• SARS-CoV-2 seropositivity and subsequent infection risk in healthy young adults : a prospective cohort study - The Lancet Respiratory Medicine
    https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00158-2/abstract

    Réinfection possible chez les jeunes adultes. Formes asymptomatiques ou légères dans la totalité des cas. Charge virale en moyenne 10 fois moindre que celle des primo-infectés sans que l’on sache si cela est suffisant pour éviter la #transmission.

    This analysis was performed as part of the prospective #COVID-19 Health Action Response for Marines study (CHARM). CHARM included predominantly male US Marine recruits, aged 18–20 years, following a 2-week unsupervised quarantine at home. After the home quarantine period, upon arrival at a Marine-supervised 2-week quarantine facility (college campus or hotel), participants were enrolled and were assessed for baseline SARS-CoV-2 IgG seropositivity, defined as a dilution of 1:150 or more on receptor-binding domain and full-length spike protein ELISA. Participants also completed a questionnaire consisting of demographic information, risk factors, reporting of 14 specific COVID-19-related symptoms or any other unspecified symptom, and brief medical history. SARS-CoV-2 infection was assessed by PCR at weeks 0, 1, and 2 of quarantine and participants completed a follow-up questionnaire, which included questions about the same COVID-19-related symptoms since the last study visit. Participants were excluded at this stage if they had a positive PCR test during quarantine. Participants who had three negative swab PCR results during quarantine and a baseline serum serology test at the beginning of the supervised quarantine that identified them as seronegative or seropositive for SARS-CoV-2 then went on to basic training at Marine Corps Recruit Depot—Parris Island. Three PCR tests were done at weeks 2, 4, and 6 in both seropositive and seronegative groups, along with the follow-up symptom questionnaire and baseline neutralising antibody titres on all subsequently infected seropositive and selected seropositive uninfected participants (prospective study period).

    Findings

    Between May 11, 2020, and Nov 2, 2020, we enrolled 3249 participants, of whom 3168 (98%) continued into the 2-week quarantine period. 3076 (95%) participants, 2825 (92%) of whom were men, were then followed up during the prospective study period after quarantine for 6 weeks. Among 189 seropositive participants, 19 (10%) had at least one positive PCR test for SARS-CoV-2 during the 6-week follow-up (1·1 cases per person-year). In contrast, 1079 (48%) of 2247 seronegative participants tested positive (6·2 cases per person-year). The incidence rate ratio was 0·18 (95% CI 0·11–0·28; p<0·001). Among seropositive recruits, infection was more likely with lower baseline full-length spike protein IgG titres than in those with higher baseline full-length spike protein IgG titres (hazard ratio 0·45 [95% CI 0·32–0·65]; p<0·001). Infected seropositive participants had viral loads that were about 10-times lower than those of infected seronegative participants (ORF1ab gene cycle threshold difference 3·95 [95% CI 1·23–6·67]; p=0·004). Among seropositive participants, baseline neutralising titres were detected in 45 (83%) of 54 uninfected and in six (32%) of 19 infected participants during the 6 weeks of observation (ID50 difference p<0·0001).

    Interpretation

    Seropositive young adults had about one-fifth the risk of subsequent infection compared with seronegative individuals. Although antibodies induced by initial infection are largely protective, they do not guarantee effective #SARS-CoV-2 neutralisation activity or immunity against subsequent infection. These findings might be relevant for optimisation of mass #vaccination strategies.

    #réinfection

  • #COVID-19 | Le #variant britannique n’entraînerait pas plus de formes graves | La Presse
    https://www.lapresse.ca/covid-19/2021-04-12/covid-19/le-variant-britannique-n-entrainerait-pas-plus-de-formes-graves.php

    Deux études publiées mardi affirment que le variant « britannique » du coronavirus n’entraîne pas plus de formes graves de COVID-19, à rebours des conclusions de précédents travaux de recherche, mais confirment qu’il est bien plus contagieux que les souches précédentes.

    [...]

    Dans un commentaire portant sur la première étude, trois chercheurs du Centre national des maladies infectieuses (NCID) de Singapour soulignent que ses conclusions contrastent avec trois précédents articles, qui associent le variant « britannique » à une probabilité plus élevée de décès et de formes graves de COVID-19.

    Ils notent que l’étude parue dans le Lancet a l’avantage d’avoir utilisé des séquençages complets du virus dans ses analyses mais que sa conclusion « rassurante » doit « être confirmée par des études de plus grande ampleur ».

    « Cette étude se concentre sur les résultats cliniques d’un groupe de personnes déjà hospitalisées avec la COVID-19 », observe toutefois l’épidémiologiste Nicholas Davies, cité par le Science Media Centre britannique. 

    Elle « ne dément pas les éléments déjà rassemblés par de précédentes études », qui tendent à montrer que « l’infection par le B.1.1.7 est globalement associée à un risque plus élevé de mortalité, d’hospitalisation et d’admission aux urgences parmi l’ensemble des individus testés positifs au #Sars-CoV-2 », ajoute-t-il.

  • #SARS-CoV-2 infection rates of antibody-positive compared with antibody-negative health-care workers in England: a large, multicentre, prospective cohort study (#SIREN) - The Lancet
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00675-9/abstract

    Résumé :
    https://twitter.com/EricTopol/status/1380665520366579714

    Eric Topol sur Twitter : “Protection from natural immunity in follow-up of over 25,000 healthcare workers:

    If you’ve had covid, there’s an 84% lower risk of (re)infection for at least 7 months. 93% reduction in symptomatic infections.

