• Suspected Recurrent #SARS-CoV-2 Infections Among Residents of a Skilled Nursing Facility During a Second COVID-19 Outbreak — Kentucky, July–November 2020 | MMWR

    The finding that all five patients with recurrent #COVID-19 had either asymptomatic or mildly symptomatic courses during their first infections is noteworthy, suggesting the possibility that asymptomatic or mildly symptomatic initial infections do not produce a sufficiently robust immune response to prevent #reinfection.

  • Le covid à Manaus

    J’ai décidé de faire un long thread sur Manaus. Pourquoi ? Parce que Manaus a suivi exactement les préconisations des anti-tout. Alors on va voir ce que ça donne.

    Petite présentation démographique : Manaus est une ville brésilienne, avé une population très jeune.


    3/ L’année dernière, Manaus a laissé filer l’épidémie. Il y a eu deux résultats :
    –Des cimetières trop petits.


    4/ Et l’atteinte, semble-t-il, de l’immunité collective (avec entre 60 et 75% des habitants contaminés). Manaus s avait souffert, mais été censée être tranquille.


    5/ Sauf que, stupeur, en fin d’année, les cas remontent à Manaus. Sauf qu’ils sont censés avoir l’immunité collective !


    6/ Et en plus, ils ont les fameux kits covid traitements précoces!


    7/ petite parenthèse : au Brésil, là où ces kits sont utilisés, la mortalité est supérieure (9 municipalités sur 10).


    8/ Autre petite parenthèse : le créateur du kit covid est mort du covid.


    9/ Bref tout devrait bien aller avec le « petit covid ». Et pourtant : hôpitaux saturés, même plus d’oxygène.


    10/ Le système hospitalier s’effondre.


    11/ Pourtant ils avaient le kit covid, et l’immunité de groupe !


    12/ Rebelotte pour les cimetières.


    13/ Il s’est passé quoi ? Le virus a muté, selon toute vraisemblance les gens sont re infectés, et les « traitements précoces » ne servent à rien ou pas grand chose .


    L’émergence de variants est fréquente dans les endroits où les virus circulent beaucoup : beaucoup plus de possibilités de muter, pression de sélection. Ils semblerait que certains de ces variants, dont le brésilien, soient plus contagieux voir plus dangereux. Ils échappent

    15/ Aux anticorps produits par une infection précédente, et certains peuvent poser problème avec le vaccin.

    16/ Voici la triste histoire de Manaus. Qui a pourtant appliqué tout ce qui est préconisé par les anti-tout : laisser circuler le virus dans une population jeune pour construire l’immunité de groupe et « soigner » avec les « traitements précoces ».

    18/ Au Brésil la colère monte. Ils paient cher le choix de cette stratégie.


  • COVID research updates: COVID vaccines might lose potency against new viral #variants

    Michel Nussenzweig at the Rockefeller University in New York City and his colleagues analysed blood from 20 volunteers who received two doses of either the vaccine developed by Moderna or that developed by Pfizer–BioNTech (Z. Wang et al. Preprint at bioRxiv https://doi.org/frdn; 2021). Both vaccines carry RNA instructions that prompt human cells to make the spike protein that the virus uses to infect cells. This causes the body to generate immune molecules called antibodies that recognize the spike protein.

    Three to 14 weeks after the second jab, the study participants developed several types of antibody, including some that can block #SARS-CoV-2 from infecting cells. Some of these neutralizing antibodies were as effective against viruses carrying certain mutations in the spike protein as they were against widespread forms of the virus. But some were only one-third as effective at blocking the mutated variants.

    Some of the mutations that the team tested have been seen in coronavirus variants that were first identified in the United Kingdom, Brazil and South Africa; at least one of these variants is more easily transmitted than other forms of the virus now in wide circulation.

    The findings suggest that vaccine-resistant variants might emerge, meaning that #COVID-19 vaccines could need an update. They have not yet been peer reviewed.

    #vaccins #vaccination #réinfection

  • Can I be re-infected with the new #variant if I’ve had #COVID-19? | NICD

    The blood samples from half the people we tested showed that all neutralizing activity was lost. This suggests that they may no longer be protected from re-infection. In the other half, the levels of antibodies were reduced and so the risk of re-infection is not known.

    #afrique_du_sud #réinfection #anticorps #immunité

  • What we know about #covid-19 reinfection so far | The BMJ

    #Reinfection or #reactivation?

    Research conducted at the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford purports that many of the cases of reinfection may actually be reactivation.5 Mossong points out that coronaviruses give long infections and their large genomic structures could cause them to remain in the body at low enough levels to remain undetected but ready to strike once more. “They could last longer in different parts of the body than respiratory areas,” Mossong told The BMJ, pointing to persistent loss of smell and taste as possible evidence that the virus remains within the body, replicating at a low level, for a long time.

    What do the new #variants mean for reinfection?

    SARS-CoV-2 variant B.117, first identified in the UK, has been shown to be more transmissible than previous variants, sparking a fresh wave of restrictions in the UK. But whether those who have already recovered from the virus are at risk is another unknown.

    “I don’t know how likely that is to increase the chance of reinfections,” Hunter told The BMJ. He assumes that reinfections will be more likely with the new strain because of an absolute increase in the number of infections in general but hopes they will be less likely and less virulent than first infections.

    Yet the emergence of a new SARS-CoV-2 variant, P.1, may throw that into question. A pre-print paper tracking the likelihood of being infected with the new variant, which emerged in #Manaus, Brazil, in late 2020, indicates that it “eludes the human immune response” triggered by previous variants. Reinfection is therefore likely.

