#Covid-19 : comment Omicron a-t-il évolué depuis son émergence il y a un an ? – Réalités Biomédicales
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Il y a un an, le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé désignait le variant B.1.1.529 comme variant préoccupant, sous l’appellation Omicron. Par quels mécanismes moléculaires ce lignage du SARS-CoV-2 a-t-il depuis évolué ? Quelles trajectoires évolutives a-t-il suivies pour générer de nombreux #sous-lignages, eux-mêmes à l’origine de multiples #sous-variants ? Et quelle sera l’évolution future du SARS-CoV-2 ? Des virologistes moléculaires et spécialistes en bioinformatique suisse, américain, japonais, italien et britannique, ont tenté de faire le point sur ces questions dans un article diffusé le 25 novembre 2022 sur le site virological.org.
Depuis son émergence à la fin 2021, le variant Omicron n’a cessé de se diversifier pour donner naissance à de nombreux sous-lignages, parmi lesquels BA.1, BA.2 et BA.5. Suite à l’apparition et la diffusion mondiale du sous-variant BA.5 d’Omicron, le nombre de sous-variants a littéralement explosé, à tel point que certains parlent de « soupe » de variants. (...)
D’où l’hypothèse que ces variants aient pu émerger dans un organisme humain qui aurait hébergé le SARS-CoV-2 pendant une très longue durée. Au sein d’un individu immunodéprimé, une infection persistante par le SARS-CoV-2 a pu favoriser l’émergence d’un virus génétiquement distinct du virus qui l’avait infecté au départ et qui aurait acquis au fil du temps une multitude de mutations. L’évolution des variants reposerait donc sur la ré-émergence de virus qui auraient eu le temps d’évoluer dans un hôte porteur pendant plusieurs mois d’une infection chronique.
Une étude sud-africaine, communiquée le 24 novembre 2022 sur le site de prépublication medRxiv, a évalué certaines propriétés biologiques du virus corrélées avec la pathogénicité après plus de six mois d’une infection chronique chez un individu immunodéprimé (infection VIH à un stade avancé). Ces résultats montrent que l’évolution du SARS-CoV-2 lors d’une infection à long terme n’entraîne pas nécessairement une atténuation. Au contraire, le virus isolé au bout du 190e jour s’est avéré plus pathogène que les souches Omicron circulantes. Dans ce cas, le virus était doté d’une plus grande capacité de provoquer la fusion entre cellules infectées et cellules saines (augmentation de la fusogénicité) et d’entraîner la mort des cellules infectées.
Un tel profil évolutif a continué jusqu’en 2022. Mais contrairement aux premiers variants, dits de « première génération », qui n’avaient pas entre eux un même ancêtre en commun, les variants suivants, dits de « seconde génération », semblent tous avoir émergé à partir de sous-variants déjà connus. C’est ainsi que BA.2.75, BJ.1, BS.1, BA.2.3.20, BA.2.83 et DD.1 dérivent tous du sous-lignage BA.2 d’Omicron, mais sans qu’il soit possible de remonter à des virus intermédiaires entre eux et BA.2. D’où, l’hypothèse, là encore, que ces variants aient émergé à la faveur d’infections chroniques chez des individus infectés par le variant BA.2 à la fin 2021 ou au début 2022. Aujourd’hui, le sous-variant BA.2 d’Omicron, BA.2.75, est celui qui a le plus diffusé. Un autre variant de seconde génération de BA.2, BA.2.3.20, a connu également une croissance notable au cours de ces derniers mois.