• What Does It Mean If a Vaccine Is ‘Successful’ ? | WIRED
    https://www.wired.com/story/what-does-it-mean-if-a-vaccine-is-successful

    Aux #états-unis, alors même que de l’#argent_public à été massivement injecté, la #FDA a laissé les #laboratoires_pharmaceutiques définir les critères d’efficacité de leur(s) propre(s) #vaccin(s) contre le #SARS_Cov2 ; par exemple chez Pfizer il suffira d’avoir significativement moins de #COVID-19 non graves que dans le bras placebo pour conclure à l’efficacité du vaccin ..., avec, de plus, comme corollaire la possibilité de pouvoir arrêter leur essai lors des résultats intérimaires et d’homologuer le vaccin. quitte à voir apparaître des effets secondaires graves par la suite.

    Par ailleurs il n’existe aucun essai comparant les candidats vaccins entre eux, pour le plus grand bonheur des labos bien sûr..

    L’#OMS a bien prévu des essais rigoureux en #Europe avec des comparaisons entre produits, mais les choses ont à peine démarré..

    It’s worth it to do these things [comparaison entre vaccins]. And the companies don’t want us to do it. They’d much prefer being oligopolists than to compete,” Bach says. Head-to-head tests would let the market compare their products, and the companies would have no way of spinning the results. (He pitched the idea in an op-ed in Stat.) “They don’t want binary events that would cause their market to evaporate,” Bach says. “Here we have a situation where we have financed a lot of the development, there’s a lot of government IP, we’ve given advance marketing commitments—which are guarantees of revenue—and we’re paying for the distribution. We’ve run the table on reasons why the government should have an interest in managing and guiding the science.”

    Yet that only happened in one case—the government-run trial of the antiviral drug remdesivir. It didn’t happen with any other therapeutics, and hasn’t happened with vaccines. Instead, the regulatory agencies let the pharmaceutical companies define the terms of their own trials. “It makes me bonkers that we think we should let the companies decide on the study designs, because their incentives are off,” Bach says. “When we know definitively that X or Y are not what we want, and we want something slightly different, that’s where the government is supposed to step in and modify the market’s behavior.”

    #santé #santé_publique #pharma #big_pharma #marché #dérégulation #délétère

  • Decline of Humoral Responses against SARS-CoV-2 Spike in Convalescent Individuals | mBio
    https://mbio.asm.org/content/11/5/e02590-20

    IMPORTANCE
    While waiting for an efficient vaccine to protect against #SARS-CoV-2 infection, alternative approaches to treat or prevent acute #COVID-19 are urgently needed. #Transfusion of #convalescent plasma to treat COVID-19 patients is currently being explored; neutralizing activity in convalescent plasma is thought to play a central role in the efficacy of this treatment. Here, we observed that plasma neutralization activity decreased a few weeks after the onset of the symptoms. If neutralizing activity is required for the efficacy of convalescent plasma transfer, our results suggest that convalescent plasma should be recovered rapidly after the donor recovers from active infection.

    #plasma #anticorps

  • Transmission of #SARS-CoV-2 via fecal-oral and aerosols–borne routes: Environmental dynamics and implications for wastewater management in underprivileged societies
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7332911

    The advent of novel human #coronavirus (SARS-CoV-2) and its potential transmission via fecal-oral and aerosols-borne routes are upcoming challenges to understand the fate of the virus in the environment. In this short communication, we specifically looked at the possibilities of these transmission routes based on the available literature directly related to the SARS-CoV-2 as well as on the closer phylogenetic relatives such as SARS-CoV-1. The available data suggest that, in addition to human-to-human contact, the virus may spread via fecal-oral and aerosols-borne routes. Existing knowledge states that coronaviruses have low stability in the environment due to the natural action of oxidants that disrupt the viral envelope. Previous recommended dosage of chlorination has been found to be not sufficient to inactivate SARS-CoV-2 in places where viral load is high such as hospitals and airports. Although there is no current evidence showing that coronaviruses can be transmitted through contaminated drinking water, there is a growing concern on the impact of the current pandemic wave on underprivileged societies because of their poor wastewater treatment infrastructures, overpopulation, and outbreak management strategies. More research is encouraged to trace the actual fate of SARS-CoV-2 in the environment and to develop/revise the disinfection strategies accordingly.

  • Tests PCR : un pactole pour les laboratoires | Le Journal Lutte Ouvrière
    https://journal.lutte-ouvriere.org/2020/10/14/tests-pcr-un-pactole-pour-les-laboratoires_152194.html


    #test_PCR #covid19 ##industrie_pharmaceutique #coronavirus #Sars-Cov2 #capitalisme

    Au nom de l’urgence sanitaire et parce que la réalisation massive de tests est l’une des conditions de la lutte contre la propagation du Covid-19, le gouvernement a choisi de faire rembourser intégralement ces tests par la Sécurité sociale sans avoir besoin d’une ordonnance. Un tel choix semble aller dans le sens de l’intérêt collectif. Mais dans une société où tous les moyens de production sont privés, les intérêts des entreprises qui fabriquent les machines à tester, comme ceux des laboratoires d’analyses qui réalisent les prélèvements, l’emportent sur ceux de la collectivité.