    “The question is how much genetic drift or change can happen in the virus, such that your immune system doesn’t recognise it anymore and doesn’t mount a protective immune response,” says Tuite, who spoke before the P.1 variant surfaced. Vaccine manufacturers have made assurances that their vaccines will stand up to the new B.117 variant, which according to Tuite suggests it hasn’t changed enough to make people more prone to reinfection because of the virus itself. (Vaccine reactions can be different to natural immune responses, although it’s too early to say what the differences are in the case of covid-19. Vaccine triggered immune responses are more consistent and could even be more powerful than those triggered naturally according to some studies.6)

    #vaccins #vaccination

  • Past SARS-CoV-2 Infection Mostly Protects Survivors | The Scientist Magazine®

    A large study of UK healthcare workers finds that immunity after coronavirus infection lasts for months, but those with antibodies may still be able to carry and spread the virus upon reexposure.

    Immune responses from a previous SARS-CoV-2 infection reduce survivors’ risk of reinfection by more than 83 percent for at least five months, according to preliminary data from a study of more than 20,000 UK healthcare workers published by Public Health England. The researchers caution that people previously infected may still be able to transmit the virus.

    “Overall I think this is good news,” Imperial College London epidemiologist Susan Hopkins, a senior medical adviser to Public Health England (PHE), tells The Guardian. “It allows people to feel that prior infection will protect them from future infections, but at the same time it is not complete protection, and therefore they still need to be careful when they are out and about.”

    Between June and November last year, the researchers monitored, through monthly serological tests and PCR tests twice a month, the infection rates in those who had been infected with the virus before June and those who had not. They found 44 potential reinfections, including 13 symptomatic cases, among the 6,614 who’d had the virus before, and 318 cases among the 14,173 who had no evidence of past infection. The authors concluded from these results that prior exposure to SARS-CoV-2 provides 94 percent protection against symptomatic reinfection, and 75 percent protection against asymptomatic reinfection.

    See “More SARS-CoV-2 Reinfections Reported, But Still a Rare Event”

    The researchers also found that people who become reinfected can carry a high viral load in their noses and throats, even in asymptomatic cases, which correlates with a higher risk of spreading the virus to others, says Hopkins.

    #porteurs_sains #covid-19 #réinfection

  • Coronavirus : Manaus, l’exemple de l’échec de l’immunité collective non vaccinale

    L’idée d’atteindre une immunité collective via les infections naturelles montre ses limites. L’exemple de Manaus, au Brésil, est le plus flagrant. Selon une étude publiée en septembre, 66% de la population de cette ville de plus de deux millions d’habitants a été atteinte par le Covid-19 en juin dernier.

    Une autre étude, publiée le 8 décembre dans la revue scientifique Science estime ce chiffre à 76% de la population en octobre. De quoi, dans les deux cas, atteindre l’immunité collective, estimée à 60%, et permettre de stopper la diffusion incontrôlée de la maladie.

    Les hôpitaux de Manaus débordés

    Pourtant, la situation sanitaire est de nouveau alarmante sur place. L’État d’Amazonas, où se trouve Manaus, a annoncé ce jeudi 14 janvier l’instauration d’un couvre-feu de dix jours en raison de la saturation des hôpitaux débordés par l’afflux permanent de patients atteints du Covid-19. Certains hôpitaux de Manaus n’ont plus d’oxygène pour les patients.

    Les voyageurs brésiliens sur lesquels le Japon a détecté un nouveau variant sont originaire de cet État d’Amazonas. Le taux élevé de contaminations au sein de la population de Manaus pourrait avoir joué un rôle dans l’apparition du variant.

    Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S bloquent le virus

    “Lorsqu’on est infecté par le SARS-COV-2, notre système immunitaire va générer tout un répertoire d’anticorps très différents, qui sont dirigés contre les différentes protéines du Covid-19”, rappelle Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie à Strasbourg.

    L’Inserm rappelle que la protéine Spike (ou protéine S) est celle qui permet au Covid-19 de pénétrer dans les cellules humaines. Seuls les anticorps qui ciblent la protéine S sont neutralisants, c’est-à-dire qu’ils empêchent le virus d’entrer dans les cellules. Ils apparaissent jusqu’à 45 jours après l’infection.

    “Les vaccins concentrent la production d’anticorps contre la protéine S”

    “Contrairement à une infection par le virus, les vaccins vont permettre la production d’anticorps dirigés uniquement contre la protéine S. La diversité et l’abondance de ces anticorps est donc autant voire plus importante lorsqu’on est vacciné que lorsqu’on est immunisé après avoir été infecté”, ajoute le chercheur, membre du collectif Du Côté de la Science.

    Une étude menée à Sienne (Italie) durant plusieurs mois et rapportée dans la revue Nature a consisté “à cultiver le SARS-CoV-2 en présence de faibles niveaux de sérum de convalescence d’une personne”, c’est-à-dire en présence d’un faible niveau d’anticorps. L’objectif de l’étude était de sélectionner des mutations du virus qui échappent aux différents anticorps que le système immunitaire a généré en réponse à l’infection.

    Une étude montre l’apparition du variant au bout de plusieurs semaines

    L’étude a permis d’observer que, en 90 jours, 3 mutations étaient apparues et rendaient les virus qui les portaient insensibles aux anticorps. Parmi ces mutations : E484K, que l’on retrouve dans les mutations détectées en Afrique du Sud et au Japon, chez des voyageurs revenant du Brésil.

    “À Manaus, comme partout ailleurs, il y a eu des infections avec des niveaux de sévérité différents, donc les malades ont eu une diversité et des niveaux d’anticorps différents. Chez un individu atteint du Covid et ayant une faible réponse immunitaire humorale (anticorps), le virus peut parvenir à s’adapter et sélectionner une mutation qui lui permet d’échapper aux anticorps présents”, simplifie Eric Billy. C’est ce que montre l’étude menée à Sienne. Ce phénomène s’appelle l’#adaptation et l’#échappement viral.