    No effect of #B.1.1.7.”

    #immunité #variants

  • Exposure to SARS-CoV-2 generates T-cell memory in the absence of a detectable viral infection (Nature)

    https://www.nature.com/articles/s41467-021-22036-z

    T-cell immunity is important for recovery from COVID-19 and provides heightened immunity for re-infection. However, little is known about the SARS-CoV-2-specific T-cell immunity in virus-exposed individuals. Here we report virus-specific CD4+ and CD8+ T-cell memory in recovered COVID-19 patients and close contacts. We also demonstrate the size and quality of the memory T-cell pool of COVID-19 patients are larger and better than those of close contacts. However, the proliferation capacity, size and quality of T-cell responses in close contacts are readily distinguishable from healthy donors, suggesting close contacts are able to gain T-cell immunity against SARS-CoV-2 despite lacking a detectable infection. Additionally, asymptomatic and symptomatic COVID-19 patients contain similar levels of SARS-CoV-2-specific T-cell memory. Overall, this study demonstrates the versatility and potential of memory T cells from COVID-19 patients and close contacts, which may be important for host protection.

    #t-cells #immunité #covid #sars-cov-2

  • Attack rates amongst household members of outpatients with confirmed #COVID-19 in Bergen, Norway : A case-ascertained study - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666776220300144

    Attack rates = sujets asymptomatiques et symptomatiques

    Seuls les symptomatiques ont eu un PCR, mais tous ont eu une sérologie.

    La spécificité du test sérologique n’est pas discutée.

    #SARS-CoV-2 specific antibodies were measured in sera collected 6–8 weeks after index patient nasopharyngeal testing to define household attack rates.

    Findings
    The overall attack rate was 45% (95% CI 38–53) assessed by serology, and 47% when also including seronegative RT-PCR positives. Serology identified a higher number of infected household members than RT-PCR [(44/70 vs. 32/70)],
    Attack rates were equally high in children (48%) and young adults (42%). The attack rates was 16% in asymptomatic household members [8/49] and 42% in RT-PCR negative contacts [16/38]. [...]

    Interpretation
    Serological assays provide more sensitive and robust estimates of household attack rates than RT-PCR. Children are equally susceptible to infection as young adults . Negative RT-PCR or lack of symptoms are not sufficient to rule out infection in household members.

    #sérologie #séroconversion #asymptomatiques #enfants #transmission #anticorps

  • Les vaccins protègent aussi ceux qui ne les reçoivent pas Nathan Jeffay - 5 avril 2021 - Time of israel
    https://fr.timesofisrael.com/les-vaccins-protegent-aussi-ceux-qui-ne-les-recoivent-pas-etude-en

    Comme les médecins l’espéraient, les injections aident non seulement les personnes vaccinées, mais fournissent aussi une "protection croisée" au reste de la population.

    Les espoirs d’obtenir une immunité collective contre la COVID-19 ont reçu un coup de pouce majeur lundi, après qu’une nouvelle étude israélienne a montré que les personnes vaccinées protégeaient aussi ceux qui ne peuvent pas ou ne veulent pas se faire vacciner.

    L’étude, qui n’a pas encore été examinée par des pairs, a révélé que l’effet est si frappant, qu’avec chaque augmentation de 20 points des taux de vaccination des adultes dans une population donnée, le risque que les enfants y reçoivent un résultat de test positif est diminué de moitié.


    Des personnels médicaux et des malades, portant des masques, brandissent des drapeaux israéliens alors que les forces aériennes font une démonstration de vol acrobatique au dessus de l’hôpital Hillel Yaffe à Hadera, dans le nord d’Israël, le 29 avril 2020. (Crédit ;Ariel Schalit/AP)

    Les taux d’infection en Israël ont considérablement baissé ces dernières semaines. Cela n’est pas surprenant, car il a été abondamment démontré qu’une personne qui prend le vaccin Pfizer-BioNTech, administré à ce jour à plus de la moitié de la population israélienne, est très peu susceptible de tomber malade de la COVID-19.

    Mais la recherche est limitée lorsqu’il s’agit de savoir si les vaccins réduisent le risque de transmission du virus.

    Les scientifiques ont remarqué le fait que les personnes qui ont attrapé la COVID-19 après une seule injection ont une charge virale plus faible et semblent donc moins susceptibles de transmettre le virus. Mais il n’est pas encore tout à fait clair comment ce fait se traduit dans la vie réelle : les personnes non vaccinées sont-elles réellement plus à l’abri du virus lorsque leur entourage est vacciné ?

    Il s’agit d’une question importante étant donné le fait que si des vaccins sont en passe d’être approuvés prochainement pour les enfants âgés de 12 ans et plus, les moins de 12 ans ne seront pas vaccinés dans un futur proche, et environ un million d’Israéliens adultes n’ont pas été vaccinés. Le personnel des organisations médicales ne pense convaincre qu’environ la moitié d’entre eux.

