• Antibody Responses to #SARS-CoV-2: Let’s Stick to Known Knowns | The Journal of Immunology
    https://www.jimmunol.org/content/early/2020/09/03/jimmunol.2000839

    After reviewing Ab-mediated immunity after #coronavirus and other acute viral infections, we posit that, with few exceptions, the development of protective humoral immunity of more than a year is the norm. Immunity to SARS-CoV-2 is likely to follow the same pattern.

    #immunité #anticorps

  • La virologie est un sport de combat

    Je suis #Bruno_Canard, directeur de recherche CNRS à l’université d’Aix-Marseille. Mon équipe travaille sur les #virus_à_ARN (#acide_ribonucléique), dont font partie les #coronavirus.

    Mme la Ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation m’ayant cité, et mentionné mes travaux dans son intervention sur les Matins de France Culture le 22 juin 2020 (https://www.franceculture.fr/emissions/les-matins/les-matins-de-france-culture-emission-du-lundi-22-juin-2020), il m’a semblé important de préciser les #conditions_de_travail de mon équipe de #recherche sur le #SARS-CoV-2 et sa projection dans la future #Loi_de_Programmation_de_la_Recherche (dite #LPPR), qui est en cours d’examen à l’Assemblée Nationale.
    Cela permet d’illustrer, à partir d’un cas concret, et peut-être de faire comprendre au grand public le #sous-financement récurrent de la #recherche_publique en #France en général dans les 20 dernières années ; la #précarité grandissante des #personnels de ces laboratoires ; le #sous-équipement dramatique en grands #instruments_scientifiques essentiels aux développements de thérapies antivirales ; le faible niveau des #salaires des chercheur·ses, très éloignés de ceux des haut·es fonctionnaires ; et finalement, le peu de #considération dont ils font l’objet par les femmes et les hommes politiques français. Elles et ils prétendent parler au nom de la #science, souvent confondue avec la #technologie, mais sans écouter les scientifiques.

    Chère Mme la Ministre, chère Frédérique, je me permets de vous appeler par votre prénom en souvenir des cafés et bavardages créatifs que nous avons partagés lorsque, en 1992, j’étais fraîchement recruté comme chercheur au #CNRS à Nice dans le laboratoire dirigé par Patrick Gaudray, et vous, doctorante dans le laboratoire de François Cuzin à l’Université de Nice. C’était une époque formidable, j’y ai fait mes plus belles ascensions dans ces extraordinaires Alpes-Maritimes, pendant que la France commençait sa dégringolade dans le classement scientifique, dans une remarquable trajectoire parallèle au nombre de postes statutaires de chercheur·ses et de manière plus générale, à la performance de la recherche française.

    Nous nous retrouvons donc environ 25 ans plus tard.

    Chère Frédérique, vous êtes désormais Ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, et soutenez que cette loi permettra un réarmement de la #recherche_française inégalé depuis 1945. Je suis un chercheur « de base » et je me suis exprimé à titre personnel, comme la majorité de mes collègues, pour formuler mes craintes d’un #budget concentré sur des projets à court terme, synthétisées dans la tribune « La science ne marche pas dans l’urgence » (https://universiteouverte.org/2020/03/04/coronavirus-la-science-ne-marche-pas-dans-lurgence/;%20Le%20Monde,%2029%20f%C3%A9vrier%202020;%20https:/lejournal.cnrs.fr/articles/la-science-fondamentale-est-notre-meilleure-assurance-contre-les-). Dans un entretien à France Culture en juillet (https://www.franceculture.fr/emissions/les-matins/les-matins-de-france-culture-emission-du-lundi-22-juin-2020), vous avez déclaré à mon sujet : « Mr Canard a obtenu plusieurs financements sur projets… Je connais par cœur les financements qu’a eu ce laboratoire ».

    Justifier les « plusieurs financements sur projets » pour mon laboratoire sous-doté

    Je m’étais étonné de recevoir en juin la demande urgente de la part mon employeur (le CNRS), de fournir le montant de tous les contrats dont mon équipe a bénéficié, de l’#Agence_National_de_Recherche (#ANR) en particulier. Malheureusement, force a été de constater que le ministère et ses contrats ANR n’y a pas occupé une place proéminente. Encore moins sur les coronavirus (2 projets ANR coordonnés en 18 ans), sur lesquels aucun soutien financier spécifique n’a été accordé depuis plusieurs années, sauf en 2019 par la #Fondation_de_la_Recherche_Médicale, dont la vision scientifique tient heureusement peu cas des modes. Nous nous échinions, en effet depuis 2003, mes collègues d’équipe et moi, à étudier la réplication des coronavirus et comment ces derniers mutent, ce qui est d’une importance capitale pour la conception de #vaccins ou de #médicaments. Tous les dossiers de projet ANR inlassablement déposés depuis 2015 ont été jugés indignes d’être financés et/ou inintéressants. Cinq fois, pour être précis. Dans la dernière édition (dépôt du projet en octobre 2019 – réponse pas encore arrivée à ce jour, 19 septembre 2020), j’ai failli renoncer à apporter encore des résultats expérimentaux préliminaires, pour ne pas les divulguer gratuitement à mes concurrent·es : l’évaluation des projets ANR se faisant par des expert·es internationaux forcément pris parmi les spécialistes qui connaissent le sujet, donc presque tout le temps, des concurrent·es… J’ai fourni le même dossier, mais amputé de la recherche sur le virus #Ebola. Oui, Ebola produit actuellement une épidémie en République Démocratique du Congo, mais la loi mort-kilomètre nous dit que le sujet est défavorable pour éveiller un quelconque intérêt en ce moment. La recherche sur Ebola n’intéresse que quand le virus sonne à notre porte, comme en 2014.

    Le SARS-CoV-2 aura donc eu un effet magique : ma recherche inintéressante sur la #variabilité_génétique de ce virus a subitement reçu, en juin 2020, les commentaires les plus positifs, dithyrambiques, qu’il m’a été possible de recevoir en 30 ans de carrière1. Ni mon projet ni ma recherche n’ont pourtant changé : seule leur perception a changé dans le contexte COVID19, renforçant cette constatation que j’ai maintes fois faite : la science ne marche pas dans l’#urgence 2 et la virologie, ce n’est pas que les coronavirus.

    Pour les « plusieurs financements sur projets », vous voulez donc probablement parler des deux projets européens dont mon équipe a récemment bénéficié. La France étant une grosse contributrice financière à l’espace européen de la recherche, il me semblait donc presque « patriotique », en quelque sorte, de me lancer corps-et-âme dans la lutte anti-COVID19 en rapatriant des fonds européens pour pouvoir employer des personnes motivées, et continuer à décrypter comment ces fichues bestioles virales arrivent à se reproduire au prix d’un tel bazar dans une cellule, un organisme, une société. Le premier projet européen appelé #SCORE, a été écrit en 10 jours (et nuits) en février 2020 grâce au réseau de collaborateur·trices corona-virologistes que la disette financière des années précédentes n’a pas réussi à effilocher. L’autre appelé #IMI-CARE a été écrit immédiatement après en mars 2020, en 3 semaines au lieu des plutôt 6 mois habituels, avec un consortium international de 36 laboratoires, dont 12 industriels majeurs. Peut-être auriez-vous préféré que je m’abstienne dans cette quête inlassable de financements ? Impossible, car c’est la condition sine qua non pour pouvoir avancer dans nos recherches, répondre à l’urgence de la situation et recruter immédiatement quelques personnes en CDD.

    S’appuyer sur des contractuel·les pour assurer la survie de notre laboratoire

    Je me suis posé la question lorsque j’ai embauché Camille, Adrien, et Pierre : trois jeunes diplômés d’un Master en quête de leur première expérience professionnelle, qui n’ont pas hésité en plein confinement à s’entasser dans une voiture depuis Toulouse pour venir s’installer à Marseille, avec comme horizon un #CDD de 15 mois, un statut inexistant et une paie royale de 1600 euros mensuels. Je ne pense pas qu’elle et ils espèrent quoi que ce soit de la LPPR, qui ne propose aucune amélioration pour les contractuel·les de la recherche. On leur a trouvé un appartement, sinon, iels seraient encore peut être à la rue : avec un CDD, il n’est pas facile de convaincre un·e bailleur·se.

    Je me suis également posé la question quand il a fallu que j’embauche un #lab_manager (en CDD, évidemment) pour que Véronique, Barbara et Cécilia, trois ingénieures de recherche totalement saturées de travail dans l’équipe #COVIDemment désorganisée, soient déchargées des corvées administratives routinières qui les empêchent de faire leur métier, c’est-à-dire de la recherche. La fonction principale de ce lab manager ? Nous aider à gérer les stupides « #feuilles_de_temps-projet » qui compartimentent notre cerveau pour les bureaucrates européens. Car dans un projet européen, le CNRS « loue » contre facture le temps de cerveau disponible de ses chercheur·ses (9h-18h, nous ne réfléchissons que les jours ouvrables) et il nous faut donc déclarer, heure par heure, comment nous nous occupons.

    Je me suis encore posé la question quand les équipes de notre laboratoire, entité conjointe entre le CNRS et l’Université Aix Marseille, ont dû mutualiser leurs ressources pour pouvoir embaucher un autre CDD, technicien·ne qui prépare les réactifs dont nous avons besoin, lance la vaisselle et les autoclaves, et tout cela pour environ 1200 nets par mois. C’est un poste nécessaire au laboratoire, mais que nous devons auto-financer, malgré les 26 % du montant de nos contrats qui partent en frais de gestion et provision pour la maintenance des appareillages du laboratoire.

    Je me suis posé ces questions car ces efforts financiers et ces CDD étaient, il n’y a pas si longtemps, assurés par un soutien de base au laboratoire de la part de nos deux tutelles, le CNRS et l’#université. Et surtout par des postes statutaires, essentiels pour la survie de nos laboratoires, qui ne sont mentionnés dans aucun article de la LPPR et dont le nombre s’est effondré depuis 2008. Vous dites donc sur France Culture que mon « laboratoire (est) financé tous les ans de manière récurrente ». Quel humour par omission ! Vous savez très bien que le #financement_récurrent ne permet pas de financer nos programmes de recherche. Dans tous les laboratoires de sciences expérimentales, les chercheur·ses ponctionnent elleux-mêmes leur projet d’une contribution « volontaire » qu’iels mutualisent pour assurer les carences des employeur·ses publics. Chez nous, on fait la plonge du labo à tour de rôle pour laver nos éprouvettes, et le soutien récurrent constitue moins de 5% du budget de fonctionnement : pas assez pour acheter suffisamment de mouchoirs pour pleurer.