    C’est ce qui pourrait expliquer la nouvelle flambée de cas à Manaus malgré l’immunité collective atteinte, avec 66% de la population infectée selon l’étude. "Dans une zone avec beaucoup de malades et des mesures barrières faibles, l’exposition au #Covid-19 est élevée et prolongée. Ce qui peut augmenter les possibilités du virus de muter”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    Une inquiétude partagée par le bioanalyste Samuel Mondy : "Plus il y a de cas, plus le risque qu’un mutant ayant un avantage apparaisse est élevé. Donc avec le nombre de cas enregistré à Manaus, et plus globalement dans toute région à forte circulation du virus, la probabilité pour le virus de muter y était plus élevé" nous explique l’ingénieur de recherche en bioinformatique.


    "Les variants qui inquiètent aujourd’hui sont apparus au Brésil et au Royaume-Uni. Deux pays qui ont décidé de laisser circuler le virus, au début de la pandémie, ce qui a pu permettre l’apparition de ces nouveaux variants en augmentant la circulation et donc le nombre des mutations" observe Samuel Mondy.


    “Le cas de Manaus montre qu’espérer une immunité collective par une infection virale naturelle, avec ce coronavirus, n’est probablement pas possible sans un coût humain économique et social très élevé”, estime Eric Billy “et sans certitude que l’#immunité_collective naturelle empêche l’apparition de nouveau variants résistants, comme la #mutation E484K”, ajoute le chercheur en immuno-oncologie.

    “Le vaccin, lui, devrait fortement réduire ce risque d’échappement viral, car il optimise la réponse immunitaire en générant un répertoire beaucoup plus large d’anticorps et ciblant seulement la protéine S. Cela devrait offrir une meilleure protection contre les variants, et diminuer l’émergence de variants à risque", conclut Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie.

    Des arguments qui renforcent l’urgence de la #vaccination, débutée fin 2020, pour éviter l’apparition d’un variant qui rendrait inefficace le vaccin actuel. "Plus on vaccinera de monde, plus on réduira les risques d’apparition d’un nouveau variant", abonde Samuel Mondy.


    • Coronavirus : [peut-être] « Plus de formes sévères » liées au variant sud-africain, dit Launay

      « Pour l’instant on n’a pas de données précises (...) Il semble qu’il soit susceptible d’entrainer plus de formes sévères », rapporte Odile Launay. En effet, le variant sud-africain serait plus contagieux, comme le variant britannique, mais semble être aussi plus virulent. C’est-à-dire « qu’il entrainerait dans un nombre plus important de cas des manifestations sévères de la maladie », précise l’infectiologue, membre du comité vaccin Covid-19.

    • Ma coiffeuse me parlait ce matin de son bof (qui bosse à l’hôpital) qui avait fait 3 coviiiiiiid (donc 2 re-infections) ; dont la 3e qui l’a bien séché. Ptet 3 versions de la bête ?

    • New #coronavirus #variants could cause more reinfections, require updated vaccines | Science | AAAS

      How these new variants are affecting the course of the pandemic is still unclear. In #Manaus, for example, P.1 might have nothing to do with the new surge in infections; people’s immunity might simply be waning, says Oxford epidemiologist Oliver Pybus. In a press conference today, WHO’s Mike Ryan cautioned that changes in human behavior are still the major driving force for the resurgence. “It’s too easy to just lay the blame on the variants and say it’s the virus that did it,” he said. “Unfortunately, it’s also what we didn’t do that did it.”

    • « Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! » : la ville brésilienne de Manaus sans moyens face à une seconde vague brutale

      Il est autour de 13 heures à Manaus, ce jeudi 14 janvier, et sur Instagram une jeune femme au masque bleu ciel éclate en sanglots. « Les gens, j’implore votre miséricorde. C’est épouvantable ! Il n’y a plus d’oxygène dans toute l’unité de soin ! Beaucoup de gens meurent là-dedans ! Si vous avez de l’oxygène, s’il vous plaît, apportez-le ! », supplie cette psychologue, Thalita Rocha, dans une série de vidéos, tournées aux abords d’un hôpital de la ville et postées sur les réseaux sociaux.

      L’image de cette femme paniquée, dont la belle-mère est alors hospitalisée en soins intensifs et en grave difficulté respiratoire – elle a fini par mourir le 15 janvier –, a fait le tour du Brésil et ému le pays entier. Elle est devenue en quelques heures le véritable cri de détresse de la plus grande ville d’Amazonie, déjà fortement endeuillée par le Covid-19 en 2020, et aujourd’hui confrontée à une brutale seconde vague, doublée d’une grave pénurie d’oxygène qui met en danger la vie de milliers de malades.

      Tous les indicateurs sont aujourd’hui repassés au rouge. Pour la seule journée du 14 janvier, 2 516 nouveaux cas ont été décomptés dans la ville, soit 800 de plus que pour la pire journée précédente enregistrée, en mai. Plus de 93 % des lits en soins intensifs sont désormais occupés. Le nombre de décès oscille, quant à lui, de 50 à 60 victimes quotidiennes : des niveaux comparables à ceux d’il y a huit mois.

      Les récits de ce qu’il advient sur place sont glaçants. Jeudi, alors que le nombre d’admissions explosait, une bonne partie des hôpitaux publics de la ville s’est brutalement retrouvée à court d’oxygène. « C’est devenu le chaos, le vrai, l’absurde, le surréel », raconte Gabriela Oliveira, médecin dans l’un des grands établissements de soin de Manaus (dont elle préfère taire le nom).

      « On s’est sentis désarmés »

      Alors que les nouveaux patients affluent en nombre aux urgences, les couloirs et les salles des unités de soin se remplissent de malades, souvent au bord de l’asphyxie, partageant des bonbonnes d’oxygène à moitié ou trois quarts vides. « On a été forcés de les ventiler manuellement, à l’ancienne, ou d’utiliser en urgence des toutes petites bouteilles de secours, utilisées normalement pour le transport en ambulance », relate Mme Oliveira.