    La nouvelle recherche répond par un « oui » retentissant à la question de savoir si les personnes vaccinées protègent leur entourage. Elle a examiné les données médicales provenant d’enfants – qui ne peuvent pas encore recevoir de vaccins – dans quelque 223 communautés israéliennes et a constaté que, plus la vaccination est répandue parmi les adultes de l’entourage, moins les enfants sont susceptibles d’être testés positifs.

    « Ces résultats fournissent des preuves fondées sur l’observation que la vaccination protège non seulement les vaccinés individuels, mais fournit également une protection croisée aux personnes non vaccinées de la communauté », ont écrit les chercheurs de l’Institut technologique Technion-Israel et des services de santé Maccabi.

    Les enfants ont fourni l’échantillon d’étude idéal, car ils ne sont pas vaccinés – à de très rares exceptions. Mais la question clé à laquelle ils permettent de répondre concerne les adultes. Ceux qui ne sont pas vaccinés parce qu’ils refusent ou ne peuvent pas se faire vacciner pour des raisons médicales sont-ils protégés par la vaccination d’autrui ?

    Si la réponse est oui, comme le suggère la recherche, cela indique qu’en dépit de toute l’incertitude quant au pourcentage de vaccination dont une société a besoin pour obtenir l’immunité collective, Israël va fermement dans cette direction. Et d’autres populations qui vaccinent largement le seront aussi.

    La recherche, qui a été publiée en ligne, a comparé le taux de vaccination chez les adultes sur des intervalles de trois semaines, par rapport aux données de test COVID d’enfants de l’entourage 35 jours plus tard. Ils ont trouvé une corrélation claire entre l’ampleur de la vaccination des adultes et l’ampleur de la baisse de résultats positifs chez les tests des enfants.

    « Nous constatons que des taux de vaccination plus élevés sont associés à un taux d’infection plus faible plus tard chez le groupe non vacciné », ont déclaré les chercheurs, dirigés par Tal Patalon de Maccabi et le professeur Roy Kishony du Technion.

    Pendant plusieurs semaines, les médecins se sont montrés prudents lorsqu’il s’agissait de discuter d’immunité collective, en raison du peu de données soutenant l’idée que les vaccins empêchent la transmission, et du sentiment qu’Israël s’approche d’un maximum en termes de taux de vaccination, car la plupart des adultes ont reçu des vaccins mais les enfants ne le peuvent pas.

    A présent, avec la publication de cette étude et le début des préparatifs pour vacciner les enfants de 12 à 15 ans – après que Pfizer a trouvé ses vaccins très efficaces concernant ce groupe d’âge – l’immunité collective est une fois de plus fermement à l’ordre du jour.

    #covid-19 #immunité #coronavirus #sars-cov-2 #immunité_collective #vaccin #vaccination #confinement #vaccins #immunité_de_groupe #santé #pandémie #sars-cov2

  • Early Release - Epidemiologic Evidence for Airborne Transmission of #SARS-CoV-2 during Church Singing, Australia, 2020 - Volume 27, Number 6—June 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/6/21-0465_article

    An outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection occurred among church attendees after an infectious chorister sang at multiple services. We detected 12 secondary case-patients. Video recordings of the services showed that case-patients were seated in the same section, >15 m from the primary case-patient, without close physical contact, suggesting airborne transmission.

    #covid-19 #aérosols

  • #COVID-19 : Une infection systémique mais sans lésion en dehors des poumons | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-une-infection-systemique-mais-sans-lesion-en-dehors-des-poumons

    Cette étude de 11 cas de patients atteints et décédés de COVID-19, autopsiés au stade post-mortem précoce afin de minimiser la dégradation des tissus et de l’acide ribonucléique viral (ARN) permet de préciser la distribution de la charge virale dans le corps. Le co-auteur principal, le Dr Bettina Löffler, directrice de l’Institut de microbiologie médicale de l’Hôpital universitaire de Jena ajoute : « notre étude est la seule à avoir mesuré les charges virales dans une grande variété d’organes et de tissus, à raison de plus de 60 prélèvements étudiés par patient ».

    Ainsi les chercheurs livrent une photographie complète des charges virales retrouvées dans les différents organes et tissus de ces patients sévèrement atteints (Visuel).

    La charge virale est élevée dans les poumons de la plupart des patients, avec des lésions importantes. À l’aide de la microscopie électronique à transmission, l’équipe a pu visualiser des particules virales intactes dans le tissu pulmonaire ;

    l’ARN du SRAS-CoV-2 est également relevé dans d’autres tissus et organes, non liés aux poumons, mais sans lésions tissulaires visibles, ajoutent les chercheurs. Cette présence de l’ARN du virus dans ces autres organes suggère que le système immunitaire a été incapable de répondre de manière adaptée à la présence du virus dans le sang.

    Une atteinte de la « structure » des ganglions lymphatiques a également été notée.

    Early postmortem mapping of #SARS-CoV-2 RNA in patients with #COVID-19 and the correlation with tissue damage | eLife
    https://elifesciences.org/articles/60361

    In summary, we presented an autopsy series of 11 patients with COVID-19. The autopsies were performed in the early postmortem interval to avoid bias due to the degradation of vRNA, virus particles, and tissue structures. SARS-CoV-2 RNA could be detected in very high to high amounts in the lungs and in very high to very low amounts in the lymphatic tissue. TEM visualized SARS-CoV-2 particles in the lung tissue. Viral loads and histological tissue damage were strongly correlated in the lungs even at the organ level (patient 2). Histological structure changes were also present in the lymph nodes (atrophy and loss of follicles) . High viral loads were detected in many other tissue samples from different extrapulmonary organs and tissues without evident tissue damage based on light microscopy.

  • Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 (B.1.1.7) : an exploratory analysis of a randomised controlled trial - The Lancet
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00628-0/abstract

    (Variant britannique)

    L’étude est analysée dans un éditorial de la même revue, qui met en avant deux constatations occultées dans le résumé de ladite étude :

    1) le vaccin pourrait être nettement moins efficace contre les formes #asymptomatiques du variant britannique (nombre de malades trop faible pour tirer des conclusions fermes)

    2) les intervalles de confiance, trop larges, ne permettent pas de tirer des conclusions solides concernant les formes symptomatiques.

    Although based on small case numbers, a larger difference in efficacy was observed for #SARS-CoV-2 infections with no or unreported symptoms (28·9% [–77·1 to 71·4] for B.1.1.7 and 69·7% [33·0 to 86·3] for other #variants).

    [...]

    Given the wide CIs in these exploratory analyses, no firm conclusions can be drawn on the precise clinical efficacy against the B.1.1.7 variant and, importantly, how this efficacy compares with efficacy against the original circulating variants. However, the results point towards lower efficacy, which also seems consistent with the nine-times reduction in neutralising activity against the B.1.1.7 #variant compared with non-B.1.1.7 variants in the serum samples from vaccinees in this study.

    #vaccins #vaccination

  • ‘I’m empty.’ Pandemic scientists are burning out—and don’t see an end in sight | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/careers/2021/03/i-m-empty-pandemic-scientists-are-burning-out-and-don-t-see-end-sight

    From academic research centers to intensive care units (ICUs) to scientific journals to government agencies, scientists fighting the pandemic say they are hitting a wall, 15 months after the first report of a cluster of cases of pneumonia in Wuhan, China, introduced the virus that would upend their lives. “The pace that led to the incredible generation of knowledge on #SARS-CoV-2 and #COVID-19 has put enormous demands on the people who are expected to generate that knowledge,” says David O’Connor, a viral sequencing expert at the University of Wisconsin, Madison, who has been tracking the spread of the virus, doing Zoom Q&A sessions with the vaccine hesitant, and helping neighborhood schools set up diagnostic testing. “This is a terrible time and we should all do what we can to help. But is it going to be sustainable?”

    #épuisement

  • Antibody Response After SARS-CoV-2 Infection and Implications for Immunity: A Rapid Living Review: Annals of Internal Medicine: Vol 0, No 0
    https://www.acpjournals.org/doi/abs/10.7326/M20-7547

    To synthesize evidence on the prevalence, levels, and durability of detectable antibodies after #SARS-CoV-2 infection and whether antibodies to SARS-CoV-2 confer natural immunity.

    Lack of an Antibody Response

    Nearly all studies found that a certain proportion of patients with SARS-CoV-2 infection confirmed by RT-PCR did not have detectable antibodies. For example, in an Icelandic seroprevalence study in which 489 recovered patients had antibody testing at 2 time points (once ≥3 weeks after diagnosis and again ≥1 month after that), 19 (4%) had negative results for 2 pan-Ig immunoassays (29). Few studies evaluated whether patient factors and illness severity were associated with this finding. An exception is a U.S. study of 2547 frontline health care workers and first responders, which found that about 6% of participants remained seronegative 14 to 90 days after symptom onset (50). This result was strongly associated with disease severity and presence of symptoms. Although 11% of 308 asymptomatic patients did not develop antibodies, none of the 79 patients hospitalized for COVID-19 were seronegative.

    Role of Antibodies in Immunity Against Reinfection

    Studies in this review primarily aimed to estimate seroprevalence and characterize the antibody response after SARS-CoV-2 infection and did not directly evaluate the association between antibodies and immunity. A retrospective study of 47 hospitalized patients in China with moderate to severe COVID-19 mentions a potential case of reinfection in 1 patient during the “convalescence stage” of the disease (77). Of note, the patient did not have detectable antibodies (either IgM or IgG) at follow-up 4 weeks after discharge, but the study does not provide more detail or describe how reinfection was determined. Otherwise, we did not identify any studies of persons with SARS-CoV-2 infection diagnosed via RT-PCR that directly linked the presence or absence of antibodies with incidence of reinfection. A Danish study is investigating immunity by following participants positive for SARS-CoV-2 antibodies at 1, 5, 10, and 20 years, but so far it has reported only initial antibody test results (35). Population seroprevalence studies, such as the Icelandic study discussed in the previous section, could provide insight into reinfection risk if study periods were extended and incidence of reinfection compared among participants with and without antibodies.