    Votre petite phrase prononcée sur le ton « je dis ça, je dis rien » n’avait donc certainement aucunement l’intention de décrédibiliser votre administré que je suis. La grande majorité de la communauté scientifique vous a exprimé depuis des mois ses craintes envers la LPPR : entre autres, le ras-le-bol des titulaires d’être transformé·es en bureaucrates expert·es dans la gestion du personnel précaire, et la crainte des contractuel·les de le rester « à vie », ou après avoir fait leurs preuves pendant des années d’être considéré·es comme dignes d’être titularisé·es (pour les « professeur·es junior »). Pour mémoire, les quelques 200 premièr·es signataires de la pétition (qui a fait pschitt) de soutien à la LPPR, sont à la retraite et ont bénéficié de ce statut de fonctionnaire pendant toute leur carrière. Il est vrai que la connivence augmentée que vous préconisez dans la LPPR avec le secteur privé n’a pas besoin de s’encombrer de chercheur·ses indépendant·es et libres de penser. Ainsi, il n’y aura plus de scandale type Mediator, SDHI, glyphosate, perturbateurs endocriniens, … puisque personne ne mord la main qui nourrit.

    Espérer arriver au niveau de 2ème division en biologie structurale

    Pourtant, cette « abondance » que la LPPR nous promet pourrait trouver une meilleure destination. Je me suis alors rappelé le plan « #France_Cryo-EM », un #Equipex (Equipement d’excellence), qui nécessite 36 millions d’euros pour pouvoir observer le SARS-CoV-2 et ses protéines avec des #cryo-microscopes_électroniques (#Cryo-EM) à haute résolution et concevoir intelligemment les vaccins et #traitements requis. Créé officiellement en 2016, il reste pourtant aux biologistes structuraux Français 16 millions d’euros à trouver pour pouvoir pour amener la France au niveau de 2ème division en #biologie_structurale 3. Ayant déploré l’absence de ce grand équipement, vous m’avez proposé de venir collecter des données sur le microscope de Nice, je ne reviendrai pas sur cette confusion microscopique. Au 23 juillet 2020, des laboratoires Chinois et Allemands ont publié dans les journaux internationaux les plus réputés, Nature, Science, Cell, pas moins de 9 structures de l’ARN polymerase de ce virus, en utilisant une information clé de nos travaux réalisés en 2014. En l’absence de Cryo-EM haute résolution, nous avons regardé passer les balles au-dessus de nos têtes… Ironie du sort et humiliation supplémentaire, ces #revues_scientifiques m’ont souvent sollicité pour évaluer ces publications que j’aurais dû faire. A titre de comparaison, l’Allemagne, notre voisin européen que l’on peut considérer être en première division, avait 25 Cryo-EM en 2018.

    Ces 16 millions manquants pour que les chercheur·ses puissent exercer leur métier dans des conditions décentes sont à mettre en perspective avec le milliard d’euros accordé en moins d’un an au groupe français #Sanofi sur un pari vaccinal, certes en majorité via leurs ami·es du #BARDA américain, qui seront les premièr·es servi·es. Enfin, qui devraient : ce sont les mêmes qui ont donné 43 millions à Sanofi en août 2016 pour un vaccin contre le virus #Zika, mais tous deux ont jeté l’éponge en septembre 2017. Cela ressemble beaucoup à 2003 et l’émergence du SARS pour laquelle Sanofi a été copieusement financée pour un vaccin, lui aussi abandonné.

    Ces 16 millions manquants sont également à mettre en perspective avec le #Crédit_Impôt_Recherche 5, passé de 2,5 milliards en 2008 à 6 milliards aujourd’hui. Avantage fiscal généreux destiné à renforcer l’attractivité de Sanofi, pour prendre un exemple concernant directement la COVID19… Ou bien est-ce plutôt pour éviter que ce groupe continue à réduire ses activités de #R&D en France ? Cette générosité est si bien remerciée qu’elle s’est immédiatement traduite, pour l’instant, par 4 milliards à reverser aux actionnaires en 2020, et par le licenciement de 1 700 personnes dans le monde, dont 1 000 en France. En tant que chercheur rompu à la complexité des demandes de financement ANR, j’ai regardé avec émotion et envie le mini-dossier à rapporter dans le formulaire Cerfa 2069-A-SD pour que cette entreprise s’exonère de 130 millions d’euros annuels…

    Arrêter la sensation de chute libre pour la recherche publique française

    Dans Le Monde du 24 juillet, je lis entre les lignes une synthèse indirecte de cette sensation de chute libre : la France est passée en 20 ans de la 5e à la 8e place des contributeurs aux #publications_scientifiques, ce qui est à mettre en relation avec un financement insuffisant de la recherche équivalent à 2,2 % du PIB (0,8 % recherche publique, 1,4 % privée). Vous visez à porter l’effort de recherche de la nation à 3% du PIB (1% public, 2% privé) d’ici 2030. Je constate que l’effort de financement de la #recherche_privée est donc plus du double de celui de la recherche publique. Il me semble hasardeux de compter sur la recherche privée pour rattraper l’écart de publications, ou bien peut-être faudra-t-il que l’utilisation de l’argent public investi dans cette dernière subisse des évaluations aussi invasives, constantes et publiquement disponibles que celle que nous subissons dans les laboratoires académiques ?

    Finalement, chère Frédérique, depuis une dizaine d’année, trois présidents de la république Nicolas Sarkozy, François Hollande, et Emmanuel Macron n’ont-ils pas eu raison de prendre les chercheur·ses et les universitaires pour des imbéciles ? Pourquoi en serait-il autrement ? Cela fait plusieurs décennies qu’elles et ils sont les seuls haut·es fonctionnaires de catégorie A+ à qui on demande de trouver les moyens financiers de faire leur travail et les derniers en termes de niveau de #rémunération, gagnant en moyenne 3200 euros nets par mois – pour celles et ceux qui ont la « chance » d’être titulaires.

    Je note d’ailleurs que l’oreille d’Angela Merkel, titulaire d’un doctorat en chimie, semble plus réceptive au financement de la science en Allemagne, pays où la crise due au coronavirus semble avoir été mieux gérée que chez nous. Est-ce aussi à mettre en rapport avec la constatation que, par exemple, la ville d’Heidelberg à elle seule a autant de Cryo-EM que la France entière ?

    Peut-être, alors, après avoir travaillé comme des forcené·es pendant cette période difficile avec mes collègues fonctionnaires Etienne, François, Karine, Jean-Claude Nadia, et tou·tes les précaires dont je vous épargnerai la liste7, nous devrions, en prélevant encore sur nos contrats, constituer une cagnotte supplémentaire. Car la LPPR ne prévoit pas grand-chose dans ses premières années tandis qu’elle nous promet « l’abondance » au nom de vos successeur·ses. Mais surtout, nous pourrions ainsi soulager votre budget ministériel, économiser 16 millions d’euros et pouvoir trouver cette goutte d’eau microscopique qui nous permettrait, outre de ne pas se sentir humilié·es face à une concurrence internationale féroce, de travailler à rattraper le temps perdu.

    J’espère avoir correctement éclairé votre petite phrase, dans le respect de votre fonction ministérielle, respect qui finira bien un jour par être réciproque, et que in fine, mes « plusieurs financements sur projets » que vous « connaissez par cœur » continueront à soutenir nos efforts intenses contre le SARS-CoV-2 et le COVID19.

    Références et notes

    1J’ai établi un résumé de ces demandes, à la demande de l’ANR, du CNRS, et de plusieurs journalistes. Pour la dernière demande (la même faite depuis 2016), devenue subitement intéressante après le déclenchement de la pandémie COVID19, voici la première phrase de l’avis général de chacun des trois évaluateurs internationaux :Reviewer n°1 : « The project is a must fund project. The highly multi-disciplinary research project very nicely combines cutting edge techniques ». Reviewer n°2 : « This is an excellent proposal that is recommended to be considered for funding with highest priority ». Reviewer n°3 : « This is a very interesting research proposal. The project is highly relevant for two reasons. First the obvious pandemic outbreak and second the role of epi-transcriptomics and RNA biology in health and disease. »

    2Le Monde, 29 février 2020

    3La France dispose de 3 Cryo-Electro-Microscopes à haute résolution (type Titan Krios) nécessaires pour les études sur les virus et les conceptions de vaccins et médicaments. L’Angleterre et l’Allemagne (que l’on peut considérer être en première division, j’en passe au sujet de la Chine ou des USA) en avaient 22 et 25, en 2018, respectivement. Le plan « France Cryo-EM EquipeX » prévoit d’en acquérir 3 de plus, mais beaucoup de régions (Paris-Sud, Paris-Centre, Lyon, Marseille, Toulouse, Bordeaux, Rennes, Montpellier ont dû abandonner tout projet de ce type de microscope pour se rabattre sur des microscopes moins puissants, et mutualisés pour que l’ensemble des chercheur·ses d’une régions puisse travailler.

    4L’ARN polymérase, moteur de la réplication du SARS-CoV-2, devient active lorsque qu’elle est associée à deux autres protéines virales, ce qui ouvre la voie à son étude structurale et fonctionnelle. Subissi L, et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Sep 16 ;111(37):E3900-9.

    5Cette mesure fiscale (art. L244 Quater B du CGI) permet de financer des activités de Recherche et Développement (R&D), sous forme de remboursement ou de réduction d’impôt sur les sociétés. Malgré la possibilité évidente d’évasion fiscale, elle n’a jamais été évaluée de manière transparente.

    6La demande de CIR se fait par le formulaire cerfa 2069-A-SD disponible ici On notera : 1) la simplicité de la description demandée du programme de R&D, à comparer avec l’extrême détail qui est demandé aux chercheur·ses pour leur demande de projet ANR ; 2) l’absence du descriptif du processus de revue ou d’évaluation de ces demandes. Je me porte candidat avec enthousiasme pour évaluer ces dossiers de demande CIR dans le domaine des virus émergents ; 3) l’absence de données publiques sur le taux de réussite de ces demandes.

    7L’ensemble de l’équipe et de ses membres est consultable là.

    Remerciements : Je remercie Thomas Boulin, Samuel Hayat et Sophie Pochic pour la relecture critique et les suggestions.

    https://universiteouverte.org/2020/09/19/la-virologie-est-un-sport-de-combat

    #Frédérique_Vidal #MESRI

  • Inhibiteurs de la pompe à protons : risque plus grand de covid-19 grave
    https://prescrire.org/fr/203/1845/60070/0/PositionDetails.aspx

    En 2020, une équipe sud-coréenne a étudié le lien entre l’exposition à un #inhibiteur_de_la_pompe_à_protons (#IPP) et la gravité de la maladie #covid-19 dans une cohorte de patients adultes testés positifs au #Sars-CoV-2 (> ICI).

    132 316 patients âgés en moyenne de 48 ans et ayant eu un test PCR pour le Sars-CoV-2 ont été inclus dans cette étude. Parmi eux, 14 163 patients prenaient un IPP au moment du test et 6 242 avaient arrêté un traitement par IPP plus de 30 jours avant (utilisateurs anciens). Sur l’ensemble des tests PCR réalisés, 4 785 se sont révélés positifs pour le Sars-CoV-2 (3,6 %).

    L’utilisation d’un IPP, en cours ou ancienne, n’a pas été associée à une proportion plus élevée de tests PCR positifs. Cependant, le risque de covid-19 grave, défini selon un critère combiné associant oxygénothérapie, admission en service de soins intensifs, ventilation invasive et mort, a paru environ 1,5 fois plus grand chez les patients qui prenaient un IPP (risque relatif estimé de 1,63 avec un intervalle de confiance à 95 % (IC95) de 1,03 à 2,53 ), alors qu’une telle association n’a pas été observée chez les utilisateurs anciens. Ces résultats ont pris en compte divers facteurs de risque connus de gravité du covid-19 dont l’âge, le diabète, les affections cardiovasculaires, la bronchopneumopathie chronique obstructive, l’hypertension artérielle, les maladies rénales chroniques, mais pas l’indice de masse corporelle. Les patients ayant pris des antihistaminiques H2 dans l’année précédente ou des anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) dans le mois précédent ont été exclus, les AINS augmentant eux-mêmes le risque d’infections.

