• Saliva** or Nasopharyngeal Swab Specimens for Detection of #SARS-CoV-2 | NEJM
    https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2016359

    Rapporté en français ci-dessous :

    Test de détection salivaire du SARS-Co V2 - Revue Médicale Suisse
    https://www.revmed.ch/covid-19/Test-de-detection-salivaire-du-SARS-Co-V2

    Un total de 70 patients hospitalisés atteints de #Covid-19 ont fourni le cadre de l’étude. Après confirmation de l’infection par un échantillon sur écouvillon nasopharyngé, des échantillons supplémentaires nasopharyngés et salivaires des patients ont été prélevés.

    L’analyse a démontré la présence de plus de copies d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les échantillons de salive que dans l’échantillon sur écouvillon nasopharyngés.

    En outre, un pourcentage plus élevé d’échantillons de salive sont restés positifs au court du temps en comparaison avec les échantillons sur écouvillon nasopharyngé. Ces résultats suggèrent que les échantillons de salive ont au moins une sensibilité similaire que les échantillons sur écouvillon nasopharyngien dans la détection du SRAS-CoV-2 au cours de l’hospitalisation. L’analyse des variations de la concentration d’ARN au cours de l’évolution clinique a mis en évidence des fluctuations moins importantes dans la salive que dans les prélévements nasopharyngés.

    Dans trois cas, un échantillon d’écouvillon nasopharyngé négatif a été suivi d’un écouvillon positif lors de la prochaine collecte d’un échantillon. Ce phénomène ne s’est produit qu’une seule fois avec les échantillons de salive.

    L’étude s’est aussi intéressée à des personnes #asymptomatiques. 495 agents de santé asymptomatiques ont fourni du matériel pour tester à la fois des échantillons de salive et de nasopharynx. Sur 13 agents de santé positifs lors de l’examen salivaire, 9 avaient collecté des échantillons sur écouvillon nasopharyngien appariés le même jour, et 7 de ces échantillons se sont révélés négatifs Le diagnostic des 13 agents de santé a été confirmé par la suite par des tests diagnostiques d’échantillons nasopharyngés supplémentaires.

    Commentaire

    Les moyens de diagnostic évoluent et il est important de souligner un apport prometteur d’un prélèvement salivaire plus aisé à pratiquer et mieux accepté des patients que les frottis nasopharyngés actuels.

    L’article du NEJM ajoute aussi que le choix de ce test permet aux services de santé de ne pas être débordés/exposés et est une réponse aux pénuries d’équipement de protection et de matériel de prélèvement,

    Collection of saliva samples by patients themselves negates the need for direct interaction between health care workers and patients. This interaction is a source of major testing bottlenecks and presents a risk of nosocomial infection. Collection of saliva samples by patients themselves also alleviates demands for supplies of swabs and personal protective equipment. Given the growing need for testing, our findings provide support for the potential of saliva specimens in the diagnosis of SARS-CoV-2 infection.

    Méthode d’auto-recueil de l’échantillon de salive :
    https://www.nejm.org/doi/suppl/10.1056/NEJMc2016359/suppl_file/nejmc2016359_appendix_1.pdf

    Saliva samples were self-collected by the patient using the methods described. Upon waking, patients were asked to avoid food, water and brushing of teeth until the sample was collected. Patients were asked to repeatedly spit into a sterile urine cup until roughly a third full of liquid (excluding bubbles), before securely closing it. All samples were stored at room temperature and transported to the research lab at the Yale School of Public Health within 5 hours of sample collection and tested within 12 hours of sample collection. While a stabilizing solution was not added to the saliva, recent work has demonstrated that SARS-CoV-2 RNA is stable in saliva stored at room temperature for up to 25 days.

    #tests #salive #diagnostics

  • Machine-Readable Refugees

    Hassan (not his real name; other details have also been changed) paused mid-story to take out his wallet and show me his ID card. Its edges were frayed. The grainy, black-and-white photo was of a gawky teenager. He ran his thumb over the words at the top: ‘Jamhuri ya Kenya/Republic of Kenya’. ‘Somehow,’ he said, ‘no one has found out that I am registered as a Kenyan.’

    He was born in the Kenyan town of Mandera, on the country’s borders with Somalia and Ethiopia, and grew up with relatives who had escaped the Somali civil war in the early 1990s. When his aunt, who fled Mogadishu, applied for refugee resettlement through the United Nations High Commissioner for Refugees, she listed Hassan as one of her sons – a description which, if understood outside the confines of biological kinship, accurately reflected their relationship.

    They were among the lucky few to pass through the competitive and labyrinthine resettlement process for Somalis and, in 2005, Hassan – by then a young adult – was relocated to Minnesota. It would be several years before US Citizenship and Immigration Services introduced DNA tests to assess the veracity of East African refugee petitions. The adoption of genetic testing by Denmark, France and the US, among others, has narrowed the ways in which family relationships can be defined, while giving the resettlement process the air of an impartial audit culture.

    In recent years, biometrics (the application of statistical methods to biological data, such as fingerprints or DNA) have been hailed as a solution to the elusive problem of identity fraud. Many governments and international agencies, including the UNHCR, see biometric identifiers and centralised databases as ways to determine the authenticity of people’s claims to refugee and citizenship status, to ensure that no one is passing as someone or something they’re not. But biometrics can be a blunt instrument, while the term ‘fraud’ is too absolute to describe a situation like Hassan’s.

    Biometrics infiltrated the humanitarian sector after 9/11. The US and EU were already building centralised fingerprint registries for the purposes of border control. But with the start of the War on Terror, biometric fever peaked, most evidently at the borders between nations, where the images of the terrorist and the migrant were blurred. A few weeks after the attacks, the UNHCR was advocating the collection and sharing of biometric data from refugees and asylum seekers. A year later, it was experimenting with iris scans along the Afghanistan/Pakistan frontier. On the insistence of the US, its top donor, the agency developed a standardised biometric enrolment system, now in use in more than fifty countries worldwide. By 2006, UNHCR agents were taking fingerprints in Kenya’s refugee camps, beginning with both index fingers and later expanding to all ten digits and both eyes.

    Reeling from 9/11, the US and its allies saw biometrics as a way to root out the new faceless enemy. At the same time, for humanitarian workers on the ground, it was an apparently simple answer to an intractable problem: how to identify a ‘genuine’ refugee. Those claiming refugee status could be crossed-checked against a host country’s citizenship records. Officials could detect refugees who tried to register under more than one name in order to get additional aid. Biometric technologies were laden with promises: improved accountability, increased efficiency, greater objectivity, an end to the heavy-handed tactics of herding people around and keeping them under surveillance.

    When refugees relinquish their fingerprints in return for aid, they don’t know how traces of themselves can travel through an invisible digital architecture. A centralised biometric infrastructure enables opaque, automated data-sharing with third parties. Human rights advocates worry about sensitive identifying information falling into thehands of governments or security agencies. According to a recent privacy-impact report, the UNHCR shares biometric data with the Department of Homeland Security when referring refugees for resettlement in the US. ‘The very nature of digitalised refugee data,’ as the political scientist Katja Jacobsen says, ‘means that it might also become accessible to other actors beyond the UNHCR’s own biometric identity management system.’

    Navigating a complex landscape of interstate sovereignty, caught between host and donor countries, refugee aid organisations often hold contradictory, inconsistent views on data protection. UNHCR officials have long been hesitant about sharing information with the Kenyan state, for instance. Their reservations are grounded in concerns that ‘confidential asylum-seeker data could be used for non-protection-related purposes’. Kenya has a poor record of refugee protection. Its security forces have a history of harassing Somalis, whether refugees or Kenyan citizens, who are widely mistrusted as ‘foreigners’.