      Vite, de premiers malades succombent. Certains médecins craquent, fondent en larmes. « On s’est tous sentis désarmés. On regardait de tous les côtés et on voyait des gens en train de mourir. Ils avaient besoin de la seule chose qu’on n’avait pas : de l’oxygène », poursuit la jeune femme. En désespoir de cause, de la morphine est injectée à certains malades « pour les tranquilliser et qu’ils se sentent moins angoissés par la suffocation », explique-t-elle, avant de souffler : « On a eu beaucoup de morts… »

      A l’extérieur, les familles patientent sans nouvelles devant les portes closes des hôpitaux. « On ne reçoit aucune information, les infirmiers sont débordés. Ils n’admettent plus personne », confie par téléphone Marlon Pontes Medeiros, 35 ans, dont les deux parents ont été admis in extremis en début de semaine dans un hôpital de Manaus. « L’ambulance n’a même pas pu venir les chercher, on a dû les emmener nous-mêmes. Mes parents ont failli y rester… Et quand on est arrivés, ils les ont mis dans une salle avec 150 autres malades et seulement deux médecins pour s’occuper d’eux ! »

      Marché noir de bonbonnes d’oxygène

      Dans la « capitale mondiale de la pandémie », comme certains la surnomment désormais dans la presse, l’air vaut de l’or, et un lucratif trafic de bonbonnes s’est développé au marché noir. Jeudi soir, la police a appréhendé un camion transportant trente-trois cylindres remplis de précieux oxygène. Il y a de quoi faire des profits : les besoins de la ville ont augmenté de 150 % par rapport au pic de 2020. Pour garder la tête hors de l’eau, Manaus a besoin de 76 000 mètres cubes d’oxygène par jour. Ses fournisseurs locaux ne peuvent lui en fournir qu’à peine la moitié…

      Prises de court, les autorités locales, longtemps négligentes, ont décrété en urgence un couvre-feu de dix jours et appelé le monde à l’aide. « Notre région produit de grandes quantités d’oxygène [grâce à la forêt], mais aujourd’hui, c’est notre population qui a besoin d’oxygène », a déclaré le gouverneur de l’Amazonas, Wilson Lima (droite). Signe des temps de détresse : ce dernier est allé jusqu’à implorer l’aide du Venezuela, pourtant lui-même plongé dans une gigantesque crise humanitaire.

      La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus n’est accessible que par bateau et par voie aérienne.

      Le gouvernement de Brasilia, tout à son « coronascepticisme », regarde la situation de loin, voire de haut. Le ministre de la santé, Eduardo Pazuello, a ainsi expliqué que le principal responsable du drame à Manaus était selon lui… la météo. « Dans une période de pluie, l’humidité devient très élevée et vous commencez alors à avoir des complications respiratoires », a indiqué M. Pazuello. « Nous avons déjà fait notre part », a pour sa part balayé le président, Jair Bolsonaro.

      L’armée a malgré tout finalement été mobilisée pour une « opération oxygène », afin d’acheminer par avion des bonbonnes et d’évacuer une partie des malades, transférés vers des régions voisines. La logistique est complexe : ville de 2,2 millions d’habitants édifiée au milieu de la forêt tropicale, Manaus est très isolée.

      Variant local

      Un temps, pourtant, la ville s’est crue sortie d’affaire : en décembre 2020, une étude publiée dans la revue Science concluait que les trois quarts des habitants possédaient des anticorps contre le SARS-CoV-2. Mais l’immunité collective a vécu, et le responsable pourrait être à chercher du côté d’un variant local, détecté début janvier chez quatre passagers brésiliens débarqués au Japon. « Cette souche de Manaus est probablement beaucoup plus contagieuse. On ignore cependant encore si elle peut résister aux vaccins », explique Jessem Orellana, épidémiologiste à la fondation Fiocruz (équivalent local de l’Institut Pasteur) dans l’Amazonas.

      Sur le terrain, nombreux sont les médecins témoignant d’une aggravation substantielle de l’épidémie. « On le voit chez les patients à l’hôpital : le virus est devenu plus agressif. De plus en plus de jeunes de 18 à 30 ans, sans comorbidités, développent des formes graves de la maladie. Les hospitalisations sont aussi plus longues, et durent parfois un mois, bien au-delà de quatorze jours », commente la docteure Gabriela Oliveira.

      Alors que la plus grande confusion règne au sujet d’une campagne de vaccination, c’est le #Brésil tout entier qui est aujourd’hui confronté à une deuxième vague. La barre des 200 000 morts a largement été franchie et chacun craint de voir le « variant de Manaus » s’installer sur tout le territoire. « On est l’un des Etats les plus négligents au monde dans cette pandémie et il est très probable que ce variant se diffuse vite dans tout le pays, et malheureusement, sur le reste de la planète », redoute Jessem Orellana.

    • 23 décembre 2020 : Brésil : à Manaus, le mirage de l’immunité collective contre le Covid-19, Bruno Meyerfeld (Rio de Janeiro, correspondant)

      Une étude estime que 76 % des habitants de la métropole amazonienne posséderaient des anticorps contre le coronavirus. Sur place, les médecins confrontés à la deuxième vague restent sceptiques.

      Des hôpitaux saturés remplis de mourants et de cadavres. Des infirmiers impuissants et des familles en larmes. Des corps entassés dans de petits camions frigorifiques, enterrés à la va-vite dans des fosses communes creusées à la tractopelle. Au pic de l’épidémie, Manaus, au Brésil, ville martyre du Covid-19, offrait au monde une certaine vision de l’apocalypse.