    We note that, in several recent studies of adults with known positive or negative SARS-CoV-2 serologies, antibody presence is associated with protective immunity. A prospective study following 12 541 health care workers in the United Kingdom for up to 31 weeks found that anti-spike IgG seropositivity at baseline was associated with lower risk for subsequent positive results on RT-PCR testing for SARS-CoV-2 (223 of 11 364 vs. 2 of 1265; adjusted incidence rate ratio, 0.11) (83, 84). Only 37% (466 of 1265) of the seropositive workers had a prior RT-PCR–confirmed infection. Two small retrospective studies also suggest that prior SARS-CoV-2 infection, as measured by positive antibody results, is associated with reduced risk for reinfection (85, 86). One of these studies described a SARS-CoV-2 outbreak among attendees and staff at a summer school retreat (85). Among 152 participants, 76% (n = 116) had confirmed or presumed SARS-CoV-2 infection, whereas none of the 24 persons who had documented seropositive results in the 3 months before the retreat developed symptoms. In another study, 3 participants who had positive neutralizing antibody results (and negative results on RT-PCR testing for SARS-CoV-2) before departing on a fishing vessel did not subsequently test positive for SARS-CoV-2 despite an outbreak affecting 85% (104 of 122) of the onboard population (86).

    #anticorps #immunité #réinfection #asymptomatiques

  • Prior #SARS-CoV-2 infection primes the immune response to one dose of Pfizer/BioNTech vaccine | UK-CIC
    https://www.uk-cic.org/news/prior-sars-cov-2-infection-primes-immune-response-one-dose-pfizerbiontech-va

    One dose of the Pfizer/BioNTech vaccine generated antibody and T cell responses in all but one of the 103 SARS-CoV-2 naïve participants. These responses were at a similar level or higher to those observed in individuals who had previously been infected with SARS-CoV-2 but were yet to be vaccinated.

    [...]

    After one dose of the vaccine, participants who had prior SARS-CoV-2 infection showed significantly higher antibody and T cell responses compared with SARS-CoV-2 naïve individuals, with antibody responses approximately 6.8 times higher and T cell responses approximately 5.9 times higher. [...] The previously infected group appear to receive an extra ‘boost’ to their immune defences from vaccination, which could further decrease their risk of infection if they were to come across the virus. 

    [...] This is important as this broader response induced by vaccination could provide more robust protection against different viral variants should they be encountered. The study also found that the high antibody responses in previously infected individuals after vaccination may also retain activity against some SARS-CoV-2 variants of concern.

    In the ‘naïve’ cohort who received two vaccine doses, their T cell responses were equivalent to those observed in participants who had previously had COVID-19 after one dose. However, antibody levels were still significantly lower than those observed in participants who previously had #COVID-19 after one vaccine dose.

    #immunité #vaccin #vaccins #vaccination

  • #Covid-19 : un risque de #réinfection plus élevé chez les plus de 65 ans
    https://www.mediscoop.net/algologie/index.php?pageID=5548ef21da4aeeb89b4244c840227c2f&site_origine=newsletter

    Le recul maximum a été de 9 mois.

    Les auteurs se sont basés sur les 10,6 millions de tests PCR effectués chez environ 4 millions d’individus (69% de la population) au Danemark.

    Avec cette étude observationnelle, ils ont analysé les taux d’infection lors de la deuxième vague de l’épidémie de COVID-19, du 1er septembre au 31 décembre en comparaison avec les résultats des tests PCR lors de la première vague (mars à mai 2020), et ce dans différents sous-groupes selon l’âge, le sexe ou encore le temps écoulé depuis la première infection.

    Au cours de la première vague, 2,1% des personnes incluses dans l’étude (n=525.339) ont été testées positives. Parmi elles, 72 (0,65% [versus 3·27% de ceux qui étaient négatifs]) ont de nouveau été testées positives lors de la seconde vague. Les auteurs estiment que la protection contre une nouvelle infection est de l’ordre de 80% (75,4–84,5%). [...]

    Aucune différence n’a été trouvée selon le sexe, ou la durée écoulée depuis la première infection [3-6 mois versus > 6 mois], mais l’âge semble avoir une grande importance. Chez les personnes de plus de 65 ans, le taux de protection contre une seconde infection était beaucoup plus faible que chez les plus jeunes, estimé à environ 47% seulement, confirmant l’intérêt de la #vaccination prioritaire dans cette population même en cas de primo-infection.

    Assessment of protection against reinfection with #SARS-CoV-2 among 4 million PCR-tested individuals in Denmark in 2020: a population-level observational study - The Lancet
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00575-4/abstract

    • après, le « taux de protection » de la primo-infection dépend du variant qui cause l’éventuelle 2eme infection ; cf Manaus ; et probablement cf Île-de-France.

  • #SARS-CoV-2 #transmission without symptoms | Science
    https://science.sciencemag.org/content/371/6535/1206.full

    Viral replication and symptom onset
    The titer of infectious severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and the amount of viral RNA are generally lower in asymptomatic (A) than presymptomatic (Pre) #COVID-19. There is likely to be a threshold at which a person becomes contagious, but this is not known. In presymptomatic patients, symptoms usually begin when viral load peaks, so there is a period of infectiousness when a person has no symptoms.

    #asymptomatiques #pré-symptomatiques #contagiosité

  • Seroprevalence and humoral immune durability of anti-#SARS-CoV-2 antibodies in Wuhan, China : a longitudinal, population-level, cross-sectional study - The Lancet
    https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00238-5/abstract

    Étude longitudinale de la #séroprévalence des #anticorps anti-#SARS-CoV-2 à Wuhan

    #Sérologie positive chez 6,9% des personnes testées,

    – 82% des personnes séropositives n’avaient pas développé la maladie (ou plus probablement une partie de celles-ci ont eu des symptômes mineurs qui sont vite passés)

    – Les anticorps étaient protecteurs (neutralisant) chez 40% (60% des symptomatiques et 36% des #asymptomatiques)

    – Les taux d’anticorps neutralisant sont restés stables pendant au moins 9 mois, y compris chez les asymptomatiques.