    Un risque plus grand de diverses infections chez les patients sous IPP est déjà connu, notamment pour les pneumonies, les colites pseudomembraneuses, les listérioses et les infections de liquide d’ascite. Les mécanismes évoqués sont des effets directs sur certaines cellules du système immunitaire et la diminution de l’acidité gastrique facilitant la contamination par voie digestive.

    En pratique
    Malgré la fragilité de ces résultats , ce signal est une raison de plus de ne pas banaliser l’utilisation des IPP, surtout en période d’épidémie de covid-19, et de prendre en compte le risque infectieux dans l’évaluation de leur balance bénéfices-risques avant de les conseiller ou de les prescrire.

  • Task force scientifique nationale #COVID-19
    15 septembre 2020 Résumé de la note de synthèse Widespread community spread of SARS-CoV-2 is damaging to health, the society and the economy
    https://ncs-tf.ch/images/lay_summaries/fr/Evaluation-de-la-strategie-dinfection-generalisee.pdf

    Evaluation de la stratégie d’infection généralisée

    Une idée contre l’épidémie 19 serait de laisser le virus volontairement se répandre dans la population. L’espoir serait de réduire les coûts économiques et de mettre fin à
    économiques, sociétaux et sanitaires massifs.

    Certaines voix appellent à laisser courir l’épidémie de #Sars-CoV-2 dans la population. Le but serait d’atteindre une « #immunité de groupe » qui stopperait les infections avec un impact plus faible sur l’économie.

    Notre analyse montre cette approche, au contraire, générerait des coûts économiques, sociétaux et sanitaires plus importants que la stratégie actuellement poursuivie, qui est de garder le plus faible nombre d’infections possibles. Elle est à rejeter.

    Premièrement, il n’est absolument pas certain qu’une infection produise une immunité solide et durable, notamment dans les cas peu sévères de Covid-19. Les données suggèrent que l’immunité acquise est peut-être aussi faible que celle dans le cas des coronavirus responsables de nombreux refroidissements récurrents, et il n’y a pas d’indices d’immunité croisée avec ceux-ci. Si les gens infectés ne sont que protégés partiellement et temporairement, ils pourront être réinfectés plusieurs fois, ce qui empêcherait d’atteindre une immunité collective solide à travers les infections. Il faut souligner que les vaccins efficaces (par exemple contre la rougeole ou la polio) octroient au contraire une immunité solide et durable.

    Laisser courir l’épidémie aurait un énorme impact sanitaire. Environ les deux tiers de la population devraient être infectés pour espérer freiner l’épidémie, avec plusieurs dizaines de milliers de morts dus au Covid-19 (la mortalité est estimée à 0,5-1% en Suisse). Protéger les populations à risque serait extrêmement difficile, car le virus se propage avant que les gens n’aient des symptômes. Le nombre de morts augmenterait dramatiquement si l’épidémie ne pouvait être maîtrisée et provoquait l’effondrement du système sanitaire suisse. Pour éviter ce dernier, le nombre de gens simultanément traités aux soins intensifs ne devrait pas dépasser environ un millier. Cela prendrait alors au moins un an pour infecter seulement la moitié de la population et commencer ainsi à freiner l’épidémie (dans le cas où l’immunité acquise par l’infection s’avérait solide et de longue durée, ce qui est loin d’être certain). Les populations peu à risque seraient également touchées : 10% à 30% des personnes ayant eu une forme non- sévères du Covid-19 ont des symptômes plus d’un mois après le diagnostic.

    On pourrait espérer que laisser courir l’épidémie permettrait d’alléger les mesures de prévention et ainsi les coûts sociaux et économiques. Mais ce n’est pas le cas, car l’intensité des mesures ne stabilise pas le nombre d’infections quotidiennes à un niveau constant, mais détermine son taux de croissance ou de décroissance. Ainsi, contrôler l’épidémie avec un nombre important de personnes infectées exige des mesures plus drastiques qu’avec un nombre faible. En effet, un nombre peu élevé de cas permet le traçage des contacts et l’isolement d’un nombre restreint de gens.

    L’économie souffre moins et les libertés individuelles sont mieux respectées avec l’approche actuelle de garder un nombre le plus bas possible en attendant un vaccin. Il est important que la Confédération explique clairement sa stratégie à court et à moyen terme pour gérer l’épidémie.

    #Suisse
    I
    https://ncs-tf.ch/fr/policy-briefs

  • Covid et immunité : des pistes négligées ? - Page 1 | Mediapart
    https://www.mediapart.fr/journal/france/150920/covid-et-immunite-des-pistes-negligees?onglet=full

    Des études signalent une diminution rapide des anticorps après une infection, et plusieurs cas de réinfection ont été rapportés cet été. Que sait-on aujourd’hui de notre immunité ? Dans la recherche de vaccins, une vision tronquée ne risque-t-elle pas de nous fourvoyer ?

    Commençons d’abord par les bonnes nouvelles : les études montrent que plus de 90 % des personnes contaminées par le virus produisent des anticorps dirigés spécifiquement contre le virus, qu’elles aient développé ou non des symptômes. Et ce, même chez les octogénaires https://doi.org/d7p2. En outre, lorsqu’ils sont étudiés en laboratoire, ces anticorps possèdent un fort pouvoir neutralisant : même à faible dose, ils parviennent à éviter que les cellules en culture soient infectées.

    Passons maintenant aux mauvaises nouvelles : ces anticorps ont tendance à disparaître rapidement. Et leur diminution est d’autant plus forte et rapide que les symptômes ont été légers ou inaperçus. Une étude https://www.nature.com/articles/s41591-020-0965-6 publiée dans Nature Medicine portant sur plus de 200 personnes contaminées en Chine révèle qu’au bout de huit semaines, ils sont à des niveaux indétectables pour 40 % des sujets asymptomatiques et 18 % des sujets symptomatiques.

    Autre mauvaise nouvelle estivale : plusieurs cas de réinfection commencent à être rapportés, comme cet homme de Hong Kong https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32840608 dont l’analyse génétique du virus a permis d’affirmer qu’il s’agissait bien d’une réinfection et non d’une infection persistante. Notre immunité pourrait-elle disparaître en quelques mois ? Peut-on – oui ou non – compter sur notre système immunitaire pour nous protéger d’une deuxième vague ?

    En réalité, au fur et à mesure des publications, un constat s’impose : les tests immunitaires classiques ne nous offrent qu’une fenêtre très limitée sur la réalité de notre réponse au virus. Un peu comme si l’on regardait par le trou de la serrure une pièce de théâtre : il y a des dizaines d’acteurs répartis sur la scène, mais nous n’en voyons que quelques-uns interagir. Ce sont les fameux anticorps dits IgM et IgG mesurés lors des tests sanguins. Or, non seulement tout ne se passe pas dans le sang, mais ces acteurs ne sont pas, tant s’en faut, les seuls héros de cette lutte intérieure.

    Et si l’on abandonnait le trou de serrure pour une place en tribune ? Prêts ? Ouverture des rideaux.

    Premier décor : le nez. Cette péninsule chère à Cyrano de Bergerac semble en effet être l’endroit du corps qui compte le plus de récepteurs ACE2 (pour Angiotensin Converting Enzyme 2), la fameuse porte d’entrée du virus, celle qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules pour s’y multiplier (voir notre article sur ce point). C’est donc ici que commence notre bataille contre le SARS-CoV-2.

    À peine engluées dans notre mucus nasal, les minuscules particules virales couronnées de pics (d’où le nom de coronavirus) sont repérées par nos cellules phagocytaires – littéralement « mangeuses de cellules » – qui se trouvent sur place. Celles-ci se mettent à boulotter un à un ces éléments étrangers, tout en déclenchant la production de molécules chimiques, dont les fameuses cytokines, également capables d’attaquer ces indésirables. C’est ce qu’on appelle l’immunité innée. Avec un peu de chance, l’infection peut tourner court dès cette étape et ne jamais sortir du mucus nasal ou respiratoire. C’est probablement ce qui se passe chez la plupart des enfants, fréquemment exposés aux infections respiratoires, estiment certains chercheurs https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7221011. Mais à mesure que l’on vieillit, cette première ligne de défense se laisse vite déborder.

    D’autant plus que ce virus semble avoir acquis une astuce pour mieux survivre dans notre nez : lorsqu’il s’y trouve en grande quantité, il parvient à inhiber cette réponse immédiate pendant un jour ou deux. D’après Akiko Iwasaki https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7255347, immunologiste à l’université de Yale, cette capacité d’inhiber nos défenses innées serait l’un des déterminants du succès du SARS-CoV-2. Elle offre une petite fenêtre de temps supplémentaire durant laquelle le virus en profite pour se répliquer silencieusement. Avant qu’une autre ligne de défense ne se mette en place, l’acte II de notre pièce de théâtre : l’immunité dite adaptative.

    Généralement, on mesure cette immunité à la quantité d’anticorps capables de neutraliser le virus dans le sang. Dans la plupart des analyses sérologiques, deux types d’anticorps sont quantifiés : les IgM, qui apparaissent dès le 3e jour suivant l’infection, et les IgG, détectés généralement à partir du 14e jour. Sauf que dans la vraie vie, bien d’autres acteurs entrent en jeu dans cette seconde étape de la bataille.

    Restons dans nos muqueuses respiratoires. Après tout, c’est là que le virus commence son invasion. Durant le festin initial de nos cellules phagocytaires, des morceaux de virus (en particulier les protéines situées sur l’enveloppe du virus, appelées antigènes) sont récupérés et présentés à nos « agents spéciaux » : les lymphocytes. Parmi eux, les lymphocytes B se mettent alors à se multiplier à toute allure, faisant d’ailleurs grossir nos ganglions lymphatiques. Par une succession de hasards, de mutations génétiques et de cassures, certains de ces lymphocytes finissent par obtenir un récepteur capable de reconnaître et de se fixer parfaitement sur l’antigène présenté. Un peu comme un serrurier qui copierait des centaines de clés les unes à la suite des autres, jusqu’à ce que l’une d’entre elles, légèrement différente, entre enfin dans la serrure. Ces clés, ce sont les anticorps. Certains filent dans le sang : les IgG ou les IgM. Mais d’autres vont préférentiellement dans les muqueuses : les IgA.

    Ces IgA apparaissent de plus en plus comme les héros de l’ombre de cette histoire. De fait, on les trouve peu, ou de manière très transitoire, dans le sang. Depuis notre trou de serrure, ils sont donc quasi invisibles. « L’industrie fabrique toute la logistique en masse pour le sang (tubes, aiguilles, etc.) », explique Guy Gorochov, responsable du Centre d’immunologie et des maladies infectieuses de l’université Pierre-et-Marie-Curie. « La salive, qui est un bon reflet des sécrétions mucosales, n’est pas encore un liquide biologique de grande routine. C’est culturel, mais cela devrait rapidement évoluer, étant donné la situation actuelle », indique ce chercheur parisien. En outre, la salive est un milieu plein de germes en tous genres, donc plus délicat à évaluer d’un point de vue immunologique.