      Huit mois plus tard, la plus grande cité d’#Amazonie, serait-elle déjà tirée d’affaire ? Une étude, publiée mardi 8 décembre dans la revue scientifique Science , pourrait le laisser penser. Menée, entre mars et octobre, par une trentaine de chercheurs brésiliens et internationaux, issus d’institutions aussi prestigieuses que les universités d’Harvard, de Sao Paulo (USP) et d’Oxford, celle-ci aboutit à une conclusion stupéfiante : plus des trois quarts des habitants de Manaus (76 %) posséderaient désormais des anticorps contre le SARS-CoV-2. Un niveau suffisamment élevé permettant à la ville de pouvoir théoriquement bénéficier de l’immunité collective et stopper ainsi la diffusion incontrôlée de la maladie.

      L’étude vient confirmer des données préliminaires divulguées par le groupe de recherche, au mois de septembre, sur le site MedRxiv, et qui avaient à l’époque chiffré à 66 % le taux de positivité aux anticorps des habitants de Manaus. Au total, la capitale de l’Etat d’Amazonas déplorait plus de 3 100 morts au 8 décembre dus au Covid-19, soit un taux de mortalité de 144 pour 100 000 habitants, l’un des plus élevés du Brésil, près de deux fois supérieur à la moyenne nationale.

      Mais, après une période très difficile entre mai et juin, les chiffres de l’épidémie ont entamé durant plusieurs mois une baisse importante. Le nombre de cas détectés par semaine à Manaus a ainsi été divisé par trois entre mai et septembre, passant de 4 500 à seulement 1 380. Le nombre de décès hebdomadaire a quant à lui été divisé par huit : 292 au pic de l’épidémie en mai contre 33 début septembre. Autant de données qui laissent à penser que l’immunité de groupe aurait bel et bien été atteinte à Manaus.

      Rebond inquiétant

      La tentaculaire métropole amazonienne, vaste comme l’Ile-de-France et peuplée de 2,2 millions d’âmes, est-elle réellement devenue Covid safe ? Interrogés sur la question, la plupart des chercheurs se montrent sceptiques. « Cette étude a été menée par des scientifiques compétents et apporte des informations très intéressantes », réagit Guilherme Werneck, épidémiologiste brésilien de renom, avant de relever les lacunes de ce document.

      « Ce travail a été réalisé grâce à des échantillons venant de donneurs de sang. Or, les donneurs sont souvent issus de populations plus jeunes, qui se protègent moins contre le virus et ont donc plus de chances d’être contaminés : ils ne sauraient représenter la population de la ville dans son ensemble », prévient le chercheur.
      Par ailleurs, « Il faut faire la différence entre présence d’anticorps et immunité, note également M. Werneck. On ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps. On ne sait pas s’ils protègent complètement ou partiellement du Covid, si cette protection est de longue ou de courte durée, et si on peut être réinfecté, par exemple, au bout de quelques mois… »

      Pour preuve : depuis le « creux » du mois de septembre, l’épidémie a effectué un rebond inquiétant à Manaus. Un nouveau pic de contamination a été atteint en octobre, avec jusqu’à 3 300 malades détectés par semaine. Les décès, qui avaient marqué le pas, sont également, dans la même période, en augmentation, jusqu’à 132 victimes hebdomadaires.

      Depuis lors, l’épidémie s’est stabilisée à un niveau intermédiaire, mais toujours très élevé (autour de 2 000 cas et entre 40 à 70 morts par semaine). « Cette évolution est un indicateur que l’immunité collective, même si elle a pu un temps être atteinte, n’a pas été suffisante pour maintenir le taux de reproductivité R en dessous de 1, selon Luiz Gustavo Goes, virologue à l’USP. Chez les autres coronavirus déjà connus, on a des cas de #réinfection possibles en seulement quatre mois. Il me semble donc précipité d’affirmer que Manaus aurait déjà atteint l’immunité collective. »

      « Pas sous contrôle »

      Le Graal du « seuil des 60 % » permettant d’atteindre l’immunité de groupe est d’ailleurs une notion très critiquée par les spécialistes. « Admettons que Manaus ait réellement 66 % de personnes possédant des anticorps, et que ces anticorps soient vraiment protecteurs… Eh bien, ça ne signifie pas que l’épidémie soit stoppée pour autant ! La part des habitants possédant des anticorps varie énormément d’un quartier ou d’un milieu social à l’autre… On peut ainsi assister à des flambées locales de l’épidémie », insiste M. Werneck.

      Les prochaines semaines risquent sans aucun doute d’être de nouveau difficiles, voire catastrophiques, à Manaus. La ville n’est pas épargnée par la deuxième vague épidémique qui touche aujourd’hui tout le Brésil, deuxième pays le plus endeuillé au monde (derrière les Etats-Unis), qui a déjà fait ici plus de 188 000 victimes. Dans la grande cité amazonienne, les cas graves sont en hausse ces derniers jours, et plus de 80 % des lits en soins intensifs réservés aux malades atteints du Covid-19 sont désormais occupés.

      Les vacances d’été et les fêtes de fin d’année approchent, laissant craindre aux observateurs une nouvelle flambée des contaminations au sein de la métropole amazonienne. Pour ne rien arranger, le gouvernement de l’Etat d’Amazonas a mis fin, le 1er décembre, aux rares mesures restrictives instaurées jusque-là, et a proclamé la réouverture des bars, des restaurants et des salles de concerts, avec pour règle théorique de ne pas dépasser 50 % de leur capacité d’accueil habituelle.