  • What #COVID-19 #Reinfection Means for Vaccines - Scientific American
    https://www.scientificamerican.com/article/what-covid-19-reinfection-means-for-vaccines

    Thanks to months of intensive research, we now have a relatively clear picture of the antibody response triggered specifically by #SARS-CoV-2. Those who are asymptomatic produce low—sometimes even undetectable—levels of antibodies, even when the virus has been cleared. For the most part, studies show that concentrations of these antibodies diminish rapidly, suggesting that asymptomatic individuals may be the most susceptible to reinfection. Those who fall ill, and particularly those who fall seriously ill, produce greater amounts of antibodies that persist for longer amounts of time—an outcome that would seem, upon first glance , to offer greater protection, too.

    The Kenya study [https://academic.oup.com/jid/article/217/11/1728/4948258] on endemic human coronaviruses, however, offers evidence to the contrary that may turn out to be applicable to SARS-CoV-2. In some patients, it was found that high antibody levels actually potentiated infection rather than preventing or mitigating it—

    #immunité

  • Antoine FLAHAULT @FLAHAULT sur touitteur
    https://threadreaderapp.com/thread/1315742464184127490.html

    1/8 - Il y a deux modalités de traçage des contacts :
    a) Traçage prospectif, classique, on recherche les contacts du cas ;
    b) Traçage rétrospectif,”à la japonaise”,on recherche qui a contaminé le cas.
    La priorité des priorités c’est de privilégier b) et ne faire a) que si on peut.
    2/8 - Le fondement théorique vient du paramètre k de dispersion, élevé pour la grippe (de dynamique homogène) et faible pour le #SARSCoV2 dont la dynamique est hétérogène, émerge en clusters et en événements super-propagateurs : 10 à 20% des contaminations drive toute la pandémie.
    3/8 - Si 80-90% des cas contaminent 0 ou 1 cas, on n’a pas à se fatiguer à tracer leurs contacts. Ils ne nous inquiètent pas. En revanche, il faut tout mettre en œuvre pour stopper la propagation causée par les 10 ou 20% restants, à commencer par les identifier. Comment faire ?

    4/8 - Eh bien si je détecte un cas en routine, j’ai très peu de chance d’avoir affaire à un super-propagateur. En revanche, la probabilité est plus élevée pour celui qui a contaminé mon cas. Surtout s’il l’a contaminé dans un lieu clos, bondé, mal ventilé, sans distance physique.
    5/8 - Si le suspect est positif, le jackpot n’est pas loin : vous convoquez tout le petit monde qui a côtoyé le cas index suspecté : quarantaines strictes, tests et si positifs, isolements bien sûr. Vous avez cassé le début d’un -peut-être- megacluster.
    6/8 - Seulement, il faut aller vite, dans les 24h, avant que tout cela n’essaime. Des tests rapides seraient très suffisants, voire plus intéressants car... rapides, quitte à confirmer ensuite par des rtPCR si complications/besoin de soins.
    7/8 - Demander aux autorités sanitaires qu’elles se consacrent prioritairement au traçage rétrospectif c’est soulager leur job. Et, si elles ont encore les capacités pour faire du prospectif,alors ok,c’est quand même des cas évités,mais le rendement est mathématiquement moindre.
    8/8 - Le “rendement” mathématique (expression pas heureuse) du traçage prospectif est de l’ordre de la valeur moyenne R0 (2-3), alors que celui du traçage rétrospectif est de l’ordre du R0 des évén. super-propagateurs (10, 20 ou beaucoup plus). Voilà pourquoi c’est la priorité !

    #Traçage_rétrospectif

  • Superantigenic character of an insert unique to #SARS-CoV-2 spike supported by skewed TCR repertoire in patients with hyperinflammation | PNAS
    https://www.pnas.org/content/117/41/25254

    COVID-19 : La protéine de pointe joue le rôle de #superantigène | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-la-proteine-de-pointe-joue-le-role-de-superantigene

    Les chercheurs ont développé un modèle informatique de l’interaction entre la protéine de pointe virale du SRAS-CoV-2 et les récepteurs des cellules T humaines du système immunitaire. Dans des circonstances normales, les cellules T aident le corps à combattre l’infection, mais lorsque ces cellules sont suractivées, elles produisent des quantités massives de #cytokines inflammatoires, ce qui dans le cas de la maladie #COVID-19 a été décrit comme une « #tempête_de_cytokines ».
     
    Une région spécifique de la protéine de pointe joue le rôle de superantigène : cette petite partie de la protéine de pointe interagit avec les cellules T de manière quasi-similaire à une protéine bactérienne bien connue qui provoque le syndrome de choc toxique. Les similitudes structurelles sont frappantes et ce « superantigène » de SARS-CoV-2 montre une forte affinité pour la liaison des récepteurs des lymphocytes T- ce qui est la première étape vers le déclenchement d’une réponse immunitaire incontrôlable.

    #sars-cov2

  • Thread tests, by Le Flohic @DrGomi https://twitter.com/DrGomi on Thread Reader App
    https://threadreaderapp.com/thread/1315934752067727360.html

    je reprends certains éléments transversaux, parce qu une politique de tests n’a de sens que si elle est faite avec une vision stratégique 1/

    https://www.has-sante.fr/jcms/p_3212101/fr/avis-n-2020-0059/ac/seap-du-8-octobre-2020-du-college-de-la-haute-autorite-de-sante-relatif-a-

    https://twitter.com/HAS_sante/status/1314532172863287298

    l’HAS se trompe, l’intêret du #test_antigénique n est pas de remplacer la rtpcr chez les symptomatiques, mais de sécuriser préventivement les événements privés ou de lieux clos brassant de façon ponctuelle, afin de détecter les forts excréteurs.