    Such well-founded concerns did not deter the UNHCR from sharing data with, funding and training Kenya’s Department of Refugee Affairs (now the Refugee Affairs Secretariat), which since 2011 has slowly and unevenly taken over refugee registration in the country. The UNHCR hasconducted joint verification exercises with the Kenyan government to weed out cases of double registration. According to the anthropologist Claire Walkey, these efforts were ‘part of the externalisation of European asylum policy ... and general burden shifting to the Global South’, where more than 80 per cent of the world’s refugees live. Biometrics collected for protection purposes have been used by the Kenyan government to keep people out. Tens of thousands of ethnic Somali Kenyan citizens who have tried to get a Kenyan national ID have been turned away in recent years because their fingerprints are in the state’s refugee database.

    Over the last decade, biometrics have become part of the global development agenda, allegedly a panacea for a range of problems. One of the UN’s Sustainable Development Goals is to provide everyone with a legal identity by 2030. Governments, multinational tech companies and international bodies from the World Bank to the World Food Programme have been promoting the use of digital identity systems. Across the Global South, biometric identifiers are increasingly linked to voting, aid distribution, refugee management and financial services. Countries with some of the least robust privacy laws and most vulnerable populations are now laboratories for experimental tech.

    Biometric identifiers promise to tie legal status directly to the body. They offer seductively easy solutions to the problems of administering large populations. But it is worth asking what (and who) gets lost when countries and international bodies turn to data-driven, automated solutions. Administrative failures, data gaps and clunky analogue systems had posed huge challenges for people at the mercy of dispassionate bureaucracies, but also provided others with room for manoeuvre.

    Biometrics may close the gap between an ID and its holder, but it opens a gulf between streamlined bureaucracies and people’s messy lives, their constrained choices, their survival strategies, their hopes for a better future, none of which can be captured on a digital scanner or encoded into a database.

    https://www.lrb.co.uk/blog/2020/september/machine-readable-refugees
    #biométrie #identité #réfugiés #citoyenneté #asile #migrations #ADN #tests_ADN #tests_génétiques #génétique #nationalité #famille #base_de_donnée #database #HCR #UNHCR #fraude #frontières #contrôles_frontaliers #iris #technologie #contrôle #réinstallation #protection_des_données #empreintes_digitales #identité_digitale

    ping @etraces @karine4
    via @isskein

  • #Covid-19 : pourquoi les autorités misent sur les #tests_antigéniques - Le Parisien
    https://www.leparisien.fr/societe/covid-19-pourquoi-le-gouvernement-mise-sur-les-tests-antigeniques-08-09-2

    « À quoi pourront servir [ces tests antigéniques] ? À repérer plus rapidement les personnes porteuses d’une charge virale élevée et donc, probablement, plus contagieuses ».

    #contagiosité

  • Thread by Panda31808732 : 1. Maîtriser le virus : purger, prévenir, dépister, tracer, isoler. Avertissement : c’est long. Il y aura un lien pour lire sur version HTML…
    https://threadreaderapp.com/thread/1277322215336349697.html

    1. Maîtriser le virus : purger, prévenir, dépister, tracer, isoler.

    Long thread très intéressant ou il est question de #prévention #Covid-19 #réduction_des_risques #tracking #tests #propagation #transmission.

  • The implications of silent #transmission for the control of #COVID-19 outbreaks | PNAS
    https://www.pnas.org/content/early/2020/07/02/2008373117

    We evaluate the contribution of presymptomatic and asymptomatic transmission based on recent individual-level data regarding infectiousness prior to symptom onset and the asymptomatic proportion among all infections. We found that the majority of incidences may be attributable to silent transmission from a combination of the presymptomatic stage and asymptomatic infections. Consequently, even if all symptomatic cases are isolated, a vast outbreak may nonetheless unfold. We further quantified the effect of isolating silent infections in addition to symptomatic cases, finding that over one-third of silent infections must be isolated to suppress a future outbreak below 1% of the population. Our results indicate that symptom-based isolation must be supplemented by rapid #contact tracing and testing that identifies asymptomatic and presymptomatic cases, in order to safely lift current restrictions and minimize the risk of resurgence.

    #sars_cov2 #asymptomatique #pré-symptomatique #tests #dépistages

  • Faulty COVID-19 antibody tests now complicating efforts to know reach of virus – 60 Minutes - CBS News
    https://www.cbsnews.com/news/coronavirus-antibody-testing-inaccurate-data-60-minutes-2020-06-28

    Back in March, the Food and Drug Administration took the unprecedented step of allowing COVID antibody tests to flood the market without review. The tests were billed as a critical tool to assess where the virus had spread and who might have immunity. But in the government’s rush to get more people tested quickly, it may have missed the mark. Over the course of a three-month investigation, 60 Minutes has learned that federal officials knew many of the antibody tests were seriously flawed but continued to allow them to be sold anyway. Now, as Coronavirus surges in parts of the country, that government failure is complicating efforts to know the reach of the Coronavirus.

    #FDA #Big_Pharma #tests

  • La lutte payante de l’Uruguay contre l’épidémie due au coronavirus
    https://www.lemonde.fr/international/article/2020/06/08/la-lutte-payante-de-l-uruguay-contre-l-epidemie-due-au-coronavirus_6042143_3

    « Si l’Uruguay était une île, nous pourrions dire que nous avons vaincu l’épidémie, estime Carlos Batthyany, malheureusement nous partageons une frontière terrestre avec le Brésil, le deuxième pays ayant le plus de cas positifs au monde. » La ville frontalière de Rivera (nord), qui est celle qui enregistre le plus grand nombre de cas, inquiète particulièrement les autorités, qui ont renforcé les contrôles devant une augmentation récente du nombre de cas.

    #Covid-19#migrant#migration#frontières#Uruguay#Bresil#santé#tests#système-santé

  • La Chine veut imposer un bonus-malus sanitaire aux compagnies aériennes
    https://www.lemonde.fr/economie/article/2020/06/05/la-chine-veut-imposer-un-bonus-malus-sanitaire-aux-compagnies-aeriennes_6041

    Selon l’Administration chinoise de l’aviation civile, environ 25 000 personnes entraient, chaque jour, en Chine, par voie aérienne avant la crise. Ce nombre, actuellement ramené à environ 3 000, pourrait être porté à 4 700 personnes par jour. Mais les conditions sont draconiennes. Chaque compagnie n’aura droit qu’à une liaison hebdomadaire. « Toutes vont demander Shanghaï », pronostique un diplomate. Surtout, la Chine introduit un système de bonus-malus par compagnie. Si aucun passager n’est testé positif au Covid-19 durant trois semaines d’affilée, la compagnie va être autorisée à effectuer une seconde liaison hebdomadaire. En revanche, si cinq cas positifs sont décelés, la compagnie est suspendue pendant une semaine. Une suspension portée à quatre semaines si dix passagers sont décelés positifs.Autre précision importante : depuis la fin de mars, la Chine n’autorise plus les étrangers à entrer sur son territoire, à l’exception des diplomates et des hommes d’affaires dont la présence est jugée indispensable à la Chine. Par ailleurs, ils sont actuellement soumis, à leur retour, à une quarantaine, pouvant actuellement aller jusqu’à trois semaines à Pékin, à leurs frais, dans un hôtel choisi par les autorités chinoises. Et le prix des vols est prohibitif. Comme la Chine n’a pas annoncé de changement à l’égard des étrangers, ce sont principalement les étudiants chinois, actuellement bloqués à l’étranger, qui pourraient profiter de l’ouverture annoncée jeudi par Pékin.