      « La pandémie n’est pas sous contrôle », insiste Gulnar Azevedo e Silva, présidente de l’Abrasco, l’Association brésilienne de santé collective, qui appelle à ne pas baisser la garde : « Il faut continuer à respecter les mesures qui ont montré leur efficacité : masque, distanciation, hygiène des mains. Espérer que la pandémie sera contenue quand la population aura atteint cette immunité de groupe, c’est l’assurance que beaucoup plus de gens vont mourir. »

      Edit Une population sentinelle : Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic | Science (vers le 9 décembre 2020, bien que la page actuelle indique une date ultérieure)

  • Encore rares, les #réinfections nous donnent des indices sur le fonctionnement de l’#immunité

    Pour qu’une réinfection soit avérée, le patient doit avoir effectué deux tests PCR (réaction en chaîne par polymérase) positifs, sans avoir présenté de symptôme pendant au moins un mois entre les deux. Chantal Reusken, virologue à l’Institut néerlandais de la santé publique et de l’environnement (RIVM), précise toutefois qu’un deuxième test peut également être positif soit parce que le patient a gardé dans les voies respiratoires des résidus d’ARN viral non réplicatif issus de la primo-infection, soit parce qu’il avait jugulé le virus sans jamais véritablement l’éliminer.

    C’est pourquoi, explique Paul Moss, hématologue à l’université de Birmingham, la plupart des revues médicales veulent voir entre la première et la deuxième infection deux séquences virales à part entière, très différentes l’une de l’autre. “La barre est très haute, dit-il. Dans bien des cas, il n’y a même pas la moindre trace de matériel génétique [du virus].”

    Et même si cet ARN est présent, de nombreux laboratoires n’ont ni assez de temps ni assez d’argent pour le détecter. De ce fait, le nombre de réinfections attestées par des séquences génétiques reste très inférieur au nombre de suspicions de réinfection.


    Reinfections, still rare, provide clues on immunity | Science


  • Decline in #SARS-CoV-2 Antibodies After Mild Infection Among Frontline Health Care Personnel in a Multistate Hospital Network — 12 States, April–August 2020 | MMWR

    Deuxième dosage des anticorps 60 jours après la mise en evidence d’une séropositivité (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7470460) chez des sujets qui avaient développé une forme légère de la maladie.


    What is already known about this topic?

    Most persons develop virus-specific antibodies to SARS-CoV-2 after infection; however, the timeline of antibody decline over time is uncertain.

    What is added by this report?

    Among 156 frontline health care personnel who had positive SARS-CoV-2 antibody test results in spring 2020, 94% experienced a decline at repeat testing approximately 60 days later, and 28% seroreverted to below the threshold of positivity. Participants with higher initial antibody responses were more likely to have antibodies detected at the follow-up test than were those who had a lower initial antibody response.

    What are the implications for public health practice?

    SARS-CoV-2 antibodies decline over weeks following acute infection. Negative SARS-CoV-2 serologic results do not exclude previous infection , which has significant impacts on how serologic studies are interpreted.


    ... misclassification of antibody status was possible; however, this was considered to be unlikely because of the high sensitivity and specificity of the ELISA.

    These antibody declines might not equate to loss of protective immunity or increased risk for #reinfection; this was not assessed in this study.


    Whether decay in these antibodies increases risk for reinfection and disease remains unanswered.

    #anticorps #immunité

  • What #COVID-19 #Reinfection Means for Vaccines - Scientific American

    Thanks to months of intensive research, we now have a relatively clear picture of the antibody response triggered specifically by #SARS-CoV-2. Those who are asymptomatic produce low—sometimes even undetectable—levels of antibodies, even when the virus has been cleared. For the most part, studies show that concentrations of these antibodies diminish rapidly, suggesting that asymptomatic individuals may be the most susceptible to reinfection. Those who fall ill, and particularly those who fall seriously ill, produce greater amounts of antibodies that persist for longer amounts of time—an outcome that would seem, upon first glance , to offer greater protection, too.

    The Kenya study [https://academic.oup.com/jid/article/217/11/1728/4948258] on endemic human coronaviruses, however, offers evidence to the contrary that may turn out to be applicable to SARS-CoV-2. In some patients, it was found that high antibody levels actually potentiated infection rather than preventing or mitigating it—


  • #Covid-19 : un cas de #réinfection aux Etats-Unis, le 5e dans le monde - France 24


    « Cela ne veut pas dire qu’il n’y en a pas davantage, particulièrement car de nombreux cas de Covid-19 sont asymptomatiques » et donc difficile à repérer, a toutefois prévenu le Pr Pandori, expert de l’Université du Nevada.

    Ces cinq cas étaient différents : pour ceux du Nevada et de l’Equateur, la deuxième infection était plus grave que la première, alors que c’était l’inverse pour les trois autres.

  • Covid-19 : en Inde, les scientifiques dénoncent les « spéculations » sur l’immunité collective

    dès le mois de juillet, plus de la moitié des Indiens résidant dans les « slums » surpeuplés, où certains prédisaient une hécatombe, avait déjà rencontré le coronavirus responsable du Covid-19, sans développer la maladie pour la plupart d’entre eux. Le TIFR estime que Bombay s’achemine vers l’immunité collective, car d’ici à décembre 2020 ou janvier 2021, « 75 % des gens des bidonvilles et 50 % des autres » devraient avoir développé des anticorps. NITI Aayog, de son côté, s’attend à ce que « 80 à 85 % » de la population indienne soient contaminés à terme, si les gestes barrières ne sont pas respectés. Parmi les hypothèses avancées pour expliquer la très grande proportion de cas asymptomatiques constatée sur le terrain, les experts évoquent la jeunesse (plus de deux Indiens sur trois ont moins de 35 ans) et la grande résistance aux virus en général, du fait des conditions sanitaires souvent déplorables qui règnent dans le pays.(...)Le jeune trentenaire vit à Dharavi, l’un des plus grands bidonvilles d’Asie avec un million d’habitants en temps ordinaire, 700 000 en ce moment, du fait du retour des travailleurs journaliers dans leur village natal. Seuls 3 123 cas positifs y ont été détectés en tout et pour tout, d’après le dernier pointage réalisé le 26 septembre, tandis que le recensement des morts s’établit à 281 morts – dont plus de la moitié au mois de mai.
    « C’est pure spéculation que de prétendre à l’immunité collective, d’autant qu’en Inde le niveau de transparence des données est sujet à caution. Même si la réponse immunitaire des Indiens au coronavirus semble plus élevée qu’ailleurs, le concept est très suspect et n’a aucune valeur scientifique réelle, puisqu’on ignore à partir de quel seuil l’immunité collective serait atteinte, ni combien de temps dure l’immunité une fois que l’on a guéri », met en garde Prabhat Jha, épidémiologiste d’origine indienne à l’université de Toronto.

