lower baseline full-length spike protein IgG titres than in those with higher baseline full-length spike protein IgG titres (hazard ratio 0·45 [95% CI 0·32–0·65]; p<0·001). Infected seropositive participants had viral loads that were about 10-times lower than those of infected seronegative participants (ORF1ab gene cycle threshold difference 3·95 [95% CI 1·23–6·67]; p=0·004). Among seropositive participants, baseline neutralising titres were detected in 45 (83%) of 54 uninfected and in six (32%) of 19 infected participants during the 6 weeks of observation (ID50 difference p<0·0001).


    Seropositive young adults had about one-fifth the risk of subsequent infection compared with seronegative individuals. Although antibodies induced by initial infection are largely protective, they do not guarantee effective #SARS-CoV-2 neutralisation activity or immunity against subsequent infection. These findings might be relevant for optimisation of mass #vaccination strategies.

    #réinfection #immunité #anticorps

    • Chez le jeune adulte, une première infection par le SARS-CoV-2 et la présence d’anticorps ne garantissent pas une protection totale

      Alors que les jeunes adultes ne sont pas encore concernés par la vaccination en France, le Lancet Respiratory Medicine apporte des données sur la protection induite par les anticorps anti SARS-CoV-2 dans cette population. L’article montre que cette protection est importante mais pas totale.

      Cette analyse a été réalisée dans le cadre de l’étude prospective COVID-19 Health Action Response for Marines (CHARM) comprenant principalement de jeunes Marines américains de sexe masculin, âgés de 18 à 20 ans. L’étude a comparé les taux d’infection au sein d’un groupe séropositif et d’un autre séronégatif.

      Après une évaluation de leur séropositivité par recherche des IgG anti SARS-CoV-2, 3249 Marines ont été isolés pendant deux semaines à leur arrivée sur une base militaire avant de débuter leur formation. Le suivi s’est ensuite prolongé pendant 6 semaines supplémentaires pendant lesquelles des tests PCR ont été effectués.

      Parmi 189 participants séropositifs au SARS-CoV-2, 19 (10%) ont eu au moins un test PCR positif (1,1 cas par personne-année). En parallèle, 1079 (48%) des 2247 participants séronégatifs ont également été testés positifs (6,2 cas par personne-année). La présence d’anticorps a donc réduit de 82% le taux d’incidence de l’infection (0.18 ; 0.11–0.28 ; p <0.001).

      Dans les deux groupes, la plupart des cas de Covid-19 étaient asymptomatiques ou avec des symptômes légers (84% dans le groupe séropositif et 68% dans le groupe séronégatif). Chez les recrues séropositives, la réinfection était plus probable en cas de taux d’IgG dirigés contre la protéine Spike bas (RR 0.45 [0.32–0.65] ; p <0 · 001). En outre, les participants séropositifs infectés avaient des charges virales environ dix fois inférieures à celles des participants séronégatifs infectés.

  • Antibody Response After SARS-CoV-2 Infection and Implications for Immunity : A Rapid Living Review : Annals of Internal Medicine : Vol 0, No 0

    Revue de la littérature sur la #sérologie après une infection SARS-CoV-2 et les conséquences sur l’immunité

    4-6% des infectés restent séronégatifs (11% des asymptomatiques). La présence d’anticorps semble donc corrélée à la présence de symptômes mais aussi à leur sévérité : aucune des personnes hospitalisées ne s’est révélée séronégative.

    Les études sur les infections survenant après un test sérologique montrent que les séropositifs développent beaucoup moins d’infection par la suite ; mais la quasi-totalité des cas étudiés concernaient des personnes sans PCR préalable .

    To synthesize evidence on the prevalence, levels, and durability of detectable antibodies after #SARS-CoV-2 infection and whether antibodies to SARS-CoV-2 confer natural immunity.

    Lack of an Antibody Response

    Nearly all studies found that a certain proportion of patients with SARS-CoV-2 infection confirmed by RT-PCR did not have detectable antibodies. For example, in an Icelandic seroprevalence study in which 489 recovered patients had antibody testing at 2 time points (once ≥3 weeks after diagnosis and again ≥1 month after that), 19 (4%) had negative results for 2 pan-Ig immunoassays (29). Few studies evaluated whether patient factors and illness severity were associated with this finding. An exception is a U.S. study of 2547 frontline health care workers and first responders, which found that about 6% of participants remained seronegative 14 to 90 days after symptom onset (50). This result was strongly associated with disease severity and presence of symptoms. Although 11% of 308 asymptomatic patients did not develop antibodies, none of the 79 patients hospitalized for COVID-19 were seronegative.