    En l occurence l ’HAS propose ici de suppléer à un systême défaillant , plutôt que de régler les problêmes qui aujourd ’hui empêchent les symptomatiques d ’avoir accès à un résultat de RTPCR dans les 24/48H 2/
    de même je vois qu’il est question d’utiliser les tests antigéniques en intrahospitalier ce qui me semble contraire à l’idée que là ou la rtpcr NP peut être faite dans des délais de 24H elle doit être priorisée 3/
    notre problématique de tests est simplement à mettre en rapport avec la façon dont diffuse le #SARSCoV2 , là ou il est dangereux, là ou nous sommes trop lents et ou nous n ’avons aucune chance d aller plus vite sans changer de technique 4/

    nous savons que 10% des porteurs du sars sont responsables de 80 à 90% des contaminations ultérieures en lieu clos en particulier, et nous savons que les porteurs asymptomatiques, mais surtout présymptomatiques et paucisymptomatiques 5/
    (dont on ne parle pas assez car en fait beaucoup d’ asympto sont souvent des pauci sympto) contaminent 24/48 heures avant d être malades, ce qui a rendu le contrôle de cette épidémie très problématique 6/
    nous savons que les pays qui ont réussi à contrôler ont réussi deux choses : ils ont limité la diffusion communautaire pour pouvoir tracer les cas, et ils ont tracé les cas en remontant et en cherchant les lieux et groupes vecteurs ; nous n’en sommes hélas plus capables 7/
    au vu de la diffusion communautaire ; ce que nous faisons peut encore avoir une incidence sur la dynamique, mais probablement à la marge (70000 nx cas /semaine, 200000 cas contacts a tracer...) et seulement dans les zones de faible incidence 8/
    Nous sommes donc à la merci des caprices du sars, et d’une aggravation de virulence liée à l augmentation de la charge virale territoriale, et aux modes de vie autpmnaux/hivernaux 9/
    Comment « attraper » les vecteurs , c est la question que soulève la mise en place d une stratégie de tests. Sur les lieux clos et stables, a risque, ainsi que sur les groupes principaux vecteurs a risque (ambulanciers...) 10/

    en ayant un résultat de test en 24H, on a déjà laissé diffuser l’infection pendant deux à trois jours ; c est la raison de la mise en place d’une politique de prévention et de dépistage systématique bihebdomadaire sur ces groupes stables : détecter en période présymptomatique 11/
    car le tracing ne peut y arriver ; sur la diffusion telle que constatée dans les universités et autres lieux (travail...) les mesures ne sont pas a niveau (télétravail, masques, demi groupes , aeration etc) mais sur le plan des tests 12/
    si on veut sécuriser, c est ici que prend tout le sens des tests antigéniques, qui peuvent permettre de sécuriser des événements de lieux clos dans des groupes non stables et non organisés, qui ne peuvent faire l objet de pooling qui concernent les communautés stables 13/
    la aussi la « perte de sensibilité » (qui est maintenant minime et a donné lieu au retard sur l intérêt mais aussi dans la compréhension de la stratégie à déployer) est largement compensée par la répétition, mais surtout par l usage stratégique de ces tests 14/
    car sécuriser les événements privés, familiaux, culturels, PREVENTIVEMENT en détectant les forts excréteurs ce que ces tests font très bien devrait être une priorité 15/
    reste enfin les tests POC( point of care) qui permettraient aux soignants et groupes a risques lieux a risque (entreprises) de détecter rapidement tout paucisymptomatique, et pour nous médecin , de faire le tri entre syndromes grippaux/HRV etc et Covid sans attendre deux jours16/

    voire parfois bien plus (question en passant quel est le cout de ces arrets de travail par rapport à l équipement des cabinets de médecins générale en POC ?) 17/
    A vo Eugeno en testant l ensemble des 3000 habitants deux fois a dix jours d intervalle, l ’épidémie a été éteinte, malgré les 30% de faux négatifs RTPCR. parce que les tests ne laissent pas passer les forts excréteurs 18/
    cette notion date de mars. J ai donc un message à faire passer : c est la politique de tests (en sus des mesures de prévention) qui peut nous sortir d affaire à la condition de réfléchir à une stratégie tenant compte de l ’épidémiologie du #SARSCoV2 19/

    #superspreaders

  • Occurrence and #transmission potential of asymptomatic and presymptomatic #SARS-CoV-2 infections: A living systematic review and meta-analysis
    https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.1003346

    Background

    There is disagreement about the level of asymptomatic severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. We conducted a living systematic review and meta-analysis to address three questions: (1) Amongst people who become infected with SARS-CoV-2, what proportion does not experience symptoms at all during their infection? (2) Amongst people with SARS-CoV-2 infection who are asymptomatic when diagnosed, what proportion will develop symptoms later? (3) What proportion of SARS-CoV-2 transmission is accounted for by people who are either asymptomatic throughout infection or presymptomatic?