    Pourtant, pour peu que l’on accepte d’aller fouiner dans les sécrétions buccales, nasales, bronchiques ou même lacrymales, on découvre d’importantes quantités d’IgA chez les personnes infectées. Guy Gorochov et son équipe mènent actuellement une étude sur 145 patients Covid (prépublication en cours de relecture https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.10.20126532v1 ). « Dans les premières semaines suivant l’apparition des symptômes, la neutralisation du SRAS-CoV-2 repose vraisemblablement davantage sur les IgA que sur les IgM ou les IgG, résume l’immunologiste. Les IgA apparaissent en effet en premier et s’avèrent beaucoup plus puissants que les IgG et les IgM pour neutraliser le virus in vitro. Par ailleurs, on en détecte encore trois mois après les premiers symptômes dans la salive… »

    Une autre étude menée en Suisse https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.21.108308v1 révèle que plus les patients sont jeunes, plus ils sont susceptibles d’avoir des taux d’IgA importants dans leurs sécrétions nasales. Mais plus étonnant encore : certains patients possèdent des taux élevés d’IgA dans leur nez, alors même qu’aucun autre anticorps (ni IgG ni IgM) ne circule dans leur sang.

    Ces découvertes interrogent : cette réaction immunitaire locale pourrait-elle être suffisante pour faire obstacle à la maladie et mettre en échec les infections ultérieures ? « C’est bien joli de neutraliser le virus in vitro, mais est-ce que ces IgA nous protègent dans la vraie vie ? Seules des études à plus grande échelle permettraient de le savoir », tempère Guy Gorochov. Si tel était le cas, nous serions alors plus nombreux à être immunisés que ce que les mesures sanguines veulent bien refléter. Ce qui serait une excellente nouvelle…

    Et les IgA ne sont pas les seuls héros invisibles depuis notre trou de serrure. Les mesures classiques de notre immunité passent également à côté d’un autre acteur, qui apparaît de plus en plus majeur dans notre réponse au SARS-CoV-2 : le lymphocyte T, également appelé cellule T.

    Contrairement à leurs cousins les lymphocytes B, les lymphocytes T ne fabriquent pas d’anticorps en série. Pour reprendre l’analogie du serrurier, eux conservent leur clé magique autour du cou et se baladent ensuite dans la lymphe et le sang. Par ailleurs, cette clé ne leur permet pas de repérer un pathogène qui circule librement dans notre corps, comme le font les anticorps. Elle leur permet en revanche de détecter les cellules en train d’être infectées par un virus. Dans ce cas, les lymphocytes T sortent l’artillerie lourde : ils détruisent les virus mais aussi les cellules infectées. On appelle cela l’immunité cellulaire.

    Et ce n’est pas tout : ces cellules T peuvent également stimuler les lymphocytes B à déverser leurs anticorps et aussi activer directement les cellules phagocytaires, pour relancer la première étape de défense au niveau du ou des sites d’infection. Pour les scientifiques, les lymphocytes T sont les véritables chefs d’orchestre de notre système immunitaire.

    Les études qui se sont penchées sur ces cellules en trouvent quasi systématiquement dans le sang des personnes qui ont été contaminées par le SARS-CoV-2 (voir notamment les travaux menés à Strasbourg https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.21.20132449v1.full.pdf , en Suède https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.29.174888v1.full.pdf , à Berlin https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.17.20061440v1.full.pdf ou en Californie https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32473127 ). Tout comme les IgA, on en détecte également chez des personnes exposées au virus mais n’ayant jamais développé de symptômes et dont la sérologie classique ne révèle aucun anticorps circulant. Dans l’étude suédoise, parmi 30 personnes proches de cas diagnostiqués et 55 donneurs de sang, les deux tiers présentaient des lymphocytes T dans leur sang mais pas d’anticorps IgG anti SARS-CoV-2.

    Plus frappant encore : on retrouve des lymphocytes T qui réagissent au SARS-CoV-2 dans des échantillons de sang prélevés… avant 2019, donc avant la pandémie ! Dans l’étude menée en Californie, de tels lymphocytes étaient ainsi détectés dans la moitié des 20 échantillons de sang prélevés entre 2015 et 2018. « Cela pourrait refléter l’existence, chez certains individus, d’une immunité croisée préexistante », concluent les auteurs. Autrement dit, des personnes ayant été en contact avec d’autres coronavirus dans le passé auraient pu fabriquer des lymphocytes T capables de reconnaître non seulement l’espèce précise de coronavirus à laquelle ils avaient été confrontés, mais aussi d’autres espèces voisines, dont le SARS-CoV-2. Un peu comme s’ils étaient dotés d’une clé passe-partout capable d’ouvrir différentes serrures relativement proches.

    D’ailleurs, en analysant de plus près ces lymphocytes, les chercheurs se rendent compte qu’ils réagissent avec la protéine Spike, ancrée dans l’enveloppe du virus et qui lui permet de pénétrer à l’intérieur des cellules (la protéine cible des vaccins en développement). Mais pas seulement. Une étude, publiée dans Nature https://www.nature.com/articles/s41586-020-2550-z , s’est penchée sur le cas de 23 survivants au SARS-CoV-1, le coronavirus qui avait sévi en 2003 (plus souvent appelé SRAS en français). Tous possèdent des lymphocytes T qui réagissent à une autre protéine appelée N, associée à l’ARN du virus et contenue à l’intérieur de l’enveloppe.

    Problème : mesurer et analyser ces lymphocytes T nécessite des techniques d’analyse beaucoup plus lourdes et coûteuses que pour les anticorps. Impossible pour l’heure de les tester en routine. « En se basant sur les tests sérologiques, on sous-estime ainsi clairement la proportion de la population exposée, en contact avec ce virus, affirme Fafi-Kremer, responsable du laboratoire de virologie du CHU de Strasbourg qui étudie la réponse lymphocytaire au virus. On sous-estime probablement aussi la part de la population immunisée contre ce virus. »

    « Probablement », car en réalité, « personne n’a pu démontrer la pertinence clinique de ces résultats », prévient Jean-Daniel Lelièvre, directeur du service d’immunologie clinique et maladies infectieuses de l’hôpital Henri-Mondor. « Il est possible, comme dans le cas du sida, que ces lymphocytes T ne nous protègent pas d’une infection ultérieure. En revanche, ils pourraient nous éviter de faire une maladie grave. C’est ce que les études sont en train de rechercher », annonce ce spécialiste, qui analyse actuellement toutes les publications d’immunologie sur le Covid pour le compte de la Haute Autorité de santé.

    « Intuitivement, on peut penser que [les lymphocytes T] nous protègent mais l’immunologie est l’endroit où l’intuition se meurt », dit Donna Farber https://www.theatlantic.com/health/archive/2020/08/covid-19-immunity-is-the-pandemics-central-mystery/614956 , microbiologiste à l’université Columbia (New York). Là est sans doute la grande leçon de toutes ces publications qui s’amoncellent sur notre réponse immunitaire : nous en savons si peu qu’il est bien difficile d’en tirer de quelconques enseignements pratiques.

    « On ne dispose pas du périscope pour suivre les agissements du système immunitaire », rappelle Anne-Marie Moulin, médecin et historienne des sciences. Nos tests sérologiques nous donnent une vision tronquée de la réalité. Voilà qui pourrait expliquer les faibles taux de séropositivité dans des régions pourtant fortement touchées par la pandémie. Et pourquoi, malgré ce faible taux de séropositivité, on n’observe (encore) que très peu de cas de réinfection.

    Cependant, cette vision tronquée pourrait nous fourvoyer dans le développement des vaccins. Bon nombre de projets se concentrent uniquement sur les anticorps circulants capables de neutraliser une seule protéine du virus : la fameuse Spike. « Il est important de ne pas se concentrer sur une seule protéine », préviennent certains spécialistes https://www.sciencemag.org/news/2020/05/t-cells-found-covid-19-patients-bode-well-long-term-immunity . « Il faudrait aussi songer à déclencher une réponse IgA au niveau des muqueuses », suggère Guy Gorochov. Pour cela, l’une des solutions serait de tester des vaccins par voie nasale. Mais pour l’heure, tous les vaccins en phase 3 passent par des injections intramusculaires, peu susceptibles de réveiller nos IgA…

    Accordons à ce virus au moins un mérite : celui de nous forcer à prendre place sur les gradins de notre théâtre immunitaire. Vu d’ici, le spectacle met à l’honneur des zones de notre corps trop souvent négligées, comme notre muqueuse nasale, ainsi que d’autres acteurs de notre système immunitaire au-delà des habituels anticorps circulants. La pandémie a révélé l’importance d’une réponse localisée et différenciée en fonction des caractéristiques des zones touchées. De même, il semble désormais nécessaire d’adopter un regard beaucoup plus territorialisé et diversifié de notre corps pour appréhender son immunité.

    #covid19 #SARS-CoV-2 #immunologie #immunité

  • Coronavirus : les #anticorps contre le #Covid-19 dureraient au moins quatre mois selon une étude | Euronews
    https://fr.euronews.com/2020/09/03/coronavirus-les-anticorps-contre-le-covid-19-dureraient-au-moins-quatre

    Les anticorps contre le Covid-19, ces protéines qui aident les humains à combattre le nouveau #coronavirus, ont une durée de vie d’au moins quatre mois et ne disparaissent pas rapidement, selon des scientifiques islandais qui ont mené une étude approfondie sur l’#immunité au coronavirus.

    Les résultats de cette étude sont prometteurs pour les efforts déployés pour créer un #vaccin contre le coronavirus, vaccin destiné à déclencher une réponse immunitaire capable de produire des anticorps contre le #SARS-CoV-2.

    Les résultats de la nouvelle étude « permettent d’espérer que l’immunité d’un individu contre ce virus imprévisible et très contagieux ne sera pas éphémère et qu’elle sera similaire à celle provoquée par la plupart des autres infections virales », affirment deux médecins de l’Université de Harvard et des Instituts nationaux de la santé des États-Unis dans un commentaire publié parallèlement à l’étude dans le New England Journal of Medicine.

    Les auteurs de l’étude, rattachés à l’institut deCODE Genetics à Reykjavik, ont analysé plus de 30 000 personnes en Islande, où environ 15% de la population a été testée pour le coronavirus.

    Parmi les personnes ayant été diagnostiquées positives au coronavirus via un test PCR en laboratoire, plus de 90% de celles-ci (soit près de 2 000 personnes) ont été testées deux fois pour la présence d’anticorps et ont continué à en avoir 120 jours après l’infection, selon les experts.

    Fait important, les personnes qui avaient été hospitalisées pour une forme plus grave de Covid-19 ont développé des anticorps plus rapidement.

    Selon l’étude, l’immunité semble augmenter deux mois après le test de dépistage du coronavirus , et elle « s’est maintenue à un niveau stable » pendant le reste de l’étude.