    Role of Antibodies in Immunity Against Reinfection

    Studies in this review primarily aimed to estimate seroprevalence and characterize the antibody response after SARS-CoV-2 infection and did not directly evaluate the association between antibodies and immunity. A retrospective study of 47 hospitalized patients in China with moderate to severe COVID-19 mentions a potential case of reinfection in 1 patient during the “convalescence stage” of the disease (77). Of note, the patient did not have detectable antibodies (either IgM or IgG) at follow-up 4 weeks after discharge, but the study does not provide more detail or describe how reinfection was determined. Otherwise, we did not identify any studies of persons with SARS-CoV-2 infection diagnosed via RT-PCR that directly linked the presence or absence of antibodies with incidence of reinfection. A Danish study is investigating immunity by following participants positive for SARS-CoV-2 antibodies at 1, 5, 10, and 20 years, but so far it has reported only initial antibody test results (35). Population seroprevalence studies, such as the Icelandic study discussed in the previous section, could provide insight into reinfection risk if study periods were extended and incidence of reinfection compared among participants with and without antibodies.

    We note that, in several recent studies of adults with known positive or negative SARS-CoV-2 serologies, antibody presence is associated with protective immunity. A prospective study following 12 541 health care workers in the United Kingdom for up to 31 weeks found that anti-spike IgG seropositivity at baseline was associated with lower risk for subsequent positive results on RT-PCR testing for SARS-CoV-2 (223 of 11 364 vs. 2 of 1265; adjusted incidence rate ratio, 0.11) (83, 84). Only 37% (466 of 1265) of the seropositive workers had a prior RT-PCR–confirmed infection. Two small retrospective studies also suggest that prior SARS-CoV-2 infection, as measured by positive antibody results, is associated with reduced risk for reinfection (85, 86). One of these studies described a SARS-CoV-2 outbreak among attendees and staff at a summer school retreat (85). Among 152 participants, 76% (n = 116) had confirmed or presumed SARS-CoV-2 infection, whereas none of the 24 persons who had documented seropositive results in the 3 months before the retreat developed symptoms. In another study, 3 participants who had positive neutralizing antibody results (and negative results on RT-PCR testing for SARS-CoV-2) before departing on a fishing vessel did not subsequently test positive for SARS-CoV-2 despite an outbreak affecting 85% (104 of 122) of the onboard population (86).

    #anticorps #immunité #réinfection #asymptomatiques

  • Covid : Pasteur confirme que les #anticorps sont moins efficaces sur le variant d’Afrique du Sud

    Aussi bien les anticorps d’anciens malades que les anticorps des vaccinés.

    Pfizer et Moderna travaillent d’ailleurs sur une 3e dose, dirigée contre ce #variant, qui fonctionnerait comme un rappel pour raviver nos défenses. Des essais cliniques sont en cours.

    #vaccins #vaccin #vaccination #réinfection #variants

  • #Covid-19 : un risque de #réinfection plus élevé chez les plus de 65 ans

    Le recul maximum a été de 9 mois.

    Les auteurs se sont basés sur les 10,6 millions de tests PCR effectués chez environ 4 millions d’individus (69% de la population) au Danemark.

    Avec cette étude observationnelle, ils ont analysé les taux d’infection lors de la deuxième vague de l’épidémie de COVID-19, du 1er septembre au 31 décembre en comparaison avec les résultats des tests PCR lors de la première vague (mars à mai 2020), et ce dans différents sous-groupes selon l’âge, le sexe ou encore le temps écoulé depuis la première infection.

    Au cours de la première vague, 2,1% des personnes incluses dans l’étude (n=525.339) ont été testées positives. Parmi elles, 72 (0,65% [versus 3·27% de ceux qui étaient négatifs]) ont de nouveau été testées positives lors de la seconde vague. Les auteurs estiment que la protection contre une nouvelle infection est de l’ordre de 80% (75,4–84,5%). [...]

    Aucune différence n’a été trouvée selon le sexe, ou la durée écoulée depuis la première infection [3-6 mois versus > 6 mois], mais l’âge semble avoir une grande importance. Chez les personnes de plus de 65 ans, le taux de protection contre une seconde infection était beaucoup plus faible que chez les plus jeunes, estimé à environ 47% seulement, confirmant l’intérêt de la #vaccination prioritaire dans cette population même en cas de primo-infection.