    #immunité

  • #COVID19 : le point sur la question des #réinfections
    https://www.vidal.fr/actualites/26810-covid-19-le-point-sur-la-question-des-reinfections.html

    Les données obtenues dans le groupe placebo de l’étude sud-africaine du vaccin NOVAVAX ont montré qu’une immunité contre un variant « historique » (Wuhan ou D614G) ne protège pas contre les formes légères à modérées d’une infection par le variant « sud-africain » B.1.351 : 5 % des personnes ayant un antécédent de COVID-19 se sont réinfectés, le même pourcentage que chez celles n’ayant jamais été infectées auparavant. Néanmoins, aucune forme sévère n’a été signalée chez les sujets réinfectés

    Ces nouvelles données indiquent clairement que le risque de réinfection est davantage lié à la dérive antigénique de #SARS-CoV-2 vers un profil immunorésistant, plutôt qu’à une immunité acquise déclinante (une diminution des anticorps obtenus après le premier épisode). Elles renforcent l’idée qu’il est indispensable, pour prévenir ces réinfections, d’actualiser la réponse immunitaire (par des #rappels de #vaccin, adaptés aux nouveaux #variants), dans une optique de protection individuelle et aussi de protection collective, en diminuant le risque d’apparition de nouveaux variants immunorésistants (favorisée par une immunité insuffisamment neutralisante).

    [...]

    Réinfections par SARS-CoV-2, de quoi parle-t-on exactement ?
    La définition d’une réinfection par SARS-CoV-2 varie selon les études, ce qui a fortement brouillé les tentatives d’y voir plus clair. Aujourd’hui, aucun consensus formel n’existe, mais les experts ont identifié une série de critères :
    [...]

    L’écueil de l’évolution naturelle de SARS-CoV-2 : réinfection versus #réactivation
    Lorsqu’une possible réinfection est suspectée et que des #séquençages ont montré des différences génétiques entre les virus isolés au cours de chacun des épisodes, il est essentiel de distinguer une réinfection par un nouveau SARS-CoV-2 d’une réactivation du virus initial entretemps transformé par son évolution naturelle.

    [...]

    [...] en termes de réinfection, il est possible de distinguer deux périodes :
    – avant l’apparition des variants portant la mutation E484K, les réinfections étaient exceptionnelles, portant probablement sur moins d’un patient sur 3000, voire beaucoup moins ;
    – depuis l’apparition des variants portant la mutation #E484K, le risque de réinfection a considérablement augmenté, atteignant environ 5 % pour le variant « sud-africain » B.1.351. Il est probable que ce risque soit également augmenté pour les variants P.1 et P.2.

    Plus haut, concernant #Manaus il est écrit :

    Concernant P.1, la réinfection par ce variant a souvent été évoquée pour expliquer la 2e flambée de COVID-19 observée à Manaus en janvier et février 2021, dans une ville où l’immunité collective avait été estimée à 78 % de la population dans une étude très médiatisée ( mais remise en cause depuis par les auteurs). [...] à ce jour, il n’existe aucune preuve convaincante que la 2e flambée à Manaus soit due à des réinfections massives par P.1. D’autres hypothèses (dont l’abandon des mesures barrières à la suite de la médiatisation d’une forte immunité collective largement surestimée) sont possibles.

  • Efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 Covid-19 Vaccine against the B.1.351 Variant | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2102214

    L’inefficacité du #vaccin AstraZeneca contre les formes légères et modérées de #COVID-19 en rapport avec le #variant « sud-africain » de #SARS-CoV-2 semble se confirmer.

    Il n’y a pas eu de formes graves dans les deux groupes (AZ versus placebo), probablement en rapport avec le fait que les sujets testés étaient peu nombreux et qu’ils avaient moins de 65 ans.

    METHODS
    We conducted a multicenter, double-blind, randomized, controlled trial to assess the safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 vaccine (AZD1222) in people not infected with the human immunodeficiency virus (HIV) in South Africa. Participants 18 to less than 65 years of age were assigned in a 1:1 ratio to receive two doses of vaccine containing 5×1010 viral particles or placebo (0.9% sodium chloride solution) 21 to 35 days apart. Serum samples obtained from 25 participants after the second dose were tested by pseudovirus and live-virus neutralization assays against the original D614G virus and the B.1.351 variant. The primary end points were safety and efficacy of the vaccine against laboratory-confirmed symptomatic coronavirus 2019 illness (Covid-19) more than 14 days after the second dose.