    Débat sur la réinfection

    Cette étude survient alors que la question de savoir si les personnes qui ont eu le Covid-19 peuvent être réinfectées a été soulevée et que plusieurs autres études récentes suggèrent, elles, que les anticorps s’estompent rapidement.

    « En utilisant deux tests très sensibles et spécifiques, le Dr Stefansson et ses collègues ont surveillé les niveaux d’anticorps et leur durabilité pendant 4 mois, alors que les études précédentes ont profilé la dynamique des anticorps pendant seulement 28 jours », expliquent les docteurs Galit Alter et Robert Seder dans un commentaire sur l’étude.

    Jusqu’à présent, il y a au moins deux cas de réinfection confirmés officiellement, dont un homme de 33 ans de Hong Kong qui, selon les chercheurs, a été réinfecté avec une autre souche du virus cinq mois après avoir attrapé une première fois une version plus légère du virus.

    Les docteurs Alter et Seder affirment dans leur commentaire que davantage d’informations et d’études sont nécessaires, d’autant plus que l’étude en Islande s’est penchée sur une population ethniquement homogène.

    Les scientifiques de Reykjavik, eux, ont également donné des estimations sur la prévalence et l’étendue de l’épidémie en Islande.

    Ils estiment que près de 1% de la population du pays a été infectée par le nouveau coronavirus. Le risque de décès dû à l’infection était de 0,33%, soit moins que les estimations dans d’autres pays.

    Les scientifiques islandais estiment également qu’environ 44% des personnes infectées par le coronavirus n’ont pas été testées par tests PCR pendant l’épidémie.

    Toujours selon les médecins Alter et Seder, ces résultats plaident également en faveur de l’utilisation des tests de détection des anticorps comme moyen de surveillance des épidémies de virus.

    « Les données rapportées par le Dr Stefansson et ses collègues soulignent l’utilité des tests d’anticorps comme alternative très rentable aux tests PCR pour la supervision au niveau de la population, ce qui est essentiel pour la réouverture des villes et des écoles en toute sécurité », ajoutent-ils.

    #Islande #sérologie #vaccins

  • #cojonesvirus : on prend les mêmes et on recommence.

    Le gouvernement « va être obligé de prendre un certain nombre de décisions difficiles » « dans les huit à dix jours maximum », a estimé ce mercredi 9 septembre le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy, qualifiant d’« inquiétant » le niveau de l’épidémie de Covid-19 en France.
    .../...
    En revanche, "les mesures de type fermeture des bars" ou interdiction "des grandes manifestations, ce n’est pas ça qui résoudra le problème", a-t-il jugé...

    C’était dans Fouette-Rance. Et l’impéritie des élites dirigeantes est restée à des altitudes stratosphériques.

    #crétins_abyssaux

    • On le savait déjà, mais même le conseil scientifique remarque que le gouvernement n’a toujours pas prévu de « mesures de compensation » :
      https://www.lefigaro.fr/sciences/covid-19-le-conseil-scientifique-fustige-les-lacunes-de-la-strategie-d-isol

      Pour faciliter l’adhésion à cette stratégie, le Conseil appelle à la mise en place par l’État de mesures de compensation, telles que des « prescriptions d’arrêts de travail permettant les procédures réglementaires et dont le motif conduira à l’annulation du délai de carence », une « prime de compensation de perte de revenus pour les professions indépendantes » et pour ceux n’ayant pas de revenus réguliers, « des certificats médicaux permettant aux mineurs dans le foyer de justifier de leur absence de l’établissement scolaire » et « le développement d’un service de prise en charge à domicile des besoins ».

    • Et voilà qu’une nouvelle « théorie » prétend que l’isolement peut être réduit. Bientôt, on ne parlera plus de « quatorzaine » mais de « septaine ». C’est davantage capital-friendly, sûrement ...

      D’autres pays comme l’Italie envisagent aussi de réduire la durée de confinement, assure le Pr Delfraissy, qui reconnaît que réduire la durée de l’isolement alors que la propagation du virus s’accélère « peut sembler contradictoire ». Mais outre le problème flagrant d’acceptation du confinement au sein du public, « les derniers travaux publiés montrent qu’au-delà de 7 jours, on ne détecte pratiquement plus de virus contagieux chez un individu infecté » pour les cas sans complications, justifie le virologue Bruno Lina, membre du Conseil. « Pour les cas contact, la période d’incubation est en général de 5 jours et dure rarement au-delà de 9/10 jours, développe-t-il. Si on fait un prélèvement au 7e jour du dernier contact infectant, on va trouver la majorité des personnes symptomatiques car elles auront développé des signes et on sera aussi capable de détecter les présymptomatiques (avec la sensibilité des tests, on peut détecter de l’ARN viral environ deux jours avant l’apparition des symptômes) ». Ce qui permet donc de couvrir 9 jours d’incubation, « soit 90 à 95% des cas », assure-t-il. « Si c’est appliqué car plus acceptable, on aura un bénéfice » à réduire cette quatorzaine. Durant la semaine qui suit la levée de l’isolement, « le risque résiduel peut être parfaitement maîtrisé par le port rigoureux du masque chirurgical, et le suivi scrupuleux des mesures d’hygiène et de la distanciation physique », rappellent les experts dans l’avis remis au gouvernement.
      Les experts tiennent en tout cas à le rappeler : « S’isoler quand on a un test positif, c’est déjà trop tard ». « Il faut s’isoler dès les signes de suspicion. Il ne faut pas attendre le résultat du test », martèle le président du Conseil scientifique.

    • Information et compensations

      Ce dernier préconise également la promotion du devoir de solidarité par l’auto-isolement, même si cela entraîne le confinement des membres du foyer. La stratégie actuelle vise à recommander l’usage des résidences dédiées Covid+ dès lors que le malade ne peut démontrer l’existence d’une chambre individuelle par personne dans un foyer. Or d’une part, il n’existe aucune contrainte. D’autre part, comme le note Lætitia Atlani Duault, anthropologue membre du Conseil, « il n’existe pas de données concernant les personnes qui ont eu accès aux hôtels réquisitionnés, encore une preuve de l’échec relatif du dispositif » qui a rencontré des « difficultés majeures » en termes de ressources humaines, sans budget dédié, une configuration des locaux souvent pas adaptée et la protection des mineurs pas assurée.

      Comme le rappelle anthropologue, les réticences vis-à-vis de l’isolement - qui ne sont pour l’instant pas quantifiées - sont souvent dues à la méconnaissance du principe, la pression liée à l’emploi ou un refus de l’ingérence de l’État dans la vie privée. Pour faciliter l’adhésion à cette stratégie, le Conseil appelle à la mise en place par l’État de mesures de compensation, telles que des « prescriptions d’arrêts de travail permettant les procédures réglementaires et dont le motif conduira à l’annulation du délai de carence », une « prime de compensation de perte de revenus pour les professions indépendantes » et pour ceux n’ayant pas de revenus réguliers, « des certificats médicaux permettant aux mineurs dans le foyer de justifier de leur absence de l’établissement scolaire » et « le développement d’un service de prise en charge à domicile des besoins ». Il rappelle en outre que « si l’isolement devient obligatoire et qu’une série de mesures contraignantes encadrent cette obligation, le risque d’évitement du dépistage, du diagnostic précoce et de refus est majeur ».

      Désormais, c’est au gouvernement de trancher. Un conseil de défense spécial Covid doit se tenir vendredi.

      Voilà aussi qui démontre l’absence de suivis et d’évaluations des stratégies mises en place pendant la « première vague ». Et Castex nous balance déjà son « plan de relance » sans avoir tenu compte de l’expansion de l’épidémie comme si #SARS-CoV-2 n’avait jamais existé.

  • #COVID-19 patients in earlier stages exhaled millions of #SARS-CoV-2 per hour
    https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1283/5898624

    The asymptomatic disease carriers do not, generally, cough or sneeze to generate respiratory droplets; thus, the observed transmission of the disease has been difficult to explain by respiratory droplet transmission, but is rather logical for a fine #aerosol route.

    #aérosols

  • #Interferon responses in viral pneumonias | Science
    https://science.sciencemag.org/content/369/6504/626.full

    Given the intrinsic antiviral effects of IFN-λ and expression of IFNLR in the airway epithelium, IFN-λ is being investigated as a therapeutic agent for COVID-19. However, data from both Major et al. and Broggi et al. caution against the unintended consequences of appropriate antiviral responses in pneumonias, as caused by #SARS-CoV-2. In other tissues, inhibition of cell division and death of the infected cells would be the appropriate response to prevent spreading of the virus to live cells. By contrast, in the context of viral pneumonias and alveolar epithelial cells, failure to proliferate results in destruction of the gas exchange barrier and susceptibility to bacterial superinfections.

  • Pediatric SARS-CoV-2: Clinical Presentation, Infectivity, and Immune Responses - The Journal of Pediatrics
    https://www.jpeds.com/article/S0022-3476(20)31023-4/abstract

    Study design:
    Children ages 0-22 years with suspected severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (#SARS-CoV-2) infection presenting to urgent care clinics or being hospitalized for confirmed/suspected SARS-CoV-2 infection or multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) at Massachusetts General Hospital (MGH) were offered enrollment in the MGH Pediatric #COVID-19 Biorepository. Enrolled children provided nasopharyngeal, oropharyngeal, and/or blood specimens. SARS-CoV-2 viral load, ACE2 RNA levels, and serology for SARS-CoV-2 were quantified.

    Results
    A total of 192 children (mean age 10.2 +/- 7 years) were enrolled. Forty-nine children (26%) were diagnosed with acute SARS-CoV-2 infection; an additional 18 children (9%) met criteria for MIS-C. Only 25 (51%) of children with acute SARS-CoV-2 infection presented with fever ; symptoms of SARS-CoV-2 infection, if present, were non-specific. Nasopharyngeal viral load was highest in children in the first 2 days of symptoms, significantly higher than hospitalized adults with severe disease (P = .002). Age did not impact viral load, but younger children had lower ACE2 expression (P=0.004). IgM and IgG to the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein were increased in severe MIS-C (P<0.001), with dysregulated humoral responses observed.

    No SARS-CoV-2 RNA was detected in the serum of any children.

    #enfants #charge_virale #ace2

  • affordance.info : Rentrée à l’université : irrespirable et sans filtre.
    https://www.affordance.info/mon_weblog/2020/08/rentree-universite.html
    https://www.affordance.info/.a/6a00d8341c622e53ef0263e95d81fe200b-600wi

    Comment se fait-il qu’à une semaine des rentrées scolaires et universitaires, en plein regain de l’épidémie, aucune étude publique sur ces questions n’ait été commanditée, aucune réflexion menée, aucune solution proposée ? Comment se fait-il qu’en France, à une semaine des rentrées scolaires et universitaires qui vont se dérouler dans des environnements humains saturés et plus ou moins bien « masqués », et alors même qu’aucun poste supplémentaire ne sera accordé, qu’aucun équipement dédié ne sera financé autrement qu’à la charge des établissements eux-mêmes**, comment se fait-il que cette question absolument centrale de l’aération, de la ventilation et de la filtration ne soit inscrite dans aucun agenda alors même qu’en plus de répondre à une des questions centrales que pose cette épidémie planétaire, elle répondrait aussi aux normes environnementales qui restent à inventer à l’heure d’une asphyxie globale de la planète ?