    #covid-19#migrant#migration#circulation#liaisons-aériennes#bonus-malus-sanitaire#quarantaine#tests#Chine#santé

  • Cette pandémie nous offre un miroir grossissant de nos inégalités. On investit l’argent, l’énergie, le personnel dans les soins aigus, pas dans la santé publique . Françoise Baylis : « La pandémie de Covid-19 nous offre un miroir grossissant de nos inégalités » , propos recueillis par Nathaniel Herzberg
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/02/francoise-baylis-la-pandemie-de-covid-19-nous-offre-un-miroir-grossissant-de

    L’éthicienne et philosophe s’inquiète de l’impact sur notre vie privée de l’instauration d’un passeport immunitaire, alors que personne ne sait comment fonctionne l’immunité face au virus.

    Françoise Baylis est professeure de philosophie à l’université Dalhousie, à Halifax (Canada), et spécialiste d’éthique scientifique et médicale. Elle conseille notamment l’OMS sur les politiques d’édition du génome.

    Vous venez de publier un article virulent dans la revue « Nature », dans lequel vous dénoncez les projets de passeport immunitaire, censés permettre aux personnes protégées de se déplacer et de travailler librement. En quoi de tels dispositifs choquent-ils l’éthicienne que vous êtes ?

    Personne ne sait précisément comment fonctionne l’immunité face au Covid-19. Est-on sûr qu’une exposition passée va nous protéger d’une infection future ? Pour le moment, non. Une telle protection durerait-elle six mois, un an, deux ans ? On n’en sait rien non plus. Certains scientifiques se demandent même si une réinfection ne pourrait pas être pire que la première infection.

    Par ailleurs, les tests sérologiques actuels ne sont pas fiables, et le risque de faux positifs ou de faux négatifs peuvent créer une confusion immense, puisqu’ils n’apporteront pas la garantie de pouvoir aller travailler sans se contaminer ou contaminer les autres. S’y ajoute un manque cruel de tests. Nous sommes 38 millions au Canada. Il faut prévoir au moins deux tests par personne pour démarrer un programme et offrir ne serait-ce qu’une seconde chance à celui que l’on diagnostiquera négatif, donc non protégé, et qui verra ses mouvements limités. Ça fait 76 millions. Et notre gouvernement vient de dire qu’il espère réaliser un million de tests dans les deux ans à venir. En France, vous êtes 67 millions.

    En combien de temps pourriez-vous réaliser 134 millions de tests ?

    Dans une simple perspective scientifique et technique, de tels dispositifs ne permettent nullement d’atteindre les objectifs annoncés, à savoir rouvrir l’économie.

    Si ces obstacles techniques devaient être surmontés, quels problèmes éthiques se présenteraient à nous ?

    Je m’inquiète d’abord d’une surveillance accrue de la vie quotidienne et d’une atteinte à la vie privée. Comment éviter que d’autres données de santé, qui peuvent peser sur le risque de Covid, ne soient incluses – maladies chroniques, santé mentale, particularités génétiques – et que le passeport immunitaire ne devienne un passeport biologique ? Qui alors y aura accès : les employeurs, les assurances, la police ?
    Dans un contexte de crise, on risque d’échanger notre liberté de circulation, un principe essentiel, contre une prétendue sécurité sanitaire, sans voir que l’on ouvre la voie à des protocoles de suivi numérique. Et cela va d’abord pénaliser les communautés vulnérables.

    Lesquelles ?

    Le profilage racial cause un vrai souci chez nous. Les Noirs sont beaucoup plus souvent arrêtés que les autres. Ce passeport immunitaire offrirait une nouvelle opportunité de contrôle supplémentaire dont on sait sur qui elle pèsera. On va créer un instrument de stratification sociale supplémentaire, entre les immuno-privilégiés et les autres. D’autant, et c’est encore un argument, que l’on peut déjà voir qui disposera de ces tests : aujourd’hui, ce sont les riches, les puissants, les célébrités qui ont accès aux tests virologiques. Ce sont eux qui seront servis les premiers. Les très jeunes, les vieux, les handicapés, les malades mentaux, les prisonniers passeront en dernier, car ils ne sont pas utiles à la relance de l’activité.

    Redoutez-vous des effets pervers pour la santé publique ?

    Oui. Le risque de développer une forme grave est assez faible. Si le seul moyen de travailler est de contracter la maladie, certains pourraient se faire volontairement contaminer, se mettre en danger mais aussi mettre en danger d’autres personnes, peut-être beaucoup plus fragiles. Par ailleurs, en instaurant ce passeport, on prend le contre-pied de tout ce qu’on a fait depuis trois mois. Les messages de santé publique ont insisté sur la distanciation physique, le lavage des mains, le port du masque et voilà que ceux qui auraient suivi ces règles et échappé au virus devraient être punis et rester chez eux ? La prochaine fois, il ne faut pas compter sur ces gens pour suivre les recommandations.

    Mais la nécessité de relancer la machine, dont l’arrêt coûte aussi des vies, nous laisse-t-elle le choix ?

    Je sais bien que cette crise économique aura un impact terrible sur ces mêmes populations vulnérables. La relance de l’économie est essentielle. Mais elle doit se faire dans un contexte solidaire, en incluant tout le monde. Par des mesures simples, pratiques, dont certaines nous ont déjà permis de réduire la circulation du virus, plutôt qu’en privilégiant une minorité. D’autant qu’aujourd’hui seul un très petit pourcentage de la population a été touché par le Covid-19 : 3 % ici, 10 % là, peut-être 30 % à New York. Mais on ne redémarre pas l’économie avec ça. Si seule une petite fraction de la population peut entrer dans votre magasin, mieux vaut ne pas ouvrir. La seule solution est d’aller de l’avant ensemble.

    Un tel passeport est-il si différent de l’actuel carnet de vaccination, qui doit être à jour pour participer à certaines activités ou pour se rendre dans certains pays ?

    Un vaccin apporte des informations robustes. On peut dire avec une quasi-certitude que celui qui l’a reçu est protégé, et pour combien de temps. Ce n’est pas le cas avec cette immunité. Si l’on trouve un vaccin d’ici douze ou dix-huit mois – ce dont personnellement je doute – qui protège à la fois contre la réinfection et contre le risque d’infecter quelqu’un d’autre, je pourrais imaginer que certains lieux l’exigent avant de permettre l’entrée. Ce serait un débat intéressant. Aujourd’hui encore, le vaccin contre le grippe n’est pas obligatoire chez les personnels de maisons de retraite. Ça me semble très discutable et ça serait l’occasion d’en débattre.

    Les applications de traçage des contacts ne posent-elles pas les mêmes questions de liberté et de risques de discrimination ?

    Je ne crois pas. On sait que c’est efficace [?! ndc] , que l’ensemble de la communauté peut en tirer avantage et que chacun peut, en principe, ne pas y souscrire. Donc sous réserve d’un certain nombre de précautions techniques garantissant un accès limité aux données, ce dispositif me semble viser des objectifs de santé publique.

    Cette pandémie a provoqué une mobilisation sans précédent, avec une accélération de toutes les procédures, de financement, de méthodes de recherche, de modes de publication. Qu’en pensez-vous ?