    RESULTS
    Between June 24 and November 9, 2020, we enrolled 2026 HIV-negative adults (median age, 30 years); 1010 and 1011 participants received at least one dose of placebo or vaccine, respectively. Both the pseudovirus and the live-virus neutralization assays showed greater resistance to the B.1.351 variant in serum samples obtained from vaccine recipients than in samples from placebo recipients. In the primary end-point analysis, mild-to-moderate Covid-19 developed in 23 of 717 placebo recipients (3.2%) and in 19 of 750 vaccine recipients (2.5%), for an efficacy of 21.9% (95% confidence interval [CI], −49.9 to 59.8). Among the 42 participants with Covid-19, 39 cases (92.9%) were caused by the B.1.351 variant; vaccine efficacy against this variant, analyzed as a secondary end point, was 10.4% (95% CI, −76.8 to 54.8). The incidence of serious adverse events was balanced between the vaccine and placebo groups.

    CONCLUSIONS
    A two-dose regimen of the ChAdOx1 nCoV-19 vaccine did not show protection against mild-to-moderate Covid-19 due to the B.1.351 variant.

    • Although the mRNA Covid-19 vaccines have modest neutralizing antibody activity after the first dose, they produce a greater increase in neutralizing activity after the second dose than that produced by the ChAdOx1 nCoV-19 and heterologous Sputnik V (adenovirus-26 followed by adenovirus-5 vector) Covid-19 vaccines.5,6,9 Neutralizing activity of the two mRNA vaccines against the B.1.351 variant has also been observed to be lower [voir https://seenthis.net/messages/903588], by a factor of 8.6 (mRNA-1273 vaccine [Moderna]) or 6.5 (BNT-162b2 vaccine [Pfizer]) on pseudovirus neutralization assay, than activity against the D614G virus, whereas no difference was evident against the N510Y.V1 (B.1.1.7)–like mutant.

  • Negligible impact of #SARS-CoV-2 variants on CD4+ and CD8+ T cell reactivity in COVID-19 exposed donors and vaccinees | bioRxiv
    https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.27.433180v1

    Le Doc sur Twitter : « Il n’y a pas que des mauvaise nouvelles ! #COVID19 L’’#immunité liée aux lymphocytes T (CD4/CD8) est peu affectée par les mutations du SARS-CoV-2 #B117 🇬🇧 #B1351🇿🇦 #P1🇧🇷 et #Cal20C🇺🇸 L’immunité ne se réduit pas aux anticorps, et c’est en l’occurence une chance et un espoir » / Twitter
    https://twitter.com/Le___Doc/status/1371232273845125127

    #immunité_cellulaire

  • Antibody Responses in Seropositive Persons after a Single Dose of SARS-CoV-2 mRNA Vaccine | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2101667

    #Vaccination chez les #SARS-CoV-2 séropositifs.

    The antibody titers of vaccinees with preexisting immunity were 10 to 45 times as high as those of vaccinees without preexisting immunity at the same time points after the first vaccine dose (e.g., 25 times as high at 13 to 16 days) and also exceeded the median antibody titers measured in participants without preexisting immunity after the second vaccine dose by more than a factor of 6. Although the antibody titers of the vaccinees without preexisting immunity increased by a factor of 3 after the second vaccine dose, no increase in antibody titers was observed in the Covid-19 survivors who received the second vaccine dose.

    #anticorps

  • Immunity to #SARS-CoV-2 #variants of concern | Science
    https://science.sciencemag.org/content/371/6534/1103.full

    Vaccine-induced protection
    Loss of neutralizing epitopes in the spike protein in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants could reduce protection induced by vaccination based on wild-type spike. Most vaccinated people develop neutralizing antibody (Ab) with an IC50 (half maximal inhibitory concentration) within the protective margin, although precise correlates of protection (CoP) are unknown. Variants with E484K mutations and future escape mutants may bring protection below this margin, prompting the need for new vaccines.

    #vaccination #vaccins #vaccin

    • Référence 4 de la bibliographie de l’article :

      Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (B.1.1.7)
      https://www.aekstmk.or.at/images/content/pdfs/covid19/Impf/Lancet%202021%20AZD1222%20efficacy%20against%20B1_1_7_%20variant.pdf

      Malgré une activité neutralisante divisée par 9 vis-à-vis du variant « britannique », le vaccin Oxford/AstraZeneca est aussi efficace contre ce dernier qu’il l’est vis-à-vis du virus « chinois ».

      Virus neutralisation activity by vaccine- induced antibodies was 9-fold lower against the B.1.1.7 variant than against a canonical non- B.1.1.7 lineage.

      Vaccine efficacy against symptomatic NAAT positive infection was similar for B.1.1.7 and non-B1.1.7 lineages (74.6% [95%CI 41.6-88.9] and 84% [95% CI 70.7-91.4] respectively). [...]

      Interpretation
      Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 against the B.1.1.7 variant of SARS-CoV-2 is similar to the efficacy of the vaccine against other lineages. Furthermore, vaccination with ChAdOx1 nCoV-19 results in a reduction in the duration of shedding and viral load, which may translate into a material impact on transmission of disease.

    • De l’article de Science :

      It has been posited that SARS-CoV-2 may continue to accumulate mutations that evade immune responses (10). But as previously explored for other viruses, such as HIV, immune evasion often comes at a biological fitness cost to the virus , tending to impose an upper limit to the number of mutations that can be afforded when faced with a broad, neutralizing antibody repertoire (11).