    Assessment of protection against reinfection with #SARS-CoV-2 among 4 million PCR-tested individuals in Denmark in 2020: a population-level observational study - The Lancet

    • après, le « taux de protection » de la primo-infection dépend du variant qui cause l’éventuelle 2eme infection ; cf Manaus ; et probablement cf Île-de-France.

  • #COVID19 : le point sur la question des #réinfections

    Les données obtenues dans le groupe placebo de l’étude sud-africaine du vaccin NOVAVAX ont montré qu’une immunité contre un variant « historique » (Wuhan ou D614G) ne protège pas contre les formes légères à modérées d’une infection par le variant « sud-africain » B.1.351 : 5 % des personnes ayant un antécédent de COVID-19 se sont réinfectés, le même pourcentage que chez celles n’ayant jamais été infectées auparavant. Néanmoins, aucune forme sévère n’a été signalée chez les sujets réinfectés

    Ces nouvelles données indiquent clairement que le risque de réinfection est davantage lié à la dérive antigénique de #SARS-CoV-2 vers un profil immunorésistant, plutôt qu’à une immunité acquise déclinante (une diminution des anticorps obtenus après le premier épisode). Elles renforcent l’idée qu’il est indispensable, pour prévenir ces réinfections, d’actualiser la réponse immunitaire (par des #rappels de #vaccin, adaptés aux nouveaux #variants), dans une optique de protection individuelle et aussi de protection collective, en diminuant le risque d’apparition de nouveaux variants immunorésistants (favorisée par une immunité insuffisamment neutralisante).


    Réinfections par SARS-CoV-2, de quoi parle-t-on exactement ?
    La définition d’une réinfection par SARS-CoV-2 varie selon les études, ce qui a fortement brouillé les tentatives d’y voir plus clair. Aujourd’hui, aucun consensus formel n’existe, mais les experts ont identifié une série de critères :

    L’écueil de l’évolution naturelle de SARS-CoV-2 : réinfection versus #réactivation
    Lorsqu’une possible réinfection est suspectée et que des #séquençages ont montré des différences génétiques entre les virus isolés au cours de chacun des épisodes, il est essentiel de distinguer une réinfection par un nouveau SARS-CoV-2 d’une réactivation du virus initial entretemps transformé par son évolution naturelle.


    [...] en termes de réinfection, il est possible de distinguer deux périodes :
    – avant l’apparition des variants portant la mutation E484K, les réinfections étaient exceptionnelles, portant probablement sur moins d’un patient sur 3000, voire beaucoup moins ;
    – depuis l’apparition des variants portant la mutation #E484K, le risque de réinfection a considérablement augmenté, atteignant environ 5 % pour le variant « sud-africain » B.1.351. Il est probable que ce risque soit également augmenté pour les variants P.1 et P.2.

    Plus haut, concernant #Manaus il est écrit :

    Concernant P.1, la réinfection par ce variant a souvent été évoquée pour expliquer la 2e flambée de COVID-19 observée à Manaus en janvier et février 2021, dans une ville où l’immunité collective avait été estimée à 78 % de la population dans une étude très médiatisée ( mais remise en cause depuis par les auteurs). [...] à ce jour, il n’existe aucune preuve convaincante que la 2e flambée à Manaus soit due à des réinfections massives par P.1. D’autres hypothèses (dont l’abandon des mesures barrières à la suite de la médiatisation d’une forte immunité collective largement surestimée) sont possibles.

  • #Covid-19 : le #variant sud-africain immuniserait contre les autres variants, affirme une étude - Le Parisien

    Cette étude a été menée par l’équipe scientifique sud-africaine ayant découvert le variant sud-africain 501Y.V2 mais n’a pas encore été soumise à évaluation par la communauté scientifique et n’implique qu’un très faible nombre de sujets.

    Elle suscite toutefois des espoirs qu’un vaccin fondé sur ce variant pourrait protéger contre de futures mutations du coronavirus.

    • Escape of #SARS-CoV-2 501Y.V2 from neutralization by convalescent plasma | Nature

      Tandis que les #anticorps issus des infections apparues lors de la première vague (virus chinois) sont faiblement neutralisant vis-a-vis du #variant sud-africain, ceux issus de la seconde vague (variant sud-africain en majorité) neutralisent efficacement les virus des deux vagues.

      Il suffirait donc de vacciner contre le variant sud-africain pour être protégé contre les autres variants.