    Face à une crise, il est normal de tenter d’aller de l’avant plus vite. Mais ces nouvelles règles peuvent avoir des conséquences néfastes et changer les processus à long terme. Donc il faut bien prendre garde aux raccourcis. Certains envisagent ainsi d’éliminer le stade de recherche préclinique sur les animaux, pour passer directement des études cellulaires aux essais thérapeutiques. Ça me semble très problématique.

    Ce qui se joue autour des vaccins est plus intéressant car plus complexe. La procédure habituelle d’essais thérapeutiques prévoit que, dans les phases 1 et 2, on vérifie que le vaccin est sûr et qu’il permet bien la production d’anticorps, puis la phase 3 commence. Elle est longue et nécessite des milliers, voire des dizaines de milliers de participants. Une moitié reçoit le vaccin, l’autre un placebo. Puis ils reprennent leur vie, avec toutes les précautions d’usage. Et six mois ou un an après, parfois plus, on regarde qui a été infecté, en espérant qu’ils seront tous dans le groupe qui n’a pas reçu le vaccin.

    Certains voudraient aller plus vite et inoculer le virus à ceux qui ont reçu le vaccin, avec un résultat en quelques semaines. Un tel procédé est acceptable si l’on dispose d’un traitement en cas d’infection, mais là, on n’en a pas. Leur faire courir un risque de mort – faible, je l’admets, mais un risque quand même – me paraît hautement problématique sur le plan éthique. D’autant que, là encore, la probable rémunération associée fera que le risque sera pris par les plus démunis.

    Dans cette pandémie, les politiques sanitaires ont-elles protégé en priorité les populations à risques ou les systèmes de santé ?

    Indiscutablement les systèmes de santé, afin d’éviter qu’ils ne soient submergés. Et cela se voit : ce sont les personnes âgées qui ont subi les conséquences les plus négatives, notamment dans les maisons de retraite, pourtant identifiées comme des lieux à risque. En réalité, nous n’étions pas prêts. Quand l’épidémie a éclaté, j’étais au Vietnam. Dans n’importe quel magasin où j’entrais, on me proposait un masque, du gel pour nettoyer mes mains, on prenait ma température. Aujourd’hui encore, dans nos pays, de telles mesures ne sont pas appliquées.

    L’absence de prévention ne pose-t-elle pas un problème éthique ?

    Un immense problème. Cette pandémie nous offre un miroir grossissant de nos inégalités. On investit l’argent, l’énergie, le personnel dans les soins aigus, pas dans la santé publique. Et l’on en subit aujourd’hui les conséquences. Il va falloir y réfléchir, car nous allons devoir trouver une façon de vivre avec ce virus et nous préparer au prochain. Alors où investir ? Dans l’hôpital, exclusivement ? Dans un projet de passeport immunitaire, coûteux, dangereux et inutile ? Dans des politiques de prévention qui peuvent toucher tout le monde, les pauvres comme les riches ? Notre société a accepté le creusement des inégalités. Tout mettre sur l’individu, rien ou très peu sur la justice sociale ? Est-ce dans ce monde que nous voulons vivre ?

    #système_de_santé #santé_publique #prévention #hospitalo_centrisme #immunité #passeport_immunitaire #tests_sérologiques #données_de_santé

  • Valeur prédictive des résultats des #tests diagnostiques : l’exemple des tests #covid-19
    https://www.prescrire.org/Fr/203/1845/58650/0/PositionDetails.aspx

    Les performances des tests sont variables, que ce soit les tests diagnostiques de l’infection par #PCR ou les tests sérologiques recherchant une immunité liée à une infection passée. Parfois leur sensibilité est médiocre, conduisant à beaucoup de faux négatifs.

    En prenant l’hypothèse de deux tests sérologiques pour le virus #Sars-CoV-2, l’un de performance moyenne avec une sensibilité de 85 % et une spécificité de 98 %, et l’autre de performance médiocre dont la sensibilité serait de 65 % et la spécificité de 90 %, on peut calculer la probabilité que le contact avec le virus soit diagnostiqué à bon escient si on connait la fréquence de la maladie.

    Un exemple (parmi d’autres) peut être celui d’une personne sans symptôme notable d’une région où 2 % des habitants ont été infectés par le virus Sars-CoV-2 qui se fait tester. Si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 45 % (valeur prédictive positive, VPP). Si le test de moindre performance est utilisé et que le résultat est positif, cette probabilité n’est que de 12 %. Autrement dit, le test est faussement positif dans 83 % des cas.

    Dans les mêmes conditions de tests mais dans une région où 12 % des habitants ont été infectés, si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 85 %. Si le test de moindre performance est positif, cette probabilité n’est que de 47 %.

    Parmi les personnes qui ont eu des symptômes évocateurs de covid-19, des études ont montré qu’en pleine circulation virale, environ 25 % des cas vus par des généralistes étaient réellement liés à l’infection par le Sars-CoV-2. Dans ces conditions, chez une personne qui a eu des symptômes évocateurs de covid-19, si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 93 %. Si le test de moindre performance est utilisé et positif, cette probabilité n’est que de 68 %.

    #statistiques #sérologie

  • Indian domestic flights resume as Covid-19 surges - Asia Times
    https://asiatimes.com/2020/05/indian-domestic-flights-resume-as-covid-19-surges

    The resumption of domestic air travel was marred by confusion, unscheduled cancellations, stranded passengers, an absence of public ground transport, and social distancing non-compliance at airports.
    India was among the first countries to begin testing all incoming international passengers for Covid-19 and imposed a total lockdown from March 25. The lockdown was intended to prevent the spread of the virus and give authorities enough time to prepare for any surge in the number of infections.

    #Covid-19#migrant#migration#réouverture-frontières#transports-aériens#diffusion-virus#nouvelles-infections#tests#aéroport#santé#mesures-sanitaires

  • Coronavirus : en Inde, Narendra Modi reste populaire dans la tempête
    https://www.lemonde.fr/international/article/2020/05/26/en-inde-narendra-modi-reste-populaire-dans-la-tempete_6040763_3210.html

    Mardi 26 mai, l’Inde est passée devant l’Iran sur la liste des pays les plus touchés par la pandémie, avec plus de 145 000 cas de contamination. Le nombre de morts du Covid-19 a franchi la barre des 4 000 et, dans les jours qui viennent, il va dépasser le bilan de la Chine, anéantissant l’espoir nourri jusqu’ici par Delhi de compter moins de victimes que l’autre géant d’Asie. Alors que le confinement du sous-continent, qui compte 1,3 milliard d’habitants, doit prendre fin dimanche 31 mai, le nombre de nouveaux cas détectés quotidiennement, qui tournait autour de 2 000 début mai, approche maintenant les 7 000, du fait notamment de la multiplication des tests de dépistage, près de 110 000 par jour – contre 30 000 à la mi-avril. Cette tendance à la hausse pourrait aussi être due à l’assouplissement des règles de confinement dans certaines régions et, surtout, aux trains qui ont fini par être affrétés, à partir du 4 mai, pour ramener chez eux des millions de migrants bloqués dans les grandes métropoles. Aussi modeste soit-elle, la reprise du trafic aérien domestique, lundi, risque d’aggraver encore la situation. Les experts sont unanimes : le pic de la contagion est encore à venir. Malgré cette situation inquiétante, la popularité de M. Modi semble demeurer extrêmement élevée, en apparence. En avril, un sondage de l’institut Gallup a estimé que les Indiens étaient 91 % à être « satisfaits » de la façon dont leur gouvernement gère l’épidémie. Selon le site Indo-Asian News Service, la popularité du premier ministre serait passée en deux mois de 77 % à 93 %. « Ces scores sont exagérés. Les enquêtes d’opinion sont réalisées auprès de la classe moyenne en milieu urbain, on ne demande pas leur avis aux migrants qui ont perdu leur emploi et meurent de faim le long des routes », analyse Sanjay Kumar, directeur du Centre for the Study of Developing Societies de Delhi. Si le dirigeant nationaliste n’en demeure pas moins populaire, c’est qu’« à l’instigation du BJP, les médias répètent à longueur de temps que l’Inde est moins frappée que les pays riches comme les Etats-Unis ou la France », fait remarquer cet expert reconnu des sciences sociales.