  • Resistance of #SARS-CoV-2 variants to neutralization by monoclonal and serum-derived polyclonal antibodies | Nature Medicine
    https://www.nature.com/articles/s41591-021-01294-w

    #COVID-19 : Efficacité des #vaccins contre les #variants, la question subsiste | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-efficacite-des-vaccins-contre-les-variants-la-question-subsiste

    Alors quelles seront les conséquences pour la stratégie vaccinale ? « Les anticorps ne sont pas la seule mesure de protection ; d’autres éléments du système immunitaire peuvent être en mesure de compenser une résistance accrue aux anticorps. Nous verrons ce qui se passe au fur et à mesure que ces variantes se propagent ».
     
    Sans pouvoir répondre précisément à la question, les chercheurs insistent sur l’importance de ce type d’analyse, en continu, afin de surveiller l’efficacité des vaccins et traitements face à des variants en perpétuelle #mutation ».

    #immunité #anticorps

  • #Covid-19 : le #variant sud-africain immuniserait contre les autres variants, affirme une étude - Le Parisien
    https://www.leparisien.fr/societe/sante/covid-19-le-variant-sud-africain-immuniserait-contre-les-autres-variants-

    Cette étude a été menée par l’équipe scientifique sud-africaine ayant découvert le variant sud-africain 501Y.V2 mais n’a pas encore été soumise à évaluation par la communauté scientifique et n’implique qu’un très faible nombre de sujets.

    Elle suscite toutefois des espoirs qu’un vaccin fondé sur ce variant pourrait protéger contre de futures mutations du coronavirus.

    • Escape of #SARS-CoV-2 501Y.V2 from neutralization by convalescent plasma | Nature
      https://www.nature.com/articles/s41586-021-03471-w

      Tandis que les #anticorps issus des infections apparues lors de la première vague (virus chinois) sont faiblement neutralisant vis-a-vis du #variant sud-africain, ceux issus de la seconde vague (variant sud-africain en majorité) neutralisent efficacement les virus des deux vagues.

      Il suffirait donc de vacciner contre le variant sud-africain pour être protégé contre les autres variants.

      [...] we compared neutralization of a non-VOC [variant of concern] variant versus the 501Y.V2 variant using plasma collected from adults hospitalized with #COVID-19 from two South African infection waves, with the second wave dominated by 501Y.V2 infections. Sequencing demonstrated that infections in first wave plasma donors were with viruses harbouring none of the 501Y.V2-defining mutations, except for one with the #E484K mutation in the receptor binding domain. 501Y.V2 virus was effectively neutralized by plasma from second wave infections and first wave virus was effectively neutralized by first wave plasma. In cross-neutralization, 501Y.V2 virus was poorly neutralized by first wave plasma, with a 15.1-fold drop relative to 501Y.V2 neutralization by second wave plasma across participants. In contrast, second wave plasma cross-neutralization of first wave virus was more effective, showing only a 2.3-fold decline relative to first wave plasma neutralization of first wave virus. While we only tested one plasma elicited by E484K alone, this potently neutralized both variants. The observed effective neutralization of first wave virus by 501Y.V2 infection elicited #plasma provides preliminary evidence that vaccines based on VOC sequences could retain activity against other circulating SARS-CoV-2 lineages.

      #réinfection #vaccins #vaccination

  • Early Release - Analysis of Asymptomatic and Presymptomatic Transmission in SARS-CoV-2 Outbreak, Germany, 2020 - Volume 27, Number 4—April 2021 - Emerging Infectious Diseases journal - CDC
    https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/4/20-4576_article

    In this cluster of COVID-19 cases, little to no transmission occurred from asymptomatic case-patients [0 cas en fait]. Presymptomatic #transmission was more frequent [75%] than symptomatic transmission. The serial interval was short [incubation médiane : 4,3 jours] ; very short intervals occurred.

    [...]

    In conclusion, our study suggests that asymptomatic cases are unlikely to contribute substantially to the spread of #SARS-CoV-2. #COVID-19 cases should be detected and managed early to quarantine close contacts immediately and prevent presymptomatic #transmissions.

    #asymptomatiques #asymptomatique

  • Exclusive : Two variants have merged into heavily mutated coronavirus | New Scientist
    https://www.newscientist.com/article/2268014-exclusive-two-variants-have-merged-into-heavily-mutated-corona

    #SARS-Cov-2 : deux #variants dangereux se sont combinés en un nouveau virus
    https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-sars-cov-2-deux-variants-dangereux-sont-combines-nouvea

    Il s’agit pour l’heure d’un cas unique détecté parmi des milliers de séquences. De plus, la découverte n’a encore fait l’objet d’aucune publication, il faut donc rester méfiant sur cette affirmation, d’autant plus que les méthodes de détection des #recombinaisons ne sont pas toujours fiables. Mais, pour Sergei Pond, professeur de biologie à l’université de Temple de Pennsylvania, « la question n’est pas de savoir si le virus va subir une recombinaison, mais quand ». Après la vague de variants, bientôt la vague des #hybrides ?

  • Suspected Recurrent #SARS-CoV-2 Infections Among Residents of a Skilled Nursing Facility During a Second COVID-19 Outbreak — Kentucky, July–November 2020 | MMWR
    https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7008a3.htm

    The finding that all five patients with recurrent #COVID-19 had either asymptomatic or mildly symptomatic courses during their first infections is noteworthy, suggesting the possibility that asymptomatic or mildly symptomatic initial infections do not produce a sufficiently robust immune response to prevent #reinfection.