    Methods and findings
    [..,] We included a total of 94 studies. The overall estimate of the proportion of people who become infected with SARS-CoV-2 and remain asymptomatic throughout infection was 20 % (95% confidence interval [CI] 17–25) with a prediction interval of 3%–67% in 79 studies that addressed this review question. There was some evidence that biases in the selection of participants influence the estimate. In seven studies of defined populations screened for SARS-CoV-2 and then followed, 31% (95% CI 26%–37%, prediction interval 24%–38%) remained asymptomatic. The proportion of people that is presymptomatic could not be summarised, owing to heterogeneity. The secondary attack rate was lower in contacts of people with asymptomatic infection than those with symptomatic infection (relative risk 0.35, 95% CI 0.10–1.27). Modelling studies fit to data found a higher proportion of all SARS-CoV-2 infections resulting from transmission from presymptomatic individuals than from asymptomatic individuals . Limitations of the review include that most included studies were not designed to estimate the proportion of asymptomatic SARS-CoV-2 infections and were at risk of selection biases; we did not consider the possible impact of false negative RT-PCR results, which would underestimate the proportion of asymptomatic infections; and the database does not include all sources.

    Conclusions

    The findings of this living systematic review suggest that most people who become infected with SARS-CoV-2 will not remain asymptomatic throughout the course of the infection. The contribution of presymptomatic and asymptomatic infections to overall SARS-CoV-2 transmission means that combination prevention measures, with enhanced hand hygiene, masks, testing tracing, and isolation strategies and social distancing, will continue to be needed.

    #asymptomatiques #pré-symptomatiques

  • Three Quarters of People with #SARS-CoV-2 Infection are Asymptomatic : A | CLEP
    https://www.dovepress.com/three-quarters-of-people-with-sars-cov-2-infection-are-asymptomatic-an-pe

    Plus précisément, 75% de ceux qui se révèlent positifs lors d’un dépistage de masse sont #asymptomatiques au moment du prélèvement.

    #Covid : more than 80% of positive UK cases in study had no core symptoms | World news | The Guardian
    https://www.theguardian.com/world/2020/oct/08/more-than-80-positive-cases-in-covid-study-had-no-core-symptoms

    Three quarters who tested positive had no notable symptoms at all, the scientists found when they checked whether people reported other ailments such as fatigue and breathlessness on the day of testing.

    Unlike #coronavirus testing in the community which focuses on people with symptoms, the ONS infection survey routinely tests tens of thousands of households around the country whether the occupants have symptoms or not.

  • Cross-reactive memory T cells and herd immunity to #SARS-CoV-2 | Nature Reviews Immunology
    https://www.nature.com/articles/s41577-020-00460-4

    4 scénarios en rapport avec la présence d’une #immunité_croisée pré-existante et leurs répercussions sur l’#immunité de groupe :

    Le premier (diminution de la charge virale pulmonaire donc des formes sévères mais sans diminution de la charge des voies aériennes supérieures) n’accélèrerait pas l’immunité de groupe et pourrait même entraîner une majoration de la transmission du virus.

    Epidemiological implications

    Compared with a population including fewer individuals harbouring such memory, a population with more individuals with pre-existing cross-reactive CD4+ memory T cells would experience the following, all else being equal: (a) lower probabilities of hospitalizations and deaths per SARS-CoV-2 infection; and (b) no reduction, or potentially an increase, in viral spread. An increase could occur if the reduction in symptoms made infection harder to identify and trace and thus increased the frequency of undetected cases while not reducing infectiousness.

  • JCI - Recent endemic #coronavirus infection is associated with less severe #COVID-19
    https://www.jci.org/articles/view/143380

    Previous infection with other types of coronaviruses may lessen severity of COVID-19
    https://medicalxpress.com/news/2020-10-previous-infection-coronaviruses-lessen-severity.html

    In this study, the researchers looked at electronic medical record data from individuals who had a respiratory panel test (CRP-PCR) result between May 18, 2015 and March 11, 2020. The CRP-PCR detects diverse respiratory pathogens including the endemic “common cold” coronaviruses. They also examined data from individuals who were tested for #SARS-CoV-2 between March 12, 2020 and June 12, 2020. After adjusting for age, gender, body mass index, and diabetes mellitus diagnosis, COVID-19 hospitalized patients who had a previous positive CRP-PCR test result for a coronoavirus had significantly lower odds of being admitted to the intensive care unit (ICU), and lower trending odds of requiring mechanical ventilation during COVID. The probability of survival was also significantly higher in COVID-19 hospitalized patients with a previous positive test result for a “common cold” coronoavirus. However, a previous positive test result for a coronavirus did not prevent someone from getting infected with SARS-CoV-2.

    #rhumes #immunité_croisée

  • Neuropathological Features of #Covid-19 | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2019373

    Pas de lésions cérébrales inflammatoires ou d’autres types de lésions pouvant être attribuées au #sars-cov2
    Présence du virus incertaine.

    In conclusion, histopathological examination of brain specimens obtained from 18 patients who died 0 to 32 days after the onset of symptoms of Covid-19 showed only hypoxic changes and did not show encephalitis or other specific brain changes referable to the virus. There was no cytoplasmic viral staining on immunohistochemical analysis. The virus was detected at low levels in 6 brain sections obtained from 5 patients; these levels were not consistently related to the interval from the onset of symptoms to death. Positive tests may have been due to in situ virions or viral RNA from blood.