      [...] we compared neutralization of a non-VOC [variant of concern] variant versus the 501Y.V2 variant using plasma collected from adults hospitalized with #COVID-19 from two South African infection waves, with the second wave dominated by 501Y.V2 infections. Sequencing demonstrated that infections in first wave plasma donors were with viruses harbouring none of the 501Y.V2-defining mutations, except for one with the #E484K mutation in the receptor binding domain. 501Y.V2 virus was effectively neutralized by plasma from second wave infections and first wave virus was effectively neutralized by first wave plasma. In cross-neutralization, 501Y.V2 virus was poorly neutralized by first wave plasma, with a 15.1-fold drop relative to 501Y.V2 neutralization by second wave plasma across participants. In contrast, second wave plasma cross-neutralization of first wave virus was more effective, showing only a 2.3-fold decline relative to first wave plasma neutralization of first wave virus. While we only tested one plasma elicited by E484K alone, this potently neutralized both variants. The observed effective neutralization of first wave virus by 501Y.V2 infection elicited #plasma provides preliminary evidence that vaccines based on VOC sequences could retain activity against other circulating SARS-CoV-2 lineages.

      #réinfection #vaccins #vaccination

  • Suspected Recurrent #SARS-CoV-2 Infections Among Residents of a Skilled Nursing Facility During a Second COVID-19 Outbreak — Kentucky, July–November 2020 | MMWR

    The finding that all five patients with recurrent #COVID-19 had either asymptomatic or mildly symptomatic courses during their first infections is noteworthy, suggesting the possibility that asymptomatic or mildly symptomatic initial infections do not produce a sufficiently robust immune response to prevent #reinfection.

  • Le covid à Manaus

    J’ai décidé de faire un long thread sur Manaus. Pourquoi ? Parce que Manaus a suivi exactement les préconisations des anti-tout. Alors on va voir ce que ça donne.

    Petite présentation démographique : Manaus est une ville brésilienne, avé une population très jeune.


    3/ L’année dernière, Manaus a laissé filer l’épidémie. Il y a eu deux résultats :
    –Des cimetières trop petits.


    4/ Et l’atteinte, semble-t-il, de l’immunité collective (avec entre 60 et 75% des habitants contaminés). Manaus s avait souffert, mais été censée être tranquille.


    5/ Sauf que, stupeur, en fin d’année, les cas remontent à Manaus. Sauf qu’ils sont censés avoir l’immunité collective !


    6/ Et en plus, ils ont les fameux kits covid traitements précoces!


    7/ petite parenthèse : au Brésil, là où ces kits sont utilisés, la mortalité est supérieure (9 municipalités sur 10).


    8/ Autre petite parenthèse : le créateur du kit covid est mort du covid.


    9/ Bref tout devrait bien aller avec le « petit covid ». Et pourtant : hôpitaux saturés, même plus d’oxygène.


    10/ Le système hospitalier s’effondre.


    11/ Pourtant ils avaient le kit covid, et l’immunité de groupe !


    12/ Rebelotte pour les cimetières.


    13/ Il s’est passé quoi ? Le virus a muté, selon toute vraisemblance les gens sont re infectés, et les « traitements précoces » ne servent à rien ou pas grand chose .


    L’émergence de variants est fréquente dans les endroits où les virus circulent beaucoup : beaucoup plus de possibilités de muter, pression de sélection. Ils semblerait que certains de ces variants, dont le brésilien, soient plus contagieux voir plus dangereux. Ils échappent

    15/ Aux anticorps produits par une infection précédente, et certains peuvent poser problème avec le vaccin.

    16/ Voici la triste histoire de Manaus. Qui a pourtant appliqué tout ce qui est préconisé par les anti-tout : laisser circuler le virus dans une population jeune pour construire l’immunité de groupe et « soigner » avec les « traitements précoces ».

    18/ Au Brésil la colère monte. Ils paient cher le choix de cette stratégie.


  • COVID research updates: COVID vaccines might lose potency against new viral #variants

    Michel Nussenzweig at the Rockefeller University in New York City and his colleagues analysed blood from 20 volunteers who received two doses of either the vaccine developed by Moderna or that developed by Pfizer–BioNTech (Z. Wang et al. Preprint at bioRxiv https://doi.org/frdn; 2021). Both vaccines carry RNA instructions that prompt human cells to make the spike protein that the virus uses to infect cells. This causes the body to generate immune molecules called antibodies that recognize the spike protein.

    Three to 14 weeks after the second jab, the study participants developed several types of antibody, including some that can block #SARS-CoV-2 from infecting cells. Some of these neutralizing antibodies were as effective against viruses carrying certain mutations in the spike protein as they were against widespread forms of the virus. But some were only one-third as effective at blocking the mutated variants.