  • Household transmission of #SARS-CoV-2 : a systematic review and meta-analysis of secondary attack rate
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.29.20164590v1.full.pdf

    On ne devrait pas isoler un malade dans le domicile familial parce que le taux de contamination des sujets contacts est élevé ;

    Summary

    Background : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is spread by direct, indirect, or close contact with infected people via infected respiratory
    droplets or saliva. Crowded indoor environments with sustained close contact and conversations are a particularly high-risk setting.

    Methods :
    We performed a meta-analysis through July 29, 2020 of SARS-CoV-2 household secondary attack rate (SAR), disaggregating by several covariates (contact type, symptom status, adult/child contacts, contact sex, relationship to index case, index case sex, number of contacts in household, coronavirus).

    Findings :
    We identified 40 relevant published studies that report household secondary transmission. The estimated overall household SAR was 18·8% (95% confidence interval [CI]: 15·4%–22·2%), which is higher than previously observed SARs for SARS-CoV and MERS-CoV. We observed that household SARs were significantly higher from symptomatic index cases than asymptomatic index cases, to adult contacts than children contacts, to spouses than other family contacts, and in households with one contact than households with three or more contacts.

    Interpretation :
    To prevent the spread of SARS-CoV-2, people are being asked to stay at home worldwide. With suspected or confirmed infections referred to isolate at home, household transmission will continue to be a significant source of #transmission.

    #covid-19

  • America’s window of opportunity to beat back #Covid-19 is closing
    https://www.statnews.com/2020/08/10/winter-is-coming-as-flu-season-nears-americas-window-of-opportunity-to-bea

    “We should be aiming for no transmission before we open the schools and we put kids in harm’s way — kids and teachers and their caregivers. And so, if that means no gym, no movie theaters, so be it,” said Caroline Buckee, associate director of the Center for Communicable Disease Dynamics at Harvard’s T.H. Chan School of Public Health.

    “We seem to be choosing leisure activities now over children’s safety in a month’s time. And I cannot understand that tradeoff.”

    While many countries managed to suppress spread of #SARS-CoV-2, the United States has failed miserably. Countries in Europe and Asia are worrying about a second wave. Here, the first wave rages on, engulfing rural as well as urban parts of the country. Though there’s been a slight decline in cases in the past couple of weeks, more than 50,000 Americans a day are being diagnosed with Covid-19. And those are just the confirmed cases.

    #états-unis #leadership

  • Eurosurveillance | Age-specific #SARS-CoV-2 #infection_fatality_ratio and associated risk factors, Italy, February to April 2020
    https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.31.2001383

    Infection fatality ratio was 0.43% (95% confidence interval (CI): 0.21–0.79) for individuals younger than 70 years and 10.5% (95% CI: 8.0–13.6) for older individuals. Risk of death after infection was 62% lower (95% CI: 31–80) in clusters identified after 16 March 2020 and 1.8-fold higher for males (95% CI: 1.03–3.16).

    #IFR

  • Distinct early serological signatures track with #SARS-CoV-2 survival - ScienceDirect
    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761320303277

    Dans cette étude les anticorps du plasma des sujets guéris (dirigés contre la protéine S ou spike) sont différents de ceux des sujets décédés (dirigés contre la protéine N ou nucléocapside).

    Cette constatation pourrait se révéler utile pour évaluer l’efficacité des #vaccins.
    https://www.eurekalert.org/pub_releases/2020-08/mgh-pph080620.php

    “Most vaccine candidates in development are designed to elicit antibodies against spike antigen, which is the response we observed with individuals who survived natural infection,” Chu said. The N protein is produced at significantly higher levels in the virus than the S protein is, but previous studies have shown that an immune response to the N protein does not provide protection against coronaviruses related to SARS-CoV-2.

  • Opinion | Yes, the #Coronavirus Is in the Air - The New York Times
    https://www.nytimes.com/2020/07/30/opinion/coronavirus-aerosols.html

    I agree that long-range transmission by aerosols probably is not significant, but I believe that, taken together, much of the evidence gathered to date suggests that close-range transmission by #aerosols is significant — possibly very significant, and certainly more significant than direct droplet spray.

    The practical implications are plain:

    Social distancing really is important. It keeps us out of the most concentrated parts of other people’s respiratory plumes. So stay away from one another by one or two meters at least — though farther is safer.

    Wear a mask. Masks help block aerosols released by the wearer. Scientific evidence is also building that masks protect the wearer from breathing in aerosols around them.

    When it comes to masks, size does matter.

    The gold standard is a N95 or a KN95 respirator, which, if properly fitted, filters out and prevents the wearer from breathing in at least 95 percent of small aerosols.

    The efficacy of surgical masks against aerosols varies widely.

    One study from 2013 found that surgical masks reduced exposure to flu viruses by between 10 percent and 98 percent (depending on the mask’s design).

    A recent paper found that surgical masks can completely block seasonal coronaviruses from getting into the air.

    To my knowledge, no similar study has been conducted for #SARS-CoV-2 yet, but these findings might apply to this virus as well since it is similar to seasonal coronaviruses in size and structure.

    My lab has been testing cloth masks on a mannequin, sucking in air through its mouth at a realistic rate. We found that even a bandanna loosely tied over its mouth and nose blocked half or more of aerosols larger than 2 microns from entering the mannequin.

    We also found that especially with very small aerosols — smaller than 1 micron — it is more effective to use a softer fabric (which is easier to fit tightly over the face) than a stiffer fabric (which, even if it is a better filter, tends to sit more awkwardly, creating gaps).

    Avoid crowds. The more people around you, the more likely someone among them will be infected. Especially avoid crowds indoors, where aerosols can accumulate.

    Ventilation counts. Open windows and doors. Adjust dampers in air-conditioning and heating systems. Upgrade the filters in those systems. Add portable air cleaners, or install germicidal ultraviolet technologies to remove or kill virus particles in the air.

    It’s not clear just how much this coronavirus is transmitted by aerosols as opposed to droplets or via contact with contaminated surfaces. Then again, we still don’t know the answer to that question even for the flu, which has been studied for decades.

    But by now we do know this much: Aerosols matter in the transmission of #Covid-19 — and probably even more so than we have yet been able to prove.

    #

  • How Did Sweden Flatten Its Curve Without a Lockdown? | MedPage Today
    https://www.medpagetoday.com/infectiousdisease/covid19/87812

    Th[e] response hasn’t changed over time, through the June surge and into today’s decline, so there’s no definitive explanation for the flattening, though, and experts have several theories.

    “Swedes in general have changed their behavior to a great extent during the pandemic and the practice of social distancing as well as physical distancing in public places and at work has been widespread,” said Maria Furberg, MD, PhD, an infectious diseases expert at Umea University Hospital in northeastern Sweden.

    “During the months of March to early June, all shops were practically empty, people stopped dining with friends, and families stopped seeing even their closest relatives,” Furberg told MedPage Today. “A lock-down could not have been more effective. Handwashing, excessive use of hand sanitizers, and staying home at the first sign of a cold became the new normal very quickly.”

    Mozhu Ding, PhD, an epidemiologist at the famed Karolinska Institute, said the decline is “likely to be a combination of measures taken by individuals, businesses and a widespread information campaign launched by the government.”

    “Even without a strict lockdown order, many businesses allowed employees to work from home, and universities are offering distance courses to the students,” Ding told MedPage Today. “Individuals are also taking personal hygiene more seriously, as items like hand sanitizers and single-use gloves are often sold out in pharmacies and grocery stores.”

    Experts told MedPage Today there weren’t clear data to prove Tegnell’s assertion of widespread immunity in Sweden.

    Furberg said there is likely “some sort of unspecific immunity that protects parts of the population from contracting #COVID-19” but it’s not necessarily secondary to #SARS-CoV-2 exposure.

    For instance, a study by the Karolinska Institute and Karolinska University Hospital recently found that about 30% of people with mild or asymptomatic COVID showed T-cell-mediated immunity to the virus, even though they tested negative for antibodies.

    “This figure is [more than] twice as high as the previous antibody tests, meaning that the public immunity to COVID-19 is probably much higher than what antibody studies have suggested,” Ding told MedPage Today. “This is of course very good news from a public health perspective, as it shows that people with negative antibody test results could still be immune to the virus at a cellular level.”

    #suède

  • Airborne Transmission of SARS-CoV-2: Theoretical Considerations and Available Evidence | Infectious Diseases | JAMA | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2768396

    Arguments Against #Aerosol Transmission Don’t Hold Water
    https://www.medscape.com/viewarticle/934837

    I am an aerosol scientist. I have spent a lot of time examining the arguments from some that #aerosols play only a very minor role in the #transmission of #SARS-CoV-2 — and presenting the evidence that rebuts this claim. A recent article in JAMA argues that aerosols are not an important transmission pathway for SARS-CoV-2. While the article raises good questions, the arguments against aerosols are not consistent with the best science. Here’s why I say that:

    [...]

  • Age-Related Differences in Nasopharyngeal Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Levels in Patients With Mild to Moderate Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) | Infectious Diseases | JAMA Pediatrics | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jamapediatrics/fullarticle/2768952

    #Covid-19 : non, les #enfants de moins de 5 ans ne sont pas extrêmement contagieux
    https://www.franceinter.fr/societe/covid-19-non-les-enfants-de-moins-de-5-ans-ne-sont-pas-extremement-conta

    Dans cette étude, publiée ce jeudi 31 juillet dans la revue JAMA Pediatrics, les chercheurs de Chicago ont réalisé des tests de dépistage avec prélèvement nasal sur 145 patients dont 46 enfants de moins de cinq ans. Ils ont ainsi relevé que la #charge_virale du coronavirus chez ces derniers était 10 à 100 fois plus élevée que celle trouvée chez des enfants plus âgés et des adultes. Les auteurs précisent qu’une étude en laboratoire a prouvé que plus il y avait de matériel génétique du virus, également appelé la charge virale, plus ce dernier pouvait devenir contagieux. « Par conséquent, les jeunes enfants peuvent potentiellement être d’importants facteurs de contagion du #SARS-CoV-2 dans la population » ont ainsi conclu les chercheurs.

    Des conclusions exagérées estime le professeur Robert Cohen.