    Neuropathology of patients with COVID-19 in Germany : a post-mortem case series - The Lancet Neurology
    https://www.thelancet.com/journals/laneur/article/PIIS1474-4422(20)30308-2/abstract

    Ici des lésions inflammatoires sont retrouvées et la présence du virus semble indiscutable mais ne semble pas augmenter les lésions

    43 patients were included in our study. Patients died in hospitals, nursing homes, or at home, and were aged between 51 years and 94 years (median 76 years [IQR 70–86]).

    We detected fresh territorial ischaemic lesions in six (14%) patients.

    37 (86%) patients had astrogliosis in all assessed regions.

    Activation of microglia and infiltration by cytotoxic T lymphocytes was most pronounced in the brainstem and cerebellum, and meningeal cytotoxic T lymphocyte infiltration was seen in 34 (79%) patients.

    SARS-CoV-2 could be detected in the brains of 21 (53%) of 40 examined patients, with SARS-CoV-2 viral proteins found in cranial nerves originating from the lower brainstem and in isolated cells of the brainstem. The presence of SARS-CoV-2 in the CNS was not associated with the severity of neuropathological changes.

    [...]

    In summary, our results show that SARS-CoV-2 RNA and proteins can be detected in the CNS. The brain shows mild neuropathological changes with pronounced neuroinflammation in the brainstem being the most common finding. However, the presence of SARS-CoV-2 in the CNS was not associated with the severity of neuropathological changes.16, 17 Careful neuropathological interpretation will be essential to disentangle which changes are attributable to SARS-CoV-2. All such changes must be mapped against neuropathological changes caused by pre-existing medical conditions often present in patients with COVID-19, as well as neuropathological changes caused by invasive treatments that are used in severe cases of COVID-19.35

  • Low risk of #SARS-CoV-2 #transmission by fomites in real-life conditions - The Lancet Infectious Diseases
    https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30678-2/abstract

    Our findings suggest that environmental contamination leading to SARS-CoV-2 transmission is unlikely to occur in real-life conditions, provided that standard cleaning procedures and precautions are enforced. These data would support Goldman’s point that the chance of transmission through inanimate surfaces is less frequent than hitherto recognised.

    #fomites

  • #Seroprevalence of #SARS-CoV-2 antibodies in people with an acute loss in their sense of smell and/or taste in a community-based population in London, UK: An observational cohort study
    https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.1003358

    A total of 77.6% of 567 participants with acute smell and/or taste loss had SARS-CoV-2 antibodies; of these, 39.8% (n = 175) had neither cough nor fever.

    #agueusie #anosmie

  • Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :

    “Are you confused about the role of type I #interferons (IFN) in #SARS_CoV_2 infection? Here is my speculation on what makes IFN-I helpful vs. harmful in #COVID19 patients - it comes down to timing and dose. A short thread. All figures made by BioRender & @annsea_park (1/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414807581487104

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “In the best case scenario, a rapid and robust induction of IFN-I should result in viral control and mild disease. This may happen in young people, or with low viral exposure settings. For a discussion we wrote, please read this. (2/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414813914886145

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “In older adults or after high dose viral exposure, impaired IFN response early during infection results in enhanced viral replication, and prolonged levels of IFN-I and IFN-III responses that could result in pathological consequences and severe disease. (3/n) https://t.co/wRCSgRluyp” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414821330452481

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter :
    “Not all studies show this pattern. Here is a study that showed lower IFN-I levels in more severe COVID patients. It would be interesting to understand this difference. (5/n) https://t.co/0pFi0VebYd” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414825348595712

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “In the setting of host genetic mutations in viral sensors, signaling molecules, adaptors, transcription factors; or in older people with neutralizing antibodies to IFN-I, little to no IFN-I is available. Uncontrolled virus replication can lead to very severe COVID-19. (6/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414830348165120

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : "Papers supporting this scenario can be found here. (7/n)

    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/23/science.abd4585

    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/29/science.abd4570

    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2768926

    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414833414168576

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : “Finally, recombinant IFN therapy, especially given early during infection, can shut down viral replication and promote recovery. Further, prophylactic treatment with rIFN might be useful in high risk groups. (8/n)” / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414838426439682

    Prof. Akiko Iwasaki sur Twitter : "A number of clinical trials are under way to test whether IFN therapy can help #COVID-19 patients recover quickly from infection and disease https://www.clinicaltrials.gov/ct2/results?cond=COVID-19&term=interferon&cntry=&state=&city=&dist=&Sear. Thank you for reading! (End) / Twitter
    https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1311414841144270848

  • Germans embrace fresh air to ward off #coronavirus | Germany | The Guardian
    https://www.theguardian.com/world/2020/sep/30/germans-embrace-fresh-air-to-ward-off-coronavirus

    Schools, which have increasingly been viewed as a testing ground for how society can learn to live with the disease, have long since adopted the practice. A recent gathering* of the ministers of education for Germany’s 16 states was dedicated to how to air a classroom. Five experts, from fluid mechanics to indoor air hygienists and aerodynamicists, reinforced the importance of airing a room every 15 to 20 minutes, for five minutes in spring and autumn, and three minutes in winter.