    Ancien professeur au National Institute of Immunology de Delhi, Satyajit Rath précise quant à lui que la détection d’anticorps n’est pas un gage d’immunité : « Elle indique simplement que le patient a été précédemment exposé au virus et donne une indication, si elle est répétée, sur la vitesse de propagation de l’épidémie. » En réalité, ajoute-t-il, l’immunité collective « n’est pas un niveau à partir duquel le virus cesse de se propager, mais le niveau qui sera constaté le jour où il aura cessé de se répandre ». Elle relève donc d’une observation « a posteriori » et ne doit pas être considérée comme un outil prédictif.

    A Delhi et Pune aussi, le sujet intéresse les chercheurs. En juillet et en août, l’Indian Council of Medical Research (ICMR) et le National Centre for Disease Control (NCDC) ont conduit des campagnes de tests sérologiques dont les résultats, là encore, ont de quoi surprendre. En plein cœur de l’été, il ressort que 29 % des habitants de la capitale et 50 % de ceux de la ville industrielle du Maharashtra, l’une des plus touchées par le Covid-19, avaient des anticorps.En se basant sur les résultats d’une autre étude sérologique de l’ICMR menée partout en Inde, entre le 11 mai et le 4 juin 2020, Geevan Pappachan, chercheur au Centre for Socio-Economic and Environmental Studies de Cochin, calcule que 60 % des Indiens seraient contaminés d’ici à la mi-février 2021, 70 % à la mi-mars et 80 % début avril. Des scores qui le laissent « très sceptique, compte tenu du manque de transparence des travaux de l’ICMR ».Dimanche, le ministre indien de la santé, Harsh Vardhan, a mis en garde ses compatriotes, en rappelant que l’immunité collective était « loin d’être atteinte ». « Si les gens n’ayant pas encore rencontré le SARS-CoV-2 étaient protégés, on n’enregistrerait pas, à Pune et Bombay, autant de nouveaux cas chaque jour, comme actuellement. En outre, personne n’est sûr de rien concernant le risque de réinfection », pointe Srinath Reddy, président de la Public Health Foundation of India. S’ajoute à cela le fait que les tests sérologiques détectent « environ 10 % de faux positifs, parce que certains individus développent des anticorps contre d’autres coronavirus que celui qui déclenche le Covid-19 ». Enfin, soulignent les scientifiques, la contagion risque de s’envoler à nouveau, dès que les mesures de confinement seront entièrement levées et que les Indiens recommenceront à voyager.


  • Covid-19 : premier cas documenté de réinfection – Réalités Biomédicales

    Publié en ligne le 25 août 2020 dans la revue Clinical Infectious Diseases, ce cas clinique concerne un homme de 33 ans résidant à Hong Kong.La première infection par le SARS-CoV-2 avait entraîné une toux avec crachats, un mal de gorge, de la fièvre et des maux de tête pendant trois jours. Le diagnostic de Covid-19 avait été confirmé le 26 mars par un test salivaire PCR. Le patient avait été hospitalisé trois jours plus tard et était sorti de l’hôpital deux semaines plus tard après que deux tests PCR, réalisés par écouvillonnage nasopharyngé et oropharyngé, aient été négatifs. Les médecins ne disposent que d’un unique prélèvement sanguin provenant de la première infection. Il s’avère que la sérologie était toujours négative dix jours après le début des symptômes.Lors du second épisode infectieux, le patient était de retour à Hong Kong après avoir séjourné en Espagne et être passé par le Royaume-Uni. Réalisé à l’aéroport le 15 août à son retour à Hong Kong, le test salivaire s’était révélé positif.


  • Four scenarios on how we might develop immunity to #Covid-19

    As Menachery sees it, the possibilities for the future when it comes to Covid-19 and human immunity break down as follows: sterilizing immunity, functional immunity, waning immunity, and lost immunity.


    “So far, anyway, the evidence supports functional immunity, but the only way to see how long that will last is to follow people over time and see if those responses diminish,” she said.

    “The idea there is that, yes, your antibodies might wane, but your memory responses aren’t absent,” said Menachery, noting that when a primed immune system re-encounters the virus, production of antibodies would kick into gear.

    Christian Drosten, who is another co-discoverer of SARS-1, describes a future that fits into this category.

    “I clearly expect lasting and relevant immunity that is almost sterilizing immunity against #SARS-2 in almost every person infected with SARS-2,” Drosten, director of the Institute of Virology at Berlin’s Charité University Hospital, said via email.

    “It may be possible to become infected again, without any change in the virus. The resulting infection will be mild or asymptomatic, with significantly lower levels of virus replication and onward #transmission.”

    Drosten’s last point would be a big bonus. If people who are reinfected don’t generate high levels of SARS-2 viruses in their respiratory tracts and therefore don’t contribute much to the spread of the virus, Covid-19 may become, over time, not just less dangerous, but also less common.

    “It may become a rare infection, although that is difficult to foresee given the size of the global population,” Koopmans said.