    #Covid-19#migrant#migration#travailleurs-migrants#Inde#santé#mortalité#tests#islamophobie#nationalisme#stigmatisation#famine#pauvreté

  • Universal and Serial Laboratory Testing for #SARS-CoV-2 at a Long-Term Care Skilled Nursing Facility for Veterans — Los Angeles, California, 2020 | MMWR
    https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6921e1.htm

    What is already known about this topic?

    Long-term care skilled nursing facilities (SNFs) are at high risk for COVID-19 outbreaks. Many SNF residents and staff members identified with COVID-19 are asymptomatic and presymptomatic.

    What is added by this report?

    After identification of two cases of COVID-19 in an SNF in Los Angeles, universal, serial reverse transcription–polymerase chain reaction (RT-PCR) testing of residents and staff members aided in rapid identification of additional cases and isolation and cohorting of these residents and interruption of transmission in the facility.

    What are the implications for public health practice?

    Universal and serial RT-PCR testing in SNFs can identify cases during an outbreak, and rapid isolation and cohorting can help interrupt #transmission.

    #tests #isolement

  • Coronavirus : ruée sur les tests sérologiques pour savoir si l’on a été contaminé par le Covid-19
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/21/savoir-si-on-l-a-eu-la-ruee-sur-les-tests-serologiques-du-covid-19_6040320_3

    Savoir si l’on a été en contact avec le virus, même sans symptômes… c’est la question qui pousse de plus en plus de particuliers à se faire tester. Mais les autorités répètent que les résultats ne doivent pas être un « passeport d’immunité », vu le flou qui existe sur l’immunité à la maladie.

    Les autorités ont beau inciter à la prudence et les certifications françaises tarder à se matérialiser, les #tests_sérologiques suscitent l’engouement des particuliers, avec ou sans ordonnance.
    Pour le constater, dans les grandes villes, il suffit presque de traverser la rue : au premier laboratoire d’analyses médicales venu, il y a foule, la plupart des grands réseaux nationaux disposant désormais, depuis quelques semaines, de stocks suffisants de ces tests réalisables à partir d’une simple prise de sang et fournissant des résultats en un à deux jours.

    Savoir si l’on a été, oui ou non, en contact avec le virus, même sans symptômes, si cette grippe harassante attrapée début mars ou fin janvier n’était pas le Covid-19, les raisons d’être curieux ne manquent pas. Pour autant, martèlent les pouvoirs publics, une sérologie positive ne doit pas être considérée comme un « passeport d’immunité » , au regard des interrogations qui demeurent sur la réponse immunitaire au Covid-19.

    « Depuis le 5 mai, le jour où l’on a reçu les tests, ça n’arrête pas. On aurait dit le premier jour des soldes » , constate, dans le 4e arrondissement de Paris, une biologiste ayant tenu à rester anonyme, à la tête d’un laboratoire où les files de patients et les journées s’allongent, entre prélèvements Covid-19 et début de rattrapage de l’activité habituelle. Sur 120 patients journaliers, 40 % viennent pour un test sérologique, estime-t-elle. Le taux de positifs est d’environ 6 %, comme pour les tests PCR, ces prélèvements nasopharyngés à partir desquels on détecte la présence du virus lui-même, et non celle des anticorps.

    « On paie la politique de ne pas dépister »

    « C’est beaucoup du diagnostic de rattrapage, on paie aujourd’hui la politique de ne pas dépister » , ajoute la biologiste. Parfois aussi, le test est un « gadget » que s’offrent les personnes qui en ont les moyens, sans toujours avoir eu de symptômes ni vu de médecin, regrette-t-elle. Le test, facturé 30 à 40 euros, n’est pas remboursé pour le moment, sauf pour les soignants – un avis de la Haute Autorité de santé (HAS) sur ce point est attendu dans les prochains jours.

    Dans un quartier moins cossu du 12e arrondissement, place Félix-Eboué, l’affluence n’est pas moindre. Un jeune homme « à risque » s’enquiert au comptoir : « Vous testez bien les IgG et les IgM [deux types d’anticorps] ? » La plupart des laboratoires proposent des tests quantitatifs s’appuyant sur la méthode éprouvée Elisa (des automates de laboratoire détectent la quantité des anticorps anti-SARS-CoV-2 dans le sérum sanguin) et tous respectent les critères de performance énoncés par la HAS.

    Le téléphone sonne : « Oui, madame, c’est sur prise de sang, par contre ce n’est pas remboursé. » Schéhrazade Sbahi, biologiste médicale, estime à plus d’une centaine le nombre de tests quotidiens. « Il y a ceux qui veulent reprendre le boulot, revoir la famille et les grands-parents, ceux qui doivent voyager ou se déplacent dans leur pays d’origine » , dit-elle. La rentrée des classes a aussi amené son lot de parents inquiets, venus faire tester leur enfant.

    Confusion et pédagogie sur les bénéfices d’un test

    Le laboratoire du 4e arrondissement a ainsi accueilli une famille dont les parents ont eu de lourds symptômes, l’un d’eux a été testé positif par test PCR (prélèvement nasal). Ce mois-ci, ils ont fait tester leurs trois enfants : sérologie négative. Venu aussi se faire tester, ce couple qui a fêté le déconfinement en dînant avec un ami, pour apprendre deux jours plus tard que ce dernier avait déclaré des symptômes et était positif au Covid-19. Pour ces derniers, ce sera donc un test PCR, précise la biologiste chargée de leur suivi, qui doit régulièrement renvoyer chez eux des gens symptomatiques venus à tort pour une sérologie.

    La HAS, dans sa série d’avis, a réaffirmé la prééminence des tests PCR comme outil privilégié de diagnostic pour toute personne présentant des symptômes ou pour les « cas contacts ». Elle reste prudente sur la sérologie, qui n’est praticable qu’à partir de quatorze jours après les premiers symptômes, le temps que des anticorps aient pu se former, et rappelle qu’une sérologie positive ne garantit pas de protection contre le virus ni ne permet de dire si l’on est contaminant.

    Cédric Carbonneil, chef du service d’évaluation des actes professionnels de la HAS, maintient cet appel à la prudence : « Il n’y a pas de raison que les patients se rendent dans un laboratoire sans avoir vu au préalable un médecin qui va statuer sur l’examen clinique et prescrire le test adéquat » , dit-il.

    Quant à l’espoir, compréhensible, de connaître son degré de protection face au virus : « La réponse, aujourd’hui, est que l’on ne sait pas, on n’a pas de garantie que, s’il y a une présence d’anticorps, on sera protégé contre une réinfection ultérieure. Il ne faut pas qu’il y ait cette volonté de se rassurer, parce que ça va être faussement rassurant. »

    Théorème de Bayes et prévalence du virus

    Outre les inconnues sur l’immunité, plusieurs facteurs sont cités par la HAS pour déconseiller un dépistage généralisé. Un des arguments s’appuie sur la règle de Bayes, principe cardinal des probabilités conditionnelles, qui permet d’affiner la probabilité d’un événement en fonction du contexte dans lequel il survient. Dans le cas du Covid-19, plus la prévalence du virus est faible dans une population, plus le risque de faux positif du test sérologique est grand.