    * KMK-Expertengespräch Lüften in Schulräumen: Richtiges und regelmäßiges Lüften bleibt A und O / Bundesumweltamt erarbeitet Handreichung für alle Schulen
    https://www.kmk.org/presse/pressearchiv/mitteilung/kmk-expertengespraech-lueften-in-schulraeumen-richtiges-und-regelmaessiges-luef

    #écoles #aération #ventilation #sars-cov2 #covid-19 #Allemagne

  • #Covid: Vaccine will ’not return life to normal in spring’ - BBC News
    https://www.bbc.com/news/health-54371559

    The report said there were still “enormous” challenges ahead.

    Some of the experimental approaches being taken - such as RNA vaccines - have never been mass produced before.

    There are questions around raw materials - both for the vaccine and glass vials - and refrigerator capacity, with some vaccines needing storage at minus 80C.

    Prof Shah estimates vaccinating people would have to take place at a pace, 10 times faster than the annual flu campaign and would be a full-time job for up to 30,000 trained staff.

    “I do worry, is enough thinking going into the whole system?” he says.
    Early trial data has suggested that vaccines are triggering an immune response, but studies have not yet shown if this is enough to either offer complete protection or lessen the symptoms of Covid.

    Unanswered questions
    Prof Charles Bangham, chair of immunology of Imperial College London, said: "We simply don’t know when an effective vaccine will be available, how effective it will be and of course, crucially, how quickly it can be distributed.

    "Even if it is effective, it is unlikely that we will be able to get back completely to normal, so there’s going to be a sliding scale, even after the introduction of a vaccine that we know to be effective.

    “We will have to gradually relax some of the other interventions.”

    And many questions that will dictate the vaccination strategy remain unanswered, such as:
    will one shot be enough or will boosters be required?
    will the vaccine work well enough in older people with aged immune systems?

    The researchers warn the issue of long-term immunity will still take some time to answer, and we still do not know if people need vaccinating every couple of years or if one shot will do.

    Commenting on the study, Dr Andrew Preston from the University of Bath, said: “Clearly the vaccine has been portrayed as a silver bullet and ultimately it will be our salvation, but it may not be an immediate process.”

    He said there would need to be discussion of whether “vaccine passports” are needed to ensure people coming into the country are immunised.

    And Dr Preston warned that vaccine hesitancy seemed to be a growing problem that had become embroiled in anti-mask, anti-lockdown ideologies.
    “If cohorts of people refuse to have the vaccine, do we leave them to fend for themselves or have mandatory vaccination for children to go to schools, or for staff in care homes? There are lots of difficult questions.”

    #vaccin #vaccins #sars-cov2

  • Efficacy and Safety of #Hydroxychloroquine vs Placebo for Pre-exposure #SARS-CoV-2 Prophylaxis Among Health Care Workers : A Randomized Clinical Trial | Infectious Diseases | JAMA Internal Medicine | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2771265

    Étude faite sur des soignants : #HCQ contre placebo, randomisée en double aveugle en prévention primaire contre le sars-cov2 : pas de différence.

    Malheureusement le recrutement n’est pas allé jusqu’au bout...

    The trial was terminated early for futility before reaching a planned enrollment of 200 participant

    ... futilité peut-être mais ça va permettre de pas mal jaser.

  • Le #Pentagone joue le rôle le plus important dans la #recherche d’un #vaccin anti-#SARS-CoV-2.

    New chart reveals military’s vast involvement in Operation Warp Speed
    https://www.statnews.com/2020/09/28/operation-warp-speed-vast-military-involvement

    Parce qu’on peut y faire véritablement de la recherche:

    Steph McKay, MPH sur Twitter :

    “There’s a longer story here too abt how so much basic #science is done through defense bc they are only dept that we give freedom to invest in long-term projects that may have little financial return but large reward . How it influences all of our work more can say better than me” / Twitter
    https://twitter.com/stephmckay1/status/1310638973635768323

    #etats-unis

  • Epidemiology and transmission dynamics of COVID-19 in two Indian states | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/29/science.abd7672.full

    #Inde : des « #super-contaminateurs » ont répandu le #coronavirus, selon une étude - Le Soir
    https://www.lesoir.be/328872/article/2020-10-01/inde-des-super-contaminateurs-ont-repandu-le-coronavirus-selon-une-etude

    Huit pour cent des personnes touchées par le coronavirus en Inde ont été responsables de près des deux tiers des contaminations dans le pays, ce qui illustre la menace que représentent les « super-contaminateurs », estiment jeudi des chercheurs dans une étude.

    L’étude, publiée dans le journal scientifique américain Science, montre également que les #enfants âgés de moins de 14 ans semblent être les propagateurs les plus efficaces pour le virus.

    L’Inde, avec 1,3 milliard d’habitants, a comptabilisé jusqu’à présent 6,3 millions de cas – juste derrière les Etats-Unis qui sont en tête dans le monde pour les contaminations – et plus de 98.000 décès de la maladie Covid-19.

    Selon Ramanan Laxminarayan, principal chercheur responsable de l’étude, l’équipe a découvert que 70 % des personnes contaminées n’avaient transmis la maladie à aucun contact. Un petit groupe de 8 % des personnes contaminées a provoqué 60 % des nouveaux cas.