    Another hopeful part of this scenario relates to young children, who are far less likely than adults to develop severe disease. Krammer expects that children who first encounter the virus when they are very young may end up being infected several times over their lifetimes, but those later infections won’t lead to severe illness, even when they are elderly.

    #sars-cov2 #immunité #réinfection

  • #Réinfection par le #sars-cov2 après une infection antérieure ou une vaccination.

    #COVID-19 : des chercheurs disent avoir découvert un premier cas de #réinfection | JDM

    « Ce n’est pas un motif pour s’alarmer : cela illustre à merveille la façon dont l’#immunité devrait fonctionner », a quant à elle souligné sur Twitter la Dre Akiko Iwasaki, spécialiste de l’immunité à l’université Yale.

    « La seconde infection était asymptomatique. Si l’immunité n’a pas été suffisante pour empêcher la réinfection, elle a protégé cette personne contre la maladie », a-t-elle développé.

    « Puisqu’une réinfection peut se produire, il est improbable que l’immunité collective acquise par les infections naturelles suffise à éliminer le SARS-CoV-2 . La seule manière d’aboutir à une immunité collective est la #vaccination », a-t-elle conclu.

    • Coronavirus. Des cas de réinfection signalés en Belgique et aux Pays-Bas

      Pour confirmer qu’il s’agit d’une véritable recontamination, des tests génétiques sont nécessaires pour déterminer si la première et la seconde infection ont éventuellement été provoquées par des souches différentes du virus. Que des cas de réinfection émergent, cela ne m’inquiète pas, a souligné Marion Koopmans. Nous devons voir si cela arrive souvent, a-t-elle ajouté.

      Aucun commentaire n’a pu être obtenu dans l’immédiat auprès du ministère néerlandais de la Santé.

      « Ce n’est pas une bonne nouvelle »

      En ce qui concerne le patient belge, le virologue Marc Van Ranst a précisé à la télévision publique belge VRT qu’il s’agissait d’une femme ayant été contaminée une première fois en mars, puis une seconde fois en juin.

      Je pense que dans les prochains jours nous verrons d’autres histoires comparables […] Il pourrait s’agir d’exceptions, mais ces cas existent et il n’y en a pas qu’un, a-t-il dit en jugeant que ce n’est pas une bonne nouvelle.

      Marc Van Ranst a expliqué que, dans le cas de la patiente belge, qui présentait des symptômes légers de Covid-19, les anticorps développés après l’infection initiale pourraient être insuffisants pour prévenir une nouvelle contamination par une souche légèrement différente du virus mais pourraient malgré tout contribuer à limiter la sévérité des symptômes.

    • Covid-19 News: Live Updates - The New York Times
      A Nevada lab confirmed the first coronavirus reinfection in the U.S., a case that included severe symptoms.

      A public health laboratory in Nevada has reported the first confirmed coronavirus reinfection in the United States, and the first in the world known to have brought on severe symptoms.

      The first three confirmed reinfections in the world were reported this week, one in Hong Kong and two in Europe, all mild.

      Reinfection does not surprise researchers, given the millions of cases around the world, but it is not yet clear if such cases — particularly severe ones — are anomalies or will prove common.

      The patient is a 25-year-old man in Reno who apparently experienced a second bout of infection just 48 days after his first, according to health officials in Nevada.

      Experts have said that even low levels of antibodies and T cells in response to infection should last for a few months and provide some protection against the virus, which appears to have been borne out in the other confirmed reinfections.

      The patient in Nevada had a sore throat, cough, nausea and diarrhea starting on March 25. He tested positive on April 18, recovered by April 27, and tested negative twice. He began to feel unwell again on May 28, and three days later sought help for a similar set of symptoms.

      He was hospitalized on June 5 for shortness of breath and needed oxygen; an X-ray showed the “ground-glass opacities” typical of Covid-19.

      Researchers genetically sequenced the viruses from each bout, and found they were too different to be accounted for by an extended first illness. The findings have been submitted for consideration to the Lancet Infectious Diseases journal.

      Mark Pandori, the director of Nevada’s state lab, said it wasn’t clear why the second bout was more severe. “There may be a biological reason for that, but we can’t sure at this time,” he said.

      The researchers did not test the man for antibodies after the first illness, but found that he had them after the second.

      Some experts said the severe symptoms could mean that the patient had not developed antibodies after the first infection, or that his immune response was overpowered by a massive dose of virus the second time. It is also possible that he suffered antibody-dependent enhancement, in which the immune response may worsen symptoms on a second encounter.

      The findings highlight the need for widespread testing and viral sequencing, said Angela Rasmussen, a virologist at Columbia University in New York who was not involved in the work. “You really are going to need to look at a lot of these cases to try to start to narrow down which hypothesis is probably right,” she said.

    • Several have been reinfected with Covid-19. Here’s what that means

      It’s possible that these early cases of reinfection are outliers and have features that won’t apply to the tens of millions of other people who have already shaken off Covid-19.


      “The most important question for reinfection, with the most serious implications for controlling the pandemic, is whether reinfected people can transmit the virus to others,” Columbia University virologist Angela Rasmussen wrote in Slate this week.

      Unfortunately, neither the Hong Kong nor the Reno studies looked at this question. But if most people who get reinfected don’t spread the virus, that’s obviously good news.


      A crucial question for which there is not an answer yet is whether what happened to the man in Reno, where the second case was more severe than the first, remains a rare occurrence, as researchers expect and hope. As the Nevada researchers wrote, “the generalizability of this finding is unknown.”

    • Virologist Christian Drosten : "I Am Quite Apprehensive about What Might Otherwise Happen in Spring…

      Drosten : Antibodies are just one component of immune protection, another is T-cell immunity. That protects much more strongly against a serious progression of the illness. If the virus mutates, it doesn’t have an effect on T-cell immunity. As such, I don’t think that we have to fear that our vaccines will be ineffective.