    Par exemple, si un patient est testé dans un hôpital où la prévalence du virus est estimée à 69 %, un test sérologique positif garantit à 99 % qu’il a eu le Covid-19. En revanche, s’il fait partie d’une population où l’on présume que le virus a une prévalence de 5 %, soit à peu près la prévalence nationale estimée par l’Institut Pasteur (4,4 %), la valeur prédictive d’un test positif descend à 70 %, les faux positifs devenant plus fréquents. De là vient notamment la recommandation, traduite en mesures concrètes mardi par le ministre de la santé, Olivier Véran, de tester avant tout les soignants et les intervenants dans des milieux à risque.


    Tableau de la Haute Autorité de santé présentant des simulations de valeur prédictive positive des tests sérologiques en fonction de la prévalence de la maladie. HAUTE AUTORITE DE SANTE

    Ce choix ne fait toutefois pas l’unanimité et alimente les différends entre épidémiologistes, virologues et immunologistes, entre acteurs de santé publique et chercheurs, dont les manières d’aborder l’épidémie s’opposent parfois publiquement, souvent plus silencieusement.

    Une « envie de savoir » légitime

    A l’Institut Curie, l’immunologiste clinique Olivier Lantz reconnaît d’emblée que les tests sérologiques sont entourés de confusion et que « trouver des anticorps, c’est une chose, savoir s’ils sont protecteurs, c’en est une autre » . Cette capacité neutralisante fait d’ailleurs l’objet de recherches toujours en cours. Toutefois, estime-t-il, « que des gens qui ont eu des symptômes en région parisienne, où la prévalence dépasse sans doute les 10 %, aient envie de savoir s’ils l’ont eu, c’est parfaitement légitime » . Déplorant une communication fondée sur des arguments d’autorité, voire sur la peur, il ajoute :

    « On peut toujours voir le verre à moitié vide ou à moitié plein, mais a priori ils sont protégés pour au moins quelques mois dans l’immédiat. C’est une vérité provisoire, comme toujours en science, mais c’est cela qu’il faut expliquer, plutôt que de dire qu’il ne faut surtout pas faire de sérologie parce que vous allez croire que vous êtes protégé alors que vous ne l’êtes pas. »

    Dans les mois qui viennent, son équipe va suivre la sérologie de 2 500 volontaires de l’institut de recherche et tenter de répondre à quelques questions de sérologie cruciales : dans quelle mesure des asymptomatiques ont-ils été en contact avec le virus, combien de temps les personnes touchées vont-elles garder leurs anticorps et, enfin, celles qui en possèdent sont-elles protégées en cas de deuxième exposition au virus ?

    Huit cent soixante-dix employés ont déjà été prélevés, avec « différents niveaux d’exposition, plein de choses intéressantes à faire… », note-t-il. Si les pouvoirs publics restent réticents à inclure plus largement les tests sérologiques dans leur arsenal, du point de vue de la science, dit-il, pour comprendre ce qu’il se passe, « la sérologie, c’est la clé de tout » .

    #sérologie #immunité

  • A propos du dépistage du #coronavirus et de la stratégie de notre « brave-gouvernement » loin d’être à la hauteur concernant la gravité de l’épidémie. On ne change pas une équipe qui perd.

    Tests : les trois erreurs du gouvernement - Le Point
    https://www.lepoint.fr/sante/tests-les-trois-erreurs-du-gouvernement-16-05-2020-2375730_40.php

    La stratégie retenue par Olivier Véran est de ne tester que les cas présentant déjà des symptômes, sur prescription médicale, puis les personnes avec lesquelles ils ont été en contact dans les 48 heures précédant ces symptômes. Selon lui, un dépistage plus large n’aurait « aucun sens au niveau médical et scientifique. » Vous n’êtes pas de cet avis…

    Cette stratégie est insuffisante pour contrôler l’épidémie, au moins pour trois raisons. La première, c’est la fréquence des porteurs asymptomatiques, ces gens qui diffusent le virus sans que personne n’en ait conscience. Des chercheurs du Scripps Research Institute ont compilé les études permettant d’estimer la fréquence du portage asymptomatique dans des populations testées plus ou moins systématiquement. Une des études les plus informatives, car elle porte sur 1 046 personnes positives, est celle des marins du porte-avions Charles de Gaulle : dans cette étude, 48 % des personnes testées étaient asymptomatiques. Une autre étude informative est celle de la population du Diamond Princess qui comptait 46 % d’asymptomatiques sur 712 positifs. L’ensemble des données rassemblées par les chercheurs du Scripps Institute donne une estimation globale du portage asymptomatique de 52 %, fondée sur l’observation de près de 3 000 cas positifs. En clair : la moitié des personnes infectées par le Covid-19 ne le savent pas, et ne le sauront jamais puisqu’elles ne développeront pas de symptômes.

    #asymptomatique

    • Macron se fait bien lâcher par la droite ! Mais c’est intéressant à plein d’autres titres.

      L’épidémiologiste Catherine Hill redoute une seconde vague de l’épidémie, faute d’une politique de tests massifs que refuse le gouvernement.

      La troisième raison, enfin, c’est que l’essentiel des contaminations se fait dans les 5 jours précédant l’apparition des symptômes et dans les 5 jours après les premiers symptômes. Limiter la recherche aux contacts des 48 heures précédant l’apparition des symptômes ignore donc une partie des contacts potentiellement contaminés.

      Elle parle de #tests_groupé (20 personnes) ou « géographiques » (ma formulation) en analysant les eaux usées de petites villes, pour tester plus souvent plus de personnes avec moins de ressources.

      La première information que l’on peut en tirer, c’est qu’il reste plus de 64 millions de personnes à risque d’attraper le Covid-19, ce qui n’est pas vraiment une bonne nouvelle. La seconde information est que 0,7 % des personnes infectées meurent, car 3,6 % des personnes infectées sont hospitalisées et 18,1 % des hospitalisés meurent. La mortalité est donc inférieure à 1 %, ce qui n’est pas une trop mauvaise nouvelle.

      Il aurait fallu tester des échantillons représentatifs de la population par RT-PCR à intervalles réguliers pour avoir une idée de la propagation du virus.

      Il faut tester massivement, et c’est une grave erreur d’avoir interdit aux entreprises de proposer des tests à leur personnel via la médecine du travail. Quand la situation sera redevenue normale, on ne manquera pas de s’interroger sur la stratégie qui a conduit à confiner la majeure partie de la population en laissant le virus circuler au-dehors au lieu de rechercher activement les personnes portant le virus et leurs contacts afin de les isoler.

      #tests

  • Une startup algérienne élabore un kit de détection du coronavirus — Santé Algérie
    https://sante-algeria.com/une-startup-algerienne-elabore-un-kit-de-detection-du-coronavirus

    Une startup basée à Sidi Bel Abbès vient de réussir une innovation très remarquable en élaborant un kit de détection du coronavirus SARS-CoV-2.

    C’est ce qu’annonce, ce dimanche 10 mai, la direction générale de la recherche scientifique et du développement technologique qui a accompagné cette startup dans ce travail scientifique de pointe.

    L’Institut Pasteur d’Alger a validé ce moyen de diagnostique après des tests effectués avec succès sur des témoins positifs.

    Le coût moyen d’un kit appelé RT-qPCR ne dépasse pas les 1000 dinars, contre 6 000 dinars que coûtent les kits importés.