    Le pédiatre Robert Cohen, vice président de la Société Française de Pédiatrie, a justement mené au printemps une étude sur 600 enfants franciliens qui montraient que les moins de 15 ans étaient entre 2 à 7 fois moins souvent infectés. Pour lui, ce n’est pas parce que les très jeunes enfants portent une charge virale importante qu’ils sont plus contagieux : « Il y a de très nombreuses études qui ont montré que quand un enfant était contaminé, il arrivait moins facilement à transmettre le virus que des adultes. Probablement parce qu’ils sont plus petits, qu’ils émettent moins de particules et qu’ils les émettent moins haut. »

    Même constat pour l’épidémiologiste Arnaud Fontanet lui aussi auteur pour l’Institut Pasteur d’une étude dans les écoles primaires de Crépy-en-Valois, un des premiers foyers épidémiques du #coronavirus en France. « Même avec des charges virales identiques ou supérieures, les enfants sont beaucoup plus asymptomatiques. Et donc on se demande s’ils ne sont pas moins contagieux parce que c’est lorsque vous toussez que vous allez expulser des gouttelettes qui elles peuvent évidemment transmettre le virus. »

    #transmission #PCR

  • #Immunité(s) contre le #SARS-CoV-2 : votre thriller de l’été ! - EurekaSanté par VIDAL
    https://www.vidal.fr/actualites/25369/immunite-s-contre-le-sars-cov-2-votre-thriller-de-l-ete

    #Immunité_innée et sévérité de la maladie : le rôle des interférons se confirme

    Dans notre article du 23 juin 2020, nous donnions les résultats d’une étude montrant qu’une faible charge infectieuse de SARS-CoV-2 stimule fortement et rapidement la production d’i#nterférons de type 1 et 3 (IFN alpha 5, bêta 1, gamma 1, entre autres) par l’épithélium nasal, mais qu’une forte charge infectieuse déclenche une inhibition de cette production pendant 24 à 48 h, ce qui pourrait entraîner des formes plus graves de la maladie.

    Une étude Inserm/AP-HP, récemment publiée dans Science et menée sur 50 patients, apporte de l’eau au moulin de l’hypothèse d’un lien entre la réponse locale par interféron et la sévérité de la maladie. Selon elle, les patients présentant des formes sévères ou très sévères de COVID-19 partagent des caractéristiques communes de leur réponse immunitaire innée : une faible production d’#interféron bêta et une absence de production d’interféron alpha, associée à une forte #charge_virale et un état fortement inflammatoire (augmentation des taux de TNF-alpha et d’interleukine 6).

    Les auteurs proposent l’idée selon laquelle, chez un patient récemment symptomatique, une évaluation de la production des interférons de type 1 (mesurables dans le sang) pourrait permettre de prédire la gravité ultérieure de la maladie.

    En conclusion, où en sommes-nous ?
    L’immunité humorale contre le SARS-CoV-2 est proportionnelle à la gravité de la maladie et semble diminuer rapidement. Sa persistance, également proportionnelle à la sévérité des symptômes, est d’au moins 3 mois, probablement de 6 à 12 mois en moyenne.

    L’immunité cellulaire contre le SARS-CoV-2 pourrait persister plus longtemps, si l’on en croit les données disponibles sur le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV, et au vu de l’apparition de cellules souches mémoire, connues pour persister plusieurs années. Elle pourrait assurer une protection partielle contre les réinfections (diminution de la sévérité des symptômes comme observé avec 229E chez l’homme ou SARS-CoV-1 chez la souris).

    La dynamique de disparition des anticorps contre le SARS-CoV-2 épouse celle des anticorps contre les HCoV, ce qui pourrait suggérer, une fois la phase primaire de la pandémie achevée, une cyclicité de la #COVID-19 tous les 3 ans environ, avec de possibles réinfections plus précoces (12 mois).
    Chez les patients paucisymptomatiques, on peut observer une réponse humorale moins intense et probablement moins persistante, une réponse locale (IgA), une réponse cellulaire, et aussi parfois une absence de signes de réponse humorale (séronégativité) en présence d’une immunité cellulaire.
    Chez les patients asymptomatiques, il peut y avoir une réponse humorale plutôt fugace, voire indétectable, une réponse cellulaire de durée indéterminée et/ou une réponse locale (IgA), les deux dernières pouvant être présentes en l’absence de signes d’immunité humorale.
    La présence d’une immunité cellulaire et locale robuste, en l’absence d’anticorps circulants, rend plus complexe la mesure de l’immunité de groupe. Celle-ci pourrait se situer autour de 70 % de la population générale.
    Pour l’instant, aucun signe ne suggère un rôle protecteur de l’immunité humorale croisée avec les HCoV, en tout cas chez les enfants.

  • VIDAL - #COVID-19 : les #mesures_barrières préviennent-elles l’apparition de symptômes en cas d’infection ? - Actualités
    https://www.vidal.fr/actualites/25460/covid_19_les_mesures_barrieres_previennent_elles_l_apparition_de_symptomes_en_

    Un article, publié dans Clinical Infectious Diseases, confirme l’effet protecteur de la distanciation physique et du port du masque vis-à-vis de la transmission du SARS-CoV-2, et apporte de l’eau au moulin de l’hypothèse d’un lien entre la charge infectieuse et la sévérité de la COVID-19.

    [...]

    Les résultats montrent que ces mesures barrières ne protègent pas complètement de l’infection, mais qu’elles ont néanmoins un effet protecteur significatif et qu’elles semblent, par ailleurs, prévenir l’apparition de formes symptomatiques chez les personnes infectées.

    Si ces données venaient à être confirmées par d’autres études, le respect systématique des mesures barrières (dont le port du masque) pourrait suffire à prévenir l’engorgement des services hospitaliers en cas de deuxième vague, simplifiant ainsi considérablement la gestion de la pandémie de COVID-19.

    [...]

    Pour rappel, lors d’une COVID-19, la réaction immunitaire innée varie selon la charge infectante (plus exactement la #MOI ou multiplicité d’infection, soit le ratio « particules infectantes/cellules cibles »). Une faible MOI de #SARS-CoV-2 stimule fortement et rapidement la production d’#interférons de type 1 et 3 par l’épithélium nasal. En revanche, une forte MOI déclenche une inhibition de cette réponse pendant 24 à 48 h (sans pour autant bloquer complètement la réaction immunitaire). Cela a été observé en culture cellulaire, chez le furet et chez l’homme.

    De plus, une étude Inserm/AP-HP récemment publiée dans Science et menée sur 50 patients a montré que les patients présentant des formes sévères ou très sévères de COVID-19 avaient une faible production d’#interféron bêta et une absence de production d’interféron alpha au début de la maladie.

    Enfin, le fait que la charge infectieuse puisse conditionner l’évolution et la gravité de l’infection n’est pas nouvelle. Dans le contexte des coronavirus humains, elle a été montrée lors d’infections expérimentales par 229E chez des volontaires sains.

    En conclusion, il est à espérer que, dans un contexte de #ras-le-bol, voire de refus, croissant des mesures barrières et du port systématique du masque, d’autres travaux viendront confirmer les résultats de cette étude suisse.
    Parvenir à prouver de manière définitive que ces mesures, et en particulier le port du masque, empêchent l’apparition de formes graves changerait complètement la donne en termes de gestion de la pandémie, et ce sans attendre un hypothétique vaccin. Sous réserve de convaincre la grande majorité des populations…

    Pour aller plus loin
    L’étude suisse sur les effets des mesures barrières
    Bielecki M, Züst R, Siegrist D et al. Social distancing alters the clinical course of COVID-19 in young adults : A comparative cohort study. Clinical Infectious Diseases, 29 juin 2020.

    L’étude sur la réaction immunitaire innée dans la COVID-19
    Blanco-Melo D, Nilsson-Payant BE, Liu WC et al. Imbalanced Host Response to SARS-CoV-2 Drives Development of COVID-19. Cell. 2020 May 28 ; 181(5) : 1036–1045.

    L’étude sur le profil immunitaire des personnes atteintes de formes sévères de COVID-19
    Hadjadj J, Yatim N, Barnabei L et al. Impaired type I interferon activity and inflammatory responses in severe COVID-19 patients. Science, 13 juillet 2020.

    Les études sur la réinfection expérimentale par 229E
    Callow KA. Effect of specific humoral immunity and some non-specific factors on resistance of volunteers to respiratory coronavirus infection. J Hyg (Lond). 1985 Aug ;95(1):173-89.

  • COVID-19 : Sommes-nous à nouveau induits en erreur par les entreprises pharmaceutiques ?
    https://www.investigaction.net/fr/covid-19-sommes-nous-a-nouveau-induits-en-erreur-par-big-pharma

    En mars 2020, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a déclaré que l’épidémie de COVID-19 était une pandémie. Ce n’est pas une première foi. Dans un passé récent, l’OMS avait annoncé en juin 2009 que le H1N1 – connu aussi sous le nom de grippe porcine – était aussi une pandémie. Entre ces deux pandémies, de nombreux faits ont été négligés et il convient d’y revenir.


     
    Après l’épidémie de H5N1 (la grippe aviaire) et au début de celle de H1N1, les entreprises pharmaceutiques transnationales se sont lancées dans une compétition féroce pour fournir des traitements en l’absence de vaccins.

    Entre 2005 et 2009, l’antiviral oseltamivir, commercialisé par Roche sous le nom de Tamiflu, a réussi à être reconnu comme le médicament de choix pour la prévention et le traitement par plusieurs organismes internationaux tels que l’OMS, le Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis d’Amérique et l’Agence européenne des médicaments.

    A cette époque, afin de préparer une “éventuelle opération de confinement”, l’OMS a reçu de Roche un don de trois millions de traitements d’oseltamivir destinés à constituer une réserve, selon le rapport du Comité d’examen du fonctionnement du Règlement sanitaire international (2005) en relation avec la pandémie de 2009 (H1N1) 2009, publié par l’OMS.

    L’OMS a encouragé les pays à introduire des plans de confinement rapide dans leurs mécanismes nationaux de préparation aux pandémies de grippe, selon le même rapport. En outre, l’OMS a élaboré dans le même but un “protocole de confinement rapide” reposant essentiellement sur l’oseltamivir.

    Comme il fallait s’y attendre, sous l’effet d’une panique globale de grande ampleur, Roche a reçu des commandes venues de pays du monde entier, notamment de l’Égypte. Des recherches ultérieures et la littérature révèlent que les décisions d’achat reposaient sur des essais cliniques financés par Roche, dont les résultats, selon les experts, étaient limités et incomplets, surtout en ce qui concerne l’efficacité et les effets secondaires du Tamiflu, dont certains se sont par la suite révélés dangereux.

    En outre, certaines informations fausses laissaient prévoir une flambée incontrôlable de l’infection. Une étude Cochrane a révélé que les bénéfices de l’oseltamivir étaient faibles en ce qui concerne la diminution des symptômes, car ce médicament ne réduisait leur durée que d’une demi-journée tout au plus.

    Les auteurs de cette étude, qui se sont arrangés pour obtenir les rapports complets des recherches cliniques originales, ont également pu se faire une idée plus claire des effets secondaires de l’oseltamivir. A la fin, l’étude Cochrane a posé la question de savoir si la constitution de réserves d’oseltamivir était justifiée.

    On peut voir ce qui précède sous un autre angle.
    Les entreprises pharmaceutiques font en général pression sur les gouvernements lors de telles crises. Durant la pandémie de H1N1, la méthode adoptée par Roche a consisté essentiellement à persuader les gouvernements de signer des conventions d’achat de Tamiflu car, à l’époque, les premiers arrivés étaient les premiers servis.

    Il est à relever que ces négociations ont eu lieu dans un contexte de tension mondiale et de compétition inavouée entre les pays pour se procurer le traitement le plus vite possible à une même et unique source.