    Les chercheurs ont étudié en août les modes de transmission parmi plus d’un demi-million de personnes-contacts exposées à près de 85.000 cas confirmés dans l’Andhra Pradesh et le Tamil Nadu, Etats du Sud de l’Inde dont la population totalise 118 millions de personnes.

    Covid-19 : les enfants peuvent-ils être aussi des « super-propagateurs » ?
    https://www.numerama.com/sciences/652343-covid-19-les-enfants-peuvent-ils-etre-aussi-des-super-propagateurs.

    Que ce soit sur la place des enfants ou encore le rôle des super-spreaders, cette étude ne permet donc pas de tirer une conclusion ferme. Elle reste cependant tout à fait intéressante scientifiquement, puisqu’elle montre à quel point la façon dont se propage le coronavirus #SARS-CoV-2 est complexe, potentiellement variable selon le contexte, et encore difficile à déterminer pleinement. De longues recherches, sous de multiples aspects, dans de multiples localités, vont encore être nécessaires avoir d’avoir les réponses attendues.

    #transmission

  • A case series of #coinfection with #SARS-CoV-2 and #influenza virus in Louisiana - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213007120304287

    Here we reported 4 cases of patients with coinfection of #Covid-19 and influenza. Our study did not demonstrate more severe disease with coinfection. Due to lack of cotesting for both Covid-19 and influenza in every patient, we estimate the incidence of coinfection to be higher in the general population. We also estimate the incidence to be variable by region due to climate differences. This case series highlights the necessity of further clinical reporting and guidance on clinical management.

    #grippe

  • Découverte d’anomalies immunologiques et génétiques associées à des formes sévères de #Covid-19 – Réalités Biomédicales
    https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2020/09/27/decouverte-danomalies-immunologiques-et-genetiques-associees-a-des-formes-se

    La présence d’#auto-anticorps (IgG) dirigés contre au moins un #interféron de type I a été détectée chez 13,7 % des patients (135 sur 987) présentant une forme #critique de Covid-19. [...] Des auto-anticorps dirigés contre les interférons de type I ont également été détectés dans des échantillons de plasma sanguin prélevés chez des patients avant qu’ils aient développé la Covid-19, ce qui montre que la production des auto-anticorps n’a pas été déclenchée par l’infection par le #SARS-CoV-2.

    Les chercheurs [...] rapportent que 101 des 987 patients présentant une forme #sévère de Covid-19, soit chez 10,2 % d’entre eux, possèdent des auto-anticorps (IgG) capables de neutraliser au moins un interféron de type I.

    [...] En revanche, ces auto-anticorps n’ont été trouvés que chez 4 des 1227 sujets sains (0,3 %) et chez aucun des 663 patients présentant une infection asymptomatique ou modérée par le SARS-CoV-2.

    [...]

    Implications cliniques

    Tout d’abord, estiment les chercheurs, la détection des auto-anticorps dirigés contre les interférons de type I pourrait permettre d’identifier les patients infectés par le SARS-CoV-2 présentant un risque de développer une forme critique de la maladie Covid-19.

    Ensuite, en cas de guérison, le plasma de ces patients (pouvant contenir des auto-anticorps) ne devrait pas être utilisé dans le cadre des essais cliniques en cours visant à administrer le plasma de patients convalescents pour traiter des personnes atteintes de Covid-19 .

    Par ailleurs, ajoutent les auteurs, on peut imaginer d’utiliser des techniques permettant d’éliminer sélectivement les auto-anticorps ou les cellules qui les produisent***.

    Enfin, un traitement par interféron-bêta, par voie injectable ou inhalée, pourrait être bénéfique dans la mesure où il est rare que des patients porteurs d’auto-anticorps contre les IFN-I développent des auto-anticorps vis-à-vis de cette autre catégorie d’interférons, concluent-ils.

    [...]

    Défauts génétiques

    L’équipe franco-américaine, qui appartient au consortium international du COVID Human Genetic Effort, a publié dans Science un second article. Cette fois, les chercheurs ont recherché la présence d’anomalies sur des gènes responsables de la synthèse des interférons de type I chez des patients présentant une forme critique de Covid-19, faisant l’hypothèse [ en fait déjà vérifiée par d’autres auteurs ] que la sévérité de la maladie pouvait, chez certains patients, être imputable à ces variants génétiques. [...]

    Les chercheurs rapportent que 3,5 % des patients qui présentaient une forme critique de Covid-19 étaient porteurs d’une anomalie génétique affectant la réponse immunitaire dépendante des interférons de type I. De façon surprenante, ces défauts génétiques (dont certains peuvent être délétères en cas d’infection grippale) sont restés silencieux et n’ont pas eu d’impact clinique jusqu’au moment de l’infection par le SARS-CoV-2 [...]

    #immunité

    Auto-antibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/23/science.abd4585.full

    Inborn errors of type I IFN immunity in patients with life-threatening COVID-19 | Science
    https://science.sciencemag.org/content/early/2020/09/25/science.abd4570.full

    • One in Seven Dire COVID Cases May Result from a Faulty Immune Response - Scientific American
      https://www.scientificamerican.com/article/one-in-seven-dire-covid-cases-may-result-from-a-faulty-immune-re

      Perhaps the most immediate implication of the new studies concerns the use of convalescent plasma, an experimental treatment made from the blood of people who have recovered from COVID-19. In August the U.S. Food and Drug Administration issued a controversial “emergency use authorization” for the blood product. Zúñiga points out that it would be important to screen plasma donors for auto-antibodies. “If you have severe COVID-19, would you like to receive antibodies that neutralize an antiviral response?” she asks. “No thank you.”