    #tests

  • Non, l’OMS n’a pas commencé en « avril » à appeler à « tester de manière massive » | Factuel
    https://factuel.afp.com/non-loms-na-pas-commence-en-avril-appeler-tester-de-maniere-massive

    La porte-parole du gouvernement Sibeth Ndiaye a affirmé dimanche, contredisant une journaliste de BFMTV, que « l’OMS a commencé à dire qu’il fallait tester de manière massive (...) au mois d’avril ». C’est faux : l’Organisation mondiale de la santé recommandait déjà début mars de « trouver » et « tester chaque cas » afin de briser les chaînes de transmission du Covid-19. « Nous avons un message simple pour tous les pays : testez, testez, testez. Testez tous les cas suspects », exhortait à nouveau l’OMS le 16 mars.

    Elle croit que les gens sont si bêtes...
    #propagande #tests

  • Epidémie de Covid-19 : l’Ile-de-France pourra-t-elle sortir de la zone « rouge » ? - Chloé Hecketsweiler et Denis Cosnard
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/16/epidemie-de-covid-19-l-ile-de-france-pourra-t-elle-sortir-de-la-zone-rouge_6

    Un employé de la #RATP distribue du gel hydroalcoolique dans le métro, station Saint-Lazare à Paris, le 14 mai. PHILIPPE LOPEZ / AFP

    Un suivi minutieux de chaque nouveau malade et de ses contacts sera indispensable pour éviter un rebond de l’épidémie dans la région la plus densément peuplée de France.

    Quand l’Ile-de-France pourra-t-elle sortir du « rouge » ? A regarder la carte de #suivi_épidémique publiée jeudi 7 mai par la direction générale de la santé (DGS), cet horizon semble encore lointain. Le virus reste bien présent dans la région, notamment à Paris et dans le Val-d’Oise, et le nombre de lits de réanimation occupé demeure élevé. Même dans les scénarios les plus optimistes, plusieurs semaines seront nécessaires pour que ces deux indicateurs repassent dans le vert. Et encore faudra-t-il que les mesures prises pour limiter le nombre de nouveaux cas s’avèrent aussi efficaces qu’attendu.

    A la Mairie de Paris, les élus espèrent bien, cependant, que la décrue de l’épidémie permettra de passer en juin du rouge au vert… et de tenir les élections municipales dans la foulée, fin juin. « Les indicateurs qui nous remontent sont plutôt rassurants , relève Emmanuel Grégoire, le premier adjoint de la maire, Anne Hidalgo. Si on continue à avancer de cette façon, on ne peut attendre que du mieux. Sous réserve, évidemment, qu’il n’y ait pas de résurgence de l’épidémie. Il ne faut donc pas baisser la garde. »

    Poursuivre le télétravail « jusqu’à l’été »

    La menace d’une reprise de l’épidémie est dans toutes les têtes, tant la situation de la région paraît propice à la circulation des virus. Paris est l’une des villes les plus denses au monde, avec plus de 40 000 habitants au mètre carré dans plusieurs quartiers. C’est aussi une ville-carrefour, où se croisent chaque jour des millions de Franciliens et de touristes. Dans certaines lignes de RER ou de métro saturées, comme la 13, difficile de ne pas être tassé contre son voisin. Pour éviter la cohue dans les #transports, la présidente de la région, Valérie Pécresse, a invité tous ceux qui le peuvent à poursuivre le télétravail « jusqu’à l’été » . Cela suffira-t-il ?

    En Ile-de-France, 982 malades du Covid-19 étaient toujours hospitalisés en réanimation au 14 mai, pour 1 200 lits disponibles « en routine » pour l’ensemble des patients, dont ceux hospitalisés à la suite d’une intervention chirurgicale. « Nous sommes montés en avril à quasiment 3 000 lits, en sachant que cela ne pouvait être qu’exceptionnel » , explique Aurélien Rousseau, directeur de l’Agence régionale de santé (ARS) d’Ile de France. « Pour espérer un retour à la normale mi-juin, il faudrait que le R0 [c’est-à-dire le nombre de personnes contaminées par un individu infecté] reste au niveau du confinement » , explique-t-il.

    Pour détecter une éventuelle reprise de l’épidémie, plusieurs indicateurs seront suivis quotidiennement. Le nombre de #tests positifs d’abord : ils seront prescrits à tous les « cas évocateurs » de Covid-19, c’est-à-dire même aux patients présentant peu de symptômes, ainsi qu’à toutes les personnes ayant été en contact avec un cas confirmé, même en l’absence de symptômes. Jusque-là, seule une fraction de la population était testée (les patients les plus graves, les soignants et les résidents des Ehpad) ce qui ne donnait qu’une idée approximative de la situation épidémique. « Cela nous indiquait la tendance. Là, nous serons au plus près de la réalité » , estime Aurélien Rousseau, en précisant qu’à ce stade, « seuls » 2 % des tests réalisés sont positifs.

    Appel en douze langues

    Une modélisation de l’Institut Pasteur estimait qu’au jour du déconfinement, le 11 mai, il y avait 1 200 nouveaux cas quotidiens en Ile-de-France, soit un tiers de ce qui était attendu à l’échelle nationale. Tous doivent désormais faire l’objet d’une « #enquête » pour déterminer les personnes de leur entourage qui ont pu être contaminées. A raison de 10 contacts en moyenne pour chaque patient, cela représente plus de 10 000 appels quotidiens à l’échelle régionale. « Lors de la phase 2 de l’épidémie [au moment où cette stratégie n’était appliquée qu’aux clusters], nous traitions environ 500 cas par jour » , rappelle Aurélien Rousseau.

    Les caisses primaires d’assurance-maladie (CPAM) ont reçu mercredi 13 mai le feu vert pour démarrer ce « #contact_tracing », après la publication du décret encadrant ce dispositif. En #Seine-Saint-Denis, l’un des départements les plus touchés par l’épidémie de Covid-19, les modélisations prévoyaient entre 90 et 130 nouveaux cas au 11 mai. Le travail minutieux d’enquête est confié à une équipe de 174 collaborateurs, avec une « réserve » de 50 personnes supplémentaires au cas où. Une entraide entre départements est prévue, avec la possibilité pour les CPAM situées en dehors de la région de prêter main-forte à celles qui seraient dépassées.

    Le timing pour les enquêtes est très serré : « Tous les dossiers doivent être bouclés dans les vingt-quatre heures » , estime Aurélie Combas-Richard, directrice générale de la CPAM d’Ile-de-France. « On repasse avec chaque patient zéro le film des jours précédents : les lieux qu’ils ont fréquentés, les collègues qu’ils ont pu croiser au travail, les commerces fréquentés » , détaille-t-elle. Vendredi 15 mai, 23 « patients zéro », et 29 personnes de leur entourage ont été contactés. En Seine-Saint-Denis, département multiculturel, l’appel pourra avoir lieu dans douze langues différentes, selon les compétences identifiées à la CPAM : arabe, peul, bambara, tamoul…

    La bonne compréhension des instructions, ainsi que l’adhésion au dispositif, est clé pour prévenir une reprise de l’épidémie. Dans leurs prévisions, les autorités estiment qu’il faudra être capable d’identifier 75 % des nouvelles personnes infectées pour casser les chaînes de transmission. Les « cas contacts » sont invités à se confiner et à réaliser un test de dépistage plusieurs jours après l’exposition au virus. Trois mois après le début de l’épidémie, tout ne va pas de soi. « Nous avons dû réexpliquer à une patiente testée positivement qu’elle ne pouvait pas continuer à travailler, même en portant un masque » , relate Aurélie Combas-Richard.