    Une telle situation démontre la gravité des pratiques monopolistiques du marché pharmaceutique mondial. La probabilité de voir se répéter ce scénario est d’autant plus grande que les pays continuent à négocier l’accès aux médicaments sur un marché monopolistique, comme le prouve l’achat par les États-Unis à Gilead Sciences de tout le stock existant de remdesivir et les conventions d’achat préalables de vaccins potentiels par plusieurs pays européens.

    A l’époque, les ventes d’oseltamivir avaient dépassé les 18 milliards de dollars étasuniens, payés pour moitié par les gouvernements. Les États-Unis ont par exemple dépensé plus de 1,5 milliard de dollars pour constituer des stocks d’oseltamivir, en se fondant sur les recommandations du CDC, alors que le Royaume-Uni a dépensé pour sa part 770 millions de dollars étasuniens pour ce même médicament entre 2006 et 2014.

    Aucune donnée officielle n’est disponible concernant la somme totale dépensée par l’Égypte pour acheter de l’oseltamivir. Quelques informations ont cependant fait état d’un accord entre le ministère de la santé et Roche pour la livraison de 2 500 kg de l’ingrédient pharmaceutique actif de ce médicament, à fabriquer par une succursale de la faîtière pharmaceutique, dont le président a estimé la valeur à environ 100 millions de livres égyptiennes.

    L’OMS est une organisation intergouvernementale qui doit, à ce titre, rendre des comptes à ses États membres. En 2010, ces États membres ont évalué les performances de l’OMS qui avait déclaré que la grippe H1N1 était une pandémie. Cette décision avait suscité les réserves de la communauté scientifique internationale et des milieux politiques, qui estimaient qu’elle avait été prématurée, provoquant une confusion mondiale et coûtant des millions de dollars aux budgets des pays.

    Ce qu’il est important de relever à propos de la lutte contre la COVID-19 est qu’il n’y a pas de “nouveau” médicament qui ait été expérimenté contre le virus. Ceux qui font l’objet d’études sont connus ou sont déjà sur le marché. Les essais auxquels ils sont soumis visent à démontrer qu’ils ont un effet spécifique contre le virus SARS-CoV-2 qui provoque la COVID-19.

    Ce repositionnement ou cette réorientation de médicaments existants constitue une pratique courante dans la recherche en cas de flambées épidémiques soudaines. En outre, qui plus est, la recherche et le développement pharmaceutiques ne produisent plus de substances pharmaceutiques “nouvelles”, se contentant le plus souvent d’améliorer des produits existants ou de leur ouvrir des indications supplémentaires.

    Les essais cliniques menés par l’OMS ont débuté avec quatre propositions de traitement, pour la plupart fort coûteux. Trois mois après le début déclaré de la pandémie, la compétition s’est réduite à deux médicaments : le remdesivir, produit par Gilead Sciences, et le favipiravir, produit par FUJIFILM Toyama Chemical, sous le nom commercial d’Avigan, dont il a été rapporté plus tard qu’il n’avait pas montré d’effet convaincant dans certains essais contre le coronavirus, ce qui a repoussé son approbation jusqu’à la fin des essais.

    En mars dernier, avec l’épidémie de COVID-19, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis a décidé d’accorder au remdesivir le “statut de médicament orphelin”, qui assure normalement à l’entreprise productrice toute une série de droits exclusifs en plus des droits de propriété intellectuelle.
    Cette décision a été accueillie avec surprise et scepticisme dans les milieux spécialisés du monde entier, en raison de sa teneur et de son calendrier.

    Selon les définitions qu’en donnent tant l’OMS que le droit étasunien, les maladies orphelines sont celles qui affectent un petit nombre d’individus d’une manière qui n’incite pas à la mise au point de médicaments pour les traiter, ce qui justifie aussi le prix potentiellement élevé de leur traitement.

    La COVID-19, déclarée pandémie, est tout le contraire d’une maladie orpheline et la désignation comme “médicament orphelin” révèle l’intention de l’entreprise de maximaliser les ventes et les bénéfices du remdesivir une fois que la FDA l’a approuvé.
    Avec l’augmentation du nombre de cas diagnostiqués aux États-Unis d’Amérique, des pressions croissantes ont conduit Gilead Sciences à retirer sa désignation de médicament orphelin. Quelques semaines plus tard, le remdesivir a été approuvé par la FDA pour utilisation en cas d’urgence sur des patients atteints de COVID-19, à la suite de quoi l’entreprise a fait un don de 1,5 millions de traitements au gouvernement étasunien.

    A la mi-avril, les médias ont rapporté que le gouvernement égyptien avait convenu avec FUJIFILM Toyama Chemical d’utiliser le favipiravir (Avigan) pour le traitement de la COVID-19 en Égypte. Cet accord ne s’est jamais matérialisé, car quelques semaines plus tard le ministre de la santé a annoncé que l’Égypte participerait à l’essai clinique du remdesivir coordonné par l’OMS.

    Entretemps, l’entreprise égyptienne Eva Pharma a signé un accord de licence volontaire non-exclusif avec Gilead pour la fabrication de remdesivir destiné à être distribué dans 127 pays. Actuellement, l’approvisionnement en Égypte et limité à l’aide aux patients hospitalisés en quarantaine.
    Une préoccupation croissante a commencé à se manifester sur le plan mondial face à la précipitation avec laquelle on a compté sur le remdesivir avant que son efficacité soit démontrée, d’autant plus que les résultats des essais publiés montrent qu’il n’y a aucun bénéfice thérapeutique ayant la moindre signification statistique.

    Des demandes de brevet ont été déposées pour le remdesivir dans de nombreux pays et certaines ont déjà été accordées. Le bureau des brevets égyptien a rejeté la demande pour le remdesivir en 2017 pour des raisons techniques, mais la décision finale reste en suspens car le demandeur a fait appel.

    Gilead a récemment fixé le prix du traitement par le remdesivir (6 flacons) à 3 120 dollars étasuniens pour les privés et à 2 340 dollars pour les régimes d’assurance nationaux aux États-Unis d’Amérique. Le prix de ce médicament est exorbitant et ne peut être justifié ni par les coûts de recherche et de développement, car il ne s’agit pas d’un nouveau composé, qui n’a donc pas été breveté dans plusieurs pays.

    Par ailleurs, la recherche a démontré que le coût de production du remdesivir pourrait ne pas dépasser 5,58 dollars par traitement. D’ailleurs, l’entreprise pharmaceutique indienne Cipla a annoncé qu’elle produirait une version générique du remdesivir au prix d’environ 400 dollars étasuniens.

    A la lumière des taux élevés d’incidence et de mortalité de la COVID-19, ainsi que des pressions exercées sur les gouvernements pour qu’ils prennent des mesures destinées à protéger leurs peuples, on assiste à une compétition entre les entreprises pharmaceutiques pour préserver leurs parts d’un marché mondial lucratif.

    Cette compétition se manifeste par des tentatives d’enrôler de grandes quantités de patients dans des essais cliniques hâtivement menés pour faire la démonstration de résultats favorables, ou défavorables, à un médicament donné, pour signer des conventions d’achat préalables avec des gouvernements, comme c’est le cas actuellement entre Gilead et le gouvernement étasunien, et pour chercher à faire enregistrer les brevets dans le plus grand nombre de pays possible afin d’y obtenir des droits exclusifs, notamment la possibilité de vendre le médicament au prix le plus élevé possible.

    Au milieu de la crise actuelle, dont les répercussions économiques et sociales au niveau mondial sont sans précédent, il est préoccupant d’assister au retour du scénario H1N1. Les gouvernements se lancent une fois de plus dans des “achats de panique” et accumulent de manière irrationnelle des stocks de médicaments, dont aucun n’a fait la preuve de son efficacité contre la COVID-19. Ne tire-t-on vraiment aucun enseignement du passé récent ?
    #H5N1 #grippe_aviaire #H1N1 #vaccins #oseltamivir #argent #santé #gros_sous #capitalisme #big_pharma #laboratoires_pharmacetiques #Roche #Tamiflu #OMS #CDC #Egypte #experts #monopole #Gilead #Agence_européenne_des_médicaments #confinement #pandémies #pandémie #grippe #remdesivir #SARS-CoV-2 #covid-19 #coronavirus #favipiravir #FUJIFILM #Avigan #FDA #médicament_orphelin #maladie_orpheline #Eva_Pharma #thérapie #brevets #recherche #Cipla #marché #panique

  • Presence of Genetic Variants Among Young Men With Severe COVID-19 | Allergy and Clinical Immunology | JAMA | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2768926

    Key Points
    Question Are genetic variants associated with severe coronavirus disease 2019 (COVID-19) in young male patients?

    Findings In a case series that included 4 young male patients with severe COVID-19 from 2 families, rare loss-of-function variants of the X-chromosomal #TLR7 were identified, with immunological defects in type I and II interferon production.

    Meaning These findings provide insights into the pathogenesis of COVID-19.

    #COVID-19 : Une #vulnérabilité #génétique aussi | santé log
    https://www.santelog.com/actualites/covid-19-une-vulnerabilite-genetique-aussi

    Les observations actuelles suggèrent que le coronavirus #SARS-CoV-2 provoque des symptômes graves principalement chez les patients âgés atteints de maladie chronique. Cependant, lorsque [des] médecins ont dû prendre en charge 2 jeunes frères auparavant en bonne santé, que ces jeunes patients ont nécessité une ventilation mécanique en unité de soins intensifs (USI), ils se sont évidemment posé la question des facteurs génétiques. Ces recherches identifient alors un #gène au rôle clé dans la réponse immunitaire contre le #SRAS-CoV-2 [avec par la suite confirmation chez deux autres frères d’une autre famille avec une forme sévère.]

    [...]
     
    La découverte pourrait avoir des conséquences importantes pour le traitement des patients atteints de formes sévères de #COVID-19 et ouvre pour ces patients la piste de l’administration d’#interféron pour soutenir la réponse immunitaire.

  • On the effect of #age on the #transmission of #SARS-CoV-2 in households, schools and the community | medRxiv
    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.19.20157362v1

    Revue de la littérature avec Marc Lipsitch comme co-auteur.

    There is limited information on the effect of age on the transmission of SARS-CoV-2 infection in different settings. We undertook a review of published data/studies on detection of SARS-CoV-2 infection in contacts of #COVID-19 cases, as well as serological studies, and studies of infections in the school setting to examine those issues.

    Those sources suggest significantly lower susceptibility to infection for children aged under 10 years compared to adults, for elevated susceptibility to infection in adults aged over 60y, and for the risk of SARS-CoV-2 infection associated with sleeping close to an infected individual.

    Those sources also suggest that younger adults (particularly those aged under 35y) often have high rates of SARS-CoV-2 infection in the community.

    Additionally, there is evidence of robust spread of SARS-CoV-2 in high schools, and more limited spread in primary schools. Some countries with relatively large class sizes in primary schools (e.g. Chile and Israel) reported sizeable outbreaks in some of those schools, though the amount of transmission occurring in these schools (vs. outside) is not clear from current reports. Nonetheless, these reports suggest that classroom crowding and other factors related to social distancing in classrooms/schools may play a role in the spread of SARS-CoV-2 in primary schools.

    Those findings should have implications for school openings in different age groups of children, and they suggest the need to better protect adults over the age of 60 during the community spread of SARS-CoV-2.

    #enfants #écoles