      Given the growing evidence that interferon plays a crucial role in arresting severe infection, Fish believes that treating COVID-19 patients with interferon, regardless of their antibody or genetic status, could be a winning tactic, particularly early in the infection. She points to exploratory studies on interferon in Cuba and Wuhan, China, that showed promising effects on mortality rates and earlier clearance of the virus.

      But determining the #timing and other details of such treatment will be vital. “Interferon can be a double-edged sword in many infections,” Zúñiga says. “It activates many immune cells, but it can enhance inflammation as well. And it can have a negative immunoregulatory role, activating factors that suppress the immune response.”

      Experts seem to agree that interferons would have to be given early to help shut down the infection. Once a patient develops an extreme immune reaction sometimes called a “cytokine storm,” interferons are unlikely to be of use, Fish says.

      Dozens of COVID-19 clinical trials are already underway to test the efficacy of various types of interferon therapies, which can be given as a nasal spray or injection. One large study, conducted by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, is comparing the antiviral remdesivir alone with a combined therapy of the drug and interferon-beta. And Fish is involved in a study in Santiago, Chile, that will investigate whether giving interferons to members of a household where someone has been infected with the coronavirus could prevent them from falling ill. It remains to be seen whether any of these therapies pan out, but the new findings at least unlock one more piece of the COVID-19 puzzle.

  • Saliva** or Nasopharyngeal Swab Specimens for Detection of #SARS-CoV-2 | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2016359

    Rapporté en français ci-dessous :

    Test de détection salivaire du SARS-Co V2 - Revue Médicale Suisse
    https://www.revmed.ch/covid-19/Test-de-detection-salivaire-du-SARS-Co-V2

    Un total de 70 patients hospitalisés atteints de #Covid-19 ont fourni le cadre de l’étude. Après confirmation de l’infection par un échantillon sur écouvillon nasopharyngé, des échantillons supplémentaires nasopharyngés et salivaires des patients ont été prélevés.

    L’analyse a démontré la présence de plus de copies d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de salive que dans l’échantillon sur écouvillon nasopharyngés.

    En outre, un pourcentage plus élevé d’échantillons de salive sont restés positifs au court du temps en comparaison avec les échantillons sur écouvillon nasopharyngé. Ces résultats suggèrent que les échantillons de salive ont au moins une sensibilité similaire que les échantillons sur écouvillon nasopharyngien dans la détection du SRAS-CoV-2 au cours de l’hospitalisation. L’analyse des variations de la concentration d’ARN au cours de l’évolution clinique a mis en évidence des fluctuations moins importantes dans la salive que dans les prélévements nasopharyngés.

    Dans trois cas, un échantillon d’écouvillon nasopharyngé négatif a été suivi d’un écouvillon positif lors de la prochaine collecte d’un échantillon. Ce phénomène ne s’est produit qu’une seule fois avec les échantillons de salive.

    L’étude s’est aussi intéressée à des personnes #asymptomatiques. 495 agents de santé asymptomatiques ont fourni du matériel pour tester à la fois des échantillons de salive et de nasopharynx. Sur 13 agents de santé positifs lors de l’examen salivaire, 9 avaient collecté des échantillons sur écouvillon nasopharyngien appariés le même jour, et 7 de ces échantillons se sont révélés négatifs Le diagnostic des 13 agents de santé a été confirmé par la suite par des tests diagnostiques d’échantillons nasopharyngés supplémentaires.

    Commentaire

    Les moyens de diagnostic évoluent et il est important de souligner un apport prometteur d’un prélèvement salivaire plus aisé à pratiquer et mieux accepté des patients que les frottis nasopharyngés actuels.

    L’article du NEJM ajoute aussi que le choix de ce test permet aux services de santé de ne pas être débordés/exposés et est une réponse aux pénuries d’équipement de protection et de matériel de prélèvement,

    Collection of saliva samples by patients themselves negates the need for direct interaction between health care workers and patients. This interaction is a source of major testing bottlenecks and presents a risk of nosocomial infection. Collection of saliva samples by patients themselves also alleviates demands for supplies of swabs and personal protective equipment. Given the growing need for testing, our findings provide support for the potential of saliva specimens in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection.

    Méthode d’auto-recueil de l’échantillon de salive :
    https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2016359/suppl_file/nejmc2016359_appendix_1.pdf

    Saliva samples were self-collected by the patient using the methods described. Upon waking, patients were asked to avoid food, water and brushing of teeth until the sample was collected. Patients were asked to repeatedly spit into a sterile urine cup until roughly a third full of liquid (excluding bubbles), before securely closing it. All samples were stored at room temperature and transported to the research lab at the Yale School of Public Health within 5 hours of sample collection and tested within 12 hours of sample collection. While a stabilizing solution was not added to the saliva, recent work has demonstrated that SARS-CoV-2 RNA is stable in saliva stored at room temperature for up to 25 days.

    #tests #salive #diagnostics