    « Rester sous la barre des 200 lits »

    Deux fichiers de suivi vont permettre de suivre au jour le jour l’évolution de l’épidémie : « Contact Covid » où sont renseignées toutes les informations sur les cas contacts et les « patients zéro », et Sidep – pour « service intégré de dépistage et de prévention » – où sont consignés les résultats des tests. « Nous suivrons l’évolution des indicateurs deux fois par jour, mais il faudra attendre deux à trois semaines pour savoir si la circulation du virus est bien sous contrôle » , indique Aurélien Rousseau.

    En attendant, toutes les informations recueillies pendant la première vague épidémique sont analysées. « Une analyse territoriale, à partir des données de mortalité, est en cours pour voir s’il y a eu des points chauds » , précise Aurélien Rousseau, le directeur de l’ARS d’Ile-de-France. « Après trois mois d’épidémie, nous avons accumulé beaucoup d’informations et nous savons où il y a davantage de risques » , poursuit-il.

    A l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), on se tient prêt à réarmer des lits en cas de besoin. Il n’y a désormais plus que 20 à 30 entrées par jour en réanimation, pour 20 à 60 sorties. Mais il faudra attendre le 21 mai pour savoir si les mesures prises pour limiter la reprise de l’épidémie marchent (le délai moyen observé entre la contamination et l’hospitalisation en réanimation étant de dix jours).

    Pour anticiper une possible hausse, l’AP-HP dispose de différents radars : le nombre d’appels au SAMU, le nombre d’appels à SOS Médecins, et le nombre de passages aux urgences liés au Covid-19.
    Au lendemain du déconfinement, le 12 mai, 438 patients étaient encore hospitalisés en réanimation, « en ligne avec ce qui avait été calculé par les modélisateurs » , indique-t-on à l’AP-HP. Au point bas de la courbe, le 21 mai, ils devraient être 250. Pour la suite, plusieurs scénarios ont été échafaudés. Les plus « probables » tablent sur un R0 de 1,2 ou 1,5 – contre 0,7 pendant le confinement – et anticipent une remontée progressive des hospitalisations en réanimation. Dans cette hypothèse, jusqu’à 500 lits seraient occupés au 30 juin, soit 100 % de la capacité de l’AP-HP avant l’épidémie. « Or il faudrait rester sous la barre des 200 lits pour que cela soit tenable » , estime-t-on à l’AP-HP, où le retour « au vert » , ne semble pas pour demain.

  • Un test #Covid-19 inefficace utilisé à la Maison Blanche - Sciences et Avenir
    https://www.sciencesetavenir.fr/sante/un-test-covid-19-rapide-vante-par-trump-produirait-beaucoup-de-faux

    Le test, autorisé par la #FDA et qui n’est pas utilisé qu’à la Maison Blanche (présent aux urgences de certains hôpitaux), comporte jusqu’à 48% de faux négatifs (versus 0.02% déclarés par le fabricant !)

    #tests #fiabilité #états-unis

  • How accurate are the results from self-testing for #covid-19 at home? | New Scientist
    https://www.newscientist.com/article/mg24632823-200-how-accurate-are-the-results-from-self-testing-for-covi

    IN THE UK, essential workers are now among those being sent home testing kits for coronavirus. This involves swabbing the inside of your own nose and the back of your throat, but how useful are the results?

    Studies from early in the outbreak in China have suggested that swabs taken by healthcare professionals may give a 30 per cent “false negative” rate, where infected people are told they don’t have the virus (NEJM, doi.org/ggmzsp; medRxiv, doi.org/dvfr). This has prompted claims that self-testing will give even more false negatives and could raise the risk of infected people spreading the virus.

    #auto-tests

  • Interpreting Diagnostic #Tests for #SARS-CoV-2 | Infectious Diseases | JAMA | JAMA Network
    https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2765837

    Using available evidence, a clinically useful timeline of diagnostic markers for detection of #COVID-19 has been devised (Figure). Most of the available data are for adult populations who are not immunocompromised. The time course of #PCR positivity and seroconversion may vary in children and other groups, including the large population of asymptomatic individuals who go undiagnosed without active surveillance. Many questions remain, particularly how long potential immunity lasts in individuals, both asymptomatic and symptomatic, who are infected with SARS-CoV-2.

    #sérologie #immunité

    • point rapide et très complet sur les différents tests disponibles
      (il faut un petit bout de temps pour comprendre le graphique…)

      on apprend ainsi :
      qu’une des règles pour le retour au travail du personnel soignant du CDC est fondée, entre autres, sur une étude portant sur un échantillon de 9 personnes…

      In a study of 9 patients, attempts to isolate the virus in culture were not successful beyond day 8 of illness onset, which correlates with the decline of infectivity beyond the first week. That is in part why the “symptom-based strategy” of the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) indicates that health care workers can return to work, if “at least 3 days (72 hours) have passed since recovery defined as resolution of fever without the use of fever-reducing medications and improvement in respiratory symptoms (e.g., cough, shortness of breath); and, at least 10 days have passed since symptoms first appeared.

      ou encore, pour les tests d’anticorps :

      Rapid point-of-care tests for detection of antibodies have been widely developed and marketed and are of variable quality. Many manufacturers do not reveal the nature of antigens used. These tests are purely qualitative in nature and can only indicate the presence or absence of SARS-CoV-2 antibodies.

      … on coopère, mais pas trop…

    • Fast coronavirus tests : what they can and can’t do
      https://www.nature.com/articles/d41586-020-02661-2

      Tests antigéniques notamment, dont la sensibilité en fonction du temps est illustrée par la courbe rouge du graphique, tiré de l’article du JAMA ci-dessus.

      Si l’on fie au graphique, leur manque relatif de sensibilité semble surtout problématique dans les tous premiers jours de la maladie, au moment où le malade est le plus contagieux. Cependant l’article révèle une sensibilité qui peut-être très proche du PCR :

      When used on people who were positive for SARS-CoV-2 in a standard PCR test, Abbott’s antigen assay correctly spotted the virus in 95–100% of cases if the samples were collected within a week of the onset of symptoms.

      Et pour plus de précautions :

      The WHO and the US CDC have [...] advised getting a PCR test if people showing symptoms test negative with a rapid antigen test.

  • Coronavirus Latest : 5 Things To Watch For This Week : NPR
    https://www.npr.org/2020/05/11/853518465/trump-says-more-testing-makes-u-s-look-bad-but-its-availability-remains-a-conce

    Incroyable. On est maintenant au delà de la vérité, puisque le savoir devient un objet politique et non un moyen d’aborder le monde. Ce tweet de Trump est un épitomé de la nouvelle situation où la foi et l’orgueil sont les seules motivations de nos dirigeants.

    Trump has touted the overall number of tests that have been conducted in the country — now more than 8 million. But at times he’s read a different message in them.

    If we did very little testing, [America] wouldn’t have the most cases,” Trump said Wednesday. “So, in a way, by doing all of this testing, we make ourselves look bad.

    And Trump’s reservations about testing appear to be rooted in politics. Trump said Friday he believes some Democrats hope the economy doesn’t bounce back.

    “I will tell you, you look at some cases, some people think they’re doing it for politics,” Trump said on Fox News Channel. “Here we go again. But they think they’re doing it because it’ll hurt me, the longer it takes to — hurt me in the election, the longer it takes to open up.”

    #Post_truth #Donald_Trump #Tests