    Some of the mutations that the team tested have been seen in coronavirus variants that were first identified in the United Kingdom, Brazil and South Africa; at least one of these variants is more easily transmitted than other forms of the virus now in wide circulation.

    The findings suggest that vaccine-resistant variants might emerge, meaning that #COVID-19 vaccines could need an update. They have not yet been peer reviewed.

    #vaccins #vaccination #réinfection

  • Can I be re-infected with the new #variant if I’ve had #COVID-19? | NICD

    The blood samples from half the people we tested showed that all neutralizing activity was lost. This suggests that they may no longer be protected from re-infection. In the other half, the levels of antibodies were reduced and so the risk of re-infection is not known.

    #afrique_du_sud #réinfection #anticorps #immunité

  • What we know about #covid-19 reinfection so far | The BMJ

    #Reinfection or #reactivation?

    Research conducted at the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford purports that many of the cases of reinfection may actually be reactivation.5 Mossong points out that coronaviruses give long infections and their large genomic structures could cause them to remain in the body at low enough levels to remain undetected but ready to strike once more. “They could last longer in different parts of the body than respiratory areas,” Mossong told The BMJ, pointing to persistent loss of smell and taste as possible evidence that the virus remains within the body, replicating at a low level, for a long time.

    What do the new #variants mean for reinfection?

    SARS-CoV-2 variant B.117, first identified in the UK, has been shown to be more transmissible than previous variants, sparking a fresh wave of restrictions in the UK. But whether those who have already recovered from the virus are at risk is another unknown.

    “I don’t know how likely that is to increase the chance of reinfections,” Hunter told The BMJ. He assumes that reinfections will be more likely with the new strain because of an absolute increase in the number of infections in general but hopes they will be less likely and less virulent than first infections.

    Yet the emergence of a new SARS-CoV-2 variant, P.1, may throw that into question. A pre-print paper tracking the likelihood of being infected with the new variant, which emerged in #Manaus, Brazil, in late 2020, indicates that it “eludes the human immune response” triggered by previous variants. Reinfection is therefore likely.

    “The question is how much genetic drift or change can happen in the virus, such that your immune system doesn’t recognise it anymore and doesn’t mount a protective immune response,” says Tuite, who spoke before the P.1 variant surfaced. Vaccine manufacturers have made assurances that their vaccines will stand up to the new B.117 variant, which according to Tuite suggests it hasn’t changed enough to make people more prone to reinfection because of the virus itself. (Vaccine reactions can be different to natural immune responses, although it’s too early to say what the differences are in the case of covid-19. Vaccine triggered immune responses are more consistent and could even be more powerful than those triggered naturally according to some studies.6)

    #vaccins #vaccination

  • Past SARS-CoV-2 Infection Mostly Protects Survivors | The Scientist Magazine®

    A large study of UK healthcare workers finds that immunity after coronavirus infection lasts for months, but those with antibodies may still be able to carry and spread the virus upon reexposure.

    Immune responses from a previous SARS-CoV-2 infection reduce survivors’ risk of reinfection by more than 83 percent for at least five months, according to preliminary data from a study of more than 20,000 UK healthcare workers published by Public Health England. The researchers caution that people previously infected may still be able to transmit the virus.

    “Overall I think this is good news,” Imperial College London epidemiologist Susan Hopkins, a senior medical adviser to Public Health England (PHE), tells The Guardian. “It allows people to feel that prior infection will protect them from future infections, but at the same time it is not complete protection, and therefore they still need to be careful when they are out and about.”

    Between June and November last year, the researchers monitored, through monthly serological tests and PCR tests twice a month, the infection rates in those who had been infected with the virus before June and those who had not. They found 44 potential reinfections, including 13 symptomatic cases, among the 6,614 who’d had the virus before, and 318 cases among the 14,173 who had no evidence of past infection. The authors concluded from these results that prior exposure to SARS-CoV-2 provides 94 percent protection against symptomatic reinfection, and 75 percent protection against asymptomatic reinfection.

    See “More SARS-CoV-2 Reinfections Reported, But Still a Rare Event”

    The researchers also found that people who become reinfected can carry a high viral load in their noses and throats, even in asymptomatic cases, which correlates with a higher risk of spreading the virus to others, says Hopkins.

    #porteurs_sains #covid-19 #réinfection

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.


    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.


    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.


    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)